LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI

BIOINFORMATIKA

DISUSUN OLEH : ULFI MAWADATUR R. ( 152210101011 )

GOL./KELOMPOK : RABU / A2

TANGGAL PRAKTIKUM : 3 MEI 2017-05-08

NAMA DOSEN : BAWON TRIATMOKO

LABORATORIUM BIOLOGI FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS JEMBER

2017
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Penemuan teknik sekuensing DNA yang ebih cepat pada pertengahan 1970an
menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada
1980an dan 1990an menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan gen,
meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya
menyebabkan lahirnya bioinformatika ( Pevsner,2009)

Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk
menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru yang
yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika,
biologi, dan ilmu kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling bermanfaat
satu sama lainnya, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA
(Deoxyribonucleid Acid), RNA (Ribonucleid Acid), dan asam amino

Bioinformatika sebagai suatu kajian multidisiplin merupakan suatu terobosan baru

dalam dunia biomedis. Contoh topik utama dalam bioinformatika meliputi pangkalan data
untuk mengelola informasi biologi, pensejajaran sekuens (sequences alinment), prediksi untuk
meramalkan stuktur protein ataupun struktur sekunder RNA, analisis filoenetik, dan analisis
ekspresi gen.

1.2 Rumusan Masalah

1.2.1 Apa yang dimaksud dengan Dogma Sentral dalam bioteknologi ?
1.2.2 Bagaimana proses perubahan yang terjadi dari DNA hingga menjadi protein?
1.2.3 Bagaimana cara mencari sekuen gen, struktur gen, motif, domain protein, dan
sebagainya dengan penelusuran bioinformatika di internet?
1.2.4 Apa fungsi dari gen TCF-1 dan bagaimana mekanisme kerjanya?

1.3 Tujuan
1.3.1 Untuk mengetahui apa itu dimaksud dengan Dogma Sentral dalam bioteknologi
1.3.2 Untuk mengetahui proses perubahan yang terjadi dari DNA hingga menjadi protein
1.3.3 Untuk mengetahui cara mencari sekuen gen, struktur gen, motif, domain protein, dan
sebagainya dengan penelusuran bioinformatika di internet
1.3.4 Untuk mengetahui fungsi dari gen TCF-1 dan bagaimana mekanisme kerjanya
 BAB III

METODE

Metode yang digunakan dalam praktikum ini adalah dengan eksperimen langsung melakukan
percobaan dengan menggunakan contoh gen yang telah ditentukan pada buku praktikum.

3.1 Alat dan Bahan

Alat yang digunakan adalah seperangkat lengkap komputer dengan asesorisnya dan
koneksi internet. Bahan yang digunakan adalah gen tertentu dari manusia sebagai bahan
pembelajaran
3.2 Prosedur Kerja
a. Mencari sekuen DNA, sekuen asam amino, struktur protein, dan domain fungsional
protein. Dengan cara :

Buka situs www.genenae.org, masukkan nama protein yang ingin dicari, klik
bagian protein yang dicari

Klik beberapa link pada halaman tersebut : Entrez gene, GenBank, NCBI
Sequence Viewer, dan OMIM

Entrez Gene

Klik link protein untuk memperoleh informasi lebih lanjut mengenai sekuens
protein tertentu

Kemudian scroll ke bawah, klik link pathways untuk mengetahui pathways

suatu protein

GenBank

Klik link CDD search result untuk mengetahui domain fungsional protein. klik
link protein ID

Hasil klik CDD result untuk melihat domain fungsional dari protein target

Klik pada anak panah (superfamily) . Pada tampilan super family banyak link
yang dapat diklik untuk memperoleh informasi lebih lanjut
 b. Mencari Struktur Sekunder Suatu Protein

Buka situs PDB di www.pdb.org

Masukkan protein yang ingin dicari, pilih salah satu hasil pencarian dengan
cara mengklik link tersebut maka akan diperoleh struktur

Buka situs PDBsum di www.ebi.ac.uk/thornton-srv/database/pdsum.

