Plasmid

1. Apakah yang dimaksud dengan plasmid?

2. Bagaimana struktur dari plasmid?
3. Apakah kandungan dari plasmid?
4. Sebutkan ciri ciri dari plasmid?
5. Sebutkan jenis-jenis plasmid berdasarkan penggunaannya!
6. Apa yang dimaksud dengan vektor?
7. Sebutkan jenis-jenis vector plasmid!
8. Apakah syarat-syarat plasmid yang digunakan sebagai vector?
9. Enzim apakah yang digunakan untuk memotong plasmid?
10. Bagaimana pengaplikasian plasmid?
Jawaban:
1. Plasmid adalah DNA ekstrakromosomal yang dapat bereplikasi secara
autonom dan bisa ditemukan pada sel hidup. Di dalam satu sel, dapat
ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran yang sangat bervariasi
namun semua plasmid tidak mengkodekan fungsi yang penting untuk
pertumbuhan sel tersebut.
2. Sebagian besar plasmid memiliki struktur sirkuler, namun ada juga plasmid
linear yang dapat ditemukan pada mikroorganisme tertentu, seperti Borrelia
burgdorferi dan Streptomyces. Plasmid ditemukan dalam bentuk DNA utas
ganda yang sebagian besar tersusun menjadi superkoil atau kumparan terpilin.
3. Plasmid biasanya mengandung antara 5 dan 100 gen yang tidak diperlukan
untuk kelangsungan hidup bakteri. Gen untuk pertumbuhan, metabolisme, dan
struktur sel yang normal berada pada kromosom bakteri utama. Selama
bakteri yang berkembang dalam lingkungan rendah tekanan, menghapus
semua plasmid tidak akan mempengaruhi kemampuan bakteri untuk bertahan
hidup.
4. Ciri ciri plasmid
berbentuk lingkaran tertutup dan untaiannya ganda (double stranded)
dapat melakukan replikasi sendiri di luar kromosom inti
terdapat di luar kromosom
secara genetik dapat ditransfer secara stabil
5. Jenis-jenis plasmid:
plasmid untuk kloning prokariot, sebagai contoh adalah plasmid pUC
19 dan pBR 322
plasmid yang digunakan untuk kloning eukariot yang digunakan
adalah plasmid Ti
6. Vektor merupakan molekul DNA yang membawa suatu DNA asing kedalam
sel inang, dengan harapan sifat yang ada pada DNA asing tersebut dapat
terekspresi dalam sel inang. Salah satu vektor yang bisa digunakan untuk
membawa molekul DNA asing masuk dalam sel inang adalah plasmid.

Plasmid digunakan untuk melakukan rekayasa pada berbagai organisme yang

tidak bisa diperoleh secara alami.
7. Vector plasmid:
Vektor Ekspresi:Mereka digunakan untuk mengekspresikan protein
non-diri dalam sel inang. Mereka juga dapat digunakan untuk
mengekspresikan gen yang berfungsi dalam genom inang. Mereka
berisi urutan promotor bersama dengan urutan terminator transkripsi
dan gen yang disisipkan. Daerah promoter mendorong transkripsi
memasukkan gen ke dalam transkrip RNA, dan urutan terminator
transkripsi berhenti setelah gen telah ditranskrip untuk mencegah
generasi transkrip panjang yang bisa, pada gilirannya, menyebabkan
kesalahan RNA.
Vektor Kloning:Ini adalah jenis vektor yang digunakan untuk tujuan
memperkenalkan gen ke dalam sel inang. Setelah gen ini berhasil
dikloning dan diungkapkan dalam sel inang melalui transformasi,
dapat dimanipulasi sesuai kebutuhan selama percobaan. Ini tidak
setiap gen khusus terpisah dari MCS, gen reporter, dan penanda
seleksi.
Vektor Shuttle: Mereka adalah vektor khusus yang dapat berkembang
biak dan mengekspresikan memasukkan gen pada dua sistem host
yang berbeda. Hal ini memungkinkan para ilmuwan untuk
mempelajari efek dari produk gen dalam dua lingkungan host yang
berbeda. Vektor shuttle yang paling umum adalah mereka yang dapat
berkembang dalam Saccharomyces cerevisiae dan Escherichia coli.
8. Agar dapat digunakan sebagai vektor, plasmid harus memiliki syarat-syarat
diantaranya sebagai berikut :
ukurannya relatif kecil dibanding dengan pori dinding sel inangnya
mempunyai sekurang-kurangnya 2 gen marker yang dapat menandai
masuk tidaknya plasmid ke dalam sel inang
mempunyai tempat pengenalan restriksi sekurang-kurangnya di dalam
salah satu marker yang dapat digunakan sebagai tempat penyisipan
fragmen DNA asing
memiliki titik awal replikasi sehingga dapat melakukan replikasi
dalam sel inang
9. Untuk memotong plasmid digunakan enzim restriksi. Enzim restriksi adalah
enzim yang digunakan untuk memotong DNA secara spesifik. Enzim restriksi
disebut sebagai gunting biologi. Enzim ini diisolasi dari bakteri. Restriksi
yang digunakan untuk memotong plasmid harus sama dengan pemotong DNA
asing agar urutan basanya bisa sesuai sehingga antara plasmid dan DNA asing
yang disisipkan bisa bersatu.
10. Aplikasi plasmid:

