Rodwell, PhD
suatu enzim. Keterlibatan enzim dalam hampir semua Tanda panah satu arah juga digunakan untuk menjelaskan
proses fisiologis menyebabkannya menjadi salah satu pilihan reaksi di dalam sel hidup tempat produk reaksi (2) segera
sasaran untuk obat yang menyembuhkan atau mengatasi dikonsumsi oleh reaksi selanjutnya yang dikatalisis oleh
penyakit pada manusia. Oleh karena itu, penerapan kinetika enzim. Oleh karena itu, pengeluaran segera produk P atau
enzim merupakan cara penting bagi ilmuwan untuk Q secara efektif meniadakan kemungkinan terjadinya
mengidentifikasi dan menentukan karakter obat yang secara reaksi kebalikan sehingga persamaan (2) secara fungsional
selektif menghambat laju proses tertentu yang dikatalisis menjadi ireversibel pada kondisi fisiologis.
oleh enzim. Dengan demikian kinetika enzim berperan
sentral dan penting dalam penemuan obat, farmakodinamika PERUBAHAN ENERGI
perbandingan, dan penentuan cara kerja obat.
BEBAS MENENTUKAN ARAH
& KEADAAN KESEIMBANGAN
REAKSI KIMIA DIJETASKAN DENGAN REAKSI KIMIA
MENGGUNAKAN PERSAMAAN
KESETIMBANGAN Perubahan energi bebas Gibbs AG (disebut juga energi bebas
atau energi Gibbs) menjelaskan arah suatu reaksi kimia akan
Suatu persamaan kesetimbangan kimia (baknced chemical cenderung berlangsung maupun konsentrasi reaktan dan
equation) mencantumkan spesies kimia (substrat) awal yang produk yang akan terdapat dalam keadaan keseimbangan.
ada dan spesies kimia baru (produk) yang dibentuk untuk AG untuk suatu reaksi kimia setara dengan jumlah energi
reaksi kimia tertentu, semuanya dalam proporsi yang tepat bebas dari pembentukan produk reaksi AGo dikurangi
atau stoikiometri. Sebagai contoh, persamaan kesetimbangan jumlah energi bebas dari pembentukan substrat AG". AGo
(1) di bawah menjelaskan reaksi satu molekul dari masing- menunjukkan perubahan energi bebas yang menyertai
masing substrat A dan B untuk membentuk satu molekul transisi dari keadaan standar, konsentrasi satu molar substrat
dari masing-masing produk P dan Q. dan produk, menuju keseimbangan. Istilah biokimia yang
lebih bermanfaat adalah AG"', yang mendefinisikan AGo pada
A+BpP+Q (1) keadaan standar 10'7 M proton, pH7,0 (Bab 11). Jika energi
65
66 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
bebas pada pembentukan produk lebih rendah daripada katalisis. Persarpaan (7) melukiskan suatu reaksi penggantian,
pada pembentukan substrat, tanda AGo dan AGo' akan yaitu suatu gugus E yang masuk menggantikan gugus L yang
negatif yang menunjukkan bahwa reaksi tertulis cenderung keluar, yang semula melekat pada R.
dari kiri ke arah kanan. Reaksi semacam ini disebut sebagai E+R-LdE-R+L g)
reaksi spontan. Tirnda dan besar perubahan energi bebas
akan menentukan sejauh mana reaksi akan berlangsung. Pada pertengahan perjalanan reaksi penggantian ini, ikatan
Persamaan (3) antara R dan L telah melemah, tetapi belum terputus total,
sedangkan ikatan baru antara E dan R belum terbentuk
ACo = -RT ln K"u (3)
sempurna. Zat antara transien ini-tidak ada substrat atau
menggambarkan hubungan antara konstanta keseimbangan produk yang berada dalam keadaan bebas pada keadaaan
K.. dan AGn, dengan R adalah konstanta gas (1,98 kal/mol/ ini-disebut keadaan transisi, E"'R"'L. Garis titik-
K'atau 8,31 T/mol/K) dan T adalah suhu mutlak dalam titik mewakili ikatan "parsial" yang sedang mengalami
derajat Keluin. K" serara dengan hasil kali konsenrrasi pembentukan dan pemutusan.
