No.

Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 2 of 15

KLASIFIKASI BAKTERI DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK-

FENETIK

1. PENDAHULUAN
1.1.Latar Belakang
Mikroorganisme atau mikrobia merupakan organisme yang berukuran
sangat kecil, sehingga untuk mengamatinya diperlukan alat bantu, seperti
mikroskop. Mikroorganisme disebut juga organisme mikroskopik.
Mikroorganisme dapat berupa sel tunggal (uniseluler) taupun bersel banyak
(multiseluler) (Madigan et. al., 2009). Salah satu contoh mikroorganisme
adalah bakteri.

Bakteri berukuran sangat kecil dan merupakan badian dari studi

mikrobiologi, yaitu ilmu yang mempelajari tentang mikrobia. Selain bakteri
mikrobiologi juga mempelajari tentang dunia fungi, archaea, Protista, dan
organisme aseluler (virus). Bakteri termasuk dalam domain Bacteria. Semua
anggota domain ini memiliki kesamaan, yaitu untuk memperbanyaknya
diperlukan metode khusus – kultru murni secara aseptis (Waluyo, 2005).

Keberadaan bakteri dapat diamati dengan melihat gejala atau dampak

yang ditimbulkan dari aktifitasnya. Bakteri di alam sangatlah beragam dan
memiliki banyak karakter yang bersifat umum dan khusus. Salah satu cara
untuk mengkarakterisasi mikrobia adalah dengan menggunakan taksonomi
numerik-fenetik yang berdasarkan kemiripan/similaritas sifat yang dimiliki
oleh bakteri.

Pada praktikum ini digunakan enam strain bakteri (A, B, C, D, E, dan

F) yang akan dikarakterisasi dan diklasifikasikan. Keenam starin bakteri
tersebut dikarakterisasi menggunakan sebanyak-banyaknya karakter dan
dianalisis dengan menggunakan indeks similaritas yang berbeda yaitu dengan
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 3 of 15

Ssm (Simple Matching Coeficient) dan Sj (Jaccard Coeficient) sehingga

diperoleh suatu pengelompokan (clustering) starin bakteri yang berbeda.

1.2.Tujuan
Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mempelajari prosedur
taksonomi numerik fenetik dalam klasifikasi bakteri.

2. METODE
2.1.Alat dan Bahan
2.1.1. Morfologi sel
Preparat enam strain bakteri yang dicat dengan cat gram negatif dan
gram positif.
2.1.2. Morfologi koloni bakteri
Enam plate berisi enam kultur murni strain bakteri berbeda, enam media
nutrient agar tegak berisi kultur strain bakteri berbeda, enam media nutrient
agar miring berisi kultur strain baktero berbeda, enam media nutrient cair
berisi kultur strain bakteri berbeda.
2.1.3. Pengujian sifat biokimiawi
a. Fermentasi karbohidrat
Enam kultur strain bakteri berbeda pada media glukosa, laktosa, dan
sukrosa.
b. Hidrolisis Pati
Enam media pati agar plate berisi enam kultur strain bakteri berbeda,
ditetesi dengan larutan JKJ.
c. Hidrolisis kasein
Enam kultur strain bakteri berbeda pada media susu agar.
d. Pembentukan indol
Enam kultur strain bakteri berbeda dalam media tripton cair, ditambah
eter dan reagen Ehrlich.
e. Reduksi nitrat
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 4 of 15

Enam media nitrat cair berisi enam kultur strain bakteri berbeda, ditetesi
asam sulfanilat dan naftilamin.
f. Reduksi hydrogen peroksida (H2O2)
Preparat enam strain bakteri ditetesi dengan H2O2.

