PENDAHULUAN UNTUK REGULASI DAN PENSINYALAN MOLEKULER

Biologi molekuler telah membuka jalan menuju cara-cara baru untuk mempelajari
embriologi dan untuk meningkatkan pemahaman kita tentang perkembangan normal dan
abnormal. Menyusun genom manusia, bersama dengan menciptakan teknik untuk menyelidiki
regulasi gen pada berbagai tingkat kompleksitas, telah membawa embriologi ke tingkat berikutnya.
Jadi, dari tingkat anatomi hingga biokimia sampai molekuler, cerita embriologi telah berkembang,
dan masing-masing bab telah meningkatkan pengetahuan kita.

Ada sekitar 35.000 gen dalam genom manusia, yang hanya mewakili sepertiga dari jumlah
yang diprediksi sebelum penyelesaian Human Genome Project. Karena berbagai tingkat regulasi,
jumlah protein yang berasal dari gen ini lebih dekat dengan jumlah gen yang diprediksi
sebelumnya. Apa yang telah dibantah adalah hipotesis satu-gen-satu-protein. Dengan demikian,
melalui berbagai mekanisme, satu gen dapat menghasilkan banyak protein. Ekspresi gen dapat
diregulasi pada beberapa tingkatan: (1) gen yang berbeda dapat ditranskripsikan, (2) asam
deoksiribonukleat (DNA) yang ditranskripsikan dari gen dapat diproses secara selektif untuk
meregulasi RNA mana yang mencapai sitoplasma untuk menjadi messenger RNAs (mRNAs), (3)
mRNA dapat ditranslasi secara selektif, dan (4) protein yang dibuat dari mRNA dapat dimodifikasi
secara berbeda.

Transkripsi Gen

Gen terkandung dalam kompleks DNA dan protein (sebagian besar histone) yang disebut
kromatin, dan unit dasar strukturnya adalah nukleosida (Gambar 1.3). Setiap nukleosom terdiri
dari oktamer protein histon dan kira-kira 140 pasang basa DNA. Nukleosom sendiri bergabung
menjadi kelompok dengan pengikatan oleh DNA yang ada di antara nukleosom (DNA
penghubung) dengan protein histon lainnya (histon H1; Gambar. 1.3). Nukleosom menjaga DNA
tetap melingkar, sehingga tidak dapat ditranskripsikan. Dalam status tidak aktif ini, kromatin
muncul sebagai butiran nukleosom pada untaian DNA dan disebut sebagai heterokromatin. Agar
transkripsi terjadi, DNA ini harus dilepaskan dari butiran-butiran tersebut. Dalam keadaan tidak
melingkar ini, kromatin disebut sebagai eukromatin.
 Gambar 1.3 Gambar menunjukkan nukleosom yang membentuk unit dasar kromatin. Setiap nukleosom
terdiri dari oktamer protein histon dan sekitar 140 pasang basa DNA. Nukleosom bergabung menjadi
kelompok oleh DNA penghubung dan protein histon lainnya.

Gen berada di dalam untai DNA dan mengandung area yang disebut ekson, yang dapat
ditranslasikan menjadi protein, dan intron, yang terletak di antara ekson dan tidak ditranskripsi
menjadi protein (Gambar 1.4). Selain ekson dan intron, gen yang tipikal termasuk berikut ini: regio
promotor yang mengikat RNA polimerase untuk inisiasi transkripsi; situs inisiasi transkripsi; situs
inisiasi translasi untuk merancang asam amino pertama dalam protein; kodon terminasi translasi;
dan 39 regio yang tidak ditranslasikan yang mencakup sekuens (situs tambahan poli A) yang
membantu menstabilkan mRNA, yang memungkinkannya untuk keluar dari nukleus, dan
memungkinkannya untuk ditranslasikan ke dalam protein (Gbr. 1.4).

