Peter J. Kennelly, PhD & Victor W.

Rodwell, PhD
PERAN BIOMEDIS
Kinetika enzim adalah bidang biokimia yang berkaitan
dengan pengukuran kuantitatif laju reaksi yang dikatalisis
oleh enzim dan studi sistematik tentang faktor-faktor yang
memengaruhi laju tersebut. Aktivitas enzim yang lengkap dan
seimbang merupakan hal mendasar untuk mempertahankan
homeostasis. Oleh karena itu, pemahaman tentang kinetika
enzim penting untuk memahami bagaimana stres fisiologik
seperti anoksia, asidosis atau alkalosis metabolik, toksin, dan
bahan farmakologik memengaruhi keseimbangan tersebut.
Analisis kinetik dapat mengungkapkan jumlah dan urutan
tahapan-tahapan transformasi substrat menjadi produk
oleh enzim. Bersama dengan site-directed mutagenesis dan
teknik lain yang meneliti struktur protein, analisis kinetik
juga dapat mengungkapkan detail mekanisme katalitik
suatu enzim. Keterlibatan enzim dalam hampir semua
proses fisiologis menyebabkannya menjadi salah satu pilihan
sasaran untuk obat yang menyembuhkan atau mengatasi
penyakit pada manusia. Oleh karena itu, penerapan kinetika
enzim merupakan cara penting bagi ilmuwan untuk
mengidentifikasi dan menentukan karakter obat yang secara
selektif menghambat laju proses tertentu yang dikatalisis
oleh enzim. Dengan demikian kinetika enzim berperan
sentral dan penting dalam penemuan obat, farmakodinamika
perbandingan, dan penentuan cara kerja obat.
REAKSI KIMIA DIJETASKAN DENGAN
MENGGUNAKAN PERSAMAAN
KESETIMBANGAN
Suatu persamaan kesetimbangan kimia (baknced chemical
equation) mencantumkan spesies kimia (substrat) awal yang
ada dan spesies kimia baru (produk) yang dibentuk untuk
reaksi kimia tertentu, semuanya dalam proporsi yang tepat
atau stoikiometri. Sebagai contoh, persamaan kesetimbangan
(1) di bawah menjelaskan reaksi satu molekul dari masing-
masing substrat A dan B untuk membentuk satu molekul
dari masing-masing produk P dan
Q.
Thnda panah ganda menunjukkan reversibilitas, suatu
sifat intrinsik dari semua reaksi kimia. Oleh karena itu,
untuk reaksi (1), jika A dan B dapat membentuk P dan
Q,
maka P dan
Q
juga dapat membentuk A dan B. Dengan
demikian, penentuan suatu reaktan sebagai "substrat" atau
"produk'
sedikit banyak bersifat arbitrer karena produk
suatu reaksi yang dituliskan dalam satu arah adalah substrat
bagi reaksi yang berlawanan. Namun, istilah
"produk'
sering
digunakan untuk menandai reaktan yang pembentukannya
menguntungkan secara termodinamis. Reaksi dengan faktor
termodinamis yang sangat mendukung pembentukan
produk yang ditunjukkan oleh tanda panah sering dituliskan
dengan tanda panah tunggal seolah-olah reaksi tersebut
"ireversibel":
A+B-;P+Q
(2)
Tanda panah satu arah juga digunakan untuk menjelaskan
reaksi di dalam sel hidup tempat produk reaksi (2) segera
dikonsumsi oleh reaksi selanjutnya yang dikatalisis oleh
enzim. Oleh karena itu, pengeluaran segera produk P atau
Q
secara efektif meniadakan kemungkinan terjadinya
reaksi kebalikan sehingga persamaan (2) secara fungsional
menjadi ireversibel pada kondisi fisiologis.
PERUBAHAN ENERGI
BEBAS MENENTUKAN ARAH
& KEADAAN KESEIMBANGAN
REAKSI KIMIA
Perubahan energi bebas Gibbs AG (disebut juga energi bebas
atau energi Gibbs) menjelaskan arah suatu reaksi kimia akan
cenderung berlangsung maupun konsentrasi reaktan dan
produk yang akan terdapat dalam keadaan keseimbangan.
AG untuk suatu reaksi kimia setara dengan jumlah energi
bebas dari pembentukan produk reaksi AGo dikurangi
jumlah energi bebas dari pembentukan substrat AG". AGo
menunjukkan perubahan energi bebas yang menyertai
transisi dari keadaan standar, konsentrasi satu molar substrat
dan produk, menuju keseimbangan. Istilah biokimia yang
lebih bermanfaat adalah AG"', yang mendefinisikan AGo pada
keadaan standar 10'7 M proton, pH7,0
(Bab 11).
Jika
energi A+BpP+Q (1)
65
"
_
lPltQl
eq
lAllBl
dan untuk reaksi (5)
A+ApP
"
IP]
K"q
=
nl2
66 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
bebas pada pembentukan produk lebih rendah daripada
pada pembentukan substrat, tanda AGo dan AGo' akan
negatif yang menunjukkan bahwa reaksi tertulis cenderung
dari kiri ke arah kanan. Reaksi semacam ini disebut sebagai
reaksi spontan. Tirnda dan besar perubahan energi bebas
akan menentukan sejauh mana reaksi akan berlangsung.
Persamaan
(3)
ACo
=
-RT ln K"u
(3)
menggambarkan hubungan antara konstanta keseimbangan
K.. dan AGn, dengan R adalah konstanta gas (1,98 kal/mol/
K'atau 8,31 T/mol/K) dan T adalah suhu mutlak dalam
derajat Keluin. K" serara dengan hasil kali konsenrrasi
produk-produk reaki, masing-masing dipangkatkan sesuai
stoikiometrinya, dibagi hasil kali substrat yang masing-
masing dipangkatkan sesuai stoikiometrinya.
UntukreaksiA+B42P+Q
katalisis. Persarpaan
(7) melukiskan suatu reaksi penggantian,
yaitu suatu gugus E yang masuk menggantikan gugus L yang
keluar, yang semula melekat pada R.
E+R-LdE-R+L
g)
Pada pertengahan perjalanan reaksi penggantian ini, ikatan
antara R dan L telah melemah, tetapi belum terputus total,
sedangkan ikatan baru antara E dan R belum terbentuk
sempurna. Zat antara transien ini-tidak ada substrat atau
produk yang berada dalam keadaan bebas pada keadaaan
ini-disebut keadaan transisi, E"'R"'L. Garis titik-
titik mewakili ikatan
"parsial" yang sedang mengalami
pembentukan dan pemutusan.
Reaksi (7) dapat dianggap terdiri dari dua
"realsi
parsial,"
yang pertama berkorespondensi dengan pembentukan
(F)
dan yang kedua dengan peluruhan
(D) zat antara keadaan
transisi selanjutnya. Seperti semua reaksi, perubahan khas
dalam energi bebas, AG, dan AGo berkaitan dengan masing-
masing reaksi parsial
E+R-LdE...R'..l ACF
(B)
E...R...LCE-R+L ACD
(9)
E + R- L
C
E - R + L AG
=ACr
+ACo (10)
Untuk reaksi keseluruhan
(10), AG adalah jumlah AG, dan
AG,r. Seperti semua persamaan yang terdiri dari dua suku,
tidaklah mungkin untuk memperkirakan tanda :tarr besar
AG' atau AGo dari AG.
