Laporan Praktikum

m.k Dasar-Dasar Genetika Ikan

Laboratorium Genetika dan Reproduksi Organisme Akuatik
Departemen Budidaya Perairan
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Institut Pertanian Bogor
2019

PREPARASI KROMOSOM
Rizki Pratama Umardani / C141700081
Kelompok 1 / Shift Pagi
1
Departemen Budidaya Perairan, FPIK, IPB

Abstrak
Preparasi kromosom merupakan kegiatan pembuatan preparat kromosom yang memiliki tujuan menganalisa,
mengamati, dan mengetahui struktur, bentuk, dan jumlah kromosom dari spesies yang digunakan. Spesies ikan yang
dipakai pada praktikum ini seperti larva ikan nila, larva ikan mas, dan larva ikan lele. Untuk mendapatkan preparat
kromosom dilakukan dengan dua cara seperti teknik jaringan padat dan kultur sel darah. Pada praktikum ini dilakukan
teknik jaringan padat. Dimana preparat yang berisikan jaringan larva ikan dibutuhkan dari jaringan spesies yang
digunakan dengan perlakuan yang telah diberikan seperti penambahan larutan kolkisi, larutan, hipotonik, larutan
carnoy, larutan asam asetat glasial, dan pewarnaan dengan larutan giemsa. Didapat hasil pada praktikum ini hasil yang
kurang memuaskan dimana hasil preparat yang telah diamati diabawah mikroskop menunjukan bahwa kromosom pada
jaringan ikan uji tidak dapat dianalisis dengan baik yang disebabkan karena faktor-faktor tertentu.

Kata kunci: Ikan, kromosom, preparasi

Abstract
Chromosome preparation is the activity of making chromosome preparations that have the purpose of
analyzing, observing, and knowing the structure, shape, and number of chromosomes of the species used. Fish species
used in this lab are tilapia larvae, carp larvae, and catfish larvae. To get chromosome preparations is done in two ways
such as solid tissue techniques and blood cell culture. In this lab a solid tissue technique is carried out. Where
preparations containing fish larval tissue are needed from the tissue of species used with the given treatment such as
addition of colchial solution, solution, hypotonic, carnoy solution, glacial acetic acid solution, and staining with giemsa
solution. The results obtained in this lab are unsatisfactory results where the results of preparations that have been
observed under the microscope show that the chromosomes in the test fish tissue cannot be analyzed properly due to
certain factors.

Keywords: Fish, chromosome, preparation

Pendahuluan padat dan diharapkan mendapan hasil yang akurat.

Kromosom adalah badan mikroskopis dalam
inti sel yang merupakan struktur sel paling penting
yang bertugas untuk menurunkan sifat kepada
keturunan (Howe et al. 2014). Kromosom yang
terdapat pada sebuah sel haploid tidak pernah
memiliki ukuran dan sifat yang sama. Di dalam
kromosom terdapat gen yang mengandung DNA
yang terbalut dalam satu atau lebih kromosom. Gen-
gen menempati posisi tertentu (lokus) dalam
kromosom dan mengandung cetak biru berupa kode
sifat biologis untuk memproduksi fenotipe. Panjang
rangkaian DNA akan menentukan ukuran
kromosom dan hal ini bervariasi antara suatu spesies
dengan spesies yang lain. Panjang kromosom berkisar
antara 0.2-20 m (Mukti 2017). Perhitungan
kromosom dapat dilakukan melalui kultur jaringan
Pengamatan kromosom berguna untuk menentukan
bentuk dan jumlah kromosom serta penentuan ploidi.
Tahapan-tahapan yang digunakan pada teknik
jaringan padat meliputi perlakuan kolkisin, perlakuan
hipotonik, fiksasi, pembuatan preparat, pewarnaan
dan pengamatan (Aliyeva-Schnorr et al. 2015 ).
Preparasi kromosom adalah metode yang
paling tepat untuk menentukan poliploidi untuk
menentukan nomor kromosom yang benar serta
informasi sebagai kebutuhan penting untuk penelitian
sitogenetika (Rustidja 2014). Preparasi kromosom
dan “banding” (pemitaan kromosom) dapat dianggap
sebagai seni serta ilmu. Kromosom yang
divisualisasikan secara individual hanya selama
mitosis dan teknik itu telah dikembangkan untuk
merangsang sejumlah besar sel untuk memulai divisi

