Ekologi Mikroba
Ekologi mikroba : studi tentang mikroba dng lingkungan alamiahnya. Di dlm suatu ekosistem tertentu mikroba merupakan organisme paling banyak jumlahnya dan memiliki kemampuan yg tinggi utk menyebabkan perubahan bagian penting dari ekosistem Mikroba di alam hidup bersama saling berinteraksi dng yg lain. Banyak mikroba berasosiasi dng organisme yg lebih tinggi, di laboratorium cenderung utk berkompetisi, bertahan di tanah & air Kondisi lingkungan yg ekstrim menekan mikroba utk bertahan dan berfungsi krn faktor fisik : temperatur, pH, tekanan atau salinitas. Banyak mikroba ditemukan pd lingkungan yg ekstrim dan dpt bertahan hidup dan berfungsi dng kondisi seperti itu
Interaksi Mikroba
Beberapa ciri ekosistem mikroba 1. Keanekaragaman spesies mikroba Mikroba dlm lingkungan alamiahnya jarang terdpt sebagai biakan murni. 2. Dinamika populasi Selama kondisi lingkungan baik dan menguntungkan, setiap species mikroba akan tumbuh dng baik. Ketika terjadi perubahan lingkungan, maka akan terjadi perubahan naik dan turunnya populasi. 3. Adaptasi dan mutasi Kemampuan mikroba utk bertahan hidup dan utk menyesuaikan diri terhadap perubahan lingkungan. Adaptasi fenotipik : respons mikroba terhdp lingkungan yg bersifat sementara. perubahan aktivitas metabolik pada suhu yang berbeda Adaptasi genotipik : perubahan dlm genotip akibat dari mutasi menghasilkan mutan.
Mikroba dlm suatu ekosistem memperlihatkan bermacammacam tipe asosiasi dan interaksi antar spesies.
Tipe tipe hubungan/simbiosis antar mikroba dlm ekosistem Positif (komensalisme,mutualisme), Negatif (kompetisi, parasitisme, antagonisme) dan Netral
Netralisme : anggota-anggota asosiasi tdk terpengaruh meskipun tumbuh di dlm lingkungan yg sama Mutualisme : kedua anggota asosiasi memperoleh keuntungan Komensalisme : salah satu anggota asosiasi menerima keuntungan yaitu dpt tumbuh lebih cepat, dpt mencapai populasi total yg besar dan pd umumnya tumbuh lebih baik. Anggota yg lain tdk terpengaruh Antagonisme, kompetisi atau parasitisme : salah satu anggota asosiasi dihambat atau dimatikan, sedangkan anggota yg lain mendapat keuntungan
Mikrobiologi Tanah
Secara langsung atau tidak langsung, bahan buangan dari manusia, hewan, jasad hidup, tumbuhan akan dibuang / dikubur dlm tanah setelah beberapa lama berubah menjadi komponen organik dan beberapa anorganik terjadi karena adanya mikroba. Kegiatan mikroba di dlm tanah :
Membawa perubahan kimiawi, terutama pengubahan persenyawaan organik yg mengandung karbon, nitrogen, sulfur, dan fosfor menjadi persenyawaan anorganik proses mineralisasi.
Siklus N, S, C dan P
Siklus Nitrogen
Udara mengandung 79% gas N2 dan merupakan reservoir terbesar. Mikroba menghidrolisis protein secara enzimatik menjadi asam amino yg akan dimetabolisme lebih lanjut dan dibebaskan sbg amonia (NH3) dng reaksi deaminasi : asam amino asam keto + NH3. Tumbuhan memperoleh nitrogen dari dlm tanah berupa amonia (NH3), ion nitrit (N02-), urea (NH2)2CO2 dan ion nitrat (N03-). Kebanyakan organisme tdk dpt menggunakan nitrogen dlm bentuk unsur (sebagai gas N2). Agar tumbuhan dpt membuat protein maka tumbuhan harus memperoleh nitrogen dlm bentuk terikat (terfiksasi). Nitrogen bebas dpt bereaksi dng hidrogen atau oksigen dng bantuan kilat/ petir. Nitrogen oksida yg terbentuk yg larut dlm hujan akan membentuk nitrat. Untuk memecahkan molekul nitrogen agar atom-atomnya dpt bergabung atom-atom lain diperlukan energi.