Sesuai dengan perjanjian, regio 59 dan 39 dari gen ditentukan sehubungan dengan RNA
yang ditranskripsi dari gen. Dengan demikian, DNA ditranskripsi dari akhir 59 ke 39, dan regio
promotor berada di hulu (upstream) dari situs inisiasi transkripsi (Gambar 1.4). Regio promotor,
di mana RNA polimerase berikatan, biasanya berisi sekuens TATA, dan situs ini disebut kotak
TATA (TATA box) (Gambar 1.4). Untuk berikatan dengan situs ini, polimerase memerlukan
protein tambahan yang disebut faktor transkripsi (Gambar 1.5). Faktor-faktor transkripsi juga
memiliki domain pengikatan DNA spesifik plus domain trans-aktivasi yang mengaktifkan atau
menghambat transkripsi gen yang promotor atau enhancer-nya terikat. Bersama dengan protein
lain, faktor transkripsi mengaktifkan ekspresi gen dengan menyebabkan terlepasnya kompleks
nukleosom DNA, dengan melepaskan polimerase sehingga ia dapat mentranskripsikan template
DNA, dan dengan mencegah pembentukan nukleosom baru. Enhancer adalah elemen regulatorik
dari DNA yang mengaktifkan pemanfaatan promotor untuk mengontrol efisiensi dan laju
transkripsi dari promotor.
Enhancer dapat berada di mana saja di sepanjang untai DNA dan tidak harus berada dekat dengan
promotor. Seperti promotor, enhancer mengikat faktor transkripsi (melalui domain transaktivasi
faktor transkripsi) dan digunakan untuk meregulasi waktu ekspresi gen dan lokasi spesifik selnya.
Sebagai contoh, enhancer terpisah di dalam gen dapat digunakan untuk mengarahkan gen yang
sama untuk diekspresikan dalam jaringan yang berbeda. Faktor transkripsi PAX6, yang berperan
dalam perkembangan pankreas, mata, dan neural tube, mengandung tiga enhancer terpisah, yang
masing-masing meregulasi ekspresi gen pada jaringan yang sesuai. Enhancer bertindak dengan
mengubah kromatin untuk mengekspos promotor atau dengan memfasilitasi pengikatan RNA
polimerase. Kadang-kadang enhancer dapat menghambat transkripsi dan disebut silencer.
Fenomena ini memungkinkan faktor transkripsi untuk mengaktifkan satu gen sambil
menonaktifkan yang lainnya dengan berikatan ke enhancer yang berbeda. Dengan demikian,
faktor transkripsi sendiri memiliki domain pengikatan DNA khusus untuk regio DNA plus domain
transaktivasi yang mengikat promotor atau enhancer dan mengaktifkan atau menghambat gen
yang diregulasi oleh elemen-elemen ini.

Gambar 1.4 Gambar dari gen “tipikal” yang menunjukkan regio promotor yang mengandung kotak TATA;
ekson yang mengandung sekuens DNA yang ditranslasikan ke dalam protein; intron; situs inisiasi
transkripsi; situs inisiasi translasi yang merancang kode untuk asam amino pertama dalam suatu protein;
dan regio tidak tertranslasi 39 yang mencakup situs tambahan poli A yang berpartisipasi dalam
menstabilkan mRNA, yang memungkinkannya untuk keluar dari nukleus, dan memungkinkan translasinya
menjadi protein.
Gambar 1.5 Gambar menunjukkan pengikatan RNA polimerase II ke situs kotak TATA dari regio promotor
gen. Pengikatan ini membutuhkan kompleks protein plus protein tambahan yang disebut faktor transkripsi.
Faktor-faktor transkripsi memiliki domain pengikatan DNA khusus mereka sendiri dan berfungsi untuk
meregulasi ekspresi gen.

Regulator Ekspresi Gen Lainnya

Transkrip awal dari gen disebut nuclear RNA (nRNA) atau kadang-kadang premessenger
RNA. nRNA lebih panjang dari mRNA karena ia mengandung intron yang terlepas saat nRNA
bergerak dari nukleus ke sitoplasma. Bahkan, proses penyambungan ini menyediakan sarana bagi
sel untuk menghasilkan protein yang berbeda dari satu gen. Sebagai contoh, dengan
menghilangkan intron yang berbeda, ekson "disambung" dalam pola yang berbeda, suatu proses
yang disebut splicing alternatif (Gambar 1.6). Proses ini dilakukan oleh spliceosomes, yang
merupakan kompleks nuclear RNA kecil (smRNA) dan protein yang mengenali lokasi sambatan
khusus pada ujung 59 atau 39 nRNA. Protein yang berasal dari gen yang sama disebut splicing
isoform (juga disebut splice variants atau bentuk splice alternatif), dan ini memberi kesempatan
bagi sel yang berbeda untuk menggunakan gen yang sama untuk membuat protein tertentu untuk
jenis sel tersebut. Sebagai contoh, isoform dari gen WT1 memiliki fungsi yang berbeda dalam
perkembangan gonad versus ginjal.

