ENZIM DAN KOENZIM

MAKALAH

Untuk memenuhi tugas matakuliah

Struktur, Fungsi, dan Metabolisme Biomolekul
yang dibina oleh Prof. Dr. Subandi, M.Si dan Dr. Suharti, S.Pd, M.Si

Oleh:
Kelompok 11
(1) Nurbani Jusuf (170331863532)
(2) Putri Qori Utami (170331863520)
(3) Putu Anindita W.P. (170331863537)
(4) Robi’atus Sholihah (170331863516)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS PASCASARJANA
PROGRAM STUDI S2 PENDIDIKAN KIMIA
FEBRUARI 2018
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Salah satu contoh molekul protein yang memiliki fungsi spesifik yaitu enzim karena
memiliki aktivitas katalitik. Enzim mempercepat reaksi kimiawi spesifik tanpa pembentukan
produk samping dan molekul ini berfungsi pada larutan encer pada keadaan suhu dan pH
normal. Enzim memiliki kemampuan katalitik yang jauh lebih besar daripada katalisator
sintetik (Lehninger, 1982: 235).
Enzim merupakan unit fungsional dari metabolisme sel. Melalui aktivitasnya, sistem
enzim terkoordinasi dengan baik menghasilkan suatu hubungan antara sejumlah aktivitas
metabolik berbeda yang diperlukan untuk menunjang kehidupan. Kelebihan atau kekurangan
satu atau lebih enzim pada jaringan dapat menyebabkan beberapa penyakit terutama ganguan
genetik yang sifatnya menurun. Pada keadaan abnormal lainnya aktivitas yang berlebihan dari
suatu enzim tertentu dapat dikontrol oleh obat yang dibuat untuk menghambat aktivitas
katalitiknya.
Pada awal tahun 1800 ditemukan beberapa aktivitas katalitik yang terjadi dalam sistem
biologis yaitu pada pencernaan daging oleh sekresi lambung dan perubahan pati menjadi gula
oleh air liur dan berbagai ekstrak tumbuhan. Kemudian, pada tahun 1850 Louis Pasteur
menyimpulkan bahwa proses fermentasi gula menjadi alkohol oleh ragi dikatalis oleh fermen.
Beliau menyebutkan bahwa fermen ini yang kemudian dinamakan enzim dan tidak dapat
dipisahkan dari struktur sel ragi hidup.
Selanjutnya, pada tahun 1897 Eduard Buchner berhasil mengekstrak bentuk aktif dari
sel ragi ke dalam larutan yaitu serangkaian enzim yang mengkatalis fermentasi gula menjadi
alkohol. Penemuan ini membuktikan bahwa enzim dapat tetap berfungsi jika dipindahkan dari
struktur sel hidup. Pada awal abad ke-20, Emil Fischer melakukan penelitian pertama
mengenai spesifisitas enzim. Peneliti lain mempelajari kinetika aktivitas enzim dan menyusun
teori kerja enzim. Tetapi, baru pada tahun 1926 enzim dapat diisolasi dalam bentuk kristal
yaitu enzim urease sesuai penelitian yang dilakukan oleh James Sumner. Sumner menemukan
bahwa keseluruhan bagian dari kristal urease merupakan protein. Pernyataan tersebut juga
didukung oleh John Northrop dan rekannya setelah mengkristalkan pepsin dan tripsin. Hasil
penelitiannya menunjukkan bahwa pepsin dan tripsin merupakan protein. Saat ini banyak
sekali jenis enzim yang telah teridentifikasi dan setiap enzim mengkatalis reaksi-reaksi kimia
yang berbeda. Dan ratusan enzim telah diperoleh dalam bentuk kristal murni. Gambar 1
merupakan contoh struktur tiga dimensi enzim pepsin.
1
 Gambar 1. Struktur tiga dimensi enzim peptin 3A berdasarkan aplikasi Cn3D

B. Tujuan
Tujuan dari pembuatan makalah ini yaitu mengetahui:
1. Sifat dan fungsi biologis enzim sebagai katalisator
2. Klasifikasi dan tatanama enzim, serta macam-macam gugus fungsi enzim
3. Mekanisme kerja enzim dan kinetika reaksi enzim
4. Faktor – faktor yang mempengaruhi kecepatan reaksi enzimatik
5. Pengertian dan jenis kofaktor, koenzim, proenzim, dan isoenzim
6. Uji aktifitas enzim
7. Pengertian dan jenis inhibitor dan mekanisme kerja inhibitor dalam enzim

2
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Sifat dan Fungsi Biologis Enzim

1. Pengertian Enzim
Enzim adalah katalisator pada semua reaksi biokimia (di dalam maupun diluar sel).
Berdasarkan penelitian maka dapat disimpulkan bahwa enzim adalah suatu protein yang
berupa molekul-molekul besar. Pada enzim terdapat bagian protein yang tidak tahan panas
yaitu disebut dengan apoenzim, sedangkan bagian yang bukan protein adalah bagian yang
aktif dan diberi nama gugus prostetik, biasanya berupa logam seperti besi, tembaga, seng atau
suatu bahan senyawa organik yang mengandung logam. Apoenzim dan gugus prostetik
merupakan suatu kesatuan yang disebut holoenzim, tetapi ada juga bagian enzim yang
apoenzim dan gugus prospetiknya tidak menyatu. Bagian gugus prostetik yang lepas kita
sebut koenzim, yang aktif seperti halnya gugus prostetik. Contoh koenzim adalah vitamin atau
bagian vitamin (misalnya: vitamin B1, B2, B6, niasin dan biotin).

