Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, membentuk polimer, berbobot

molekul tinggi, dan tersusun atas rantai monomer nukleotida yang mengandung informasi
genetik. Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. Setiap nukleotida
terdiri dari tiga komponen, yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik, sebuah gula pentosa, dan
sebuah gugus fosfat.

Basa nitrogen
Basa asam nukleat adalah suatu heterosiklik aromatik yang berasal dari pirimidin atau purin.
Purin utama asam nukleat adalah adenin dan guanin, sedangkan pirimidinnya adalah sitosin,
timin dan urasil. Basa purin adenine ( Ade ) dan guanin (Gua) seperti juga basa pirimidin sitosin
(Cyt) di jumpai dalam RNA dan DNA. Sebaliknya urasil (Ura) hanya terdapat dalam RNA. Dalam
DNA, urasil digantikan oleh timin (Thy), yaitu derivate 5-metil dari urasil.
Gula pentosa
Gula pentosa yaitu monosakarida dengan lima atom karbon. Pada asam nukleat dikenal 2
macam gula pentosa, gugus ribosa dan deoksiribosa.

Pada gugus gula pentosa ini terbentuk ikatan-ikatan yang menyusun struktur umum asam
nukleat, yaitu ikatan gula pentosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1) dan
ikatan gula pentosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5). Selain itu terdapat juga
gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2 yang menentukan jenis gula antara ribosa dan
deoksiribosa.

Gugus fosfat
Perlu diketahui DNA, RNA serta lainnya disebut asam nukleat karena sifat asam dari kelompok
fosfat yang menyertainya. Ikatan fosfodiester dapat dengan mudah kehilangan proton
demgan keberadaan nukleofil yang menutupi sifat dasar basa nitrogen. Jika suatu senyawa
dapat mendonasikan proton maka senyawa tersebut dinamakan asam.

Nukleosida dan nukleotida

Pada nukleosida dan nukleotida, rantai pentosa terdapat dalam bentuk furanosa. Gula dan
basa dihubungkan melalui suatu ikatan N-glikosidik antara C-1 gula dan N-9 cincin purin atau
N-1 pirimidin. Ikatan ini selalu mempunyai konfigurasi. Jika basa organik berkaitan dengan
pentosa, terbentuklah suatu nukleosida, dan jika nukleosida berkaitan dengan dengan asam
fosfat, terbentuklah suatu nukleotida. Asam fosfar berikatan pada posisi 5’ dengan ikatan
ester.

Nukleosida terdiri atas gula pentosa yang mengikat suatu basa (derivat purin atau pirimidin)
melalui ikatan glikosida.

Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan dari RNA ialah ribosa. Basa purin dan
pirimidin yang berasal dari DNA ialah adenin, guanin, sitosin dan timin. Sedangkan basa RNA
terdiri atas adenin, guanin, sitosin dan urasil. Dengan demikiran dapat disusun daftar
nukleosida seperti pada tabel berikut.
Jika rantai 5’-fosfat dihubungkan dengan rantai fosfat lainnya melalui ikatan asam anhidrida,
maka diperoleh nukleosida difosfat dan trifosfat, misalnya ADP dan ATP. Kedua nuklesoida ini
merupakan koenzim penting pada metabolisme energi.

Pada gambar di bawah ini, diperlihatkan bentuk struktur nukleotida secara lengkap. Dapat
dilihat bahwa pada seluruh nukleotida, gugus fosfat terikat pada gula di atom karbon nomor
5 dengan ikatan kovalen antara oksigen dari gugus fosfat dan karbon dari gula ribosa.
Sementara itu, basa purin atau pirimidin terikat pada gula di atom karbon nomor 1 dengan
ikatan kovalen antara karbon dari gula dan salah satu nitrogen dari basa tersebut.
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada asam nukleat
terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan antara gugus
hidroksil (OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3’ gula pentosa
nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus
fosfat berada dalam bentuk diester. Hal ini memungkinkan adanya hubungan antara
nukleotida satu dengan yang lainnya melalui rantai fosfat. Bila rantai fosfat dari suatu
nukleotida bereaksi dengan gugus 3’-OH dari nukleotida lainnya, maka terbentuk suatu
dinukleotida dengan struktur asam fosfat diester. Selanjutnya melalui hubungan dengan
ikatan asam fosfat diester lainnya, dinukleotida ini dapat diperpanjang dengan satu tambahan
mononukleotida. Dengan cara ini terbentuk oligonukleotida dan akhirnya polinukleotida.