Banyak reaksi melibatkan lebih dari satu keadaan transisi,
yang masing-masing disertai perubahan energi bebas. Untuk
reaksi-reaksi ini, AG keseluruhan mencerminkan
jumlah
semua perubahan energi bebas yang berkaitan dengan
pembentukan dan peluruhan semua keadaan transisi.
Oleh karena itu, dari AG keseluruhan kita tidak dapat
mengetahui
jumlah atau tipe keadaan transisiyang dilalui
oleh reaksi. Dengan kata lain: termodinamika keseluruhan
tidak memberikan informasi mengenai kinetika.
tG, Mendefinisikon Energi Akrivosi
Thnpa memperhatikan tanda dan besar AG, AG, untul
sebagian besar reaksi kimia memiliki tanda positif. Oleh
karena itu, pembentukan z t'zat antara keadaan transisi
mengharuskan diatasinya hambatan/sawar energi.. Dengan
demikian, AGu sering disebut energi aktivasi, E*.,, energi
yang diperlukan untuk mengatasi suatu hambatan energi
tertentu. Tingkat kemudahan-dan dengan demikian,
frekuensi-mengatasi hambatan ini berbanding terbalik
dengan E".,.
Jadi,
parameter termodinamik yang menentukan
seberapa cepat svatu realsi berlangsung adalah nilai AG,
untuk pembentukan keadaan transisi yang dilalui oleh reaksi'
A)
(s)
(6)
AGo dapat dihitung dari persamaan
(3) jika konsentrasr
substrat dan produk yang terdapat dalam keseimbangan
diketahui.
Jika
AGo adalah suatu angka negatif, K.,, akan lebih
besar dari satu dan konsentrasi produk pada keseimbangan
akan melebihi konsentrasi substrat.
Jika
AGo positif, Ko
akan kurang dari 1 dan akan menguntungkan pembentukan
substrat.
Perhatikan bahwa, karena AGo adalah fungsi keadaan
awal dan al<hir zat-zat yang bereaksi, besaran ini hanya
dapat memberikan informasi mengenai arah dan keadaan
keseimbangan reaksi. AGo tidak bergantung pada mekanisme
reaksi dan karenanya tidak memberikan informasi mengenai
Iaju (kecepatan) realsi. Oleh karena itu-dan seperti
dijelaskan di bawah-meskipun suatu reaksi mungkin
memiliki AGo atau AGO' yang negatif besar, namun reaksi
tersebut tetap berlangsung meskipun dengan kecepatan
yang sangat rendah.
LAIU REAKSI DITENTUKAN OIEH ENERGI
AI(TIVASINYA
Reoksi Berlongsung
Melolui Keodoan Transisi
Konsep keadaan transisi (nansition state) adalah hal
mendasar untuk memahami dasar kimiawi dan te rmodinamik
Untuk reaksi sederhana, dengan
oc berarti
"setara
dengan,"
"
Laju cc g-E"./RT
(1
1)
Energi aktivasi untuk reaksi yang berjalan dalam arah
berlawanan dengan gambar setara dengan -AGo.
BANYAK FAKTOR MEMENGARUHI LAIU
REAKSI
Teori kinetik-disebut juga teori tumbukan (collision
theory)-pada kinetika kimia menyatakan bahwa agar dua
molekul bereaksi, keduanya harus (1) saling berdekatan
dalam jarak yang memungkinkan pembentukan ikatan
(bond-forming distance) satu sama lain, atau
"bertumbukan';
dan (2) memiliki energi kinetik yang cukup untuk mengatasi
hambatan energi untuk mencapai keadaan transisi. Oleh
karena itu, semua yang meningkatkan
fekuensi
atar energi
tumbukan di antara substrat akan meningkatkan laju reaksi
yang dijalani substrat-substrat tersebut.
Suhu
Peningkatan suhu akan meningkatkan' energi kinetik
molekul. Seperti diperiihatkan di Gambar 8-1, jumlah total
molekul yang energi kinetiknya melebihi hambatan energi
E"". (batang vertikal) untuk membentuk produk, meningkat
dari suhu rendah (A), melalui pertengahan (B) ke tinggi
(C). Peningkatan energi kinetik molekul juga meningkatkan
gerakan molekul sehingga frekuensi tumbukan jrg"
meningkat. Kombinasi tumbukan yang lebih sering dan
lebih berenergi serta produktif ini akan meningkatkan laju
reaks i.
Konsentrqsi R.eqkton
Frekuensi tumbukan molekul berbanding lurus dengan
konsentrasi molekul-molekul yang bersangkutan. Untuk
dua molekul yang berbeda A dan B, frekuensi tumbukan
antara keduanya akan menjadi dua kali lipat jika konsentrasi
-------+
Energi kinetik +
Gambar 8-1. Hambatan energi untuk reaksi kimia
BAB 8: ENZIM: KINETIKA I Ol
A atau B dinaikkan dua kali lipat.
Jika
konsentrasi A dan
B digandakan, kemungkinan tumbukan akan meningkat
empat kali lipat.
Untuk reaksi kimia yang berlangsung pada suhu tetap
dan melibatkan satu molekul A dan satu molekul B,
A+B-;P
(12)
jumlah molekulyang memiliki energi kinetikmemadai untuk
mengatasi hambatan energi aktivasi akan tetap. Dengan
demikian, jumlah tumbukan dengan energi yang memadai
untuk menghasilkan produk P akan berbanding lurus
dengan jumlah tumbukan antara A dan B, dan karenanya,
konsentrasi molar keduanya, yang ditandai dengan tanda
kurung besar,
Laju .c
[A][B]
(13)
Demikian juga, untuk reaksi yang disajikan oleh
A+28+P (14)
yangjrga dapat ditulis sebagai
A+B+B+P
ekspresi laju reaksi yang sesuai
Laju cc
IAltBllBl
Laju cc
tAltBl'?
Untuk kasus umum jika n molekul A bereaksi dengan m
molekul B,
(1s)
(16)
(17)
(18)
(1e)
ekspresi laju adalah
nA+mB-tP
Laju oc
[A]"[B]'
Laju,
=
krlAl"[B]'
Laju,
=
k,
1P1
Penggantian konstanta proporsionalitas dengan tar'da yang
sama dengan memasukkan suatu proporsionalitas atau
konstanta laju kyang khas untuk reaksi akan menghasilkan
persamaan
(20) dan (21), dengan subskrip 1 dan -1 yang
masing-masing merujuk pada reaksi ke kanan dan ke kiri.
(20)
(21)
t
r= I
=o
I
:c
I
I
0
K-
Adqloh R.osio Konstonto lolu
eq
Sementara semua reaksi kimia sedikit banyak bersifat
reversibel, pada keseimbangan konsentrasi heseluruhan
reaktan dan produk tetap konstan. Oleh karena itu, pada
keseimbangan, laju perubahan subsuat menjadi produk
setara dengan laju perubahan produk menjadi substrat.
