KONSEP DASAR GENETIKA-2

Achmad Ridwan, MO, dr, M.Sc

08127134097 achmad.ridwanmo@yahoo.com

1
 TUJUAN PEMBELAJARAN
Mahasiswa diharapkan mampu memahami dan menjelaskan
• Cara membuat pahon Keluarga (Genogram)
• Dogma central genetika
– proses replikasi DNA, transkripsi DNA, splicing RNA, dan
translasi RNA.
– proses pasca translasi protein.
– proses sintesis protein.
– aplikasi central dogma dan sintesis protein
Pohon Keluarga (Genogram)
FAMILY TREE SYMBOLS(Simbol-symbol silsilah)
Laki-laki Perkawinan (Garis
horizontal)

Perempuan / Parceraian

Jenis kelamin
Tidak diketahui Garis horizontal
perkawinan
P
Hamil Offspring (vertical line)

Abortus kehamilan
X minggu/tahunyears Meninggal umur 76
th
76
Laki-laki Perempuan yg
terkena
Orang tua dengan dua
anak kandung lakilaki
Carrier laki-laki
perempuan
&Perempuan
 Cara menggambarkan Silsilah pohon keluarga (Genogram)
JH (28) hamil 6 bulan dan ingin mendiskusikan risiko cystic fibrosis
keponakannya RW yang telah di diagnosis cystic fibrosis pada skrining. Saudara
laki-lakinya (JW) tidak terkena
Suaminya, CH (29), adalah satu satunya anak dari Ayahnya WH (60) dan ibunya,
MH (59) sehat
Ayah JH, GW, meninggal umur 66 tahun karena Myocard Infark (MI). Ibunya JW,
adalah berumur 64
Saudaranya (sdr JH), JW, berumur 34 dan sehat
JW’s perkawinan pertamanya dengan AW (33) bercerai dan mempunyai anak
DW sehat (10 tahun)
JW’s perkawinan kedua nya dengan CW (29) . Tidak diketahui kedua orang tua
(org tua CW)nya secara detil. Dia (CW) mengalami abortus spontan (9 minggu)
dan kemudian melahirkan RW (10 th), yang sekarang didiagnosis Cystic fibrosis.
 JW (64) GW ( 66 MI) MH (58) WH (60)

AW (33) JW (34) CW (29) JH (28) CH (29)

DW (10)
9w 6mmingg
RW (10) u
Cystic Generations may appear
Fibrosis unaffected.
Often “distant” family history
Apa pola keturunan disini?
 DOGMA CENTRAL GENETIKA
DAN SINTESA PROTEIN SERTA PERANANNYA DALAM MEMAHAMI
PATOGENESIS PENYAKIT
 DOGMA CENTRAL GENETIKA adalah bahwa
DNA ditranskripsikan menjadi asam
ribonukleat (RNA), yang kemudian di
translasikan menjadi sebuah rantai asam amino
(Protein)
 Sub Pokok Bahasan
1. Replikasi DNA
2. Transkripsi DNA
3. Splicing RNA
4. Translasi RNA
5. Sintesa protein
6. Pasca translasi protein