melalui penggunaan mitogens seperti
phytohaemagglutinin dan pokeweed dan
mengumpulkan sel pada metafase menggunakan
spindel inhibitor seperti colcemid. Banyak metode
yang sekarang tersedia untuk mengidentifikasi
kromosom dan mempersiapkan kariotipe untuk tujuan
klinis dan penelitian (Rustidja 2014).
Preparasi kromosom memiliki hubungan
dengan karyotiping. Menurut Aliyeva-Schnorr et al.
(2015), kurangnya variasi intra individu dalam jumlah
kromosom diperoleh dari penyebaran yang baik
disebabkan oleh perlakuan hipotonik yang lebih baik.
Variasi jumlah kromosom dapat disebabkan
kesalahan perhitungan sebagai akibat adanya
penyimpangan dari teknik preparasi kromosom,
hilangnya kromosom pada proses pembuatan preparat
atau selnya aneuploid. Untuk memperoleh metaphase
yang memuaskan, yaitu dengan menggunakan hewan
yang sehat dan usianya mudah. Pada ikan teleostei
jumlah metaphase lebih banyak diperoleh pada ikan
muda dan aktif. Selain beberapa hal diatas masih
banyak faktor yang harus diperhatikan untuk
memperoleh hasil preparasi kromosom yang baik.
Adapun faktor-faktor tersebut antara lain medium
kultur, ketepatan dalam pemberian dosis kolkhisin,
lama perendaman dalam larutan hipotonik, pemberian
fiksatif, pewarnaan dan sterilisasi semua alat yang
digunakan (Howe et al. 2014)
Tujuan dari praktikum ini mengetahui
struktur, bentuk, dan jumlah kromosom dari spesies
yang digunakan.
Metodologi
Alat dan bahan
Dalam menunjang berjalannya praktikum ini
dibutuhkan alat dan bahan yang sesuai dengan
kebutuhan praktikum. Adapun alat yang dibutuhkan
pada praktikum ini seperti setrika, timbangan, alat
bedah, gelas objek ( preparat), pipet tetes, bulb, tusuk
gigi, kain kasa, gelas objek cekung atau dapat di ganti
menjadi sendok, dan mikroskop. Sedangkan bahan
yang dibutuhkan untuk praktikum ini dapat berupa
benih ikan nila, larva ikan mas, larva ikan lele, larutan
hipotonik (KCl), larutan kolkisin, larutan carnoy,
larutan alcohol 70%, larutan asam asetat glasisal,
giemsa, dan akuades. Kelengkepan alat dan bahan
sangat diharapkan dalam praktikum ini demi
lancarnya praktikum dan memperepat proses kerja
dari preparasi kromosom.
Metode
Metode dari praktikum ini harus sesuai
dengan prosedur yang sudah ditentukan. Prosedur dari
praktikum ini seperti mempersiapkan bahan yang
Hasil
Dalam melakukan preparasi kromosom dipilih berbagai jenis spesies yang akan digunakan untuk dijadikan
specimen yang akan dilihat jumlah dari kromosomnya, hal tersebut telah disajikan pada tabel berikut :
Tabel 1 Hasil pengamatan preparasi kromosom
2
akan digunakan dengan melakukan pembuatan larutan
yang akan digunakan seperti pembuatan larutan
kolkisin terlebih dahulu lalu ikan dilakukan
perendaman dengan ikan didalam larutan Kolkisin
selama 6-9 jam untuk memutus benang Spindel dan
menghentikan pembelakah sel pada fase metafase.
Kemudian sirip ekor dan badan ikan terutama ikan
nila dipotong namun ikan lain seperti larva ikan mas
dan ikan lele digunakan secara utuh. Potongan
jaringan tersebut direndam dalam larutan hipotonik
(KCl) selama 60 menit pada suhu ruang dengan
tujuan menggelembungkan ukuran sel sehingga
kromosom memiliki ruang yang lebih luas dan
memudahkan pengamatan pada tahap akhir untuk
diamati dan dihitung jumlah kromosomnya. Larutan
hipotonik diganti setiap 30 menit selama waktu
perendaman dengan volume 20 kali volume jaringan.
Lalu yang telah direndam dengan larutan hipotonik
difiksasi dengan larutan Carnoy selama 60 menit
untuk menjaga keutuhan kromosom agar tidak
hancur. Larutan Carnoy diganti setiap 30 menit.
Kemudian dilanjutkan dengan pembuatan preparat.
Pada tahap pembuatan preparat, jaringan yang telah
difiksasi diambil dengan menggunakan pinset dan
disentuhkan pada tissue atau dikeringkan di tissue
untuk menghilangkan larutan fiksasi pada jaringan
setelah perendaman. Kemudian jaringan tersebut
diletakkan di atas gelas objek cekung (sendok) dan
ditambahkan 3 – 4 tetes Asam Asetat. Setelah itu
jaringan digerak-gerakkan dengan menggunakan alat
secara hati-hati hingga terbentuk suspensi sel (larutan
menjadi keruh) namun tidak merusak jaringan. Gelas
objek yang akan digunakan sebagai preparat
sebelumnya direndam di dalam alkohol 70% minimal
selama 2 jam. Suspensi sel yang terbentuk diambil
dengan menggunakan pipet tetes berujung panjang
lalu diteteskan di atas gelas objek yang ditempatkan
diatas hot plate (setrika) dengan suhu 45̊ C, dan
dihisap kembali dengan cepat setelah terbentuk
lingkaran (ring). Pada setiap gelas objek idealnya
dapat dibuat menjadi 3 lingkaran (ring). Selanjutnya
pada tahap pewarnaan preparat, preparat yang telah
berisi lingkaran diwarnai dengan larutan giemsa
dengan cara memberikan larutan sebanyak 3 – 5 tetes
lalu disebarkan hingga menutupi ring dengan
menggunakan tusuk gigi secara merata. Pewarnaan
dilakukan selama 30 menit pada suhu kamar. Setelah
preparat kering dalam waktu 30 menit preparat dibilas
dengan menggunakan akuades sampai kering dengan
tidak menyisanya air pada preparat pada suhu kamar.
Setelah kering, preparat diamati di bawah mikroskop
untuk mengetahui jumlah kromosom yang terdapat
pada preparat tersebut.
 3