Hambatan energi
68 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
Oleh karena itu,
dan
Laju,
=
Laju,
kl[A]"[B]'
=
k, [P]
k1
_
[P]
k
1 [A]"[B]'
(24)
Rasio k, terhadap k_, disebut konstanta keseimbangan, K.,.
Berikut ini adalah sifat-sifat penting suatu sistem dalam
keseimbangan yang perlu diingat:
(1) Konstanta keseimbangan adalah rasio konstanta-
konstanta laju reaksr (bukan laju reaksr).
(2) Pada keseimbangan, laju reaksi (bukan honstanta laju)
dari reaksi ke depan
(kanan) atau mundur (kiri) adalah
setara.
(3) Keseimbangan adalah su au keadaan dinam i k. Meskrp un
tidak terdapat perubahan nettokonsentrasi substrat atau
produk, namun masing-masing molekul substrat dan
produk saling terkonversi secara kontinu.
(4) Nilai angka konstanta keseimbangan K" dapat dihitung
dari konsentrasi substrat dan produk pada keseimbangan
atau dari rasio k,/k_,.
KINETIKA KATATISIS ENZI'YIATIK
Enzim Menurunkqn Hombqton Energi
Akrivosi Suotu Reoksi
Semua enzim mempercepat laju reaksi dengan membentuk
keadaan-keadaan transisi dengan AG, yang lebih rendah.
Namun, enzim-enzim mungkin berbeda dalam cara
mencapai hal ini. Sementara mekanisme atau rangkaian
tahapan kimiawi di bagian aktif enzim pada hakikatnya sama
seperti reaksi yang berlangsung tanpa katalis, lingkungan di
bagian aktifenzim menurunkan AG, dengan menstabilkan
zat-zat antata keadaan transisi. Seperti dibahas di Bab 7,
stabilisasi dapat melibatkan (1)
gugus asam-basa yang berada
di tempat yang tepat untuk memindahkan proton ke atau
dari zat antara pada keadaan transisi yang terbentuk,
(2)
gugus bermuatan atau ion logam di tempat yang tepat untuk
menstabilkan muatan yang terbentuk, atau (3) penerapan
hambatan sterik pada substrat sedemikian rupa sehingga
geometri substrat mendekati geometri keadaan transisi.
Protease HIV (lihat Gambar 7-6) menggambarkan katalisis
oleh suatu enzim yang menurunkan hambatan aktivasi
dengan menstabilkan zat artara keadaan transisi.
Katalisis oleh enzim yang berlangsung melalui suatu
mekanisme re aksi un i kbiasanya terjadi jik azat antarakeadaan
transisi membentuk ikatan kovalen dengan enzim (katalisis
kovalen). Mekanisme katalitik serin protease kimotripsin
(lihat Gambar 7-7) menggambarkan bagaimana suatu enzim
menggunakan katalisis kovalen untuk menghasilkan suatu
jalur reaksi yang unik.
ENZIM T|DAK MEMENGARUHT K"q
Enzim mempercepat laju reaksi dengan menurunkan
hambatan aktivasi AG, Meskipun dapat mengalami
modifikasi sesaat sewaktu proses katalisis, namun enzim
muncul tanpa mengalami perubahan pada akhir reaksi.
Oleh karena itu, adanya suatu enzim tidak berpengaruh
pada AGo untuk reaksi beseluruban yang semata-mata
merupakan fungsi dari keadaan au.,al dan ahhir reaktan.
Persamaan (25) memperlihatkan hubungan antara konstanta
keseimbangan untuk suatu reaksi dan perubahan energi
bebas standar untuk reaksi tersebut:
ACo
=
-RT ln K
eq
Jika
kita menyertakan keberadaan enzim
(Enz) di dalam
perhitungan konstanta keseimbangan untuk realsi,
A+B+EnzpP+Q+Enz
ekspresi konstanta keseimbangan,
(26)
(-
''eq -
lPllQltEnzl
lAltBltEnzl (27)
direduksi ke persamaan yang idendk dengan persamaan
untuk reaksi tanpa keberadaan enzim:
tPltQl
K=
"eq
IAIBI (2s)
OIeh karena itu, enzim tidak berefek pada K,o.
BANYAK FAKTOR MEMENGARUHI tA'U
REAKSI YANG DIKATATISIS OIEH ENZIM
Suhu
Peningkatan suhu akan meningkatkan laju baik reaksi yang
tidak dikatalisis maupun yang dikatalisis enzim dengan
meningkatkan energi kinetik dan frekuensi tumbukan
molekul-molekul yang bereaksi. Namun, energi panas
juga dapat meningkatkan energi kinetik enzim hingga ke
suatu titik yang melebihi hambatan energi untuk merusak
interaksi nonkovalen yang mempertahankan struktur tiga-
dimensi enzim. Rantai polipeptida enzim kemudian mulai
terurai, atau mengalami denaturasi, disertai hilangnya
kemampuan katalitik enzim. Rentang suhu suatu enzim
mempertahankan konformasi yang stabil dan secara katalitis
kompeten bergantung pada-dan biasanya melebihi-
suhu normal sel tempat enzim tersebut berada. Enzim dari
manusia umumnya memperlihatkan stabilitas pada suhu
(22)
(23)
(2s)
hingga 45-55 "C. Sebaliknya, enzim dari mikroorganisme
termofilik yang berada di mata air panas vulkanik atau celah
hidrot"ermal bawah laut mungkin stabil hingga suhu'di atas
100
0c.
Qn
atau koefisien suhu adalah faktor yang menun-
jukkan seberapa besar laju suatu proses biologis meningkat
pada peningkatan suhu 10
oC.
Untuk kisaran suhu dengan
enzim yang stabil, laju sebagian besar proses biologis biasa-
nya meningkat dua kali lipat untuk peningkatan suhu l0
oC
(Qo
=
Z). Perubahan laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim
yang menyertai peningkatan atau penurunan suhu tubuh
merupakan suatu hal penting dalam kelangsungan hidup
makhiuk "berdarah dingin", seperti kadal atau ikan yang
suhu tubuhnya ditentukan oleh lingkungan eksternalnya.
Namun, untuk mamaiia dan organisme homeotermik lain,
perubahan laju reaksi enzim sesuai suhu memiliki makna fi-
siologis hanya dalam keadaan-keadaan, seperti demam atau
hipotermia.
Konsenlrqsi lon Hidrogen
Laju hampir semua reaksi yang dikatalisis oleh enzim
memperlihatkan ketergantungan signifikan pada konsentrasi
ion hidrogen. Sebagian besar enzim intrasel memperlihatkan
aktivitas optimal pada nilai pH antara 5 dan 9. Hubungan
aktivitas dengan konsentrasi ion hidrogen (Gambar 8-2)
mencerminkan keseimbangan antara denaturasi enzim pada
pH tinggi atau rendah dan efek pada keadaan bermuatan
dari enzim, substrat, atau keduanya. Bagi enzim yang
mekanismenya melibatkan katalisis asam-basa, residu-residu
yang terlibat harus berada dalam keadaan terprotonasi
yang tepat agar reaksi dapat berlangsung. Pengikatan
dan pengenalan molekul substrat dengan gugus-gugus
disosiatif juga biasanya melibatkan pembentukan jembatan
Gambar B-2, Efek pH pada aktivitas enzim. Sebagai contoh, suatu
enzim bermuatan negatif (EH
) berikatan dengan substrat bermuatan
positif (SH-). Dalam gambar, proporsi (%) SH- [\\\] dan EH l///l
diperlihatkan sebagai fungsi pH. Hanya di daerah berarsir silang
baik enzim maupun substrat memiliki muatan yang sesuai.
