KARAKTERISASI DAN REKAYASA DARI DEGRADASI PLASTIK

POLIESTER AROMATIK

Disusun Oleh :

1. Frisca Nadya Safitri 15030234007

2. Faizatus Solihah 15030234024
3. M Dany Rizaldy 15030234035

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI SURABAYA

NOVEMBER, 2018
 BAB I
PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG
Poli (etilena tereftalat) (PET) adalah salah satu polimer sintetis yang paling banyak
diproduksi dan terakumulasi di lingkungan pada tingkat yang mengejutkan sebagai kemasan
dan tekstil yang dibuang. Sifat yang membuat PET resistensi terhadap biodegradasi dan
sangat mengkhawatirkan karena akan berada berabad-abad lamanya di lingkungan.
Ketergantungan kita pada PET dan plastik lainnya berarti bahwa penumpukan ini akan terus
berlanjut kecuali ditemukannya sebuah solusi.
Dalam waktu kurang dari satu abad plastik telah menjadi penting bagi masyarakat
modern karena didorong oleh fleksibilitas luar biasa yang digabungkan dengan biaya
produksi yang rendah, namun sekarang diakui secara luas bahwa plastik menimbulkan
ancaman polusi global, terutama dalam ekosistem laut. Menanggapi akumulasi plastik di
biosfer itu menjadi semakin diakui bahwa mikroba beradaptasi dan berevolusi enzim dan
jalur katabolik untuk sebagian mendegradasi plastik buatan manusia sebagai sumber karbon
dan energi . Pijakan evolusi ini menawarkan titik awal yang menjanjikan bagi bioteknologi
industri dan biologi sintetis untuk membantu mengatasi ancaman lingkungan yang
ditimbulkan oleh plastik buatan buatan manusia.
Baru-baru ini bakteri yang baru ditemukan Ideonella sakaiensis 201-F6 terbukti
menunjukkan kemampuan langka untuk tumbuh di PET sebagai sumber karbon dan energi
utama. Pusat untuk kemampuan biodegradasi PET adalah PETase yang disekresikan (enzim
pencerna-PET). Pada penelitian ini menyajikan struktur kristal X-ray resolusi 0,92 Å dari
PETase yang mengungkapkan fitur umum untuk kedua cutinases dan lipase, selain itu pada
penelitian ini menunjukkan bahwa PETase menurunkan poliester semiaromatis lain,
polietilena-2,5-furandicarboxylate (PEF) yang merupakan pengganti PET yang muncul
dengan sifat penghalang yang lebih baik. Sebaliknya, PETase tidak menurunkan poliester
alifatik, menunjukkan bahwa secara klinis adalah poliinsolase secara bilateral. Temuan ini
menunjukkan bahwa rekayasa protein tambahan untuk meningkatkan kinerja PETase adalah
realistis dan melihat kebutuhan untuk pengembangan lebih lanjut dari hubungan struktur /
aktivitas untuk biodegradasi poliester sintetis.
 Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan pemahaman yang lebih mendalam tentang
adaptasi yang berkontribusi pada spesifitas substrat dari PETase. Telah dilaporkan beberapa
struktur kristal X-ray resolusi tinggi PETase, yang memungkinkan perbandingan dengan
struktur cutinase. Berdasarkan perbedaan dalam PETase dan cutinase aktif, varian PETase
diproduksi dan diuji untuk degradasi PET, termasuk mutan ganda distal ke pusat katalitik
yang diprediksi akan mengubah interaksi substrat-enzim. Anehnya, mutan ganda ini
terinspirasi oleh struktur cutinase yang menunjukkan peningkatan kapasitas degradasi PET
relatif terhadap PETase tipe liar. Kemudian dilakukan docking dan molecular dynamics (MD)
simulasi untuk mengkarakterisasi ikatan PET, yang memberikan prediksi ikatan dengann
substrat dan memberikan penjelasan untuk peningkatan kinerja mutan ganda PETase. Selain
itu, inkubasi wild-type dan mutan PETase dengan beberapa poliester diperiksa menggunakan
scanning electron microscopy (SEM), differential scanning calorimetry (DSC), dan pelepasan
produk. Karakterisasi ini menunjukkan bahwa enzim dapat mendegradasi PET kristal dan
PEF, tetapi tidak poliester alifatik yang menunjukkan kemampuan yang lebih luas untuk
didegradasi menjadi poliester semiaromatic. Secara bersama-sama, hubungan struktur /
fungsi yang dijelaskan di sini dapat digunakan untuk penelitian selanjutnya mengenai teknik
protein yang lebih efektif dalam mendepolimerisasi PET dan polimer sintetik lainnya,
sehingga menginformasikan strategi bioteknologi untuk membantu memulihkan dampak
buruk lingkungan akibat akumulasi plastik di alam.

