LAPORAN PRAKTIKUM

BIOKIMIA

MODUL IV
ASAM NUKLEAT

DISUSUN OLEH :

NAMA : RISMADAYANTI
NIM : G40122033
KELOMPOK : VIII (DELAPAN)
ASISTEN : ZAKIA SUKMA RANTI RABBIE

LABORATORIUM BIOLOGI SEL DAN MOLEKUL

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS TADULAKO

NOVEMBER, 2023
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Asam nukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas banyak molekul
nukleotida. Asam nukleat terdapat pada jaringan-jaringan tubuh sebagai
nukleoprotein, yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Molekul
nukleotida terediri atas nukleosida yang mengikat asam fosfat, yang terdiri
atas pentosa (deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa (purin atau
pirimidin), sehingga apabila suatu nukleoprotein di hidrolisis sempurna
maka akan dihasilkan protein, asam fosfat, pentosa dan basa purin maupun
pirimidin (Poedjiadi, 2005).

Komponen utama penyusun nukleotida terdiri atas gula, basa dan fosfor.
Nukleotida berbeda satu terhadap yang lain tergantung pada jenis gula dan
basa nitrogen yang dikandungnya. Ada dua macam gula pada asam nukleat
yaitu ribosa dan deoksiribosa. Kelompok basa terbagi menjadi purin dan
pirimidin. Basa terdiri atas Adenin (A) dan Guanin (G), sedangkan
pirimidin terdiri atas sitosin (C), Timin (T) dan Urasil (U) (Sudjadi dan Siti,
2007). Pirimidin dan purin yang spesifik berbeda dalam hal gugus
fungsional yang terikat ke cincinnya. Adenin, guanin, dan sitosin ditemukan
pada kedua jenis asam nukleat, sedangkan timin hanya ditemukan dalam
DNA dan urasil ditemukan pada RNA (Campbell, 2002).

Berdasarkan uraian diatas, maka yang melatarbelakangi praktikum ini

adalah kurangnya pengetahuan tentang sifat-sifat dari asam nukleat,
menjelaskan secara umum tentang struktur, susunan, sifat dan reaksi asam
nukleat, serta menggunakan dasar tersebut untuk mengikuti prosedur
ekstraksi DNA.
1.2 Tujuan

Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mempelajari sifat-sifat dari asam
nukleat, menjelaskan secara umum tentang struktur, susunan, sifat dan
reaksi asam nukleat, serta menggunakan dasar tersebut untuk mengikuti
prosedur ekstraksi DNA.
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

Asam nukleat merupakan polimer dari monomer-monomer yang disebut

nukleotida. Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA (Deoxiribonucleic Acid) dan
RNA (Ribonucleic Acid). Pada masing-masing nukleotida tediri atas tiga bagian
molekul organik yang disebut gula pentosa, gugus fosfat dan basa nitrogen
(Campbell, 2002). Gula pentosa memiliki 5 atom C dan pada DNA stom C atom
nomor 2 berikatan dengan atom H. Gugus fosfat pada DNA berikatan dengan
atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester (Asris, 2010). Basa nitogen memiliki
dua golongan yaitu pirimidin dan purin. Pirimidin memiliki atom 6 yang terdiri
dari atom karbon dan atom nitrogen, yang meliputi Cytosine (C), Tymine (T) dan
Uracyl (U). Pada golongan purin memiliki atom nomor 6 yang menyatu dengan
atom nomor 5, yang meliputi Adenine (A) dan Guanine (G). Pirimidin dan purin
yang spesifik berbeda dalam hal gugus fungsional yang terikat ke cincinnya.
Adenine, Guanine dan Cytosine ditemukan pada kedua jenis asam nukleat,
sedangkan Tymine hanya ditemukan dalam DNA dan Uracyl ditemukan pada
RNA (Campbell, 2002). Ikatan basa nitrogen tersebut menghasilkan molekul yang
disebut nukleosida yang bergabung dengan fosfat membentuk molekul yang
disebut nukleotida (Asris, 2010).

DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA
terdapat di nukleus, mitokondria, dan kloroplas. Untai DNA tersusun oleh dua
rantai polenukleotida yang terpilin. Kedua rantai tersebut berikatan dengan adanya
ikatan hidrogen antara basa Adenine dan Tymine sebanyak dua ikatan dan antara
Cytosine sebanyak tiga ikatan (Campbell, 2010). RNA adalah polimer asam
nukleotida dari empat jenis ribonukleotida. Molekul RNA dapat berbentuk pita
tunggal atau pita ganda yang tidak terpilin heliks yang merupakan hasil transkripsi
atau terjemahan dari DNA. Setiap pita RNA terdiri atas ribonukleotida
(polinukleotida). RNA mengandung gula pentosa, basa nitrogen dan asam fosfat.
Gula pentosanya berupa ribosa. Basa nitrogen purin terdiri atas Adenine dan
Guanine, sedangkan pirimidinnya terdiri atas Cytosine dan Uracyl (Ariebowo,
2007).

