LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA (BI-2105) KROMATOGRAFI PIGMEN MATA

Tanggal Praktikum : 26 September 2011 Tanggal Pengumpulan : 03 Oktober 2011

Disusun oleh: Luhur / 10610010 Kelompok 10 Asisten : Lailatul Badriyah (21111009)

PROGRAM STUDI BIOLOGI SEKOLAH ILMU DAN TEKNOLOGI HAYATI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG 2011

BAB I PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang Pada tahun 1941, George Beadle dan Edward Tatum mengadakan percobaan dengan Neurospora crassa yang dikenal sebagai jamur roti merah. George Beadle dan Edward Tatum mengarahkan sinar X ke jamur Neurospora crassa yang menyebabkan jamur tersebut mengalami mutasi. George Beadle dan Edward Tatum mengamati bahwa beberapa jamur kehilangan kemampuan memproduksi senyawa organik tertentu agar bertahan hidup. George Beadle dan Edward Tatum menambahkan senyawa yang berbeda namun serupa dan menyaksikan bila jamur menggunakan senyawa tersebut, terjadi reaksi kimia jamur itu dapat mensintesis bahan kimia yang diperlukan. Beadle menyimpulkan bahwa karakteristik fungsi gen adalah mengendalikan sintesis enzim tertentu (Judd, 2010). Dari percobaan tersebut, Beadle dan Tatum dapat menarik hipotesis bahwa gen mengkode enzim, dan mereka menyimpulkan bahwa satu gen menyintesis satu enzim (one gene-one enzyme theory). George Beadle dan Edward Tatum menerima hadiah nobel fisiologi atau kedokteran pada tahun 1958 karena menyimpulkan fungsi karakteristik gen yang mengendalikan sintesis enzin tertentu. Beberapa puluh tahun kemudian, ditemukan bahwa gen mengkode protein yang tidak hanya berfungsi sebagai enzim saja, dan beberapa protein tersusun dari dua atau lebih polipeptida. Dengan adanya penemuan-penemuan tersebut, pendapat Beadle dan Tatum tentang one gene-one enzyme theory dimodifikasi menjadi teori satu gen-satu polipeptida (one gene-one polypetide theory) (Judd, 2010). Manfaat percobaan yang dilakukan Beadle dan Tatum adalah mereka membuktikan bahwa pembentukan enzim atau kelompok enzim diatur oleh gen atau kelompok gen dalam kromosom. Mereka menemukan gen pengendali sintesis protein dan enzim yang disimpulkan dalam suatu teori one gene, one enzyme yang membuat berkembangnya ilmu genetika (Judd, 2010). 1.2 Tujuan 1. Menentukan nilai Rf dari masing-masing pigmen mata lalat buah berdasarkan hasil kromatografi. 2. Menentukan kelompok pigmen mata pada mutan berdasarkan hasil pemberian sinar UV.