Fiksasi N
Reaksi : N2 + 3 H2 2 NH3 berlangsung dgn bantuan kompleks enzim nitrogenase, memerlukan cukup banyak energi dlm bentuk ATP dan koenzim. Dilakukan oleh beberapa bakteri yg hidup bebas maupun bersimbiosis dng akar tanaman, misal: Clostridium pasteuranium, Klebsiella, Rhodobacter, Rhizobium
Amonifikasi
Amonifikasi dilakukan oleh tumbuhan, hewan dan mikroorganisme. Pada lingkungan asam atau netral, NH3 ada dlm bentuk ion NH4+. Pada lingkungan basa, NH3 akan dilepas ke atmosfir Ion NH4+ merupakan bentuk N yg dpt digunakan oleh berbagai organisme termasuk mikroorganisme.
Nitrifikasi
Nitrogen yg diikat biasanya dlm bentuk amonia amonia diperoleh dari hasil penguraian jaringan yg mati oleh bakteri. Amonia dinitrifikasi oleh bakteri nitrit, yaitu Nitrosomonas dan Nitrosococcus shg menghasilkan nitrat yg akan diserap oleh akar tumbuhan. Bakteri autotrof mendapatkan energi dari oksidasi NH3 menjadi nitrit (NO2-) dan kemudian nitrit dioksidasi menjadi nitrat (NO3-)
Mikroorganisme yg berperan: Arthrobacter, Aspergillus, Nitrosomonas Proses nitrifikasi penting krn perubahan ion NH4+ menjadi NO2- & NO3membuat muatan ion menjadi negatif, yg memungkinkan N bergerak bebas di dlm air tanah
Ion NO3- dpt digunakan oleh organisme melalui reduksi nitrat asimilatif. Selain itu, ion NO3- dpt berfungsi sbg akseptor elektron terakhir bila di lingk tdk terdpt oksigen. Fenomena ini disebut respirasi nitrat atau reduksi nitrat disimilatif. Reduksi nitrat ada 2 jenis:
ion NO3- menjadi NO2- (oleh bakteri fakultatif anaerob : Alcaligenes, Escherichia, Enterobacter) ion NO3- menjadi NO dan N2O (oleh genus-genus Paracoccus, Thiobacillus)
Jadi oleh bakteri denitrifikan, nitrat (NO3) diubah menjadi nitrit dan ada yg dpt mengubah nitrit menjadi nitrogen kembali yg dilepaskan ke udara, dng cara ini siklus nitrogen akan berulang dlm ekosistem. Denitrifikasi reduksi nitrat menjadi nitrit, nitro oksida : NO3- + CH2O + H+ N2O + CO2 + 1 H2O (oleh bakteri Pseudomonas dan Thiobacillus denitrificans)
Siklus Sulfur
Sulfur dpt ditemukan dlm bentuk sulfur, sulfit dan sulfat yg di hasilkan oleh bermacam-macam mikroorganisme. Bakteri berperan penting perombakan sulfur di udara termasuk pembusukan protein yg menghasilkan sulfat (SO4=) pd pH 3-4. Pada keadaan anaerob, bakteri menghasilkan H2S dan dimetil sulfida (CH3SCH3) yg berwujud gas jika memasuki atmosfer maka gas tercuci dari udara krn adanya hujan. Ada sebagian sulfur di daratan terbawa oleh air sungai ke laut. Proses pengembalian ke darat melalui perubahan senyawa menjadi gas H2S dan SO2 atmosfer dan tercuci diudara krn adanya hujan. Ada sebagian SO2 yg berasal dari tumbuhan. Pada perubahan H2S S maka H2S berfungsi sebagai reduktan. Ada sekelompok bakteri kemooutotrof (anaerob) yg memanfaatkan energi dari perubahan ini.
Thiobacillus ferooxidans, mendapatkan energi dng mengoksidasi ion ferro/ sulfida yg dpt menimbulkan masalah ditambang batubara yg banyak mengandung ferrosulfida (FeS). Jika para penambang berhubungan dng udara dan air maka bakteri Thiobacillus ferooxidans akan mengoksidasi FeS dng reaksi : Fe2(SO4)3 + 6 H2O 2 Fe(OH)3 + 3 H2SO4. H2SO4 mencemari air sungai. Pada pH rendah dpt mematikan dan menghalangi perombakan limbah dng meningkatkan kebutuhan oksigen hayati. Pada keadaan anaerob, SO4= direduksi oleh kelompok desulfovibrio menjadi H2S. S pada keadaan anaerob direduksi menjadi H2S oleh kelompok bakteri desulforomonas.
Siklus Sulfur
SO4 2Oksidasi sulfur SO3 2Desulfovibrio Alteromonas Clostridium Desulfovibrio Desulfotomaculum
Elemen S
H2S
Di atmosfer, kandungan CO2 = 0,03%. Sumber-sumber CO2 di udara : respirasi manusia dan hewan, erupsi vulkanik, pembakaran batubara, dan asap pabrik.
