Spesies Indikator Keberadaan spesies tertentu, khususnya jika kelimpahannya cukup memadai, menunjukkan bahwa tuntutan lingkungan terpenuhi.

Walaupun demikian ketidak beradaannya tidak harus menunjukan hal yang sebaliknya, contoh satu spesies bisa secara kompetitif terpisah dari suatu habitat tertentu, karena spesies yang lain. Secara ideal, semua anggota dari sebuah komunitas haruslah dipandang sebagai indikator potensial akan kualitas air dan dicantumkan dalam peragaan monitoring biologis. Dalam prakteknya, kelompok-kelompok seperti : bakteri, alga, protozoa dan mikroinvertebrata butuh metode penyampelan yang berbeda dan perlu keahlian taksonomis yang baik. Kelompok yang umumnya dikerahkan sebagai indikator adalah fauna makroinvertebrata (makrozoobentos). Mereka punya banyak karakteristik yang diminta, dari organisme indikator (Abel, 1989). Spesies indikator merupakan organisme yang dapat menunjukkan kondisi lingkungan secara akurat, yang juga dikenal dengan bioindikator Tesky (2002). EPA (2002) menyatakan bahwa sebagaimana di sistem perairan tawar, biota yang hidup di perairan estuaria dan laut dapat menunjukkan kualitas perairan. Makrozoobentos (seperti polychaeta) merupakan indikator yang baik untuk kualitas air lingkungan laut karena respon mereka terhadap polutan dapat dibandingkan terhadap sistem air tawar. Polychaeta dikenal sebagai organisme yang sangat toleran terhadap tekanan lingkungan (seperti rendahnya kandungan oksigen, kontaminasi organik di sedimen dan polusi sampah) sehingga mereka digunakan sebagai indikator lingkungan yang tertekan. Via-Norton, A. Maher and D. Hoffman. (2002) berdasarkan kualitas perairan, khususnya perairan tawar, dapat ditemukan spesies indikator sebagai berikut:

Indikator untuk perairan yang berkualitas baik Kelas Serangga Stonefly Nymphs (Order Plecoptera) Common Stonefly Nymph (Family Perlidae) Roach-like Stonefly Nymph (Family Peltoperlidae) Slinder winter Stonefly Nymph (Family Capniidae) Mayfly Nymphs (Order Ephemeroptera) Brush-Legged Mayfly Nymph (Family Oligoneuridae) Flatheaded Mayfly Nymph (Family Heptageniidae) Burrowing Mayfly Nymph (Family Ephemeridae) Caddisfly Larvae (Order Trichoptera) Net-Spinning Caddis Larva (Family Hydropsychidae) Fingernet Caddis Larva (Family Philopotamidae) Case-making Caddis Larva (Various Families) Free-living Caddis Larva (Family Ryacophilidae) Dobsonfly (Order Megaloptera, Family Corydalidae) Water Penny (Order Coleoptera, Family Psephenidae) Riffle Beetle (Order Coleoptera, Family Elmidae) Kelas lain

Gilled Snail (Order Gastropoda, Family Viviparidae) Indikator untuk perairan berkualitas sedang (moderat) Kelas Seranga Dragonfly Nymph (Order Odonata, Suborder Anisoptera) Damselfly Nymph (Order Odonata, Suborder Zygoptera) Watersnip Fly Larva (Order Diptera, Family Athericidae) Alerfly Larvea (Order Megaloptera, Family Sialidae) Cranefly Larvae (Order Diptera, Family Tipulidae) Beetle Larvae (Order Coleoptera) Whirligig Beetle Larva (Family Gyrinidae) Predaceous Diving Beetle Larva (Family Dytiscidae) Crawling Water Beetle Larva (Family Haliplidae) Kelas lain Scuds (Order Amphipoda, Family Gammaridae) Sowbugs (Order Isopoda, Family Asellidae) Crayfish (Order Decapoda, Family Cambaridae) Indikator untuk perairan berkualitas buruk Kelas Serangga Midge Larva (Order Diptera, Family Chironomidae) Blackfly Larva (Order Diptera, Family Simulidae) Kelas lain Pouch Snail (Order Gastropoda, Family Physidae) Planorbid Snail (Order Gastropoda, Family Planorbidae) Leech (Class Hirudinea) Aquatic Worm (Class Oligochaeta)