BAB 8: ENZIM: KINETIKA / 69
garam dengan enzim. Gugus bermuatan tersering adalah
gugus karboksilat negatif dan gugus amin berproton yang
bermuatan positif, Oleh karena itu, penambahan atau
pengurangan gugus-gugus bermuatan akan memengaruhi
secara negatif pengikatan substrat sehingga katalisis akan
melambat atau lenyap.
PENGUKURAN REAKSI YANG DIKATATISIS
OIEH ENZIM BIASANYA MENGUKUR
KECEPATAN AWAL
Sebagian besar pengukuran laju reaksi yang dikatalisis oleh
enzim menggunakan periode waktu yang relatif singkat,
kondisi yang menyerupai kondisi laju awal. Pada kondisi ini,
laju reaksi kebalikan dapat diabaikan karena jumlah produk
yang terakumulasi sangat sedikit. Karenanya, kecepatan
awal (v; initial aelocity) reaksi pada hakikatnya adalah laju
reaksi ke depan. Pengukuran aktivitas enzim hampir selalu
menggunakan substrat dengan konsentrasi molar besar (103-
107) dibandingkan enzimnya. Pada kondisi ini, v setara
dengan konsentrasi enzim. Oleh karena itu, pengukuran
kecepatan awal memungkinkan kita memperkirakan jumlah
enzim yang ada dalam suatu sampel biologis.
KONSENTRASI SUBSTRAT
MEMENGARUHI IAJU REAKSI
Pada pembahasan berikut, reaksi enzim dianggap seolah-olah
hanya memiliki satu substrat dan satu produk. Sementara
kebanyakan enzim memiliki lebih dari satu substrat, prinsip-
prinsip yang dibahas di bawah juga berlaku bagi enzim
dengan banyak substrat.
Untuk suatu enzim tipikal, peningkatan konsentrasi
substrat akan meningkatkan v hingga tercapai nilai
maksimal
\*
(Gambar 8-3).
Jika
peningkatan lebih
lanjut konsentrasi substrat tidak meningkatkan v, enzim
dikatakan
"jenuh' oleh substrat. Perhatikan bahwa bentuk
kurva yang menghubungkan aktivitas dengan konsentrasi
substrat (Gambar 8-3) tampak hiperbolik. Pada setiap saat,
Kn ts1
Cambar 8-3, Efek konsentrasi substrat pada kecepatan awal suatu
reaksi yang dikatalisis oleh enzim.
pH
70 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
J^b
=s
ffi=.
Gambar 8-4. Representasi suatu enzim pada konsentrasi substrat yang rendah (A), tinggi (C), dan setara dengan Km (B).
Titik A, B, dan C berkorespondensi dengan titiktitik di Cambar B-3.
"f^%
Lzn
'}J
(o/
l\
^
*{\
c5-6b'
\*rl
rt
'}'Jii
hanya molekul substrat yang berikatan dengan enzim dalam
bentuk kompleks ES yang dapat diubah menjadi produk.
Kedua, konstanta keseimbangan untuk pembentukan
kompleks enzim-substrat tidaklah besar tanpa-batas. Oleh
karena itu, jika terdapat kelebihan substrat (titikA dan B di
Gambar 8-4), hanya sebagian enzimyang mungkin berada
dalam bentuk kompleks ES. Dengan demikian, di titik A
atau B, peningkatan atau penurunan [S]
akan meningkatkan
atau menurunkan jumlah kompleks ES disertai perubahan
yang sesuai di v. Di titik C (Gambar 8-4), pada hakikatnya
semua enzim terdapat dalam bentuk kompleks ES. Karena
tidak ada enzim bebas yang tersedia untuk membentuk ES,
peningkatan lebih lanjut
[S]
tidak dapat meningkatkan laju
reaksi. Dalam kondisi jenuh ini, v. semata-mata bergantung
pada-dan karenanya dibatasi oleh-kecepatan disosiasi
(penguraian) produk dari enzim tersebut sehingga enzim ini
dapat mengikat lebih banyak substrat.
PERSAWA/AN MICHAEIIS-MENTEN
& HILL MENGGAMBARKAN EFEK
KONSENTRASI SUBSTRAT
Persomoon Michoelis-Menfen
Persamaan Michaelis-Menten
(29) memperlihatkan secara
matematis hubungan antara kecepatan awal reaksi v. dan
konsentrasi substrat
[S]
yang secara grafis diperlihatkan di
Gambar 8-3.
u, =
!13'I!
'
K,.n +
lsl
(29)
Konstanta Michaelis 1( adalah konsentrasi substrat
dengan v, adalah sepatuh dari kecepatan maksimal
N^Jtl
yang dapat dicapai pada konsentrasi tertentu
enzim. Oleh karena itu, K memiliki besaran konsentrasi
substrat. Ketergantungan kecepatan reaksi awal pada
[S]
dan K^dapat diilustrasikan dengan mengevaluasi persamaan
Michaelis-Menten dalam tiga kondisi.
(r)
lika [S]
jauh lebih kecil daripada n'. (tidk A di
Gambar 8-3 dan 8-4), K^+
[S]
pada hakikatnya sama dengan
K . Penggantian K +
[S]
dengan K mereduksi persamaan
(29) menjadi
(30)
dengan - berarti
"kira-kira sama dengan". Karena V-* dan
K konstan, rasio keduanya konstan. Dengan kata lain, jika
[S]
jauh lebih rendah daripada K, v. setara dengan k[S].
Dengan demikian, kecepatan reaksi awal berbanding lurus
dengan
[S].
(2)
Jika [S]
jauh lebih besar daripada ,(- (titik C di
Gambar 8-3 dan 8-4), K^ +
[S]
pada hakikatnya setara
dengan [S].
Penggantian K^ +
[S]
dengan [S]
mereduksi
persamaan
(29) menjadi
.
ymax
lsl
, _
v*u* fsf
_
[v.r" ],r, u'
-^-*Et
ui
=on. -(.*,.nJ'"'
ymax
lsl
ymax
[sl
vi=- L'i -
-
=Ymdx
k- r
lSl ISi
(31)
Oleh karena itu, jika
[S]
jauh lebih besar daripada K,
kecepatan realsinya adalah malaimal
(V-*) dan tidak
dipengaruhi oleh peningkatan lebih lanjut konsentrasi
substrat.
(3)
Jika tsl = ,K- (titik B di Gambar 8-3 dan 8-4).
ymax
[s]
ymax
[s]
vi-
K* + [S]
2tsl
(32)
Persamaan
(32) menyarakan bahwa jika
[S]
sama dengan
K, kecepatan awal adalah separuh maksimal. Persamaan
-
v'.n""
2
(32) jrya mengungkapkan bahwa K adalah-dan dapat
ditentukan secara eksperimental dari-konsentrasi substrat
saat kcepatan awal adalah separuh malaimal.
