Regulasi Epigenetik Elemen yang Dapat

Bertransposisi (Transposon)/TE Intragenik:

Pedang Bermata Dua
Hidetoshi Saze*

Genom hewan dan tumbuhan mengandung banyak TE. TE sering ditransposisikan

menjadi beberapa regio genik, mempengaruhi ekspresi gen di sekitarnya. TE intragenik
sebagian besar berada di intron, dan dalam banyak cara yang sama seperti TE intergenik,
TE intragenik ditargetkan oleh tanda epigenetik yang represif untuk
pembungkaman/pemblokingan ekspresi gen pada fase transkripsi. TE intragenik yang
dibloking ekspresi gennya umumnya akan menekan ekspresi gen lainnya yang terkait,
sementara dalam beberapa kasus TE intragenik tersebut secara signifikan meningkatkan
elongasi transkripsi dan proses pemotongan gen. Genom telah mengalami evolusi
mekanisme molekuler yang memungkinkan adanya TE yang telah dibloking ekpresi
gennya dalam lingkungan kromatin transkripsi yang permisif. Modulasi epigenetik dari
TE intagenik sering berkontribusi pada regulasi gen, ekspresi fenotipik, dan evolusi
genom.

Kata kunci: epigenetik; heterokromatin; intron; tumbuhan; elemen transposon.

Singkatan: EDM2, ENHANCED DOWNY MILDEW 2; H3K9, Histon H3 H9; HUSH, hub yang
membloking ekspresi gen manusia; IBM2, PENINGKATAN METILASI BONSAI 2; LINE,
elemen nuklir panjang yang selang-seling; MET1, metiltransferase 1; MORC, Mikrorkidia;
PoliA, poliadenilasi; SINE, elemen nuklir pendek yang selang-seling; SUVH, SU (VAR) 3-9
homolog; TE, elemen transposabee/transposon.

TE adalah unsur genetik parasitik dalam genom sebagian besar organisme yang dapat
memperkuat nomor salinan mereka sendiri di genom, berkontribusi terhadap ekspansi genom dan
evolusi genom (1, 2). Misalnya, TE terdiri hampir 50% genom manusia (3, 4) dan lebih dari 80%
genom jagung (5). Oleh karena TE bersifat mutagenik, genom inang secara transkripsi
menonaktifkan TE menggunakan mekanisme pemblokingan epigenetik, seperti metilasi sitosin
DNA, metilasi H3K9 histon dan RNAi (6, 7). Namun demikian, sebagian besar TEs terakumulasi
dalam unit gen transkripsional. Dalam genom manusia, 60% TE terlokalisasi dalam intron yang
hanya terdiri dari 24% genom (8). Menariknya, TE 'intragenik' ini terkait dengan tanda
epigenetik yang represif dan membentuk heterokromatin, sama seperti TE intergenik, bahkan di
dalam wilayah/regio yang secara aktif ditranskripsi. Organisme telah mengalami evolusi
mekanisme molekuler tertentu yang memungkinkan adanya urutan TE heterokromatik dalam
lingkungan kromatin transkripsi-permisif. Temuan terbaru dari regulasi epigenetik dari TE
intagenik dan implikasi fungsionalnya, terutama pada hewan dan tumbuhan, akan ditinjau lebih
lanjut.

Evolusi Genom dan TE Intragenik

Insersi TE ke dalam wilayah gen menyebabkan atenuasi transkripsi gen, oleh karena gangguan
urutan pengkodean dan penciptaan elemen regulasi baru, seperti sinyal poliadenilasi, promotor
kriptik dan urutan donor/akseptor untuk proses pemotongan gen alternatif (3, 9) (Gambar. 1 ).
Namun, banyak TEs ditemukan dalam unit gen transkripsi dalam genom eukariot (10). Pada
mamalia, sebagian besar TE intagenik, terutama LINE 1; L1 dan kelompok SINE, banyak
ditemukan dalam intron (3, 8). Urutan mereka sering diintegrasikan sebagai bagian dari transkrip
yang matang, sebuah istilah yang disebut sebagai 'eksonisasi' (11), yang berkontribusi terhadap
keragaman varian transkrip pemotongan gen (12, 13) (Gambar 1).

