PENDAHULUAN
1.1. Tujuan
Tujuan dari percobaan identifikasi asam nukleat ini adalah mengerti cara cara
identifikasi senyawa penyusun asam nukelat.
1.2. Dasar Teori
Asam nukleat merupakan molekul terbesar yang ditemukan dalam tubuh. Asam
nukelat pertama kali ditemukan dari inti (nukleus) sel oleh ahli biokimia Swiss Mescher.
Asam nukleat merupakan polimer dan satuan pembentuknya adalah nukleotida. Setiap
nukleotida terdri dari gugus fosfat, gula dengan lima karbon, basa yang mengandung
nitrogen ( James, 2008 ).
Asam nukleat memiliki kemampuan unik untuk memproduksi dirinya sendiri
secara langsung sehingga memungkinkan untuk membentuk duplikat dan
mentransmisikan ADN ke seluruh tubuh sel dari suatu generasi ke generasi berikutnya
secara tepat. ADN memberikan pola cetakan untuk protein dan enzim yang secara
langsung mengontrol perkembangan , proses biokimia, anatomi, fisiologim dan tingkah
laku organisme. ADN terdapat dalam semua sel ( Setyowati, 2007 ).
Terdapat dua jenis asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat ( DNA ) dan asam
ribonukleat ( RNA ). Asam asam ini adalah molekul yang membuat organisme hidup
dapat memproduksi komponen komponen kompleksnya dari satu generasi ke generasi
berikutnya. DNA dapat mengarahkan sintesis RNA, mengontrol sintesis protein melalui
RNA. DNA adalah materi genetik yang diwaris organisme dari orangtuanya ( Campbell,
2009 ).
DNA ( deoxyribonucleic acid ) merupakan tempat penyimpanan informasi genetik
yang dikodekan dalam bahasa kimiawi dan diproduksi di dalam semua sel tubuh makhluk
hidup. Struktur DNA pertama kali diungkap oleh James Watson dan Franson Crick pada
tahun 1953 berdasarkan atas foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind Franklin dan
Maurice Wilkins. Berdasarkan atas data yang diperoleh Watson dan Crick membuat
struktrur DNA yang disebut untai ganda (double helix). Untai ganda DNA tersusun oleh
dua rantai polinukleotida yang terpilin. Kedua rantai tersebut berikatan dengan adanya
ikatan hidrogen antara basa adenin dengan timin sebanyak dua ikatan dan antara guanin
dan sitosin sebanyak tiga ikatan (Triwibowo,2005 ).
DNA
RNA
1. Terdapat
dalam
sitoplasma,
inti
terutama
dan
dalam
ribosom
2. Membentuk rantai tunggal dan
tidak
panjang
(tanpa
rantai
komplemen)
3. Berhubungan
dengan
sintesa
1. Mengandung basa :
A. Pirimidin : S dan T
B. Purin
: A dan G
C. Komponen
gulanya
deoksiribosa, yaitu ribose
yang kekurangan satu
atom oksigen.
1. Mengandung basa :
A. Pirimidin
dan
(urasil)
B. Purin
2. Komponen
: A dan G
gulanya
ribosa
(pentosa)
Sintesis protein terjadi di dalam sel. Sintesis protein berlangsung melalui dua
tahap, yaitu: transkripsi dan translasi. Transkripsi adalah proses pembentukan RNA d
oleh DNA template, proses ini berlangsung ketika enzim RNA polymerase melekat pada
nukleotida DNA sehingga pasangan DNA itu lepas dan salah satu rantai melakukan
pencetakan. Translasi adalah proses penterjemahan kode genetika dalam sintesis protein.
Proses translasi adalah dengan melekatnya RNA d ke ribosom, maka RNA t menjadi
aktif dan mengikat asam-asam amino di sekitarnya, kemudian masing-masing
membawanya ke ribosom. Bagian ujung yang melilit RNA t itu berkaitan dengan RNA d
lewat titik basa masing-masing. Titik basa RNA t yang setangkup dengan titik basa RNA
d (kodon) disebut antikodon. Jadi antokodon mengikat dan mengangkut asam amino
khusus sesuai dengan kode yang terdapat pada RNA duta (Poedjiadi, 2006).
