LAPORAN KIMIA MEDISINAL

DOCKING DAN HKSA

KELOMPOK 1

Feziah Eulalia Arubusman 135070507111022/Farmasi B

Nikmatur Rohmah 155070500111006/ Farmasi B

Ade Zaqiatul R. U. 155070500111014/ Farmasi B

Zalfa Hibatullah R. A. 155070500111024/Farmasi B

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS BRAWIJAYA

MALANG

2017
 BAB I
DOCKING

Diklofenak adalah salah satu obat analgesik yang bekerja dengan mekanisme
menghambat enzim COX. Docking merupakan salah satu metode in silico untuk menemukan
senyawa penuntun untuk pengembangan obat baru. Dalam program docking, kita dapat
mempelajari interaksi senyawa dengan protein reseptor yang terlibat dalam patofisiologi
suatu penyakit. Dengan menggunakan program docking, dapat diprediksi adanya interaksi
antara ligan dari senyawa baru yang ingin dikembangkan dan reseptor. Beberapa senyawa
didocking untuk mengetahui interaksinya dengan reseptor. Senyawa-senyawa baru yang
didocking antara lain BATU1 (1-allyl-3-benzoylthiourea), BATU2 (1-allyl-3-(2-
chlorobenzoyl)thiourea), BATU3 (1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea), dan BATU4 (1-allyl-
3-(4-chlorobenzoyl)thiourea).
Mula-mula, dilakukan docking diklofenak dengan protein 1PXX untuk mengetahui
interaksinya dan didapatkan hasil sebagai berikut:

Hasil docking diklofenak diimport dan dipilih pose yang memiliki rerank score paling
kecil, yaitu dengan rerank score sebesar -96,8132. Makin kecil rerank score menunjukkan
afinitas ikatannya makin baik.
 Diklofenak berinteraksi dengan protein 1PXX pada asam amino Tyr 385, Leu 390,
His 388, His 207, His 386, dan Thr 206. Selanjutnya, dilakukan docking senyawa BATU 1,
BATU 2, BATU 3, dan BATU 4 terhadap protein 1PXX.

1.1 BATU 1 (1-allyl-3-benzoylthiourea)

H H
N N

O S 1-allyl-3-benzoylthiourea
 Hasil docking senyawa BATU 1 dengan 1pxx menunjukkan terdapat 5 pose yang
menggambarkan interaksi atau posisi interaksi antara ligand dengan reseptor. Setiap pose ini
menunjukkan nilai Rerank score yang berbeda-beda. Semakin negative nilai rerank
menggambarkan bahwa afinitas ligan dengan reseptor semakin baik. Pada BATU 1 dipilih
pose dengan nilai rerank score -96,587 (nilai yang paling kecil). Cavity yang digunakan
adalah cavity 2. Ligand map interaction menunjukkan interaksi ligand dengan asam amino
apa saja pada reseptor. BATU 1 berinteraksi dengan dua macam asam amino yaitu Tyr 385
dan Phe 210. Apabila dibandingkan dengan diklofenak maka diklofenak memiliki lebih
banyak interaksi yaitu terikat dengan 6 macam asam amino yaitu Tyr 385, Leu 390, His 388,
His 207, His 386,dan Thr 206. Maka BATU 1 kurang baik digunakan sebagai obat untuk
menggantikan diklofenak.