produk-produk reaki, masing-masing dipangkatkan sesuai Reaksi (7) dapat dianggap terdiri dari dua "realsi parsial,"
stoikiometrinya, dibagi hasil kali substrat yang masing- yang pertama berkorespondensi dengan pembentukan (F)
masing dipangkatkan sesuai stoikiometrinya. dan yang kedua dengan peluruhan (D) zat antara keadaan
UntukreaksiA+B42P+Q transisi selanjutnya. Seperti semua reaksi, perubahan khas
dalam energi bebas, AG, dan AGo berkaitan dengan masing-
"eq_ lPltQl
lAllBl A)
masing reaksi parsial
nl2 (6) Untuk reaksi keseluruhan (10), AG adalah jumlah AG, dan
AGo dapat dihitung dari persamaan (3) jika konsentrasr AG,r. Seperti semua persamaan yang terdiri dari dua suku,
substrat dan produk yang terdapat dalam keseimbangan tidaklah mungkin untuk memperkirakan tanda :tarr besar
diketahui. Jika AGo adalah suatu angka negatif, K.,, akan lebih AG' atau AGo dari AG.
besar dari satu dan konsentrasi produk pada keseimbangan Banyak reaksi melibatkan lebih dari satu keadaan transisi,
akan melebihi konsentrasi substrat. Jika AGo positif, Ko yang masing-masing disertai perubahan energi bebas. Untuk
reaksi-reaksi ini, AG keseluruhan mencerminkan jumlah
akan kurang dari 1 dan akan menguntungkan pembentukan
substrat. semua perubahan energi bebas yang berkaitan dengan
Perhatikan bahwa, karena AGo adalah fungsi keadaan pembentukan dan peluruhan semua keadaan transisi.
awal dan al<hir zat-zat yang bereaksi, besaran ini hanya Oleh karena itu, dari AG keseluruhan kita tidak dapat
dapat memberikan informasi mengenai arah dan keadaan mengetahui jumlah atau tipe keadaan transisiyang dilalui
keseimbangan reaksi. AGo tidak bergantung pada mekanisme
oleh reaksi. Dengan kata lain: termodinamika keseluruhan
reaksi dan karenanya tidak memberikan informasi mengenai tidak memberikan informasi mengenai kinetika.
Iaju (kecepatan) realsi. Oleh karena itu-dan seperti
dijelaskan di bawah-meskipun suatu reaksi mungkin tG, Mendefinisikon Energi Akrivosi
memiliki AGo atau AGO' yang negatif besar, namun reaksi
tersebut tetap berlangsung meskipun dengan kecepatan Thnpa memperhatikan tanda dan besar AG, AG, untul
yang sangat rendah. sebagian besar reaksi kimia memiliki tanda positif. Oleh
karena itu, pembentukan z t'zat antara keadaan transisi
mengharuskan diatasinya hambatan/sawar energi.. Dengan
LAIU REAKSI DITENTUKAN OIEH ENERGI
demikian, AGu sering disebut energi aktivasi, E*.,, energi
AI(TIVASINYA yang diperlukan untuk mengatasi suatu hambatan energi
Reoksi Berlongsung tertentu. Tingkat kemudahan-dan dengan demikian,
Melolui Keodoan Transisi frekuensi-mengatasi hambatan ini berbanding terbalik
dengan E".,. Jadi, parameter termodinamik yang menentukan
Konsep keadaan transisi (nansition state) adalah hal seberapa cepat svatu realsi berlangsung adalah nilai AG,
mendasar untuk memahami dasar kimiawi dan te rmodinamik untuk pembentukan keadaan transisi yang dilalui oleh reaksi'
BAB 8: ENZIM: KINETIKA I Ol
Untuk reaksi sederhana, dengan oc berarti "setara dengan," A atau B dinaikkan dua kali lipat. Jika konsentrasi A dan
B digandakan, kemungkinan tumbukan akan meningkat
" Laju cc g-E"./RT (1 1) empat kali lipat.
Untuk reaksi kimia yang berlangsung pada suhu tetap
Energi aktivasi untuk reaksi yang berjalan dalam arah
dan melibatkan satu molekul A dan satu molekul B,
berlawanan dengan gambar setara dengan -AGo.