2.2.Cara Kerja
2.2.1. Koleksi data
Karakter yang diamati dalam pengamatan morfologi sel meliputi bentuk sel
dan sifat pengecatan gram. Karekter yang diamati dalam koleksi data
morfologi koloni meliputi bentuk pertumbuhan, pertumbuhan, permukaan,
bentuk koloni, elevasi, bentuk tepi, dan tekstur permukaan. Karakter yang
diamati pada pengamatan uji biokimiawi meliputi fermentasi karbohidrat,
hidrolisis pati, hidrolisis kasein, pembentukan indol, reduksi nitrat dan
reduksi H2O2.
2.2.2. Perhitungan nilai similaritas
Nilai similaritas dihitung dengan menggunakan dua macam metode yaitu
simple matching coefficient (Ssm) dan jaccard coefficient (Sj). Untuk
rumus Ssm dan Sj adalah sebagai berikut:
𝑎+𝑑
𝑆𝑠𝑚 = × 100%
𝑎+𝑏+𝑐+𝑑

𝑎
𝑆𝑗 = × 100%
𝑎+𝑏+𝑐

Keterangan :

a= jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain

b= jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua

c= jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua

d= jumlah karakter yang (-) untuk kedua strain

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 5 of 15

nilai similaritas yang didapatkan kemudian dimasukkan dalam matriks

similaritas

2.2.3. Analisis pengklusteran dan kontruksi dendrogram

Analisis pengklasteran atau clustering analysis didapatkan dengan metode
penghitungan algoritma pengklasteran. Algoritma pengklasteran yang
digunakan adalah average linkage (UPGMA: Unweighted Pair Group
Method with Arithmetic Averages), yaitu nilai penyatuan dua strain atau
lebih berada pada nilai rata-ratanya. Dari penghitungan dengan
menggunakan average linkage didapatkan pada level tertentu akan terjadi
peleburan strain yang diidentifikasi. Berdasarkan hasil analisis kluster yang
diperoleh selanjutnya dikontruksikan dendogram untuk mengklasifikasikan
strain bakteri.
2.2.4. Penentuan koefisien korelasi (R)
Level kemiripan pada dendogram dapat dimasukkan dalam matriks evaluasi
dendogram (Y) kemudian dari matriks evaluasi dendogram ini dimasukkan
dalam tabel korelasi kofenetik, begitu juga dengan matriks similaritas awal
(X). Hasil dari penghitungan (X) dan (Y) ini digunakan untuk penghitungan
koefisien korelasi dengan rumus:
𝑛(∑ 𝑋𝑌) − (∑ 𝑋)(∑ 𝑌)
𝑅=
𝑛 ∑ 𝑋 − (∑ 𝑋) 𝑛 ∑ 𝑌 − (∑ 𝑌 )

3. HASIL

Berikut ini adalah hasil dari pengamatan bakteri meliputi morfologi sel,
morfologi koloni, dan pengujian sifat biokimiawi. Hasil pengamatan meliputi
matriks nxt, matriks similaritas, clustering analysis, dendogram, matriks turunan,
dan koefisien korelasi.
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 6 of 15

Tabel 1. Matriks n x t pada strain yang diteliti (Karakter vs OTU)

Strain (OTU)
No. Karakter
A B C D E F
MORFOLOGI SEL
Bentuk Sel
1 Bacillus + + + - - -
2 Coccus - - - + + +
Pengecatan Gram
3 Negatif + - - + + +
4 Positif - + + - - -
MORFOLOGI KOLONI (AGAR MIRING)
Bentuk Pertumbuhan
5 Arborescent + - - - - -
6 Echinulata - + + + + +
Pertumbuhan
7 Tebal + + - - + -
8 Sedang - - - + - +
9 Tipis - - + - - -
Kilat
10 Mengkilat + + - - - +
11 Tidak Mengkilat - - + + + -
MORFOLOGI KOLONI (AGAR TEGAK)
Bentuk Pertumbuhan
12 Filiform + + - + + +
13 Beaded - - + - - -
Pertumbuhan
14 Tebal - + - - - -
15 Tipis + - + + - +
16 Sedang - - - - + -
MORFOLOGI KOLONI (MEDIUM CAIR)
Bentuk Pertumbuhan
17 Keruh - + - + - -
18 Jernih + - + - + +
Permukaan
19 Ring + + - + - -
20 Pellicle - - + - - -
21 Flocculent - - - - + +
MORFOLOGI KOLONI (PLATE)
Bentuk Koloni
22 Irregular + - - + + +
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 7 of 15