Seperti pada hewan, genom tanaman juga mengandung TE intragenik yang memberi
kontribusi pada organisasi gen dan evolusi genom. Misalnya, sekitar 10% gen dalam genom
jagung mengandung > 1 kb TE dalam intronnya (14). Genom Norwegia spruce (Picea abies,
gimnosperma) > 100 kali lipat lebih besar (~20 Gb) daripada model tanaman Arabidopsis
thaliana (130 Mb), meskipun jumlah gen (~28.000) dan ukuran ekson mereka adalah sebanding.
Sebaliknya, gen di Norwegia memiliki intron yang lebih panjang (15). Hal tersebut bisa terjadi
akibat dari akumulasi retrotransposon tipe LTR di daerah-daerah intronik selama jutaan tahun,
tanpa eliminasi sekuens-sekuens tersebut. Analisis terbaru dari genom A. thaliana menunjukkan
bahwa 0,7% gen beranotasi mengandung sekitar 3% dari semua TE, mayoritas dari mereka (~
80%) yang berada di dalam intron (16). Arabidopsis lyrata, kerabat dekat A. thaliana, memiliki
intron yang jauh lebih panjang daripada A. thaliana karena akumulasi TE, menunjukkan bahwa
ekspansi intron akibat dari insersi TE dapat terjadi pada spesies dengan cara tertentu.
Pengamatan ini menunjukkan bahwa TE intagenik, terutama TE intronik, ditoleransi dalam unit
transkripsi dalam banyak spesies, meskipun mereka berpotensi merusak baik untuk urutan
pengkodean dan elemen/unsur pengaturan.
 Gambar 1. Defek Transkripsi terjadi akibat insersi TE ke region gen intronik. (A) Sinyal poliA kriptik dikodekan
oleh TE intronik menyebabkan poliadenilasi prematur. (B) Promotor internal yang dikodekan oleh TE dapat
menciptakan lokasi awal transkripsi yang kriptik. (C) Penggabungan urutan TE sebagai bagian dari mRNA matang,
yang dikenal sebagai eksonisasi, yang mengubah urutan pengkodean gen. (D) Pembungkaman/pemblokingan
ekspresi epigenetik TE intronik menyebabkan represi gen terkait. Lolipop hitam merupakan tanda epigenetik yang
represif seperti metilasi DNA. Kotak biru terang mewakili sekuens/urutan ekson. Garis merah tebal menunjukkan
mRNA. Panah menunjukkan lokasi awal transkripsi.

Regulasi Epigenetik TE Intragenik

TE intragenik bekerja pada regulasi genetik dan epigenetik. Pada A. thaliana, sebagian besar TE
intagenik jauh lebih pendek daripada TE intergenik, menunjukkan bahwa TE yang utuh dan TE
intak dipilih dan terdegradasi selama evolusi (16-18). Urutan TE serta urutan pengaturan yang
kriptik, seperti sinyal promotor dan sinyal poliA, dapat dihilangkan dengan mekanisme
rekombinasi homolog yang tidak setara dan rekombinasi ilegitimasi (19). Dalam hal perubahan
genetik, mekanisme epigenetik memainkan peran penting dalam inaktivasi TE intagenik. TE
intragenic ditargetkan oleh tanda epigenetik yang represif, seperti metilasi DNA dan metilasi
H3K9 histon, bahkan di dalam gen yang secara aktif ditranskripsi oleh RNA polimerase II (20).
Studi terbaru pada mamalia menunjukkan bahwa metilasi H3K9 histon represif diendapkan pada
keluarga L1 di daerah intronik untuk pemblokingan transkripsi, yang dimediasi oleh
metiltransferase H3K9 SETDB1 (21). Metilasi H3K9 direkrut ke L1 oleh kompleks HUSH, yang
terdiri dari TASOR, MPP8 dan protein perifilin (21-23). Selain itu, Mikrorkidia 2 (MORC2;
MORC2A pada tikus), anggota dari keluarga protein yang mengandung domain ATPase,
diperlukan untuk deposisi metilasi H3K9 untuk intergenik/intronik TE, serta retrovirus endogen
(21, 24) (Gambar 2A). L1 ditargetkan oleh HUSH/MORC2 cenderung dalam bentuk utuh,
berevolusi muda dan diperkaya dalam lingkungan kromatin transkripsi permisif terkait dengan
tanda epigenetik aktif, seperti metilasi H3K4 dan asetilasi H3K27 (21, 22). Induksi proses
transkripsi gen-gen yang mengandung L1 menghasilkan akumulasi HUSH/MORC2 pada urutan
L1 yang intronik, yang menunjukkan bahwa transkripsi RNA polimerase II (PolII) diperlukan
untuk perekrutan kompleks pemblokingan TE yang intronik. Rekrutmen dependen PolII metilasi
H3K9 serupa dengan proses pembentukan heterokromatin pada pengulangan perisentromerik
dari fisi ragi (25).