1.3.6. Ammonia
Ammonia merupakan senyawa gas dengan formula NH3, tidak berwarna, berbau
sengit, larut dalam air dan menghasilkan larutan alkali yang mengandung NH4OH (Basri,
2005).
1.3.7. Difenilamin
Difenilaminberbentuk padatan tidak berwarna , memiliki berat molekul 169,23
g/mol, memiliki titik didih 302 C dan memiliki titik leleh sebesar 53 C . Mudah larut di
air dingin, aseton, dietil eter. Berbahaya jika terhirup, tertelan, dan dapat menyebabkan
iritasi jika terkena kulit dan mata (Sciencelab,2012).
1.3.8. Perak Nitrat
Perak nitrat berbentuk padatan , tidak berwarna ,memiliki berat molekul 169,87
g/mol, memiliki titik didih 440 C dan memiliki titik leleh sebesar 212 C . Mudah larut
di air dingin,dietil eter. Berbahaya jika terhirup, tertelan, dan dapat menyebabkan iritasi
jika terkena kulit dan mata (Sciencelab,2012).
1.3.9. Orsinol
Orsinol berbentuk padatan berwarna coklat , memiliki berat molekul 142,15
g/mol, memiliki titik didih 290 C dan memiliki titik leleh sebesar 59,5 C . Mudah larut
di air dingin, metanol, dietil eter. Berbahaya jika terhirup, tertelan, dan dapat
menyebabkan iritasi jika terkena kulit dan mata (Sciencelab,2012).
BAB II
METODOLOGI
2.1.Alat
Alat yang digunakan antara lain tabung reaksi, rak tabung reaksi, pipet tetes,
pipet ukur, pipet volume, penangas air, corong pisah, botol semprot, gelas kimia.
2.2. Bahan
Bahan yang digunakan dalam percobaan ini antara lain asam sulfat , DNA,
RNA, larutan ammonium molibdat , HNO3 pekat, aquades, hidrolisa asam nukleat,
kalium fosfat, difenilamin ,asam asetat glasial, orsinol, larutan AgNO 3 , ammonia
pekat.
2.3. Skema Kerja
2.3.1. Hidrolisa Asam Nukleat
Asam Nukleat Hasil Isolasi
ditambah 10 ml H2SO4 1 M
Hasil
2.3.2. UjiFosfat
10 g ammonium molibdat
dilarutkan dalam akuades 50 ml
ditambah HNO3pekattetes demi tetes hingga semua ammonium molibdat larut
ditambah akuades 100 ml
Larutan ammonium molibdat
diambil sebanyak 3 ml
ditambah 1 ml asam hidrolisat asam nukleat
dipanaskan selama 5 menit
diamati, adanya endapan kuning menunjukkan fosfat positif
Hasil
2.3.3. UjiDeoksiribosa
0,1 mL Hidrolisat Asam Nukleat
ditambah larutan dische
dipanaskan selama 5 menit
diamati, warna biru menunjukkan adanya deoksiribosa
Hasil
2.3.4.
UjiRibosa
UjiBasaPurin
BAB III
DATA HASIL PENGAMATAN
3.1. Hidrolisat asam nukleat
No
Perlakuan
Pengamatan
Kecambah
kepala
besar
Kecambah
kepala
kecil
Kecambah
ekor besar
Kecambah
ekor kecil
1.
Hasil
isolasi Kuning
Keruh dan
dimasukkan dalam keruh dan ada endapan
kuvet
ada endapan berwarna
berwarna
putih
kuning
Keruh dan
ada endapan
berwarna
putih
Keruh dan
ada endapan
berwarna
putih
2.
Hasil
isolasi Endapan
disentriugasi
kuning
selama 10 menit kecoklatan
pada 3000 rpm
dan filtrat dibuang
Endapan
putih
Endapan
putih
Endapan
putih
3.