23 Rhizoid - + - - - -
24 Flamentous - - + - - -
Elevasi
25 Flat + + - - - -
26 Raised - - + - - -
27 Umbonate - - - + - -
28 Convex - - - - + +
Tepi
29 Undulate + - - + + -
30 Filamentous - + - - - -
31 Lobate - - + - - -
32 Entire - - - - - +
Tekstur Permukaan
33 Contoured + + - + - -
34 Smooth - - + - + +
UJI BIOKIMIA
Fermentasi Karbohidrat
35 Manotil - + - + - -
36 Glukosa - + + + - +
37 Laktosa + + + + - -
Hidrolisis Kasein
38 Zona Jernih + + + + + -
Hidrolisis Pati
39 Zona Jernih - + - + + +
Pembentukan Indol
40 Cincin Merah - + - + - -
41 Penggumpalan + + + + + -
Reduksi Nitrat
42 Perubahan Warna + + - + + -
Reduksi H2O2
43 Terbentuk Gelembung - + + + - +
Berdasarkan data yang telah ditata pada tabel n x t diatas, selanjutnya data
tersebut digunakan untuk menghitung similaritas, indeks similaritas yang dihitung
dalam percobaan ini adalah Simple Matching Coefficient (Ssm) dan Jaccard
Coefficient (Sj).
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 8 of 15

Tabel 2. Nilai indeks similaritas berdasarkan simple matching coefficient (Ssm)

Strain A Strain B Strain C Strain D Strain E Strain F

Strain A 1
Strain B 0,813 1
Strain C 0,541 0,543 1
Strain D 0,813 0,931 0,543 1
Strain E 0,794 0,500 0,541 0,813 1
Strain F 0,595 0,459 0,568 0,758 0,909 1

Tabel 3. Nilai Indeks Similaritas Berdasarkan Jaccard Coefficient (Sj)

Strain A Strain B Strain C Strain D Strain E Strain F

Strain A 1
Strain B 0,647 1
Strain C 0,261 0,333 1
Strain D 0,647 0,875 0,333 1
Strain E 0,563 0,280 0,261 0,647 1
Strain F 0,286 0,231 0,273 0,556 0,769 1

Berdasarkan nilai indeks similaritas yang didapat, baik menggunakan Simple

Matching Coefficient (Ssm) maupun Jaccard Coefficient (Sj), nilai tersebut
kemudian dikelompokkan dengan algoritma genetic atau berdasarkan Clustering
Analysis.

Tabel 4. Clustering Analysis berdasarkan nilai Simple Matching Coefficient (Ssm)

Strain (OTU)
Similaritas
A B C D E F
1 A B C D E F
0,698 A B C D (E,F)
0,628 A (B,D) C (E,F)
0,605 {[A(B,D)]} C (E,F)
0,523 {[A(B,D)(E,F)]} C
0,46 {[A(B,D)(E,F)C]}
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 9 of 15

Tabel 5. Clustering Analysis berdasarkan nilai Jaccard Coefficient (Sj)

Strain (OTU)
Similaritas
A B C D E F
1 A B C D E F
0,467 A (B,D) C E F
0,435 A (B,D) C (E,F)
0,393 {[A(B,D)]} C (E,F)
0,29 {[A(B,D)(E,F)]} C
0,226 {[A(B,D)(E,F)C]}

Berdasarkan hasil pengelompokan menggunakan algoritme fenetik atau

Clustering Analysis, kemudian data tersebut dikonstruksikan menjadi sebuah
dendogram.

UPGMA
Strain C
Strain F
Strain E
Strain D
Strain B
Strain A
0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1

Simple Matching Coefficient

Gambar 1. Konstruksi dendogram berdasarkan Simple Matching coefficient (Ssm)

 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 10 of 15

UPGMA
Strain C
Strain F
Strain E
Strain D
Strain B
Strain A
0,04 0,2 0,36 0,52 0,68 0,84 1

Jaccard's Coefficient

Gambar 2. Konstruksi dendogram berdasarkan Jaccard Coefficient (Sj)

Dari konstruksi dendogram diatas kemudian dilakukan evaluasi dendogram

dengan analisis Cophenteci-Correlation. Berdasarkan dendogram dapat dibuat nilai
indeks similaritas antar strain dalam data set matriks similaritas yang diturunkan
(derived) dendogram.