Bahkan setelah protein dibuat (ditranslasikan), kemungkinan ada modifikasi pasca-translasi yang
mempengaruhi fungsinya. Sebagai contoh, beberapa protein harus dibelah agar menjadi aktif, atau
mereka mungkin harus terfosforilasi. Protein lainnya perlu dikombinasikan dengan protein lain
atau dilepaskan dari situs terpisah atau ditargetkan ke regio sel tertentu. Dengan demikian, ada
banyak tingkatan regulasi untuk mensintesis dan mengaktifkan protein, sehingga meskipun hanya
ada 35.000 gen, jumlah protein yang berpotensi dapat disintesis mungkin mendekati tiga kali
jumlah gen.

Induksi dan Pembentukan Organ

Organ dibentuk oleh interaksi antara sel dan jaringan. Yang paling sering, sekelompok sel
atau jaringan menyebabkan satu set sel atau jaringan lainnya untuk mengubah nasib mereka,
sebuah proses yang disebut induksi. Dalam setiap interaksi tersebut, satu jenis sel atau jaringan
adalah inducer yang menghasilkan sinyal, dan yang satunya adalah responder terhadap sinyal
tersebut. Kapasitas untuk merespon sinyal seperti ini disebut kompetensi, dan kompetensi
memerlukan aktivasi dari jaringan yang merespon dengan faktor kompetensi. Banyak interaksi
induktif yang terjadi di antara sel epitel dan mesenkimal dan disebut interaksi epitelial-mesenkimal
(Gambar 1.7). Sel-sel epitel bergabung bersama dalam tabung atau lembaran, sedangkan sel-sel
mesenkimal memiliki tampilan fibroblastik dan terdispersi dalam matriks ekstraseluler (Gambar
1.7).

Contoh interaksi epitelial-mesenkimal yaitu: endoderm usus dan mesenkim di sekitarnya

untuk memproduksi organ yang berasal dari usus, termasuk hati dan pankreas; mesenkim tungkai
dengan ektoderm di atasnya (epitel) untuk menghasilkan pertumbuhan dan diferensiasi tungkai;
dan endoderm dari tunas ureter dan mesenkim dari blastema metanefrik untuk menghasilkan
nefron di ginjal. Interaksi induktif juga dapat terjadi di antara dua jaringan epitel, seperti induksi
lensa oleh epitel dari optic cup. Meskipun sinyal awal oleh inducer kepada responden memulai
peristiwa induktif, cross-talk di antara dua jaringan atau tipe sel sangat penting untuk diferensiasi
untuk melanjutkan (Gambar 1.7, panah).
Gambar 1.6 Gambar dari gen hipotetis yang menggambarkan proses splicing alternatif untuk
membentuk protein yang berbeda dari gen yang sama. Spliceosomes mengenali situs tertentu pada
transkrip awal nuclear RNA dari gen. Berdasarkan pada situs-situs ini, intron yang berbeda
“disebarkan” untuk menciptakan lebih dari satu protein dari satu gen. Protein yang berasal dari
gen yang sama disebut splicing isoform.

Pensinyalan Sel

Pensinyalan sel-ke-sel sangat penting untuk induksi, untuk memungkinkan kompetensi

untuk merespon, dan untuk cross-talk di antara sel yang menginduksi dan merespon. Jalur
komunikasi ini dibentuk oleh interaksi parakrin, di mana protein yang disintesis oleh satu sel
berdifusi jarak pendek untuk berinteraksi dengan sel lainnya, atau oleh interaksi jukstakrin, yang
tidak melibatkan protein difus. Protein difus yang bertanggung jawab untuk pensinyalan parakrin
disebut faktor parakrin atau growth and differentiation factors (GDF). Faktor-faktor parakrin
bertindak melalui jalur transduksi sinyal baik dengan mengaktifkan jalur secara langsung atau
dengan menghambat aktivitas inhibitor jalur (menghambat inhibitor, seperti halnya dengan
pensinyalan hedgehog). Jalur transduksi sinyal termasuk molekul pensinyalan (ligan) dan sebuah
reseptor (Gambar 1.8).

Reseptor ini membentang di membran sel dan memiliki domain ekstraseluler (regio
pengikatan ligan), domain transmembran, dan domain sitoplasmik. Ketika ligan mengikat
reseptornya, ia menginduksi perubahan konformasi dalam reseptor yang mengaktifkan domain
sitoplasmiknya. Biasanya, hasil dari aktivasi ini yaitu untuk memberikan aktivitas enzimatik ke
reseptor, dan yang paling sering dari aktivitas ini adalah kinase yang dapat memfosforilasi protein
lain dengan menggunakan ATP sebagai substrat. Pada gilirannya, fosforilasi mengaktifkan
protein-protein ini untuk memfosforilasi protein lainnya, dan dengan demikian kaskade interaksi
protein terbentuk yang pada akhirnya mengaktifkan faktor transkripsi. Faktor transkripsi ini
kemudian mengaktifkan atau menghambat ekspresi gen. Jalur ini banyak dan kompleks dan dalam
beberapa kasus dicirikan oleh satu protein yang menghambat yang lainnya yang pada gilirannya
mengaktifkan protein lainnya (seperti situasi dengan pensinyalan hedgehog).
Gambar 1.7 Gambar menggambarkan interaksi epitelial-mesenkimal. Setelah sinyal awal dari satu jaringan,
jaringan kedua diinduksi untuk berdiferensiasi menjadi struktur tertentu. Jaringan pertama merupakan
inducer, dan yang kedua adalah responder. Setelah proses induksi dimulai, sinyal (panah) ditransmisikan di
kedua arah untuk menyelesaikan proses diferensiasi.