2. Enzim sebagai Katalisator

Enzim adalah biomolekul yang berfungsi sebagai katalis (senyawa yang mempercepat
proses reaksi tanpa habis bereaksi) dalam suatu reaksi kimia. Tanpa kehadiran enzim, suatu
reaksi itu sangat sukar terjadi, sementara dengan kehadiran enzim kecepatan reaksinya dapat
meningkat sampai 107 kali. Sebagai contoh, enzim katalase yang mengandung ion besi (Fe)
mampu menguraikan 5.000.000 molekul hidrogen peroksida (H2O2) permenit pada 0oC. H2O2
hanya dapat diuraikan oleh atom besi, tetapi satu atom besi akan memerlukan waktu 300
tahun untuk menguraikan sejumlah molekul H2O2 tapi dengan katalis suatu enzim dimana
satu molekul katalase yang mengandung satu atom besi diuraikan dalam satu detik. Enzim
adalah biokatalisator, yang artinya dapat mempercepat reaksi- reaksi biologi tanpa mengalami
perubahan struktur kimia. Pada reaksi yang dikatalisasi oleh enzim, molekul awal reaksi
disebut sebagai substrat, dan enzim mengubah molekul tersebut menjadi molekul-molekul
yang berbeda, disebut produk. Hampir semua proses biologis sel memerlukan enzim agar
dapat berlangsung dengan cepat. Umumnya suatu enzim itu adalah protein, walaupun ada
beberapa senyawa yang dapat bertindak sebagai katalis, misalnya RNA.Walaupun enzim
mempercepat penyelesaian suatu reaksi, enzim tidak mempengaruhi kesetimbangan reaksi
tersebut. Kerja katalis enzim spesifik. Enzim menunjukkan kekhasan untuk reaksi yang
dikatalisnya. Suatu enzim yang mengkatalisis satu reaksi, tidak akan mengkatalis reaksi yang
lain dan suatu enzim akan menghasilkan kesetimbangan reaksi pada kecepatan lebih tinggi.
3
3. Klasifikasi Tatanama Enzim
a. Hidrolase
Hidrolase merupakan enzim-enzim yang menguraikan suatu zat dengan pertolongan
air. Hidrolase dibagi atas kelompok kecil berdasarkan substratnya yaitu:
1. Karbohidrase, yaitu enzim-enzim yang menguraikan golongan karbohidrat. Kelompok ini
masih dipecah lagi menurut karbohidrat yang diuraikannya, misal:
 Amilase, yaitu enzim yang menguraikan amilum (suatu polisakarida) menjadi maltosa
9 suatu disakarida).
2 (C6H10O5)n + n H2O nC12H22O11
Maltosa Amilase Maltosa

 Maltase, yaitu enzim yang menguraikan maltosa menjadi glukosa

C12H22O11 + H2O C6H12O6
Maltosa Maltase Glukosa

 Sukrase, yaitu enzim yang mengubah sukrosa (gula tebu) menjadi Glukosa dan
fruktosa.
 Laktase, yaitu enzim yang mengubah laktase menjadi glukosa dan galaktosa.
 Selulase, emzim yang menguraikan selulosa ( suatu polisakarida) menjadi selobiosa
( suatu disakarida).
 Pektinase, yaitu enzim yang menguraikan pektin menjadi asam-pektin.
2. Esterase, yaitu enzim-enzim yang memecah golongan ester. Contoh-contohnya:
 Lipase, yaitu enzim yang menguraikan lemak menjadi gliserol dan asam lemak.
 Fosfatase, yaitu enzim yang menguraikan suatu ester hingga terlepas asam fosfat.
3. Proteinase atau Protease, yaitu enzim enzim yang menguraikan golongan protein. Contoh-
contohnya:
 Peptidase, yaitu enzim yang menguraikan peptida menjadi asam amino.
 Gelatinase, yaitu enzim yang menguraikan gelatin.
 Renin, yaitu enzim yang menguraikan kasein dari susu.

b. Oksidase dan Reduktase

Yaitu enzime yang menolong dalam proses oksidasi dan reduksi. Enzim Oksidase
dibagi lagi menjadi:
1. Dehidrogenase: enzim ini memegang peranan penting dalam mengubah zat-zat organik
menjadi hasil-hasil oksidasi.
2. Katalase: enzim yang menguraikan hidrogen peroksida menjadi air dan oksigen.
4
c. Desmolase
Yaitu enzim-enzim yang memutuskan ikatan-ikatan C-C, C-N dan beberapa ikatan
lainnya. Enzim Desmolase dibagi lagi menjadi :
1. Karboksilase : yaitu enzim yang mengubah asam piruyat menjadi asetaldehida.
2. Transaminase : yaitu enzim yang memindahkan gugusan amine dari suatu asam amino ke
suatu asam organik sehingga yang terakhir ini berubah menjadi suatu asam amino.

4. Gugus Fungsi Enzim

Sisi aktif enzim sebenarnya adalah gugus – gugus atau residu-residu asam amino yang
langsung berikatan dan turut aktiv dalam mengubah substrat menjadi produk. Keberadaan dan
jenis gugus fungsional tersebut dapat diketahui dengan mereaksikannya dengan senyawa
tertentu misalnya, diisopropil fosfo fluridat dan N-tosil-L-fenilalanin klorometil keton
(TPCK). Gugus Prostetik yaitu bagian enzim yang tidak tersusun dari protein, tetapi dari ion-
ion logam atau molekul-molekul organik yang disebut koenzim. Molekul gugus prostetik
lebih kecil dan tahan panas (termostabil), ion-ion logam yang menjadi kofaktor berperan
sebagai stabilisator agarenzim tetap aktif. Koenzim yang terkenal pada rantai pengangkutan
elektron (respirasi sel), yaitu NAD (Nikotinamid Adenin Dinukleotida), FAD (Flavin Adenin
Dinukleotida), Sitokrom. Enzim mengatur kecepatan dan kekhususan ribuan reaksi kimia
yang berlangsung di dalam sel. Walaupun enzim dibuat di dalam sel, tetapi untuk bertindak
sebagai katalis tidak harus berada di dalam sel. Reaksi yang dikendalikan oleh enzim antara
lain ialah respirasi, pertumbuhan dan perkembangan, kontraksi otot, fotosintesis, fiksasi,
nitrogen, dan pencemaan.
a. Oksidoreduktase mengatalisis reaksi oksidasi dan reduksi ( pemindahan elektron atau ion
hibrida atau atom H).
b. Transferase mengatalisis pemindahan gugus dari suatu molekul donor ke molekul aseptor
(-metil, -glikosil)
c. Hidrolase mengatalisis reaksi pemecahan hidrolistik C-C, C-O, C-N, P-O, ikatan lain
tertentu termasuk ikatan asam anhidrida ( reaksi hidrolisis: transfer gugus fungsi ke air).
d. Liase mengatalisis pemecahan C-C, C-O, C-N, dan ikatan lain dengan eliminasi yang
menghasilkan ikatan rangkap dan penambahan gugs pada ikatan rangkap.
e. Isomerase mengatalisis pemindahan geomatrik atau struktural dalam satu molekul tunggal
( pemindahan gugus dalam molekul untuk menghasilkan bentuk-bentuk isomer.
f. Ligase mengatalisis penggabungan bersama 2 molekul ( pembentukan ikatan C-C, C-O,
C-S, C-N oleh pasangan reaksi kondensasi ke pemecahan ATP.

