BAB X ASAM NUKLEAT

10.1 PENDAHULUAN 10.1.1 Deskripsi Singkat Bab ini mengemukakan secara garis besar asam nukleat yang meliputi pengertian, nukleotida, nukleosida, DNA, RNA, serta mekanisme reaksi replikasi, transkripsi dan translasi yang berhubungan dengan biosintesis protein. 10.1.2 Relevansi Pembahasan

bab

ini

sangat

berhubungan

dengan

metabolisme protein dan enzim. Mahasiswa akan mengetahui bagaimana hubungan antara DNA, RNA dan protein. Pemahaman tentang asam nukleat sebagai senyawa inti sel pembawa in ormasi genetika dan pelaksana biosintesis rekayasa genetika dan biomolekuler. 10.1.3 Tujuan "etelah mempela!ari materi ini mahasiswa diharapkan dapat # $. Men!elaskan pengertian asam nukleat %. Menerangkan struktur nukleotida dan nukleosida &. Menerangkan struktur DNA dan RNA '. Men!elaskan proses replikasi dan transkripsi dari DNA 5. Menerangkan proses biosintesis protein (translasi) oleh RNA. 10.2 PENYAJIAN 10.2.1 Uraian dan Contoh *riedrich Miescher ($+'',$+-.) adalah orang yang mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun $+/+, dilaboratorium 0oppe,"yler di 1ubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka, kemudian sel,sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh protein akan mengungkapkan bagaimana senyawa ini sangat penting untuk dasar mempela!ari

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

246

inti

sel

yang

masih terikat pada

se!umlah protein.

Dengan

menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel sa!a dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam. kemudian zat ini dinamakan nuclein "elan!utnya sekarang dibuktikan dikenal bahwa dengan asam nama nukleat nucleoprotein.

merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan !aringan normal. Beberapa ungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, menstransmisi, dan mentranslasi in ormasi genetik2 metabolisme antara(intermediary metabolism) dan reaksi,reaksi in ormasi energi2 koenzim pembawa energi2 koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya2 koenzim reaksi oksidasi reduksi. Asam nukleat dalam sel ada dua !enis yaitu DNA ( deoxyribonucleic acid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersi at basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. "enyawa gabungan antara protein dan asam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. A1P adalah salah satu contoh nukleotida asam nukleat bebas yang berperan sebagai pembawa energi. $4.%.$.$ Nukleat Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang ber3ariasi antara %..444 5$.444.444 s5d $ milyar. Asam nukleat baik DNA maupun RNA tersusun dari monomer nukleotida . Nukleotida tersusun dari gugus os at, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari kolompok purin dan pirimidin. Purin utama asam nukleat adalah adenin dan guanin, sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil. Pengertian Asam

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

247

$4.%.$.%

Nukleotida

Dan

Nukleosida Nukleotida merupakan nukleosida yang gugus gula pada posisi .6,nya mengikat asam os at (gugus os at) dengan ikatan ester. Nukleosida terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (deri3at purin atau pirimidin) melalui ikatan glikosida. Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa. Basa purin dan pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin, guanin, sitosin dan timin. "edangkan basa RNA terdiri atas adenin, guanin, sitosin dan urasil. Dengan demikian nukleosida adalah penyusun nukleotida dan dapat diberi nama tri3ial dan nama sistematis seperti terlihat pada tabel berikut # 1abel $4.$ Nukleosida Penyusun Asam Nukleat Monomer Asam Nukleat
Ribonukleosida Ribosa 7 basa adenin Ribosa 7 basa guanin Ribosa 7 basa urasil Ribosa 7 basa sitosin Deoksiribonukleosida Deoksiribosa7 basa adenin Deoksiribosa7 basa guanin Deoksiribosa 7 basa sitosin Deoksiribosa 7 basa timin

Nama 1ri3ial
Adenosin 8uanosin 9ridin "itidin Deoksi, adenosin Deoksi, guanosin Deoksi, sitidin Deoksi,timidin

Nama sistematis
Adenin nukleosida 8uanin nukleosida urasil nukleosida "itosin nukleosida Deoksi,Adenin nukleosida Deoksi,8uanin nukleosida Deoksi, nukleosida Deoksi,1imin nukleosida

"itosin

Nukleosida dalam bentuk bebas ada memiliki ungsi penting bagi kesehatan contohnya, puromisin yang ber ungsi sebagai antibiotik yang menghambat sintesis protein ( dihasilkan oleh

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

248

streptomyces). Arabinosil sitosin dan arabinosil adenin sebagai anti 3irus dan anti !amur. Nukleotida terdapat sebagai molekul bebas atau berikatan dengan dengan sesama nukleotida membentuk asam nukleat. :ontohnya dapat dilihat dalam tabel berikut# Tabel 10.2 Mononukleotida Pen u!un A!a" Nukleat DNA dan #NA $a!a Nit%o&en
Adenin 'A( )uanin ')( Ti"in 'T( *ito!in '+( U%a!il 'U(

Na"a #ibonukleotida '#NA(

Adeno!in 5,-"ono.o!.at 'AMP( )uano!in 5,-"ono.o!.at ')MP( ------------------*itidin 5,-"ono.o!.at '+MP( U%idin 5,-"ono.o!.at 'UMP(

Na"a deok!i%ibonukleotida 'DNA(

Deok!i Adeno!in 5,-"ono.o!.at 'dAMP( Deok!i )uano!in 5,-"ono.o!.at 'd)MP( Deok!i Ti"idin 5,-"ono.o!.at 'dTMP( Deok!i *itidin 5,-"ono.o!.at 'd+MP( ------------------

Beberapa nukleotida yang mempunyai ungsi penting dalam sel misalnya Adenosin .6 mono os at (AMP), Adenosin .6 ;di os at (ADP) dan Adenosin .6,tri os at (A1P) yang berperan penting dalam trans er gugus os at untuk menerima dan mengantar energi.

