Bakteriologi Dasar - 2

Enty

Dept Mikrobiologi
18 Agustus 2021
Perkembangan Klasifikasi dan
Eukariota dan
ilmu taksonomi
Prokariota
mikrobiologi bakteri

Teknik
Identifikasi
pewarnaan
bakteri
bakteri
Mikrobiologi
• Salah satu cabang ilmu biologi yang mempelajari kehidupan mikroorganisme yang kadang
disebut “mikroba”.
• Interaksi mikroba dan manusia, dan mikroba dan lingkungan.
• Mikroorganisme:
• Virus
• Archaebacteria
• Eubacteria
• Jamur mikroskopik
• Protozoa
• Alga mikroskopis
• Cacing parasit mikrokopis.
MIKROBIOLOGI KEDOKTERAN
• Cabang ilmu biologi yang mempelajari tentang mikroorganisme yang
menyebabkan suatu penyakit

• Terdapat teori Germ Theory of Disease yang dicetus oleh Louis Pasteur bahwa
mikroorganisme dapat menyebabkan suatu penyakit

• Setelah teori tersebut dikemukakan, ahli mikrobiologi bernama Anton Van

Leeuwinhoek mulai mengamati mikroorganisme dengan mikroskop sederhana

• Hingga saat ini, ilmu mikrobiologi kedokteran memiliki peran penting dalam
mempelajari lebih lanjut tentang mikroorganisme
Hippocrates
orang pertama yang menganggap penyakit sebagai fenomena alamiah, bukan fenomena supernatural.
Sehingga memisahkan pengobatan dari takhayul.

Contohnya seperti karakterisasi demam dan pembengkakan sebagai bagian dari respon imun dan
munculnya berbagai jenis infeksi secara musiman.

orang pertama yang mendeskripsikan manifestasi penyakit (misalnya: menonjolnya splenomegali)

Parotitis, sindrom terakurat dari hippocrates.

Setiap penyakit memiliki sifat tersendiri dan timbul dari penyebab eksternal

Mengembangkan pengobatan naturalistik baik penyakit menular atau tidak

GENERATIO SPONTANEOUS
• Aristoteles (384-322 SM) Teori ambiogenesis, bahwa bawasannya makhluk hidup itu timbul dari benda
mati.Pemikiran ini tidak memiliki pembuktian secara ilmiah. Para petani percaya bahwa jamur merang timbul
secara tiba-tiba di merang padi.

• Anthonie Van Leeuwenhoek (abad ke 17), penemu mikroskop juga mendukung teori ini. Leeuwenhoek
meneliti air rendaman jerami dengan mikroskop buatannya, ternyata terdapat protozoa. Leeuwenhoek juga
berpendapat hal tersebut terjadi begitu saja.

• Fransesco Fredi (1626-1697), melakukan percobaan pada tahun 1668:

 Ia meninggalkan daging dalam enam wadah. Dua terbuka di udara, dua ditutup dengan kain kasa, dan dua di
tutup rapat.
 Hipotesisnya didukung dengan berkembangnya belatung di toples yang terbuka tetapi tidak pada toples lain.
 Ia menyimpulkan bahwa belatung hanya bisa terbentuk kalau lalat bertelur di dagingnya, dan belatung
merupakan keturunan lalat, bukan produk generasi spontan.
GENERATIO SPONTANEOUS (2)
• Louis Pasteur (1822-1895) membuat labu dengan leher panjang dan
bengkok seperti huruf U (labu "leher angsa"), dimana ia merebus
kaldu untuk mensterilkannya. Bentuknya memungkinkan udara dari
dalam bertukar dengan udara luar. Tetapi, bentuknya
juga dapat mencegah masuknya mikroorganisme yang terbawa
oleh udara.
• Mikroorganismenya akan tersangkut di lekukan leher labu. Prediksi
beliau tepat kaldu yang disterilkan di dalam labunya akan tetap
steril selama leher angsanya tetap ada dan mikroorganisme tidak
masuk.
Anton van Leeuwenhoek
Dutch Scientist (1632—1723)
• Ilmuan asal Belanda yang dikenal sebagai bapak mikrobiologi.
• 1668—penemuan mikroskop sederhana dan mikroorganisme
• Observasi air danau dan menemukan organisme yang sangat kecil di dal
amnya (bakteri).
• Menemukan banyak protista termasuk siliata, seperti Vorticella pada air.
• Orang pertama yang melihat foraminifera secara mikroskopik
• Penemu nematoda dan rotifera
• Orang pertama yang mengajukan hipotesis bahwa fertilisasi terjadi ketik
a sperma melakukan penetrasi ke ovum.
Louis Pasteur
French Biologist (1822-1895)
vBersama Robert Koch -
> menunjukkan mikroba adalah penyebab peny
akit
vBerkontribusi pada karya Lister tentang antisepti
k
vBekerja dalam pembuatan bir dan produksi
anggur, identifikasi penyakit ulat sutera, memberi
wawasan ilmiah.
Louis Pasteur
French Biologist (1822-1895)
 Tahun 1875-1876 -> meneliti mikroorganisme dalam pembuatan alkohol ​
 Menurut pengamatannya sebagian dari sel khamir kedudukannya diganti sel l
ain yang berbentuk bulat dan batangnya
berukuran lebih kecil sehingga proses fermentasi alkohol didesak -
> fermentasi asam laktat ​
 Setiap proses fermentasi tertentu disebabkan oleh aktivitas mikroba tertentu. ​
 Contoh : fermentasi alkohol oleh khamir, fermentasi asam laktat oleh bakteri
Lactobacillus, dan fermentasi asam sitrat oleh jamur Aspergillus ​
 Tahun 1881, ia mengambil bagian dalam uji coba publik vaksinnya terhadap
antraks pada hewan peliharaan tentang pengetahuannya terhadap rabies.
 Pasteur membuat kontribusi besar untuk p
emahaman tentang peran mikroba dala
m anggur & pembentukan bir.
 Ia menemukan pasteurisasi dan menyeles
aikan beberapa studi yang menunjukan ba
hwa penyakit manusia timbul dari infeksi.
 Salah satu eksperimennya yang terkenal
adalah eksperimen menggunakan
bejana leher angsa.
 Bejana ini diisi kaldu dan dipanaskan,
udara bebas melewati tabung tapi tidak
ditemukan mikroorganisme karena
mengendap di lengkungan tabung.
 Ketika tabung ditidurkan, maka
mikroorganisme akan masuk serta dapat
dilihat pada kaldu tadi.
 Joseph Baron Lister
“ father of antiseptic”
• Ahli bedah inggris
• Mengembangkan dan mencetuskan prinsip dan praktik antisepsis dalam operasi
• Dicetuskan karena tingginya infeksi paska operasi
• “ on the antiseptic principle in the practice of surgery”- British medical journal
• Prinsip dan praktik pencegahan infeksi luka operasi (ILO)/ Infeksi daerah operasi (IDO)