Pada tumbuhan, TE intronik juga berkaitan dengan tanda epigenetik represif, seperti CG
dan metilasi non-CG, metilasi H3K9 dan RNA kecil (siRNAs) (26), yang diperlukan untuk
pembentukan heterokromatin pada urutan TE (16). Pada A. thaliana, keadaan heterokromatik
dari TE yang intronik dapat dipertahankan dengan pemeliharaan CG metilase MET1, histon
H3K9 metiltransferase KYP/SUVH4, SUVH5, SUVH6 dan pembuat model ulang kromatin
DDM1 (16, 27). Meskipun peristiwa molekuler rinci untuk pengenalan dan inisiasi
pemblokingan epigenetik dari TE intraserik masih tetap sulit dipahami, TE yang terbaru
dimasukkan ke dalam wilayah intragenik dapat dikenali melalui mekanisme pertahanan inang
yang melibatkan metilasi DNA langsung terhadap-DNA (RdDM) (Gambar 2B). Sebuah
penelitian baru-baru ini menggunakan retrotransposon tipe LTR yang dapat diinduksi panas
ONSEN/COPIA78 menunjukkan bahwa setelah transposisi menjadi intron dari gen aktif, TE
tampaknya dipertahankan dalam keadaan kromatin aktif untuk beberapa generasi (29).
Menariknya, persilangan genetik strain Arabidopsis secara efisien menginduksi metilasi DNA
dan proses pemblokingan ONSEN intronik. Proses pembungkaman/pemblokingan tersebut
tergantung pada siRNA dan RdDM, oleh karena hilangnya RNA polimerase IV, yang diperlukan
untuk produksi 24-nt siRNA dan metilasi DNA de novo, menghapuskan proses pemblokingan
(Gambar 2B). Tampaknya siRNA yang dihasilkan dari salinan ONSEN yang homolog di lokus
lain dapat memandu mesin RdDM ke ONSEN intronik yang baru dikenali dalam genom. Proses
pemblokingan ekpresi TE terjadi secara cepat dan efisien di pabrik F1, tetapi bagaimana
pemblokingan tersebut secara langsung terjadi selama perkembangan tanaman masih belum
jelas. Gen trans yang disisipkan di daerah intronik juga menunjukkan perilaku yang mirip
dengan TE (30).

Dampak TE Intragenik pada Ekspresi Gen

Secara umum, modifikasi epigenetik represif menyebar ke kromatin di sebelahnya dan