Endapan
yang
dipanaskan
ditambahkan 10
ml asam sulfat
pekat + 30 ml
aquades
Larutan
menjadi
coklat muda
bening dan
sedikit
panas
Larutan
menjadi
coklat muda
bening dan
sedikit
panas
Larutan
menjadi
coklat
kemerahan
Larutan
menjadi
kuning
kehijauan
4.
Tidak ada
perubahan
warna dan
tidak
ada
endapan
Tidak ada
perubahan
warna dan
tidak
ada
endapan
Tidak ada
perubahan
warna dan
tidak
ada
endapan
3.2.Uji fosfat
No
Perlakuan
Pengataman
Kecambah
kepala
besar
Kecambah Kecambah
kepala kecil ekor besar
Kecambah
ekor kecil
Larutan
berwarna
kecoklatan
jernih
Larutan
berwarna
kecoklatan
jernih
Larutan
berwarna
merah muda
jernih
Larutan
berwarna
kuning
jernih
Larutan
menjadi
tidak
berwarna
Larutan
menjadi
tidak
berwarna
Larutan
menjadi
tidak
berwarna
1.
Hidrolisat
asam
nukleat
dimasukkan dalam
tabung reaksi
2.
Ditambah 3
ammonium
molibdat
3.
Tidak
terjadi
perubahan
Tidak
terjadi
perubahan
Tidak
terjadi
perubahan
4.
Terdapat
endapan
kuning yang
agak larut
Tidak
terbentuk
endapan
kuning
Terdapat
endapan
kuning yang
agak larut
ml Larutan
menjadi
tidak
berwarna
Perlakuan
Pengataman
Kecambah
kepala besar
Kecambah Kecambah
kepala
ekor besar
kecil
Kecambah
ekor kecil
Hidrolisat
asam nukleat
berwarna
coklat bening
Larutan
berwarna
coklat
bening
Hidrolisat
asam
nukleat
berwarna
merah
jambu
Hidrolisat
asam
nukleat
berwarna
hijau bening
Reagen
dische
berwarna
biru pekat
berbau
menyengat,
hidrolisat
terbentuk 2
lapisan,
lapisan atas
biru, lapisan
bawah
bening
Reagen
dische
berwarna
biru pekat
berbau
menyengat,
hidrolisat
terbentuk 2
lapisan,
lapisan atas
biru, lapisan
bawah
bening
1.
Hidrolisat
asam
nukleat
dimasukkan dalam
tabung
reaksi
sebanyak 1 ml
2.
Ditambahkan
Reagen
reagen
dische dische
sebanyak 2ml
berwarna biru
pekat berbau
menyengat,
hidrolisat
terbentuk 2
lapisan,
lapisan atas
biru, lapisan
bawah bening
Warna
campuran
menjadi
biru
tua
pekat
3.
Campuran
Campuran
dipanasakan
menjadi biru
selama 5 menit tua pekat
dengan suhu 47 oC
Campuran Campuran
Campuran
menjadi
menjadi biru menjadi biru
biru
tua tua pekat
tua pekat
pekat
4.
Perlakuan
Pengataman
Kecambah
kepala
besar
Kecambah
kepala
kecil
Kecambah
ekor besar
Kecambah
ekor kecil
1.
Warna
larutan
menjadi
kuning
kecoklatan
Warna larutan
menjadimerah
muda
kecoklatan
Warna
larutan
menjadi
kuning
2.
Ditambahkan
Berwarna
dengan
larutan kuning
orsinol 1ml
(+++)
Berwarna
kuning
(++++)
Berwarna
kuning (++)
Berwarna
kuning (+)
3.
Tidak
terjadi
perubahan,
namun
bertambah
coklat
Larutan
berubah
warna
menjadi
kuning
kehijauan
(++)
Larutan
berubah
warna
menjadi
kuning
kehijauan
(++)
Perlakuan
Pengataman
Kecambah
kepala
besar
1.
