PENDAHULUAN
1.1.Latar Belakang
Mikrobiologi ialah ilmu pengetahuan tentang perikehidupan makhluk-
makhluk kecil yang hanya kelihatan dengan mikroskop ( bahasa yunani: mikros=
kecil. Bios = hidup, logos = kata atau ilmu). Makhluk-makhluk kecil itu disebut
mikroorganisme, mikroba, prostatica atau jasad renik.
Mikroorganisme merupakan suatu makhluk hidup yang tidak dapat
dilihat secara langsung atau dengan kasat mata.Mikroorganisme terbagi atas
beberapa hal yaitu bakteri, virus, candida, dan protozoa. Untuk mengetahui jenis
dan penanganan suatu mikroorganisme tersebut maka terlebih dahulu kita harus
mengetahui bagaimana metode pengambilan sampel pengambilan apusan guna
mendukung pemeriksaan dan penindakan pada saat akan melakukan tindakan.
1.2.Rumusan Masalah
Masalah yang dibahas dalam makalah ini, yaitu :
1. Definisi Mikrobiologi
2. Bagaimana Fase Pertumbuhan Mikroorganisme
3. Apa itu Bakteri, Virus dan Jamur
4. Penyakit Yang Berhubungan dengan Mikroorganisme
5. Fungsi Pemeriksaan Mikrobioloi
6. Klasifikasi Pemeriksaan Mikrobiologi
7. Pemeriksaan Langsung
8. Pemeriksaan Tidak Langsung
1.3.Tujuan
Adapun tujuan pembuatan makalah ini, antara lain:
1. Mengetahui Definisi Mikrobiologi
2. Mengetahui Bagaimana Fase Pertumbuhan Mikroorganisme
3. Mengetahui Apa itu Bakteri, Virus dan Jamur
4. Mengetahui Penyakit yang disebabkan oleh Mikroorganisme
5. Mengetahui Fungsi Pemeriksaan Mikrobioloi
6. Mengetahui Klasifikasi Pemeriksaan Mikrobiologi
7. Mengetahui Pemeriksaan Langsung
2
8. Mengetahui Pemeriksaan Tidak Langsung
3
4
BAB II
PEMERIKSAAN MIKROBIOLOGI
5
yang
pertama kali mengamati mikroorganisme menggunakan mikroskop
sederhana.
Louis Pasteur (1860-an) berhasil membuktikan adanya
mikroorganisme penyebab
kontaminasi dengan percobaan anti-spontaneous generation. Pasteur
memegang
peran utama dalam penemuan dan pengembangan vaksin seperti vaksin
rabies.
Selain itu, ia juga menemukan metode fermentasi dan aseptic technique untuk
menghindari kontaminasi mikroba pada saat operasi.
Termasuk dalam golongan mikroorganisme adalahbakteri (eubactera,
archaebacteria), fungi (yeasts, molds), protozoa, microscopicalgae dan virus
serta beberapa macam cacing (helmints). Ilmu yang
mempelajarimikroorganisme disebut mikrobiologi. Ilmu mikrobiologi
kedokteran mempelajarimikroorganisme sebagai penyebab penyakit infeksi,
cara mendiagnosis,pengobatan, pencegahan dan pengendalian infeksi.
6
Needham itu tidak sempurna. Spallanzani sendiri merebus sepotong daging
sampai berjam-jam lamanya, kemudian air daging tersebut di tutupnya rapat-
rapat di dalam botol. Maka, dengan perbuatan yang demikian itu tidak
diperoleh mikroorganisme baru. Hasil eksperimen Spallanzani ini belum
meyakinkan benar; setengah orang pada waktu itu berpendapat, bahwa tutup
botol yang rapat itu tidak memungkinkan masuknya udara (oksigen) yang
sangat dibutuhkan bagi kehidupan mikroorganisme.
7
demikian banyaknya, sehingga selayak nya lah ia disebut seorang pelopor
mikrobiologi.
a. Bakteri
b. Cendawan atau jamur tingkat rendah
c. Ragi, yang menurut sistematik masuk bangsa jamur juga
d. Ganggang
e. Hewan bersel satu atau protozoa
f. Virus yang hanya Nampak dengan mikroskop electron, dan oleh
karenanya di katakana makhluk ultramikroskopik.
Kalau besar kecilnya bakteri itu diukur dengan micron, maka
pengukuran besar kecilnya virus menggunakan satuan yang disebut
milimikron, disingkat m = 0,001 .