5
B. Kofaktor dan Koenzim
Sebagian besar enzim terdiri dari protein, yaitu serangkaian asam amino yang terikat
dengan ikatan peptida, dan gugus lain yang merupakan komponen non protein. Komponen
non protein pada enzim ini disebut sebagai kofaktor. Kofaktor dapat berupa ion anorganik
(logam) dan ion/molekul organik (koenzim); dengan kata lain, koenzim merupakan kofaktor,
sedangkan kofaktor bisa saja bukan koenzim melainkan ion logam. Beberapa contoh kofaktor
diberikan pada Tabel 1.

Tabel 1. Kofaktor enzim

Kofaktor Enzim
Koenzim
Thiamine pyrophosphate Pyruvate dehydrogenase
Flavin adenin nucleotide Monoamine oxidase
Nicotinamide adenine dinucleotide Lactate dehydrogenase
Pyridoxal phosphate Glycogen phosphorylase
Coenzyme A (CoA) Acetyl CoA carboxylase
Biotin Pyruvate carboxylase
5’-Deoxyadenosyl cobalamin Methylmalonyl mutase
Tetrahydrofolate Thymidylate synthase

Logam
Zn2+ Carbonic anhydrase
Zn2+ Carboxypeptidase
Mg2+ EcoRV
Mg2+ Hexokinase
Ni2+ Urease
Mo Nitrate reductase
Se Glutathione peroxidase
Mn Superoxide dismutase
K+ Propionyl CoA carboxylase

Enzim yang strukturnya sempurna dan aktif mengkatalisis, serta lengkap mengikat
kofaktor, disebut dengan holoenzim (Gambar 2). Apabila kofaktor pada kompleks kofaktor-
enzim terlepas, maka enzim menjadi tidak aktif lagi. Bagian protein tersebut disebut dengan
apoenzim atau apoprotein. Namun demikian, ada beberapa enzim yang hanya terdiri dari
polipeptida dan tidak mengandung gugus lain selain residu asam amino, contohnya adalah
ribonuklease pankreas.

Gambar 2. Holoenzim

6
C. Proenzim
Beberapa macam enzim disintesis di dalam tubuh dalam bentuk enzim yang belum
aktif (inactive enzymes). Enzim-enzim yang belum aktif ini sering disebut sebagai prekusor
enzim atau proenzim atau zimogen. Contoh dari proenzim adalah pepsinogen, tripsinogen,
kimotripsinogen, dan prokarbopeptidase. Protein pada calon enzim harus diaktivasi terlebih
dahulu agar menjadi enzim yang aktif, yaitu dengan cara memutus atau memodifikasi ikatan
peptida yang ada di dalamnya. Setelah aktif, koenzim-koenzim tersebut akan menjadi enzim
pepsin, tripsin, kimotripsin, dan karbopeptidase. Aktivator yang digunakan dalam
mengaktifkan proenzim sebagian besar berupa ion-ion logam, molekul, dan enzim lain.
Contohnya, pepsinogen membutuhkan HCl untuk menjadi pepsin, tripsinogen membutuhkan
enzim enterokinase untuk menjadi tripsin, protombin membutuhkan ion Ca2+ untuk menjadi
trombin, serta fibrinogen membutuhkan enzim trombin untuk menjadi fibrin.

D. Isoenzim
Isoenzim atau isozim merupakan enzim-enzim yang memiliki bentuk berbeda tetapi
mengkatalisis reaksi yang sama. Bentuk berbeda dari isoenzim biasanya diperoleh dari gen
yang berbeda dan juga terjadi pada jaringan yang berbeda dalam tubuh. Contoh enzim yang
memiliki beberapa isoenzim yaitu laktat dehidrogenase (LDH) dengan koenzim NADH yang
mengkatalisis perubahan reversibel dari piruvat menjadi laktat. LDH merupakan suatu
molekul tetramer yang memiliki 4 sub unit dari 2 bentuk, yaitu tipe H (heart, terdapat di
dalam organ jantung) dan M (muscle, terdapat di dalam otot). Kedua bentuk sub unit ini
berkombinasi membentuk lima isoenzim sebagai berikut.
a. LDH1 (HHHH) terdapat di jantung, eritrosit, dan otak
b. LDH2 (HHHM) terdapat di jantung, eritrosit, dan otak
c. LDH3 (HHMM) terdapat di paru, otak, ginjal, limpa, pankreas, adrenal, dan tiroid
d. LDH4 (HMMM) terdapat di hati, otot rangka, dan ginjal
e. LDH5 (MMMM) terdapat di hati, otot rangka, dan ileum
Meskipun demikian, kelima isoenzim tersebut dapat dipisahkan dengan menggunakan
elektroforesis karena memiliki perbedaan fisik dan kinetik seperti titik isoelektrik, pH
optimum, afinitas terhadap substrat, dan efek terhadap inhibitor.

