LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA (BI-2105)

KROMATOGRAFI PIGMEN MATA

Drosophila melanogaster

Tanggal Praktikum: 26 September 2014
Tanggal Pengumpulan: 3 Oktober 2014

Disusun oleh :
Dary Aulia Muhammad
10613016
Kelompok 13

Asisten :
Sandika Restiana
10611044


PROGRAM STUDI BIOLOGI
SEKOLAH ILMU DAN TEKNOLOGI HAYATI
INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG
BANDUNG
2014
BAB I
PENDAHULUAN


1.1 Latar Belakang
Pada tahun 1941, Beadle dan Tatum merumuskan istilah one gene
one protein, yang berartikan, di dalam suatu gen terdapat satu
protein. Pada tahun tersebut juga, mereka melakukan percobaan
terhadap jamur Neurospora crassa yang dikenal sebagi jamur roti merah.
Beadle dan Tatum mengarahkan sinar UV ke jamur tersebut yang
menyebabkan mutasi, dan mereka mengamati bahwa beberapa jamur
mengalami kehilangan kemampuan memproduksi senyawa organik
tertenti untuk bertahan hidup. Mereka menambahkan senyawa berbeda
namun serupa dan menyaksikan bila jamur menggunakan enzim
tersebut, ternyata terjadi reaksi kimia yang menyintesis bahan kimia
yang diperlukan. Akhirnya disimpulkan bahwa karakteristik fungsi gen
adalah mengendalikan sintesis enzin tertentu. (Judd, 2010)
Setelah melakukan percobaan tersebut, akhirnya Beadle dan Tatum
menarik hipotesis bahwa gen mengkode enzim dan mereka juga
berhipotesis bahwa satu gen menyintesis satu enzim ( one gene one
enzyme). Namun beberapa puluh tahun kemudian, teori one gene one
enzyme yang disusun oleh Beadle dan Tatum akhirnya terbantahkan. Hal
ini didasarkan pada ditemukannya suatu fakta bahwa gen mengkode
protein yang tidak hanya berfungsi sebagai enzim saja. Selain itu,
beberapa protein tersusun dari dua atau lebih enzim. Dengan
ditemukannya hal tersebut, teori one gene one enzyme Beadle dan Tatum
dimodifikasi menjadi teori one gene one protein. (Judd, 2010)
Manfaat percobaan yang dilakukan Beadle dan tatum adalah
mereka membuktikan bahwa pembentukan enzim atau kelompok enzim
diatur oleh gen atau kelompok gen dalam kromosom. Mereka
menemukan gen pengendali sintesis protein dan enzim yang
disimpulkan dala suatu teori one gene, one enzyme. (Judd, 2010)

1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum ini adalah :
1. Menentukan nilai Rf dari hasil kromatografi pigmen mata
Drosophila melanogaster
2. Menentukan kelompok pigmen mata pada mutan berdasarkan hasil
pemberian sinar UV

