8
Mikroskop electron dapat memperbesar bayangan sampai beberapa
ratus ribu kali. Dengan mikroskop semacam ini orang dapat mengetahui
bentuk morfologi banyak virus. (Dasar-dasar Mikrobiologi : Dwidjoseputro
hal : 1-5)
9
Pemeriksaan secara mikroskopis langsung dari sampel dengan pewarnaan
dengan cara di buat sediian/preparat pada objek glass. Pewarnaan terdiri
dari :
1. Pewarnaan Gram
A. Caranya :
a) Sediaan bakteri difiksasi diatas gelas preparat dan diwarnai
dengankarbol kristal ungu selama 5 menit
b) Zat warna kristal ungu tersebut kemudian cuci bilas
c) Sediaan diwarnai dengan larutan lugol (i2 dan didiamkan
selama 45-60detik
d) Larutan lugol ditiriskan dan sediaan divcuci dengan alkohol
96%selama 15-30 detik atau digoyang goyangkan sampai tidak
ada zatwarna yang mengalir lagi
e) Sediaan dicuci dg air dan diwarnai dengan air fuksin selama 1-
2 menitSediaan dicuci, dikeringkan, dan diperiksa dibawah
mikroskop
B. Prinsip
a) Ungu kristal mewarnai semua bakteri menjadi ungu tua
b) Lalrutan iodium menahan zat warna violet secara lebih kuat
atau lemah tergantung jenis bakterinya
c) Etanol 95% memudarkan warna bakteri ketika ungu kristal
tidak terikat kuat oleh larutan iodium dan memudarkan warna
bakteri ketika ungu kristal tidak terikat kuat oleh larutan
iodium
d) Larutan fuksin karbol , merah netral atau safranin (berwarna
pink) . Mewarnai ulang (pink) bakteri yang warnanya
dipudarkan oleh etanol. Tidak berpengaruh terhadap bakteri
yang tetap berwarna ungu tua (tidak dipudarkan oleh etanol)
10
b) Rak kaca objek
c) Ungu kristal, modifikasi hucker (reagen no 18)
d) Larutan iodin lugol 0,1 % (reagen no 36)
e) Larutan pemudar warna aseton-etanol
f) Larutan fuksin karbol untuk pewarnaan ziehl-neelsen
(Diencerkan 10 kali dengan etanol) larutan merah netral 0,1 %
(reagen nomor 40) atau larutan sefranin(reagen no 47)
D. Sumber kesalahan identifikasi
1. Reaksi positif gram palsu dapat terjadi karena :
a) Apusan difiksasi sebelum benar benar kering
b) Apusan terlalu tebal
c) Terdapat endapan dibotol berisi ungu kristal (Saring
dulusebelum pakai)
d) Larutan iodin tidak terbilas sempurna sewaktupewarnaan
e) Larutan iodin kurang lama dicelupkan ke dalamaseton-
etanol
f) Larutan fuksin karbol yang dipakai terlalu pekat
2. Reaksi negatif gram palsu dapat terjadi karena :
a) Preparat kulang lama diwarnai dengan larutan iodin
b) Preparat terlalu lama dicelupkan ke dalam aseton-
etanolatau larutan ini tidak terbilas sempurna
sewaktupewarnaan
11
larutan pewarna albert
Metode
1. Fiksasi apusan
2. Teteskan larutan pewarna albert hingga menutupi keseluruhan
prerparat selama 3-5 menit
3. Bilas dengan air bersih dan taruh kaca objek, dengan posisi tegak,
di dalamrak kaca objek dan biarkan hingga kering
3. Pewarnaan wayson (untuk pendeteksian Yersinia peptis)
Pewarnaan Wayson dipakai untuk mengindentifikasi Yersinia peptis .
Alat dan bahan
Mikroskop
rak kaca objek
metanol 70%
larutan pewarna Wayson
Metode
1. Fiksasi apusan
2. Teteskan larutan pewarna Wayson hingga menutupi keseluruhan apusan
selama 15 detik
3. Bilas dengan air bersih dan taruh prepaparat, dengan posisi tegak, di
dalam rakobjek hingga mengering.
12
biru metilen loeffler
Metode
1. Teteskan kalium permnganat hingga menutupi keseluruhan preparat
selama 10 menit
2. Bilas dengan air bersih dan teteskan biru metilen loeffler hingga
menutupi keseluruhan preparat selam 1 menit.
3. Bilas dengann air bersih dan taruh kaca objek, dengan posisi tegak, di
dalam rak kaca objek hingga kering.
2.6.2. Pemeriksaan Tidak Langsung
1. Kultur atau Biakan
Kultur atau biakan diperlukan metode atau teknik isolasi dan
identifikasi yang berfungsi untuk menumbuhkan dan mengidentifikasi
jenis mikrob penyebab atau etiologi secara in vitro amapun in vivo. Pada
kultur atau biakan juga diperkulan jenis media atau bahan yang digunakan
sebagai substrat untuk pertumbuhan mikrob penyebab ( bakteri, jamur,
protozoa, cacing) sedangkan virus dibutuhkan biakan sel atau jaringan.
Pengamatan hasil berdasarkan morfologi ( warna, tipe, ciri khusus, tepi,
bentuk) koloni atau fisiologis ( reaksi biokimia), uji kepekaan, toksisitas
(Harti, 2012).
13
Clostridium Selective Agar Clastridium sp
Agar Darah Mikrob hemolitik dan non hemolitik
2. Test imunologi
Tes imunologi digunakan berdasarkan prinsip reaksi antigen-
antibodi yang bersifat spesifik. Ada berbagai macam reaksi antigen-
antibodi yaitu: aglutinasi, presipitasi, ELISA, imunokromatografi,
hambatan aglutinasi, fiksasi kompleks, RIA ( Radio Immuno Assay),
imunoelektroforesis dan lain-lain (Harti, 2012).
3. Teknik Biomolekuler/ Genetic
Mikroorganisme yang akan diidentifikasi sulit ditegakkan dalam
media perbenihan, etiologi penyakit infeksi yang tidak dapat ditegakkan.
