Enzimrffik*fiii '
Peter J. Kennelly, PhD & Viclor W. Rodwell, PhD
PERAN BIOMEDIS
Enzim adalah polimer biologis yang mengatalisis reaksi
kimia yang memungkinkan berlangsungnya kehidupan
seperti yang kita kenal. Keberadaan dan pemeliharaan
rangkaian enzim yang lengkap dan seimbang merupakan
hal yang esensial untuk menguraikan nutrien menjadi
energi dan chemical building block (bahan dasar kimiawi);
menyusun bahan-bahan dasar tersebut menjadi protein.
DNA, membran, sel, dan jaringan; serra memanfaatkan
energi untuk melakukan motilitas sel, fungsi saraf, dan
kontraksi otot. Dengan pengecualian molekul RNA katalitik
atau ribozim, enzim adalah protein. Kekurangan jumlah atau
aktivitas katalidk enzim-enzim kunci dapat terjadi akibat
kelainan genetik, kekurangan gizi, atau toksin. Defek enzim
dapat disebabkan oleh mutasi genetik atau infeksi oleh
virus atau bakteri patogen (misalnya Vibrio cholerae). Para
ilmuwan kedokteran mengatasi ketidakseimbangan aktivitas
enzim dengan menggunakan bahan farmakologis untuk
menghambat enzim-enzim tertentu dan sedang meneliti
terapi gen sebagai cara untuk mengobati defisiensi jumlah
atau Fungsi enzim.
ENZIM ADATAH KATATIS
YANG EFEKTIF & SANGAT SPESIFIK
Enzim yang mengatalisis perubahan satu atau lebih senyawa
(substrat) menjadi satu atau lebih senyawa lain (produk)
meningkatkan laju reaksi setidaknya 106 kali dibandingkan
jika tidak dikatalisis. Seperti semua katalis lain, enzim
tidak berubah secara permanen atau dikonsumsi sebagai
konsekuensi dari keikutsertaannya dalam reaksi yang
bersangkutan.
Selain sangat efisien, enzim juga merupakan katalis
yang sangat selektifl Tidak seperti kebanyakan katalis yang
digunakan dalam bidang kimia sintetik, enzim bersifat
spesifik baik bagi tipe reaksi yang dikatalisis maupun substrat
atau substrat-substrat yang berhubungan erat. Enzim juga
merupakan katalis stereospesifik dan biasanya mengatalisis
reaksi dari hanya satu stereoisomer suatu senyawa, misalnya,
D-gula, tetapi bukan L-gula, asam L-amino, tetapi bukan
53
asam D-amino. Karena berikatan dengan substrat melalui
sedikitnya "tiga titik perlekatan", enzim bahkan dapat
mengubah sub xrat nonc h iral menjadi prod tk c h iral. Gambar
7-1 melukiskan mengapa redulai substrat piruvat nonchiral
yang dikatalisis oleh enzim menghasilkan L-laktat dan bukan
campuran rasemik Dlaktat dan L-laktat. Spesifisitas enzim
yang sangat tinggi memberi sel hidup kemampuan untuk
secara bersamaan melaksanakan dan secara independen
mengontrol beragam proses kimiawi.
ENZIM DIKLASIFIKASIKAN
BERDASARKAN TIPE REAKSI
Nama-nama yang paling sering digunakan untuk kebanyakan
enzim menjelaskan tipe reaksi yang dikatalisis, diikuti oleh
akhiran -ase. Contohnya, dehidrogenase mengeluarkan
atom-atom hidrogen, protease menghidrolisis protein,
dan isomerasr mengatalisis tata-ulang dalam konfigurasi.
Pemodifikasi dapat teletak di depan atau di belakang nama
enzim untuk menjelaskan substrat enzim (xantin olaidase),
sumber enzim (ribonuklease panhreas), pengaturannya
(lipase peka-hormon), atau suatu gambaran dari mekanisme
kerjanya (protease sistein). Jika diperlukan, ditambahkan
penanda alfanumerik untuk menunjukkan berbagai bentuk
suatu enzim (misalnya RNA polimerase III; protein kinase
cp).
Untuk menghilangkan ambiguitas, International Union
of Biochemists (IUB) menciptakan suatu sistem terpadu
tatanama enzim yaitu setiap enzim memiliki nama dan
kode khusus yang menunjukkan tipe reaksi yang dikatalisis
dan .substrat yang terlibat. Enzim dikelompokkan ke dalam
enam kelas:
1. Oksidoreduktase (mengatalisis oksidasi dan re-
duksi)
2. Transferase (mengatalisis pemindahan gugus seperti
gugus glikosil, metil, atau fosforil)
3. Hidrolase (mengatalisis pemutusan hidrolitilz
C-C, C-O, C-N, dan ikatan lain)
4. Liase, mengatalisis pemutusan C-C, C-O,
C-N, dan ikatan lain dengan eliminasi atom yang
menghasilkan ikatan rangkap
54 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
v /-\
g( )
V sepertiga dari semua enzim mengandung ion-ion logam yang
,:
Bagian enzim Substral
Gambar 7-1. Representasi planar dari "perlekatan tiga-titik" suatu
substrat ke bagian (tempat) aktif sebuah enzim. Meskipun atom
dan 4 identik, namun jika atom 2 dan 3 telah melekat ke bagian
-l
komplementernya di enzim, hanya atom yang dapat terikat. Karena
itu, jika telah berikatan dengan enzim, atom-atom yang tampak
serupa dapat dibedakan, dan hal ini memungkinkan perubahan
kimiawi stereospesifik.
5. Isomerase (mengatalisis perubahan geometrik atau
struktural di dalam satu molekul)
6. Ligase (mengatalisis penyatuan dua molekul yang
dikaitkan dengan hidrolisis AIP).
Meskipun sistem IUB ini jelas, namun nama-nama
enzim menjadi panjang dan relatif tidak praktis sehingga
kita biasanya tetap menamai enzim berdasarkan nama
tradisionalnya meskipun kadang-kadang nama itu
'menyesatkan. Nama IUB untuk heksokinase melukiskan
kejelasan sekaligus kompleksitas sistem IUB. Nama IUB
untuk heksokinase adalah AIP:D-heksosa 6-fosfotransferase
E.C.2.7.1.1. Nama ini menunjukkan heksokinase sebagai
anggota dari kelas 2 (transferase), subkelas 7 (pemindahan
satu gugus fosforil), sub-subkelas I (alkohol adalah alaeptor
fosforil), dan "heksosa-6" menunjukkan bahwa alkohol yang
terfosforilasi berada di karbon enam heksosa. Namun, kita
terus menyebutnya sebagai heksokinase.
GUGUS PROSTETIK, KOFAKTOR.
& KOENZIM BERPERAN PENTING
DATAM KATATISIS
Banyak enzim mengandung berbagai molekul nonprotein
kecil dan ion logam yang ikut serta secara langsung
dalam katalisis atau pengikatan substrat. Molekul/ion ini,
yang disebut gugus prostetik, kofaktor, dan koenzim,
memperluas ragam kemampuan katalisis melebihi yang
dimungkinkan oleh gugus fungsional (yang jumlahnya
terbatas) di rantai samping aminoasil peptida.
Gugus Prostetik Terintegrosi Erot ke dolom
Struktur Enzim
Gugus prostetik dibedakan berdasarkan integrasinya yang
kuat dan stabil ke dalam struktur protein melalui Saya-gaya
kovalen atau,nonkovalen. Contoh-contohnya antara lain
adalah piridoksal fosfat, flavin mononukleotida (FMN)'
flavin adenin dinukleotida (FAD), tiamin pirofosfat,
biotin, dan ion logam Co, Cu, Mg, Mn, dan Zn. Logam
adalah gugus prostetik yang paling sering di.fumpai. Sekitar
terikat erat dan disebut metaloenzim. Ion-ion logam yang
ikut serta dalam reaksi redoks umumnya berikatan dengan
gugus prostetik, misalnya heme (Bab 6) atau kelompok besi-
sulfur (Bab 12).Logamjuga mempermudah pengikatan dan
orientasi substrat, pembentukan ikatan kovalen dengan zat-
1
zat antara reaksi (Co2- pada koenzim B,r), atau berinteraksi
dengan substrat untuk menyebabkannya lebih elektrofilik
(kekurangan elektron) atau nukleofilik (kaya elektron).
Kofoktor Berikqlon Secoro Reversibel
dengon Enzim ofou Substrot
Kofaktor memiliki fungsi serupa dengan gugus Prostetik
tetapi berikatan secara transien dan mudah terlepas dengan
enzim atau subsuat, misalnya ATP. Tidak seperti gugus
prostetik yang terikat secaia stabil, kofaktor harus terdapat
dalam medium di sekitar enzim agar katalisis dapat terjadi.
Kofaktor yang paling umum adalah ion logam. Enzim
yang memerlukan kofaktor ion logam disebut enzim yang
diaktifkan oleh logam (meul-actiaated enzjrmes) :untuk
membedakannya dafi metaloenzim dengan ion logam
berfungsi sebagai gugus prostetik.
Koenzim Berfungsi Sebogoi Pengongkut
Substrqt
Koenzim berfungsi sebagai pengangkut-atau bahan pe-
mindah gugus-yang dapat didaur-ulang dan memindah-
kan banyak substrat dari tempat pembentukannya ke tempat
pemakaiannya. Ikatan dengan koenzim juga menstabilkan
substrat, seperti atom hidrogen atau ion hidrida yang ddak
stabil dalam lingkungan cair sel. Gugus kimia lain yang di-
angkut oleh koenzim antara lain adalah gugus metil (folat),
gugus asil (koenzim A), dan oligosakarida (dolikol).
Bonyok Koenzim, Kofoktor, & Gugus
Prcstetik odqlqh Turunon Vitomin B
Vitamin B larut-air merupakan komponen penting berbagai
koenzim. Selain vitamin B, beberapa koenzim mengandung
gugus adenin, ribosa, dan fosforil AMP atau ADP (Gbr'
7-2). Nikotinamid adalah komponen koenzim redoks
NAD dan NADB sementara riboflavin adalah komponen
koenzim redoks FMN dan FAD. Asam pantotenat adalah
komponen dari koenzim A pengangkut gugus asil. Sebagai
pirofosfatnya, tiamin ikut serta dalam dekarboksilasi asam
 BAB Z; ENZIM:MEKANISME KEUA / 55