A+B-;P (12)
BANYAK FAKTOR MEMENGARUHI LAIU jumlah molekulyang memiliki energi kinetikmemadai untuk
REAKSI mengatasi hambatan energi aktivasi akan tetap. Dengan
demikian, jumlah tumbukan dengan energi yang memadai
Teori kinetik-disebut juga teori tumbukan (collision untuk menghasilkan produk P akan berbanding lurus
theory)-pada kinetika kimia menyatakan bahwa agar dua dengan jumlah tumbukan antara A dan B, dan karenanya,
molekul bereaksi, keduanya harus (1) saling berdekatan konsentrasi molar keduanya, yang ditandai dengan tanda
dalam jarak yang memungkinkan pembentukan ikatan kurung besar,
(bond-forming distance) satu sama lain, atau "bertumbukan';
Laju .c [A][B] (13)
dan (2) memiliki energi kinetik yang cukup untuk mengatasi
hambatan energi untuk mencapai keadaan transisi. Oleh Demikian juga, untuk reaksi yang disajikan oleh
karena itu, semua yang meningkatkan fekuensi atar energi
tumbukan di antara substrat akan meningkatkan laju reaksi
A+28+P (14)
Hambatan energi
Laju, = k, 1P1 (21)
r= t lolu
I
K-eq Adqloh R.osio Konstonto
:c
=o
I
I
Sementara semua reaksi kimia sedikit banyak bersifat
reversibel, pada keseimbangan konsentrasi heseluruhan
I
0
-------+ reaktan dan produk tetap konstan. Oleh karena itu, pada
Energi kinetik +
keseimbangan, laju perubahan subsuat menjadi produk
Gambar 8-1. Hambatan energi untuk reaksi kimia setara dengan laju perubahan produk menjadi substrat.
68 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
Laju, = Laju, (22) (lihat Gambar 7-7) menggambarkan bagaimana suatu enzim
menggunakan katalisis kovalen untuk menghasilkan suatu
Oleh karena itu,
jalur reaksi yang unik.
kl[A]"[B]' = k, [P] (23)
hingga 45-55 "C. Sebaliknya, enzim dari mikroorganisme garam dengan enzim. Gugus bermuatan tersering adalah
termofilik yang berada di mata air panas vulkanik atau celah gugus karboksilat negatif dan gugus amin berproton yang
hidrot"ermal bawah laut mungkin stabil hingga suhu'di atas bermuatan positif, Oleh karena itu, penambahan atau
100 0c. pengurangan gugus-gugus bermuatan akan memengaruhi
Qn atau koefisien suhu adalah faktor yang menun- secara negatif pengikatan substrat sehingga katalisis akan
jukkan seberapa besar laju suatu proses biologis meningkat melambat atau lenyap.
pada peningkatan suhu 10
oC. Untuk kisaran suhu dengan
enzim yang stabil, laju sebagian besar proses biologis biasa- PENGUKURAN REAKSI YANG DIKATATISIS
nya meningkat dua kali lipat untuk peningkatan suhu l0 oC OIEH ENZIM BIASANYA MENGUKUR
(Qo = Z). Perubahan laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim KECEPATAN AWAL
yang menyertai peningkatan atau penurunan suhu tubuh
merupakan suatu hal penting dalam kelangsungan hidup Sebagian besar pengukuran laju reaksi yang dikatalisis oleh
makhiuk "berdarah dingin", seperti kadal atau ikan yang enzim menggunakan periode waktu yang relatif singkat,
suhu tubuhnya ditentukan oleh lingkungan eksternalnya. kondisi yang menyerupai kondisi laju awal. Pada kondisi ini,
Namun, untuk mamaiia dan organisme homeotermik lain, laju reaksi kebalikan dapat diabaikan karena jumlah produk
perubahan laju reaksi enzim sesuai suhu memiliki makna fi- yang terakumulasi sangat sedikit. Karenanya, kecepatan
siologis hanya dalam keadaan-keadaan, seperti demam atau awal (v; initial aelocity) reaksi pada hakikatnya adalah laju
hipotermia. reaksi ke depan. Pengukuran aktivitas enzim hampir selalu
menggunakan substrat dengan konsentrasi molar besar (103-
Konsenlrqsi lon Hidrogen 107) dibandingkan enzimnya. Pada kondisi ini, v setara
dengan konsentrasi enzim. Oleh karena itu, pengukuran
Laju hampir semua reaksi yang dikatalisis oleh enzim kecepatan awal memungkinkan kita memperkirakan jumlah
memperlihatkan ketergantungan signifikan pada konsentrasi enzim yang ada dalam suatu sampel biologis.
