Biologi

MOLEKmR
 UNDANG-UNDANG REPUBLIK INDONESIA
NOMOR 19 TAHUN 2002
TENTANG HAK CIPTA

PASAL 72
KETENTUAN PIDANA
SANKSI PELANGGARAN

1. Barangsiapa dengan sengaja dan tanpa hak m e n g u m u m k a n atau m e m p e r b a n y a k

s u a t u C i p t a a n a t a u m e m b e r i k a n izin u n t u k itu, dipidana d e n g a n p i d a n a penjara
paling singkat 1 (satu) bulan dan/atau denda paling sedikit R p 1 . 0 0 0 . 0 0 0 , 0 0
(satu juta ruplah), atau pidana penjara paling lama 7 (tujuh) tahun
dan/atau denda paling banyak Rp5.000.000.000,00
(lima miliar ruplah).

2. Barangsiapa d e n g a n s e n g a j a m e n y e r a h k a n , m e n y i a r k a n , m e m a m e r k a n , m e n g e d a r k a n ,
atau menjual kepada u m u m suatu Ciptaan atau barang hasil peianggaran
H a k Cipta a t a u H a k Terkait s e b a g a i m a n a d i m a k s u d pada ayat (1),
dipidana dengan pidana penjara paling lama 5 (lima) tahun dan/atau
denda paling banyak Rp500.000.000,00 (lima ratus juta ruplah).
1^

Biologi
n/IOLEKUIAR
Ir. Triwibowo Yuwono, Ph.D.
Laboratorium Mikrobiologi
Fakultas Pertanian
Universitas Gadjah Mada

PENERBIT E R L A N G G A
Jl. H . B a p i n g Raya N o . 100
Ciracas, Jakarta 13740
http:/ /www.erlangga.cx).id;:
e-mail:editor@erlangga.net|
(Anggota IKAP!) .
 Biologi M o l e k u l a r
Triwibowo Yuwono

Hak Cipta © pada Penulis

Hak Terbit pada Penerbit Erlangga

Disusun oleh: I r . l Y i w i b o w o Yuwono, P h . D .

Editor: A m a i i a Safitri, S . T P , M . S i

Buku ini diset dan dilayout oleh Bagian Produksi Penerbit Erlangga
dengan Power Macintosh G 5 (GiUsans 10 pt)

Setting oleh: Divisi Perti

Dicetak oleh: P T G e l o r a A k s a r a P r a t a m a

16 15 14 13 10 9 8 7

D i l a r a n g Iceras mengutip, menjiplalc, memfotoicopi, atau memperbanyalc dalam bentulc

a p a p u n , baik s e b a g i a n atau k e s e l u r u h a n isi buku ini, s e r t a memperjualbelikannya
tanpa izin tertulis d a r i P e n e r b i t E r l a n g g a .

© H A K CIPTA DILINDUNGI O L E H UNDANG-UNDANG

 K a m u sekali-kali tidak melihat pada ciptaan
Tuhan Yang M a h a P e m u r a h sesuatu yang tidak seimbang.
M a k a lihatlah berulang-ulang, adakah kamu lihat sesuatu yang tidak seimbang?

(Quran Surah AI Mulk: 3)

Dedicated to my beloved family for ttieir love ar)d continuing support

 Tentang Penulis

N a m a lengkap : Ir. T r i w i b o w o Y u w o n o , Ph.D.

T e m p a t , tanggal lahir : K l a t e n , 2 9A p r i l 1961

Penulis m e n e m p u h pendldikan d i Fakultas Pertanian,

Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta mulai tahun 1980
dan lulus sebagai Insinyur Pertanian (Departemen
Mikrobiologi) pada bulan Februarl 1986. Setelah I t u
m e l a n j u t k a n pendldikan strata 3 (S-3) mulai September
1 9 8 7 d a n l u l u s s e b a g a i P h . D . {Doctor of Philosc^hy) dalam
bidang Biologi M o l e k u l a r d i D e p a r t m e n t o f Genetics, University o f Leicester,
United Kingdom pada bulan Februarl 1992.
Saat i n i penulis menjadi staf pengajar d a n peneliti di Laboratorium
Mikrobiologi, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta serta
mengajar di'Program S-2 d a nS-3 BioteknologI, serta S-3 Fitopatologi, UGM
dalam m a t a kuliah Biologi M o l e k u l a r . Penulis juga p e r n a h m e n j a b a t sebagai Kepala
L a b o r a t o r i u m Mikrobiologi di Pusat A n t a r Universitas BioteknologI, U G M (tahun
1 9 9 5 - 1 9 9 9 ) , serta menjadi Ketua P r o g r a m Studi Mikrobiologi d i Fakultas Pertanian
UGM (tahun 1 9 9 4 - 1 9 9 6 ) . Penulis juga pernah menjadi editor serta reviewer
u n t u k b e b e r a p a j u r n a l i l m i a h n a s i o n a l , a n t a r a l a i n Ilmu Pertaniar), The Indonesian
journal of Biotechnology, s e r t a j u r n a l Tanah dan Air. B u k u I n i a d a l a h s a l a h s a t u d a r i
tiga b u k u t e k s u n t u k p e r g u r u a n tinggi yang sudah diselesalkan. D u a b u k u lalnnya
a d a l a h Biotelinologi Pertanian s e r t a Teori dan Aplikasi PCR.
Selain mengajar, penulis juga aktif m e l a k u k a n penelitian d a n m e m p e r o l e h
dana dari banyak s u m b e r antara lain dari P r o g r a m H i b a h Pascasarjana (Pos^radu-
ate Research Grant), R i s e t U n g g u l a n T e r p a d u , H i b a h B e r s a i n g , Domesljc Collabora-
tive Research Grant d a n I a i n - I a i n . K a r y a - k a r y a p e n e l i t i a n p e n u l i s t e l a h d i p u b l l k a s i k a n
di j u r n a l i l m i a h d a l a m n e g e r i m a u p u n j u r n a l i n t e r n a s i o n a l , a n t a r a lain d i j u r n a l
World Journal of Microbiology and ^otechnology (The Netherland) d a n The Australian
journal of Agricultural Research. D i d a l a m n e g e r i , k a r y a - k a r y a penelitian penulis
telah dipublikasikan a n t a r a l a i n d i j u r n a l The Indonesian journal of Biotechnology,
Hayati, jurnal Mikrobiologi Indonesia d a n Iain-Iain.
Kata Pengantar

A l h a m d u l i l l a h , setelah disiapkan d a l a m w a k t u y a n g c u k u p l a m a a k h i r n y a b u k u Ini

dapat diselesalkan. Biologi m o l e k u l a r adalah salah satu disiplln Ilmu yang
berkembang sangat pesat dan m e m p u n y a i implikasi sangat luas terhadap
p e m a h a m a n manusia mengenal f e n o m e n a hidup. Selain Itu, biologi molekular
berpengaruh secara signiflkan terhadap banyak bidang mulai dari pertanian,
kesehatan, industri, bahkan lingkungan. P e r k e m b a n g a n Ilmu ini juga berimpllkasi
pada pengembangan teknologl-teknoiogi baru, misalnya teknologi D N A
r e k o m b i n a n , yang seringkali bersinggungan dengan aspek etik kemanuslaan. D a r i
sisi k e i l m u a n , p e r k e m b a n g a n i l m u ini s e m a k i n m e n g u k u h k a n f e n o m e n a t e n t a n g
s e m a k i n tipisnya batas antardisiplin ilmu. Hal itu m e n y e b a b k a n sering kali sullt
d i t e m u k a n batas yang jelas a n t a r a satu bidang i l m u hayati dengan bidang ilmu
y a n g lain.
M e n g i n g a t pentingnya i l m u ini d a l a m p e r k e m b a n g a n ilmu dan teknologi
secara keseluruhan m a k a penulisan buku teks dalam bidang biologi m o l e k u l a r
u n t u k p e r g u r u a n tinggi menjadi sangat penting. B u k u teks s e m a c a m ini sudah
banyak d i t e r b i t k a n d a l a m bahasa Inggris, n a m u n akses t e r h a d a p buku-buku
semacam I t u m e r u p a k a n kendala bagi b a n y a k mahasiswa di Indonesia. Oleh
k a r e n a i t u , p e n u l i s a n b u k u Biologi M o l e k u l a r dalam bahasa Indonesia diharapkan
dapat mengisi k e k o s o n g a n r e f e r e n s i bidang ini di Indonesia. M e m a n g t i d a k s e m u a
a s p e k b i o l o g i m o l e k u l a r dapat t e r c a k u p d a l a m b u k u Ini m e n g i n g a t luasnya dan
pesatnya perkembangan ilmu ini. Meskipun demikian, t o p i k - t o p i k u t a m a dalam
biologi molekular sudah dicoba u n t u k disajikan dengan harapan agar dapat
m e m b e r i k a n w a w a s a n dasar mengenal biologi molekular. Pengembangan wawasan
lebih jauh mengenai biologi m o l e k u l a r dapat dilakukan dengan mengikuti secara
aktif p e r k e m b a n g a n i l m u ini d a l a m berbagai j u r n a l Ilmiah yang b e r k a i t a n dengan
biologi.
B u k u ini dapat digunakan sebagai referensi u n t u k mahasiswa pascasarjana
m a u p u n m a h a s i s w a S - l , k h u s u s n y a bagi m e r e k a y a n g s u d a h b e r a d a di s e m e s t e r -
s e m e s t e r a k h i r B u k u ini ditulis b e r d a s a r k a n atas pengalaman penulis mengajar
m a t a k u l i a h b i o l o g i m o l e k u l a r d i P r o g r a m S-2 d a n S-3 di U n i v e r s i t a s Gadjah
M a d a dengan menggunakan beberapa referensi standar baik b u k u teks m a u p u n
jurnal ilmiah. Perlu dipahami b a h w a banyak istilah dalam biologi m o l e k u l a r yang
b e l u m ada padanan katanya dalam bahasa Indonesia sehingga banyak istilah yang
dituliskan s e p e r t i asllnya d a l a m bahasa Inggris. D i s a m p i n g i t u b e b e r a p a Istilah
Viii Kata Pengantar

a t a u s i n g k a t a n , m i s a l n y a D N A d a n RNA, s u d a h d i k e n a l l u a s d a l a m f o r u m i l m i a h
jnternasional sehingga istilah atau singkatan s e m a c a m ini t i d a k diindoneslakan
supaya tidak m e n l m b u l k a n kerancuan. M e s k i p u n demikian, penulis juga m e n c o b a
m e m p e r k e n a l k a n beberapa padanan kata dalam bahasa Indonesia u n t u k istilah-
istllah t e r t e n t u yang m a s i h m e m u n g k i n k a n u n t u k dllndonesiakan.
Masih banyak aspek yang tidak dapat t e r c a k u p d a l a m b u k u ini m e n g i n g a t
luasnya dan pesatnya perkembangan ilmu ini. O l e h karena itu, penulis akan
sangat menghargai s e m u a saran dan kritik mengenal b u k u i n isebagai bahan
penyempurnaan dimasa mendatang.Akhirnya penulis berharap m u d a h - m u d a h a n
b u k u Ini d a p a t d i m a n f a a t k a n sebagai salah s a t u s a r a n a u n t u k p e n c e r d a s a n bangsa.

Yogyakarta, April 2005

Triwibowo Yuwono
Laboratorium Mikrobiologi
Fakultas Pertanian
Universitas Gadjah Mada
Daftar Isi

Bab 1 Pengantar 1
Pengelompokan Jasad H i d u p 2

Cakupan Biologi Molekular 4

Soal-soal 5

Bab 2 Organisasi Biologis Jasad Hidup 6

Jasad H i d u p Selular 7
• D o k t r i n Sel 7
Penggolongan Jasad Selular 8
• Sel Jasad Prokaryot 9
• Sel Jasad Eukaryot 10
Virus 12
Energi d a n Reaksi K i m i a Selular 14
• Produksi A T P 15
• Biokatalis 16
Pertumbuhan Jasad Renik 18
Soal-soal 2 1

Bab 3 Makromolekul dan Interaksi Molekular

Protein 2 3
Asam Nukleat 2 6
Interaksi Molekular 3 0
• Ikatan Hidrogen 30
• Ikatan lonik 30
• Ikatan v a n d o r Waals 31
• Interaksi Hidrofbbik 31

Metode-raetode Dasar yang Digunakan dalam Biologi

Molekular 3 2
• Penggunaan Radioisotop 32
• Sentrifugasi 33
• Elektroforesis 35

Soal-soal 3 7

Bab 4 Analisis Genetik 38

Notasi Genetik 3 9
• Notasi Genelik pada Prokaryot 39
• Notasi Genetik pada Eukaryot 40
X Daftar Isi

Analisis Genetik 4 1
Rekombinasi Genetik 4 2
Pemetaan Genetik 4 4
Pemetaan Delesi 4 5
Komplementasi Genetik 4 6
Soal-soal 4 8

Bab 5 Struktur DNA 49

D N A Sebagai Bahan Genetik 4 9
Variasi Komposisi Basa D N A 5 2
B e n t u k d a n S t r u k t u r Fisik D N A 5 4
• D N A Tipe Z (Putar-Kiri) 55

U k u r a n M o l e k u l D N A pada Beberapa Jasad H i d u p 5 7

Faktor-faktor yang Menentukan Struktur D N A 5 7
• Tumpukan-Basa 58
• Ikatan Hidrogen 59
Denaturasi D N A 6 0
• A s p e k Fisiologis Denaturasi D N A 63

Renaturasi D N A 6 4
• Persyaratan u n t u k Proses Renaturasi 64
Topologi D N A 6 9

Kandungan D N A dan Kapasitas Genetik 7 1

Enzim yang Dapat Mendepolimerisasi D N A 72
Soal-soal 74

Bab 6 Organisasi Genom 75

Organisasi Genom pada Prokaryot 76
P e n g e m a s a n D N A p a d a S e lP r o k a r y o t 7 7
Organisasi Gen dalam Genom Prokaryot 78
Organisasi G e n o m pada Eukaryot 8 0
P e n g e m a s a n D N A p a d a S e lE u k a r y o t 8 0
Organisasi Gen dalam Genom Eukaryot 84
Famili Gen 87
G e n Homeobox 88
Organisasi Genom Virus 8 9
Soal-soal 9 2

Bab 7 Replikasi Bahan Genetik 93

Model Replikasi D N A 9 4
Mekanisme Dasar Replikasi D N A 9 6
Komponen-komponen Penting dalam Replikasi 9 8
Mekanisme Sintesis D N A 98
Peranan P r i m e r d a l a m Sintesis D N A 100
 Daftar Isi Xi

A r a h Replikasi D N A 102
Pemisahan Untaian D N A 105
Pembentukan G a r p u Replikasi 107
Inisiasi R e p l i k a s i D N A 108

• I n i s i a s i Replikasi pada V i r u s O X 1 7 4 108

• Inisiasi Replikasi pada Bakteriofag M I S dan G 4 109
• I n i s i a s i R e p l i k a s i p a d a E. coli 110
• E n z i m y a n g Berperanan d a l a m P r o s e s Inisiasi R e p l i k a s i 111
Proses P e m a n j a n g a n (Polimerisasi) M o l e k u l D N A 1 1 1
K o o r d i n a s i Polimerisasi D N A L a m b a t d a n D N A A w a l 113
Pembentukan U n u i a n K o n t i n u pada Bagian Untaian
DNA Lambat 115
Replikasi D N A pada Eukaryot 116
• Inisiasi Replikasi pada E u k a r y o t 117
• Inisiasi Replikasi D N A S V 4 0 117
• Inisiasi Replikasi pada K h a m i r 117

Terminasi Replikasi pada Prokaryot 120

Terminasi Replikasi pada Eukaryot 121
K e t e l i t i a n Sistem R e p l i k a s i 123
Replikasi D N A Untai-Tunggal 123
Replikasi R N A 126
Replikasi Retrovirus 129
Soal-soal 132

Bab 8 Sistem Transkripsi pada Prokaryot 133

M e k a n i s m e D a s a r Sintesis R N A 134
Organisasi G e n pada Prokaryot 136
Struktur G e n Prokaryot 137
Struktur Promoter pada Prokaryot 138
Gen Struktural pada Prokaryot 140
Struktur Terminator pada Prokaryot 141
S t r u k t u r R N A Polimerase p a d a P r o k a r y o t 142
Mekanisme Transkripsi pada Prokaryot 144
• Inisiasi Transkripsi 1 4 5
• Proses Pemanjangan Transkrip 146

Pengakhiran (Terminasi) Transkripsi pada Prokaryot 148

• Pengakhiran Transkripsi yang Tidak Tergantung pada
Faktor Rho 148
• Pengakhiran Transkripsi yang Tergantung pada Faktor Rho 148
Soal-soal 151

Bab 9 Pengendalian Ekspresi Genetik pada

Prokaryot 152
Pengendalian Negatif O p e r o n Laktosa ( l a c ) 156
P e n g e n d a l i a n Positif O p e r o n l a c 159
xii Daftar hi

P e n g e n d a l i a n O p e r o n T r i p t o f a n (trp) 160
Pengendalian O p e r o n ara 164
Pengendalian Operon gal 164
Soal-soal 166

Bab 10 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 167

Organisasi G e n pada Eukaryot 167

Struktur G e n Kelas 1 168

Struktur G e n Kelas I I 169

• S t r u k t u r P r o m o t e r G e n Kelas I I 170
• Y X e m e n E n h a n c e r AdM S i l e n c e r 172
• G e n S t r u k t u r a l Kelas I I 1 7 4
Struktur Gen Kelas I I I 175
Struktur R N A Polimerase pada Eukaryot 177
Mekanisme Transkripsi pada Eukaryot 180
• Transkripsi G e n Kelas I I 181
• Transkripsi G e n Kelas 1 184
• T r a n s k r i p s i G e n K e l a s 111 185
• Peranan Faktor T B P dalam Transkripsi 186

Pemrosesan Transkrip Pascatranskripsi 187

• P e m o t o n g a n d a n P e n y a m b u n g a n R N A (Splicing) 187
• M e k a n i s m e Splicing P r e k u r s o r m R N A I n t i Sel 190
• M e k a n i s m e Splicing secara A u t o k a t a l i t i k 1 9 0
• M e k a n i s m e Splicing P r e k u r s o r t R N A 192
• Poliadenilasi m R N A 192
• P e n a m b a h a n T u d u n g (Cap) p a d a m R N A 194
• Pemrosesan r R N A dan t R N A 194
• Penyuntingan R N A 195

Soal-soal 196

Bab 11 Pengendalian Ekspresi Genetik pada

Eukaryot 197
Sinyal Pengendali Ekspresi Genetik pada Eukaryot 198
• Protein P e m b a n t u dalam Proses Pengendalian Ekspresi
Genedk 199
Motif-motif Protein Pengendali Ekspresi Genetik pada
Eukaryot 199
• D o m a i n Pengikat D N A 2 0 0
• Domain yang Mengaktifkan Transkripsi 2 0 0
• Domain Dimerisasi 201
• Motif Zinc Finger 201
• Struktur Protein Homeodomain 201
• Struktur Domain bZIP dan H L H 201
• Fungsi Aktivator 2 0 2

Pengendalian Ekspresi G e n Kelas I 2 0 2

Pengendalian Ekspresi G e n Kelas I I 2 0 3
Pengendalian Ekspresi G e n Kelas I I I 2 0 5
 Daftar Isi Xiii

Pengendalian Ekspresi Genetik Pascatranskripsi 205

Regulasi Faktor Transkripsi 2 0 6

Soal-soal 2 0 8

Bab 12 Translasi 209

Translasi pada Jasad Prokaryot 2 1 1
• Inisiasi Translasi pada P r o k a r y o t 2 1 2
• Inisiasi Translasi pada E u k a r y o t 2 1 4

Pemanjangan (Elongation) Polipeptida 2 1 5

Kode Genetik 2 2 0
H i p o t e s i s Wobble 2 2 2
Soal-soal 223

Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 224

Rekombinasi Homolog 2 2 5
Rekombinasi Model Meselson-Radding 2 2 9
Rekombinasi K h u s u s (Site-specific R e c o m b i n a t i o n ) 2 3 1
Konversi Gen 2 3 6
Rekombinasi Meiotik 2 3 6
Penyusunan Ulang Gen Imunoglobulin 2 3 7
• Penyusunan Ulang G e n Pengkode Rantai Ringan Lambda 241
• Penyusunan Ulang Gen Pengkode Rantai Ringan Kappa 241
• Penyusunan Ulang G e n Pengkode Rantai Berat 243

Regulasi Penyusunan Ulang Gen Pengkode Imunoglobulin 2 4 4

Transposisi 2 4 5
• Pengelompokan Transposon 245
• Transposon pada Prokaryot 245
• Sekuens dan E l e m e n Penyisip 247
• Transposon Komposit 248
• Elemen Tn3 250
• Bakteriofag M u 2 5 2
• Mekanisme Transposisi 252
• Transposon pada Eukaryot 254
• Transposon pada K h a m i r 2 5 4
• Transposon pada Drosophila 2 5 5
• Transposon pada Manusia 2 5 7
• Makna Penting Transposon 2 5 8
Soal-soal 2 5 8

Bibliografi 259
Indeks 261
 Pokok Bahasan:

I P e n g e l o m p o k a n Jasad Hidup

» Cakupan Biologi Molekular

\ Definisi biologi \ regulosi

\ molekular |
! molekular p e r t a m a kali d i g u n a k a n oleh William Astbury pada tahun 1945
l\ untuk menjelaskan struktur kimia dan fisika m a k r o m o l e k u l biologis. Dengan
" perkembangan biologi m o d e r n , cakupan b i o l o g i m o l e k u l a r k i n i t i d a k lagi hanya
sebatas struktur kimia atau fisika, melainkan juga fungsi dan organisasi
m a k r o m o l e k u l t e r s e b u t di d a l a m jasad h i d u p s e r t a i n t e r a k s i antarkomponen
selular. B e b e r a p a penulis m e m b u a t batasan mengenal biologi molekular secara
l e b i h s e m p i t , y a i t u suatu ilmu yang mempelajari organisasi, aktivitas dan
regulasi gen p a d a aras molekul. T e r m a s u k di dalam batasan ini adalah kajlan
mengenal replikasi D N A , transkripsi, translasi, rekombinasi, dan translokasi.
Biologi m o l e k u l a r sebenarnya m e r u p a k a n disiplin i l m u yang perkembangannya
tidak dapat dilepaskan dari perkembangan i l m u - l l m u lain. Bidang-bldang Ilmu
seperti biologi sel, genetika, b i o k i m i a , k i m i a organik, dan biofisika merupakan
i l m u - l l m u yang secara langsung m e m e n g a r u h i p e r u m u s a n biologi m o l e k u l a r sebagai
sebuah disiplin i l m u yang akhirnya b e r k e m b a n g secara m a n d i r i . Sebaliknya, studi
aspek m o l e k u l a r f e n o m e n a biologis akhirnya juga m e m a c u perkembangan disiplin
i l m u yang lain. O l e h k a r e n a Itu, seringkali ada w i l a y a h i l m u - l l m u t e r s e b u t yang
saling bersinggungan satu s a m a lain. Pada dasarnya bidang-bldang Ilmu tersebut
m e m p e l a j a r i satu subjek yang sama yaitu jasad hidup, n a m u n dengan pendekatan
dan sudut pandang yang berbeda. Dengan demikian dapat dimengerti bahwa
keterkaitan dan persinggungan di a n t a r a disiplin-disiplin i l m u t e r s e b u t m e r u p a k a n
suatu kewajaran.
.J 2 Biologi M o l e k u l a r

Penge^Iompokan Jasad H i d u p
Pada dasarnya jasad h i d u p ( o r g a n i s m e ) dapat d i b e d a k a n m e n j a d i d u a k e l o m p o k
Dua kelompok b e s a r y a i t u : ( 1 ) jasad hidup selular, d a n ( 2 ) jasad hidup n o n s e l u l a r (bukan
besarjasad selular). Jasad hidup s e l u l a r t e r s u s u n a t a s s a t u a n ( u n i t ) y a n g b e r u p a sel. S e l
hidup
m e m p u n y a i b e r m a c a m - m a c a m k o m p o n e n subselular d a n organel y a n g t e r o r g a n l s a s i
dalam satu kesatuan yang padu. Beberapa c o n t o h jasad hidup selular adalah
bakteri, jamur, t u m b u h a n , h e w a n , dan manusia.
D a l a m hal t e r t e n t u batasan jasad h i d u p seringkali t i d a k dapat diterapkan
secara pasti, misalnya pada virus atau bakteriofag yang m e r u p a k a n kelompok
Definisi
Virus jasad hidup nonselular. V i r u s a d a l a h parasit obligat s e h i n g g a h a n y a m e n u n j u k k a n
ciri-ciri k e h i d u p a n jika b e r a d a d i d a l a m s i s t e m biologis (jasad selular) y a n g sesual.
S a t u a n d a s a r v i r u s d i s e b u t virion d a n u n t u k m e n y e b u t e n t i t a s v i r u s biasanya
d i g u n a k a n i s t i l a h partikel virus. O l e h k a r e n a s i f a t n y a y a n g p a r a s i t o b l i g a t maka
v i r u s seringkali dianggap sebagai batas a n t a r a jasad h i d u p dan jasad m a t i . M e s k i p u n
d e m i k i a n , partikel virus dan k o m p o n e n g e n e t i k n y a juga terorganlsasi secara rapi.
Masing-masing k o m p o n e n selular dan o r g a n e l jasad h i d u p m e m p u n y a i fungsi
dan organisasi yang spesifik. Secara u m u m dapat dikatakan b a h w a organisasi s e l
atau k o m p o n e n n y a akan m e n e n t u k a n fungslnya. D a l a m proses kehidupan jasad
h i d u p s e r i n g k a l i t e r j a d i p e r u b a h a n p a d a organisasi sel a t a u k o m p o n e n n y a , m i s a l n y a
k a r e n a p e n g a r u h f a k t o r lingkungan. Jika salah satu k o m p o n e n dasar sel, misalnya
DNA, mengalami perubahan organisasi karena mutasi, m a k a dapat terjadi per-
ubahan fungsi selular. P e r u b a h a n fungsi selular akan m e m p u n y a i implikasi t e r h a d a p
jasad h i d u p y a n g b e r s a n g k u t a n , m i s a l n y a m u n c u l n y a gejala p e r t u m b u h a n sel a t a u
jaringan yang tidak terkendali. Meskipun demikian, a d ac o n t o h - c o n t o h kasus
perubahan organisasi selular atau subselular yang tidak diikuti oleh perubahan
fungsi selular secara nyata. Beberapa tipe m u t a s i , misalnya, tidak selalu akan
menghasilkan p e r u b a h a n f e n o t i p e pada jasad k a r e n a m u t a s i n y a b e r s i f a t s/7ent
niutation.
Organisasi selular pada a k h i r n y a akan m e n e n t u k a n ciri khas jasad hidup,
baik dalam pengertian s t r u k t u r kimia/biokimia dan fisiknya m a u p u n dalam fisiologi
pertumbuhan danperkembangannya. D i t l n j a u d a r i s e g i satuan dasar indlvidu,
Jasad hidup j a s a d h i d u p d a p a t d i b e d a k a n m e n j a d i d u a k e l o m p o k , y a i t u ( 1 ) jasad bersel tunggal
berdasarkan
satuan dasar (unicellular) d a n ( 2 ) jasad b e r s e l b a n y a k ( m u l t i c e l l u l a r ) . A r t i n y a , satu indlvidu
indlvidu
j a s a d b e r s e l t u n g g a l t e r d i r i a t a s satu sel, s e d a n g k a n satu indlvidu j a s a d bersel
b a n y a k t e r d i r i a t a s banyak sel y a n g t e r o r g a n l s a s i s e c a r a s p e s l f i k . J a s a d bersel
tunggal m i s a l n y a b a k t e r i , sedangkan jasad bersel b a n y a k m i s a l n y a t u m b u h a n t i n g k a t
tinggi. D a l a m c o n t o h ini, satu s e lb a k t e r i adalah satu indlvidu, sedangkan satu
satuan lengkap t u m b u h a n (akar, batang, daun) m e r u p a k a n satu indlvidu.
Organisasi dan s t r u k t u r rinci jasad hidup m e n u n j u k k a n adanya perbedaan-
\ Jasad hidup y perbedaan m e n d a s a r dalam hal m o r f o l o g i m a u p u n reaksi m o l e k u l a r yang terjadi
\ berdasarkan
organisasi dan di d a l a m jasad bersel tunggal m a u p u n jasad bersel banyak. Berdasarkan atas
struktur rinci organisasi dan struktur rinci sel, m a k a j a s a d h i d u p s e l u l a r d i b e d a k a n l e b i h l a n j u t
sel
m e n j a d i d u a k e l o m p o k , y a i t u : ( 1 ) prokaryot, d a n ( 2 ) eukaryot.
 Bab 1 Pengaotar , 3
r *"

C i r i u t a m a j a s a d prokaryot y a i t u b e l u m a d a p e m b a g i a n ruang (compart-

mentalization) y a n g j e l a s d i a n t a r a k o m p o n e n - k o m p o n e n s e l n y a . S e m u a komponen
sel p r o k a r y o t , t e r m a s u k b a h a n g e n e t i k n y a , t e r l e t a k d i d a l a m s i t o p l a s m a . H a l I n i
t e r j a d i k a r e n a b e l u m a d a m e m b r a n i n t i s e l / n u k l e u s (prokaryot b e r a s a l d a r i kata
p r o d a n karyor) y a n g a r t i n y a i n t i s e l ) . S e l a i n i t u , d i d a l a m s e l p r o k a r y o t belum
ada organel yang speslfik. Dengan demikian, bahan genetik jasad prokaryot
m e m p u n y a i h u b u n g a n (akses) y a n g langsung dengan k o m p o n e n lain yang digunakan
dalam proses ekspresi genetik. Organisasi semacam Ini m e m p u n y a i implikasi
yang besar dalam proses reaksi m o l e k u l a r di dalam jasad p r o k a r y o t .
P a d a k e l o m p o k eukaryot, o r g a n i s a s i k o m p o n e n selnya jauh lebih t e r a t u r
karena sudah a d apembagian r u a n g yang jelas a n t a r a k o m p o n e n s e l yang satu
dengan k o m p o n e n sel lalnnya. Bahan genetik jasad e u k a r y o t berada d i dalam
s u a t u s t r u k t u r nukleus y a n g m e m p u n y a i membran nukleus s e h i n g g a a l u r i n f o r m a s i
genetiknya berbeda dari jasad p r o k a r y o t . K o m p o n e n - k o m p o n e n sel yang lain
juga sudah dikemas di dalam organel-organel khusus. K e l o m p o k e u k a r y o t masih
dapat dibedakan l a g ! m e n j a d i ( 1 ) e u k a r y o t t i n g k a t r e n d a h (lower eukaryot)
d a n ( 2 ) e u k a r y o t tingkat tinggi (higher eukaryot). S e c a r a u m u m d a p a t d i k a t a k a n
bahwa proses reaksi m o l e k u l a r yang terjadi di dalam jasad e u k a r y o t tingkat
r e n d a h dan e u k a r y o t tingkat tinggi m e m p u n y a i k e m i r i p a n yang besar. Meskipun
d e m i k i a n , juga diketahui b a h w a ada perbedaan yang sangat m e n d a s a r di antara
kedua k e l o m p o k jasad e u k a r y o t t e r s e b u t . Salah satu c o n t o h perbedaan tersebut
a d a l a h a d a n y a p r o s e s diferensiasi sel p a d a j a s a d e u k a r y o t t i n g k a t t i n g g i , s e d a n g k a n
pada e u k a r y o t t i n g k a t r e n d a h tidak ada. C o n t o h jasad e u k a r y o t t i n g k a t rendah
a d a l a h k h a m i r Saccharomyces cerevisiae, s e d a n g k a n c o n t o h e u k a r y o t t i n g k a t t i n g g i
adalah t u m b u h a n t i n g k a t tinggi. Jasad e u k a r y o t t i n g k a t r e n d a h juga dapat d i -
bedakan atas dasar satuan dasar individunya, yaitu ada e u k a r y o t tingkat rendah
b e r s e l t u n g g a l d a n a d a y a n g b e r s e l b a n y a k . D a l a m c o n t o h i n i k h a m i r S. cerevisiae
m e r u p a k a n c o n t o h e u k a r y o t bersel tunggal, sedangkan c o n t o h e u k a r y o t tingkat
rendah bersel banyak misalnya j a m u r (fungi) Penicillium.
M e s k i p u n d a l a m b u k u ini o r g a n i s m e selular s e c a r a u m u m h a n y a dibagi m e n j a d i
dua k e l o m p o k besar, yaitu p r o k a r y o t dan e u k a r y o t , n a m u n b u k d - b u k t i m o l e k u l a r
yang d i t e m u k a n beberapa t a h u n t e r a k h i r m e n u n j u k k a n ada d o m a i n atau k e l o m p o k
jasad h i d u p ketiga, y a i t u Archaea. S e b e l u m n y a k e l o m p o k ini d i m a s u k k a n dalam
k e l o m p o k p r o k a r y o t , n a m u n penelitian m e n u n j u k k a n b a h w a sifat-sifat m o l e k u l a r
jasad ini lebih m e n y e r u p a i e u k a r y o t daripada p r o k a r y o t . A r c h a e a pada u m u m n y a
merupakan k e l o m p o k j a s a d extremophi/e, y a i t u o r g a n i s m e yang hidup dalam
kondisi e k s t r e m , misalnya dalam suhu tinggi, dalam kadar g a r a m yang tinggi, dan
Iain-Iain.
Penelitian intensif selama bertahun-tahun menunjukkan bahwa perbedaan
struktural d a n organisasi selular antara jasad yang satu dengan jasad yang lain
m e m p u n y a i dasar molekular yang tertentu. Meskipun demikian, dl antara jasad-
jasad hidup t e r s e b u t juga d i t e m u k a n k e m i r i p a n pada banyak hal yang m e n u n j u k -
kan adanya hubungan e v o l u s i o n e r satu s a m a lain.
4^4 Biologi M o l e k u l a r

B u k u Inim e n u n j u k k a n dan m e m b a h a s dasar-dasar m o l e k u l a r s t r u k t u r dan

organisasi jasad hidup serta proses reaksi m o l e k u l a r - s e l u l a r yang m e n e n t u k a n
kehidupan suatu jasad hidup.

Contoh Soal

S e b u t k a n k e l o m p o k jasad yang ada d i alam.

]awabon:
Jasad ( h i d u p ) di a l a m d i b e d a k a n m e n j a d i j a s a d s e l u l a r d a n j a s a d n o n s e l u l a r . Jasad selular adalah jasad
h i d u p y a n g s a t u a n d a s a r n y a adalah sel. Jasad selular t e r d i r i atas d u a k e l o m p o k besar, y a i t u s e l
p r o k a r y o t d a n s e l e u k a r y o t . Jasad n o n s e l u l a r m e l i p u t i berbagai m a c a m v i r u s . S a t u a n d a s a r v i r u s
adalah b u k a n s e l , m e l a i n k a n v i r i o n yang sangat b e r b e d a secara s t r u k t u r a l dibandingkan dengan sel
karena hanya tersusun atas struktur sederhana, yaitu bahan genetik dan selubung (kapsid).

Cakupan Biologi M o l e k u l a r
Seperti telah disinggung di depan, banyak aspek biologi yang dipelajari dalam
\ Batas-batas ^ cabang-cabang biologi yang berbeda. Pertanyaan yang kemudian muncul adalah
\ biologi sampai di m a n a batas-batas biologi m o l e k u l a r ? T u j u a n akhir studi biologi m o l e k u l a r
molekular
a d a l a h memahami dasar-dasar molekular yang menentukan sifat dan fenomena
1 biologis. R e a k s i - r e a k s i k i m i a d i d a l a m j a s a d h i d u p a d a l a h c o n t o h f e n o m e n a b i o l o g i s .
M e s k i p u n d e m i k i a n , s t u d i r e a k s i k i m i a b i o l o g i s l e b i h d i a n g g a p s e b a g a i i l m u biokimia
sejauh pembahasannya hanya mencakup saling h u b u n g a n antara reaktan dan
p r o d u k reaksi. A k a n tetapi telah banyak diketahui bahwa keseimbangan reaksi
biokimia dapat dipengaruhi misalnya oleh perubahan ekspresi gen yang m e n g k o d e
sintesis e n z i m - e n z i m yang b e r p e r a n a n di dalam reaksi biokimia. O l e h k a r e n a itu
pembahasan mengenai perubahan ekspresi g e nyang menyebabkan perubahan
reaksi biokimiawi tercakup di dalam studi biologi molekular.

Tanggapan (respons) jasad hidup t e r h a d a p suatu s t i m u l a n biasanya dipelajari

d i d a l a m fisiologi sel. M e s k i p u n d e m i k i a n , a s p e k - a s p e k f i s i o l o g i s e l d a p a t juga
bersinggungan dengan wilayah biologi m o l e k u l a r . Sebagai c o n t o h , reaksi antara
antigen dengan a n t i b o d i . Implikasi fisiologis adanya reaksi s e m a c a m ini u m u m n y a
d i b a h a s d i d a l a m f i s i o l o g i s e l a t a u imunologi, n a m u n m e k a n i s m e m o l e k u l a r ( e k s p r e s i
gen) yang mengarah k e p e m b e n t u k a n antibodi adalah bagian disiplln biologi
m o l e k u l a r . Disiplin fisiologi sel lebih m e n g a r a h k e p e m b a h a s a n m e n g e n a i implikasi
reaksi-reaksi biokimiawi sel dan faktor-faktor yang mempengaruhinya terhadap
p e r t u m b u h a n d a n p e r k e m b a n g a n s e l . D e m i k i a n p u l a h a l n y a d e n g a n c a b a n g biologi
struktural sel y a n g m e m p e l a j a r i s t r u k t u r d a n s u s u n a n k o m p o n e n - k o m p o n e n s e l
dapat didekati dengan konsep biologi m o l e k u l a r . Sebagai c o n t o h , m e k a n i s m e
molekular pengendalian sintesis p r o t e i n m e m b r a n sel dibahas dalam biologi
molekular.
 Bab 1 Pengantar 5

B e r p i j a k pada hal-hal di atas m a k a dapat dilihat b a h w a batas a n t a r a biologi

m o l e k u l a r dengan cabang-cabang biologi y a n g lain s e b e n a r n y a sangat tipls. Per-
plndahan p e m b l c a r a a n dari satu cabang biologi k e cabang biologi y a n g lain seringkali
lebih d i t e n t u k a n o l e h k o n t e k s dan kepentlngan yang melatarbelakanglnya.
Beberapa aspek biologi yang secara khusus dipelajari dalam biologi m o l e k u l a r
a n t a r a lain adalah bahan g e n e t i k dan proses sintesis p r o t e i n . K e d u a aspek t e r s e b u t
m e r u p a k a n satu kesatuan yang tidak dapat dipisahkan karena proses sintesis
p r o t e i n t e r g a n t u n g pada i n f o r m a s i yang ada pada bahan g e n e t i k . D i lain plhak,
replikasi bahan g e n e t i k juga t e r g a n t u n g pada aktivitas b e r m a c a m - m a c a m p r o t e i n .
Pembahasan mengenai kedua aspek tersebut dapat diperluas mulai dari s t r u k t u r
dasarnya sampai proses pengendalian sintesisnya. Studi mengenai bahan genetik
dan proses sintesis p r o t e i n akhirnya juga m a m p u m e n y i n g k a p perbedaan yang
lebih d a l a m a n t a r a k e l o m p o k jasad p r o k a r y o t dan e u k a r y o t . D e n g a n d e m i k i a n ,
p e r b e d a a n a n t a r a k e d u a k e l o m p o k jasad t e r s e b u t t i d a k s e m a t a - m a t a p e r b e d a a n
m o r f o l o g i dan sifat-sifat fisiologi belaka. Studi juga m e n u n j u k k a n b a h w a m e s k i p u n
ada p e r b e d a a n - p e r b e d a a n m e n d a s a r a n t a r a k e d u a k e l o m p o k jasad t e r s e b u t , n a m u n
terdapat juga kesamaan-kesamaan yang m e n u n j u k k a n hubungan k e k e r a b a t a n satu
s a m a lain. S t u d i m e n g e n a l u r u t a n n u k l e o t i d a pada R N A r i b o s o m , misalnya, m e n j a d i
salah satu dasar u n t u k klasiflkasl jasad h i d u p selular.
Pengaturan ekspresi genetik m e r u p a k a n aspek biologi m o l e k u l a r yang sangat
penting k a r e n a hal ini akan b e r s a n g k u t a n dengan banyak f e n o m e n a biologis.
M e k a n i s m e dasar pengaturan ekspresi genetik serta perbedaan-perbedaan men-
dasar a n t a r a p r o k a r y o t dan e u k a r y o t juga akan dibicarakan dalam b u k u ini.
D a r i ilustrasi di atas d a p a t dilihat b a h w a c a k u p a n biologi m o l e k u l a r sangat
luas. R i s e t di b i d a n g Ini juga b e r k e m b a n g sangat p e s a t s e h i n g g a h a m p i r t i d a k
m u n g k i n u n t u k m e m b a h a s s e m u a a s p e k y a n g b e r k e m b a n g s e l a m a Ini. O l e h k a r e n a
itu d a l a m b u k u ini a k a n disajikan t e m a - t e m a p o k o k biologi m o l e k u l a r y a n g sangat
penting u n t u k diketahui guna memperluas cakrawala pemahaman fenomena
biologis.

Iiiil irnl m i l J
1. Jelaskan c a k u p a n biologi m o l e k u l a r d a n b a n d i n g k a n d e n g a n disiplin biologi yang lain, misalnya b i o k i m i a
dan genetika.

Z Mengingat semakin luas c a k u p a n biologi molekular, tetapi sekaligus semakin tipls pula batas-batas
antardisiplin ilmu, perlukah dilakukan redefinisi ilmu biologi? Bagaimana pandangan saudara?
 Pokok Bahasan:

I Jasad Hidup Selular

Doktrin Sel

I P e n g g o l o n g a n Jasad Selular

Sel Jasad Prokaryot • Sel Jasad Eukaryot

» Virus

• Energi d a n Reaksi Kimia Selular

Produksi ATP • Biokatalis

• P e r t u m b u h a n Jasad Renik

1 i^fe
Batasan
hidup
Jasad S e b e l u m m e m b i c a r a k a n a s p e k m o l e k u l a r jasad h i d u p ( o r g a n i s m e ) m a k a p e r l u
dijelaskan terlebih dahulu batasan mengenai apa yang dimaksud
jasad hidup. S e p e r t i telah disinggung s e b e l u m n y a , jasad hidup m e l i p u t i s e k e l o m p o k
dengan

jasad yang pada kondisi t e r t e n t u akan m e n u n j u k k a n gejala atau tanda-tanda

kehidupan. Beberapa hal yang dapat m e n c l r i k a n jasad hidup a n t a r a lain adalah
kemampuan untuk t u m b u h dan berkembang, kemampuan reproduksi atau m e m -
perbanyak diri, k e m a m p u a n melakukan proses m e t a b o l l s m e ( t e r m a s u k k e m a m p u a n
m e n y e r a p nutrisi dari luar), kepekaan terhadap rangsangan (balk dalam bentuk
rangsangan fisik m a u p u n kimia), serta kemampuan melakukan interaksi atau
k o m u n i k a s i a n t a r j a s a d ( h i d u p ) . B a t a s a n s e m a c a m i n i s e r i n g k a l i tidak d a p a t s e p e n u h -
nya m e n j e l a s k a n gejala a t a u f e n o m e n a yang t e r d a p a t d i a l a m , n a m u n paling t i d a k
dapat digunakan sebagai acuan u n t u k m e m b e d a k a n a n t a r a jasad hidup denpn
benda mati.

Berdasarkan batasan t e r s e b u t d i atas, secara u m u m jasad h i d u p dapat d i -

Satuan dasar k e l o m p o k k a n m e n j a d i d u a y a i t u j a s a d hidup s e l u l a r {cellular organism) d a n
Jasad hidup
jasad hidup bukan selular (non<ellular organism). J a s a d h i d u p s e l u l a r m e m p u n y a i
s a t u a n ( u n i t ) d a s a r b e r u p a sel, m i s a l n y a b a k t e r i d a n t a n a m a n t i n g k a t t i n g g i . J a s a d
hidup bukan-selular tidak t e r s u s u n atas s e l m e l a i n k a n satuan yang lain, misalnya
v i r u s y a n g s a t u a n d a s a r n y a a d a l a h virion. D a l a m h a l i n i p e n g e r t i a n a t a u b a t a s a n
jasad hidup tidak dapat sepenuhnya diterapkan, t e r u t a m a pada k e l o m p o k jasad
h i d u p b u k a n selular, misalnya v i r u s . V l r u s adalah 'jasad h i d u p ' y a n g b e r s i f a t parasit
obligat, artinya hanya akan m e n u n j u k k a n ciri-ciri 'hidup' jika berada d l dalam
 Bab 2 Organisasi Biologis Jasad l - W & ^ 7 ^ ,

s i s t e m biologis yang sesual (jasad selular). Jika virus berada d l luar s i s t e m biologis
yang sesual, m a k a partikel virus tidak akan m e n u n j u k k a n cirl-clrl kehidupan
karena virus tidak dapat t u m b u h dan m e m p e r b a n y a k diri, serta tidak m e l a k u k a n
aktivitas m e t a b o l i s m e d i luar sel inangnya. H a l i n i sangat berbeda dari jasad
selular k a r e n a jasad ini dapat m e n u n j u k k a n ciri-ciri k e h i d u p a n m e s k i p u n berada
secara individual di suatu lingkungan tertentu. Satu sel bakteri, misalnya, dapat
t u m b u h m e n j a d i banyak sel jika berada dalam lingkungan yang sesual (misalnya
dalam m e d i u m p e r t u m b u h a n t e r t e n t u ) tanpa harus ada interaksi dengan sistem
biologis y a n g lain.

Jasad H i d u p Selular
Doktrin Sel
Istilah s e l p e r t a m a kali digunakan o l e h R o b e r t H o o k e (1635-1703), seorang
ilmuwan Inggris, u n t u k menjelaskan s t r u k t u r p o t o n g a n tipls gabus d i bav/ah
m i k r o s k o p . S e t e l a h b e b e r a p a a b a d k e m u d i a n istilah sel t e r s e b u t d i g u n a k a n u n t u k
m e n y a t a k a n satuan dasar m i n i m u m suatu jasad hidup yang m a m p u melakukan
p e r b a n y a k a n s e n d i r i (self-duplication). S a t u a n d a s a r t e r s e b u t m e n e n t u k a n s t r u k t u r
m a u p u n fungsi s e m u a jasad hidup, balk jasad tingkat r e n d a h m a u p u n jasad tingkat
tinggi. D o k t r i n s e l m e n y a t a k a n b a h w a s e m u a sel b e r a s a l d a r i sel y a n g s u d a h a d a
sebelumnya dan masing-masing sel m e m p u n y a i sistem kehidupan sendiri. Pada
jasad hidup yang terdiri atas banyak sel, masing-masing sel juga mempunyai
p e r a n a n yang t e r p a d u dengan sel-sel lalnnya di d a l a m jasad t e r s e b u t .
\ Komponen- ' S e m u a sel t e r s u s u n atas k o m p o n e n - k o m p o n e n k i m i a w i u t a m a y a i t u p r o t e i n ,
komponen a s a m n u k l e a t , l e m a k , dan polisakarida. O l e h k a r e n a sel-sel jasad hidup yang a d a
kimiawi utama
sel di a l a m t e r s u s u n o l e h k o m p o n e n - k o m p o n e n t e r s e b u t , m e s k i p u n dengan k o m p o s i s i

1 yang berbeda, m a k a diduga b a h w a s e m u a sel berasal dari sel leluhur yang sama
(universal ancestor). Setelah melalui proses evolusi yang panjang akhirnya sel
l e l u h u r t e r s e b u t b e r k e m b a n g m e n j a d i b e r m a c a m - m a c a m sel s e p e r t i y a n g d i k e t a h u i
sekarang.
Sel adalah s u a t u s a t u a n y a n g d i n a m i s o l e h k a r e n a selalu m e n g a l a m i p e r u b a h a n .
Perubahan sel dapat berupa pertambahan ukuran d a nv o l u m e , karena adanya
proses pertumbuhan, maupun perubahan fungsi, misalnya karena proses
diferensiasi. Bahkan pada w a k t u seltidak mengalami p e r t u m b u h a n sebenarnya
juga t e r j a d i p e r u b a h a n d i d a l a m s e l k a r e n a adanya p r o s e s m e t a b o l i s m e yang lain.
D i t l n j a u d a r i s e g i m e t a b o l l s m e , m a k a s e l d a p a t d i k a t a k a n s e b a g a i s u a t u sistem
kimiawi. D a l a m s i s t e m s e m a c a m i n i , s e l a k a n m e l a k u k a n t r a n s f o r m a s i b a h a n a t a u
nutrisi menjadi b e n t u k energi; sebaliknya, energi yang dihasilkan akan digunakan
u n t u k melakukan transformasi lebih lanjut yang akhirnya akan b e r m u a r a dalam
b e n t u k p e r t u m b u h a n dan perkembangan. Proses transformasi selular semacam
ini a k a n m e l i b a t k a n b e r m a c a m - m a c a m r e a k s i m o l e k u l a r y a n g dikaji d a l a m berbagai
disiplin ilmu, misalnya biologi sel, b i o k i m i a , fisiologi, genetika, m a u p u n biologi
m o l e k u l a r sel.
iF<^,8 Biologi Molekular

Proses transformasi selular hanya akan berlangsung jika s t r u k t u r sel tidak

mengalami perubahan ekstrem. Oleh karena itu, struktur sel merupakan
p e n d u k u n g bagi p r o s e s k e h i d u p a n sel. Hasil-hasil p e n e l i t i a n s e l a m a p u l u h a n t a h u n
telah m e n u n j u k k a n bahwa s t r u k t u r sel d a ntransformasi selular diatur secara
rapi. Pengaturan selular t e r s e b u t dapat dilakukan karena sel m e m p u n y a i d u a
fungsi u t a m a yaitu: ( 1 ) sebagai p i r a n t i k i m i a w i yang m e l a k u k a n p r o s e s m e t a b o l i s m e ,
dan (2) sebagai piranti yang m e n y i m p a n k o d e - k o d e i n f o r m a s i biologis yang akan
diturunkan k e dalam anakannya. Proses metabolisme akan berlangsung sesual
dengan informasi biologis yang disimpan di dalam sel yang bersangkutan.
Informasi biologis tersebut tersimpan dalam b e n t u k k o d e - k o d e genetik yang
berada d l d a l a m b a h a n g e n e t i k , y a i t u m o l e k u l D N A (deoxyribonucleic acid).
Informasi g e n e t i k t e r s e b u t h a r u s disalln d a n d i t e r j e m a h k a n melalui proses
ekspresi genetik yang kompleks menjadi rangkaian asam-asam amino yang
spesifik. Rangkaian asam a m i n o ( p r o t e i n ) t e r s e b u t k e m u d i a n akan digunakan d l
d a l a m p r o s e s m e t a b o l l s m e sel. Penjabaran m e n g e n a i p r o s e s ekspresi g e n e t i k
sel d e n g a n segala a s p e k y a n g t e r l i b a t Itulah y a n g a k a n m e r u p a k a n b a h a n kajlan
u t a m a dalam buku ini.

P e n g g o l o n g a n Jasad Selular
D a r i segi s a t u a n dasar i n d l v i d u , jasad h i d u p s e l u l a r y a n g a d a d i a l a m d a p a t d l -
g o l o n g k a n m e n j a d i jasad b e r s e l tunggal (unicellular organism), d a n jasad b e r s e l
banyak (multicellular organism). P e n g g o l o n g a n j a s a d s e l u l a r d a p a t j u g a d i d a s a r k a n
a t a s s t r u k t u r d a n o r g a n i s a s i s e l y a i t u j a s a d prokaryot d a n j a s a d eukaryot
O l e h k a r e n a Itu jasad selular dapat d i k e l o m p o k k a n s e p e r t i pada Tabel 2 . 1 .

T a b e l 2.1 I P e n g g o l o n g a n j a s a d s e l u l a r .

Satuan dasar Organisasi sel Contoh

Sel tunggal Prokaryot E s c h e r i c h i a coli

Eukaryot Saccharomyces cerevisiae

Sel b a n y a k (multisel) Eukaryot T a n a m a n tingkat tinggi, manusia.

hewan

Jasad h i d u p bersel tunggal adalah jasad h i d u p y a n g satu i n d i v i d u n y a t e r d i r i

atas satu sel, sedangkan pada jasad bersel banyak, satu i n d i v i d u n y a t e r d i r i atas
b a n y a k s e l . D e n g a n d e m i k i a n s a t u s e l m i k r o b i a e u k a r y o t , m i s a l n y a k h a m i r Sac-
ci)aromyces cerevisiae, d e n g a n s a t u s e l m a n u s i a m e m p u n y a i p e r b e d a a n f u n g s i o n a l
yang sangat m e n d a s a r karena satu sel k h a m i r t e r s e b u t m e r u p a k a n satu indivldu
lengkap sedangkan satu sel m a n u s i a hanya sebagian kecll dari indlvidu lengkap.
M e s k i p u n d e m i k i a n , k e d u a m a c a m sel t e r s e b u t juga m e m p u n y a i d e r a j a t k e m i r i p a n
yang tinggi, khususnya s t r u k t u r dasar dan organlsaslnya.
 Bab 2 Organisasi Biologis Jasad Hidup 9

Sel Jasad Prokaryot

S t r u k t u r d a s a r sel p r o k a r y o t d a p a t d i l i h a t p a d a G a m b a r 2 . 1 . S u a t u sel p r o k a r y o t
t e r d l r l atas s t r u k t u r - s t r u k t u ru t a m a yaitu: ( 1 ) dinding sel, ( 2 ) m e m b r a n plasma
sel, (3) r i b o s o m , d a n (4) b a h a n g e n e t i k . S e c a r a o r g a n i s a s i , sel p r o k a r y o t m e m p u n y a i
s t r u k t u r yang lebih s e d e r h a n a dibandingkan dengan jasad e u k a r y o t . Salah satu
ciri s t r u k t u r a l u t a m a yang m e m b e d a k a n n y a dengan jasad e u k a r y o t adalah t i d a k
adanya m e m b r a n inti s e l ( n u k l e u s ) sehingga jasad i n i d i s e b u t prokaryot. D i
s a m p i n g i t u pada sel p r o k a r y o t t i d a k ada o r g a n e l k h u s u s , m i s a l n y a m i t o k o n d r i a ,
badan Golgl, r e t i k u l u m endoplasma, dan laln-lainnya seperti yang a d apada sel
eukaryot.

D N A sirkular Ribosom

plasma

G a m b a r 2.1 I Struktur dasar sel prokaryot.

D i n d i n g sel p r o k a r y o t , m i s a l n y a b a k t e r i , m e m p u n y a i k o m p o s i s i k i m i a w i y a n g
b e r b e d a d a r i k o m p o s i s i k i m i a w i d i n d i n g sel t u m b u h a n . D i n d i n g sel b a k t e r i m e n g a n -
dung p r o t e i n ,lemak, dan polisakarida. Pada k e l o m p o k slanobakteri (cyanobaaeria)
dinding selnya terdiri atas polisakarida sederhana misalnya selulosa. Berdasarkan
atas k o m p o s i s i dinding selnya, bakteri dapat dibedakan m e n j a d i d u a k e l o m p o k
y a i t u b a k t e r i G r a m - p o s i t i f ( m i s a l n y a Bacillus subtilis) d a n b a k t e r i G r a m - n e g a t i f
( m i s a l n y a Esciiericiiia coli). B e b e r a p a j e n i s b a k t e r i j u g a m e m p u n y a i s t r u k t u r t a m b a h -
a n d i l u a r d i n d i n g s e l y a n g d i s e b u t kapsui Dinding sel d a n kapsul berfungsi
sebagai p e l i n d u n g sel t e r h a d a p t e k a n a n o s m o t i k d a n m e k a n i k sekaligus m e m b e r i k a n
bentuk.
M e m b r a n plasma terdiri atas c a m p u r a n l e m a k dan p r o t e i n . M e m b r a n plasma
b e r f u n g s i sebagai s e l a p u t sel y a n g b e r s i f a t s e m i p e r m e a b e l y a n g m e n g a t u r k e l u a r
masuknya m o l e k u l d a n ion-ion. Pada bakteri Gram-positif, m e m b r a n plasma
m e m b e n t u k l i p a t a n y a n g d i k e n a l sebagai mesosom. P a d a bagian y a n g m e n g h a d a p
sitoplasma, m e s o s o m sering berasosiasi dengan D N A sehingga diduga berperanan
sebagai t e m p a t p e r l e k a t a n D N A t e r u t a m a pada w a k t u replikasi. D i samping itu
m e s o s o m juga b e r p e r a n a n dalam proses sekresi.
 Ribosom m e r u p a k a n partikel kecll yang t e r d l r l atas p r o t e i n d a n m o l e k u l
RNA {ribonucleic acid) d a n b e r f u n g s i d a l a m p r o s e s t r a n s l a s i ( s i n t e s i s protein).
Satu sel dapat mengandung sampai 1 0.000 r i b o s o m sehingga massanya dapat
m e n c a p a i 4 0 % dari m a s s a t o t a l sel b a k t e r i . P e m b l c a r a a n m e n g e n a l r i b o s o m a k a n
dilakukan lebih rinci pada bagian m e n g e n a i p r o s e s translasi.
Bahan genetik pada sel p r o k a r y o t tidak terletak di dalam suatu organel
k h u s u s k a r e n a tidak ada m e m b r a n n u k l e u s s e p e r t i pada jasad e u k a r y o t . Bahan
genetik m e m b a w a i n f o r m a s i - i n f o r m a s i genetik yang akan m e n e n t u k a n sifat-slfat
jasad t e r s e b u t . Bahan g e n e t i k u t a m a pada b a k t e r i u m u m m y a hanya t e r d i r i atas
satu molekul D N A untai-ganda {double-stranded DNA) berbentuk lingkar
( k r o m o s o m bakteri). M e s k i p u n d e m i k i a n seringkali ada bahan genetik t a m b a h a n
y a n g d i s e b u t plasnnld. P a d a b e b e r a p a b a k t e r i u k u r a n p l a s m i d s a m a a t a u bahkan
lebih besar dari u k u r a n bahan genetik utamanya ( k r o m o s o m bakteri).
D i samping k o m p o n e n - k o m p o n e n u t a m a t e r s e b u t , ada k o m p o n e n s e l yang
lain, m i s a l n y a flagela y a n g m e r u p a k a n alat g e r a k pada b e b e r a p a spesies b a k t e r i
d a n pill y a n g m e r u p a k a n s a l u r a n u n t u k p e r p i n d a h a n b a h a n g e n e d k ( D N A ) dari
s a t u sel k e sel lain. B e b e r a p a b a k t e r i juga m e m b e n t u k s t r u k t u r k h u s u s , misalnya
endospora
U k u r a n sel jasad p r o k a r y o t b e r v a r i a s i d a r i y a n g b e r d i a m e t e r 5 m m sampai
y a n g b e r u k u r a n " r a k s a s a " s e k i t a r 7 5 0 m m , y a i t u b a k t e r i Thiomargarita namibiensis.
B e n t u k s e l b a k t e r i juga sangat beragam. B e n t u k s e l p r o k a r y o t ada yang kokus
{coccus), batang, spiral d a n Iain-Iain. B e b e r a p a c o n t o h jasad prokaryot yang
banyak digunakan dalam studi biologi m o l e k u l a r a n t a r a lain adalah bakteri
Esciierictiia coli, Salmonella typiiimurium, Streptomyces sp., Rhizobium sp., Bacillus
subtilis, Agrobacterium tumefaciens.

Sel Jasad Eukaryot

Sel jasad e u k a r y o t m e m p u n y a i s t r u k t u r d a n organisasi yang lebih kompleks
dibandingkan dengan sel prokaryot (Gambar 2.2). Pada jasad e u k a r y o t bahan
genetiknya (DNA) berada di dalam suatu m e m b r a n nukleus sehingga jasad
eukaryot mempunyai struktur nukleus yang jelas. Membran nukleus jasad
e u k a r y o t t e r d i r i a t a s d u a l a p i s , y a i t u mennbran d a l a m d a n m e m b r a n luar. P a d a
beberapa t e m p a t , k e d u a lapisan m e m b r a n n u k l e u s t e r s e b u t berfusi atau m e n y a t u
m e m b e n t u k p o r i - p o r i n u k l e u s y a n g b e r p e r a n a n sebagai p e n g h u b u n g a n t a r a bagian
d a l a m n u k l e u s d e n g a n s i t o p l a s m a . Pada bagian lebih l a n j u t b u k u ini a k a n dijelaskan
b a h w a s t r u k t u r m e m b r a n n u k l e u s t e r s e b u t m e n j a d i salah satu p e m b e d a antara
e u k a r y o t dengan p r o k a r y o t dalam h a lproses ekspresi genetik.
Organisasi bahan genetik ( D N A k r o m o s o m ) pada eukaryot mempunyai
beberapa perbedaan mendasar dengan organisasi DNA kromosom prokaryot.
Pada e u k a r y o t bahan genetik u t a m a n y a u m u m n y a terdiri atas lebih dari satu
k r o m o s o m berbentuk linear yang dikemas sedemikian rupa dengan adanya p r o -
t e i n y a n g d i s e b u t histon. P a d a b e b e r a p a j a s a d e u k a r y o t , k h u s u s n y a j a s a d e u k a r y o t
t i n g k a t r e n d a h , j u g a a d a b a h a n g e n e t i k e k s t r a k r o m o s o m (plasmid).
 Bab 2 Organisasi Biologis Jasad Hidup 11

Badan
Golgi
Vakuola

Nukleus Ribosom

Membran —
nukleus

Nukleolus

Mitokondria

G a m b a r 2.2 I S t r u k t u r d a s a r s e l e u k a r y o t .

