UNIVERSITAS PRIMA INDONESIA

(UNPRI)

“BIOKIMIA KLINIK”
Prof. Dr. Ramlan Silaban, M.Si.
Kuliah Pakar (KP)
(KP-1)
Faktor Pewarisan Sifat dan Biokimia Bahan Genetik
(KP-2) KP-1
“Sintesis, Replikasi dan perbaikan DNA”
(KP-3)
“Struktur dan fungsi RNA, sintesis RNA
dan Proses modifikasi RNA”
PROGRAM STUDI MAGISTER SAINS BIOMEDIK
 Mengenal,,,menilik,,,mengenang,,,memahami sifat
dan kedirian manusia dari sisi zat kimia penyusun nya
Prof. Dr. Ramlan Silaban, M.Si.

Referensi :
1. Lehninger, Chapter-8 halaman 273- 305
2. Lehninger, Chapter-26 halaman 995 --
3. Harper, Bagian V, halaman 304 - 415
4. Lainnya
 Apakah ada kaitan antara USIA dengan Bahan Genetik ?

CIRI-CIRI ORANG YANG SUDAH TUA

 Menurut anda :
UPAYA UNTUK TETAP MUDA (jangan tua)
 (KP-1)
“Faktor Pewarisan Sifat dan
Biokimia Bahan Genetik
”
PENGANTAR KULIAH

Mengapa Saudara mengikuti Program

Magister Sain Biomedik ini ???

Ingin menjadi DOSEN dan

atau KLINISI atau PRAKTISI ?

Dimohon respon dari mahasiswa,,,

 Aksi :
Saat perkuliahan ini dimulai, usahakanlah ada satu orang lain
di dekatmu (temanmu), kalau dapat, tuliskan identitasnya :
Nama, jenis kelamin, Usia, sediakan secarik kertas atau Buku
Catatan :
1. Amati lah temanmu itu, lalu tuliskan apa saja sifat-sifatnya
yang dapat kamu amati.
2. Amati lah lagi, lalu tuliskan apa saja karakternya yang dapat
kamu amati
3. Tuliskanlah namamu di kertas itu, lalu foto dan kirim
sekarang ke WA bapak : 08126417912
4. Bagaimanakah “sifat” itu diwariskan,,,,
 (1)
Pengantar :
Faktor Pewarisan SIFAT DAN
KARAKTER
 Sifat dan Karakter

1. Apakah sifat (gen) itu

2. Apakah karakter itu
3. Dapatkah anda medeskripsikan keduanya yang
anda miliki?
4. Apakah sifat dapat diubah
5. Apakah karakter dapat diubah?
6. Hakekat pendidikan adalah “ mengubah karakter

10/29/2020 Prof. Ramlan Silaban 9

 Sifat dan karakter manusia :

1. Ada dalam 2 bentuk : Genotif dan Fenotif

2. Bagaimana fenotif muncul dari genotif
3. Sifat, dapat diwariskan ke keturunan, tetapi
karakter tidak dapat diwariskan
4. Kloning, adalah salahsatu bentuk atau teknik
memperbaharui sifat

10/29/2020 Prof. Ramlan Silaban 10

 REKAYASA GENETIKA
Pemahaman tentang konsep dasar DNA sebagai
pembawa informasi genetik, pada akhirnya melahirkan
sub disiplin ilmu baru dari disiplin ilmu genetika, genetika
molekuler.

Kehadirannya melengkapi sub disiplin yang lainnya

seperti: genetika formal, genetika populasi, genetika
klinik, dan pelayanan konsultasi genetika.

Genetika molekuler berbicara banyak tentang:

DNA sebagai pembawa informasi genetik;
Struktur DNA, replikasi, dan reparasi; Konsep dasar
transkripsi dan translasi; Konsep dasar kode genetik,
gena, dan mutasi; sertaProf.rekayasa
10/29/2020 Ramlan Silaban
genetika. 11
 Struktur dan biokimia
Bahan Genetik
Lechninger;
Chapter 8, halaman 273 --
dan
Chapter-22 halaman 862 –
Bacalah Buku tersebut sesuai pembagian tugas (lebih bagus
jika diskusi) , diberikan waktu 30 menit,,, tuliskanlah
rangkuman atau intisarinya dalam Buku Catatan mu,,,, jika
ada yang mau menjelaskan ke depan,,,silahkan
(1)
“Sintesis, Replikasi dan perbaikan DNA” Akan
(2) dimulai
“Struktur dan fungsi RNA, sintesis RNA” setelah
(3) slide 47
10/29/2020 “ProsesProf.modifikasi
Ramlan Silaban RNA” 12
 What is Biochemistry and Biomolecules ?

