PETUNJUK PRAKTIKUM BIOLOGI

PROGRAM STUDI ILMU KEPERAWATAN (S1) UNIVERSITAS PESANTREN DARUL ULUM (UNIPDU) JOMBANG

Disusun oleh: Dr. Abdul Ghofur, M.Si Dra. Amy Tenzer, M.S Dra. Titi Judani, M.Kes Mohamad Amin, S.Pd, M.Si, Ph.D

Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan lmu Pengetahuan Alam Universitas Negeri Malang Januari 2007

PENGAMATAN STRUKTUR SEL HEWAN DAN TUMBUHAN A. TEORI DASAR Tubuh setiap organisme tersusun dari sel (untuk organisme uniseluler) atau sel-sel (untuk organisme multiseluler). Sel merupakan unit terkecil dari organisme, baik secara struktural maupun fungsional. Artinya, selain sebagai penyusun terkecil tubuh organisme, sel juga mampu melakukan segala bentuk aktivitas kehidupan, misalnya pencernaan, respirasi, ekskresi, reproduksi, dan sebagainya. Aktivitas sel tersebut dilakukan oleh organel-organel yang terdapat di dalam sel, misalnya inti (nukleus), mitokondria, ribosom, badan golgi, dan lainlain. Pada makhluk hidup multiseluler terdapat proses-proses aktivitas hidup yang kompleks. Terdapat perbedaan fungsi-fungsi khusus yang dilakukan oleh sel, karena itu terdapat berbagai bentuk dan struktur sel sesuai dengan fungsinya. . Misalnya, karena adanya perbedaan dalam hal pertukaran ion, metabolisme ion perbedaan fungsi lainnya, maka sel hewan berbeda dengan sel tumbuhan. B. TUJUAN 1 . Mempelajari struktur sel hewan dan sel tumbuhan 2. Mempelajari perbedaan sel hewan dan sel tumbuhan. C. ALAT DAN BAHAN 1. Mikroskop 2. Kaca benda 3. Kaca penutup 4. Beaker glass 5. Pipet 6. Silet 7. Tusuk gigi 8. Bawang merah 9. Air 10. Methylen blue D. CARA KERJA 1 . Pengamatan sel hewan Sediakan kaca benda bersih, beri setetes air di atasnya Koreklah epitel pipi bagian dalam dengan menggunakan ujung tumpul tusuk gigi. Oleskan hasil korekan tersebut pada tetesan air di kaca benda Tambahkan setetes methyleen blue, kemudian tutupkah dengan kaca Amati di bawah mikroskop dengan pembesaran lemah, kemudian lanjutkan pengamatan dengan pembesaran kuat. Gambarlah beberapa sel yang tampak. 2. pengamatan sel tumbuhan Sediakan kaca benda bersih, beri setetes air di atasnya Kupaslah umbi bawang merah, sayatlah epidermisnya yang berwarna ungu setipis mungkin dengan menggunakan silet atau kuku, letakkan di etas

tetesan air pada kaca benda, lalu tutuplah dengan kaca penutup. Amati di bawah mikroskop dengan pembesaran lemah, kemudian lanjutkan pengamatan dengan pembesaran kuat. Gambarlah beberapa sel yang tampak. E. ANALISIS DATA Buatlah analisis secara deskriptif mengenai struktur sel epidermis epitel pipi dan sel bawang merah yang saudara amati. F. DISKUSI 1. Mengapa tidak semua organel dalam sel dapat terlihat di bawah mikroskop dengan pembesaran 40 x 10? Jelaskan! 2. Sebutkan perbedaan sel hewan dan sel tumbuhan yang terlihat dari hasill pengamatan saudara! 3. Selain perbedaan pada no. 2, adakan perbedaan yang lain antara sel hewan dan sel tumbuhan? Jelaskan! 4. Sebutkan fungsi semua organel yang terdapat pada sel hewan!