Tabel 6. Nilai indeks similaritas antar strain dalam data set matriks similaritas yang
diturunkan (derived) dendogram berdasarkan Simple Matching Coefficient (Ssm).
Strain A Strain B Strain C Strain D Strain E Strain F
Strain A 1
Strain B 0,605 1
Strain C 0,465 0,442 1
Strain D 0,605 0,628 0,442 1
Strain E 0,628 0,419 0,465 0,605 1
Strain F 0,512 0,395 0,488 0,581 0,698 1
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 11 of 15

Tabel 7. Nilai indeks similaritas antar strain dalam data set matriks similaritas yang
diturunkan (derived) dendogram berdasarkan Jaccard Coefficient (Sj).

Strain A Strain B Strain C Strain D Strain E Strain F

Strain A 1
Strain B 0,393 1
Strain C 0,207 0,25 1
Strain D 0,393 0,467 0,25 1
Strain E 0,36 0,219 0,207 0,393 1
Strain F 0,222 0,188 0,214 0,357 0,435 1

Dari data nilai indeks similaritas antar strain dalam data set matriks similaritas
yang diturunkan (derived) dendogram, baik berdasarkan Simple Matching
Coefficient (Ssm) maupun Jaccard Coefficient (Sj), kemudian dilakukan analisis
Cophenetic-Correlation untuk menguji dendogram hasil klasifikasi numerik-
fenetik.
Tabel 8. Analisis Cophenetic-Correlation berdasarkan Simple Matching Coefficient
(Ssm)
Ssm X Y X2 Y2 XY
A-B 0,813 0,605 0,660 0,366 0,492
A-C 0,541 0,465 0,292 0,216 0,251
A-D 0,813 0,605 0,660 0,366 0,492
A-E 0,794 0,628 0,631 0,394 0,499
A-F 0,595 0,512 0,354 0,262 0,304
B-C 0,543 0,442 0,295 0,195 0,240
B-D 0,931 0,628 0,867 0,394 0,585
B-E 0,500 0,419 0,250 0,176 0,210
B-F 0,459 0,395 0,211 0,156 0,181
C-D 0,543 0,442 0,295 0,195 0,240
C-E 0,541 0,465 0,292 0,216 0,251
C-F 0,568 0,488 0,322 0,238 0,277
D-E 0,813 0,605 0,660 0,366 0,492
D-F 0,758 0,581 0,574 0,338 0,440
E-F 0,909 0,698 0,826 0,487 0,635
∑ 10,118 7,978 7,189 4,367 5,588
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 12 of 15

Berdasarkan analisis Cophenetic Corerelation, didapatkan nilai korelasi (R) adalah

0,999995859, maka dendrogram dapat diterima.
Tabel 9. Analisis Cophenetic-Correlation berdasarkan Jaccard Coeffecient (Sj)
Sj X Y X2 Y2 XY
A-B 0,647 0,393 0,419 0,154 0,254
A-C 0,261 0,207 0,068 0,043 0,054
A-D 0,647 0,393 0,419 0,154 0,254
A-E 0,563 0,360 0,316 0,130 0,203
A-F 0,286 0,222 0,082 0,049 0,063
B-C 0,333 0,250 0,111 0,063 0,083
B-D 0,875 0,467 0,766 0,218 0,409
B-E 0,280 0,219 0,078 0,048 0,061
B-F 0,231 0,188 0,053 0,035 0,043
C-D 0,333 0,250 0,111 0,063 0,083
C-E 0,261 0,207 0,068 0,043 0,054
C-F 0,273 0,214 0,074 0,046 0,058
D-E 0,647 0,393 0,419 0,154 0,254
D-F 0,556 0,357 0,309 0,127 0,198
E-F 0,769 0,435 0,592 0,189 0,335
∑ 6,961 4,555 3,884 1,517 2,408
Berdasarkan analisis Cophenetic Corerelation, didapatkan nilai korelasi (R) adalah
0,999997868 maka dendrogram dapat diterima.