Proses identifikasi asam nukleat pada suatu organisme sel eukariotik dapat
dilakukan dengan berbagai metode yaitu secara biologi, kimiawi dan fisik
(Hardiany, 2016). Untuk memperoleh asam nukleat dari jaringan-jaringan
tersebut, dapat dilakukan ekstraksi terhadap nukleotida tersebut terlebih dahulu
dengan cara mengisolasi DNA yang terdapat di dalam sel. Isolasi DNA adalah
teknik yang dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat yang lain di dalam sel.
Fungsi dari pengisolasian DNA adalah untuk mendapatkan DNA murni dari
dalam sel yang akan digunakan untuk penganalisisan adanya asam nukleat pada
suatu organisme (Asris, 2010).

Isolasi DNA dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam sumber

DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan (Asris, 2010).
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, pada setiap jenis
atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda. Hal ini karena adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat
menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah,
maka kadar air yang pada masing-masing buah berbeda dapat memengaruhi hasil
yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolate yang
berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar
air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA
yang terpretisipasi juga akan sedikit (Agus dan Sjafarenan, 2013).

Ada tiga prinsip utama dalam ekstraksi DNA, yaitu perusakan dinding sel (lisis),
pemisahan DNA dari bahan padat, serta pemurnian DNA asam nukleat. Langkah
awal untuk mengeluarkan DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding sel,
membran dan inti sel. Cara yang dapat digunakan untuk merusak membran-
membran tersebut adalah dengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal
dan pistil. Selain perusakan secara fisik, membran dan dinding sel dapat dirusak
dengan senyawa-senyawa kimia, yaitu detergen, larutan garam NaCl dan etanol
96% (Asris, 2010).

Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan yang disebabkan
oleh pengaruh senyawa-senyawa kimia. Salah satu senyawa kimia yang mampu
merusak membran atau dinding sel adalah detergen. Detergen mengandung
sodium dodesil sulfat yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada
membran sel sehingga struktur membran akan rusak dan melisiskan isi sel (Istanti,
1999). Pada proses pengisolasian DNA juga digunakan larutan garam dengan
tujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang
dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative pada
ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah
DNA akan berkumpul (Suryo, 2004).

Presipitasi DNA merupakan proses dalam pengisolasian DNA yang bertujuan

untuk mengendapkan protein histon. Presipitasi terjadi pada lapisan atas bukan
lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi
larut dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, DNA akan tersebar dalam larutan
sehingga tidak terlihat, dan ketika molekul tersebut berpindah ke dalam larutan
yang bukan pelarut, maka kan berkumpul atau menggumpal sehingga dapat
dilihat. Presipitasi DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul
diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil daripada massa jenis
air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin untuk menyempurnakan
presipitasi (Istianti, 1999).

Buah tomat merupakan tanaman golongan herba semusim yang memiliki umur
lebih pendek daripada buah lainnya sehingga lebih mudah untuk diamati hasilnya.
Disamping itu, tanaman tomat memiliki morfologi tanaman yang mudah untuk
diamati. Tomat memiliki kandungan yang sanagt khas yang disukai oleh semua
orang, disebabkan karena kandungan yang kaya akan vitamin A, C dan mineral
yang baik untuk kesehatan (Hutami, 2017). Menurut (Desy, 2018), klasifikasi
buah tomat adalah sebagai berikut:
Kingdom : Plantae
Division : Spermatophyta
Class : Dicotyledonae
Order : Tubiflorae
Family : Solanaceae
Genus : Solanum
Species : Solanum lycopersicum L.

Buah Pepaya adalah tanaman yang berasal dari negara tropis, yang memiliki
batang tumbuh lurus keatas dengan tinggi tinggi 3-8 m. Pada kondisi khusus,
tinggi batang pepaya bisa mencapai ketinggian 10 m. Pohon pepaya bisasanya
tidak memiliki cabang, daun-daun dan buah tumbuh secara langsung dari batang
yang bisa mempunyai diameter sampai 20 cm. Hanya dalam peristiwa-peristiwa
langka ketika batangnya patah bisa berbentuk cabang-cabang. Pepaya dapat lebih
cepat tumbuh dan memiliki “kayu” yang lunak (Nuraini, 2011).Menurut (Hamzah,
2014), klasifikasi buah papaya adalah sebagai berikut:
Kingdom : Plantae
Divisi : Magnoliophyta
Kelas : Magnoliopsida
Ordo : Violales
Famili : Caricaceae
Genus : Carica
Spesies : Carica pepaya L.
 BAB III

METODE PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum Biokimia dilaksanakan pada hari Rabu, 29 November 2023 pukul

07.30 WITA sampai dengan selesai. Bertempat di ruang Laboratorium
Biologi Sel dan Molekul Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu
Pengetahuan Alam Universitas Tadulako.

