LAPORAN PRAKTIKUM BIOKIMIA

ASAM NUKLEAT

Diajukan untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah Biokimia

Dosen Pengampu:

1. Epa Paujiah, M.Si.

Asisten Praktikum: Ade Liani Fauziah

Oleh :

Nama :Ummu Salamah (1152060120)

Kelompok :4 (Empat)

Kelas/Semester :C/V

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

JURUSAN PENDIDIKAN MIPA

FAKULTAS TARBIYAH DAN KEGURUAN

UIN SUNAN GUNUNG DJATI

BANDUNG

2017
 ASAM NUKLEAT

Ummu Salamah

Program Studi Pendidikan Biologi, Jurusan Pendidikan MIPA

Fakultas Tarbiyah dan Keguruan. Universitas Islam (UIN) Negeri Sunan Gunung Djati
Bandung

2017

Jl. A.H. Nasution No. 105 Bandung

Ummu9704@gmail.com

I. Pendahuluan
1.1 Landasan Teori
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetik, kemudian menerjemahkan
informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-masing
sel (Wirahadikusumah,1981:81).
Asam nukleat adalah suatu polimer yang terdiri atas banyak molekul
nukleotida. Asam nukleat ada 2 macam, yaitu DNA dan RNA. Asam-asam nukleat
terdapat pada jaringan-jaringan tubuh sebagai nukleoprotein, yaitu gabungan antara
asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam nukleat dari jaringan-
jaringan tersebut, dapat dilakukan ekstaksi terhadap nukleoprotein terlebih dahulu
menggunakan larutan garam 1M. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan
atau dipecah menjaadi protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-
asam lemah atau alkali secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga
larutan menjadi jenuh (Poedjiadi,2009:133).
DNA merupakan asam nukleat yang tersusun atas fosfat, gula deoksiribosa
dan basa nitrogen berupa adenin, guanin, timin dan sitosin. DNA memiliki struktur
utas ganda (doublehelix) yang masing-masing utas dihubungkan oleh ikatan
hidrogen. RNA adalah asam nukleat yang tersusun atas fosfat, gula ribosa, dan basa
nitrogen berupa adenin, guanin, urasil, dan sitosin. Tidak seperti DNA, RNA
memiliki struktur utas tunggal (single helix) (Wilson,2002:114).
Menurut Campbell (1999:215) macam-macam basa nitrogen, yaitu:
a. Adenin pada DNA berikatan dengan timin(T), melalui dua ikatan hidrogen
untuk membantu menstabilkan struktur asam nukleat.
b. Guanin, dalam DNA pilin ganda, guanin berikatan dengan sitosin melalui 3
ikatan hidrogen. Guanin membentuk nukleotida bersama dengan gula ribosa.
c. Sitosin berikatan dengan guanin pada DNA pilin ganda melalui 3 ikatan
hidrogen.
d. Timin, pada DNA timin berikatan dengan adenin melalui 2 ikatan hidrogen
untuk membentuk struktur yang stabil.
e. Urasil berada pada RNA dapat berikatan dengan adenin melalui 2 ikatan
hidrogen.

Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan
enzim pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan
asam triklorasetat dapat pula memisahkan asam nukleat. Asam nukleat
mengandung pentosa, apabila dipanaskan dengan asam sulfat akan terbentuk
furfural. Furfural ini akan memberikan warna merah dengan anilina asetat atau
warna kuning dengan p-bromfenilhidrazina. Apabila dipanasi dengan diferiilamina
dalam suasa asam, DNA akan memberikan warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi
warna untuk ribosa dan deoksiribosa dapat digunakan untuk keperluan identifikasi
asam nukleat (Wirahadikusumah, 1981:85).

Sel tumbuhan terbungkus dalam membran sitoplasma yang dikelilingi sel yang
kuat. Untuk mengeluarkan DNA dari dalam sel terlebih dahulu harus
menghancurkan membran dan dinding sel tersebut. Cara yang paling sering
dilakukan pada bakteri adalah dengan menggunakan bahan kimia. Selain itu, seperti
yang sering dilakukan pada tanaman, dapat pula dilakukan dengan cara fisik yaitu
dengan menghancurkan sel menggunakan mortar dan pastle pada kondisi beku
dengan bantuan nitrogen cair. Tepung sel yang diperoleh melalui cara fisik ini
kemudian dilarutkan dengan beberapa bahan kimia (Hartati,2017).
 Asam nukleat bebas mempunyai muatan negatif yang kuat yang berasal dari
gugus fosfat dari tulang punggung struktur asam nukleat. Hal ini membuat molekul
tersebut mudah larut dalam air, tetapi tidak dapat larut dalam lemak ganda struktur
membran sel(Amarila,2008:58).