Untuk membuat organisme transgenik dengan memperkenalkan gen

yang bermanfaat ke dalam sel inang. Sebagai contoh, plasmid Ti
digunakan dalam patologi tanaman untuk mengembangkan resistensi
pada tanaman terhadap penyakit seperti tempat holcus pada daun dan
tumor mahkota empedu. Plasmid diberikan avirulent dengan
menyembuhkan itu, sebelum digunakan sebagai vektor.
membuat dan hemat biaya produksi massal antibiotik dapat dicapai
dengan menggabungkan vektor ekspresi untuk antibiotik dalam sel
mikroba. Demikian pula, biomolekul lainnya juga dapat diproduksi.
Mereka dapat digunakan untuk mengelola terapi gen, yaitu teknik
yang digunakan untuk memperbaiki gen yang cacat yang bertanggung
jawab untuk pengembangan penyakit.
Mereka juga digunakan untuk mempelajari peran berbagai produk gen
dan gen dalam sistem biologi. Hal ini dicapai dengan membungkam
atau mengekspresikan gen tertentu dan mengamati efek, jika ada.

Pemurnian DNA

1.
2.
3.
4.
5.

Apakah yang dimaksud dengan DNA?

DNA bersifat asam, basa atau netral ? jelaskan
DNA bermuatan positif atau negatif? Mengapa
Bagaimana proses replikasi DNA?
Bagaimana hubungan antara pemindahan informasi genetik dari sel ke sel
dengan replikasi?
6. Enzim dan protein apa sajakah yang terlibat dalam replikasi DNA?
7. Apakah yang dimaksud dengan isolasi dan purifikasi DNA?
8. Jelaskan prinsip dan teknik isolasi dan purifikasi DNA!
9. Bagaimanakah proses ekstraksi DNA?
10. DNA ligase sangat esensial dalam proses replikasi DNA, namun ligase tidak
diperlukan dalam proses transkripsi RNA, mengapa?

Jawab:
1. DNA adalah asam nukleat dan salah satu makromolekul utama yang penting
untuk semua bentuk. DNA adalah sebagian besar terbuat dari dua untai,
digulung untuk membentuk heliks ganda. DNA merupakan senyawa yang
mengandung informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi
selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom.
Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam
sel organisme.
2. Deoxyribonukleic acid (DNA)atau asam deoksiribonuklat merupakan
polinulkelotida yang berarti tersusun atas unit-unit dasar yang disebut
nukleotida. Satu nukleotida DNA terdiri atas : gugus fosfat, gula deoksiribosa
dan satu jenis basa nitrogen. Ujung fosfat dari nukleotida bersifat negatif
sehingga bersifat asam akan tetapi nukleotida DNA juga mengandung unsur
basa yaitu basa nitogen (salah satu dari Adenin, Timin, Sitosin dan Guanin).
Dengan adanya bagian asam dan basa maka molekul DNA dapat saling
menetralkan.
3. DNA memiliki bagian punggung fosfat yang bermuatan negatif yang
memungkinkan terjadi pengikatan antara nukleotida pada saat replikasi DNA
pada lagging strand yang bersifat diskontinu.
4. Langkah-langkah replikasi DNA adalah sebagai berikut:
Inisiasi:Proses replikasi dimulai pada titik tertentu dari DNA yang
dikenal sebagai asal yang dikatalisis oleh protein inisiator. Urutan
asal adalah A T. Di lokasi situs asal protein inisiator membentuk
kompleks pra-replikasi yang membuka ritsleting DNA untai ganda.