Teknik identifikasi bakteri berdasarkan profil DNA bakteri semakin
berkembang. Teknik ini dikembangankan untuk mendeteksi bakteri
tertentu secara lebih cepat, khsusnya bakteri yang bersifat pathogen (
Radji, 2009).
Digunakan berdasarkan sifat-sifat molekuler dari gen ( DNA,
RNA), protein atau asam amino dari substansi penyusun dari antigen,
antibody, komponen sel, enzim, toksin, dan lainnya.Teknik biomolekuler
dapat menggunakan cara seperti PCR ( Polymerase Chain Reaction),
sekuensing DNA, elektroforesis protein, imunoblotting, hibridisasi DNA,
DNA microarray, DNA finger printing dan lainnya (Harti, 2012).
a. Sidik jari DNA (DNA Fingerprinting)
14
Contoh dalam mengidentifikasi bakteri Salmonella
thypi.Langkah pertama yang dilakukan adalah mengisolasi DNA genom
dari dua tabung biakan Salmonella thypi yaitu galur Salmonella thypi
standard an galur salah satu enzim endonuclease restriksi yang sama,
misalnya EcoRI. Setelah itu, fragmen DNA hasil pemotongan dengan
EcoRI dielektroforesis pada gel agarosa. Dengan membandingkan profil
fragmen DNA yang terdapat pada gel agarosa sehingga dapat
menyimpulkan apakah kedua bakteri tersebut memilki persamaan atau
perbedaan genetic, yaitu melalui profil sidik jari DNA kedua bakteri
yang diuj ( Radji, 2009).
15
4. Uji biokimia
Uji biokimia dapat digunakan untuk identifikasi mikrob secara
fisiologi berdasarkan reaksi biokimia.Macam atau jenis biokimia
dipengaruhi oleh factor mikrob atau sifar mikrob, jenis media, dan factor
lingkungan (Harti, 2012).
Identifikasi bakteri dengan uji biokimia dilakukan untuk
mendeteksi spesies bakteri golongan enteric, suatu kelompok bakteri yang
sangat heterogen yang terdapat dalam saluran pencernaan manusia dan
hewan.Bakteri bersifat pathogen dan dapat menyebabkan diare. Semua
bakteri yang termasuk dalam family Enterobacteriaceae bersifat oksidasi
negative, antara lain genus Escherichia, Enterobacter, Shigella,
Citrobacter dan Salmonella. Escherichia, Enterobacter danCitrobacter
dapat menfermentasi laktosa dan memproduksi asam dan gas sehingga
dapat dibedakan dari Shigella dan Salmonella yang tidak dapat
menfermentasi laktosa ( Radji, 2009).
Macam-macam uji biokimia yang umum digunakan untuk
identifikasi bakteri yaitu (Harti, 2012):
a. Uji MR ( Metil Red)
Tujuan uji MR adalah untuk mengetahui ternetuknya asam hasil
fermentasi karbohidrat. Reaksi biokimia pada uji MR berupa bakteri
tertentu dapat menfermentasi karbohidrat ( glukosa) mengasilkan asam (
pada family enterobacteriaceae melalui jalur asam campur). Adamnya
asam akan menyebabkan pH media dari 7 menjadi 4,4 sehingga
terbentuknya asam dapat diketahui dari warna indicator merah metil (
trayek pH 4,2-6,3) yaitu terentuk warna merah yang menunjukan hasil
positif sedangkan jika terbentuk warna kuining menandakan hasil uji
negative. Cara pengujian uji MR sebagai berikut:
Media MR cair diinokulasi dengan bakteri uji lalu diinkubasi
Media ditambahkan 5 tetes indicator merah metil ( metil red)
b. Uji VP ( Voge Proskauer)
Tujuannya untuk mengetahui terrbentuknya acetosin ( asetil metil
karbinol). Reaksi biokimia yang terjadi dimana bakteri tertentu dapat
16
menfermentasi glukosa menjadi acetoin melalui jalur fermentasi
Butanadiol. Dalam suasana basa beserta penggojogan yang kuat maka
acetoin dan butanadiol akan dioksidasi menjadi diasetil. Diasetil akan
bereaksi dengan alfa naftol ( dalam reagen Barrit) atau keratin ( dalam
reagen Omeara) yang memberikan warna merah jika positif dan
terbentuk warna kuning jika negative. Cara pengujian VP sebagai berikut:
Media VP cai diinokulasi dengan bakteri uji lalu diinkubasi
Media ditambahkan 5 tetes KOH 40% lalu dikocok kuat dan
ditambahkan 5 tetes reagen Barrit atau reagen O meara.
c. Uji PAD ( Phenilalanine Deaminase)
Tujuan uji PAD untuk mengetahui adanya deaminasi fenilalanin.
Reaksi biokimia uji PAD berupa bakteri tertentu ( contohProteus
mirabilis) dapat melakukan deaminasi fenilalanin menjadi fenil piruvat
yang akan berekasi dengan FeCl3 sehingga terbentuk warna hijau semi
permanen jika positif dan terbentuk warna kuning jika negatife. Cara
pengujian uji PDA sebagai berikut:
Media PAD cair diinokulasi dengan bakteri uji lalu diinkubasi
Media ditambahkan HCl 0,1 N sampai tepat warna kuning lalu
ditambahkan reagen FeCl3 10%.
d. Uji Citrat
Tujuan untuk mengetahui apakah bakteri dapat menggunakan citra
sebagai sumber Carbon tunggal. Reaksi biokimia berupa jika bakteri
dapat menggunakan Natrium sitrat sebagai sumber carbon tunggal
makan akan dibebaskan ion Hidroksida yang bersifat basa. Dalam
media citrate mengandung indicator BTB ( Bromo Thymol Blue)
dengan trayek pH (6,0-7,6) sehingga dalam suasan basa maka media
berubah yang semula berwarna hijau menjadi warna biru jika positif.