BAB II TEORI DASAR

2.1 Hubungan Gen, DNA, Protein dan Enzyme Bagian utama sebuah sel adalah nukleus, di dalam nukleus terdapat benang-benang halus yang disebut kromatin. Pada saat sel akan mulai membelah diri, benang-benang halus tersebut menebal, memendek dan mudah menyerap warna membentuk kromosom. Kromosom adalah struktur padat yang terdiri dari dua komponen molekul, yaitu DNA dan protein. Secara struktural perubahan DNA dan protein menjadi kromosom di awali pada saat profase. Molekul DNA akan berikatan dengan protein histon dan nonhiston membentuk sejumlah nukleosom. Unit-unit nukleosom bergabung memadat membentuk benang yang lebih padat dan terpilin menjadi lipatanlipatan solenoid. Lipatan solenoid tersusun padat menjadi benang-benang kromatin. Benang-benang kromatin akan tersusun memadat membentuk lengan kromatin. Selanjutnya kromatin akan mengganda membentuk kromosom (Falk, 2009). Suatu gen merupakan bagian dari kromosom (DNA) yang dapat ditranskripsi dan ditranslasi menjadi suatu protein. Di dalam sel, protein dapat berfungsi sebagai protein struktural yang membentuk sel atau sebagai enzim yang mengkatalis reaksi-reaksi yang terjadi di dalam sel. Produk utama sutu gen adalah suatu protein, sedangkan fenotipe yang teramati merupakan akibat dari aktivitas protein tersebut (Falk, 2009). Boris Ephrussi dan George Beadle, dua ahli genetika yang mempelajari pigmen warna mata Drosophila melanogaster di laboratorium Caltech Thomas Hunt Morgan. Pada pertengahan tahun 1930 mereka menemukan bahwa gen yang mempengaruhi warna mata tampak serial tergantung, dan bahwa mata merah normal Drosophila merupakan hasil dari pigmen yang pergi melalui serangkaian transformasi, mutasi gen warna mata yang berbeda terganggu oleh transformasi pada titik yang berbeda dalam rangkaian seri. Jadi, Beadle beralasan bahwa setiap gen bertanggung jawab untuk enzim yang bertindak dalam jalur metabolisme sintesis pigmen (Morange, 1998). Setelah pindah ke Stanford University di tahun 1937, Beadle mulai bekerja dengan Edward Tatum dan menggagaskan hipotesis satu gen, satu enzim pada tahun 1941. Hipotesis satu gen, satu enzim adalah gagasan bahwa suatu gen memproduksi suatu enzim, masing-masing gen bertanggung jawab untuk memproduksi sebuah enzim tunggal yang mempengaruhi satu langkah dalam jalur metabolisme. Pada tahun 1957, Vernon Ingram menunjukkan melalui sidik jari protein bahwa variasi genetik dalam protein (seperti hemoglobin sel sabit) dapat dibedakan dalam rantai polipeptida tunggal dalam protein multimerik, yang mengarah ke hipotesis "satu gen-satu polipeptida" (Fruton, 1999).

2.2 Hubungan Kerja Protein dengan Pigmen Mata Pigmen mata pada Drosophila melanogaster dapat dipengaruhi oleh aktivitas produk gen yang mempengaruhi fenotip. Yang diantaranya menghasilkan protein didalam sel sebagai enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi yang terjadi ataupun sebagai protein struktural yang membentuk sel. Mutasi yang terjadi menyebabkan suatu protein tidak berfungsi, maka mutan yang dihasilkan bersifat resesif. Pada pigmen mata Drosophila melanogaster menyebabkan warna mata pada Drosophila melanogaster berwarna merah. Pteridin yang terdapat pada lalat buah meliputi Drosopterin yang menyebabkan warna merah pada mata, dan Ommokrom yang menyebabkan warana coklat pada mata. Drosophila melanogaster memiliki warna pigmen mata yang berbedabeda tergantung pada gen yang berperan dalam pembentukan pteridin. Jika terjadi mutasi warna mata yang akan teramati akan menjadi coklat, apabila kelompok drosopterin tidak ada. sedangkan warna mata akan menjadi merah terang jika kelompok ommokrom yang tidak ada (Dahmann, 2008). Fungsi protein di dalam sel adalah sebagai enzim yang mengkatalisis reaksi-reaksi yang terjadi ataupun sebagai protein struktural yang membentuk sel. Protein merupakan bentuk utama dari suatu gen. Akibat aktivitas dari protein dapat kita lihat fenotip-fenotip yang dapat kita amati. Jika suatu gen termutasi dimana urutan nukleotida dari gen tersebut berubah dapat mengakibatkan terjadi perubahan dari protein yang dihasilkan. Hal tersebut dapat mengakibatkan perubahan dari aktivitas protein dan fenotip yang kita amati. Di dalam pigmen mata terdapat bermacam-macam protein yang menghasilhan warna mata yang berbeda-beda (Falk, 2009). 2.3 Alur Sintesis Pigmen Mata Drosopterin dan Ommokrom

Gambar 2.1 Biosintesis pigmen mata Drosophila melanogaster (Luhur, 2011. Dokumentasi pribadi)