ENZIM KATALASE A. TEORI DASAR Metabolisme adalah keseluruhan reaksi kimia yang terjadi di dalam tubuh organisme. Metabolisme terdiri dari reaksi penguraian (katabolisme) den peristiwa penyusunan (anabolisme). Agar reaksi-reaksi berjalan lebih cepat, diperlukan suatu katalisator. Katalisator merupakan zat yang dapat mempercepat reaksi, tetapi zat itu sendiri tidak ikut bereaksi. Katalisator di dalam sel organisme disebut biokatalisator atau enzim. Ciri-ciri enzim antara lain merupakan suatu protein, diperlukan dalam jumlah sedikit, dapat bekerja secara bolak balik, bekerja secara khusus dan sensitif terhadap perubahan lingkungan. Katalase digolongkan sebagai salah satu enzim peroksidase, karena dapat bekerja untuk mempercepat penguraian H2O2 menjadi H2O dan O2, B. TUJUAN 1. Untuk mengetahui kerja enzim katalase 2. Untuk mengetahui kekhususan kerja enzim katalase 3. Untuk membuktikan bahwa enzim katalase merupakan protein 4. Untuk mengetahui pengaruh suhu terhadap kerja enzim katalase. C. ALAT DAN BAHAN 1 . mortar dan pestle 2. centrifuge listrik 3. tabung centrifuge 4. tabung reaksi 5. rak tabung reaksi 6. beaker glass 1 00 ml. 250 ml 7. gelas ukur 10 ml 8. pipet 9. lampu spirtus 10. kakitiga & kasa 11. corong 12. skalpel

13. timbangan 14. kaca arloji 15. termometer belong 16. hati ayam 17. akuades 18. larutan H2O2 2% 19. larutan gula 2% 20. larutan CuS04 1 % 21. larutan NaOH 5% 22. es 23. kain koso 24. korek api

D. CARA KERJA 1 . Kerja enzim katalase Timbanglah hati ayam seberat 10g, iris-irislah dengan skalpel kemudian haluskan dengan mortar dan pestle. Tambahkan 30 ml akuades, aduk, lalu saringlah menggunakan corong dan kain kasa. Tampunglah ekstrak yang diperoleh dalam beaker glass 100 ml. Masukkan ekstrak hati ke dalam tabung centrifuge, lalu putarlah dengan sentrifuge listrik selama 15 menit dengan kecepatan 2500 rpm. Cairan bening yang terdapat di bagian alas tabung disebut supernatan. Masukkan 1 ml H2O2 2% ke dalam tabung reaksi, tambahkan 5 tetes supernatan. Amati apa yang terjadi.

2. Kekhususan kerja enzim katalase Masukkan 1 ml larutan gula 2% ke dalam tabung reaksi. Tambahkan 5 tetes supernatan ke dalam tabung reaksi di atas. Amati apakah terjadi juga reaksi seperti pada percobaan 1? 3. Enzim katalase merupakan protein Masukkan 1 ml supernatan ke dalam tabung reaksi, lalu lakukan uji Biuret dengan cora menambahkan 4 fetes larutan CuSO4 1 % dan 4 fetes larutan NaOH 5%, jangan dikocok. Amati perubahan yang terjadi pada permukaan larutan 4. Pengaruh suhu terhadap kerja enzim katalase Sediakan 3 tabung reaksi bersih, beri kode I, II dan III; isilah masing-masing dengan 1 ml supernatan. Sediakan 3 tabung reaksi bersih, beri kode A, B, dan C; kemudian isilah masing-masing dengan 1 ml larutan H2O2 2%. Rendamlah tabung reaksi I ke dalam air es (suhu + 4C) selama 10 men it" kemudian teteskan 5 fetes supernatan ini ke dalam larutan H2O2 2% dalam tabung reaksi A. Amati hasilnya. Rendamlah tabung reaksi II ke dalam air dengan suhu + 37oC) selama 10 menit, kemudian teteskan 5 tetes supernatan ini ke dalam larutan H2O2 2% dalam tabung reaksi B. Amati hasilnya. Rendamlah tabung reaksi III ke dalam air mendidih (suhu + 95oC selama 10 menit, kemudian teteskan 5 tetes supernatan ini ke dalam larutan H2O2 2% dalam tabung reaksi C. Amati hasilnya. Bandingkan hasil pengamatan yang terjadi pada tabung A, B, dan C. E. ANALISIS DATA Buatlah analisis deskriptif dari hasil pengamatan setiap percobaan yang saudara lakukan! F. DISKUSI 1 . Apakah peran enzim katalase dalam tubuh? Jelaskan! 2. Jelaskan organel yang menghasilkan enzim katalase! 3. Jelaskan asal H2O2 yang terdapat di dalam tubuh! Apa yang terjadi bila banyak H2O2 tertimbun dalam jaringan tubuh? 4. Jelaskan mengapa enzim katalase banyak terdapat di dalam hati! 5. Selain suhu, faktor-faktor apa sajakah yang dapat mempengaruhi kerja enzim? Jelaskan!