Cara pengujian citrate sebagai berikut:
Media citrate ( slant agar) diinokulasi secara gores dan tusukan lalun
diinkubasi
e. Uji UREA
17
Tujuan untuk mengetahui adanya enzim urease yang dihasilkan
mikrob. Reaksi biokimia uji UREA berupa bakteri tertentu ( Proteus
mirabilis ) dapat menghasilkan enzim urease yang akan menghidrolisis
urea menjadi CO2 dan NH3. Akumulasi NH3 menyebabkan suasana
basa, sehingga media yang mengandung indicator phenol red akan
berubah yang semula kuning menjadi merah jika positif. Cara
pengujian Urea sebagai berikut:
Media Urea agar ( agar tegak) diinokulasi secara tusukan dengan
bakteri uji lalu diinkubasi
f. Uji Sulfida, Asam dan Gas
Tujuan untuk mengetahui terbentuknya sulfide, asam dan gas.
Reaksi biokimia berupa sulfide (H2S) atau terjadi reaksi antara ion S2-
dan ion Fe3+ maka terbentuk Fe2S3( endapan hitam). Sedangkan uji
asam, maka bakteri dapat menfermentasi glukosa dan laktosa dalam
media menjadi asam. Dalam media KIA mengandung indicator phenol
red ( merah phenol) dengan trayek pH ( 6,8-8,4) sehingga dalam
suasana asam maka media akan berubah yang semulanya berwarna
orange menjadi kuning.
Hasil pada uji sulfoida akan terbentuk warna atau endapan hitam
jika positif sedangkan pada uji asam jika positif maka media berwarna
kuning ( A= asam) pada lereng atau dasar media. Dan negative jika
media berwarna merah ( K=alkali) pada lereng atau dasar media. Cara
pengujian sebagai berikut:
Media KIA ( Kligers Iron Agar ) slant agar diinokulasi secara gores
dan tusukan lalu inkubasi.
g. Uji Sulfida, Indol dan Motilitas
Tujuan untuk mengetahui terbentuknya sulfide, indol, dan
mortilitas. Reaksi biokimia yaitu sulfide (H2S) atau terjadi reaksi antara
ion S2- dan ion Fe3+ maka terbentuk Fe2S3( endapan hitam). Sedangkan
indol maka triptopan dalam media dengan H2S dan enzim + reagen
Kovans ( Erlich) membentuk para dimetil aminobenzaldehide yang
berwarna merah.
18
Hasil pada sulfide akan terbentuk warna atau endapan hitam jika
positif dan tidak terbentuk warna hitam jika negative. Pada indol
ditambahkan 5 tetes reagen Erlich A dan 5 tetes reagen Erlich B maka
uji positif jika terbentuk warna merah dan uji negative jika tidak
terbentuk warna merah. Sedangkan hasil uji motilitas, positif terjadi
pertumbuhan koloni merata pada media dan negative hanya ada pada
pertumbuhan koloni di bekas tusukan. Cara pengujian diantaranya:
Media SIM (Sulfida Indol Motilitas) agar tegak diinokulasi secara
tusukan lalu inkubasi.
h. Uji deaminasi dan Dekarboksilasi Lisin
Tujuan untuk mengetahui terbentuknya sulfide, deaminasi atau
dekarboksilasin lisin.Reaksi biokimia jika mikrob mereduksi Natrium
tiosulfat dalam media maka terbentuk H2S yang akan bereaksi dengan
ion Fe2+ maka akan terbentuk FeS ( endapan hitam). Pada deaminasi
lisin terjadi dimana bakteri tertentu dapat melakukan deaminasi lisin
menghasilkan asam amino kaproat sebagai asam karboksilat yang akan
bereaksi dengan ion Fe dan adanya pengaruh oksigen akan terbentulk
warna merah coklat. Pada dekarboksilasi lisin terjadi dimana bakteri
tertentu dapat melakukan dekarboksilasi lisin menghasilkan cadaverine
( pentametilene diamine) yang bersifat basa sehingga adanya indicator
BCP ( Bromo Cresol Purple) trayek pH 5.2-6.8 akan berwarna ungu.
Bakteri yang tidak melakukan dekarboksilasi lisin, maka tiak dapat
meningkatkan Ph media sehingga medium berwarna kuning. Pada pH
rendah, pertumbuhan bakteri akan terhambat dan jenis yang dapat
membentuk H2S biasanya tidak mampu menunjukkan adanya H2S
positif.
Hasil sulfide positif jika terbentuk warna atau endapan hitam dan
negative jika tidakk terbentuk warna hitam. Pada deaminasi lisin positif
jika media berwarna merah coklat (R) dan negative jika media
berwarna ungu ( K=alkali). Pada dekaboksilasi lisin positif jika media
berwarna ungu dan negative jika warna media tetap. Cara pengujian
diantarnaya:
19
Media LIA ( Lysine Indol Agar) slant agar diinokulasi secara tusukan
lalu inkubasi.
