Lecture Note 3 KIS2104-Biokimia Semester III

PROTEIN

Protein adalah polimer yang disusun oleh asam amino. Protein dapat terdiri dari rantai
polipetida tunggal atau multi subunit. Protein multi subunit adalah protein yang terdiri dari dua
atau lebih rantai polipeptida yang berasosiasi secara non-kovalen. Rantai polipeptida pada
protein multi subunit bisa identik atau berbeda. Jika protein multi subunit memiliki setidaknya
dua rantai polipeptida yang identik disebut oligomer, dan rantai polipeptida yang identik tersebut
dinamakan protomer. Hemoglobin adalah protein multisubunit yang terdiri dari 4 subunit
polipeptida, dua rantai yang identik dan dua rantai yang identik. Ke-empat subunit tersebut
dihubungkan oleh interaksi non-kovalen. Setiap subunit berpasangan dengan cara yang
sama dengan subunit dalam struktur protein hemoglobin, sehingga dapat dikatakan bahwa
hemoglobin adalah tetramer dari 4 rantai polipeptida atau dimer dari protomer. Insulin
adalah protein yang terdiri dari dua rantai polipeptida yang dihubungkan oleh ikatan disulfida.
Dalam hal ini polipeptida tersebut bukan sebagai subunit tapi hanya sebagai rantai polipeptida.

Beberapa protein mengandung senyawa kimia yang berasosiasi secara permanen. Protein jenis
ini disebut sebagai protein terkonjugasi. Senyawa kimia yang berkonjugasi dengan protein
disebut gugus prostetik. Protein terkonjugasi diklasifikasikan berdasarkan sifat senyawa kimia
dari gugus prostetiknya (Tabel 1). Contoh; lipoprotein dalah protein yang terkonjugasi dengan
lipid; glikoprotein adalah protein yang terkonjugasi dengan gugus gula, dan metaloprotein
adalah protein yang terkonjugasi dengan unsur logam. Banyak protein yang mengandung lebih
dari satu gugus prostetik. Pada umumnya gugus prostetik memegang peranan penting dalam
fungsi biologi protein.

Tabel 1. Protein Terkonjugasi

Golongan Gugus Prostetik Contoh
Lipoprotein Lipid 1-Lipoprotein dari darah
Glikoprotein Karbohidrat Imunoglobulin G
Fosfoprotein Gugus fosfat Kasein dari susu
Hemoprotein Heme (besi forfirin) Hemogobin
Flavoprotein Nukleotida flavin Suksinat dehidrogenase
Metaloprotein Besi (Fe) Feritin
Seng (Zn) Alkohol dehidrogenase
Kalsium (Ca) Kalmodulin
Molibdenum (Mo) Dinitrogenase
Tembaga (Cu) Plastosianin

Berat molekul protein dinyatakan dalam Dalton (Da) atau kilo Dalton (kDa). Jumlah asam
amino dalam suatu molekul protein yang tidak mengandung senyawa kimia lain, dapat dihitung
dengan membagi berat molekul protein tersebut dengan 110.

Protein dapat berperan sebagai protein struktural atau fungsional. Protein struktural merupakan
protein yang berperan dalam pembentukan struktur sel, contohnya; kolagen. Protein fungsional
adalah protein yang berperan dalam mengkatalisa reaksi-reaksi kimia atau sering disebut
sebagai enzim. Setiap protein dalam sel memiliki urutan asam amino yang khas yang
menentukan fungsi biologinya. Urutan asam-asam amino yang membentuk protein menentukan
struktur tiga dimensi dan juga menentukan sifat protein.

RFK-INSTITUT TEKNOLOGI DEL 1

Lecture Note 3 KIS2104-Biokimia Semester III

Ada empat level struktur protein; primer, sekunder, tersier dan kuarterner (Gambar 1).

1. Struktur primer merupakan urutan linier asam amino dimana dihubungkan dengan
ikatan peptida.
Protein yang pertama kali ditentukan struktur primernya adalah insulin, hormon yang
meregulasi kadar gula dalam darah. Rantai polipetida insulin terbagi dalam tiga
daerah yaitu rantai A (domain A), rantrai B (domain B) dan linker (domain C). Di dalam
sel, insulin diproduksi sebagai proinsulin yang mengandung domain C (linker).
Proinsulin akan diaktivasi menjadi insulin jika domain C tersebut dipotong. Insulin yang
aktif adalah insulin yang terdiri dari dua rantai polipeptida; rantai A yang terdiri dari 21
asam amino dan rantai B yang terdiri dai 30 asam amino. Kedua rantai polipeptida
tersebut dihubungkan oleh ikatan disulfida yang terbentuk dari rantai samping asam
amino sistein yang terdapat pada masing-masing rantai.