Polinukleotida dengan komponen ribonukleotida disebut asam ribonukleat (RNA), dan yang
terbentuk dari monomer deoksiribonukleat disebut asam deoksiribonukleat (DNA).

Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid bakteri, rantai
polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa gugus fosfat yang terikat pada
posisi 5’ gula pentosa. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung P atau ujung 5’. Ujung yang
lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3’ gula pentosa sehingga ujung ini
dinamakan ujung OH atau ujung 3’.

Struktur DNA

DNA merupakan rantai polinukleotida yang berbentuk heliks ganda (double helix). Bentuk ini
disarankan oleh Watson dan Crick yang menyatakan bahwa DNA adalah untai ganda yang
terdiri atas dua rantai polinukleotida yang antiparalel. Antiparalel tersebut maksudnya adalah
seperti yang ditunjukkan oleh Gambar 6 di samping ini, ujung 5’ sejajar dengan ujung 3’.
Kedua rantai ini bukanlah rantai yang identik, melainkan rantai yang saling komplementer.
Model DNA Watson dan Crick dapat diibaratkan seperti tangga dengan susunan fosfat-gula
sebagai pegangan tangga dan pasangan basa purin-pirimidin sebagai anak tangga, seperti
pada gambar. Tangga berbentuk seperti spiral sehingga disebut dengan heliks. Bentuk heliks
ini dikarenakan adanya interaksi-interaksi antarmolekul seperti gaya van der Waals pada
tumpukan basa dan ikatan hidrogen antara basa di untai satu dan untaian lainnya.

Ketika basa-basa nitrogen tersebut terikat dengan nukleotida maka penamaan pun berubah.
Interaksi ikatan hidrgen antara masing-masing basa nitrogen menyebabkan bentuk dari 2
rantai DNA menjadi sedemikian rupa, bentuk ini disebut double helix. Kandungan basa
nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan spesifik satu dengan lain. Guanin
selalu berpasangan dengan sitosin (G –C), dan adenin berpasangan dengan timin (A – T),
sehingga jumlah guanine selalu sama dengan jumlah sitosin. Demikian pula adenine dan
timin.

Basa-basa nitrogen pada asam nukleat memiliki gugus karbonil dan amina yang menyebabkan
molekul tersebut dapat membentuk ikatan hidrogen. Pada gambar berikut ditunjukkan
bagian molekul mana saja yang dapat membentuk ikatan hidrogen dan daerah interaksi gaya
van der Waals.

Dapat dilihat ada banyak ikatan hidrogen yang dapat dibentuk oleh sebuah basa nitrogen.
Oleh karena itu, ikatan hidrogen yang terjadi dalam molekul asam nukleat bisa saja tidak
hanya antara 2 basa nitrogen, tapi juga 3 atau bahkan 4 basa nitrogen, adenin dan timin
berpasangan karena saling membentuk dua ikatan hidrogen beserta sitosin dan guanine
berpasangan karena dapat membentuk tiga ikatan hidrogen.

DNA secara makro memiliki dua lekukan eksternal pada strukturnya, yaitu lekukan besar
(major groove) dan lekukan kecil (minor groove) . Berdasarkan bentuk dan struktur fisik DNA,
DNA terdiri atas DNA-A, DNA-B, dan DNA-Z.
RNA
RNA adalah suatu polimer yang terdiri atas molekul-molekul ribonukleotida. Gula
penyusunnya adalah ribose. Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa timina
pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa
membentuk satu molekul yang dinamakan nukleusida atau ribonukleusida. Ribonukleusida
yang berkaitan dangan gugus fosfat membentuk suatu nukleutida atau ribonukleutida. RNA
merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA merupakan polimer yang
jauh lebih pendek dibandingkan DNA.

Selain itu bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana DNA (rantai tunggal)
namun bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya. Namun, modifikasi struktur juga terjadi
akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler).
Modifikasi tersebut membentuk strukutur kompleks yang terdiri atas banyak tonjolan
(bulges) dan lipatan (loops).
Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal tiga macam RNA, yaitu RNA
duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA), dan RNA
ribosomal (rRNA).