Jumlah
Nama Spesies Dokumentasi
kromosom

Rizki Pratama Umardani Larva ikan Lele -

(Sumber : Dokumentasi Pribadi)

Siti Nurjannah Larva ikan Mas -

(Sumber : Dokumentasi Siti N)

Siti Atikah Deliatama F Larva ikan Mas -

(Sumber : Dokumentasi Siti ADF)

Larva ikan Mas -

Ila Nurlaela
(Sumber : Dokumentasi Ila N)

Annisa Putri Alloybina N Larva ikan Mas -

(Sumber : Dokumentasi Annisa PAN)

Larva ikan Nila

Muhammad Riski bagian badan -
hingga kepala
(Sumber : Dokumentasi Muhammad R)

Haikal Aziz - - -

Viwi Noviza Larva ikan Nila

-
bagian ekor

(Sumber : Dokumentasi Viwi N)


Gema Aisyiyah Masruri Larva ikan Lele
Dari data yang telah disajikan pada tabel diatas menunjukan species yang digunakan untuk dijadikan sebagai
specimen berbeda-beda dimana data hasil pada tabel tersebut menunjukan bahwa jumlah kromosom yang didapat tidak
ada atau tidak dapat dihitung, diduga penyebab dari tidak dapat dihitungnya jumlah kromosom pada specimen yang
disebabkan karena menumpuknya antar kromosom yang menyebabkan kromosom tidak dapat dihitung jumlahnya.
Pembahasan
Kromosom adalah pembawa gen
yang terdapat di dalam inti sel (nukleus). Kromosom
berasal dari bahasa Yunani yaitu dari kata chrome
yang berarti warna dan soma berarti badan.
Kromosom dapat diartikan sebagai badan yang
mampu menyerap warna (Howe et al. 2014). Satuan
terkecil dari makhluk hidup adalah sel. Segala
aktivitas sel diatur oleh inti sel (nukleus). Di dalam
inti, terkandung substansi genetik yang terdapat
dalam kromosom. Kromosom merupakan benda-
benda yang halus berbentuk lurus seperti batang atau
bengkok yang berada di dalam nukleus. Karena dapat
menyerap warna dengan jelas, maka dapa diamati di
bawah mikroskop. Zat penyusun kromosom disebut
kromatin dan merupakan jalinan benang-benang halus
dalam plasma inti (Rustidja 2014).
Kromosom terdiri dari DNA, RNA (asam
ribo nukleat) dan protein. Kromosom homolog (2n)
adalah kromosom yang terdapat berpasangan dan
memiliki struktur dan komposisi yang sama. sel yang
memiliki 2n kromosom (kromosom homolog) disebut
sel diploid. Bila tidak berpasangan kromosom diberi
simbol n kromosom. Sel dengan n kromosom adalah
sel haploid, misalnya sel kelamin jantan saja atau sel
kelamin betina saja (Pradeep et al. 2015). Kromosom
terdiri dari DNA, RNA (asam ribo nukleat) dan
protein. Kromosom homolog (2n) adalah kromosom
yang terdapat berpasangan dan memiliki struktur dan
komposisi yang sama. sel yang memiliki 2n
kromosom (kromosom homolog) disebut sel diploid.
Bila tidak berpasangan kromosom diberi simbol n
kromosom. Sel dengan n kromosom adalah sel
haploid, misalnya sel kelamin jantan saja atau sel
kelamin betina saja. Karakter-karakter kromosom
paling mudah dipelajari pada fase prometafase dari
mitosis, karena pada saat tersebut kromosom-