Gambar 1.8 Gambar jalur transduksi sinyal tipikal yang melibatkan ligan dan reseptornya. Aktivasi reseptor
dihasilkan dengan pengikatan ligan. Biasanya, aktivasi bersifat enzimatik yang melibatkan tirosin kinase,
meskipun enzim lain dapat digunakan. Pada akhirnya, aktivitas kinase menghasilkan kaskade fosforilasi
beberapa protein yang mengaktifkan faktor transkripsi untuk meregulasi ekspresi gen.

Pensinyalan Jukstakrin

Pensinyalan jukstakrin juga dimediasi melalui jalur transduksi sinyal tetapi tidak
melibatkan faktor difusi. Sebagai gantinya, ada tiga cara pensinyalan jukstakrin: (1) Suatu protein
pada satu permukaan sel berinteraksi dengan suatu reseptor pada sel didekatnya dalam suatu proses
yang analog dengan pensinyalan parakrin (Gambar 1.8). Jalur Notch merupakan contoh dari jenis
pensinyalan ini. Protein reseptor Notch meluas melintasi membran sel dan berikatan dengan sel-
sel yang memiliki protein Delta, Serrate, atau Jagged pada membran sel mereka. Pengikatan salah
satu protein ini ke Notch menyebabkan perubahan konformasi dalam protein Notch sehingga
sebagian dari protein ini pada sisi sitoplasma dari membran terbelah. Bagian yang terbelah
kemudian berikatan dengan faktor transkripsi untuk mengaktifkan ekspresi gen. Pensinyalan
Notch sangat penting dalam diferensiasi neuronal, spesifikasi pembuluh darah, dan segmentasi
somit. (2) Ligan dalam matriks ekstraseluler yang disekresikan oleh satu sel berinteraksi dengan
reseptornya pada sel di dekatnya. Matriks ekstraseluler adalah lingkungan di mana sel-sel berada.
Lingkungan ini terdiri dari molekul besar yang disekresikan oleh sel-sel termasuk kolagen,
proteoglikan (kondroitin sulfat, asam hialuronat, dll), dan glikoprotein, seperti fibronektin dan
laminin. Molekul-molekul ini menyediakan substrat bagi sel-sel di mana mereka dapat berlabuh
atau bermigrasi. Sebagai contoh, laminin dan kolagen tipe IV adalah komponen-komponen dari
lamina basal untuk perlekatan sel epitel, dan molekul-molekul fibroektin membentuk perancah
untuk migrasi sel. Reseptor yang menghubungkan molekul ekstraseluler seperti fibronektin dan
laminin ke sel disebut integrin. Reseptor-reseptor ini "mengintegrasikan" molekul matriks dengan
mesin sitoskelet sel (misalnya, mikrofilamen aktin) sehingga menciptakan kemampuan untuk
bermigrasi bersama perancah matriks dengan menggunakan protein kontraktil, seperti aktin. Selain
itu, integrin dapat menginduksi ekspresi gen dan meregulasi diferensiasi seperti dalam kasus
kondrosit yang harus berikatan dengan matriks untuk membentuk kartilago. (3) Ada transmisi
sinyal langsung dari satu sel ke sel lainnya oleh gap junction. Junction ini terbentuk sebagai saluran
di antara sel-sel di mana molekul kecil dan ion dapat melewatinya.

