Isolasi DNA kromosom.

Prinsipnya adalah memisahkan DNA kromosom atau DNA genom dari komponen-komponen
sel lain. Sumber DNA bisa dari tanaman, kultur mikroorganise, atau sel manusia. Membran
sel dilisis dengan menambahkan detergen untuk membebaskan isinya, kemudian pada ekstrak
sel tersebut ditambahkan protease (yang berfungsi mendegradasi protein) dan Nase (yang
berfungsi untuk mendegradasi NA), sehingga yang tinggal adalah DNA. Selan!utnya
ekstrak tersebut dipanaskan sampai suhu "# o$ untuk menginaktifasi en%im yang
mendegradasi DNA (DNase). &arutan DNA kemudian di presipitasi dengan etanol dan bisa
dilarutkan lagi dengan air.
Isolasi DNA plasmid
DNA plasmid merupakan 'adah yang digunakan untuk kloning gen, sehingga DNA plasmid
harus di pisahkan dari DNA kromosom. DNA plasmid mempunyai ukuran yang !auh lebih
ke(il daripada DNA kromosom. )ntuk memisahkan DNA plasmid, maka memerlukan
perlakuan yang sedikit berbeda dengan prosedur di atas. Pertama, membran sel dilisis dengan
penambahan detergen. Proses ini membebaskan DNA kromosom, DNA plasmid, NA,
protein dan komponen lain. DNA kromosom dan protein diendapkan dengan penambahan
potasium. DNA * protein * potasium yang mengendap dipisahkan dengan (ara sentrifugasi.
Supernatan yang mengandung DNA plasmid, NA dan protein yang tersisa dipisahkan.
+emudian ditambahkan Nase dan protese untuk mendegradasi NA dan protein. Akhirnya
DNA plasmid dapat dipresipitasi menggunakan etanol.
Isolasi RNA
NA, terutama mNA merupakan materi genetik yang mengkode suatu protein. ,umlah
populasi mNA akan lebih banyak dibanding dengan DNA. mNA eukariot dapat
dipisahkan dari DNA dengan menggunakan oligonukleotida d-. Atau NA total !uga dapat di
isolasi dari sel dengan menambahkan en%im DNase yang berfungsi untuk mendegradasi
DNA.
Ekstraksi DNA dari organisme eukaryote (manusia, he'an dan tumbuhan) dilakukan
melalui proses penghan(uran dinding sel (lysis of (ell 'alls), penghilangan protein dan NA
((ell digestion) dan pengendapan DNA (pre(ipitation of DNA) dan pemanenan. .erbagai
teknik ekstraksi DNA telah dikembangkan dari prinsip dasar tersebut, sehingga saat ini
mun(ul berbagai teknik ekstraksi dan purifikasi DNA. Prinsip dasar ekstraksi DNA adalah
serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. /asil
ekstraksi tersebut merupakan tahapan penting untuk langkah berikutnya. 0leh sebab itu
dalam pelaksanaannya harus dilakukan dengan baik dan bebas kontaminasi.
Se(ara kimia'i penghan(uran sel dilakukan dengan memanfaatkan senya'a kimia seperti
1D-A (ethyllenediamine tetraa(eti(), dan SDS (Sodium Dode(yl Sulfate). 1D-A berfungsi
sebagai perusak sel dengan (ara mengikat ion magnesium (ion ini berfungsi untuk
mempertahankan integritas sel maupun mempertahankan akti2itas en%im nu(lease yang
merusak asam nukleat). SDS merupakan se!enis deter!en yang berfungsi merusak membrane
sel. 1n%im proteinase + dapat digunakan untuk menghan(urkan protein. +otoran akibat lisis
sel dipisahkan dengan (ara sentrifugasi. +emudian molekul nuleotida (DNA dan NA) yang
telah dipisahkan dibersihkan dari protein yang masih ada dengan menggunakan phenol.
Dalam proses ini sebagian ke(il NA !uga dapat dibersihkan. Sedangkan (holoform
digunakan untuk membersihkan sisa-sisa protein dan polisakarida dari larutan. 1n%im
NAase digunakan untuk menghan(urkan NA sehingga DNA dapat diisolasi se(ara utuh.
Pemurnian atau purifikasi DNA dapat dilakukan dengan men(ampur larutan DNA tersebut
dengan Na$l yang berfungsi memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan
mengendapkan DNA se'aktu di(ampur dengan ethanol. Proses sentrifugasi dengan
ke(epatan tinggi akan mengendapkan tepung ber'arna putih (DNA) dan menempel di dasar
tabung ependorf.
Pada manusia, hanya sel darah putih yang mempunyai inti dan mengandung DNA. Agar lebih
efisien, isolasi DNA dilakukan hanya terhadap sel darah putih. 0leh sebab itu sampel darah
total (whole blood) yang masih segar langsung dipisahkan men!adi serum, sel darah merah
dan sel darah putih (dilapisan buffy coat) dengan teknik sentrifugasi. Setelah disentrifugasi,
sampel darah total akan terbagi men!adi tiga lapisan, yaitu lapisan paling atas merupakan
serum, lapisan tengah ber'arna putih tipis adalah sel darah putih (buffy coat) dan lapisan
ba'ah adalah sel darah merah. &apisan kedua yang merupakan sel darah putih diambil
dengan klinipette.
3solasi DNA Prinsip dasar isolasi total DNA4NA dari !aringan adalah dengan meme(ah dan
mengekstraksi !aringan tersebut sehingga akan terbentuk ekstrak sel yang terdiri DNA, NA
dan substansi dasar lainnya Prinsip 3solasi DNA
3solasi DNA dilakukan dengan tu!uan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti
protein,lemak, dan karbohidrat. 1kstraksi merupakan pemisahan DNA dari bahan padat
seperti selulosa dan protein. Pemurnian adalah menghilangkan beberapa kontaminan seperti
senya'a sekunder (fenol), polisakarida, NA dan !uga protein.
.eberapa hal yang perlu diperhatikan dalam mengisolasi DNA
- /arus menghasilkan DNA tanpa adanya kontaminan seperti protein dan NA.
- Metodenya harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua spesies.
- Metode yang dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan fungsi molekul DNA.
- Metodenya harus sederhana dan (epat.
Sumber 5
1dining,Annisa etno. 6##7. Skripsi 3dentifikasi +hamir dari Perairan Mangro2e dan &aut
$agar Alam Pulau ambut .erdasarkan Daerah 3nternal -ran(ribed Spa(er (3-S). )ni2ersitas
3ndonesia 5 ,akarta
Syukur, Sumaryati dan 1ndang Pur'ati.6#89. .ioteknologi Prebiotik )ntuk +esehatan
Masyarakat. Andi 5 :ogyakarta
http544!ournal.fmipa.itb.a(.id4!ms4arti(le42ie';ile487"487<
http544fat(hiyah.le(ture.ub.a(.id4tea(hingresponsibility4general4dna-isolation4
http544id.sh2oong.(om4medi(ine-and-health4geneti(s46#=#8#8-isolasi-dna4>i?%%8@MPA,N9t