ENZIM MENGGUNAKAN BANYAK

MEKANISME UNTUK MEMPERMUDAH
KATALISIS

Enzim menggunakan berbagai kombinasi dari empat

---cH-
tl mekanisme umum unruk mempercepar laju reaksi kimia.
|

k"j
HHH
Kotqlisis kqrenq Kedekoton
Agar dapat bereaksi, molekul-molekul harus berada dalam
HO OH
O:P*O*

j#i
jarakyang cukup dekat untuk membentuk ikatan saru sama
lain. Semakin tinggi konsentrasinya, akan semakin sering
molekul-molekul itu bertemu saru sama lain dan semakin
besar laju reaksinya. Ketika mengikat molekul substrat di
bagian aktifnya, enzim rnenciptakan suaru regio dengan
konsentrasi substrat lokal yang tinggi. Lingkungan ini juga

o:l-o-?*, secara spasial mengatur arah molekui-molekul substrat

sehingga diperoleh posisi ideal untuk berinteraksi. Hal
o- l..l I
tersebut menyebabkan laju reaksi meningkat sedikitnya

r")
H_H
seribu kali lipat.

HO
'ffi.
Gambar 7-2. Struktur NAD. dan NADP*.
UntukNADP-,R=PO,,.
o-keto dan koenzim asam folat dan kobamid berfungsi
dalam metabolisme satu-karbon.
KATATISIS TERJADI DI BAGIAN AKTIF
Kotolisis Asom-Bosq
Gugus-gugus fungsional yang dapat terionisasi pada rantai
UntukNAD.,R=H. samping aminoasil dan (jika ada) pada gugus prosrerik
berperan dalam katalisis dengan berfungsi sebagai asam atau
basa. Katalisis asam-basa dapat bersifat spesifik arau umum.
"Spesifik' dalam hal ini diartikan hanya proton (HrO-) atau
ion OH-. Pada katalisis asarn spesifik atau basa spesifik"
laju reaksi peka terhadap perubahan dalam konsentrasi
proton, tetapi tidak bergantung pada konsentrasi asam lain

Spesifisitas substrat yang ekstrem dan efisiensi katalitik

Arg 145
enzimyang tinggi mencerminkan adanya lingkungan yang
dirancang sedemikian cermar hanya untuk satu reaksi
*'*
tertentu. Lingkungan ini yang disebut bagian/tempat aktif oH NH:/-.4.*-NH'
(actiue s//), umumnya berbentuk celah atau kantung. I
./"\
l- ll oe| ..H- /;-
i