Komunikasi seperti ini penting dalam sel-sel yang terhubung erat seperti epitel usus dan
neural tube karena mereka memungkinkan sel-sel ini bekerja bersama. Junction itu sendiri terbuat
dari protein connexin yang membentuk saluran, dan saluran-saluran ini "terhubung" di antara sel-
sel yang berdekatan. Penting untuk dicatat bahwa ada sejumlah besar redundansi yang dibangun
ke dalam proses transduksi sinyal. Sebagai contoh, molekul pensinyalan parakrin sering memiliki
banyak anggota famili sehingga gen lain dalam famili dapat mengkompensasi kehilangan salah
satu dari gen lainnya. Dengan demikian, hilangnya fungsi protein pensinyalan melalui mutasi gen
tidak selalu menghasilkan perkembangan abnormal atau kematian. Selain itu, ada cross-talk di
antara jalur, sehingga mereka saling berhubungan erat. Hubungan ini menyediakan banyak situs
tambahan untuk mengatur pensinyalan.

Faktor Pensinyalan Parakrin

Ada sejumlah besar faktor pensinyalan parakrin, yang juga disebut growth and
differentiation factors (GDF). Sebagian besar dikelompokkan menjadi empat famili, dan anggota
dari famili yang sama ini digunakan berulang kali untuk meregulasi perkembangan dan
diferensiasi sistem organ. Selanjutnya, GDF yang sama meregulasi perkembangan organ di seluruh
kerajaan hewan dari Drosophila hingga manusia. Empat kelompok GDF mencakup fibroblast
growth factor (FGF), WNT, hedgehog, dan famili transforming growth factor-b. Setiap famili dari
GDF berinteraksi dengan famili reseptornya sendiri, dan reseptor ini sama pentingnya dengan
molekul sinyal itu sendiri dalam menentukan luaran sinyal.

A. FGF

Awalnya diberi nama karena mereka menstimulasi pertumbuhan fibroblas dalam kultur,
saat ini kira-kira ada dua lusin gen FGF yang telah diidentifikasi, dan mereka dapat menghasilkan
ratusan isoform protein dengan mengubah splicing RNA atau kodon inisiasi mereka. Protein FGF
yang diproduksi oleh gen ini mengaktifkan kumpulan kinase reseptor tirosin yang disebut
fibroblast growth factor receptors (FGFR). Pada gilirannya, reseptor-reseptor ini mengaktifkan
berbagai jalur pensinyalan. FGF sangat penting untuk angio- genesis, pertumbuhan akson, dan
diferensiasi mesoderm. Meskipun ada redundansi dalam famili, sehingga FGF kadang-kadang
dapat menggantikan satu sama lain, setiap FGF dapat bertanggung jawab untuk peristiwa
perkembangan tertentu. Sebagai contoh, FGF8 penting untuk perkembangan tungkai dan bagian
dari otak.

B. Protein Hedgehog

Gen hedgehog diberi nama karena ia mengkode pola bulu pada kaki Drosophila yang
menyerupai bentuk landak. Pada mamalia, ada tiga gen hedgehog, Desert, Indian, dan sonic. Sonic
hedgehog terlibat dalam sejumlah peristiwa perkembangan termasuk pola tungkai, induksi dan
pola neural tube, diferensiasi somit, regionalisasi usus, dan lain-lain. Reseptor untuk famili
hedgehog adalah Patched, yang mengikat protein yang disebut Smoothened. Protein Smoothened
mentransmisikan sinyal hedgehog, tetapi dihambat oleh Patched sampai protein hedgehog
berikatan dengan reseptor ini. Dengan demikian, peran dari faktor parakrin hedgehog dalam
contoh ini adalah mengikat reseptornya untuk menghilangkan inhibisi transducer yang biasanya
aktif, bukan untuk mengaktifkan transducer secara langsung.

C. Protein WNT

Setidaknya ada 15 gen WNT yang berbeda yang terkait dengan gen polaritas segmen, tanpa
sayap pada Drosophilia. Reseptor mereka adalah anggota dari frizzled family dari protein. Protein
WNT terlibat dalam mengatur pola tungkai, perkembangan otak tengah, dan beberapa aspek
diferensiasi somit dan urogenital di antara aksi lainnya.

D. Superfamili TGF-b

Superfamili TGF-b memiliki lebih dari 30 anggota dan mencakup transforming growth
factor-bs, bone morphogenetic proteins, famili aktivin, Müllerian inhibiting factor (MIF, hormon
anti-Mullerian), dan lain-lain. Anggota pertama famili, TGF-b1, diisolasi dari sel-sel yang
bertransformasi secara viral. Anggota TGF-b penting untuk pembentukan matriks ekstraseluler
dan percabangan epitel yang terjadi pada perkembangan paru, ginjal, dan kelenjar saliva. Famili
BMP menginduksi pembentukan tulang dan terlibat dalam mengatur pembelahan sel, kematian sel
(apoptosis), dan migrasi sel di antara fungsi-fungsi lainnya.

SUMBER : http://www.libreriauniverso.it/pdf/9781605476568.pdf