Lakukan search protein yang ingin dicari

Pilih salah satu kode akses yang telah diperoleh sebelunya pada PDB, maka
akan muncul tampilan find pada PDBsum

Klik protein chain untuk memperoleh struktur sekunder, maka dapat diketahui
motif dari suatu protein pada tampilan tersebut

c. Mencari tranduksi sinyal terkait dengan protein tertentu

Buka situs http://cap.nci.nih.gov/Pathways

Klik pathways searcher, masukkan nama protein yang akan dicari pathwaynya
(protein query) pada kolo keyword, klik GO

PIlih H (Human) untuk melihat tranduksi sinyal di manusia

Klik legend untuk melihat keterangan pathway

Pada tampilan legend, pathway yang berikatan dengan protein tersebut dapat
dijelaskan dengan melihat keterangan pada legend
 BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Hasil
Untuk mencari sekuen DNA, sekuen asam aino, struktur protein, dan domain
fungsional dari protein dari RFXANK dapat dilakukan dengan cara

Membuka www.genename.org dengan memasukkan nama protein yang ingin dicari

yaitu RFXANK

Setelah itu dengaan mengklik protein yang ingin dicari, akan muncul tampilan seperti
diatas. Tampilan tersebut merupakan informasi tentang gen yang berisi link yang dapat
diakses lebih lanjut guna mendapatkan informasi lebih banyak dari gen tersebut. Antara lain
:
Entrez Gene :untuk mengetahui informasi mengenai gen
GenBank : untuk mengetahui sekuen nukleotida
NCBI sequence viewer :untuk mengetahui letak gen dalam kroosom
OMIM : mengetahui penyakit terkait dengan protein yang ingin
dicari
Entrez Gene
 Tampilan di atas berisi inforasi lebih lanjut tentang RFXANK mulai dari tipe
hingga pendeskripsiannya. Scroll ke bawah, akan muncul tampilan :

Tampilan di atas menunjukkan pathway dari RFXANK, disini saya

menggunakan Tubercolosis conversed biosyste, berikut tampilannya :
 Setelah diklik, akan muncul deskripsi singkat Tuberculosis lengkap dengan
pathway di bawahnya. Untuk memperjelas gambar, klik gambar, maka akan muncul
tampilan :

GenBank
 Tampilan ini menunjukkan informasi lebih lanjut tentang protein serta urutan
DNAnya. Link yang penting disini adalah CDS dimana pada bagian tersebut terdapat
beberapa protein id dan juga terdapat urutana protein.
 Jika kita klik link CDS maka origin yang semula normal berubah bagian
menjadi terblock warna coklat. Dari tampilan tersebut kita mendapatkan inforamsi yaitu start
codon, coding sequence, dan stop codon. Jadi protein RFXANK start codon (atg) dimulai
pada basa ke 418 dan stop codonnya (tga) pada basa ke 1140, dengan begitu maka coding
sequence berjumlah 722 basa. Seperti yang dikatakan sebelumnya, pada CDS terdapat link
protein id, klik dan akan muncul urutan protein

Keudian ada link CDD result, jika diklik akan muncul tampilan :
Setelah itu, klik link super family, maka akan muncul tampilan super family :

Pada tampilan tersebut akan muncul domain superfamily dari RFXANK, dan banyak
link yang dapat digunakan untuk mendapatkan informasi lebih lanjut.
NCBI Sequence Viewer
 Menunjukkan letak RFXANK pada kromosom
OMIM

OMIM menunjukkan penyakit yang terkait dengan RFXANK, antara lain Bare
Limphocyte syndrom (Sindrom Limfosit Telanjang). Bare limphocyte syndrom terjadi
akibat kegagalan untuk mengekspresikan kelas 1 HLA-A-B, atau C-mayor
histocompatibility antigen karena cacat β 2 microglobulin ekspresi pada permukaan sel.
Di beberapa individu, kelas II HLA-DR molekul juga tidak dinyatakan