Bentuk linier Persomoon Michoelis'Menten
Digunokon untuk Menentukon K- & V-o.
Pengukuran langsung nilai numerik V
..,
dan karenanya
perhitungan K sering memerlukan konsentrasi substrat
yang sangat tinggi (sehingga secara praktis sulit dilakukan)
untuk mencapai kondisi jenuh. Bentuk linier persamaan
Michaelis-Menten mengatasi masaiah ini dan memungkin-
kan V
,,
dan K diekstrapolasikan dari data kecepatan awal
yang diperoleh pada konsentrasi substrat lebih rendah dari-
pada konsentrasi jenuh. Dimulai dari persamaan
(29),
BAB 8: ENZIM:KINETIKA /7t
Gambar 8-5. Plottimbal-balik ganda atau plot Lineweaver-Burk i/v
versus 1/[S] yang digunakan untuk mengevaluasi K, dan V.",.
K Munokin Mendekqti Konslontq
m
Pengikoton
Afinitas suatu enzim terhadap substratnya adalah kebalikan
dari konstanta disosiasi Ko untuk penguraian kompleks
enzim substrat ES.
k1
E + SpES
k_1
(37)
(38)
Dengan kata lain, semakin kecil kecenderungan enzim dan
substratnya terurai, semahin besar afrnitas enzim terhadap
substratnya. Sementara konstanta Michaelis K sering
mendekati konstanta disosiasi Ko, namun hal ini tidak selalu
terjadi. Untuk reaksi tipikal yang dikatalisis oleh enzim,
k1 k2
E+SclES-+E+P
k_r (39)
nilai
fSl
yang menghasilkan v.
=V
^*12
adalah
1
tsl
ymax
[s]
"'=o*t
dibalik
faktor
1:
ul
K- + [S]
ymax
[s]
(2e)
(33)
(3+)
k,
r,
(35)
Persamaan (35) adalah persamaan untuk garis lurus,
7
= 41
+ b, dengan
!
=
llvidan x =
1/[S]. Oleh karena itu, piot
l/v sebagai
!
yang merupakan fungsi dari 1/lSl sebagai x
menghasilkan garis lurus yang memotong y di l/V
-"
dengan
kecuraman f-lv-"". Plot semacam ini disebut plot timbal-
batik ganda atau plot Lineweaver-Burk (Gambar 8-5).
Dengan menempatkan y pada persamaan
(36) di nol dan
menghitung x diperoleh bahwa garis memotong di -l I K^.
0=ax+b; maka,*=1-
-1
aKm
(36)
Oleh karena itu,
d
mudah dihitung dari nilai negatif garis
memotong sumbu x.
Ka=
k-1 +k,1
[Sl =
j=Km
k1
Jika
k, >> kr, maka
k-,+kr-k-,
dan
Km
*
[t]
ymax
[s]
ymax
[s]
dan disederhanakan
r (r,')r 1
vi
I
u,.nn*
J
ts]
u..nr"
(40)
(41\
t.
[S]:]r=K,1
K,
-l (42)
Oleh karena itu, llK^hanya mendekati llKopada kondisi
saat asosiasi dan disosiasi kompleks ES berlangsung cePat
relatif terhadap tahap pembatasJaju
(rate-limiting step)
dalam katalisis. Untuk banyak reaksi yang dikatalisis oleh
72 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
enzim dengan k, *
h
tidahkira-kira sama dengan kp llK^
akan lebih kecil daripada 1/Ko.
Persomqqn Hill Menieloskqn Perilqku
Enzim yong Memperlihqtkon Pengikoton
Kooperotif Subsffot
Meskipun kebanyakan enzim memperlihatkan kinetika
saturasi sederhana seperti di Gambar 8-3 dan secara
adekuat dapat dijelaskan dengan persamaan Michaelis-
Menten, namun sebagian enzim mengikat substrat mereka
secara kooperatif analog dengan pengikatan oksigen oleh
hemoglobin (Bab 6). Perilaku kooperatif ini adalah suatu
sifat eksklusif enzim multimerik yang mengikat substrat di
banyak tempat.
Bagi enzim yang memperlihatkan kooperacivitas
positif dalam mengikat substratnya, bentuk kurva yang
menghubungkan perubahan v. dengan perubahan
tS]
berbentuk sigmoid
(Gambar 8-6). Baik persamaan Michaelis-
Menten maupun plot timbal-balik gandanya tidak dapat
digunakan untuk mengevaluasi kinetika saturasi kooperatif.
Oleh karena itu, para ahli enzimologi menggunakan
representasi grafik dari pers:rmaan Hill yang semula
digunakan untuk menjelaskan pengikatan kooperatif O,
oleh hemoglobin. Persamaan (43) mencerminkan persamaan
Hill yang disusun dalam suatu bentukyang memprediksikan
sebuah garis lurus, dengan k adalah konstanta kompleks.
kemiringan garis n adalah koefisien Hill, suatu parameter
empiris yang nilainya adalah fungsi dari jumlah, jenis, dan
kekuatan interaksi banyak tmpat pengikatan-substrat pada
enzim.
Jika
n
=
1, semua tempat pengikatan berperilaku
secara independen, dan ditemukan perilaku kinetik
Michaelis-Menten biasa.
Jika
n lebih besar dari 1, enzim
dikatakan memperlihatkan kooperativitas positif. Karena
itu, pengikatan substrat ke salah satu tempat meningkatkan
afinitas tempat pengikatan yang tersisa untuk mengikat
substrat lain. Semakin besar nilai n, semakin tinggi derajat
kooperativitas dan semakin sigmoid plot v versus
[S].
Caris
tegak lurus dari titik tempat nilai
7
log u,/(V-,,
-
v,) adalah
nol akan memotong sumbu x di konsentrasi substrat yang
disebut Sro, yaitu konsentrasi substrat yang menghasilkan
kecepatan separuh maksimal. Oleh karena itu, Sro analog
dengan Pro untuk pengikatan olaigen oleh hemoglobin (Bab
5).
ANATISIS KINETIK
'YIEMBEDAKAN
INHIBISI KOMPETITIF
DAN NONKOMPETITIF
Inhibitor aktivitas katalitik enzim menghasilkan
bahan farmakologik maupun alat riset untuk meneliti
mekanisme kerja enzim. Inhibitor dapat diklasifikasikan
berdasarkan tempat kerjanya di enzim, apakah inhibitor
tersebut memodifikasi enzim secara kimiawi, atau pada
parameter kinetik yang dipengaruhinya. Secara kinetis, kita
membedakan dua kelas inhibitor berdasarkan pada apakah
peningkatan konsentrasi substrat akan mengatasi inhibisi
atau tidak.
Kecrlraman =
n
*4
Suo
Log
[s]
Gambar 8-7. Representasi grafik suatu bentuk linier persamaan
Hill yang digunakan untuk mengevaluasi Suo, konsentrasi substrat
yang menghasilkan kecepatan separuh maksimal, dan derajat
kooperativitas n.