CO2 di udara dimanfaatkan oleh tumbuhan utk fotosintesis dan menghasilkan O2 yg nantinya digunakan oleh manusia dan hewan utk respirasi menghasilkan panas dan membuang CO2 ke atmosfer.
Hewan dan tumbuhan yg mati dioksidasi oleh mikroba dekomposer (terutama bakteri) menghasilkan panas dan CO2 ke lingkungan dan dlm waktu yg lama membentuk batubara di dlm tanah. Batubara dimanfaatkan lagi sbg bahan bakar yg juga menambah kadar C02 di udara. Di ekosistem air, pertukaran C02 dng atmosfer berjalan secara tdk langsung. Karbon dioksida berikatan dng air membentuk asam karbonat yg terurai menjadi ion bikarbonat sumber karbon bagi alga yg memproduksi makanan utk diri mereka sendiri dan organisme heterotrof lain. Sebaliknya, saat organisme air berespirasi, CO2 yg mereka keluarkan menjadi bikarbonat. Jumlah bikarbonat dlm air adalah seimbang dng jumlah C02 di air.
SIKLUS FOSFOR
Fosfor merupakan bahan yg penting bagi tumbuhan dan binatang, dan biasanya dlm bentuk ion PO43- dan HPO4=. Di alam senyawa fosfat terdpt dlm dua bentuk : organik (pd tumbuhan dan hewan) dan anorganik (pd air dan tanah). Proporsi fosfor dlm bahan hidup relatif kecil, namun mempunyai peran yg penting sbg penyusun asam nukleat (yg menyimpan dan mentranslasikan sandi genetik.). Selain itu fosfor sbg dasar ikatan ATP yg berenergi tinggi utk fotosintesis dan respirasi. Kelimpahan fosfat dpt menyebabkan pertumbuhan ganggang di air terlalu cepat shg ganggang dpt menghabiskan semua oksigen di dlm air dan membunuh makhluk hidup air disekitarnya eutrophication. Binatang memperoleh fosfor dari tumbuhan yg mereka makan, dan fosfor ini merupakan komponen tulang, gigi dan kulit kerang. Fosfat organik dari hewan dan tumbuhan yg mati diuraikan oleh dekomposer (pengurai) menjadi fosfat anorganik. Fosfat anorganik yg terlarut di air tanah atau air laut akan terkikis dan mengendap di sedimen laut. Fosfat dari batu dan fosil terkikis dan membentuk fosfat anorganik terlarut di air tanah dan laut. Fosfat anorganik ini kemudian akan diserap oleh akar tumbuhan lagi. Burung-burung mengambil ikan di laut (mengandung fosfor) dan mengembalikannya ke darat melalui tahi burung yg digunakan tumbuhan sebagai pupuk.
Mikrobiologi Udara
Udara : campuran gas yg tidak terlihat, tdk ada kandungan nutrisi Mikroba yg ada hanya tinggal sementara (melayang) atau bersama partikel debu Jumlah dan macam mikroba berdasarkan : lokasi, kondisi cuaca dan jumlah manusia Pada daerah berdebu, jumlah mikroba meningkat. Pada daerah basah jumlah mikroba sedikit krn banyak mengendap bersama partikel air ke tanah Pada dataran tinggi jumlah mikroba rendah krn kelembaban tinggi.
Sumber kontaminasi udara Organisme saluran pernafasan : kontak langsung atau tdk langsung Orang dewasa : terlalu aktif Penyakit menular : virus (cacar, influensa), bakteri (difteri, ISPA), jamur (histoplasmosis)
Identifikasi keberadaan mikroba udara Menangkap dng cawan hara pd waktu tertentu Menyaring melalui membran steril Sejumlah volume udara tertentu ditiup pd medium steril Perlunya pencegahan Mengurangi penularan penyakit Mencegah pembusukan makanan Mencegah tersebar/masuknya mikroba kontaminan Pencegahan dan pengendalian Imunisasi : pd persentase yg cukup dr jml penduduk shg orang yg rentan (sisanya) akan lebih sedikit.