E. Mekanisme Kerja Enzim

Reaksi enzimatik sangat penting untuk semua sistem kehidupan. Ciri yang
membedakan reaksi katalis enzimatik adalah bahwa terjadi dalam suatu kantong reaksi pada
enzim yang disebut dengan pusat aktif enzim. Seringkali pusat aktif membungkus substrat dan
7
memisahkan subastrat sepenuhnya dari larutan. Kompleks enzim-substrat pertama kali
diusulkan oleh Charles - Adolphe Wurtz pada pada tahun 1880.Ide ini juga merupakan titik
awal untuk menggambarkan secara matematika dalam menentukan perilaku kinetika reaksi
enzimatik dan mendeskripsikan secara teoritis mekanisme enzim. Sebuah reaksi enzimatis
sederhana mungkin tertulis:

(1)

di mana E , S, dan P mlambangkan enzim , substrat , dan produk, ES dan EP adalah kompleks
sementara enzim -substrat dan kompleks sementara enzim-produk.
Cara kerja enzim yaitu dengan menurunkan energi yang diperlukan untuk
berlangsungnya reaksi kimia melalui pembentukan kompleks ES yang konformasinya mirip
dengan keadaan transisi tetapi memiliki energi yang lebih rendah serta menurukan energi
aktivasi. Enzim berperan sebagai biokatalisator dalam reaksi kimia. Zat yang akan dikatalis
oleh enzim disebut substrat. Substrat akan berikatan dengan enzim pada daerah tertentu
disebut sisi aktif enzim. Sisi aktif enzim ini mampu mengenali ataupun menseleksi jenis
substrat dengan kecocokan titik ikatan substratnya dengan sisi aktif enzim sehingga enzim
bekerja secara spesifik.
Ada dua macam teori yang dapat menjelaskan kerja enzim (E) terhadap substrat (S).
1. Teori Lock and Key (Gembok-Kunci)
Teori ini dikemukakan oleh Emil Fischer. Beliau mengemukakan bahwa substrat yang
mampu berikatan dengan enzim ialah substrat yang memiliki bentuk serupa dengan sisi aktif
(pengikatan) enzim. Sisi aktif enzim bersifat kaku, statis dan sangat spesifik. Teori ini
digambarkan dengan mekanisme kerja gembok dan kunci yaitu hanya kunci yang sesuai
dengan bentuk lubang gembok yang mampu membuka gembok tersebut. Enzim diibaratkan
sebagai gembok yang memiliki sisi aktif sedangkan substratnya diibaratkan sebagai kunci.
Substrat memasuki sisi aktif enzim seperti halnya kunci memasuki gembok terlihat Gambar 3.
Substrat dan sisi aktif enzim yang sesuai membentuk kompleks enzim-substrat. Kemudian
substrat tersebut diubah menjadi produk tertentu yang dilepaskan dari sisi aktif enzim.

8
 Gambar3. Teori Lock and Key

2. Toeri Induced Fit

Teori ini dikemukakan oleh Daniel Koshland sebagai model baru cara kerja enzim
yang dimodifikasi dari model gembok-kunci. Teori ini menyatakan enzim memiliki sisi aktif
bersifat fleksibel yang dapat mengalami perubahan bentuk sesuai dengan bentuk substratnya.
Hal ini ditujukan untuk meningkatkan kecocokan dengan substrat dan membentuk ikatan
antara enzim dan substrat menjadi lebih reaktif. Kriteria substrat yang mmapu berikatan
dengan enzim ialah substrat yang memiliki titik ikatan yang sesuai dengan enzim meskipun
bentuk sisi enzim dan substrat tidak sama. Jika titik ikatan substrat sesuai dengan enzim hal
ini akan menginduksi sisi aktif enzim sehingga menyebabkan enzim termodifikasi melingkupi
substrat dan membentuk komplek. Saat produk sudah lepas dari kompleks, enzim berubah
menjadi tidak aktif lagi dan menjadi bentuk yang lepas. Substrat lain kemudian kembali
bereaksi dengan enzim tersebut.

Gambar 4. Teori Induced Fit

Fungsi katalis adalah untuk meningkatkan laju reaksi. Katalis tidak mempengaruhi
kesetimbangan reaksi. Dalam memahami reaksi katalisis enzimatik dapat melihat perbedaan
penting antara kesetimbangan reaksi dan laju reaksi. Laju reaksi mencerminkan energi
aktivasi: energi aktivasi yang lebih tinggi sesuai dengan reaksi yang lebih lambat. Laju reaksi
dapat ditingkatkan dengan meningkatkan suhu, yang berperan dalammeningkatkan jumlah

9
molekul dengan energi yang cukup untuk mengatasi hambatan energi. Energi aktivasi dapat
diturunkan dengan menambahkan katalis sehingga katalis berperan meningkatkan laju reaksi
dengan menurunkan energi aktivasi (Gambar 5).
Enzim tidak ada pengecualian seperti halnya katalis lain, enzim tidak mempengaruhi
kesetimbangan reaksi. Tanda panah dua arah pada persamaan 1 menyatakan bahwa setiap
enzim yang mengkatalisis reaksi S↔P juga mengkatalisis reaksi P↔S. Peran enzim adalah
untuk mempercepat interkonversi S dan P. Enzim tidak digunakan dalam proses, dan titik
ekuilibrium tidak terpengaruh. Namun, reaksi mencapai kesetimbangan jauh lebih cepat bila
enzim yang tepat hadir, karena laju reaksi meningkat.

