Daur Biogeokimia merupakan daur ulang air dan komponen-komponen kimia (unsur kimia)
yang melibatkan peran serta dari makhluk hidup termasuk manusia dan bebatuan/geofisik.
Sedangkan untuk Biogeokimia ialah suatu pertukaran atau terjadinya perubahan yang
berlangsung terus menerus antara komponen abiotik dengan komponen biotik. Dari
pengertian diatas daur Biogeokimia terjadi kepada beberapa komponen dan salah satunya
adalah Besi (Fe). Besi atau Fe merupakan logam yang dihasilkan dari bijih besi, dan jarang
dijumpai dalam keadaan unsur bebas. Kelarutan besi tergantung kepada nilai pH dan
ketersediaan karbon dioksida. Iron ferro sebagai Fe (OH)2 dapat dilarutkan sampai 100 ppm
pada pH 8 dan sampai 10.000 ppm pada pH 7. Dalam ketersediaan karbon dioksida kelarutan
ferro carbonate 1 sampai 10 ppm pada pH antara 7 dan 8, meskipun dapat menjadi 100 ppm
untuk pH 6 sampai 7. Untuk mendapatkan unsur besi, campuran lain mesti disingkirkan
melalui pengurangan kimia. Besi dalam bentuk zat besi amat penting bagi semua organisme,
kecuali bagi sebagian kecil bakteria. Tempat huni bakteri besi ini dalam perairan asam dari
pabrik bijih logam yang mengandung sulfida logam seperti pirit besi (FeS 2). Bakteri
melakukan penyediaan asam belerang dan regenerasi dari Fe, komponen ini terpakai pada
pelapisan biji logam.
Bakteri tersebut antara lain , yang terkenal ialah Thiobacillus ferrooxidans. Spesies ini dapat
hidup ototrof dengan menggunakan ion besi dan sulfur sebagai donor elektron. Yang lainnya
ialah Sulfolobus dari golongan Archaea dan bakteri Gallionella, Leptothrix. Reaksi
umumnya: Fe2+ + bakteri besi Fe3+. Dengan kata lain, ion ferro atau besi (II) dioksidasi oleh
bakteri besi menjadi ion ferri atau besi (III). Oksidasi besi ini dapat berlangsung secara
anaerob maupun aerob.
Klasifikasi ilmiah
Kingdom
: Eubacteria
Filum
: Proteobacteria
Kelas
: Gammaproteobacteria
Ordo
: Acidithiobacillales
Famili
: Acidithiobacillaceae
Genus
: Acidithiobacillus
Spesies
: Acidithiobacillus ferroxidans
kedua senyawa ini akan menyerang bebatuan di sekitar tembaga sehingga dapat lepas dari
bijinya. Thiobacillus ferrooxidans akan mengubah tembaga sulfida yang tidak larut dalam air
menjadi tembaga sulfat yang larut dalam air. Ketika air mengalir melalui batuan, senyawa
tembaga sulfat akan ikut terbawa dan lambat laut terkumpul dalam kolam berwarna biru
cemerlang. Dalam lingkungan tanah, T.ferrooxidans berguna sebagai sumber slow release
fosfat dan sulfat untuk pemupukan tanah. Thiobacillus ferroxidans merupakan bakteri
kemolitotrof, dimana bakteri kemo dapat mengambil dan mngumpulkan ion-ion logam
beracun sehingga bermanfaat untuk memindahkan polutan dari air limbah. usaha
memperbaiki kualitas lahan termasuk tanah dan air serta pencemaran dengan menggunakan
mikroorganisme disebut bioremediasi. Thiobacillus dapat membantu produsen logam
menghemat energi, mngurangi polusi dan demikian menekan biaya produksi. Dalam hal
tujuan tunggal langkah bakteri adalah regenerasi Fe 3+ sulfidik bijih besi dapat ditambahkan
untuk mempercepat proses dan menyediakan sumber besi
Kerugian
Bakteri Thiobacillus ferrooxidans pengoksidasi Fe (mengubah Fe3+ yang bersifat sebagai ion
terlarut menjadi Fe (OH)3) yang bersifat tidak larut) dapat menimbulkan korosi. Prose korosi
secara mikrobiologis tidak berarti logam tersebut dimakan oleh mikroorganisme tetapi akibat
pertumbuhan mikrobe tersebut yang mengahsilakn senyawa, Yang bersifat korosif misalnya
asam (Waluyo,Lud.2009). Produk sampingan lain dari metabolisme (asam sulfat) bakteri T.
ferrooxidans kadang-kadang berhubungan dengan korosi oksidatif dari beton dan pipa. Hal
ini disebabkan karena mikroba tersebut mampu mendegradasi logam melalui reaksi redoks
untuk memperoleh energi bagi keberlangsungan hidupnya.