Gambar 1. Struktur primer insulin

2. Struktur sekunder terbentuk karena adanya interaksi antar asam amino penyusunnya
baik melalui ikatan kovalen maupun ikatan non-kovalen. Struktur sekunder protein
dapat berupa heliks- atau lembar- (-pleated sheet atau sering disebut sebagai -
sheet saja). Struktur sekunder memiliki interaksi berulang yang dihasilkan dari ikatan
hidrogen antara amida N-H dan gugus karbonil pada tulang punggung peptida.

RFK-INSTITUT TEKNOLOGI DEL 2

Lecture Note 3 KIS2104-Biokimia Semester III

Heliks-: (a) pembentukan struktur heliks- yang
memutar ke kanan. Batang vertikal menunjukkan ikatan
peptida. (b) model bola dan tongkat yang menunjukkan
ikatan hidrogen dalam rantai polipeptida. Satu putaran
heliks terdiri dari 3,6 residu asam amino.
Lembar-: (a) lembar beta antiparallel dimana
orientasi N-terminal kr C-terminal berlawanan
dari satu rantai terhadap rantai lain. (b) lembar
beta parallel.

Gambar 2. Struktur sekunder, heliks- dan lembar-

Struktur heliks- ditemukan pertama kali oleh Linus Pauling. Asam-asam amino pada rantai
polippetida memiliki sudut putar tertentu sehinnga rabtai polipeptida buka merupakann
garis lurus. Struktur heliks- terjadi jika beberapa asam amino yang berurutan mengadopsi
sudut putar tertentu sehingga ada interaksi antara asam amino dengan 3 -4 asam amino
sesudahnya (n+3 atau n+4). Struktur heliks- berupa putaran berulang yang jarak setiap
putarannya berjarak 5,4 (Angstrom) yang sesuai dengan 3,6 ( 4) asam amino. Struktur
heliks- bersifat stabil dan kaku serta dapat berputar ke kiri atau ke kanan. Hanya
beberapa dari 20 asam amino yang memiliki kecenderungan membentuk heliks- seperti
alanine, arginin, fenilalanin, glutamat, glutamin, histidin, leusin, lisin dan metionin.

Lembar beta adalah struktur sekunder yang terbentuk jika 3 10 asam amino pada rantai
polipeptida teregangkan sehingga sudut putarnya 0. Struktur lembar- digambarkan
dengan panah pada ujungnya (pada untai berakhir). Lembar beta terjadi antar dua untai

RFK-INSTITUT TEKNOLOGI DEL 3

Lecture Note 3 KIS2104-Biokimia Semester III

polipeptida yang berada sejajar dan berdekatan sehingga terjadi interaksi antara gugus
karbonil dari untai yang satu dengan ikatan peptida dari untai lainnya melalui ikatan
hidrogen. Jika orientasi kedua untai polipeptida yang membentuk lenbar beta tersebut
searah, maka disebut lembar beta parallel dan jika orientasinya berlawanan maka disebut
lembar beta antiparallel.

3. Struktur tersier terbentuk karena pelipatan rantai polipeptida untuk membentujk unit
protein globular dengan fungsi tertentu. Pelipatan rantai polipeptida terjadi karena adanya
ikatan non-kovalen lemah (ikatan hidrogen dan ikatan ion, interaksi hidrofobik dan ikatan
kovalen yang lebih kuat (ikatan disulfida), ikatan van der Waals pada rantai polipeptida
yang membentuk konformasi tertentu. Ikatan hidrogen dan ikatan ion terjadi antara gugus
yang bernuatan pada rantai samping asam amino. Interaksi hidrofobik terjadi antara asam
amino dengan rantai samping hidrofobik dan ikatan van der Waals dapat terjadi pada
asam amino bermuatan postif, negatif, atau netral yang jarak atom bermuatannya cukup
jauh (3,5 4,0 ). Ikatan disulfida terjadi antara dua asam amino sistein, yaitu ikatan
antara atom sulfur yang terdapat pada rantai sampingnya.