Sirkulasi udara luar dan dalam : mengatur aliran udara Penyaringan udara : dng penyaring halus Sterilisasi : dng sinar UV di saluran ventilasi atau udara atas Mengatur tekanan udara : misalnya ruang bedah diberi tekanan lebih tinggi agar mikroba tidak masuk
Flora mikroba air Bakteri yg umum terdpt di air : Bakteri S, Fe, pembentuk spiral, berpigmen atau tidak, pembentuk spora (bacillus) Air berbahaya bila terkontaminasi oleh sumber dari luar. Kontaminan penyebab penyakit infeksi adalah faeces manusia. Organisme indikator:Escherichia coli
Pengujian kemurnian air Cawan standar : menggunakan medium hara Jumlah perkiraan terdekat (Most Probable Number): Uji perkiraan, Uji pasti, Uji jadi Jumlah perkiraan terdekat (JPT/MPN)
Uji perkiraan
Uji pasti
Pd medium laktosa, bila terjadi gas dan berubah warna setelah 24 48 jam (35oC) dianggap (+). Dihitung dng tabel atau perhitungan.
Utk meyakinkakn bahwa gas yg terbentuk hasil fermentasi laktosa oleh organisme enterik. Bila terbentuk gas 48 jam menunjukkan pasti coliform Pada medium empedu + zat warna yg menggahambat pertumbuhan Gram (+)
Uji jadi
Pd medium EMB/Endo Agar, 24 jam ada koloni kilap hijau/merah jambu (+)
Diferensiasi E. coli dan enterobacter Medium Laktosa : 24 jam 44,5oC Uji IMVIC : Indol, Metil Red, Voges Proskauer, Citrat Penyaringan membran : melalui membran selulosa asetat, kemudian ditumbuhkan dlm medium khusus. Dihitung berdasarkan jumlah koloni yg terbentuk Uji indol Medium pepton yg kaya triptofan Bila terbentuk indol : + krn E coli mempunyai triptofanase yg menyebabkan terbentuknya indol, asam piruvat dan amoniak Uji metil merah Dlm medium ini E. coli memfermentasi glukosa menghasilkan asam organik (+), sedangkan E. aerogenes memfermentasi 2,3 butilen glikol (-)
Uji Voges-Proskauer Deteksi adanya asetoin 2,3 butilen glikol E. coli (-), E. aerogenes (+)
Uji Sitrat Sitrat sbg satu-satunya sumber C, dpt digunakan sebagai medium E. coli : (-) krn sitrat tdk dpt melewati membran sel, shg bukan sebagai sumber C E. aerogenes : (+) krn sitrat mampu lewat membran sel, shg dpt sebagai sumber C
Peran bakteri dlm pemurnian anak sungai dan sungai Sungai merupakan tempat pembuangan sampah. Perombakan bahan organik dilakukan oleh bakteri aerob dan anaerob. Perombakan sempurna hanya dilakukan oleh bakteri aerob menjadi CO2 dan H2O
Pengendalian penyakit yg terbawa air
Stasiun pompa
Tawas
Tangki pencampur
Proses sedimentasi dipercepat m.o + bahan halus Mengendap 99% m.o disingkirkan
Koagulasi
Kolam Pengendapan
Filtrasi
Saringan Pasir
Kimia
Klorinasi
Mematikan m.o
Penyimapan
Reservoir
konsumen
Di dlm industri fermentasi, melalui suatu proses bahan mentah dikonversikan menjadi berbagai macam produk dan sejumlah limbah yg bermacam-macam tergantung proses yg digunakan. Setiap proses industri menghasilkan produk dan limbah bentuk padat dan cair, dpt berupa senyawa organik dan anorganik. Bila limbah tdk diolah terlebih dulu (dibuang ke lingkungan) pencemaran.
Biasanya industri fermentasi tdk mengandung material toksik, tetapi limbahnya banyak mengandung senyawa organik yg mudah didegradasi oleh mikrobia kandungan oksigen terlarut dlm limbah akan menghambat pertumbuhan organisme lingkungannya Maka limbah industri sebelum dibuang ke lingkungan perlu diolah terlebih dahulu baik secara fisik, kimia dan secara hayati menggunakan mikrobia.
Pengolahan limbah Primer : menghilangkan sebagian benda padat Sekunder : menghilangkan kebutuhan O2 hayati dng mengoksidasi semua bahan organik. Perombakan aerob oleh mikroba alami limbah. Kendala : - Mikroba tidak cukup - Laju difusi O2 tidak cukup cepat Tersier : utk mengubah Nitrogen sisa menjadi amoniak dan Fosfor diendapkan menjadi kalsium fosfat Metode sekunder: Lumpur aktif : limbah dan endapan lumpur yg diberi udara terus menerus.
Saringan tuangan: limbah disemprotkan dlm kerikil, dibiarkan beberapa waktu sampai mikroba aerob membentuk koloni pd batuan. Digunakan sebagai penyaring dengan mengoksidasi bahan organik.