kromosom tampak tersebar tidak saling tumpang
tindih dan masing-masing kromosom berbentuk
silindroid dengan empat lengan karena mempunyai 2
kromatid serupa (sister chromatid).
Setiap kromatid pada kromosom tersusun
atas molekul-molekul DNA.Molekul-molekul DNA
ini bersatu dengan protein histon membentuk
nukleosom. Nukleosom-nukleosom ini dengan protein
non histon akan membelit dan memutar membentuk
spiral (coil) dan ulir-ulir ini akan meutar dan
membelit lagi membentuk super spiral (super coil).
Dengan demikian kromosom akan tampak memendek
4
-
(sumber : Dokumentasi Gema AM)
(terkondensasi) setelah akhir fase interfase dari siklus
sel (Said et al. 2013). Kromosom yang terdiri dari dua
kromatid serupa mempunyai lenganpendek (p) dan
lengan panjang (q). Kedua lengan kromosom ini
dipisahkan oleh suatu bagian yang disebut sentromer
atau lekukan pertama (centromere) dan pada masing-
masing kromatid terdapat bagian yang disebut
kinetokor yang berfungsi untuk berpegangannya
kromosom dengan benang-benang spidel .Pada
beberapa kromosom kadang-kadang masih dapat
dilihat adanya lekukan kearah dalam lainnya
sehingga memisahkan bagian kecil dari lengan
kromosom dan lekukan ini dinamakan lekukan
sekunder (secondary constriction) (Aliyeva-Schnorr
et al. 2015).
Kromosom tersusun atas DNA yang
berkondensasi bersama protein histon di dalam inti
sel, membentuk struktur bernama nukleosom. DNA (
deoxyribonucleic acid ) atau asam deoksiriboneukleat
merupakan substansi pembawa pembentuk
nukleosom. Nukleosom-nukleosom berkelompok dan
membentuk benang yang lebih kompak, yang
dinamakan benang kromatin. Kromatin akan terlihat
sebagai benang yang mengandung struktur manik-
manik (beads on a string), yakni nukleosom (Winarto
2011). Benang kromatin ini ditemukan di dalam inti
sel. Ketika sel akan membelah, benang kromatin
membentuk pilinan yang semakin padat sehingga
dapat terlihat menggunakan mikroskop. Struktur yang
dihasilkan oleh pengompakan benang kromatin
tersebut dikenal sebagai kromosom. Sebelum sel
membelah, molekul DNA dari setiap kromosom
berduplikasi sehingga terbentuk lengan kromosom
ganda yang disebut kromatid. Pada kromosom
terdapat suatu daerah terang yang tidak mengandung
gen, dinamakan sentromer . Bagian ini memiliki
peranan sangat penting pada proses pembelahan
sel. Di bagian inilah benang gelendong menempel
untuk bagian kromosom pada masing-masing kutub
pembelahan yang berlawanan (Aliyeva-Schnorr et al.
2015). Adapun tiga fungsi utama kromosom yaitu
sebagai tempat penyimpanan informasi genetik yang
akan diturunkan dari induk ke anak sehingga
membentuk sifat dan ciri khas individu tersebut,
berperan penting dalam proses pembelahan sel, dan
menentukan jenis kelamin suatu individu
(Mirzaghaderi 2010).