8ambar $4.$ "truktur AMP, ADP dan A1P Nukleotida lain yang berbentuk siklik seperti Adenosin &6,.6, siklik mono os at ( AMP,siklik atau cAMP) berperan sebagai kurir sekunder dalm mengendalikan metabolisme hormon adrenalin. Nukleotida bebas lain adalah guanosin siklik mono os at ( 8MP siklik
Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

24/

< c8MP ) yang diduga ber ungsi sebagai penghambat enzim yang dirangsang oleh cAMP. "elain itu diketahui beberapa tri os onukleotida selain A1P yang berperan dalam berbagai reaksi dalam sel. Misalnya :1P biosintesis ("itidin .6, tri os at) terlibat dalam os olipid, 91P berperan dalam biosintesis berbagai

senyawa karbohidrat. :1P dan 91P !uga digunakan dalam biosintesis RNA dan DNA

10.2.1.0 *T#U1TU# DNA dan #NA $) "truktur Asam Deoksiribonukleat (DNA) Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul,molekul deoksiribonukleotida yang terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai polinukleotida yang pan!ang.

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

250

8ambar $4.% "truktur "ebagian dari DNA Molekul DNA yang pan!ang ini terbentuk oleh ikatan antara atom : nomor & dengan atom : nomor . pada molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus os at. "ecara kimia DNA mengandung karakteri5si at sebagai berikut# $. Memiliki gugus gula deoksiribosa. %. Basa nitrogennya adenin (A). &. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel '. =andungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan spesi ik satu dengan lain. 8uanin selalu berpasangan dengan sitosin ( 8 ;:), dan adenin berpasangan dengan timin (A , 1), sehingga !umlah guanin selalu sama dengan !umlah sitosin. Demikian pula adenin dan timin. %) "truktur Asam Ribonukleat (RNA) Asam ribonukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas molekul,molekul ribonukleotida. "eperti DNA asam ribonukleat terbentuk oleh adanya ikatan antara atom : nomor & dengan atom : nomor . pada molekul ribosa dengan perantaraan gugus os at. Rumus strukturnya sama dengan gambar $4.% tetapi gulanya adalah ribosa ( atom : nomor % mengikat gugus >0) RNA memiliki si at spesi ik yang berbeda dengan si at kimia DNA, yakni dalam hal# $. 8ula pentosanya adalah ribosa %. RNA memiliki ribonukleotida guanin(8), sitosin (:), adenin (A) dan 9rasil (9) pengganti 1imin pada DNA. &. 9ntai os odiesternya adalah untai tunggal yang bisa melipat membentuk !epit rambut seperti untai ganda.Beda dengan DNA bentuk molekulnya heliks ganda. guanin (8), sitosin (:), timin (1) dan

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

251

'. Prosentasi kandungan bas tidak harus sama, pasangan adenin tidak harus sama dengan urasil, dan sitosin tidak harus sama dengan guanin. Ada tiga !enis RNA yaitu tRNA (trans er RNA), mRNA ( messenger RNA ) dan rRNA (ribosomal RNA). =etiga macam RNA ini mempunyai ungsi yang berbeda,beda, tetapi ketiganya secara bersama,sama mempunyai peranan penting dalam sintesis protein. "truktur asam nukleat struktur primer, bila gugus berbagai dapat dilihat5tertulis dalam bentuk sekunder, dan tersier. "truktur primer terbentuk

os at satu nukleotida berikatan ester dengan gugus nukleotida ini membentuk rantai rantai pan!ang

hidroksil nukleotida lain melalui ikatan ko3alen. Penggabungan (polinukleotida). Dua ciri penting semua polinukleotida adalah# $) ?katan os odiester polinukleotida antara unit,unit monomer selalu antara karbon &6 dari satu monomer dan karbon .6 dari yang berikutnya. @adi % u!ung DNA dari rantai polinukleotida linear tersebut akan berlawanan. "atu u!ung secara normal akan melakukan reaksi dengan bereaksi dengan gugus hidroksil &6. %) Rantai polinukleotida mempunyai kekhasan, ditentukan melalui urutan basanya. A 0, P 5, + 0, P 5, ) 0, P 5, T 0, P 5, T 0, 2H 5, os at .6 dan yang lain

)a"ba% 10.0 A3)3T3+ adala4 5eni! nukleotida6 P7.o!.o%3 5, dan 0, u5un& nukleotida6 !e"ua ikatan .o!.odie!te% adala4 0,--- 5,6 "olekul "e"iliki &u&u! P 8ada u5un& 5, dan &u&u! 92H 8ada u5un& 0,. Penulisan sederhana DNA dan RNA dimulai u!ung .6 os at bebas ke u!ung &6 ;>0 bebas sebagai berikut # DNA # .6A,8,1,:,A,8 ,1,1,:, 8,8,1,:,A,8 &6 RNA # .69,:,A,8,9,:,A,A,8,:,:,A,8,9,: &6
Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

252

"truktur sekunder DNA ditemukan oleh @ames D. Aatson dan *.0.: :rick ($-.&). Mereka menyusun pola di raksi sinar B menun!ukkan ganda. model polideoksiribonukleotida berbentuk yang heliks

)a"ba% 10.4 Model DNA 4elik! &anda 'ti&a di"en!i( ole4 :.;at!on-+%i<k. $a!a - ba!a '"e%a4-4i5au( dan ba&ian tulan& 8un&&un& &ula-.o!.at 'bi%u-kunin&( 8ambar $4.' men!elaskan bahwa menun!ukkan tulang belakang (A) pita pada diagram

gula, os at dari dua untai DNA.