5.

6.

7.

8.

Elongasi:Pemanjangan atau Elongasi molekul DNA adalah

menambahkan sedikit asam amino pada rantai protein yang sedang
tumbuh. Sintesis leading strand dimulai dengan dengan sintesis RNA
primer dengan primase di lokasi asal. Urutan nukleotida yang
ditambahkan ke primer oleh enzim DNA polimerase III arah 5 ke 3.
Garpu Replikasi: Replikasi garpu adalah struktur selama replikasi
DNA. Garpu Replikasi diciptakan oleh enzim helikase yang memutus
ikatan hidrogen yang memegang untai DNA bersama-sama. Helai ini
berfungsi sebagai template untuk leading strand dan lagging strand.
Terminasi:Terminasi replikasi DNA selesai oleh protein terminasi.
Pemindahan informasi genetik atau transmisi informasi genetik dari sel ke sel
berlangsung pada salah satu tahap dalam siklus sel yang disebut tahap sintesis.
Pada tahap ini terjadi replikasi DNA secara semikonservatif dimana DNA
replikan akan sama persis dengan DNA parental sehingga sel hasil
pembelahan akan mewarisi informasi genetik atau DNA yang sama dengan sel
sebelumnya atau sel parental. Pada sel prokariot yang pembelahan selnya
terjadi secara langsung tanpa melalui siklus sel akan tetapi proses replikasi
DNA tetap berlangsung sama.
Enzim dan protein dalam replikasi DNA:
DNA girase enzim DNA girase ini membuat potongan dalam
struktur heliks ganda DNA dan memisahkan masing-masing pihak.
Helikase Enzim ini mengurai molekul DNA untai ganda.
Strand tunggal Binding Protein Ini adalah protein kecil yang
mengikat sementara untuk setiap sisi untai untuk menjaga mereka
terpisah satu sama lain.
DNA Polimerase kompleks Enzim ini berjalan ke untai DNA
menambahkan basa nukleotida ke setiap helai. Nukleotida
ditambahkan untuk melengkapi nukleotida yang terdapat pada untai
yang ada.
DNA polimerase juga mengoreksi DNA baru.
DNA Ligase enzim DNA ligase menutup fragmen menjadi untai
yang kontinu
Ekstraksi dan purifikasi DNA pada dasarnya merupakan serangkaian proses
pemisahan DNA dari komponen kompone sel lainnya. Ekstraksi DNA pada
organisme eukariot dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis
of cell walls), penghilangan protein dan RNA (cell digestion), dan
pengendapan DNA (precipitation) dan pemanenan
Prinsip isolasi DNA adalah melisiskan sel, memisahkan DNA dari protein,
mengenda pkan DNA, melarutkan kembali DNA, menghitung jumlah DNA
yang diperoleh dan menilai kemurnian DNA. Isolasi DNA dilakukan dengan
tujuan memisahkan DNA dari bahan lain se perti protein, lemak dan