ion hidrogen. Sebagian besar enzim intrasel memperlihatkan
aktivitas optimal pada nilai pH antara 5 dan 9. Hubungan
KONSENTRASI SUBSTRAT
aktivitas dengan konsentrasi ion hidrogen (Gambar 8-2)
mencerminkan keseimbangan antara denaturasi enzim pada
MEMENGARUHI IAJU REAKSI
pH tinggi atau rendah dan efek pada keadaan bermuatan Pada pembahasan berikut, reaksi enzim dianggap seolah-olah
dari enzim, substrat, atau keduanya. Bagi enzim yang hanya memiliki satu substrat dan satu produk. Sementara
mekanismenya melibatkan katalisis asam-basa, residu-residu kebanyakan enzim memiliki lebih dari satu substrat, prinsip-
yang terlibat harus berada dalam keadaan terprotonasi prinsip yang dibahas di bawah juga berlaku bagi enzim
yang tepat agar reaksi dapat berlangsung. Pengikatan dengan banyak substrat.
dan pengenalan molekul substrat dengan gugus-gugus Untuk suatu enzim tipikal, peningkatan konsentrasi
disosiatif juga biasanya melibatkan pembentukan jembatan substrat akan meningkatkan v hingga tercapai nilai
maksimal \* (Gambar 8-3). Jika peningkatan lebih
lanjut konsentrasi substrat tidak meningkatkan v, enzim
dikatakan "jenuh' oleh substrat. Perhatikan bahwa bentuk
kurva yang menghubungkan aktivitas dengan konsentrasi
substrat (Gambar 8-3) tampak hiperbolik. Pada setiap saat,
pH
"f^%
Lzn '}J *{\
l\ ^
(o/
J^b =s
c5-6b' ffi=.
\*rl rt
'}'Jii
Gambar 8-4. Representasi suatu enzim pada konsentrasi substrat yang rendah (A), tinggi (C), dan setara dengan Km (B).
Titik A, B, dan C berkorespondensi dengan titiktitik di Cambar B-3.
hanya molekul substrat yang berikatan dengan enzim dalam substrat. Ketergantungan kecepatan reaksi awal pada [S]
bentuk kompleks ES yang dapat diubah menjadi produk. dan K^dapat diilustrasikan dengan mengevaluasi persamaan
Kedua, konstanta keseimbangan untuk pembentukan Michaelis-Menten dalam tiga kondisi.
kompleks enzim-substrat tidaklah besar tanpa-batas. Oleh (r) lika [S] jauh lebih kecil daripada n'. (tidk A di
karena itu, jika terdapat kelebihan substrat (titikA dan B di
Gambar 8-3 dan 8-4), K^+ [S] pada hakikatnya sama dengan
Gambar 8-4), hanya sebagian enzimyang mungkin berada K . Penggantian K + [S] dengan K mereduksi persamaan
dalam bentuk kompleks ES. Dengan demikian, di titik A (29) menjadi
atau B, peningkatan atau penurunan [S] akan meningkatkan
atau menurunkan jumlah kompleks ES disertai perubahan ymax lsl v*u* fsf
.u' -^-*Et ,ui _=on. _ [v.r" ],r,
-(.*,.nJ'"'
yang sesuai di v. Di titik C (Gambar 8-4), pada hakikatnya
semua enzim terdapat dalam bentuk kompleks ES. Karena (30)
tidak ada enzim bebas yang tersedia untuk membentuk ES, dengan - berarti "kira-kira sama dengan". Karena V-* dan
peningkatan lebih lanjut [S] tidak dapat meningkatkan laju K konstan, rasio keduanya konstan. Dengan kata lain, jika
reaksi. Dalam kondisi jenuh ini, v. semata-mata bergantung [S] jauh lebih rendah daripada K, v. setara dengan k[S].