Bagian aktif pada enzim multimerik sering terletak pada

pertemuan anura subunit-subunit dan merekrut residu-
residu dari lebih satu monomer. Bagian aktif tiga-dimensi /N
H \.,2
t /.v=o'" )p
I H-9-C,. 4\:
ini melindungi substrat dari pelarut dan mempermudah ll[\l\.r) i
tl'-^i' "
'N-H''
I
Tyr248

katalisis. Substrat mengikat bagian aktifdi regio yang bersifat His 196 '"'......
'-'znr''"
-or-G\CH
komplementer dengan bagian substra t yang ti d/1 k mengalami I'
perubahan kimiawi sewakru reaksi berlangsung. Pengikaran o\ ...,.
ini secara simultan menyatukan bagian-bagian substrat yang C'.o: His 69
\vrq
ahan mengalami perubahan dengan gugus-gugus fungsional llr\\
ctu72 [ /
residu peptidil aminoasil. Bagian aktif juga mengikat dan
I
mengarahkan kofaktor atau gugus prosrerik. Banyak residu H

amino asil yang diperoleh dari berbagai bagian rantai

polipeptida (Gambar 7-3) lkut serra menentul<an karakter
Gambar 7-3. Cambaran dua-dimensi sebuah substrat dipeptida,
tiga dimensi dan ukuran yang besar pada bagian aktif. glisil{irosin yang terikat'di dalam bagian aktif karboksipeptidase A.
56 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM

Ala NH. olt KG CH.NH.

/
CHO Glu
/c{o +E /cH f rE-Cl-l,NH- '+E , , E-cHo
E*cHo..LE \\
Pyr KG Glu

kompleks
Gambar 7-4.Mekanisme "ping-pong" untuk transaminasi. E-CHO dan E-CHTNH'
masing-masinS
Tewakll]
(Ala, alanin; Pyr, piruvat; KC, cx,-ketoglutarat; Clu, Slutamat )
enzim-piridoksal fosfat dan
"nii.-piridoksamin.

(donor proton) atau basa (akseptor proton) yang terdapat
di dalam larutan atau di bagian aktif. Reaksi yang lajunya
responsifterh adap semua asam atau basa yang ada dikatakan
dapat mengalami katalisis basa umum atau asam umum'
Kqtqlisis dengon "Poksoqn"
Enzim yang mengatalisis reaksi lisis yang menyebabkan
putusnya ikatan kovalen biasanya mengikat substratnya
d"l"- suatu konformasi yang agak sedikit
menguntungkan bagi ikatan yang akan putus tersebut'
Konformasi yang terjadi akan meregangkan atau mendistorsi
ikatan sasaran, melemahkannya, dan menyebabkannya lebih
rentan terputus.
dengan perubahan-Perubahan dinamik yang menyertai
k"t"'iirir. Kekurangan ini diatasi oleh Daniel Koshland
yang mengajukan model induced rtt' y^ng menyatakan
bahwa ketika mendekati dan berikatan dengan enzim,
substrat menginduksi perubahan konformasi pada enzim'
yaitu perubahan yang analog dengan memasukkan tangan
irr'rbrti"t) ke dalam sarung tangan (enzim) (Gambar 7-5)'
Akibat wajarnya adalah bahwa enzim memicu perubahan
timbal-balik pada substrat dengan memanfaatkan energi
kurang ikatan untuk memfasilitasi transformasi substrat menjadi
oleh
produk. Model induced ft ini rclah banyak dibuktikan
studi-studi biofisik pergerakan enzim sewaktu mengikat
substrat.

PROTEASE HIV MENGGAMBARKAN

Kcrrqlisis Kovqlen
KATALISIS ASAM.BASA
Proses katalisis kovalen melibatkan pembentukan suatu
ikatan kovalen antara enzim dan satu atau lebih substrat' Enzim pada famili aspartat Protease yang mencakup
enzim pencernaan pepsin, katepsin lisosom, dan protease
Enzim yang telah mengalami modifikasi tersebut kemudian
menjadi suatu reaktan. Katalisis kovalen memasukkan
suatu jalur reaksi baru dengan energi aktivasi yang lebih
fN'7
M
rendah-dan karena itu lebih cepat-daripada jalur realai \/
dalam larutan homogen. Namun, modifikasi kimiawi pada
enzim bersifat transien. Setelah reaksi selesai, enzim kembali
ke keadaannya sebelurn termodifikasi. Jadi, peran enzim
tersebut tetap katalitik. Katalisis kovalen sering terjadi
pada enzim-enzim yang mengatalisis reaksi pemindahan I
gugus. Residu di enzim yang ikut serta dalam katalisis
Lo,od..r umumnya adalah sistein atau serin dan kadang-
kadang histidin. Katalisis kovalen sering mengikuti suatu
"ping-pong", yaitu mekanisme dengan substrat
^.k"rrir*.
pertama yang terikat dan produknya dibebaskan sebelum
substrat keduanya terikat (Gamb ar 7 -4) '

SUBSTRAT MENGINDUKSI PERUBAHAN

KONFORMASI PADA ENZIM
Pada akhir abad ke-19, Emil Fischer mengibaratkan ikatan
yang sangat spesifik antara enzim dan substratnya sebagai
kunci dan anak kuncinya. Meskipun perumPamaan
Gambar 7-5. Cambaran dua-dimensi model induced tt Koshland
untuk bagian aktif sebuah iase. Pengi katan substrat.A-B menginduksi
I

"kunci dan anak kuncinya' dapat menjelaskan spesifisitas perubahin konformasi di enzim yang menyeja.iarkan residu-residu
yang sangat tinggi pada interaksi enzim-substrat' namun latalitik yang ikut serta dalam katalisis serta meregangkan ikatan
antara A dan B sehingga ikatan tersebut mudah putus'
kesan bahwa bagian aktif enzim bersifat kaku tidak sesuai
 BAB Z: ENZIM:MEKANISME KEUA / SZ