Gambar 5. Diagram energi katalis

Enzim berperan sebagai katalisator dengan menurunkan energi aktivasi yang

bersumber dari energi ikat sebagai penyumbang utama energi bebas yang digunakan enzim.
Hal pertama karena terlihat pada proses penyusunan ulang ikatan kovalen selama reaksi
enzim-katalis.Reaksi kimia dari berbagai jenis terjadi antara substrat dan kelompok fungsional
enzim (rantai samping asam amino tertentu, ion logam, dan koenzim). Gugus fungsional pada
pusat katalitik enzim yang dapat membentuk ikatan kovalen sementara dengan substrat dan
mengaktifkannya untuk reaksi, atau gugus tersebut dapat ditransfer sementara dari substrat ke
enzim. Dalam banyak kasus, reaksi ini terjadi hanya di pusat aktif enzim. Interaksi kovalen
antara enzim dan substrat memiliki energi aktivasi yang rendah sehingga mempercepat reaksi
dengan menyediakan jalur alternatif, jalur reaksi - energi yang lebih rendah. Hal kedua ialah
interaksi non kovalen antara enzim dan substrat, Sebagian besar energi yang dibutuhkan untuk
energi aktivasi yang lebih rendah berasal dari interaksi lemah yaitu interaksi non kovalen
antara substrat dan enzim. Pembentukan kompleks ES merupakan hal yang membedakan
enzim dengan katalis lain. Interaksi antara substrat dan enzim dalam kompleks ini dimediasi
oleh kekuatan yang sama yang menstabilkan struktur protein, termasuk ikatan hidrogen dan
10
interaksi hidrofobik dan ion. Pembentukan setiap interaksi lemah di kompleks ES disertai
dengan pelepasan sejumlah kecil energi bebas yang mengakibatakan stabilitas interaksi.
Artinya melampaui stabilitasi sederhana dari interaksi enzim-substrat. Energi yang berasal
dari interaksi enzim - substrat disebut energi ikat , ∆GB .

Gambar 6. Efek konsentrasi substrat terhadap kecepatan awal reaksi enzimatik

Pendekatan yang mempelajari mekanisme reaksi-katalis yaitu dengan menentukan laju

reaksi yang dikenal sebagai kinetika enzim. Kinetika enzim terbagi atas kinetika single
substrat dan multi substrat.
1. Kinetika Single Substrat
Faktor utama yang mempengaruhi laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim adalah
konsentrasi substrat, [S]. Efek konsentrasi substrat terhadap laju reaksi sangat rumit karena
konsentrasi substrat selalu berubah selama reaksi terjadi in vitro sebab substrat diubah
menjadi produk setiap saat. Salah satu pendekatan untuk menyederhanakan dalam percobaan
kinetika adalah denganmengukur kecepatan awal, dinyatakan dengan V0, ketika [S] jauh lebih
besar daripada konsentrasi enzim, [E]. Kurva pada Gambar4 untuk sebagian besar enzim
(mendekati hiperbola persegi panjang), yang dapat dinyatakan dengan secara aljabar oleh
persamaan Michaelis - Menten. Michaelis dan Menten menurunkan persamaan ini dimulai
dari hipotesis dasar mereka bahwa hal yang membatasi langkah dalam reaksi enzimatik
adalah kompleks ES dengan produk dan enzim bebas. Leonor Michaelis dan Maude Menten
(1913) mengasumsikan bahwa laju disosiasi bila diukur berdasarkan nilai Kcat terlalu lambat
dibandingkan dengan laju pembentukan (K1) dan redisosiasi menjadi kompleks enzim-
substrat menjadi enzim dan substrat (K-1). Bila hal ini terjadi, ES akan selalu mendekati
kesetimbangan dengan E dan S. Hipotesis tersebut dalam dituliskan dalam persamaan berikut:

11
Double reciprocal dari persamaan Michaelis Menten menghasilkan persamaan Lineweaver-
Burk berikut :

Formulasi persamaan Michaelis-Menten menjadi persamaan Lineweaver-Burk, kurva

1/V0 vs 1/ [S] menghasilkan garis lurus (Gambar 7). Garis ini memiliki kemiringan KM/Vmax,
intercept dari 1/Vmax pada sumbu 1/V0, dan intercept dari -1/KM pada sumbu 1/[S].Kurva
tersebut juga disebut kurva Lineweaver-Burk yang memiliki keuntungan besar yang
memungkinkan penentuan nilai Vmax yang lebih akurat, yang hanya dapat didekati dari kurva
sederhana V0 vs [S]. Kurva tersebut sangat berguna dalam membedakan antara jenis
mekanisme reaksi enzimatik dan dalam menganalisis penghambatan enzim.

Gambar 7. Kurva Lineweaver-Burk hubungan antara 1/[S] dengan 1/V0

Kelemahan dari plot Lineweaver-Burk adalah dalam menentukan nilai 1/Km

seringkali terlalu panjang sehingga penentuannya menjadi tidak akurat. Sehingga Eadie-
Hofstee melakukan perubahan pada persamaan Lineweaver-Burk dengan mengalikan kedua
sisi tersebut dengan V. Vmax sehingga diperoleh:
V = Vmaks-KMV/[S]

12
 Gambar 8. Kurva Eadie-Hofstee hubungan V/[S] dengan V

KM didefinisikan sebagai konsentrasi substrat dimana setengah dari populasi pusat

aktif enzim terisi penuh atau ukuran konstentrasi substrat agar proses katalitik berlangsung
efektif. Suatu enzim dengan KM besar menunjukkan lemahnya pengikatan S oleh E sehingga
memerlukan substrat lebih banyak daripada Enzim yang memiliki KM kecil (menunjukkan
kuatnya pengikatan S oleh E) untuk mencapai laju reaksi yang sama.
2. Kinetika Multi Substrat
Sebagian besar reaksi yang dikatalisis oleh enzim melibatkan dua atau lebih substrat
dan seringkali menghasilkan lebih dari satu produk. Bila enzim mengikat dua atau lebiih
substrat dan melepas lebih dari satu maka urutan setiap tahap menjadi hal penting dari
mekanisme reaksi enzim. Terdapat tiga jenis pengikatan E-S dalam reaksi kimia, yaitu:
a. Random Substrate Binding
kedua substrat A dan B terikat pada enzim E dalam urutan yang khusus atau secara
acak, untuk membentuk suatu kompleks EAB, yang lalu bereaksi membentuk produk
C + D.

b. Ordered Substrat Binding

Satu substrat harus terlebih dahulu terikat sebelum substrat kedua dapat terikat dengan
baik.

c. The “Ping-pong” Mechanism

Satu substrat terikat, satu produk dilepas, substrat kedua terikat dan produk kedua
dilepas.