Metode dasar untuk mendapatkan informasi tentang DNA adalah melalui

analisis rangkaian, yaitu penyejajaran sekuens (sequence alignment). Penyajian
sekuensi, yaitu proses penyusunan atau pengaturan data atau lebih rangkaian
persamaan rangkaian-rangkaian tersebut nampak nyata (Al-Khawarizmi,2009:2).

1.2 Tujuan Praktikum

Tujuan setelah melakukan praktikum ini adalah mahasiswa mengetahui
penampakan asam nukleat dari bagian tanaman.
II. Metodologi Pengamatan
2.1 Waktu dan Tempat
Waktu : Rabu, 01 November 2017
Tempat : Labolatorium Biologi FTK UIN Sunan Gunung Djati Bandung
2.2 Alat dan Bahan
Alat yang digunakan yaitu gelas ukur (1), gelas kimia (1), spatula (1), rak
tabung(1), tabung reaksi (1), spirtus(1), penjepit tabung (1), termometer (1),
saringan (2). Sedangkan bahan yang digunakan adalah mangga (20g), alpukat
(20g), pepaya (20g), bawang bombay (20g), tomat (20g), brokoli (20g), kiwi
(20g), es batu secukupnya, NaCl (3g), detergen (10g), aquades 100ml, dan
alkohol (10ml).
2.3 Langkah Kerja
Siapkan alat dan bahan, kemudian timbang bahan atau buah yang akan di
ujikan sebanyak 20gram, kemudian dihaluskan dengan menggunakan mortar
dan pestle, kemudian disamping itu juga siapkan 100ml air yang ditambah
dengan 3 gram NaCl dan ditambah juga dengan 10 gram detergen bubuk, lalu
aduk rata, kemudian tuang buah yang telah dihaluskan ke dalam gelas yang
telah diisi air (100ml) menggunakan saringan, NaCl dan Detergen. Kemudian
panaskan dengan suhu 60º selama 10 menit. Disamping itu siapkan alkohol
 sebanyak 10 ml, kemudian dinginkan alkohol pada suhu kurang dari 20º.
Setelah itu masukkan larutan sari buah, NaCl dan detergen ke dalam tabung
reaksi yang berisi alkohol 10 ml, dan amati hasilnya, catat serta dokumentasi
hasil pengamatan.
III. Hasil Pengamatan dan Pembahasan
Pada praktikum yang telah dilakukan mengenai penampakan asam nukleat dari
berbagai bahan uji berupa buah dan sayuran, didapat hasilnya sebagai berikut:

a. b. c. d.

e. g. h.
f.

Keterangan : a. gambar ekstrak alpukat+NaCl+Detergen+Alkohol, b. gambar ekstrak

tomat+NaCl+detergen+alkohol,c.gambar ekstrak bawang bombay + NaCl +alkohol
+detergen,d.gambar ekstrak pepaya + NaCl+ detergen+alkohol,e. gambar ekstrak
mangga+NaCl+detergen+alkohol,f.gambar ekstrak melon+NaCl+detergen+alkohol,
g.gambar ekstrak kiwi + NaCl+ detergen+alkohol,h.gambar ekstrak brokoli +NaCl
+detergen+alkohol.

Pada praktikum kali ini dilakukan dengan metode penghancuran (lisis) serta
ekstraksi. Perlakuan pertama yang diberikan pada semua bahan uji yaitu, pepaya,kiwi,
melon, alpukat,brokoli,mangga, tomat, dan bawang bombay. Memotong semua bahan
menjadi kecil lalu timbang sebanyak 20g setelah itu dihancurkan dengan mortar
sehingga menjadi partikel-partikel yang lebih kecil dan halus lalu disaring untuk
diambil ekstraknya, kemudian siapkan larutan NaCl dan detergen yang dipanaskan dan
siapkan pula alkohol yang didinginkan. Tahap pertama dalam isolasi DNA adalah
proses perusakan atau penghancuran membran dan dinding sel.
Pemecahan membran sel dan dinding sel ini dengan metode penghancuran (lisis)
dapat dilakukan beberapa cara, diantaranya dengan cara fisia, kimiawi, dan biologis.
Dengan cara fisika yang dilakukan yaitu dengan menggunakan mortar, cara kimiawi
dengan menggunakan NaCl dan detergen, dan cara biologis dengan penggunaan enzim
seperti enzim selulase yang dapat memecah selolosa yang merupakan penyusun
dinding sel tumbuhan (Seftiono, 2015: 52).