2.6.3. Perkembangan Pemeriksaan Mikrobiologi Terkini
1. Pemeriksaan berbasis Biosensor
Sejak pertama kali dikembangkan oleh Clark dan Lyons pada tahun 1962
dengan mengimobilisasi enzim glukosa oksidase pada permukaan elektroda untuk
mendeteksi glukosa darah, teknologi biosensor berkembang sangat pesat, salah
satunya biosensor untuk mendeteksi virus. Secara umum virus terdiri dari virion
(10-100 nm), yang mengandung genom DNA atau RNA yang dikemas dalam
suatu kapsid. Asam nukleat virus berfungsi untuk membawa informasi genetik
yang diperlukan saat replikasi virus pada sel inang, sedangkan kapsid berfungsi
untuk melindungi asam nukleat dari nukleasis dan membantu proses penempelan
virus ke sel inang. Virus memerlukan sel inang untuk dapat bereproduksi dan
bertahan hidup, dan sebagian besar virus bersifat patogen bagi manusia.
Pengembangan teknologi biosensor untuk dapat menghasikan biosensor
virus yang efisien, sensitif, mudah dan ekonomis masih terus dilakukan hingga
saat ini. Terdapat beberapa jenis biosensor virus yang telah dikembangkan, antara
lain metode optik seperti Surface Plasmon Resonance (SPR), serat optik,
kuantum dot, elektrokimia seperti amperometri, voltametri, impedansi dan
material nano dengan suatu transduser fisikokimia.
20
umumnya digunakan dalam mendesain suatu biosensor dapat berupa enzim,
organel, jaringan, antibodi, bakteri, jasad renik, dan DNA. Unsur biologi ini
biasanya berada dalam bentuk terimmobilisasi pada suatu transduser.
Immobilisasi sendiri dapat dilakukan dengan berbagai cara baik dengan (1)
adsorpsi fisik, (2) dengan menggunakan membran atau perangkap matriks atau (3)
dengan membuat ikatan kovalen antara biomolekul dengan transduser.
Untuk transduser, yang banyak digunakan dalam suatu biosensor adalah
transduser elektrokimia, optoelektronik, kristal piezoelektronik, field effect
transistor dan temistor. Proses yang terjadi dalam transduser dapat berupa
calorimetric biosensor, potentiometric biosensor, amperometric biosensor, optical
biosensor maupun piezo-electric biosensor. Sinyal yang keluar dari transduser ini
kemudian di proses dalam suatu sistem elektronik misalnya recorder atau
komputer.
21
Biosensor adalah perangkat yang menggunakan organisme hidup atau
molekul biologis, terutama enzim atau antibodi, untuk mendeteksi keberadaan
bahan kimia. Prinsip kerja biosensor adalah berdasarkan immobilisasi komponen
biologi (enzim, bakteri, dan lainlain) pada matriks membran polimer yang
diintegrasikan dengan sinyal transduser pada analit. Komponen biologi berfungsi
sebagai sensor elektroaktif yang berperan pada reaksi setengah sel elektrokimia
sehingga potensial yang ditimbulkan sensitif dan selektif terhadap ion tertentu.
Prinsipnya didasarkan pada afinitas, dimana antibodi digunakan untuk mengikat
virus. Kuantifikasi dengan menggunakan biosensor elektrokimia didasarkan pada
pengukuran perubahan arus, potensial dan impedansi, yang diinduksi oleh reaksi
biokimia yang terjadi antara bioreseptor dengan target analit.
Keuntungan :
1. Memiliki sensitivitas yang tinggi
2. Cocok untuk dikembangkan dalam skala mikro, instrumentasi yang
digunakan sederhana, pengukuran tidak dipengaruhi oleh kekeruhan
sampel, absorbsi atau fluoresensi komponen dalam sampel
3. Dapat digunakan untuk deteksi sampel dengan berbagai jenis pelarut
2.7. Spesimen
22
Pemeriksaan laboratorium meliputi penelitian mikroskopis dari
material segar yang tidak di cat dan yang di cat serta sediaan biakan dengan
kondisi yang sesuai untuk tumbuh nya beraneka ragam organism, termasuk
juga jenis organism yang paling mungkin menjadi penyebab berdasarkan
bukti klinis. Jika suatu mikroorganisme telah di isolasi, maka kemudian di
lakukan identifikasi. Mikroorganisme yang diisolasi bisa diuji untuk
kepekaan terhadap obat-obat antimikroba. Bila pathogen signifikan telah
diisolasi sebelum pengobatan, kelanjutan pemeriksaan laboratorium selama
dan sesudah pengobatan mungkin menjadi lebih baik.
Specimen yang diperoleh dengan benar merupakan salah satu langkah
penting dalam diagnosis suatu infeksi karena hasil tes diagnostic untuk
penyakit infeksi tergantung pada pemilihan, waktu, dan metode pengambilan
specimen. Bakteri yang hidup maupun yang mati, tentang terhadap banyak
zat kimia dan dapat ditemukan pada tempat anatomi yang berbeda dan dalam
cairan tubuh serta jaringan tubuh yang berbeda selama perjalanan penyakit
infeksius. Karena isolasi agen begitu penting dalam perumusan diagnosis,
specimen harus diambil dari tempat yang paling mungkin menghasilkan agen
pada stadium penyakit saat itu dan harus ditangani dengan cara mendorong
pertumbuhan dan ketahanan hidup agen.