BAB II
TINJAUAN PUSTAKA


2.1 Hubungan Gen, Protein, DNA dan Enzim
Gen merupakan bagian dari kromosom (DNA) yang dapat
ditranskripsi dan ditranslasi sehingga menghasilkan suatu protein. DNA
menentukan sifat makhluk hidup, menentukan urutan asam amino pada
setiap protein yang disintesis. DNA mengontrol metabolisme dengan
memerintahkan sel untuk menghasilkan enzim spesifik dan protein lain.
Diantara fungsi protein di dalam sel adalah sebagai enzim yang
mengkatalisis reaksi yang terjadi ataupun sebagai protein struktural yang
membentuk sel (Beament, 1970).
DNA berada di inti sel (nukleus) dan tidak dijumpai di sitoplasma.
Protein yang berperan dalam metabolisme ada di sitoplasma dan tidak
ada di inti. Oleh karena itu perlu adanya penghubung antara DNA
dengan protein, yaitu molekul yang terdapat di inti maupun di
sitoplasma, yakni RNA. Transkripsi dan translasi merupakan proses
utama yang menghubungkan gen ke protein. Transkripsi adalah transfer
informasi nukleotida-nukleotida dari DNA ke RNA, sementara translasi
merupakan transfer informasional dari urutan nukleotida dalam RNA ke
urutan asam amino dalam suatu polipeptida. Asam nukleat (DNA)
maupun protein merupakan polimer informasional dengan urutan
monomer linear yang masing-masing adalah nukleotida dan asam amino
(Campbell et al., 2008).
Nukleus merupakan pusat utama dari sebuah sel. Informasi genetika
dari suatu organisme terdapat di dalam kromosom. Di dalam nukleus
terdapat kromosom yang terbentuk dari benang-benang halus kromatin.
Kromosom terdiri atas dua komponen yaitu DNA dan protein. Molekul
DNA akan berikatan dengan protein histon dan non-histon yang
nantinya akan membentuk nukleosom dan akan menjadi lipatan solenoid
akibat adanya pemadatan pada bentuk benang. Lipatan solenoid ini akan
membentuk kromatin dan kromatin akan membentuk menjadi
kromosom. Kromosom terdiri atas molekul-molekul DNA yang
dibungkus oleh protein. Protein merupakan bentuk utama dari suatu gen.
akibat aktivitas dari protein dapat kita lihat fenotip-fenotip yang dapat
kita amati (Campbell et al., 2008).
Percobaan Beadle dan Tatum tahun 1941 pada strain mutan
Neurospora memunculkan hipotesis one gene one enzyme (satu gen-satu
enzim). Hal ini menerangkan bahwa gen bertanggung jawab untuk
memproduksi sebuah enzim tunggal dalam jalur metabolisme.
Kemudian teori ini dimodifikasi dan dikembangkan menjadi one gene
one polypeptide (satu gen-satu polipeptida) oleh Vernon melalui sidik
jari protein, bahwa variasi genetik dapat dibedakan dalam rantai
polipeptida tunggal dalam protein multinumerik. Atau dengan kata lain
suatu gen menentukan urutan asam amino rantai polipeptida (Fruton,
1999).


2.2 Hubungan Kerja Protein Dengan Pigmen Mata
Aktivitas dalam kromosom, yaitu aktivitas gen merupakan faktor
yang memengaruhi serta membentuk pigmen mata pada Drosophila
melanogaster. Gen menghasilkan protein di dalam sel sebagai enzim
katalisator reaksi dalam sel. Ketika terjadi mutasi dengan mutan yang
bersifat resesif, suatu protein kehilangan fungsinya. Hal ini
menyebabkan terbentuknya pigmen mata yang beragam pada mutan
Drosophila melanogaster. Pada umumnya, Drosophila melanogaster
memiliki pigmen mata yang berwarna merah yang disebabkan oleh
pteridin. Pteridin itu sendiri terdiri atas drosopterin yang menyebabkan
warna merah dan ommokrom yang menyebabkan warna cokelat. Ketika
salah satu dari ommokrom maupun drosopterin mengalami malfungsi
yang menyebabkan kegagalan pada sintesis protein, terbentuklah
pigmen baru yang disebut pigmen mutan (Wolpert, 2002).
Protein di dalam sel berfungsi sebagai enzim yang mengkatalis
reaksi-reaksi yang terjadi di dalam sel. Protein adalah produk utama dari
suatu gen. Aktivitas dari protein terlihat dari fenotipe yang teramati. Jika
suatu gen termutasi yang menyebabkan urutan nukleotida dari gen
tersebut berubah membuat protein yang dihasilkannya pun berubah,
sehingga aktivitas protein dan fenotipenya yang teramati terjadi
perubahan. Jika dilihat pada mutan eyemissing, terdapat mata titik atau
tidak sama sekali. Hal ini disebabkan pada perubahan urutan nukleotida
yang menyebabkan tidak terjadinya sintesis drosopterin dan ommokrom
sehingga tidak terbentuk pigmen mata pada mutan eyemissing.
(Strickberger, 1962).

2.3 Alur Sintesis Pigmen Mata Drosopterin dan Ommokrom
Sintesis protein yang terjadi pada mata Drosophila melanogaster
umumnya menyebabkan adanya pigmen mata. Pada Drosophila
melanogaster wildtype, pigmen matanya berwarna merah. Tetapi jika
dilihat pada mutan lalat, terjadi perubahan warna pigmen mata. Ketika
terjadi mutasi, terjadi perubahan susunan nukleotida (terjadi delesi,
insersi, transklokasi, duplikasi, inversi) yang menyebabkan disfungsi
pada protein tertentu sehingga sintesis ommokrom dan sintesis
drosopterin tidak berjalan dengan lancar (Warianto, 2011).