3.2 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan pada praktikum ini, yaitu gelas kimia 500 ml, tabung
reaksi, gelas ukur, rak tabung, pipet tetes, pisau, blender, neraca analitik dan
kain saring. Adapun bahan yang digunakan, yaitu buah tomat, buah pepaya,
kain saring, deterjen bubuk, deterjen cair, deterjen colek, aquades, garam
dapur, es batu, etanol 96%, kertas saring dan tisu.

3.3 Posedur Kerja

Prosedur kerja pada praktikum ini yaitu disiapkan alat dan bahan yang akan
digunakan. Selanjutnya, buah tomat dan pepaya dipotong kecil dan
dihaluskan menggunakan blender. Setelah halus, kedua jus buah tersebut
disaring menggunakan kain saring. Proses saringan dilakukan sebanyak dua
kali. Setelah disaring, diambil 8 ml ekstrak buah dari kedua jenis buah
tersebut menggunakan pipet tetes dan dipindahkan ke tabung reaksi. Setelah
itu, disiapkan 3 botol kaca yang nanti akan diisi dengan deterjen bubuk,
deterjen cair dan deterjen colek. Selanjutnya, masing-masing botol
ditambahkan aquades sebanyak 30 ml dan diaduk hingga homogen. Setelah
itu, ditambahkan 8 ml larutan deterjen pada kedua ekstrak buah yang telah
dipindahkan pada tabung reaksi, kemudian ditambahkan 2 gr garam NaCl
dan di vortex. Selanjutnya, ditambahkan 2,5 ml etanol 96% pada kedua
tabung ekstrak buah dan diletakkan pada wadah yang berisi es batu. Setelah
itu, diamati perubahan yang terjadi.
 BAB IV
HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Adapun hasil dari pengamatan pada praktikum ini adalah :

No. Perlakuan Warna Waktu

1. Tabung 1 Kuning orange DNA murni
terlihat pada
menit ke 23
lebih 40 detik

Pepaya 8 ml + deterjen cair 8 ml

2. Tabung 2 Kuning keruh DNA murni

terlihat pada me
nit ke 7 lebih
30 detik

Tomat 8 ml + deterjen cair 8 ml

3. Tabung 3 Orange DNA murni

terlihat pada
menit ke 10
lebih 31 detik

Pepaya 8 ml + deterjen colek 8 ml

4. Tabung 4 Kuning pudar DNA murni

terlihat pada
menit kee 29
lebih 2 detik
Tomat 8 ml + deterjen colek 8 ml
 5. Tabung 5 Orange DNA murni
terlihat pada
menit ke 5

Pepaya 8 ml + deterjen bubuk 8 ml

6. Tabung 6 Kuning DNA murni

terlihat pada
menit ke 13
lebih 33 detik

Tomat 8 ml + deterjen bubuk 8 ml

4.2 Pembahasan

Asam nukleat terdapat pada jaringan-jaringan tubuh sebagai nukleoprotein,

yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Pada masing-masing
nukleotida tediri atas tiga bagian molekul organik yang disebut gula
pentosa, gugus fosfat dan basa nitrogen (Campbell, 2002). Isolasi asam
nukleat dilakukan dengan cara mengisolasi DNA yang terdapat di dalam sel.
Isolasi DNA adalah teknik yang dilakukan untuk memisahkan DNA dari zat
yang lain di dalam sel. Fungsi dari pengisolasian DNA adalah untuk
mendapatkan DNA murni dari dalam sel yang akan digunakan untuk
penganalisisan adanya asam nukleat pada suatu organisme (Asris, 2010).

Pada pengamatan pertama, dilakukan uji rendemen dengan metode

dekantasi untuk menghitung rendemen dan mengidentifikasi adanya amilum
yang terdapat pada kentang, ubi jalar, dan jagung yang dilakukan. Dekantasi
berfungsi memisahkan antara endapan dan filtratnya dari rendemen yang
dieroleh. Berdasarkan hasil perhitungan % rendemen dari kentang, ubi jalar
dan jagung secara berturut-turut adalah 0,03%, 0,026% dan 0,021%.
Sementara itu, dari hasil perhitungan tersebut dapat diketahui bahwa
karbohidrat yang banyak mengandung amilum adalah kentang dan yang
paling sedikit adalah jagung.