C i r i lain sel e u k a r y o t adalah s u d a h ada p e m b a g i a n r u a n g y a n g jelas d i d a l a m

sel sehingga ada b e r m a c a m - m a c a m o r g a n e l y a n g m a s i n g - m a s i n g m e m p u n y a i fungsi
k h u s u s . P a d a sel t u m b u h a n , s t r u k t u r t e r l u a r selnya adalah d i n d i n g sel y a n g t e r d i r i
atas p o l i m e r selulosa, sedangkan pada s e l h e w a n tidak t e r d a p a t dinding sel.
B e b e r a p a o r g a n e l p e n t i n g y a n g t e r d a p a t dl d a l a m sel e u k a r y o t a n t a r a lain adalah:
mitokondria ( t e m p a t p r o d u k s i e n e r g i s e l u l a r ) , retikulum endoplasma kasar ( b e r -
p e r a n d a l a m p r o s e s s e k r e s i p r o t e i n d a n t e m p a t m e l e k a t n y a r i b o s o m ) , retikulum
e n d o p l a s m a halus ( t e m p a t d e t o k s i f i k a s i s e n y a w a - s e n y a w a t e r t e n t u d a n s i n t e s i s
l e m a k ) , badan Golgi ( b e r p e r a n a n d a l a m s e k r e s i d a n s o r t a s l / p e m i l a h a n p r o t e i n ) ,
kloroplas ( t e m p a t b e r l a n g s u n g n y a r e a k s i f o t o s i n t e s i s p a d a t u m b u h a n ) , vakuola
(tempat penyimpanan air serta p r o d u k metabolisme), dan organel-organel lain.
Penjelasan rinci m e n g e n a i s t r u k t u r sel e u k a r y o t d a p a t dibaca lebih l a n j u t p a d a
b u k u - b u k u m e n g e n a l biologi sel.
Salah satu c o n t o h jasad e u k a r y o t yang paling banyak digunakan d a l a m studi
b i o l o g i m o l e k u l a r a d a l a h k h a m i r Saccharomyces cerevisiae. J a s a d I n i b a n y a k di-
gunakan sebagai m o d e l e u k a r y o t k a r e n a m e r u p a k a n jasad r e n i k bersel satu yang
m u d a h d i t u m b u h k a n , dasar-dasar biologi selnya sudah dipelajari selama b e r t a h u n -
tahun, serta m e m p u n y a i derajat kemiripan struktural dan organisasi sel yang
d e k a t dengan s e l e u k a r y o t tingkat tinggi. K h a m i r juga banyak digunakan untuk
kepentingan-kepentingan praktis, misalnya dalam Industri m i n u m a n beralkohol,
dan bahkan sekarang juga dipergunakan sebagai inang u n t u k p r o d u k s i protein
h e t e r o l o g , t e r m a s u k vaksln. Selain k h a m i r , jasad e u k a r y o t bersel satu yang juga
banyak diteliti adalah Chlamydomonas d a n Tetrahymena.
S t u d i b i o l o g i m o l e k u l a r juga s e r i n g m e n g g u n a k a n m o d e l sel e u k a r y o t t i n g k a t
tinggi, m i s a l n y a sel h e w a n . A k a n t e t a p i jika d i b a n d i n g k a n d e n g a n s t u d i m e n g g u n a k a n
12 Biologi Molekular

b a k t e r i d a n k h a m i r , s t u d i d e n g a n sel h e w a n relatif lebih l a m b a t perkembangannya.

H a l i n i a n t a r a lain d i s e b a b k a n o l e h f a k t o r organisasi selyang lebih kompleks.
Jaringan s e lyang diisolasi dari h e w a n u m u m n y a t e r d l r l atas c a m p u r a n beberapa
t i p e s e l y a n g m e m p u n y a i a r a s (level) d i f e r e n s i a s i y a n g b e r b e d a . S e l a i n i t u , s e l
h e w a n yang diisolasi dan d i t u m b u h k a n d a l a m m e d i u m s i n t e t i k m e m p u n y a i keadaan
fisiologis yang berbeda dari s e lyang m e r u p a k a n bagian jaringan t u b u h hewan
y a n g u t u h . K e a d a a n s e m a c a m ini b e r b e d a d a r i k e a d a a n sel p r o k a r y o t a t a u e u k a r y o t
bersel tunggal, karena sel p r o k a r y o t dalam m e d i u m sintetik akan mempunyai
sifat-sifat fisiologis yang relatif s a m a dengan sel b a k t e r i yang ada d i alam. Oleh
k a r e n a Itu studi dengan m e n g g u n a k a n sel jasad e u k a r y o t t i n g k a t tinggi seringkali
menghasilkan efek gabungan akibat adanya bermacam-macam t i p e sel.

Virus
V i r u s adalah suatu partikel yang mengandung bahan genetik berupa D N A atau
RNA yang diselubungi o l e h p r o t e i n y a n g d i s e b u t kapsid d a n p a d a beberapa
v i r u s a d a j u g a k o m p o n e n l a i n , m i s a l n y a l e m a k . S a t u a n d a s a r v i r u s d i s e b u t virion.
V i r u s hanya dapat m e m p e r b a n y a k diri jika berada d i dalam suatu sel inang yang
sesuai.Jika berada d l luar s u a t u s i s t e m selular, virus t i d a k m a m p u memperbanyak
diri karena tidak m e m p u n y a i sistem e n z i m yang dapat digunakan u n t u k sintesis
p a r t i k e l v i r u s y a n g b a r u . O l e h k a r e n a i t u v i r u s d i s e b u t s e b a g a i p a r a s i t obligat
dan seringkali juga dianggap sebagai batas antara jasad hidup d a n jasad matl.
D i a m e t e r v i r u s bervariasi dari 2 0 - 3 0 0 n m sehingga u k u r a n n y a lebih kecil dari s e l
p r o k a r y o t yang paling kecil.
Pada awalnya virus diklaslflkaslkan berdasarkan atas inang yang ditumpanginya
s e h i n g g a a d a t i g a k e l o m p o k v i r u s y a i t u ( 1 ) virus hewan, ( 2 ) virus t u m b u h a n , d a n
( 3 ) v i r u s b a k t e r i (bakteriofag). B a h a n g e n e t i k v i r u s a d a y a n g b e r u p a m o l e k u l
DNA d a na d ayang berupa R N A . M o l e k u l D N Adan R N At e r s e b u t a d a yang
b e r u p a m o l e k u l u n t a i - t u n g g a l (single-strarxjed) d a n a d a y a n g b e r u p a m o l e k u l u n t a i -
g a n d a (double-stranded). Ekspresi genetik virus dilakukan dengan menggunakan
sistem e n z i m yang a d ad l dalam sel inang.
Di samping virus D N A dan virus R N A , a d apartikel yang lebih sederhana
Viroid dan
prion d a r i v i r u s y a i t u viroid d a n prion. V i r o i d a d a l a h m o l e k u l k e c i l R N A y a n g t e r d i r i
atas 3 5 9 basa n u k l e o t i d a dan tidak diselubungi o l e h p r o t e i n . Salah satu c o n t o h
v i r o i d d i k e t a h u i m e n j a d i p e n y e b a b s u a t u p e n y a k i t p a d a t a n a m a n k e n t a n g . Prion
adalah s u a t u partikel yang t e r d i r i atas m o l e k u l kecll p r o t e i n (ada yang hanya
terdiri atas 2 5 0 asam a m i n o ) yang tidak m e m p u n y a i asam nukleat. P r i o n diketahui
m e r u p a k a n agensia infektif yang m e n y e b a b k a n beberapa m a c a m penyakit n e u r o -
d e g e n e r a t i f , m i s a l n y a p e n y a k i t B S E (bovine spongiform encepiialopathy) atau "mod
cow disease", p e n y a k i t scrapie p a d a d o m b a , p e n y a k i t C r e u t z f e l d t - J a k o b p a d a m a n u s i a ,
dan penyakit Gertsmann-Straussler-Scheinker (GSS) p a d a m a n u s i a . I s t i l a h prion
p e r t a m a k a l i d i l o n t a r k a n o l e h S t a n l e y B . P r u s l n e r d a r i University of California, S a n
Fransisco p a d a t a h u n 1 9 8 2 . K a t a prion b e r a s a l d a r i i s t i l a h proteinaceous infec-
 Bab 2 Organisasi Biologis Jasad Hidup 13

thus particle k a r e n a a g e n s i a p e n y e b a b p e n y a k i t I n i h a n y a b e r u p a m o l e k u l p r o t e i n .
A g e n s i a I n f e k t i f Ini t e r d l r l atas s u a t u p r o t e i n y a n g s e c a r a a l a m i m e r u p a k a n p r o -
tein yang ada pada m e m b r a n sel yang n o r m a l , tetapi telah mengalami perubahan
konformasi. Protein yang telah mengalami perubahan konformasi tersebut akan
menginduksi perubahan k o n f o r m a s i pada p r o t e i n serupa yang dihasilkan o l e h sel
sehingga terjadi reaksl berantai yang menyebabkan terjadinya perkembangan
penyakit. P r o t e i n p r i o n diketahui t e r a k u m u l a s i dl dalam jaringan otak. Salah satu
bagian p r o t e i n p r i o n dapat m e n y e b a b k a n apoptosis.
Meskipun virus bersifat parasit, n a m u n perkembangan dalam genetika
molekular telah m e m u n g k i n k a n eksploltasi virus u n t u k kepentingan-kepentingan
praktis. Bahan genetik virus t e r t e n t u telah dipelajari secara rinci dan dimanipulasi
u n t u k digunakan dalam e k s p e r i m e n genetik (rekayasa genetik). G a m b a r a n skematik
beberapa m a c a m virus dapat dilihat pada G a m b a r 2.3.

Kepala
D N A di dalam
kepala

Serabut ekor

Herpesvirus

TMV T4

Protein selubung
RNA

Protein transmembran

Protein utama
{core p r o t e i n )
M e m b r a n lipid
lapis g a n d a Protein cangkang utama
(core shell p r o t e i n )

Reverse transcriptase

Retrovirus

Virus influenza Polyoma virus (|)X174 virus Tubulovirus

G a m b a r 2.3 • S k e m a b e b e r a p a v i r u s . T M V d a n r e t r o v i r u s a d a l a h k e l o m p o k virus
y a n g m e m p u n y a i b a h a n genetik b e r u p a R N A . G a m b a r d iatas tidak menunjuk-
k a n p e r b a n d i n g a nu k u r a n y a n g s e s u n g g u h n y a d ia n t a r a virus-virus tersebut.
i^-. 14 Biologi Molekular

Jelaskan p e r b e d a a n dasar s t r u k t u r sel p r o k a r y o t dengan sel e u k a r y o t .

Jawaban:
P e r b e d a a n u t a m a a n t a r a sel p r o k a r y o t d e n g a n e u k a r y o t t e r l e t a k pada k e b e r a d a a n inti sel ( n u k l e u s ) .
Jasad p r o k a r y o t t i d a k m e m p u n y a i inti sel y a n g jelas, s e d a n g k a n pada sel e u k a r y o t t e r d a p a t s t r u k t u r
inti sel yang jelas. Selain i t u , sel e u k a r y o t m e m p u n y a i o r g a n e l - o r g a n e l k h u s u s , m i s a l n y a m i t o k o n d r i a ,
r e t i k u l u m e n d o p l a s m a , badan Golgi, dan Iain-Iain.

Energi d a n Reaksi K i m i a Selular

Jasad h i d u p dapat t u m b u h d a n b e r k e m b a n g k a r e n a adanya r i b u a n reaksl b i o k i m i a
Dua golongan yang berlangsung d i dalam sel. Reaksi-reaksi b i o k i m i a t e r s e b u t pada dasarnya
reaksi
d a p a t d i k e l o m p o k k a n m e n j a d i d u a g o l o n g a n r e a k s l b e s a r y a i t u reaksi biosintetik
biokimia
(anabolik), d a n reaksi degradatif (katabolik). R e a k s l b i o s i n t e t i k m e r u p a k a n r e a k s l
biokimia yang dilakukan o l e h s e l u n t u k m e n y u s u n k o m p o n e n - k o m p o n e n sel,
misalnya asam-asam a m i n o , asam nukleat, dan lain-laln. Reaksi degradatif adalah
reaksi b i o k i m i a p e r o m b a k a n s e n y a w a k i m i a u n t u k d i u b a h m e n j a d i s e n y a w a lain,
baik u n t u k p r o d u k s i energi selular m a u p u n sebagai p r e k u r s o r d a l a m biosintesis
k o m p o n e n - k o m p o n e n sel. Reaksi biosintetik dan degradatif m e r u p a k a n serangkaian
reaksi y a n g saling b e r k a i t a n satu s a m a lain dan secara u m u m dikenal sebagai
p r o s e s metabolisme j a s a d h i d u p .
Metabolisme pada dasarnya m e r u p a k a n aktivitas yang dilakukan oleh sel
untuk menghasilkan energi (ATP), senyawa pereduksi ( N A D P H ) , dan molekul
prekursor. Energi (ATP) digunakan u n t u k m e n d o r o n g reaksi-reaksi biokimia
sehingga dapat berlangsung, misalnya dalam k o n t r a k s i o t o t , t r a n s p o r nutrien,
\ Hubungan *
\ spontanitas p e r o m b a k a n s e n y a w a k a r b o h i d r a t , dan Iain-Iain. A r a s suatu reaksl b i o k i m i a dapat
reaksi dan
perubahan dijelaskan dengan suatu k o n s e p t e r m o d i n a m i k a yang dikenal dengan AG atau
energi bebas perubahan energi b e b a s N i l a l p e r u b a h a n e n e r g i b e b a s a k a n m e n e n t u k a n a p a k a h
suatu reaksl berlangsung secara spontan atau tidak.

1. Suatu reaksl a k a n berlangsung secara s p o n t a n jika nilal AG negatif.

2. S i s t e m akan b e r a d a d a l a m k e s e i m b a n g a n jika nilal AG s a m a dengan n o l .
3. Jika nilai AG b e r h a r g a p o s i t i f m a k a reaksi t i d a k d a p a t b e r l a n g s u n g secara
spontan sehingga diperlukan m a s u k a n energi agar reakslnya dapat berlangsung.

M e s k i p u n d e m i k i a n nilai AG s u a t u reaksi t i d a k t e r g a n t u n g pada m e k a n i s m e

m o l e k u l a r t r a n s f o r m a s i s u a t u s e n y a w a m e n j a d i s e n y a w a lain. D i s a m p i n g i t u nilai
reaksi b i o s i n t e t i k Gjuga t i d a k m e m b e r i k a n g a m b a r a n m e n g e n a i laju s u a t u reaksi.
Reaksl b i o s i n t e t i k dan degradatif dapat dibedakan b e r d a s a r k a n atas nilai
perubahan energi bebasnya. D a l a m reaksi biosintetik, misalnya yang hanya berupa
p e n y u s u n a n m o l e k u l - m o l e k u l kecll m e n j a d i m o l e k u l yang lebih besar, m a k a nilai
 Bab 2 Organisasi Biologis Jasad Hidup 15^

AG akan berharga positif. Dengan demikian reaksl biosintetik tidak akan

berlangsung jika tidak didukung oleh serangkaian reaksl yang melepaskan energi
sebesar yang diperlukan oleh reaksi biosintetik. Sebaliknya, dalam reaksl degradatif
t e r j a d i p e n u r u n a n e n e r g i b e b a s (AG < 0 ) s e h i n g g a d e g r a d a s i m e r u p a k a n r e a k s l
yang bersifat spontan tetapi dapat dipercepat oleh adanya aktivitas enzimatlk.
Reaksi degradatif seringkali diikuti o l e h serangkaian reaksi yang berpuncak
pada sintesis s e n y a w a yang m e n g a n d u n g e s t e r fosfat atau Ikatan pirofosfat, misalnya
a d e n o s i n trifosfat ( A T P ) . Jika s e n y a w a t e r s e b u t dihidrolisis, m a k a akan dihasilkan
energi bebas yang besar sehingga dapat digunakan u n t u k m e n d o r o n g reaksi
biosintetik. A T P m e r u p a k a n salah satu s e n y a w a paling p e n t i n g d a l a m sistem
e n e r g e t i k sel.
ATP a d a l a h n u k l e o t i d a y a n g t e r d i r i a t a s adenine, g u g u s r i b o s a , d a n satu
satuan trifosfat ( G a m b a r 2.4). A T P m e r u p a k a n m o l e k u l b e r e n e r g i tinggi k a r e n a
gugus trifosfatnya m e n g a n d u n g dua ikatan fosfoanhidrld. Jika A T P dihidrolisis
menjadi adenosin difosfat ( A D P ) d a nortofosfat (Pi), atau menjadi adenosin
m o n o f o s f a t ( A M P ) dan pirofosfat (PPi), m a k a akan dibebaskan energi bebas yang
besar.

ATP + HjO o A D P + PI +

ATP + H p A M P + PPI + H ^

Energi bebas yang dilepaskan dalam hidrollsis A T P akan digunakan u n t u k

m e n d o r o n g reaksi-reaksi yang m e m e r l u k a n energi misalnya glikolisis. Sebaliknya,
A T P dapat d i b e n t u k dari A D P dan Pi. O l e h k a r e n a Itu siklus A T P - A D P m e r u p a k a n
sistem p e r t u k a r a n energi yang sangat penting dalam proses biologis.

OH O H

G a m b a r 2.4 I S t r u k t u r m o l e k u l A T P ( a d e n o s i n trifosfat).

Produksi ATP
Energi dalam b e n t u k A T P berasal t e r u t a m a dari A D R Produksi A T P dapat terjadi
jika sel m e l a k u k a n m e t a b o l l s m e s e n y a w a y a n g m e m p u n y a i e n e r g i p o t e n s i a l y a n g
t e r i k a t di dalam senyawa t e r s e b u t . C o n t o h senyawa berenergi potensial Itu adalah
V 16 Biologi Molekular

k a r b o h i d r a t , a s a m l e m a k , dan a s a m a m i n o . Jika k a r b o h i d r a t , misalnya glukosa,

didegradasi melalui serangkaian reaksl glikolisis m a k a akan dihasilkan A T P yang
Reaksi dapat d i g u n a k a n u n t u k reaksl m e t a b o l i k y a n g lain. D a l a m reaksi glikolisis, glukosa
glikolisis
akan diubah menjadi piruvat yang diikuti dengan p r o d u k s i A T P Pada jasad a e r o b
glikolisis akan dilanjutkan dengan siklus a s a m s i t r a t (siklus K r e b s ) d a n proses
fosforilasi oksldatlf. Dalam keadaan aerob, piruvat akan masuk ke dalam
m i t o k o n d r i a dan dioksidasi secara lengkap menjadi C O ^ d a n H^O. Sebaliknya,
d a l a m beberapa jasad a n a e r o b , a t a u pada jasad fakultatif anaerob yang ditumbuhkan
dalam keadaan anaerob, m a k a piruvat akan diubah menjadi laktat. Pada jasad
tertentu, misalnya khamir, piruvat akan diubah menjadi etanol dalam keadaan
anaerob.
Selama berlangsungnya glikolisis akan dihasilkan 2 A T P ( n e t t o ) . Jika reaksi
m e t a b o l i s m e glukosa dilakukan dalam keadaan a e r o b , m a k a dalam siklus Krebs
akan dihasilkan 2 A T P sedangkan dalam proses fosforilasi oksldatlf akan dibentuk
32 A T P . Dengan demikian, total A T P yang dihasilkan dari oksldasi satu m o l e k u l
glukosa adalah 3 6 A T P , jika e l e k t r o n dari senyav^a pereduksi N A D H diangkut
k e d a l a m m i t o k o n d r i a m e l a l u i glycerol phosphate shuttle. D e n g a n menggunakan
shuttle I n i m a k a d a r i t i a p m o l e k u l N A D H a k a n d i h a s i l k a n 2 A T R A k a n t e t a p i p a d a
o r g a n t e r t e n t u , misalnya j a n t u n g d a n liver, t o t a l A T P y a n g dihasilkan adalah 3 8
ATP karena e l e k t r o n dari senyawa pereduksi N A D H diangkut k e dalam
m i t o k o n d r i a d e n g a n m e n g g u n a k a n malate-aspartate shuttle. D e n g a n c a r a I n i m a k a
akan dihasilkan 3 A T P per m o l e k u l N A D H yang diangkut k edalam m i t o k o n d r i a .

Contoh Soal

S e b u t k a n d u arangkaian reaksi besar yang t e r j a d i d i d a l a m sel.

Jawaban:
D u a r a n g k a i a n r e a k s i b e s a r y a n g t e r j a d i d l d a l a m s e l a d a l a h r e a k s i katabolisme, y a i t u
r e a k s l p e r o m b a k a n ( r e a k s l d e g r a d a t i f ) , d a n r e a k s i anabolisme, y a i t u r e a k s i s i n t e s i s . K e d u a
rangkaian reaksi t e r s e b u t saling t e r k a i t sehingga k a t a b o l i s m e t i d a k a k a n t e r j a d i jika reaksi
anabolisme tidak berlangsung, demikian pula sebaliknya.

Biokatalis
Selain p r o t e i n s t r u k t u r a l , sel juga m e n y i n t e s i s s e k e l o m p o k p r o t e i n y a n g m e m p u n y a i
fungsi khusus yaitu e n z i m sebagai biokatalis. Biokatalis o l e h e n z i m merupakan
a s p e k y a n g sangat p e n t i n g d a l a m reaksl b i o k i m i a d i d a l a m sel jasad h i d u p . H a m p i r
s e m u a reaksl b i o k i m i a di dalam sel dikatallsis o l e h e n z i m . E n z i m mempunyai
k e m a m p u a n m e m p e r c e p a t reaksl t r a n s f o r m a s i k i m i a w i paling tidak sampai sejuta
kali lipat jika d i b a n d i n g k a n dengan t r a n s f o r m a s i k i m i a tanpa katalis. M e s k i p u n
Karakteristik
u t a m a enzim demikian, enzim tidak mengubah keseimbangan reaksi, melainkan m e n u r u n k a n
e n e r g i aktivasi s u a t u reaksi. E n z i m m e m p u n y a i k a r a k t e r i s t i k u t a m a y a i t u kemampu-
a n katalitik d a n spesifisitas. H a m p i r s e m u a e n z i m y a n g t e l a h d i k e t a h u i b e r u p a
 Bab 2 Organisasi Biologis Jasad Hii

p r o t e i n , m e s k i p u n ada m o l e k u l R N A yang juga m e m p u n y a i sifat katalitik ( r i b o z i m ) ,

m i s a l n y a R N A s e P y a n g b e r p e r a n d a l a m p e m r o s e s a n t R N A p a d a Escherichia coli,
dan R N Ayang berperan dalam pemrosesan rRNA pada Tetrahymena.
E n z i m m e m p u n y a i spesifisitas sangat tinggi, balk t e r h a d a p reaksl yang dikatallsis
m a u p u n substrat. Suatu enzim u m u m n y a mengkatalisis satu macam reaksi atau
sekelompok reaksi yang m e m p u n y a i keterkaitan sangat dekat. Reaksl samping
yang m e n g a r a h k e p e m b e n t u k a n p r o d u k sampingan biasanya tidak terjadi pada
reaksi yang dikatallsis o l e h e n z i m . Selain i t u spesifisitas e n z i m t e r h a d a p substrat
u m u m n y a sangat tinggi bahkan seringkali mutlak, artinya satu macam enzim
hanya akan bereaksi terhadap satu m a c a m substrat. Sebagai c o n t o h , enzim
proteolitik hanya akan menghldrolisis suatu ikatan peptida. Tripsin adalah salah
satu c o n t o h enzim proteolitik yang mengkatalisis pemutusan Ikatan peptida hanya
p a d a sisi k a r b o k s i l r e s i d u lisin d a n a r g l n l n . T h r o m b i n a d a l a h e n z i m y a n g bahkan
lebih spesifik daripada tripsin karena menghldrolisis ikatan arginin-lisin hanya
pada urutan peptida tertentu.
Peranan enzim D a l a m studi m o l e k u l a r d a n rekayasa genetik peranan e n z i m sangat vital.
d a l a m studi
T e l a h d i k e t a h u i a d a b a n y a k e n z i m y a n g m a m p u m e m o t o n g D N A (enzim endo-
molekular dan
rekayasa n u k l e a s e restrlksi) h a n y a p a d a u r u t a n n u k l e o t i d a t e r t e n t u . S e l a i n i t u a d a e n z i m
genetik
yang dapat digunakan u n t u k m e n y a m b u n g d u a p o t o n g a n D N A ( D N A ligase).
Dengan m e m a n f a a t k a n e n z i m - e n z i m yang m e m p u n y a i spesifisitas sangat tinggi
semacam ini, o r a n g dapat mempelajari proses m o l e k u l a r dalam selsecara lebih
rinci.
Meskipun enzim mempunyai kemampuan mempercepat reaksi, namun
kemampuan katalitik tersebut tidak secara terus-menerus diaktifkan. Banyak
Mekanisme c o n t o h enzim yang aktlvltasnya dikendalikan dengan mekanisme tertentu. Enzim
pengendali
aktivitas enzim yang mengkatalisis reaksi p e r t a m a dalam suatu jalur biosintetik biasanya akan
d i h a m b a t a k d v i t a s n y a o l e h hasil a k h i r j a l u r reaksi t e r s e b u t ( p e n g h a m b a t a n u m p a n -
b a l i k , feed-back inhibition). S e b a g a i c o n t o h , b i o s i n t e s i s a s a m a m i n o i s o l e u s i n p a d a
bakteri mempunyai sistem pengendalian aktivitas enzim semacam ini. Enzim
p e r t a m a yang berperanan dl dalam biosintesis Isoleusin, yaitu t r e o n i n deaminase,
akan dihambat aktlvltasnya jika konsentrasi Isoleusin d i dalam selsudah mencapai
aras t e r t e n t u . Skema penghambatan umpan-balik suatu e n z i m digambarkan pada
Gambar 2.5.

A — — — Enzim •- B • C *• D (hasil akhir)

G a m b a r 2.5 • S k e m a p e n g h a m b a t a n u m p a n - b a l i k a k t i v i t a s e n z i m . D a d a l a h h a s i l
akhir jalur reaksi perubahan substrat A menjadi D .Pada aras tertentu, D akan
m e n g h a m b a t aktivitas e n z i m yang mengkatalisis reaksi pertama dalam perubahan
substrat A menjadi B .
 Dalam penghambatan semacam Iniisoleusin akan berikatan dengan enzim
p a d a sisi p e n g a t u r a n (regulatory site) y a n g m e r u p a k a n b a g i a n y a n g b e r b e d a d a r i
sisi katalitik (catalytic site).
A k t i v i t a s e n z i m d a p a t j u g a d i k e n d a l i k a n o l e h protein pengendali (regulatory
protein), b a i k y a n g m e n i n g k a t k a n a k t i v i t a s a t a u j u s t r u m e n g h a m b a t n y a , misalnya
protein kalmodulin yang mengendalikan aktivitas b e r m a c a m - m a c a m enzim pada
jasad e u k a r y o t . Sifat katalitik e n z i m dapat pula dipengaruhi o l e h m o d i f i k a s i k o v a l e n
(covalent nfiodification), m i s a l n y a melalui fosforilasi residu treonin d a n tirosln.
Beberapa e n z i m disintesis dalam b e n t u k p r e k u r s o r yang tidak aktif (zimogen).
P r e k u r s o r enzim semacam ini dapat diaktifkan oleh aktivitas proteolitik, misalnya
pengaktifan prekursor tripsinogen dalam pankreas melalui pemotongan ikatan
peptida t e r t e n t u . Selain proses pengendalian seperti yang telah disinggung t e r s e b u t ,
aktivitas e n z i m a t l k pada jasad hidup dapat pula d i t e n t u k a n pada aras sintesisnya,
misalnya melalui pengendalian transkripsi dan translasi. Proses pengendalian s e -
m a c a m i n ia k a n dijelaskan secara lebih luas d a l a m bagian lain b u k u i n i .

P e r t u m b u h a n Jasad R e n i k
Perkembangan biologi molekular banyak ditentukan oleh studi dengan meng-
g u n a k a n jasad r e n i k ( m i k r o o r g a n i s m e ) sebagai m o d e l , k h u s u s n y a b a k t e r i Esciiericiiia
call. Salmonella typhimurium, k h a m i r Saccharomyces cerevisiae, d a n b a k t e r i o f a g . O l e h
karena Itu, dalam bagian ini akan diuraikan beberapa aspek penting yang
menyangkut p e r t u m b u h a n jasad renik. Jasad renik, balk k e l o m p o k prokaryot
m a u p u n e u k a r y o t , dapat d i t u m b u h k a n d a l a m m e d i u m cair m a u p u n m e d i u m padat.
Komponen m e d i u m u n t u k p e r t u m b u h a n jasad renik dapat berupa campuran
bermacam-macam mineral anorganik yang konsentrasinya tertentu maupun berupa
b a h a n - b a h a n organik. K e b u t u h a n jasad r e n i k akan n u t r i e n bervariasi a n t a r a jasad
satu dengan jasad yang lain, m e s k i p u n ada m e d i u m yang dapat digunakan untuk
menumbuhkan bermacam-macam jasad r e n i k y a n g b e r b e d a . D a r i segi susunan
senyawanya, pada dasarnya ada dua m a c a m m e d i u m yang dapat digunakan untuk
m e n u m b u h k a n jasad r e n i k yaitu m e d i u m lengkap d a n m e d i u m m i n i m a l . M e d i u m
lengkap t e r s u s u n atas s e m u a senyawa yang dibutuhkan u n t u k menumbuhkan
jasad r e n i k t e r t e n t u . Biasanya medium semacam i n i dibuat dari bahan-bahan
organik, misalnya e k s t r a k k h a m i r , e k s t r a k daging, e k s t r a k malt, d a n sebagainya
d i t a m b a h dengan s u m b e r k a r b o n yang sesuai. M e d i u m lengkap biasanya digunakan
u n t u k m e n u m b u h k a n d a n m e m e l i h a r a jasad r e n i k yang t i d a k m e m e r l u k a n nutrisi
khusus sehingga d i p e r o l e h j u m l a h sel yang tinggi.

M e d i u m m i n i m a l u m u m n y a hanya t e r d i r i atas m i n e r a l - m i n e r a l anorganik,

sumber karbon, dan kadang-kadang ditambah dengan asam-asam amino tertentu
a t a u v i t a m i n . M e d i u m m i n i m a l u m u m n y a d i g u n a k a n u n t u k m e m e l i h a r a strain j a s a d
renik khusus, misalnya mutan, yang m e m e r l u k a n nutrien khusus. M e d i u m semacam
ini seringkali juga d i g u n a k a n untuk menghindari kontaminasi antarjasad renik
yang mempunyai kebutuhan nutrisi khusus yang berbeda, misalnya dua macam
 Bab 2 Organisasi Biologis Jasad Hidup 19

m u t a n b a k t e r i £. coli y a n g b e r b e d a k e b u t u h a n n y a a k a n a s a m a m i n o . J i k a k e d u a
m a c a m m u t a n t e r s e b u t d i t u m b u h k a n dalam m e d i u m lengkap m a k a ada risiko
terjadi k o n t a m i n a s i silang a n t a r a k e d u a m u t a n k a r e n a k e d u a n y a akan t u m b u h
dalam m e d i u m lengkap. Sebaliknya, jika m e d i u m yang digunakan u n t u k kedua
m u t a n t e r s e b u t berbeda, disesualkan dengan kebutuhan nutrisi masing-masing
m u t a n , m a k a k e m u n g k i n a n terjadi k o n t a m i n a s i silang dapat dikurangi. M e d i u m
m i n i m a l juga digunakan dalam studi genetika atau biologi m o l e k u l a r karena
u m u m n y a jasad r e n i k y a n g digunakan adalah m u t a n sehingga m e m p u n y a i k e b u t u h a n
nutrisi yang khusus.
Jika s u a t u jasad r e n i k , m i s a l n y a b a k t e r i , dapat t u m b u h d a l a m m e d i u m m i n i -
mal, yang b e r a r t i dapat m e n y i n t e s i s s e m u o s e n y a w a o r g a n i k p e n y u s u n sel, m a k a
b a k t e r i t e r s e b u t b e r s i f a t prototrof. S e b a l i k n y a , j i k a b a k t e r i t e r s e b u t m e m e r l u k a n
senyawa organik tertentu, misalnya asam a m i n o tertentu, maka bakteri tersebut
b e r s i f a t auksotrof. S e b a g a i c o n t o h , j i k a b a k t e r i t e r s e b u t m e m e r l u k a n a s a m a m i n o
arglnln dalam m e d i u m maka bakteri t e r s e b u t disebut a u k s o t r o f arglnln.
P e r t u m b u h a n jasad r e n i k dapat d i t e n t u k a n secara kuantltatif dengan m e t o d e
langsung m a u p u n tidak langsung. P e n g u k u r a n p e r t u m b u h a n secara langsung dapat
dilakukan dengan b e r m a c a m - m a c a m cara, misalnya dengan m e n g h l t u n g j u m l a h
—— sel m e n g g u n a k a n P e t r o f f H a u s s e r B a c t e r i a C o u n t e r a t a u H e m a s l t o m e t e r , a t a u
dengan m e n g u k u r kepekatan (turbiditas) selnya menggunakan s p e k t r o f o t o m e t e r .
Pengukuran
pertumbuhan J u m l a h sel d a p a t d i h i t u n g s e c a r a langsung jika jasad r e n i k t e r s e b u t d i t u m b u h k a n
jasad renik
d a l a m m e d i u m cair. Dalam perhltungan secara langsung semacam ini, yang

1 t e r h i t u n g adalah j u m l a h total jasad r e n i k baik yang masih h i d u p m a u p u n yang

sudah mati. P e r t u m b u h a n dapat juga d i t e n t u k a n secara tidak langsung, misalnya
d e n g a n m e t o d e penuangan (plating) p a d a m e d i u m p a d a t , a t a u d e n g a n m e n l m b a n g
berat biomassanya. Dalam m e t o d e penuangan, jumlah sel ditentukan dengan
menghltung jumlah k o l o n i yang t u m b u h dalam m e d i u m padat sehingga yang
t e r h i t u n g hanya sel-sel yang m a s i h hidup.
Jika p e r t u m b u h a n jasad r e n i k diikuti secara t e r a t u r dengan selang w a k t u
t e r t e n t u , d a n hasll p e r h i t u n g a n n y a k e m u d i a n d i p l o t sebagai grafik, m a k a u m u m n y a
akan d i p e r o l e h pola p e r t u m b u h a n yang spesifik ( G a m b a r 2.6). Pada awal per-
t u m b u h a n , sel a k a n b e r a d a p t a s i t e r l e b i h d a h u l u d e n g a n m e d i u m p e r t u m b u h a n n y a

Fase-fase s e h i n g g a g r a f l k n y a r e l a t i f d a t a r . F a s e p e r t u m b u h a n I n i d i s e b u t fase lag (fase

pertumbuhan adaptasi). P a n j a n g f a s e l a g t e r g a n t u n g p a d a m a c a m j a s a d r e n i k d a n k o n d i s i p e r -
jasad renik
tumbuhannya, misalnya komposisi m e d i u m , f a k t o r lingkungan, dan sebagainya.
Setelah m e l a l u i fase adaptasi, jasad r e n i k k e m u d i a n akan m u l a i m e m a s u k i fase
p e r t u m b u h a n y a n g l e b i h c e p a t y a n g d i s e b u t fase logaritmik (fase eksponensial).
D a l a m fase ini jasad r e n i k sudah dapat beradaptasi secara baik dengan lingkungan
p e r t u m b u h a n n y a sehingga m e m p u n y a i w a k t u penggandaan (doubling time) yang
lebih singkat dibanding dengan fase s e b e l u m n y a . W a k t u penggandaan adalah w a k t u
yang d i p e r l u k a n o l e h s e lu n t u k t u m b u h m e n j a d i d u a kali lipat j u m l a h n y a . O l e h
karena m e d i u m digunakan t e r u s m e n e r u s u n t u k p e r t u m b u h a n sel, maka
konsentrasi nutrien yang ada akan s e m a k i n b e r k u r a n g sehingga akhirnya per-
t u m b u h a n s e l m e n j a d i l a m b a t . S e l k e m u d i a n a k a n m e m a s u k i fase p e r t u m b u h a n
 Biologi Molekular
3" ^ •• '

stasioner. D a l a m f a s e i n i j u m l a h s e l y a n g h i d u p s e i m b a n g d e n g a n j u m l a h s e l y a n g
m a t i sehingga g r a f l k n y a t e r l i h a t m e n d a t a r . J I k a fase ini d i t e r u s k a n m a k a j u m l a h sel
y a n g m a t l a k a n m e n j a d i lebih b e s a r d i b a n d i n g k a n j u m l a h sel y a n g h i d u p sehingga
sel a k a n m e m a s u k i fase k e m a t i a n . P o l a p e r t u m b u h a n s e p e r t i t e r l l h a t pada
Gambar 2 . 6 dapat juga diubah, misalnya dengan memanlpulasi kondisi per-
tumbuhannya.

Waktu

G a m b a r 2.6 I K u r v a p e r t u m b u h a n m i k r o b i a . P e r t u m b u h a n m i k r o b i a d i dalam
m e d i u m yang hanya mengandung satu m a c a m sumber karbon menunjukkan
b e b e r a p a f a s e p e r t u m b u h a n , y a i t u : (1) f a s e a d a p t a s i (fase lag), (2) f a s e p e r t u m b u h a n
e k s p o n e n s i a l , (3) fase stasioner.

G a m b a r 2.6 m e n u n j u k k a n pola p e r t u m b u h a n jasad r e n i k d l d a l a m medium

yang mengandung satu macam sumber karbon yang m u d a h dimetabollsme oleh
jasad. Jika jasad r e n i k d i t u m b u h k a n dalam m e d i u m yang m e n g a n d u n g dua macam
sumber karbon yang berbeda kompleksitas molekulnya, misalnya glukosa d a n
l a k t o s a , m a k a p e r t u m b u h a n n y a a k a n m e n u n j u k k a n p o l a diauksik ( G a m b a r 2.7).
D a l a m p e r t u m b u h a n diauksik, s u m b e r k a r b o n yang lebih m u d a h dimetabollsme
akan digunakan t e r l e b i h dahulu. Setelah s u m b e r k a r b o n yang p e r t a m a habis, s e l
a k a n m e m a s u k i fase stasioner, sampai s u a t u k e t i k a laju p e r t u m b u h a n n y a akan
m e n i n g k a t lagi. D a l a m f a s e p e r t u m b u h a n y a n g k e d u a j a s a d r e n i k a k a n menggunakan
s u m b e r k a r b o n yang lebih kompleks.
Studi molekular telah m e n u n j u k k a n bauwa pola p e r t u m b u h a n diauksik di-
s e b a b k a n o l e h a d a n y a p r o s e s r e p r e s i katabolit. R e p r e s i k a t a b o l i t a d a l a h s u a t u
mekanisme penghambatan ekspresi g e nyang mengkode sintesis enzim-enzim
yang digunakan u n t u k metabolisme suatu s u m b e r karbon karena adanya sumber
k a r b o n lain yang lebih m u d a h d i m e t a b o l l s m e o l e h jasad. D a l a m c o n t o h ini glukosa
akan m e n g h a m b a t sintesis e n z i m - e n z i m yang digunakan u n t u k m e t a b o l i s m e laktosa
k a r e n a glukosa lebih m u d a h d i m e t a b o l l s m e o l e h jasad. Sintesis e n z i m - e n z i m yang
digunakan u n t u k m e t a b o l i s m e laktosa baru akan terjadi jika glukosa sudah habis
d i k o n s u m s i o l e h jasad. Penjelasan lebih rinci mengenal haliniakan dlberlkan
dalam pembahasan mengenai proses pengendalian ekspresi genetik.
 B a b 2 O r g a n i s a s i B i o l o g i s J a s a d Hyditp
i

4
3
y
1
Laktosa habis

Glukosa habis

Waktu

G a m b a r 2.7 I K u r v a p e r t u m b u h a n m i k r o b i a d e n g a n p o l a d i a u k s i k . D a l a m h a l i n i
mikrobia ditumbuhkan dalam m e d i u m yang mengandung dua macam sumber
karbon yang berbeda kompleksitas strukturalnya, misalnya glukosa (mono-
sakarida) d a n laktosa (disakarida).

P e r t u m b u h a n adalah resultan b e r m a c a m - m a c a m f a k t o r fisiologis dan genetik

jasad. O l e h k a r e n a i t u p e r u b a h a n pada s i s t e m biologis jasad akan b e r p e n g a r u h
t e r h a d a p laju p e r t u m b u h a n n y a . Studi m e n u n j u k k a n b a h w a ekspresi gen h e t e r o l o g
pada jasad r e n i k , misalnya k h a m i r , c e n d e r u n g m e n u r u n k a n laju p e r t u m b u h a n . H a l
Ini d a p a t t e r j a d i k a r e n a s e l m e m p u n y a i b e b a n f i s i o l o g i s y a n g l e b i h besar, a n t a r a
lain u n t u k m e l a k u k a n e k s p r e s i g e n h e t e r o l o g t e r s e b u t , a t a u u n t u k m e m p e r t a h a n -
kan keberadaan g e n tersebut. Bahkan pada keadaan tertentu, ekspresi g e n
h e t e r o l o g dapat juga m e n y e b a b k a n t e r h e n t i n y a p e r t u m b u h a n jasad k a r e n a p r o d u k
gen t e r s e b u t bersifat t o k s i k t e r h a d a p jasad.

Soal-soal
1. J e l a s k a n s e c a r a s i n g k a t p e r b e d a a n a n t a r a s e l m a n u s i a d e n g a n s e l k h a m i r ^acdnaromycts cerevisiae y a n g
keduanya tergolong dalam k e l o m p o k eukaryot.
2. Berikan gambaran singkat mengenai k o m p o n e n selp r o k a r y o t .
3. S e l e u k a r y o t d i k a t a k a n sudah m e m p u n y a i pembagian r u a n g yang jelas. A p a m a k s u d n y a ?
4. Seringkali v i r u s dianggap sebagai jasad yang m e r u p a k a n batas a n t a r a s i s t e m h i d u p dengan s i s t e m m a t i .
A p a y a n g d i m a k s u d d e n g a n h a l ini?
 Pokok Bahasan:
I Protein
I Asam Nukleat
I Interaksi Molekular
Ikatan Hidrogen • Ikatan ionik • interaksi van der Waals • Interaksi
Hidrofobik
I Metode-metode Dasar yang Digunakan dalam Biologi Molekular
Penggunaan Radioisotop • Sentrifugasi • Elektroforesis

K o m p o n e n sel jasad h i d u p t e r d l r l atas b e r m a c a m - m a c a m m o l e k u l . B e r d a s a r k a n

atas u k u r a n n y a , secara u m u m m o l e k u l yang ada dl d a l a m sel jasad hidup
d i b e d a k a n a t a s d u a k e l o m p o k , y a i t u m o l e k u l kecil d a n m a k r o m o l e k u l . M o l e k u l -
Molekul m o l e k u l kecil m e m p u n y a i b e r a t m o l e k u l k u r a n g dari seribu, misalnya asam-asam
berdasarkan
a m i n o (misalnya leusin), nukleotida (misalnya A T P ) , dan monosakarlda (misalnya
ukurannya
g l u k o s a ) . M a k r o m o l e k u l m e m p u n y a i b e r a t m o l e k u l y a n g s a n g a t t i n g g i ( a n t a r a 10*
sampai 10^^), misalnya protein,asam nukleat, dan polisakarida (misalnya a m i l u m ) .
Salah satu m a k r o m o l e k u l t e r b e s a r adalah kolagen yang m e r u p a k a n p r o t e i n yang
t e r d a p a t d i d a l a m s e m u a jasad multiselular.
M a k r o m o l e k u l m e m p u n y a i p e r a n a n k h u s u s d a n sangat p e n t i n g bagi jasad
hidup. Sifat-sifat g e n e t i k jasad hidup tersimpan di dalam untaian D N A yang
m e r u p a k a n p o l i m e r n u k l e o t i d a . Sebagian energi yang d i p e r l u k a n o l e h jasad hidup
t e r s i m p a n d i dalam m o l e k u l polisakarida. Polisakarida juga m e r u p a k a n p e n y u s u n
dinding sel t a n a m a n d a n jasad r e n i k . P r o t e i n juga m e r u p a k a n m a k r o m o l e k u l y a n g
m e m p u n y a i fungsi sangat penting, misalnya sebagai blokatallsator (enzim) reaksi-
reaksi fisiologis, sebagai bagian dari sistem p e n g a t u r a n ekspresi genetik ( p r o t e i n
r e g u l a t o r ) , s e r t a sebagai k o m p o n e n p e n y u s u n sel.
P r o t e i n d a nasam n u k l e a t m e r u p a k a n d u ak e l o m p o k m a k r o m o l e k u l yang
m e m p u n y a i p e r a n a n sangat k h u s u s bagi p r o s e s m o l e k u l a r d a l a m sel. O l e h k a r e n a
 Bab 3 Makromolekul dan Interaksi Molekular ^3

Itu, d a l a m bab Ini a k a n dibahas s t r u k t u r d a s a r s e r t a i n t e r a k s i m o l e k u l a r d l a n t a r a

keduanya sebagai dasar u n t u k m e m a h a m i proses molekular sel yang lebih
kompleks.

Protein
Protein merupakan polimer asam-asam a m i n o (polipeptida) yang mempunyai
Fungsi-fungsi b e r m a c a m - m a c a m fungsi, a n t a r a lain:
protein
1. Sebagai katalisator reaksi-reaksi biokimia dalam sel. P e r a n a n I n i d i m a l n k a n
oleh molekul protein khusus yaitu enzim. Reaksi-reaksi yang dikatallsis oleh
e n z i m berkisar dari reaksi-reaksi sederhana, misalnya hidrasi karbon dioksida,
sampai reaksi k o m p l e k s , misalnya replikasi k r o m o s o m . Seperti telah disinggung
dalam bab t e r d a h u l u , reaksi yang dikatallsis o l e h e n z i m akan berjalan jauh lebih
cepat daripada reaksi tanpa e n z i m . Enzim juga m e m p u n y a i peranan sangat penting
d a l a m s t u d i b i o l o g i m o l e k u l a r , c o n t o h n y a e n z i m e n d o n u k l e a s e r e s t r l k s i (restric-
tion endonuclease), e n z i m ligase, D N A p o l i m e r a s e , d a n lain-laln.

2. Sebagai pengangkut molekul-molekul kecil dan ion. T e l a h d i k e t a h u i b a h w a

m o l e k u l - m o l e k u l b e r u k u r a n kecil, misalnya okslgen, diangkut d i dalam jaringan
t u b u h jasad multiselular o l e h p r o t e i n h e m o g l o b i n atau o l e h m y o g l o b i n . Sistem
p e n g a n g k u t a n n u t r i e n k e d a l a m sel jasad r e n i k juga m e l i b a t k a n p r o t e i n p e n g a n g k u t
t e r t e n t u yang dikenal sebagai e n z i m p e r m e a s e , baik melalui m e k a n i s m e difusi
berbantuan (facilitated diffusion) a t a u t r a n s p o r a k t i f (active transport). Sebagai
c o n t o h , m o l e k u l k a r b o n l a k t o s a d i a n g k u t k e d a l a m s e l b a k t e r i £. coli m e n g g u n a k a n
p r o t e i n p e n g a n g k u t t e r t e n t u y a i t u e n z i m p e r m e a s e l a k t o s a (lactose permease),
y a k n i s u a t u e n z i m y a n g s i n t e s i s n y a d i k o d e o l e h g e n lac.

3. Berperanan di dalam sistem pergerakan yang terkoordinasi, m i s a l n y a d a l a m

kontraksi otot, pergerakan k r o m o s o m menuju kutub-kutub sel selama proses
m i t o s i s , m a u p u n p e r g e r a k a n flagela b a k t e r i .

4. Sebagai k o m p o n e n s i s t e m kekebalan t u b u h . S i s t e m k e k e b a l a n t u b u h
d i t e n t u k a n o l e h adanya antibodi yang m e r u p a k a n p r o t e i n dengan fungsi sangat
speslfik. A n t i b o d i akan disintesis jika ada s e n y a w a atau benda-benda asing m a s u k
ke dalam t u b u h . A n t i b o d i berfungsi u n t u k mengenali benda-benda asing (anti-
gen), misalnya sel b a k t e r i , virus, atau sel-sel jasad h i d u p lain.

5. Sebagai f e r o m o n . J a s a d e u k a r y o t t i n g k a t r e n d a h , m i s a l n y a k h a m i r Saccfiaro-
myces cerevisiae, menghasilkan m o l e k u l b e r u k u r a n kecil yang disekresikan k e
l u a r s e l . K h a m i r h a p l o i d S. cerevisiae t e r d i r i a t a s d u a m a c a m t i p e mating y a i t u
t i p e a dan t i p e a. K e d u a m a c a m t i p e sel k h a m i r t e r s e b u t m e n g h a s i l k a n f e r o m o n
b e r b e d a y a n g d i g u n a k a n u n t u k " m e n a r i k " s e l d e n g a n t i p e mating y a n g berbeda
sehingga akan terjadi konjugasi. F e r o m o n yang berfungsi di dalam proses "per-
k a w i n a n " a n t a r a d u asel k h a m i r yang b e r b e d a t i p e n y a t e r s e b u t tidak lain juga
berupa molekul protein.
6. Sebagai p e n g a t u r el<:spresi genetik. P r o s e s r e p l i k a s i D N A , t r a n s k r i p s i ,
d a n translasi y a n g b e r l a n g s u n g dl d a l a m sel m e r u p a k a n p r o s e s selular y a n g sangat
k o m p l e k s dan diatur oleh b e r m a c a m - m a c a m protein, balk yang berupa p r o t e i n
sebagai katalisator reaksi ( e n z i m ) m a u p u n p r o t e i n r e g u l a t o r . Ekspresi genetik
pada dasarnya m e n e n t u k a n s e m u a aktivitas biologis jasad hidup. Pada jasad r e n i k ,
misalnya, hal ini a k a n m e n e n t u k a n apakah s u a t u s u b s t r a t dapat d i m e t a b o l l s m e .
Pada jasad tingkat tinggi, ekspresi g e n e t i k juga akan m e n e n t u k a n p r o s e s diferensiasi.
O l e h k a r e n a Itu p e r a n a n p r o t e i n d a l a m m e t a b o l l s m e jasad h i d u p sangat besar
dan vital.

7. S e b a g a i p e n e r u s i m p u l s saraf. P r o t e i n r e s e p t o r , m i s a l n y a r h o d o p s i n ,
merupakan contoh protein yang berperanan meneruskan stimulus tertentu k e
sel saraf.

8. Sebagai k o m p o n e n p e n d u k u n g k e k u a t a n - r e g a n g {tensile strength) p a d a

kullt dan tulang, misalnya kolagen.

P r o t e i n t e r s u s u n atas satuan yang b e r u p a asam a m i n o . Jumlah asam a m i n o

yang u m u m t e r d a p a t pada jasad hidup ada 2 0 m a c a m . S t r u k t u r dasar a s a m a m i n o
d a p a t d i l i h a t p a d a G a m b a r 3 . 1 . S a t u a s a m a m i n o t e r d i r i a t a s s a t u gugus a m i n o ,
s a t u gugus karboksil, s a t u a t o m hidrogen, d a n s a t u rantai samping y a n g t e r i k a t
pada a t o m k a r b o n . Susunan tetrahedral k e e m p a t gugus t e r s e b u t m e n e n t u k a n
aktivitas o p t I k asam a m i n o sehingga ada dua b e n t u k i s o m e r yaitu L-isomer dan
D-isomer. Hanya bentuk L-isomer yang menyusun protein. Perbedaan utama
antara satu asam a m i n o dengan yang lalnnya t e r l e t a k pada gugus sampingnya.
A s a m a m i n o y a n g paling s e d e r h a n a s t r u k t u r n y a adalah gllsin y a n g h a n y a m e m p u n y a i
satu a t o m hidrogen pada gugus sampingnya. Prolin adalah asam a m i n o yang
s t r u k t u r dasarnya b e r b e d a dari a s a m a m i n o y a n g lain k a r e n a a t o m N - n y a ada
d a l a m s t r u k t u r cIncIn, sehingga p r o l i n lebih sesual d i n a m a k a n a s a m imino.
S t r u k t u r prolin yang demikian menyebabkan terjadinya bengkokan pada s t r u k t u r
protein sehingga m e m p e n g a r u h i arsltektur protein.
R a n t a i s a m p i n g a s a m a m i n o d a p a t d i b e d a k a n a t a s : ( 1 ) polar, b e r m u a t a n
negatif ( a s p a r t a t , a s a m g l u t a m a t ) , ( 2 ) polar, b e r m u a t a n positif ( a r g l n l n , h i s t i d i n ,
l i s i n ) , ( 3 ) polar, t i d a k b e r m u a t a n ( a s p a r a g i n , g l u t a m i n , s e r i n , d a n treonin),
( 4 ) nonpolar/hidrofobik ( a l a n i n , s i s t e i n , i s o l e u s i n , l e u s i n , m e t i o n i n , f e n i l a l a n i n ,
p r o l i n , t r i p t o f a n , t i r o s l n , d a n v a l i n ) , ( 5 ) netral ( g l l s i n ) . K e d u a p u l u h m a c a m asam
a m i n o beserta singkatannya dapat dilihat pada Tabel 3 . 1 .
S t r u k t u r p r o t e i n d a p a t d i b e d a k a n d a l a m e m p a t a r a s (level). S t r u k t u r p r i m e r
menyatakan susunan linear asam-asam a m i n o sepanjang rantai polipeptida.
Struktur sekunder m e n g g a m b a r k a n p o l a p e l i p a t a n (folding) baglan-baglan
polipeptida ke dalam s t r u k t u r yang teratur, misalnya heliks dan lembaran terllpat-
P (p-pleated sheet). S t r u k t u r t e r s i e r m e n g g a m b a r k a n p e l i p a t a n baglan-baglan
antara hellks-a dan lembaran-p serta semua Interaksi nonkovalen yang
m e n y e b a b k a n terjadinya pelipatan yang sesuai pada suatu rantai polipeptida.
Interaksi n o n k o v a l e n t e r s e b u t a n t a r a lain ikatan h i d r o g e n , Ikatan h i d r o f o b i k , dan
 Bab 3 Makromolekul dan Interaksi Molel

H H H H H
I I ^.O I I ,.,0
I OH I ^OH I ^OH 1 ^OH I ^OH
CH; CHj CH, CHj CH,
CH, CH, CH, ^,C^
I I I HO' ^O
HN CH, CH,
II I HO'^ ^^O I
HjN-C N-H HjN-CHj

Argmin A s a m glutamat Lisin A s a m aspartat Fenilalanin

H H H H H
.^.o
I I I , 0 1 0 I O
H.NC^< H,N C C, H.N-^C < H , N - C - c f H,N C C^'^
1 OH I OH I -OH I -OH I -OH
/CH CH, CH, CHj CH
CH, CH, ^^C'
HjC'^ \ H , I ' HjC
' S-CHj

Valin Sistein Leusin Metionin Isoleusin

H H H H H
I JO
i I ^ 0
H,N c-cr N~C' C^ H,N-C c': H,N — C - C C H,N c-c:
OH / \ ^OH I OH I ^OH I OH
CH H3C^ /CH, CHj CH, H
H c
9 \
NH C H
H^C..^/
c=c/
/ \ \
OH
HC CH
^ //
C-C
H H
Triptofan Prolin Histidin Tirosin Glisin

H H H H
I ,-,0
H,N-C-C* H,N~~c ct; H,N C C* H,N-C cf H,N c c';'
OH OH OH I "OH ! OH
CM, CH, CH, H- C CH, CH,
C- - NH, CH, OH OH
II
O C~"NH,
il
O
Asparagin Glutamin Serin Treonin Alanin

G a m b a r 3.1 I S t r u k t u r d a s a r a s a m - a s a m amino.

i n t e r a k s i v a n d e r W a a l s . A r a s s t r u k t u r k e e m p a t , y a i t u struktur kuaterner,
menunjukkan interaksi nonkovalen yang mengikat beberapa rantai polipeptida
ke dalam satu m o l e k u l tunggal protein, misalnya hemoglobin.
 T a b e l 3.1 I D u a p u l u h m a c a m a s a m a m i n o y a n g u m u m terdapat d i alam.

Asam amino Simbol satu-huruf Simbol tiga-huruf

Alanin A Ala
Arglnln R Arg
Asparagin N Asn
Asam aspartat D Asp
Sistein C Cys
Glutamin Q Gin
Asam glutamat E Glu
Glisin G Gly
Histidin H His
Isoleusin I lie
Leusin L Leu
Lisin K Lys
Metionin M Met
Fenilalanin F Phe
Prolin P Pro
Serin S Ser
Treonin T Thr
Triptofan W Trp
Tirosin Y Tyr
Valin V Val

Asam Nukleat
A s a m nukleat adalah suatu p o l i m e r nukleotida yang berperanan dalam penyimpa-
nan s e r t a p e m i n d a h a n i n f o r m a s i genetik. Satu n u k l e o t i d a t e r d i r i atas tiga bagian
( G a m b a r 3.2) yaitu:

1. C i n c i n purin a t a u pirimidin, y a i t u b a s a n i t r o g e n y a n g t e r i k a t p a d a pada

a t o m C n o m o r 1 suatu m o l e k u l gula (ribosa atau deoksiribosa) melalui Ikatan
N-glukosidik. A d a d u a m a c a m basa n i t r o g e n yang m e n y u s u n asam nukleat, yaitu
b a s a p u r i n y a n g t e r d i r i a t a s adenine ( A ) d a n guanine ( G ) , s e r t a b a s a p i r i m l d i n
y a n g t e r d i r i a t a s tiiymine ( T ) , cytosine ( C ) , d a n uroc/7 ( U ) . B a i k D N A (deoxyn-
bonucleic acid) m a u p u n R N A (ribonucleic acid) t e r s u s u n a t a s A , G , C , t e t a p i T
hanya a d a pada D N A sedangkan U hanya a d a pada R N A . Akan tetapi ada
perkecualian, yaitu b a h w a pada beberapa m o l e k u l t R N A t e r d a p a t basa T , sedang-
kan pada beberapa b a k t e r i o f a g D N A - n y a t e r s u s u n atas U d a n b u k a n basa T .
S t r u k t u r basa n i t r o g e n p e n y u s u n asam n u k l e a t dapat dilihat pada G a m b a r 3 . 3 .

2. Molel<ul gula dengan 5 a t o m C (pentosa). P a d a R N A g u l a n y a a d a l a h ribosa,

s e d a n g k a n p a d a D N A g u l a n y a a d a l a h deolcsiribosa. P e r b e d a a n a n t a r a k e d u a b e n t u k
gula t e r s e b u t t e r l e t a k pada a t o m C n o m o r 2. Pada R N A , a t o m C n o m o r 2
berikatan dengan gugus hidroksil ( O H )sedangkan pada D N A a t o m C n o m o r 2
berikatan dengan a t o m H .
 Bab 3 Makromolekul dan Interaksi Molekular

Adenine
Fosfat

O O
Ikatan
-O P—O—P-0—P—O—CH2 glikosidik

O"
Deoksiribosa

Deoksiadenosin

Deoksiadenosin trifosfat (dATP)

G a m b a r 3.2 I S t r u k t u r d a s a r nukleotida.

Purin

Adenine Guanine

CH3

Cytosine Thymine

G a m b a r 3.3 I S t r u k t u r d a s a r b a s a n i t r o g e n a s a m nukleat.
28 Biologi M o l e k u l a r

3. G u g u s fosfat y a n g t e r i k a t p a d a a t o m C n o m o r 5 m e l a l u i I k a t a n fosfoester
G u g u s fosfat Inilah yang m e n y e b a b k a n asam nukleat b e r m u a t a n negatif kuat.

S u a t u b a s a y a n g t e r i k a t p a d a s a t u g u g u s g u l a d i s e b u t nukleosida, s e d a n g k a n
nukleotida a d a l a h s a t u n u k l e o s i d a y a n g b e r i k a t a n d e n g a n g u g u s f o s f a t . D l d a l a m
m o l e k u l D N A atau R N A , n u k l e o t i d a b e r i k a t a n dengan n u k l e o t i d a yang lain melalui
ikatan fosfodiester ( G a m b a r 3 . 4 ) . B a s a p u r i n d a n p i r i m i d i n t i d a k b e r i k a t a n s e c a r a
kovalen satu s a m a lain. O l e h karena itu, suatu polinukleotlda tersusun atas
kerangka gula-fosfat yang berselang-seling d a n m e m p u n y a i u j u n g 5'-P d a n 3'-OH.
A s a m nukleat yang m e m p u n y a i ujung demikian u m u m terdapat di alam, meskipun
asam nukleat yang mempunyai ujung 5'-OH d a n 3'-P dapat disintesis secara
k i m i a w i . Penamaan asam nukleat disajikan dalam Tabel 3 . 2 .

o - - p = o
I
O
I
CH2
Basa

O " — p = 0 Ikatan fosfodiester

G a m b a r 3.4 I I k a t a n f o s f o d i e s t e r antarnukleotida.

Contoh Soal

1. Secara u m u m u k u r a n m o l e k u l d i dalam sel dibedakan atas dua k e l o m p o k . S e b u t k a n .

Jawaban:
D u a k e l o m p o k m o l e k u l dalam s e l adalah m o l e k u l kecil d a n m a k r o m o l e k u l . M o l e k u l kecil
m e m p u n y a i berat m o l e k u l kurang dari seribu, sedangkan m a k r o m o l e k u l m e m p u n y a i berat m o l e k u l
s a n g a t t i n g g i ( k u r a n g l e b i h 10'* s a m p a i 1 0 ^ ^ ) . C o n t o h m o l e k u l k e c i l a d a l a h a s a m a m i n o , n u k l e o t i d a ,
m o n o s a k a r l d a , sedangkan c o n t o h m a k r o m o l e k u l adalah p r o t e i n , asam nukleat, polisakarida.

2. Sebutkan k o m p o n e n - k o m p o n e n penyusun asam amino.

jawaban:
K o m p o n e n penyusun asam a m i n o : (1) gugus a m i n o , (2) gugus karboksil, (3) a t o m hidrogen, dan
(4) g u g u s r a n t a i s a m p i n g .
 Bab 3 Makromolekul dan Interaksi Molekular ^ 9 »
'i

3. Sebutkan fungsi-fungsi u t a m a protein.

Jawaban:
Fungsi u t a m a p r o t e i n a n t a r a lain adalah: ( 1 ) k a t a l i s a t o r reaksi dalam sel, (2) pengangkut m o l e k u l
kecil dan i o n , ( 3 ) b e r p e r a n a n d a l a m s i s t e m p e r g e r a k a n yang t e r k o o r d i n a s i , ( 4 ) bagian s i s t e m
kekebalan t u b u h , (5) s e b a p l f e r o m o n , (6) sebagai p e n g a t u r ekspresi g e n e t i k , (7) p e n e r u s impuls
saraf, d a n ( 8 ) p e n d u k u n g k e k u a t a n regang.

4. Sebutkan k o m p o n e n penyusun asam nukleat.

Jawaban:
A s a m n u k l e a t t e r s u s u n atas: ( 1 ) gugus gula p e n t o s a , ( 2 ) cincin basa p u r i n atau p i r i m i d i n , d a n
(3) gugus fosfat.

T a b e l 3.2 ft P e n a m a a n asam nukleat.