Tabel 2.1 Biosintesis pigmen mata Drosophila melanogaster (Warianto, 2011).
A. Sintesis Ommokrom B. Sintesis Drosopterin
Triptofan

N- formilkinurenin

Kinurenin
cn
3-hikdroksikinurenin
St
Xanthomatin
Guanosin triposfat
Dihidroneopteri triposfat
dihidropterin
sepiapterin dihidropterin


Xanthopterin Drosopterin
Isoxanthopterin


2.4 Prinsip Dasar Kromatografi dan Rf
Kromatografi adalah istilah umum yang digunakan untuk bermacam-
macam teknik pemisahan yang didasarkan atas partisi sampel diantara
suatu fasa gerak yang bisa berupa gas ataupun cair dan fasa diam yang
juga bisa berupa cairan atau suatu padatan (Sisunandar, 2011). Metode
kromatografi terbagi menjadi 2, yaitu column chromatography dan
planar chromatography. Kromatografi yang termasuk didalam
kromatografi planar adalah kromatografi lapisan tipis (TLC),
kromatografi kertasn (PC), dan elektrokromatografi (Skoog et all, 1996).
Kromatografi digunakan untuk mengidentifikasi suatu protein
tunggal dari suatu komponen sel atau jaringan suatu makhluk hidup.
Langkah-langkah yang dilakukan adalah menggiling jaringan tersebut
agar jaringan mengalami lisis. Selanjutnya adalah memisahkan
komponen-komponen kimiawi yang ada dalam jaringan tersebut. Cara
pemisahan menggunakan prinsip interaksi molekul yang berbeda
melalui medium stasioner (fase diam) di bawah pengaruh fase gerak.
Cara pemisahan tersebut berdasarkan kecepatan migrasi tiap-tiap
komponennya melalui medium stasioner (fase diam) di bawah pengaruh
fase gerak (mobile). Aliran (gerakan) fase gerak tersebut menyebabkan
perbedaan migrasi campuran, sehingga dapat terpisahkan (Pai &
Apandi, 2011).

Kromatogram yang dihasilkan diuraikan dan zona-zona dicirikan
oleh nilai-nilai Rf. Menurut Heftmann (2004), Rf digunakan untuk
mengukur kecepatan bergeraknya suatu zona relatif terhadap garis depan
(Heftmann, 2004). Nilai Rf dirumuskan dengan :

R




Harga Rf digunakan mengukur kecepatan bergeraknya zona relatif
terhadap garis depan pengembang. Nilai Rf menunjukkan identitas-
identitas asam amino dan intensitas zona itu dapat digunakan sebagai
ukuran konsentrasi (Basset 1998: 226).











BAB III
METODE KERJA


3.1 Alat dan Bahan
Tabel 3.1 Alat dan Bahan Percobaan Kromatografi

3.2 Cara Kerja
Kertas Kromatografi digunting dengan ukuran 16x20cm. Dibuat dua
garis lurus dengan pensil sejajar pada sisi yang 16 cm, yang pertama
2cm dan sisi yang kedua 10 cm dari garis pertama. Diberi tanda o
dengan pensil pada garis pertama,dengan jarak masing-masing 2cm.
Nama kelompok ditulis disebelah atas kertas kromatografi dengan
menggunakan pensil
Bejana kromatografi diisi dengan larutan NBA setinggi 1cm. Pada
bagian mulutnya diberi vaselin dan ditutup dengan kaca. Kemudian lalat
buah diambil masing-masing 3 dengan fenotipe yang sama. Kepala lalat
Alat Bahan
Kertas saring Whatman no 1 Drosophila melanogaster normal
(wild type)
Gunting Mutan white
Penggaris Mutan claret
Pensil Mutan sepia
Jarum pentul Larutan NBA (N-butanol : asam
asetat glasial : akuades = 20 : 3 :7)
Staples Vaselin
Pengering rambut/oven Sinar UV
Bejana kromatografi dengan tutup
kaca