Lister membuat makalah berjudul “illustrations of the antiseptic system of treatment in surgery” menganjurkan penggunaan
asam karbol atau fenat (agen antibakteri dan anti jamur yang kuar) untuk membunuh flora kontaminan dan mencegah
konstipasi lebih lanjut.

- Lister menyarankan balutan asam karbolat untuk luka sayatan, luka terbuka atay terkoyak dapat disembuhkan dengan
penyembuhan luka sekunder dan abses yang dikeringkan.

- Dengan cara penggantian balutan biasa atau penambahan asam karbolat segar ke pembalut untuk memastikan antisepsis
tetap ada
Robert (Postulat) Koch
Memiliki pendapat :

1. Mikroba harus ada pada semua kasus penyakit

2. Mikroba harus diisolasi dari inang yang sakit

3. Mikroba harus dapat dipulihkan dari inang yang terinfeksi

4. Penyakit harus berkembang biak jika biakan murni dimasukan ke dalam inang yang tidak rentan terhadap penyakit

Menemukan :

1. Penyebab tuberculosis adalah Mycobacterium tuberculosis -> Koch Pulmonum

2. Penyebab kolera adalah Vibrio Cholera

Pedoman molekuler untuk pembentukan
penyakit mikroba (Molecular Koch postulat)
• 1. Urutan asam nukleat dari pathogen dalam penyakit menular dimana patologi harus
terlihat jelas dan lebih anatomis

• 2. Urutan asam nukleat dari pathogen yang tidak semestinya berada di peserta sehat

• 3. Salinan urutan asam nukleat pathogen harus dikurangi atau menjadi tidak terdeteksi

• 4. Adanya urutan asam nukleat pathogen dalam memprediksi perkembangan penyakit

• 5. Sifat pathogen dari asam nukleat harus konsisten dengan biologis. Signifikansi dari
urutan mikroba akan meningkat Ketika genotype mikroba memprediksi morfologi mikroba,
patologi, fitus klinis penyakit, dan respon host.
Penemuan virus
 Virus hanya dapat dilihat dengan mikroskop elektron karena ukurannya yang ultramikroskopik
(sekitar 2 𝝻m)

 Penemuan Karakteristik Virus pertama kali :

o Dmitry Ivanovsky dan Martinus Beijernick tahun 1987 -> penyakit tembakau disebabkan oleh
Tobacco Mosaic Virus (TMV)
o Menemukan tembakau akan tertular penyakit jika ia menghancurkan daun mati sekitar tanah
tanaman tembakau, tetapi tidak jika ia menanam tanaman sakit di sebelah tanaman sehat

 3 pernyataan utama dalam tesis Ivanovsky (1902) tentang TMV, yaitu:

o Getah tanaman yang sakit menular
o Ketika getah yang terinfeksi dipanaskan, getah tidak lagi menular
o Dengan tidak adanya jamur dan parasit lain, infeksi melalui bakteri
Penemuan virus
 Setelah kemajuan teknologi di awal hingga pertengahan abad ke-20,
para ilmuan dapat menangkap gambar pertama dari virus.

 Dari penemuan para ahli, disimpulkan bahwa :

o Virus mahluk yang sangat kecil
o Virus tidak dapat bergerak atau berkembang biak tanpa bantuan inang yang hidup
o Virus dalam keadaan tidak aktif atau “inert” ketika tidak menginfeksi inangnya
o Virus memiliki genom yang mengkode informasi bersama dengan lapisan genetik ya
ng melindungi informasi genetik, yang disebut kapsid
o Virus menginfeksi inangnya dengan memasukkan sel dan memasukkan
Gen sendiri ke dalam genom inang, kemudian virus memasuki fase tidak aktif, meng
gunakan sumber daya inangnya untuk membuat lebih banyak virus.
Vaksinasi
• Berkeley, Inggris  Orang yang meminum susu sapi terkena cacar relatif
kebal terhadap penyakit cacar.
• 14 Mei 1796  Vaksin dianggap efektif setelah James Phipps, usia 8 tahun,
disuntikan nanah dari lesi cacar sapi berhasil terhindar dari penyakit cacar.
• 1798  Vaksin dipublikasikan
• Vaksin dapat diberikan secara injeksi dan oral.
• 1800  Benjamin Waterhouse memperkenalkan vaksin di New England
dan membujuk Thomas Jefferson untuk mencoba vaksin
• National Vaccine Institute  Organisasi program vaksinasi nasional di
Amerika.
Penemuan antibiotik
Paul Ehrlich

o Ide "magic bullet" yang secara selektif membunuh penyakit, bukan sel inang

o Pendapat bahwa senyawa kimia dapat disintesis & bekerja eksklusif pada parasit

o Memulai program skrinning untuk melawan sifilis pada 1904

o Bersama Alfred Bertheim & Sahachiro Hata pada 1909, obat sifilis ditemukan bernama Salvarsan dan Neosalvarsan (lebih larut &
kurang toksik), berasal dari senyawa obat Axotyl

o Pendekatan skrinning menghasilkan penemuan obat-obat baru :

 sulfonamidochrysoidine (KI-730, Prontosil)

 kuinolon (seperti ciprofloxacin)

 oksazolidinon (seperti linezoild).