K ,, /o<- transisi tetrahedral. Aspartat kedua (Asp Y, Gambar 7-6)

t*-31* kemudian memfasilitasi dekomposisi zat antara tetrahedral
H/" LH ini dengan mendonasikan sebuah proton ke gugus amino
..ot yang terbentuk setelah putusnya ikatan peptida. Kedua
tH
aspartat yang berbeda bagian aktifnya dapat bekerja secara
o,.. 6t'-ro bersamaan sebagai basa umum atau sebagai asam umum
/o-H
9Y
li
karena lingkungan sekitarnya mempermudah ionisasi salah
satunya, tetapi bukan keduanya.
CH, CH

e=fv I o"l*
KIMOTRIPSIN & FRUKTOS A.2,6.
*
At
BISFOSFATASE ADATAH CONTOH
*'t.fl?) KATALISIS KOVATEN
NTC_R
H,/': \ciH
I
Kimolripsin
,l Sementara katalisis oleh aspartar prorease melibatkan
1,H
\7
H.
\ serangan hidrolitik langsung air pada ikaran pepdda, katalisis
o.poo
\\_,/ \ ll oleh serin protease kimotripsin melibatkan pembentukan
cc
ti
cH. cH.
zat antata asil enzim kovalen. Sebuah residu seril yang sangat
reaktif, serin 195, ikut serta dalam "charge-relay netu,,ork"
l'rl
AspY I AspX dengan histidin 57 dan asparrar 102. Di bagian aktif, residu-
*o residu yang terpisah jauh dalam struktur primer ini, berada
R'\ ll dalam jarak yang cukup dekat untuk membentuk ikatan
+ C-R
//N-H
HHO
satu sama lain. Dalam rangkaian Asp 102-His 57-Ser 195,
residu-residu ini membentuk "charge-relay network" yang
H berfungsi sebagai'pemindah proton."
o.@
\\/ oo Terikatnya substrat memicu pergeseran proton yang
selanjutnya memindahkan proron hidroksil Ser 195 ke Asp
I
'il I 102 (Gambar 7-7). Peningkatan nukleofilisitas oksigen seril
cH_ cH,
Asp Y
t' Asp X
l- mempermudah serangannya ke karbon karbonil
peptida substrat yang membentuk suatu zat antara asil-
ikatan

enzim kovalen. Proton di Asp 102 kemudian berpindah

Gambar 7-6. Mekanisme katalisis oleh suatu aspartat protease
misalnya protease HlV. Tanda panah melengkung menun.jukkan
arah gerakan elektron. O Aspartat X bekerja sebagai basa untuk
mengaktifkan molekul air dengan mengambil sebuah proton.@
Molekul air yang telah aktif menyerang ikatan peptida, membentuk
zat antara tetrahedral yang bersifat sementara. @ Aspartat y
bekerja sebagai asam untuk mempermudah pemutusan zat antara
tetrahedral dan membebaskan produk-produk pecahan dengan
memberikan sebuah proton ke gugus amino yang baru terbentuk.
Pemindahan proton selan.iutnya dari Asp X ke Asp y memulihkan
protease ke keadaan awalnya.
yang diprodulai oleh virus imunodefisiensi manusia (HI\t,
memiliki kesamaan mekanisme katalisis. Katalisis melibatkan
dua residu aspartil yang bekerja sebagai katalis asam-basa.
Pada tahap perrama reaksi, sebuah asparrat yang berfungsi
sebagai basa umum (a.p X, Gambar 7-6) mengekstraksi
sebuah proton dari molekul air dan menyebabkannya lebih
bersifat nukleofilik. Nukleofil yang terbentuk ini kemudian
menyerang karbon karbonil elektrofilik pada ikatan peprida
yang menjadi sasaran hidrolisis yang membentukzatantafa
melalui His 57 ke gugus amino yang dibebaskan ketika
ikatan peptida rerpurus. Bagian pepdda asli dengan satu
gugus amino bebas kemudian meninggalkan bagian aktif
enzim dan digantikan oleh molekul air. Charge-relay network
kini mengaktifkan molekul air dengan menarik sebuah
proton melalui His 57 ke Asp 102. Ion hidroksida yang
terbentuk menyerang zat antara asil-enzim dan pergeseran
balik proton mengembalikan proron ke Ser 195 yang
memulihkan keadaannya semula. Kimotripsin, meskipun
menga.lami modifikasi sewakru proses katalisis, muncul
tanpa perubahan ketika reaksi selesai. Tiipsin dan elastase
menggunakan mekanisme katalitik serupa, tetapi jumlah
residu di pemindah proron Ser-His-Asp berbeda.
Fru ktosq -2,6-Bisfosfqtqse
Fruktosa-2,6-bisfosfatase, yakni suatu enzim regulatorik
pada glukoneogenesis (Bab 20), mengatalisis pembebasan
hidrolitik fosfat di [arbon 2 fruktosa 2,6-bisfosfat. Gambar
7-8 melukiskan peran ketujuh residu bagian aktif enzim.
58 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM

HO
lil
Rr-N-rC-Rr
n /-{^
-'\ {
O o-\ -&-t H , N.\N.Y-H1-O_
c- t{. }rrss
I

Asp 102 His 57

H oq
I 14
* -*T R?
I

o \,/ n-"
r*z'i\J I
I

O-
E . Fru-2,6-P" E-P. Fru-6-P

I Ser 195
I

Asp 102 His 57

\\c-R.
R,-NH.
I

@ oro@*n- ruAnt o\
I

Ser 195
Asp 102 His

E-P. HzO E.P

". \-*
Gamhar 7-8. Katalisis oleh fruktosa-2,6-bisfosfatase. (1) Lys 356
@ o*S*l7<*_-\F>,,* dan Arg 257, 3O7, dan 352 menstabilkan muatan negatif quadruple
.
Clu 327 menstabilkan
Asp
l=
102 His 57
substrat melalui interaksi antarmuatan
muatan positif di His 392. (2) Nukleofil His 392 menyerang gugus
fosforil C-2 dan memindahkannya ke His 258 yang membentuk
suatu zat antara fosforil-enzim. Fruktosa-6-fosfat meninggalkan
enzim tersebut. (3) Serangan nukleofilik oleh molekul air, mungkin
dibantu oleh Clu 327 yang bekerja sebagai sebuah basa dan
membentuk fosfat anorganik. (4) Ortofosfat anorganik dibebaskan
o dari Arg 257 dan Arg 307 (Diproduksi ulang dengan izin dari Pilkis Sl et
al: 6-Phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisfosfatase: A metabolic signaling
enzyme. Annu Rev Biochem 1995;64:799. O by Annual Reviews, www'
Asp 102 His 57
annualreviews.orS. Dicetak ulang dengan izin)'
HOOC-R-