Kecambah Kecambah
kepala kecil ekor besar
Kecambah
ekor kecil
Larutan
berwarna
orange
Larutan
berwarna
orange
bening
Larutan
berwarna
merah muda
2.
Ditambahkan
ammonium
tetes
3.
Ditambahkan
AgNO3 10 tetes
4.
Ditambahkan
AgNO3 berlebih
Keterangan :
Berbau,
10 panas,
berwarna
bening
kekuningan
Berbau,
panas,
berwarna
bening
kekuningan
Berbau,
panas,
berwarna
bening
kekuningan
Berbau,
panas,
berwarna
bening
kekuningan
Larutan
berwarna
bening
Larutan
berwarna
bening
Larutan
berwarna
bening
Larutan
berwarna
bening
Terbentuk
emulsi pada
penambahan
40 tetes
larutan
berwarna
bening
Terbentuk
emulsi pada
penambahan
20 tetes
larutan
berwarna
bening
Terbentuk
Tidak
emulsi pada terjadi
penambahan perubahan
40 tetes
larutan
berwarna
bening
BAB IV
PEMBAHASAN
4.1. Hidrolisat Asam Nukleat
Prinsip percobaan ini adalah menghidrolisis asam nukleat agar mempermudah
dalam mengidentifikasi asam nukleat pada proses selanjutnya, karena penyusun asam
nukleat terpecah, sehingga apabila dihidrolisis lebih lanjut akan menghasilkan asam
fosfat dan nukleosida. Proses hidrolisis asam nukleat ini dilakukan dengan cara
sentriugasi, kemudian endapan yang terbentuk dihidrolisis pada suasan asam dengan
menambahkan asam sulfat pekat dan sedikit air sehingga akan menghasilkan molekul
gula dan basa nitrogen.
Langkah awal yang perlu dilakukan untuk menghidrolisis asam nukleat adalah
hasil isolasi asam nukleat dimasukkan ke dalam kuvet yang kemudian dilakukan
sentrifugasi untuk memisahkan antara pelarut dengan filtratnya. Kemudian, endapan
yang terbentuk atau asam nukleat ditambah dengan larutan H2SO4 pekat 10 mL dan 30
mL aquades. Larutan H2SO4 pekat berfungsi sebagai larutan untuk membuat larutan
bersuasana asam. Sementara aquades digunakan sebagai pengencer larutan karena
H2SO4 yang digunakan terlalu pekat sehingga dapat merusak asam nukleat bila tidak
diencerkan. Selanjutnya larutan didihkan selama 3 menit untuk mempercepat reaksi
hidrolisis.karena larutan yang terbentuk tidak ada endapan, maka tidak perlu
dilakukan penyaringan. Filtrat yang terbentuk siap untuk diuji fosfat, basa purin,
ribosa dan deoksiribosa.
Hasil yang didapat dari hidrolisis asam nukleat ini adalah sebelum dilakukan
sentrifugasi kecambah kepala kecil, ekor besar dan kecil keruh dan terdapat endapan
berwarna putih,dan kecambah kepala besar kuning keruh dan terdapat endapan
kuning, namun setelah dilakukan sentrifugasi kecambah kepala kecil, ekor besar dan
kecil menjadi endapan putih, sedangkan kepala besar memilki endapan kuning
kecoklatan, ketika penambahan asam sulfat pekat dan aquades kecambah kepala kecil
menjadi coklat tua bening, kepala besar menjadi coklat muda bening, ekor kecil
menjadi kuning kehijauan dan ekor besar larutannya menjadi coklat kemerahan,
pendidihan menyebabkan larutan tidak mengalami perubahan, karena asam nukleat
larut dalam pelarut asam, sehingga memepermudah untuk proses selanjutnya.
4.2. Uji fosfat
Prinsip percobaan uji fosfat adalah menguji adanya gugus fosfat dalam sampel
asam nukleat yang dilakukan dengan cara menambahkan asam molibdat dalam larutan
hidrolisat asam nukleat yang kemudian dipanaskan selama 5 menit. gugus fosfat yang
positif dapat ditunjukkan dengan adanya edapan kuning.