Penemuan antibiotik
• Alexander Fleming
o Penemu penisilin

o Teknik skrinning efektif & sumber daya sedikit, sehingga menjadi fondasi skrining

• Penemuan ketiga anti-mikroba : Salvarsan, Protonsil, dan Penisilin menjadi fondasi untuk
penemuan obat di masa depan
• Tahun 1950-1970 disebut golden period dari penemuan antibiotik
Klasifikasi dan taksonomi bakteri
Acuan Klasifikasi dan Taksonomi Bakteri
Kunci Dikotomis
Klasifikasi menggunakan metode pembagian menjadi beberapa sub-grup yang
lebih kecil berdasarkan ada/tidaknya karakter diagnostik.
Taksonomi Numerik
Klasifikasi menggunakan ukuran aktivitas biokimia. Koloni bakteri diisolasi dan
diukur reaksi biokimianya. Digunakan untuk membedakan strain dari jenis
bakteri yang sama.
Taksonomi Berbasis Asam Nukleat
Klasifikasi menggunakan DNA. Analisis profil plasmid, analisis endonuklease
fragmen restriksi, analisis urutan berulang, ribotyping, dan sekuensing genom.
Contoh Klasifikasi Bakteri

Streptococcus pyogenes
• Kingdom: Eubacteria
• Filum: Firmicutes
• Kelas: Bacilli
• Ordo: Lactobacilles
• Famili: Streptococcaceae
• Genus: Streptococcus
• Species: Streptococcus pyogenes
Contoh Klasifikasi Bakteri
Salmonella typhimurium
• Kingdom: Bacteria
• Filum: Proteobacteria
• Kelas: Gamma proteobacteria
• Ordo: Enterobacteriales
• Famili: Enterobacteriaceae
• Genus: Salmonella
• Species: Salmonella typhimurium
Contoh Klasifikasi Bakteri

Escherichia coli
• Kingdom : Eubacteria
• Filum : Proteobacteria
• Kelas : Gamma proteobacteria
• Ordo : Enterobacteriales
• Famili : Enterobactericeae
• Genus : Eschericia
• Spesies : Eschericia coli
• Varian /strain / galur : …..
Contoh Klasifikasi Bakteri
Streptococcus pneumonie
• Kingdom : Bacteria
• Filum : Firmicutes
• Kelas : Diplococcic
• Ordo : Lactobacillales
• Famili : Streptoccoceae
• Genus : Streptococcus
• Spesies : Streptococcus pneumoniae
• Varian /strain / galur : ….. …….
Contoh Klasifikasi Bakteri
Cutibacterium acnes
• Kingdom : Bacteria
• Filum : Actinobacteria
• Kelas : Dicotyledonae
• Ordo : Actinomycetales
• Famili : propionibactericeae
• Genus : prepionibacterium
• Spesies : P. acnes
• Varian /strain / galur : …..
Dasar Pembagian Klasifikasi Bakteri
• Awalnya bakteri diklasifikasikan menurut morfologi, habitat, growth characteristics.
• Sekarang, dalam mengklasifikasikan bakteri pada tingkat genus dan spesies, diilhat morfologi
(mikroskopik/makroskopik), fisiologi/biokimia bakteri, analisis serologi, sampai tahap / level
genetik lalu dilakukan cross-section dari data tersebut.
Klasifikasi Bakteri
Berdasarkan:
• Pewarnaan diferensial: P. Gram
• Morfologi / bentuk sel
• Flagel
• Suhu
• Kebutuhan oksigen dan atau karbondioksida
• Kecepatan pertumbuhan
• Uji biokimia
• Contoh : lactose fermenter dan non lactose fermenter
• Serologi: komposisi antigen, mis. Antigen O dan H pada
Enterobacteriaceae
• Uji faga (bacteriophage)
• Profil asam lemak
• Susunan DNA
Dasar Pembagian Klasifikasi Bakteri
1. Pewarnaan diferensial / Berdasarkan sifat gram

Gram positif
Golongan ini memiliki peptidoglikan setebal 20-80 nm dengan komposisi terbesar teichoic, asam
teichuroni, dan berbagai macam polisakarida. Asam Teikhoat berfungsi sebagai antigen permukaan
pada Gram positif. Memiliki 40 lembar peptidoglikan pada dinding selnya,dinding sel yang sangat
tebal, dapat bertahan dari aktivitas cairan empedu di dalam usus. Contoh bakteri gram positif
adalah Clostridium perfringens, Staphylococcus aureas, Neisseria gonnorrhoaeae, Treponema
pallidum, Vibrio cholerae dan Bacillus subtilis.
Dasar Pembagian Klasifikasi Bakteri
1. Pewarnaan diferensial / Berdasarkan sifat gram
Gram negatif
Golongan ini hanya memiliki lapisan peptidoglikan yang tipis (5-10 nm) dengan komposisi utama:
lipoprotein, membran luar dan lipopolisakarida. Membran luar pada Gram negatif juga memiliki
sifat hidrofilik, namun komponen lipid pada dinding selnya justru memberikan sifat hidrofobik.
Selain itu, terdapat saluran spesial terbuat dari protein yang disebut Porins yang berfungsi sebagai
tempat masuknya komponen hidrofilik seperti gula dan asam amino yang penting untuk kebutuhan
nutrisi bakteri. Contoh bakteri gram negatif adalah Streptococcus mutans, Staphylococcus aureus
dan Eschericia coli.
Klasifikasi Berdasarkan Struktur Dinding Bakteri

Mims’ medical microbiology, 5th ed., 2007

Dasar Pembagian Klasifikasi Bakteri
2. Berdasarkan bentuk / morfologi sel
Bakteria dapat diklasifikasi berdasarkan bentuknya, ada 2 kelompok besar yaitu:
Cocci (Bulat)
• Sesuai dengan namanya, bakteri jenis ini berbentuk bulat dan memiliki berbagai variasi jenis bentuk. Jika tunggal disebut coccus namun jika
membentuk rantai maka akan disebut dengan streptococcus. Bakteri jenis cocci ini juga akan membentuk kelompok empat atau tetracoccus dan
kelompok yang berbentuk anggur atau staphycoccus.