SISTEM REPRODUKSI A. TEORI DASAR Reproduksi merupakon salah satu ciri makhluk hidup yang bertujuan untuk melestarikan jenisnya. Sistem reproduksi disebut juga sistem perkembangbiakan atau sistem genitalia. Sistem reproduksi manusia berfungsi untuk menghasilkan sel kelamin (gamet), menyalurkan gamet jantan dan betina untuk memelihara embrio yang berkembang di dalamnya. Sistem reproduksi laki-laki terdiri atas: 1) kelenjar kelamin/gonad (testis), yang merupakan organ utama dari sistem ini; 2) saluran reproduksi terdiri dari epididimis, vas deferens, ductus ejaculatorius, uretra; 3) kelenjar seks asesori terdiri dari: kelenjar prostat, vesikula seminalis, kelenjar bulbouretra; dan 4) organ kelamin luar atau organ kopulasi yaitu penis. Sistem reproduksi perempuan terdiri atas: 1) kelenjar kelamin/gonad (ovarium) yang merupakan organ utama dari sistem ini; 2) saluran reproduksi terdiri dari oviduk, uterus. dan vagina; 3) organ kelamin luar (vulva) yang terdiri dari labia minora, labia mayora dan klitoris. B. TUJUAN 1. Mengenal susunan sistem reproduksi manusia (laki-Iaki dan perempuan) 2. Mendeskripsi organ-organ penyusun sistem reproduksi manusia (laki-Iaki dan perempuan) C . ALAT DAN BAHAN 1. Torso manusia 2. Model sistem reproduksi laki-Iaki 3. Model sistem reproduksi perempuan D. CARA KERJA 1. Pelajarilah torso manusia, amati posisi dan susunan sistem reproduksinya, serta buatlah gambarnya 2. Pelajarilah model sistem reproduksi loki-laId carl dan omatl testis, saluron 3. Pelajarilah model sistem reproduksi perempuan cari dan amati ovarium, saluran reproduksi, organ kelamin luar. Buatlah gambarnya. E. ANALISIS DATA BuatJah analisis deskriptif dari hasil pengamatan saudara. F. DISKUSI 1. Pada waktu embrio, testis berada dalam rongga perut, pada waktu bayi lahir, testis telah berada dalam skrotum. Jelaskan mengapa testis manusia harus turun ke rongga skrotum. 2. Sebutkan fungsi masing-masing bagian saluran reproduksi laki-laki. 3. Jelaskan fungsi kelenjar-kelenjar seks asesori laki-laki. 4. Selaln menghasilkan sel telur, jelaskan fungsi ovarium yang lain. 5. Jelaskan fungsi masing-masing bagian saluran reproduksi perempuan.

PENGAMATAN SEL KELAMIN A. TEORI DASAR Sel kelamin atau gamet merupakan komponen penting sistem reproduksi karena dari persatuan antara sel kelamin jantan dan betina terbentuklah zigot yang akan berkembang menjadi individu baru. Sel kelamin jantan disebut spermatozoid (jamak: spermotozoid) dihasilkan di tubulus seminiferus dalam testis melalui proses spermatogenesis. Proses spermatogenesis pada laki-laki berlangsung sejak usia akil balig sampai seumur hidup. Spermatozoid terdiri atas bagian kepala, leher, bagian tengah, dan ekor yang berupa flagel panjang. Setalah dikeluarkan daril testis, sperma belum mempunyai kemampuan bergerak (belum motil). Motilitas sperma baru diperoleh setelah mengalami aktivasi (pematangan fisiologis) di dalam epididimis bagian kauda. Sel kelamin betina disebut sel telur (ovum), dihasilkan dalam ovarlum melalui proses oogenesis. Proses oogenesis pada perempuan berlangsung sejak masa embrio sampai tercapainya usia menopause. Perkembangan sel telur di ovarium terjadi di dalam folikel-folikel telur. Sel telur dilengkapi dengan membran sel yang disebut dengan plasmalema atau oolema untuk melindungi sitoplasma, inti, yolk dan organel-organel dalam sel. B. TUJUAN 1. Mengenel morfologi spermatozoid dan sel telur mamalia. 2. Mengamati perbedaan sel kelamin yang diambil dari bagian-bagian sistem reproduksi yang berbeda. C. ALAT DAN BAHAN 1. alat seksi 2. papan seksi 3. gelas arloji 4. skalpel 5. mikroskop 6. kaca benda