Adapun tahapan pada preparasi kromosom
yang terdiri dari tahap preparasi jaringan, penyebaran
sel pada papan preparat, dan akhir proses preparasi
berupa pewarnaan. Prinsip dari preparasi kromosom
ini dengan menggunakan bahan kimia yang memiliki
fungsi menghambat proses pembelahan pada fase
metaphase agar mudah diamati dimana pada fase ini
merupakan fase saat kromosom sudah menebal dan
terletak di bidang ekuator yang belum terpisah satu
sama lain yang membuat kromosom terlihat lebih
jelas dibandingkan pada fase lainnya dan mudah
untuk mewarnai kromosom yang akan diamati di atas
preparat (Pradeep et al. 2015).
Pada praktikum ini digunakan jenis metode
kultur padat, dimana pada metode ini dibutuhkan
beberapa larutan yang dapat membantu jalannya
praktikum ini seperti larutan kolkisin, larutan
hipotonis (KCl), larutan carnoy, asam asetat glasial,
dan giemsa.
Kolkisina merupakan alkaloid toksik dan kar
sinogenik yang diperoleh dari ekstrak
tumbuhan Colchicum autumnale dan beberapa
anggota suku Colchicaceae lainnya, seperti Gloriosa
superba dengan rumus kimianya C22H25NO6.
Kolkisina merupakan inhibitor mitosis karena dapat
mengikat tubulin (suatu protein), konstituen
utama mikrotubula. Mikrotubula memainkan peran
penting dalam pembentukan benang
spindelpada mitosis. Selain itu, kolkisina juga
merupakan inhibitor motilitas dan aktivitas neutrofil,
salah satu partikel penyusun darah, sehingga memiliki
efek anti-radang (anti inflamatori). Kolkisina dipakai
luas di bidang biologi/pertanian untuk menghasilkan
sel-sel poliploid buatan, karena pemisahan set
kromosom terganggu dan sel-sel memiliki set
kromosom yang berlipat. Larutan kolkisin atau
kolsemid berfungsi menghentikan pembelahan sel
pada fase metaphase. Dimana pada praktikum ini ikan
yang digunakan sebagai hewan uji direndam
menggunakan larutan kolkisin selama 6-9 jam untuk
membuat sel yang terbentuk terhenti pada fase
metaphase (Said et al. 2013).
Perlakuan dengan penambahan larutan
hipotonik (KCl) memiliki tujuan dimana dengan
ditambahkannya larutan hipotonik seperti (KCl)
bertujuan agar sel-sel membesar dan kromosom
menyebar letaknya (Mukti 2017). Pemberian larutan
carnoy digunakan untuk tahapan fiksasi, fiksasi
sendiri merupakan perlakuan untuk mematikan sel
tanpa merusak bentuk dan kandungannya (Said et al.
2013). Penambahan larutan asam asetat glasial
memiliki fungsi yang hampir sama seperti larutam
carnoy, dimana pada penambahan asam asetat glasial
ini bertujuan untuk membuat specimen mengeluarkan
suspense yang terlarut di asam asetat yang akan
digunakan untuk peletakan di atas gelas preparat
sebelum dilakukan pemberian warna (Winarto 2011).
Sedangkan giemsa merupakan zat pewarna, dimana
pada praktikum ini giemsa diberikan pada tahap
pewarnaan preparat yang telah berisi lingkaran