Basa Nukleosida Nukleotida

Purin

Adenine ( A ) Adenosin (rA)' A s a m adenilat, atau adenosin

monofosfat ( A M P )
Deoksiadenosin (dA)^ A s a m deoksiadenilat, atau
deoksiadenosin monofosfat (dAMP)

Guanine ( G ) Guanosin' (rG) A s a m guanilat, atau

guanosin monofosfat ( G M P )
Deoksiguanosin (dG) A s a m deoksiguanilat, atau
deoksiguanosin monofosfat (dGMP)

Pirimidin

Cytosine ( C ) Sitidin (rC) A s a m sitidilat,

atau sitidin monofosfat ( C M P )
D e o k s i s i t i d i n (dC) A s a m deoksisitidilat, atau
deoksisitidin monofosfat ( d C M P )

Thymine (T) Timidin* (dT) A s a m timidilat, atau

timidin monofosfat ( T M P )

Uracil (C) Uridin (rU) A s a m uridilat, atau

uridin monofosfat ( U M P )

Keterangan:
' ribo: menyatakan basa R N A
^ d: deoksiribo, menyatakan basa D N A
^ Guanosin berbeda dari guanidin (bukan basa asam nukleat)
^ Timidin (thymidine) adalah bentuk deoksi. Bentuk ribo tidak ada dalam asam nukleat.
^ Uridin adalah bentuk ribo, deoksiuridin umumnya tidak ada.
30 Biologi Molekular

Interaksi M o l e k u l a r
S e m u a m o l e k u l d a l a m sel a k a n b e r l n t e r a k s l satu s a m a lain. I n t e r a k s i a n t a r m o l e k u l
t e r s e b u t akan m e n e n t u k a n sifat-sifat biologis m o l e k u l - m o l e k u l d l d a l a m sel. Pada
Interaksi umumnya Interaksi molekular tersebut berupa i n t e r a k s i nonkovalen, y a i t u
nonkovalen
I n t e r a k s i a n t a r a t o m y a n g t i d a k t e r i k a t s e c a r a k o v a l e n s a t u s a m a l a i n . Ikatan
dan kovalen
kovalen a d a l a h Ikatan yang a d adl antara a t o m - a t o m yang menyusun suatu
molekul, misalnya ikatan antara a t o m H dan C pada m o l e k u l CH^. Ikatan kovalen
adalah ikatan yang paling k u a t dan paling stabil a n t a r a a t o m - a t o m . Sebaliknya,
ikatan nonkovalen tidak sekuat ikatan kovalen n a m u n m e m p u n y a i peranan penting
d a l a m s e l a n t a r a lain k a r e n a membantu menstabllkan struktur makromolekul
d a l a m sel, misalnya p r o t e i n dan asam nukleat. Beberapa ikatan nonkovalen yang
penting dalam s e la n t a r a lain ikatan h i d r o g e n , ikatan ionik, i n t e r a k s i v a n d e r
Waals, dan interaksi hidrofobik.

Ikatan Hidrogen
Ikatan hidrogen adalah suatu b e n t u k interaksi lemah antara suatu a t o m e l e k t r o -
n e g a t l f ( a t o m akseptor) dengan a t o m hidrogen yang terikat secara kovalen pada
a t o m y a n g l a i n (atom donor). A t o m h i d r o g e n t e r l e t a k l e b i h d e k a t d e n g a n atom
d o n o r ( D )daripada dengan a t o m akseptor ( A )seperti terllhat dalam skema
b e r i k u t ini:

D - H + A < > D — H .... A

ikatan hidrogen

Ikatan hidrogen m e r u p a k a n ikatan yang banyak terdapat dalam sistem biologis,

misalnya pada asam nukleat dan protein. Pada asam nukleat, Ikatan hidrogen
m e n y e b a b k a n t e r j a d i n y a p a s a n g a n a n t a r - u n t a i a n (interstrand) a n t a r b a s a nukleodda,
misalnya a n t a r a adenine d e n g a n thymine ( A - T ) , d a n a n t a r a guanosine dengan
cytosine ( G - C ) . P a d a p r o t e i n , i k a t a n h i d r o g e n t e r j a d i a n t a r a g u g u s N H d a n C O
pada rantai utama a-hellks. Gugus C O pada residu asam amino n berikatan
hidrogen dengan gugus N H pada residu n + 4 , seperti terllhat pada skema
berikut:

H H H O H H H O H
I III I III I
-N-C-C-N-C-C-N-C-C-N-C-C-N-C-C-
II I I I I N
H HR3O R4 H R5O

Ikatan Ionik
Ikatan ionik adalah ikatan a n t a r a t o m yang terjadi karena adanya perbedaan muatan
pada a t o m - a t o m yang berlnteraksl. Sebagai c o n t o h , asam a m i n o aspartat dan
g l u t a m a t b e r m u a t a n negatif, s e d a n g k a n lisin, histidin, dan arglnln b e r m u a t a n positif.
Muatan yang berbeda-beda itu menyebabkan asam-asam amino tersebut dapat
 Bab 3 Makromolekul dan Interaksi Molekular 31

m e m b e n t u k ikatan lonik. Jika a s a m - a s a m a m i n o yang m u a t a n n y a b e r b e d a t e r l e t a k

pada bagian rantai polipeptida yang berjauhan, m a k a rantai polipeptida tersebut
dapat melipat sedemikian r u p a sehingga baglan-baglan tersebut dapat menjadi
b e r d e k a t a n k a r e n a adanya ikatan ionik. Sebaliknya, jika baglan-bagian rantai poli-
peptida t e r s e b u t t e r d i r i atas asam-asam a m i n o yang b e r m u a t a n , m a k a akan terjadi
efek tolak-menolak. Ikatan lonik merupakan Interaksi nonkovalen yang paling
kuat. M e s k i p u n d e m i k i a n , Ikatan ini dapat dihilangkan o l e h p H yang e k s t r e m a t a u
dengan kadar g a r a m yang tinggi.

Interaksi van der Waals

Pada a t o m apa pun, fluktuasi acak distribusi e l e k t r o n - e l e k t r o n n y a akan menyebab-
k a n t e r j a d i n y a d w i k u t u b s e m e n t a r a {transition dipole), a t a u d e n g a n k a t a lain
distribusi m u a t a n tidak simetris. Jika dua a t o m yang t e r i k a t secara nonkovalen
berada c u k u p d e k a t satu s a m a lain, m a k a d w i k u t u b s e m e n t a r a pada a t o m yang
satu akan menyebabkan terjadinya d w i k u t u b sementara pada a t o m kedua. D w i -
kutub sementara pada a t o m kedua tersebut akan m e n a r i k d w i k u t u b pada a t o m
yang p e r t a m a sehingga terjadi interaksi lemah di antara keduanya. Interaksi
semacam ini disebut sebagai interaksi v a nd e rW a a l s d a nhanya terjadi jika
kedua a t o m terletak sangat berdekatan dengan jarak antara 1 sampai 2 Ang-
s t r o m . Jika Interaksi a n t a r a dua a t o m t e p a t seimbang dengan kekuatan sallng-
tolak antara keduanya, maka dikatakan kedua a t o m tersebut berada pada j a r a k
k o n t a k van der Waals.
Energi ikatan van der W a a l s pada sepasang a t o m kurang lebih sebesar 1
kcal/mol. Energi i n i lebih kecil dibanding dengan energi pada ikatan hidrogen
yang besarnya kurang lebih 3 sampai 7 kcal/mol. O l e h karena itu satu Ikatan van
der Waals dapat dikatakan tidak b e r a r t i apa-apa. Ikatan van der W a a l s baru
berarti c u k u p besar jika ada banyak a t o m dalam sepasang m o l e k u l yang dapat
berada cukup d e k a t satu s a m a lain. H a l i n i h a n y a t e r j a d i jika k e d u a molekul
tersebut mempunyai bentuk yang sepadan atau k o m p l e m e n t e r . O l e h karena itu
interaksi van der W a a l s yang efektif tergantung pada k o m p l e m e n t a r i t a s sterik.
Interaksi van der W a a l s terjadi misalnya antara molekul antibodi dengan antigen
spesifiknya, dan antara e n z i m dengan substratnya yang spesifik.

Interaksi Hidrofobik
M o l e k u l - m o l e k u l nonpolar bersifat tidak larut dalam a i rsehingga disebut juga
sebagai m o l e k u l h i d r o f o b i k . Ikatan k o v a l e n antara dua a t o m k a r b o n dan antara
atom karbon dengan a t o m hidrogen adalah contoh-contoh ikatan nonpolar.
G u g u s samping alifatik dan a r o m a t i k suatu p r o t e i n dan basa-basa asam nukleat
m e m p u n y a i sifat n o n p o l a r . K e k u a t a n yang m e n d o r o n g terjadinya asosiasi atau
agregasi a n t a r a m o l e k u l - m o l e k u l h i d r o f o b i k di d a l a m air d i s e b u t sebagai i n t e r a k s i
hidrofobik. Interaksi hidrofobik merupakan kekuatan utama yang menyebabkan
terjadinya pelipatan m a k r o m o l e k u l , misalnya protein, dan p e m b e n t u k a n membran
sel.
 M e t o d e - m e t o d e Dasar y a n g D i g u n a k a n d a l a m B i o l o g i
Molekular
Studi biologi molekular pada dasarnya berkaitan erat dengan analisis
m a k r o m o l e k u l . Analisis m a k r o m o l e k u l dapat dilakukan berdasarkan atas reaksi
k i m i a w i yang d i t i m b u l k a n o l e h interaksinya dengan m a k r o m o l e k u l / m o l e k u l lain,
atau dengan mempelajari s t r u k t u r fisiknya. Beberapa m e t o d e dasar yang digunakan
d a l a m s t u d i biologi m o l e k u l a r y a n g a k a n dijelaskan d a l a m b u k u i n i a n t a r a lain
adalah penggunaan radioisotop, sentrifugasi, d a n elektroforesis.

Penggunaan Radioisotop
Isotop adalah e l e m e n - e l e m e n kimia yang m e m p u n y a i j u m l a h p r o t o n yang sama
di d a l a m Inti a t o m n y a , tetapi massa a t o m n y a ( j u m l a h p r o t o n d a n n e u t r o n )
berbeda. Beberapa i s o t o p bersifat tidak stabil dan m e n g a l a m i p e l u r u h a n secara
spontan yang kadang-kadang diikuti oleh penyebaran radiasi elektromagnetik.
radioisotop A t o m - a t o m y a n g b e r s i f a t d e m i k i a n d i s e b u t s e b a g a i radioisotop. S e b a g a i c o n t o h ,
a t o m sulfur selalu m e m p u n y a i 16 p r o t o n , tetapi d i a l a m ada tiga b e n t u k i s o t o p
y a i t u ^^S, ^''S, d a n ^^S. ^^S m e m p u n y a i 1 6 p r o t o n d a n 1 9 n e u t r o n s e r t a b e r s i f a t
s e b a g a i r a d i o i s o t o p . ^^S b e r s i f a t s a n g a t t i d a k s t a b i l d a n m e n g a l a m i peluruhan
s e c a r a s p o n t a n m e n j a d i ^^P s e r t a m e l e p a s k a n e l e k t r o n (partikel beta).
Radioisotop banyak digunakan dalam studi biologi molekular. Contohnya,
^^S digunakan untuk melabel protein, atau untuk melabel nukleotida yang
digunakan dalam p e n e n t u a n u r u t a n basa D N A ( D N A sequencing). Penggunaan
e l e m e n r a d i o a k t i f m e n y e b a b k a n p r o s e s y a n g b e r l a n g s u n g d i d a l a m sel a k a n lebih
mudah diikuti. Penggunaan elemen radioaktif tidak akan mengubah sifat-sifat
kimia m o l e k u l yang bersangkutan. Sebagai c o n t o h , e n z i m tidak akan membedakan
apakah m o l e k u l - m o l e k u l yang reakslnya dikatallsis t e r s e b u t bersifat radioaktif
atau tidak.
Salah satu c o n t o h penggunaan bahan radioaktif adalah dalam transkripsi
d a n t r a n s l a s i in vitro, m i s a l n y a u n t u k m e m p e l a j a r i k e k u a t a n p r o m o t e r s u a t u g e n
dalam mengatur proses transkripsi. H a linidapat dilakukan dengan melakukan
t r a n s k r i p s i s u a t u g e n y a n g d i k e n d a l i k a n o l e h p r o m o t e r t e r s e b u t s e c a r a in vitro
dengan menggunakan campuran reaksi yang mengandung nukleotida radioaktif,
misalnya [a-^^P]UTP. R N A yang disintesis k e m u d i a n dielektroforesis dan dianalisis
autoradioaktivitasnya.
Nukleotida radioaktif juga digunakan dalam analisis u r u t a n basa D N A ,
misalnya menggunakan m e t o d e Sanger atau m e t o d e Maxam-Gilbert. Nukleotida
berlabel yang digunakan u m u m n y a adalah [ a - ^ ^ S ] d A T P atau [a-^^P]dATP. Urutan
basa D N A dapat d i t e n t u k a n dengan m e m b a c a autoradioaktivitas f r a g m e n - f r a g m e n
polinukleotlda pada gel elektroforesis.
Pada dasarnya a d ad u a m a c a m metode untuk mendeteksi radioaktivitas
p a d a hasil s u a t u reaksi k i m i a y a n g d i l a k u k a n d e n g a n m e n g g u n a k a n b a h a n r a d i o a k t i f ,
yaitu:
 Bab 3 Makromolekul dan Interaksi Molekular 33
3 *

1. D e n g a n p r i n s i p autoradiografi, m i s a l n y a p a d a p e n e n t u a n u r u t a n b a s a D N A .
Hasll reaksi p e n e n t u a n u r u t a n basa D N A k e m u d i a n dielektroforesis pada g e l
p o l i a k r i l a m i d . S e l e m b a r f i l m sinar X k e m u d i a n d i l e t a k k a n d i atas gel p o l i a k r i l a m i d
t e r s e b u t sehingga radioaktivitas yang m e m a n c a r dari gel akan m e n g e n a l f i l m dan
akan m e m b e n t u k cItra sesual dengan pola u r u t a n f r a g m e n - f r a g m e n polinukleotlda
pada gel. Setelah film t e r s e b u t diproses maka akan t a m p a k pita-plta pada film
yang menggambarkan u r u t a n basa DNA.

2. R a d i o a k t i v i t a s d a p a t j u g a d i u k u r d e n g a n menggunal<an alat y a n g disebut

Ge/ger-ZVIuWer c o u n t e r , a t a u d e n g a n scintillation counter (solid a t a u liquid). Geiger-
Muller counter d i g u n a k a n t e r u t a m a u n t u k m e n d e t e k s i i s o t o p y a n g memancarkan
p a r t i k e l P b e r e n e r g i t i n g g i , m i s a l n y a ^^P, ^ ' ' N a . Solid scindllation counter digunakan
u n t u k m e n d e t e k s i i s o t o p y a n g m e m a n c a r k a n s i n a r g a m m a , s e d a n g k a n l i q u i d scin-
tillation counter d i g u n a k a n u n t u k m e n d e t e k s i I s o t o p y a n g m e m a n c a r k a n partikel
p berenergi rendah.

Jika m e t o d e yang digunakan adalah autoradiografi, m a k a besarnya energi

yang dihasilkan dalam proses peluruhan bahan radioaktif tersebut harus diper-
timbangkan. Besarnya energi tersebut akan mempengaruhi kemudahan dalam
melokallsasi t e m p a t t e r j a d i n y a p e n g g a b u n g a n bahan r a d i o a k t i f di d a l a m sel. Sebagai
contoh, partikel P yang dipancarkan o l e h ^ ^ P sangat kuat sehingga citra yang
ditimbulkan pada film panjangnya kurang-lebih 3 m m . Citra sepanjang ini jauh
lebih panjang daripada d i a m e t e r satu sel sehingga akan m e n l m b u l k a n kesulltan
dalam m e n e n t u k a n lokasi partikel yang tepat d l dalam sel yang memancarkan
radioaktivitas tersebut. U n t u k m e n e n t u k a n lokasi atau s t r u k t u r dalam sel yang
memancarkan radioaktivitas secara lebih tepat biasanya digunakan isotop H .
D e n g a n I s o t o p ini c i t r a y a n g d i t i m b u l k a n h a n y a s e p a n j a n g 0 , 4 7 m m . D e n g a n d e m i k i a n ,
s t r u k t u r d l dalam selyang dilabel dengan ^ Hdapat d i t e n t u k a n dengan ketepatan
sekitar 0,5 sampai 1 m m , a t a u k u r a n g lebih s e p e r l i m a d i a m e t e r inti s e l m a m a l i a .

Sentrifugasi
Sentrifugasi m e r u p a k a n salah satu m e t o d e dasar yang sangat p e n t i n g d a l a m studi
b i o l o g i sel m a u p u n b i o l o g i m o l e k u l a r . Sentrifugasi t i d a k h a n y a d a p a t dipergunakan
u n t u k m e m i s a h k a n sel atau organel subselular, melainkan juga digunakan untuk
pemisahan m o l e k u l a r . Prinsip sentrifugasi didasarkan atas f e n o m e n a b a h w a partikel
yang tersuspensi d i dalam suatu w a d a h (tabung atau b e n t u k - b e n t u k lain) akan
m e n g e n d a p k e dasar w a d a h k a r e n a pengaruh gravitasi. Laju pengendapan tersebut
dapat ditingkatkan dengan cara meningkatkan pengaruh gravitasional terhadap
partikel. H a l ini dapat dilakukan dengan m e n e m p a t k a n tabung berisi suspensi
partikel k e dalam r o t o r suatu mesin sentrifugasi kemudian diputar dengan k e -
cepatan tinggi.
Jika gaya F d i t e r a p k a n pada suatu partikel dengan massa m , m a k a partikel
akan dipercepat dengan arah linear sehingga:

F = m a
34 %ologi Molekular

a adalah laju p e r c e p a t a n linear, a k a n t e t a p i yang t e r j a d i pada sentrifugasi adalah

p e r c e p a t a n angular s e h i n g g a :

a = v^lx

V = kecepatan rotasi
X = radius yang d i t e m p u h selama sentrifugasi

Biasanya nilal y a n g d l b e r l k a n u n t u k gaya y a n g b e r l a k u pada p a r t i k e l y a n g d i -

sentrlfugasi b e r u p a nilai relatif, y a i t u dibandingkan dengan gaya t a r i k gravitasi
b u m i yang juga berlaku pada partikel tersebut. Gaya t e r s e b u t disebut gaya
s e n t r l f u g a l r e l a t i f {relative centrifugal force, R C F ) . G a y a g r a v i t a s i y a n g b e r l a k u p a d a
partikel dengan massa m adalah:

F = m g

g adalah percepatan gravitasi yang besarnya 9 8 0 cm/detik^. D e n g a n demikian:

~ '^entriftigas/'Vavitasi

D e n g a n p e r h l t u n g a n m a t e m a t i s yang t i d a k akan dijelaskan d i sinl m a k a nilalR C F

adalah:

RCF = 1 , 1 1 9 X 10-5(rpm)^(x)

rpm = revolutions per minute ( p u t a r a n t i a p m e n i t )

RCF t i d a k m e m p u n y a i s a t u a n n a m u n b i a s a n y a d i b e r l s i m b o l g.

Kecepatan proses pengendapan (sedimentasi) suatu partikel atau molekul

Faktor yang ^ yang disentrifugasi dipengaruhi oleh dua m a c a m f a k t o r yaitu:
mempengaruhi
kecepatan
pengendapan 1. Berat molekul ( B M ) . S e m a k i n t i n g g i B M - n y a m a k a k e c e p a t a n n y a j u g a s e m a k i n
tinggi.

2. Bentuk partikel. G e r a k a n s u a t u p a r t i k e l m e l a l u i c a i r a n a k a n d i p e n g a r u h i o l e h
gaya gesekan. Partikel yang m e m p u n y a i b e n t u k lebih k o m p a k akan bergerak lebih
cepat d i d a l a m cairan dibandingkan dengan partikel lain, yang b e n t u k n y a k u r a n g
k o m p a k meskipun BM-nya sama. D a l a m pembahasan mengenai proses sedimentasi
d i k e n a l s u a t u k o n s t a n t a y a n g d i s e b u t koefisien s e d i m e n t a s i (s) y a n g n i l a i n y a :

s = k e c e p a t a n molekular/gaya sentrifugal

Nilai s suatu partikel m e n u n j u k k a n karakteristiknya di dalam suatu medium

(larutan) pada suhu tertentu. Nilai s u m u m n y a sama pada larutan yang berbeda
sehingga s dianggap sebagai suatu k o n s t a n t a dan dinyatakan d a l a m detik. Seringkali
nilai s juga d i n y a t a k a n d a l a m s a t u a n S v e d b e r g ( S ) y a n g b e s a r n y a 1 S = 1 0 " ^ ^
d e t l k y a n g b e r l a k u d a l a m k o n d i s i s t a n d a r y a i t u d a l a m air pada s u h u 20°C. K o e f i s i e n
s e d i m e n t a s i m a k r o m o l e k u l d a l a m sel b e r k i s a r a n t a r a 1 S s a m p a i 2 0 0 S. S v e d b e r g
adalah ahli biokimia p e m e n a n g hadiah N o b e l yang mengembangkan ultra-
sentrlfugasi.
 i ,

Bab 3 Makromolekul dan Interaksi Molekular^^p

Dua macam prinsip sentrifugasi yang u m u m digunakan u n t u k pemisahan

Sentrifugasi ^ partikel didasarkan atas: ( 1 ) massa, u k u r a n , atau panjang partikel, ( 2 ) densitas
berdasarlcan
prinsip umum partikel.
pemisahan
partikel
Sentrifugasi Z o n a l
Jika partikel atau m o l e k u l berada d l d a l a m suatu k o l o m cairan d i dalam t a b u n g
kemudian disentrifugasi, maka partikel atau m o l e k u l tersebut akan mengendap.
Laju pengendapan t e r s e b u t d i t e n t u k a n o l e h massa partikel, perbedaan densitas
antara partikel dengan cairan, d a n gaya gesekan antara partikel dengan cairan.
Jika partikel t e r s e b u t terdiri atas beberapa m a c a m partikel yang b e r b e d a u k u r a n
atau panjangnya maka setelah disentrifugasi partikel-partikelyang berbeda u k u r a n -
nya akan terpisah pada lapisan-lapisan (zones) y a n g b e r b e d a pada tabung
sentrifugasi. T e k n i k pemisahan partikel berdasarkan massa semacam ini disebut
sentrifugasi zonal.

Sentrifugasi K e s e i m b a n g a n G r a d i e n - D e n s i t a s
Dalam teknik sentrifugasi ini, partikel berada di dalam suatu cairan yang
densltasnya bergradlen dari atas k e b a w a h , misalnya larutan cesium klorlda
(CsCI). Setelah disentrifugasi, partikel d i dalam cairan tersebut akan berada di
lapisan cairan yang densltasnya s a m a dengan densitas partikel t e r s e b u t . M e s k i p u n
disentrifugasi dengan k e c e p a t a n yang sangat besar, p a r t i k e l t e r s e b u t t i d a k akan
m e n g e n d a p m e l a l u i lapisan cairan yang densltasnya lebih tinggi daripada partikel
t e r s e b u t . P r i n s i p s e n t r i f u g a s i s e m a c a m i n i d i s e b u t sentrifugasi k e s e i m b a n g a n
gradien-densitas k a r e n a p a r t i k e l d a n c a i r a n b e r a d a p a d a a r a s keseimbangan
densitas (keadaan isopycnic). Teknik sentrifugasi i n i dapat digunakan untuk
m e m i s a h k a n m o l e k u l - m o l e k u l yang perbedaan densitasnya sampai 0 , 0 2 g/ml.
Teknik sentrifugasi s e m a c a m inibiasanya digunakan u n t u k m e m i s a h k a n m o l e k u l -
molekul protein, D N A , dan R N Ayang densitasnya di dalam larutan CsCI berturut-
t u r u t adalah 1,3;1,6-1,7; d a n 1 , 7 5 - 1 , 8 g/ml.

Elektroforesis
\ Prinsip kerja
\ elektroforesis
Elektroforesis adalah suatu t e k n i k p e m i s a h a n m o l e k u l selular berdasarkan atas
ukurannya, dengan menggunakan m e d a n listrik yang dialirkan pada suatu m e -
d i u m yang m e n g a n d u n g sampel yang akan dipisahkan. T e k n i k ini dapat digunakan
dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada m a k r o m o l e k u l , misalnya
D N A y a n g b e r m u a t a n negatif. Jika m o l e k u l yang b e r m u a t a n negatif d i l e w a t k a n
melalui suatu m e d i u m , misalnya gel agarosa, k e m u d i a n dialiri arus listrik dari
satu k u t u b k e kutub yang berlawanan muatannya, maka m o l e k u l tersebut akan
bergerak dari k u t u b negatif k e k u t u b positif. Kecepatan gerak m o l e k u l t e r s e b u t
tergantung pada nisbah (rasio) m u a t a n terhadap massanya, serta tergantung
pula pada b e n t u k m o l e k u l n y a .
T e k n i k e l e k t r o f o r e s i s dapat d i g u n a k a n u n t u k analisis D N A ,R N A , m a u p u n
protein. Elektroforesis D N Adilakukan misalnya u n t u k menganalisis fragmen-
f r a g m e n D N A hasil p e m o t o n g a n d e n g a n e n z i m r e s t r l k s i . F r a g m e n m o l e k u l D N A
yang telah d i p o t o n g - p o t o n g dapat ditentukan ukurannya dengan cara m e m b u a t
gel agarosa, y a i t u s u a t u bahan s e m l - p a d a t b e r u p a polisakarida yang d i e k s t r a k s l
d a r i r u m p u t l a u t . G e l a g a r o s a d i b u a t d e n g a n m e l a r u t k a n n y a d a l a m s u a t u buffer.
A g a r dapat larut dengan balk, p e l a r u t a n n y a dibantu dengan pemanasan, misalnya
m e n g g u n a k a n o v e n g e l o m b a n g m i k r o {microwave oven). D a l a m k e a d a a n panas,
gel akan b e r u p a cairan sehingga m u d a h d i t u a n g k e atas s u a t u l e m p e n g {plate)
yang biasanya t e r b u a t dari Perspex. Sebelum mendlngin d a n m e m a d a t , pada
u j u n g gel t e r s e b u t d i b u a t lubang-lubang dengan m e n g g u n a k a n l e m b a r a n P e r s p e x
tipls y a n g d i b e n t u k m e n y e r u p a i sisir. Sisir t e r s e b u t d i t a n c a p k a n p a d a salah s a t u
u j u n g g e l y a n g m a s i h cair. D e n g a n demikian, pada w a k t u gel m e m a d a t d a n
sisirnya diambil t e r b e n t u k l a h lubang-lubang kecil. K e dalam lubang-lubang kecil
Itulah sampel m o l e k u l D N A dimasukkan. G e l agarosa yang sudah t e r b e n t u k
k e m u d i a n d i m a s u k k a n k e d a l a m s u a t u t a n k i y a n g b e r i s i buffer y a n g s a m a d e n g a n
y a n g d i g u n a k a n u n t u k m e m b u a t g e l . Buffer d a p a t d i b u a t m i s a l n y a d e n g a n tris-
asetat-EDTA (TAE) atau tris-borat-EDTA (TBE).

Setelah D N Adimasukkan k e dalam lubang sampel, arus listrik dialirkan.

K u t u b yang sejajar dengan lubang sampel D N A b e r u p a k u t u b negatif, sedangkan
kutub lalnnya positif. O l e h karena D N A b e r m u a t a n negatif maka m o l e k u l -
m o l e k u l D N A akan bergerak k e arah k u t u b positif. Setelah beberapa w a k t u gel
kemudian direndam dalam larutan yang mengandung etidlum bromida. Etidium
bromida akan menginterkalasi (menyisip k e dalam) D N A . Penggunaan etidium
b r o m i d a d i m a k s u d k a n u n t u k m e m b a n t u visualisasi k a r e n a e t i d i u m b r o m i d a akan
m e m e n d a r k a n sinar ultraviolet. Jika g e l disinarl dengan u l t r a v i o l e t dari b a w a h ,
m a k a akan t a m p a k citra b e r u p a pita-plta pada gel. Pita-pita t e r s e b u t adalah
molekul-molekul D N Ayang bergerak sepanjang gel setelah dielektroforesis.
M o l e k u l R N A dapat dianalisis dengan prinsip yang sama, y a i t u m e n g g u n a k a n g e l
a g a r o s a , n a m u n d e n g a n m e n g g u n a k a n buffer y a n g b e r b e d a y a i t u y a n g m e n g a n d u n g
formaldehid.
T e k n i k e l e k t r o f o r e s i s D N A p u n b e r k e m b a n g sehingga analisis m o l e k u l D N A
tidak hanya dapat dilakukan dengan prinsip elektroforesis linear. Beberapa t e k n i k
b a r u d i k e m b a n g k a n , m i s a l n y a t e k n i k pulse field gel electrophoresis {PFGE), orthogonal
field alternation gel electrophoresis {OFAGE), transverse alternating field
electrophoresis ( T A F E ) d a nlain-laln. D i samping itu, u n t u k keperluan tertentu,
m i s a l n y a u n t u k p e n e n t u a n u r u t a n b a s a D N A ( D N A sequencing), elektroforesis
D N A d i l a k u k a n d e n g a n m e n g g u n a k a n g e l y a n g b e r b e d a y a i t u gel poliakrilamid.
Elektroforesis protein pada dasarnya dilakukan dengan prinsip serupa seperti
y a n g d i g u n a k a n d a l a m e l e k t r o f o r e s i s D N A , n a m u n gel yang d i g u n a k a n adalah gel
poliakrilamid. Seringkali dalam p e m b u a t a n gel akrilamid ditambahkan sodium
dodecyl sulphate ( S D S ) y a n g m e r u p a k a n s e n y a w a u n t u k m e n d i s o s i a s i k a n p r o t e i n
menjadi subunitnya. M e t o d e elektroforesis yang demikian disebut SDS-PAGE
{sodium dodecyl sulphate polyacrylamid gel electrophoresis). B e r b e d a h a l n y a d e n g a n
D N A , p r o t e i n yang d i e l e k t r o f o r e s i s dapat dianalisis dengan pengecatan meng-
g u n a k a n C o o m a s s i e Blue. S e n y a w a Ini biasanya d i t a m b a h k a n b e r s a m a - s a m a d e n g a n
 B a b 3 Makromolekul dan Interaksi Molekular _^?7_,

sampel. Pengecatan p r o t e i n dapat juga dilakukan dengan larutan perak nitrat

yang lebih sensitif dibanding d e n g a n coomassie blue.
Teknik l a i n ^ Selain penggunaan r a d i o i s o t o p , t e k n i k sentrifugasi dan e l e k t r o f o r e s i s , studi
analisis dalam
biologi
biologi m o l e k u l a r juga m e l i b a t k a n t e k n i k - t e k n i k analisis yang lain, misalnya peng-
molekular g u n a a n m i k r o s k o p e l e k t r o n d a n t e k n i k blotting. M i k r o s k o p e l e k t r o n digunakan
t e r u t a m a u n t u k analisis s t r u k t u r fisik D N A , misalnya untuk mengamati struktur
superkoil, atau untuk mengetahui posisi relatif Intron pada suatu g e n setelah
dilakukan hibridisasi RNA-DNA. Teknik blotting a d a l a h teknik pemindahan
molekul DNA, RNA, atau p r o t e i n dari gel k e suatu m e m b r a n , misalnya nitro-
selulosa. M o l e k u l D N A , R N A , atau protein yang berada pada m e m b r a n tersebut
k e m u d i a n dianalisis lebih lanjut, misalnya d e n g a n m e t o d e hibridisasi a t a u d e n g a n
antibodi.

^ Soal-soal
1. Jelaskan apa yang d i m a k s u d d e n g a n s t r u k t u r p r i m e r , sekunder, tersier, dan k u a t e r n e r s u a t u p r o t e i n .
2. Jelaskan perbedaan fungsi biologis a s a m nukleat dengan asam a m i n o .
3. S e b u t k a n dan jelaskan secara singkat b e b e r a p a t e k n i k a t a u m e t o d e u n t u k m e l a k u k a n analisis biologi
molekular.
 Pokok Bahasan:

I Notasi Genetik

Notasi Genetil< pada Prol<aryot • Notasi Cenetik pada Eukaryot

I Analisis Genetik

I Rekombinasi Genetik

I Pemetaan Genetik

I Pemetaan Delesi

I Komplementasi Genetik

P erkembangan biologi m o l e k u l a r tidak dapat dilepaskan dari peranan

analisis g e n e t i k . S e b e l u m s t r u k t u r m o l e k u l D N Aberhasll diuraikan
W a t s o n dan Crick, f e n o m e n a biologis telah dipelajari melalui argumentasi genetik.
sistem
oleh

Bahkan setelah s t r u k t u r m o l e k u l D N A serta u r u t a n basa D N Adapat d i t e n t u k a n

secara a k u r a t , s i s t e m analisis g e n e t i k m a s i h sangat r e l e v a n u n t u k d i t e r a p k a n .
Banyak c o n t o h studi biologi molekular yang selain melibatkan teknik-teknik

Teknik m u t a k h i r , juga m e m a n f a a t k a n t e k n i k analisis g e n e t i k k o n v e n s i o n a l . Sebagai c o n t o h ,

analisis u n t u k dapat m e l a k u k a n isolasi s u a t u gen kadang-kadang harus didahului dengan
genetik
konvensional m e l a k u k a n mutasi secara acak. M u t a s i t e r s e b u t d i m a k s u d k a n u n t u k m e n d a p a t k a n
strait) y a n g k e h i l a n g a n s i f a t ( f e n o t i p e ) t e r t e n t u y a n g e k s p r e s i n y a d i k e n d a l i k a n o l e h
gen yang akan diisolasi. M u t a n t e r s e b u t k e m u d i a n digunakan sebagai inang yang
akan dikomplementasi dengan fragmen D N Ayang mengandung g e n yang akan
diisolasi. K o m p l e m e n t a s i yang d i m a k s u d k a n d i sini adalah " k e m a m p u a n " suatu
fragmen D N Auntuk mengembalikan ( m e r e s t o r a s i ) sifat yang hilang karena
perlakuan mutasi. H a l ini m u n g k i n terjadi jika f r a g m e n D N A t e r s e b u t m e n g a n d u n g
gen yang identik dengan gen yang m e n g a l a m i kerusakan pada jasad m u t a n , n a m u n
m a m p u m e m b e r i k a n sifat ( f e n o t i p e ) yang n o r m a l . K o m p l e m e n t a s i s e m a c a m i n i
d a p a t t e r j a d i j i k a g e n y a n g m e n g k o m p l e m e n t a s i b e r u p a g e n o t i p e a l a m i {wild type),
atau berupa gen m u t a n n a m u n mutasinya terjadi pada t e m p a t yang berlainan dari
yang terjadi pada g e n yang d i k o m p l e m e n t a s i . Jika m u t a n t e r s e b u t dapat d i -
komplementasi dengan f r a g m e n D N A y a n g d i i s o l a s i d a r i strain t i p e a l a m i n y a ,
m a k a isolasi g e n a k a n lebih m u d a h d i l a k u k a n . D e n g a n d e m i k i a n analisis g e n e t i k ,
dalam hal ini k o m p l e m e n t a s i genetik, seringkali m e m p u n y a i peranan sangat besar
d a l a m p r o s e s isolasi s u a t u gen.
 Bab 4 Analisis Genetik 39

Notasi Genetik
U n t u k m e n y a t a k a n sifat-sifat suatu jasad diperlukan sistem penulisan (notasi)
yang dapat d i p a h a m i secara luas sehingga t i d a k ada penafslran yang berbeda-beda
atas suatu jasad. S i s t e m n o t a s i g e n e t i k m e r u p a k a n suatu s i s t e m yang digunakan
u n t u k m e n y a t a k a n sifat-slfat (genetik) jasad. Sifat-sifat s u a t u jasad dapat dibagi
Definisi m e n j a d i d u a k e l o m p o k , y a i t u fenotipe d a n genotipe. F e n o t i p e a d a l a h s i f a t - s i f a t
f e n o t i p e dan
s u a t u jasad yang dapat d i a m a t i , misalnya b e n t u k dan u k u r a n sel, w a r n a d a u n , dan
genotipe
sebagainya. G e n o t i p e adalah k o m p o s i s i g e n e t i k s u a t u jasad. G e n o t i p e pada dasar-
nya m e r u p a k a n sifat yang t e t a p selama k e h i d u p a n jasad d a n relatif t i d a k akan
berubah o l e h f a k t o r lingkungan, kecuali pada keadaan e k s t r e m . D i lain pihak,
f e n o t i p e dapat b e r u b a h selama k e h i d u p a n jasad o l e h k a r e n a f e n o t i p e m e r u p a k a n
resultan dari sifat-slfat g e n e t i k (genotipe) dan f a k t o r - f a k t o r lingkungan. " K e t e t a p a n "
{fixity) g e n o t i p e t i d a k s e l a l u b e r a r t i f e n o t i p e n y a j u g a t e t a p . D i s a m p i n g i t u , s a t u
genotipe tunggal dapat dimanifestasikan dalam berbagai m a c a m fenotipe, tergantung
pada lingkungannya. Sebaliknya, satu fenotipe dapat dihasilkan oleh lebih dari
satu set genotipe.
Jasad p r o k a r y o t bersifat haploid, a r t i n y a hanya m e m p u n y a i satu set g e n o t i p e ,
m e s k i p u n k a d a n g - k a d a n g d a p a t b e r s i f a t d i p l o i d s e b a g i a n {partial diploid). S e b a l i k n y a ,
jasad e u k a r y o t dapat bersifat haploid atau diploid ( m e m p u n y a i sepasang g e n o d p e
yang identik m e s k i p u n tidak berarti sama persis). Bahkan pada keadaan tertentu
s u a t u jasad e u k a r y o t dapat bersifat p o l i p l o i d . O l e h k a r e n a i t u , a d a p e r b e d a a n
d a l a m h a ln o t a s i g e n e t i k a n t a r a jasad p r o k a r y o t dengan jasad e u k a r y o t .

Notasi Genetik pada Prokaryot

Seperti telah dikemukakan, adaperbedaan pengertian antara fenotipe dengan
genotipe. O l e h karena Itu, sistem notasi untuk fenotipe berbeda dari sistem
notasi u n t u k g e n o t i p e . Pada jasad p r o k a r y o t , f e n o t i p e ditulis dengan h u r u f tegak,
m i s a l n y a Leu y a n g b e r a r t i jasad dapat menyintesis asam a m i n o leusin. Perlu
d i p e r h a t i k a n b a h w a s i m b o l f e n o t i p e t e r d i r i atas tiga h u r u f , h u r u f p e r t a m a ditulis
Cara penulisan dengan h u r u f kapital, d a n hurufnya ditulis tegak. Sebaliknya, j i k a tidak dapat
notasi genetik
prokaryot
m e n y i n t e s i s a s a m a m i n o l e u s i n m a k a f e n o t i p e n y a d i t u l i s sebagai Leu" ( p e r h a t i k a n
t a n d a m i n u s yang ditulis sebagai h u r u f kecil dl atas [superskrip, superscript]).
Jasad p r o k a r y o t yang m a m p u m e n y i n t e s i s a s a m a m i n o leusin b e r a r t i m e m -
punyai g e n leusin yang fungsional. G e n o t i p e jasad s e m a c a m i n i ditulis sebagai
leu*. P e r l u d i p e r h a t i k a n b a h w a genotipe jasad prokaryot ditulis dengan tiga huruf
kecil miring. J i k a g e n n y a f u n g s i o n a l m a k a d i t a m b a h d e n g a n s i m b o l + ( p o s i t i f ) y a n g
ditulis sebagai superskrip, sedangkan jika gennya tidak fungsional m a k a d i t a m b a h
dengan simbol - (minus) meskipun kadang-kadang simbol m i n u s tidak ditulis.
O l e h k a r e n a i t u j a s a d y a n g f e n o t i p e n y a Leu", m a k a g e n o t l p e n y a d i t u l i s s e b a g a i
/eu" ( a t a u c u k u p d i t u l i s s e b a g a i leu t a n p a t a n d a m i n u s ) .
Telah diketahui bahwa banyak sifat b i o k i m i a jasad yang ekspresinya d i -
kendalikan oleh lebih dari satu gen. Untuk membedakan gen-gen yang me-
ngendalikan satu sifat b i o k i m i a yang sama (misalnya k e m a m p u a n sintesis leusin).
m a k a genotipenya ditulis dengan m e n a m b a h k a n h u r u f kapital m i r i n g d i belakang
s i m b o l g e n . C o n t o h n y a a d a l a h leuA, leuB, leuC d a n s e t e r u s n y a . J i k a j a s a d p r o k a r y o t
b e r a d a d a l a m k e a d a a n diploid sebagian m a k a g e n o t i p e n y a d i t u l i s , m i s a l n y a , s e b a g a i
leu*lleuA, y a n g b e r a r t i j a s a d n y a m e m p u n y a i f e n o t i p e Leu*, k a r e n a g e n leuA t i d a k
f u n g s i o n a l , n a m u n m e m p u n y a i k o m p l e m e n g e n leu* yang fungsional.
Beberapa g e n diketahui mengendalikan sifat k e p e k a a n (sensitivity) atau
ketahanan (resistance) terhadap antlblotik t e r t e n t u . F e n o t i p e jasad prokaryot
y a n g p e k a t e r h a d a p a n t i b l o t i k , m i s a l n y a a m p l s l l l n ( A m p ) , ditulis sebagai Amp-s,
s e d a n g k a n yang t a h a n t e r h a d a p amplsllln ditulis sebagai Amp-r. Genotipenya
d i t u l i s s e b a g a i amp-s (peka terhadap amplsllln), atau a m p - r (tahan terhadap
amplsllln). Perlu diperhatikan b a h w a h u r u f s dan r tidak ditulis sebagai superskrip.
Seringkali m u t a s i pada gen t e r t e n t u terjadi pada baglan-baglan yang berbeda.
M u t a n - m u t a n yang diisolasi pada w a k t u yang berbeda biasanya diberl nomor
urut, misalnya mutasi-mutasi pada g e n leusin A (leuA) diberl n o m o r leuA-12,
leuA-53 d a n seterusnya.

Notasi Genetik pada Eukaryot

Seperti halnya pada p r o k a r y o t , f e n o t i p e pada jasad e u k a r y o t ditulis dengan huruf
tegak d i t a m b a h dengan s i m b o l + atau - yang ditulis sebagai superskrip. Sebagai
c o n t o h , f e n o t i p e jasad yang m a m p u menyintesis asam a m i n o leusin ditulis sebagai
Leu*, s e b a l i k n y a y a n g t i d a k m a m p u m e n y i n t e s i s d i t u l i s s e b a g a i Leu". A k a n t e t a p i
notasi genotipe p a d a j a s a d e u k a r y o t b e r b e d a d a r i n o t a s i p a d a j a s a d p r o k a r y o t . J i k a
p a d a p r o k a r y o t , n o t a s i g e n o t i p e d i t u l i s d e n g a n h u r u f k e c i l m i r i n g (italic), m i s a l n y a
leu, k e m u d i a n ditambah dengan simbol + atau -, maka notasi genotipe pada
eukaryot ada3 macam:

1. L o k u s a t a u alel d o m i n a n ditulis d e n g a n h u r u f kapital m i r i n g misalnya LEU.

2. L o k u s a t a u a l e l r e s e s i f d i t u l i s d e n g a n h u r u f b u k a n k a p i t a l , m i r i n g , m i s a l n y a leu.

3. A l e l t i p e a l a m i (wild type) d i t u l i s d e n g a n h u r u f kapital, miring ditambah

dengan simbol + superskrip, misalnya LEU*.

Jika l o k u s - l o k u s pada p r o k a r y o t y a n g m e n g e n d a l i k a n satu sifat b i o k i m i a yang

sama dibedakan dengan menambahkan h u r u f kapital di belakang simbol gen,
m i s a l n y a leuA, m a k a l o k u s p a d a e u k a r y o t d i b e d a k a n d e n g a n m e n a m b a h k a n angka,
m i s a l n y a LEU2, LEU3, d a n seterusnya. Alel pada e u k a r y o t dibedakan dengan
memberikan n o m o r di belakang nomor lokus dengan dipisahkan oleh garls,
misalnya Ieu2-12, Ieu2-14, d a n seterusnya. Meskipun demikian, nomor alel
seringkali bersifat spesifik, t e r g a n t u n g l a b o r a t o r i u m yang m e n g e m b a n g k a n atau
m e n g i s o l a s i strain t e r s e b u t . O l e h k a r e n a I t u d u a I s o l a t y a n g b e r b e d a y a n g berasal
dari l a b o r a t o r i u m y a n g b e r b e d a dapat m e m p u n y a i n o m o r alel y a n g sama. Sebagai
c o n t o h , isolat yang m e m p u n y a i s i m b o l a l e l y a n g s a m a , m i s a l n y a Ieu2-1, yang
berasal dari laboratorium berbeda ada kemungkinan merupakan mutan yang
berbeda sifatnya.
 Bab 4 Analisis Genatik 41

M e s k i p u n ada s i s t e m n o t a s i yang spesifik u n t u k m e m b e d a k a n alel d o m i n a n

a t a u resesif, n a m u n sifat d o m i n a n a t a u resesif hanya dapat d i k e t a h u i jika alel
t e r s e b u t b e r p a s a n g a n , m i s a l n y a k a r e n a d i s l l a n g k a n . M i s a l k a n a l e l - a l e l LEUZ*, Ieu2-
12, leu2-52 memberikan produk g e n berturut-turut sebesar 100%, 50%, dan
1 0 % . A l e l Ieu2-12 dapat dianggap resesif jika berpasangan dengan alel LEU2*
(Ieu2-12/ LEU2*) k a r e n a p r o d u k d a r i a l e l LEU2* a d a l a h 1 0 0 % s e d a n g k a n produk
a l e l Ieu2-12 h a n y a 5 0 % . S e b a l i k n y a , a l e l Ieu2-12 dapat dianggap d o m i n a n jika
b e r p a s a n g a n d e n g a n a l e l leu2-52, (Ieu2- 12lleu2-52) k a r e n a p r o d u k Ieu2- 7 2 a d a l a h
s e b e s a r 5 0 % s e d a n g k a n p r o d u k a l e l leu2-5-2 hanya 10%.
L o k u s p a d a e u k a r y o t d i b e d a k a n satu l a m a lain d e n g a n a n g k a ( m i s a l n y a LEU2).
Akan tetapi ada perkecualian, yaitu kelompokan g e n (gene cluster), grup
k o m p l e m e n t a s i , a t a u d o m a i n s u a t u gen yang m e m p u n y a i sifat b e r b e d a , dibedakan
dengan m e n a m b a h k a n h u r u f kapital di belakang n o m o r lokus. Sebagai c o n t o h ,
HIS4A, HIS4B, HIS4C m e n u n j u k k a n t i g a d a e r a h p a d a l o k u s HIS4 y a n g mengkode
tiga d o m a i n pada satu rantai polipeptida tunggal yang m e n e n t u k a n tiga langkah
aktivitas enzimatlk yang berbeda. P a d a k h a m i r Saccharomyces cerevisiae, alel
yang m e n u n j u k k a n l o k u s tipe-kav»/in (mating type) j u g a d i b e r l s i m b o l dengan
h u r u f , b u k a n a n g k a , m i s a l n y a MATa, dan MATa. G r u p k o m p l e m e n t a s i l o k u s MATa
d i t u l i s : MATa 7, d a n MATa 2.
A g a k berlainan dari notasi pada p r o k a r y o t , sifat k e t a h a n a n atau kepekaan
terhadap antibiotik pada e u k a r y o t diberl tambahan simbol R (ketahanan) atau S
(kepekaan) yang biasanya ditulis sebagai h u r u f kecil d i atas. Misalnya, gen yang
m e n e n t u k a n k e t a h a n a n a t a u k e p e k a a n t e r h a d a p a n t i b l o t i k k a n a v a n i n s u l f a t (can 7 )
ditulis: con^7, C A N " 7.
Selain dari apa yang sudah dijelaskan d i atas, ada notasi khusus y a i t u u n t u k
m e n y a t a k a n d e l e s i ( d i b e r l s i m b o l A ) , d a n p e n y i s i p a n (insertion) y a n g d i b e r l s i m b o l : :
(double colon). S e b a g a i c o n t o h , his3-Al (delesi p a d a g e n his3), cycl::URA3
(penyisipan g e n L / R A J p a d a g e n e y e 7; p a d a k e a d a a n I n i g e n URA3 bersifat
d o m i n a n s e d a n g k a n g e n eye 7 b e r s i f a t r e s e s i f a t a u rusak).

Analisis Genetik
Dalam sejarah perkembangan ilmu genetika, Gregor Mendel dikenal sebagai
orang p e r t a m a yang m e m p e r k e n a l k a n suatu sistem sederhana u n t u k menganalisis
Prinsip-prinsip ] sifat-sifat g e n e t i k suatu jasad hidup. Prinsip yang digunakan o l e h M e n d e l cukup
Mendel
sederhana yaitu dengan m e m b u a t persilangan antarbunga Pisum sativum yang
mempunyai fenotipe berbeda-beda. Warna bunga d a n kenampakan biji yang
m u n c u l d a r i hasil persilangan t e r s e b u t k e m u d i a n dijadikan d a s a r u n t u k m e l a k u k a n
analisis matematik. Melalui eksperimen yang dilakukannya, Mendel kemudian
mengajukan konsep mengenai prinsip segregasi. Prinsip Ini pada dasarnya
m e n g a t a k a n b a h w a h a n y a satu alel dari s u a t u gen y a n g d i t u r u n k a n dari s e l i n d u k
k e sel k e t u r u n a n n y a . Prinsip k e d u a y a n g d i k e m u k a k a n o l e h M e n d e l adalah prinsip
pemisahan danpengelompokan s e c a r a b e b a s (independent assortment). Prinsip
42 Biologi Molekular

ini pada d a s a r n y a m e n y a t a k a n b a h w a segregasi s u a t u pasangan sifat berlangsung

secara independen satu sama lain.
Prinsip-prinsip yang d i k e m u k a k a n o l e h M e n d e l k e m u d i a n d i p e r g u n a k a n sebagai
dasar analisis g e n e t i k pada jasad-jasad h i d u p y a n g lain, m i s a l n y a u n t u k m e n g e t a h u i
a d a a t a u t i d a k n y a t a u t a n g e n ( g e n e linkage) a n t a r a g e n - g e n pada jasad renik.
Perlu dipahami bahwa h u k u m Mendel yang kedua, yaitu pengelompokan secara
bebas, hanya berlaku u n t u k l o k u s - l o k u s yang t e r l e t a k pada k r o m o s o m bukan-
h o m o l o g . Seringkali didapatkan penyimpangan dari h u k u m Mendel pada hasil
persilangan suatu jasad k a r e n a adanya e f e k t a u t a n gen. M e s k i p u n d e m i k i a n , prinsip-
prinsip seperti yang d i k e m u k a k a n o l e h M e n d e l masih dapat d i t e r a p k a n sebagai
dasar analisis genetik.

Rekombinasi Genetik
Rekombinasi genetik adalah suatu proses penggabungan dua lokus genetik yang
ada pada d u ak r o m o s o m yang berbeda k e dalam satu k r o m o s o m yang sama.
Definisi Studi g e n e t i k a klasik b a n y a k b e r t u m p u pada analisis rekombinasi genetik d a n
reltombinasi
genetilf terbukti telah melahirkan banyak t e o r i dasar yang sangat penting. Meskipun
s e k a r a n g a n a l i s i s g e n e t i k t e l a h b a n y a k d i l a k u k a n p a d a a r a s (level) m o l e k u l a r , n a m u n
prinsip dasar analisis rekombinasi genetik masih sering dipergunakan untuk
mengungkap m e k a n i s m e m o l e k u l a r pada genetika jasad hidup.
Dengan m e n g a w l n k a n jasad-jasad m u t a n yang berbeda sifatnya, misalnya,
dapat d i l a k u k a n analisis m e n g e n a l dasar-dasar m o l e k u l a r suatu sifat atau f e n o t i p e
yang n a m p a k pada suatu jasad. D e n g a n m e n g a m a t i hasil persilangan a n t a r a dua
jasad m a k a dapat d i k e t a h u i apakah dua atau lebih gen berada pada k r o m o s o m
yang sama atau tidak. Gen-gen yang terletak pada k r o m o s o m yang berbeda akan
t e r d i s t r i b u s i k ed a l a m g a m e t secara i n d e p e n d e n , t a n p a t e r g a n t u n g satu s a m a lain.
H a l ini d a p a t dijelaskan d e n g a n s k e m a b e r i k u t ini. M i s a l k a n k i t a m e m p u n y a i dua
j a s a d y a n g m e m p u n y a i g e n o t i p e AaBb d a n aabb y a n g dikawinkan.

Induk: AaBb X aabb

Gamet: AB ab
Ab ah
aB ab
ab ab

Keturunan Fl: 114 AaBb

114 Aabb
114 aaBb
114 aabb

Dengan demikian akan diperoleh k e t u r u n a n FT dengan perbandingan 1 : 1 : 1

: 1 . Sebaliknya, gen-gen yang terletak pada satu k r o m o s o m akan cenderung
u n t u k berada pada kombinasi seperti pada induknya. Misalkan kita m e m p u n y a i
 Bab 4 Analisis Genetik

d u a j a s a d y a n g m e m p u n y a i g e n o t i p e ABlab d a n ab/ab ( g e n y a n g t e r l e t a k d i
sebelah kiri garls m i r i n g , misalnya AB, berada pada satu k r o m o s o m sedangkan
g e n d i s e b e l a h k a n a n g a r l s m i r i n g y a i t u ab t e r l e t a k p a d a k r o m o s o m h o m o l o g n y a ) .

Induk: ABlab X ablab

Gamet: AB ab
ab
Keturunan Fl: 111 AB/ab
111 ablab

Penyimpangan dari perbandingan 1 : 1 : 1 : 1 yang cukup besar dapat menjadi

petunjuk tentang kemungkinan adanya tautan gen.
D a l a m segi p r a k t e k n y a , k i t a dapat m e l a k u k a n analisis g e n e t i k s e m a c a m i n i
u n t u k m e n g e t a h u i misalnya apakah dua sifat a t a u f e n o t i p e yang dimiliki o l e h jasad
tersebut ditentukan oleh dua gen yang terletak pada k r o m o s o m yang sama atau
tidak. M i s a l k a n kita m e m p u n y a i jasad i n d u k yang m a m p u m e n y i n t e s i s a s a m a m i n o
leusin (LEU) d a n arglnln (ARG), sedangkan induk yang lain t i d a k mampu
m e n y i n t e s i s k e d u a m a c a m a s a m a m i n o t e r s e b u t (leu, arg). J i k a d a r i h a s i l p e r k a w i n a n
kedua induk tersebut diperoleh keturunan F l yang m e m p u n y a i fenotipe dengan
perbandingan:

7 LEU ARG : 1 LEU arg : 1 leu ARG : 1 leu arg

m a k a d a p a t d i k e t a h u i b a h w a g e n LEU d a n ARG t e r l e t a k p a d a k r o m o s o m y a n g
berbeda. Sebaliknya jika k e t u r u n a n F l yang diperoleh m e m p u n y a i perbandingan:

7 L E U ARG : 1 leu arg

m a k a d a p a t d i d u g a b a h w a g e n LEU d a n ARG t e r l e t a k p a d a k r o m o s o m yang

sama karena adanya efek tautan gen. Meskipun demikian, gen-gen yang bertaut
tidak selalu berada b e r s a m a - s a m a dalam proses r e k o m b i n a s i k a r e n a k r o m a t i d -
k r o m a t i d h o m o l o g d a p a t m e l a k u k a n p e r t u k a r a n g e n e t i k (chiasma) a n t a r a b a g l a n -
baglan kromatid dalam proses pindah silang (crossing-over).
Prinsip r e k o m b i n a s i g e n e t i k s e m a c a m ini m e m p u n y a i p e r a n a n p e n t i n g d a l a m
analisis g e n e t i k s u a t u jasad k a r e n a dapat m e n j a d i p e t u n j u k m e n g e n a l komposisi
m a u p u n konfigurasi gen-gen di dalam k r o m o s o m .

Contoh Soal
i i
1. A p a yang dimaksud dengan f e n o t i p e dan genotipe?
Javmban:
F e n o t i p e adalah sifat-sifat s u a t u jasad yang dapat d i a m a t i , misalnya b e n t u k dan u k u r a n sel, w a r n a
d a u n , dan sebagainya. G e n o t i p e adalah k o m p o s i s i g e n e t i k suatu jasad.

2. A p a yang dimaksud dengan rekombinasi genetik?

Jawaban:
R e k o m b i n a s i genetik adalah suatu proses penggabungan dua lokus genetik, yang ada pada dua
k r o m o s o m yang berbeda, k e dalam satu k r o m o s o m yang sama.
44 Biologi Molekular

3. Jelaskan s e c a r a singkat prinsip M e n d e l yang digunakan d a l a m analisis g e n e t i k .

jawaban:
Prinsip M e n d e l yang p e r t a m a adalah prinsip segregasi, yaitu b a h w a hanya satu alel dari suatu
gen yang d i t u r u n k a n dari sel induk k e sel k e t u r u n a n n y a . Prinsip M e n d e l k e d u a adalah prinsip
pemisahan dan pengelompokan secara bebas, y a i t u b a h w a segregasi s u a t u pasangan sifat
berlangsung secara I n d e p e n d e n satu s a m a lain.

Pemetaan Genetik
A s p e k lain yang sangat p e n t i n g d a l a m analisis g e n e t i k adalah p e m e t a a n g e n e t i k .
Fungsi Pemetaan genetik merupakan suatu cara u n t u k m e n e n t u k a n urutan gen-gen di
pemetaan
genetilf dalam suatu k r o m o s o m . Selain itu, pemetaan genetik juga digunakan untuk
m e n e n t u k a n jarak relatif a n t a r a suatu gen dengan gen yang lain. D a l a m pemetaan
g e n e t i k , j a r a k a n t a r a l o k u s - l o k u s y a n g b e r e k o m b i n a s i a k a n m e n e n t u k a n frekuensi
rekombinasi. F r e k u e n s i r e k o m b i n a s i b e r s i f a t p r o p o r s i o n a l t e r h a d a p j a r a k , a s a l k a n
k e d u a l o k u s t i d a k t e r l e t a k t e r l a l u b e r d e k a t a n satu s a m a lain. O l e h k a r e n a I t u ,
besarnya frekuensi rekombinasi dapat digunakan u n t u k m e n e n t u k a n urutan gen-
gen dalam kromosom.
D a l a m p e m e t a a n genetik ada dua aspek u t a m a yaitu: ( 1 ) p e n e n t u a n u r u t a n
linear lokus-lokus dalam k r o m o s o m , dan ( 2 )penentuan jarak relatif antarlokus.
Aspek-aspel< Dengan menghltung frekuensi rekombinasi antara dua lokus, kita dapat mengetahui
utama
pemetaan jarak relatif antara kedua lokus t e r s e b u t yaitu 1% rekombinasi sama dengan 1
genetik ( s a t u ) satuan p e t a (map unit) a t a u 1 ( s a t u ) centimorgan (cM). O l e h k a r e n a I t u
dua g e nyang berekombinasi dengan frekuensi 3 %dikatakan berjarak 3 satuan
peta (centimorgan). Salah satu c o n t o h prinsip p e n e n t u a n u r u t a n g e n dalam
k r o m o s o m dlberlkan d i b a w a h ini.
M i s a l k a n a d a tiga gen y a n g b e l u m d i k e t a h u i u r u t a n n y a satu s a m a lain y a i t u
g e n A , g e n B, d a n g e n C . M i s a l k a n d i k e t a h u i f r e k u e n s i r e k o m b i n a s i a n t a r a A - B
= 1 2%, B - C = 7%, dan A - C = 5 % .

Kemungkinan 7: G e n A t e r l e t a k d l t e n g a h

12

O l e h karena jarak B - C sebenarnya adalah 7, m a k a k e m u n g k i n a n A t e r l e t a k d i

tengah tidak dapat diterima.
 Bab 4 Analisis Genetik 45

Kemungkinan 2: G e n B t e r l e t a k d l t e n g a h

A 12 B B 7 C

A 5 C

O l e h karena jarak A - C sebenarnya adalah 5, m a k a k e m u n g k i n a n B t e r l e t a k d l

tengah tidak dapat diterima.

Kemungkinan 3: G e n C t e r l e t a k d i t e n g a h

A 5 C C 7 B

A 12 B

Jarak a n t a r a A - B sesuai dengan keadaan s e b e n a r n y a sehingga k e m u n g k i n a n i n i

dapat diterima. O l e h karena itu u r u t a n gen-nya adalah A-C-B.
Pemetaan g e n dengan prinsip seperti dijelaskan dl atas dapat dilakukan
dengan persilangan a n t a r a jasad-jasad yang m e m p u n y a i g e n o t i p e berbeda. Per-
silangan d i l a k u k a n b e b e r a p a kali dengan m e n g g u n a k a n acuan d u a g e n sebagai
p e n a n d a (marker genes) h a s l l p e r s i l a n g a n n y a , m i s a l n y a a n t a r a A d a n B , A d a n C ,
s e r t a B dan C . D e n g a n m e l i h a t hasll persilangannya a k a n dapat d i h i t u n g f r e k u e n s i
rekombinasi antara gen-gen penanda tersebut. Mengingat frekuensi rekombinasi
bersifat p r o p o r s i o n a l terhadap jarak relatif antargen m a k a u r u t a n gen-gen dengan
prinsip seperti di atas dapat d i t e n t u k a n . M e s k i p u n prinsip di atas dapat digunakan
u n t u k m e n e n t u k a n jarak relatif a n t a r g e n , n a m u n jarak fisik s e s u n g g u h n y a a n t a r g e n
tidak m e m p u n y a i keterkaitan langsung dengan jarak antargen yang d i t e n t u k a n
b e r d a s a r k a n atas f r e k u e n s i r e k o m b i n a s i n y a . Sebaliknya, u r u t a n linear gen yang
satu dengan g e nlain yang d i t e n t u k a n dengan prinsip p e m e t a a n g e n e t i k seperti
d l a t a s a k a n i d e n t i k d e n g a n p e t a f i s i k (piiysical map) sesungguhnya.

- «U>*«»..A^C5. . V«i«iS«»a^.