Penemuan bakteri dan jamur adalah hal yang paling penting jika agen
diisolasi dari tempat yang secara normal tidak ada mikroorganisme (dalam
keadaan normal adalah daerah steril). Semua jenis mikroorganisme yang di
biakkan dari darah, cairan serebrospinal, cairan sendi atau rongga pleura
merupakan temuan diagnosis yang bermakna. Sebaliknya, banyak bagian dari
tubuh yang memiliki mikroba flora normal yang dapat berubah oleh pengaruh
eksogen maupun endogen. Penemuan pathogen potensial dari saluran
pernapasan, pencernaan, urogenital; dari luka; atau dari kulit harus
dipertimbangkan dalam konteks flora normal pada masing masing tempat
tertentu. Data mikrobilogis harus berkorelasi dengan informasi klinis dengan
tujuan untuk sampai pada interpretasi yang berarti dari hasil yang di dapat.
Beberapa aturan umum yang harus diterapkan pada setiap specimen :
1) Jumlah material harus mencukupi
23
2) Sampel harus mewakili proses infeksi (misalnya sputum, bukan air ludah;
pus dari lesi yang terjadi, bukan dari saluran sinusnya; sweb dari dasar
luka, bukan dari permukaannya).
3) Kontaminasi terhadap spesimen harus dihindari dengan hanya memakai
peralatan steril dan tindakan pencegahan aseptic.
4) Specimen ahrus dibawa ke laboratorium dan diperiksa dengan segera.
Media pembawa khusus bisa membantu.
5) Specimen yang berguna bagi diagnosis infeksi bakteri dan jamur harus
diamankan sebelum pemberian obat-obatan antimikroba. Jika obat-obat
antimikroba diberikan sebelum specimen di ambil untuk pemeriksaan
mikroba terapi obat ahrus dihentikan dan specimen ulang diambil
beberapa hari sesudahnya.
Jenis specimen yang diperiksa, ditentukan oleh gambaran klinis
yang tampak. Jika gejala-gejala atau tanda-tanda mengarah pada
keterlibatan satu system organ, specimen diambil dari sumber tersebut.
Jika tidak ada tanda atau gejala yang terlokalisir, pertama-tama diambil
sampel darah berulang untuk biakan dan kemudian di pertimbangkan
specimen dari tempat lain secara berurutan, sebagian tergantung pada
kemungkinan keterlibatan system organ pada pasien tertentu dan sebagian
lagi berdasarkan pada kemudahan dalam mendapatkan specimen.
A. Darah
Kontaminasi biakan darah dengan flora normal kulit yang paling sering
disebabkan oleh kesalahan dalam prosedur pengambilan darah. Karena itu,
teknik yang benar dalam mengerjakan biakan darah adalah penting.
Aturan-aturan berikut, jika diterapkan secara ketat, memberikan hasil yang
dapat dipercaya:
1. Menggunakan teknik aseptik yang ketat. Menggunakan sarung
tangan; mereka tidak harus steril
2. Pasang turniket dan cari vena yang terfiksasi dengan perabaan.
Lepas turniket bila kulit telah siap
24
3. Siapkan kulit untuk tusukan vena dengan membersihkannya
dengan isopropil alkohol 70-95% atau etanol 70%. Gunakan
sodium tinktur atau suatu preparat iodophor, dimulai pada tempat
tusukan vena dan bersihkan kulit dalam lingkaran konsentris
dengan diameter yang bertambah. Biarkan preparat iodine basah
dikulit selama setidaknya 1 menit. Jangan menyentuh kulit yang
telah siap
4. Pasang kembali turniket, lakukan tusukan vena, dan (untuk orang
dewasa) sedot sekitar 20 ml darah
5. Masukkan darah kedalam botol biakan darh anaerob dan aerob
yang belabel
6. Bawa spesimen ke laboratorium dengan segera, atau tempatkan
dalam suatu inkubator pada suhu 37c
B. Urine
Pemeriksaan bakteriologis urin dilakukan terutama bila tanda-tanda atau
gejala-gejala menunjuk pada infeksi saluran kemih, insufisiensi ginjal,
atau hipertensi. Ini sebaiknya dilakukan pada orang dewasa yang dicurigai
infeksi sistemik atau demam tak tergolongkan. Ini patut dilakukan bagi
wanita dalam kehamilan trimester pertama.
Urin yang diekskresi ginjal adalah steril kecuali bila ginjal terinfeksi. Urin
dalam kantung kemih yang tidak terkontaminasi juga secara normal steril.
25
Tetapi uretra mengandung flora normal, sehingga pancaran urin normal
mengandung bakteri dalam jumlah sedikit. Karena penting untuk
memisahkan organisme kontaminan dari organisme yang penting secara
etiologis, hanya pemeriksaan urin kuantitatif yang dapat memberikan hasil
yang berguna
Langkah-langkah berikut penting dalam pemeriksaan urin yang baik:
a) Pengumpulan spesimen secara benar
Pengumpulan spesimen yang benar merupakan suatu langkah
penting dalam biakan urin:
1. Siapkan 2 cangkir kertas berlapis lilin, masing-masing
dengan5 buntelaan kapas. Dalam 1 cangkir, tempatkan
sekitar 5 ml sabun pencuci piring dan 20-30 ml air keran.