7. kaca penutup 8. pipet 9. beaker glass 100 ml 10. mencit jantan dan betina 11. larutan Ringer untuk mamalla 12. akuades

D. CARA KERJA Pengamatan spermatozoid: 1. Matikan mencit jantan dengan melakukan dislokasi leher. 2. Bedahlah skrotumnya dan ambillah testisnya, bersihkon testis dari lemak yang menempel kemudian cucilah dengan larutan Ringer. 3. letakkan testis pada kaca arloji, iris-irislah dengan skalpel, tambahkan larutan Ringer sampai terbentuk suspensi. 4. Teteskan beberapa tetes suspensi testis di atas kaca benda, lalu amatilah di bawah mikroskop dengan pembesaran 40 x 10. Gambarlah beberapa sperma yang tampak. Perhatikan apakah sperma tersebut dapat bergerak.

5. lakukan prosedur di atas untuk mengamati sperma yang diambil dari epididimis dan vas deferens. Pengamatan sel telur 1. Matikan mencit betina dengan melokukan dislokasi leher dan bedahlah. 2. Ambilah ovariumnya, cucilah dengan larutan Ringer. 3. Letakkan ovarium pada kaca arloji, Irislah sedikit dengan skalpel, letakkan di atas kaca benda, tambahkan larutan Ringer, lalu tutuplah dengan kaca penutup. Tekanlah kaca penutup dangan cara menggelindingkan pensil. 4. Amatl sediaan sal telur di bawah mlkroskop dengan pembesaran 40 x 10. Amati sel telur yang tampak. Sel-sel apakah yang menyertai sel telur tersebut? 5. Ambillah oviduk mencit, letakkan dalam kaca arloji, iris-irislah dengan skalpel, tambahkan larutan Ringer sampai terbentuk suspensi. 6. Teteskan suspensi oviduk ke atas kaca benda, tutuplah dengan kaca penutup, kemudian amatilah di bawah mikroskop dengan pembesaran 40 x 10. Amatilah sel telur yang tampak. E. ANALISIS DATA Analisislah secara deskriptif data yang saudara peroleh dari masing-masing pengamatan. F. DISKUSI 1. Jelaskan perbedaan struktur dan motilitas spermatozoid yang diambil dari testis, epididimis, dan vas deferens! 2. Dapatkah sperma mencit yang diambil dari testis digunakan untuk membuahi sel telur secara in vitro? Jelaskan! 3. Dapatkah sel telur yang diambil dari ovarium dibuahi oleh spermatozoid ecara in vitro? Jelaskan! 4. Jelaskan perbedaan sel telur yang terdapat di dalam ovarium dan yang terdapat di dalam oviduk!