Bacillus (Batang)
• Seperti bakteri cocci, bakteri basilus terdiri dari beberapa variasi jenis bentuk. Jika tunggal maka akan disebut streptobacillus. Jika berkelompok
empat maka menjadi tetracoccus dan jika bergerombol seperti anggur akan disebut staphycoccus

Selain dua kelompok utama ini terdapat beberapa jenis bentuk lainnya yaitu:
• Coccobacillus – gabungan antara bentuk coccus dan baccilus
• Appendage
• Fibrio (Comma-shaped)
• Box-shaped
• Fillamentous
• Spiral
• Pleomorphic
Klasifikasi Berdasarkan Bentuk
Morfologi Sel Bakteri
Bacteria
• Bentuk:
• Batang
• Kokus
• Spiral
G+ G- Acid Wall Intra
• Filamen
fast less cellular

Rod Cocci Rod Cocci Spiral

• Populasi /susunan sel
bakteri
• Individual
• Diplo-
• Staphylo-
• Strepto-
• Filamen
Dasar Pembagian Klasifikasi Bakteri
3. Berdasarkan jumlah flagella
Flagela bakteri adalah organel motil yang terdiri dari ribuan subunit
protein. Bagian berserabut yang memanjang dari membrane sel
disebut struktur aksial yang terdiri dari 3 bagian besar, yaitu filamen,
hook, rod dan komponen minor lainnya. Tentunya, jumlah flagela pada
setiap jenis bakteri berbeda, sehingga dapat juga digunakan sebagai
klasifikasi bakteri.
• Atrichos: jenis bakteri ini tidak memiliki flagela, contohnya:
Corynebacterium diphterae
• Monotrichous: satu flagela melekat pada salah satu ujung sel
bakteri, contohnya: Vibro cholerae
• Lophotrichous: sekelompok flagela menempel pada salah satu
ujung sel bakteri, contoh: pseudomonas
• Amphitrichous: flagela terdapat pada kedua ujung sel bakteri,
contoh: Rhodospirillum rubrum
• Peritrichous: flagela tersebar merata pada di seluruh sisi sel bakteri,
contoh: Bacillus
Dasar Pembagian Klasifikasi Bakteri
4. Berdasarkan kebutuhan oksigen
Anaerob
• Bakteri anaerob secara fakultatif dapat tumbuh pada oksigen tinggi atau oksigen
rendah. Bakteri seperti bacteroides yang ditemukan di usus besar adalah contoh dari
bakteri anaerob.
Aerob
• Bakteri aerob tumbuh hanya dalam lingkungan beroksigen. Aerob yang ketat hanya
tumbuh jika ada oksigen dalam jumlah yang signifikan.
• Pseudomonas aeruginosa, suatu patogen oportunistik, adalah contoh dari suatu
aerob yang ketat. Bakteri mikroaerofilik tumbuh dalam kondisi oksigen tereduksi dan
terkadang juga membutuhkan peningkatan kadar karbon dioksida. Spesies Neisseria
(misalnya, penyebab Gonore) adalah contoh bakteri mikraerofilik
Dasar Pembagian Klasifikasi Bakteri
5. Berdasarkan Suhu
Bakteri dapat tumbuh pada berbagai suhu, dari sangat dingin hingga sangat panas
Mesofil (20°-45°C)
• Tumbuh paling baik pada suhu sedang
• Semua patogen manusia
Ekstremofil (Suhu ekstrem)
• Menyukai lingkungan yang ekstrem
Psikrofilik (<10°C)
• Lebih menyukai lingkungan dingin
Termofilik/termotrof (45°-122°C)
• Lebih menyukai suhu hangat
Hipertermofilik (60°C ke atas)
• Bertumbuh di lingkungan yang sangat panas
6. Berdasarkan Kebutuhan O2
• Aerob obligat: O2 - 21%
• Anaerob obligat: O2 - 0-3%
• Anaerob fakultatif: ada O2 atau tidak
• Mikroaerofilik: O2 – 5-10%
7. Kecepatan pertumbuhan
FAST AND SLOW GROWER BACTERIA

• Tergantung nutrisi di lingkungan

• Doubling time
• E.coli: waktu pembelahan sel
20-30 menit di dalam medium
yang kaya nutrisi

• M.tuberculosis : 16-24 jam

Kurva Pertumbuhan Bakteri

Cara Penulisan Nama Bakteri
Dibagi menjadi 2 kategori :
1.Nama Informal (vernacular names)
digunakan dalam menamakan penyakit, nomor strain,
varian antigenik serta simbol pada variasi genetik. Contohnya : Designsi
K12 pada sebuah strain bakteria
2.Nama saintifik dari sebuah taksonomi (taxon)
Di dalam penamaan ini, ada 2 peraturan yang diterapkan :
• Latinisasi
• Memiliki sebuah posisi definitif dalam hirarki taksonomi
 Latinisasi
• Digunakan untuk penamaan saintifik,
• Ditulis menggunakan format latin (kata ditulis dalam bentuk italik ataupun digarisbawahi).
• Penamaan bakteri terbagi atas 2 bagian:
1. Binomen (nama genus)
Ejaan diawali huruf kapital
2. Epitet spesifik
Ejaan diawali huruf kecil
• Contoh, Mycobacterium tuberculosis, epitet tuberculosis merujuk pada arti sebuah tuberkel, sehingga
arti dari penamaan tersebut adalah sebuah mikobakterium pada (penyakit) tuberkulosis.
• Jika penulisan pertama nama bakteri, maka selanjutnya dapat disingkat. contoh, Mycobacterium
tuberculosis dapat ditulis sebagai M. tuberculosis.
• Pada penulisan spesies tanpa nama, maka abreviasi “sp.” dapat digunakan. Sebagai
contoh, penulisan Moraxella sp. digunakan untuk penulisan sebuah spesies Moraxella
yang tidak memiliki nama.
 Hirarki Taksonomi

