TUGAS TERSTRUKTUR

BIOTEKNOLOGI PERTANIAN





Oleh:
Resti Nafisah A1L111011
Putri Holaw Hening Pratiwi A1L111012
Erlyn Polantina A1L111014
Eka Sulistia Rini A1L111028
Nur Setiana Istiqomah A1L111029





KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN
UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS PERTANIAN
PURWOKERTO
2013
I. PENDAHULUAN
Tanaman papaya (Carica papaya L.) merupakan salah satu tanaman buah
tropis yang popular di masyarakat. Pepaya adalah produk hortikultura yang
penting karena memiliki nilai ekonomi yang tinggi. Buah papaya dapat disebut
buah rakkyat, karena digemari oleh semua lapisan masyarakat Indonesia. Rasanya
yang manis, kaya vitamin A dan C, dan mudah diperoleh dengan harga yang
terjangkau, serta tersedia sepanjang musim.
Produksi papaya di Indonesia cenderung meningkat dari tahun ke tahun
hingga mencapai 643.451 ton pada tahun 2006 (Deptan, 2009), laju peningkatan
sekitar 14% dari produksi tahun sebelumnya yang hanya mencapai 548.651 ton.
Meskipun terjadi peningkatan produksi, saait ini masih banyak kendala yang
dihadapi dalam budidaya tanaman papaya. Salah satu kendala tersebut adala
papaya yang terserang PRSV. Pepaya ringspot virus (PRSV) adalah patogen virus
tanaman yang termasuk dalam genus Potyvirus dan keluarga Potyviridae . Virus
ini adalah non-menyelimuti, flexous partikel berbentuk batang dengan ukuran
760-800 nm panjang dan 12 nm. Hal ini ditularkan antara tanaman melalui
kegiatan mekanis seperti pemangkasan dan ditularkan oleh ektor yaitu kutu
spesies seperti Myzus persicae. Tidak ada transmisi pada benih yang telah
terdeteksi.
Ada dua jenis utama dari virus ini yang dibedakan karena genetik dan
sekarang dianggap spesies virus yang sama. Jenis virus ini namanya adalah isolat
P Type (PRSV-P). Jenis ini menginfeksi pepaya dan beberapa anggota keluarga
melon ( Cucurbitaceae ). Jenis lain, Type W isolat (PRSV-W), tidak menginfeksi
pepaya. Isolat PRSV-W melakukan menginfeksi tanaman cucurbits seperti
semangka, mentimun, dan labu dan awalnya dikenal sebagai virus mosaik
Semangka.
Gejala khas dari penyakit yang terserang virus ini adalah Pepaya
menguning, daun distorsi, dan mosaik yang parah. Bintik-bintik berminyak seperti
direndam air dan goresan muncul pada batang dan tangkai. Buah akan
menunjukkan benjolan dan klasik "ringspot". Dengan mengisolasi parah PRSV
juga telah terbukti menyebabkan nekrosis jaringan.
Virus ini memproduksi dua jenis badan inklusi terlihat di bawah mikroskop
cahaya dengan pewarnaan yang tepat dari strip epidemal. Satu inklusi adalah
dimasukkannya khas cylidrical (CI) yang dianggap diagnostik untuk kelompok
potyvirus, dan yang lainnya disebut inklusi amorf (AI). Kehadiran keduanya
inklusi dapat diagnostik untuk virus ini.
Dalam labu, semangka dan lainnya cucurbits, PRSV-W menyebabkan
bintik-bintik dan distorsi daun dan buah. PRSV-W dianggap salah satu faktor
pembatas dalam pertumbuhan cucurbits di Florida.
Kendala lainnya adalah produktivitas yang masih relatif rendah, bentuk atau
ukuran buah yang kurang sesuai harapan, masih relatif rendah, bentuk atau ukuran
buah yang kurang sesuai harapan, masih belum banyak varietas berumur genjah
dengan perawakan pendek, rasa kurang manis, serta belum banyak varietas yang
mempunyai kemampuan beradaptasi terhadap cekaman lingkungan terutama
kekeringan dan kegenangan.