2.4 Prinsip Dasar Kromatografi dan Rf Kromatografi merupakan cara pemisahan dimana komponen-komponen yang akan dipisahkan didistribusikan antara 2 fase, salah satunya merupakan fase stasioner (tetap) dan fase mobil (fase bergerak). Pada fase mobil, suatu zat dialirkan menembus / sepanjang fase stasioner dan cenderung menghanyutkan komponen campuran. Sedangkan pada fase stationer cenderung menahan komponen campuran. Fase stasioner dapat berupa kertas saring atau gel, sedangkan fase bergeraknya merupakan eluen yang terdiri dari campuran pelarut. Pada kromatografi kertas, bahan yang akan dipisahkan diletakkan pada kertas saring dan ujung kertas saring dicelupkan pada eluen. Secara kapiler eluen akan bergerak ke atas. Bila suatu senyawa lebih larut dalam pelarut yang stasioner, maka pergerakannya lebih lambat dibandingkan dengan bahan yang lebih larut dalam pelarut yang bergerak. Oleh karena itu, senyawa dalam suatu bahan dapat dipisahkan berdasarkan perbedaan kecepatan pergerakan senyawa-senyawa tersebut. Selain itu, berat molekul dari suatu senyawa dapat mempengaruhi kecepatan pergerakannya (Bruner, 1985). Harga Rf mengukur kecepatan bergeraknya zona realtif terhadap garis depan pengembang. Kromatogram yang dihasilkan diuraikan dan zona-zona dicirikan oleh nilai-nilai Rf. Nilai Rf didefinisikan oleh hubungan: jarak (cm ) dari garis

Rf =

jarak yang ditempuh oleh senyawa jarak yang ditempuh oleh pelarut Pengukuran itu dilakukan dengan mengukur jarak dari titik pemberangkatan (pusat zona

campuran awal) ke garis depan pengembang dan pusat rapatan tiap zona. Nilai Rf harus sama baik pada descending maupun ascending. Nilai Rf akan menunjukkan identitas suatu zat yang dicari, contohnya asam amino dan intensitas zona itu dapat digunakan sebagai ukuran konsentrasi dengan membandingkan dengan noda-noda standar (Bruner, 1985). Kromatografi bergantung pada pembagian ulang molekul-molekul campuran antara dua fase atau lebih. Tipe-tipe kromatografi absorpsi, kromatografi partisi cairan dan pertukaran ion. Sistem utama yang digunakan dalam kromatografi partisi adalah partisi gas, partisi cairan yang menggunakan alas tak bergerak (misalnya komatografi kolom), kromatografi kertas dan lapisan tipis (Bruner, 1985). Distribusi dapat terjadi antara fase cair yang terserap secara stasioner dan zat alir bergerak yang kontak secara karib dengan fase cair itu. Dalam kromatografi partisi cairan, fase cair yang bergerak mengalir melewati fase cair stasioner yang diserapkan pada suatu pendukung, sedangkan dalam kromatografi lapisan tipis adsorbennya disalutkan pada lempeng kaca atau lembaran plastik (Bruner, 1985).

BAB III METODOLOGI

3.1 Alat dan Bahan Alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum, antara lain : Bahan Alat

Lalat buah normal Mutan white Mutan claret Mutan sepia Kertas saring whatman no.1 Larutan Vaselin NBA (N-butanol:asam asetatglasial:aquades=20:3:7)

Gunting Penggaris Pensil Jarum pentul Alat penjepret kertas Bejana kromatografi dengan tutup gelas Lampu UV

3.2 Metode Kerja Kertas saring digunting dengan ukuran 16 x 20 cm dan bagian tengah dari kertas saring jangan disentuh. Dibuat dua garis lurus dengan pensil sejajar pada sisi yang 16 cm, yang pertama 2 cm dan sisi yang kedua 10 cm dari garis pertama. Diberi tanda o dengan pensil pada garis pertama, dengan jarak masing-masing 2 cm. Nama ditulis di sebelah atas kertas saring dengan menggunakan pensil. Bejana diisi dengan larutan NBA setinggi 1 cm. Pada mulut bejana diberi vaselin dan tutup bejana dengan tutup kaca. Dua lalat buah dengan fenotipe yang sama diambil dan potong kepala lalat buah tersebut dengan jarum pentul. Satu kepala diletakkan di atas tanda o pada kertas saring dan tekan kepalanya. Kepala kedua diletakkan di tempat yang sama dan tekan kepalanya. Langkah pemotongan di ulangi untuk fenotipe berbeda untuk tanda o berikutnya. Pada kertas saring harus ada kepala lalat normal, white, claret, dan sepia. Kertas saring digulung sehingga letak sisi kiri dan kanan bersebelahan dan jepret kertas saring dua kali di sebelah atas dan dua kali di sebelah bawah. Hati-hati jangan sampai kedua sisi tersebut bersentuhan atau tumpang tindih. Kertas saring dimasukkan secara tegak di dalam bejana. Bejana ditutup dan diberi vaselin sehingga bejana tertutup dengan rapat. Didiamkan beberapa jam sampai larutan eluen bergerak melewati garis kedua. Kertas saring diambil, buat garis dengan pensil