0eliks ini adalah heliks Ctangan kananC, berlekuk keatas dengan arah kekanan. =edua untaian diikat bersama oleh ikatan hidrogen (digambarkan sebagian garis titik,titik) kimia, diantara dua basa untai nitrogen, yang yang berpasangan dibagian dalam heliks struktur dengan ganda. (B) menun!ukkan diuraikan,

perhatikan bahwa untaian memiliki orientasi arah yang berlawanan. (:) pasangan basa nitrogen yang terikat kuat tampak !elas pada model komputer (tiga dimensi). Daya tarik menarik antara pasangan

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

250

basa

yang

berpotongan RNA

mempunyai adalah

peranan

penting

dalam dan

mempertahankan molekul. "truktur sekunder kumparan acak tunggal beberapa bagian berbentuk nya. heliks yang menun!ukkan pasangan

basa. "truktur sekunder RNA bermacam,macam sesuai !enis RNA, @enis mRNA dapat berbentuk heliks, tRNA berbentuk daun Banyak DNA secara alami mempunyai struktur tersier. "alah satu contohnya adalah struktur sirkular yang dapat berbentuk acak (berlilitan) dan sirkular terbuka. Pelilitan merupakan struktur DNA yang tertutup secara ko3alen karena untai polinukleotidanya tetap utuh. "truktur ini tidak mempunyai u!ung .6 atau &6 bebas. @ika salah satu untai polinukleotida putus, maka heliks ganda akan kembali kebentuk normalnya sebagai sirkulasi terbuka. :ontoh DNA tersier adalah DNA 3irus "1,'4, DNA plasmid bakteri, dan lain,lain. "truktur DNA ini sangat khas dan berman aat untuk rekayasa gen. mempunyai si at semanggi dan rRNA berbentuk acak.

8ambar $4.. "truktur DNA heliks ganda, basa nitogen (berwarna), gugus os at dan gula ( warna hitam)

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

254

Pada gambar $4.. terlihat antara basa,basa yang terdapat pada rantai molekul terbentuk ikatan hidrogen, yakni ikatan antara atom,atom hidrogen dan nitrogen. Pasangan Adenin dengan 1imin terbentuk dengan dua ikatan hidrogen ( A<1), sedangkan 8uanin dengan "itosin terbentuk dengan tiga ikatan hidrogen ( 8 D :).

10.2.1.4 $. Replikasi DNA Molekul Transkripsi

Replikasi

Dan

DNA

merupakan

rantai

polinukleotida

yang

mempunyai beberapa !enis basa purin dan pirimidin, dan berbentuk heliks ganda. Antara rantai satu dengan pasangannya dalam heliks ganda terdapat ikatan hidrogen. Molekul DNA yang berbentuk heliks ganda ini mempunyai si at dapat membelah diri dan masing,masing rantai polinukleotida mampu membentuk rantai baru yang merupakan pasangannya. 1er!adinya heliks ganda yang baru dan proses terbentuknya molekul DNA baru ini disebut replikasi. Proses pembentukan DNA (penggandaan) (enzim nukleotida yang satu membutuhkan mengkatalisis dengan yang komponen,komponen sebagai berikut. $. DNA lainnya) %. Deoksiribonukleosida trifosfat (dA1P, d11P, d81P, d:1P < monomer penyusun rantai polinukleotida). &. rotein pembentang dan %4 protein enzim lainnya atau sistem replikasi DNA atau replisoma ( ungsi kompleks). '. DNA ligase (menyambung ragmen, ragmen hasil polimerasasi). .. DNA cetakan (DNA induk untuk sintesis DNA baru /. DNA primer (DNA pengawal untuk sintesis DNA baru). polimerase rantai perpan!angan

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

255

"intesis ini te!adi secara semi konser3ati karena hanya satu untaian induk DNA dipertahankan pada tiap DNA keturunan. Dengan demikian bila satu molekul DNA dengan dua rantai antiparalel bereplikasi, mula,mula akan menghasilkan dua rantai DNA baru. =emudian ' rantai DNA (yaitu % rantai DNA asli ditambah % rantai DNA yang terbentuk) yang ada bereplikasi lagi men!adi + rantai DNA, delapan ini bereplikasi men!adi $/ dan seterusnya. Reaksi polimerasasi (perpan!angan rantai nukleotida) mengikuti arah .6 ke arah &6. 1ahap,tahap reaksi sintesis DNA # $. 1ahap pembukaan DNA untai ganda superkoil %. "intesis oligonukleotida primer &. Peman!angan rantai DNA arah .6,,, &6, pelepasan primer dan '. Penyambungan os odiester. ragmen DNA dan membentukan ikatan