Ios v.
o |
=nloglsl-logk'
V-""-u1
(43)
Persamaan (43) menyatakan bahwa jika
[S]
rendah relatif
terhadap k, maka kecepatan reaksi awal meningkat sebagai
pangkat ke-n
[S].
Sebuah grafik dari log v/(V
*-v,)
versus 1og
ISJ
menghasilkan sebuah garis lurus (Gambar 8-7), dengan
otsl*
Gambar 8'6. Representasi kinetika saturasi substrat sigmoid.
I
I
tl
>l
ld
IJ
o)
I
0
lnhibitor Komperifif Biosonyo Mirip Substrqt
Efek inhibitor kompetitif dapat diatasi dengan meningkatkan
konsentrasi substrat. Umumnya, pada inhibisi kompetitif ini,
inhibitor (I) berikatan dengan bagian dari tempat aktif yang
mengikat-substrat dan menghambat akses ke substrat. Oleh
karena itu, struktur kebanyakan inhibitor kompetitif klasik
cenderung mirip dengan struktur substrat, dan karenanya
dinamai analog substrat. Inhibisi enzim suksinat dehidro-
genase oleh malonat menggambarkan inhibisi kompetitif
oleh analog substrat. Suksinat dehidrogenase mengatalisis pe-
ngeluaran satu atom hidrogen dari setiap dua karbon metiien
dari suksinat (Gambar 8-8). Baik suksinat maupun analog
strukturalnya malonat (OOC-CHr-COOI dapat mengikat
bagian aktif suksinat dehidrogenase, masing-masing mem-
bentuk suatu kompleks ES atau EI. Namun, karena hanya
memiliki satu karbon metilen, malonat tidak dapat meng-
alami dehidrogenasi. Pembentukan dan penguraian kom-
plels EI adalah suatu proses dinamik yang dijelaskan oleh
k1
EnzlPEnz+l
k-r
@4)
dengan konstanta keseimbangan K adalah
BAB B: ENZIM: KINETIKA / 73
Suatu inhibitor kompetitif dan substrat menimbulkan efek
timbal-balik pada konsentrasi kompleks EI dan ES. Karena
terikatnya substrat pada enzim menghilangkan enzim bebas
yang tersedia untuk mengikat inhibitor, peningkatan [S]
menurunkan konsentrasi komplela EI dan meningkatkan
kecepatan reaksi. Seberapa besar
IS]
perlu ditingkatkan untuk
mengatasi inhibisi secara totai bergantung pada konsentrasi
inhibitor yang ada, afinitasnya terhadap enzim K, dan K
enzim untuk substratnya.
Plol Timbol-Bolik Gqndo Mempermudoh
Evqluqsi lnhibiror
Plot timbal-balik ganda
(double reciprocal plot) membedakan
antara inhibitor kompetitif dan nonkompetitif serta memper-
mudah evaluasi konstanta inhibisi. Dilakukan penentuan v
pada beberapa konsentrasi substrat baik dengan atau tanpa
disertai keberadaan inhibitor. Untuk inhibisi kompetitif klasik,
garis yang menghubungkan titik-titik data eksperimen bertemu
di sumbuT
(Gambar 8-9). Karena perpotongan garis di sumbu
.,/
sama dengan l/V
*,
pola ini menunjukkan bahwa jika
l/[S] mendekati 0, v tidak bergantung pada keberadaan
inhibitor. Namun, perhatikan bahwa perpotongan garis
di sumbu x bervariasi sesuai dengan konsentrasi inhibitor
-
dan bahwa karena -llK^ lebih kecil daripada llK^, K^
("K^yan1 teriihat") menjadi lebih besar jika konsentrasi
inhibitor meningkat. Oleh karena itu, inhibitor kompetitif
tidak berefek pada V^*, tetapi meningkatkan K^, K^
yang tampak untuk substrat. Untuk inhibisi kompetitif
sederhana, perpotongan garis dengan sumbu x adalah
(47)
Jika
K- telah ditentukan pada keadaan tanpa inhibitor,
{
dapat dihitung dari persamaan (47). Nilai K digunakan untuk
membandingkan berbagai inhibitor dari enzim yang sama.
Semakin rendah nilai K, semakin efektif inhibitor. Sebagai
contoh, obat golongan statin yang bekerja sebagai inhibitor
kompetitif HMG-KoA reduktase (Bab 26) memiliki nilai
K,yan1 beberapa kali lipat lebih rendah daripada K. untuk
substrat HMG-KoA.
Inhibiror Nonkomperifi f Sederhqnq
Menurunkoh V.o., tetopi
Tidok Memengoruhi K-
Pada inhibisi nonkompetitif, pengikatan inhibitor tidak
memengaruhi pengikatan substrat. Oleh karena itu,
kompleks EI dan EIS dapat terbentuk. Namun, sementara
kompleks enzim-inhibitor tetap dapat mengikat substrat,
namLln efisiensinya mengubah substrat menjadi produkyang
(4s)
Akibatnya, inhibitor kompetitif bekerja dengan menurun-
kan jumlah molekul enzim bebas yang tersedia untuk
mengikat substrat, yi, untuk membentuk ES' dan akhir-
nya menghasilkan produk, seperti dijelaskan di bawah:
..
tEnzlill
k1
/(1
=
-
-
-
'
lEnzll
k-1
-Lze-t
Ef
\is
\*
E-s
I
E+P
-1(" ilt)
KrI K,)
(46)
H
I
H* C
-COO-
I
-ooc*c*H
I
H
Suksinat
H
- ^-^nn-
il
-ooc
-
c
-H
Fumarat
Gambar 8-8. Reaksi suksinat dehidrogenase
74 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
Gambar B-9. Plot Lineweaver-Burk untuk inhibisi kompetitif
Perhatikan hilangnya inhibisi secara total pada [S]
yang tinggi
(yi
1/[S] yang rendah).
tercermin oleh V
*,
berkurang. Inhibitor nonkompetitif
mengikat enzim di bagian-bagian yang berbeda dari bagian
pengikat substrat dan umumnya tidak atau sedikit memiliki
kesamaan struktural dengan substrat.
Untuk inhibisi nonkompetitif sederhana, E dan
EI memiliki afinitas yang sama terhadap substrat, dan
komplel<s EIS menghasilkan produk pada kecepatan
yang hampir dapat diabaikan (Gambar 8-10). Inhibisi
nonkompetitif yang lebih kompleks terjadi jika pengikatan
inhibitor memang memengaruhi afinitas
(yang tampak)
enzim terhadap substrat, menyebabkan garis memotong di
kuadran ketiga atau keempat pada plot timbal-balik ganda
(tidak diperlihatkan). Inhibitor tertentu memperlihatkan ciri
campuran inhibisi kompetitif dan nonkompetitif. Evaluasi
untuk inhibitor-inhibitor ini berada di luar cakupan bab
ini.
lnhibiror lreversibel "Merocuni"
Enzim
Pada contoh di atas, inhibitor membentuk suatu kompleks
dinamik yang dapat terlepas dengan enzim. Oleh karena
itu, enzim yang aktif penuh dapat pulih hanya dengan
menghilangkan inhibitor dari medium sekitar. Namun,
berbagai inhibitor lain bekerja secara ireversibel dengan
memodifikasi enzim secara kimiawi. Modifikasi ini
umumnya melibatkan pembentukan atau pemutusan
ikatan kovalen dengan residu aminoasil yang esensial
untuk mengikat substrat, katalisis, atau mempertahankan
konformasi fungsional enzim. Karena perubahan-perubahan
kovaien ini relatifstabil, suatu enzim yang telah "diracuni"
oleh inhibitor ireversibel, seperti atom logam berat atau
reagen pengasil, tetap terhambat bahkan setelah inhibitor
yang tersisa dibersihkan dari medium sekitar.