• Penamaan suatu bakteri harus dilakukan secara berurutan sesuai den

gan subdivisi serta sub-spesiesnya.
• Contohnya,
salah satu subspesies dari Lactobacillus casei adalah Lactobacillus cas
ei subsp. biovar rhamnosus. (casei merupakan epitet spesifik sedangk
an rhamnosus merupakan epitet subspesifik)
Struktur sel prokariota dan
eukariota
Sel prokariota
•Sel prokariot berasal dari bahasa Yunani yaitu : ‘pro’ artinya
sebelum dan ‘karyon’ artinya biji.
•Pada sel prokariot, tidak ada membran yang memisahkan DNA
dari bagian sel lainnya.
•Kebanyakan prokariota → organisme uniseluler dengan sel
berukuran kecil (berdiameter 0,7–2,0 µm dan volumenya sekitar 1 µm3)
serta umumnya terdiri dari selubung sel, membran sel, sitoplasma,
nukleoid, dan beberapa struktur lain.
Gambar skematik sel prokariota
Sel prokariota
karakteristik
• Hampir semua sel prokariotik memiliki selubung sel di luar membran
selnya. Jika selubung tersebut mengandung suatu lapisan kaku yang
terbuat dari karbohidrat atau kompleks karbohidrat-protein,
peptidoglikan, lapisan itu disebut sebagai dinding sel.
• Kebanyakan bakteri memiliki suatu membran luar yang menutupi
lapisan peptidoglikan, dan ada pula bakteri yang memiliki selubung
sel dari protein. Selubung sel prokariota → mencegah sel pecah akibat
tekanan osmotik pada lingkungan yang memiliki konsentrasi lebih
rendah daripada isi sel.
Sel prokariota
karakteristik (2)
• Banyak jenis bakteri memiliki lapisan di luar dinding sel yang disebut kapsul.
Fungsi kapsul:
1. Membantu sel bakteri melekat pada permukaan benda dan sel lain
2. Membantu sel bakteri menghindar dari sel imun tubuh manusia

Prokariot juga memiliki :

1. Satu molekul dna dengan struktur lingkar
2. Sering memiliki bahan genetik tambahan disebut plasmid → untuk resistansi terhadap
antibiotik
3. Protein struktural disebut sitoskeleton yang awalnya dianggap hanya ada di eukariot →
untuk meregulasi pembelahan sel dan menentukan bentuk sel
Bakteri
Prokariot atau Eukariot ?
Prokariot
Bakteri
DNA menyatu dalam sitoplasma

Eukariot
Algae, protozoa, fungi, slime mold
Ukuran lebih besar
Terdapat mitokondria, inti sel

Mims’ medical microbiology, 5th ed., 2007

SEL Eukariota
• Sel eukariotik adalah hasil penggabungan dua sel prokariotik, sel ini
terus berkembang dan beberapa koloni menjadi terspesialisasi atau
beradaptasi melakukan fungsi tertentu.
• Sel-sel organisme eukariotik sangat bervariasi dan karena organel
sel eukariotik memiliki kompleksitas dan kompartementalisasi yang
jauh lebih besar dari sel prokariotik.
Sel eukariota
Eukariota
Organel eksternal
Flagela dan Silia
Silia dan flagela digunakan untuk motilitas yang membantu menemukan nutrisi
dan berimigrasi menuju rangsangan serta menghindari zat maupun rangsangan
bahaya.
Glikokaliks
Glikokaliks adalah batas terluar yang bersentuhan langsung dengan lingkungan,
yang terdiri dari polisakarida dan berbentuk jaringan serat, lapisan lendir atau
kapsul.
Berfungsi untuk pengembangan biofilm, menerima reseptor dan membantu dalam
komunikasi serta melindungi dari perubahan lingkungan.
Eukariota
Batas sel
Dinding sel
Dinding sel kaku dan memberikan dukungan struktural dan bentuk tetapi
komposisi kimianya berbeda.
Membran Sitoplasma
Merupakan lapisan ganda fosfolipid dimana tertanam molekul protein
serta mengandung berbagai sterol.
Kekakuan relatifnya memberikan stabilitas dan berfungsi sebagai
penghalang selektif permeabel dalam transportasi. Sel eukariotik
diliputi membran sebanyak 60-80% dari volumenya
EUKARIOTA
ORGAN INTERNAL
● Nukleus
Inti mengandung nukleolus, tempat sintesis ribosom. DNA diatur menjadi
kromosom di dalam nukleus.
● Retikulum Endoplasma
Berfungsi dalam sintesis dan penyimpanan. Terdapat dua jenis RE yaitu RE halus
(SER) dan RE kasar (RER).
SER memiliki fungsi dalam sintesis protein, penyimpangan dan transportasi serta
sebagai tempat detoksifikasi berbagai produk metabolisme.
Sedangkan RER nampak kasar karena ribosom yang menempel pada permukaan
yang akan mensintesis protein dan mengangkut ke dalam rongga retikulum.
EUKARIOTA
ORGAN INTERNAL (2)
Apparatus Golgi
• Tempat dimana protein dikumpulkan dan dikemas
untuk dipindahkan. Badan golgi akan menerima bahan dari
RE yang akan membentuk vesikel di sekitarnya untuk
disimpan atau diangkut ke membran sel untuk sekresi.