1.2 BATU 2 (1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea)

H H
N N

Cl O S 1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea
 Hasil docking senyawa BATU 2 dengan 1pxx menunjukkan terdapat 5 pose yang
menggambarkan posisi interaksi antara ligand dengan reseptor. Setiap pose menunjukkan
nilai Rerank score yang berbeda-beda. Semakin negative nilai rerank menggambarkan bahwa
afinitas ligan dengan reseptor semakin baik. Pada BATU 2 dipilih pose dengan nilai rerank
score -101,366 (nilai yang paling kecil) karena afinitasnya dianggap paling baik diantara pose
yang lain. Dari nilai rerank score dapat dilihat pula bahwa afinitas BATU 2 lebih baik
dibandingkan dengan BATU 1. Cavity yang digunakan adalah cavity 2. BATU 2 berinteraksi
dengan 4 macam asam amino yaitu Leu 390, Thr 206, Tyr 385 dan Phe 210. Apabila
dibandingkan dengan diklofenak maka diklofenak memiliki lebih banyak interaksi yaitu
terikat dengan 6 macam asam amino yaitu Tyr 385, Leu 390, His 388, His 207, His 386,dan
Thr 206. Maka BATU 2 kurang baik digunakan sebagai obat untuk menggantikan diklofenak,
akan tetapi lebih baik daripada BATU 1.

1.3 BATU 3 (1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea)

H H
N N

Cl

O S 1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea
 Pada BATU3 rerank score paling negatif yaitu -98,9541, jika diamati nilai rerank
score dan doc score lebih besar pada BATU4 hal ini kemungkinan dipengaruhi oleh letak/
posisi kloro alil thiourea pada batu3 dalam posisi meta sedangkan pada batu4 dalam posisi
ortho sehingga dapat dibandingkan pada BATU4 memiliki energi yang lebih tinggi dan lebih
stabil dari pada BATU3, interaksi atau ikatan dengan asam amino yang didapatkan yaitu
meliputi Ala 199, His 388, Trp387, dan Tyr 385, dengan cavity yang sama yaitu cavity2.
Apabila dibandingkan dengan diklofenak maka diklofenak memiliki lebih banyak interaksi
yaitu terikat dengan 6 macam asam amino yaitu Tyr 385, Leu 390, His 388, His 207, dan His
386 dan Thr 206.

1.4 BATU 4 (1-allyl-3-(4-chlorobenzoyl)thiourea)

Cl

H H
N N

O S 1-allyl-3-(4-chlorobenzoyl)thiourea
 Berdasarkan hasil yang didapat dari molegro didapatkan 5 pose dari batu 4, pose
menggambarkan interaksi dengan reseptor pada protein 1pxx, dimana tiap pose memiliki
rerank score yang berbeda. Perbedaan ini menunjukkan stabilitas ikatan antara molekul dan
reseptornya. Nilai rerank yang paling negatif menunjukkan kestabilan yang tinggi, maka dari
rerank score diatas dipilih -101,596. Cavity yang digunakan adalah cavity 2 disamakan
dengan BATU yang lainnya. Sedangkan ikatan dengan asam amino yang didapatkan dari
BATU4 yaitu phe210, Tyr 385, Thr 206, Ala 199. Apabila dibandingkan dengan diklofenak
maka diklofenak memiliki lebih banyak interaksi yaitu terikat dengan 6 macam asam amino
yaitu Tyr 385, Leu 390, His 388, His 207, dan His 386,Thr 206.

BAB II
ALIGNMENT

BTU (1-benzoylthiourea)
 BTU merupakan senyawa yang terbukti memiliki aktivitas analgesik. Senyawa ini
bekerja pada reseptor 1PXX atau enzim COX. Dari docking senyawa BTU dengan 1PXX
didapatkan senyawa berada pada cavity 2. Didapatkan 3 poses dari hasil docking BTU
dengan nilai rerank score yang berbeda-beda. Rerank score dari senyawa BTU yang dipilih
adalah yang bernilai paling kecil, dimana hal ini menunjukkan afinitasnya semakin baik. Pose
BTU yang terpilih adalah [02]btu dengan rerank score sebesar -81,7148. Senyawa BTU
berinteraksi dengan asam amino Ala 199, Trp 387, Thr 206, dan Tyr 385. Dari ligand energy
inspector diperoleh total energi atom pada senyawa BTU sebesar -88,6747.
Selanjutnya, dilakukan alignment dari berbagai senyawa turunan BTU dan kemudian
di-docking ke protein 1PXX untuk dilihat interaksinya. Senyawa-senyawa yang dilakukan
alignment dengan BTU antara lain BATU1 (1-allyl-3-benzoylthiourea), BATU2 (1-allyl-3-(2-
chlorobenzoyl)thiourea), BATU3 (1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea), dan BATU4 (1-allyl-
3-(4-chlorobenzoyl)thiourea).
2.1 BATU 1 (1-allyl-3-benzoylthiourea)