Masukkan air keran dalam jumlah yang sama kedalam
cangkir kedua. Altenatif lain adalah dengan menyiapakn
piring kertas dengan 2 set dari 5 spon kasayang dibasahi
dengan air keran; satu set telah diberi sabun pencuci piring.
Pegang wadah urin disposable bersih yang tidak steril
2. Pisahkan labia dengan 2 jari dan biarkan terbuka selama
proses pembersihan dan pengumpulan. Usap urea uretra
seekali dari depan kebelakang dengan masing-masing dari
5 buntelan kapas atau spon bersabun. Kemudian usap sekali
dari depan kebelakang dengan masing-masing dari 5
buntelan atau spon yang dicelup air keran(buang buntelan
atau spon dalam keranjang sampah karena mereka bisa
memenuhi toilet)
3. Mulai pancarkan urin dan dengan menggunakan cangkir,
kumpulkanspesimen pancaran tengah. Beri label cangkir
dengan benar.
b) Pemeriksaan mikroskopis
Setetes urin segaryang tidak dipusing ditempatkan pada kaca
obyek, ditutupi dengan kaca penutup dan diperiksa dengan
26
intensitas cahaya yang terbatas dibawah lensa obyektif yang sangat
kering dari mikroskopis klinis biasa dapat menampilkan lekosit, sel
epitel, dan bakteri jika terdapat lebih dari 105/ml. Penemuan 105
organisme/ml dalam spesimen urin yang diperiksa dan ditampung
dengan benar merupakan bukti kuat dari infeksi saluran kemih
aktif. Hapusan urin pancaran tengah yang tidak dipusing yang dicat
Gram dan menunjukkan batang Gram bersifat diagnostik untuk
infeksi saluran kemih.
Pemusingan (sentrifugasi) urin secara singkat cepat
mengendapkan sel-sel pus yang mungkin memmbawa bakteri dan
dengan demikian bisa membantu dalam diagnosis mikroskopik
infeksi.
c) Biakan
Supaya bermanfaat, biakan urin haus dilakukan secara kuantitatif.
Urin yang ditampung dengan benar dibiakan dalam jumlah yang
terukur pada media padat, dan koloni yang muncul setelah inkubasi
dihitung untuk menunjukkan jumlah bakteri permL. Prosedur yang
lazim adalah dengan menyebar 0,001-0,05 mL urin yang tidak
diencerkan pada cairan agar darah dan media padat lain untuk
biakan kuantitatif. Semua media diinkubasi semalaman pada suhu
37 C , kerapatan pertumbuhan kemudian dibandingkan dengan
fotografi dari kerapatan pertumbuhan yang berbeda untuk bakteri
sejenis, dan menghasilkan data semi kuantitatif. Pada pielonefritis
aktif, jumlah bakteri dalam urin yang ditampung dengan karet
kateter ureter relatif lebih rendah. Keeetika terkumpul dalam
kandung kemih, bakteri berkembang biak dengan cepat dan segera
mencapai jumlah yang melampaui 105 mL dan jauh lebih banyak
dari pada yang dapat terjadi sebagai hasil kontaminasi oleh flora
uretra atau kulit atau dari udara. Karena itu, diisetujui bahwa bila
lebih dari 105 koloni /mL yang dibiakkan dengan pengumpulan
yang benar dan spesimen urin yang dibiakkan dengan baik, ini
27
menjadi bukti kuat adanya infeksi saluran kemih aktif. Keberadaan
lebih dari 105 bakteri dari jenis yang sama permilimeter dalam dua
spesimen berturut-turut menetapkan diagnosis infeksi saluran
kemih aktif dengan kepastian 965 %. Jika lebih sedikit bakteri
yang tumbuh, diindikasikan pemeriksaan urin ulangan untuk
memastikan keberaadaan infeksi. (jzwetz,,melnick,& adelbergs.
2005. Mikrobiologi kedokteran. Salemba medika. jakarta)
C. Feses
Parasite adalah organisme yang dihidup didalam atau pada organisme lain
dari spesies berbeda. Organisme tempat parasite mengambil makanannya
dinamakan inang atau host. Parasit seperti sengkenit atau tick, yang hidup
pada inangnya dinamakan ektoparasit. Parasite yang hidup didalam
inangnya seperti cacing tambang atau amoeba disebut endoparasit.
a. Pemeriksaan specimen feses untuk parasit
Pengambilan specimen
- Ambil kira-kira 100 gram feses dalam wadah yang bersih dan
kering tanpa pengawet, wadah yang paling coco adalah wadah
yang bertutup ulir.pastikan setiap bahwa setiap cacing dewasa atau
sigmen-sigmennya itu terambil.
28
Pemeriksaan visual
Pelaporan hasil pemeriksaan sampel feses yang ideal meliputi warna,
konsistensi, dan ada-tidaknya eksudat atau darah makroskopik.