B. RUMUSAN MASALAH
1. Bagaimanakah struktur pada PETase menggunakan aplikasi Schrödinger?
2. Bagaimanakah cara mengganti PETase menjadi sisi aktif cutinase?
3. Apakah perbedaan PETase dan enzim rekayasa S238F / W159H dengan PET dibandingan
PETase dan enzim rekayasa S238F / W159H dengan PEF?

4. TUJUAN
1. Untuk mengetahui struktur pada PETase menggunakan aplikasi Schrödinger.
2. Untuk mengetahui cara mengganti PETase menjadi sisi aktif cutinase.
3. Untuk mengetahui perbedaan interaksi PETase dan enzim rekayasa S238F / W159H
dengan PET dibandingan PETase dan enzim rekayasa S238F / W159H dengan PEF.

BAB II
PEMBAHASAN

A. IDEONELLA SAKAIENSIS 201-F6

 Pada tahun 2016 Yoshida dkk melaporkan bakteri yang baru ditemukan, Ideonella
sakaiensis 201-F6, dengan kemampuan yang tidak biasa untuk menggunakan PET sebagai
sumber karbon dan energi utama untuk pertumbuhan. Terutama dalam dekade terakhir, telah
ada beberapa, studi dasar pelaporan enzim yang dapat mendegradasi PET. Seperti pada
Gambar 1, Yoshida menunjukkan bahwa enzim I. sakaiensis dijuluki PETase (enzim
pencerna-PET) mengubah PET menjadi mono (2-hidroksietil) asam tereftalat (MHET),
dengan jumlah jejak asam tereftalat (TPA) dan bis (2-hidroksietil)-TPA (BHET) sebagai
produk sekunder. Enzim kedua yaitu MHETase (MHET-digestingenzyme), selanjutnya
mengubah MHET menjadi dua monomer, TPA dan ethylene glycol (EG). Kedua enzim
disekresikan oleh I. sakaiensis yang bertindak secara sinergis untuk mendepolimerisasi PET.
Analisis sekuens dan studi struktural terbaru dari PETase menyoroti kesamaan dengan enzim
α / β-hidrolase termasuk keluarga cutinase dan lipase, yang mengkatalisis hidrolisis cutin dan
asam lemak.

Gambar 1. PETase mengkatalisis depolimerisasi PET ke bis (2-hidroksietil)-TPA (BHET),

MHET, dan TPA. MHETase mengubah MHET menjadi TPA dan EG

Selain PET, manusia menggunakan berbagai macam poliester, secara luas

diklasifikasikan oleh gugus alifatik dan aromatik. PET adalah poliester semiaromatik.
Beberapa poliester alifatik, seperti asam polilaktat (PLA), polibutilena suksinat (PBS), atau
polihidroksialkanoat dapat dihasilkan dari sumber energi terbarukan yang dipasarkan sebagai
plastik yang dapat terurai, mengingat kristalinitas dan transisi gelasnya yang relatif rendah
yang memberikan akses enzimatik yang relatif langsung ke gugus ester. Sebaliknya dengan
poliester aromatik dan semiaromatik sering menunjukkan sifat termal dan material yang
disempurnakan dan karena telah tersebar luas di masyarakat dan biasanya tidak dapat terurai
 seperti rekan alifatik mereka. Sebuah pengganti PET yang muncul dan diuraikankan adalah
polyethylene-2,5furandicarboxylate atau poly ethylene furanoate (PEF) yaitu asam 2,5-
furandicarboxylic (FDCA) yang diturunkan dari gula. PEF menunjukkan peningkatan sifat
penghalang gas lebih dari PET dan sedang ramai di dunia industri. Meskipun PEF adalah
poliester semiaromatik yang diprediksi dapat mengimbangi emisi gas rumah kaca relatif
terhadap PET di lingkungan. Mengingat bahwa PETase telah berevolusi untuk mendegradasi
PET kristal, ia berpotensi memiliki aktivitas buruk di berbagai poliester