Mitokondria
• penghasil energi sel yang jika dilihat menggunakan
mikroskop cahaya mitokondria akan tampak seperti partikel
bulat atau memanjang yang tersebar di sitoplasma.
EUKARIOTA
ORGAN INTERNAL (3)
● Kloroplas
Organel yang mampu mengubah energi sinar matahari menjadi energi kimia melalui fotosintesis serta menjadi
produsen utama nutrisi organik.

● Ribosom
Merupakan partikel kecil pada sitoplasma, didistribusikan dengan tersebar bebas pada
sitoplasma dan sitoskeleton dan terikat dengan RER. Ribosom merupakan area untuk
sintesis protein.

● Sitoskeleton
Memiliki fungsi sebagai organel penahan, memberi dukungan dan
memungkinkan perubahan bentuk dan pergerakan di beberapa sel.
Sitoskeleton memiliki dua jenis elemen yaitu mikrofilamen dan mikrotubulus.
 PERBEDAAN PROKARIOT & EUKARIOT
PROKARIOTIK EUKARIOTIK

Inti Sel Mempunyai sebuah membran inti atau disebut juga nukleus Mempunyai sebuah inti sel yang nyata, karena
tidak nyata dan dapat tersebar dalam sitoplasma mempunyai sebuah membran inti

Ukuran Sel 0,2 – 2,0 µm 10 – 100 µm

Flagela Mempunyai kandungan dua protein penyusun Flagelanya disusun atas banyaknya mikrotubula

Membran Sel Mempunyai membran sel yang tidak mengandung Mempunyai kandungan steroid dan karbohidrat
karbohidrat dan kurang memiliki kandungan steroid yang berguna sebagai reseptor

Ribosom Ukuran ribosom cenderung kecil Ukuran ribosom yang lebih besar dari sel
prokariotik

Reproduksi Seksual Tidak dapat melakukan meiosis, tetapi dapat melakukan Dapat melakukan sebuah meiosis
konjugasi
 PERBEDAAN PROKARIOT & EUKARIOT
PROKARIOTIK EUKARIOTIK

Susunan Kromosom Memiliki kandungan kromosom sirkular, tetapi tidak Memiliki bentuk multiple linear dan
(DNA) mempunyai kandungan histon mempunyai kandungan histon

Sitoplasma Tidak mempunyai sitoskeleton Mempunyai sitoskeleton dan akiran sitoplasma

Dinding Sel Mempunyai sebuah dinding sel yang cukup kompleks dan Dinding selnya hanya mempunyai bentuk
memiliki kandungan peptidoglycan komposisi kimia yang sederhana.

Permeabilitas Bersifat selektif Tidak bersifat selektif

Membran Inti

Pembelahan Sel Membelah diri dengan cara binari sisi Mitosis

 PERBEDAAN PROKARIOT & EUKARIOT
PROKARIOTIK EUKARIOTIK

Organel Terbungkus Semua organelnya terbungkus membran,

Membran seperti mitokondria, retikulum endoplasma,
(Untuk perbedaan lisosom, dan organel sel lainnya
organel terbungkus
membran, hanya
terdapat pada jenis sel
eukariotik)

Glikokaliks Mempunyai glikokaliks pada bentuk sebuah kapsul atau Terdapat sebuah sel, tetapi tidak mempunyai
lapisan lendir sebuah dinding sel
 Ukuran

https://askabiologist.asu.edu/bacteria-overview
 Resolusi / magnification

https://www.westlab.com/blog/2018/01/09/what-
magnification-do-i-need-to-see-bacteria
 Contoh PROKARIOT

Archaebacteria Eubacteria
Salmonella enterica

Staphylococcus Streptococcuss
aureus pneumoniae Cyanobacteria
 Contoh PROKARIOT

Eschericia coli Lactobacillus Myobacterium tuberculosa

Myobacterium leprae Salmonella typhii Shigella desentriae

 MIKROORGANISME
PROKARIOT
Streptococcus neumoniae
=pneumokok Treponema pallidum

Neisseria gonorrhoeae

Pasteurella pestis Clostridium botulinum

Bakteri tanpa dinding sel (pleurobacteria)
● Memiliki kemampuan untuk bertahan dengan hidup di sel inang
lain
● Berbentuk seperti bola
● Di lingkungan dengan konsentrasi garam yang terlalu tinggi/rendah
-> mudah terbunuh
● E.g: mycoplasma, ureaplasma
Bakteri
Intrasel obligat
● Tidak dapat hidup diluar sel inangnya
● Tidak dapat dikembangbiakan menggunakan media buatan (agar /
kaldu)
● E.g. Rickettsia & Chlamydia
 Contoh
Eukariot

Toxoplasma Naegleria fowleri

gondii ( Protozoa ) ( Slime Molds )

Macrocystis Saccharomyces
pyrifera (algae) cereviciae, Candida
sp. ( Fungi )
PEW ARNAAN
GRANULA
METAKROMATI
K metakromatik ? pewarnaan ini
- Mengapa disebut
menunjukkan hasil warna yang berbeda
dengan zat warna yang digunakan.
- Letaknya ada pada sitoplasma bakteri dan
memliki
afinitas yang tinggi pada zat warna yang
sifatnya
basa
- .
Pewarnaan Neisser juga dapat juga dapat
digunakan untuk melihat
Corynebacterium diphtheriae.
- Pewarnaan ini akan menunjukkan warna
kuning tengguli disertai titik ungu tua
 PEW ARNAAN
GRANULA
METODE METAKROMATI
ALBERT
-
K
Pewarnaan Albert dilakukan
untuk mewarnai granula
metakromatik Corynebacterium
diphtheriae.
- Hasil dari pewarnaan Albert
akan memberikan biru
kehijauan
- Biru toluidin : granula
metakromatik
- Hijau metilen : badan sel
- Pemberian lugol iodine dalam
pewarnaan
Albert berfungsi untuk memperkuat
ikatan pigmen pada objek yang
PEW ARNAA
N SPORA
● Genus bakteri tertentu dapat membentuk endospora untuk
melindungi bakteri dari lingkungan sekitarnya
● Dinding endospora sangat tebal dan rapat → tahan
terhadap tekanan, perubahan suhu extreme, dan
bahan kimia
● Dalam endospora → genome bakteri, organel, dan
sedikit sitoplasma
● Jenis pewarnaan spora:
Klein → spora berwarna merah & badan bakteri
berwarna biru Schaeffer-Fulton → spora berwarna hijau
& badan bakteri berwarna merah
PEW ARNAA
N SPORA
PEWARNAAN
KAPSUL
- Kapsul bakteri berguna untuk melindungi diri terhadap
proses fagositosis
- Kapsul tidak nampak pada pewarnaan sederhana
• maupun pewarnaan gram
- Terdapat teknik pewarnaan khusus (teknik Gin)
dikenal juga sebagai teknik negative staining.
PEWARNAAN
KAPSUL
 PEW ARNAAN
FLAGELLA