11
 REPLIKASI DNA
• Semua organisme harus menduplikasi DNA sebelum terjadi
pembelahan sel (mitosis dan meiosis)
• Tujuan: agar semua sel memiliki “bank data gen” yang sama.
• Replikasi DNA adalah suatu proses pengopian untaian
nukleotida DNA oleh nukleotida komplemennya dimana
A  T; T  A G  C; C G
 REPLIKASI DNA
• Untai ganda DNA (double helix )
bersifat sangat kuat  dibutuhkan
suhu hampir 100°C untuk
memisahkannya di tabung reaksi.
• Untuk membuka untaian DNA
tersebut, dibutuhkan 2 protein
pembantu yaitu enzim DNA
helicase dan single-strand DNA-
binding proteins.
Enzim DNA Helicase
 Single-strand DNA-binding proteins
HAIRPIN DNA
• Disebut juga helix-destabilizing
proteins
• Berikatan dengan sangat erat
pada untai tunggal DNA
• Mencegah terbentuknya hairpin
pada untai tunggal DNA saat
proses replikasi. Hairpin dapat
menghambat kerja DNA
polimerase.
 REPLIKASI DNA
• Untuk memulai replikasi DNA, diperlukan enzim RNA primase
yang akan menginduksi enzim DNA polimerase untuk memulai
proses replikasi DNA.
RNA PRIMASE
http://highered.mheducation.com/sites/0072943696/student_
view0/chapter3/animation__dna_replication__quiz_1_.html
 LEADING DAN LAGGING STRAND
• Pada saat replikasi, akan terbentuk replication fork.
• Untaian DNA akan terbagi 2 menjadi leading strand dan
lagging strand.
• Leading strand adalah untaian DNA yang direplikasi secara
berkesinambungan, tidak terputus.
 FRAGMEN OKAZAKI
OKAZAKI FRAGMENt
• Lagging strand adalah untaian DNA
yang direplikasi secara terputus
karena arahnya yang berlawanan
dengan arah utama pemisahan
untaian double helix DNA.
• Pada lagging strand akan terbentuk
fragmen Okazaki berukuran 1000–
2000 nukleotida.
• Fragmen okazaki akan disambung
dengan bantuan enzim DNA ligase.
 DNA PROOFREADING
• Selama replikasi DNA kemungkinan terjadi kesalahan pengopian sekuens hanya 1
dari 109nukleotida.
• Untuk mencegah terjadinya kesalahan pengopian data, diperlukan mekanisme
pengecekan kesalahan  proofreading.
• Langkah pertama proofreading dilakukan oleh enzim DNA polimerase tepat
sebelum nukleotida baru ditambahkan pada untaian DNA.
• Enzim DNA polimerase akan melakukan perubahan konformasi  nukleotida
yang salah akan melepaskan diri
• Langkah kedua adalah exonucleolytic proofreading  terjadi segera setelah
adanya nukleotida yang salah menempel di untaian DNA yang sedang bereplikasi
Kebutuhan energi saat proses ligasi
fragmen Okazaki
 ENZIM DNA TOPOISOMERASE
• Merupakan suatu enzim nuklease yang bersifat reversibel.
• Enzim ini berikatan dengan gugus fosfat DNA 
menghancurkan ikatan fosfodiester pada rantai DNA.
• Reaksi penghancuran ikatan fosfodiester ini bersifat reversibel.
• Enzim topoisomerase I menghasilkan single-strand break yang
bersifat sementara.
• Enzim topoisomerase II membentuk ikatan kovalen antara
kedua untaian  double-strand break yang bersifat sementara.
 RESUME REPLIKASI DNA
• Replikasi DNA bertujuan agar semua sel Replikasi DNA membutuhkan
memiliki “bank data” yang sama.
• Replikasi DNA terjadi dalam bentuk hal berikut ini:
replication fork. • DNA helicase
• Penambahan nukleotida dengan arah dari 5’
ke 3’ pada masing-masing untai.
• SSBP
• Karena untai ganda DNA bersifat antiparalel, • DNA primase
maka replikasi dengan arah 5’ ke 3’ hanya
dapat terjadi pada 1 untai saja (leading strand • DNA polimerase
). Sementara pada untai yang satu lagi ( • DNA topoisomerase
lagging strand), replikasi DNA dengan arah 5’
ke 3’ akan membentuk fragmen-fragmen kecil • DNA ligase
yang disebut fragmen Okazaki.
 TRANSKRIPSI
• Adalah suatu proses pengubahan informasi dari untaian DNA
menjadi messenger RNA (mRNA).
• DNA sifatnya stabil dan tersimpan dengan aman di dalam inti
sel dan bersifat sebagai referensi.
• Hanya satu untai yang akan ditranskripsi  non-coding strand
• Untaian DNA yang tidak disalin ulang disebut coding strand