B. METODE
1. Kloning dan Produksi Protein.
Kodon dioptimalkan dengan klon bakteri Escherichia coli untuk PETase.
2. Penentuan Kristalisasi dan Struktur
PETase dikristalisasi dalam lima kondisi yang selanjutnya dilakukan difraksi dan
dilakukan X-ray dengan resolusi tinggi pada beamline I23. Pengumpulan data X-ray
standar dilakukan di beamlines I03 dan I04 di Diamond Light Source.
3. Docking Substrat
Struktur kristal PETase, mutan ganda PETase, tetramer PET dan PEF dimodelkan
menggunakan aplikasi Schrödinger. Persiapan protein dan ligan di preparasi
menggunakan tools di aplikasi Schrödinger, bersama dengan IFD, untuk memprediksi
model pengikatan PET dan PEF untuk tipe liar PETase dan mutan ganda.
4. Sintesis Polimer
PET dan PEF diproduksi melalui polikondensasi EG dengan TPA dan FDCA. Setelah
polikondensasi, polimer dilarutkan dalam asam trifluoroasetat, diendapkan dalam
metanol, dan kemudian dilarutkan kembali dalam asam trifluoroasetat untuk membentuk
lapisan. Setelah dilarutkan, lapisan dilakukan oven vakum pada suhu 90°C (di atas suhu
transisi gelas mereka)
5. Destruksi Lapisan Polimer PETase
Lapisan dengan diameter berukuran ∼6 mm dari setiap lapisan polimer ditempatkan
dalam tabung Eppendorf 1,5 mL dengan 500 μL 50 nM PETase dalam 50 mM dapar
fosfat pada pH 7,2. Proses destruksi dilakukan pada suhu 30°C. Analisis lapiasan dan
supernatan dilakukan setelah 96 jam proses destruksi.
6. SEM
Lapisan polimer dengan diameter berukuran ∼6 mm dianalisis menggunakan SEM, baik
sebelum dan sesudah destruksi PETase selama 96 jam. Sampel yang diperlakukan dengan
PETase dibilas dengan 1% SDS, diikuti oleh dH2O dan kemudian etanol. Sampel dilapisi
 dengan 8 nm iridium. Sampel yang sudah dilapisi dipasang pada stub aluminium
menggunakan pita karbon, dan perak konduktif diletakkan ke sisi sampel untuk
mengurangi pengisian. Analisis SEM dilakukan menggunakan instrumen FEI Quanta 400
FEG di bawah vakum rendah (0,45 torr) dan voltase sebesar15 keV.