Prinsip r e k o m b i n a s i genetik dapat juga digunakan u n t u k m e m e t a k a n m u t a s i delesi

y a n g t e r j a d i pada s u a t u jasad. H a l Ini d a p a t d i l a k u k a n d e n g a n m e l a k u k a n persilangan
a n t a r a s u a t u m u t a n y a n g (diduga) m e m p u n y a i delesi dengan m u t a n lain yang
m e n g a l a m i m u t a s i t i t i k (point mutation). H a s l l p e r s i l a n g a n k e d u a m u t a n t e r s e b u t
t i d a k a k a n m e n g h a s i l k a n k e t u r u n a n y a n g b e r s i f a t a l a m i (wild type) j i k a d e l e s i
yang terjadi mencakup bagian g e n yang m e n g a l a m i m u t a s i titik. U n t u k lebih
jelasnya dapat dilihat pada G a m b a r 4 . 1 .
46 Biologi Molekular

a+ b+ e+ a+ b+ c+ d+ e+

Mutan delesi Jasad yang mengalami mutasi titik pada gen c

Tidak ada keturunan

yang bersifat alami

G a m b a r 4 . 1 ft P e r s i l a n g a n a n t a r a m u t a n delesi dengan jasad y a n g mengalami

mutasi titik tidak a k a n menghasilkan k e t u r u n a n y a n g bersifat alami karena mutasi
p a d a g e n c tidak dapat d i k o m p l e m e n t a s i oleh m u t a n delesi. D e n g a n demikian
d a p a t d i k e t a h u i b a h w a d e l e s i t e r j a d i p a d a b a g i a n y a n g m e n c a k u p g e n c.

U n t u k m e n g e t a h u i apakah delesi juga m e n c a k u p bagian g e n d m a k a harus

dilakukan persilangan dengan jasad yang mengalami mutasi titik pada g e n d.
Dengan prinsip yang s a m a a k a n d i k e t a h u i b a h w a hasil persilangannya t i d a k akan
bersifat alami karena mutasi pada g e n d tidak dapat dikomplementasi.

Komplementasi Genetik
Sebelum menjelaskan fenomena komplementasi genetik terlebih dahulu akan
diberikan contoh mengenai hasll persilangan antara d u a jasad yang mengalami
mutasi pada gen yang berbeda. Misalkan jasad e u k a r y o t haploid A yang m e m p u n y a i
f e n o t i p e His* L e u " Met* d i k a w i n k a n d e n g a n jasad e u k a r y o t haploid B yang
m e m p u n y a i f e n o t i p e His" L e u * Met*. J i k a k e t u r u n a n ( d i p l o i d ) h a s l l persilangan
t e r s e b u t m e m p u n y a i f e n o t i p e His* L e u * Met* m a k a d a p a t d i s i m p u l k a n bahwa
m u t a s i g e n p a d a j a s a d A ( l e u ) d a p a t dikomplementasi o l e h g e n t i p e a l a m i pada
j a s a d B (LEU) s e h i n g g a f e n o t i p e y a n g m u n c u l p a d a k e t u r u n a n n y a b e r s i f a t s e p e r t i
t i p e a l a m i (Leu*). S e b a l i k n y a , m u t a s i g e n p a d a j a s a d B (his) d i k o m p l e m e n t a s i o l e h
g e n t i p e a l a m i j a s a d A (H/S) s e h i n g g a k e t u r u n a n n y a b e r s i f a t s e p e r t i t i p e a l a m i
(His*).
C o n t o h d i atas m e n u n j u k k a n b a h w a m u t a s i pada suatu g e n yang dimiliki
o l e h suatu jasad dapat " t e r t u t u p i " o l e h g e nyang identik yang berasal dari jasad
lain y a n g t i d a k m e n g a l a m i m u t a s i . D a l a m h a lIni sifat alami yang m u n c u l pada
k e t u r u n a n n y a , m i s a l n y a His*, t i d a k d i t e n t u k a n o l e h g e n his ( m u t a n ) p a d a j a s a d
B melainkan disebabkan oleh ekspresi g e n HIS (fungsional) yang berasal dari
jasad A . Dengan k a t a l a i n , g e n HIS yang fungsional dapat mengkomplementasi
m u t a s i p a d a g e n his.
Manfaat Prinsip k o m p l e m e n t a s i genetik m e m p u n y a i arti sangat penting dalam analisis
komplementasi
genetik genetik konvensional, misalnya u n t u k m e n e n t u k a n apakah dua mutasi bersifat
alellk atau tidak. D i samping itu, dalam biologi m o l e k u l a r , m e t o d e k o m p l e m e n t a s i
genetik masih sering digunakan, misalnya u n t u k m e m b a n t u dalam mengisolasi
 Bab 4 Analisis Genetik 47

s u a t u gen. K i t a dapat m e l a k u k a n isolasi s u a t u g e n yang Informasi mengenal

s t r u k t u r fisiknya s a m a sekall belum diketahui dengan cara m e m b u a t mutan
terlebih dahulu. Misalnya u n t u k mengisolasi gen yang m e n e n t u k a n kemampuan
sintesis asam a m i n o leusin pada s u a t u b a k t e r i . P e r t a m a kali d i b u a t t e r l e b i h
d a h u l u m u t a n y a n g tidak mampu menyintesis leusin. Mutasi dapat dilakukan
dengan berbagai cara. M u t a n Ini nantinya akan digunakan sebagai inang yang
a k a n dikomplementasi oleh fragmen D N A yang diisolasi dari jasad yang mampu
menghasilkan leusin.
Fragmen D N A diisolasi dari jasad yang m a m p u m e n y i n t e s i s leusin dengan
harapan sebagian dari f r a g m e n D N Atersebut mengandung g e n (fungsional)
yang m e n e n t u k a n sintesis leusin. F r a g m e n D N A t e r s e b u t k e m u d i a n disambungkan
ke dalam suatu D N A vektor, misalnya plasmid, yang digunakan dalam teknik
rekayasa genetik. D N A vektor beserta fragmen D N A yang diisolasi tersebut
kemudian dimasukkan k e dalam mutan yang tidak m a m p u menyintesis asam
a m i n o leusin dengan teknik transformasi. Mutan yang ditransformasi dengan
fragmen D N A yang (kemungkinan) mengandung gen leusin t e r s e b u t k e m u d i a n
d i t u m b u h k a n d a l a m m e d i u m a g a r y a n g tidak m e n g a n d u n g asam a m i n o leusin.
Jika f r a g m e n D N A yang masuk k e dalam selmutan tersebut tidak mengandung
g e n leusin y a n g f u n g s i o n a l , m a k a sel t e r s e b u t t i d a k a k a n t u m b u h d a l a m m e d i u m
yang tidak mengandung leusin. Sebaliknya, jika ada fragmen D N A yang
mengandung gen leusin m a s u k k e dalam sel m u t a n , maka sel m u t a n t e r s e b u t
dapat t u m b u h pada m e d i u m yang tidak m e n g a n d u n g leusin. Hal ini d i k a r e n a k a n
mutasi gen leusin pada jasad m u t a n dapat d i k o m p l e m e n t a s i o l e h f r a g m e n DNA
yang m e n g a n d u n g gen leusin y a n g fungsional dari jasad lain. O l e h k a r e n a i t u ,
pengisolaslan gen leusin t e r s e b u t dapat dilakukan dengan m e l a k u k a n pemilihan
(skrinlng) terhadap sel-sel yang mampu t u m b u h pada m e d i u m yang tidak
mengandung leusin. Fragmen D N Ayang sebelumnya telah ditransformasikan
n a n t i n y a d a p a t d i i s o l a s i lagi d a r i s e l - s e l y a n g m a m p u t u m b u h d a l a m medium
tersebut. Fragmen D N A tersebut kemungkinan mengandung g e n leusin yang
fungsional karena dapat m e n g k o m p l e m e n t a s i mutasi pada sel Inangnya.
Dengan berkembangnya t e k n i k biologi molekular, kini dimungklnkan u n t u k
m e l a k u k a n k o m p l e m e n t a s i mutasi pada jasad-jasad hidup yang hubungan k e -
k e r a b a t a n n y a j a u h . S e b a g a i c o n t o h , m u t a s i p a d a g e n l e u s i n p a d a k h a m i r Saccha-
romyces cerevisiae dapat dikomplementasi dengan g e n leusin fungsional yang
berasal dari b a k t e r i Escherichia coli.
Beberapa prinsip analisis g e n e t i k s e p e r t i dijelaskan di atas tidak hanya
berperanan u n t u k menjelaskan f e n o m e n a genetik secara konvensional, n a m u n
juga sangat b e r g u n a d i d a l a m analisis m o l e k u l a r . O l e h k a r e n a i t u , t e k n i k - t e k n i k
genetika konvensional, m e s k i p u n sebagian mulai ditlnggalkan, masih relevan u n t u k
dikuasai. D a l a m b e b e r a p a hal seringkali t e k n i k analisis g e n e t i k m a s i h digunakan
d a l a m kajlan a w a l analisis m o l e k u l a r jasad hidup.
48 Biologi Molekular

Soal-soal
^ - —---^ * -•--
1. Jelaskan h u b u n g a n a n t a r a p e m u n c u l a n suatu f e n o t i p e dengan g e n o t i p e yang d i m i l i k i o l e h suatu jasad
hidup.
2. Jelaskan apa aplikasi p e n t i n g p r i n s i p r e k o m b i n a s i d a l a m analisis g e n e t i k .
3. D u a m a c a m m i k r o b i a m e m p u n y a i g e n o t i p e sebagai b e r i k u t :
a. galE, recA, A (lac-proAB), amp-r
h his3-A I leu2-3, ura3-52, trp 1-289, CAN"

Jelaskan k e d u a m i k r o b i a t e r s e b u t t e r m a s u k d a l a m k e l o m p o k jasad apa.

 'okok Bahasan:
D N A sebagai Bahan Genetik
Variasi Komposisi Basa DNA
B e n t u k d a n Struktur Fisik DNA
DNA Tipe Z (Putar-Kiri)
U k u r a n M o l e k u l D N A p a d a B e b e r a p a Jasad Hidup
Faktor-faktor yang M e n e n t u k a n Struktur DNA
Tumpul<an-Basa * Itcatan Hidrogen
Denaturasi D N A
A s p e / r Fisiologis Denaturasi DNA
Renaturasi D N A
Persyaratan untuk Proses Renaturasi
Topologi D N A
Kandungan D N A dan Kapasitas Genetik
Enzim yang Dapat Mendepolimerisasi D N A

DNA ,ai B a h a n G e n e t i k
Studi m e n g e n a i eksistensi asam nukleat p e r t a m a kali dilakukan o l e h Friedrich
M i e s c h e r d a r i J e r m a n y a n g m e n g i s o l a s i inti d a r i sel d a r a h p u t i h p a d a t a h u n 1 8 6 9 .

1 Studi-studi \ MIescher m e n e m u k a n b a h w a d l dalam inti selt e r s e b u t terdapat senyawa yang

\ asam n u k l e a t m e n g a n d u n g f o s f a t y a n g k e m u d i a n d i n a m a k a n nuklein. S e l a n j u t n y a p a d a a k h i r
abad k e - 1 9 telah berhasll dilakukan pemisahan a n t a r a D N A (deoxyribonucleic
/ ^ acid) d a n R N A (ribonucleic acid) d a r i p r o t e i n - p r o t e i n y a n g m e l e k a t k a n m o l e k u l
a s a m n u k l e a t t e r s e b u t p a d a s e l . P a d a a w a l t a h u n 1 9 3 0 - a n , P. L e v e n e , W . J a c o b s ,
dan k a w a n - k a w a n m e n u n j u k k a n b a h w a R N A t e r s u s u n atas satu gugus gula ribosa
dan e m p a t basa yang m e n g a n d u n g n i t r o g e n , s e m e n t a r a D N A t e r s u s u n atas gugus
gula yang berbeda yaitu deoksiribosa.
Pembuktlan bahwa D N A m e r u p a k a n bahan g e n e t i k p e r t a m a kali dilakukan
1 Eksperimen o l e h F r e d e r i c k G r i f f i t h p a d a t a h u n 1 9 2 8 y a i t u d e n g a n e k s p e r i m e n transformasi
\ Griffitt)
p a d a b a k t e r i Streptococcus pneumoniae. B a k t e r i S. p n e u m o n i o e t i p e a l a m i mem-
punyai b e n t u k sel bulat (sferis) yang diselubungi o l e h s e n y a w a berlendir yang
d i s e b u t kapsula. S e l - s e l t i p e a l a m i a k a n m e m b e n t u k k o l o n i m e n g i l a t y a n g d i k e n a l
s e b a g a i k o l o n i h a l u s ( s m o o t f i , S ) . S e l t i p e a l a m i s e m a c a m i n i b e r s i f a t viruien, y a n g
artinya dapat menyebabkan terjadinya kematian pada m e n c i t yang diinjeksi dengan
s e l y a n g m a s i h h i d u p . S e l a i n i t u d i k e t a h u i a d a strain m u t a n S. pneumoniae yang
kehilangan k e m a m p u a n n y a u n t u k m e m b e n t u k kapsula sehingga sel-selnya ber-
u k u r a n kecil d a n akan m e m b e n t u k k o l o n i yang kasar (rough, R ) . Sel m u t a n
s e m a c a m i n i b e r s i f a t avirulen, a r t i n y a t i d a k d a p a t m e n y e b a b k a n k e m a t i a n p a d a
m e n c i t yang diinjeksi oleh sel m u t a n .
E k s p e r i m e n G r i f f i t h m e n u n j u k k a n b a h w a sel-sel yang a v i r u l e n dapat m e n g -
a l a m i transformasi ( p e r u b a h a n ) m e n j a d i s e l y a n g v i r u i e n . H a l i n i d i b u k t i k a n d e n g a n
m e n g i n j e k s i m e n c i t m e n g g u n a k a n sel-sel t i p e a l a m i y a n g m a s i h h i d u p (sel t i p e S ) .
Diketahui k e m u d i a n b a h w a injeksl dengan sel tipe S yang hidup menyebabkan
kematian mencit. Selanjutnya eksperimen dilakukan dengan menginjeksi mencit
menggunakan sel tipe R yang hidup. Injeksl s e m a c a m ini ternyata tidak me-
nyebabkan k e m a t i a n mencit. Hal yang serupa juga d i p e r o l e h yaitu b a h w a injeksl
mencit menggunakan sel tipe S yang sudah d i m a t i k a n t e r n y a t a juga tidak m e -
nyebabkan kematian mencit. Pada eksperimen selanjutnya Griffith mencampur
sel-sel t i p e S yang sudah d i m a t i k a n dengan sel-sel t i p e R y a n g m a s i h h i d u p dan
dilnjeksikan k edalam mencit. Hasll e k s p e r i m e n m e n u n j u k k a n b a h w a injeksl dengan
campuran sel semacam ini menyebabkan kematian mencit. Griffith kemudian
m e n g i s o l a s i b a k t e r i S. pneumoniae dari mencit yang sudah mati tersebut d a n
m e m p e r o l e h sel-sel t i p e S d a n R y a n g h i d u p . H a l Ini m e m b e r i k a n indikasi b a h w a
p e n c a m p u r a n sel t i p e S y a n g m a t i d e n g a n sel t i p e R y a n g h i d u p t e l a h m e n y e b a b k a n
perubahan (transformasi) sel tipe R yang hidup menjadi sel tipe S yang hidup.
Bukti bahwa D N A merupakan bahan yang menyebabkan terjadinya proses
t r a n s f o r m a s i p a d a S. pneumoniae ditunjukkan oleh eksperimen yang dilakukan
oleh Oswald Avery, Colin MacLeod, dan M a c k y n M c C a r t y pada t a h u n 1944.
M e r e k a melakukan eksperimen serupa dengan yang dilakukan oleh Griffith, n a m u n
m e r e k a m e l a k u k a n pengujian lebih lanjut terhadap senyawa yang menyebabkan
t r a n s f o r m a s i S. pneumoniae. Mereka melakukan ekstraksi terhadap sel viruien
dan kemudian menghilangkan protelnnya. Hasil ekstraksi tersebut kemudian
diperlakukan dengan bermacam-macam enzim yang mendegradasi protein (tripsin
dan khimotripsin) maupun enzim yang menghancurkan R N A (RNase). Pengujian
selanjutnya menunjukkan bahwa ekstrak sel tersebut ternyata masih dapat
m e n y e b a b k a n proses transformasi. Hasll e k s p e r i m e n m e m b u k t i k a n b a h w a senyawa
yang menyebabkan proses transformasi bukanlah R N A . Sebaliknya, ketika ekstrak
sel t e r s e b u t d i p e r l a k u k a n d e n g a n e n z i m d e o k s i r i b o n u k l e a s e y a n g m e n g h a n c u r k a n
DNA, ternyata kemampuan untuk menyebabkan proses transformasi menjadi
hilang. Hasil i n i m e m b e r i k a n indikasi bahwa senyawa yang menyebabkan
transformasi adalah m o l e k u l DNA.
Bukti lebih lanjut yang m e m p e r k u a t asumsi b a h w a senyawa yang m e n y e b a b k a n
proses transformasi adalah D N A ditunjukkan oleh eksperimen yang dilakukan
oleh A . D . Hershey dan M a r t h a Chase pada t a h u n 1 9 5 2 dengan eksperimen
y a n g d i k e n a l s e b a g a i Waring blender experiment. Dalam eksperimen tersebut
digunakan bakteriofag T 2 yang diketahui hanya terdiri atas p r o t e i n dan DNA.
U n t u k m e m b u k t i k a n apakah senyawa yang bertanggung jawab terhadap perubahan
 Bab 5 Struktur DNA 51

sifat s u a t u sel b e r u p a p r o t e i n a t a u D N A , H e r s h e y dan C h a s e m e l a k u k a n pelabelan

t e r h a d a p p r o t e i n b a k t e r i o f a g T 2 d e n g a n ^^S. S e l a i n I t u , p a d a b a g i a n e k s p e r i m e n
y a n g lain, m e r e k a juga m e l a b e l D N A b a k t e r i o f a g d e n g a n ^^P. B a k t e r i o f a g y a n g
t e l a h d i l a b e l t e r s e b u t k e m u d i a n d i g u n a k a n u n t u k m e n g i n f e k s i b a k t e r i Escherichia
coli. S e l u b u n g p a r t i k e l b a k t e r i o f a g y a n g s u d a h m e n g i n j e k s i k a n D N A - n y a k e d a l a m
sel k e m u d i a n d i a m b i l d a n dianalisis. Hasil analisis m e n u n j u k k a n b a h w a sebagian
besar p r o t e i n berlabel t e t a p a d a di luar sel, sedangkan D N Aberlabel a d a di
d a l a m sel. H a l ini m e m b e r i k a n g a m b a r a n yang jelas b a h w a s e n y a w a yang m a s u k
ke dalam sel adalah m o l e k u l DNA.
Hasil-hasil e k s p e r i m e n seperti yang dijelaskan d l atas m e n u n j u k k a n b a h w a
m o l e k u l y a n g m e r u p a k a n b a h a n g e n e t i k di d a l a m sel adalah D N A . D N A merupakan
salah satu m a k r o m o l e k u l yang m e m p u n y a i p e r a n a n sangat p e n t i n g pada jasad
hidup. D N A adalah p o l i m e r asam nukleat (lihat B a b 3 ) yang t e r s u s u n secara
sistematis dan m e r u p a k a n p e m b a w a informasi genetik yang diturunkan kepada
j a s a d k e t u r u n a n n y a . I n f o r m a s i g e n e t i k d i s u s u n d a l a m b e n t u k k o d o n (codon) y a n g
b e r u p a tiga pasang basa n u k l e o t i d a dan m e n e n t u k a n b e n t u k , s t r u k t u r , m a u p u n
fisiologi suatu jasad.
Struktur molekul D N A p e r t a m a kali d i u n g k a p k a n o l e h James W a t s o n d a n
Francis C r i c k pada t a h u n 1 9 5 3 berdasarkan atas f o t o difraksi sinar X yang dibuat
oleh Rosalind Franklin dan M a u r i c e W i l k i n s . Berdasarkan atas data kimia d a n
fisik, W a t s o n d a n C r i c k m e m b u a t m o d e l s t r u k t u r D N Ayang disebut untai-
g a n d a (double helix). U n t a i - g a n d a D N A t e r s u s u n o l e h d u a r a n t a i p o l i n u k l e o t l d a
yang berpilin. Kedua rantai m e m p u n y a i orientasi yang berlawanan (antiparalel):
rantai yang satu m e m p u n y a i orientasi 5' 3', sedangkan rantai yang lain
berorientasi 3' 5'. Kedua rantai tersebut berikatan dengan adanya ikatan
h i d r o g e n a n t a r a b a s a adenine ( A ) d e n g a n thymine ( T ) , d a n a n t a r a guanine ( G )
d e n g a n cytosine ( C ) . I k a t a n a n t a r a A - T berupa dua ikatan hidrogen, sedangkan
antara G - C berupa tiga ikatan hidrogen sehingga ikatan G - C lebih k u a t ( G a m b a r
5 . 1 ) . Spesifisitas p a s a n g a n basa s e m a c a m ini d i s e b u t sebagai komplementaritas
(complementarity). P r o p o r s i basa A dan T serta G dan C selalu sama sehingga
komposisi D N A d a p a t d i n y a t a k a n d e n g a n k a n d u n g a n G + C ( G + C content)
y a n g b e r k i s a r d a r i 2 6 % s a m p a i 7 4 % . H a l i n i d i k e n a l s e b a g a i hukum Chargaff.
E r w i n C h a r g a f f pada t a h u n 1 9 5 0 m e m p u b l i k a s i k a n hasil p e n e l l t i a n n y a m e n g e n a i
k o m p o s i s i basa D N A pada berbagai jasad hidup.
Kerangka gula deoksiribosa d a nfosfat yang m e n y u s u n D N At e r l e t a k di
bagian luar m o l e k u l , sedangkan basa p u r i n d a n p i r i m i d i n t e r l e t a k d i sebelah
d a l a m u n t a i a n (helix). B a s a - b a s a p u r i n d a n p i r i m i d i n y a n g b e r p a s a n g a n t e r l e t a k
pada bidang datar yang sama d a n tegak lurus t e r h a d a p aksis untaian DNA.
D i a m e t e r untaian D N A adalah 2 0 A ( a n g s t r o m ) . D i a m e t e r untaian bersifat k o n s t a n
k a r e n a basa p u r i n akan selalu berpasangan dengan basa p i r i m i d i n . Pasangan-
pasangan basa y a n g b e r u r u t a n b e r j a r a k 3,4 A satu s a m a lain d a n b e r o t a s i sebesar
36°. S t r u k t u r u n t a i a n b e r u l a n g setiap 1 0 basa, a t a u d e n g a n kata lain a d a 1 0
pasangan basa setiap putaran untaian. Untaian D N A mempunyai d u a lekukan
(groove) e k s t e r n a l y a i t u l e k u k a n b e s a r (major groove) d a n l e k u k a n kecil (minor
52 Biologi IVlolel<ular

Deoksiribosa

^ Deoksiribosa
T

Deoksiribosa ^

\ Deoksiribosa

G a m b a r 5.1 ft I k a t a n h i d r o g e n a n t a r n u k l e o t i d a . I k a t a n a n t a r a a d e n i n e ( A ) d e n g a n
thymine (T) d i l a k u k a n m e l a l u i d u a ikatan hidrogen, s e d a n g k a np a d a ikatan antara
guanine ( G ) d a n cytosine ( C ) a d a tiga i k a t a n h i d r o g e n s e h i n g g a i k a t a n G - C lebih
kuat dibandingkan dengan ikatan A - T .

groove). K e d u a l e k u k a n t e r s e b u t m e m p u n y a i p e r a n a n s e b a g a i t e m p a t m e l e k a t n y a
molekul protein tertentu. Skema s t r u k t u r untaian D N A dapat dilihat pada
Gambar 5.2.
O l e h karena kedua rantai D N A t e r s u s u n secara antiparalel m a k a ada konvensi
\ Konvensi dalam penulisan orientasi D N A . Perlu diingat b a h w a pada masing-masing rantai
penulisan
orientasi DNA DNA a d a ujung 5'-fosfat (5'-P) d a n ujung 3 ' - O H . M o l e k u l D N Ayang t e r s u s u n
o l e h d u a r a n t a i (double-strarided) p o l i n u k l e o t l d a biasanya hanya ditulis salah satu
r a n t a i n y a , m i s a l n y a A T G C A A T T C C G G . D a l a m p e n u l i s a n s e m a c a m ini u j u n g sebelah
kiri ( A ) a d a l a h u j u n g 5'-R s e d a n g k a n u j u n g s e b e l a h k a n a n ( G ) adalah u j u n g 3 ' - O H .
Oleh karena i t umolekul D N Atersebut dapat ditulis sebagai P - 5 ' -
A T G C A A T T C C G G - 3 ' - O H , atau kadang-kadang ditulis: pApTpGpCpApApTpTp-
C p C p G p G . U n t u k m e n y l n g k a t biasanya D N A hanya ditulis u r u t a n basa DNA-nya
saja.

Variasi K o m p o s i s i Basa D N A
Hasil studi pada berbagai jasad hidup m e n u n j u k k a n b a h w a k o m p o s i s i basa DNA,
yang d i n y a t a k a n sebagai k a n d u n g a n G + C ( G + C content), s a n g a t bervariasi.
Diketahui bahwa [ A ] = [ T ] d a n[ G ] = [C], tetapi nisbah (rasio) ([G] + [C])/([A]
 Bab 5 Struktur DfMA 53

2 nm

G a m b a r 5 . 2 I S t r u k t u r u n t a i a n D N A h e l i k s g a n d a (double helix). Panel A meng-

gambarkan struktur heliks d a n posisi basa nukleotida. Satu putaran heliks m e m -
punyai panjang 3 4 angstrom (3,4 n m ) d a n terdiri atas s e p u l u h p a s a n g a n basa.
Panel B menggambarkan struktur D N A secara lebih rinci. Tanda panah
menunjukkan orientasi masing-masing untaian D N A yang pada hakekatnya
menggambarkan arah sintesis m o l e k u l D N A .Panel C menggambarkan model
tiga d i m e n s i struktur D N A . P a d a m o d e l s e m a c a m i n idapat dilihat a d a n y a lekukan
{groove) pada struktur D N A .

+ [ T ] ) t i d a k s a m a a n t a r a jasad satu dengan jasad y a n g lain y a i t u bervariasi dari

0 , 3 7 sampai 3,16. Pada jasad h i d u p t i n g k a t tinggi nilal k a n d u n g a n G + C s e k i t a r
0,50 sedangkan pada jasad tingkat r e n d a h variasinya c u k u p lebar yaitu 0,27 pada
g e n u s Clostridium s a m p a i 0 , 7 2 p a d a M i c r o c o c c u s hysodeikticus, sementara pada
E coli k a n d u n g a n G + C a d a l a h 0 , 5 0 . S e m a k i n t i n g g i n i l a i k a n d u n g a n G + C m a k a
semakin sukar molekul untai-ganda D N A tersebut dipisahkan. O l e h karena itu
jasad-jasad h i d u p t e r m o f i l i k (jasad yang m a m p u t u m b u h pada s u h u tinggi) m e m i l i k i
k e c e n d e r u n g a n m e m p u n y a i kandungan G + C yang tinggi. T a b e l 5 . 1 m e m b e r i k a n
gambaran komposisi D N A y a n g a d apada b e b e r a p a m a c a m jasad hidup.
54 Biologi Molekular

Tabel 5.1 > K o m p o s i s i basa D N A (%) p a d a beberapa m a c a m jasad hidup.

Spesies A d e n i n e {%) G u a n i n e (%) Cytosine (%) V t y m i n e (%)

Virus
Bakteriofag T2 32,6 18,1 16,6 32,6
Herpes simplex 13,8 37,7 35,6 12,8
Lambda 26,0 23,8 24,3 25,8

Bakteri
E s c h e r i c h i a coli 26,0 24,9 25,2 23,9
Diplococcus pneumoniae 29,8 20,5 18,0 31,6
Micrococcus hysodeikticus 14,4 37,3 34,6 13,7

Fungi
N e u r o s p o r a crassa 23,0 27,1 26,6 23,3
Saccharomyces cerevisiae 31,7 18,3 17,4 32,6
Aspergillus niger 25,0 25,1 25,0 24,9

Eukaryot tingkat tinggi

Homo sapiens (manusia)
liver 30,3 19,5 19,9 30,3
spermatozoa 29,8 20,2 18,2 31,8
timus 30,5 19,9 20,6 28,9

Z e a mays ( j a g u n g ) 25,6 24,5 24,6 25,3

A r a c h i s hypogaea (kacang tanah) 32,1 17,6 18,0 32,2
Drosophila melanogastcr 30,7 19,6 20,2 29,4
Nicotiana tahacum (tembakau) 29,3 23,5 16,5 30,7

(Sumber: Paolella, 1997.)

B e n t u k dan S t r u k t u r Fisik D N A
S t r u k t u r D N A seperti yang d i k e m u k a k a n oleh W a t s o n dan C r i c k adalah s t r u k t u r
y a n g paling u m u m t e r d a p a t di a l a m . S t r u k t u r s e m a c a m ini d i s e b u t sebagai s t r u k t u r
untai p u t a r - k a n a n (right-handed helix). J i k a s e o r a n g p e n g a m a t m e l i h a t DNA
s e m a c a m ini k e arah b a w a h aksisnya, m a k a masing-masing rantai t e r l i h a t m e m u t a r
sesuai dengan arah p u t a r a n j a r u m j a m m e n j a u h dari si pengamat. D a l a m kondisi
fisiologis, D N A m e m p u n y a i s t r u k t u r untai putar-kanan yang setiap putarannya
ada 1 0 basa D N A . I^eskipun demikian, studi m e n u n j u k k a n bahwa banyaknya
basa D N A tiap putaran t e r n y a t a bervariasi. O l e h karena itu p e m i k i r a n bahwa
D N A h a n y a m e m p u n y a i s a t u m a c a m s t r u k t u r t i d a k sesuai d e n g a n hasil p e n g a m a t a n .
Pada T a b e l 5.2 d i b a w a h ini disajikan b e b e r a p a variasi/alternatif s t r u k t u r DNA.
B e r d a s a r k a n Tabel 5.2, s t r u k t u r D N A s e p e r t i yang d i k e m u k a k a n o l e h W a t s o n

Tipe-tipe \ d a n C r i c k d a p a t d i k e l o m p o k k a n p a d a t i p e B. M o l e k u l D N A tipe B mempunyai

molekul DNA lekukan besar dan l e k u k a n kecil. D i b a n d i n g k a n dengan tipe A , l e k u k a n besar pada
tipe B lebih m u d a h mengikat p r o t e i n t e r t e n t u karena lekukan besar pada tipe A
1 lebih dalam. B e n t u k A lebih m e n y e r u p a i k o n f o r m a s i bagian untai-ganda m o l e k u l
R N A (misalnya pada t R N A ) . M o l e k u l hibrid D N A - R N A juga cenderung m e m p u n y a i
bentuk tipe A .
56 Biologi Molekular

DNA t i p e Z a d a pada bagian t e r t e n t u k r o m o s o m Drosophila. B u k t i lain juga

Bukti \ menunjukkan bahwa D N AZ dapat ditemukan s e c a r a in vivo, y a i t u dengan
k e b e r a d a a n in
d i t e m u k a n n y a s u a t u p r o t e i n p a d a j a r i n g a n Drosophila y a n g h a n y a d a p a t berikatan
vivo DNA
tipe Z dengan D N AZ sintetik, tetapi ddak dapat berikatan dengan D N A t i p e B.
Perbedaan antara D N Aputar-kanan dengan D N Aputar-kiri dapat dilihat pada
Gambar 5.3.

3' 5' 5'

' 1

5' 3' 3' 5'

DNA heliks putar-kanan DNA heliks putar-kiri

G a m b a r 5.3 I S t r u k t u r h e l i k s D N A p u t a r - k a n a n d a n putar-kiri.

Contoh Soal
J
1. Sebutkan beberapa variasi s t r u k t u r D N A yang diketahui.

jawaban:
A d a e m p a t m a c a m v a r i a s i d a s a r s t r u k t u r D N A , y a i t u s t r u k t u r A , B, C , d a n s t r u k t u r Z . K e e m p a t
s t r u k t u r t e r s e b u t b e r b e d a dalam h a l j u m l a h pasangan basa tiap p u t a r a n , derajat r o t a s i , d a n
d i a m e t e r u n t a i a n n y a . S e l a i n i t u d i k e n a l j u g a s t r u k t u r D d a n E.

2. A p a yang dimaksud dengan D N A tipe Z ?

Jawaban:
D N A t i p e Z a d a l a h s u a t u s t r u k t u r D N A y a n g u n t a i a n n y a m e m p u n y a i o r i e n t a s i p u t a r - k i r i (left-
handed). K e r a n g k a g u l a - f o s f a t n y a b e r b e n t u k z i g z a g s e h i n g g a d i s e b u t t i p e Z .
 B a b 5 Struktur DNA 55

Tabel 5.2» Vaiiasi struktur D N A .

Tipe Pasangan Rotasi/ Diameter Kondisi

untaian basa/putaran pasangan basa untaian*) terjadinya

Kelembapan Dalam
relatif larutan

11 •^32,7° 23 A 75% Na"

Cs"

10 +36,0° 19 A 92% Kadar garam

rendah

9,33 +38,6° 19 A 66%

12 -30,0° 18 A Kadar garam

tinggi

(Sumber: Lewin, 1987.)

*) U k u r a n A: Angstrom.
Catatan: Rotasi dinyatakan dengan nilai positif (+) untuk D N A putar-kanan, dan dinyatakan dengan nilai negatif (-) untuk
D N A putar-kiri. Bentuk C kemungkinan tidak ada dalam kcindisi in vivo. Selain bentuk-bentuk tersebut ada bentuk lain yang
lebih ekstrem yaitu bentuk D dan E yang mempunyai pasangan basa per putaran hanya 8 dan 7,5. Kedua bentuk ekstrem
tersebut hanya terjadi secara in vitro pada molekul D N A '/ang tidak mempunyai basa guanine.

DNA Tipe Z (Putar-Kiri)

DNA tipe Z adalah satu-satunya D N A yang untaiannya mempunyai orientasi
putar-kiri (left-iianded). Molekul D N Atipe semacam inimempunyai kerangka
gula-fosfat yang b e r b e n t u k zigzag (sehingga disebut Z ) . D N A t i p e Z p e r t a m a kali
ditemukan oleh Alexander Rich d a n k e l o m p o k n y a di Massachusets Institute o f
Technology. D N A Z d i t e m u k a n dari hasil analisis kristalografi sinar X m o l e k u l -
molekul D N A b e r u k u r a n kecil yang t e r s u s u n o l e h rangkaian basa-basa G - C yang
berulang. S t r u k t u r D N A Z tidak hanya terjadi pada m o l e k u l yang mempunyai
poli(dC-dG), m e l a i n k a n juga terjadi pada bagian p o l i n u k l e o d d a yang basa-basa
p u r i n d a n p i r i m i d i n n y a b e r g a n t i a n , m i s a l n y a : A C A C A C A C . L e b i h j a u h lagi, j i k a
basa-basa purin d a npirimidin yang a d asecara bergantian t e r s e b u t t e r l e t a k pada
m o l e k u l D N A yang panjang, misalnya:

TGATCCGCGCGCGCAGTCTT....

maka rangkaian purin-pirimicin tersebut dapat m e m p u n y a i konfigurasi Z pada

konsentrasi NaCI sebesar 2 M sedangkan bagian D N A yang lain mempunyai
k o n f i g u r a s i B.
DNA Z hanya m e m p u n y a i satu lekukan yang m e m p u n y a i kepekatan (den-
sity) m u a t a n n e g a t i f y a n g l e b i h b e s a r d i b a n d i n g k a n d e n g a n y a n g a d a p a d a l e k u k a n -
l e k u k a n D N A t i p e B.
P a d a a w a l n y a d i d u g a b a n w a D N A Z t i d a k a k a n d i t e m u k a n s e c a r a in vivo
k a r e n a t i p e ini hanya akan stabil dalam kondisi kadar g a r a m yang tinggi. Akan
tetapi b u k t i - b u k t l m e n u n j u k k a n b a h w a D N A Z dapat menjadi stabil dalam kondisi
f i s i o l o g i s n o r m a l j i k a b a s a cytosine m e n g a l a m i m e t i l a s i m e n j a d i 5-methy/cytos/ne.
D e n g a n t e k n i k antibodi f l u o r e s e n (fluorescent antibody) d a p a t d i b u k t i k a n bahwa
 Bab 5 Struktur D N A 57
J

3. Suatu virus m e m p u n y a i bahan genetik berupa D N A untai-ganda yang b e r u k u r a n 1 0 0 . 5 0 0 pasangan

basa (bp). H i t u n g l a h : (a) j u m l a h p u t a r a n heliks y a n g ada p a d a D N A t e r s e b u t , (b) j u m l a h DNA
t e r s e b u t dalam m i k r o n jika 1 m i k r o n = 1 0 angstrom, (c) berat molekul D N A tersebut.

Jawaban:
a. Satu p u t a r a n heliks m e l i p u t i 1 0,5 bp. D e n g a n d e m i k i a n b a n y a k n y a p u t a r a n heliks pada D N A
t e r s e b u t adalah
100.500 b p X 1 putaran heliks/10,5 bp = 9.571 putaran heliks
b. Jarak a n t a r p a s a n g a n basa adalah 3,4 a n g s t r o m , a t a u 3,4 x 1 0"^ m m sepanjang aksis heliks.
Dengan demikian panjang D N A adalah
l O a S O O b p X 3,4 X 1 0 " * m m / b p = 3 4 , 1 7 mm
c. Satu pasangan D N A m e m p u n y a i berat m o l e k u l 6 6 0 dalton ( D ) , sehingga b e r a t m o l e k u l
D N A t e r s e b u t adalah

1 0 0 . 5 0 0 b p X 6 6 0 D / b p = 6 , 6 x 1 0 ' D = 6 , 6 x 10"* k D

U k u r a n M o l e k u l D N A pada Beberapa Jasad H i d u p

U k u r a n m o l e k u l D N Abervariasi antara jasad yang satu dengan lalnnya. Pada
jasad p r o k a r y o t variasinya tidak sebesar pada virus dan bakteriofag. Bahan genetik
pada p r o k a r y o t d a nvirus pada u m u m n y a berupa satu m o l e k u l tunggal D N A
(kecuali virus t e r t e n t u yang bahan genetiknya R N A ) . Sebaliknya, bahan genetik
pada e u k a r y o t berupa beberapa m o l e k u l k r o m o s o m yang masing-masing berupa
m o l e k u l D N Ab e r u k u r a n besar. U k u r a n D N A pada jasad e u k a r y o t , t e r u t a m a
e u k a r y o t tingkat tinggi, b e l u m diketahui secara pasti k a r e n a kompleksitasnya.
Ukuran molekul D N A pada beberapa bakteriofag, misalnya bakteriofag A, telah
diketahui secara pasti bahkan u r u t a n basa D N A - n y a pun telah diketahui secara
akurat. Pada bulan April 2003, sebuah k o n s o r s i u m yang menangani p r o y e k pe-
m e t a a n g e n o m m a n u s i a (Human Genome Project) m e n y a t a k a n b a h w a penentuan
urutan D N A pada g e n o m m a n u s i a secara prinsip sudah selesai m e s k i p u n j u m l a h
gen sesungguhnya sampai b u k u i n i ditulis ( 2 0 0 6 ) b e l u m d i k e t a h u i secara pasti.
Diperkirakan terdapat sekitar 20.000 sampai 25.000 gen didalam g e n o m manusia.
Genom b e b e r a p a jasad lain juga sudah d i t e n t u k a n , misalnya b a k t e r i Escherichia
coli d a n k h a m i r Saccharomyces cerevisiae. Pada Tabel 5.3 disajikan ukuran
beberapa molekul D N A pada jasad hidup.

Faktor-faktor y a n g M e n e n t u k a n Struktur D N A j
Seperti telah dijelaskan d i depan, m o l e k u l D N A m e m p u n y a i s t r u k t u r yang t e r t e n t u
yaitu dalam bentuk m o l e k u l beruntai-ganda. Meskipun pada u m u m n y a genom
jasad hidup t e r s u s u n o l e h m o l e k u l D N A d p e B, n a m u n s t r u k t u r D N A bersifat
flekslbel. Perubahan pada s t r u k t u r D N A dalam keadaan in vivo b e r k a i t a n erat
58 Biologi Molekular

T a b e l 5.3 I U k u r a n D N A p a d a b e b e r a p a j a s a d hidup/plasmid.

Jasad hidup/ (pico-g) Massa Pasangan Panjang

Plasmid (dalton) basa (kbp) (mm)

Escherichia coli 0,004 2,5 X 1 0 ' 4.700 1.250

Plasmid C o l E l 0 , 0 0 9 X 10~'' 3 , 6 X 10'^ 9 2
Plasmid F 0,095 X 1 0 ' ' 57 X 10" 95 32
Bakteriofag X 0,047 X 10^' 20 X 10" 47 15
Bakteriofag T 4 0,166 X 1 0 " ' 86 X 10" 166 45
Saccharomyces ( n=16) 0,014 81 X 1 0 ' 12.057 4.172
Aspergillus ( n = 8 ) 0,028 16,2 X 1 0 ' 27.000 8.250
Drosophila ( n= 4)* 0,085 51 X 1 0 ' 85.000 25 X 1 0 '
A y a m ( n= 15)* 1,260 760 X 1 0 ' 1,3 X 1 0 " 400 X 1 0 '
Mencit ( n= 20)* 3,0 1,8 X 1 0 i 2 3,0 X 1 0 " 1 X 10"
Manusia (n = 23)* 3,25 2 , 0 X 10^2 3,3 x 1 0 " 1 X 10"
Jagung ( n = 10)* 8,40 5,0 X 10'^ 8,4 X 1 0 " 2,5 X 1 0 "

Keterangan:
Tabel d iatas m e n y a t a k a n u k u r a n D N Ap a d a g a m e t (haploid). 1 m = 1 0 ^ m e t e r = 1 0 ' ' m m . 1 p g (pico
g r a m ) = 1 0 " ' " g , k b p = kilo base pairs = 1 0 0 0 p a s a n g a n b a s a , n : j u m l a h k r o m o s o m p a d a k e a d a a n h a p l o i d .

dengan p r o s e s fisiologis yang berlangsung pada sel.Sebagai c o n t o h , pada w a k t u

sel m e m b e l a h t e r j a d i p r o s e s replikasi D N A . Replikasi D N A d a p a t d i m u l a i s e t e l a h
ada perubahan pada s t r u k t u r D N A yaitu berupa terlepasnya ikatan hidrogen
yang m e m b e n t u k s t r u k t u r untai-ganda. D e m i k i a n pula pada w a k t u terjadi proses
transkripsi, untai-ganda D N A akan m e m i s a h sehingga i n f o r m a s i genetik yang a d a
pada salah satu u n t a i a n dapat disalin k ed a l a m b e n t u k u r u t a n n u k l e o t i d a m o l e k u l
RNA.
S t r u k t u r u n t a i a n ( h e / / x ) D N A d i t e n t u k a n o l e h t u m p u k a n (stackirig) basa-
basa n u k l e o t i d a b e r d e k a t a n yang a d a pada satu untai, sedangkan s t r u k t u r untai-
gandanya d i t e n t u k a n o l e h ikatan h i d r o g e n a n t a r a basa-basa yang berpasangan.

Tumpukan-Basa
Basa-basa p u r i n d a n pirimidin yang m e n y u s u n m o l e k u l D N A t e r l e t a k pada suatu
bidang d a t a r yang tegak l u r u s t e r h a d a p aksis u n t a i a n D N A . O l e h k a r e n a I t u ,
m o l e k u l D N A dapat dianggap sebagai t u m p u k a n - b a s a - b a s a n u k l e o t i d a . T u m p u k a n -
basa m e r u p a k a n hasil i n t e r a k s i h i d r o f o b i k a n t a r a s i s t e m e l e k t r o n pada basa-basa
n u k l e o t i d a . T u m p u k a n - b a s a (base-stacking) d a p a t d i k e t a h u i d e n g a n t e k n i k dispersi
r o t a t o r ! optik (optical rotatory dispersion) d a n dikroisme sirkular (circular
\ Teknik-teknik dichroism). Dengan t e k n i k - t e k n i k tersebut dapat diketahui bahwa t u m p u k a n -
\ untuk
I mengetahui basa t i d a k h a n y a a d a pada m o l e k u l D N A untai-ganda, m e l a i n k a n juga pada m o l e k u l
' tumpukan-basa R N A untai-tunggal m a u p u n m o l e k u l dinukleotida yang b e r u k u r a n kecil. T u m p u k a n -
basa dapat dihilangkan dengan m e n g g u n a k a n reagensia yang m e l e m a h k a n interaksi
h i d r o f o b i k a t a u dengan m e n g g u n a k a n panas. Jika t u m p u k a n - b a s a dihilangkan, m i s a l -
n y a d e n g a n p a n a s , m a k a a k a n t e r j a d i k e n a i k a n s e r a p a n / a b s o r b a n s i c a h a y a (A^^Q)
 Bab 5 Struktur DNA 59

karena basa-basa nukleotida akan terbebaskan dari untaian. Diketahui bahwa

banyaknya cahaya yang dapat diserap oleh asam nukleat tergantung pada s t r u k t u r
m o l e k u l n y a . Jika s t r u k t u r n y a lebih t e r a t u r , m a k a cahaya yang terserap lebih
sedikit. O l e h karena itu, nukleotida bebas m e n y e r a p lebih banyak cahaya di-
bandingkan dengan DNA atau RNA.
Reagensia yang merusak ikatan hidrogen tidak berpengaruh terhadap
tumpukan-basa polinukleotlda untai-tunggal, tetapi mereduksi tumpukan-basa pada
D N A untai-ganda. Reagensia semacam Itu menghilangkan ikatan hidrogen antara
untaian-untaian D N A yang berikatan sehingga m o l e k u l untai-ganda terpisah menjadi
molekul untai-tunggal dan serapan cahayanya menjadi lebih besar.
D N A untai-ganda m e m p u n y a i s t r u k t u r yang sangat stabil b e r k a t adanya
I n t e r a k s i a n t a r a e f e k t u m p u k a n - b a s a dan i k a t a n h i d r o g e n dl a n t a r a k e d u a u n t a i a n
D N A . Ikatan h i d r o g e n yang m a k s i m a l akan tercapai jika s e m u a basa D N A mem-
punyai o r i e n t a s i yang tepat. T u m p u k a n - b a s a juga akan lebih k u a t jika s e m u a basa
nukleotida tidak melenceng dari susunan t u m p u k a n tersebut. Dengan demikian
basa-basa n u k l e o t i d a akan lebih m u d a h m e m b e n t u k ikatan h i d r o g e n jika basa-
basa t e r s e b u t t e r s u s u n dalam t u m p u k a n . Sebaliknya, basa-basa yang m e m b e n t u k
ikatan hidrogen akan lebih m u d a h m e m b e n t u k susunan tumpukan-basa. Oleh
k a r e n a I t u , p e n a m b a h a n s u a t u reagensia y a n g m e r u s a k salah satu b e n t u k i n t e r a k s i
(Interaksi hidrofobik, atau ikatan hidrogen) sangat m e m e n g a r u h i integritas m o l e k u l
DNA.
Tumpukan-basa sesungguhnya juga m e r u p a k a n suatu b e n t u k interaksi yang
kooperatif. Pada suatu m o l e k u l D N A linear, e f e k stabilisasi struktur karena
t u m p u k a n - b a s a lebih k u a t pada bagian yang t e r l e t a k jauh dari ujung. U j u n g - u j u n g
molekul D N A linear pada u m u m n y a tidak m e m b e n t u k ikatan hidrogen. Misalkan
ada s u a t u m o l e k u l D N A dengan u r u t a n basa: 5 ' - A B C D E F G H - 3 ' . Basa n u k l e o t i d a
y a n g t e r l e t a k dl t e n g a h , m i s a l n y a D, c e n d e r u n g akan m e m b e n t u k konformasi
t u m p u k a n - b a s a yang stabil k a r e n a orientasi basa D diatur o l e h basa C dan E.
Sebaliknya, basa A akan lebih m u d a h "bergeser" dari k o n f o r m a s i tumpukan-basa
k a r e n a s t a b i l i t a s b a s a A h a n y a d i t e n t u k a n o l e h b a s a B. O l e h k a r e n a a d a n y a efek
semacam ini, m o l e k u l DNA yang berukuran pendek mempunyai stabilitas
struktural yang lebih rendah dibandingkan dengan m o l e k u l yang b e r u k u r a n lebih
panjang. Suatu m o l e k u l t r i n u k l e o t i d a untai-ganda (hanya t e r d i r i atas tiga pasang
basa n u k l e o t i d a ) bersifat tidak stabil pada suhu k a m a r . D i samping itu, m o l e k u l
DNA yang m e m p u n y a i bagian untal berpasangan yang sangat pendek dan diapit
o l e h bagian untai yang tidak berpasangan, juga tidak akan stabil pada kondisi s u h u
fisiologis.

Ikatan Hidrogen
P a d a m o l e k u l D N A , i k a t a n h i d r o g e n b e r p e r a n a n di d a l a m m e m b e n t u k s t r u k t u r
heliks antara untaian yang berpasangan. Pasangan antara nukleotida A - T ditentu-
kan oleh adanya dua ikatan hidrogen, sedangkan antara G - C d i t e n t u k a n o l e h tiga
ikatan hidrogen. O l e h karena itu, u n t u k merusak ikatan G - C diperlukan suhu
yang lebih tinggi daripada yang d i p e r l u k a n u n t u k m e r u s a k ikatan A - T . Hal ini
60 Biologi IVlolel<ular

dapat dibuktikan dengan mengukur suhu yang diperlukan untuk memisahkan

untaian D N A(suhu denaturasi) dengan adanya senyawa seperti misalnya urea
d a n formamide. K e d u a senyawa tersebut m a m p u m e m b e n t u k ikatan hidrogen
dengan basa-basa DNA.

Denaturasi D N A
Untai-ganda molekul D N A dapat dipisahkan dengan perlakuan suhu maupun
s e n y a w a alkali sehingga k o n f o r m a s l n y a b e r u b a h dan dapat m e n j a d i h a m p i r acak.
M a k r o m o l e k u l yang berada dalam k o n f o r m a s i hampir acak dikatakan berada
d a l a m k e a d a a n d e n a t u r a s i (melting). S e b a l i k n y a , k e a d a a n t e r a t u r s u a t u m o l e k u l
d i s e b u t s e b a g a i k e a d a a n a l a m i (native). J i k a m o l e k u l D N A u n t a i - g a n d a d i p a n a s k a n
atau diperlakukan dengan alkali, ikatan h i d r o g e n yang m e m b e n t u k s t r u k t u r untai-
ganda akan mengalami kerusakan sehingga m o l e k u l D N A akan berubah menjadi
m o l e k u l untai-tunggal (s/ng/e-stronded).Tingkat denaturasi D N A t e r g a n t u n g pada
tingginya suhu. Perubahan tingkat denaturasi D N Adapat diikuti dengan mem-
perlakukan D N A pada suhu yang bertingkat, kemudian diukur absorbansinya (A)
pada Xjjo- ^ ^ ' ' 1 ^ diketahui b a h w a basa-basa asam nukleat m e n y e r a p dengan kuat
c a h a y a p a d a X^^Q. K u r v a h u b u n g a n a n t a r a p e n l n g k a t a n s u h u dengan nilaiA^^g
menunjukkan perubahan tingkat denaturasi D N A . Banyaknya cahaya yang dapat
diserap oleh m o l e k u l D N A tergantung pada s t r u k t u r molekulnya. Semakin teratur
molekulnya maka semakin sedikit cahaya yang dapat diserap. O l e h karena Itu,
nukleotida bebas m e n y e r a p cahaya lebih besar daripada molekul D N A untai-
tunggal atau R N A . Nilai serapan cahaya oleh m o l e k u l D N A dengan s t r u k t u r yang
b e r b e d a t e t a p i dengan k o n s e n t r a s i yang sama ( 5 0 m g / m l ) adalah sebagai b e r i k u t :

DNA untai-ganda ^260 '= 1 , 0

DNA untai-tunggal ^260 = 1,37
N u k l e o t i d a bebas ^260 = 1,60

Perlu diketahui bahwa m o l e k u l D N A m e n y e r a p cahaya 4 0 % lebih sedikit d i -

bandingkan dengan campuran nukleotida bebas yang m e m p u n y a i komposisi sama
d e n g a n m o l e k u l D N A t e r s e b u t . F e n o m e n a s e m a c a m ini d i s e b u t e f e k hipokromik
hipokromilc
dan yang disebabkan o l e h adanya Interaksi a n t a r a e l e k t r o n - e l e k t r o npada basa n u k l e o -
hiperkromik
tida yang t e r s u s u n d a l a m b e n t u k untai-ganda yang sejajar. Pergeseran dari susunan
s e m a c a m ini m e n y e b a b k a n p e n i n g k a t a n s e r a p a n cahaya. S e m a k i n besar pergeseran
struktur tersebut maka semakin besar pula nilai serapan cahaya sehingga
m e n l m b u l k a n e f e k hiperkromik. O l e h k a r e n a i t u , p r o s e s d e n a t u r a s i D N A dapat
d i i k u t i d e n g a n m e n g u k u r nilai s e r a p a n c a h a y a pada m o l e k u l D N A y a n g d i p a n a s k a n
secara bertahap. S e m a k i n tinggi tingkat denaturasinya m a k a s e m a k i n besar efek
hiperkromiknya. Pola u m u m proses denaturasi D N A ditunjukkan pada Gambar
5.4.
 Bab 5 Struktur DNA 61

• I I I I I I I I I
30 40 50 60 70 80 90 S u h u (°C)

G a m b a r 5.4 I K u r v a denaturasi D N A . Pada suhu d ibawah T^, D N A masih

d a l a m keadaan untai-ganda. S e m a k i n tinggi s u h u denaturasi, m a k a s e m a k i n besar
pula perubahan konformasi D N A yang terjadi.

B e b e r a p a h a l p e n t i n g y a n g p e r l u d i p e r h a t i k a n d a l a m k u r v a d i atas a n t a r a lain:

1. N i l a i Aj^Q t i d a k b e r u b a h s a m p a i k e a d a a n s u h u y a n g u m u m n y a d i j u m p a i p a d a
sel h i d u p d i a l a m ;

2. P e n l n g k a t a n nilai A - . lerjadi d a b m kisaran 6-8°C;

3. N i l a i Aj^Q m a k s i m u m s e k i t a r 3 7 % l e b i h b e s a r dibandingkan dengan nilai

awalnya.

Gambar 5.4 menunjukkan bahwa molekul D N A mengalami perubahan

s t r u k t u r sesual dengan penlngkatan suhu. Pada tahap awal, m o l e k u l D N A masih
b e r u p a s t r u k t u r untai-ganda. Kenaikan s u h u m e n y e b a b k a n sebagian ikatan h i d r o g e n
terlepas sehingga pada bagian t e r t e n t u a d a s t r u k t u r untai-tunggal. H a l i n i m e -
n y e b a b k a n nilai serapan cahaya m e n i n g k a t . S e m a k i n tinggi s u h u n y a m a k a s e m a k i n
banyak bagian D N A yang b e r u b a h m e n j a d i s t r u k t u r untai-tunggal, sampai a k h i r n y a
s t r u k t u r untai-ganda terlepas sama sekali. D e n a t u r a s i lengkap biasanya terjadi
p a d a s u h u d i a t a s 90°C. P a d a k e a d a a n s e m a c a m i n i nilai A^^^ m e n i n g k a t sebesar
3 7 % d a n suspensi D N A terdiri atas untai-tunggal. Jika suspensi D N A tersebut
didinginkan secara cepat pada s u h u k a m a r dan k o n s e n t r a s i g a r a m n y a di atas 0,05
M , m a k a nilai A^^g y a n g dicapai p a d a s u h u m a k s i m u m a k a n t u r u n s e c a r a cukup
nyata, sekitar 1 , 1 2 kali. Hal ini disebabkan oleh terjadinya pembentukan ikatan
h i d r o g e n a n t a r a b a s a - b a s a d i d a l a m u n t a i a n D N A y a n g s a m a (intrastrand) s e h i n g g a
m o l e k u l n y a m e n j a d i k o m p a k . Jika konsentrasi g a r a m n y a 0,01 M atau kurang,
maka kondisinya m e n j a d i lain. D a l a m keadaan semacam inigugus fosfat yang
tidak ternetralkan menyebabkan t e r j a d i n y a s a l i n g t o l a k (electrostatic repulsion)
sehingga tidak terjadi p e m b e n t u k a n ikatan hidrogen di dalam untaian tunggal
DNA yang sama.
P a r a m e t e r yang sering digunakan u n t u k m e n u n j u k k a n fase translsl pada saat
p e r u b a h a n nilai A^^g s e b e s a r s e t e n g a h n y a a d a l a h nilai (melting temperature).
Pola denaturasi D N A selalu m e n u n j u k k a n b e n t u k yang serupa seperti pada G a m b a r
5.4, t e t a p i posisi a b s o l u t pada skala s u h u (nilai T,^) t e r g a n t u n g pada komposisi
molekul D N A d a n kondisi yang digunakan untuk melakukan denaturasi. Jika
DNA berada dalam larutan yang m e m p u n y a i kondisi kurang lebih sama dengan
kondisi fisiologis sel m a k a nilai berkisar 85-95°C. O l e h karena itu, dalam
k o n d i s i fisiologis sel y a n g n o r m a l m o l e k u l D N A b e r s i f a t stabil. M e s k i p u n d e m i k i a n ,
ada beberapa h a l y a n g m e n e n t u k a n n i l a i T^^ s u a t u m o l e k u l DNA.
Nilai t e r g a n t u n g pada p r o p o r s i pasangan basa G - C karena ikatan G - C
m e m p u n y a i tiga ikatan h i d r o g e n sehingga lebih stabil daripada A - T yang hanya
mempunyai d u a Ikatan hidrogen. Semakin banyak ikatan G - C maka semakin
besar pula energi yang diperlukan untuk memisahkan untaian D N A . Keter-
gantungan nilai T ^ t e r h a d a p komposisi basa bersifat linear, yaitu meningkat
0,4°C u n t u k t i a p p e r s e n p e n i n g k a t a n kandungan G - C .Dengan demikian D N A
yang m e m p u n y a i 4 0 % G - C m e n g a l a m i d e n a t u r a s i dengan nilai T ^ s e k i t a r 87°C
d a l a m k o n d i s i biasa, s e d a n g k a n D N A y a n g m e m p u n y a i 6 0 % G - C m e m p u n y a i nilai
T ^ sekitar 95°C dalam kondisi yang sama.
Selain d i t e n t u k a n o l e h k a n d u n g a n G - C , nilai T ^ juga d i p e n g a r u h i o l e h k o n d i s i
denaturasi yaitu kekuatan ionik larutan. Nilai T ^ meningkat 1 6,6°C u n t u k t i a p
sepuluh kali p e n i n g k a t a n k o n s e n t r a s i k a t i o n m o n o v a l e n . Jika D N A disuspensikan
dalam buffer n a t r i u m fosfat 0,12 M , sehingga konsentrasi m o n o v a l e n N a * sama
dengan 0,18 M , m a k a nilai T ^ - n y a sekitar 90°C. S e n y a w a tertentu yang me-
mengaruhi interaksi h i d r o f o b i k juga dapat m e m e n g a r u h i nilai T ^ . Penambahan
m e t a n o l atau n a t r i u m trifluoroasetat k e dalam suspensi DNA m e n u r u n k a n nilai
T ^ karena kedua senyawa tersebut memengaruhi Interaksi hidrofobik yang me-
nentukan stabilitas struktur DNA. Nilai T ^ pada awalnya meningkat dengan
meningkatnya konsentrasi n a t r i u m trifluoroasetat,tetapi kemudian akan m e n u r u n
dengan semakin tingginya konsentrasi karena pengikatan a i roleh trifluoroasetat
dapat m e l e m a h k a n interaksi hidrofobik. Sebaliknya, penambahan N a C I meningkat-
k a n nilai T ^ k a r e n a k e k u a t a n i o n i k y a n g tinggi dapat m e n e t r a l k a n gugus f o s f a t
bermuatan negatif d a n menstabllkan ikatan hidrogen. Pada konsentrasi NaCI
yang tinggi, i o n yang bermuatan positif (Na*) m e m b e n t u k "awan" muatan di
sekitar gugus fosfat yang b e r m u a t a n negatif sehingga m e n u t u p i gugus fosfat ter-
sebut. Dengan d e m i k i a n , saling t o l a k antargugus fosfat dapat dicegah. Keadaan
semacam ini terjadi pada konsentrasi garam sebesar 0 , 2 M yang mendekati
keadaan fisiologis.
 Bab 5 Struktur DIMA 6 3

S e n y a w a l a i n y a n g j u g a d a p a t m e n u r u n k a n n i l a i T ^ ^ a d a l a h u r e a d a n formamide.
Formamide d a p a t m e n u r u n k a n n i l a i s a m p a i s e k i t a r 4 0 ° C . U r e a d a n formamide
dapat m e m b e n t u k ikatan hidrogen dengan basa-basa D N A . Senyawa Ini b e r -
k o m p e t i s i dengan basa-basa D N A u n t u k m e m b e n t u k pasangan. D e n g a n d e m i k i a n
untaian D N A yang tidak berpasangan dapat dipertahankan dalam keadaan
s e m a c a m ini pada s u h u yang sebenarnya dapat m e n y e b a b k a n untaian D N A yang
l e p a s u n t u k b e r p a s a n g a n l a g i . O l e h k a r e n a I t u , p e m i s a h a n (melting) s u a t u u n t a i a n
D N A dapat terjadi pada suhu yang lebih rendah. K e m a m p u a n u n t u k m e n u r u n k a n
nilal m e r u p a k a n sifat khas suatu s e n y a w a yang dapat m e m b e n t u k ikatan
hidrogen dengan nukleotida.