Salah satu cara menyelesaikan masalah tersebut adalah dengan kegiatan
pemuliaan tanaman papaya untuk mendapatkan varietas unggul baru yang
mempunyai sifat-sifat yang diinginkan. Tujuan umum pemuliaan tanaman papaya
adalah mendapat varietas yang lebih baik dari varietas yang sudah ada.
Karakteristik tanaman papaya yang diinginkan berdasarkan idiotype adalah
tanaman yang kuat, perawakan pendek dan cepat berbuah, pohon hermaprodit,
tidak terbentuknya benang sarikarpeloid (tidak sempurna) atau steril, resisten
terhadap serangan hama dan penyakit serta produktivitasnya tinggi. Karakteristik
buah yang disukai adalah rasa manis, beraroma lembut, kulit buah halus, daging
buah tebal berwarna merah, rongga buah bulat dan shelf-life-nya lama.
Mengingat populasi tanaman papaya mempunyai dua tipe penyerbukan yaitu
tipe penyerbukan silang dan penyerbukan sendiri, maka strategi pemuliaan
tanaman papaya diarhkan membentuk varietas menyerbuk bebas atau menyerbuk
terbuka dan varietas hibrida.






II. ISI
A. Asal Donor DNA
Penelitian untuk mengembangkan GE pepaya dengan resistensi terhadap
PRS dimulai pada tahun 1985 . Konsep resistensi patogen yang diturunkan atau
resistensi parasit yang diturunkan adalah konsep yang digunakan dalam penelitian
ini . Konsep ini pada dasarnya menyatakan bahwa tanaman yang mengandung gen
( s ) atau urutan patogen dilindungi terhadap efek merugikan dari patogen yang
sama atau terkait erat . Untuk pepaya , pendekatan kami adalah untuk
mengembangkan transgenik pepaya dengan protein mantel ( CP ) gen PRSV yang
akan melindungi tanaman transgenik terhadap kerusakan yang disebabkan oleh
PRSV . Secara singkat , penelitian untuk mendapatkan transgenik pepaya yang
terlibat mengisolasi dan sekuensing gen CP dari PRSV dari Hawaii , mengubah
embriogenik kalus nontransgenic Sunset pepaya , pepaya komersial di Hawaii.
B. Tempat Perbanyakan Asal Tanaman
Resistensi terhadap PRSV ada di Vasconcellea spesies , yang terkait dengan
Carica papaya . Namun , persilangan antara Carica papaya dan spesies
Vasconcellea tidak subur . Upaya untuk mentransfer gen resistensi diduga ( s )
dengan menyeberangi dari Carica papaya dan spesies Vasconcellea diikuti oleh
penyelamatan embrio dan kembali selanjutnya persimpangan dengan Carica
papaya telah dicoba , tapi sejauh ini belum dikembangkan untuk tahap budidaya
komersial . Upaya untuk memasukkan toleransi terhadap PRS di Carica papaya
telah sedikit lebih berhasil . Beberapa baris PRS toleran telah dikomersialisasikan
di Filipina dan dijual secara komersial di Taiwan , dan garis toleran telah dirilis di
Florida dan Thailand; garis-garis ini berkembang hanya gejala ringan ketika
terinfeksi . PRSV masih bisa tersebar di seluruh kebun garis toleran , karena
mereka tidak tahan terhadap virus . Ketika garis-garis toleran yang terinfeksi
PRSV , mereka masih mampu menghasilkan tanaman yang baik . Namun, kualitas
buah ini toleran terinfeksi umumnya menyebabkan mereka tidak banyak ditanam .
Perakitan tanaman dikembangkan cukup luas di Taiwan tetapi belum begitu
baik, kemudia dikembangkan lagi di Hawai hingga berhasil> sehingga tanaman
ini diperbanyak.
C. Metode Memasukan Tanaman
Perakitan pepaya transgenik tahan Papaya ringspot virus (PRSV) dengan
mentransfer gen CP dari strain kuat lokal Hawai (PRSV YK) dengan
A.tumifaciens. Cara ini dikenal pula sebagai transformasi DNA. Gen dari
organisme lain disisipkan ke dalam DNA tanaman untuk tujuan tertentu. Strategi
pemuliaan ini banyak mendapat penentangan dari kelompok-kelompok
lingkungan karena kultivar yang dihasilkan dianggap membahayakan lingkungan
jika dibudidayakan.