• Chemical reaction and its aspect on live

• Synthesing or analysing
• Compose or decompose
• On the cell or out of the cell
• Endergonic or exergonic
• Explain Biomolecules and its aspect
All reaction catalysis by enzyme

29/10/2020 Prof Ramlan Silaban 13

 Kedirian Bahan Genetik

 The property of the living cells explain in two form :

genotive and fenotive
 Nucleic acids is a genotive
 Protein is the fenotive, and expressed from genotive
via tri genetics expression process, those are
replication, transcription and translation
 Protein is the macromolecules, composed by amino
acids
 There are 20s amino acids which able to compose
protein or peptides via peptide bonds

10/29/2020 Prof. Ramlan Silaban 14

What is the Cell and Chromosome ?
• Atom : the smallest unit of the matter
• Cell : the smallest unit of the living organism
• Cell consist some organelles (organella)
• Dalam Inti Sel, ada Kromosom
• Chromosome : adalah Bahan Genetik dimana
terdapat DNA
• Ada 3 jenis bahan genetik : DNA; RNA; Protein

29/10/2020 Prof Ramlan Silaban 15

 Sel sebagai tempat Bahan Genetik

10/29/2020 Prof. Ramlan Silaban 16

 Biokimia Bahan Genetik

DNA :
- Biomolecule
- Genotive
- Composed by nucleotides
(G,A,T,C) PROTEIN :
- Macromolecule
RNA :
- Fenotive
- Macromolecule
- Composed by amino
- Genotive
acids (there are 20s
- Composed by nucleotides amino acids composing
(G,A,U,C) protein)
10/29/2020 Prof. Ramlan Silaban 17
There are 6 reactions composing genetics material in
living cell and catalysed by enzymes
Classification Type of reaction catalyzed

Oxidoreductases Oxidation-reduction reaction

Transferases Transfer of functional groups

Hydrolases Hydrolisis reaction

Lyases Group elimination to form double

bonds
Isomerases Isomerization

Ligases Bond formation coupled with ATP

hydolysis
29/10/2020 Prof Ramlan Silaban 18
 Lingkupan Sain Biomedik ANTIAGING
Pengaruh : internal dan eksternal

BIOKIMIA
Mikrobiologi
BIOKIMIA BIOMEDIK
FISIOLOGI

-
Biomolekul :
Karbohidrat
Proses kimia Farmakologi
- Lemak Aplikasi dalam
-
-
Protein
Asam Nukleat
kehidupan manusia Fisiologi
- Vitamin

Anatomi
 MATERIAL GENETIK DAN PROSES EKSPRESINYA

Urutan Nukleotida : Urutan Asam Amino

G A T C C G T

Interrelation of DNA, RNA and Protein

Informasi Genetik Kode Genetik

DNA RNA PROTEIN

Asam Nukleat
Pengenalan material genetik
Genetic expression :
(central dogma FH Crick
replication
DNA
transcription

RNA

translation

PROTEIN
 Aspek kimia
ASAM
NUKLEAT

DNA RNA
(deoxyribose nucleic acid) (Ribose nucleic acid)
 STRUKTUR NUKLEOTIDA, ASAM NUKLEAT

• Nukleosida : zat atau senyawa material

genetik yang disusun oleh basa nukleat dan
asam gula pentosa (ribosa dan deoksiribosa)
• Nukleotida : adalah senyawa yang disusun
oleh Nukleosida dan asam fosfat
 ASAM NUKLEAT

• Asam nukleat : zat atau senyawa polimer

yang disusun oleh Nukleotida (satuan
monomer)
• Asam Nukleat ada 2 jenis :
• DNA (asam deoksiribosa nukleat,
deoxyribose nucleic acid)
• RNA (asam ribosa nukleat, ribose nucleic
acid)
 BASA
NUKLEAT
BASA BASA
PURIN PIRIMIDIN

Adenin Guanin Timin Urasil

(A) (G) (T) (U)
BASA NUKLEAT
 Molekul Gula pada Nukleotida
Ribosa merupakan molekul
gula pada RNA
2-Deoksiribosa merupakan
molekul gula pada DNA

Perhatikan:
Ikatan gula ribosa dengan basa
nitrogen (pada atom karbon nomor 1).
Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat
(pada atom karbon nomor 5).
Gugus hidroksil pada atom karbon
nomor 2

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

Penamaan Nukleotida:

DEPARTEMEN BIOKIMIA FMIPA IPB

 FUNGSI NUKLEOTIDA
• Penting untuk semua sel
• Komponen cofaktor enzim :
CoA; FAD; NAD; NADP
• Pembawa energi kimia (Energy Carriers): ATP,
ADP, GTP
• Precursor sintesis DNA
• Precursor sintesis RNA
Nukleotida Penyusun DNA

3
Nukleotida Penyusun RNA
 Perangkaian Nukleotida
membentuk asam nukleat

1. Asam nukleat DNA dan RNA merupakan polimer,

dan monomer nya adalah nukleotida
2. Ikatan yang menghubungkan satu monomer
dengan monomer lain nya adalah ikatan fosfoster,
sehingga dalam satu dimer ada dua ikatan
fosfoester, makanya disebut ikatan fosfodiester.
3. Setiap terbentuk satu ikatan fosfoester, dihasilkan
satu molekul air.
4. Dalam pembentukan atau pertumbuhan rantai
polimer, selalu arah 5’ - 3’
 STRUKTUR PRIMER DNA dan RNA