8ambar $4./ ?lustrasi Replikasi "emikonser3ati DNA

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

256

Proses tahap awal pembukaan DNA dikatalisis oleh & !enis enzim yaitu $) enzim !elikase (atau DNA, un"inding en#yme) yang mengkatalisis pembukaan bagian DNA yang kedua untainya terpisah (garpu replikasi). %) Enzim !eliks$destabili#ing protein atau single$stranded DNA,binding protein yang ber ungsi men!aga basa, basa pada untai tunggal agar tidak berpasangan dengan lain, dan &) enzim DNA girase mengkatalisis pembukaan heliks ganda sebelum proses replikasi dimulai. =etiga enzim ini beker!a sama membentuk DNA untai tunggal. 1ahap selan!utnya menggunakan enzim RNA polimerase spesi ik atau dikenal enzim primase atau dna8 dan protein dnaB. Pembentukan oligonukleotida primer dilakukan pada daerah spesi ik DNA sebagai tempat awal replikasi. RNA polimerase spesi ik ini berbeda dengan RNA polimerase untuk sintesis RNA, karena enzim ini bersi at nukleo ilik dalam pembentukan ikatan os odiester dari rantai DNA yang tidak berpasangan. dnaB ber ungsi mengikat DNA untai tunggal pada sisi awal replikasi kemudian dna8 membentuk oligonukleotida primer. 1ahap berikut menggunkan katalis DNA polimerase ??? dan DNA polimerase ? serta DNA ligase. Proses penumbuhan rantai ter!adi dengan penambahan deoksiribonukleotida pada gugus &6,>0 u!ung rantai primer (pertumbuhan .6 F &6). =arena kedua rantai DNA bersi at anti paralel satu terhadap lainnya (.6 F &6, dan &6 F .6) maka replikasi semikonser3ati yang ter!adi !uga berbeda. Pada satu rantai replikasinya bersi at kontinyu dan menghasilkan untai penuntun (leading strand).

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

257

)a"ba% 10.7 #e8lika!i DNA Den&an $e%ba&ai En=i" an& te%libat "edangkan untai yang lain repilikasinya bersi at diskontinyu dan menghasilkan untai potongan atau disebut !uga fragmen %ka#aki. "ehingga pada tahap ini dihasilkan satu untai utuh DNA anak mengikuti DNA induk dan satu untai lagi ragmen berupa DNA anak. *ragmen DNA anak ini kemudian dirangkaikan men!adi satu untai utuh oleh enzim DNA ligase sehingga akhirnya satu DNA double heliks menghasilkan Penyambungan % DNA ragmen anak helik ganda dan seterusnya. okazaki merupakan

pembentukan ikatan

os odisester antara gugus &6,>0 residu

nukleosida dan .6, os at residu yang berdekatan. Proses dengan katalisis DNA ligase ini pada E. :oli membutukan ko aktor NAD dan pada eukariotik menggunakan ko aktor A1P. % Proses 1ranskripsi RNA Proses transkripsi adalah pembentukan molekul RNA sesuai pesan yang diberikan oleh DNA. Pada tahap ini in ormasi genetik diberikan kepada molekul RNA yang terbentuk selaku perantara dalam sintesis protein. Proses transkripsi membutuhkan rantai DNA tunggal sebagai cetakan, RNA polimerase untuk peman!angan rantai RNA, keempat ribonukleosida .6,tri os at ( A1P, 81P, 91P, dan :1P), serta berbagai enzim kompleks. Dalam proses ini terbentuk berbagai !enis RNA dari gen DNA yang transkripsi. 8en adalah bagian tertentu dari DNA yang menyandi satu polipeptida (protein) tertentu.

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

258

Proses ini menyerupai replikasi DNA namun ada perbedaan prinsip antara keduannya. Pada sintesis DNA seluruh urutan nukleotida DNA digandakan seperti kolompok gen yang DNA induk. Pada transkripsi Reaksi polimerisasi RNA tidak semua DNA ditraksripsi men!adi RNA, hanya gen atau ditranskripsi. arah berlangsung mengikuti ribonukleosida .6,tri os at

keribonukleosida &6, os at. Produk yang terbentuk pada proses ini adalah RNA yang komplemen dengan salah satu rantai DNA dupleks yang men!adi cetakan. "emua produk RNA ;nya dalam berbagai !enis dan beruntai tunggal. 8aris besar tahapan proses sintesis RNA. &a!ap pertama # Enzim polimerase mengikat urutan basa spesi ik atau urutan tanda permulaan DNA yaitu rangkaian $4 nukleotida yang kaya pirimidin. Pengikatan ini menyebabkan terbukanya heliks ganda DNA dengan pan!ang tertentu (inisiasi). RNA polimerase pada bakteri menghasilkan ketiga !enis RNA. "ementara pada sel mamalia memerlukan RNA polimerase berbeda,beda untk mensintesis ketiga !enis RNA.