Transformasi tanaman yang dimediasi dengan Agrobacterium tumefaciens
merupakan metode transformasi tanaman yang paling umum digunakan. A.
tumefaciens secara alami menginfeksi tumbuhan dikotil dan menyebabkan tumor
yang disebut crown gall Bakteri ini merupakan bakteri gram negatif yang
menyebabkan crown gall dengan mentransfer bagian DNA-nya (dikenal sebagai
T-DNA) dari Tumour inducing plasmid (Ti plasmid) ke dalam inti sel dan
berintegrasi dengan genom sehingga menyebabkan penyakit crown gall.T-DNA
mengandung 2 tipe gen, gen onkogenik yang menyandikan enzim termasuk
sintesis auksin dan sitokinin dan membentuk formasi tumor, serta gen yang
menyandikan sintesis opin, hasil dari kondensasi asam amino dan gula. Opin
dihasilkan dan diekskresikan sel crown gall dan digunakan oleh A. tumefaciens
sebagai sumber karbon dan nitrogen. Sementara gen untuk reaksi katabolisme
opin, gen yang membantu transfer T-DNA dari bakteri ke sel tanaman, dan gen
tansfer konjugatif plasmid, terdapat diluar T-DNA.
A. tumefaciens terlebih dahulu melakukan pelekatan pada permukaan sel
tanaman dengan membentuk mikrofibril sehingga menyebabkan terjadinya luka
pada tanaman yang akan mengeluarkan senyawa fenolik yaitu asetosiringone
sebagai respon sinyal. Sinyal tersebut mengaktifkan virA yang merupakan protein
kinase untuk mengaktifkan virG dan memfosforilasinya menjadi virG-P. Dengan
aktifnya virG-P ini akan mengaktifkan gen-gen vir lainnya untuk mulai bersifat
virulen dan melakukan transfer VirD untuk memotong situs spesifik pada Ti
plasmid, pada sisi kiri dan kanannya sehingga melepaskan T-DNA yang akan
ditransfer dari bakteri ke sel tanaman . T-DNA utas tunggal akan diikat oleh
protein VirE yang merupakan single strand binding protein sehingga terlindung
dari degradasi. Bersamaan dengan itu, protein virB membentuk saluran
transmembran ysng menghubungkan sel A. tumefaciens dan sel tanaman sehingga
T-DNA dapat masuk ke sel tanaman. Gen pada T-DNA, yang meliputi gen auksin,
sitokinin dan opin, ikut terekspresi sehingga memacu pertumbuhan sel tanaman
menjadi banyak (tumor)
Dengan adanya teknologi transformasi yang dimediasi A. tumefaciens ini
berperan dalam menghasilkan tanaman transgenik, seperti tanaman tembakau
yang tahan terhadap antibiotik tertentu. Resistensi terhadap antibiotik ini
didapatkan dari bakteri yang turut menyisip pada T-DNA A. tumefaciens.

Berikut ini adalah skema cara kerja transfer gen melalui A. tumifaciens:
D. Seleksi dan Uji Sebelum Tanaman Dilepas
Upaya untuk mengembangkan transgenik pepaya untuk mengendalikan
PRSV dimulai tak lama setelah berita tersebar bahwa tembakau transgenik
mengekspresikan gen protein mantel virus mosaik tembakau tahan atau
menunjukkan keterlambatan dalam gejala berikut inokulasi dengan virus mosaik
tembakau .Pada 1986, kloning gen protein mantel PRSV dilakukan. Pada tahun
1988 dimulai transformasi budaya embriogenik pepaya menggunakan pendekatan
Biolistic. Kultivar yang digunakan adalah ' Sunrise ' , ' Sunset ' , dan ' Kapoho '.
Namun demikian , menggunakan pendekatan Biolistic untuk mengubah budaya
pepaya embriogenik , diperoleh 17 galur tanaman yang berubah. Kemudian segera
dilakukan penelitian untuk menguji resistensi dari galur pada tahap R0 dengan
menyebarkan setiap baris dan inokulasi klon dengan PRSV HA , strain parah dari
Hawaii.
Tahun 1991 teridentifikasi satu galur (galur ditunjuk 55-1) yang resisten
terhadap PRSV HA diinokulasi rumah kaca. Galur tahan adalah merah - fleshed '
Sunset ' , yang jauh kurang diinginkan daripada kuning - fleshed ' Kapoho ' .