pada-dan karenanya dibatasi oleh-kecepatan disosiasi Dengan demikian, kecepatan reaksi awal berbanding lurus
(penguraian) produk dari enzim tersebut sehingga enzim ini dengan [S].
dapat mengikat lebih banyak substrat. (2) Jika [S] jauh lebih besar daripada ,(- (titik C di
Gambar 8-3 dan 8-4), K^ + [S] pada hakikatnya setara
PERSAWA/AN MICHAEIIS-MENTEN dengan [S]. Penggantian K^ + [S] dengan [S] mereduksi
& HILL MENGGAMBARKAN EFEK persamaan (29) menjadi
KONSENTRASI SUBSTRAT
vi=-
ymax lsl L'i ymax [sl
- =Ymdx (31)
Persomoon Michoelis-Menfen k- r lSl - ISi
Persamaan Michaelis-Menten (29) memperlihatkan secara Oleh karena itu, jika [S] jauh lebih besar daripada K,
matematis hubungan antara kecepatan awal reaksi v. dan kecepatan realsinya adalah malaimal (V-*) dan tidak
konsentrasi substrat [S] yang secara grafis diperlihatkan di dipengaruhi oleh peningkatan lebih lanjut konsentrasi
Gambar 8-3. substrat.
(3) Jika tsl = ,K- (titik B di Gambar 8-3 dan 8-4).
' !13'I!
u, =
K,.n + lsl (29)
vi-
ymax [s] ymax [s] - v'.n""
Konstanta Michaelis 1( adalah konsentrasi substrat K* + [S] 2tsl 2
(32)
dengan v, adalah sepatuh dari kecepatan maksimal
N^Jtl yang dapat dicapai pada konsentrasi tertentu Persamaan (32) menyarakan bahwa jika [S] sama dengan
enzim. Oleh karena itu, K memiliki besaran konsentrasi K, kecepatan awal adalah separuh maksimal. Persamaan
BAB 8: ENZIM:KINETIKA /7t
tsl
yang sangat tinggi (sehingga secara praktis sulit dilakukan)
untuk mencapai kondisi jenuh. Bentuk linier persamaan Gambar 8-5. Plottimbal-balik ganda atau plot Lineweaver-Burk i/v
versus 1/[S] yang digunakan untuk mengevaluasi K, dan V.",.
Michaelis-Menten mengatasi masaiah ini dan memungkin-
kan V ,, dan K diekstrapolasikan dari data kecepatan awal
yang diperoleh pada konsentrasi substrat lebih rendah dari-
pada konsentrasi jenuh. Dimulai dari persamaan (29),
Km
Munokin Mendekqti Konslontq
Pengikoton
ymax [s]
Afinitas suatu enzim terhadap substratnya adalah kebalikan
"'=o*t (2e) dari konstanta disosiasi Ko untuk penguraian kompleks
enzim substrat ES.
dibalik k1
E + SpES
1: K- +
ymax
[S] k_1 (37)
ul [s] (33) k,
Ka=
r, (38)
faktor
Dengan kata lain, semakin kecil kecenderungan enzim dan
Km
* [t] substratnya terurai, semahin besar afrnitas enzim terhadap
ymax [s] ymax [s]
(3+) substratnya. Sementara konstanta Michaelis K sering
mendekati konstanta disosiasi Ko, namun hal ini tidak selalu
terjadi. Untuk reaksi tipikal yang dikatalisis oleh enzim,
dan disederhanakan
k1 k2
r (r,')r 1 E+SclES-+E+P
vi I u,.nn* J ts] u..nr" k_r (39)
(35)
nilai fSl yang menghasilkan v. =V adalah
^*12
Persamaan (35) adalah persamaan untuk garis lurus, 7 = 41
k-1 +k,1
+ b, dengan ! = llvidan x = 1/[S]. Oleh karena itu, piot [Sl =
j=Km
l/v sebagai ! yang merupakan fungsi dari 1/lSl sebagai x k1
(40)
menghasilkan garis lurus yang memotong y di l/V -" dengan
kecuraman f-lv-"". Plot semacam ini disebut plot timbal- Jika k, >> kr, maka
batik ganda atau plot Lineweaver-Burk (Gambar 8-5). (41\
Dengan menempatkan y
pada persamaan (36) di nol dan
k-,+kr-k-,
menghitung x diperoleh bahwa garis memotong di -l I K^. dan
t.