SEBAGIAN BESAR REAKSI YANG
DIKATATISIS OIEH ENZIM METIBATKAN
DUA ATAU TEBIH SUBSTRAT
Meskipun banyak enzim inemiliki satu substrat, narnun
banyak juga yang memiliki dua-dan kadang-kadang le-
bih dari dua-substrat dan produk. Prinsip-prinsip dasar
yang dibahas di atas, meskipun digambarkan untuk en-
zim bersubstrat tunggal, juga berlaku untuk enzim multi-
substrat. Namun, ekspresi matematis yang digunakan
untuk mengevaluasi reaksi multisubstrat bersifat kompleks.
Sementara analisis kinetik terperinci tentang reaksi multi-
substrat berada di luar cakupan bab ini, reaksi dua-substrat,
dua-produk
(disebut reaksi "Bi-Bi") akan dibahas di bawah.
Reoksi Penggonfion Sekuensiql
otou Tunggol
Pada realsi sekuensial, kedua substrat harus berkombinasi
dengan enzim untuk membentuk kompleks terner (ternary
complex) sebelum katalisis dapat terjadi (Gambar 8-11,
atas). Reaksi sekuensial kadang-kadang disebut sebagai
reaksi penggantian tunggal (single displacement reaction)
karena gugus yang dipindahkan biasanya dipindahkan
secara langsung, dalam satu tahapan, dari satu substrat ke
substrat lain. Reaksi Bi-Bi sekuensial dapat dibagi lebih
lanjut berdasarkan apakah kedua substrat berikatan secara
acak atau sesuai urutan wajib. Untuk reaksi acak, yang
pertama kali berikatan dengan enzim mungkin adalah
substrat A atau substrat B untuk membentuk kompleks EA
atau EB (Gambar 8-11, tengah). Untuk reaksi urutan wajib,
A mula-mula harus berikatan dengan E sebelum B dapat
berikatan dengan kompleks EA. Salah satu penjelasan untuk
mekanisme urutan wajib ini adalah bahwa penambahan
1
vl
1
."'-1
*'-
.^yii\]r\ol
lanpa
"
'1
v*
1
tsl
I
vi
*1
1\
K,
I
Gambar 8-10. Plol
sederhana.
Lineweaver-Burk untuk inhibisi nonkompetitif
EA-FP
Gambar B-11. Contoh tiga kelas mekanisme reaksi Bi-Bi. Caris
horizontal mencerminkan enzim. Tanda panah menunjukkan
penambahan substrat dan keluarnya produk. Atas: Reaksi Bi-Bi
teratur yang khas untuk banyak oksidoreduktase dependen NAD(P)
H. Tengah: Reaksi Bi-Bi acak, khas untuk banyak kinase dan
beberapa dehidrogenase. Bawah: Reaksi ping-pong, khas untuk
aminotransferase dan protease serin.
A memicu perubahan konformasi enzim sehingga residu-
residu enzim dapat mengenali dan mengikat B.
Reoksi Ping-Pong
Istiiah
"ping-pong" berlaku bagi mekanisme yang
membebaskan satu atau lebih produk dari enzim sebelum
semua substrat ditambahkan. Reaksi ping-pong melibatkan
katalisis kovalen dan suatu bentuk modifikasi enzim yang
bersifat sementara
(lihat Gambar 7-4). Reaksi Bi-Bi ping-
pong adalah reaksi pergantian ganda (doubh displ'acement
reactions). Gugus yang mengalami pemindahan mula-
mula dikeluarkan dari substrat A oleh enzim untuk
menghasilkan produk P dan suatu bentuk modifikasi enzim
(F). Pemindahan berikutnya gugus dari F ke substrat kedua
B, yang membentuk produk
Q
dan membentuk kembali E,
adalah penggantian kedua (Gambar 8-11, bawah).
Kebonyokon Reoksi Bi'Bi Sesuoi dengon
Kinetikq Michoelis-Menlen
Sebagian besar reaksi Bi-Bi sesuai dengan bentuk kinetika
Michaelis-Menten yang sedikit-banyak lebih kompleks
dengan
\*
y"tg merujuk pada laju reaksi yang dicapai
jika kedua substrat terdapat dalam kadar jenuh. Masing-
masing substrat memiliki sendiri nilai K substrat tersebut
yane sesuai dengan konsentrasi yang menghasilkan separuh
BAB B: ENZIM: KINETIKA / 75
kecepatan maksimal jika substrat kedua terdapat dalam
konsentrasi jenuh. Seperti pada reaksi substrat tunggai,
dapat digunakan plot timbal-balik ganda untuk menentukan
\*
dan K . v diukur sebagai fungsi konsentrasi salah satu
substrat (substrat variabel) sementara konsentrasi substrat
lain (substrat-tetap) dipertahankan konstan.
Jika
garis yang
diperoleh dari beberapa konsentrasi substrat-tetap diplotkan
ke grafik yang sama, kita dapat membedakan antara suatu
enzim ping-pong yang menghasilkan garis sejajar, dan
mekanisme sekuensial yang menghasilkan pola garis-garis
berpotongan (Gambar 8-12).
Beberapa studi tentang inhibisi produk digunakan
untuk melengkapi analisis kinetik dan untuk membedakan
antara reaksi Bi-Bi acak dan teratur. Sebagai contoh, pada
reaksi Bi-Bi urutan-acak, masing-masing produk akan
menjadi inhibitor kompetitif tanpa memandang substrat
mana yang menjadi substrat variabel. Namun, untuk
mekanisme sekuensial (Gambar 8-11, atas), hanya produk
Qy".rg
akan menghasilkan pola yang menunjukkan inhibisi
kompetitif jika A adaiah substrat variabel, sementara hanya
produk P yang akan menghasilkan pola dengan B sebagai
substrat variabel. Kombinasi lain inhibitor produk dan
substrat variabel akan menghasilkan bentuk-bentuk inhibisi
nonkompetitif yang kompleks.
PENGETAHUAN TENTANG KINETIKA,
'IAEKANISME,
DAN INHIBISI ENZIM
MEMBANTU PENGEMBANGAN OBAT
Bonyok Obqf Bekerio Sebogoi lnhibitor
Enzim
Tujuan
dapat
1.
2.
J,
farmakologi adalah mengidentifikasi bahan yang
Merusak atau mengganggu pertumbuhan, daya
invasii atau perkembangan patogen invasif
Merangsang mekanisme pertahanan endogen
Menghentikan atau menghambat proses molekular
menyimpang yang dipicu oleh rangsang genetik,
lingkungan, atau biologik tanpa banyak mengganggu
fungsi normal sel peiamu.