A s p e k F i s i o l o g i s Denaturasi DNA
Proses denaturasi D N A sebenarnya juga terjadi dalam kondisi fisiologis d a n
bahkan m e r u p a k a n bagian dari proses fisiologis yang penting. D N A sebenarnya
m e r u p a k a n s t r u k t u r yang dinamis. Baglan-baglan t e r t e n t u s t r u k t u r untai-gandanya
membuka dan menutup membentuk struktur gelembung untai-tunggal
(single-stranded bubbles). F e n o m e n a s e m a c a m i n i d i s e b u t s e b a g a i b r e a t h i n g . D a l a m
aktivitas fisiologis jasad hidup, keadaan s e m a c a m ini sangat p e n t i n g a r t i n y a k a r e n a
D N A dapat berlnteraksl dengan banyak protein, misalnya dalam proses replikasi
d a n t r a n s k r i p s i . F e n o m e n a breatiiing lebih banyak terjadi pada bagian yang
k a n d u n g a n A - T - n y a l e b i h t i n g g i . D e n g a n a d a n y a breatiiing m a k a p r o t e i n - p r o t e i n
yang terlibat di dalam proses replikasi dan transkripsi dapat berlnteraksl dengan
molekul DNA.
B a n y a k p r o t e i n y a n g d a p a t m e n y e b a b k a n t e r j a d i n y a d e n a t u r a s i D N A in
vivo. P r o t e i n - p r o t e i n t e r s e b u t d i k e n a l s e b a g a i h e / / x destabilising protein atau
melting protein. S a l a h s a t u c o n t o h p r o t e i n s e m a c a m iniadalah protein yang
d i k o d e o l e h g e n 32 p a d a b a k t e r i o f a g T 4 . P r o t e i n - 3 2 b e r i k a t a n e r a t dengan
u n t a i - t u n g g a l D N A p a d a w a k t u t e r j a d i breathing. K e b e r a d a a n ikatan tersebut
m e n y e b a b k a n pasangan basa yang ada d i d e k a t n y a m e n j a d i t i d a k stabil sehingga
ikatan h i d r o g e n n y a m e l e m a h sampai akhirnya pasangan basanya terlepas. Setelah
pasangan basa Itu t e r l e p a s m a k a m o l e k u l p r o t e i n - 3 2 y a n g lain dapat m e l e k a t
pada m o l e k u l D N A . P r o s e s s e m a c a m ini terjadi secara t e r u s - m e n e r u s sampai
akhirnya D N Amengalami denaturasi total.
Pada w a k t u terjadi replikasi D N A , bagian t e r t e n t u D N A m e m b u k a m e n j a d i
untai-tunggal sehingga dapat berikatan dengan protein-protein yang terlibat
dalam r e p l i k a s i , m i s a l n y a single-stranded binding protein, primase,D N A
polimerase, dan lain-laln. Hal yang serupa juga terjadi pada w a k t u berlangsung
proses transkripsi. Transkripsi tidak dapat terjadi kalau m o l e k u l D N A tidak
m e m b u k a . O l e h k a r e n a i t u , p r o s e s d e n a t u r a s i D N A in vivo m e m p u n y a i a r t i
fisiologis yang sangat penting sebab h a l i n i akan m e m e n g a r u h i aktivitas s e l
secara k e s e l u r u h a n . H a l ini a k a n dibicarakan lebih lanjut d a l a m b a b m e n g e n a i
replikasi dan transkripsi.
64 Biologi IVIolekular

Renaturasi D N A
D e n a t u r a s i D N A a d a l a h s u a t u p r o s e s y a n g b e r s i f a t d a p a t b a l i k (reversible) dalam
keadaan yang sesuai. Proses p e m b e n t u k a n kembali s t r u k t u r untai-ganda dari
k e a d a a n t e r d e n a t u r a s i d i s e b u t r e n a t u r a s i (rearinealmg). R e n a t u r a s i merupakan
suatu proses y a n g d a p a t t e i - j a d i s e c a r a in vivo m a u p u n in vitro. R e n a t u r a s i in
vitro m e r u p a k a n suatu f e n o m e n a yang sangat berguna u n t u k analisis biologi
molekular, misalnya u n t u k mengetahui kesamaan atau kedekatan genetis antara
s u a t u o r g a n i s m e d e n g a n o r g a n i s m e y a n g lain, u n t u k m e n d e t e k s i m a c a m R N A
t e r t e n t u , u n t u k mengetahui apakah suatu u r u t a n nukleotida t e r t e n t u a d a lebih
dari satu pada suatu jasad, serta u n t u k m e n g e t a h u i lokasi spesifik suatu u r u t a n
n u k l e o t i d a pada g e n o m . D a l a m bagian ini dibicarakan p r o s e s r e n a t u r a s i s e c a r a
in vitro.
Renaturasi merupakan proses yang terjadi secara lambat dan berlangsung
Proses d a l a m dua t a h a p . P e r t a m a , u n t a i - t u n g g a l D N A (sense) b e r t e m u d e n g a n untai-
renaturasi
t u n g g a l y a n g l a i n (antisense) secara acak. Kedua, jika u r u t a n n u k l e o t i d a kedua
untai-tunggal tersebut k o m p l e m e n t e r , maka akan terjadi ikatan hidrogen d a n
t e r b e n t u k s t r u k t u r untai-ganda pada suatu bagian. P e m b e n t u k a n ikatan h i d r o g e n
t e r s e b u t k e m u d i a n a k a n d i l a n j u t k a n p a d a bagian y a n g lain s e c a r a cepat sehingga
terbentuk struktur untai-ganda yang lengkap. Tahapan yang menentukan
kecepatan renaturasi bukan proses pembentukan untai-gandanya, melainkan
proses t u m b u k a n antara m o l e k u l untai-tunggal dengan molekul untai-tunggal
yang lain. D e n g a n k a t a lain, r e n a t u r a s i d i p e n g a r u h i o l e h h a m b a t a n f r i k s l o n a l .
P r o s e s ini b e r l a n g s u n g secara a c a k sehingga sangat d i t e n t u k a n o l e h k o n s e n t r a s i
molekul DNA.
Jika suatu m o l e k u l untai-tunggal D N A mempunyai urutan nukleotida yang
dapat berpasangan d e n g a n ur-utan n u k l e o t i d a pada bagian lain dari m o l e k u l y a n g
s a m a , m a k a d a p a t t e r b e n t u k s t r u k t u r s e k u n d e r intra-strand y a n g b e r u p a lengkung
Penghambat \ j e p i t - r a m b u t (hair-pin loop). P e m b e n t u k a n s t r u k t u r s e k u n d e r semacam ini
renaturasi I (Gambar 5 . 5 ) dapat menghambat renaturasi karena akan memperkecil ke-
mungkinan suatu molekul un''' ..nggal u n t u k m e n e m u k a n untaian D N A
pasangannya.

Persyaratan u n t u k Proses Renaturasi

Renaturasi dapat terjadi jika konsentrasi garam ( N a C I ) di dalam suspensi D N A
cukup tinggi yaitu 0 , 1 5 - 0 , 5 M . I o nN a * yang bersifat positif akan menetralkan
gugus fosfat D N A y a n g b e r m u a t a n negatif sehingga t i d a k t e r j a d i saling tolak
(electrostatic repulsion) antara untaian D N A yang satu dengan untaian D N A
yang lain. S u h u r e n a t u r a s i juga h a r u s c u k u p tinggi n a m u n h a r u s di b a w a h suhu
denaturasi. Dengan s u h u yang c u k u p tinggi m a k a s t r u k t u r s e k u n d e r dapat di-
hilangkan. S u h u r e n a t u r a s i biasanya s e k i t a r 20-25°C d i b a w a h nilai T ^ . F a k t o r
lain yang m e n e n t u k a n laju r e n a t u r a s i adalah k o n s e n t r a s i D N A . Semakin tinggi
konsentrasinya maka probabilitas t u m b u k a n antarmolekul untai-tunggal D N A
menjadi semakin besar.
 Bab 5 Struktur DNA 65

5'- -GATCCTAG- -CTAGGATC-

I I I I I I II I I I I I I II
3' -CTAGGATC. -GATCCTAG.

DENATURASI

G
A
T
C Struktur sekunder
C
T (hair-pin loop)
A
G

Struktur sekunder
(hair-pin loop)

Gambar 5.5I Pembentukan struktur sekunder pada D N A . Struktur sekunder

d a l a m b e n t u k loop d a p a t t e r b e n t u k j i k a p a d a s u a t u u n t a i a n t e r d a p a t u r u t a n basa
n u k l e o t i d a y a n g d a p a t m e m b e n t u k i k a t a n h i d r o g e n intra-strand seperti p a d a contoh
di atas.

K e t e p a t a n (akurasi) s u a t u m o l e k u l u n t a i - t u n g g a l (sense) u n t u k m e n e m u k a n
untaian D N A pasangannya (antisense) ditentukan oleh kecepatan perlakuan
renaturasi. Jika suatu m o l e k u l D N Adidenaturasi dengan p e r l a k u a n s u h u tinggi
k e m u d i a n suhunya d i t u r u n k a n secara cepat, m a k a probabilitas m o l e k u l D N A
sense u n t u k berpasangan dengan m o l e k u l antisense secara akurat akan lebih
kecll. O l e h karena Itu, proses renaturasi biasanya dilakukan dengan m e n u r u n k a n
suhunya secara bertahap.
Pada w a k t u m o l e k u l D N A untai-ganda didenaturasi, m o l e k u l - m o l e k u l untai-
tunggal yang t e r b e n t u k akan b e r c a m p u r secara bebas. D a l a m proses renaturasi,
molekul-molekul untai-tunggal tersebut akan berpasangan dengan molekul untai-
tunggal lalnnya secara acak. O l e h k a r e n a i t u , s u a t u m o l e k u l untai-tunggal t i d a k
s e l a l u b e r p a s a n g a n lagi d e n g a n m o l e k u l u n t a i - t u n g g a l p a s a n g a n n y a s e m u l a . H a l i n i
d i b u k t i k a n dengan e k s p e r i m e n m e n g g u n a k a n d u a sampel D N A yang diisolasi dari
d u a k u l t u r b a k t e r i Esctierictiia coli y a n g s a l a h s a t u n y a d i t u m b u h k a n d a l a m m e -
d i u m y a n g m e n g a n d u n g ^ ' ' N H ^ C I s e d a n g k a n k u l t u r y a n g lain d a l a m m e d i u m y a n g
mengandung ^^NH^CI. Kedua sampel D N A tersebut kemudian dicampur,
didenaturasi, dan direnaturasi.Setelah disentrifugasi dalam gradien C s C I diperoleh
tiga m a c a m m o l e k u l D N A : 2 5 % t e r d i r i atas m o l e k u l yang m e n g a n d u n g ^''N pada
k e d u a untaiannya, 5 0 % m e n g a n d u n g ^''N pada u n t a i a n yang satu d a n^ ^ N pada
u n t a i a n y a n g lain, d a n 2 5 % m e n g a n d u n g ^ ^ N pada k e d u a u n t a i a n n y a . H a l I n i
m e n u n j u k k a n b a h w a proses renaturasi berlangsung secara acak. F e n o m e n a i n i
k e m u d i a n digunakan sebagai dasar u n t u k p e n g e m b a n g a n t e k n i k analisis m o l e k u l a r
y a n g d i k e n a l s e b a g a i hibridisasi. T e k n i k s e m a c a m ini dapat digunakan u n t u k
m e n g e t a h u i a d a n y a k e s e r u p a a n (similarity) a n t a r a m o l e k u l D N A y a n g diisolasi
dari s u a t u jasad d e n g a n D N A dari jasad lain. Hibridisasi juga d a p a t d i l a k u k a n
antara molekul D N A dengan RNA.
T e k n i k hibridisasi m e r u p a k a n salah satu t e k n i k analisis y a n g sangat p e n d n g
dalam biologi m o l e k u l a r karena dapat digunakan u n t u k m e m b a n t u :

1. identifikasi d a n isolasi s u a t u gen dari s u a t u jasad hidup.

2. Analisis keserupaan dan/atau h o m o l o g i antara g e n satu dengan g e n yang
lain.
3. Analisis k o m p l e k s i t a s g e n o m suatu jasad.

K o n s e p r e n a t u r a s i dapat dinyatakan sebagai suatu k o n s e p kinetika reasosiasi

antara m o l e k u l D N A yang satu dengan m o l e k u l D N A . Renaturasi D N A tergantung
pada t u m b u k a n acak a n t a r - u n t a i a n D N A yang k o m p l e m e n t e r . Laju reaksi reasosiasi
dapat dinyatakan dalam persamaan:

f - - ^ 0)

C adalah konsentrasi D N A yang berada dalam keadaan untai-tunggal pada w a k t u

t, s e d a n g k a n k adalah k o n s t a n t a laju reasosiasi. Jika p e r s a m a a n ( 1 ) d i i n t e g r a l k a n
dengan l i m i t k o n s e n t r a s i a w a l D N A p a d a t = 0 (CQ) d a n k o n s e n t r a s i D N A
setelah w a k t u t ( Q ,m a k a akan diperoleh persamaan:

1
Co ^ + l< Cot (2)

Persamaan (2) t e r s e b u t m e n u n j u k k a n b a h w a p a r a m e t e r yang m e n e n t u k a n reaksi

r e a s o s i a s i a d a l a h CQ d a n w a k t u i n k u b a s i ( t ) , a t a u s e r i n g k a l i d i s e b u t s e b a g a i p a -
r a m e t e r Cgt. Pada w a k t u reaksi reasosiasi berlangsung setengahnya, yaitu pada
w a k t u ty^, m a k a p e r s a m a a n ( 2 ) m e n j a d i :

-^ = 1= ' (3)
Co 2 1+ Cot^a

sehingga:

Co£i,2 =

C g t i /J a d a l a h n i l a i y a n g m e n y a t a k a n r e a k s i r e a s o s i a s i D N A b e r l a n g s u n g s e t e n g a h -
nya. O l e h k a r e n a Cot, m e r u p a k a n fungsi k o n s e n t r a s i D N A dan w a k t u m a k a nilal
 Bab 5 Struktur DNA 67

Cgt y a n g l e b i h b e s a r m e n u n j u k k a n r e a k s l y a n g l e b i h l a m b a t . K i n e t i k a reasosiasi
D N A d a p a t d i t u n j u k k a n d e n g a n m e m b u a t k u r v a C^t y a i t u d e n g a n m e m p l o t f r a k s l
DNA yang telah mengalami reasosiasi (1 - C/C^) t e r h a d a p nilai l o g a r i t m a Cgt.
Cara yang mudah untuk menunjukkan proses renaturasi suatu molekul
DNA adalah dengan membuat kurva hubungan a n t a r a nilai absorbansi pada
panjang gelombang 2 6 0 n m (A^jg) dengan v^aktu (t), seperti ditunjukkan pada
Gambar 5.6.

f ,/2 f 1/2 W^l^'"

G a m b a r 5 . 6 I H u b u n g a n a n t a r a n i l a i A^^^g dengan w a k t u pada proses renaturasi

D N A . Semakin rendah konsentrasi D N A - n y a maka semakin lama waktu yang
diperlukan untuk renaturasi.

Gambar 5.6 m e n u n j u k k a n b a h w a r e n a t u r a s i b e r a k h i r p a d a w a k t u n i l a i A^^g

mencapai 1 (satu).Waktu yang diperlukan untuk renaturasi mencapai setengahnya
(t-^ij) dapat diketahui dengan m e l i h a t nilai t e n g a h a n t a r a n i l a i A^^g maksimum
(yaitu pada w a k t u D N A mengalami denaturasi maksimum) dengan nilai A^^g
mencapai 1 (satu) (yaitu pada w a k t u proses renaturasi berakhir). T i t i k pada aksis
Aj^Q k e m u d i a n ditarik ke kanan sehingga m e m b a g i k u r v a menjadi dua bagian yang
sama secara vervikal. Pada dtik p o t o n g dengan kurva tersebut kemudian ditarik
garls vertikal sehingga akan m e m o t o n g aksis w a k t u (t).
Oleh karena n i l a i Cgt^^^ m e n y a t a k a n hubungan antara konsentrasi DNA
d a n w a k t u , m a k a n i l a i Cgt y a n g l e b i h b e s a r m e n u n j u k k a n r e a k s i y a n g l e b i h l a m b a t .
N i l a i Cgt,y2 b e r b a n d i n g lurus dengan banyaknya DNA dalam genom. Semakin
kompleks suatu g e n o m maka semakin sedikit jumlah t u r u n a n (kopi) suatu sekuens
68 Biologi Molekular

DNA tertentu dalam massa D N A t e r t e n t u . Sebagai c o n t o h , jika nilal D N A

s u a t u b a k t e r i y a n g b e r u k u r a n 0 , 0 0 4 p g a d a l a h s e b e s a r 1 2 pg, m a k a D N A t e r s e b u t
mengandung 3.000 kopi masing-masing sekuens. Sebaliknya, di dalam D N A
e u k a r y o t y a n g b e r u k u r a n 3 pg, h a n y a ada 4 k o p i m a s i n g - m a s i n g s e k u e n s j i k a nilal
CQ D N A - n y a s a m a . D e n g a n d e m i k i a n , p a d a k o n s e n t r a s i absolut y a n g s a m a , y a n g
d i n y a t a k a n d a l a m m o l n u k l e o t i d a p e r l i t e r (Cg), k o n s e n t r a s i m a s i n g - m a s i n g sekuens
e u k a r y o t adalah 3.000/4 = 7 5 0 kali lebih r e n d a h dibanding dengan konsentrasi
masing-masing sekuens pada bakteri. Laju reasosiasi D N A ditentukan oleh
konsentrasi sekuens yang k o m p l e m e n t e r . O l e h karena itu,agar sekuens e u k a r y o t
m e m p u n y a i k o n s e n t r a s i relatif y a n g s a m a d e n g a n konsentrasi sekuens bakteri,
m a k a diperlukan 7 5 0 x lebih banyak D N A , atau dengan menginkubasikan sejumlah
DNA yang sama dalam w a k t u 7 5 0 x lebih lama. Dengan d e m i k i a n , n i l a i Cgt^^^
u n t u k reaksi reasosiasi D N A e u k a r y o t adalah 7 5 0 x n i l a i C^tyj untuk reaksi
reasosiasi pada bakteri.
N i l a i C g t , ^2 m e m b e r i k a n g a m b a r a n m e n g e n a i panjang total sekuens-sekuens
yang berbeda y a n g a d a p a d a m o l e k u l D N A , atau yang dikenal dengan istilah
kompleksitas y a n g b i a s a n y a d i n y a t a k a n d a l a m p a s a n g a n basa. R e n a t u r a s i D N A
s u a t u g e n o m m e n u n j u k k a n n i l a i Cgt^^^ y a n g p r o p o r s i o n a l d e n g a n k o m p l e k s i t a s n y a .
O l e h karena itu kompleksitas suatu D N A dapat ditentukan dengan membanding-
k a n n i l a l C^t-^ j^^-nyci d e n g a n D N A standar yang sudah diketahui kompleksitasnya,
m i s a l n y a g e n o m Escherictiia coli. O l e h k a r e n a g e n o m £. coli b e r u k u r a n 4 , 2 x 1 0 *
pasangan basa, m a k a k o m p l e k s i t a s s u a t u g e n o m d a p a t d i k e t a h u i d e n g a n per-
hltungan sebagai b e r i k u t :

^0^1/2 ( D N A g e n o m ) _ Kompleksitas
Coty2 ( D N A E. coli) " 4,2 X 1 0 ^ b p

Analisis CgtD N A pada b a n y a k m a c a m jasad h i d u p m e n u n j u k k a n b a h w a ada

perbedaan yang nyata dalam h a l organisasi u r u t a n nukleotida antara p r o k a r y o t
d a n e u k a r y o t . K u r v a C g t p a d a £. coli m e n u n j u k k a n p o l a k u r v a y a n g h a l u s d a n
t e r d i r i atas satu-langkah. H a l i n i m e m b e r i k a n indikasi b a h w a jarang t e r d a p a t
u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g b e r u l a n g p a d a D N A £ coli, a t a u d e n g a n k a t a l a i n m a s i n g -
m a s i n g u r u t a n n u k l e o t i d a b e r s i f a t unik. H a l i n i b e r b e d a d e n g a n k u r v a C g t p a d a
e u k a r y o t yang m e m b e r i k a n gambaran pola k u r v a yang tidak halus d a n terdiri
atas beberapa langkah. O l e h karena itu, pada u m u m n y a pada i<omposisi D I \ A
Empat \ e u k a r y o t t e r d a p a t 4 ( e m p a t ) k e l o m p o k u r u t a n n u k l e o t i d a , y a i t u : ( 1 ) unik (unique,
kelompok '
urutan j
t e r d a p a t s a t u k o p i p e r g e n o m ) , ( 2 ) b e r u l a n g sedikit (slighdy repetitive, t e r d a p a t
nukleotida i s a t u s a m p a i s e p u l u h k o p i ) , ( 3 ) b e r u l a n g c u k u p banyak (moderately repetitive,
t e r d a p a t s e p u l u h s a m p a i b e b e r a p a r a t u s k o p i ) , d a n ( 4 ) b e r u l a n g sangat banyak
(iiighly repetitive, b e b e r a p a ratus sampai beberapa juta kopi p e r g e n o m ) .
Rangkaian nukleotida berulang (repetitive DNA sequences) bervariasi
u k u r a n n y a , d a r i d u a basa saja s a m p a i lebih dari s e r i b u basa D N A . Sebagai c o n t o h ,
p a d a sejenis k e p i t i n g ada p e r u l a n g a n n u k l e o t i d a A T , s e d a n g k a n p a d a sapi t e r d a p a t
p e r u l a n g a n r a n g k a i a n n u k l e o t i d a s e p a n j a n g 1 . 4 0 0 pasangan basa. F r e k u e n s i p e r -
ulangan s e k u e n s s e m a c a m itu dapat m e n c a p a i b e b e r a p a j u t a kali, misalnya pada
 Bab 5 Struktur DNA 6 9

Drosophila virilis a d a s u a t u s e k u e n s 5 ' - A ( T C ) A A A ( T C ) T - 3 ' yang berulang sebanyak

1 0 ^ k a i l . R a n g k a i a n n u k l e o t i d a b e r u l a n g t e r s e b u t m e m b e n t u k s u a t u D N A satelit
yang dapat dipisahkan dengan sentrifugasi menggunakan gradien caesium klorida
(CsCI). Fraksl D N A satelit dapat mencapai 1- 3 0 % dari total D N A yang dimiliki
o l e h suatu jasad. Fungsi m o l e k u l a r D N A satelit t e r s e b u t t i d a k d i k e t a h u i dengan
j e l a s s e h i n g g a s e r i n g k a l i s e k u e n s s e m a c a m i t u d i s e b u t s e b a g a i selfish DNA (junk
DNA). Pada manusia, fraksl D N A yang tidak diketahui peranannya tersebut
bahkan lebih besar dari fraksi D N A yang sudah diketahui fungslnya. Diestimasikan
b a h w a d a l a m g e n o m m a n u s i a , f r a k s i junk DNA d a p a t m e n c a p a i s e k i t a r 9 5 % d a r i
total genomnya.
Beberapa rangkaian basa b e r u l a n g m e m p u n y a i u r u t a n yang spesifik sehingga
Struktur '
d a p a t m e m b e n t u k s t r u k t u r s e k u n d e r , m i s a l n y a r a n g k a i a n y a n g d i s e b u t rangkaian
sekunder
rangkaian basa berulang-ballk (inverted repeats). Rangkaian semacam inidapat m e m b e n t u k
s t r u k t u r b a t a n g ( s t e m ) d a n lengkung (loop), s e p e r t i d a p a t d i l i h a t p a d a G a m b a r
5.7. Rangkaian berulang-balik s e m a c a m ini m e m p u n y a i fungsi y a n g p e n t i n g , misalnya
pada rangkaian basa pada gen y a n g m e n g k o d e p e m b e n t u k a n r R N A ( R N A r i b o s o m )
dan t R N A (transfer RNA). P a d a w a k t u g e n y a n g m e n g k o d e r R N A dan tRNA
ditranskripsi, maka molekul R N A yang t e r b e n t u k akan m e m b e n t u k struktur
s e k u n d e r berupa batang dan lengkung karena ada rangkaian berulang-balik pada
molekul R N A - n y a . S t r u k t u r sekunder pada r R N A dan t R N A tersebut m e r u p a k a n
s t r u k t u r yang sangat p e n t i n g k a r e n a akan m e n e n t u k a n fungslnya sebagai k o m p o n e n
dalam proses translasi (penerjemahan k o d e - k o d e genetik pada m R N A menjadi
rangkaian asam-asam amino).

G 0 G^
A T A • T
T A T A
C G C G
c G C G
A T A
T
A T A • T
G C G 0

S t r u k t u r hair-pin Batang d a n lengkung

G a m b a r 5.7 I S t r u k t u r b a t a n g d a n l e n g k u n g y a n g d a p a t t e r j a d i p a d a D N A k a r e n a
adanya pasangan basa nukleotida dalam satu untaian D N A yang sama (intra-
strand pairing).

Topologi D N A ^
Struktur molekul D N A d i d a l a m sel b e r a d a d a l a m k e a d a a n d i n a m i s . P a d a fase-
fase t e r t e n t u , m o l e k u l D N A d a p a t b e r u p a m o l e k u l y a n g relaxed, yaitu suatu
keadaan pada saat D N A t i d a k m e n g a l a m i torsi. Sebagai c o n t o h , pada w a k t u
terjadi proses replikasi DNA, bagian t e r t e n t u m o l e k u l D N Aakan mengalami
relaksasi sehingga dapat diakses o l e h seperangkat enzim yang digunakan dalam
p r o s e s replikasi. Sebaliknya, pada fase atau bagian lain m o l e k u l D N A dapat berada
d a l a m k e a d a a n terpilin ( s u p e r c o / 7 e d ) . K e a d a a n berpilin (supercoiling state) p a d a
m o l e k u l D N A m e r u p a k a n bagian sangat penting dalam proses pengemasan DNA,
baik pada p r o k a r y o t m a u p u n e u k a r y o t . Keadaan berpilin adalah suatu keadaan d i
mana molekul D N A , yang pada dasarnya sudah membentuk struktur heliks,
m e n g a l a m i p r o s e s " p e m u t a r a n " (twist) l e b i h l a n j u t . K e a d a a n s e m a c a m ini m e m -
buat D N A yang berpilin akan mengalami torsi. Keadaan berpilin dapat berupa
pilinan negatif (negative supercoiling) a t a u pilinan positif (positive supercoiling).
Pilinan negatif t e r j a d i j i k a D N A d i p u t a r k e a r a h berkebalikan d a r i a r a h p e m u t a r a n
heliksnya yang berupa heliks ganda putar-kanan (rigiit-iianded double helix).
D N A dengan keadaan pilinan negatif s e m a c a m inilah yang pada u m u m n y a banyak
d i k e t e m u k a n d i a l a m . P a d a j a s a d e u k a r y o t , p e m b e n t u k a n nukleosom m e n y e b a b k a n
t e r b e n t u k n y a pilinan negatif. Pada k e l o m p o k b a k t e r i dan archaea, t e r d a p a t e n z i m
y a n g d i s e b u t D N A girase, y a n g j u g a d i k e n a l s e b a g a i D N A t o p o i s o m e r a s e II,
y a n g d a p a t m e n y e b a b k a n t e r b e n t u k n y a k o n f o r m a s i p i l i n a n negatif. Topoisomerase
adalah e n z i m yang m e n y e b a b k a n perubahan t o p o l o g i D N A . Pilinan negatif dapat
t e r b e n t u k jika D N A lingkar diputar sehingga sebagian m o l e k u l t e r l e t a k d i atas
bagian lain D N A yang sama. Enzim D N A t o p o i s o m e r a s e II k e m u d i a n melakukan
p e m o t o n g a n pada kedua untaian D N A y a n g t e r l e t a k d l atas bagian lain m o l e k u l
DNA y a n g s a m a . B a g i a n y a n g t e r p o t o n g t e r s e b u t k e m u d i a n d i s a m b u n g lagi p a d a
sisi y a n g lain d a r i b a g i a n m o l e k u l D N A y a n g u t u h . A k t i v i t a s D N A g i r a s e d i k e t a h u i
d a p a t d i h a m b a t o l e h a n t i b i o t i k nalidixic acid d a n novobiocin.
B e b e r a p a j a s a d p r o k a r y o t d i k e t a h u i m e m p u n y a i e n z i m r e v e r s e gyrase, yaitu
suatu e n z i m t o p o i s o m e r a s e yang dapat m e n y e b a b k a n t e r b e n t u k n y a pilinan positif
pada m o l e k u l D N A . Jasad yang m e m p u n y a i e n z i m s e m a c a m ini misalnya jasad
yang t a h a n hidup pada suhu sangat tinggi ( t e r m o f i l ) . Sebagai c o n t o h , jasad h i p e r t e r -
m o f l l Methanothermus fervidus mempunyai struktur menyerupai nukleosom
seperti pada e u k a r y o t dan D N A - n y a dalam keadaan berpilin positif.
Selain e n z i m yang dapat m e n y e b a b k a n t e r b e n t u k n y a s t r u k t u r pilinan, dikenal
j u g a e n z i m y a n g menghilangkan s t r u k t u r p i l i n a n p a d a D N A yaitu enzim DNA
t o p o i s o m e r a s e I. P e n g h i l a n g a n s t r u k t u r pilinan dapat terjadi dengan adanya
p e m o t o n g a n pada salah satu u n t a i a n D N A yang k e m u d i a n d i i k u d d e n g a n pindahnya
salah satu u n t a i a n D N A m e l e v / a t i u n t a i a n y a n g lain. H a l s e m a c a m ini m e n y e b a b k a n
perubahan s t r u k t u r pilinan, baik pilinan negatif m a u p u n positif, menjadi s t r u k t u r
y a n g relax. E n z i m y a n g m e m p u n y a i a k t i v i t a s s e m a c a m i n i t e r d a p a t p a d a p r o k a r y o t
maupun eukaryot. Molekul D N A u t a m a ( " k r o m o s o m " ) p a d a sel b a k t e r i dikemas
dalam s t r u k t u r pilinan sehingga menjadi lebih k o m p a k . D a l a m s t r u k t u r k r o m o s o m
bakteri semacam itu u m u m n y a t e r d a p a t b a n y a k d o m a i n pilinan. Jika salah satu
domain mengalami relaksasi, maka d o m a i n yang lain t i d a k t e r p e n g a r u h . Pada
jasad hidup, perubahan d a r i s t r u k t u r b e r p i l i n m e n j a d i relax, a t a u sebaliknya,
m e r u p a k a n dinamika sangat penting yang m e n e n t u k a n perilaku D N A di dalam
sel. Pada sebagian besar p r o k a r y o t , aras a k t u a l p e m b e n t u k a n s t r u k t u r pilinan
 Bab 5 Struktur D N A 71

negatif m e r u p a k a n hasil k e s e i m b a n g a n antara aktivitas D N Agirase d a n D N A

t o p o i s o m e r a s e I. S e l a i n i t u j u g a d i k e t a h u i b a h w a s t r u k t u r p i l i n a n m e m e n g a r u h i
ekspresi genetik. Beberapa gen diekspresikan secara lebih aktif jika D N A dalam
keadaan berpilin, sebaliknya t r a n s k r i p s i g e n - g e n lain d i h a m b a t o l e h d e r a j a t pilinan
yang terlalu besar.
Topologi D N A dapat dinyatakan secara kuantltatif yaitu dengan parameter
\ Parameter \
\ kuantltatif I ( 1 ) banyaknya putaran molekul D N A untai-ganda (T, t w i s t i n g n u m b e r ) , (2)
topologi DNA banyaknya putaran aksis heliks untai-ganda dalam ruang ( W , w r i t h e ) , d a n ( 3 )
banyaknya saling-silang k e d u a untai-ganda suatu m o l e k u l D N A t e r t u t u p
(L, linking number). U n t u k suatu molekul D N A yang d i k e t a h u i u k u r a n n y a , nilai
T dapat d i n y a t a k a n sebagai j u m l a h t o t a l pasangan basa dibagi b a n y a k n y a pasangan
basa u n t u k setiap p u t a r a n . Nilai W suatu m o l e k u l D N A lingkar yang m e m p u n y a i
t a k i k (n/ck) s a m a d e n g a n 0 ( n o l ) . Jika s u a t u m o l e k u l l i n g k a r t e r l e t a k m e n d a t a r
p a d a s u a t u p e r m u k a a n , m a k a n i l a i L d a p a t d i n y a t a k a n s e b a g a i b a n y a k n y a revolusi
satu u n t a i a n t e r h a d a p u n t a i a n y a n g lain. Nilai L adalah positif jika revolusinya
dengan arah putar-kanan, d a n berharga negatif jika arah putarannya k e kiri.
H u b u n g a n antara ketiga p a r a m e t e r t e r s e b u t dapat dinyatakan dengan persamaan
sebagai b e r i k u t :

L = W + T dan A L = A W + A T

L a m b a n g A m e n y a t a k a n p e r u b a h a n d a l a m nilai p a r a m e t e r t e r s e b u t . Persamaan
kedua sangat penting sebab secara eksperimental, pengukuran dilakukan terhadap
p e r u b a h a n nilai L ( A L ) . P e r s a m a a n t e r s e b u t m e n u n j u k k a n b a h w a p e n u r u n a n nilai
L menunjukkan beberapa k o m b i n a s i pilinan negatif, s e d a n g k a n k e n a i k a n nilai L
m e n u n j u k k a n p e n u r u n a n pilinan negatif. U n t u k m o l e k u l lingkar yang mempunyai
t a k i k , n i l a i T = L. S a t u h a l p e n t i n g y a n g p e r l u d i p e r h a t i k a n a d a l a h b a h w a n i l a i L
tidak dapat diubah tanpa m e m u t u s k a n suatu untaian, merotasikan untaian yang
satu t e r h a d a p yang lain, dan m e n y a m b u n g k a n n y a lagi.

K a n d u n g a n D N A d a n Kapasitas G e n e t i k
Seperti telah diungkapkan sebelumnya, ukuran d a n kandungan molekulD N A
yang dimiliki o l e h suatu jasad sangat bervariasi (lihat Tabel 5.3) sesuai dengan
k o m p l e k s i t a s jasadnya. Secara logika sederhana semestinya ada suatu korelasi
positif antara kandungan D N A dengan k o m p l e k s i t a s jasad, y a i t u b a h w a semakin
kompleks suatu jasad m a k a s e m a k i n besar pula kandungan DNA-nya p e r sel
haploid (dikenal sebagai C value). Sebagai c o n t o h , kandungan D N A pada k h a m i r
Sacctiaromyces cerevisiae l i m a k a l i l e b i h b e s a r d i b a n d i n g k a n dengan kandungan
D N A b a k t e r i Esciiericiiia coli k a r e n a s e c a r a s t r u k t u r a l b a k t e r i i n i l e b i h s e d e r h a n a .
Meskipun demikian studi menunjukkan bahwa banyaknya kandungan D N A suatu
jasad tidak selalu b e r k o r e l a s i positif dengan k o m p l e k s i t a s jasad t e r s e b u t . Sebagai
contoh, kandungan D N A pada setiap s e l katak adalah 7 kali lebih banyak d i -
bandingkan dengan kandungan D N A pada sel manusia, sedangkan kandungan
72 Biologi IVIolekular

D N A pada sel b u n g a H I 1 1 0 0 kali lebih b a n y a k d i b a n d i n g pada sel m a n u s i a . F e n o m e n a

s e m a c a m I n i d i s e b u t s e b a g a i C value paradox. Paradoks s e m a c a m Initidak hanya
a n t a r k e l o m p o k jasad yang berbeda, t e t a p i juga diketahui terjadi pada k e l o m p o k
jasad yang sama. Sebagai c o n t o h , b e b e r a p a spesies amfibi m e m p u n y a i k a n d u n g a n
DNA 1 0 0 kali lebih b a n y a k d i b a n d i n g k a n d e n g a n spesies a m f i b i y a n g lain.
Jasad y a n g m e m p u n y a i nilai-C y a n g lebih besar t i d a k selalu b e r a r t i m e m p u n y a i
l e b i h b a n y a k g e n d i b a n d i n g d e n g a n j a s a d y a n g n i l a i - C - n y a k e c i l . C value paradox
dapat t e r j a d i k a r e n a b e b e r a p a k e l o m p o k jasad m e m p u n y a i banyak u r u t a n basa
D N A y a n g t i d a k m e n g k o d e a s a m a m i n o {non-codmg DNA). U r u t a n b a s a D N A
s e m a c a m i n i b a n y a k t e r d a p a t p a d a b a g i a n intron d a n u r u t a n b e r u l a n g (repetitive
DNA).

Enzim yang Dapat Mendepolimerisasi D N A

Molekul D N A dapat didepollmerlsasi menjadi k o m p o n e n dasar penyusunnya
( y a i t u n u k l e o t i d a ) d e n g a n m e n g g u n a k a n e n z i m nuklease. E n z i m n u k l e a s e t e r d i r i
atas b e b e r a p a t i p e y a n g secara u m u m d i b e d a k a n m e n j a d i ( 1 ) DNase ( m e n d e p o l i -
Tipe-tipe m e r i s a s i D N A ) d a n ( 2 ) RNase ( m e n d e p o l i m e r i s a s i R N A ) . D N a s e ada y a n g h a n y a
nuldease
m e m o t o n g molekul D N A untai-tunggal d a n ada yang hanya m e m o t o n g D N A
u n t a i - g a n d a . D N a s e d a p a t d i b e d a k a n lagi m e n j a d i 2 m a c a m , y a i t u : ( 1 ) ekso-
nuklease, y a i t u D N a s e y a n g m e m o t o n g D N A d a r i u j u n g m o l e k u l 5 ' a t a u d a r i
u j u n g 3 ' , d a n ( 2 ) endonuklease, y a i t u D N a s e y a n g m e m o t o n g D N A d a r i b a g i a n
dalam untaian D N A . Beberapa c o n t o h nuklease disajikan pada Tabel 5.4.
SI e n d o n u k l e a s e y a n g d i i s o l a s i d a r i j a m u r Aspergillus oryzae m e m p u n y a i
kekhususan karena hanya m e m o t o n g polinukleotida untai-tunggal atau bagian
untai-tunggal suatu m o l e k u l D N A . Enzim ini berbeda dari e n z i m nuklease untai-
tunggal y a n g lain k a r e n a d a p a t m e m o t o n g u n t a i - t u n g g a l y a n g h a n y a t e r d i r i atas
satu atau d u a basa n u k l e o t i d a . D a l a m bagian s e b e l u m n y a telah dijelaskan b a h w a
D N A b e r p i l i n (supercoiled DNA) seringkali mengandung bagian yang berupa
u n t a i - t u n g g a l k a r e n a a d a n y a f e n o m e n a breathing. D N A b e r p i l i n d a p a t d i p o t o n g
dengan S I nuklease karena adanya bagian beruntai-tunggal s e m a c a m ini. Enzim
ini d a p a t d i g u n a k a n u n t u k m e m b e d a k a n a n t a r a D N A b e r p i l i n d e n g a n y a n g t i d a k
berpilin m a u p u n D N A yang m e m p u n y a i takik karena D N A t a k berpilin d a n
D N A bertakik bersifat resisten terhadap enzim ini.
Selain beberapa contoh enzim nuklease seperti pada Tabel 5.4, ada
sekelompok enzim endonuklease yang bersifat khusus yaitu yang disebut dengan
Tipe-tipe e n d o n u k l e a s e restrlksi (restriction endonuclease). E n z i m i n i m e m p u n y a i k e k h u s u s -
enzim
endonulflease an karena hanya m e m o t o n g D N A untai-ganda yang m e m p u n y a i u r u t a n n u k l e o t i d a
retrii<si t e r t e n t u . E n z i m e n d o n u k l e a s e r e s t r l k s i d i b e d a k a n m e n j a d i tiga t i p e , y a i t u t i p e I,
t i p e I I , d a n t i p e III. E n z i m endonuklease restrlksi tipe I m e r u p a k a n e n z i m n u k l e a s e
y a n g k o m p l e k s , m i s a l n y a e n z i m y a n g a d a p a d a £. coli B ( d i s e b u t e n z i m £coB),
d a n £. coli K 1 2 ( d i s e b u t £ c o K ) . E n z i m i n i m e m p u n y a i a k t i v i t a s e n d o n u k l e a s e
s e k a l i g u s m e t i l a s e d a n m e m e r l u k a n A T P , Mg^"^, d a n S - a d e n o s i l m e t i o n i n s e b a g a i
kofaktor. Aktivitas restrlksi d a n modifikasi (metilasi) terletak pada subunit yang
 Bab 5 Struktur DNA 73

Tabel 5.4 I B e b e r a p a m a c a m n u k l e a s e d a n a k t l v l t a s n y a .

Macam nuklease Substrat Sifat d a n Hasil pemotongan

sisi p e m o t o n g a n

SI nuklease Bagian untai-tunggal Endonuklease, memotong 5'-P mononukleotida

molekul D N A pada bagian untai-tunggal

Eksonuklease I Untai-tunggal D N A Eksonuklease pada 5'-P m o n o n u k l e o t i d a

d a r i E . coli ujung 5'-OH plus ujung dinukleotida

Eksonuklease I I I Untai-ganda D N A Eksonuklease, m e m o t o n g 5'-P m o n o n u k l e o t i d a

d a r i E. coli d e n g a n a r a h 3 ' - O H -» 5 ' - P

Eksonuklease V I I Untai-tunggal D N A Eksonuklease, m e m o t o n g 5'-P m o n o n u k l e o t i d a

d a r i E . coli d e n g a n a r a h 3 ' - O H —» 5 ' - P

Nuklease B A L 3 1 Untai-ganda dan a. E k s o n u k l e a s e , m e m o t o n g D N A berujung tumpul

untai-tunggal D N A dari ujung 5'-P d a n 3 ' - O H
serta R N A b. E n d o n u k l e a s e t e r h a d a p
untai-tunggal D N A

Nuklease mung Untai-tunggal D N A dan Endonuklease 5'-P nukleotida

bean ( k a c a n g h i j a u ) R N A , pada konsentrasi
tinggi juga m e m o t o n g
untai-ganda dari
kedua ujung

DNase 1 pankreas D N A dan R N A Endonuklease Oligonukleotida

Ribonuklease H RNA Endoribonuklease, Nukleotida dengan

(RNase H ) memotong ikatan ujung 5'-P d a n 3 ' - O H
hidrogen dalam hibrid
RNA-DNA

berbeda. Selain itu, e n z i m e n d o n u k l e a s e restrlksi tipe I juga m e m p u n y a i aktivitas

ATPase. E n z i m i n i m e n g e n a l i u r u t a n n u k l e o t i d a t e r t e n t u (recognition site) y a n g
berupa u r u t a n pasangan basa sebagai b e r i k u t : £coK m e n g e n a l i urutan
5 ' - A A C N N N N N N G T G C - 3 ' , sedangkan £coB mengenali urutan
5'-TGANNNNNNNNTGCT-3'. N m e n y a t a k a n basa n u k l e o t i d a a p a saja ( t i d a k
spesifik). M e s k i p u n e n z i m i n i secara spesifik mengenali daerah t e r t e n t u , tetapi
e n z i m ini m e m o t o n g D N A pada d a e r a h y a n g b e r l a i n a n dengan d a e r a h p e n g e n a l a n -
nya t e r s e b u t sehingga p e m o t o n g a n n y a t i d a k spesifik. D a l a m aplikasinya u n t u k
rekayasa genetik, enzim endonuklease tipe I tersebut tidak banyak dipergunakan.
E n d o n u k l e a s e tipe II m e m p u n y a i p e r b e d a a n m e n d a s a r d e n g a n t i p e I k a r e n a
e n z i m t i p e II m e m p u n y a i s p e s i f i s i t a s . D a e r a h y a n g d i k e n a l i m a u p u n d a e r a h y a n g
d i p o t o n g e n z i m t e r s e b u t bersifat spesifisitas dan t e r l e t a k pada bagian yang sama.
E n z i m i n i sangat stabil d a n hanya m e m e r l u k a n M g ^ * sebagai k o f a k t o r . E n z i m
e n d o n u k l e a s e r e s t r l k s i t i p e II d a p a t d i b e d a k a n a t a s u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g d i k e n a l i
yaitu dapat b e r u p a u r u t a n e m p a t , lima, atau e n a m basa yang spesifik. Sampai saat
i n i t e l a h r a t u s a n m a c a m e n z i m t i p e II y a n g b e r h a s l l d i i s o l a s i d a r i b e r m a c a m -
m a c a m b a k t e r i . C o n t o h n y a , e n z i m £coRI y a n g d i i s o l a s i d a r i b a k t e r i Esciierictiia
coli R Y 1 3 m e m p u n y a i d a e r a h p e n g e n a l a n d a n p e m o t o n g a n D N A berupa urutan
74 Biologi Molekular

5'-GAATTC-3'. Jika basa n u k l e o t i d a k o m p l e m e n u r u t a n t e r s e b u t dibaca dari

u j u n g 5 ' m a k a juga akan m e m b e r i k a n u r u t a n yang sama sebagai berikut:

5'-GAATTC-3'
3'-CTTAAG-5'

U r u t a n basa nukleotida s e m a c a m i n i d i s e b u t u r u t a n palindrom. E n z i m EcoRI

secara spesifik m e m o t o n g i k a t a n a n t a r a G dan A sehingga hasil p e m o t o n g a n n y a
menghasilkan molekul D N A dengan ujung yang tidak sama panjang dan sering
d i s e b u t s e b a g a i ujung l<ohesif a t a u ujung lekat (cohesive end a t a u sticky end)
sebagai berikut:
5'-G AATTC-3'
3'-CTTAA G-5'

Kedua u j u n g hasil p e m o t o n g a n t e r s e b u t a k a n d e n g a n mudah disambung lagi

d e n g a n m e n g g u n a k a n e n z i m D N A ligase, o l e h k a r e n a i t u u j u n g - u j u n g n y a s e r i n g
d i s e b u t u j u n g k o h e s i f . E n z i m e n d o n u k l e a s e r e s t r l k s i t i p e II y a n g l a i n m e n g e n a l i
dan m e m o t o n g daerah yang berbeda sehingga ujung-ujung yang dihasilkan juga
b e r b e d a , m i s a l n y a e n z i m Alu\. E n z i m i n i m e n g e n a l i u r u t a n 5 ' - A G C T - 3 ' d a n m e -
m o t o n g D N A t e r s e b u t m e n j a d i m o l e k u l d e n g a n u j u n g t u m p u l (blunt end) k a r e n a
m e m o t o n g i k a t a n a n t a r a G d a n C . E n z i m e n d o n u k l e a s e r e s t r l k s i t i p e II m e r u p a k a n
k e l o m p o k e n z i m yang paling banyak digunakan dalam t e k n o l o g i D N A rekombinan
(rekayasa genetik) u n t u k m e m o t o n g D N A secara spesifik.
Endonuklease restrlksi tipe III j u g a m e m o t o n g D N A p a d a b a g i a n y a n g s p e s l f i k
tetapi pada d a e r a h yang b e r d e k a t a n dengan d a e r a h pengenalannya. E n z i m ini juga
m e m e r l u k a n A T P d a n Mg^'^ u n t u k a k t l v l t a s n y a , t e t a p i t i d a k m e m p u n y a i a k t i v i t a s
ATPase serta tidak m e m e r l u k a n S-adenosil m e t i o n i n seperti enzim endonuklease
r e s t r l k s i t i p e I. S a l a h s a t u c o n t o h e n z i m e n d o n u k l e a s e r e s t r l k s i t i p e I I I a d a l a h
e n z i m Hgol yang mengenali u r u t a n basa n u k l e o t i d a 5 ' - G A C G C - 3 ' , tetapi m e -
motong D N A pada u r u t a n basa k e l i m a atau k e s e p u l u h dari u r u t a n yang dikenali
t e r s e b u t . E n z i m t i p e ini sangat jarang d i g u n a k a n d a l a m t e k n o l o g i D N A r e k o m b i n a n .

Soal-soal
1. Jelaskan pendekatan eksperimental yang dilakukan oleh Frederick Griffith untuk menjelaskan fenomena
t r a n s f o r m a s i p a d a Streptococcus pneumoniae.
1 Jelaskan bagaimana A v e r y dan kawan-kawan, sarta H e r s h e y dan Chase, m e m b u k t i k a n bahwa penyebab
t r a n s f o r m a s i S . pneumoniae a d a l a h m o l e k u l D N A .
3. G a m b a r k a n s t r u k t u r m o l e k u l D N A u n t a i - g a n d a . T u n j u k k a n posisi i k a t a n f o s f o d i e s t e r d a n i k a t a n / j e m b a t a n
hidrogen.
4. Jelaskan faktor-faktor yang m e n e n t u k a n struktur m o l e k u l D N A .
5. A p a yang dimaksud dengan renaturasi dan denaturasi?
6. A p a yang dimaksud dengan efek hipokromik dan hiperkromik?
7. P a r a m e t e r apa saja y a n g m e n e n t u k a n t o p o l o g i s u a t u DNA?
Pokok Bahasan:

I Organisasi G e n o m pada Prokaryot

I Pengemasan DNA pada Sel Prokaryot
I Organisasi Gen dalam Genom Prokaryot
I Organisasi G e n o m pada Eukaryot
I Pengemasan D N A pada Sel Eukaryot
I Organisasi Gen dalam Genom Eukaryot
I Famili G e n
I G e n Homeobox
I Organisasi Genom Virus

S eperti telah dikemukakan s e b e l u m n y a , salah s a t u p e r b e d a a n

a n t a r a jasad p r o k a r y o t dan e u k a r y o t adalah pada organisasi bahan genetiknya.
Pada k e l o m p o k p r o k a r y o t , u m u m n y a hanya adasatu unit bahan genetik
fundamental

utama
yang m e m b a w a semua informasi genetik yang diperlukan u n t u k kelangsungan
pertumbuhan jasad tersebut. Meskipun demikian, ada beberapa bukti yang
m e n u n j u k k a n b a h w a jasad p r o k a r y o t t e r t e n t u m e m p u n y a i lebih dari satu unit
bahan genetik utama. Sebaliknya, pada k e l o m p o k eukaryot, bahan genetik u t a m a
terdiri atas beberapa unit independen yang terpisah n a m u n semua unit bahan
g e n e t i k m e r u p a k a n s a t u k e s a t u a n genom y a n g m e n e n t u k a n k e l a n g s u n g a n hidup
jasad.
Sebelum sistem organisasi genom pada jasad dibahas lebih lanjut, perlu
d i p a h a m i t e r l e b i h d a h u l u p e r b e d a a n p e n g e r t i a n a n t a r a gen d e n g a n g e n o m . G e n
adalah unit molekul DNA atau RNA dengan panjang minimum tertentu yang
membawa informasi mengenai urutan asam amino yang lengkap suatu protein,
atau yang menentukan struktur lengkap suatu molekul rRNA (RNA ribosom)
atau tRNA ( t r a n s f e r R N A ) . G e n o m a d a l a h satu kesatuan gen yang secara alami
dimiliki oleti satu sel atau virus, atau satu kesatuan kromosom jasad eukaryot
dalam fase haploid. D e n g a n b a t a s a n s e m a c a m i n i m a k a d a p a t d i m e n g e r t i bahwa
sepotong m o l e k u l D N Ayang tidak m e m b a w a informasi genetik yang lengkap
t i d a k d a p a t d i s e b u t s e b a g a i g e n m e l a i n k a n h a n y a s e b a g a i fragmen DNA. Demikian
juga, satu k r o m o s o m suatu jasad yang m e m p u n y a i lebih dari satu kromosom
juga t i d a k dapat d i s e b u t sebagai g e n o m jasad t e r s e b u t .
76 Biologi Molel<ular

Pada beberapa jasad, t e r u t a m a pada k e l o m p o k p r o k a r y o t , seringkali d i j u m p a i

bahan g e n e t i k t a m b a h a n selain bahan g e n e t i k u t a m a n y a . Bahan genetik t a m b a h a n /
Definisi e k s t r a s e m a c a m i n i s e c a r a u m u m d i s e b u t s e b a g a i plasmid. D a l a m k e a d a a n n o r -
plasmid
mal, k e h a d i r a n plasmid pada u m u m n y a t i d a k d i p e r l u k a n o l e h sel. Jika s e l jasad
t e r s e b u t m e m b a w a plasmid, m a k a g e n o m jasad t e r s e b u t m e l i p u t i satu k e s a t u a n
gen yang a d a pada bahan genetik u t a m a n y a d a ng e n yang a d a pada plasmid
tersebut. Meskipun demikian, batasan semacam inidapat diargumentasi sebab
plasmid dapat m a s u k k e dalam sel secara alami atau secara artifislal di dalam
l a b o r a t o r i u m . O l e h karena itu, batasan g e n o m pada p r o k a r y o t u m u m n y a hanya
meliputi bahan genetik utamanya, kecuali kalau "bahan genetik t a m b a h a n " t e r s e b u t
m e r u p a k a n bagian yang secara genetis t a k t e r p i s a h k a n dari s e l t e r s e b u t . Sebagai
c o n t o h , y a n g d i m a k s u d d e n g a n g e n o m b a k t e r i Escherichia coli a d a l a h s e m u a g e n
yang ada pada satu unit bahan genetik u t a m a n y a ( " k r o m o s o m " ) , yang t e r s u s u n
atas 4 , 6 x 1 0* b p (bose po/rs/pasangan basa) D N A . Sebaliknya, pada beberapa
prokaryot, m i s a l n y a Pseudomonas s p . d a n Rhizobium sp., diketahui a d a unit
bahan g e n e t i k yang seringkali dianggap sebagai p l a s m i d r a k s a s a (giant plasmid)
y a n g secara genetis m e r u p a k a n bahan g e n e t i k y a n g vital u n t u k jasad t e r s e b u t .
S e b a g a i c o n t o h , Pseudomonas s p . d i k e t a h u i m e m p u n y a i p l a s m i d m e t a b o l i k ( p l a s -
m i d C A M ) y a n g b e r u k u r a n 2 3 0 k b ( 1 k b = 1 kilo base pairs, s e r i b u pasangan
basa). O l e h k a r e n a sifat g e n e t i s n y a yang vital m a k a plasmid raksasa s e m a c a m i t u
dianggap m e r u p a k a n bagian g e n o m jasad t e r s e b u t .
Pada jasad e u k a r y o t , selain bahan g e n e t i k u t a m a yang ada d i d a l a m inti sel,
y a n g d i s e b u t sebagai kromosom, juga d i j u m p a i b a h a n g e n e t i k lain y a n g t e r l e t a k
dl d a l a m o r g a n e l y a n g lain, m i s a l n y a m o l e k u l D N A pada m i t o k o n d r i a d a n k l o r o p l a s
(pada t u m b u h a n hijau). O l e h k a r e n a i t u , pada jasad s e m a c a m ini yang d i m a k s u d
dengan g e n o m adalah s e m u a unit g e n yang a d a pada k r o m o s o m dalam fase
haploid, t e r m a s u k g e n yang a d a pada bahan genetik e k s t r a baik yang a d a dl
mitokondria maupun kloroplas.

Organisasi G e n o m pada P r o k a r y o t
Bahan g e n e t i k u t a m a ( " k r o m o s o m " ) jasad p r o k a r y o t pada u m u m n y a t e r d i r i atas
s a t u u n i t m o l e k u l D N A u n t a i - g a n d a (double-stranded) dengan s t r u k t u r lingkar
(circular). O l e h k a r e n a i t u , j a s a d p r o k a r y o t b e r s i f a t m o n o p l o i d k a r e n a h a n y a a d a
s a t u b a h a n g e n e t i k u t a m a . P a d a b a k t e r i Escherichia coli, b a h a n g e n e t i k u t a m a n y a
t e r d i r i atas sekitar 4 . 6 0 0 k b (4,6 x 1 0^ bp). Bahan g e n e t i k pada jasad p r o k a r y o t
tidak d i k e m a s d i d a l a m s u a t u s t r u k t u r y a n g j e l a s k a r e n a p a d a s e l p r o k a r y o t tidak
terdapat inti sel (nukleus). H a l i n i b e r b e d a d e n g a n b a h a n g e n e t i k u t a m a j a s a d
e u k a r y o t yang t e r d a p a t d l d a l a m s t r u k t u r n u k l e u s . Bahan g e n e t i k u t a m a jasad
p r o k a r y o t diketahui terikat pada m e m b r a n sel sebelah dalam yang diduga ber-
p e r a n a n d a l a m proses p e m i s a h a n D N A pada w a k t u terjadi p e m b e l a h a n sel. O l e h
k a r e n a s t r u k t u r bahan g e n e t i k u t a m a jasad p r o k a r y o t b e r u p a m o l e k u l lingkar,
molekul tersebut tidak a d abagian ujungnya.
 Bab 6 Organisasi G e n o m 77

Meskipun pada u m u m n y a k r o m o s o m bakteri berupa m o l e k u l D N A dengan

s t r u k t u r lingkar, n a m u n diketahui a d a beberapa bakteri yang struktur bahan
g e n e t i k u t a m a n y a b e r u p a m o l e k u l D N A l i n e a r , m i s a l n y a p a d a b a k t e r i Borrelia
burgdorferi d a n Streptomyces lividans. Ujung molekul kromosom S. lividans
diketahui berikatan secara kovalen dengan suatu protein. Protein di ujung m o l e k u l
k r o m o s o m semacam i n i m e m p u n y a i fungsi yang sangat penting dalam proses
inisiasi replikasi D N A . Selain itu juga diketahui a d abakteri yang m e m p u n y a i 2
molekul k r o m o s o m y a i t u b a k t e r i Rhodobacter sphaeroides.
Selain bahan g e n e t i k u t a m a , jasad p r o k a r y o t seringkali juga mempunyai
Definisi bahan g e n e t i k t a m b a h a n yang disebut sebagai p l a s m i d . Plasmid pada p r o k a r y o t
plasmid
berupa molekul D N A untai-ganda dengan s t r u k t u r lingkar. Pada u m u m n y a plas-
m i d tidak dibutuhkan oleh sel u n t u k p e r t u m b u h a n meskipun seringkali plasmid
m e m b a w a gen-gen t e r t e n t u y a n g m e m b e r i k a n k e u n t u n g a n t a m b a h a n bagi s e l
dalam keadaan tertentu, misalnya gen ketahanan terhadap antiblotik. O l e h karena
itu, dalam keadaan n o r m a l plasmid dapat dihilangkan dengan metode curing
tanpa mengganggu p e r t u m b u h a n selnya. U k u r a n plasmid sangat bervariasi tetapi
p a d a u m u m n y a lebih kecil dari u k u r a n b a h a n g e n e t i k u t a m a sel p r o k a r y o t . Sebagai
c o n t o h , p l a s m i d C o l V - K 3 0 y a n g a d a d i d a l a m s e l £. coli h a n y a b e r u k u r a n s e k i t a r
2 kb, sedangkan p l a s m i d C A M y a n g a d a p a d a Pseudomonas s p b e r u k u r a n s e k i t a r
2 3 0 kb. Plasmid berada bebas di dalam sitoplasma dan pada u m u m n y a bereplikasi
secara independen dari replikasi bahan g e n e t i k u t a m a jasad. J u m l a h turunan
(copy number) plasmid d i dalam satu sel juga bervariasi dari 1 kopi sampai
beberapa ratus kopi. Bahkan, plasmid tertentu, misalnya plasmid seri p U C , dapat
diperbanyak jumlahnya di dalam s e l £. coli s e h i n g g a d a p a t mencapai jumlah
t u r u n a n sampai lebih dari s e r i b u k o p i p e r sel.
Plasmid Pada dasarnya plasmid m e r u p a k a n entitas genetik yang d i k e t e m u k a n secara
\ artifislal
alami di dalam sel beberapa k e l o m p o k p r o k a r y o t dan eukaryot. Dengan teknik
rekayasa genetik, sekarang telah dapat dikembangkan plasmid artifislal dengan
cara menggabungkan gen-gen dari beberapa plasmid alami m a u p u n dari genom
jasad t e r t e n t u . Salah satu c o n t o h plasmid artifislal adalah plasmid seri p U C ,
misalnya p U C 1 8 dan p U C 19.

P e n g e m a s a n D N A pada Sel P r o k a r y o t
Jika d i r e n t a n g k a n sebagai m o l e k u l linear, m a k a m o l e k u l D N A u t a m a pada p r o k a r y o t
m e m p u n y a i u k u r a n yang lebih panjang dibandingkan dengan u k u r a n selnya i t u
sendiri. Sebagai c o n t o h , panjang m o l e k u l D N A u t a m a p a d a £. coli a d a l a h s e k i t a r
1,2 m m sedangkan u k u r a n selnya sendiri kurang dari 1 m m . Dengan demikian
ada m e k a n i s m e t e r t e n t u u n t u k m e n g e m a s m o l e k u l D N A t e r s e b u t sehingga dapat
m a s u k d i d a l a m s e l y a n g u k u r a n n y a j a u h l e b i h k e c i l . P a d a £. coli d i k e t a h u i b a h w a
mekanisme pengemasan dilakukan dengan membuat molekul D N A tersebut
terkondensasi m e m b e n t u k r a n g k a i a n ' b u t i r a n ' (beads) seperti tasbih (Gambar
6.1). Setiap butiran tersusun atas molekul D N A dalam keadaan berpilin
 78 Biologi Molekular

(supercoiled) yang berikatan dengan s u a t u p r o t e i n (DNA-binding protein) d a n

m o l e k u l - m o l e k u l poliamin. D i a m e t e r setiap b u t i r a n adalah sekitar 12 n m . D a l a m
setiap butiran a d asekitar 2 0 0 - 2 5 0 b p D N A . B u d r a n satu dengan butiran yang
lain dipisahkan o l e h m o l e k u l D N A y a n g t i d a k b e r i k a t a n d e n g a n molekul protein
m a u p u n p o l i a m i n , y a n g d i s e b u t s e b a g a i D N A penghubung (linker DNA). R a n g k a i a n
b u t i r a n t e r s e b u t k e m u d i a n m e m b e n t u k s t r u k t u r l e n g k u n g (loop) s e h i n g g a m o l e k u l
DNA yang panjang t e r s e b u t dapat dikemas dalam s t r u k t u r yang kompak.

K r o m o s o m bakteri K r o m o s o m bakteri K r o m o s o m bakteri

dalam bentuk lingkar d a l a m b e n t u k b e r l i p a t (folded) d a l a m b e n t u k supercoiled

G a m b a r 6 . 1 k S t r u k t u r k r o m o s o m b a k t e r i Escherichia coli d a l a m s e l .