karbohidrat. Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari

DNA. Prinsipnya ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untuk memisahkan cam puran berdasarkan berat molekul
komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di
bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas
tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah,
yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell
dkk. 2002: 115). Teknik sentrifugasi tersebut dilakukan Di dalam sebuah
mesin yang bernama mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi,
contohnya 2500 rpm (rotation per minute) atau 3000 rpmPresipitasi
merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran. DNA yang biasa digunakan dalam tes ada dua yaitu DNA
mitokondria dan DNA intisel. Perbedaan kedua DNA ini hanyalah terletak
pada lokasi DNA tersebut berada dalam sel,yang satu dalam inti sel sehingga
disebut DNA inti sel, sedangkan yang satu terdapat dimitokondria dan disebut
DNA mitokondria. Untuk tes DNA yang paling akurat dalam tes DNA adalah
inti sel, karena sel tidak pernah berubah seiring dengan perkawinan
keturununnya. DNA dapat diperoleh dari sel yang mengandung inti seperti
pada sampel: darah, serum/plasma, jaringan, akar rambut, sperma.
9. Ekstraksi DNA dari organisme eukaryote (manusia, hewan dan tumbuhan)
dilakukan melalui proses penghancuran dinding sel (lysis of cell walls),
penghilangan protein dan RNA (cell digestion) dan pengendapan DNA
(precipitation of DNA) dan pemanenan. Berbagai teknik ekstraksi DNA telah
dikembangkan dari prinsip dasar tersebut, sehingga saat ini muncul berbagai
teknik ekstraksi dan purifikasi DNA. Prinsip dasar ekstraksi DNA adalah
serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel
lainnya. Hasil ekstraksi tersebut merupakan tahapan penting untuk langkah
berikutnya. Oleh sebab itu dalam pelaksanaannya harus dilakukan dengan
baik dan bebas kontaminasi.Secara kimiawi penghancuran sel dilakukan
dengan memanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA (ethyllenediamine
tetraacetic), dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate). EDTA berfungsi sebagai
perusak sel dengan cara mengikat ion magnesium (ion ini berfungsi untuk
mempertahankan integritas sel maupun mempertahankan aktivitas enzim
nuclease yang merusak asam nukleat). SDS merupakan sejenis deterjen yang
berfungsi merusak membrane sel. Enzim proteinase K dapat digunakan untuk
menghancurkan protein. Kotoran akibat lisis sel dipisahkan dengan cara
sentrifugasi. Kemudian molekul nuleotida (DNA dan RNA) yang telah
dipisahkan dibersihkan dari protein yang masih ada dengan menggunakan
phenol. Dalam proses ini sebagian kecil RNA juga dapat dibersihkan.
Sedangkan choloform digunakan untuk membersihkan sisa-sisa protein dan
polisakarida dari larutan. Enzim RNAase digunakan untuk menghancurkan

RNA sehingga DNA dapat diisolasi secara utuh. Pemurnian atau purifikasi
DNA dapat dilakukan dengan mencampur larutan DNA tersebut dengan NaCl
yang berfungsi memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan
mengendapkan DNA sewaktu dicampur dengan ethanol. Proses sentrifugasi
dengan kecepatan tinggi akanmengendapkan tepung berwarna putih (DNA)
dan menempel di dasar tabung ependorf.Pada manusia, hanya sel darah putih
yang mempunyai inti dan mengandung DNA. Agar lebih efisien, isolasi DNA
dilakukan hanya terhadap sel darah putih. Oleh sebab itu sampel darah total
(whole blood) yang masih segar langsung dipisahkan menjadi serum, sel
darah merah dan sel darah putih (dilapisan buffy coat) dengan teknik
sentrifugasi. Setelah disentrifugasi, sampel darah total akan terbagi menjadi
tiga lapisan, yaitu lapisan paling atas merupakan serum, lapisan tengah
berwarna putih tipis adalah sel darah putih (buffy coat) dan lapisan bawah
adalah sel darah merah. Lapisan kedua yang merupakan sel darah putih
diambil dengan klinipette.
10. Dalam proses transkripsi atau penyalinan informasi genetik dari DNA ke
mRNA untuk ditranslasi menjadi protein, yang disalin hanyalah fragmen
DNA tertentu yang membawa informasi sifat tertentu atau dikenal dengan
istilah gen. Fragmen tersebut dapat terdiri dari beberapa ratus nukleotida yang
adalah bagian dari DNA sebagai genom (kumpulan gen-gen). Dalam proses
transkripsi tidak berlangsung proses penyambungan fragmen DNA ataupun
RNA sehingga ligase yang berperan sebagai lem biologi tidak diperlukan.
Tujuan transkripsi adalah menyalin informasi genetik dari DNA ke dalam
bentuk mRNA untuk dibawah ke luar dari inti sel, untuk diterjemahkan
menjadi bentuk protein. Jadi RNA bersifat bilingual yaitu mengetahui
bahasa DNA (Transkripsi) dan dapat membahasakan informasi genetik dari
DNA menjadi bentuk protein.

Manipulasi dari DNA Murni

1.
2.
3.
4.
5.
6.