buah tersebut dipotong dengan jarum pentul. Satu kepala diletakkan
diatas tanda o dan kepalanya ditekan hingga mengeluarkan cairan.
Langkah pemotongan di ulangi untuk fenotipe berbeda untuk
tanda o berikutnya. Pada kertas saring harus ada kepala lalat
normal, white, claret, dan sepia.
Kertas saring digulung sehingga letak sisi kiri dan kanan
bersebelahan dan jepret kertas saring dua kali di sebelah atas dan dua
kali di sebelah bawah. Hati-hati jangan sampai kedua sisitersebut
bersentuhan atau tumpang tindih. Kertas saring dimasukkan secara tegak
di dalam bejana.
Bejana ditutup dan diberi vaselin sehingga bejana tertutup dengan
rapat. Didiamkan beberapa jam sampai larutan eluen bergerak melewati
garis kedua. Kertas saring diambil, buat garis dengan pensil pada batas
pergerakan eluen. Kertas saring dikeringkan dan diamati di bawah sinar
putih dan sinar ultra violet. Diberi tanda dengan pensil sekeliling bercak
yang terlihat dan catat warna fluorosensinya.
















BAB IV
HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN


4.1 Hasil Pengamatan
4.1.1 Foto Hasil Pengamatan
Foto Sebelum NBA


Sumber : Dokumentasi Pribadi


Sumber : Dokumentasi Pribadi
Foto Sesudah NBA Foto Sesudah Terpapar Sinar UV


Sumber : Dokumentasi Pribadi


Sumber : Dokumentasi Pribadi


4.1.2 Perhitungan RF
Nilai RF Wild Type :


; Rf :



Nilai RF White :

Nilai RF Sephia :


738
Nilai RF Claret :






4.2 Pembahasan
Hasil pemendaran cahaya mata dari Drosophila melanogaster
beserta mutannya yang didapatkan pada praktikum ini memiliki hasil
yang berbeda. Hal ini disebabkan oleh sebuah peritiwa fluorosensi.
Fluoresensi merupakan pemancaran sinar oleh atom atau molekul
setelah terlebih dahulu disinari sinar UV. Peristiwa fluororesensi
merupakan peristiwa pemantulan warna atau berpendarnya warna
yang tersembunyi karena absorbsi cahaya tertentu yang diberikan
secara disengaja. Peristiwa ini biasanya terjadi terhadap senyawa-
senyawa tertentu (dalam praktikum ini dimaksudkan pigmen warna
mata) yang mempunyai sifat memendarkan cahaya (Dahmann,
2008).
Pigmen pada mata Drosophila melanogaster disebabkan oleh
kehadiran Pteridin. Pada Drosophila melanogaster normal (wild
type), pteridin ini terdiri dari dua kelompok, yaitu Drosopterin yang
menyebabkan warna mata menjadi merah; dan Ommokrom yang
menyebabkan warna mata menjadi coklat. Jika terjadi mutasi pada
gen yang berperan dalam pembentukan pteridin, maka warna mata
yang teramati akan bergantung pada kombinasi jenis pteridin yang
ada. Warna mata akan menjadi coklat, bila kelompok drosopterin
tidak ada; sedangkan warna mata akan menjadi merah terang jika
kelompok ommokrom tidak ada. Dengan kata lain, mutasi akan
menyebabkan terhambatnya ekspresi suatu gen/enzim yang berperan
dalam pewarnaan mata Drosophila melanogaster (Judd, 2010).
Menurut Ignat dan Bara (2003), nilai Rf pada pigmen mata
keempat jenis Drosophila melanogaster didapatkan dalam data
seperti berikut
Tabel 4.1 Nilai RF
Jenis Nilai RF Literatur Nilai Rf hasil
percobaan
Wild type 0,0483 0,46
White 0 0
Claret 0,229 0,36
Sepia 0,385 0,783