Organisasi G e n d a l a m G e n o m P r o k a r y o t
G e n o m jasad p r o k a r y o t t e r s u s u n atas banyak u n i t gen. Secara u m u m s t r u k t u r
l e n g k a p g e n p a d a b a k t e r i t e r d i r i atas tiga bagian u t a m a y a i t u : ( 1 ) promoter,
( 2 ) bagian strul<tural (coding region), d a n ( 3 ) t e r m i n a t o r . P r o m o t e r a d a l a h
Strulctur gen
bagian gen yang berfungsi sebagai p e n g a t u r proses ekspresi g e n e t i k (transkripsi)
\ pada bakteri
bagian s t r u k t u r a l . Bagian i n iadalah bagian yang akan dikenali p e r t a m a kali o l e h
R N A p o l i m e r a s e dan p r o t e i n r e g u l a t o r s e b e l u m proses transkripsi (sintesis RNA)
d i m u l a i . Bagian strul<tural a d a l a h b a g i a n g e n y a n g m e m b a w a k o d e - k o d e g e n e t i k
y a n g akan d i t r a n s k r i p s i dan k e m u d i a n ditranslasl ( d a l a m hal gen yang m e n g k o d e
p r o t e i n ) a t a u h a n y a d i t r a n s k r i p s i saja ( d a l a m hal g e n y a n g m e n g k o d e r R N A dan
t R N A ) . Bagian terminator adalah bagian g e n y a n g b e r p e r a n a n d a l a m proses
penghentian transkripsi.
Salah satu p e r b e d a a n u t a m a a n t a r a organisasi g e n pada p r o k a r y o t d e n g a n
Perbedaan
e u k a r y o t adalah b a h w a bagiar s t r u k t u r a l gen p r o k a r y o t ( b a k t e r i ) t i d a k m e n g a n d u n g
organisasi gen
p r o k a r y o t dan intron ( b e r a s a l d a r i k a t a intervening sequences). Intron a d a l a h s e k u e n s n u k l e o t i d a
yang tidak akan ditemukan " t e r j e m a h a n n y a " di dalam rangkaian asam amino
protein yang dikode oleh suatu gen. Intron akan ditranskripsi tetapi k e m u d i a n
mengalami p e m o t o n g a n sehingga tidak akan mengalami translasi. Sekuens
n u k l e o t i d a y a n g a k a n d i t e r j e m a h k a n d i s e b u t s e b a g a i ekson ( e x o n , b e r a s a l d a r i
k a t a expressed). Pada g e n o m eubakteri, diketahui tidak a d aintron, tetapi pada
\ Kelompok \
\ utama ^
genom arkhaebakterl tertentu diketahui terdapat intron.
I organisasi gen Pada jasad p r o k a r y o t d i k e t a h u i a d a tiga k e l o m p o k u t a m a organisasi g e n
/ eukaryot
y a i t u : ( 1 ) gen independen, ( 2 ) unit transkripsi, ( 3 ) kelompok gen (gene duster).
 Bab B Organisasi Genom 79

d a n ( 4 ) operon. G e n independen a d a l a h g e n y a n g e k s p r e s i n y a t i d a k t e r g a n t u n g
pada e k s p r e s i gen lain sehingga g e n t e r s e b u t a k a n d i e k s p r e s i k a n t e r u s - m e n e r u s
( d i s e b u t s e b a g a i ekspresi konstitutif) s e l a m a s e l n y a m a s i h t u m b u h . Unit transkripsi
adalah s e k e l o m p o k gen yang secara fisik t e r l e t a k b e r d e k a t a n dan diekspresikan
bersama-sama karena p r o d u k ekspresi gen-gen tersebut diperlukan dalam suatu
rangkaian proses fisiologi yang sama. C o n t o h unit transkripsi adalah rangkaian
g e n y a n g m e n g k o d e r R N A d a n t R N A . K e l o m p o k gen a d a l a h b e b e r a p a g e n y a n g
secara fisik t e r l e t a k pada l o k u s yang b e r d e k a t a n dan p r o d u k ekspresi gen-gen
t e r s e b u t diperlukan dalam rangkaian proses fisiologi yang sama, m e s k i p u n masing-
masing gen tersebut dikendalikan secara independen, misalnya k e l o m p o k gen
y a n g b e r p e r a n a n d a l a m p r o s e s p e n a m b a t a n n i t r o g e n p a d a b a k t e r i Rhizobium s p .
Operon adalah s e k e l o m p o k (gen) s t r u k t u r a l yang t e r l e t a k b e r d e k a t a n d a n
e k s p r e s i n y a d i k e n d a l i k a n o l e h satu promoter yang sama. M a s i n g - m a s i n g bagian
struktural tersebut mengkode protein yang berbeda tetapi protein-protein
tersebut diperlukan u n t u k rangkaian proses metabolisme yang sama. Sebagai
c o n t o h , o p e r o n lac t e r d i r i a t a s t i g a b a g i a n s t r u k t u r a l u t a m a y a i t u lacZ, lacY, d a n
lacA. B a g i a n lacZ m e n g k o d e r a n g k a i a n a s a m - a s a m a m i n o e n z i m P - g a l a k t o s i d a s e ,
lacY m e n g k o d e sintesis e n z i m permease, sedangkan lacA m e n g k o d e enzim
transasetilase. Ketiga e n z i m t e r s e b u t diperlukan dalam proses m e t a b o l i s m e laktosa
p a d a b a k t e r i £. coli. O p e r o n m e r u p a k a n s a l a h s a t u c i r i k h a s o r g a n i s a s i g e n p a d a
p r o k a r y o t . Sistem o p e r o n tidak d i k e t e m u k a n d i dalam organisasi g e n pada
eukaryot. Dengan adanya sistem o p e r o n maka m R N A hasll t r a n s k r i p s i g e n
p r o k a r y o t b e r s i f a t polisistronik k a r e n a s a t u m o l e k u l m R N A m e n g k o d e l e b i h d a r i
satu protein.

Contoh Soal
1. Jelaskan perbedaan a n t a r a istilah g e n dengan g e n o m .

Jawaban:
G e n adalah unit m o l e k u l D N A atau R N A dengan panjang m i n i m u m t e r t e n t u yang m e m b a w a
informasi mengenai u r u t a n asam a m i n o yang lengkap suatu p r o t e i n , atau yang m e n e n t u k a n
s t r u k t u r l e n g k a p s u a t u m o l e k u l r R N A ( R N A r i b o s o m ) a t a u t R N A (transfer RNA). G e n o m
a d a l a h s a t u k e s a t u a n g e n y a n g s e c a r a a l a m i d i m i l i k i o l e h s a t u sel a t a u v i r u s , a t a u s a t u k e s a t u a n
k r o m o s o m jasad e u k a r y o t d a l a m fase haploid.

2. S e b u t k a n bagian-bagian u t a m a s u a t u gen jasad p r o k a r y o t dan e u k a r y o t dan fungslnya.

Jawaban:
Bagian-bagian u t a m a g e n jasad p r o k a r y o t dan e u k a r y o t adalah: ( 1 ) p r o m o t e r , (2) bagian s t r u k t u r a l
(coding region), d a n ( 3 ) t e r m i n a t o r . B a g i a n s t r u k t u r a l a d a l a h b a g i a n y a n g m e n g k o d e s e s u a t u ,
misalnya u r u t a n a s a m a m i n o s u a t u p r o t e i n , p r o m o t e r adalah bagian y a n g m e n g a t u r p r o s e s a w a l
ekspresi gen, sedangkan t e r m i n a t o r bagian gen yang berfungsi m e n g h e n t i k a n p r o s e s ekspresi
(transkripsi) suatu gen.
80 Biologi IVlolel<ular

Organisasi G e n o m pada E u k a r y o t
G e n o m e u k a r y o t m e m p u n y a i organisasi yang lebih k o m p l e k s dibandingkan dengan
g e n o m p r o k a r y o t . M o l e k u l D N Au t a m a pada e u k a r y o t berupa m o l e k u l untai-
ganda dengan s t r u k t u r linear. U k u r a n genom eukaryot, khususnya eukaryot
tingkat tinggi, jauh lebih besar dibandingkan dengan ukuran genom prokaryot.
Bahan genetik u t a m a jasad e u k a r y o t t e r l e t a k di dalam inti sel (nukleus) d a n
dikemas sedemikian rupa m e m b e n t u k struktur yang disebut k r o m o s o m . Jumlah
k r o m o s o m pada k e l o m p o k jasad e u k a r y o t sangat bervariasi, mulai dari dua buah
p a d a k h a m i r Schizosaccharomyces pombe, s a m p a i m e n c a p a i 2 5 0 b u a h p a d a s e j e n i s
k e p i t i n g {hermit crab). S e l a i n k r o m o s o m , b e b e r a p a s e l e u k a r y o t j u g a m e m p u n y a i
DNA dl luar k r o m o s o m yaitu D N A pada m i t o k o n d r i a dan pada kloroplas (pada
sel t u m b u h a n h i j a u ) . B e b e i - a p a s e l e u k a r y o t j u g a m e m p u n y a i D N A plasmid,
m i s a l n y a Saccharomyces cerevisiae m e m p u n y a i p l a s m i d a l a m i y a n g d i s e b u t plas-
m i d 2 |xm. D N A m i t o k o n d r i a dan pada kloroplas berupa molekul D N A lingkar
dan replikasinya berlangsung secara independen, tidak tergantung pada replikasi
k r o m o s o m . Organisasi g e n pada m i t o k o n d r i a lebih mirip organisasi g e n pada
bakteri sehingga diduga m i t o k o n d r i a m e r u p a k a n jasad p r o k a r y o t endosimbion
yang dalam proses evolusi berkembang menjadi bagian s t r u k t u r sel e u k a r y o t
seperti yang dikenal sekarang.

Pengemasan D N A pada Sel E u k a r y o t

Seperti halnya pada p r o k a r y o t , ukuran m o l e k u l D N A yang m e n y u s u n kromosom
e u k a r y o t jauh lebih panjang dibandingkan u k u r a n selnya. Sebagai c o n t o h , jika
molekul D N A k r o m o s o m pada satu sel manusia disambung secara linear maka
dapat mencapai panjang sekitar 1,74 m sedangkan ukuran sel manusia hanya
beberapa mikron. Kromosom sel manusia mempunyai kandungan nukleotida
yang berkisar antara 4 8 juta pasangan basa (pada k r o m o s o m a u t o s o m terkecil,
yaitu kromosom 2 1 d a n 2 2 ) sampai sekitar 2 4 0juta pasangan basa pada
k r o m o s o m terbesar, yaitu k r o m o s o m 1 , 2, dan 3. O l e h karena itu, D N A utama
p a d a sel e u k a r y o t d i k e m a s d e n g a n s i s t e m y a n g sangat efisien dan k o m p a k . DNA
p a d a sel e u k a r y o t d i k e m a s d e n g a n m e n g g u n a k a n p r o t e i n h i s t o n y a n g t e r d i r i atas
lima macam yaitu H I , H 2 A , H2B, H 3 , d a n H 4 . Pada k h a m i r Saccharomyces
cerevisiae t i d a k t e r d a p a t h i s t o n H I . P r o t e i n h i s t o n d i g u n a k a n u n t u k menggulung
molekul D N A . Sekitar 200 b p D N A digulung pada satu k o m p l e k s histon yang
t e r s u s u n atas masing-masing dua m o l e k u l H 2 A , H 2 B , H 3 , H 4 , dan satu m o l e k u l
HI. Satu kompleks D N A d a n protein histon semacam ini disebut sebagai
n u k l e o s o m . Histon H 3 dan H 4tersusun sedemikian rupa m e m b e n t u k t e t r a m e r ,
sedangkan dua histon H 2 A t e r l e t a k pada bagian tengah-atas partikel nukleosom
dan histon H 2 B t e r l e t a k di bagian tengah-bawah. Fungsi h i s t o n H I adalah u n t u k
"mengunci" D N Adalam s t r u k t u r n u k l e o s o m tersebut. P e m b e n t u k a n struktur
nukleosom menyebabkan kondensasi atau pengemasan DNA m e n j a d i e n a m kali
 Bab 6 Organisasi G e n o m 81

lebih k o m p a k . Secara skematis, pengemasan DNA pada e u k a r y o t disajikan pada

Gambar 6.2.

Struktur kromosom
pada metafase

D N A dikemas dalam histon

m e m b e n t u k solenoid

G a m b a r 6.2 I S k e m a p e n g e m a s a n D N A p a d a j a s a d e u k a r y o t . K r o m o s o m pada
m e t a f a s e m e m p u n y a i b e n t u k y a n g k h a s seperti terlihat p a d a p a n e l b a g i a n atas.
Jika diuraikan m a k a k r o m o s o m eukaryot sebenarnya berupa m o l e k u l D N A linear
y a n g sangat p a n j a n g d a n d i k e m a s d e n g a n m e n g g u n a k a np r o t e i n histon.

D a l a m satu kompleks histon tersebut D N A digulung k u r a n g lebih dua kali.

A n t a r a n u k l e o s o m satu dengan n u k l e o s o m y a n g lain d i h u b u n g k a n o l e h m o l e k u l
D N A yang tidak berikatan dengan histon sehingga disebut sebagai DNA
penghubung {linker DNA) yang panjangnya berkisar antara 8 - 1 1 4 pasangan
basa. Bagian DNA penghubung tersebut dapat dipotong dengan menggunakan
nuklease. Ikatan antara D N A dengan histon dapat dipisahkan menggunakan larutan
g a r a m dengan k o n s e n t r a s i tinggi. Pada w a k t u gen sedang aktif ditranskripsikan
atau pada saat terjadi replikasi D N A , D N A n u k l e o s o m akan m e n j a d i lebih sensitif
t e r h a d a p nuklease. Hal ini m e m b e r i k a n indikasi b a h w a pada saat terjadi transkripsi
dan replikasi ada proses penguraian s t r u k t u r n u k l e o s o m . Rangkaian nukleosom
m e m b e n t u k s t r u k t u r yang disebut sebagai k r o m a t i n . K r o m a t i n m e r u p a k a n suatu
k o m p l e k s yang t e r d i r i atas D N A , p r o t e i n , dan R N A (kurang dari 1 0%). M o l e k u l
RNA yang ada pada k r o m a t i n sebenarnya m e r u p a k a n bagian p r o d u k ekspresi
gen-gen yang ada pada k r o m o s o m .
 Pada aras s t r u k t u r yang lebih tinggi k r o m a t i n m e m b e n t u k s t r u k t u r m e -
n y e r u p a i solenoid y a n g m e r u p a k a n s t r u k t u r p i l i n a n n u k l e o s o m . S t r u k t u r s o l e -
noid t e r k o n d e n s a s i secara k o m p a k m e m b e n t u k s t r u k t u r khas k r o m o s o m yang
dapat diamati pada saat s e l berada pada metafase. Pembentukan solenoid
m e n i n g k a t k a n d e r a j a t k o n d e n s a s i D N A m e n j a d i 4 0 kali, a r t i n y a setiap satu m i k r o -
meter struktur solenoid mengandung 4 0 j i mD N A . Pembentukan solenoid
memerlukan histonH I .
S t r u k t u r s o l e n o i d s e l a n j u t n y a d i r a p a t k a n lagi d e n g a n m e m b e n t u k pilinan
s o l e n o i d . Pilinan s o l e n o i d m e n i n g k a t k a n d e r a j a t p e n g e m a s a n m e n j a d i 1 . 0 0 0 kail
pada saat interfase dan m e n j a d i 1 0 . 0 0 0 kali pada w a k t u k r o m o s o m b e r a d a pada
fase mitotik. Pilinan solenoid yang m e m b e n t u k radial loop menyebabkan
k r o m o s o m yang ukurannya jauh lebih panjang dari sel dapat dikemas dalam
v o l u m e sel yang kecil.
Selain p r o t e i n histon, D N A juga berikatan dengan p r o t e i n n o n h i s t o n yang
d i p e r l u k a n u n t u k replikasi D N A , ekspresi gen, sebagai p r o t e i n r e g u l a t o r m a u p u n
protein yang digunakan u n t u k menstabllkan struktur k r o m o s o m .
Pada metafase s t r u k t u r k r o m o s o m dapat diamati dengan menggunakan
m i k r o s k o p cahaya dengan t e k n i k pengecatan menggunakan cat Giemsa. S t r u k t u r
kromosom yang terlihat dapat dibedakan menjadi beberapa bagian yaitu:
( 1 ) lengan k r o m o s o m , ( 2 ) s e n t r o m e r , d a n ( 3 ) t e l o m e r . L e n g a n k r o m o s o m
t e r d i r i a t a s d u a b a g i a n y a i t u p a r m (petite arm, l e n g a n p e n d e k ) d a n q a r m (long
arm, lengan panjang). Lengan k r o m o s o m adalah bagian kromosom yang
m e n g a n d u n g rangkaian gen, s e n t r o m e r adalah bagian tengah k r o m o s o m yang
berfungsi dalam proses distribusi k r o m o s o m pada w a k t u t e r j a d i p e m b e l a h a n sel,
sedangkan t e l o m e r adalah bagian ujung k r o m o s o m . G a m b a r a n s k e m a t i s s t r u k t u r
k r o m o s o m jasad e u k a r y o t d a p a t dilihat pada G a m b a r 6.3.
S e n t r o m e r b e r i k a t a n d e n g a n s u a t u p r o t e i n y a n g d i s e b u t k i n e t o k o r (kineto-
chore) y a n g b e r i k a t a n d e n g a n p r o t e i n y a n g d i s e b u t b e n a n g g e l e n d o n g (spindle
fiber) y a n g m e n a r i k k r o m o s o m k e a r a h k u t u b - k u t u b s e l y a n g b e r l a w a n a n pada
w a k t u t e r j a d i proses p e m b e l a h a n sel. U k u r a n panjang s e n t r o m e r sangat ber-
variasi a n t a r a jasad satu dengan jasad yang lain, misalnya s e n t r o m e r pada
k h a m i r Saccharomyces cerevisiae berukuran sekitar beberapa ratus pasangan
basa, s e d a n g k a n s e n t r o m e r pada k r o m o s o m manusia b e r u k u r a n antara 3 0 0
sampai 5.000 kbp.
Telomer adalah bagian u j u n g k r o m o s o m . K e d u a untaian D N A pada bagian
telomer m e m p u n y a i panjang yang tidak sama sehingga salah satu untaian
m e m b e n t u k struktur yang runcing karena berupa molekul untai-tunggal. U r u t a n
nukleotida pada t e l o m e r berupa u r u t a n berulang yang b e r u k u r a n pendek, misalnya
t e l o m e r pada k r o m o s o m manusia berupa ulangan u r u t a n n u k l e o t i d a TTAGGG.
Replikasi D N A pada bagian t e l o m e r m e l i b a t k a n suatu e n z i m k h u s u s yang disebut
telomerase. A k t i v i t a s e n z i m t e l o m e r a s e d i k e t a h u i t e r d a p a t p a d a s e l - s e l m e t a s t a t i k
tetapi t i d a k d i t e m u k a n pada sel-sel s o m a t i k yang n o r m a l . Pada sel yang n o r m a l ,
ujung t e l o m e r akan semakin m e m e n d e k seiring semakin bertambahnya u m u r
jasad.
 Bab 8 Organisasi Genom 83

Telomer

Lengan pendek kromosom

(p a r m )

Sentromer

Lengan panjang kromosom

{q a r m )

»• T e l o m e r
I I
Sister chromatid

G a m b a r 6.3I G a m b a r a n s k e m a t i s k r o m o s o m p a d a j a s a d e u k a r y o t . G a m b a r a n d i
atas adalah p a d a saat metafase.

K r o m o s o m dapat dicat dengan menggunakan cat Giemsa. Dengan pengecatan

s e m a c a m ini m a k a dapat d i a m a t i ada p e r b e d a a n d a l a m hal pengikatannya t e r h a d a p
cat t e r s e b u t pada bagian-bagian t e r t e n t u . Bagian k r o m o s o m yang t i d a k terlalu
rapat p e n g e m a s a n n y a m e n g i k a t lebih sedikit c a t G i e m s a dan bagian i n i disebut
eukromatin. E u k r o m a t i n m e n g a n d u n g g e n - g e n y a n g e k s p r e s i n y a d i p e r l u k a n u n t u k
p e m e l i h a r a a n aktivitas n o r m a l fisiologis s e l , y a n g d i s e b u t juga sebagai house-
keep/ng genes, misalnya u n t u k p r o d u k s i energi selular. Selain i t u , gen-gen t e r s e b u t
juga t e r s u s u n atas gen-gen yang diekspresikan secara spesifik pada jaringan t e r t e n t u
{tissue-specific genes), m i s a l n y a p a d a s e l - s e l s a r a f .
Bagian k r o m o s o m yang lebih rapat m e n g i k a t c a t G i e m s a lebih banyak d a n
bagian i n i d i s e b u t sebagai heterokromatin. H e t e r o k r o m a t i n d i b e d a k a n m e n j a d i
d u a m a c a m , y a i t u h e t e r o k r o m a t i n konstitutif d a n fakultatif H e t e r o k r o m a t i n
konstitutif t e r d i r i a t a s u r u t a n n u k l e o t i d a s e d e r h a n a b e r u l a n g , t i d a k m e n g a n d u n g
g e n , d a n t i d a k p e r n a h d i t r a n s k r i p s i k a n . H e t e r o k r o m a t i n fakultatif p a d a d a s a r n y a
m e r u p a k a n e u k r o m a t i n y a n g t i d a k aktif pada t a h a p a n p e r k e m b a n g a n sel t e r t e n t u .
Pada jasad t i n g k a t tinggi, k r o m o s o m d i b e d a k a n atas k r o m o s o m n o n - s e k s yang
d i s e b u t a u t o s o m d a n k r o m o s o m s e k s y a i t u k r o m o s o m X d a n Y.
 Organisasi G e n d a l a m G e n o m E u k a r y o t
Seperti halnya pada p r o k a r y o t , organisasi dasar gen pada e u k a r y o t juga terdiri
atas tiga bagian u t a m a y a i t u p r o m o t e r , bagian g e n s t r u k t u r a l , dan terminator.
Perbedaan mendasar organisasi gen p r o k a r y o t dan e u k a r y o t t e r u t a m a t e r l e t a k
p a d a b a g i a n s t r u k t u r a l n y a , y a i t u a d a n y a intron p a d a s e b a g i a n b e s a r g e n e u k a r y o t
tingkat tinggi. Pada mamalia, sebagian besar gen m e n g a n d u n g i n t r o n , sedangkan
p a d a e u k a r y o t t i n g k a t r e n d a h Saccharomyces cerevisiae h a n y a s e b a g i a n k e c i l g e n
yang mengandung Intron. U k u r a n g e ne u k a r y o t bervariasi dari beberapa ratus
pasangan basa (misalnya gen insulin manusia) sampai lebih dari satu juta pasangan
b a s a ( m i s a l n y a g e n Duchene muscular dystrophy d a n n e u r o f i b r o m a t o s i s pada
manusia). Pada u m u m n y a satu gen e u k a r y o t hanya mengandung informasi u n t u k
satu m a c a m polipeptida atau R N A tertentu. Meskipun demikian telah d i k e t e m u k a n
juga adanya f e n o m e n a gen di dalam gen, misalnya gen u n t u k F a k t o r VIII h e m o f i l l a
dan neurofibromatosis mengandung urutan nukleotida u n t u k gen lain.
Infomasi genetik pada e u k a r y o t dapat t e r l e t a k pada kedua untaian ganda
D N A , artinya masing-masing untaian D N A d a p a t berfungsi sebagai bagian yang
m e n g k o d e s e s u a t u {coding region) m a u p u n y a n g t i d a k m e m b a w a i n f o r m a s i g e n e t i k
{non<oding region). G e n p a d a j a s a d e u k a r y o t d a p a t d i k e l o m p o k k a n m e n j a d i t i g a
kelas, yaitu:

G e n K e l a s I, y a i t u g e n - g e n y a n g m e n g k o d e p e m b e n t u k a n r R N A 5,8S, rRNA
IBS, danrRNA 28S. Ketiga molekul r R N A tersebut digunakan dalam
pembentukan ribosom.

Tiga l<elas G e n K e l a s II, y a i t u g e n - g e n y a n g m e n g k o d e s i n t e s i s s e m u a m o l e k u l p r o t e i n .

gen p a d a
eukaryot G e n - g e n t e r s e b u t t e r l e b i h d a h u l u akan disalin (ditranskripsi) m e n j a d i m o l e k u l
m R N A , selanjutnya m R N A akan ditranslasl menjadi rangkaian asam a m i n o
yang menyusun suatu protein.

G e n K e l a s III, y a i t u g e n - g e n y a n g m e n g k o d e p e m b e n t u k a n m o l e k u l t R N A dan
r R N A 5S. M o l e k u l t R N A digunakan u n t u k m e m b a w a asam a m i n o yang akan
disambungkan menjadi m o l e k u l p r o t e i n dalam proses translasi.

S e p e r t i t e l a h d i s e b u t k a n s e b e l u m n y a , sebagian besar bagian s t r u k t u r a l suatu

g e n p a d a e u k a r y o t t i n g k a t t i n g g i t e r s u s u n a t a s ekson ( b a g i a n y a n g mengkode
a s a m - a s a m a m i n o ) d a n intron ( b a g i a n y a n g t i d a k a k a n d i t e r j e m a h k a n m e n j a d i
urutan asam a m i n o ) . M e k i p u n demikian, tidak s e m u a g e n pada e u k a r y o t t e r -
interupsi oleh intron, misalnya gen yang m e n g k o d e protein histon, interferon,
d a n g e n zein ( p a d a j a g u n g ) . J u m l a h d a n u k u r a n i n t r o n p a d a s u a t u g e n s a n g a t
bervariasi, misalnya gen tRNA^'"' pada Saccharomyces cerevisiae hanya
m e n g a n d u n g satu i n t r o n yang terdiri atas 1 4 b p , sedangkan g e n thyroglobulin
pada manusia mengandung lebih dari 4 0 intron yang u k u r a n totalnya sekitar
100.000 bp.
Pada w a k t u g e n ditranskripsikan, s e b e n a r n y a bagian i n t r o n juga akan d i -
transkripsikan tetapi selanjutnya akan dipotong dari transkrip ( m R N A ) primer.
 Bab 6 Organisasi G e n o m 85

S e l a n j u t n y a h a n y a e k s o n - e k s o n saja y a n g a k a n d i s a m b u n g k a n menjadi mRNA

y a n g m a t a n g (mature mRNA). T r a n s k r i p y a n g s u d a h m a t a n g k e m u d i a n d i t r a n s l a s l
(diterjemahkan) menjadi urutan asam-asam amino. Beberapa hal utama yang
m e r u p a k a n ciri u m u m pada s e m u a gen yang t e r l n t e r u p s i ( m e n g a n d u n g intron)
adalah:

1. U r u t a n bagian-bagian gen yang t e r l n t e r u p s idalam g e n o m adalah s a m a dengan

u r u t a n pada p r o d u k R N A hasil t r a n s k r i p s i .

2. G e n yang terlnterupsi m e m p u n y a i s t r u k t u r yang sama pada semua jaringan,

baik terekspresikan m a u p u n tidak.

3. I n t r o n dalam gen-gen inti sel pada u m u m n y a m e m p u n y a i k o d o n t e r m i n a s i

d a l a m s e m u a k e r a n g k a b a c a (reading frame).

S e m u a gen yang ada dalam inti sel dapat m e n g a l a m i interupsi, yaitu baik gen
yang m e n g k o d e protein, yang mengkode r R N A , m a u p u n yang m e n g k o d e t R N A .
Interupsi o l e h adanya i n t r o n juga d i t e m u k a n dalam gen-gen m i t o k o n d r i a dalam
eukaryot tingkat rendah, maupun dalam gen-gen kloroplas. Interupsi g e n oleh
i n t r o n bahkan juga a d a dalam g e n a r k h a e b a k t e r l d a n suatu bakteriofag yang
m e n y e r a n g b a k t e r i £. coli. S e b a l i k n y a , d a l a m g e n o m e u b a k t e r i t i d a k d i t e m u k a n
s a m a sekali adanya I n t r o n . D a l a m hal gen yang m e n g k o d e m R N A , ekson-ekson
yang t e r l e t a k di bagian ujung ( 5 ' d a n 3') m e n g a n d u n g bagian g e n yang tidak
ditranslasikan.

Gen-gen yang m e m p u n y a i hubungan e v o l u s i o n e r juga m e n u n j u k k a n hubungan

organisasi, k h u s u s n y a dalam hal posisi beberapa i n t r o n yang selalu tetap. Variasi
u k u r a n gen t e r u t a m a d i t e n t u k a n o l e h panjang intron. G e n yang b e r u k u r a n sangat
panjang disebabkan o l e h Intron yang b e r u k u r a n sangat panjang, bukan o l e h karena
u k u r a n e k s o n n y a . H a l s e m a c a m Ini n a m p a k , m i s a l n y a , d a l a m organisasi g e n y a n g
m e n g k o d e globin dan dihidrofolat reduktase ( D H F R ) . G e n yang m e n g k o d e globin
yang aktif pada jasad yang b e r b e d a , misalnya m a m a l i a , b u r u n g , dan katak, m e n u n j u k -
kan adanya interupsi o l e h i n t r o n pada posisi yang h o m o l o g . G e n globin terdiri
atas tiga e k s o n dan dua i n t r o n . I n t r o n yang p e r t a m a biasanya b e r u k u r a n pendek,
sedangkan i n t r o n kedua biasanya lebih panjang m e s k i p u n u k u r a n n y a bervariasi
antarjasad yang berbeda. Sebagian besar variasi u k u r a n total gen globin disebabkan
o l e h variasi pada i n t r o n k e d u a . H a l yang s e r u p a juga n a m p a k d a l a m hal organisasi
gen D H F R yang t e r s u s u n atas 6 e k s o n yang setara dengan 2.000 basa mRNA.
U k u r a n total gen D H F R jauh lebih panjang karena adanya i n t r o n yang b e r u k u r a n
sangat panjang. Pada tiga m a c a m m a m a l i a yang berbeda, panjang ekson-ekson
tersebut sama, tetapi u k u r a n i n t r o n n y a sangat bervariasi sehingga u k u r a n total
gen D H F R bervariasi dari 2 5 sampai 3 1 k b . Tabel 6.1 m e n u n j u k k a n beberapa
c o n t o h u k u r a n beberapa gen pada beberapa jasad yang berbeda.

S e l a i n i n t r o n y a n g t e r d a p a t di dalam b a g i a n s t r u k t u r a l s u a t u g e n , j u g a t e r d a p a t
urutan D N A y a n g t e r d a p a t di antara g e n y a n g s a t u d e n g a n g e n y a n g l a i n y a i t u
yang disebut sebagai s p o c e r D N A . M e s k i p u n secara u m u m i n t r o n merupakan
bagian yang tidak m e n g k o d e u r u t a n asam a m i n o n a m u n ada beberapa perkecualian.
86 Biologi Molekular

T a b e l 6.1 1 U k u r a n beberapa gen pada beberapa jasad hidup.

Spesies Rata-rata Rata-rata panjang; Rata-rata panjang

jumlah ekson gen (kb) m R N A (kb)

S. cerevisiae 1 1,6 1,6

Fungi 3 1,5 1,5
Caenoriiabditis elegans 4 4,0 3,0
D. melanogaster 4 11,3 2,7
Ayam 9 13,9 2,4
Mamalia 7 16,6 2,2

(Sumber: Lewin, 1994.)

Sebagai c o n t o h , gen s i t o k r o m fa p a d a k h a m i r S. cerevisiae m e n g a n d u n g d u a

intron (yaitu intron 1 2 d a n 1 4 )yang urutan nukleotidanya m e n g k o d e enzim
maturase y a n g b e r f u n g s i d a l a m p e m r o s e s a n RNA.
Ekson pada suatu gen diketahui mengkode suatu bagian t e r t e n t u (yang
d i s e b u t s e b a g a i domain) p a d a s u a t u p r o t e i n . S e b a g a i c o n t o h , g e n y a n g m e n g k o d e
antibodi dan hemoglobin mengandung beberapa ekson yang diketahui m e r u p a k a n
d o m a i n - d o m a i n speslfik p r o t e i n - p r o t e i n t e r s e b u t . Penyebaran e k s o n pada suatu
gen semacam ini diduga m e m p u n y a i implikasi e v o l u s i o n e r yang sangat penting
karena memungkinkan terjadinya rekombinasi antara unit-unit ekson sehingga
t e r b e n t u k p r o t e i n dengan fungsi baru. I^eskipun demikian, unit-unit e k s o n s e -
m a c a m ini juga dapat hilang k a r e n a p r o s e s p e n y u s u n a n k e m b a l i (rearrangement)
suatu g e natau karena proses rekombinasi.
P o l a penggabungan e k s o n (exon splicing) y a n g b e r b e d a d a r i s u a t u g e n d a p a t
menyebabkan t e r b e n t u k n y a p r o t e i n yang berbeda. Sebagai c o n t o h , g e n yang
m e n g k o d e t r o p o n i n T p a d a t i k u s t e r d i r i a t a s l i m a e k s o n , y a i t u e k s o n W , X, a,
p, d a n Z . Penggabungan ekson a atau P dengan ekson-ekson yang lain
m e n g h a s i l k a n v a r i a n t r o p o n i n a a t a u t r o p o n i n p. D e n g a n d e m i k i a n , s a t u u r u t a n
DNA yang sama dapat digunakan u n t u k m e n g k o d e p e m b e n t u k a n protein yang
berbeda.
Pada e u k a r y o t , sebagian besar gen yang m e n g k o d e p r o t e i n hanya berupa
g e n t u n g g a l (single copy). M e s k i p u n d e m i k i a n , a d a b e b e r a p a p e r k e c u a l i a n , m i s a l n y a
gen yang mengkode t R N A dan r R N A yang terdapat dalam ribuan kopi. Gen-gen
yang m e n g k o d e rRNA pada manusia terdapat dalam suatu k e l o m p o k a n pada
b a g i a n t e r t e n t u l i m a k r o m o s o m y a n g d i s e b u t s e b a g a i nucleolar organizer. Bagian
i n i a d a l a h t e m p a t t e r b e n t u k n y a nukleolus y a n g t e r b e n t u k p a d a v ^ ^ a k t u t e r j a d i
transkripsi gen-gen r R N A . Pada t a n a m a n jagung, gen-gen r R N A t e r d a p a t dalam
suatu k e l o m p o k a n pada satu k r o m o s o m yaitu k r o m o s o m 6.T a b e l 6.2 m e m b e r i k a n
beberapa contoh jumlah kopi gen r R N A dan t R N A pada b e b e r a p a jasad yang
berbeda.
Gen-gen tRNA juga t e r d a p a t dalam suatu k e l o m p o k a n pada satu atau
beberapa k r o m o s o m . Dalam suatu kelompokan terdapat banyak kopi (multikopi)
suatu gen t R N A yang sama atau beberapa gen t R N A yang berbeda. Pada manusia,
t e r d a p a t k u r a n g lebih 2 . 6 0 0 k o p i gen t R N A d a l a m setiap sel d i p l o i d y a n g t e r s e b a r
dalam beberapa k r o m o s o m .
 Bab 8 Organisasi G e n o m 8 7

T a b e l 6.2I J u m l a h k o p i g e nr R N A d a n t R N A p a d a b e b e r a p a j a s a d hidup.

Spesies G e n 18S/28S Gen 5S Gen tRNA

£. coli 7 7 60
S . cerevisiae 140 140 250
X e n o p u s laevis 450 24.000 1.150
Manusia 280 1.000 1.300

(Sumber: Lewin, 1994.)

Famili Gen
Telah diketahui bahwa beberapa gen yang m e n g k o d e suatu protein m e m p u n y a i
Definisi famiii ^ p o l a u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g m i r i p satu s a m a lain. K e l o m p o k g e n s e m a c a m ini,
gen
y a n g d i s e b u t s e b a g a i famili gen (multigen), d i d u g a m e r u p a k a n k e l o m p o k g e n y a n g
berasal dari gen n e n e k m o y a n g yang sama. G e n - g e n s e m a c a m ini dapat berada
dalam suatu k e l o m p o k a n pada satu k r o m o s o m yang sama, atau tersebar di
beberapa k r o m o s o m . Gen-gen yang m e r u p a k a n satu famili pada u m u m n y a m e m -
punyai u r u t a n n u k l e o t i d a yang m i r i p dan p r o t e i n yang d i k o d e m e m p u n y a i fungsi
yang berkaitan e r a t atau serupa. Sebagai c o n t o h , gen-gen yang m e n g k o d e e n z i m
tripsin, k h i m o t r i p s i n , d a n elastase m e m p u n y a i u r u t a n nukleotida yang mirip.
Enzim-enzim tersebut mempunyai kemampuan yang serupa yaitu m a m p u m e -
m o t o n g ikatan peptida dan disintesis o l e h sel-sel p a n k r e a s yang sama. Selain i t u ,
juga diketahui a d a beberapa p r o t e i n yang dihasilkan o l e h jasad yang berbeda
tetapi m e m p u n y a i k e m i r i p a n s t r u k t u r dan fungsi, misalnya papain dan aktinidin.
Papain adalah e n z i m protease yang banyak d i k e t e m u k a n dalam daun pepaya,
s e d a n g k a n a k t i n i d i n a d a l a h e n z i m p r o t e a s e y a n g a d a d a l a m b u a h k i w i (Actinidia
chiriensis). K e d u a e n z i m t e r s e b u t m e m p u n y a i k e m i r i p a n s t r u k t u r a l y a n g s a n g a t
besar.
Di s a m p i n g famili gen seperti yang dijelaskan d iatas, juga ada k e l o m p o k gen
y a n g m e r u p a k a n superfamili gen y a n g p r o d u k p r o t e i n n y a m e m p u n y a i h u b u n g a n
yang erat. C o n t o h dari superfamili g e n misalnya adalah g e nyang mengkode
p r o t e i n h e m o g l o b i n d a n p r o t e i n - p r o t e i n s i s t e m k e k e b a l a n {immurie system).
Gen-gen yang termasuk dalam superfamili imunoglobulin, misalnya yang
mengkode:

1. Major histocompatibility Kelas I d a n II (bagian pengenalan) d a n K e l a s III

(komponen komplementer).
\ Contoh gen
\ superfamili 2. L i m a kelas antibodi: IgG, IgM, I g A , IgD, dan IgE.
imunoglobulin
3. Reseptor sel T .
4. R e s e p t o r poli-lg yang m e n g i k a t antibodi IgA dan m e m b a w a n y a melintasi sel-
sel e p i t e l .
5. M o l e k u l - m o l e k u l C D 4dan C D S yang masing-masing t e r d a p a t pada sel-sel
T-helper d a n s e l - s e l T-suppressor. Molekul-molekul tersebut berperanan
dalam proses pengenalan pada saat awal terjadinya tanggapan kekebalan.
88 Biologi Molekular

Seringkali s e m u a anggota suatu famili gen m e r u p a k a n gen-gen yang fungsional,

n a m u n beberapa famili gen juga m e m p u n y a i anggota yang b u k a n m e r u p a k a n gen
yang aktif karena tidak m e n g k o d e p r o d u k protein yang fungsional. Gen-gen yang
Definisi t i d a k f u n g s i o n a l s e m a c a m i n i d i s e b u t pseudogen. S u a t u p s e u d o g e n b i a s a n y a d l -
pseudogen
s l m b o l k a n d e n g a n yr. B e b e r a p a p s e u d o g e n m e m p u n y a i s t r u k t u r g e n y a n g s e r u p a
dengan gen yang fungsional, tetapi pseudogen tersebut menjadi tidak akdf karena
adanya m u t a s i yang menghalangi proses ekspresinya. Pseudogen biasanya m e n g -
alami mutasi delesi yang m e n y e b a b k a n g e nt e r s e b u t tidak dapat diekspresikan.
S e b a g a i c o n t o h a d a l a h p s e u d o g e n fff 1 p a d a k e l l n c i y a n g m e m p u n y a i s t r u k t u r
yang m i r i p dengan g e n globin /37. P s e u d o g e n ^ 1 t e r s e b u t mengalami delesi
s e b a n y a k 2 0 b p y a n g m e n y e b a b k a n p e r g e s e r a n p o l a - b a c a {frame-shift) g e n sehingga
t e r j a d i t e r m i n a s i t r a n s l a s i s e c a r a p r e m a t u r . P s e u d o g e n g l o b i n ijf 3 p a d a m e n c i t
mempunyai struktur yang menarik karena tidak mengandung intron sehingga
d i k a t a k a n s e b a g a i p s e u d o g e n y a n g t e r p r o s e s {processed pseudogene).

G e n Homeobox
Pada jasad e u k a r y o t multiselular, ada s e k e l o m p o k gen yang b e r t a n g g u n g j a w a b
d a l a m p r o s e s p e r k e m b a n g a n d a r i s a t u sel m e n j a d i i n d l v i d u y a n g l e n g k a p . K e l o m p o k
Definisi gen
hon)eotil( g e n t e r s e b u t d i s e b u t gen h o m e o t i k . K a t a h o m e o t i k b e r a s a l d a r i b a h a s a Y u n a n I
y a i t u homoio yang artinya "serupa". Gen-gen h o m e o t i k mengkode protein yang
m e r u p a k a n r e g u l a t o r dalam proses transkripsi yaitu dengan cara m e n e m p e l pada
b a g i a n l e k u k a n b e s a r {major groove) D N A . P a d a g e n o m Drosophila, g e n h o m e o t i k
t e r d a p a t pada k r o m o s o m 3 yaitu dalam suatu k e l o m p o k a n yang t e r s u s u n atas
2 5 0 . 0 0 0 b p . S a l a h s a t u k e l o m p o k a n g e n ( g e n e cluster) d i s e b u t s e b a g a i kompleks
a n t e n n a p e d i a {ANT-C) yang berperanan dalam m e n g a t u r perkembangan kepala
dan tiga bagian t o r a k s . K e l o m p o k a n g e n yang lain d i s e b u t sebagai kompleks
bitoraks (BX-C) y a n g m e n g a t u r p e r k e m b a n g a n d e l a p a n b a g i a n a b d o m i n a l d a n
dua bagian t o r a k s .
Analisis u r u t a n nukleotida gen-gen h o m e o t i k m e n u n j u k k a n adanya u r u t a n
y a n g s a n g a t i d e n d k y a n g t e r d i r i a t a s T 8 0 b p . B a g i a n y a n g s e l a l u a d a (conserved)
p a d a s e t i a p g e n h o m e o t i k t e r s e b u t d i s e b u t s e b a g a i homeobox yang m e n g k o d e
6 0 a s a m a m i n o y a n g m e n y u s u n homeodomain pada p r o t e i n r e g u l a t o r t e r s e b u t .
Diketahui ada sekitar 4 0 g e n yang mengandung urutan h o m e o d o m a i n . Lokus
h o m e o t i k p a d a k e l o m p o k a n g e n 6 X - C d a n ANT-C s e r i n g d i s e b u t p u l a sebagai
gen-gen HOM-C. U r u t a n n u k l e o d d a h o m e o d o m a i n t e r s e b u t juga d i t e m u k a n
pada gen-gen jasad lain y a i t u fungi, k h a m i r , amfibi, t u m b u h a n , dan m a n u s i a . Pada
vertebrata, gen-gen h o m e o t i k terdapat dalam e m p a t k e l o m p o k a n yang disebut
s e b a g a i gen Hox. P a d a t i k u s , g e n - g e n h o m e o t i k t e r d a p a t p a d a k r o m o s o m 2 , 6 ,
1 1 , dan 1 5, sedangkan pada manusia t e r d a p a t pada k r o m o s o m 2, 7, 12, dan 1 7 .
Gen-gen h o m e o t i k pada katak dan mamalia diekspresikan pada tahap awal e m b r i o -
g e n e s i s , s e p e r t i a p a y a n g t e r j a d i p a d a Drosophila. H a l Inimemberikan dugaan
b a h w a g e n - g e n y a n g m e n g a n d u n g homeobox b e r p e r a n a n dalam regulasi e m b i o -
genesis pada banyak spesies.
 Bab 8 Organisasi Genom 8 9

J i k a u r u t a n n u k l e o t i d a g e n homeobox p a d a m a m a l i a ( m i s a l n y a m e n c i t ) d i -
bandingkan dengan g e n p a d a Drosophila, maka dapat dilihat bahwa gen-gen
t e r s e b u t m e m p u n y a i k e t e r k a i t a n . S e b a g a i c o n t o h , g e n HoxA4 d a n HoxB4 pada
mamalia m e m p u n y a i keterkaitan dengan g e n Dfd p a d a Drosophila. L o k u s pada
suatu k e l o m p o k a n gen sering disebut sebagai p a r a l o g . C o n t o h n y a , gen Hox4A
dan H o x 6 4 yang t e r l e t a k dalam satu k e l o m p o k a n m e r u p a k a n paralog. Salah satu
hal yang sangat m e n o n j o l d a l a m h a l organisasi lokus H o x adalah b a h w a posisi
gen dalam g e n o m m e m p u n y a i korelasi dengan ekspresi pada tingkat embrionik.
Jika gen-gen dalam k e l o m p o k a n Hox tersebut digambarkan dalam u r u t a n dari
kiri k e kanan, m a k a u r u t a n t e r s e b u t akan sesuai dengan u r u t a n ekspresinya pada
e m b r i o dari arah a n t e r i o r k e p o s t e r i o r (jika u r u t a n a n t e r i o r d a n p o s t e r i o r
t e r s e b u t juga digambarkan dari kiri k e kanan).
Beda gen Meskipun ada keserupaan a n t a r a g e n - g e n homeobox p a d a Drosophila d a n
homeobox
Drosophila dan mencit, n a m u n a d abeberapa perbedaan di antara keduanya, yaitu:
mencit
1. Gen-gen H o x u k u r a n n y a lebih kecil, sebagai c o n t o h k e l o m p o k a n H o x B ber-
ukuran sekitar 120 k b dan mengandung 9 gen. K e l o m p o k a n gen h o m e o t i k pada
Drosophila b e r u k u r a n s e k i t a r 3 5 0 k b .

2. P a d a Drosophila, m a s i n g - m a s i n g g e n bersifat unik, tetapi pada vertebrata

terjadi duplikasi yang m e n y e b a b k a n k e l o m p o k a n gen-gen ada dalam j u m l a h kopi
lebih dari satu (multigen) yang m e n u n j u k k a n pola ekspresi yang sangat mirip.
Dengan d e m i k i a n m u t a s i pada salah satu gen Hox, misalnya, dapat diminimalkan
dengan adanya ekspresi gen yang serupa.

Organisasi G e n o m V i r u s
V i r u s adalah jasad parasit obligat yang hanya dapat m e l a k u k a n perbanyakan (multi-
Kelompok plikasi) jika berada d i dalam s i s t e m biologis sel inang yang sesuai. V i r u s dapat
virus
d i k e l o m p o k k a n menjadi dua k e l o m p o k besar, yaitu virus yang inangnya berupa
berdasarkan
inangnya jasad p r o k a r y o t (bakteri), sehingga disebut b a k t e r i o f a g , dan yang inangnya adalah
sel e u k a r y o t . V i r u s m e r u p a k a n k e l o m p o k jasad y a n g g e n o m n y a sangat b e r v a r i a s i ,
yaitu ada yang berupa D N A untai-tunggal, D N A untai-ganda, R N A untai-tunggal,
atau R N A untai-ganda. Selain i t u , g e n o m virus ada yang b e r u p a m o l e k u l asam
n u k l e a t l i n e a r a t a u m o l e k u l a s a m n u k l e a t s i r k u l a r . P a d a T a b e l 6.3 disajikan beberapa
tipe dan s t r u k t u r asam nukleat virus.
Beberapa virus tertentu mempunyai keunikan dalam hal komposisi asam
n u k l e a t n y a . S e b a g a i c o n t o h , p a d a b a k t e r i o f a g T 4 ( d e n g a n s e l I n a n g £. coli) semua
b a s a c y t o s ; n e - n y a ( b a s a C ) t e r d a p a t d a l a m b e n t u k hydroxymethylcytosine (HMC),
y a i t u b a s a n u k l e o t i d a y a n g t i d a k t e r d a p a t p a d a b a k t e r i £ coli. B a s a H M C i n i
mempunyai sifat-sifat ikatan hidrogen seperti halnya basa C sehingga tidak
mengubah k o d e genetik. Selain i t u , basa H M C i n i m e m p u n y a i sisi r e a k t i f y a n g
dapat mengikat satu molekul glukosa. Keberadaan molekul glukosa tersebut
menyebabkan molekul D N A bakteriofag menjadi resisten terhadap pemotongan
90 Biologi Molekular

T a b e l 6.3 i B e b e r a p a t i p e a s a m n u k l e a t p a d a v i r u s .

Tipe asam nukleat Struktur asam Contoh virus Sel inang

D N A untai-tunggal Linear Parvovirus Manusia

Sirkular Bakteriofag M13, B a k t e r i E. coli
b a k t e r i o f a g (|)X174

D N A untai-ganda Linear Bakteriofag T4 E. coli

Virus Epstein-Barr Manusia
Sirkular Bakteriofag P M 2 Pseudomonas
aeruginosa B A L - 3 1
Polyomavirus Manusia

R N A untai-tunggal Linear Bakteriofag M S 2 E . coli

Tobacco M o s a i c Tanaman tembakau
Virus

RNA untai-ganda Linear B a k t e r i o f a g (|)6 P. phaseolica

(mengandung 3
molekul R N A )
Cypovirus Insekta

o l e h e n z i m e n d o n u k l e a s e sel i n a n g n y a . B a k t e r i o f a g lain y a n g m e m p u n y a i keunikan

yaitu bakteriofag S P 0 1 y a n g s e l i n a n g n y a a d a l a h Bacillus subtilis. G e n o m bakteriofag
t e r s e b u t b e r u p a D N A untai-ganda, linear, t e t a p i basa thym/ne-nya ( b a s a T ) t e r d a p a t
d a l a m b e n t u k hydroxYmetiiYluracll (HMU).
DNA g e n o m b a k t e r i o f a g T 4 t e r s u s u n atas s e k i t a r 1 6 6 . 0 0 0 pasangan basa,
dengan panjang sekitar 5 5 m m sedangkan u k u r a n partlkelnya hanya sekitar 0 , 0 6 -
0,09 j i m , sehingga D N A - n y a mengalami pelipatan yang sangat intensif. Bagian
ujung D N Abakteriofag T 4 terdiri atas u r u t a n basa yang berulang (terminally
redundant), sehingga kalau gen-gennya digambarkan dengan simbol maka dapat
d i t u l i s k a n s e b a g a i b e r i k u t : A B C D .... Z A ' B ' C ' S t r u k t u r D N A yang semacam ini
menyebabkan molekul D N A yang a d a pada setiap bakteriofag berbeda-beda,
m e s k i p u n populasi bakteriofag t e r s e b u t berasal dari replikasi satu partikel b a k t e r i o -
Permutasi fag. H a l ini d i s e b a b k a n o l e h a d a n y a p e r m u t a s i s i k l i s (cyclically permutecf) u r u t a n
siklis u r u t a n
DNA DNA bakteriofag tersebut seperti digambarkan dalam s k e m a sebagai berikut:
b a k t e r i o f a g T4

\ a. Urutan D N A p a r t i k e l b a k t e r i o f a g i n d u k ( d i sini hanya d i g a m b a r k a n

bentuk untai-tunggal, meskipun genomnya berupa molekul untai-ganda):
dalam

5'- A B C D E F G Z A B C -3'

b. Beberapa kemungkinan urutan D N A partikel bakteriofag turunannya:

b.1 5'- A B C D Z A B C -3"

b.2 5'-C D E Z A B C D E -3'
b.3 5'-E F G Z A B C D E F G - 3 '

P e r l u d i k e t a h u i b a h w a p e r m u t a s i siklis s e m a c a m inimerupakan ciri khas

populasi partikel bakteriofag, sedangkan pengulangan u r u t a n basa D N A pada
 Bab B Organisasi Genom 91

ujung m e r u p a k a n ciri khas m o l e k u l D N A bakteriofag individual. P e n g u l a n g a n basa

DNA p a d a u j u n g d a p a t juga t e r j a d i t a n p a a d ap e r m u t a s i siklis, t e t a p i p e r m u t a s i
siklis t a n p a pengulangan basa D N A pada ujung belum pernah diketahui. Sampai
saat i n itelah a d a 1 3 5 g e nyang terldentifikasi pada bakteriofag T 4 .
Bakteriofag (t)X174 m e m p u n y a i g e n o m berupa D N Auntai-tunggal, sirkular,
yang terdiri atas 5.386 nukleotida yang urutan lengkapnya sudah diketahui.
Bakteriofag ini mempunyai 1 1 gen. Berdasarkan atas banyaknya protein yang
diketahui, maka diestimasikan jumlah nukleotida yang diperlukan untuk mengkode
rangkaian asam-asam a m i n o t e r s e b u t melebihi jumlah nukleotida yang ada pada
genom. Ketldaksesualan antara ukuran genom dengan banyaknya asam amino
yang disintesis t e r s e b u t disebabkan oleh adanya gen-gen yang tumpang-tindih
(overlapping-genes). Sebagai c o n t o h , g e n B ( m e n g k o d e pembentukan prekursor
kapsid) terletak pada akhir g e n A (berperanan dalam replikasi D N A virus),
s e d a n g k a n g e n E ( b e r p e r a n a n d a l a m llsis s e l i n a n g ) t e r l e t a k p a d a a k h i r g e n D
(berperanan dalam p e m b e n t u k a n kapsid). Translasi gen K (tidak diketahui fungsl-
nya) dimulai pada suatu daerah yang tumpang-tindih dengan k o d o n t e r m i n a t o r
gen B dan t e r e n t a n g sepanjang 8 6 basa n u k l e o t i d a pada bagian akhir gen A d a n
8 9 basa p e r t a m a pada gen C ( b e r p e r a n a n dalam p e m b e n t u k a n D N A virus yang
" m a t a n g " ) . G e n yang t u m p a n g t i n d i h s e m a c a m ini ditranslasl dengan menggunakan
p o l a b a c a (reading frame) y a n g b e r b e d a . Skema organisasi g e n yang tumpang
tindih semacam inidapat dilihat pada G a m b a r 6.4.
B a k t e r i o f a g lain yang sudah diketahui u r u t a n lengkap basa nukleotidanya
a d a l a h b a k t e r i o f a g X y a n g m e n y e r a n g b a k t e r i £. coli. G e n o m b a k t e r i o f a g X b e r u p a

G F

Gen E Gen J

r
89 90 1 2
1 2
Lys Glu S T O P Met S e r
Met V a l
1 JL
f l r I I m ( 11 1
A T G A G T
G T T T A T G G T A G A A G G A G T G A T G T A A T G T C T A
w V w
I
T
) L J L J L
T" T T

Met S e r Glu Gly V a l Met STOP

Val T y r Gly
1 2 149 150 151152
59 60 61

V J
Gen D

G a m b a r 6 . 4 t S k e m a g e n - g e n y a n g t u m p a n g t i n d i h ( o v e r l a p p i n g genes). Gen-gen
y a n g t u m p a n g t i n d i h s e m a c a m i n i t e r d a p a t p a d a b a k t e r i o f a g (|)X174.
92 Biologi Molekular

DNA untai-ganda linear yang terdiri atas 4 8 . 5 1 4 b p d a n m e n g k o d e 4 6 gen.

Molekul D N A b a k t e r i o f a g ini m e m p u n y a i s t r u k t u r yang u n i k k a r e n a pada k e d u a
ujungnya t e r d a p a t 1 2 basa t a m b a h a n b e r u p a m o l e k u l D N A untai-tunggal. K e d u a
ujung m o l e k u l D N A t e r s e b u t dapat m e m b e n t u k ikatan k o m p l e m e n t e r jika terjadi
pelingkaran D N A , sehingga ujung-ujung D N At e r s e b u t disebut sebagai ujung
Siklus hidup \ k o h e s i f (cohesive ends, d i s i n g k a t c o s ) . B a k t e r i o f a g i n i m e m p u n y a i d u a s i k l u s
bakteriofag h i d u p , y a i t u s i k l u s M t i k ( m e n y e b a b k a n llsis sel i n a n g ) d a n s i k l u s l i s o g e n i k ( g e n o m
bakteriofag akan terintegrasi dengan g e n o m sel inang). Gen-gen yang dikode
o l e h g e n o m b a k t e r i o f a g ini t i d a k s e m u a n y a b e r p e r a n a n d a l a m p r o s e s lltlk ( g e n -
gen yang tidak esensial).
U r a i a n di atas m e m b e r i k a n g a m b a r a n b a h w a s t r u k t u r dan organisasi g e n o m
p a d a j a s a d h i d u p s a n g a t b e r v a r i a s i . S e c a r a u m u m d a p a t d i k a t a k a n b a h w a semaiiin
sederhana suatu jasad, maka semakin efisien organisasi genomnya. Virus yang
m e r u p a k a n jasad paling s e d e r h a n a m e n u n j u k k a n organisasi g e n o m yang paling
efisien, sedangkan jasad e u k a r y o t t i n g k a t tinggi yang m e r u p a k a n jasad hidup
p a l i n g k o m p l e k s m e m p u n y a i o r g a n i s a s i g e n o m y a n g p a l i n g t i d a k e f i s i e n (redun-
dant). H a l i n i s e k a l i g u s m e n u n j u k k a n s e c a r a t i d a k l a n g s u n g b a h w a s e l a m a proses
e v o l u s i j a s a d s e l a m a j u t a a n t a h u n t e l a h t e r j a d i p r o s e s defungsionalisasi sebagian
genom y a n g m e r u p a k a n b a g i a n d a r i s e l e k s i a l a m . P r o s e s d e f u n g s i o n a l i s a s i s e b a g i a n
g e n o m t e r s e b u t n a m p a k n y a t e l a h m e n g a r a h k a n p e r k e m b a n g a n jasad h i d u p sehingga
dapat mencapai s t r u k t u r dan organisasi s i s t e m biologis yang relatif paling stabil
seperti yang dapat dikenali dewasa ini.
F e n o m e n a lain yang sangat m e n a r i k d a l a m h a l organisasi g e n o m adalah
s i s t e m p e n g e m a s a n bahan g e n e t i k yang sangat efisien pada setiap jasad hidup.
Meskipun u k u r a n bahan genetiknya jauh lebih panjang dibanding u k u r a n sel atau
ukuran partikelnya (dalam hubungannya dengan virus), n a m u n bahan genetik
tersebut dapat dikemas sedemikian rupa sehingga hanya m e n e m p a t i sebagian
kecll r u a n g dl dalam sel atau partikel virus.

Soal-soal
1. jelaskan perbedaan sistem pengemasan g e n o m pada p r o k a r y o t dan e u k a r y o t .
2 Jelaskan perbedaan organisasi g e n o m p r o k a r y o t dengan e u k a r y o t .
3. Jelaskan p e n g e l o m p o k a n gen pada jasad e u k a r y o t . Jelaskan pula p e r b e d a a n n y a dengan yang ada pada
prokaryot.
4. Sebutkan beberapa tipe asam nukleat pada virus dan berikan c o n t o h virusnya.
Pokok Bahasan:

» M o d e l Replikasi D N A
t M e k a n i s m e Dasar Replikasi D N A
I K o m p o n e n - k o m p o n e n Penting d a l a m Replikasi
I M e k a n i s m e Sintesis DNA
I Peranan P r i m e r d a l a m Sintesis DNA
I A r a h Replikasi D N A
I Pemisahan UntaianD N A
I Pembentukan Garpu Replikasi
I Inisiasi Replikasi D N A
Inisiasi Replikasi pada Virus (PX174 • Inisiasi Replikasi pada Bakteriofag
Mi3 dan C4 • Inisiasi Replikasi pada E. coli • Enzim yang Berperanan
dalam Proses Inisiasi Replikasi
i Proses P e m a n j a n g a n (Polimerisasi) M o l e k u l D N A
I Koordinasi Polimerisasi D N A Lambat dan D N A Awal
I Pembentukan Untaian Kontinu pada Bagian Untaian D N A Lambat
I Replikasi D N A pada Eukaryot
Inisiasi Replikasi pada Eukaryot • Inisiasi Replikasi DNA SV40 • Inisiasi
Replikasi pada Khamir
I Terminasi Replikasi pada Prokaryot
I Terminasi Replikasi pada Eukaryot
I Ketelitian Sistem Replikasi
I Replikasi D N A Untai-Tunggal
I Replikasi R N A
I Replikasi Retrovirus

B ahan genetik yang ada pada setiap jasad akan m e n g a l a m i proses p e r b a n y a k a n

sebagai salah satu t a h a p a n sangat p e n t i n g d a l a m p r o s e s p e r t u m b u h a n s e l
atau p e r b a n y a k a n p a r t i k e l virus. Proses p e r b a n y a k a n bahan g e n e t i k dikenal sebagai
proses r e p l i k a s i . Studi awal mengenai proses perbanyakan bahan genetik dilakukan
pada jasad yang g e n o m n y a b e r u p a m o l e k u l D N A . Meskipun demikian, perlu
diingat b a h w a pada jasad t e r t e n t u , khususnya k e l o m p o k virus t e r t e n t u , g e n o m n y a
b e r u p a m o l e k u l R N A . G e n o m yang b e r u p a m o l e k u l R N A ini juga akan direplikasi
m e s k i p u n dengan melalui tahapan yang sedikit berbeda dibanding dengan replikasi
g e n o m yang berupa molekul DNA.
 94 Biologi Molekular

Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali

p e r t u m b u h a n sel, m e s k i p u n s e b e n a r n y a p e r t u m b u h a n m e r u p a k a n s u a t u r e s u l t a n
b a n y a k p r o s e s y a n g saling b e r k a i t a n satu s a m a lain. S e l m e m p u n y a i mekanisme
replikasi bahan genetik yang dilengkapl dengan sistem penyuntingan (editing)
yang sangat akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan kepada sel anakan
(progeny) m e m p u n y a i komposisi yang sangat Identik dengan komposisi bahan
g e n e t i k sel i n d u k . Replikasi b a h a n g e n e t i k d i i k u t i o l e h p e m b e n t u k a n sel-sel a n a k a n
y a n g m e m b a w a d u p l i k a t b a h a n g e n e t i k hasil replikasi. O l e h k a r e n a i t u , kesalahan
dalam proses replikasi bahan g e n e t i k dapat m e n g a k l b a t k a n p e r u b a h a n pada sifat-
sifat sel anakan.
M e k a n i s m e replikasi bahan genetik sangat k o m p l e k s dan melibatkan banyak
protein yang masing-masing m e m p u n y a i p e r a n a n spesifik. P r o t e i n - p r o t e i n yang
t e r l i b a t di d a l a m p r o s e s replikasi bahan g e n e t i k d i k o d e o l e h g e n - g e n y a n g t e r d a p a t
di d a l a m b a h a n g e n e t i k Itu s e n d i r i . O l e h k a r e n a i t u , a d ak a i t a n fungsional yang
sangat e r a t dan tidak terpisahkan antara proses replikasi bahan genetik dengan
proses ekspresi genetik d a n metabolisme sel secara keseluruhan. Hambatan
yang terjadi pada proses m e t a b o l i s m e , misalnya penghambatan produksi energi,
dapat pula m e m e n g a r u h i proses replikasi karena replikasi juga memerlukan
pasokan energi.
Secara u m u m , replikasi bahan genetik m e r u p a k a n proses pengkopian rangkai-
an m o l e k u l bahan genetik ( D N A atau R N A ) sehingga dihasilkan m o l e k u l anakan
yang sangat identik. Meskipun konsep dasar replikasi antara s t r u k t u r bahan
genetik yang satu dengan lalnnya adalah serupa, n a m u n diketahui a d a banyak
\ Perbedaan perbedaan dalam h a lm e k a n i s m e rinclnya. Sebagai c o n t o h , bahan genetik yang
\ mekanisme
berupa m o l e k u l R N A m e m p u n y a i m e k a n i s m e replikasi rinci yang berbeda dengan
rinci replikasi
berbagai replikasi m o l e k u l D N A . Pada k e l o m p o k virus, misalnya, replikasi bahan genetiknya
organisme
t e r j a d i d l d a l a m s e l Inang y a n g s e b e n a r n y a m e r u p a k a n jasad h i d u p y a n g lain d a r i
LTE==-
jasad v i r u s itu sendiri. Hal ini dapat t e r j a d i k a r e n a v i r u s m e r u p a k a n jasad parasit
obligat. D i lain pihak, replikasi D N A pada p r o k a r y o t dan e u k a r y o t t e r j a d i d i
d a l a m sel jasad h i d u p y a n g b e r s a n g k u t a n . Selain i t u p e r b e d a a n s t r u k t u r a l m o l e k u l
bahan genetik, misalnya antara D N A l i n g k a r (circular DNA) d e n g a n D N A linear,
juga berimpllkasi pada perbedaan mekanisme replikasi.