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

25/

8ambar $4.+ 1ahapan 1ranskripsi &a!ap kedua' RNA polimerase mengkatalisis peman!angan

(elongasi) u!ung &,

ikatan os odiester antara ribonukleosida tri os at dan os at melalui cara seperti DNA polimerase ?. Proses ini disertai dengan hidrolisis piro o at untuk

peman!angan

membantu menyediakan gaya pendorong untuk reaksi tersebut. "ubstrat reaksi RNA polimerase adalah A1P, 81P, 91P, dan :1P sesuai dengan komplemennya pada urutan DNA. &a!ap ketiga' =omplemen DNA,RNA RNA (hibrid) yang yang dihasilkan diikuti yang membuka u!ung dengan melepaskan urutan terbentuk, (terminasi).

hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. Pada gen, terdapat penghenti menyebabkan proses transkripsi berhenti. =eadaan ini diikuti dengan pelepasan RNA polimerase dari DNA. &a!ap keempat# Adalah tahap akhir dimana ter!adi perubahan secara kimia RNA yang terbentuk. Biasanya setelah proses pembentukan RNA, ter!adi proses lan!utan untuk membuat RNA men!adi akti . rRNA dan tRNA dibuat dalam bentuk prekusor yang lebih pan!ang, kemudian dimodi ikasi dan dipecah untuk menghasilkan berbagai produk akhir. Demikian !uga mRNA. Pada sel hewan yang terin eksi 3irus dapat ter!adi transkripsi balik yaitu polimerisasi DNA dari RNA. 10.2.1.5 BIOSINTESIS PROTEIN (translas (

Dalam proses biosintesis protein molekul DNA berperan sebagai cetakan bagi terbentuknya RNA, sedangkan molekul RNA
Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

260

kemudian mengarahkan urutan asam amino dalam pembentukan molekul protein yang berlangsung dalam ribosom. Dengan demikian aliran in ormasi genetika dalam sel sebagai berikut#
&ranskripsi &ranslasi

DNA

RNA

PR>1E?N ungsi RNA dalam sintesis

9ntuk memahami lebih lan!ut

protein, berikut akan dibahas tiga !enis RNA yaitu rRNA ( ribosomal RNA), mRNA (messenger RNA) dan tRNA (trans er RNA). rRNA bersama dengan protein merupakan komponen yang membentuk ribosom dalam sel. Aalaupun rRNA ini merupakan komponen utama ribosom, namun perananya dlam sintesis protein yang berlangsung diribosom belum diketahui. rRNA ini merupakan RNA yang paling banyak ( G +4H) dibandingkan dua !enis RNA yang lain dari keselurahan RNA. mRNA diproduksi dalam inti sel dan merupakan RNA paling sedikit !unlahnya (G .H) dari keseluruhan RNA dalam sel. Pembentukan mRNA dalam inti sel menggunakan DNA sebagai molekul cetakan dan susunan basa pada mRNA merupakan komplemen salah satu rantai molekul DNA. Dengan demikian urutan basa purin dan pirimidin pada mRNA serupa dengan uruten purin dan pirimidin salah satu rantai molekul DNA, dengan perbedaan basa timin diganti urasil. mRNA yang te%bentuk dala" inti !el ke"udian kelua% da%i inti !el dan "a!uk ke!ito8la!"a dan te%ikat 8ada %ibo!o". 5,- )+))+)A+)+)+A)UUAAU+++ A+A)++)-0,- "#NA 0,- +)++)+T )+)+)T+AAT T A)))T)T+))+-5,-untai <etakan DNA 5,- )+))+)A+)+)+A)TTAAT+++A+A)++)-0,-untai 8en andi DNA =ode genetika yang berupa urutan basa pada molekul DNA, disalin pada urutan basa nukleotida molekul mRNA. 1iap tiga buah basa yang berurutan (triplet) disebut kodon. "ebagai contoh A98 adalah kodon yang terbentuk dari kombinasi adenin,urasil,guanin,
Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

261

8:9 adalah kodon yang terbentuk dari kombinasi guanin,sitosin, urasil. >leh karena basa pada RNA ada empat buah yaitu A,9,:,8, maka akan terdapat '& kombinasi atau /' buah kodon. Mengingat !umlah asam amino hanya %4 buah, maka tidak setiap kodon disediakan bagi satu macam asam amino. 9mumnya beberapa !enis kodon disediakan bagi satu macam asam amino. 0anya triptopan da n metionin yang mempunyai satu !enis kodon yaitu 988 untuk tripto an dan A98 untuk metionin. 1abel kode genetik dapat dilihat tersebut pada tabel &. Pada tabel terlihat bahwa satu !enis asam amino mempunyai dua

kodon atau lebih (kecuali tripto an dan metionin). =odon yang menun!uk asam amino yang sama disebut sinonim, misalnya :A9 dan :A: adalah sinonim untuk histidin. Perbedaan antara sinonim tersebut pada umumnya adalah basa pada kedudukan ketiga, misalnya 899,89A,89: dan 898 menun!uk asam amino sama yakni 3alin. tRNA adalah asam nukleat (terdiri I&,-' nukleotida). "truktur molekulnya mempunyai berbentuk daun semanggi (gambar $4.-) yang beberapa ton!olan berupa lengan (stem) dan bagian

yang melingkar atau lipatan (loop) yaitu lengan asam amino ($), lengan dan lipatan 90% atau dihidro uridin (%), lengan lipatan antikodon (&), lengan ekstra ('), lengan dan lipatan 9 atau pseudouridin ((). Tabel 10. 0 *andi )enetika Po!i!i 8e%ta"a ' u5un& 5,( U P4e P4e Leu Leu Leu Leu Leu Leu Po!i!i kedua + *e% *e% *e% *e% P%o P%o P%o P%o A T % T % *to8 *to8 Hi! Hi! )ln )ln ) + ! + ! *to8 T%8 A%& A%& A%& A%& Po!i!i keti&a 'u5un& 0,( U + A ) U + A ) 262