pada batas pergerakan eluen. Kertas saring dikeringkan dan amati di bawah sinar putih dan sinar ultra violet. Diberi tanda dengan pensil sekeliling bercak yang terlihat dan catat warnanya dan warna fluorosensinya.

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan 4.1.1 Foto Hasil Pengamatan

Gambar 4.1 Hasil kromatografi sebelum diberi sinar UV (Surya,R.A. 2011)

Gambar 4.2 Hasil kromatografi setelah diberi sinar UV (Surya,R.A. 2011)

4.1.2 Perhitungan Rf Batas eluen adalah 6,5 cm No 1 2 3 4 Jenis Drosophila Claret White Sephia Normal Warna Pigmen Orange Biru Hijau Orange Biru Jarak Pendar 0.7 2.4 0 3.6 0.5 1.4 Keterangan Drosopterin Ommokrom Total Sepiapterin Drosopterin Ommokrom Total Rf 0.1077 0.3692 0.4769 0 0.5538 0.0769 0.2154 0.2923

4.2 Pembahasan 4.2.1 Hasil Sinar UV Fluorosensi adalah terlihatnya pigmen-pigmen mata pteridin penyebab adanya warna mata pada Drosophila melanogaster dalam cahaya ultraviolet. Proses terbentuknya fluorosensi yaitu warna mata yang teramati akan tergantung dengan mutasi pada gen yang berperan dalam pembentukan pteridin. Warna mata akan menjadi coklat jika kelompok Drosopterin tidak ada, sedangkan warna mata akan menjadi merah terang jika kelompok ommokrom yang tidak ada (Dahmann, 2008). Garis warna pada hasil sinar UV yang berwarna merah kecoklatan menunjukkan adanya pigmen mata drosopterin. Sedangkan garis yang berwarna hijau muda kekuningan menunjukkan adanya pigmen mata ommokrom (Dahmann, 2008). 4.2.2 Hasil Rf dan Perbandingannya dengan Literatur Saya telah mencari berbagai informasi literatur lewat buku, internet, bahkan teman. Pada buku, saya tidak menemukan literatur nilai Rf Drosophila melanogaster. Dari internet saya sudah mencari, sebenarnya ada nilai Rf, tapi penelitian yang di internet tidak menggunakan larutan NBA, sehingga pasti hasilnya akan berbeda. Saya menemukan beberapa literatur penelitian yang menggunakan NBA, tetapi hasil Rfnya berbeda-beda, Jika perbedaannya tipis ini tidak ada masalah. Yang menjadi masalah hasilnya berbeda-beda dan sangat jauh hasilnya. Saya bertanya pada teman juga mereka menemukan literatur yang berbeda-beda, dan mereka juga tidak menemukan literatur dari buku. Jadi Praktikan belum menemukan literatur yang sesuai. Nilai Rf yang semakin besar dapat diartikan semakin non-polar, karena semakin tinggi berarti zat tersebut semakin terbawa dengan eluen yang bersifat non-polar ( karena kandungan terbesar eluen adalah butanol yang bersifat non-polar). Sedangkan jika nilai Rf semakin kecil, itu dapat diartikan semakin polar karena zat tersebut tertahan oleh kertas yang juga bersifat polar