Berdasarkan hasil pengamatan, nilai Rf yang tertinggi
ditunjukkan oleh pigmen mata sepia. Hal ini membuktikan bahwa
pigmen mata sepia paling non-polar jika dibandingkan dengan
pigmen mata white, claret, serta wildtype. Sementara itu, pigmen
white bersifat paling polar karena nilai Rf yang dimilikinya paling
kecil (Warianto, 2011).
Fungsi larutan NBA adalah sebagai eluen karena memiliki
perbandingan N-Butanol : Asetat Glacial : Akuades = 20 : 3 : 7.
Larutan NBA merupakan campuran dari larutan yang memiliki
tingkat kepolaran: polar, semi-polar, dan non-polar. Sehingga larutan
NBA dapat memisahkan pigmen-pigmen pada mata lalat buah yang
memiliki tingkat kepolaran hampir sama. Fungsi vaselin adalah agar
udara yang berada di dalam bejana tidak dapat keluar dan udara yang
diluar tidak dapat masuk melalui celah-celah antara bejana dengan
penutup. Pemberian vaseline pada tutup bejana berfungsi agar bejana
tempat eluen kromatografi kedap udara. Sehingga eluen yang
merupakan larutan NBA tidak habis karena menguap (Falk, 2009).
Karena pigmen mata pada Drosophila melanogaster tidak
bisa terlihat apabila menggunakan cahaya putih (contoh seperti
lampu neon), digunakan sinar ultraviolet untuk membantu
pemendaran cahaya. Ketika sinar UV menyinari kertas saring,
komponen pigmen mata akan mengabsorbsi cahaya UV dengan
panjang gelombang tertentu dan memendarkan warna yang lebih
kontras sesuai dengan warna asli senyawa tersebut. Pigmen mata
pteridin tidak dapat terlihat dalam cahaya putih (lampu neon/lampu
pijar), tetapi akan berfluorensi dalam cahaya ultraviolet.
(Strickberger, 1962).















BAB V
KESIMPULAN


1. Berdasarkan percobaan dan pengamatan yang telah dilakukan,
telah ditentukan nilai Rf dari masing-masing pigmen mata
Drosophila melanogaster yang didapat sebagai berikut :
Rf Wild Type = 0,46 (isoxantopterin) ; Rf = 0.131
(drosopterin)
Rf White = 0
Rf Sephia = 0,738
Rf Claret = 0,36 (isoxantopterin) ; Rf = 0.0983
(drosopterin)

2. Setelah melakukan pemaparan sinar UV pada kertas kromatograf,
kita dapat menentukan kelompok pigmen mata pada tiap jenis
mutan maupun pada Drosophila melanogaster wildtype.
Drosophila melanogaster wild type tergolong dalam kelompok
pigmen mata drosopterin dan ommokrom. Mutan white tergolong
dalam kelompok pigmen mata yang memiliki pteridin dan
ommokrom tetapi karena adanya mutasi, pigmen mata tersebut
tidak terekspresikan. Mutan sephia tergolong dalam kelompok
pigmen mata yang memiliki sepiapterin. Mutan claret tergolong
dalam kelompok pigmen mata yang memiliki drosopterin tanpa
tersintesisnya pigmen ommokrom yang menyebabkan warna
merah terang.


DAFTAR PUSTAKA

Beament J.W.L.1970. Advances In Insect Physiology. Academic Press, inc :
London.
Campbell, Reece, Urry, Peterson, Wasserman, Minorsky, Jackson. 2008.
Biology Concept and Connection 7th. Pearson International: New
York.
Dahmann, Christian. 2008. Drosophila: Methods and Protocols. United
States : Humana Press Inc.
Falk, Raphael. 2009. Genetic Analysis: A History of Genetic Thinking.
England : Cambridge University Press.

Fruton, J.S. 1999. Proteins, Enzymes, Genes: The Interplay of Chemistry
and Biology. Yale University Press : New Haven.
Heftmann.E. 2004. Chromatography 6th Edition. Elsevier : San Diego
Ignat Valentina, Bara I. Ion. 2003. "Biochemical Seperation Of Eye
Pigments of Drosophila melanogaster."Genetica Biologie
Moleculara 13(1): 196-198
Judd, Sandra. 2010.Genetic disorders sourcebook. Omnigraphics, Inc :
United States.
Morange, M. 1998.A History of Molecular Biology. Harvard University
Press : Cambridge.
Reichsman. 2009. DNA and Biotechnology. Elsevier : California
Skoog, D.A., D.M. West & F.J. Holler. 1996. Fundamental of analytical
chemistry 7th ed. Saunders College Publishing : Fort Worth
Strickberger, M.W. 1962. Experiments in genetics with Drosophila. John
Wiley and Sons: New York.
Warianto, Chaidar. 2011. Mutasi. http://skp.unair.ac.id/repository/Guru-
Indonesia/Mutasi_ChaidarWarianto_17.pdf (diakses pada
13/10/2012).
Wolpert, Lewis. 2002. Principles of Development 2nd Edition. Oxford
University Press : New York.