-1
[S]:]r=K,1
K,-l (42)
0=ax+b; maka,*=1-
aKm (36) Oleh karena itu, llK^hanya mendekati llKopada kondisi
saat asosiasi dan disosiasi kompleks ES berlangsung cePat
Oleh karena itu, d mudah dihitung dari nilai negatif garis relatif terhadap tahap pembatasJaju (rate-limiting step)
memotong sumbu x. dalam katalisis. Untuk banyak reaksi yang dikatalisis oleh
72 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
enzim dengan k, * h tidahkira-kira sama dengan kp llK^ kemiringan garis n adalah koefisien Hill, suatu parameter
akan lebih kecil daripada 1/Ko. empiris yang nilainya adalah fungsi dari jumlah, jenis, dan
kekuatan interaksi banyak tmpat pengikatan-substrat pada
Persomqqn Hill Menieloskqn Perilqku enzim. Jika n = 1, semua tempat pengikatan berperilaku
Enzim yong Memperlihqtkon Pengikoton secara independen, dan ditemukan perilaku kinetik
Kooperotif Subsffot n lebih besar dari 1, enzim
Michaelis-Menten biasa. Jika
dikatakan memperlihatkan kooperativitas positif. Karena
Meskipun kebanyakan enzim memperlihatkan kinetika itu, pengikatan substrat ke salah satu tempat meningkatkan
saturasi sederhana seperti di Gambar 8-3 dan secara afinitas tempat pengikatan yang tersisa untuk mengikat
adekuat dapat dijelaskan dengan persamaan Michaelis- substrat lain. Semakin besar nilai n, semakin tinggi derajat
Menten, namun sebagian enzim mengikat substrat mereka kooperativitas dan semakin sigmoid plot v versus [S]. Caris
secara kooperatif analog dengan pengikatan oksigen oleh tegak lurus dari titik tempat nilai 7 log u,/(V-,, - v,) adalah
hemoglobin (Bab 6). Perilaku kooperatif ini adalah suatu nol akan memotong sumbu x di konsentrasi substrat yang
sifat eksklusif enzim multimerik yang mengikat substrat di disebut Sro, yaitu konsentrasi substrat yang menghasilkan
banyak tempat. kecepatan separuh maksimal. Oleh karena itu, Sro analog
Bagi enzim yang memperlihatkan kooperacivitas dengan Pro untuk pengikatan olaigen oleh hemoglobin (Bab
positif dalam mengikat substratnya, bentuk kurva yang 5).
menghubungkan perubahan v. dengan perubahan tS]
berbentuk sigmoid (Gambar 8-6). Baik persamaan Michaelis- ANATISIS KINETIK
Menten maupun plot timbal-balik gandanya tidak dapat INHIBISI KOMPETITIF
digunakan untuk mengevaluasi kinetika saturasi kooperatif. DAN NONKOMPETITIF
'YIEMBEDAKAN
Oleh karena itu, para ahli enzimologi menggunakan
representasi grafik dari pers:rmaan Hill yang semula Inhibitor aktivitas katalitik enzim menghasilkan
digunakan untuk menjelaskan pengikatan kooperatif O, bahan farmakologik maupun alat riset untuk meneliti
oleh hemoglobin. Persamaan (43) mencerminkan persamaan mekanisme kerja enzim. Inhibitor dapat diklasifikasikan
Hill yang disusun dalam suatu bentukyang memprediksikan berdasarkan tempat kerjanya di enzim, apakah inhibitor
sebuah garis lurus, dengan k adalah konstanta kompleks. tersebut memodifikasi enzim secara kimiawi, atau pada
parameter kinetik yang dipengaruhinya. Secara kinetis, kita
ov.|
Ios
=nloglsl-logk'
membedakan dua kelas inhibitor berdasarkan pada apakah
V-""-u1 peningkatan konsentrasi substrat akan mengatasi inhibisi
(43) atau tidak.