Yakin bahwa telah teridentifikasi galur resisten dari pepaya transgenik, maka
segera dilakukan uji coba lapangan . Tujuan dari uji coba lapangan awal adalah
untuk mengamati perlawanan dalam kondisi lapangan dan untuk menentukan
apakah galur resisten tunggal memiliki sifat hortikultura diinginkan. Uji coba
lapangan dimulai pada April 1992 di Waimanalo Field Station dari University of
Hawaii di pulau Oahu .
Hasil dari uji lapangan menunjukkan bahwa semua tanaman nontransgenik
terinfeksi sedangkan garis 55-1 tanaman yang resisten . Dalam Puna , upaya besar
untuk mengandung PRSV pun dimulai, tetapi virus terus menyebar , meskipun
agak lambat pada awalnya . Keuntungan utama dari uji coba lapangan di 1992
Waimanalo adalah bahwa mengembangkan kultivar yang mungkin berguna bagi
petani di Puna .Dua kultivar transgenik baru yang dikembangkan - ' SunUp ' dan '
Rainbow ' . ' SunUp ' adalah transgenik Sunset merah berdaging yang homozigot
untuk gen protein mantel . 'Rainbow' adalah F1 hibrida kuning - fleshed
dikembangkan dengan menyilangkan ' SunUp ' dan nontransgenic kuning -
fleshed ' Kapoho '. Seperti disebutkan di atas , ' Kapoho ' adalah berbagai hampir
eksklusif tumbuh di Puna.
Pada bulan Oktober tahun 1995, uji coba lapangan penting dari ' Rainbow '
pepaya (bersama dengan jumlah yang lebih kecil dari ' SunUp ' ) dimulai di Puna
untuk menentukan ketahanan kultivar tekanan virus parah dan untuk memperoleh
data hortikultura pada kultivar di Puna , yang meiliki iklim berbeda dari
Waimanalo . Hasil menunjukkan bahwa transgenik ' SunUp ' dan ' Rainbow ' yang
resisten dan bahwa kultivar ini adalah kualitas komersial . Bahkan , data
menunjukkan bahwa ' Rainbow ' menghasilkan sekitar 125.000 pon buah berharga
per hektar per tahun , sedangkan nontransgenic 'Sunrise ' (semua yang menjadi
terinfeksi oleh PRSV ) menghasilkan 5.000 buah per hektar per tahun. Para
petani pepaya di Puna sangat terkesan dengan ' Rainbow ' karena itu kuning
berdaging , menghasilkan buah matang beberapa bulan lebih awal dari ' Kapoho ' ,
dan memberi hasil yang jauh lebih baik daripada ' Kapoho ' .
Petani di hawai kemudian cepat menanam benih pepaya transgenik , yang
hampir semua ' Rainbow ' karena petani di Puna menyukai jenis kultivar ini .
Pemanenan 'Rainbow' dimulai pada tahun 1999 dan penerimaan petani , packer ,
dan konsumen yang luas . Industri pepaya telah terhindar dari bencana PRSV .
Sejak tahun 1992 , ketika virus itu ditemukan di Puna , jumlah emisi tahunan dari
pepaya segar dijual dari Puna telah pergi dari 53 juta pound pada tahun 1992
menjadi 26.000.000 pada tahun 1998 . Pada tahun 2001 , produksi pepaya Puna
rebound menjadi 46 juta pon pepaya segar pasar . Dampak lain yang penting telah
pengurangan dramatis PRSV inokulum di Puna , karena bidang yang terinfeksi
telah digantikan oleh resisten transgenik pepaya , dan karena banyak bidang yang
terinfeksi ditinggalkan sudah dihancurkan . Kondisi ini , bersama dengan isolasi
bijaksana dan rouging tanaman terinfeksi , telah memungkinkan petani untuk terus
memproduksi nontransgenic pepaya , terutama untuk memasok pasar Jepang ,
yang belum memungkinkan impor transgenik pepaya .
Pada bulan Januari 2003 , Kanada mengizinkan impor transgenik pepaya .
Namun manfaat lain adalah bahwa pepaya areal telah berkembang di Oahu karena
penggunaan PRSV - tahan transgenik ' Rainbow ' ( atau hibrida baru yang telah
diturunkan dari ' Rainbow ' ) .