4. PEMBAHASAN
Sitematika mikrobia mmerupakan ilmu yang mempelajari keanekaragaman
mikrobia serta hubungan diantaranya yang ditinjau fari krmiripan sifat dan
hubungan filogenik. Sistematika mikrobia diperlukan untuk mengetahui
keanekaragaman mikrobia. Ilmu ini meliputi tiga subdisiplin ilmu, yaitu identifikasi,
klasifikasi, dan tanamana (Winn et. al., 2006).

Menurut Priest,F & Goodfellow (2000) terdapat beberapa macam konsep yang
untuk melakukan klasifikasi bakteri. Konsep pertama adalah taxo-species concept,
yaitu konsep klasifikasi berdasarkan similaritas yang mencapai 70%. Kedua, geno-
species concept yaitu konsep klasifikasi berdasarkan genotype bakteri. Konsep
ketiga adalah genomic-species concept yaitu suatu bakteri dikatakan satu spesies
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 13 of 15

jika memiliki DNA relatedness lebih dari 70%, sedangkan konsep terakhir yaitu
nomen-species concept, suatu bakteri dikatakan satu spesies jika mengacu pada type
strain yang sama. Berdasarkan berbagai macam konsep tersebut, dilakukan
pengklasifikasian meliputi banyaknya karakter, yaitu klasifikasi monotetik,
klasifikasi berdasarkan jenis karakter yaitu klasifikasi numerik fenetik politetik,
klasifikasi berdasrkan sifat kimiawi yaitu khemotaksonomi, dan klasifikasi
molecular. Pada praktikum ini klasifikasi yang dilakukan adalah klasifikasi numerik
fenetik.

Taksonomi numerik dikenal juga sebagai Taksonomi Adansonian merupakan

pengelompokan unit taksoomi kedalam taksa dengan metode numerik fenetik
berdasarkan sebanyak-banyaknya karakter yang dimiliki. Taksonomi adansonian
memiliki lima prinsip utama yaitu taksonomi yang ideal yang merupakan taksonomi
yang mengandung informasi terbesar, masing-masing karakter diberi nilai yang
setara dalam mengkonstruksikan takson yang bersifat alami, tingkat kedekatan
antara dua strain merupakan fungsi proporsi similaritas sifat yang dimiliki bersama,
taksa yang berbeda dibentuk berdasarkan atas sifat yang dimiliki, dan similaritas
tidak bersifat filogenetis melainkan bersifat fenetis (Bergey, 2001).

Metode klasifikasi numerik-fenetik menggunakan taxo-species concept adalah

metode dimana dua strain bakteri dapat dimasukkkan ke dalam satu spesies yang
sama jika indeks similaritas dari kedua strain ≥ 70 % (Prescott et al., 2007). Indeks
similaritas dapat dihitung menggunakan dua metode yaitu Jaccard Coeficient (Sj)
dan Simple Matching Coeficient (Ssm). Ssm merupakan analisis similaritas yang
ditentukan oleh proporsi karakter yang ada dan tidak ada pada kedua strain yang
dibandingkan. Sedangkan, Sj merupakan analisis similaritas yang hanya
menggunakan dobel positif atau dengan kata lain dobel negatif tidak disertakan
dalam perhitungan (Romesburg, 2004).

Kelebihan dari metode analisis similaritas menggunakan Ssm yaitu

perhitungan secara manual lebih mudah dilakukan karena nilai pembagi merupakan
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 14 of 15