Berkat peran fisiologisnyayang beragam dan tingginya derajat
selektivitas substrat, enzim menjadi sasaran alami untuk
pengembangan obat yang bersifat spesifik dan poten. Sebagai
contoh, obat golongan statin menurunkan pembentukan
kolesterol dengan menghambat 3-hidroksi-3-metiiglutaril
koenzim A reduktase (Bab 25), sementara emtrisitabin dan
tenofovir disoproksil fumarat menghambat replikasi virus
imunodefisisensi manusia dengan menghambat reuerse
transcriptase virus (Bab
34). Terapi farmakologik hipertensi
sering mencakup pemberian inhibitor enzim pengubah
AB
ll
EAB-EPO
APB
irl
76 / BAGIAN l: STRUKTUR & FUNGSI PROTEIN & ENZIM
Gambar B-12. Plot Lineweaver-Burk untuk reaksi ping-pong dua-
substrat. Peningkatan konsentrasi satu substrat (S,) sementara
konsentrasi substrat yang lain (S,) dipertahankan konstan akan
mengubah titik perpotongan garis di x dan y, tetapi tidak mengubah
kecuraman garis.
angiotensin (angiotensin-conuerting enzlme, ACE) sehingga
kadar angiotensin II (suatu vasokonstriktor) menurun (Bab
42).
Kineriko Enzim Menentukqn Kondisi
Penopison yqng Sesuoi
Kinetika enzim berperan penting dalam penemuan obat.
Pengetahuan tentang perilaku kinetik enzim terutama
penting untuk memilih kondisi penapisan yang sesuai yang
mudah mendeceksi keberadaan suatu inhibitor. Sebagai
contoh, konsentrasi substrat harus disesuaikan sedemikian
rupa sehingga dihasilkan produk dalam jumlah memadai
agar aktivitas enzim dapat terdeteksi dengan cepat, namun
tidak terlalu tinggi sehingga menutupi keberadaan suatu
inhibitor. Kedua, kinetika enzim memberikan cara untuk
mengetahui kuantitas dan membandingkan potensi
berbagai inhibitor serta mendefinisikan cara kerjanya.
Inhibitor nonkompetitif adalah inhibitor yang sesuai
karena berada dengan inhibitor kompetitif, efek inhibitor
tersebut tidak pernah dapat diatasi secara tuntas dengan
meningkatkan konsentrasi substrat.
Bonyok Obqr Dimetqbolisme In Vivo
Pengembangan obat sering kali melibatkan lebih dari sekadar
evaiuasi kinetik interaksi inhibitor dengan enzim sasaran.
Obat bereaksi dengan enzim yang terdapat di tubuh pasien
atau patogen, suatu proses yang disebut metabolisme obat.
Sebagai contoh, penisilin dan antibiotika
B-laktam
lainnya
menghambat sintesis dinding sel bakteri dengan meracuni
secata ireversibel enzim alanil alanin karboksipeptidase-
transpeptidase. Namun, banyak bakteri menghasilkan
B-
laktamase yang menghidrolisis fungsi
BJaktam.
Salah satu
strategi untuk mengatasi resistensi antibiotik yang terjadi
adalah dengan memberikan suatu inhibitor
BJaktamase
dan
antibiotik
BJaktam
secara bersamaan.
Tiansformasi metabolik jug diperlukan untuk
mengubah suatu prekursor obat inaktif atau prodrug
menjadi bentuk yang secara biologis aktif
(Bab
52). Asam 2'-
deoksi-5-fl uorouridilat, suatu inhibitor kuat timidilat sintase,
target umum pada kemoterapi kanker, dihasilkan dari 5-
fuorourasil melalui serangkaian transformasi enzimatik yang
dikatalisis oleh suatu fosforobosil transferase dan enzim-
enzim di jalur penghematan deoksiribonukleosida
(Bab
33).
Untuk merancang dan memberikan prodrug secara efektif,
diperlukan pengetahuan tentang kinetika dan mekanisme
enzim-enzim yang berperan mengubah prodrug tersebut
menjadi bentuk yang secara biologis aktif.
RINGKASAN
.
Studi tentang kinetika enzim-faktor-faktor yang
memengaruhi laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim-
mengungkapkan masing-masing tahapan bagaimana
enzim mengubah substrat menjadi produk.
.
AG, perubahan keseiuruhan energi bebas untuk suatu
reai<si, tidak bergantung pada mekanisme reaksi dan
tidak memberikan informasi mengenai laju real<si.
.
Enzim tidak memengaruhi Ko.
40,
suatu rasio berbagai
konstanta laju rcaks| dapat dihitung dari konsentrasi
substrat dan produk pada keseimbangan atau dari rasio
kl/k
1.
'
Realsi berlangsung melalui keadaan-keadaan transisi
dengan AGo adalah energi aktivasi. Suhu, konsentrasi
ion hidrogen, konsentrasi enzim, konsentrasi substrat,
dan inhibitor memengaruhi laju reaksi yang dikatalisis
oleh enzim.
'
Pengukuran laju reaksi yang dikatalisis oleh enzim
umumnya menggunakan kondisi-kondisi kecepatan
awal ketika ketiadaan produk meniadakan kemungkinan
reaksi balik.
.
Bentuk linier persamaan Michaelis-Menten menyeder-
hanakan penentuan
d
dan V
*.
.
Bentuk linier persamaan Hill digunakan untuk
mengevaluasi kinetika pengikatan-substrat kooperatif
yang diperlihatkan oleh beberapa enzim multimerik.
Kecuraman n, koefisien Hill, mencerminkan jumlah,
sifat, dan kekuatan interaksi tempat pengikatan substrat.
Nilai n lebih dari 1 menunjukkan kooperativitas
positif.
1
r{r
Efek inhibitor kompetitif yang biasanya mirip dengan
substrat, diatasi dengan meningkatkan konsentrasi
substrat. Inhibitor nonkompetitif menurunkatt V**,
tetapi tidak memengaruhi K .
Berbagai substrat dapat bereaksi dalam rangkaian acak
(semua substrat dapat berikatan pertama kali dengan
enzim) atau mengikuti urutan-wajib
(substrat A harus
berikatan sebelum substrat B).
Dalam realsi ping-pong, satu atau lebih produk
dibebaskan dari enzim sebelum semua substrat
ditambahkan.
Aplikasi kinetika enzim mempermudah kita
mengidentifikasi dan mengetahui karakter obat yang
secara selektif menghambat enzim tertentu. Oleh karena
itu, kinetika enzim berperan sentral dan penting dalam
BAB 8: ENZIM: KINETIKA / ll
penemuan obat, farmakodinamika perbandingan, dan
menentukan cara kerja obat.
REFERENSI
Fersht A: Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to
Enzynte Catalysis and Protein Folding. Freeman, 1999.
Fraser CM, Rappuoli R: Application of microbial genomic science
to advanced therapeutics. Annu Rev Med2005:56:459.
Schultz AR: Enzyme Kinetics: From Diastase to Muhi-enzyme
Sltstems. Cambridge Univ Press, 1994.
Segel IH: Enzyme Kinetics. \7iley Interscience, \975.
rVlodawer
A: Rational approach to AIDS drug design through
structural biology. Annu Rev Med2002;53:595.