Apakah materi genetik dan dimana tempatnya?

Enzim-enzim apa sajakah yang berperan dalam manipulasi DNA?
Apa fungsi materi genetik?
Apakah rekayasa genetik?
Jelaskan yang dimaksud dengan DNA rekombinan!
Jelaskan secara singkat langkah-langkah merekombinasi gen atau rekayasa
genetika!
7. Apsajakah manfaat teknologi rekayasa genetika?
8. Bagaimanakah perkembangan dari rekayasa genetic pada hewan?
9. Mengapa rekayasa yang dilakuakn pada tumbuhan lebih cepat dari rekayasa
hewan atau manusia?
10. Apa perbedaan organisme transgenik dengan organisme yang dihasilkan dari
proses pemuliaan konvensional?

Jawab:
1. Materi genetik adalah DNA (deoxyribonucleic acid atau asam deoksiribonukleat).
DNA ditemukan di setiap sel, mulai dari mikroorganisme bersel satu, hingga
tumbuhan dan binatang yang memiliki banyak sel, dimana sel-sel membentuk
jaringan dan organ. Sel dan bagian-bangiannya hanya dapat dilihat dengan bantuan
mikroskop canggih. Di dalam sebuah sel tumbuhan atau binatang, materi genetik
dibungkus dalam bilik (compartment) berbentuk bola (sperikal), yaitu nukleus atau
inti sel. Materi genetik dikemas dalam struktur padat dan panjang yang disebut
kromosom. Keseluruhan materi genetik yang dikemas dalam kromosom disebut
genom. Tiap spesies memiliki genom yang berbeda. Sebagai contoh, ada 23 pasang
kromosom dalam gen manusia, yaitu satu dari tiap pasang berasal dari salah satu
orangtuanya.
2. Enzim-enzim yang berperan dalam manipulasi DNA:

Nuklease yg memotong, memendekan atau mendegradasi molekul asam

nukleat
Ligase menyambung asam nukleat menjadi satu
Polimerase membuat kopi dari molekul
Enzim modifikasi, menambah atau menghilangkan gugus kimiawi
Topoisomerase, mengubah atau membuat DNA berlilitan (supercoil)
dari DNA sirkular

3. Materi genetik direplikasi dan diturunkan dari satu generasi ke generasi

berikutnya melalui proses reproduksi, dan menimbulkan beberapa kemiripan
antara orangtua dan anaknya. Walaupun demikian, cara kerja materi genetik
sangat rumit dan amat tergantung pada lingkungan.Selain mereplikasi dirinya,
potongan tertentu dari DNA, yang disebut gen, menentukan protein yang
dibentuk, melalui kode genetik. Tiga basa berturut-turut, yaitu triplet,
membentuk kode untuk salah satu dari 20 jenis asam amino yang dijalin untuk
membentuk protein. Terdapat 64 (4 x 4 x 4 ) kemungkinan triplet dari 4 basa;
jadi satu asam amino bisa saja dikode oleh lebih dari satu satu triplet, dan ada
triplet untuk mulai (start) dan stop.
4. Rekayasa genetik adalah serangkaian teknik laboratorium untuk memisahkan
materi genetik dari organisme, memotong dan menggabungkannya kembali
untuk membuat kombinasi baru, menggandakan salinan materi genetik yang
sudah dirkombinasikan (juga disebut DNA rekombinan) dan mentransfernya
ke dalam organisme, tanpa melalui proses reproduksi. Gen dapat
dipertukarkan antar spesies yang tidak akan saling kawin secara alami di alam.
Jadi, gen laba-laba bisa berada dalam kambing, gen manusia pada tumbuhan,
tikus dan bakteri, serta gen bakteri pada tumbuhan.
5. DNA rekombinan merupakanteknik yang memungkinkan penggabungan 2
molekul DNA yang berbeda, memperbanyaknya, dan memodifikasinya untuk
menghasilkan sifat baru dengan cara merekombinasikan gen tertentu dengan
DNA genom. Teknik DNA rekombinan merupakan kumpulan bertujuan untuk
merekombinasi gen dalam tabung reaksi.
6. Langkah-langkah rekayasa genetika:
1. Isolasi gen target
2. Isolasi DNA plasmid
3. Manipulasi urutan DNA
a. Pemotongan- Enzim Restriksi
b. Penggabungan- DNA ligasi
4. Transformasi ke bakteri
5. Seleksi bakteri rekombinan
7. Manfaat teknologi rekayasa genetika adalah:
Meningkatkan produktivitas dan kualitas produk-produk pertanian
secara nyata
Memberikan terobosan baru pada pemuliaan tanaman dimana teknikteknik konvensional mengalami hambatan
Memecahkan masalah-masalah di bidang kesehatan dengan
menyediakan vaksin-vaksin baru dan hormon-hormon penting melalui
teknik DNA rekombinan