n-o-'-r Katalisis melibatkan "trias katalitik' residu satu Glu dan dua
@ oo o9---n-ruAr+'-
q, His serta satu zat antara fosfohistidil kovalen.
T Ser 1e5
AsP"102 His 57
RESIDU KATALITIK BERSIFAT 'H'GHLY
CONSERVED'
Gambar 7-7. Katalisis oleh kimotripsin. O Sistem charge-relay
mengeluarkan satu proton dari Ser 195, menyebabkannya menjadi Anggota-anggota dari suatu famili enzim, misalnya Protease
.195
nukteofil yang lebih kuat. @ Ser yang telah aktif menyerang aspartat atau serin menggunakan mekanisme serupa untuk
ikatan peptida membentuk suatu zat antara tetrahedral transien.
mengatalisis suanr tipe reaksi tetapi bekerja pada substrat
@ Pembebasan peptida terminal amino dipermudah oleh donasi
sebuah proton ke gugus amino yang baru terbentuk oleh His 57 dari
yang berbeda. Famili-famili enzim tampaknya btrasal dari
'l
sistem charge-relay ini menghasilkan zat antara asil-Ser 95. @ His proses duplikasi gen yang menciptakan salinan kedua dari
57 dan Asp 102 berkolaborasi untuk mengaktifkan satu molekul air g..r y".rg enzim tefientu. Protein yang disandi oleh
-.ttyandi
yang menyerang asil-Ser 195 dan membentuk zat antara te-trahedral Ledua gen kemudian dapat mengalami evolusi secara mandiri
kedua. O Sistem charge-relay mendonasikan satu proton ke Ser
untuk mengenal substrat yang berbeda-dan membentuk,
195 yang mempermudah penguraian zat antara tetrahedral untuk
membebaskan peptida terminal karboksil @.
contohnya, kimotripsin, yang memecah ikatan peptida di
 BAB Z: ENZIM:MEKANISME KEUA / 59

Tabel T-1. Sekuens asam amino di sekitar tempat katalitik beberapa protease sapi. Regio yang diperlihatkan
adalah regio di kedua sisitempat katalitik residu seril (S)dan histidil (H)

sisi terminal karboksil asam-asam amino hidrofob besar;

dan tripsin yang memuruskan ikatan peptida di sisi terminal
karboksil asam-asam amino basa. Kesamaan nenek-moyang
(asal-mula) enzim dapat diperkirakan dari adanya asam-asam
amino spesifik di posisi yang sama di setiap anggota famiii
enzim. Residu-residu ini disebut sebagai conseraed residues
(residu yang tidak mengalami perubahan evolusi). Protein-
protein yang memiliki banyak residu jenis ini dianggap
l\ *

bersifat homolog saru sama lain. Tabel 7-1 menggambarkan

t
u 1

konservasi struktur primer dua komponen dari charge-relay

network untuk beberapa prorease serin. Residu-residu yang
ikut serta secara langsung dalam katalisis termasuk dalam rT
residu dengan derajat konservasi yang tinggi.

ISOZIM ADATAH BENTUK ENZIM

BERBEDA YANG MENGATATISIS REAKSI
ffi 4

YANG SAMA Gambar 7-9. Pengamatan langsung proses pemutusan DNA

Organisme tingkat-tinggi sering mengeluarkan beberapa
versi yang secara fisik berbeda dari suatu enzim, dan masing-
masing mengatalisis reaksi yang sama. Seperti anggota famili
protein lainnya, katalis-katalis protein atau isozim ini berasal
dari duplikasi gen. Isozim dapat memperlihatkan perbedaan
ringan dalam sifat seperti sensitivitas terhadap faktor
regulatorik terrenru (Bab 9) atau afinitas substrat (misalnya
heksokinase dan glukokinase) yang mengadaptasikan isozim
ke jaringan atau lingkungan tertentu. Sebagian isozim
juga dapat meningkatkan kelangsungan hidup dengan
tunggal yang dikatalisis oleh suatu endonuklease restriksi. Molekul
DNA yang telah diimobilisasi menjadi manik-manik (abu-abu)
diletakkan dalam suatu aliran arus dapar (tanda panah tebal), yang
menyebabkan konformasinya memanjang. Pemutusan di satu
tempat restriksi (ditandai oleh warna) oleh suatu endonuklease
menyebabkan molekul DNA memendek yang dapat diamati secara
langsung dengan mikroskop karena basa-basa nukleotida pada DNA
memperlihatkan fluoresensi. Meskipun endonuklease (lingkaran
terbuka) tidak memperlihatkan fluoresensi, dan karenanya tidak
terlihat, namun cara molekul DNA memendek secara progresif
(1 + 4) mengungkapkan bahwa endonuklease berikatan dengan
ujung bebas molekul DNA dan bergerak di sepanjang molekul
tersebut dari satu tempat ke tempat lain.

menyediakan salinan "cadangan" suatu enzim esensial.

yang sesuai (iihat Bab 8), laju reaksi katalitik yang dipantau
AKTIVITAS KATATITIK ENZIM setara dengan jumlah enzim yang ada, yang memungkinkan
MEMPERMUDAH DETEKSINYA kita mengukur konsentrasi enzim.