M o d e l Replikasi DNA
Sebelum m e k a n i s m e replikasi D N A dapat dibuktikan secara eksperimental oleh
Hipotesis M a t t h e w M e s e l s o n dan Franklin Stahl pada t a h u n 1 9 5 8 , ada tiga hipotesis yang
tentang
mekanisme b e r k e m b a n g mengenai m e k a n i s m e replikasi D N A ( G a m b a r 7.1). Hipotesis per-
replikasi DNA t a m a dikenal sebagai m o d e l replikasi secara s e m i k o n s e r v a t i f seperti yang di-
k e m u k a k a n oleh W a t s o n dan Crick. M e n u r u t hipotesis ini, setiap m o l e k u l untai-
ganda D N A anakan t e r d i r i atas satu untai-tunggal D N A induk dan satu untai-
tunggal D N A hasil sintesis b a r u . H i p o t e s i s k e d u a dikenal sebagai m o d e l replikasi
secara k o n s e r v a t i f . M e n u r u t m o d e l konservatif, m o l e k u l D N A untai-ganda induk
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 95

D N A Induk

D N A Turunan
Generasi Pertama

D N A Turunan
Generasi Kedua

Semikonservatif Konservatif Dispersif

G a m b a r 7.1 I T i g a h i p o t e s i s m e n g e n a i r e p l i k a s i D N A .

t e t a p b e r g a b u n g s e d a n g k a n k e d u a u n t a i a n D N A a n a k a n t e r d i r i atas m o l e k u l hasil
sintesis baru. Hipotesis ketiga yaitu m o d e l replikasi secara d i s p e r s i f m e n y a t a k a n
b a h w a m o l e k u l D N A induk mengalami fragmentasi sehingga D N A anakan terdiri
atas c a m p u r a n m o l e k u l l a m a (berasal dari D N A i n d u k ) d a n m o l e k u l hasil sintesis
baru.
Pada t a h u n 1 9 5 8 M a t t h e w Meselson dan Franklin Stahl berhasll m e n u n j u k k a n
secara empiris bahwa replikasi D N A berlangsung dengan mekanisme secara
semikonservatif. Meselson dan Stahl m e l a k u k a n e k s p e r i m e n u n t u k mengetahui
m e k a n i s m e r e p l i k a s i D N A d e n g a n m e n g g u n a k a n b a k t e r i Escherichia coli. P e r t a m a
k a l i , b a k t e r i £. coli d i t u m b u h k a n d a l a m m e d i u m yang mengandung nitrogen
"berat" yaitu isotop ^^N selama beberapa generasi. Dengan cara demikian maka
m o l e k u l D N A i n d u k m e m p u n y a i label b e r u p a i s o t o p b e r a t sehingga m o l e k u l n y a
m e m p u n y a i densitas yang lebih tinggi dibanding D N A n o r m a l . Sel-sel yang m o l e k u l
D N A - n y a sudah berlabel tersebut kemudian diplndahkan k edalam m e d i u m baru
yang m e n g a n d u n g i s o t o p nitrogen yang "ringan", yaitu ^ ' ' N . Pada selang w a k t u
t e r t e n t u setelah diplndahkan k e m e d i u m baru, sampel sel dipanen dan D N A - n y a
diisolasi. D N A hasil isolasi t e r s e b u t k e m u d i a n d i s e n t r i f u g a s i d e n g a n u l t r a s e n t r i f u g a s i
gradien C s C I u n t u k m e n e n t u k a n densitas m o l e k u l D N A - n y a . Hasil pengukuran
d e n s i t a s D N A y a n g d i i s o l a s i p a d a g e n e r a s i £. coli y a n g b e r b e d a m e n u n j u k k a n a d a
p e r b e d a a n satu s a m a lain. Pada generasi p e r t a m a , s e m u a D N A m e m p u n y a i densitas
m o l e k u l hibrid, yaitu densitas yang dihasilkan oleh gabungan m o l e k u l D N A yang
m e n g a n d u n g ^^N dan ^''N. Perlu diingat b a h w a sebelum diplndahkan k e m e d i u m
yang mengandung ^ ' ' N (yaitu generasi ke 0), kedua untaian D N A induk mengandung
isotop ^ ^ N . Pada generasi kedua, densitas m o l e k u l D N A terdiri atas d u a k e l o m p o k
yaitu yang m e m p u n y a i densitas m o l e k u l hibrid d a nyang m e m p u n y a i densitas
lebih rendah dibanding dengan densitas m o l e k u l hibrid. K e l o m p o k kedua tersebut
96 Biologi Molekular

t e r d i r i atas m o l e k u l D N A yang kedua untaiannya m e n g a n d u n g i s o t o p N. Secara

skematis eksperimen tersebut ditunjukkan pada G a m b a r 7.2.
Hasil e k s p e r i m e n M e s e l s o n dan Stahl t e r s e b u t dengan jelas menunjukkan
bahwa molekul D N A anakan terdlrl atas satu untai D N A induk dan satu untai
DNA hasil sintesis b a r u sehingga sesuai dengan m o d e l replikasi secara semi-
konservatif. Hasil eksperimen tersebut kemudian d i k o n f i r m a s i lagi dengan
eksperimen kedua. Dalam eksperimen ini, m o l e k u l D N Ahibrid didenaturasi
dengan pemanasan pada suhu 100°C, k e m u d i a n disentrifugasi dalam gradien
CsCI. D N A yang sudah didenaturasi t e r s e b u t menghasilkan dua pita D N A yang
t e r d i r i atas untai-tunggal D N A yang mengandung ^^N dan untai-tunggal D N A
yang mengandung ^''N.
B e r d a s a r k a n atas e k s p e r i m e n seperti yang dijelaskan d i atas, dapat diambil
kesimpulan b a h w a replikasi D N A berlangsung secara semikonservatif. Meskipun
demikian, bukti-bukti baru m e n u n j u k k a n adanya penyimpangan dari teori replikasi
semacam ini. D i k e t a h u i b a h w a m e k a n i s m e replikasi D N A pada virus tertentu,
misalnya virus 0 X 1 7 4 , yang genomnya berupa DNA untai-tunggal, melibatkan
tahapan proses replikasi D N A dengan mekanisme yang berbeda yaitu dengan
model konservatif, meskipun hanya pada tahapan tertentu.

M e k a n i s m e Dasar Replikasi DNA

M o d e l replikasi D N A secara semikonservatif m e n u n j u k k a n bahwa D N A anakan
terdiri atas pasangan untaian D N A induk dan untaian D N A hasil sintesis b a r u .
M o d e l ini m e m b e r i k a n g a m b a r a n b a h w a u n t a i a n D N A i n d u k b e r p e r a n a n sebagai
cetakan (template) bagi p e m b e n t u k a n untaian D N Abaru. Seperti diketahui,
m o l e k u l D N A untai-ganda t e r d i r i atas dua untai m o l e k u l D N A yang berpasangan
secara k o m p l e m e n t e r yaitu antara basa nukleotida A dengan T , dan antara C
dengan G . O l e h karena itu, proses replikasi D N A harus diawali dengan pemutusan
(denaturasi) ikatan antara untaian D N A yang satu dengan untaian k o m p l e m e n t e r -
nya. Hal ini d i m a k s u d k a n agar m a s i n g - m a s i n g u n t a i a n D N A tersebut dapat ber-
tindak sebagai cetakan, sebab proses pemasangan nukleotida-nukleotida baru
dengan cetakannya akan terhalangi jika kedua untai i t umasih berada dalam
keadaan b e r i k a t a n . D e n g a n d e m i k i a n , salah satu bagian yang sangat p e n t i n g dalam
proses replikasi D N A adalah denaturasi antara untaian D N A yang satu dengan
untaian komplementernya.

D e n a t u r a s i yang terjadi pada saat a w a l replikasi D N A adalah proses enzimatis.

Oleh karena molekul D N A adalah b i o m o l e k u l y a n g s a n g a t vital bagi jasad, maka
denaturasi D N A terjadi secara parsial d a nbertahap. D e n a t u r a s i a w a l terjadi
pada bagian D N A y a n g d i k e n a l s e b a g a i o r i (origin of replication) a t a u titik awal
replikasi. I k a t a n h i d r o g e n a n t a r a A - T d a n C - G a k a n t e r p u t u s d a n d i i k u t i d e n g a n
pembukaan untaian D N A . Untaian D N A m e m b u k a m e m b e n t u k s t r u k t u r yang
d i s e b u t s e b a g a i g a r p u replikasi (replication fork). G a r p u r e p l i k a s i a k a n bergerak
sehingga m o l e k u l D N A induk m e m b u k a secara bertahap. Masing-masing untaian
 Bab 7 Replikasi Bahan Genetik 97

Ringan ^'^"'^ Berat

Densitas D N A
N. 1 y
V

Induk

D
- T T

Generasi I

Generasi I I
3

rS r^i rS rS
Generasi III ID
G a m b a r 7.2 I S k e m a e k s p e r i m e n M e s e l s o n d a n S t a h l . D a l a m e k s p e r i m e n tersebut
Meselson d a n S t a h l m e n u m b u h k a n E . coli d a l a m m e d i u m y a n g mengandung
isotop nitrogen ' ^ N sehingga D N A yang disintesis menjadi lebih "berat",
kemudian bakteri diplndahkan dalam m e d i u m biasa yang mengandung ^*N
yang lebih "ringan". Selanjutnya D N A diisolasi dan diultrasentrifugasi
m e n g g u n a k a n gradien cesium chloride (CsCI) u n t u k m e n e n t u k a n densitas D N A -
nya. Setelah replikasi D N A yang pertama, satu pita D N A baru m u n c u l dengan
"kerapatan" yang berada di antara D N A yang dilabel dengan ^^N (sehingga
D N A dupleks menjadi berat/berat [B/B]) dan di antara D N A dengan ^ * N ( D N A
"ringan (R)" atau R/R). Hasil i n i m e n u n j u k k a n b a h w a hipotesis replikasi secara
konservatif tidak m u n g k i n terjadi. Replikasi berikutnya m e n u n j u k k a n bahwa
replikasi secara dispersif juga tidak m u n g k i n terjadi karena replikasi secara
dispersif a k a n m e n g h a s i l k a n p r o d u k y a n g terdiri atas seperempat ^^N dan tiga
perempat setelah d u a kali replikasi d a l a m m e d i u m y a n g mengandung^^N.
Sebaliknya, replikasi secara semikonservatif akan menghasilkan produk yang
terdiri atas setengah B/R dan setengah lagi sebagai R/R. Dengan kata lain,
produk hibrid B/R pada replikasi yang pertama masing-masing akan terpisah
menjadi untaian B dan R yang akhirnya akan bertemu dengan pasangannya
yang lebih ringan dan menghasilkan nisbah (rasio) 1 : 1 D N A B / R terhadap
R/R.
98 B i o l o g i l\/lolel<ular

D N A I n d u k y a n g s u d a h t e r p i s a h satu s a m a lain b e r f u n g s i sebagai c e t a k a n u n t u k

penempelan nukleotida-nukleotida yang akan menyusun molekul D N A baru.
Nukleotida-nukleotida baru akan dipollmerisasi menjadi untaian D N A baru dengan
u r u t a n sesuai dengan u r u t a n cetakan D N Ak o m p l e m e n n y a . Basa n u k l e o t i d a A
dipasangkan dengan basa T yang a d a pada cetakannya, sedangkan basa C d i -
pasangkan dengan basa G . O l e h karena itu, untaian D N A baru yang t e r b e n t u k
merupakan k o m p l e m e n untaian D N A induk. Proses polimerisasi nukleotida terjadi
pada kedua untaian D N A c e t a k a n sehingga pada a k h i r satu kali p u t a r a n replikasi
akan dihasilkan d u a m o l e k u l D N A baru yang identik. Masing-masing molekul
DNA untai-ganda yang t e r b e n t u k terdiri atas untai D N A induk dan untaiD N A
b a r u hasll p o l i m e r i s a s i s e l a m a p r o s e s replikasi. D a l a m p u t a r a n replikasi b e r i k u t n y a
akan terjadi proses yang serupa sehingga D N A anakan menjadi D N A induk
u n t u k replikasi berikutnya.

K o m p o n e n - k o m p o n e n P e n t i n g d a l a m Replikasi
Replikasi bahan genetik d i t e n t u k a n oleh beberapa k o m p o n e n utama yaitu:

1. D N A cetakan, y a i t u m o l e k u l D N A atau R N A yang akan direplikasi.

2. M o l e k u l deoksi ribonukleotida, y a i t u d A T P , d T T P , d C T P , d a n d G T P Deoksi

r i b o n u k l e o t i d a t e r d i r i a t a s t i g a k o m p o n e n y a i t u : (1) b a s a p u r i n a t a u p i r i m i d i n ,
(ii) gula 5 - k a r b o n ( d e o k s i r i b o s a ) , d a n (iii) g u g u s f o s f a t .

3. Enzim DNA polimerase, y a i t u e n z i m u t a m a y a n g m e n g k a t a l i s i s proses

p o l i m e r i s a s i n u k l e o t i d a m e n j a d i u n t a i a n D N A . P a d a b a k t e r i Escherichia coli t e r d a p a t
tiga m a c a m D N A polimerase yaitu D N A p o l i m e r a s e I, D N A p o l i m e r a s e II, dan
DNA p o l i m e r a s e III. P a d a jasad e u k a r y o t t e r d a p a t l i m a m a c a m D N A polimerase
y a i t u D N A p o l i m e r a s e a , D N . A p o l i m e r a s e 8 , D N A p o l i m e r a s e e, D N A polimerase
p, d a n D N A p o l i m e r a s e y .

4. E n z i m primase, y a i t u e n z i m y a n g m e n g k a t a l i s i s s i n t e s i s p r i m e r u n t u k m e m u l a i
r e p l i k a s i D N A . P a d a b a k t e r i E. coli k o m p l e k s e n z i m i n i d i s e b u t p r i m o s o m y a n g
t e r d i r i atas beberapa macam protein.

5. E n z i m p e m b u k a i k a t a n u n t a i a n D N A i n d u k , y a i t u e n z i m helikase d a n e n z i m
l a i n y a n g m e m b a n t u p r o s e s t e r s e b u t y a i t u e n z i m girase.

6. Molekul protein yang menstabilkan untaian D N A yang sudah terbuka, yaitu

p r o t e i n SSB (single strand binding protein).

7. Enzim DNA ligase, y a i t u s u a t u e n z i m y a n g b e r f u n g s i u n t u k m e n y a m b u n g

fragmen-fragmen DNA.

M e k a n i s m e Sintesis D N A
Replikasi D N A berlangsung dalam beberapa tahap yaitu: (1) denaturasi (pemisahan)
untaian D N A induk, (2) peng-"awal"-an (initiation, inisiasi) sintesis D N A ,
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 99

( 3 ) p e m a n j a n g a n u n t a i a n D N A , ( 4 ) llgasi f r a g m e n - f r a g m e n D N A , d a n ( 5 ) p e n g -
" a k h l r " - a n (termination, t e r m i n a s i ) s i n t e s i s DNA.
Sintesis untaian D N A yang baru akan dimulai segera setelah kedua untaian
D N A induk terpisah m e m b e n t u k garpu replikasi. Pemisahan kedua untaian D N A
i n d u k y a n g a k a n d i r e p l i k a s i d i l a k u k a n o l e h e n z i m D N A helikase. K e d u a u n t a i a n
D N A i n d u k digunakan sebagai cetakan u n t u k m e n y i n t e s i s D N Ab a r u . Sintesis
D N A b e r l a n g s u n g d e n g a n o r i e n t a s i S ' - P —> S ' - O H . O l e h k a r e n a a d a d u a u n t a i a n
D N A cetakan yang orientasinya b e r l a w a n a n , m a k a sintesis kedua untaianD N A
b a r u j u g a b e r l a n g s u n g d e n g a n o r o h geometris y a n g b e r l a w a n a n n a m u n s e m u a n y a
tetap dengan orientasi 5' 3'. Keadaan s e m a c a m i n im e n l m b u l k a n perbedaan
dalam h a lm e k a n i s m e sintesis antara kedua untaian D N A yang baru.
Dalam proses replikasi, garpu replikasi akan m e m b u k a secara bertahap
dimulai dari titik a w a l replikasi (ori) dan akan b e r g e r a k sepanjang D N A cetakan
sampai s e m u a m o l e k u l D N A i n d u k direplikasi. Seperti telah disinggung sebelumnya,
kedua untaian D N A yang baru disintesis dengan arah g e o m e t r i s yang b e r l a w a n a n .
Salah satu untaian D N A disintesis dengan arah g e o m e t r i s yang searah dengan
p e m b u k a a n garpu replikasi, s e d a n g k a n u n t a i a n D N A y a n g lain disintesis dengan
arah yang b e r l a w a n a n . O l e h karena Itu, sintesis untaian D N A b a r u y a n g searah
dengan pembukaan garpu replikasi a k a n d a p a t d i l a k u k a n t a n p a t e r p u t u s (sintesis
s e c a r a kontinu). U n t a i a n D N A y a n g d i s i n t e s i s s e c a r a k o n t i n u s e m a c a m i n i d i s e b u t
s e b a g a i untaian D N A a w a l (leading strand). S e b a l i k n y a , s i n t e s i s u n t a i a n D N A
yang berlawanan arah geometrinya dengan arah pembukaan garpu replikasi
d i l a k u k a n s e c a r a t a h a p d e m i t a h a p (sintesis s e c a r a diskontinu). H a l i n i t e r j a d i
k a r e n a p r o s e s polimerisasi pada u n t a i a n D N A ini hanya dapat d i l a k u k a n setelah
D N A cetakannya m e m b u k a seiring dengan m e m b u k a n y a garpu replikasi. Untaian
D N A y a n g d i s i n t e s i s s e c a r a l a m b a t s e m a c a m i n i d i s e b u t untaian D N A lambat
(lagging strand). S e c a r a u m u m d a p a t d i k a t a k a n b a h w a m e k a n i s m e r e p l i k a s i D N A
b e r l a n g s u n g s e c a r a semidiskontinu k a r e n a a d a p e r b e d a a n m e k a n i s m e d a l a m p r o s e s
sintesis k e d u a untaian DNA.
P a d a untaian D N A awal, p o l i m e r i s a s i D N A berlangsung secara k o n t i n u
sehingga m o l e k u l D N A baru yang disintesis m e r u p a k a n satu unit. Sebaliknya,
p a d a untaian D N A lambat p o l i m e r i s a s i d i l a k u k a n f r a g m e n d e m i f r a g m e n . F r a g m e n -
fragmen D N A p e n d e k t e r s e b u t p a d a a k h i r n y a d i s a m b u n g (ligasi) d e n g a n e n z i m
DNA ligase s e h i n g g a m e n j a d i u n i t y a n g u t u h . F r a g m e n - f r a g m e n D N A pendek
y a n g d i s i n t e s i s t e r s e b u t d i s e b u t s e b a g a i fragmen Okazaki, o l e h k a r e n a f e n o m e n a
sintesis D N A secara d i s k o n t i n u t e r s e b u t p e r t a m a kali d i u n g k a p k a n o l e h Reiji
Okazaki pada tahun 1968.
Pembentukan fragmen-fragmen Okazaki tersebut dibuktikan dengan meng-
g u n a k a n m o d e l replikasi D N A b a k t e r i o f a g T 4 . D a l a m hal ini O k a z a k i menggunakan
b a k t e r i o f a g T 4 t i p e a l a m i m a u p u n m u t a n y a n g t i d a k m e n g k o d e e n z i m ligase. S e l
£. coli y a n g d i i n f e k s i d e n g a n T 4 d i p e r l a k u k a n d e n g a n p u l s a - p u l s a p e n d e k ( d a l a m
skala detik) s e n y a w a berlabel yaitu ^H-timidin. D N A bakteriofag T 4yang disintesis
kemudian diultrasentrifugasi pada gradien u n t u k mengetahui ukuran fragmen
D N A yang t e r b e n t u k pada tiap-tiap perlakuan pulsa s e n y a w a berlabel t e r s e b u t .
100 Biologi Molekular

Hasll pada gradien m e n u n j u k k a n b a h w a dua detik setelah perlakuan telah diperoleh

suatu fragmen D N A pendek berukuran sekitar 1.000-2.000 nukleotida. Fragmen-
fragmen D N A yang pendek semacam ini terakumulasi dalam jumlah sangat
besar jika digunakan bakteriofag T 4 yang mengalami mutasi pada g e n D N A
ligase.

Contoh Soal
1. S e b u t k a n tiga hipotesis yang menjelaskan m o d e l replikasi DNA.
jawaban:
Tiga hipotesis mengenai replikasi D N A adalah: ( 1 ) hipotesis replikasi secara konservatif, ( 2 )
hipotesis replikasi secara semikonservatif, dan ( 3 ) hipotesis replikasi secara dispersif

2. Sebutkan beberapa tahapan dasar proses replikasi DNA.

jawaban:
Proses replikasi D N A berlangsung melalui beberapa tahapan dasar yaitu: (1) denaturasi untaian
D N A i n d u k , ( 2 ) i n i s i a s i s i n t e s i s D N A , ( 3 ) p e m a n j a n g a n u n t a i a n D N A , ( 4 ) ligasi f r a g m e n - f r a g m e n
D N A y a n g d i s i n t e s i s s e c a r a l a m b a t {lagging strand) d a n , ( 5 ) t e r m i n a s i r e p l i k a s i .

Peranan P r i m e r d a l a m Sintesis D N A
Polimerisasi D N A (replikasi D N A ) hanya dapat dimulai jika tersedia molekul
p r i m e r , yaitu suatu molekul yang digunakan u n t u k mengawali proses polimerisasi
untaian D N A . M o l e k u l p r i m e r dapat berupa m o l e k u l D N A , R N A , atau bahkan
p r o t e i n spesifik. H a l ini b e r b e d a dengan p r o s e s polimerisasi u n t a i a n R N A (proses
t r a n s k r i p s i ) yang tidak m e m e r l u k a n p r i m e r . Selain i t u , polimerisasi D N A juga
m u d a k m e m e r l u k a n c e t a k a n (template) yang dapat berupa untaian D N A atau
R N A . D a l a m p r o s e s r e p l i k a s i D N A s e c a r a in vivo, p r i m e r b e r u p a m o l e k u l R N A
yang b e r u k u r a n sekitar 1 0 - 1 2 n u k l e o t i d a . Pada jasad e u k a r y o t yang m e m p u n y a i
kromosom berupa u n t a i a n D N A linear, fungsi p r i m e r yang digunakan untuk
replikasi ujung k r o m o s o m diketahui dilakukan oleh suatu p r o t e i n khusus. Dalam
proses polimerisasi D N A s e c a r a in vitro, m i s a l n y a amplifikasi D N A dengan
t e k n i k Polymerase Chain Reaction (PCR), biasanya digunakan molekul D N A
sebagai p r i m e r . Fungsi p r i m e r adalah m e n y e d i a k a n u j u n g 3 ' - O H yang akan d i -
gunakan untuk menempelkan molekul D N A pertama dalam proses polimerisasi.
Bukti p e r t a m a yang m e n u n j u k k a n b a h w a replikasi D N A m e m e r l u k a n p r i m e r
berupa R N Aberasal dari penelitian mengenai replikasi bakteriofag M l 3 dengan
m e n g g u n a k a n e k s t r a k s e l £. coli. D a r i p e n e l i d a n t e r s e b u t d i k e t a h u i b a h w a r e p l i k a s i
M l 3 dihambat oleh antibiotik rifampicin, padahal a n t i b i o d k t e r s e b u t sebenarnya
m e n g h a m b a t aktivitas e n z i m R N A polimerase, bukan D N A polimerase. Penjelasan
d a r i f e n o m e n a t e r s e b u t a d a l a h b a h w a M l 3 m e n g g u n a k a n R N A p o l i m e r a s e £ coli
u n t u k menyintesis p r i m e r R N A u n t u k proses sintesis D N A . M e s k i p u n d e m i k i a n ,
s e k a r a n g d i k e t a h u i b a h w a p a d a £ coli s i n t e s i s R N A p r i m e r t i d a k d i l a k u k a n o l e h
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 101

RNA polimerase, melainkan suatu kompleks protein yang disebut primosom

y a n g t e r d i r i a t a s e n z i m k h u s u s (primase) d a n b e b e r a p a p r o t e i n l a i n .
B u k t i lain t e n t a n g fungsi R N A sebagai p r i m e r dalam replikasi D N A adalah
penemuan bahwa enzim D N a s e tidak dapat menghancurkan fragmen Okazaki
secara total. Degradasi fragmen Okazaki dengan enzim D N a s e ternyata meninggal-
kan suatu fragmen pendek m o l e k u l R N Aberukuran sekitar 1 0 - 1 2 nukleotida.
Bukti mengenai h a li n id i k e m u k a k a n o l e h T u n e k o Okazaki (istri Reiji Okazaki)
dan kawan-kawan pada tahun 1985. M e r e k a menggunakan m u t a n £. coli y a n g
d d a k m e m p u n y a i a k t i v i t a s r i b o n u k l e a s e H a t a u a k t i v i t a s n u k l e a s e D N A p o l i m e r a s e I,
atau kedua-duanya. U n t u k dapat mengetahui ukuran R N A p r i m e r secara akurat,
p e r t a m a kali m e r e k a m e l a k u k a n pelabelan hanya t e r h a d a p m o l e k u l R N A dengan
G T P y a n g dilabel d e n g a n a-^^R P e l a b e l a n d i l a k u k a n d e n g a n m e n g g u n a k a n enzim
g u a n i l i l t r a n s f e r a s e (capping enzyme) sehingga hanya R N A yang terlabel pada
u j u n g 5'. S e l a n j u t n y a b a g i a n m o l e k u l D N A fragmen Okazaki didegradasi dengan
D N a s e dan f r a g m e n yang terslsa dielektroforesis. Hasil autoradiografi m e n u n j u k k a n
ada tiga m a c a m pita yang b e r u k u r a n 1 0 , 1 1 , dan 1 2n u k l e o t i d a . Pita yang t e r l i h a t
tersebut m e r u p a k a n m o l e k u l R N A karena pita tersebut tidak mengalami degradasi
oleh perlakuan D N a s e . Pita s e m a c a m itu tidak diperoleh jika digunakan £. coll
t i p e a l a m i (wild type) k a r e n a a k t i v i t a s n u k l e a s e y a n g a d a p a d a s e l menghancurkan
sebagian besar m o l e k u l p r i m e r sehingga tidak dapat dideteksi.
Setelah p r i m e r disintesis d a nm e n e m p e l (anneal) pada D N A cetakan,
kemudian dilakukan sintesis D N Abaru. M o l e k u l p r i m e r digunakan untuk
m e n e m p e l k a n nukleotida p e r t a m a pada untaian D N A baru. Pada proses sintesis
u n t a i a n D N A l a m b a t (lagging strand) d i p e r l u k a n l e b i h d a r i s a t u p r i m e r H a l i t u
disebabkan sintesis D N A berlawanan arah dengan arah p e m b u k a a n garpu replikasi
sehingga terjadi sintesis secara diskontinu. Untaian D N Ayang baru disintesis
dengan m e n g g u n a k a n D N A cetakan ( D N A " i n d u k " ) sebagai acuan sehingga DNA
b a r u bersifat k o m p l e m e n t e r dengan cetakannya. Jika pada untaian D N A cetakan
ada nukleotida A misalnya, m a k a akan dlikatkan nukleotida T pada ujung 3'-OH
primer, sedang jika pada cetakan adanukleotida C maka akan dlikatkan
nukleotida G . Demikian selanjutnya akan dilakukan pengikatan nukleotida-
nukleotida pada ujung 3 ' - O H yang k o m p l e m e n t e r dengan cetakannya sehingga
terjadi pemanjangan untaian D N A baru. Pada p r o k a r y o t , proses polimerisasi
untaian D N A b a r u t e r s e b u t d i k a t a l l s i s o l e h e n z i m D N A p o l i m e r a s e III. P a d a
untaian D N A lambat, proses polimerisasi akan berlanjut sampai D N A polimerase
III b e r t e m u d e n g a n u j u n g 5 ' - P R N A p r i m e r y a n g m e n e m p e l pada bagian lain.
Pada titik ini D N A p o l i m e r a s e III akan terdisosiasi dari D N A cetakan.
RNA p r i m e r yang menjadi bagian f r a g m e n O k a z a k i selanjutnya akan d i -
d e g r a d a s i o l e h a k t i v i t a s e k s o n u k l e a s e 5'—> 3 ' y a n g a d a p a d a e n z i m D N A polimerase
I. B a g i a n R N A y a n g t e r d e g r a d a s i s e l a n j u t n y a diisi d e n g a n molekul D N A oleh
a k t i v i t a s p o l i m e r a s e 5'—> 3 ' y a n g d i m i l i k i o l e h D N A p o l i m e r a s e I. P a d a k e a d a a n
ini s e b e n a r n y a a n t a r a f r a g m e n D N A y a n g s a t u d e n g a n y a n g f r a g m e n D N A yang
a d a d i d e k a t n y a m a s i h a d a c e l a h a t a u t a k i k (nick). H a l i n i t e r j a d i k a r e n a belum
ada ikatan fosfodiester antara ujung 3 ' - O H pada n u k l e o t i d a t e r a k h i r yang disintesis
102 Biologi Molekular

oleh D N A p o l i m e r a s e I dengan u j u n g 5'-P f r a g m e n D N A yang ada didekatnya.

T a k i k Ini s e l a n j u t n y a a k a n d i s a m b u n g (llgasi) o l e h a k t i v i t a s e n z i m D N A ligase
dengan menggunakan NAD atau A T P sebagai s u m b e r energi.
K e a d a a n yang agak berbeda terjadi pada proses sintesis untaian D N A awal
{leading strand). O l e h karena arah sintesis untaian D N A awal adalah searah
dengan arah p e m b u k a a n garpu replikasi, m a k a sintesis D N A berlangsung secara
kontinu. Pada untaian D N A ini h a n y a d i p e r l u k a n satu m o l e k u l p r i m e r y a i t u pada
titik awal replikasi. Selanjutnya untaian D N A baru disintesis dengan adanya aktivitas
DNA p o l i m e r a s e III s e c a r a k o n t i n u t a n p a a d a p e m b e n t u k a n f r a g m e n Okazaki.
Secara skematis m e k a n i s m e dasar replikasi D N A dapat diperhatikan pada G a m b a r
7.3.
Studi telah m e n u n j u k k a n b a h w a d i a n t a r a tiga e n z i m p o l i m e r a s e yang terlibat
dalam replikasi D N A p a d a s e l £. coli, h a n y a D N A p o l i m e r a s e III y a n g digunakan
untuk proses polimerisasi primer. D N Apolimerase I hanya digunakan untuk
mengisi t a k i k antara f r a g m e n - f r a g m e n O k a z a k i selain u n t u k p r o s e s reparasi DNA
yang rusak. D N A p o l i m e r a s e II j u g a t e r l i b a t d a l a m p r o s e s reparasi DNA.

A r a h Replikasi DNA
Pada m o d e l replikasi seperti yang dijelaskan d i atas, replikasi berlangsung k e satu
arah sehingga hanya ada satu untaian D N A awal dan satu untaian D N A lambat.
Pada kenyataannya telah diketahui b a h w a replikasi juga dapat berlangsung k e dua
a r a h y a n g b e r l a w a n a n , y a i t u d i k e n a l s e b a g a i replikasi d u a a r a h (bidirectional
replication). S e b a g i a n b e s a r s i s t e m r e p l i k a s i b a h a n g e n e t i k y a n g s u d a h diketahui
dilakukan dengan sistem replikasi dua arah. D a l a m replikasi dua arah akan ter-
b e n t u k dua garpu replikasi yang bergerak k e arah yang berlawanan. Pada kedua
garpu replikasi t e r s e b u t juga terjadi sintesis D N A baru secara kontinu d a n
diskontinu sehingga a d adua untaian D N A awal d a nd u a untaian lambat.

Pada awalnya hanya diketahui b a h w a replikasi D N A dimulai dengan terjadinya

pembukaan untaian D N A untai-ganda pada t e m p a t t e r t e n t u . Bagian D N A yang
membuka tersebut semakin lama akan semakin besar sehingga membentuk
s t r u k t u r s e r u p a g e l e m b u n g s e h i n g g a d i s e b u t s e b a g a i g e l e m b u n g replikasi (repli-
cation bubble). P e m b e n t u k a n g e l e m b u n g r e p l i k a s i t e r s e b u t p e r t a m a k a l i d i u n g k a p k a n
oleh John Cairns pada tahun 1963 yang melakukan pelabelan pada D N A £. coli
dengan p r e k u r s o r D N A radioaktif. Perlu diingat b a h w a g e n o m £. coli berupa
m o l e k u l D N A lingkanTerhadap D N A yang mengalami replikasi t e r s e b u t k e m u d i a n
d i l a k u k a n a u t o r a d i o g r a f i s e h i n j ^ a d i p e r o l e h c i t r a (image) m e n g e n a i s t r u k t u r DNA
yang mengalami replikasi. D N A yang mengalami replikasi t e r s e b u t mempunyai
s t r u k t u r yang spesifik yaitu m e n y e r u p a i h u r u f 0 (theta) sehingga replikasinya
d i k e n a l s e b a g a i m e k a n i s m e replikasi 6 . S e m a k i n lama gelembung replikasi
akan semakin besar sampai akhirnya t e r b e n t u k dua molekul. Studi yang dilakukan
oleh John Cairns b e l u m dapat menjelaskan apakah replikasi dilakukan hanya k e
satu arah atau k e dua arah.
 Bab 7 Replikasi Bahan Genetik 103

G a m b a r 7.3 • S k e m a dasar proses replikasi D N A . Pertama-tama, D N A untai-

ganda membuka sehingga masing-masing untaian dapat menjadi cetakan (tem-
plate) u n t u k sintesis D N A b a r u . Orientasi sintesis D N A adalah d a r i u j u n g 5' k e
ujung 3' sehingga untaian D N A baru disintesis k earah yang berbeda (secara
geometris). D N A y a n g satu disintesis searah dengan p e m b u k a a n garpu replikasi
( d i s e b u t s e b a g a i u n t a i a n D N A a w a l a t a u leading strand, sedangkan untaian yang
lain disintesis dengan arah yang berlawanan dan disebut untaian D N A lambat
atau lagging strand). Untaian D N A lambat disintesis fragmen demi fragmen
(disebut sebagai fragmen Okazaki) atau diskontinu, sedangkan untaian D N A
a w a l disintesis secara kontinu.
 Bukti b a h w a replikasi D N Adapat berlangsung k e d u aarah berasal dari
s t u d i p a d a b a k t e r i Bacillus subtilis o l e h E l i z a b e t h G y u r a s l t s d a n R . B. W a k e y a n g
d i p u b l l k a s i k a n p a d a t a h u n 1 9 7 3 . G y u r a s l t s d a n W a k e m e n u m b u h k a n 6 . subt/7;s
dalam jangka w a k t u pendek dengan m e n a m b a h k a n p r e k u r s o r D N A radioaktif
yang lemah dan kemudian diikuti dengan penambahan p r e k u r s o r D N A radioaktif
yang k u a t dengan jangka w a k t u p e n d e k pula. Hasil a u t o r a d i o g r a f i m e n u n j u k k a n
citra yang tidak seragam. Pada daerah yang dekat dengan kedua garpu replikasi
dalam gelembung replikasi terjadi p e n u m p u k a n senyawa radioaktif yang kuat. Hal
ini m e n u n j u k k a n b a h w a k e d u a d a e r a h t e r s e b u t m e r u p a k a n d a e r a h y a n g m e n g a l a m i
replikasi pada w a k t u dilakukan pelabelan dengan senyawa radioaktif yang kuat.
Dengan demikian dapat ditunjukkan b a h w a replikasi berjalan k e dua arah yang
berlawanan karena senyawa D N A radioaktif yang kuat tidak hanya m e n g u m p u l
pada satu titik, melainkan pada dua daerah yang berlawanan. Penelitian selanjutnya
d e n g a n m e n g g u n a k a n £ coli j u g a m e n u n j u k k a n h a s i l y a n g serupa.
Replikasi yang berjalan k e dua a r a h t i d a k hanya terjadi pada jasad p r o k a r y o t ,
m e l a i n k a n juga dapat diamati pada jasad eukaryot. Hal ini dibuktikan oleh
J. H u b e r m a n d a n A . T s a i d e n g a n c a r a m e l a k u k a n p e l a b e l a n D N A y a n g m e n g a l a m i
r e p l i k a s i p a d a l a l a t b u a h Drosophila melanogaster. E k s p e r i m e n d i l a k u k a n dengan
p r i n s i p s e r u p a s e p e r t i y a n g d i l a k u k a n u n t u k e k s p e r i m e n p a d a 6 . subtilis y a i t u
dengan m e m b e r i k a n pulsa p r e k u r s o r D N A radioaktif kuat diikuti dengan pulsa
prekursor D N A radioaktif l e m a h . Selain i t ujuga dilakukan p e m b e r i a n pulsa
radioaktif yang berkebalikan, yaitu pulsa yang l e m a h t e r l e b i h dahulu k e m u d i a n
diikuti dengan pulsa yang kuat. C i t r a autoradiografi m e n u n j u k k a n ada sepasang
pita dengan pola p e n u m p u k a n s e n y a w a radioaktif yang sama, yaitu m e n g u m p u l
pada bagian sebelah " d a l a m " dan m e r u n c i n g pada bagian " l u a r " . Bagian sebelah
" d a l a m " adalah bagian k e d u a pita yang saling b e r d e k a t a n . Pada bagian dalam
terjadi p e n u m p u k a n s e n y a w a r a d i o a k t i f yang kuat, sedangkan bagian luar kelihatan
meruncing karena terjadi penumpukan senyawa radioaktif yang l e m a h . Jika
e k s p e r i m e n n y a dibalik, yaitu pulsa r a d i o a k t i f l e m a h dahulu k e m u d i a n diikuti dengan
pulsa r a d i o a k t i f kuat, m a k a citra yang dihasilkan akan b e r k e b a l i k a n y a i t u bagian
" d a l a m " akan kelihatan m e r u n c i n g . Hasil e k s p e r i m e n ini juga m e m b u k t i k a n b a h w a
replikasi D N Apada e u k a r y o t berlangsung k e d u aarah (bidirectional).
E k s p e r i m e n s e r u p a s e p e r t i y a n g d i l a k u k a n p a d a Drosophila j u g a d i l a k u k a n
pada sel e m b r i o n i k h e w a n amfibi o l e h H . G . Callan d a nk a w a n - k a w a n dengan
menggunakan senyawa radioaktif kuat. Hasil autoradiografi m e n u n j u k k a n citra
y a n g s e r a g a m , b e r b e d a d a r i c i t r a y a n g d i p e r o l e h p a d a e k s p e r i m e n d e n g a n Dro-
sophila, y a i t u t i d a k a d a b a g i a n y a n g m e r u n c i n g . P i t a - p l t a y a n g t e r a m a t i p a d a c i t r a
autoradiografi m e m p u n y a i ukuran yang seragam dan adapada banyak tempat.
H a l ini m e m b e r i k a n indikasi b a h w a replikasi t e r j a d i p a d a b a n y a k t e m p a t secara
s i m u l t a n sehingga ada b a n y a k or; pada replikasi D N A amfibi. D e n g a n cara d e m i k i a n
m a k a replikasi D N A amfibi dapat berlangsung cepat karena dimulai pada banyak
t e m p a t . O l e h k a r e n a itu k e m u d i a n dikenal istilah r e p l i k o n , yaitu suatu m o l e k u l
D N A y a n g d i r e p l i k a s i o l e h s a t u on, m e s k i p u n p a d a o r i t e r s e b u t a d a d u a g a r p u
replikasi yang bergerak k e dua arah yang berlawanan. D N A k r o m o s o m £ coli
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 105

disebut satu replikon karena hanya m e m p u n y a i satu titik awal replikasi (ori),
sebaliknya kromosom jasad eukaryot merupakan multireplikon karena
m e m p u n y a i banyak ori. H a l ini d i p e r l u k a n sebab u k u r a n k r o m o s o m e u k a r y o t jauh
l e b i h p a n j a n g d i b a n d i n g £ coli s e h i n g g a a k a n d i p e r l u k a n w a k t u s a n g a t l a m a u n t u k
m e l a k u k a n replikasi jika hanya ada satu ori.
Tidak semua bahan genetik direplikasi dengan sistem replikasi dua arah.
Contoh \ S a l a h s a t u c o n t o h b a h a n g e n e t i k y a n g d i r e p l i k a s i d e n g a n s i s t e m replikasi s a t u
Mtu'ara/i a r a h a d a l a h p l a s m i d c o l E I y a n g a d a p a d a b e b e r a p a strain £ coli. H a l i n i d i b u k t i k a n
I oleh Michael Lovett dengan menggunakan teknik mikroskopi elektron. Untuk
— A mengetahui b a h w a garpu replikasi hanya bergerak ke satu arah, m a k a pengamatan
dilakukan pada p e r i o d e w a k t u yang berbeda. Selain i t u , m o l e k u l plasmid d i p o t o n g
dengan enzim endonuklease restrlksi EcoRI yang hanya m e m o t o n g pada satu
tempat sehingga m o l e k u l D N Amenjadi linear. Dengan mengamati posisi
gelembung replikasi relatif terhadap ujung m o l e k u l m a k a dapat dibuktikan b a h w a
gelembung replikasi hanya bergerak k e satu arah.
A r a h pergerakan garpu replikasi dapat diamati dengan menggunakan label
autoradiografi. Perbedaan intensitas label m e n u n j u k k a n apakah g a r p u replikasi
bergerak k esatu arah atau k edua arah. Replikasi satu arah m e n y e b a b k a n suatu
label (misalnya dengan label a u t o r a d i o g r a f i 'ringan') diikuti o l e h label lain yang
l e b i h ' b e r a t ' h a n y a p a d a s a t u sisi a u t o r a d i o g r a f . S e b a l i k n y a , replikasi dua arah
m e n g h a s i l k a n p o l a p e l a b e l a n s e p e r t i d i a t a s t e t a p i t e r j a d i p a d a k e d u a sisi a u t o -
r a d i o g r a f . P a d a r e p l i k a s i m o l e k u l D N A b e r b e n t u k l i n g k a r (circular), a k a n t e r b e n t u k
garpu replikasi yang bergerak k e dua arah sehingga m e m b e n t u k s t r u k t u r huruf
e (theta).
Posisi dan j u m l a h garpu replikasi akan m e m b e n t u k pola spesifik jika diamati
dengan t e k n i k elektroforesis. Analisis tersebut dilakukan dengan mengisolasi
dan m e m o t o n g suatu m o l e k u l D N A yang tengah direplikasi dengan suatu enzim
e n d o n u k l e a s e restrlksi (enzim yang dapat m e m o t o n g D N A ) . Hasil pemotongan
tersebut kemudian dielektroforesis dengan teknik elektroforesis dua dimensi
( 2 - D electrophoresis) dan dihibridlsasi dengan s u a t u p e l a c a k (probe) radioaktif.
Dengan t e k n i k e l e k t r o f o r e s i s ini, p e r t a m a kali m o l e k u l D N A dipisahkan ber-
dasarkan atas massanya, selanjutnya dilanjutkan dengan pemisahan (separasi)
berdasarkan bentuk molekul. Pola autoradiografi akan menunjukkan deviasi
e l e k t r o f o r e t i k D N A dari s t r u k t u r linear. Perbedaan b e n t u k garpu replikasi akan
menghasilkan pola elektroforetik yang berbeda, seperti diperlihatkan secara
skematis pada G a m b a r 7.4.

Pemisahan Untaian D N A
Seperti telah dijelaskan sebelumnya, replikasi D N A dimulai dengan proses pemisah-
\ IVIacam-macam an k e d u a u n t a i a n D N A i n d u k y a n g a k a n direplikasi. P r o s e s p e m i s a h a n ini d i l a k u k a n
helikase
o l e h e n z i m helikase. D i d a l a m s e l £ coli d i k e t a h u i a d a e m p a t m a c a m DNA
h e l i k a s e y a i t u helikase r e p , D N A helikase I, D N A helikase II, d a n protein DnaB.
 T i t i k a w a l r e p l i k a s i (ori)

I
Pulsa radioaktif rendah

^::=^
Pulsa radioaktif rendah

Pulsa radioaktif tinggi

t t
Titik awal pulsa radioaktif tinggi

G a m b a r 7.4i S k e m a a r a h r e p l i k a s i y a n g d i b u k t i k a n secara e k s p e r i m e n t a l meng-

gunakan radioaktif. (Diadaptasi dari Weaver, 2003.)

Studi m e n u n j u k k a n bahwa enzim helikase yang berperanan dalam pemisahan

u n t a i a n D N A adalah p r o t e i n DnaB. H a l i n i d i b u k t i k a n d e n g a n menggunakan
m u t a n £. coli y a n g p e k a t e r h a d a p s u h u . M u t a s i p e k a - s u h u (temperature-sensitive)
p a d a g e n dnaB m e n y e b a b k a n t e r h e n t i n y a s i n t e s i s D N A p a d a £ coli j i k a s u h u
p e r t u m b u h a n dinaikkan sampai mencapai aras t e r t e n t u . Selain itu diketahui b a h w a
p r o t e i n D n a B juga bersifat sebagai A T P a s e .
Eksperimen yang dilakukan oleh Jonathan LeBowitz dan Roger M c M a c k e n
pada t a h u n 1 9 8 6 m e n u n j u k k a n b a h w a D n a B m e m p u n y a i aktivitas helikase. H a l
ini d i t u n j u k k a n d e n g a n m e n g g u n a k a n D N A s i r k u l a r b a k t e r i o f a g M l 3 y a n g d i t e m p e l i
oleh suatu molekul D N A linear p e n d e k yang sudah dilabel. K e dalam substrat
D N A tersebut kemudian ditambahkan protein DnaB dancampuran i t u lalu
diinkubasi. Setelah itu dilakukan elektroforesis u n t u k melihat apakah terjadi p e -
misahan antara D N A M l 3 dengan m o l e k u l D N A p e n d e k yang d i t e m p e l k a n . Hasll
elektroforesis menunjukkan bahwa molekul D N Apendek tersebut kemudian
m e m i s a h sehingga m e n g a l a m i migrasi s e c a r a lebih c e p a t pada gel e l e k t r o f o r e s i s
 Bab 7 Replikasi Bahan Genetik 107

d i b a n d i n g d e n g a n D N A M l 3. E k s p e r i m e n t e r s e b u t m e n u n j u k k a n b a h w a a k t i v i t a s
protein D n a B telah menyebabkan terpisahnya molekul D N Apendek yang d i -
t e m p e l k a n p a d a D N A M l 3. D e n g a n k a t a lain, p r o t e i n D n a B m e m p u n y a i a k t i v i t a s
helikase.
Selain helikase, e n z i m lain y a n g juga b e r p e r a n a n d a l a m p e m i s a h a n u n t a i a n
D N A a d a l a h e n z i m D N A girase. D N A g i r a s e a d a l a h s a l a h s a t u e n z i m t o p o i s o -
merase, y a i t u s u a t u e n z i m y a n g d a p a t m e n g u b a h t o p o l o g i m o l e k u l D N A . Per-
ubahan topologi t e r s e b u t dilakukan dengan cara m e m u t u s k a n ikatan hidrogen
p a d a s a l a h s a t u a t a u k e d u a u n t a i a n D N A s e c a r a s e m e n t a r a (transient). D N A
girase ( t o p o i s o m e r a s e II) adalah e n z i m y a n g dapat m e n g h i l a n g k a n pilinan positif
(atau dengan kata lain m e n l m b u l k a n pilinan negatif) yang t e r b e n t u k s e w a k t u
terjadi replikasi D N A (yaitu s e w a k t u garpu replikasi bergerak maju). O l e h karena
Itu, D N A girase akan m e n e m p e l pada D N A pada daerah di depan garpu replikasi.
Peranan D N A girase dalam replikasi D N A dibuktikan dengan menggunakan
a n t i b i o t i k y a n g d a p a t m e n g h a m b a t a k t i v i t a s e n z i m i n i y a i t u k o u m e r m i s i n (cou-
mermycin), a s a m n a l i d i k s a t (nalidixic acid), a s a m o k s o l i n a t (oxolinic acid), d a n n o v o -
b i o s l n (novobiocin). P e n a m b a h a n a n t i b i o t i k s e m a c a m i n i k e d a l a m k u l t u r b a k t e r i
yang sedang t u m b u h m e n y e b a b k a n penghambatan sintesis D N A . D i samping itu
b u k t i j u g a m u n c u l d a r i s t u d i d e n g a n m e n g g u n a k a n m u t a n £. coli. J i k a D N A girase
d i i s o l a s i d a r i s e l t i p e a l a m i d a n d a r i s e l m u t a n £. coli d a n d i u j i p e n g i k a t a n n y a
dengan antibiotik m a k a hanya enzim dari sel tipe alami yang dapat berikatan
dengan antibiotik tersebut.
Selain e n z i m helikase d a n D N A girase, p r o t e i n lain y a n g t e r l i b a t d a l a m
Peranan
p r o t e i n SSB p e m i s a h a n u n t a i a n D N A i n d u k a d a l a h protein S S B (single-strand binding pro-
tein). P e r a n a n p r o t e i n S S B a d a l a h u n t u k m e n j a g a a g a r b a g i a n D N A yang sudah
t e r p i s a h t i d a k b e r i k a t a n lagi s e h i n g g a d a p a t d i g u n a k a n s e b a g a i c e t a k a n . P r o t e i n
S S B p a d a £. coli d i k o d e o l e h g e n ssb, p a d a b a k t e r i o f a g T 4 d i k e n a l s e b a g a i p r o t e i n
g p 3 2 (gene produa 32), s e d a n g k a n p a d a b a k t e r i o f a g M l 3 d i s e b u t gp5. P r o t e i n -
p r o t e i n t e r s e b u t m e m p u n y a i sifat k o o p e r a t i f , a r t i n y a pengikatan satu m o l e k u l
p r o t e i n p a d a u n t a i - t u n g g a l D N A a k a n m e n i n g k a t k a n k e k u a t a n i k a t (affinity) m o l e k u l
y a n g lain b e b e r a p a r i b u kali. M a s i n g - m a s i n g jenis p r o t e i n t e r s e b u t m e m p u n y a i
sifat ikatan yang b e r b e d a . P r o t e i n gp32 b e r i k a t a n sebagai rantaian m o n o m e r ,
p r o t e i n g p 5 s e b a g a i r a n t a i a n d i m e r , s e d a n g k a n p r o t e i n S S B p a d a £. coli b e r i k a t a n
sebagai t e t r a m e r . Beberapa sifat dasar p r o t e i n S S B dapat dilihat pada Tabel 7 . 1 .

^ P e m b e n t u k a n G a r p u Replikasi
Sebelum replikasi dimulai, D N A akan mengalami perubahan struktural yang m e -
m u n g k i n k a n dimulainya proses sintesis untaian D N A yang baru. Setelah untaian
D N A dipisahkan d a ndibuka dengan aktivitas beberapa enzim, selanjutnya ter-
b e n t u k l a h s t r u k t u r garpu replikasi. Bagian D N A yang sedang direplikasi mem-
b e n t u k g a r p u replikasi y a n g a k a n dijaga t e t a p d a l a m k e a d a a n t e r b u k a o l e h aktivitas
p r o t e i n SSB. G a r p u replikasi a k a n b e r g e r a k seiring b e r l a n g s u n g n y a sintesis u n t a i a n
108 Biologi Molekular

Tabel 7.1I Sifat-sifat protein SSB p a d a prokaryot.

Sifat gp32 (T4) gp5 ( M 1 3 ) S S B (E. cold

Pengikatan
• D N A>R N A Ya Ya Ya
• untai-tunggal > Ya Ya Ya
untai-ganda
• banyaknya nukleotida 10 4 8-16
yang terikat per
monomer
Fungsi biologis menstimulasi replikasi m e n g h a m b a t sintesis menstimulasi replikasi
dan rekombinasi untaian D N A dan reparasi D N A
yang komplementer

J u m l a h per sel 10.000 75.000 800

Jumlah per garpu 170 270
replikasi

Massa alami (kDa) 33,5 19,4 75,6

Bentuk alami Monomer Dimer Tetramer

(Sumber: Weaver, 2003.)

D N A baru, baik untaian D N A awal m a u p u n untaian D N Alambat. U n t a i a n D N A

baru akan m e m b e n t u k ikatan hidrogen dengan untaian D N Ainduk sehingga
t e r b e n t u k dua untaian D N A . Pada garpu replikasi t e r s e b u t d i t e m p e l k a n m o l e k u l
p r i m e r yang akan mengawali proses sintesis D N A baru.

Inisiasi Replikasi D N A
Inisiasi ( p e n g - " a w a l " - a n ) replikasi D N A adalah p r o s e s p e r m u l a a n sintesis u n t a i a n
DNA yang s e b e l u m n y a didahului o l e h sintesis m o l e k u l p r i m e r Proses inisiasi
berlangsung dengan m e k a n i s m e yang berbeda antara suatu jasad dengan jasad
y a n g l a i n . P a d a b a k t e r i £. coli, s i n t e s i s p r i m e r d i k a t a l l s i s o l e h k o m p l e k s p r o t e i n
yang disebut p r i m o s o m . P r i m o s o m terdiri atas e n z i m p r i m a s e / D n a G (berperanan
dalam sintesis m o l e k u l p r i m e r ) , p r o t e i n P r i A , PriB, PriC, D n a T , D n a B , dan D n a C .
P a d a £ coli d i k e t a h u i a d a d u a t i p e a t a u s i s t e m r e a k s i i n i s i a s i , y a i t u ( 1 ) s i s t e m O X ,
d a n ( 2 ) s i s t e m oriC. S i s t e m O X a d a l a h s i s t e m i n i s i a s i r e p l i k a s i D N A v i r u s O X I 7 4 ,
s e d a n g k a n s i s t e m oriC a d a l a h s i s t e m i n i s i a s i y a n g m e l i b a t k a n o r i p a d a £ coll.

Inisiasi Replikasi p a d a Virus 0X174

Pada replikasi D N A O X I 74, k o m p l e k s p r i m o s o m t e r k u m p u l pada suatu titik
y a n g d i s e b u t s e b a g a i primosome assembly site ( p a s ) . D a e r a h pas i n i d i k e n a l i o l e h
p r o t e i n P r i A yang m e m p u n y a i aktivitas ganda, yaitu sebagai helikase d a n dapat
menyingkirkan SSB. K e m a m p u a n ganda PriA semacam ini bersifat unik karena
h a n y a d i p e r l u k a n d a l a m s i s t e m inisiasi O X . P r o t e i n P r i A , P r i B , d a n P r i C tidak
d i p e r l u k a n d a l a m i n i s i a s i r e p l i k a s i D N A d e n g a n s i s t e m oriC.
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genebk 109

Diketahui b a h w a pada replikasi D N A O X I 74, peranan p r o t e i n D n a B sangat

penting d a ntidak dapat digantikan, sementara p r o t e i n - p r o t e i n lalnnya dapat
dihilangkan. H a l ini d i b u k t i k a n o l e h K o r n b e r g dan k a w a n - k a w a n y a n g m e n u n j u k k a n
bahwa D N A untai-tunggal O X I 74 dapat direplikasi menjadi untai-ganda hanya
oleh d u amacam protein, yaitu holoenzim D N A polimerase III d a n p r o t e i n
D n a B . A k a n t e t a p i , jika t e r d a p a t p r o t e i n S S B , m a k a u n t u k inisiasi replikasi d i -
perlukan p r o t e i n - p r o t e i n lalnnya yaitu D n a C , D n a T , PriA, PriB, dan PriC. Pro-
t e i n D n a B m e r u p a k a n k o m p o n e n s e n t r a l pada inisiasi replikasi d e n g a n sistem
OX m a u p u n s i s t e m oriC d a n a k a n m e m b e n t u k s u a t u k o m p l e k s d e n g a n DnaC.
K o m p l e k s p r i m o s o m O X I 7 4 t e r b e n t u k d e n g a n d i a w a l i o l e h p e n g e n a l a n s i s i pas
o l e h PriA. P r o t e i n PriB dan P r i C juga m e l e k a t pada daerah pos pada awal proses
inisiasi. B e r i k u t n y a , D n a B dan D n a C m e m b e n t u k s u a t u k o m p l e k s , dengan d i b a n t u
o l e h A T P . K o m p l e k s ini b e r s a m a - s a m a dengan D n a T m e m b e n t u k p r e p r i m o s o m .
Akhirnya, primase melekat pada p r e p r i m o s o m dan m e m b e n t u k p r i m o s o m .

P r i m o s o m O X I 7 4 dapat b e r p i n d a h dari satu titik ke titik lain selama proses

replikasi dan dapat menyintesis p r i m e r berulang-ulang s e w a k t u bergerak sepanjang
DNA virus yang terbuka. H a l ini berbeda dengan sifat p r i m a s e (atau R N A
p o l i m e r a s e ) , yang digunakan u n t u k sintesis p r i m e r , k a r e n a p r i m a s e hanya m e n g -
inisiasi sintesis D N A pada satu titik yaitu titik awal replikasi (ori).
Primase adalah enzim yang sesungguhnya melakukan proses pengawalan
r e a k s i a t a u inisiasi replikasi D N A . E n z i m ini, baik p a d a s i s t e m O X m a u p u n s i s t e m
oriC, d i k o d e o l e h g e n dnaG. P r i m a s e merupakan polipeptida tunggal dengan
u k u r a n 6 0 k D a . E n z i m ini pada dasarnya adalah R N A p o l i m e r a s e yang digunakan
secara khusus u n t u k menyintesis R N A primer yang diperlukan dalam replikasi
D N A . Primase m e m b e n t u k asosiasi s e m e n t a r a dengan p r i m o s o m dan diaktifkan
o l e h p r o t e i n D n a B u n t u k menginisiasi sintesis p r i m e r . U k u r a n p r i m e r berkisar
antara 1 5 - 5 0 nukleotida. Primase menyintesis p r i m e r dengan urutan nukleotida
awal berupa ( p p p ) A G yaitu pada cetakan yang berupa urutan 5'-GTC-3'.

Inisiasi Replikasi p a d a Bakteriofag M l 3 dan G4

B e r b e d a dengan yang t e r j a d i pada v i r u s lain, pada b a k t e r i o f a g M l 3 sintesis p r i m e r
tidak dilakukan oleh primase melainkan oleh enzim R N A polimerase sel inang-
nya. Hal i n idiketahui dalam e k s p e r i m e n yang melibatkan penggunaan rifampicin
dan inhibitor R N A polimerase lalnnya yang ternyata menyebabkan penghambat-
an replikasi D N A b a k t e r i o f a g M l 3. S e b a l i k n y a p a d a b a k t e r i o f a g y a n g lain y a i t u
G 4 , diketahui b a h w a sintesis p r i m e r dilakukan o l e h p r i m a s e yang dikode oleh
gen dnaG.
Bakteriofag G 4 menggunakan primase yang sama seperti yang digunakan
o l e h O X I 7 4 t e t a p i t a n p a m e n g g u n a k a n p r o t e i n lain s e p e r t i yang digunakan oleh
O X I 74. H a l ini d i t u n j u k k a n o l e h K o r n b e r g dan k a w a n - k a w a n , pada t a h u n 1 9 7 5 ,
yang m e m b u k t i k a n bahwa D N A bakteriofag G 4untai-tunggal dapat diubah menjadi
u n t a i - g a n d a s e c a r a in vitro. P r o t e i n - p r o t e i n y a n g d i p e r l u k a n u n t u k m e n g u b a h u n t a i -
tunggal menjadi untai-ganda t e r s e b u t adalah D N Apolimerase III h o l o e n z i m ,
protein SSB, d a n primase. Penelitian selanjutnya oleh K o r n b e r g dan kawan-
k a w a n m e n u n j u k k a n b a h w a u k u r a n p r i m e r yang disintesis adalah sekitar 26-29
nukleotida. p r i m e r t e r s e b u t m e m p u n y a i potensi u n t u k m e m b e n t u k s t r u k t u r 'jepit
r a m b u t ' (hair pin).

Inisiasi Replikasi p a d a E. coli

R e p l i k a s i D N A £ coli j u g a d i l n l s l a s i d e n g a n p e m b e n t u k a n p r i m o s o m t e t a p i d e n g a n
organisasi yang berbeda dari p r i m o s o m O X I 7 4 . P a d a D N A £ coli, r e p l i k a s i
d i m u l a i p a d a s u a t u t i t i k y a n g d i s e b u t oriC. T i t i k a w a l r e p l i k a s i i n i t e r s u s u n atas
2 4 5 pasang basa yang m e n g a n d u n g urutan nukleotida T T A T C C A C A sebanyak
e m p a t k a l i . U r u t a n i n i l a h y a n g m e r u p a k a n t e m p a t p e l e k a t a n p r o t e i n dnaA ( D n a A )
yang berperanan dalam pembukaan untaian ganda D N A p a d a or/C d a n seringkali
d i s e b u t s e b a g a i kotak d n a A .
I n i s i a s i r e p l i k a s i p a d a or/'C d i l a k u k a n o l e h e n a m m a c a m p r o t e i n y a i t u : DnaA,
DnaB, D n a C , H U , girase, d a nS S B . Pada awalnya, D n a A melekat pada urutan
k o n s e n s u s sepanjang 9 pasang basa. Setelah D n a A m e l e k a t pada d a e r a h ini m a k a
selanjutnya protein tersebut melakukan pembukaan D N A pada suatu urutan
pasang-berulang (tandem repeats) s e p a n j a n g 1 3 pasang basa sehingga t e r b e n t u k
k o m p l e k s t e r b u k a (open complex). S e t e l a h t e r b e n t u k k o m p l e k s t e r b u k a maka
kemudian terjadi pelekatan protein DnaB. D a l a m halini, p r o t e i n D n a A secara
langsung memengaruhi pelekatan D n a B pada D N A . Protein DnaA dan DnaC
akan berikatan m e m b e n t u k suatu agregat berukuran sekitar 4 8 0kDa. DnaB
m e m p u n y a i a k t i v i t a s helikase y a n g m e l a k u k a n proses penguraian (unwinding)
lilitan D N A y a i t u dengan jalan m e n y i n g k i r k a n DnaA. DnaA sendiri berperan
dalam membuka ikatan antar-untaian D N A sehingga m e m b e n t u k kompleks
terbuka. Meskipun R N A polimerase tidak digunakan untuk membuat primer,
n a m u n e n z i m Ini b e r p e r a n d a l a m m e n y i n t e s i s m o l e k u l R N A p e n d e k y a n g dapat
membentuk s t r u k t u r R-loop. Diduga pembentukan R-/oop i n i bersama-sama
dengan aktivitas protein HU akan menyebabkan ketidakstabilan s t r u k t u r heliks
DNA sehingga D N A m e m b u k a menjadi kompleks terbuka. Protein H U sendiri
mampu melakukan pembengkokan s t r u k t u r D N A sehingga menyebabkan
perubahan struktural pada DNA.