Membantu pelestarian keanekaragaman hayati melalui rekayasa

genetik
8. Sudah banyak sekali hewan-hewan rekayasa yang telah diciptakan, misalnya :
GlowFish: Ikan bercahaya GlowFish merupakan salah satu contoh
hewan transgenic yang direkayasa secata genetic. Ikan ini
dikembangkan dari amerika yang merekayasa DNA dari ikan zebra
dengan gen pengkode protein flourens warna hijau ari green
fluorescent protein, namun sicara fenotip, warna yang dihasilkan
bukan hanya warna hijau saja malainkan warna kuning hingga merah.
Lembu transgenic penghasil protein susu. Teknologi transgenik ini
telah sukses dilakukan untuk kepentingan di bidang agrikultur dalam
meningkatkan mutu kualitas pangan.
Kelinci penghasil Bispesifik T-Cell Antibody. Salah satu penyakit pada
manusia adalah kanker. Penyakit ini dapat diatasi dengan
meningkatkan antibody sel T.
Ayam pengasil Tetrasiklin. Penemuan ini merupakan terobosan baru
dalam mengembangkan boureaktor yang mampu menghasilakan
viofarmasi dalag dalam jumlah kuantitas yang besar.Terasiklin
merupakan antibiotic yang diperlukan dalam dunia medis untuk mentreatment pasien. Selama ini tetrasiklin digasilkan dari
mikroorganisme. Dari penemuan ini, diharapkan ayam transgenic
mampu menghasilkan tetrasiklin dalam jumlah yang lebih banyak
serta lebih hemat dalam proses pembuatannya.
Sapi Penghasil Omega 3. Omega 3 merupakan salah zat yang penting
bagi manusia. Dalam pendekata ekonomi, maka dapat dihasilkan
omega 3 dengan cara merekayasa sapi menjadi hewan transgenic
penghasil omega 3.
Tikus Trasgenik Resisten Terhadap Infeksi Bakteri. Resistensi suatu
bakteri terhadap antibiotic merupakan masalah yang serirs bagi dunia
medis dan farmasi. Untuk itu diperlukan suatu hewan yang mampu
menghasilkan antibiotic .
9. Rekayasa genetika pada tanaman tumbuh lebih cepat dibandingkan dunia
kedokteran. Alasan pertama karena tumbuhan mempunyai sifat totipotensi
(setiap potongan organ tumbuhan dapat menjadi tumbuhan yang sempurna).
Hal ini tidak dapat terjadi pada hewan, kita tidak dapat menumbuhkan seekor
tikus dari potongan kepala atau ekornya. Alasan kedua karena petani
merupakan potensi besar bagi varietas-varietas baru yang lebih unggul,
sehingga mengundang para pebisnis untuk masuk ke area ini.
10. Pada pemuliaan konvensional dengan reproduksi, hanya individu-individu
dari spesies sama atau spesies yang berkerabat yang dapat dikawinkan untuk

