Preface Slide

Departemen Kimia
Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam

Termodinamika dan Kinetika Sistem Biologis

Isolasi dan Analisis in silico Fe-Superoksida Dismutase

pada Sianobakteri Nostoc commune

Kelompok 5:
Nafisah (G4501231010)
Phirena Aulia Erdanta (G4501231018)
Ade Musmia (G4501231025)
Manasye Erlangga (G4501231028)
Nugraha Luhur (G4501231038)
26 Oktober 2023
Artikel Acuan Utama
Pendahuluan
Penyebab
stres oksidatif

Spesies Oksigen
● Hidrogen peroksida Reaktif ● Ion superoksida
● Anion superoksida (ROS) ● Hidrogen peroksida
● Hidroksil ● Radikal hidroksil; dan
● Radikal perhidroksil ● Oksigen singlet

● Tilakoid Faktor
● Mitokondria ● Cekaman abiotik
● Membran (radiasi UV-B)
plasma ● Cekaman biotik
Pendahuluan

Enzim Superoksida Dismutase (SOD) mengkatalisis dismutasi

ion superoksida menjadi hidrogen peroksida dan oksigen.

SOD memiliki beberapa jenis, yaitu:

● Cu/Zn-SOD
● Mn-SOD, dan
● Fe-SOD

Studi in silico menawarkan jalan inovatif untuk penyelidikan

berbasis genomik dan proteomik pada sianobakteri. Oleh sebab itu,
Enzim Superoksida
Dismutase penelitian ini digunakan untuk menjelaskan peran isoform SOD
pada sianobakteri dan memberikan wawasan tentang korelasi
antara keluarga gen antioksidan dan stres oksidatif.
Metode

Preparasi Pemodelan Evaluasi dan

kultur Nostoc homolog Fe- validasi model
commune SOD protein

Analisis native- Analisis Pembuatan

PAGE enzim conserved pohon
SOD domain filogenetik

Analisis native- Penyelarasan Estimasi sifat

PAGE enzim urutan asam biokimia
katalase amino secara in silico
 Hasil dan Pembahasan

Analisis Native-PAGE untuk enzim SOD Analisis Native-PAGE untuk enzim katalase

Terdapat tiga isoform berbeda

diidentifikasi sebagai Fe-SOD

Sianobakteri Nostoc commune memiliki SOD sebagai antioksidan enzimatik sebagai garis pertahanan
pertama melawan stress oksidatif bersama enzim katalase
Hasil dan Pembahasan

Analisis domain yang dilestarikan pada Fe-SOD di N. commune

Kehadiran serupa dari dua domain yang
dilestarikan pada protein templat
SOD_Fe_N SOD_Fe_C menyimpulkan konservasi fungsional pada
protein target yang diteliti.
Penyelarasan urutan asam amino

Penyelarasan beberapa urutan menunjukkan

konservasi tinggi wilayah domain N-terminal dan C-
terminal dalam protein Fe-SOD di N. commune
bersama dengan 27 spesies sianobakteri lainnya.
Hasil dan Pembahasan

Penyelarasan beberapa urutan urutan Fe-SOD menunjukkan konservasi semua

posisi pengikatan logam Fe (His28, His80, Asp162 dan His166) dari Fe-SOD di
N. commune dan menariknya ditemukan 100% dilestarikan di seluruh 28
spesies sianobakteri.
 Hasil dan Pembahasan
Pemodelan homolog Fe-SOD pada
Nostoc commune

Prediksi struktur 3D protein target Fe-SOD di Struktur Fe-SOD yang diimpitkan pada target
N. commune dan template
Hasil dan Pembahasan

Plot Ramachandran dari model

struktur Fe-SOD dari N. commune
menunjukkan 94,9% residu terdapat
di kawasan yang paling disukai dan
5,1% residu terdapat di kawasan
yang diperbolehkan dan tidak adanya
residu di kawasan yang dilarang
Hasil dan Pembahasan

Skor Z dihasilkan oleh ProSA-web untuk model 3D Fe-SOD di N. commune negatif

(−8.36) dan terletak di dalam ruang yang ditempati oleh protein yang terkait dengan
struktur kristal sinar-X. Nilai ini sebanding dengan nilai template yang juga negatif
(−7.69), menunjukkan bahwa model yang diperoleh dapat diandalkan dan mendekati
struktur yang ditentukan secara eksperimental
 Hasil dan Pembahasan

Model prediksi Fe-SOD N. commune berkualitas baik. Secara in silico struktural dan
fungsional Fe-SOD N. commune memberikan korelasi antara enzim antioksidan Fe-
SOD dan stres oksidatif sehubungan dengan domain khusus yang dilestarikan memiliki
informasi yang relevan dengan Fe-SOD yang diisolasi secara eksperimental. titik
isoelektrik dan berat molekul masing-masing sebesar 5,48 dan 22.342,98 Da
Hasil dan Pembahasan

Analisis filogenetik
digunakan untuk
menyimpulkan keterkaitan
evolusi di antara anggota
keluarga protein Fe-SOD di
28 spesies sianobakteri. N.
punctiforme adalah homolog
evolusi terdekat dari Fe-SOD
N. commune di klaster 2
yang juga didukung oleh nilai
bootstrap yang kuat (≥90)

Pohon Filogenetik
Simpulan
1. Analisis native-PAGE menunjukkan bahwa dalam Nostoc commune memiliki
mekanisme antioksidan enzimatik yang dapat menghasilkan Fe-SOD dan enzim
katalase.
2. Analisis native-PAGE menunjukkan adanya isoform tunggal Fe-SOD pada N.
commune menunjukkan bahwa sianobakteri ini memiliki SOD sebagai
antioksidan enzimatik yang dianggap sebagai garis pertahanan pertama
melawan stres oksidatif dari proses ROS berupa radikal yaitu anion superoksida
dan molekul non-radikal seperti hidrogen peroksida diproduksi sebagai hasil dari
metabolisme aerobik (yaitu adanya suhu rendah atau terkena radiasi UV-B).
3. Fe-SOD ini akan bertindak sebagai penginduksi kerusakan oksidatif, SOD
mengubah radikal superoksida menjadi oksigen dan hidrogen peroksida yang
selanjutnya enzim katalase selanjutnya menguraikan hidrogen peroksida ini
menjadi air dan oksigen.
4. Pembuatan ohon filogenetik dan Prediksi sifat biokimia pada analisis in silico
dapat memprediksi struktur 3D Fe-SOD pada sianobakteri Nostoc commune.
TERIMA KASIH

Departemen Kimia - IPB University

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Kampus IPB Dramaga Bogor 16680
Telp: +622518624567
Situs web: chem.ipb.ac.id