Gambar 3. Struktur tersier protein myobglobin dari ikan paus

(a). Tulang punggung polipeptida direpresentasikan dalam bentuk pita (ribbon)

(b) Direpresentasikan dalam bentuk jala (mesh) yang menekankan pada
permukaan protein. (c) Menunjukkan kontur permukaan protein. Berguna untuk
memvisualisasikan celah tempat molekul lain berikatan. (d) Struktur tersier
myoglobin yang digambarkan dalam bentuk pita dengan rantai samping asam
amino (warna biru menunjukkan asam amino hidrofobik Leu, Ile, Val dan Phe. (e)
Model space-filling dengan semua rantai samping asam amino hidrofobik dalam
warna biru. Setiap atom ditampilkan dalam bentuk bola (sphere) dengan radius
van der Waals.

RFK-INSTITUT TEKNOLOGI DEL 4

Lecture Note 3 KIS2104-Biokimia Semester III

Struktur tersier protein memiliki bagian permukaan dan bagian dalam. Bagian permukaan
protein umumnya besifat hidrofilik yang berinteraksi dengan lingkungan (yang umunnya
molekul air dan ion-ion garam dari larutan). Karena distribusi asam amino yang tidak
merata maka asam amino hidrofobik dapat juag terdapat pada permukaan atau terpapar ke
permukaan protein. Pada umumnya asam-asam amino hidrofobik yang berada pada
permukaan protein membentuk interaksi untuk menstabilkan keberadaannya. Kumpulan
asam-asam amino hidrofobik pada permukaan protein disebut sebagai tapak hidrofobik
dan banyaknya tapak hidrofobik menentukan kelarutan suatu protein dalam air.
.
Struktur tersier protein dapat mengalami kerusakan yang disebut denaturasi dimana
struktur atau konformasi protein berubah (buyar) karena interaksi-interaksi non-kovalen
pada protein terputus.

Ada beberapa hal yang dapat menyebabkan protein terdenaturasi:

1. Panas memutuskan ikatan hidrogen .

2. Sinar UV memutuskan ikatan hidrogen.
3. Pelarut organik memutuskan ikatan hidrogen.
4. Asam kuat dan basa kuat memutuskan ikatan hidrogen dan dapat menghidrolisis
ikatan peptida, merusak struktur primer.
5. Deterjen mengganggu interaksi hidrofobik.
6. Ion logan berat membentuka ikatan dengan gugus sulfur dan dapat menyebabkan
protein mengendap dalam larutan.

Di dalam sel, pelipatan rantai polipeptida menjadi struktur tersier dibantu oleh protein-
protein yang disebut dengan chaperon. Protein chaperon berperan untuk mencegah protein
membentuk agregat dengan cara berikatan pada rantai polipeptida yang baru disintesa.
Kesalahan dalam pelipatan atau disebut dengan misfolding dapat terjadi dalam sel dan
sangat berbahaya. Beberapa penyakit tertentu pada manusia diakibatkan oleh misfolding
protein.

Berdasarkan struktur sekunder uatama penyusunnya, struktur tersier protein dibagi ke

dalam dua bentuk; globular dan serabut. Bentuk globular dan serabut dapat tersusun dari
heliks alfa dan lembar beta. Protein globular didominasi oleh struktur sekunder heliks alfa
dan bentuk serabut didominasi oleh lembar beta. Contoh protein globular adalah enzim dan
contoh protein serabut adalah -keratin dari rambut.

4. Struktur kuarterner terdiri terdiri dari beberapa polipeptida (struktur tersier) yang disebut
sebagai subunit. Penyusunan subunit membentuk struktur kuarterner. Interaksi antar
subunit protein yang membentuk struktur kuarterner terjadi melalui ikatan hidrogen, gaya
tarik elektrostatik, interaksi hidrofobik dan ikatan disulfida. Protein yang memiliki struktur
kuarterner pada umumnya berukuran besar dan kompleks. Contoh protein yang memiliki
struktur kuarterner adalah hemoglobin.

RFK-INSTITUT TEKNOLOGI DEL 5

Lecture Note 3 KIS2104-Biokimia Semester III

Gambar 4. Struktur kuarterner hemoglobin

Protein hanya berfungsi pada kondisi alaminya yang membentuk konformasi struktur tersier
atau kuarterner.

Referensi

1. David L. Nelson and Michael M. Cox, 2013, Lehninger: Principles of Biochemistry, 6th ed., Freeman
Company, New York, USA..
2. Maggy T, Wangsa T.I, Debbie S.R. 2017, Protein, PT Grasindo, Jakarta.

RFK-INSTITUT TEKNOLOGI DEL 6