Jumlah enzim yang relatif sedikit di dalam sel mempersulit
penentuan keberadaan dan konsentrasi enzim tersebut.
Namun, kemampuan untuk secara cepar mengubah
ribuan molekul suatu substrat rerrentu menjadi produk
memudahkan masing-masing enzim untuk mengungkapkan
keberadaanya. Pengukuran aktivitas katalitik enzim sering
digunakan dalam laboratorium klinis dan riset. Pada kondisi
Enzimologi Molekul Tunggol
Terbatasnya sensitivitas pengukuran konsentrasi enzim
tradisional mengharuskan digunakannya sekelompok besar,
atau ansambel, molekul enzim untuk menghasilkan produk
dalam jumlah yang dapat diukur. Oleh sebab itu, data yang
diperoleh mencerminkan kemampuan katalitik rata-rara
60 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
masing-masing molekul. Kemajuan-kemajuan terkini dalam
bidang nanoteknologi memungkinkan kita mengamati'
biasanya dengan mikroskop fuoresen, katalisis oleh masing-
masing enzim dan molekul substrat. Oleh karena itu, para
ilmuwan kini dapat mengukur laju proses katalisis tunggal
dan kadang-kadang masing-masing tahap dalam katalisis
oleh suatu proses yang disebut enzimologi molekul tunggal
(single molecule en4rnologli (Gambar 7-9).
Penemuon Obqr Memerlukqn Pemeriksoqn
Enzim yong Sesuoi untuk Penopison 'High'
Throughput''
Enzim adalah satu dari beberapa kelas utama biomolekul
yang menjadi sasaran untuk pembuatan obat dan agen
terapeutik lain. Contohnya, banyak antibiotik menghambat
enzim yang khas untuk mikroba patogen. Penemuan obat
baru sangat dipermudah jika kita dapat memeriksa secara
cepat dan otomatis sejumlah besar farmakofor potensial-
suatu proses yang disebut sebagai bigh'throughput
screening. Pemeriksaan penyaring high-throughput ini
ideal untuk menyurvei berbagai produk combinatorial
chernistry, sintesis secara bersamaan berbagai senyawa kimia
yang mengandung semua kemungkinan kombinasi dari
satu set zat kimia prekursor. Pemeriksaan kadar enzim yang
menghasilkan produk kromagenik atau fluoresen merupakan
hal ideal dalam bigh-tbrougbput screening karena detektor
secara mudah untuk menganaiisis
optik dapat dirancang
jumlah banyak.
secara cepat sampel dalam
200 250 300 350 400
Panjang gelombang (nm)
Gambar 7-10. Spektrum absorpsi NAD- dan NADH. Densitas
adalah untuk larutan 44 mg/L dalam sebuah sel dengan jalur sinar
1 cm. NADP. dan NADPH masing-masing memiliki spektrum yang
analog dengan NAD. dan NADH.
Enzyme-Li nked lm m u noa s sdrl
Sensitivitas pengukuran enzim dapat digunakan untuk mende-
teksi protein yang tidak memiliki aktivitas katalitik. Enzyme'
linhed immt"moassay (ELISA) menggunakan antibodi yang
secara kovalen terhubung ke suatu "enzim reportel'misalnya
alkali fosfatase atau peroksidxe horseradish (sejenis tanaman
lobak) yang produk-produknya mudah didetetsi, umumnya
melalui penyerapan sinar atau dengan fluoresensi' Serum atau
sampel biologis lain yang akan diperiksa diletakkan dalam lem-
peng mikrotiter plastik, tempat protein melekat pada permu-
kaan plastik dan tidak dapat bergerak. Semua permukaan pe-
nyerap dinding sumur yang tersisa kemudian "diblok' dengan
menambahkan protein nonantigenik, misalnya albumin serum
sapi. Kemudian ditambahkan suatu larutan antibodi lang diikat
secara kovalen ke suatu enzim reponer. Antibodi melekat pada
antigen yang telah diimobilisasi sehingga ikut terimobilisasi.
Kelebihan molekul antibodi bebas kemudian dihilangkan de-
ngan pembilasan. Keberadaan dan jumlah antibodi yang terikat
kemudian ditentukan dengan menambahkan substrat untuk
enzim reporter tersebut.
Dehidrogenqse Dependen-NAD(P).
Diperikso Secqro Spektrofotometris
Sifat fisikokimia reaktan dalam suatu reaksi yang dikatalisis oleh
enzim menentukan jenis pemeriksaan yang dapat digunakan
untuk menilai aktivitas enzim. Pemeriksaan spektrofotometri
memanfaatkan kemampuan suatu subsffat atau produk unruk
menyerap sinar. Koenzim tereduksi NADH dan NADPH yang
ditulis sebagai NAD(P)H, menyerap cahaya pada panjang
NAD(P)-
gelombang 340 nm, sedangkan bentuk teroksidasinya
tidak demikian (Gambar 7-10). Jika NAD(P)- teredulai,
penyerapan pada340 nm meningkat sebanding dengan--dan
dengan kecepatan yang ditentukan oleh-jumlah NAD(P)H
yang dihasilkan. Sebaliknya, untuk suatu dehidrogenase yang
mengatalisis oksidasi NAD(P)H, akan dijumpai penurunan
penyerapan pada 340 nm. Pada masing-masing kasus tersebut,
laju perubahan dalam densitas optik pada 340 nm akan
sebanding dengan jumlah enzim yang ada.
Bonyok Enzim Diukur dengon
Menggobungkqnnyq ke Dehidrogenose
Pengukuran enzim dengan reaksi yang tidak disertai oleh
perubahan penyerapan atau fluoresensi umumnya lebih sulit'
Pada beberapa kasus, produk atau substrat yang tersisa dapat
diubah menjadi senyawa yang lebih mudah dideteksi. Pada
kasus yang iain, produk reaksi mungkin perlu dipkahkan
dari substrat yang tidak bereaksi sebelum diukur. Strategi
alternatif adalah dengan merancang suatu substrat sintetik
dengan produk yang menyerap sinar atau berfuoresensi'
 BAB Z: ENZIM: MEKANISME KEUA / OI

Contohnya, p-nitrofenil fosfat adaiah substrat artifisial Tabel 7-2. Enzim serum utama yang digunakan dalam
untuk fosfatase rertentu dan untuk kimotripsin yang tidak diagnosis klinis.
menyerap sinar tampak. Namun, setelah hidrolisis, anionp-
nitrofenilat yang terbentuk akan menyerap sinar pada 419

Pendekatan yang sangat umum lainnya adalah

menerapkan pengukuran "gabungan" (Gambar 7-11).
Biasanya, suatu dehidrogenase dengan substrat berupa
produk enzim yang akan diteliti ditambahkan ke dalam
kelebihan kataiitik. Laju kemuncuian arau menghilangnya
NAD(P)H akan bergantung pada laju reaksi enzim rempar
dehidrogenase digabungkan.

ANATISIS ENZIM TERTENTU MEMBANTU

DIAGNOSIS
Dari ribuan enzim berbeda yang ada di tubuh manusia,
enzim-enzim yang fungsinya tidak-tergantikan bagi vitalitas
sel akan terdapat di seluruh jaringan tubuh. Enzim iain atau
isozim diekspresikan hanya di sel tertentu pada periode
tertentu perkembangan, atau sebagai respons terhadap
perubahan fisiologis atau patofisiologis tertentu. Analisis
tentang keberadaan dan distribusi enzim d2n i567lm-dsng2n
ekspresi yang biasanya spesifik untuk jaringan, waktu, arau
lingkungan-sering membantu penegakan diagnosis.