Pada percobaan yang dilakukan ternyata bahan uji alpukat setelah dicampurkan
dengan NaCl+detergen+alkohol hasilnya yaitu terlihat bagian asam nukleat yaitu
kromatin dengan bentuk serabut yang sangat kecil dan jumlah yang sedang (++) terlihat
mengambang pada bagian permukaan larutan dan tidak ditemukan endapan. Pada
bahan uji kedua yaitu tomat setelah dicampurkan dengan NaCl+detergen+alkohol
hasilnya yaitu terlihat bagian asam nukleat yaitu kromatin dengan bentuk serabut yang
sangat kecil dan jumlah yang sedang (++) terlihat mengambang pada bagian
permukaan larutan dan tidak ditemukan endapan.

Sedangkan pada ekstrak bawang bombay, mangga, pepaya, kiwi, dan brokoli pada
pengamatan mengalami kegegalan, dikarenakan mengalami kesalahan pada saat
praktikum. Kesalahan yang terjadi yaitu karena pemasan yang dilakukan pada larutan
NaCl dan detergen beserta ekstrak buah terlalu lama dan kesalahan pada prosedur kerja.
Seharusnya ekstrak buah dimasukkan setelah larutan NaCl dan detergen yang telah
dipanaskan terlebih dahulu, agar ekstrak dari buah tersebut tidak mengalami denaturasi.
Sehingga hasil yang didapat setelah dicampurkan kedalam alkohol dingin hanya
terdapat endapan yang berada dibawah tabung, tidak adanya kromatin yang terlihat
mengapung diatas.

Tujuan ditambahkannya NaCl untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang
dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan dengan kutub
 negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak
menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub
negatif fosfat DNA. Dari pernyataan tersebut, nampak bahwa selain digunakan untuk
menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kestabilan pH, NaCl juga
membantu proses pemekatan DNA. Sedangkan tujuannya ditambahkan detergen
adalah untuk melisiskan sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia.
Selanjutnya penambahan etanol bertujuan untuk mempermudah terjadinya
presipitasi pada DNA yang bersifat transparan agar dapat diamati sebagai benang-
benang DNA. Dalam hal ini, etanol mempunyai sifat yang semipolar, sehingga bisa
menarik molekul air dari DNA, sehingga konsentrasi DNA dapat meningkat dan
akhirnya terpresipitasi. Presipitasi yaitu bertujuan untuk mengendapkan protein histon,
sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan
protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat. Kemudian pada praktikum
ini menggunakan Etanol absolut dingin bukan etanol absolut panas, karena etanol
absolut dingin dapat mempermudah terjadinya presipitasi pada benang-benang
DNA, sedangkan jika kita menggunakan etanol absolut panas DNA dapat mengalami
denaturasi. Karena sifat alkohol yang mudah menguap maka diharapkan alkohol
tersebut dapat membawa asam nukleat yang terdapat di dalam sampel naik ke
permukaan, untuk kemudian mengendapkannya.

IV. Kesimpulan

Berdasarkan hasil praktikum yang telah kami lakukan, dapat disimpulkan bahwa
penampakan asam nukleat dapat terlihat pada dua sempel uji dari delapan sempel. Dua
sempel uji tersebut yaitu pada buah tomat dan alpukat. Dimana pada kedua bahan uji
tomat dan alpukat terdapat kromatin dengan bentuk serabut yang sangat kecil dan
jumlah yang sedang (++) dan tidak terdapat endapan. Sedangkan pada enam sempel uji
lainnya tidak ditemukan adanya kromatin, hal ini disebabkan karena terjadi pemecahan
membran sel dan dinding sel yang disebabkan oleh pemanasan pada spirtus yang terlalu
lama sehingga menyebabkan terjadinya denaturasi.
V. Daftar Pustaka
Campbell,N.A. 1999. Biologi Jilid 1. Jakarta: Erlangga.
Hartati, Sri.2017. Penuntun Praktikum Biokimia. Bandung: UIN SGD.
Poedjiadi, A. 1994. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta: Erlangga.
Seftiono, Hermawan. 2015. Modul Praktikum Biokimia Pangan. Jakarta: Universitas
Trilogi.
Wilson,K.2002.Principles and Techniques of Practical Biochemistry 5th Edition.
Cambridge: Cambridge University Press.
Wirahadikusumah, M.1981. Biokimia : Protein, Enzima, dan Asam Nukleat.
Bandung:ITB.
Amarila,Malik.2005. RNA Therapeutic, Pendekatan dalam Terapi Gen. Jurnal
Farmasi. Vol.2, No.2,Hal 51-61.
Al-Khawarizmi.2005. Pangkalan Data Untuk Rangkaian DNA. Journal of Computer
Science. Vol.1,No.2,Hal 7-12.