C. HASIL DAN PEMBAHASAN

1. PETase Menghasilkan Struktur α / β-Hidrolase
Struktur kristal hasil X-ray resolusi tinggi dari I. sakaiensis PETase diselesaikan
menggunakan berkas synchrotron yang baru dikembangkan yang mampu membaca
panjang gelombang sinar-X kristalografi. Menggunakan dispersi anomali panjang
gelombang tunggal, fase diperoleh dari atom belerang yang terdapat dalam protein.
Seperti yang diperkirakan dari urutan homologi dari lipase dan cutinase, PETase
mengadopsi lipatan α / β-hidrolase klasik, dengan inti yang terdiri dari delapan β-helai
dan enam α-heliks (Gambar 2A). Yoshida mencatat bahwa PETase memiliki kemiripan
dekat dengan cutinase bakteri, dengan Thermobifida fusca cutinase menjadi contoh
struktural (dengan 52% identitas urutan; Gambar 2B), yang merupakan enzim yang juga
mendegradasi PET. Meskipun lipatan yang dihasilkan antara dua permukan enzim sangat
berbeda, PETase memiliki muatan permukaan yang sangat terpolarisasi (Gambar 2C),
yang menghasilkan dipol molekul dan titik isoelektrik (pI) sebesar 9,6. Sebaliknya, T.
fusca cutinase, sama dengan cutinases lainnya, memiliki sejumlah bagian kecil dari kedua
residu asam dan basa yang didistribusikan di atas permukaan, memberikan pI yang lebih
netral sebesar 6,3 (Gambar 2D).
Perbedaan mencolok lainnya antara PETase dan homolog cutinase terdekat adalah
sisi aktif-sisi yang lebih luas. Pada titik terlebar, sisi dalam PETase mendekati tiga kali
lipat lebar struktur yang sesuai di T. fusca cutinase. Ekspansi dicapai dengan penataan
ulang minimal dari loop yang berdekatan dan struktur sekunder (Gambar 2 E dan F).
Substitusi asam amino tunggal dari fenilalanin ke serin dalam lapisan rongga aktif
tampaknya cukup untuk menyebabkan perubahan ini, dengan sisi yang tersisa terbentuk
antara Trp159 dan Trp185 (Gambar 2G). Ini menghasilkan perbandingan sitokleftis yang
aktif dengan perbandingan dengan struktur cutinase lainnya.
Dalam hal sisi aktif, trias katalitik yang dihasilkan dengan baik pada seluruh
lipase dan cutinase. Dalam PETase, triad katalitik terdiri dari Ser160, Asp206, dan
His237, menunjukkan sistem serupa dengan yang ditemukan pada hidrolase α / β-fold
lainnya. Lokasi spesifik dan geometri antara sisi aktif yang ditemukan dalam cutinases
juga dihasilkan oleh PETase (Gambar 2 G dan H). Hampir sama dengan sebagian besar
lipase, residu katalitik berada pada loop, dengan serin nukleofilik menempati posisi
nukleofilik. Serin nukleofilik berada di urutan (Gly-X1-Ser-X2-Gly) sementara itu
"kotak lipase" adalah umum untuk sebagian besar lipase dan cutinases. Posisi X1,
biasanya ditempati oleh histidin atau fenilalanin pada cutinase dan lipase, mengandung
residu triptofan, Trp159, dalam PETase (Gambar 2G). Residu ini memiliki efek
memperpanjang permukaan hidrofobik yang berdekatan dengan sisi aktif. Sama dengan
Fusarium solani cutinase, PETase memiliki dua ikatan disulfida, satu berdekatan dengan
sisi aktif dan satu di dekat ujung C protein. Simulasi MD telah meramalkan bahwa
disulfida aktif pada F. solani cutinase penting untuk stabilitas sisi aktif, dan dimungkinka
memiliki peran yang sama dalam PETase.

Gambar 2. Struktur PETase.

(A) Representasi dari struktur PETase pada resolusi 0,92, sisi aktif berorientasi di bagian
atas yang ditandai dengan lingkaran merah putus-putus.
(B) Struktur komparatif T. Fuscacutinase.
(C) Potensi distribusi elektrostatik pada permukaan dengan PETase sebagai pelarut dan T.
fusca cutinase sebagai gradien yang berwarna merah (asam) pada − 7 kT / e ke biru
(dasar) pada 7 kT / e (di mana k adalah Konstanta Boltzmann, T adalah temperatur
dan e adalah muatan elektron).
(D) T.fusca cutinase dalam orientasi yang sama.
(E) Lihat sepanjang sisi aktif dari PET yang ditandai garis putus-putus merah di A dan C.
Lebar sisi ditunjukkan antara Thr88 dan Ser238.
(F) Sisi sempit dari sisi aktif cutinase T. fusca ditunjukkan dengan lebar antara Thr61 dan
Phe209
 (G) Tampilan perbesaran dari sisi aktif PETase dengan residu triad thecatalytic His237,
Ser160, dan Asp206 berwarna biru. ResiduesTrp159 dan Trp185are berwarna pucat.
(H) Gambaran komparatif dari sisi aktif cutinase T. fusca dengan residu triad katalitik
berwarna oranye. Residu His129 dan Trp155 berwarna merah muda. Residu dengan
warna merah muda PETase sesuai dengan target mutagenesis yang diarahkan ke
lokasi S238F, W159H, dan W185A.