menurunkan ekspresi gen sekitarnya. Memang, pada mamalia, pembentukan heterokromatin
pada L1 intronik dengan pengikatan HUSH dan MORC2 menyebabkan ko-represi dari TE dan
gen terkait (21, 22) (Gambar 2A). Selain itu dilaporkan juga bahwa genetika metilasi H3K9
menghambat elongasi PolII, menyebabkan akumulasi PolII terhadap daerah metilasi H3K9, dan
mempromosikan proses pemotongan alternatif (31, 32). Pada tumbuhan, tanda epigenetik
represif terkait TE juga memiliki efek negatif pada ekspresi gen; oleh karena itu, TE telah
dhilangkan secara evolusioner dari daerah gen (33, 34). Namun, studi terbaru pada tumbuhan
menunjukkan bahwa hasil dari pembentukan heterokromatin pada TE intronik dapat berbeda dari
yang terjadi pada mamalia, dalam beberapa hal. Sebagai contoh, tingkat ekspresi gen yang
mengandung TE pada beberapa spesies tanaman sebanding dengan gen-gen tanpa insersi TE (14,
15). Selain itu, hilangnya heterokromatin intronik pada A. thaliana menyebabkan terjadinya
poliadenilasi prematur dalam atau sebelum urutan TE intronik, dibandingkan de-represi gen
terkait (16, 27). Observasi ini menunjukkan bahwa pada tumbuhan/tanamann, heterokromatin
intronik cenderung meningkatkan pemotongan dan penyambungan yang tepat dan/atau untuk
menyamarkan sinyal poliA yang kriptik dalam rangkaian urutan sekuens TE.

Tanaman tampaknya mengalami evolusi mekanisme epigenetik spesifik untuk 'melewati'

domain heterokromatik obstruktif dalam intron. Studi genetik dan biokimia pada Arabidopsis
mengidentifikasi factor-faktor yang diperlukan untuk mekanisme tersebut. EDM2 diidentifikasi
sebagai faktor yang diperlukan untuk transkripsi yang tepat dari gen resistensi terhadap penyakit
yang mengandung banyak TE heterokromatik di intron (27, 35). EDM2 memiliki domain PHD
yang mengenali metilasi H3K9, dan domain metiltransferase yang diduga di bagian terminal-C
(36). Faktor lain, IBM2/ANTI-SILENCING 1 (ASI1)/SHOOT PERTUMBUHAN 1 (SG1)
mengandung motif pengenalan RNA (RRM) dan domain Bromo-Adjacent Homology (BAH)
yang kemungkinan mengikat kromatin (36-39) (Gambar 2B). Selain itu, beberapa faktor
interaksi EDM2 telah diidentifikasi (40). Mutan dari faktor-faktor tersebut menunjukkan fenotip
molekuler yang sama: transkrip dari gen mengandung domain heterokromatik di intron mereka
yang diakhiri sebelum waktunya (secara prematur) dan dipoliadenilasi dalam intron. Defek
tersebut serupa dengan defek pada mutan dalam pembentukan heterokromatin, seperti ddm1 dan
suvh456 (tripel mutan untuk KYP/ SUVH4, SUVH5, SUVH6) (16, 27). Namun, heterokromatin
intronik masih dipertahankan di ibm2 dan edm2, menunjukkan bahwa faktor-faktor tersebut
bertindak ke metilasi DNA dan metilasi H3K9. Selain itu, elongasi PolII tampaknya tidak
terpengaruh oleh hilangnya faktor-faktor tersebut (37), menunjukkan peran mereka dalam
peristiwa pasca-transkripsional, seperti pemotongan dan penyambungan (splicing) dan
penekanan sinyal poliA. Namun, faktor-faktor tersebut dibawa ke TE intronik, tetapi tidak
dibawa untuk TE intergenik dan masih belum jelas hingga saat ini.

Gambar 2. Regulasi Epigenetik dari TE intronik pada mamalia dan tumbuhan. (A) Pemblokingan ekspresi
epigenetik unsur L1 intronik pada mamalia. Disarankan bahwa transkripsi gen terkait dapat merekrut kompleks
 HUSH/MORC ke L1 untuk proses pemblokingan ekspresi gen (21). HUSH/MORC selanjutnya merekrut H3K9
metilase SETDB1. Status heterokromatik dari TE intronik menurunkan regulasi gen terkait. (B)
Pembungkaman/pemblokingan ekspresi epigenetik dari TE intronik pada tumbuhan. siRNA yang dihasilkan dari TE
homolog di lokus lain mengarahkan RdDM ke TE yang baru disisipkan di daerah intronik. Proses tersebut dilakukan
dengan persilangan genetik. Status heterokromatik dari TE intronik dipertahankan oleh DNA/histon metiltransferase
seperti MET1, SUVHs dan pembuat model kromatin DDM1, yang meningkatkan proses pemotongan dan
penyambungan intron heterokromatik. IBM2 dan EDM2 dapat berikatan dengan heterokromatin intronik melalui
domain-domain BAH dan PHD dan meningkatkan proses pemotongan dan penyambungan (splicing)/elongasi.
Lolipop hitam merupakan tanda epigenetik yang represif seperti metilasi DNA. Kotak biru terang mewakili
sekuens/urutan ekson. Garis merah tebal menunjukkan mRNA dan siRNA. Panah menunjukkan lokasi awal
transkripsi.