karena sekuens-nya akan sama dengan sekuens mRNA.
 TRANSKRIPSI
• mRNA bukan merupakan bentuk penyimpanan informasi jangka
panjang, namun dapat keluar dari inti sel dengan mudah.
• Transkripsi dibantu oleh enzim RNA polimerase dan beberapa
protein tambahan yang disebut faktor transkripsi.
• Faktor transkripsi akan berikatan dengan sekuens DNA spesifik yang
disebut promoter sequences (TATA box).
• Ikatan ini akan mengundang RNA polimerase untuk menempel pada
titik awal transkripsi.
• Faktor transkripsi + RNA polymerase = kompleks inisiasi transkripsi
 TRANSKRIPSI
• Kompleks tersebut akan memulai transkripsi  pembentukan
mRNA dengan sekuens komplemen dari untaian DNA.
• Untaian mRNA akan menjadi blueprints untuk sintesis protein
pada tahap translasi.
 ENZIM RNA POLIMERASE
• Pada eukariot terdapat 3 macam RNA polimerase.
• RNA polimerase I membantu transkripsi ribosomal RNA (rRNA).
• RNA polimerase II membantu transkripsi messenger RNA
(mRNA).
• RNA polimerase III membantu transkripsi transfer RNA (tRNA).
 Tipe RNA
• Messenger RNA (mRNA): merupakan duplikat DNA untuk
dikode menjadi protein.
• Transfer RNA (tRNA): berikatan dengan mRNA dan asam amino
yang sesuai dengan untaian mRNA.
 TRANSKRIPSI
• Ketika proses transkripsi diinisiasi  untai ganda DNA terbuka
 RNA polimerase mengopi untaian DNA dengan arah dari 5’
ke 3’.
• Proses transkripsi akan berhenti ketika RNA polimerase
bertemu dengan sekuens tertentu pada ujung untaian DNA 
mekanismenya berbeda-beda untuk masing-masing RNA
polimerase.
• RNA polimerase II  terbentuknya poly-A tail
• RNA polimerase I  adanya faktor terminasi.
• RNA polimerase III  setelah mengopi poly-U sekuens.
• Proses akhir transkripsi adalah terbentuknya pre-mRNA.
 SPLICING
• Pre-mRNA perlu diubah menjadi mRNA matur dengan melalui
proses splicing.
• Adalah suatu proses pemotongan intron-intron dari untaian
RNA  tersisa ekson-ekson  mRNA matur  lanjut ke
translasi.
• Dibantu oleh spliceosome.
 SPLICING
• Jadi, apa guna intron?
 TRANSLASI RNA
• Adalah proses pembentukan protein berdasarkan kode yang
dibawa mRNA.
• Tiga buah nukleotida  kodon.
• Kodon  kode bagi masing-masing protein
 UTR
• Untranslated region (UTR): terletak antara nukleotida pertama
mRNA dan start codon AUG.
• UTR tidak ditranslasikan menjadi protein.
• Berfungsi sebagai tempat perlekatan ribosom.
TABEL KODON
KODE IUPAC* UNTUK ASAM AMINO
*International Union of Pure and Applied Chemistry
 TRANSLASI
• mRNA keluar dari nukleus  sitoplasma masuk ke ribosom
 translasi RNA ke protein.
• Ada 2 tipe ribosom: ukuran besar (50S) dan ukuran kecil (30S).
• Subunit ribosom mengandung rRNA dan tRNA.
• rRNA  mengatalisis pengikatan asam amino baru dalam
pembentukan protein.
TRANSLASI
 FASE ELONGASI DAN TERMINASI
• Setelah asam amino pertama menempel, rantai asam amino
akan terus terbentuk sepanjang mRNA yang ada  fase
elongasi.
• Proses translasi akan berhenti ketika tRNA bertemu dengan
stop codon: UAA, UAG, dan UGA.
 SINTESA POTEIN
• Struktur primer
protein dibentuk oleh
rantai asam amino
hasil translasi.
 SINTESA PROTEIN
• Protein dibentuk oleh 20 jenis asam amino  masing-masing
memiliki rantai yang unik.
• Jenis asam amino: nonpolar, polar tapi tidak bermuatan, rantai
samping bermuatan positif, dan rantai samping bermuatan
negatif.
• Struktur rantai samping ini penting dalam pembentukan struktur
final protein  asam amino bermuatan akan membentuk ikatan
ion, asam amino polar akan membentuk ikatan hidrogen.
 STRUKTUR SEKUNDER
• Struktur sekunder protein dibentuk
oleh ikatan hidrogen antara gugus
amino asam amino A dengan gugus
karboksil asam amino B  alpha
helix dan beta sheet.
 STRUKTUR TERSIER
• Struktur tersier (polypeptida)
dibentuk dari gabungan
beberapa struktur sekunder di
sepanjang rantai asam amino.
STRUKTUR KUARTENER