Untuk mengetahui efek potensial dari kondisi kristalisasi dan efek pengepakan,
tiga set data kristalografi tambahan dalam resolusi dari 1,58 hingga 1,80 Å memberikan
total tujuh rantai PETase. Dalam semua bentuk kristal, PETase melibatkan interaksi
pengepakan ekstensif di dalam dan di sekitar sisi hidrofobik yang menghasilkan sedikit
ruang untuk interaksi dengan ligan putatif.

2. Mengganti PETase menjadi Sisi Aktif-Cutinase yang Memungkinkan Peningkatan

Degradasi Kristal PET
Dari struktur PETase, hipotesis awal bahwa perubahan di sisi aktif terhadap T.
fusca cutinase dihasilkan dari evolusi I. sakaiensis dalam lingkungan yang mengandung
PET, sehingga memungkinkan depolimerisasi PET yang lebih efisien. Untuk menguji
hipotesis ini, maka dilakukan mutase sisi aktif-PETase agar lebih menyerupai cutinase.
Secara khusus, mutan ganda diproduksi, S238F / W159H berdasarkan pemodelan
homologi. Mutan ganda tersebut diprediksi dapat mempersempit sisi aktif PETase, mirip
dengan T. fusca cutinase. Selain itu, digunakan mutan W185A untuk menguji peran
residu secara dinamis.
Dalam laporannya, Yoshida melakukan destruksi PETase dari lapisan PET amorf
dengan kristalinitas 1,9%, yang lebih rendah dari kebanyakan sampel PET yang akan
ditemui baik di lingkungan atau dalam konteks daur ulang industri. Untuk menguji
kinerja pada PETase tipe liar relatif terhadap dua mutan, menggunakan destruksi PET
dengan lapisan kristalinitas yang lebih tinggi. Secara khusus, lapisan PET dengan
kristalinitas 14,8 ± 0,2% (untuk referensi, botol minuman lunak komersial diperiksa
melalui metode yang sama menunjukkan kristalinitas 15,7% yang diukur dengan DSC)
disintesis dan ditandai dengan spektroskopi NMR dan untuk mengkonfirmasi struktur
digunakan DSC untuk menentukan kristalinitasnya.
 Destruksi dilakukan pada pH 7,2 dan dianalisis dengan DSC, spektroskopi NMR,
dan SEM. Sedangkan roduk reaksi dianalisis dengan spektroskopi HPLC dan NMR.
Gambar 3 A – D menunjukkan hasil degradasi PET, termasuk kontrol buffer-only, PETase
type liar, dan mutan ganda. Jelas bahwa PETase menginduksi permukaan dengan
kristalinitas lapisan PET sebesar13,3 ± 0,2% yang menghasilkan penurunan 10,1%
kristalinitas relatif. Secara mengejutkan, mutan ganda PETase mengungguli PETase type
liar baik oleh penurunan kristalinitas maupun hasil produk. Kerugian kristalinitas mutlak
adalah 4,13% lebih tinggi, dan gambar SEM muncul untuk menunjukkan bahwa sedikit
lebih banyak terjadi ablasi permukaan (Gambar 3C). Setelah inkubasi, sampel PET yang
didestruksi untuk PETase tipe liar dan mutan ganda menunjukkan suhu leleh yang lebih
rendah pada rentang temperatur yang lebih luas yang memiliki arti bahwa wilayah
domain kristal berkurang ukurannya.