- Flagella merupakan struktur bakteri

yang berfungsi dalam motilitas
- Struktur flagella sangat halus, sulit
dilihat
dengan mikroskop cahaya sehingga
perlu pewarnaan khusus:
- Gray
- Leifson
- Contoh bakteri:
Helicobacter pylori, Salmonella Typhi
PEW ARNAAN
FLAGELLA
Pewarnaan Gram
• Gram Positif (biru) /
Gram negatif (merah)

Basic Lab Procedures in Clinical Bacteriology 2nd ed (WHO, 2003),

Gram Stain dr Barron [Internet]. [cited 2017 Aug 3]. Available from: http://www.scacm.org/free/Gramstains%20complete%20%20copyrighted%20Dr
%20Baron2009.pdf
Pewarnaan Gram: Manfaat
Terhadap spesimen
• Menilai kualitas spesimen , cth. sputum
• Epitel > 10 (perbesaran 100x) kontaminasi saliva
• Kecurigaan infeksi (lekosit), cth. sputum
• Leukosit sputum > 25 (perbesaran 100x) [Scand J Prim Health Care. 2009; 27(2): 70–73]
• Membantu menentukan pilihan antibiotik empirik
• Tidak dianjurkan untuk darah, feses

Pada isolat
• Kemurnian isolat
• Menentukan uji lanjutan untuk identifikasi secara fenotip biokimia
Identifikasi bakteri
 a ra
s ec
eri
akt
b
asi
tifik
e n al
r id sio
lu ven
A n
ko

Mims’ medical microbiology, 5th ed.

 a ra
s ec
eri
akt
b
asi
tifik
e n al
r id sio
lu ven
A n
ko

Mims’ medical microbiology, 5th ed.

Prinsip dasar diagnostik secara mikrobiologi  IDENTIFIKASI
MIKROORGANISME
Level / Batasan identifikasi bervariasi
Deteksi agen penyebab Deteksi asam
– metode biakan cth:
nukleat spesifik
Biakan (kultur) (Molekular)
bakteri aerob /
anaerob Cth. PCR

Deteksi reaksi
spesifik
Mikroskopik
– antigen antibody
rx (Serologi)
Prinsip Dasar Tes Diagnostik Mikrobiologi
Deteksi agen
Deteksi agen Deteksi Reaksi
penyebab / specific
penyebab antigen-antibodi antigenic determinant

Biakan Serologis/ Deteksi asam

Mikroskopik /kultur immunological nukleat
: isolasi, identifikasi & assays
uji kepekaan
antibiotik

Tes molekuler = tes

KULTUR AEROB/ Deteksi biomolekuler, cth: PCR
ANAEROB antigen/antibodi , Hibridisasi,
sequencing,
Dengan/tanpa spesifik, deteksi
genotyping, gen
otomatisasi toksin,dll spesifik, gen toksin dll
 1. Mikroskopik

Pemeriksaan
mikroskopik
pada spesimen
langsung

Pewarnaan
umum: Gram ,

Pewarnaan
spesifik
contoh:
-Pewarnaan
Neisser/Albert
untuk Difteri
-Pewarnaan ZN:
untuk BTA,dll
Pewarnaan Gram Sputum
,
Pemeriksaan
mikroskopik pada
spesimen langsung

Pewarnaan Ziehl neelsen / BTA

, Sputum
 MIKROSKOPIK

• Identifikasi Salah satu limitasi

spesimen 
diperlukan pemeriksaan
minimal 105 mikroskopik (P.
organisme Gram/ pewarnaan
permililiter
bakteri lain
• Pewarnaan Gram,
Pewarnaan Kinyoun, Ziehl
Nelseen, dll

Picture : Microbiologionline.com
2. Pemeriksaan kultur/biakan bakteri

HARI
I
Pewarnaan Gram
Spesimen

Proses isolasi

HARI
III HARI
II
Uji kepekaan terhadap Pewarnaan Gram
bbg antibiotik Identifikasi bakteri
Konvensional /
automatic / RAPID IDENTIFIKASI BAKTERI,
contoh dengan IDENTIFIKASI JAMUR,
MALDI TOFF
IDENTIFIKASI VIRUS,
Isolasi dan identifikasi

MORFOLOGI
IDENTIFIKASI

Identifikasi
Reaksi biokimia,
Semiautomatik
AUTOMATIC
IDENTIFIKASI BAKTERI DAN JAMUR
4-12 JAM 4-12 JAM < 15 MENIT

Vitek

Mindray TDR 300b

Termasuk uji kepekaan antibiotik Maldi TOF MS

Belum termasuk uji

kepekaan antibiotik
 Keterbatasan dan kelebihan pemeriksaan
biakan/kultur
• Lama/membutuhkan waktu > 2 hari (total 2-7 hari)
• Kompleks /tidious (dan membutuhkan pengalaman /
expert experience)
• Tidak dapat dlakukan rutin terhadap beberapa mikroba
misal virus/parasite dan beberapa bakteri yang sulit
ditumbuhkan (fastidious/ unculturable)
 SLIDE AGGLUTINATION