suspense yang diwarnai dengan larutan giemsa 20%
dengan cara memberikan larutan sebanyak 3 – 5 tetes
5
lalu disebarkan hingga menutupi ring dengan
menggunakan tusuk gigi. Pewarnaan dilakukan
selama 20 – 30 menit pada suhu kamar. Preparat
dibilas dengan menggunakan akuades selama 20 – 30
menit pada suhu kamar (Mukti 2017).
Hasil yang didapat pada praktikum ini
dilampirkan pada tabel 1 dimana dapat dijelaskan
hasil yang didapat sesuai dengan pengamatan
kelompok 1 shift pagi bahwa preparat yang berisikan
kromoson specimen tebal atau tidak dapat dilihat
sehingga jumlah kromosom tidak dapat dihitung yang
diduga karena disebabkan penumpukan yang terjadi
antar kromosom saat peletakan larutan suspensi dari
specimen ke gelas preparat, namun dapat juga
disebabkan karena pecahnya sel karena terlalu lama
dalam tahap perendaman dengan larutan hipotonik
yang sesuai dengan penjelasan menurut Pradeep et al.
(2015) bahwa pemberian larutan hipotonik pada
proses preparasi kromosom dalam waktu yang lama
akan membuat sel menjadi rusak yang membuat
kromosom menjadi tidak dapat dilihat dengan baik.
Kesimpulan
Preparasi kromosom yang dihasilkan pada
praktikum ini tidak memiliki hasil yang jelas sehingga
jumlah, bentuk, dan tingkat ploidi kromosom ikan
yang diamati tidak dapat dideskripsikan dan tidak
dapat diketahui.
Daftar Pustaka
Aliyeva-Schnorr L, Ma L, Houben A. 2015. A fast
air-dry dropping chromosome preparation
method suitable for fish in plants. Journal of
Visualized Experiments. 106(1): 1-5.
Howe B, Umrigar A, Tsien F. 2014. Chromosome
preparation from cultured cells. Journal of
Visualized Experiments. 83(1):1-5
Mirzaghaderi G. 2010. A simple metaphase
chromosome preparation from meristematic
root tip cells of wheat for karyotyping or in
situ hybridization. African Journal of
Biotechnology. 9(3): 314-318.
Mukti AT. 2017. Metode penentuan ploidi pada ikan
nila oreochromis niloticus menggunakan
kombinasi sebaran kromosom dan nukleoli
secara bersamaan. Jurnal Akuakultur Sungai
dan Danau. 2(1): 43-50.
Pradeep PJ, Srijaya TC, Zain RBH, Papini A,
Chatterji AK. 2015. A simple technique for
chromosome preparation from embryonic
tissues of teleosts for ploidy verification.
Caryologia: International Journal of
Cytology, Cytosystematics and Cytogenetics.
64(2): 235-241.
Rustidja. 2014. Analisa jumlah kromosom ikan mas
koki (carrasius auratus) tetraploid yang
dihasilkan dengan metode kejutan panas.
Jurnal Perikanan UGM (GMU J. Fish. Sci.).
6(1):1-8.
Said DS, Carman O, Hidayat, Abinawanto. 2013.
Studi kromosom ikan pelangi (Xlelanotaenia
 6

lucustris). Jurnal Iktiologi Indonesia. 3(2):

79-86.
Winarto B. 2011. Pewarnaan kromosom dan
pemanfaatannya dalam penentuan tingkat
ploidi eksplan hasil kultur anter anthurium.
J. Hort. 21(2): 113-123.