mendapatkan keturunan. Keturunan ini akan memiliki gen dari kedua

orangtuanya, tetapi gen-gen tersebut hanyalah varian yang berbeda dari gengen yang sama yang mengkode fungsi yang sama. Sebaliknya, organisme
transgenik dihasilkan tanpa melalui semua proses reproduksi; jadi gen yang
sama sekali baru, dengan fungsi-fungsi baru, diintroduksi ke dalam suatu
organisem; gen-gen itu dapat berinteraksi dengan gen organisme dalam caracara yang tidak dapat diprediksikan. Pemuliaan konvensional melibatkan
persilangan banyak individu dari satu varietas atau spesies dengan individu
yang lain. Proses ini menghasilkan populasi yang melestarikan sebagian besar
dari keanekaragaman genetik asli orangtua; dan seleksi terjadi pada beberapa
generasi berikutnya sampai hasil yang diinginkan dicapai. Oleh karena itu,
proses ini lebih dapat dikendalikan dan diprediksi. Sebaliknya, sebuah lini
transgenik dihasilkan dari even penyisipan gen dalam satu sel, yang kemudian
digunakan untuk menghasilkan seluruh lini. Organisme ini miskin dari segi
keanekaragaman genetis. Lebih jauh lagi, proses rekayasa genetik untuk
membuat organisme transgenik tidak dapat dikendalikan dan rentan terhadap
kesalahan (lihat di atas); proses ini menyebabkan gangguan acak pada sistem,
membuat hasilnya sangat tidak dapat diprediksi sekaligus tidak stabil.
Ketidakstabilan genetis dari GMO sekarang merupakan masalah yang sudah
diketahui secara luas. Tanaman transgenik banyak yang gagal dan binatang
transgenik belum terlalu berhasil.

Penegenalan DNA Pada Sel Hidup

1.
2.
3.
4.

Apakah yang dimaksud dengn transformasi DNA?

Apakah perbedaan dari Sel transforman dan sel nontransforman ?
Apakah yang dimaksud dengan sel kompeten?
Transformasi dibedakan menjadi dua yaitu secara alami dan buatan, jelaskan
secara singkat!
5. Apakah yang dimaksud dengan proses ligasi?
6. Mengapa proses ligasi dilakukan pada suhu 40-150 C?
7. Jelaskan tahapan proses transformasi DNA!
8. Sebut dan jelaskan metode transformasi genetic pada tumbuhan!
9. Komponen utama Sistem dalam transformasi genetik antara lain?
10. Apakah yang dimaksud dengan transgenic?
Jawaban:
1. Yang dimaksud dengan transformasi DNA adalah memasukkan molekul DNA
rekombinan ke dalam sel inangdengan vektor yang digunakan berupa
plasmid.Plasmid dapat mengubah sifat sel inang. Keberhasilan plasmid masuk
dan bertahan di dalam sel umumnya dideteksi berdasarkan ekspresi gen marka
yang dibawa oleh plasmid tersebut.
2. Sel transforman adalah sel yang berhasil menyerap DNA plasmid, sedangkan
sel nontransforman adalah sel yang tidak membawa DNA plasmid. Seleksi
transforman umumnya berdasarkan adanya marka seleksi yang disisipkan
pada plasmid. Marka seleksi merupakan gen yang memberi karakterisrik baru
pada sel transforman yang tidak dimiliki oleh sel bukan transforman.
3. Sel kompeten adalah sel yang dapat menyerap DNA karena telah mendapat
perlakuan fisik maupun kimia. Sel kompeten merupakan sel inang yang
memiliki kompetensi untuk memasuki vektor kloning. Beberapa perlakuan
yang dapat dilakukan untuk memasukkan sel kompeten antara lain
menggunakan metode kejutan panas (heat shock) atau metode kejutan pulsa
listrik (electroporation).
4. Transformasi dibedakan menjadi dua macam yaitu transformasi alami dan
transformasi buatan atau transformasi yang direkayasa. Pada transformasi
alami, bakteri mampu mengambil fragmen DNA secara alami sehingga
mengalami transformasi secara genetik. Di lain pihak pada transformasi yang
direkayasa, secara genetik bakteri telah diubah terlebih dahulu agar
memungkinkannya mengalami transformasi, dalam hal ini memungkinkan
mampu mengambil fragmen DNA sehingga akhirnya secara genetik
mengalami transformasi. Bakteri yang biasanya mengalami transformasi
secara alami adalah Bacilus subtilis, sedangkan contoh bakteri yang
mengalami transformasi setelah terlebih dahulu direkayasa antara lain E.coli