Enzim Plqsmo Nonfungsionol Membqntu

Catatan: Banyak enzim di atas tidak spesifik untuk pen),akit ),ang tercantum.
Menentukon Diignosis & Prognosis
Enzim dan proenzim tertenru serta substratnya terdapat fisiologis dalam darah. Contoh enzim plasma fungsional
setiap saat dalam darah orang normal dan menjalankan fungsi ini antara lain adalah lipoprotein lipase, pseudokolinesterase,
dan proenzim koagulasi darah dan pelarutan bekuan darah
(Bab 50). Sebagian besar enzim ini disintesis dan disekresi
Glukosa
oleh hati.
I
V
-- nre,rvrg'. Plasma juga mengandung banyak enzim lain yang fungsi

IHEKS'K'NASEI fisiologisnya dalam darah tidak diketahui. Enzim plasma

yang tampaknya nonfungsional ini berasal dari kerusakan
oo''tn'.
It normal rutin eritrosit, leukosit, dan sel lain. Kerusakan ataLr
Glukosa,6-foslat nekrosis jaringan akibat cedera atau penyakit umumnya
disertai peningkatan kadar beberapa enzim plasma
f ,uqo,ryuqr-l |'-rtaoP' nonfungsional. Tabel 7-2 mencantrtmkan beberapa enzim
IDEH|DROGENASEII _ yang digunakan dalam enzimologi diagnostik.
\ + INADPHI+ H.
6-Fosfoglukonolakton lsozim loktot Dehidrogenose Digunqkqn
untuk Mendeteksi lnfork Miokqrdium

Gambar 7-1'l . Pemeriksaan enzim gabungan untuk aktivitas
heksokinase. Pembentukan glukosa 6Josfat oleh heksokinase
dikaitkan dengan oksidasi produk ini oleh glukosa-6-fosfat
dehidrogenase dengan keberadaan enzim tambahan dan NADP..
Jika terdapat kelebihan glukosa-6-fosfat dehidrogenase, laju
pembentukan NADPH, yang dapat diukur pada 340 nm, ditentukan
oleh laju pembentukan glukosa 6Josfat oleh heksokinase.
L-Laktat dehidrogenase adalah enzim tetramerik yang
keempat subunitnya terdapat dalam dua bentuk iso
(isoform) yang dinamai H (untuk jantung) dan M (untuk
otot). Subunit-subunit ini dapat berkombinasi seperti
diperlihatkan di bawah untuk menghasilkan isozim L-laktat
dehidrogenase yang secara katalitik aktif:
62 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM

dalam sampel bioiogis dan forensik. Pada teknik PCR, suatu

lsozim Loktot
Dehidrogenose Subunit
l1 HHHH
l2 HHHM
l3 HHMM
l4 HMMM
l5 MMMM
Subunit H dan M disandi oleh gen-gen tersendiri yang
ekspresinya diatur secara diferensial di berbagai jaringan'
Karena jantung mengekspresikan subunit H hampir secara
eksklusif, isozim I, mendominasi di jaringan ini. Sebaliknya'
isozim I, mendominasi di hati. Dalam plasma secara normal
t.rdap"i sejumlah kecil laktat dehidrogenase. Setelah suatu
infark miokardium atau pada penyakit hati, jaringan yang
rusak membebaskan berbagai bentuk iso laktat dehidrogenase
yang khas ke dalam darah. Peningkatan kadar isozim I' atau
I, yan1terjadi dapat dideteksi dengan memisahkan berbagai
iigo-.. laktat dehidrogenase dengan eiektroforesis dan
mengukur aktivitas katalitiknya (Gambar 7 -12).
ENZIIYI MEMPERMUDAH DIAGNOSIS
PENYAKIT GENETIK
Meskipun banyak penyakit telah lama diketahui disebabkan
oleh perubahan pada DNA seseorang, namun teknik atau
alat untuk mendeteksi mutasi genetik hanya baru-baru ini
iersedia secara luas. Teknik-teknik ini mengandalkan efisiensi
katalitik dan spesifisitas katalis enzim. Contohnya, reaksi
berantai polimerase Qtolymerase chain reactioz, PCR)
mengandalkan kemampuan enzim untuk berfungsi sebagai
penguat katalitik untuk menganalisis DNA yang terdapat
DNA polimerase yang termostabil yang diarahkan oleh
primer oligonukleotida yang sesuai menghasilkan ribuan
salinan dari suatu sampei DNA yang pada awalnya terdapat
dalam kadar yang terlalu rendah untuk dideteksi secara
iangsung.
Deteksi res*ietion fragment lengtb pofumorpbisms
(RFLP) memungkinkan kita meiakukan deteksi pranatal
berbagai penyakit herediter, sePerti sifat sel sabit, talasemia
beta, fenilketonuria bayi, dan penyakit Huntington. Deteksi
RFLP melibatkan p€mutusan DNA untai ganda oleh
endonuklease restriksi, yang dapat mendeteksi perubahan
ringan pada DNA yang memengaruhi temPat-tempat
pengenalannya (recognized sites). Bab 39 menyajikan rincian
lebih ianjut mengenai pemakaian PCR dan enz'im-enzim
restriksi untuk diagnosis.
DNA REKOMBINAN MERUPAKAN ALAT
PENTING UNTUK MEMPETAIARI ENZIM
Teknologi DNA rekombinan telah muncul sebagai aset
penting dalam penelitian rentang enzim. lJntuk meneliti
itrrlktur dan fungsi enzim diperlukan sampel enzim
dengan tingkat kemurnian yang sangat tinggi' Ir4engisolasi
suatu enzim, terutama yang terdapat daiam konsentrasi
rendah, dari ribuan protein yang ada daiam sebuah sel
mungkin sangat sulit dilakukan. Jika gen untuk enzim
yang bersangkutan telah dapat diklon, biasanya kita dapat
menghasilkan sejumlah besar protein yang disandi oleh gen
,..r.Lrr, melalui Escherichia coli atau sei ragi. Namun, tidak
semua protein hewani dapat diekspresikan dalam bentuk
aktif di sel mikroba. Demikian iuga dengan mikroba' tid:rk

{Laktat) SH S (Piruvat)
Jantung

NAD. NADH + H

PMS teroksidasi

(tidak berwarna) formazan biru)

(LDH) dalam serum manusia' lsozinr

Cambar 7-,t2.pola normal dan patologis berbagai isozim laktat dehidrogenase
dengan penggunakan skema reaksi penggabungan yang
LDH pada serum dipisahkun oleh elekiroforesis dan c{ilihat
di kir,i. (NBT, nitroblue tetrazolium; PMS, fenazin metilsulfat). Di kunun tampak elektroferogram yang telah
diperlihatkan
serum normal; dan C adalah
diwarnai. pola A adalah serum dari seorang pasien dengan infark miokardium; B adalah
serum dari seorang pasien dengan penyakit hati. Angka-angka menandai
isozim LDH spesifik'