Langkah awal yang dilakukan ialah mempipet larutan hasil hidrolisat asam
nukleat ke dalam tabung reaksi sebanyak 1 mL lalu ditambahkan 3 mL larutan
ammonium molibdat sebagai larutan untuk menguji keberadaan fosfat dalam larutan
hidrolisa asam nukleat. Selanjutnya, dipanaskan pada suhu 47o C untuk mempercepat
reaksi. Namun setelah 5 menit pemansan suhu dinaikkan menjadi 50o C.
Hasil yang didapat dari uji fosfat adalah hidrolisat asam nukleat sebelum
ditambahkan asam molibdat, kepala besar dan kepala kecil berwarna coklat jernih,
ekor besar berwarna merah muda jernih, ekor kecil berwarna kuning jernih, namun
setelah ditambahkan asam molibdat larutan pada masing-masing sampel menjadi
tidak berwarna dan ketika dipanaskan pun tidak mengalami perubahan warna, namun
ketika suhunya diperbesar pada kepala besar, kepala kecil dan ekor kecil terdapat
endapan kuning yang agak larut, hal ini menunjukkan bahwa terdapat gugus fosfat
didalamnya, sedangkan pada ekor besar tidak mengalami perubahan artinya tidak ada
gugus fosfat yang terkandung didalamnya. Hal ini menandakan bahwa kecambah ekor
besar merupakan nukleosida karena tidak memiliki fosfat
4.3. Uji deoksiribosa
Prinsip percobaan uji deoksiribosa adalah menguji adanya deoksiribosa dalam
larutan hidrolisat asam nukleat. Dimana untuk menguji keberadaan gula deoksiribosa
tersebut, dilakukan penambahan reagen dische. Adapula proses pemanasan untuk
mempercepat reaksi. Apabila suatu larutan positif terhadap uji ini, makan akan
menghasilkan larutan berwarna biru.
Langkah awal yang dilakukan untuk uji ini ialah larutan hasil hidrolisa asam
nukleat dipipet sebanyak 1 mL dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang
kemudian ditambahkan dengan 2 mL reagen dische. Reagen dische berfungsi sebagai
larutan yang mengindikasikan adanya gula deoksiribosa dalam larutan. Kemudian,
larutan campuran tersebut dipanaskan pada suhu 47o C selama 5 menit untuk
mempercepat reaksi. Lalu diamati warna larutan yang terbentuk.
Hasil yang didapat adalah sebelum penambahan reagen dische larutan pada
kepala besar dan kecil berwarna coklat bening, ekor besar berwarna merah muda
bening, dan ekor kecil berwarna hijau bening, ketika ditambahkan reagen dische
hidrolisat asam nukleat pada masing-masing sampel berwarna biru tua pekat, dan
pada pemanasan dengan suhu 40oC semua sampel berwarna biru pekat. Hal ini
menunjukkan bahwa semua larutan sampel baik kecambah ekor besar dan kecil
maupun kecambah kepala besar dan kecil positif terhadap uji ini. Atau semua sampel
tersebut mengandung gula deoksiribosa.
Langkah awal yang dilakukan ialah sebanyak 0,5 mL larutan hidrolisat asam
nukleat dimasukkan ke dalam tabung reaksi, kemudian ditambahkan dengan
ammonium 10 tetes agar larutan bersuasana basa. Selanjutnya ditambahkan 10 tetes
AgNO3 untuk membentuk endapan putih. Namun karena 10 tetes masih kurang, maka
ditambahkan AgNO3 berlebih agar terbentuk endapan putih yang menandakan adanya
basa purin dalam sampel.
Hasil yang didapat dari uji basa basa purin adalah sebelum penambahan
ammonium larutan pada kepala besa, kepala kecil dan ekor kecil berwarna orange
bening, ekor besar berwarna merah muda, namun ketika penambahan penambahan
ammonium 10 tetes larutan pada masing-masing sampel berwarna bening kekuningan.