13
 Terdapat faktor-faktor yang dapat mempengaruhi kecepatan reaksi enzimatik yaitu:
a. pH
Efisiensi suatu enzim dipengaruhi oleh nilai pH karena muatan komponen asam amino
enzim berubah dengan perubahan nilai pH. Secara umum, enzim tetap stabil dan bekerja baik
pada kisaran pH 6 atau 8. Namun ada juga enzim tertentu yang dapat bekerja dengan baik di
lingkungan asam atau basa. Ketika nilai pH menjadi terlalu tinggi atau rendah, maka struktur
dasar enzim dapat mengalami perubahan. Sehingga sisi aktif enzim tidak dapat mengikat
substrat dengan benar, sehingga aktivitas enzim menjadi sangat terpengaruhi.
b. Suhu
Enzim membutuhkan suhu yang cocok agar dapat bekerja dengan baik. Laju reaksi
meningkat seiring kenaikan suhu. Hal ini karena suhu dapat meningkatkan energi kinetik dari
molekul sehingga menyebabkan jumlah tabrakan diantara molekul-molekul meningkat.
Dalam suhu rendah, reaksi menjadi lambat karena hanya terdapat sedikit kontak antara
substrat dan enzim.
c. Inhibitor atau Aktivator
Inhibitor enzim merupakan zat yang dapat menghambat enzim baik melalui kompetitif
maupun non-kompetitif. Aktivator sebagai suatu zat yang dapat mengaktifkan enzim yang
semula belum aktif.
d. Konsentrasi Substrat
Konsentrasi substrat yang lebih tinggi berarti lebih banyak jumlah molekul substrat
yang terlibat dengan aktivitas enzim. Sedangkan konsentrasi substrat yang rendah berarti
lebih sedikit jumlah molekul substrat yang dapat melekat pada enzim, menyebabkan
berkurangnya aktivitas enzim. Ketika laju enzimatik sudah mencapai maksimum dan enzim
sudah dalam kondisi paling aktif, peningkatan konsentrasi substrat tidak akan memberikan
perbedaan dalam aktivitas enzim. Dalam kondisi seperti ini, di sisi aktif semua enzim terus
terdapat substrat, sehingga tidak ada tempat untuk substrat ekstra.
e. Konsentrasi Enzim
Semakin besar konsentrasi enzim maka kecepatan reaksi akan semakin cepat pula.
Konsentrasi enzim berbanding lurus dengan kecepatan reaksi, tentunya selama masih ada
substrat yang perlu diubah menjadi produk.

F. Akvitas Enzim
Jumlah enzim dalam larutan atau ekstrak jaringan tertentu dapat diuji secara kuantitatif
melalui reaksi katalitiknya dengan cara mengetahui 1) persamaan keseluruhan reaksi yang
dikatalis, 2) suatu prosedur analitik untuk menentukan hilangnya substrat atau munculnya
14
produk reaksi, 3) apakah enzim memerlukan kofaktor ion logam atau koenzim, 4) ketergan-
tungan aktivitas enzim kepada konsentrasi substrat, yaitu KM bagi substrat, 5) pH optimum,
dan 6) suhu yang diperlukan enzim untuk mencapai keadaan stabil dan memiliki aktivitas
tinggi. Biasanya enzim diuji pada pH optimum, suhu yang mudah dicapai yaitu sekitar 25℃
sampai 38℃, dan konsentrasi substrat yang mendekati jenuh (Lehninger, 1982: 282). Analisis
kuantitatif enzim disebut juga uji aktivitas enzim. Tujuan dari uji aktivitas enzim adalah untuk
menentukan aktivitas suatu enzim terhadap substratnya, sehingga dapat ditentukan berapa
banyak enzim yang diperlukan untuk sejumlah substrat tertentu.
Setiap enzim memiliki aktivitas maksimum pada suhu tertentu. Aktivitas enzim akan
semakin meningkat dengan bertambahnya suhu hingga suhu optimum tercapai. Akan tetapi,
kenaikan suhu yang lebih lanjut akan menyebabkan aktivitas enzim menurun (Megiadari,
2009). Aktivitas suatu enzim merupakan jumlah substrat yang mampu diubah oleh sejumlah
enzim (biasanya per gram) dalam satuan waktu (misalnya per menit). Aktivitas suatu enzim
biasanya dinyatakan dalam unit aktivitas (U). Menurut Standar Internasional, 1 unit aktivitas
enzim didefinisikan sebagai jumlah yang menyebabkan pengubahan 1,0 μmol (10−6 mol)
substrat per menit pada suhu dan keadaan optimumnya. Aktivitas suatu enzim per miligram
proteinnya disebut aktivitas spesifik enzim. Aktivitas spesifik merupakan suatu ukuran
kemurnian enzim. Suatu enzim berada pada keadaan optimum saat kemurniaannya tinggi
yaitu memiliki nilai aktivitas spesifik yang tinggi pula.
Bilangan putaran atau bilangan pergantian (Turn Over Number) suatu enzim adalah
jumlah molekul substrat yang dapat diubah oleh satu molekul enzim pada satuan waktu
tertentu pada kondisi optimumnya. Misalnya enzim anhidrase karbonat adalah enzim penting
yang ditemukan di dalam sel darah merah dengan konsentrasi tinggi. Enzim ini merupakan
salah satu enzim paling aktif dengan bilangan putaran 36.000.000 per menit oleh satu molekul
enzim. Anhidrase karbonat mengkatalis reaksi hidrasi CO2 terlarut untuk membentuk H2CO3
(Lehninger, 1982: 249). Beberapa contoh enzim dengan bilangan putarannya dapat dilihat
pada Tabel 2.
Tabel 2. Contoh enzim dengan bilangan putarannya
No Enzim Bilangan Putaran
1 b-Amilase 17.000.000
2 b-Galaktosidase 1.100.000
3 Fosfoglukomutase 12.500