BAHAN MENTAH LIMBAH PRODUK BAHAN ORGANIK Masa sel dan padatan tersuspensi Air : air cucian, pendingin, air limbah
BAHAN ANORGANIK
PAKAN TERNAK
EFFLUEN BERSIH
Uji Laboratoris
-Kecepatan alir limbah. -Kekeruhan/warna. -Padatan tersuspensi. -Oksigen terlarut, BOD, COD -pH dan temperatur. -Kandungan toksik; logam, Cl-, sulfida,sianida, fenol dan detergent. -Bau dan rasa. -Radioaktivitas.
Penanganan dan pembuangan limbah Effluen dibuang ke sungai atau laut tanpa perlakuan terlebih dahulu Effluen dibuang ke tanah, lagoon, dimasukkan ke sumur. Sebagian effluen dibuang langsung tanpa perlakuan dan sebagian diperlakukan terlebih dahulu sebelum dibuang Semua effluen dikirim ke penampungan limbah utk diperlakukan Semua effluen ditangani terlebih dahulu di industri itu sendiri.
Proses penanganan limbah limbah industri sebelum dibuang ke lingkungan perlu diolah terlebih dahulu baik secara fisik, kimia dan secara hayati (biologi) menggunakan mikrobia.
Penangan limbah secara fisik : dng menyisihkan limbah padat secara fisik dari bagian cairan. Kalau secara kimiawi partikel diendapkan atau dikonjugasi /flokulasi menggunakan ferrous atau ferisulfat, almunium sulfat atau calcium hidroksida sbg koagulan. Penanganan limbah secara hayati, dpt menggunakan cara aerob dan anaerob oleh kumpulan mikrobia (lumpur aktif atau activity sludge). Parameter mikrobiologis meliputi kandungan E coli, streptococcus dari mikrobia patogen
Esensial utk pertumbuhan beberapa jasad renik Konsentrasi oksigen terlarut : 4 mg/dm-3 atau 90% konsentrasi jenuh. Dipengaruhi oleh partikel-partikel bahan organik terlarut Metoda pengukuran : BOD dan COD
Keperluan oksigen biokimia (BOD): Ukuran kuantitas oksigen yg diperlukan utk oksidasi bahan organik didlm air, oleh mikrobia yg terkandung di dlmnya pd inteval waktu dan suhu tertentu. Kadar oksigen effluen ditentukan dng memasukkan larutan limbah ke dlm botol berwarna gelap, sebelum dan setelah diinkubasi pada suhu 200C selama 5 hari. Penurunan oksigen dpt dihitung dng satuan O2 yg dikonsumsi per dm3 sampel. Pengukuran ini digunakan hanya utk menentukan bahan yg dpt didegradasi. Pada umumnya BOD diukur setelah 5 hari inkubasi.
Uji dilakukan dng memperlakukan sampel dng sejumlah larutan Potasium dikromat asam yg mendidih selama 2,5 sampai 4 jam, kemudian sisa dikromat dititrasi dng ferro sulfat atau fero-ammonium sulfat.
Bahan organik teroksidasi sebanding dng potasium dikromat yg digunakan. Metode ini digunakan utk mengukur semua kandungan bahan organik yg mudah dan sukar terdegradasi, baik yg rekalsiran maupun yg bersifat toksik. Perbandingan BOD : COD yg ideal utk buangan antara 0,2-0,5 : 1 Beberapa buangan industri yg komposisinya bervariasi mempunyai rasio BOD : COD bervariasi pula
1. 2. 3. 4.
Survey ke industri. Mengidentifikasi sumber air tercemar. Pemisahan limbah pekat menjadi berguna Pengendapan padatan dalam limbah cair.
Perlu survey ke pabrik-pabrik khususnya utk pelaksanaan program penanganan limbah yg ekonomis. Mengidentifikasi sumber-sumber air yg tak terkontaminasi dan yg terkontaminasi yg kemungkinan digunakan kembali. Limbah yg pekat agar disendirikan utk diolah menghasilkan bahan yg lebih berguna. Penanganan limbah pekat lebih ekonomis bila dibandingkan dng effluent yg lebih encer. Effluent yg lebih encer memerlukan pompa dan penampung utk mengendapkan bahan yg terkandung di dlmnya.
1. 2. 3.
BOD 40.000-70.000 mg/l : limbah yg mengandung miselium jamur. BOD 10.000-25.000 mg/l limbah industri alkohol
Uji Laboratoris
Beberapa persyaratan : parameterparameter yg diamati. Mencari teknik : - menurunkan kadar garam - mengkoagulasi partikel tersuspensi, koloid dan memecah emulsi.