Pada penmabahan Ag NO3 larutan berubah warna menjadi bening dan tidak ada
endapan putih yangg sedikit larut, hal ini menunjukan bahwa baik kecambah ekor
besar dan kecil maupun kepala besar dan kecil negatif terhadap uji basa purin. Atau
tidak mengandung senyawa basa burin dalam susunan asam nukleatnya. Hal ini
dikarenakan keadaan awal asam nukleat hasil isolasi sudah rusak. Sehingga,
mempengaruhi uji-uji yang lainnya. tidak memungkinkan suatu asam nukleat tidak
memiliki basa purin di dalamnya. Hasil uji yang negatif terhadap uji ini menunjukkan
bahwa asam nukleat yang digunakan sebagai sampel dalam keadaan rusak, yang
memungkinkan, basa purinnya hancur.
BAB V
PENUTUP
5.1. Kesimpulan
Kesimpulan dari percobaan ini ialah bahwa uji identifikasi senyawa penyusun
asam nukleat dapat dimulai dengan menghidrolisis asam nukleat terlebih dahulu untuk
memperudah identifikasi senyawa penyusunnya. Selanjutnya dapat dilakukan uji-uji
senyawa penyusunnya seperti uji ribosa, uji deoksiribosa, uji basa purin, dan uji fosfat.
Hasil dari uji ini ialah untuk uji fosfat semua menunjukkan hasil positif terkecuali
kecambah ekor besar. Untuk uji deoksiribosa, semua sampel menunjukkan hasil
positif. Uji ribose, yang menunjukkan hasil uji positif ialah kecambah ekor besar dan
kecil. Sedangkan untuk basa purin, tidak ada sampel yang menunjukkan hasil positif.
Hal ini menandakan bahwa sususan asam nukleat sudah rusak saat proses isolasi.
Karena, hasil identifikasinya tidak memberikan hasil yang sesuai.
5.2. Saran
Untuk praktikum identifikasi DNA, jangan sampai salah memilih bahan dan
praktikan harus menguasai job desknya masing-masing.
DAFTAR PUSTAKA
Ariebowo, Moekti. 2007. Biologi. Jakarta : Visindo Media Perkasa.
Campbell, Neil A et all. 2009. Biology Consepts and Connection. San Fransico : Pearson
Benjamin Cummings.
James, Joyce. 2008. Principles of Sciece for Nurses. England : Blackwell Publishing.
Poedjiadi, Anna, 2006. Dasar-dasar Biokimia, Universitas Indonesia PRESS,Jakarta.
Sciencelab1, 2012, MSDS Acetic Acid Glacial, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal
06 november 2014.
Sciencelab2, 2012, MSDS Ammonia, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 06
november 2014.
Sciencelab3, 2012, MSDS Ammonium Molibdate, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal
06 november 2014.
Sciencelab4, 2012, MSDS Diphenylamine, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 06
november 2014.
Sciencelab5, 2012, MSDS Nitric Acid, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 06
november 2014.
Sciencelab, 2012, MSDS Orcinol, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 06 november
2014.
Sciencelab6, 2012, MSDS Potassium Phospate, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal
06 november 2014.
Sciencelab7, 2012, MSDS Silver Nitrat, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 06
november 2014.
Sciencelab8, 2012, MSDS Sulfuric Acid, http://www.sciencelab.com, diakses tanggal 06
november 2014.
Setyowati. Tetty, 2007. BiologiInteraktif. Jakarta : Azka Press.
Sloane, Ethel, 2004. Anatomy And Phsiology . Sudbury: Jonwa and Bartlet Publisher.
Triwibowo, Y. 2005. Biologi Molekular. Erlangga, Jakarta: Erlangga
LAMPIRAN
Reaksi-reaksi
1. Isolasi Asam Nukleat
3. Uji Fosfat
4. Uji Deoksiribosa
5. Uji Ribosa
6. Uji Purin