Gambar. 3. Perbandingan PETase dan enzim rekayasa S238F / W159H dengan PET
a. Kontrol Buffer untuk lapisan PET
b. Lapisan PET setelah inkubasi dengan PETase tipe liar
c. Lapisan PET setelah inkubasi dengan mutan ganda PETase, S238F / W159H. Semua
gambar SEM diambil setelah 96 jam inkubasi pada pemuatan PETase 50 nM (pH 7,2)
dalam buffer fosfat atau kontrol buffer (Skala bar: A – C, 10μm.)
d. Perubahan persen kristalinitas (hijau), konsentrasi produk reaksi MHET (garis
diagonal biru) dan TPA (hitam) setelah inkubasi dengan buffer, PETase tipe liar, dan
enzim S238F / W159 yang direkayasa
e. Prediksi ikatan dari PETase tipe liar dari simulasi docking menunjukkan bahwa PET
terletak dalam posisi optimum untuk interaksi karbon (hitam) dengan gugus hidroksil
 nukleofilik Ser160, pada jarak 5,1 Å (garis merah), His237 diposisikan dalam 3,9 Å
dari Ser160 hydroxyl (garis hijau), residu Trp159 dan Ser238 pada sisi aktir (oranye
dan biru)
f. Double mutan S238F / W159H mengadopsi interaksi yang lebih produktif dengan
PET. Mutasi S238 menyediakan interaksi π-susun dan hidrofobik untuk gugus
tereftalat yang berdekatan, sementara konversi ke His159 memungkinkan polimer
PET untuk berada lebih dalam pada sisi aktif. Dua interaksi aromatik yang menarik
antara PET dan Phe238 berada pada jarak optimal (masing-masing pada 5,4 Å).

Memahami bagaimana PET mengikat di sisi katalitik PETase adalah kunci untuk
memahami peningkatan kinerja mutan ganda PETase. Dilakukan beberapa uji coba untuk
mendapatkan struktur ligandbound dari PETase, tetapi tidak berhasil. Dilakukan langkah
lebih lanjut untuk memprediksi mode pengikatan PET-PETase dengan melakukan fit fit
docking (IFD). Beberapa orientasi PET diprediksi oleh IFD di sekitar sisi aktif dari kedua
enzim tipe liar dan mutan ganda.
Hasil IFD juga menunjukkan alasan potensial untuk peningkatan kinerja mutan
ganda PETase terhadap PETASE tipe liar, karena substrat dapat berinteraksi dengan
Phe238 melalui beberapa interaksi aromatik, seperti ditunjukkan pada Gambar 3F.

Gambar 4. Perbandingan PETase dan enzim rekayasa S238F / W159H dengan PEF
(A) Kontrol Buffer dari lapisan PEF
(B) Lapisan PEF setelah inkubasi dengan PETase tipe liar
 (C) Lapsan PEF setelah inkubasi dengan mutan ganda PETase, S238F / W159H.
Semua gambar SEM diambil setelah 96 jam inkubasi pada pemuatan PETase 50
nM (pH 7,2) dalam buffer fosfat atau kontrol buffer (Skala bar: A – C, 10μm.)
(D) Perubahan persen kristalinitas (hijau) dan konsentrasi produk reaksi FDCA (garis
diagonal biru) setelah inkubasi dengan buffer, PETase tipe liar dan S238F /
W159H mutan ganda
(E) Prediksi ikatan dari PETase tipe liar dari simulasi docking menunjukkan bahwa
PEF terletak dalam posisi optimum untuk interaksi karbon (hitam) dengan gugus
hidroksil nukleofilik Ser160 pada jarak 5,0 Å (garis merah), his237 terletak pada
3,7 Å dari Ser160 hydroxyl (garis hijau), residu Trp159 (orange) dan Ser238
(biru) melapisi sisi aktif
(F) Sebaliknya, mutan ganda S238F / W159H secara signifikan mengubah struktur
sisi katalitik untuk berikatan dengan PEF. Residu His237 berotasi menjauh dari
Ser160, dan menghasilkan bentuk lain melalui interaksi aromatik dengan rantai
PEF pada 5.1 Å