jumlah karakter yang digunakan pada klasifikasi. Sedangkan, kekurangan dari

metode ini yaitu penggunaan dari sifat double negative yang belum tentu
menunjukkan bahwa kedua strain memiliki sifat yang sama sehingga hasil yang
didapatkan menjadi kurang valid.
Kelebihan dari metode analisis similaritas menggunakan Sj yaitu data yang
diperoleh dapat lebih akurat dikarenakan sifat double negative tidak diperhitungkan.
Sedangkan, kekurangan dari metode ini yaitu kesulitan dalam menentukan nilai
pembagi dikarenakan nilai pembagi antara satu strain dengan lainnya belum tentu
sama sehingga perhitungan yang dilakukan secara manual akan lebih rumit.
Berdasarkan percobaan yang dilakukan, koleksi data yang dilakukan pada
morfologi sel, morfologi koloni dan sifat biokimiawi diamati 43 karakter.
Kurangnya karakter yang diamati membuat data yang diperoleh kurang akurat. Data
pengamatan kemudian dimasukkan ke dalam matriks nxt dimana n merupakan strain
bakteri yang dikarekterisasi dan t merupkan jumlah karakter yang diamati,
kemudian digunakan untuk menghitung nilai indeks similaritas. Hasil dari nilai
indeks similaritas diggunakan untuk clustering analysis menggunakan algoritma
pengklasteran single linkage. Jika clustering analysis telah selesai dilakukan maka
dibuat dendogram untuk memperjelas hasil kemiripan antar strain. Berdasarkan
dendogram yang dibuat, dapat dilakukan analisis Cophenetic-Correlation.
Kemudian dari matriks similaritas awal dan matriks similaritas evaluasi dendogram
dapat dilakukan analisis korelasi kofenetik hingga didapatkan koefisien korelasi
dengan lambang R. Jika nilai R yang diperoleh lebih dari 0,6 (60%) maka
dendrogram tersebut dapat diterima, sebaliknya jika kurang dari 0,6 maka
dendrogram tidak bisa diterima.

Hasil clustering dengan metode Ssm dan Sj menghasilkan dendrogram yang

hampir sama. Pada dendrogram metode Ssm, strain E dan F memiliki similaritas
yang paling tinggi, yaitu 0,698 (69,8%) sedangkan pada dendrogram metode Sj,
strain B dan D yang memiliki similaritas paling tinggi, yaitu 0,467 (46,7%). Setelah
dilakukan analisis Cophenetic-Correlation, diperoleh hasil R pada metode Ssm
 No. Dokumen FO-UGM-BI-07-13
BORANG
Berlaku Sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 01
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 15 of 15

sebesar 0,999995859 (99, 9995859%) dan pada metode Sj, R sebesar 0,999997868
(99, 9997868%). Dari sini dapat disimpulkan bahwa clustering analysis deng
metode Sj lebih akurat daripada metode Ssm.

5. KESIMPULAN
Prosedur taksonomi numeric meliputi pembuatan table nxt, matriks similaritas
SSM dan SJ, clustering analysis SSM dan SJ, pembuatan dendogram SSM dan SJ,
matriks similaritas evaluasi dendogram SSM dan SJ, pembuatan tabel korelasi
kofenetik dan mencari nilai koefisien korelasi. Hasil dendogram dengan
menggunakan indeks similaritas Sj lebih akurat dibanding dengan indeksi
similaritas Ssm.

6. DAFTAR PUSTAKA
Bergey. 2001. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. 2 ed. Volume I.
Springer –velay. New York.
Madigan, M.T., J.M. Martinko, P.V. Dunlap, and D.P. Clark. 2009. Brock Biology
of Microorganisms, 12th edition. Pearson Benjamin-Cummings. San
Francisco. p.50.
Prescott, L.M., J.P. Harley, and B.A. Klein. 2007. Microbiology 7th Edition. Mc
Graw-Hill Company, Inc. New York. p. 122.
Priest,F & Goodfellow. 2000. Applied Microbial Systematic. Kluwer Academic
Publisher. Netherland. pp: 8-10, 94.
Romesburg, C. 2004. Cluster Analysis for Researchers. Luna Press. North Carolina,
USA. p. 143.
Waluyo, L. 2005. Mikrobiologi Umum.edisi ke-2. UMM-Press. Malang. hal: 15,
16, 21.
Winn, W., S. Allen, W. Janda, E. Koneman, G. Procop, P. Schreckenberger, and G.
Woods. 2006. Koneman’s Color Atlas and Textbook of Diagnostic
Microbiology, 6th Ed. Lippincott Williams and Wilkins. Philadelphia. p. 167.