5. Ligasi merupakan proses peyisipan atau penggabungan fragmen DNA dengan

DNA vektor. Penyambungan fragmen DNA mengikuti kaedah Chargaff, yaitu
basa T bepasangan dengan basa A, sedangkan basa G berpasangan dengan
basa C.
6. Suhu optimum untuk aktivitas DNA ligase adalah pada 30 OC. Namun, pada
suhu ini ikatan hidrogen yang secara alami terbentuk di antara ujung-ujung
lengket menjadi tidak stabil dan kerusakan akibat panas akan terjadi pada
ikatan tersebut. Oleh karena itu, ligasi biasanya dilakukan pada suhu antara
4OC dan 15OC.
7. Proses transformasi berlangsung dalam beberapa tahap :
Tahap 1: molekul DNA unting ganda berikatan pada tapak reseptor yang
terdapat dipermukaan sel. Perikatan ini bersifat reversible.
Tahap 2: pengambilan DNA donor yang bersifat irreversible. Pada saat ini
DNA donor menjadi resisten terhadap enzim DNAase di dalam medium.
Tahap 3: konnversi molekul DNA donor yang berupa unting ganda menjadi
molekul unting tunggal melalui degradasi nukleotida terhadap salah satu
unting.
Tahap 4: integrasi (insersi kovalen) seluruh atau sebagian unting tunggal DNA
donor tersebut kedalam kromosom resipien.
Tahap 5: segregasi dan ekspresi fenotipik gen donor yang telah terintegrasi.
8. Hingga saat ini, transformasi genetik pada tanaman dapat dilakukan dalam
enam metode. Keenam metode tersebut antara lain:
Direct gene transfer : Metode transformasi genetik yang pertama kali
digunakan untuk mentrasfer DNA asing kedalam sel tanaman adalah
direct gene transfer ke dalam protoplas.Akan tetapi, metode ini
memiliki kelemahan terhadap kebutuhan protokel regenerasi.
Direct gene transfer across the cell wall without carrier-particles :
Metode jenis ini merupakan metode fisik secara langsung, agar dapat
mengintroduksi molekul kedalam sel tunggal tanaman dibawah
pengawasan atau pengendalian optik.Kelebihan metode ini antara lain
jumlah molekul yang akan ditransfer dapat dikontrol, ditentukan, dan
transfer molekul bisa dilakukan pada sel tunggal atau tanaman utuh
Direct gene transfer- biolistic approach : Metode jenis ini bergantung
pada kemampuan untuk melakukan kultur dan prosedur modern kultur
jaringan. Akan tetapi, menjadi metode transformasi yang paling
banyak digunakan secara luas. Karena untuk mencegah transformasi
menggunakan Agrobacterium dan beberapa masalah yang dikarenakan
sulitnya pembaharuan pada teknik transformasi protoplas.
Agrobacterium-mediated gene transfer : Metode jenis ini menjadi
pilihan
yang
tepat
dan
probabilitas
tinggi,
untuk

mengintegrasikansingle copy. Kelebihan metode ini antara simpel,

efisien, dan murah.
In planta transformation Unusual methode for a tiny plant : Metode
jenis ini berfungsi untuk merangsang benih tanaman, sehingga
pertumbuhan awal tanam berjalan dengan cepat. Namun,
transformasinya bergantung kepada beberapa faktor yang bervariasi
dan sulit melakukan reproduksi.
Viral transformation vectors : Metode jenis ini belum terlalu sering
digunakan pada tanaman, karena metode lainnya lebih efisien dan
belum stabil untuk melakukan transformasi pada tanaman. Akan tetapi,
dengan metode ini yang terus berkembang. Banyak tanaman yang
dapat ditransformasikan, tanpa menggunakan regenerasi.
9. Sistem dalam transformasi genetik juga memiliki tiga komponen utama:
Sebuah mekanisme guna mengenalkan DNA asing dalam sel tertarget.
Sebuah metode guna mengidentifikasi dan menyeleksi sel berubah
ataupun individu.
Sebuah sel maupun jaringan yang cocok digunakan sebagai
transformasi.
10. Transgenik adalah suatu organisme yang mengandung transgen melalui proses
bioteknologi (bukan proses pemuliaan tanaman). Transgen adalah gen asing
yang ditambahkan kepada suatu spesies. Suatu jasad yang memiliki sifat baru,
yang sebelumnyatidak dimiliki oleh jenis jasad tersebut, sebagai hasil
penambahan gen yang berasal dari jasadlain. Juga disebut organisme
transgenik