1. warna
Warna dapat dilaporkan sebagai
-hitam (darah samar, occult blood)
-Coklat, kuning pucat (lemak)
-putih (iterus okstrutif, obstructive jaundice)
2. Konsistensi
Konsistensidapat dilaporkan sebagai :
- Konsistensi padat (konsistensi feses yang normal)
- Konsestensi lunak
- Konsistensi cair (encer)
Pemeriksaan mikroskopik
Pemeriksaan mikroskopik feses dalam larutan saline atau iodin secara
langsung bermanfaat untuk :
- Mendeteksi trofozoit motil
- Mendeteksi telur dan kista ( yang terdapat dalam jumlah sedang)
- Mendeteksi eritrosit, debris seluler, atau kelebihan lemak.
Mikroskop
29
Kaca objek
Penutup kaca objek
Aplikator kayu atau sengkelit(0,45 mm, kawat campuran nikel-
kromium)
Pensil minyak(grease pencil)
Larutan natrium klorida 0,85% (reagen no.53)
Larutan lugol iodin 0,5% (reagen no.37)
Larutan asam asetat 50 % (reagen no.3), diencerkan 1:1 dengan air
suling
Larutan biru metilen (reagen no.39)
Larutan eosin 2% dalam saline (reagen no.24)
Metode :
1. Buat campuran dari larutan lugol dan larutan asam asetat 1:1
(encerkan sepergi diatas). Encerkan campuran tersebut dengan air
suling sebanyak empat kali volumenya dan aduk hinggak merata.
2. Siapkan sebuah kaca objek kering dan labeli dengan nma atau nomor
pasien.
3. Teteskan :
- Setetes larutan natrium klorida yang dipanaskan sampai 37oC di
tengah bagian setengah kiri kaca objek.
- Setetes larutan iodin-asam asetat ditengah bagian setengah kanan
kaca objek
4. Dengan aplikator atau sengkelit, ambil sedikit (kia-kira diameter 2-3
mm) feses tersebut.
- Bila feses berkonsistensi padat, ambil sediaan dari bagian tengah
sampel dan dari permukaan sampel untuk mendeteksi telur
parasite.
- Bila feses berkonsistensi cair atau mengandung lendir, ambil
sediaan dari lendir di permukaan feses atau dari permukaan cairan
untuk pendeteksian ameba.
30
5. Campurkan sediaan tersebut dengan tetesan natrium klorida diatas
kaca objek tadi.
6. Dengan aplikator atau sengkelit, ambil sediaan kedua dari sampel
feses, seperti di atas dan campurkan dengan tetesan larutan iodin-asam
asetat. Buang aplikator ( atau panaskan sengkelit) sehabis digunakan
7. Taruh penutup kaca objek di atas tiap tetesan tersebut.
8. Periksa preparat dengan mikroskop. Untuk preparat saline, gunakan
objektif x10 dan x40 serta okuler x5. Karena telur dan kista tidak
berwarna, kurangi jumlah cahaya dengan mengatur bukan kondensator
atau menurunkan kondensator untuk mempertajamkan kontras.
Periksa preparat pertama dengan objektif x10, mulai dari bagian sudut
kiri atas. Fokuskan pengamatan pada bagian tepi penutup kaca objek
dengan objektif x10 dan amati keseluruhan preparat di kedua sisi kaca
objek untuk mendeteksi telur dan larva Strongyloides stercoralis.
Selanjutnya, ganti dengan objektif x40 lalu amati kemballi keseluruhan
bagian preparat saline(untuk mendeteksi trofozoit motil) dan preparat
iodin(untuk mendeteksi krista).
9. Larutan lugol iodin-asam asetat menyebabkan trofozoit menjadi non
motil. Nucleus terwarnai dengan jelas, tetapi mungkin sukar untuk
membedakan anatar nucleus-berlobus polimorfik dan nucleus-soliter
besar pada sel mukosa.
10. Bila ditambahkan setetes larutan eosin, seluruh bagaian preparat akan
terwarnai, kecuali protozoa(terutama ameba), protozoa tetap tidak
berwarna sehingga mudah dikenali.
Pengiriman specimen fese untuk pendeteksian parasite
Specimen feses mungkin dikirim ke laboratorium spesialistik untuk
pengidentifikasian parasite yang jarang ditemukan dan sulit dikenali.
Dalma hal ini, suatu bahan pengawet harus ditambahkan ke spesimen
sebelum spesimen tersebut dikirim untuk pemeriksaan. Berbagai bahan
pengawet berikut dapat digunakan :
- Larutan formaldehid 10 % (reagen no.28), untuk spesimen basah
- Larutan lugol iodn 0,5 % (reagen no.37)
31
- Larutan fiksatif polivinil alcohol(PVA) (reagen no.44)
- Larutan fiksatif tiomersal-iodin-formadehid(TIF) (reagen no.58),
untuk spesimen basah
32
BAB III
PENUTUP
Kesimpulan
Ada empat macam fase pertumbuhan mikroorganisme, yaitu fase lag, fase
log, fase stasioner, dan fase kematian.
33
DAFTAR PUSTAKA
Brooks, Geo F., Butel, Janet S., Morse, Stephen A, et al. 2005. Jawetz, Melnicks
Medika.
Djambatan
Radji, Maksum. 2010. Buku Ajar Mikrobiologi Panduan Mahasiswa Farmasi dan
34
LAMPIRAN
35
36