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

>le >le >le Met ?al ?al ?al ?al

T4% T4% T4% T4% Ala Ala Ala Ala

A!n A!n L ! L ! A!8 A!8 )lu )lu

*e% *e% A%& A%& )l )l )l )l

U + A ) U + A )

8ambar beberapa

($4.-)

menun!ukkan yang tidak

molekul umum

alanin #

tRNA inosin

dan (?),

nukleosida

seperti

metilinosin(m?), dihidrouridin (90%), ribotimidin (1), metilguanosin (m8), dan dimetilguanosin (m%8), pseudouridin (). Bagian molekul yang penting dalam biosintesis protein ialah lengan asam amino (($) yang mempunyai ungsi mengikat molekul asam amino tertentu dan lipatan anti kodon (&). Jengan asam amino pada u!ung & selalu berakhir dengan tiga molekul nukleotida yang mengandung basa sitosin,sitosin,adenin (:,:,A). Jipatan antikodon mempunyai ungsi menemukan kodon yang men!adi pasangannya dalam mRNA yang terdapat dalam ribosom.

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

260

8ambar $4.- "truktur t, RNA "ecara umum biosintesis protein ter!adi dalam lima tahap utama# $. akti3asi asam amino %. inisiasi rantai polipeptida &. peman!angan (elongasi) rantai polipeptida '. terminasi polipeptida .. pelipatan dan pengolahan (de ormilmetionilasi) $. Akti3asi asam amino merupakan proses perubahan asam amino men!adi amino asil ;tRNA dengan bantuan A1P. Artinya proses biosintesis protein tiap molekul tRNA membawa satu molekul asam amino masuk kedalam ribosom. Pada sel eukariot tahap akti3asi ter!adi di sitosol (cairan sitoplasma). Pembentukan ikatan asam amino dengan tRNA berlangsung dengan bantuan enzim amino asil sintetase dan A1P melalui % tahap reaksi . (penghentian) dan pembebasan rantai

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

264

8ambar $4.$4 Proses Biosintesis Protein (1ranslasi) a. 1ahap pertama asam amino dengan enzim dan AMP membentuk kompleks aminoasil,AMP,enzim. b. =edua, ter!adi reaksi antara kompleks aminoasil,AMP,enzim dengan tRNA. Pada reaksi ini terbentuk kompleks tRNA,asam amino, sedangkan AMP dan enzim sintetase dilepaskan kembali. Reaksinya# asam amino 7 A1P Ppi
Enzim 7 Mg%7

Enzim,aminoasil,AMP 7

Enzim 7 Mg %7

Aminoasil,AMP 7 tRNA AMP

aminoasil, tRNA 7

Pada kompleks amino asil tRNA , asam amino berikatan dengan nukleotida adenosin pada u!ung RNA, yaitu pada gugus ;>0 atom : nomor &. %. Di dalam ribosom terdapat sebagian dari rantai nukleotida mRNA yang telah siap menerima tRNA yang membawa asam amino. 1iap molekul aminoasil,tRNA masuk ke dalam ribosom secara berurutan, membentuk pasangan kodon dan anti kodon yang sesuai. ke 9ntuk memulai biosintesis protein, dari tRNA mRNA yang yang 265 mempunyai antikodon 9A: mengikat ormil,metionin dan masuk dalam ribosom menempati bagian

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

mempunyai kodon A98. *ormil metionin ini terbentuk setelah tRNA berikatan dengan metionin, kemudian berikutnya dengan ormil *0% dengan bantuan enzim ormilase &. "elan!utnya tRNA kedua yang telah mengikat asam amino, misalnya tRNA,metionin, masuk kedlam ribosom dan menempati kodon A98 berikutnya. Dengan cara ini ormil metionin yang men!adi asam amino awal membentuk ikatan peptida dengan metionin. "etelah ter!adi ikatan peptida, maka tRNA yang pertama dilepaskan dan keluar dari ribosom. >leh karena dalam ribosom hanya dapat ditempati oleh % tRNA, maka tRNA ketiga masuk setelah tRNA yang pertama keluar dari ribosom. Misalnya tRNA yang ketiga ialah tRNA yang mempunyai anti,kodon :A: dan berpasangan dengan kodon ketiga pada mRNA yaitu 898. tRNA ketiga ini mengikat 3alin dan dengan masuknya tRNA,3alin ke dalam ribosom, maka ter!adi ikatan antara metionin ;3alin. Proses pembentukan ikatan peptida ini berlangsung terus sesuai dengan kode genetika yang terdapat pada molekul mRNA. Reaksi pembentukan ikatan peptida antara molekul asam,asam amino ini dapat berlangsung karena ikut sertanya guanosintri os at (81P) yang berubah men!adi guanosindi os at (8DP), dengan melepaskan satu gugus os at dan energi '. Proses biosintesis protein akan berhenti apabila pada mRNA terdapat kodon 9AA, 9A8 atau 98A, karena dalam sel normal tidak terdapat tRNA yang mempunyai antikodon komplementer terhadap ketiga kodon tersebut. =etiga kodon ini merupakan tanda berhenti (stop) pada proses pembentikan ikatan peptida. "ebagai ganti tRNA, ada % !enis protein yang dapat mengikat ketiga !enis kodon tersebut. Protein ini berlaku sebagai sebagai aktor, aktor pelepas (releasing factor < R*), ikatan asam amino terakhir dengan tRNA. =edua !enis protein ini diberi tanda R* $ dan R*%. R*$ dapat mengadakan ikatan dengan kodon 9AA dan 9A8, sedangkan R*% dengan 9AA dan 98A. 1erbentuknya ikatan kedua protein tersebut dengan mRNA dapat mengakti kan enzim
Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