3. PETase Depolimerisasi PEF tetapi Bukan Poliester Alifatik

Pemahaman aktivitas PETase tipe liar dan mutan ganda PETase pada substrat
polimer dilakukan pada alifatik dan poliester semiaromatik lainnya. Untuk itu dilakukan
sintesis dan ditandai dengan melakukan inkubasi serupa pada poliester alifatik PBS dan
PLA. Tak satu pun dari sampel ini menunjukkan perbedaan visual antara gambar kontrol
dan sampel yang diperlakukan PETase yang menunjukkan bahwa PETase dan mutan
ganda tidak aktif pada poliester alifatik.
PEF adalah poliester semiaromatik lainnya yang dipasarkan sebagai pengganti
PET. Mengingat kesamaan struktural PET dan PEF, dan studi terbaru tentang degradasi
PEF oleh cutinases dihipotesiskan bahwa PETase juga dapat mendepolimerisasi substrat
ini. Dengan demikian, dilakukan sintesis PEF (Gambar 4 A – D) yang menunjukkan hasil
inkubasi PEF dengan enzim PETase tipe liar dan mutan ganda PETase, dengan kontrol
buffer. Secara visual, morfologi permukaan PEF yang direaksikan degan PETase lebih
bagus daripada PET, dibuktikan dengan hasil SEM yaitu pembentukan lubang besar yang
menunjukkan bahwa PETase secara potensial jauh lebih aktif pada substrat ini daripada
PET. Pengamatan degradasi PEF yang ditingkatkan dengan mikroskopi dikuatkan oleh
data DSC untuk PEF, yang menunjukkan penurunan kristalinitas relatif 15,7% (absolut
2,4%) dibandingkan dengan pengurangan relatif 10,1% untuk PET.
Untuk memprediksi bagaimana oligomer PEF berinteraksi dengan sisi aktif
PETase tipe liar dan mutan ganda, IFD kembali dilakukan. Aktivitas PETase yang
diharapkan ditunjukkan dengan ester PEF yang berorientasi pada jarak serang nukleofilik
Ser160 (Gambar 4 E dan F). Seperti hasil PET IFD, dilakukan identifikasi interaksi untuk
mendukung peningkatan aktivitas enzim PETase mutan ganda.
Dengan demikian bisa dipostulatkan bahwa His159 berfungsi sebagai dasar dari
tolakan reaksi dengan mutan ganda PETase, yang akan dilakukan pada penelitian
selanjutnya. Seperti yang terlihat pada PET, skor docking memprediksi afinitas
pengikatan PEF yang meningkat ke mutan ganda PETase dan secara struktural dapat
dihubungkan dengan interaksi aromatik yang didukung oleh F238 dengan jalur alternatif
yang potensial untuk reaksi katalisis yang berlangsung.
 BAB III
PENUTUP

A. KESIMPULAN
Penemuan bakteri yang menggunakan PET sebagai sumber karbon dan energi
utama telah membangkitkan minat yang signifikan dalam bagaimana mekanisme enzim
tersebut seperti fungsi dengan substrat polimer yang sangat tahan selama berabad-abad di
lingkungan. Hal ini menunjukkan bahwa kumpulan variasi halus di permukaan
lipase/cutinase seperti memiliki kemampuan untuk memberikan PETase dengan platform
untuk depolimerisasi polyester aromatik. Temuan ini membuka kemungkinan untuk lebih
memanfaatkan dan menggabungkan platform luas penelitian cutinase dan lipase selama
dekade terakhir dengan rekayasa protein dan evolusi terarah untuk mengadaptasi
perancah ini lebih lanjut dan mengatasi bioakumulasi polimer yang relevan dengan
lingkungan dan daur ulang poliester industri biobased.
 DAFTAR PUSTAKA

Austin, P Harry, et all. 2018. Characterization and engineering of a plastic-degrading aromatic

polyesterase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of
America (PNAS), vol.115, no.19.
SCI NEWS. 2018. Researchers Create Plastic-Degrading Enzyme. http://www.sci-
news.com/biology/plastic-degrading-enzyme-05925.html diakses pada 13 November
2018 pukul 18.35 WIB.
Trevino, Julissa. 2018. This “Mutant Enzyme” Breaks Down Plastic.
https://www.smithsonianmag.com/smart-news/scientists-accidentally-create-mutant-
enzyme-can-break-down-plastic-180968881/ diakses pada 13 November 2018 pukul
18.37 WIB.