Didapatkan 5 poses dari hasil docking BATU1 dengan 1PXX. Dipilih pose [00]batu
dengan rerank score -100,803 karena memiliki rerank score terkecil yang menunjukkan
afinitas yang lebih baik. Nilai rerank score dari BATU1 lebih kecil daripada nilai rerank
score BTU, sehingga hal ini menunjukkan bahwa BATU1 memiliki afinitas yang lebih
baik dengan 1PXX daripada BTU.

Dari ligand map dapat diketahui bahwa BATU1 berinteraksi dengan asam amino Tyr
385 dan Thr 206. Asam amino-asam amino tersebut juga merupakan asam amino yang
berinteraksi dengan BTU. Posisi pose BTU dan BATU1 sudah sejajar karena telah
dilakukan alignment.
 Dari ligand energy inspector didapatkan energi total atom BATU1 sebesar -114,589.

2.2 BATU 2 (1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea)

Didapatkan 5 poses dari hasil docking BATU2 dengan 1PXX. Dipilih pose [00]batu2
dengan nilai rerank score sebesar -96,6111. Nilai rerank score BATU2 lebih kecil daripada
BTU yang menunjukkan afinitasnya lebih baik daripada BTU.
 BATU2 berinteraksi dengan asam amino Asn382 dan Tyr386. Posisi pose BATU2
dengan BTU juga sudah sejajar karena sebelumnya dilakukan alignment.

Dari ligand energy inspector dapat diketahui total energi atom pada BATU2 sebesar
-116,753.
2.3 BATU3 (1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea)

Didapatkan 5 poses dari hasil docking BATU3 dengan 1PXX dan dipilih pose yang
memiliki rerank score paling kecil yaitu pose [02]batu3 dengan nilai rerank score -100,503.
Nilai rerank score BATU3 lebih kecil daripada BTU yang menunjukkan bahwa afinitasnya
lebih baik.

Dari ligand map dapat diketahui bahwa BATU3 berinteraksi dengan asam amino Thr
206, Tyr 385, dan Phe 210, dimana Thr 206 dan Tyr 385 juga merupakan asam amino yang
berinteraksi dengan BTU. Posisi BATU3 dan BTU sudah sejajar. Posisi BATU3 hampir sama
dengan BTU, dimana hal ini menunjukkan bahwa BATU3 memiliki aktivitas yang paling
mendekati BTU.

Dari ligand energy inspector diketahui energi total atom pada BATU3 adalah sebesar
-120,062.

2.4 BATU4 (1-allyl-3-(4-chlorobenzoyl)thiourea)

Dari hasil docking BATU4 dengan 1PXX didapatkan 5 poses. Dipilih pose [03]batu4
dengan nilai rerank score terkecil yaitu -118,544. Nilai rerank score BATU4 lebih kecil
daripada BTU yang menunjukkan bahwa afinitasnya lebih baik.
 Dari ligand map diketahui bahwa BATU4 berinteraksi pada asam amino Leu391, Trp
387, Tyr 385, Phe 210, dan Thr 206. Asam amino Trp 387, Tyr 385, dan Thr 206 juga
berinteraksi dengan BTU. Dilihat dari posisinya, posisi BATU4 juga sejajar dengan BTU dan
posisinya hampir mendekati BTU.

Dari ligand energy inspector didapatkan total energi atom BATU4 adalah sebesar -120,062.