III. PENUTUP
Tanaman transgenic papaya tahan PRSV adalah salah satu upaya
menciptakan tanaman yang tahan terhadap PRSV yang pertama kali di temukan di
Puna Hawaii yang menyebabkan kehilangan cukup banyak hasil produksi. Salah
satu varietas papaya yang tahan PRSV adalah papaya rainbow. Pepaya rainbow
merupakan hasil persilangan dari varietas sunup dan kapoho. Varietas sunup
merupakan papaya transgenic yang sudah disisipi galur 55-1 yang merupakan
galur resisten PRSV. Galur resisten ini pertama kali ditemukan pada varietas
sunset merah. Selanjutnya gen galur resiten ini dimasukkan melalui
Agrobacterium tumifaciens yang menginfeksi papaya varietas sunup. Uji lapangan
dilakukan sekalligus untuk seleksi tanaman dan terlihat bahwa papaya yang
mengandung galur 55-1 lebih tahan terhadap PRSV. Oleh karena itu papaya
varietas rainbow banyak ditanam petani di Hawaii dan sekarang sudah diekpor
hingga Kanada.






DAFTAR PUSTAKA
Cai, W.Q., Gonsalves, C., Tennant, P., Fermin, G., Souza, M., Sarindu, N., Jan
F.J., Zhu H.Y., & Gonsalves, D. (1999). A protocol for efficient
transformation and regeneration of Carica papaya L. In Vitro Cellular &
Developmental Biology-Plant, 35(1), 61-69.
Ferreira, S.A., Pitz, K.Y., Manshardt, R., Zee, F., Fitch, M M.., & Gonsalves, D.
(2002). Virus coat protein transgenic papaya provides practical control of
papaya ringspot virus in Hawaii. Plant Disease, 86(2), 101-105.
Fitch, M.M., Manshardt, R.M., Gonsalves, D., Slightom, J.L., & Sanford, J.C.
(1990). Stable transformation of papaya via microprojectile bombardment.
Plant Cell Reports, 9(4),189-194.
Fitch, M.M., Manshardt, R.M., Gonsalves, D., Slightom, J.L., & Sanford, J.C.
(1992). Virus resistant papaya derived from tissues bombarded with the coat
protein gene of papaya ringspot virus. Bio/Technology, 10, 1466-1472.
Gonsalves, D. (1998). Control of papaya ringspot virus in papaya: A case study.
Annual Review of Phytopathology, 36, 415-437.
Gonsalves, D., & Ishii, M. (1980). Purification and serology of papaya ringspot
virus. Phytopathology, 70, 1028-1032.
Lius, S., Manshardt, R.M., Fitch, M.M., Slightom, J.L., Sanford, J.C., &
Gonsalves, D. (1997). Pathogen-derived resistance provides papaya with
effective protection against papaya ringspot virus. Molecular Breeding, 3,
161-168.
Manshardt, R.M. (1998). 'UH Rainbow' papaya. Germplasm, G-1. Honolulu, HI:
University of Hawaii College of Tropical Agriculture and Human Resources.
Tennant, P.F., Gonsalves, C., Ling, K.S., Fitch, M.M., Manshardt, R., Slightom,
L.J, & Gonsalves, D. (1994). Differential protection against papaya ringspot
virus isolates in coat protein gene transgenic papaya and classically cross-
protected papaya. Phytopathology, 84(11), 1359-1366.
Tennant, P.F., Ahmad, M.H., & Gonsalves, D. (2002). Transformation of Carica
papaya L. with virus coat protein genes for studies on resistance to papaya
ringspot virus from Jamaica. Tropical Agriculture (Trinidad), 79(2), 105-113.
Tennant, P., Fermin, G., Fitch, M.M., Manshardt, R.M., Slightom, J.L., &
Gonsalves, D. (2001). Papaya ringspot virus resistance of transgenic Rainbow
and SunUp is affected by gene dosage, plant development, and coat protein
homology. European Journal of Plant Pathology, 107(6), 645-653.
Yeh, S.D., & Gonsalves, D. (1984). Evaluation of induced mutants of papaya
ringspot virus for control by cross protection. Phytopathology, 74(9), 1086-
1091.