Uji aktivitas enzim tergantung pada asal enzim, jenis substrat, tujuan dari uji enzim.
Sebab, enzim merupakan biokatalisator yang bekerja dengan spesifitas yang tinggi sehingga

15
metode uji aktivitas berbeda ,reagen yang digunakan, konsentrasi reagen dan volume reagen
yang digunakan juga berbeda. Misalnya, uji aktivitas enzim kolagenase dari Moore dan Stein
(1954) digunakan pada uji aktivitas enzim kolagenase dari ikan makarel (Scromber japanicus)
dan ikan filefish (Novodon modestrus) dan pilorik kaeka ikan tuna (Thunnusthynnus). Uji
aktivitas tersebut tidak dapat digunakan pada penentuan aktivitas kolagenase dari organ dalam
bandeng (Yuniarti et al, 2011).
Supriyatna et al, 2015 telah melakukan uji aktivitas enzim amilase, lipase, dan
protease dari larva. Pada penelitian tersebut, uji aktivitas enzim amilase dan lipase dilakukan
dengan metode spektrofotometri. Sedangkan uji aktivitas enzim protease dilakukan dengan
berdasarkan metode Bergmeyer. Hasil penelitian tersebut menyebutkan bahwa aktivitas
amilase optimum pada suhu 40℃ dengan aktivitas enzim 0,30 unit/mL, aktivitas lipase
optimum pada suhu 40℃ yaitu 0,8248 unit/mL, dan aktivitas protease optimum pada suhu
45℃ yaitu 0,1855 unit/mL.

G. Inhibisi
Hampir semua enzim dapat diracuni atau dihambat oleh senyawa tertentu. Penelitian
mengenai senyawa penghambat enzim memberikan informasi berguna tentang spesifisitas
substrat enim, sifat-sifat gugus fungsi fungsi pada sisi aktif enzim, dan mekanisme aktivitas
katalitik. Senyawa penghambat enzim juga berguna untuk menjelaskan metabolik dalam sel.
Beberapa obat yang dimanfaatkan bidang kedokteran bekerja dengan menghambat kerja
enzim tertentu yang mengganggu kerja sel (Lehninger, 1982: 251).

1. Pengertian
Berbagai reaksi kimia dalam tubuh laju reaksinya dapat dipercepat dengan enzim.
Fungsi enzim sebagai biokatalisator mampu menurunkan energi aktivasi sehingga dapat
meningkatkan laju reaksi. Akan tetapi, tidak selamanya enzim dapat bekerja optimal atau
bahkan tidak dapat bekerja sama sekali. Ada beberapa molekul yang dapat mempengaruhi
kerja enzim karena adanya inhibitor. Inhibitor merupakan molekul yang dapat menurunkan
atau menghambat laju rekasi yang dikatalis oleh enzim. Contohnya garam-garam logam berat,
seperti air raksa (Hg), senyawa yodium asetat, ion fluorida, sianida, dan karbon monoksida.
Semakin banyak jumlah inhibitor, makin lambat laju reaksi yang dikatalis oleh suatu enzim.

2. Jenis-jenis Inhibisi dan Mekanisme Kerjanya terhadap Enzim

Berdasarkan reaksi kimianya, ada dua macam inhibisi yaitu inhibisi ireversibel dan
inhibisi reversibel. Inhibisi ireversibel melibatkan ikatan kovalen antara subtrat dan enzim.
16
Pada inhibisi ini, inhibitor mengikat sisi aktif enzim dengan reaksi ireversibel sehingga tidak
dapat dipisahkan dari sisi aktif enzim. Keadaan ini menyebabkan inhibitor dapat merusak
beberapa komponen (gugus fungsi) pada sisi katalitik molekul enzim dan enzim tidak dapat
mengikat substrat.
E+I→I
Inhibitor ireversibel akan mengurangi jumlah enzim bebas dengan efektif hingga habis. Tidak
akan ada kesetimbangan yang tercapai antara E, I, dan ES.
[E] = [E0] – [I0]
Inhibitor ireversibel akan mempengaruhi 𝑉 max, sedangkan nilai 𝐾 M tetap sama dengan
reaksi yang tidak diinhibisi sehingga mirip dengan inhibisi nonkompetitif yang akan
dijelaskan pada pembahasan selanjutnya.
Tanpa inhibitor, 𝑉 max = 𝑘cat[E0]
dengan inhibitor, 𝑉′max = 𝑘cat([E0] – [I0]) sehingga
[I ]
𝑉′max = 𝑉′max [E0](1 – [E0 ])
0

Sebagian besar inhibitor ireversibel menyerang gugus –SH dalam rantai samping sistein yang
sering ditemukan dalam pusat aktif enzim. Gambar 9 merupakan contoh mekanisme inhibitor
reversibel iodoasetamida yang dapat menyerang gugus –SH.

Gambar 9. Contoh mekanisme inhibitor reversible (Lehninger, 1982: 253)

Inhibisi reversibel adalah inhibitor yang reaksinya berjalan dua arah atau dapat balik,
bekerja dengan mengikat sisi aktif enzim secara non-kovalen sehingga dapat dipisahkan atau
dilepaskan kembali dari ikatannya. Ada dua macam jenis inhibisi reversibel, yaitu inhibisi
yang bekerja secara kompetitif dan nonkompetitif.
Inhibisi kompetitif terjadi apabila inhibitor berkompetisi dengan substrat untuk
mengikat sisi aktif enzim, tetapi saat terikat tidak dapat digantikan oleh enzim. Karakteristik
inhibitor kompetitif adalah memiliki struktur yang mirip dengan substrat pada struktur tiga
dimensinya, sehingga inhibitor dan substrat berkompetisi untuk menempati ‘binding-site’

17
yang sama dalam enzim. Sebenarnya, inhibitor kompetitif dapat dianalisis secara kuantitatif
dengan teori Michaelis-Menten. Inhibitor kompetitif ini mengikat enzim dengan reaksi
reversibel membentuk suatu kompleks.
E + I ⇌ EI
Akan tetapi, enzim tidak dapat mengkatalis inhibitor membentuk produk reaksi yang baru.
Misalnya enzim dehidrogenase suksinat dapat dihambat oleh inhibitor kompetitif anion
malonat seperti pada Gambar 10.