Peranan Regulasi Gen dari TE Intragenik

Sekuens/urutan TE intragenik yang terkait dengan modifikasi epigenetik sering memegang peran
pengatur dalam ekspresi gen, dan akhirnya mempengaruhi fenotip individu. Pada manusia,
hipermetilasi DNA dari unsur Alu di intron gen proopiomelanokortin (POMC) menyebabkan
penurunan regulasi POMC yang secara signifikan terkait dengan obesitas anak-anak (41). Pada
kasus lainnya, metilasi DNA L1 dalam intron gen globin-β (HBB) menyebar ke promotor dan
daerah yang menginduksi β-Talasemia (42). Pada tumbuhan, beberapa penelitian
mengungkapkan dampak regulasi epigenetik dari TE intronik dalam fungsi gen. Pada minyak
sawit, status metilasi dari keluarga LINE retrotransposon Karma dalam intron gen DEFICIENS
mempengaruhi pemotongan dan penyambungan gen, di mana hipometilasi Karma menyebabkan
kesalahan fase pemotongan dan penyambungan gen dan menyebabkan fenotip tertutup dari
kelapa sawit (43). Beberapa tanaman membutuhkan periode dingin/tenang untuk transisi dari
fase vegetatif ke fase reproduksi, yang disebut dengan vernalisasi (44). Pada musim dingin
gandum, tatalaksana vernalisasi menginduksi metilasi DNA TE di regio intronik VRNA1, yang
menyebabkan aktivasi transkripsi dan munculnya bunga (45). Selain itu, studi populasi genom A.
thaliana menunjukkan bahwa promotor dan intron dari gen represor bunga Flowering locus C
(FLC) diidentifikasi sebagai '' hotspot '' dari penyisipan TE di antara akses alami yang ada (46).
Terutama yang banyak adalah retrotransposon LTR, termasuk ONSEN/COPIA78, dan akses
penyisipan TE cenderung menunjukkan fenotip untuk proses munculnya lebih awal,
menunjukkan bahwa penyisipan TE melemahkan fungsi FLC. Namun demikian, keadaan
epigenetik dari TE yang intronik mempengaruhi ekspresi FLC sebagai respon terhadap stres
panas masih harus diselidiki.

Kesimpulan

Pembungkaman/pemblokingan epigenetik dari TE intragenik merupakan pedang bermata dua.

TE agresif yang mengalami transposisi ke daerah genik transkripsi-permisif merupakan ancaman
serius terhadap fungsi gen dan integritas genom. Di sisi lain, pemblokingan ekspresi TE
intragenik melemahkan transkripsi PolII dari gen terkait. Pengamatan akumulasi dari TE
heterokromatik terutama di daerah intronik mungkin akibat dari proses pertukaran antara proses
pemblokingan ekspresi TE dan perlindungan terhadap fungsi gen. Pada kasus-kasus di tanaman,
keadaan heterokromatik dari TE intronik meningkatkan proses pemotongan dan penyambungan
(splicing)/elongasi transkrip melalui mekanisme molekuler spesifik. Kondisi tersebut akan
menyebabkan akumulasi TE lebih lanjut dan ekspansi sekuens intronik dalam genom, yang akan
meningkatkan biaya pemeliharaan dan propagasi. Meskipun sejauh ini terdapat beberapa laporan
yang menyiratkan bahwa modifikasi epigenetik dari TE intragenik mampu mengontrol fungsi
gen, penelitian lebih lanjut akan memungkinkan klinisi untuk lebih memahami dampak regulasi
epigenetik dari TE intagenik dan kontribusi TE intagenik tersebut terhadap adaptasi dan evolusi.