Persamaan (43) menyatakan bahwa jika [S] rendah relatif
terhadap k, maka kecepatan reaksi awal meningkat sebagai
pangkat ke-n [S].
Sebuah grafik dari log v/(V *-v,) versus 1og ISJ
menghasilkan sebuah garis lurus (Gambar 8-7), dengan
I
I
>ltl
ld 0 Kecrlraman = n
IJ
o)
I
*4 Suo
Log [s]
lnhibitor Komperifif Biosonyo Mirip Substrqt Suatu inhibitor kompetitif dan substrat menimbulkan efek
timbal-balik pada konsentrasi kompleks EI dan ES. Karena
Efek inhibitor kompetitif dapat diatasi dengan meningkatkan terikatnya substrat pada enzim menghilangkan enzim bebas
konsentrasi substrat. Umumnya, pada inhibisi kompetitif ini, yang tersedia untuk mengikat inhibitor, peningkatan [S]
inhibitor (I) berikatan dengan bagian dari tempat aktif yang menurunkan konsentrasi komplela EI dan meningkatkan
mengikat-substrat dan menghambat akses ke substrat. Oleh kecepatan reaksi. Seberapa besar IS] perlu ditingkatkan untuk
karena itu, struktur kebanyakan inhibitor kompetitif klasik mengatasi inhibisi secara totai bergantung pada konsentrasi
cenderung mirip dengan struktur substrat, dan karenanya inhibitor yang ada, afinitasnya terhadap enzim K, dan K
dinamai analog substrat. Inhibisi enzim suksinat dehidro- enzim untuk substratnya.
genase oleh malonat menggambarkan inhibisi kompetitif
oleh analog substrat. Suksinat dehidrogenase mengatalisis pe- Plol Timbol-Bolik Gqndo Mempermudoh
ngeluaran satu atom hidrogen dari setiap dua karbon metiien Evqluqsi lnhibiror
dari suksinat (Gambar 8-8). Baik suksinat maupun analog
strukturalnya malonat (OOC-CHr-COOI dapat mengikat Plot timbal-balik ganda (double reciprocal plot) membedakan
bagian aktif suksinat dehidrogenase, masing-masing mem- antara inhibitor kompetitif dan nonkompetitif serta memper-
bentuk suatu kompleks ES atau EI. Namun, karena hanya mudah evaluasi konstanta inhibisi. Dilakukan penentuan v
memiliki satu karbon metilen, malonat tidak dapat meng- pada beberapa konsentrasi substrat baik dengan atau tanpa
alami dehidrogenasi. Pembentukan dan penguraian kom- disertai keberadaan inhibitor. Untuk inhibisi kompetitif klasik,
plels EI adalah suatu proses dinamik yang dijelaskan oleh garis yang menghubungkan titik-titik data eksperimen bertemu
di sumbuT (Gambar 8-9). Karena perpotongan garis di sumbu
k1
.,/ sama dengan l/V *, pola ini menunjukkan bahwa
jika
EnzlPEnz+l l/[S] mendekati 0, v tidak bergantung pada keberadaan
k-r @4) inhibitor. Namun, perhatikan bahwa perpotongan garis
dengan konstanta keseimbangan K adalah di sumbu x bervariasi sesuai dengan konsentrasi inhibitor
- dan bahwa karena -llK^ lebih kecil daripada llK^, K^
("K^yan1 teriihat") menjadi lebih besar jika konsentrasi
.. tEnzlill-
/(1 =
k1
inhibitor meningkat. Oleh karena itu, inhibitor kompetitif
' lEnzll -k-1 (4s) tidak berefek pada V^*, tetapi meningkatkan K^, K^
- yang tampak untuk substrat. Untuk inhibisi kompetitif
Akibatnya, inhibitor kompetitif bekerja dengan menurun- sederhana, perpotongan garis dengan sumbu x adalah
kan jumlah molekul enzim bebas yang tersedia untuk
mengikat substrat, yi, untuk membentuk ES' dan akhir- -1(" ilt)
nya menghasilkan produk, seperti dijelaskan di bawah:
KrI K,) (47)
H* C -COO- H
- ^-^nn-
Menurunkoh V.o., tetopi
-ooc*c*H I
-ooc
il Tidok Memengoruhi K-
- c -H