Struktur kuartener dibentuk

oleh gabungan beberapa
subunit.
 BENTUK AKHIR PROTEIN
• Bentuk akhir protein disesuaikan dengan fungsi protein itu
sendiri.
• Protein yang bekerja di sitoplasma bagian hidrofilik dari
protein akan berada di luar sementara bagian hidrofobik akan
dilipat ke dalam struktur protein.
 Pasca translasi protein

Apa yang terjadi pasca translasi?

• Post translational modification (PTM)
• Berperan dalam banyak proses selular seperti diferensiasi
selular, degradasi protein, pengaturan sel dan penghantaran
sinyal sel, pengaturan ekspresi gen, dan interaksi protein-
protein.
 JENIS PTM
• Jenis pertama melibatkan
proses proteolitik 
membelah ikatan peptida 
penghapusan beberapa
fragmen polipeptida yang
telah terbentuk.
• Jenis kedua melibatkan proses
modifikasi rantai samping dari
residu asam amino.
 TIPE PTM
• Asetilasi: penambahan gugus asetil

HDACs: enzim histon deasetilase; KAT: enzim lisin asetiltransferase

 EFEK ASETILASI
• Muatan positif akan hilang pasca asetilasi  meningkatkan
sifat hidrofobik protein dan ukuran rantai samping asam
amino.
• Histon menggunakan asetilasi sebagai sinyal pengikatan faktor
transkripsi  inisiasi transkripsi.
• Asetilasi residu lisin melindungi protein dari modifikasi oleh
ubiquitin  meningkatkan masa hidup protein.
 TIPE PTM
• Fosforilasi:
 TIPE PTM
• Asilasi: terdiri dari myristoylasi, palmitoylasi
• Myristoylasi: penambahan gugus CH3-(CH2)12-CO- pada rantai
N glisin.
• Palmitoylasi: penambahan gugus CH3-(CH2)14-CO- pada
rantai SH asam amino sistein.
• Berperan dalam penghantaran sinyal sel, apoptosis, dan
aktivitas transportasi protein ekstraseluler.
 TIPE PTM
• Ubiquitinasi: penambahan ubiquitin pada protein  Ubiquitin adalah
polipeptida yang terdiri dari 76 asam amino
• Ubiquitinasi berfungsi dalam mengubah protein sehingga mejadi sinyal
kuat bagi proteasom untuk mengenali dan menghancurkan protein
tersebut.
• Alkilasi terdiri dari metilasi dan prenilasi.
• Metilasi berperan dalam aktivasi atau represi gen.
• Prenilasi berperan dalam meningkatkan afinitas protein terhadap
membran plasma dan juga membuat protein menjadi titik penanda untuk
interaksi protein-protein yang spesifik.
 TIPE PTM
• Glikosilasi: memodifikasi rantai OH dari asam amino serine dan
threonine (O-glycosylation) serta memodifikasi fungsi rantai
samping asparagin (N-glycosylation).
• Glikosilasi membantu inisiasi transkripsi DNA dan penghantaran
sinyal sel
• Sulfasi: penambahan sulfat pada rantai OH asam amino tyrosine.
• Salah satu peran sulfasi adalah meningkatkan afinitas reseptor
terhadap ligand-nya..
 TIPE PTM
• Mono dan poli(ADP-ribosilasi).
– Berperan dalam proses reparasi DNA, apoptosis, dan fungsi spindle
selama pembelahan sel.
• Oksidasi sistein
– Berperan dalam regulasi proses reduksi-oksidari sel 
mempengaruhi proliferasi, diferensiasi, dan apoptosis.
 REFERENSI
• Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. Molecular Biology of the Cell. 4th
edition. New York: Garland Science; 2002.
• Cooper GM. The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition. Sunderland
(MA): Sinauer Associates; 2000.
• Clancy, S. & Brown, W. (2008) Translation: DNA to mRNA to
Protein. Nature Education 1(1):101.
• Seo J and Lee KJ. Post-translational modifications and their biological
functions: proteomic analysis and systematic approaches. Journal of
Biochemistry and Molecular Biology 2004; 37(1): 35-44.
 REFERENSI
• Knorre DG, Kudryashova NV, GodovikovaTS. Chemical and
functional aspects of posttranslational modification of proteins.
Acta Naturae 2009: 1(3): 29-51.
• Bonifacino JS dan Weissman AM. Ubiquitin and the Control of
Protein Fate in the Secretory and Endocytic Pathways.
Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US);
2002.
 TUGAS
• TUGAS MANDIRI:
– KETIK BAHAN KULIAH WORD FONT 12 KUMPUL DI MINGGU
TERAKHIR UTK DINILAI DAN DIKEMBALIKAN LAGI
• TUGAS KELOMPOK:
– BUAT POWER POINT YG MENARIK, KALAU PERLU DITAMBAH MATERI
SDARI SUMBER LAIN

60
61