PRAKTIKUM ISOLASI DNA Mohamad Amin, Ph.D Biologi FMIPA Universitas Negeri Malang A. Teori Dasar Isolasi asam nukleat merupakan tahap awal yang sangat menentukan dalam kerja teknologi gen. Ada bermacam tipe sel yang memiliki perbedaan pada komposisi membran sel, isi sel termasuk zat-zat di dalamnya dan juga jumlah asam nukleat yang tiap-tiap objek perlu cara tertentu. Telah banyak ditulis dalam sejumlah literatur tentang metode preparasi DNA. Berikut ini disampaikan protokol praktis untuk teknik-teknik isolasi. Dasar-dasar tahap kerja preparasi asam nukleat adalah: I. Pemecahan atau lisis sel. . Metode ini dilakukan dengan cara mekanis melalui homogenasi dengan ditumbuk mortar dan pistil misainya. Homogenasi dengan N2 cair (materi sel dalam pendinginan tinggi) merupakkan suatu homogenasi efektif. Buffer untuk homogenasi harus dalam keadaan stabil pH-nya dan setelah lisis dapat berikatan dengan materi (isi sel). Melalui pemberian ikatan kompleks akan terjadi ikatan kation bivalen dimana hal ini berperan sebagai kofaktor nuklease. 2. Sentrigugasi dan filtrasi Homogenat hasil lisis dipisahkan melalui sentrifugasi dan filtrasi dari makromolekul yang merupakan komponen sel yang tidak dapat larut. Setelah tahap ini tersedia suatu lisat yang bersih. 3. Deproteinisasi Pelarutan protein dilakukan dengan melalui pengocokan lisat bersih dengan fenol atau campuran fenol-kloroform. Fenol dapat memisahkan fase yang berbeda melalui pengocokan dengan kloroform murni. Pemisahan fase ini dapat dilanjutkan dengan sentrifugasi. Efisiensi deproteinisasi dapat dinaikkan melalui inkubasi lisat dengan protease. 4. Presipitasi . Presipitasi asam nukleat dapat dicapai dengan mela1ui penambahan ethanol (ethanol, isopropanol). Efisiensi presipitasi dapat ditingkatkan dengan pendinginan. Presipitat diendapkan melalui sentrifugasi dan dilarutkan pada konsentrasi tertentu dari buffer yang dikehendaki. 5. Pemurnian . Jika perlu, asam nukleat dapat dimurnikan dengan sentrifugasi bertahap seperti kromatografi. Pemisahan DNA/RNA dari campuran asam nukleat dapat dicapai melalui inkubasi dengan enzim nuklease yang sesuai (RNAse atau DNAse). Teknik di atas adalah prosedur dasar yang harus dilalui untuk mendapatkan ekstrak DNA murni. Namun demikian, prosedur di atas dapat disederhanakan namun hasil isolat DNA biasanya masih belum murni (crude material) yang masih tercampur dengan materi protein. B. Tujuan Mempelajari cara isolasi DNA dengan teknik sederhana

C. Alat dan Bahan 1. Mortar 2. Pistil 3. Tabung reaksi 4. Rak tabling reaksi 5. Gelas ukur 6. Beaker glass 7. Sendok kecil 8. Kain saring/kain kasa 9. Pipet 10. Pisau 11. Pengaduk 12. NaCI 13. Detergen 14. Akuades 15. Berbagai macam buah masak dan lunak . 16. Alkhohol 95% dingin D. Cara Kerja Isolasi DNA dari bahan buah-buahan: 1. Kuliti buah lunak (pepaya, mangga, kiwi, dan potong-potong. Kemudian dengan garpu buatlah menjadi bubur buah di dalam beaker glas plastik 250 ml. 2. Tambahkan pada bahan ini 3 g NaCI, 10 ml detergen dan buat volume hingga 100 ml dengan menambahkan air. I 3. Bahan ini aduk sampai rata dicampur dengan garpu atau pengaduk kemudian saring dengan saringan dan tampung hasil penyaringan tni. 4. Biarkan bahan hasil saringan ini untuk beberapa menit kemudian ambil 6 ml dan masukkan ke dalam tabung reaksi/uji. 5. Alirkan 9 ml etanol dingin pada sisi tabung dan tunggu dalam beberapa menit untuk terjadi presipitasi DNA dan kemudian akan muncul pada permukaan etanol seperti masa putih berupa benang-benang halus. 6. Benang-benang ini dapat dipindah dengan alat/stik atau pastete dari cianol. E. Analisis Data Buatlah analisis secara deskriptif mengenai hasil pengamatan isolasi DNA dari bahan sel buah-buahan. F. Diskusi 1. Mengapa dalam isolasi harus didahului dengan menumbuk atau menghancurkan sel? 2. Apa fungsi penggunaan detergen dan NaCl dalam isolasi DNA? 3. Apa kegunaan alkohol dalam praktikum saudara