Pada pengamatan kedua, dilakukan uji amilum atau uji iodin yang bertujuan
untuk memisahkan amilum atau pati yang terkandung dalam larutan dengan
cara bahan terlarut ditambahkan dengan akuades dan larutan iodin. Fungsi
dari penambahan larutan iodin yaitu sebagai penunjuk dan untuk
membedakan jenis amilum yang terkandung dalam sampel. Pada larutan
kentang, ubi jalar, dan jagung terjadi perubahan warna menjadi ungu setelah
ditetesi iodin, yang menandakan bahwa masing-masing larutan positif
mengandung karbohidrat. Hal ini sesuai dengan pendapat Mandruw (2010),
yang menyatakan bahwa larutan amilum yang ditambahkan dengan iodin
akan menghasilkan perubahan warna menjadi ungu kebiruan. Amilum yang
bereaksi dengan pereaksi iod karena struktur amilum pada larutan berbentuk
heliks yang membentuk kumparan sehingga dapat diisi oleh molekul iod
didalamnya sehingga terbentuklah warna ungu kebiruan.
 BAB V
PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Berdasarkan hasil praktikum yang telah dilakukan, dapat disimpulkan bahwa

karbohidrat merupakan senyawa kimia yang menjadi sumber energi utama
dalam tubuh manusia yang terdiri dari karbon, hidrogen, dan oksigen, dengan
rumus kimia Cn(H2O)n. Uji rendemen dilakukan untuk menghitung rendemen
dan mengidentifikasi adanya amilum yang terdapat pada kentang, ubi jalar,
dan jagung. Hasil perhitungan % rendemen dari kentang, ubi jalar dan jagung
adalah 0,03%, 0,02% dan 0,02%. Sedangkan uji amilum dilakukan untuk
memisahkan amilum dalam larutan. Pada larutan kentang, ubi jalar, dan
jagung, terjadi perubahan warna menjadi ungu yang menandakan larutan
positif mengandung karbohidrat, dimana amilum bereaksi dengan iod karena
struktur amilum pada larutan berbentuk heliks yang membentuk kumparan
sehingga terbentuklah warna ungu kebiruan.

5.2 Saran

Sebaiknya sebelum melakukan praktikum, seorang praktikkan memahami

tujuan, penggunaan serta fungsi alat dan bahan, prinsip kerja dan metode
percobaan agar diperoleh hasil yang sesuai dengan baik dan tepat.
 DAFTAR PUSTAKA

Fessenden, R. J. (1990). Kimia Organik Edisi Ketiga. Jakarta: Erlangga.

Lehninger, A. (1982). Dasar-dasar Biokimia Jilid I. Jakarta: Erlangga.

Mandruw. (2010). Pengantar Biokimia. Jakarta: Universitas Indonesia Press.

Maryam, S. (2016). Gizi dalam Kesehatan Reproduksi. Jakarta: Penerbit Salmel

Medika.

Ngili, Y. (2009). Biokimia Struktur dan Fungsi Biomolekul. Yogyakarta: Graha

Ilmu.

Noriko, N dan Pambudi, A. (2015). Diversifikasi Pangan Sumber Karbohidrat

Canna edulis. Jurnal Al-Azhar Indonesia Seri Sains dan Teknologi, 2(4):
248-252.

Nurul, I. A. (2019). Asupan Karbohidrat, Asupan Lemak, Aktivitas Fisik dan

Kejadian Obesitas pada Remaja di Kota Yogyakarta. Yogyakarta: Poltekkes
Kemenkes Yogyakarta.

Oktasari, M. (2019). Perbedaan Kadar Glukosa Darah pada Lama Puasa 8 Jam
dan 10 Jam. Palembang: Universitas Katholik Musi Charitas Press.

Sediaoetama, A. D. (2004). Ilmu Gizi untuk Mahasiswa dan Profesi jilid ke-1.
Jakarta: PT Dian Rakyat.

Siregar, N. (2014). Karbohidrat. Jurnal Ilmu Keolahragaan, 13(2): 38-44.

Winarno, F. G. (1984). Kimia Pangan dan Gizi. Jakarta: PT Gramedia Pustaka.

Yazid dan Nursanti, L. (2006). Penuntun Praktikum Biokimia. Yogyakarta: ANDI

OFFSET.

.
 LEMBAR ASISTENSI

NAMA : RISMADAYANTI
NIM : G 401 22 033
KELOMPOK : VIII (DELAPAN)
ASISTEN : DAYANI ALIFIA RIZKI

No Hari/tanggal Koreksi Paraf

1. Jumat, 7 September 2023
Perbaiki

2. Jumat, 7 September 2023

ACC