(Bruner, 1985). Berdasarkan percobaan yang dilakukan praktikan diketahui bahwa pigmen mata lalat buah yang bersifat paling polar adalah Sephia, yang artinya pigmen mata sepiapterin bersifat paling polar. Pigmen mata lalat buah yang paling bersifat non-polar adalah white (Dahmann, 2008). 4.2.3 Fungsi Larutan NBA dan Vaseline Fungsi larutan NBA adalah sebagai eluen karena memiliki perbandingan N-Butanol : Asetat Glacial : Akuades = 20 : 3 : 7. Larutan NBA merupakan campuran dari larutan yang memiliki tingkat kepolaran: polar, semi-polar, dan non-polar. Sehingga larutan NBA dapat memisahkan pigmen-pigmen pada mata lalat buah yang memiliki tingkat kepolaran hampir sama (Falk, 2009). Fungsi vaselin adalah agar udara yang berada di dalam bejana tidak dapat keluar dan udara yang diluar tidak dapat masuk melalui celah-celah antara bejana dengan penutup. Pemberian vaseline pada tutup bejana berfungsi agar bejana tempat eluen kromatografi kedap udara. Sehingga eluen yang merupakan larutan NBA tidak habis karena menguap (Falk, 2009). 4.2.4 Fungsi Pemakaian UV Fluoresensi merupakan pemancaran sinar oleh atom atau molekul setelah terlebih dahulu disinari sinar UV. Peristiwa fluororesensi merupakan peristiwa pemantulan warna/ berpendarnya warna yang tersembunyi karena absorbsi cahaya tertentu yang diberikan secara disengaja. Peristiwa ini biasanya terjadi terhadap senyawa-senyawa tertentu (dalam praktikum ini dimaksudkan pigmen warna mata) yang mempunyai sifat memendarkan cahaya. Dalam hal ini digunakan sinar UV karena pigmen mata pada lalat buah (Drosophila melanogaster) tidak bisa terlihat menggunakan cahaya putih (lampu neon). Oleh sebab itu digunakan sinar UV, dimana sinar UV bersifat memendarkan cahaya pada pigmen mata. Setelah kromatogram pada kertas disinari dengan sinar ultraviolet (UV) masing-masing komponen pigmen mata yang merupakan senyawa pteridin akan mengabsorbsi cahaya ultraviolet dengan panjang gelombang tertentu dan memendarkan warna yang lebih kontras sesuai dengan warna asli senyawa tersebut (Dahmann, 2008).

BAB V KESIMPULAN
Nilai Rf pigmen mata lalat buah normal adalah 0,2923. Nilai Rf pigmen mata lalat buah mutan type claret adalah 0,4769. Nilai Rf pigmen mata lalat buah mutan type white adalah 0. Nilai Rf pigmen mata lalat buah mutan type sephia adalah 0,5538. Pada lalat buah normal hasil kromatografi setelah di sinar UV menghasilkan dua warna yaitu warna orange dan biru. Berarti lalat buah normal memiliki dua kelompok pigmen mata yaitu Drosopterin dan Ommokrom. Pada lalat buah mutan type claret hasil kromatografi setelah di sinar UV menghasilkan dua warna yaitu warna orange dan biru. Berarti lalat buah mutan type claret memiliki dua kelompok pigmen mata yaitu Drosopterin dan Ommokrom. Padahal seharusnya lalat buah mutan type claret hanya memiliki pigmen mata kelompok Drosopterin yang berarti ada kesalahan saat praktikum. Pada lalat buah mutan type white hasil kromatografi setelah di sinar UV tidak menghasilkan warna. Berarti lalat buah mutan type white tidak memiliki pigmen mata Drosopterin dan Ommokrom. Pada lalat buah mutan type sephia hasil kromatografi setelah di sinar UV menghasilkan warna hijau. Berarti lalat buah mutan type sephia kelompok pigmen mata sepiapterin.

DAFTAR PUSTAKA Bruner, F. 1985. The Science of Chromatography. United States : Elsevier Publishing Company. Dahmann, Christian. 2008. Drosophila: Methods and Protocols. United States : Humana Press Inc. Falk, Raphael. 2009. Genetic Analysis: A History of Genetic Thinking. England : Cambridge University Press. Fruton, J.S. 1999. Proteins, Enzymes, Genes: The Interplay of Chemistry and Biology. New Haven: Yale University Press. Judd, Sandra. 2010. Genetic disorders sourcebook. United States : Omnigraphics, Inc. Morange, M. 1998. A History of Molecular Biology. Cambridge: Harvard University Press.