266

trans erase peptidil, sehingga enzim ini dapat beker!a sebagai katalis dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan terlepasnya asam amino terakhir dari molekul tRNA. .. "etelah tahap terminasi, dilan!utkan dengan tahap pelipatan dan pengolahan yang bertu!uan untuk memperoleh si at akti dari polipeptida (protein) yang terbentuk. 1erbentuknya ikatan kedua protein tersebut dengan mRNA dapat mengakti kan enzim trans erase peptidil, sehingga enzim ini dapat beker!a sebagai katalis dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan terlepasnya asam amino terakhir dari molekul tRNA. 10.2.2 Latihan

9ntuk memperdalam pemahaman anda tentang materi diatas, ker!akan soal,soal latihan berikut# $. @elaskan beberapa persamaan dan perbedaan antara DNA dan RNA %. Mengapa struktur DNA berbentuk heliks ganda sedangkan RNA tidak. &. @elaskan bagaimana proses biosintesis DNA (replikasi) yang bersi at semikonser3ati . '. 1erangkan pula tahapan mekanisme proses transkripsi RNA.

10.2.3 Petunjuk Jawaban Soal-soal latihan $. a. Memiliki gugus gula deoksiribosa (DNA), ribosa (RNA) b. Basa nitrogennya adenin (A) (9) c. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel(DNA), RNA rantai tunggal d.=andungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan spesi ik satu dengan lain. 8uanin selalu dengan sitosin ( 8 ;:), dan adenin 267 berpasangan
Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

guanin (8), sitosin (:), timin (1) dan

untuk DNA2 sedangkan RNA timin diganti 9rasil

berpasangan dengan timin (A , 1), sehingga !umlah guanin selalu sama dengan !umlah sitosin. Demikian pula adenin dan timin. 9ntuk RNA pasangan urasil dengan Adenin (9,A) pengganti timin pada DNA. %. "truktur heliks ganda oleh DNA dipengaruhi oleh adanya ikatan hidrogen antara basa,basa yang terikat pada pirimidin. :ontoh adenin dapat membentuk gula yakni ikatan hidrogen dan nitrogen dari basa purin dan dua ikatan hidrogen dengan timin, guanin & ikatan dengan sitosin. "edangkan rantai RNA berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga menyerupai rantai ganda. &. Biosintesis DNA yang ter!adi secara semikonser3ati karena hanya satu untaian induk DNA dipertahankan pada tiap DNA keturunan . Artinya dengan satu molekul DNA dengan dua rantai antiparalel bereplikasi, mula akan menghasilkan % rantai DNA baru, kemudian ' (% asli ditambah % yang terbentuk) dan bereplikasi lagi !adi +, $/, &% dan seterusnya. '. Proses transkripsi yaitu pembentukan molekul RNA sesuai pesan yang diberikan oleh DNA. Artinya in ormasi genetik diberikan perantara kepada dalam molekul sintesis RNA yang terbentuk selaku !elas protein. (mekanismenya

diterangkan diatas)

10.2.4

Rangkuman

Asam nukleat dalam sel ada % macam yakni DNA dan RNA. "eperti halnya DNA, RNA adalah merupakan polimer nukleotida. Monomer nukleotida tersusun atas tiga gugus molekul yakni $). 8ula ribosa, %) Pos at atau P, &) basa,Nitrogen . "intesis molekul DNA (replikasi) terdiri atas beberapa reaksi yaitu# tahap pembukaan DNA untai ganda superkoil2 tahap sintesis
Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

268

oligonukleotida primer2 peman!angan rantai DNA arah .CK&C2 pelepasan primer2 penyambungan ragmen DNA baru dan pembentukan ikatan os odiester. Lang melibatkan peran berbagai enzim seperti ligase, DNA polimerase, DNA 0elikase, Protein pengikat, DNA 8irase. Arus in ormasi genetik pada sel normal berawal dari DNA ke RNA terus ke protein. "intesis RNA berdasarkan suatu cetakan DNA disebut proses transkripsi. "edangkan sintesis protein berdasarkan suatu cetakan RNA disebut 1ranslasi. Proses sintesis RNA menyerupai pembentukan Dna tetapi ada perbedaan prinsip dimana kalau sintesis DNA seluruh urutan nkleotida DNA digandakan seperti DNA induk, pada sintesis RNA tidak semua DNA ditranskripsi men!adi RNA, hanya gen atau kolompok gen yang ditarnskripsi. yang !adi cetakan. "intesis RNA (transkripsi) terdiri ' tahap reaksi # pertama enzim RNA polimerase mengikat urutan basa spesi ik, kedua RNA polimerase mengkatalisis peman!angan ikatan os odiester antara ribonukleotia tri os at dan u!ung &6, os at melalui cara seperti DNA polimerase ?, ketiga, komplemen DNA,RNA (hibrid DNA,RNA) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk diikuti hibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. )eempat, ter!adi pengubahan secara kimia RNA yang terbentuk. "intesis protein (translasi) yaitu molekul Rna yang terbentuk mener!emahkan in ormasi genetik ke dalam proses pembentukan protein. Pada tahap ini asam,asam amino secara berurutan diikat satu dengan yng lain, sesuai pesan yang diberikan DNA. Berlangsung diribosom dan melalui . tahapan reaksi yakni akti3asi asam amino2 inisiasi rantai polipetida, peman!angan (elongasi) rantai polipetida2 terminasi dan pembebasan rantai polipeptida serta tahap pelipatan dan pengolahan Produk yang terbentuk adalah RNA yang komplementer dengan salah satu rantai DNA dupleks