Bagaimana nukleotida-nuleotida
dirangkai atau disusun secara teratur
melalui ikatan fosfodiester

Arah pertumbuhan rantai : 5’ ke 3’

 IKATAN BASA DALAM DNA

• Pasangan basa C-G (merah) dan A-T

(biru) merupakan pasangan isosterik
(bentuk dan ukurannya sama),
•Pengisian ruang antar
sehingga memungkinkan pengisian
lilitan.
ruang antar lilitan yang tidak
dipengaruhi oleh urutan basa
penyusunnya.
 ASAM NUKLEAT 36 pasangan basa
Struktur penopang - biru;
Basa- abu-abu

 Konformasi B – Konformasi
DNA.
 Konformasi A – Konformasi
RNA.
STRUKTUR SEKUNDER DNA dan RNA
PENEMU STRUKTUR DNA

• Franklin memperoleh data

difraksi sinar x (di awal tahun
1950s) yang menunjukkan adanya
2 periodisitas DNA, yakni 3.4 Å
dan 34 Å.
• Watson dan Crick membuat
model 3-D dari data tersebut.
 STRUKTUR DNA
 Terdiri dari dua untai rangkaian
nukleotida yang saling melilit
kekanan dengan aksis yang sama.
 Satu lilitan berukuran 36 Å, atau
tersusun atas 10,5 pasangan basa.
 Struktur utama, yang merupakan
rangkaian deoksiribosa yang
berselang-seling dengan gugus
fosfat, berada di bagian luar lilitan.
 Pasangan basa purin dan pirimidin
dari masing-masing untaian
mengisi bagian dalam lilitan.
 UNTAIAN BENANG DNA
• Pasangan benamg DNA bukan identik tetapi
berpasangan.
• C berpasangan dengan G, sedangkan A
dengan T.
• Kedua benang DNA berpasangan secara
antiparallel.
• Urutan basa ditulis dari ujung yang memiliki
fosfat bebas di atom C no 5' dari gugus
deoksiribosanya ke arah ujung yang memiliki
hidroksil bebas di atom C no 3' dari gugus
deoksiribosanya.
• Struktur ini sangat sesuai untuk
penyimpanan dan transfer informasi!
DNA :
- The chromosomal
substances contain
genes;and linier form
- The extrachromosomal
substances namely
plasmid, did not contain
genes, circular form,
smallest
 KROMOSOM
Ekstrakromosom

DNA
(sirkuler)
atau
plasmid DNA (linier)

GEN-GEN Ada berapa banyakkah

sifat manusia ?

Gen struktur p o
i

Gen Pengendali
Coba saudara jelaskan fungsi setiap gen
 • M1 RNA yang
panjangnya 337
nukleotida sebagai
bagian dari enzim RNase RNA berukuran
P (memproses tRNA)
yang dimiliki oleh E. coli besar membentuk
memiliki banyak struktur
hairpin loops struktur kompleks
• Rangkaian RNA acakpun
dapat membentuk
struktur (60-70%)

G-U pairs

Pasangan G-U juga

ditemukan, karena
secara termodinamika
dimungkinkan.
Beberapa bagian lain dapat berpasangan
sehingga membentuk lipatan tersier.
 RNA MEMBENTUK STRUKTUR TERSIER

RNA untai tRNAPhe dari khamir

tunggal (1TRA)
dalam
heliks
memilin
ke kanan
Bentuk kepala palu dari
Hijau = ribozim (1MME)
Struktur
utama

Intron T. thermophila,
Suatu ribozim (enzim dari
RNA) (1GRZ)
 ANNEALING: HIBRIDISASI
 Percobaan: DNA manusia dan lalat yang
mengalami denaturasi total.
 Cuplikan DNA terdenaturasi dicampur dan
dibiarkan pada suhu ~ 65 ˚C selama beberapa
jam
 Dalam kondisi ini basa-basa yang berpasangan
akan mengalami annealing.
 Sebagian besar DNA lalat akan anneal dengan
DNA lalat; sedangkan DNA manusia akan anneal
dengan DNA manusia
 Beberapa potongan DNA lalat akan anneal
dengan potongan DNA manusia membentuk
hybrid duplexes.
 Hal ini menunjukkan adanya bagian yang sama
antara DNA manusia dan lalat sebagai bukti Bagaimana jika DNA
adanya kesamaan nenek moyang. manusia dan simpanse?
 Tugas Critical Book-1(CB-1)
Lechninger;
Chapter 8, halaman 273 --
dan
Chapter-22 halaman 862 –
Sebelum pertemuan kuliah Luring/Daring, Bacalah Buku
tersebut ,,, tuliskanlah rangkuman atau intisarinya dalam
Buku Catatan mu antara 3-5 halaman, dan soal no 2 dan 4
halaman 303, kirim ke email Bpk :
drrsilabanmsi@yahoo.co.id,,,,diberi selambatnya 2 minggu
setelah pertemuan ini,juga kesempatan untuk menjelaskan/
presentasi saat pertemuan kuliah

10/29/2020 Prof. Ramlan Silaban 46

Sekian dan Terima Kasih