Keempat senyawa BATU1, BATU2, BATU3, dan BATU4 memiliki rerank score yang
lebih kecil daripada BTU. Senyawa yang memiliki nilai rerank score terkecil adalah BATU4
yaitu sebesar -118,544. Senyawa BATU4 berinteraksi dengan beberapa asam amino yang
sama dengan asam amino yang juga berinteraksi dengan BTU, yaitu asam amino Trp 387, Tyr
385, dan Thr 206 pada protein 1PXX. Setelah dilakukan alignment, posisi dari hasil docking
senyawa BATU4 juga mirip dengan posisi BTU dimana hal ini menunjukkan bahwa
kemungkinan BATU4 memiliki aktivitas yang mirip dengan BTU. Pada alignment, atom
yang sudah dipilih dan di-alignment akan tetap berada pada tempatnya sehingga akan
membatasi pergerakan ligan saat dilakukan docking. Interaksi BATU4 mirip dengan interaksi
BTU dengan 1PXX. Namun dilihat dari sisi energi ikatannya masih lebih baik BATU4
daripada BTU. Jadi, dapat disimpulkan dengan adanya gugus alil dan Cl pada posisi para
pada senyawa BATU4 dapat meningkatkan interaksi BATU4 dengan protein 1PXX, sehingga
dapat dikatakan bahwa senyawa BATU4 berpotensi untuk dikembangkan menjadi obat
analgesik.
 BAB III
HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR-AKTIVITAS (HKSA)

Analisis hubungan kuantitatif struktur-aktivitas dilakukan menggunakan software

SPSS. Analisis ini dilakukan pada beberapa senyawa yaitu, BATU1 (1-allyl-3-
benzoylthiourea), BATU2 (1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea), BATU3 (1-allyl-3-(3-
chlorobenzoyl)thiourea), dan BATU4 (1-allyl-3-(4-chlorobenzoyl)thiourea). Struktur kimia
dari senyawa-senyawa tersebut dapat digambar menggunakan software ChemDraw. Berikut
adalah struktur dari keempat senyawa tersebut:

H H H H
N N N N

O S Cl O S
1-allyl-3-benzoylthiourea 1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea

Cl

H H H H
N N N N
Cl

O S O S
1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea 1-allyl-3-(4-chlorobenzoyl)thiourea

Keempat senyawa tersebut diketahui memiliki nilai log 1/ED50 yaitu sebagai berikut:
Senyawa ED50 (mg/KgBB) Log 1/ED50
1-allyl-3-benzoylthiourea 33.469 -1.525
1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea 15.440 -1.189
1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea 11.204 -1.049
1-allyl-3-(4-chlorobenzoyl)thiourea 9.820 -0.992

Untuk melakukan analisis HKSA, dibutuhkan beberapa parameter untuk mengetahui

hubungan aktivitas senyawa dengan parameter. Parameter-parameter yang digunakan antara
lain:
- ClogP, yaitu parameter sifat lipofilik yang menggambarkan kemampuan obat
menembus membran untuk mencapai site of action.
- CMR, yaitu parameter sifat sterik yang menggambarkan kemampuan senyawa untuk
menempati ruang dimana berpengaruh terhadap kemampuannya dalam menduduki
reseptor.
 - ElecE, yaitu parameter yang menggambarkan sifat elektronik suatu senyawa.

Nilai parameter dari senyawa yang akan dianalisis dapat dilihat dari ChemDraw, nilainya
adalah sebagai berikut:
Senyawa CLogP elecE CMR
BATU1 2,0450 -13740,40 6,6472
BATU 2,1296 -15607,70 7,1386
BATU3 2,9596 -15352,50 7,1386
BATU4 2,9596 -15311,30 7,1386

Selanjutnya, dengan menggunakan software SPSS dilakukan perhitungan regresi dari Log
1/ED50 dengan masing-masing parameter

3.1 ClogP
Hasil analisis regresi linear antara log 1/ED50 dengan ClogP adalah sebagai
berikut:
 Dari hasil analisis regresi linier diperoleh persamaan sebagai berikut:
Log 1/ED50 = 0,403 ClogP ( 0,176) – 2,205 ( 0,451)

Hasil analisis kuadratik antara log 1/ED50 dengan ClogP adalah sebagai berikut:

Dari hasil analisis kuadratik antara log 1/ED50 dengan ClogP diperoleh persamaan
sebagai berikut:
1/ED50 = -4,121 ClogP2 ( 0,776) + 21,173 ClogP (3,912) – 27,592 (4,783)
 Koefisien ClogP yang didapatkan dari regresi linier sebesar 0,403 dengan nilai r
sebesar 0,850 dan nilai r2 sebesar 0,723. Sementara nilai ClogP yang didapatkan dari analisis
kuadratik adalah sebesar 21,173 dengan nilai r sebesar 0,995 dan nilai r2 sebesar 0,991. Hal
ini menunjukkan bahwa ClogP memiliki hubungan dengan log 1/ED 50 secara kuadratik,
dilihat dari nilai koefisiennya yang bernilai besar dan nilai r serta nilai r 2 yang mendekati 1.
Nilai r itu sendiri menunjukkan tingkat hubungan aktivitas biologis dengan data hasil
perhitungan. Dimana semakin besar nilai r maka hubungannya semakin baik. Jadi, dapat
disimpulkan bahwa ClogP mempengaruhi aktivitas biologis secara kuadratik.

3.2 ElecE
Hasil analisis regresi linear antara log 1/ED50 dengan ClogP adalah sebagai berikut:
Dari hasil regresi linear antara log 1/ED50 dengan ElecE diperoleh persamaan garis
sebagai berikut:
1/ED50 = 0 ElecE (0) – 4,686 (1,446)
Koefisien ElecE bernilai 0 dengan nilai r sebesar 0,874 dan nilai r 2 sebesar 0,764.
Dilihat dari nilai r dan r2 menunjukkan bahwa hubungan log 1/ED50 dengan ElecE
cukup linear. Namun, koefisien elecE bernilai 0 yang menunjukkan bahwa parameter
ini tidak berpengaruh terhadap log aktivitas.
3.3 CMR

Dari hasil analisis regresi linear log 1/ED50 dengan CMR diperoleh persamaan sebagai
berikut:
Log 1/ED50 = 0,912 CMR ( 0,238) – 7,590 (1,672)
Koefisien CMR bernilai 0,912 dengan nilai r dan r2 berturut-berturut sebesar 0,938
dan 0,880. Dari nilai r dan r2 dapat diketahui bahwa hubungan log 1/ED50 dengan
 CMR cukup linear, namun pengaruhnya tidak cukup besar karena koefisien CMR
hanya bernilai 0,912.

Dari keempat analisis senyawa BATU 1, BATU 2, BATU3, dan BATU 4 di atas, dapat
disimpulkan bahwa parameter yang paling mempengaruhi aktivitas senyawa adalah
parameter lipofilik yaitu ClogP, dimana ClogP dan log 1/ED 50 berhubungan secara kuadratik.
Sementara parameter yang tidak memberikan pengaruh terhadap aktivitas senyawa adalah
parameter elektronik, yaitu ElecE. Sedangkan parameter sterik yaitu CMR memberikan
pengaruh namun minimal. Hubungan parameter ClogP dengan 1/ED50 mengikuti hubungan
kuadratik sehingga dapat diartikan bahwa ClogP mengikuti homologasi. Dimana
pemanjangan rantai C bisa meningkatkan aktivitas senyawa sampai titik optimal dan setelah
melewati titik optimal, aktivitasnya bisa menurun. Sehingga, dapat disimpulkan untuk
meningkatkan aktivitas senyawa turunan allyl benzoyl thiourea dapat dimodifikasi
strukturnya supaya lebih lipofil mengikuti homologasi hingga titik optimal (titik puncak).
 LAMPIRAN
Docking batu 1

1. Gambar struktur pada chemdraw, kemudian beri nama struktur klik structure pada
toolbar lalu pilih convert name to structure