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

26/

10.3 PENUTUP 10.3.1 T!s "#r$at % $. "ebutkan & !enis RNA yang saudara ketahui. %. Apa yang dimaksud dengan kodon dan anti kodon. &. "enyawa,senyawa apa yang diperoleh apabila suatu asam nukleat dihidrolisis secara sempurnaM '. @elaskan bagaimana ungsi mRNA dalam biosintesis protein. .. 1erangkan . tahapan proses biosintesis protein (translasi ). 10.3.2 Umpan Balik Anda dapat menguasai materi ini dengan baik !ika memperhatikan hal,hal berikut# $. Membuat ringkasan materi pada setiap bab sebelum materi tersebut dibahas dalam diskusi kelas. %. Akti dalam diskusi baik kelompok kecil maupun kelompok besar. &. Menger!akan latihan. 10.3.3 Tindak Lanjut $. Apabila mahasiswa dapat menyelesaikan +4H dari test ormati diatas, maka mahasiswa tersebut dapat melan!utkan ke bab selan!utnya, sebab pengetahuan tentang asam nukleat adalah dasar pengetahuan untuk mengenal senyawa pembawa in ormasi genetik dan keterkaitannya dengan ilmu lain seperti genetika dan biomolekuler. %. @ika ada diantara mahasiswa belum mencapai penguasaan +4H dian!urkan untuk # mempela!ari kembali topik di atas dari awal berdiskusi dengan teman terutama pada hal,hal yang belum dikuasai bertanya kepada dosen !ika ada hal,hal yang tidak !elas dalam diskusi.

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

270

10.3.4

un!i "a#a$an tes %&rmati%

$. 1iga macam RNA, yaitu tRNA (trans er RNA), mRNA (mesenger RNA), dan rRNA (ribosomal RNA). %. kodon adalah urutan tiga basa (triplet) misalnya A98, anti kodon adalah kebalikannya.triplet yang mengenali kodon pada u!ung molekul tRNA. &. Basa (purin atau pirimidin)2 gula ribosa atau deoksiribosa2 senyawa os at '. *ungsi mRNA dalam biosintesis protein adalah pembentukan mRNA dalam inti sel menggunakan molekul DNA sehingga strukturnya hampir sama dengan DNA cetakan (timin diganti urasil),mRNA yang terbentuk kemudian keluar dari inti dan masuk ke dalam sitoplasma dan terikat dengan ribosom, kode genetika pada DNA disalin urutan basanya kerantai molekul mRNA dalam bentuk kodon.(mRNA menyalin urutan basa yang di kodon oleh DNA) .. $)akti3asi asam amino2 %)inisiasi rantai rantai polipeptida2 ') polipeptida 2 &) .) peman!angan (penghentian) (elongasi) dan polipeptida2 rantai terminasi

pembebasan

pelipatan dan pengolahan (de ormilmetionilasi)

B9=9 "9MBER $. Arbianto,P., $--&, *iokimia )onsep$)onsep Dasar, DEPD?=B9D, D?=1?, Proyek Pendidikan 1enaga Akademik2 @akarta. %. :ampbell, Reece,Mitchell., %44%, *iologi, edisi kelima,@ilid ?2 Penerbit Erlangga &. "tryer Jubert., %444, *ioc!emistry, 3olume $,%,& edisi '., E8: @akarta
Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

271

'. Murray, Robert (et,al)., %44$, +arper,s *ioc!emistry., Edisi %., E8:., @akarta. .. Poed!iadi,A., $--', Dasar$Dasar *iokimia. ?ndonesia,Press.

Re-ie"

%f

9ni3ersitas

"ENARA?
tRNA # transfer RNA, molekul RNA yang ber ungsi sebagai penginterpretasi antara asam nukleat dan bahasa protein dengan cara memilih dan membawa asam amino spesi ik dan mengenali kodon yang tepat pada mRNA. =ode triplet # =umpulan kata,kata dengan pan!ang & nukleotida yang 1ranskripsi =odon menentukan asam amino untuk rantai polipeptida. # "intesis RNA pada suatu cetakan DNA. # "uatu urutan DNA atau mRNA yang terdiri atas tiga nukleotida yang menspesi ikasi asam amino tertentu atau sinyal terminal2 unit dasar kode genetik. Anti kodon # 1riplet basa terspesialisasi yang terdapat pada salah satu u!ung molekul tRNA, yang bisa mengenali suatu kodon komplementer tertentu pada suatu molekul mRNA. 1ranslasi mRNA # "intesis polipeptida dengan menggunakan in ormasi genetik yang dikode pada suatu molekul mRNA. # mesenger RNA (pembawa pesan) oleh beberapa 3irus RNA yang menggunakan RNA sebagai cetakan untuk sintesis DNA transkripsi balik # (re-erse transcriptase) suatu enzim yang dikode

Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat

272