ELISA
3.IDENTIFIKAS
I SEROLOGI WESTERN BLOT

SOUTHERN BLOT
 Uji serologi

DETEKSI
REAKSI
SPESIFIK
• Deteksi. Antigen , Western
Blot Immunoassays
• Contoh : NS1, Deteksi antigen
streptoccus, Test Widal, IgM igG,
Typhidot
Pemeriksaan Selain Kultur
• Molekular deteksi DNA atau RNA dengan Metode PCR
• Bakteri yang tidak tumbuh in vitro
• Bakteri yang tumbuh lama atau sulit tumbuh
• Virus
• Jamur

• Serologi untuk deteksi Antigen dan/atau Antibodi

akut dan konvalesens

JADE 2019
4. Pemeriksaan molekular / Tes berbasis deteksi asam
nukleat

Dengan/
Asam Nukleat PCR, dll tanpa
hibridisasi

Contoh: Gen xpert™, DNA Flow technology

(Hybrispot™) , CLART™, BIOFIRE™ , dll
New strain / Variant are identified
• Evolutionary ability
• Molecular virology phase
• Genome isolation
• Sequencing
• Biotechnology Information tool: BLAST®, Clustal , Nextstrain,etc
• BLAST®: BASIC LOCAL ALIGNMENT SEARCH TOOL
• Compares one or more nucleotide query sequences to a subject nucleotide sequence or
a database of nucleotide sequences
• To determine the evolutionary relationships among different organisms
• Vary features: Primer-Blast, IgBLAST
BLAST®
DATA BASE OF BETACORONAVIRUS
ARE READY

GAC CCC AAA ATC AGC GAA AT

Molecular Global Database of SARS CoV-2
1. International databases
2.1 The GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data) platform
• The GISAID initiative is dedicated to providing a rapid data-sharing platform that includes a large proportion of
publicly available genomic data on influenza viruses and SARS-CoV-2. GISAID provides data on human-associated
viral genome sequences and some related clinical and epidemiological data, as well as data on animal-associated
viruses. On 10 January 2020, the first SARS-CoV-2 genomes were made publicly available on GenBank and
Virological.org and on GISAID.
• To date (6 February 2021), GISAID has recorded a total of 487 487 SARS-CoV-2 genome sequences from 238
countries and regions, as well as the metadata information corresponding to the sequences.
2.2 The International Nucleotide Sequence Database Collaboration
• The International Nucleotide Sequence Database Collaboration is an initiative between three which since the 1980s
has been providing support for molecular biology and genomics research: the NCBI, EMBL-EBI and DDBJ. Through
the agreement, the individual regional databases exchange released data on a daily basis.
• As a consequence, the three data centres share virtually the same data at any given time. The virtually unified
database is called the International Nucleotide Sequence Database (INSD). The individual organizations have
developed dedicated websites and data repositories specifically for COVID-19.

2. Databases related to SARS CoV-2 in China

1. Prayitno T, Hidayati N. Pengantar Mikrobiologi. 1st ed. Malang: Media Nusa Creative Publishings;
2017.
2. Goering R, Dockrell H, Zuckerman M, Chiodini P. Mims' Medical Microbiology E-Book. 6th ed.
Philadelphia: Elsevier; 2019.
3. Talaro KP, Chess B. Foundations in Microbiology. 9th ed. The McGraw-Hill Companies Inc., 2015.
4. Dingman J, Dingman J. How did we first discover viruses? [Internet]. Sciworthy.com. 2020 [cited 16
August 2020]. Available from: https://sciworthy.com/the-first-virus-discovered/
5. Glass G. Beyond antisepsis: Examining the relevance of the works of Joseph Baron Lister to the
contemporary surgeon-scientist. Indian Journal of Plastic Surgery [Internet]. 2014 [cited 16 August
2020];47(03):407-411. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4292121/
6. E-learning PUSDIK KP [Internet]. Pusdik.kkp.go.id. 2018 [cited 16 August 2020]. Available from:
http://www.pusdik.kkp.go.id/elearning/index.php/modul/read/181218-171843sejarah-c-perkemban
gan-c-mikrobiologi
7. Antony van Leeuwenhoek (1632-1723) [Internet]. Antony van Leeuwenhoek. [cited 2020Aug16].
Available from: https://ucmp.berkeley.edu/history/leeuwenhoek.html
7. Aminov R. I. A Brief History of the Antibiotic Era: Lessons Learned and Challenges for the Future. 2010 [cited
16 August 2020]. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3109405/
8. Riedel S. Edward Jenner and the History of Smallpox and Vaccination. Baylor University Medical Center
Proceedings. 18(1):21-25.Parke EC. Flies from meat and wasps from trees: Reevaluating Francesco Redi’s
spontaneous generation experiments. Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History
and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences. 2014 Mar 1;45:34-42.
9. Maharani VA, Ilhaq NN. Asal Usul Kehidupan Di Bumi. Asal Usul Kehidupan Di Bumi. 2018.
10.Carroll KC, Butel JS, Morse SA, Mietzner TA. Jawetz, Melnick & Adelberg’s Medical Microbiology. 27 th ed. The
McGraw-Hill Companies Inc., 2016.
11.Pappas, G., Kiriaze, I. J., Falagas, M. E. Insights Into Infectious Disease In The Era of Hippocrates. International
Journal of Infectious Diseases (IJID). 2008;12(4), 347-350. Available from:
https://doi.org/10.1016/j.ijid.2007.11.003.

12.Pitt D, Aubin J. Joseph Lister: father of modern surgery [Internet]. 2020 [cited 17 August2020].Availablefrom:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3468637/
• Ucapan terimakasih untuk angkatan 2019

• Slide dimodifikasi dari tugas angkatan 2019

Terimakasih

E.coli streak on EMB agar and S. aureus on MSA