2. Copy struktur senyawa ke chemdraw 3D

3. Minimalkan energy(klik MM2, lalu klik minimize energy)

 4. Klik run

5.
5. Save as ke struktur

6. Dowload 1pxx dari RCSB PDB

7. Buka molegro lalu klik file ->import molekul

8. Unchek cofactor, water, dan pilih satu protein dan satu ligan
9. Muncul molekul

10. Klik preparationdetect cavity klik oke

11. Pilih satu cavity yaitu cavity 2 dan uncheck cavity yang lainnya, lalu klic docking
docking wizard

12. Klik next

13. Check internal ES, internal Hbond, dan Sp2-Sp2 torsion next
14. Check energy minimize next start
15. Setelah docking selesai klik close, lalu klik file import docking result
16. Pilih/check rerange score yang paling negatif oke
17. Klik file import molekul BATU1 open
18. Preparation cutom diganti always

19. Pada workspace pilih batu1 sebagai aktif ligan

20. Untuk melihat interaksi dengan asam amino, klik ligan map show interaction
check elektrostatik interaction dan steric interaction
Step-step alignment

1. Pilih import molecule

2. Pilih molekul yang akan didocking, kali ini yang dipilih adalah molekul batu3 sebagai
ligan
3. Molekul batu3 dipilih sebagai ligan dan diimport

4. Didapatkan molekul batu3 dalam workspace

5. Ligan yang baru ditambahkan diganti nama menjadi “batu3”
6. Dipilih Ligand Map untuk melihat interaksi dari ligan. Dipilih ligan yang ingin dilihat
interaksinya. Interaksi yang dapat diamati antara lain ikatan hidrogen, interaksi
elektrostatik, dan interaksi sterik.
7. Dipilih ligan batu3 kemudian dipilih atom O karbonil, C karbonil, dan C ipso pada
cincin benzena.

8. Dipilih poses [02]btu kemudian dipilih pula atom O karbonil, C karbonil, dan C ipso
pada cincin benzena.
9. Pada poses [02]btu dipilih atom C ipso pada cincin benzena kemudian diklik kanan
dan dipilih Align to this molecule

10. Ligan batu3 akan berubah posisi menjadi sejajar dengan pose [02]btu karena sudah
dilakukan alignment. Atom yang sudah dipilih dan di-alignment akan tetap berada
pada tempatnya sehingga akan membatasi pergerakan ligan saat dilakukan docking.
11. Ligan btu3 diaktifkan dengan cara men-klik kanan btu3 kemudian memilih “Set as
Active Ligand”.

12. Dilakukan docking ligan btu3 ke protein PXX. Pilih Docking kemudian pilih
“Docking Wizard”.
13. Dipilih ligan batu3 sebagai ligan yang akan didocking. Kemudian pilih “Next”.

14. Pada ligand evaluation, “Internal ES”, “Internal Hbond”, “Sp2-Sp2 Torsions”
dicentang. Kemudian origin dipilih “User-defined”. Posisi ini menunjukkan ligan
sudah berada pada posisi yang sudah di-alignment sebelumnya. Selanjutnya dipilih
“Next”.
15. Pada after docking, “Energy Minimization” dicentang. Kemudian dipilih “Next”.

16. Pada Pose Clustering dipilih “Next”.

17. Pada Errors and Warnings dipilih “Next”.

18. Pada Output directory dipilih folder untuk menyimpan hasil docking. Kemudian
dipilih “Start” untuk memulai docking.
19. Docking berjalan.
20. Docking selesai dan dipilih “Close”.

21. Membuka hasil docking sebelumnya dengan memilih “Import Docking Result”.
22. Dipilih file docking yang ingin dibuka pada folder yang sudah ditentukan. Kemudian
pilih “Open”.
23. Dipilih pose batu3 yang memiliki nilai Rerank Score paling kecil. Kemudian dipilih
“OK”.

24. Dipilih ligand map pada pose [02]batu3 kemudian dilihat interaksi ikatan hidrogen,
interaksi elektrostatik, interaksi sterik.
Dipilih “Show L.E. Inspector” untuk melihat energi ligan.