Pada inhibisi nonkompetitif, pengikatan inhibitor tidak
I
H
Suksinat Fumarat memengaruhi pengikatan substrat. Oleh karena itu,
kompleks EI dan EIS dapat terbentuk. Namun, sementara
kompleks enzim-inhibitor tetap dapat mengikat substrat,
Gambar 8-8. Reaksi suksinat dehidrogenase namLln efisiensinya mengubah substrat menjadi produkyang
74 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
ll EAB-EPO
dapat digunakan plot timbal-balik ganda untuk menentukan
\* dan K . v diukur sebagai fungsi konsentrasi salah satu
substrat (substrat variabel) sementara konsentrasi substrat
lain (substrat-tetap) dipertahankan konstan. Jika garis yang
diperoleh dari beberapa konsentrasi substrat-tetap diplotkan
ke grafik yang sama, kita dapat membedakan antara suatu
enzim ping-pong yang menghasilkan garis sejajar, dan
mekanisme sekuensial yang menghasilkan pola garis-garis
berpotongan (Gambar 8-12).
Beberapa studi tentang inhibisi produk digunakan
untuk melengkapi analisis kinetik dan untuk membedakan
antara reaksi Bi-Bi acak dan teratur. Sebagai contoh, pada
irl
APB
EA-FP
reaksi Bi-Bi urutan-acak, masing-masing produk akan
menjadi inhibitor kompetitif tanpa memandang substrat
mana yang menjadi substrat variabel. Namun, untuk
Gambar B-11. Contoh tiga kelas mekanisme reaksi Bi-Bi. Caris mekanisme sekuensial (Gambar 8-11, atas), hanya produk
horizontal mencerminkan enzim. Tanda panah menunjukkan Qy".rg akan menghasilkan pola yang menunjukkan inhibisi
penambahan substrat dan keluarnya produk. Atas: Reaksi Bi-Bi kompetitif jika A adaiah substrat variabel, sementara hanya
teratur yang khas untuk banyak oksidoreduktase dependen NAD(P) produk P yang akan menghasilkan pola dengan B sebagai
H. Tengah: Reaksi Bi-Bi acak, khas untuk banyak kinase dan
substrat variabel. Kombinasi lain inhibitor produk dan
beberapa dehidrogenase. Bawah: Reaksi ping-pong, khas untuk
aminotransferase dan protease serin.
substrat variabel akan menghasilkan bentuk-bentuk inhibisi
nonkompetitif yang kompleks.
Efek inhibitor kompetitif yang biasanya mirip dengan penemuan obat, farmakodinamika perbandingan, dan
substrat, diatasi dengan meningkatkan konsentrasi menentukan cara kerja obat.
substrat. Inhibitor nonkompetitif menurunkatt V**,
tetapi tidak memengaruhi K .
Berbagai substrat dapat bereaksi dalam rangkaian acak REFERENSI
(semua substrat dapat berikatan pertama kali dengan
enzim) atau mengikuti urutan-wajib (substrat A harus Fersht A: Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to
berikatan sebelum substrat B). Enzynte Catalysis and Protein Folding. Freeman, 1999.
Dalam realsi ping-pong, satu atau lebih produk FraserCM, Rappuoli R: Application of microbial genomic science
dibebaskan dari enzim sebelum semua substrat to advanced therapeutics. Annu Rev Med2005:56:459.
ditambahkan. Schultz AR: Enzyme Kinetics: From Diastase to Muhi-enzyme
Aplikasi kinetika enzim mempermudah kita Sltstems. Cambridge Univ Press, 1994.
mengidentifikasi dan mengetahui karakter obat yang Segel IH: \7iley Interscience, \975.
Enzyme Kinetics.
rVlodawer A: Rational approach to AIDS drug design through
secara selektif menghambat enzim tertentu. Oleh karena
itu, kinetika enzim berperan sentral dan penting dalam structural biology. Annu Rev Med2002;53:595.