dapat melaksanakan proses-proses pengolahan pascatranslasi
tertentu. Oleh sebab itu, suatu gen dapat diekspresikan
dalam biakan sistem sel hewan yang menggunakan vektor
ekspresi baculovirus untuk mentransformasikan biakan sel
serangga. Untuk rincian lebih lanjut mengenai teknik DNA
rekombinan, lihat Bab 39.
Profein Fusi Rekombinqn Dimurnikon
dengon Kromotogrofi Afiniros
Teknologi DNA rekombinan juga dapat digunakan untuk
menciptakan protein modifikasi yang mudah dimurnikan
dengan kromatografi afinitas. Gen dari protein yang
bersangkutan dikaitkan ke suatu sekuens oligonukleotida
yang menyandi suatu perpanjangan terminal karboksil atau
amino ke protein yang disandi tersebut. Protein modifikasi
yang terbentuk, disebut protein fusi, mengandung suatu
domain yang dirancang untuk berinteraksi dengan matriks
afinitas spesifik. Salah satu pendekatan yang populer adalah
melekatkan suatu oligonukleotida yang menyandi enam
residu hisitidin berurutan. Protein " His ta!' ("berlabel
histidin') yang diekspresikan ini kemudian mengikat
matriks kromatografik yang mengandung ion iogam
divalen, misalnya Ni2-. Cara lain, domain pengikat-substrat
pada glutation S-transferase (GST) dapat berfungsi sebagai
"GST tad'. Gambar 7-13 melukiskan pemurnian suatu
protein fusi-GST dengan menggunakan matriks afinitas
yang mengandung glutation yang terikat. Protein fusi juga
GST
m .
Plasmid yang menyandi GST
dengan tempat trombin (T)
Klon DNAyang
menyandi enzim
Disatukan
GST
Gambar 7-13. Pemakaian protein fusi glutation S-transf-erase (CST)
untuk memurnikan protein rekombinan- (CSH, Blutation.)
BAB Z: ENZIM: MEKANISME KEUA / 63
sering menyandi suatu tempat pemutusan untuk suatu
protease yang sangat spesifik misalnya trombin di regio yang
menghubungkan dua bagian protein. Hal ini memungkinkan
kita mengeiuarkan domain fusi yang ditambahkan tersebut
seteiah tindakan pemurnian afi nitas.
Mutogene sis Site - Di recfed Mem beri ko n
Pemqhomon Mekonistik
Jika kemampuan untuk mengekspresikan suatu protein
dari gen klon-nya telah diperoleh, residu-residu aminoasil
spesifik dari protein tersebut dapat diubah dengan mengubah
kodon-kodonnya menggun akan site-directed mutagenesis.
Pendekatan ini, jika digunakan bersama dengan analisis
kinetik dan kristalografi sinar-X, mempermudah kita
mengidentifikasi peran-peran spesifik residu aminoasil
tertentu pada pengikatan dan katalisis substrat. Contohnya,
kesimpuian bahwa suatu residu aminoasil tertentu berfungsi
sebagai asam umum dapat diuji dengan me nggaatinya dengan
suatu residu aminoasil yang tidak mampu mendonasikan
sebuah proton.
RINGKASAN
. Enzim adalah katalis yang sangat efektifdan spesifik.
. Gugus prostetik organik dan anorganik, kofaktor, dan
koenzim berperan penting dalam katalisis. Koenzim
yang banyak di antaranya berupa turunan dari vitamin
B, berfungsi sebagai "pengangkut".
Mekanisme katalitik yang digunakan oleh enzim
mencakup introduksi sra in (vntai), aproksimasi reaktan,
katalisis asam-basa, dan katalisis kovalen.
. Pada semua kelas dari suatu enzim tertentu, residu
aminoasil yang ikut serta dalam katalisis sangat
terkonservasi (tidak berubah selama evolusi)
Substrat dan enzim saling memicu perubahan konformasi
yang mempermudah pengenalan dan katalisis substrat
Aktivitas katalitik enzim mengungkapkan keberadaan-
nya, mempermudah deteksinya, da4 menjadi dasar bagi
berbagai pemeriksaan enzyme- linked immunoassay.
Banyak enzim dapat diukur secara spektrofotometrik
dengan menggabungkannya ke dehidro genase dependen-
NAD(P)..
Ilmu kimia kombinatorial menghasilkan beragam
aktivator dan inhibitor enzim potensial yang dapat diuji
dengan h igh- t hro ughp u! screen i ng.
Pengukuran enzim plasma membantu diagnosis dan
prognosis. Contohnya, infark miokardium meningkat-
kan kadar isozim I, laktat dehidrogenase dalam serum.
Endonukiease restriksi mempermudah diagnosis
penyakit genetik dengan mengungkapkan restiction
fagment length po $morphism.
64 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSIPROTEIN & ENZIM

. Site-directed mutagenesis yang digunakan untuk
mengubah residu yang dicurigai penting dalam katalisis
atau pengikatan substrat, memberikan pemahaman
tentang mekanisme kerja enzim.
. Protein fusi rekombinan, misalnya enzim fusi GST
atau enzim berlabel-His mudah dimurnikan dengan
kromatografi afinitas.
REFERENSI
Brik A, Vong C-H. HIV-1 protease: Mechanism and drug
discovery. Org Biomol Chem 2003;1:5.
Conyers GB et al: Metal requirements of a
pyrophosphatase from Bartonella bacilliformis. Magnetic
Geysen HM, Schoenen F,'Wagner D, lVagner R: Combinatorial
compound libraries for drug discovery: An ongoing challenge.
Nature Rev Drug Disc 2003;2:222.
Goddard J-B Reymond J-L: Enzyme assays for high-throughput
screening. Curr Opin Biotech 2004;15:314.
Hedstrom L. Serine protease mechanism and specificiry. Chem Rev
2002;102:4501.
Ishijima A, Yanagida T: Single molecule nanobioscience. Tiends
Biochem S ci 200 1 ;26:438.
Schafer B, Gemeinhardt H, Greulich KO' Direct microscopic
observation of the time course of single-molecule DNA
restriction reacdons. Agnew Chem Int Ed 2001 ;40:4663
diadenosine Silverman RB: The Organic Chemistry of Enzyme-Catalyzed
Reactions. Academic Press, 2002.

resonance and kinetic studies of the role of Mn2.. Biochemistry Suckling CJ: Enzyme Chemistry. Chapman & Hall, 1990.
2000;39:2347. Sundaresan Y Abrol R: Towards a general model for protein-
Fersht A. Strucnrre and Mechanism in Protein Science: A Guide to substrate stereoselectiviry. Protein Sci 2002;11 :1330.

Enzyme CataQsis and Protein Folding. Freeman, 1999 Todd AE, Orengo CA, Thornton JM: Plasticiry of enzyme active
Frank RA'S7, et al: A molecular switch and proton wire synchronize sites. tends Biochem Sci 2002;27 :419.

the active sites in thiamine enzymes. Science2004;306:872 \falsh CT: Enzymatic Reaction Mechanisms. Freeman, 1979.