Gambar 10 Contoh mekanisme ion malonat sebagai inhibitor kompetitif

Berdasarkan Gambar 10, malonat tidak terhidrogenasi oleh enzim dehidrogenase

suksina. Akan tetapi, malonat hanya menempati sisi aktif enzim dan menguncinya sehingga
tidak dapat bekerja pada subtract normal. Adanya reaksi reversibel menunjukkan bahwa
adanya inhibor kompetitif dapat dihambat dengan meningkatkan konsentrasi substrat.
Pada inhibisi nonkompetitif, inhibitor akan mengikat sisi enzim selain tempat substrat
berikatan dengan mengubah konformasi enzim, sehingga mengakibatkan enzim tidak dapat
bekerja kembali. Inhibitor nonkompetitif dapat mengikat enzim bebas maupun kompleks
enzim-substrat. Beberapa contoh inhibitor nonkompetitif adalah L-isoleusin yang dapat
menghambat kerja dari enzim dehidratase L-treonin dan adanya ion-ion logam serta molekul-
molekul organik yang dapat mengikat gugus –SH dari residu sistein dalam enzim. Berikut ini
mekanisme inhibitor nonkompetitif diberikan pada Gambar 11.

18
Gambar 11. Mekanisme inhibitor nonkompetitif

19
 BAB III
KESIMPULAN

1. Enzim adalah katalisator pada semua reaksi biokimia (di dalam maupun diluar sel).
Tanpa kehadiran enzim, suatu reaksi kimia sukar terjadi, tapi dengan menggunakan
enzim sebagai katalis kecepatan reaksi jadi meningkat.
2. Nama enzim terdiri dari 2 : Nama substrate+ase atau Jenis reaksi + ase
3. Enzim memiliki gugus reaktif, dimana gugus ini berperan sebagai katalis
4. Kofaktor adalah bagian non-protein yang terikat pada enzim. Kofaktor dapat berupa ion-
ion anorganik (logam) dan ion/molekul organik (koenzim). Jadi, koenzim merupakan
kofaktor, sedangkan kofaktor bisa saja bukan koenzim melainkan ion logam. Enzim yang
strukturnya sempurna dan aktif mengkatalisis, serta lengkap mengikat kofaktor, disebut
dengan holoenzim.
5. Proenzim atau zimogen adalah suatu prekusor enzim, yaitu enzim yang belum aktif
(protein calon enzim). Contoh proenzim adalahpepsinogen, tripsinogen, kimotripsinogen,
dan prokarbopeptidase. Setelah diaktivasi (menggunakan ion logam/ enzim tertentu),
proenzim akan menjadi enzim.
6. Isoenzim atau isozim merupakan enzim-enzim yang memiliki bentuk berbeda tetapi
mengkatalisis reaksi yang sama. Contoh enzim yang memiliki beberapa isoenzim yaitu
laktat dehidrogenase (LDH) dengan koenzim NADH yang mengkatalisis perubahan
reversibel dari piruvat menjadi laktat.
7. Ada dua macam teori yang dapat menjelaskan kerja enzim (E) terhadap substrat (S) yaitu
teori Lock and Key dan teori Induced Fit.
8. Enzim berperan sebagai katalisator dengan menurunkan energi aktivasi yang bersumber
dari energi ikat sebagai penyumbang utama energi bebas yang digunakan enzim. Hal
pertama karena terlihat pada proses penyusunan ulang ikatan kovalen selama reaksi
enzim-katalis. Hal kedua ialah interaksi non kovalen antara enzim dan substrat, Sebagian
besar energi yang dibutuhkan untuk energi aktivasi yang lebih rendah berasal dari
interaksi lemah yaitu interaksi non kovalen antara substrat dan enzim.
9. Reaksi multi subtsrat meliputi Random Substrate Binding, Ordered Substrat Binding, The
Ping-pong mechanism.
10. Faktor-faktor yang dapat mempengaruhi kecepatan reaksi enzimatik meliputi pH, suhu,
konsentrasi substrat, konsentra enzim, inhibitor dan activator

20
11. Analisis kuantitatif enzim disebut juga uji aktivitas enzim. Tujuan dari uji aktivitas enzim
adalah untuk menentukan aktivitas suatu enzim terhadap substratnya, sehingga dapat
ditentukan berapa banyak enzim yang diperlukan untuk sejumlah substrat tertentu.
12. Kecepatan reaksi kimia yang dikatalis suatu enzim dapat menurun dengan adanya
molekul/ senyawa penghambat kinerja enzim yang disebut inhibitor.
13. Inhibitor bekerja dengan menempati sisi aktif enzim (kompetitif) dan sisi lain enzim
selain sisi aktifnya membentuk kompleks inhibisi-enzim (kompetirif)

21
 DAFTAR PUSTAKA

Harahap, F. 2012. Fisiologi Tumbuhan. Medan: UNIMED PRESS

Lehninger, A. L. 1982. Dasar-dasar Biokimia (terjemahan dari Principle of Biochemistry).

Bogor: Erlangga

Murray, R. K. 2003. Biokimia Harper. Jakarta : Penerbit Buku Kedokteran EGC

Supriyatna, A., Amalia, D., Jauhari, A. A., Holydaziah, D. 2015. Aktivitas Enzim Amilase,
Lipase, dan Protease dari Larva Hermetia illucens yang diberi Pakan Jerami Padi.
_____________________. 9:2

Yuniarti, T., Nurhayati, T., Jacoeb, A. M. 2011. Optimalisasi Uji Aktivitas Enzim Kolagenase
dari Organ dalam Bandeng (Chanos chanos Forskal). Prosiding Pertemuan Ilmiah dan
Seminar Nasional MPHPI

22