Selain DnaA dan DnaB, juga diperlukan dua macam p r o t e i n lain untuk
proses penguraian lilitan D N A y a i t u girase d a n p r o t e i n S S B (single-strand bind-
ing). Girase berfungsi u n t u k m e m u t a r untaian D N A sehingga kedua untaian
DNA m e n g a l a m i r o t a s i satu s a m a lain. H a l ini p e r l u d i l a k u k a n u n t u k mengurangi
terjadinya ketegangan pilinan m o l e k u l D N A . Setelah m o l e k u l D N A mulai terbuka
maka protein SSB menempel pada untaian D N Ayang sudah menjadi untai-
t u n g g a l s e h i n g g a m e n j a d i stabil d a n t i d a k m e n u t u p lagi. A k h i r n y a , a k t i v i t a s D n a B
a k a n m e n s t i m u l a s i p e n g i k a t a n p r i m a s e ( p r o t e i n dnaG) u n t u k m e m b e n t u k s t r u k t u r
lengkap p r i m o s o m sehingga proses inisiasi dapat dilakukan.
P r i m o s o m t e t a p b e r a d a p a d a replisom ( u n i t D N A y a n g m e n g a l a m i replikasi)
selama proses pemanjangan DNA dan m e m p u n y a i dua fungsi. Fungsi primosom
adalah: ( 1 ) m e l a k u k a n inisiasi s e c a r a b e r u l a n g - u l a n g d a l a m sintesis f r a g m e n Okazaki
y a i t u p a d a u n t a i a n D N A l a m b a t (lagging strand), (2) p r o t e i n D n a B berfungsi
 Bab 7 Replikasi Bahan Genetik 1 1 1

sebagai helikase yang m e n g u r a l k a n D N A u n t u k digunakan sebagai cetakan balk

b a g i u n t a i a n D N A a w a l (leading strand) m a u p u n u n t a i a n D N A l a m b a t . Untuk
m e l a k u k a n h a l I n i m a k a D n a B a k a n b e r g e r a k d e n g a n a r a h 5 ' —> 3 ' p a d a c e t a k a n
untaian D N A lambat, yaitu dengan arah yang sama dengan arah yang ditempuh
oleh pergerakan garpu replikasi. Dengan cara demikian maka p r i m o s o m akan
terikat pada untaian D N A lambat karena p r i m o s o m diperlukan u n t u k menyintesis
fragmen Okazaki.

E n z i m y a n g B e r p e r a n a n dalam Proses Inisiasi Replikasi

P r o s e s Inisiasi replikasi D N A p a d a p r o k a r y o t m e l i b a t k a n a k t i v i t a s b e b e r a p a enzim
yang masing-masing m e m p u n y a i fungsi khusus (Tabel 7.2).

T a b e l 7 . 2I E n z i m /p r o t e i n y a n g b e r p e r a n a n d a l a m i n i s i a s i r e p l i k a s i D N A p a d a prokaryot.

Nama Peranan Ukuran Jumlah/sel Gen

(dalton)

DnaA Membuka untaian D N A dnaA

secara lokal

Helikase M e m b u k a lilitan D N A 330.000 20 dnaB

(DnaB)

DnaC Bekerja bersama dengan 29.000 20 dnaC

DnaB

DnaT Preprinting 66.000 50 dnaT

SSB Menjaga agar D N A yang 76.000 200 ssb

sudah terbuka tidak
tertutup lagi

PriA Mengenali tempat 82.000 50 priA

pembentukan primer
(pas), m e n y i n g k i r k a n S S B

DnaG Menyintesis R N A primer 60.000 75 dnaG

HU Membengkokkan molekul
D N A u n t u k proses
pembukaan untaian D N A

^ Proses P e m a n j a n g a n (Polimerisasi) M o l e k u l D N A ^
Sintesis p r i m e r adalah awal proses replikasi D N Ayang sesungguhnya. Proses
sintesis D N A p a d a £. coli d a n p e m a n j a n g a n n y a (polimerisasi) dilakukan oleh
e n z i m D N A p o l i m e r a s e III ( h o l o e n z i m ) . E n z i m i n i t e r d i r i a t a s 1 0 s u b u n i t yang
m e m b e n t u k 3 s a t u a n s u b u n i t (subassemblies), y a i t u : ( 1 ) inti katalitik (catalytic
core), (2) Pol III', d a n ( 3 ) k o m p l e k s y ( A T P a s e ) . Daftar rinci subunit D N A
p o l i m e r a s e III ( h o l o e n z i m ) d a n f u n g s l n y a m a s i n g - m a s i n g d a p a t d i l i h a t p a d a T a b e l
7.3.
 T a b e l 7 . 3 I K o m p o s i s i s u b u n i t D N A p o l i m e r a s e I I I ( h o l o e n z i m ) p a d a E. coli.

Subunit Massa molekular (kDa) Fungsi

a 129,9 D N A polimerase
e 27,5 E k s o n u k l e a s e 3 ' -> 5'
e 8,6 Menstimulasi eksonukleasee
T 71,1 M e m b u a t d i m e r i n t i {core),
mengikat kompleks y

Y 47,5 Mengikat A T P
5 38,7 T e r i k a t p a d a (3
5' 36,9 Terikat pada y d a n 8

X 16,6 Terikat pada SSB

V 15,2 Terikat pada %d a n y

P 40,6 Penjepit e n z i m pada D N A

(Sumber: Weaver, 2003.)

Satuan s u b u n i t inti katalitik t e r s u s u n a t a s s u b u n i t [ a , e , d a n 0 ] y a n g

b e r p e r a n a n s e b a g a i u n i t u t a m a y a n g m e l a k u k a n s i n t e s i s D N A . S a t u a n s u b u n i t Pol
III' t e r s u s u n a t a s 2 ( d u a ) i n t i k a t a l i t i k d i t a m b a h d e n g a n s u b u n i t T d a n b e r p e r a n a n
dalam meningkatkan prosesivitas kompleks h o l o e n z i m , sedangkan satuan subunit
kompleks y t e r s u s u n atas s u b u n i t [ y , 5 , 5 ' , d a n p]. Ketiga satuan subunit
t e r s e b u t a k a n m e m b e n t u k D N A p o l i m e r a s e I I I h o l o e n z i m . D a l a m k e a d a a n in
vitro, h o l o e n z i m t e r s e b u t d a p a t melakukan polimerisasi nukleotida dengan
k e c e p a t a n 7 0 0 n u k l e o t i d a p e r d e t i k , s e d a n g k a n g a r p u r e p l i k a s i £. coli b e r g e r a k
dengan kecepatan 1.000 nukleotida p e rdetlk. Sebaliknya, D N A polimerase I d a n
II t i d a k b e r u p a s t r u k t u r h o l o e n z i m d a n k e c e p a t a n r e p l i k a s i D N A - n y a j a u h l e b i h
lambat dibandingkan dengan D N A p o l i m e r a s e III h o l o e n z i m .
P a d a £. coli, p r o s e s p e m a n j a n g a n / p o l l m e r i s a s i D N A d i l a k u k a n o l e h k o m p l e k s
DNA p o l i m e r a s e III h o l o e n z i m , s e d a n g k a n pada e u k a r y o t d i l a k u k a n o l e h D N A
polimerase a dan 6 yang masing-masing melakukan polimerisasi untaian D N A
l a m b a t d a n u n t a i a n D N A a w a l . P a d a s i s t e m £. coli a d a s i s t e m k o o r d i n a s i dalam
hal sintesis untaian D N A l a m b a t d a n untaian D N A a w a l o l e h D N A p o l i m e r a s e
III h o l o e n z i m m e s k i p u n a r a h g e o m e t r i s n y a berbeda.
P r i m o s o m a k a n b e r g e r a k s e p a n j a n g u n t a i a n D N A i n d u k d e n g a n a r a h 5'—>3'
sehingga arah pergerakannya berlawanan dengan arah pemanjangan untaian D N A
lambat. Perlu diingat b a h w a sintesis untaian D N A awal d a nproses pemanjangan-
nya dilakukan secara k o n t i n u searah dengan pergerakan garpu replikasi sehingga
tidak a d a persoalan mekanis. H a l i n i berbeda dengan sintesis d a n polimerisasi
DNA lambat yang harus dilakukan secara bertahap sambil menunggu terbukanya
g a r p u replikasi. S e t e l a h g a r p u replikasi m e m b u k a , y a i t u d a l a m p r o s e s inisiasi, dan
bergerak m a j u m a k a a d a bagian beruntai-tunggal d i depan p r i m o s o m . P r i m o s o m
selanjutnya akan bergerak, searah dengan pergerakan garpu replikasi, u n t u k
m e l a k u k a n sintesis d a n polimerisasi D N A lambat dengan m e n g g u n a k a n cetakan
D N A yang sudah terbuka dalam keadaan untai-tunggal tersebut. Dengan demikian
m a k a arah pergerakan p r i m o s o m searah dengan pergerakan garpu replikasi tetapi
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 113

berlawanan dengan arah polimerisasi untaian D N A lambat. Mekanisme semacam

Ini m e n l m b u l k a n k o m p l l k a s i g e o m e t r i s k a r e n a p o l i m e r i s a s i D N A awal dilakukan
searah dengan arah gerakan garpu replikasi, sedangkan arah polimerisasi D N A
lambat dilakukan dengan arah yang berlawanan dengan arah polimerisasi D N A
a w a l . P e r s o a l a n s e m a c a m Ini diatasi d e n g a n s u a t u s i s t e m k o o r d i n a s i y a n g elegan
tanpa harus menggunakan dua kompleks D N A polimerase.

Koordinasi Poiimerasi D N A Lambat dan D N A A w a l

Meskipun belum a d abuktl empiris yang kuat, n a m u n sistem koordinasi sintesis
untaian D N A awal d a n D N A l a m b a t dapat dijelaskan sebagai b e r i k u t . Seperti
telah dijelaskan sebelumnya, k o m p l e k s D N A p o l i m e r a s e h o l o e n z i m t e r d i r i atas
b e b e r a p a s a t u a n s u b u n i t , a n t a r a lain adalah Inti katalitik. Pada saat t e r j a d i replikasi,
Inti katalldk akan m e l e k a t pada k e d u a u n t a i a n D N A cetakan. Pada w a k t u k o m p l e k s
DNA p o l i m e r a s e III b e r g e r a k s e p a n j a n g D N A i n d u k m a k a terjadi sintesis D N A
awal. Secara periodik, p r i m o s o m akan melakukan sintesis f r a g m e n Okazaki
(fragmen D N A lambat). U n t u k mengatasi persoalan perbedaan arah geometris
sintesis D N A awal dan D N A lambat, maka untaian D N A induk yang digunakan
sebagai cetakan u n t u k D N A l a m b a t ditarik s e d e m i k i a n rupa m e m b e n t u k lengkung-
a n (loop) k e a r a h p e r g e r a k a n kompleks D N A p o l i m e r a s e III. M o l e k u l p r o t e i n
D n a B (helikase) yang terletak di depan k o m p l e k s D N Apolimerase holoenzim
akan membuka ikatan antara kedua untaian D N A cetakan dan bergerak 'ke
depan'. Dengan cara demikian maka kompleks D N A polimerase III d a p a t
menjangkau kedua cetakan D N A dan m e l a k u k a n sintesis D N A awal dan D N A
lambat secara simultan. S k e m a koordinasi sintesis kedua untaian D N A tersebut
dapat dilihat pada G a m b a r 7.5.
Pada r e p l i k o n O X I 7 4 , m o l e k u l p r o t e i n P r i A (bagian dari k o m p l e k s p r i m o s o m
yang menyintesis primer untuk D N A lambat), bergerak berlawanan arah dengan
arah pergerakan garpu replikasi sekaligus menyingkirkan protein SSB. Seperti
diketahui p r o t e i n S S B berfungsi u n t u k menjaga agar untaian D N A cetakan (induk)
yang sudah t e r b u k a tidak m e n u t u p kembali. O l e h karena Itu pada w a k t u garpu
replikasi bergerak maju, maka PriA akan bergerak k e arah yang berlawanan
u n t u k menyingkirkan S S B sehingga proses pemanjangan D N A lambat tidak ter-
g a n g g u . S e b a l i k n y a , p a d a r e p l i k o n o r / C ( p a d a £. coli), p r o t e i n P r i A t i d a k d i p e r l u k a n
sehingga p e r a n a n n y a dilakukan o l e h p r o t e i n D n a B sekaligus. Secara sederhana
k o o r d i n a s i sintesis D N A awal dan D N A l a m b a t dapat dijelaskan sebagai b e r i k u t :

Koordinasi 1. D n a B ( h e l i k a s e ) , y a n g b e r f u n g s i u n t u k m e m b u k a i k a t a n D N A , b e r g e r a k searaii
sintesis l<edua
f r a g m e n DNA dengan arah sintesis untaian DNA awal. S e t e l a h D N A d i b u k a m a k a p r o t e i n S S B
m e n e m p e l pada DNA.
2. Masing-masing inti k a t a l i t i k D N A p o l i m e r a s e III a k a n t e r i k a t p a d a kedua
untaian D N Ainduk (cetakan) d a nmenyintesis baik D N Aawal m a u p u n D N A
lambat.
1 1 4 Biologi Molekular

Topoisomerase

A r a h gerakan garpu replikasi

Fragmen Okazaki
Protein SSB

Protein penguat

D N A polimerase I

Ligase

Untaian D N A awal
Protein penjepit
(leading strand)
(clamp protein)

Untaian D N A lambat
(lagging strand)

G a m b a r 7.5 I K o o r d i n a s i s i n t e s i s D N A k e a r a h b e r l a w a n a n . U n t u k m e n g a t a s i
persoalan a r a h (geometris) sintesis D N A y a n g b e r l a w a n a n , m a k a D N A cetakan
y a n g d i g u n a k a n u n t u k s i n t e s i s D N A l a m b a t (lagging strand) d i l i p a t s e d e m i k i a n
r u p a sehingga pada daerah y a n g berikatan d e n g a n D N A polimerase, sintesis
D N A pada kedua cetakan berlangsung k earah (geometris) yang sama.

3. Kompleks primosom akan menarik untaian D N A induk yang digunakan

sebagai cetakan u n t u k sintesis D N Alambat k e arah yang sesuai dengan arah
p e r g e r a k a n D n a B (helikase), sekaligus menyintesis primer

4. Salah satu inti katalitik D N A p o l i m e r a s e III a k a n m e n y i n t e s i s f r a g m e n Okazaki.

5. Pada w a k t u garpu replikasi b e r g e r a k maju (searah dengan pergerakan sintesis

DNA a w a l ) , m a k a protein PriA ( s a / a h satu komponen primosom) akan bergerak
berlawanan arah dari arah gerakan garpu replikasi, s e k a l i g u s m e n y i n g k i r k a n S S B .
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 115

6. D N A p o l i m e r a s e III a k a n m e m p e r p a n j a n g D N A l a m b a t y a n g s e d a n g d i s i n t e s i s
sampai b e r t e m u dengan ujung 5' dari fragmen Okazaki yang sudah disintesis
sebelumnya, kemudian D N A cetakan dilepaskan.

Dengan model semacam i n i m a k a dapat dijelaskan m e k a n i s m e replikasi oleh

satu kompleks D N A polimerase pada kedua untaian D N A yang berlangsung k e
arah yang berbeda. Pada untaian D N A awal, sintesis D N A berlangsung secara
k o n t i n u dari satu titik awal replikasi sampai k e ujung D N A . Sebaliknya, pada
untaian D N A lambat, sintesis D N A berlangsung tahap demi tahap. H a l ini
mungkin melibatkan proses pendauran subunit D N A polimerase tertentu,
misalnya proses disosiasi d a nreasosiasi antara k o m p l e k s ^ d a ninti katalitik.
H o l o e n z i m digunakan secara efisien. D i dalam sel bakteri yang sedang t u m b u h
cepat terdapat sekitar 1 0 kopi holoenzim.
Ukuran genom £. coli s e k i t a r 4 , 6 M b ( 4 , 6 j u t a p a s a n g a n b a s a ) . Untuk
melakukan replikasi genom diperlukan enzim D N Apolimerase dengan
k e m a m p u a n replikasi yang tinggi tanpa terdisosiasi dari cetakan (disebut sebagai
prosesivitas). I n t i k a t a l i t i k D N A p o l i m e r a s e s e n d i r i s e c a r a in vitro m e r u p a k a n
polimerase yang proseslvitasnya rendah, yaitu hanya m a m p u menambahkan 1 0
n u k l e o t i d a k e m u d i a n t e r d i s o s i a s i . S e b a l i k n y a , d i d a l a m s e l (in vivo) g a r p u replikasi
b e r g e r a k dengan laju sekitar 1.000 n u k l e o t i d a p e r detik. K e m a m p u a n replikasi
in vivo s e m a c a m i n i d i t e n t u k a n o l e h a d a n y a "jepit g e s e r " (sliding clamp) yang
digunakan u n t u k t e t a p m e n e m p e l pada cetakan selama proses replikasi. Jepitan
s e m a c a m i n i d i l a k u k a n o l e h s u b u n i t p. A g a r s u b u n i t P d a p a t m e m b e n t u k k o m p l e k s
preinisiasi (yaitu inti katalitik dan cetakan D N A ) , diperlukan beberapa subunit
l a i n y a i t u k o m p l e k s y ( t e r d i r i a t a s s u b u n i t y , 5 , 6 ' , %, d a n i|/) y a n g berfungsi
s e b a g a i p e n e m p e l j e p i t a n (clamp loader).
P a n j a n g f r a g m e n O k a z a k i s e k i t a r 1 - 2 k b s e h i n g g a u n t u k r e p l i k a s i g e n o m £.
coli d i l a k u k a n s e k i t a r 2 . 0 0 0 k a l i p r o s e s i n i s i a s i s i n t e s i s D N A (priming). Dengan
d e m i k i a n m a k a d i p e r l u k a n p u l a s e k i t a r 2 . 0 0 0 j e p i t g e s e r . O l e h k a r e n a s e l £. coli
h a n y a m a m p u m e m b a w a s e k i t a r 3 0 0 d i m e r s u b u n i t P, m a k a h a r u s a d a p r o s e s
pendaur-ulangan (recycle) s u b u n i t p. H a l s e m a c a m iniakan terjadi jika a d a
proses disosiasi s u b u n i t P dari cetakan D N A . Dengan demikian subunit p akan
bergabung dengan inti katalitik selama proses sintesis D N A agar inti katalitik
tersebut tidak terdisosiasi dari cetakan. Setelah itu, subunit P terdisosiasi dari
cetakan d a nbergerak k e bagian D N Ay a n g lain s e r t a b e r g a b u n g dengan inti
katalitik y a n g lain sehingga d a p a t d i l a k u k a n sintesis f r a g m e n O k a z a k i baru.

P e m b e n t u k a n U n t a i a n K o n t i n u pada Bagian U n t a i a n D N A
Lambat
S e p e r t i t e l a h d i k e m u k a k a n , salah satu untaian D N A disintesis secara diskontinu
yaitu dengan m e m b u a t fragmen-fragmen D N A pendek. D iantara fragmen-fragmen
Okazaki tersebut sebelumnya terdapat molekul primer berupa RNA. Molekul
1 1 6 Biologi Molekular

p r i m e r t e r s e b u t selanjutnya didegradasi oleh aktivitas eksonuklease 5' 3'

y a n g d i m i l i k i o l e h D N A p o l i m e r a s e I, sekaligus dilakukan sintesis D N A u n t u k
mengisi celah yang ada yaitu yang terjadi antara ujung 5'-P dengan ujung 3'-OH.
Pada tahap ini, antara suatu fragmen Okazaki d e n g a n f r a g m e n y a n g lain m a s i h
a d a t a k i k (nick) s e h i n g g a b e l u m s e p e n u h n y a t e r s a m b u n g . A g a r f r a g m e n - f r a g m e n
Okazaki tersebut tersambung secara kontinu, maka takik tersebut akan d i -
sambung oleh enzim DNA ligase. Proses penyambungan tersebut melibatkan
dua macam tahapan dengan melibatkan kompleks e n z i m - A M P . A M P yang ada
pada kompleks enzim akan melekat pada ujung 5'-P suatu takik, kemudian
dibentuk ikatan fosfodiester dengan ujung 3'-OH.

Replikasi D N A pada E u k a r y o t
Sistem replikasi D N A pada e u k a r y o t m e n u n j u k k a n beberapa perbedaan d i -
bandingkan dengan replikasi pada p r o k a r y o t , y a i t u a n t a r a lain d a l a m h a l m a c a m
DNA p o l i m e r a s e y a n g t e r l i b a t . J i k a p a d a £. coW h a n y a a d a 3 ( t i g a ) m a c a m D N A
Lima m a c a m polimerase, maka pada e u k a r y o t ada5 (lima) m a c a m D N Apolimerase (Tabel
DNA 7.4).
polimerase
eukaryot

Tabel 7.4I M a c a m d a n k e m u n g k i n a n p e r a n a n D N A p o l i m e r a s e eukaryot.

Enzim Peranan

D N A polimerase a M e n g a w a l i replikasi pada kedua untaian

D N A polimerase 8 Pemanjangan kedua untaian
D N A p o l i m e r a s e (3 Reparasi D N A
D N A polimerase e Reparasi D N A
D N A polimerase y Replikasi D N A mitokondria

(Sumber: Weaver, 2003.)

D N A polimerase a m e m p u n y a i aktivitas primase yang berperanan penting

dalam sintesis f r a g m e n Okazaki. Sebaliknya, D N A p o l i m e r a s e 5 diduga berperanan
sebagai e n z i m y a n g m e m b u a t D N A a w a l k a r e n a e n z i m Ini m e m p u n y a i p r o s e s i v i t a s
yang jauh lebih tinggi dibandingkan dengan D N A polimerase a . Sebenarnya,
prosesivitas D N A p o l i m e r a s e 5 disebabkan o l e h adanya p r o t e i n lain yang dikenal
s e b a g a i p r o l i f e r a t i n g cell nuclear antigen (PCNA). P C N A berasosiasi dengan
DNA polimerase y dan meningkatkan proseslvitasnya m e n j a d i 4 0 kali lipat.
P e n i n g k a t a n prosesivitas ini d i l a k u k a n dengan cara m e n j e p i t D N A p o l i m e r a s e 5
pada D N A cetakan sehingga tidak m u d a h terdisosiasi.
D N A polimerase P tidak m e m p u n y a i prosesivitas sama sekali sehingga
diduga hanya berperanan dalam proses reparasi D N A .D N A p o l i m e r a s e y
terdapat di dalam m i t o k o n d r i a sehingga diduga berperanan dalam replikasi
D N A mitokondria.
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 117

Inisiasi Replikasi pada Eukaryot

Salah s a t u ciri inisiasi replikasi D N A pada e u k a r y o t yaitu a d abanyak titik awal
replikasi (ori). H a l i n i dapat d i p a h a m i m e n g i n g a t u k u r a n g e n o m jasad eukaryot
jauh lebih besar dibanding dengan g e n o m p r o k a r y o t sehingga diperlukan lebih
banyak ori u n t u k m e m p e r c e p a t replikasi. Selain itu juga d i k e t a h u i b a h w a per-
gerakan garpu replikasi pada e u k a r y o t lebih lambat dibanding pada p r o k a r y o t .
U n t u k m e m p e r m u d a h studi, m a k a replikasi D N A e u k a r y o t pada awalnya dipelajari
dengan menggunakan model replikasi D N A virus yang menyerang eukaryot,
misalnya virus SV40. V i r u s S V 4 0 adalah virus yang m e n y e r a n g m o n y e t , sehingga
replikasi D N A SV40 menggambarkan proses replikasi D N A pada eukaryot.

Inisiasi Replikasi DNA SV40

Pada t a h u n 1 9 7 2 , k e l o m p o k peneliti N o r m a n Salzman dan Daniel N a t h a n s berhasil
mengidentifikasi ori pada D N A S V 4 0 . M e r e k a m e n u n j u k k a n b a h w a replikasi pada
SV40 berlangsung k e d u a a r a h (bidirectional). H a l Ini dibuktikan dengan cara
melakukan pemotongan D N A menggunakan enzim endonuklease restrlksi EcoRI
d a n k e m u d i a n m e n g a m a t i hasil p e m o t o n g a n n y a d e n g a n m i k r o s k o p e l e k t r o n . P a d a
awal proses replikasi hanya terlihat satu gelembung r e p l i k a s i (replication bub-
ble). Pada w a k t u e k s p e r i m e n diteruskan akhirnya dapat dilihat bahwa gelembung
replikasi t e r s e b u t bergerak k e dua arah.
Sekuens m i n i m a l ori pada D N A S V 4 0 terdiri atas sekuens sepanjang 6 4 p b
(pasangan basa) yang meliputi: ( 1 ) e m p a t p e n t a m e r ( 5 ' - G A G G C - 3 ' ) , ( 2 ) suatu
p a l i n d r o m yang t e r d i r i atas 1 5 p b yang merupakan bagian paling awal yang
t e r b u k a pada saat terjadi replikasi, dan (3) suatu s e k u e n s yang terdiri atas 1 7 p b
yang hanya b e r u p a pasangan A - T . Bagian p e n t a m e r m e r u p a k a n bagian tempat
p e l e k a t a n a n t i g e n T b e r u k u r a n besar y a n g t i d a k lain m e r u p a k a n p r o d u k ekspresi
gen virus bagian a w a l . Jika antigen T t e r s e b u t m e l e k a t pada bagian ori, m a k a
aktivitas helikase yang dimilikinya akan m e m b u k a lilitan D N A dan menyiapkan
proses sintesis p r i m e r . P r i m a s e pada e u k a r y o t terasosiasi dengan D N A polimerase
a yang sekaligus juga berfungsi sebagai p r i m a s e pada replikasi D N A SV40.

Inisiasi Replikasi pada Khamir

P o l a r e p l i k a s i p a d a k h a m i r Saccharomyces cerevisiae s e r u p a d e n g a n p o l a r e p l i k a s i
ARS sebagai \
tempat awal pada jasad e u k a r y o t m u l t i s e l u l a r . Jarak a n t a r a s u a t u tItIk a w a l replikasi (ori) y a n g
repliliasi aktif dengan titik awal replikasi yang lain b e r k i s a r sekitar 4 0 kb. Pada genom
S. cerevisiae t e r d a p a t s e k u e n s y a n g b e r e p l i k a s i s e c a r a i n d e p e n d e n d a n d i k e n a l
sebagai e l e m e n ARS (autonomously replicating sequence). Elemen tersebut
p e r t a m a kali d i k e t e m u k a n o l e h H s i a o dan C a r b o n pada tahun 1 9 7 9 dan oleh
R. W . D a v i s b e s e r t a k a w a n - k a w a n n y a p a d a t a h u n y a n g s a m a . P e m b u k t l a n bahwa
ARS m e r u p a k a n t e m p a t a w a l replikasi p e r t a m a kali dipublikasikan o l e h Bonita
B r e w e r dan W a l t o n Fangman pada tahun 1987. Selanjutnya Marahrens dan Stillman
pada t a h u n 1 9 9 2 m e n g e m u k a k a n b a h w a A R S t e r d i r i atas 4 e l e m e n p e n t i n g yang
m e r e k a n a m a k a n A , B 1 , B2, dan B3. E l e m e n A t e r d i r i atas 1 5 p b dan mengan-
dung 11 pb sekuens konsensus, yaitu 5'-(T/A)TTTA(T/C)(A/G)TTT(T/A)-3'.
K e e m p a t e l e m e n t e r s e b u t sudah c u k u p u n t u k digunakan sebagai A R S , meskipun
sekuens di antara k e e m p a t e l e m e n t e r s e b u t digantl. A k a n tetapi, jika seluruh 1 5
p b p a d a e l e m e n A t e r s e b u t d i g a n t i d e n g a n 1 1 p b s e k u e n s k o n s e n s u s saja, maka
hal ini akan m e n u r u n k a n stabilitas D N A . Dengan demikian dapat disimpulkan
b a h w a e m p a t n u k l e o t i d a yang lain pada k e - 1 5 p b e l e m e n A t e r s e b u t juga p e n t i n g
u n t u k aktlvltasnya sebagai A R S .
Salah satu t e k n i k u n t u k m e m e t a k a n titik awal replikasi pada e u k a r y o t adalah
dengan analisis e l e k t r o f o r e t i k f r a g m e n D N A y a n g s e d a n g m e n g a l a m i replikasi
seperti yang dilakukan oleh B r e w e r dan Fangman. B r e w e r dan Fangman meng-
konstruksi plasmid 2|im yang mengandung elemen ARS1 sebagai satu-satunya
titik awal replikasi. Plasmid t e r s e b u t k e m u d i a n direplikasikan di dalam sel k h a m i r
d a n s e l a n j u t n y a f r a g m e n - f r a g m e n a n t a r a hasil replikasi p u n diisolasi. Fragmen
hasil replikasi t e r s e b u t k e m u d i a n d i p o t o n g dengan e n z i m e n d o n u k l e a s e restrlksi
d a n d i e l e k t r o f o r e s i s pada gel d i m e n s i tunggal. P a d a e l e k t r o f o r e s i s gel satu d i m e n s i ,
f r a g m e n - f r a g m e n D N A terpisah sesuai dengan u k u r a n n y a . Selanjutnya, dilakukan
e l e k t r o f o r e s i s g e l d u a d i m e n s i d a n a k h i r n y a d i l a k u k a n t e k n i k S o u t h e r n blotting
u n t u k m e m i n d a h k a n fragmen-fragmen D N Ak e suatu m e m b r a n . Fragmen D N A
y a n g a d a p a d a m e m b r a n k e m u d i a n d i d e t e k s i d e n g a n s u a t u p e l a c a k D N A (DNA
probe) y a n g s p e s i f i k . Hasil analisis m e n u n j u k k a n b a h w a f r a g m e n - f r a g m e n hasil
replikasi m e m p u n y a i pola yang spesifik. Secara skematis pola migrasi fragmen
hasil replikasi dapat d i t u n j u k k a n pada G a m b a r 7.6.
Pola migrasi tersebut m e n u n j u k k a n bahwa m o l e k u l D N A yang replikasinya
berlangsung k e satu arah (panel A ) menghasilkan fragmen-fragmen yang terdiri
atas satu garpu replikasi yang s e m a k i n lama s e m a k i n besar u k u r a n n y a . Jika d l -
misalkan ukuran molekul D N A yang mengalami replikasi adalah 1 kb, m a k a pola
migrasi f r a g m e n - f r a g m e n t e r s e b u t dapat dijelaskan sebagai b e r i k u t . Pada w a k t u
garpu replikasi masih kecil u k u r a n n y a , m a k a pola migrasi D N A - n y a seperti pola
migrasi b e r u k u r a n 1 kb. Pada w a k t u garpu replikasi mencapai bagian setengah
molekul D N A , maka D N A bermigrasi dengan pola seperti pola D N A berukuran
1,5 kb. P a d a g e l 2 d i m e n s i f r a g m e n D N A s e m a c a m ini n a m p a k pada titik paling
atas lengkung. D e m i k i a n seterusnya, sehingga pada w a k t u garpu replikasi sudah
mencapai ukuran terbesar, maka m o l e k u l D N A m e n u n j u k k a n pola migrasi seperti
molekul D N Adengan ukuran 2 k b .
Jika m o l e k u l D N A m e n g a l a m i replikasi melalui p e m b e n t u k a n gelembung
replikasi yang bergerak k e dua arah (panel B), m a k a pola migrasinya berbeda dari
pola migrasi D N Adengan garpu replikasi yang bergerak k e satu arah. Panel C
m e m b e r i k a n gambaran mengenai pola migrasi m o l e k u l D N A dengan garpu replikasi
yang berawal dari titik berbeda d a nakhirnya b e r t e m u di suatu titik. Panel D
m e n u n j u k k a n pola yang terjadi jika g e l e m b u n g replikasi t e r l e t a k pada titik asimetris.
S e p e r t i h a l n y a p a d a p r o k a r y o t , s e t e l a h d i l a k u k a n inisiasi p a d a p r o s e s replikasi
DNA eukaryot, maka selanjutnya dilakukan polimerisasi. Pada keadaan normal,
gen hanya direplikasikan satu kali setiap fase S (sintesis), b e b e r a p a gen direplikasi-
k a n p a d a a w a l f a s e S s e d a n g k a n y a n g l a i n n y a p a d a a k h i r f a s e S. G e n - g e n yang
ditranskripsikan secara aktif akan direplikasikan p a d a a w a l f a s e S, s e d a n g k a n
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik IJSjt

A B D
Sederhana Gelembung Bentuk Y ganda Asimetrik

— o —
<

2 kb
2 kb 2 kb
2 kb

1 kb 1 kb 1 kb
1 kb

Dimensi pertama

G a m b a r 7 . 6 I P o l a m i g r a s i D N A h a s i l r e p l i k a s i p a d a g e l 2 D (two dimension gel

electrophoresis). (Diadaptasi dari Weaver, 2003.)

k r o m o s o m X yang tidak aktif pada mamalia betina direplikasikan pada akhir

f a s e S.
O l e h karena k r o m o s o m e u k a r y o t jauh lebih besar dibanding dengan D N A
p r o k a r y o t , m a k a replikasi k r o m o s o m e u k a r y o t dilakukan dengan membaginya
menjadi banyak replikon invidual. Hal penting yang perlu diketahui adalah bahv^a
av^^al f a s e S d i t a n d a i d e n g a n a k t i v a s i r e p l i k o n p e r t a m a . S e l a n j u t n y a , i n i s i a s i r e p l i k a s i
t e r j a d i p a d a r e p l i k o n - r e p l i k o n y a n g lain. Replikasi D N Aeukaryot berlangsung
jauh lebih lambat dibanding dengan replikasi D N A p r o k a r y o t . Selain i t u , u k u r a n
masing-masing r e p l i k o n e u k a r y o t lebih kecil dibanding dengan ukuran replikon
prokaryot (Tabel 7.5).
Pada jasad e u k a r y o t t e r d a p a t gen-gen yang j u m l a h kopinya banyak, yang
d i k e n a l s e b a g a i g e n - g e n y a n g b e r u l a n g (repeated genes), m i s a l n y a g e n y a n g meng-
k o d e sintesis r R N A . Hasil analisis f o t o m i k r o s k o p e l e k t r o n d a n analisis auto-
radiografi m e n u n j u k k a n bahwa gen-gen berulang semacam itu mempunyai satu
titik a w a l r e p l i k a s i s p e s i f i k tiap u l a n g a n g e n . T i t i k a w a l r e p l i k a s i t e r s e b u t t e r l e t a k
pada daerah yang memisahkan (spacer region) u l a n g a n g e n yang satu dengan
u l a n g a n g e n l a i n y a n g t i d a k d i t r a n s k r i p s i ( y a i t u d a e r a h spacer DNA).
120 Biologi Molekular

T a b e l 7.5 1 U k u r a n r e p l i k o n p a d a b e b e r a p a j a s a d hidup.

Organisme Jumlah Panjang rata-rata Kecepatan gerak garpu

replikon replikon (kb) replikasi (pb/menit)

B a k t e r i {£. coli) 1 4.200 50.000

Khamir 500 40 3.600

{Saccliaromyccs cerevisiae)
Lalat buah 3.500 40 2.600
{Drosophila melanogaster)

K a t a k {Xenopus laevis) 15.000 200 500

M e n c i t {Mus musculus) 25.000 150 2.200

T u m b u h a n {Vicia faba) 35.000 300 Tidak diketahui

Pb: pasangan basa, kb: kilo basa (1.000 pb).

(Sumber: Lewin, 1994.)

T e r m i n a s i Replii<asi pacda P r o k a r y o t
S e t e l a h d i l a k u k a n inisiasi d a n p o l i m e r i s a s i , a k h i r n y a p r o s e s replikasi D N A akan
diakhiri dengan proses terminasi atau pengakhiran replikasi. Pada p r o k a r y o t ,
replikasi g e n o m b e r b e n t u k lingkar akan berakhir pada w a k t u kedua garpu replikasi
b e r t e m u p a d a s u a t u t i t i k . T i t i k t e m p a t p e n g a k h i r a n r e p l i k a s i d i s e b u t sisi terminasi.
P a d a £ coli, s i s i t e r m i n a s i d i c i r i k a n o l e h s u a t u u r u t a n b a s a D N A s e p a n j a n g 2 3
pb y a n g b e r i k a t a n d e n g a n s u a t u p r o t e i n spesifik y a n g d i s e b u t p r o t e i n Tus (ter-
minus utilization substance). P a d a £. coli a d a e n a m sisi t e r m i n a s i y a i t u TerA,
TerB, TerC, TerD, TerE, d a n TerF ( G a m b a r 7 . 7 ) . U r u t a n k o n s e n s u s s i s i t e r m i n a s i
adalah sebagai b e r i k u t : A A T T A G T A T G T T G T A A C T A A A N T . U r u t a n basa D N A
tersebut diperlukan u n t u k m e n g h e n t i k a n garpu replikasi yang m e n d e k a t i daerah
t e r s e b u t d a r i u j u n g 5'. O l e h k a r e n a i t u d i p e r l u k a n s e p a s a n g u r u t a n s e m a c a m i t u
untuk menghentikan gerakan garpu replikasi dari d u a arah yang berlawanan.
Urutan basa D N A t e r s e b u t t e r s u s u n s e d e m i k i a n rupa sehingga pada waktu
garpu replikasi m e l e w a t i sekuens ter yang pertama, m a k a garpu replikasi t e r s e b u t
akan ditahan di sekuens kedua.

Sekuens ter berikatan dengan p r o t e i n T u ssehingga m e n g h e n t i k a n aktivitas

e n z i m helikase. G a r p u replikasi akan b e r h e n t i pada saat m e l e w a t i p r o t e i n T u s
y a n g m e l e k a t p a d a s e k u e n s ter. O l e h k a r e n a i t u , j i k a s a l a h s a t u g a r p u replikasi
b e r g e r a k lebih cepat dari yang lain, m a k a g a r p u replikasi t e r s e b u t a k a n b e r h e n t i
pada sekuens ter dan t e r j e b a k di sana u n t u k m e n u n g g u kedatangan garpu replikasi
d a r i sisi y a n g l a i n . G a r p u r e p l i k a s i a k a n b e r h e n t i s e j e n a k p a d a sisi t e r m i n a s i
sebelum menyelesaikan proses replikasi. Dengan cara demikian m a k a untaian
DNA b a r u hasil replikasi m a s i h t e t a p a k a n t e r j e r a t satu s a m a lain. Kedua
untaian D N A baru hasil replikasi t e r s e b u t h a r u s diuraikan sebelum terjadi
penggandaan sel. Jika p e n g u - a i a n D N A t e r s e b u t t i d a k dapat b e r l a n g s u n g karena
suatu hal, m a k a keduanya tidak dapat diturunkan kepada sel-sel anakannya
sehingga siklus sel akan mengalami kegagalan. Kegagalan tersebut dapat
mengaklbatkan kematiansel.
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 121

Monomer Tus

G a m b a r 7 . 7 I S t r u k t u r t e r m i n a t o r r e p l i k a s i D N A p a d a Escherichia coli.
(Sumber: Weaver, 2003.)

Pada saat m e n j e l a n g a k h i r replikasi, k e d u a untai-ganda D N A hasll replikasi

m a s i h saling berlilitan sebagai dua cincin yang disebut sebagai c a t e n a n e . Kedua
c i n c i n D N A y a n g b e r l i l i t a n t e r s e b u t h a r u s d i u r a i k a n ( p r o s e s decatenatJor)) s e h i n g g a
dapat d i b e r i k a n kepada sel-sel a n a k a n n y a . Jika p r o s e s penguraian lilitan t e r s e b u t
terjadi sebelum proses reparasi D N A , m a k a h a n y a d i p e r l u k a n s a t u t a k i k (nick)
pada D N A u n t u k m e n g u r a l k a n lilitan t e r s e b u t . P r o s e s s e m a c a m ini m e m e r l u k a n
a k t i v i t a s e n z i m t o p o i s o m e r a s e i. A k a n t e t a p i , j i k a p r o s e s p e n g u r a i a n l i l i t a n t e r j a d i
setelah a d a proses reparasi DNA, maka diperlukan p e m o t o n g a n pada kedua
untaian D N A u n t u k m e n g u r a l k a n lilitan. D a l a m p r o s e s s e m a c a m ini d i p e r l u k a n
a k t i v i t a s e n z i m t o p o i s o m e r a s e IV. P e r l u d i k e t a h u i b a h w a p a d a £ coli d a n Salmo-
nella typtiimurium t e r d a p a t e m p a t m a c a m t o p o i s o m e r a s e , y a i t u topoisomerase
l-IY
Bukti bahwa proses penguraian tersebut m e m e r l u k a n enzim topoisomerase
IV diberikan oleh Nicholas Cozzarelli yang melakukan eksperimen menggunakan
b e b e r a p a m u t a n Salmonella typiiimurium. M u t a s i p a d a g e n p o r C d a n p o r E d i k e t a h u i
tidak m a m p u melakukan proses penguraian lilitan D N A . G e n parC d a n parE
adalah gen-gen yang m e n g k o d e s u b u n i t t o p o i s o m e r a s e IV. E n z i m topoisomerase
IV juga d i p e r l u k a n pada p r o s e s penguraian lilitan D N A p a d a £ coli. M u t a s i p a d a
gen t o p o i s o m e r a s e I V bersifat letal dan b a k t e r i yang m a d m e n u n j u k k a n k r o m o s o m
yang tidak terpisah secara sempurna.

T e r m i n a s i Replikasi pada E u k a r y o t
Salah satu ciri g e n o m jasad e u k a r y o t adalah s t r u k t u r n y a yang linear S t r u k t u r
semacam ini berbeda dengan struktur genom pada p r o k a r y o t yang sebagian
122 Biologi IVIolekular

b e s a r b e r u p a D N A lingkar. P e r b e d a a n s t r u k t u r s e m a c a m Ini m e m p u n y a i I m p l i k a s i
dalam hal p r o s e s t e r m i n a s i replikasi. Pada m o l e k u l D N A p r o k a r y o t yang b e r b e n t u k
lingkar, t e r m i n a s i replikasi akan terjadi jika kedua garpu replikasi yang bergerak
k e a r a h y a n g b e r b e d a b e r t e m u p a d a sisi t e r m i n a s i . P a d a e u k a r y o t k e a d a a n n y a
m e n j a d i lain k a r e n a s t r u k t u r g e n o m n y a linear sehingga ada k o m p l l k a s i t e r m i n a s i
replikasi pada ujung-ujung k r o m o s o m .
Seperti diketahui, replikasi D N A hanya akan berlangsung jika ada p r i m e r .
P r i m e r t e r s e b u t pada a k h i r n y a akan didegradasi dan bagian y a n g k o s o n g (gap)
a k a n diisi lagi d e n g a n p r o s e s s i n t e s i s b a r u . P a d a p r o k a r y o t , p r o s e s pengislan
bagian k o s o n g t e r s e b u t dilakukan o l e h D N A p o l i m e r a s e I. P e r s o a l a n k e m u d i a n
m u n c u l jika kita m e m b i c a r a k a n terminasi replikasi pada e u k a r y o t , khususnya
yang b e r k a i t a n dengan replikasi pada u j u n g k r o m o s o m ( t e l o m e r ) . Jika p r i m e r
y a n g t e r l e t a k di u j u n g k r o m o s o m didegradasi, m a k a t i d a k dapat dilakukan pengisian
bagian k o s o n g bekas t e m p a t p e n e m p e l a n p r i m e r t e r s e b u t . D e n g a n d e m i k i a n , jika
proses terminasi replikasi pada e u k a r y o t mengikuti pola yang ada pada p r o k a r y o t ,
m a k a lama kelamaan akan terjadi p e m e n d e k a n k r o m o s o m karena sintesis D N A
tidak dapat berlangsung dengan arah 3 ' ^ 5 ' . H a l ini dapat dijelaskan dengan
g a m b a r a n s k e m a t i s sebagai b e r i k u t ( G a m b a r 7.8).

5' . 3'

3' 5'

Primer dihilangkan

Celah

5' •3'

-5'

Celah
G a m b a r 7.8 > S k e m a r e p l i k a s i t e l o m e r y a n g m e n y e b a b k a n p e m e n d e k a n kromosom.
Jika u j u n g k r o m o s o m direplikasi d e n g a n m e k a n i s m e seperti k r o m o s o m d i bagian
tengah, m a k a lama-kelamaan a k a n terjadi p e m e n d e k a n k r o m o s o m karena primer
yang berupa R N A suatu ketika akan dihilangkan. Akibatnya, pada ujung
k r o m o s o m ada celah y a n g tidak dapat direplikasi lagi karena celah tersebut terletak
p a d a u j u n g 5',p a d a h a l r e p l i k a s i selalu b e r l a n g s u n g d a r i u j u n g 5' k e u j u n g 3'.

Persoalan replikasi t e l o m e r t e r s e b u t dapat diatasi dengan m e k a n i s m e yang

b e r b e d a d a r i m e k a n i s m e replikasi biasa. E l i z a b e t h B l a c k b u r n d a n k a w a n - k a w a n
\ Telomerase
dan replikasi m e n u n j u k k a n b a h w a replikasi t e l o m e r dilakukan dengan menggunakan aktivitas
telomer
e n z i m t e l o m e r a s e . D i k e t a h u i b a h w a t e l o m e r jasad e u k a r y o t t e r s u s u n atas u r u t a n
nukleotida spesifik yang berbeda antara o r g a n i s m e yang satu dengan organisme
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 1 2 3

l a i n . P a d a p r o t o z o a Tetrahymena, s e k u e n s t e l o m e r a d a l a h TTGGGG/AACCCC,
sedangkan pada v e r t e b r a t a , t e r m a s u k manusia, sekuensnya adalah TTAGGG/
A A T C C C . Spesifisitas s e k u e n s t e r s e b u t d i t e n t u k a n o l e h t e l o m e r a s e dan suatu
m o l e k u l R N A kecll yang a d a pada k o m p l e k s t e l o m e r a s e . M o l e k u l R N A kecll
t e r s e b u t digunakan sebagai cetakan u n t u k sintesis t e l o m e r . T e l o m e r a s e akan
m e n a m b a h k a n banyak sekuens spesifik seperti d l atas pada ujung k r o m o s o m
sehingga s e k u e n s t e r s e b u t dapat digunakan sebagai p r i m e r d a l a m sintesis t e l o m e r .
Dengan cara demikian m a k a tidak akan ada persoalan dengan p e m e n d e k a n ujung
k r o m o s o m . K a l a u p u n s e k u e n s s p e s l f i k t e r s e b u t h i l a n g m a k a d a p a t d i g a n t i k a n lagi
o l e h a k t i v i t a s t e l o m e r a s e b e r i k u t n y a k a r e n a s e k u e n s t e r s e b u t b u k a n s e k u e n s asli
kromosom.
T e l o m e r a s e adalah suatu r i b o n u k l e o p r o t e i n yang mengandung R N A d a n
subunit protein. G e n yang mengkode sekuens R N A (159 nukleotida) pada
t e l o m e r a s e pada Tetrahymena telah berhasil diklon d a n mengandung urutan
C A A C C C C A A . U r u t a n inilah y a n g berfungsi sebagai c e t a k a n u n t u k m e n a m b a h k a n
sekuens T T G G G secara berulang pada t e l o m e r . Secara skematis proses p e -
n a m b a h a n s e k u e n s s p e s i f i k p a d a t e l o m e r Tetrahymena disajikan pada Gambar
7.9.

Ketelitian Sistem Replikasi

Replikasi adalah suatu m e k a n i s m e yang berlangsung d l dalam selyang dilakukan
u n t u k p r o s e s p e r b a n y a k a n sel. A g a r t i d a k t e r j a d i p e r b e d a a n k o m p o s i s i g e n e t i k
antara sel induk dengan sel anakannya, m a k a proses replikasi harus dilakukan
s e t e l i t i m u n g k i n . K e t e l i t i a n (fidelity) p r o s e s r e p l i k a s i a k a n m e m b e r i k a n j a m l n a n
bahwa bahan genetik yang diturunkan k e selanakan dapat terjaga integritasnya.
T i n g k a t k e s a l a h a n p r o s e s r e p l i k a s i p a d a b a k t e r i £ coli d i p e r k i r a k a n h a n y a m e n c a p a i
1 (satu) pasangan basa tiap satu miliar ( 1 0 ' ) pasangan basa, a t a u s e k i t a r satu
kesalahan p e r1.000 sel per generasi.
Ketelitian proses r e p l i k a s i d i t e n t u k a n o l e h a k t i v i t a s D N A p o l i m e r a s e III
( d a n D N A p o l i m e r a s e I) y a n g m e m p u n y a i s i s t e m k o r e k s i p e m b a c a a n (proof-
reading). D N A p o l i m e r a s e III a k a n m e n y e l e k s i n u k l e o t i d a y a n g disambungkan
dengan u j u n g 3 ' - O H pada p r i m e r atau basa yang sudah d i s a m b u n g k a n s e b e l u m n y a .
Molekul D N A y a n g b e r p a s a n g a n s e c a r a k e l i r u (mismatched) pada ujung 3'-OH
s u a t u p r i m e r , t i d a k a k a n e f e k t i f sebagai c e t a k a n . Jika ada s u a t u k e k e l l r u a n s e m a c a m
i n i m a k a a k t i v i t a s e k s o n u k l e a s e 3'—>5' y a n g a d a p a d a s u b u n i t D N A polimerase
III a k a n m e m o t o n g n u k l e o t i d a y a n g s a l a h p a s a n g t e r s e b u t .

Replikasi D N A U n t a i - T u n g g a l
M e k a n i s m e replikasi D N A seperti yang diuraikan di atas adalah m e k a n i s m e pada
molekul D N A beruntai-ganda. D i a l a m d i k e t a h u i a d a jasad yang mempunyai
genom b e r u p a m o l e k u l D N A u n t a i - t u n g g a l (single-stranded), bahkan berupa
molekul RNA. Pada bagian i n iakan dibicarakan m e n g e n a i m e k a n i s m e replikasi
124 Biologi IVIolekular

. C C C C A A C C C C A A C C C : - 5 ' / ^'^AACCCCAAC^^'^''
-GGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGG-3'

Pemanjangan

Sintesis primtir

Gambar 7 . 9• S k e m a replikasi ujung kromosom Tetrahymena yang dilakukan

dengan m e n g g u n a k a n telomerase. (Diadaptasi dari Weaver, 2003.)

DNA b e r u n t a i - t u n g g a l . Jasad yang m e m p u n y a i g e n o m b e r u p a D N A untai-tunggal

adalah k e l o m p o k virus t e r t e n t u , misalnya O X I 74.
V i r u s O X I 7 4 adalah virus yang menginfeksi b a k t e r i (sehingga disebut sebagai
b a k t e r i o f a g ) . V i r u s ini m e r u p a k a n salah satu virus b e r u k u r a n paling kecil d a n
mempunyai bentuk ikosahedral. G e n o m n y a berupa molekul D N A untai-tunggal
b e r b e n t u k lingkar yang t e r s u s u n atas 5.386 n u k l e o t i d a . G e n o m virus ini hanya
m e n g k o d e 1 1 p r o t e i n , t e t a p i m e n g a n d u n g g e n - g e n y a n g t u m p a n g - t i n d i h (overlap-
ping genes). S e b a g a i c o n t o h , g e n A * t e r d a p a t d i d a l a m g e n A , d a n g e n E t e r d a p a t
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 125

d i d a l a m g e n D . G e n o m v i r u s i n i s u d a h d i t e n t u k a n u r u t a n n u k l e o t i d a n y a o l e h F.
Sanger pada t a h u n 1 9 7 7 . Replikasi g e n o m virus ini sangat t e r g a n t u n g pada sistem
r e p l i k a s i s e l i n a n g n y a y a i t u b a k t e r i £. coli. I n i s i a s i r e p l i k a s i D N A v i r u s O X I 7 4 ini
sudah disinggung d i bagian s e b e l u m n y a dalam b a bini.
P a d a w a k t u v i r u s i n i m e n g i n f e k s i £. coli, D N A - n y a akan diinjekslkan k e
dalam s e l inang. M o l e k u l D N A yang dilnjeksikan tersebut disimbolkan dengan
untaian positif (+). U n t a i a n ( + ) inilah yang m e n g a n d u n g i n f o r m a s i genetik virus
t e r s e b u t . S e k i t a r 2 0 - 3 0 m e n i t s e t e l a h D N A v i r u s d i i n j e k s l k a n k ed a l a m sel inang,
p r o t e i n A * y a n g d i k o d e d i d a l a m g e n o m v i r u s d i s i n t e s i s d i d a l a m s e l £. coli.
P r o t e i n A *t e r s e b u t akan m e n g h a m b a t sintesis D N A d i d a l a m sel inang. U n t a i a n
(+) i n iakan menjadi cetakan dalam proses replikasi D N A virus sehingga akan
dihasilkan untaian k o m p l e m e n n y a , yaitu untaian negatif (-). Untaian ( - ) t e r s e b u t
selanjutnya akan menjadi cetakan u n t u k menghasilkan untaian (+). Secara u m u m ,
replikasi D N A O X I 7 4 dilakukan melalui tiga tahapan, yaitu:

1. Pengubahan D N A untai-tunggal menjadi b e n t u k dupleks yang dapat digunakan

u n t u k r e p l i k a s i {duplex replicative form, R F ) y a n g m e n g a n d u n g untaian ( + ) d a n
u n t a i a n ( - ) . M o l e k u l i n i d i s e b u t s e b a g a i m o l e k u l induk R F . T a h a p a n i n i d i l a k u k a n
seperti pada m e k a n i s m e sintesis untaian D N A lambat.

2. P e r b a n y a k a n R F m e l a l u i m e k a n i s m e replikasi l i n g k a r a n - b e r p u t a r {rolling-
circle replication) s e h i n g g a d i h a s i l k a n t u r u n a n R F .

3. Sintesis untaian ( + ) dengan menggunakan untaian ( 1 ) pada R F melalui

m e k a n i s m e replikasi lingkaran-berputar, sehingga dihasilkan m o l e k u l untai-tunggal.

T a h a p 1 : P e m b e n t u k a n m o l e k u l induk R F

Setelah D N A virus, dalam b e n t u k untaian (+), diinjekslkan k e dalam s e l inang,

k e m u d i a n dilakukan pelekatan p r o t e i n SSB pada D N A virus, diikuti o l e h p e m b u k a a n
lilitan o l e h e n z i m D N A girase yang a d a pada s e l Inang. Proses ini selanjutnya
d i i k u d d e n g a n p e n g i k a t a n p r o t e i n n, n', d a n n", s e r t a p r o t e i n /, D n a B , d a n DnaC.
Enzim primase kemudian m e l e k a t sehingga t e r b e n t u k p r i m o s o m . Dengan adanya
h i d r o l i s i s A T P y a n g d i k a t a l l s i s o l e h n', p r i m o s o m k e m u d i a n b e r g e r a k d e n g a n arah
5' 3 ' s e r t a m e m b e n t u k R N A p r i m e r . Inisiasi p e m b e n t u k a n p r i m e r berlangsung
secara acak. Dengan adanya p r i m e r m a k a D N A p o l i m e r a s e III y a n g a d a pada
Inang akan m e l a k u k a n perpanjangan sintesis D N A dengan m e m b e n t u k fragmen
Okazaki. Celah-celah di antara fragmen-fragmen Okazaki t e r s e b u t diisi oleh
aktivitas D N A p o l i m e r a s e I yang sekaligus menghilangkan p r i m e r F r a g m e n - f r a g m e n
y a n g t e r b e n t u k s e l a n j u t n y a diligasi d e n g a n menggunakan a k t i v i t a s D N A ligase.
U n t a i a n ( - )dan ( + )selanjutnya dililitkan satu s a m a lain o l e h D N A girase sehingga
t e r b e n t u k m o l e k u l R F dupleks.

T a h a p 2: P e m b e n t u k a n t u r u n a n R F

DNA helikase dan protein S S Bberikatan dengan molekul R F dupleks sehingga

molekul tersebut menjadi terbuka. Aktivitas protein g p A selanjutnya membuat
takik pada untaian D N A ( + ) .D N A polimerase III k e m u d i a n menambahkan
126 Biologi Molekular

nukleotida-nukleotida pada ujung 3'takik tersebut dengan menggunakan untaian

(-) sebagai cetakan sehingga u j u n g untaian D N A( + ) i n d u k akan terdesak. Pada
saat ini d i l a k u k a n sintesis u n t a i a n D N A ( + ) yang b a r u dengan m e k a n i s m e sintesis
secara kontinu. Untaian D N A ( + ) i n d u k a k h i r n y a a k a n lepas d a n m e n g g u l u n g lagi.
DNA g p A s e l a n j u t n y a a k a n m e m b u a t t a k i k lagi p a d a u n t a i a n D N A ( + ) b a r u
sekaligus m e n y a m b u n g untaian D N A (+) yang terlepas dengan m e m b e n t u k ikatan
fosfodiester D N A ( + ) induk yang terlepas tersebut selanjutnya akan digunakan
lagi s e b a g a i c e t a k a n u n t u k m e m b e n t u k u n t a i a n D N A ( - ) seperti yang dilakukan
pada t a h a p 1 . Sampai t a h a p ini d i l a k u k a n replikasi R F sampai k u r a n g lebih 3 5 kali.
Pengubahan R F induk menjadi turunan R F m e m e r l u k a n w a k t u sekitar 2 0 menit.

T a h a p 3 : Sintesis untaian D N A (+)

T a h a p a n ini dilakukan dilakukan u n t u k m e m b e n t u k u n t a i a n ( + ) saja dengan meng-
gunakan untaian ( - ) sebagai cetakan dengan m e k a n i s m e replikasi lingkaran ber-
p u t a r . Pada t a h a p ini sintesis D N A dilakukan secara kontinu. Protein g p A yang
masih melekat pada dupleks kembali m e m b u a t takik pada untaian D N A ( + ) .
Enzim D N A helikase selanjutnya terikat pada untaian D N A ( - ) pada takik tersebut.
B e r s a m a - s a m a d e n g a n p r i m o s o m dan p r o t e i n SSB, helikase m e m b u k a D N A pada
w a k t u p r i m o s o m m e l a k u k a n sintesis p r i m e r yang dimulai pada ujung 3' untaian
D N A ( - ) . D N A p o l i m e r a s e III k e m u d i a n m e l a k u k a n p o l i m e r i s a s i m o l e k u l p r i m e r .
Untaian D N A ( + ) yang lama pada dupleks kemudian didesak k e luar dengan
mekanisme lingkaran berputar. Secara simultan, protein selubung virus, yang
dihasilkan d e n g a n m e n g g u n a k a n s i s t e m sintesis p r o t e i n sel inang, d i l e k a t k a n pada
molekul D N A yang terlepas t e r s e b u t sehingga untaian D N A( + )yang terlepas
t e r s e b u t t i d a k d a p a t d i g u n a k a n lagi s e b a g a i c e t a k a n u n t u k s i n t e s i s u n t a i a n D N A
(1). Akhirnya protein g p Am e m o t o n g untaian D N A yang terlepas tersebut pada
titik awal replikasi. K e m u d i a n dilakukan penutupan lingkaran D N A dengan
m e m b u a t ikatan fosfodiester. Pada tahapan akhir Iniditambahkan lebih banyak
lagi p r o t e i n s e l u b u n g p a d a u n t a i a n D N A ( + ) s e h i n g g a t e r b e n t u k p a r t i k e l v i r u s
baru. Secara skematis, m e k a n i s m e replikasi untaian D N A tunggal virus 0X174
dapat dilihat pada G a m b a r 7.10.

Replikasi RNA
Beberapa virus diketahui mempunyai g e n o m berupa molekul RNA, misalnya
virus T M V (tobacco mosaic virus). T M V a d a l a h v i r u s y a n g m e n y e r a n g tanaman
t e m b a k a u . G e n o m v i r u s ini b e r u p a m o l e k u l R N A u n t a i - t u n g g a l y a n g t e r d i r i atas
6.390 nukleotida yang m e m b a w a informasi genetik dalam s t r u k t u r e m p a t gen.
Genom virus T M V dikemas dalam selubung p r o t e i n yang terdiri atas 2.130
subunit Identik. Masing-masing subunit p r o t e i n m e n g i k a t tiga n u k l e o t i d a R N A
dan m e n y u s u n s t r u k t u r h e l i k s p u t a r - k a n a n (right-handed helix).
R e p l i k a s i R N A T M V m e m e r l u k a n c e t a k a n d a n s u a t u e n z i m R N A polimerase
y a n g dikendalikan o l e h R N A (RNA-directed RNA polymerase), a t a u y a n g s e r i n g
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 1^7
7

Untaian negatif
Penghilangan .

RF anakan Sintesis d i s k o n t i n u Untaian positif

untaian negatif
3' 5'

RF anakan
Sintesis selubung Protein
* protein virus selubung

Replikasi berputar

Pengemasan menjadi virion

G a m b a r 7.10 > S k e m a replikasi b a k t e r i o f a g O X 1 7 4 . ( D i a d a p t a s i d a r i Paolella, 1997.)

d i k e n a l sebagai r e p l i k a s e . Sintesis R N A v i r u s selalu b e r o r i e n t a s i 5' 3', s e p e r t i

h a l n y a sintesis D N A , d a n d i m u l a i p a d a u j u n g 3' m o l e k u l c e t a k a n . B e r b e d a h a l n y a
dengan sistem replikasi DNA, sistem replikasi RNA TMV tidak mempunyai
m e k a n i s m e reparasi sehingga v i r u s T M V m e m p u n y a i laju m u t a s i y a n g tinggi.
Replikasi R N A T M V d i m u l a i d e n g a n p r o s e s infeksi sel i n a n g ( d a u n t e m b a k a u )
o l e h v i r u s T M V . R N A v i r u s y a n g m a s u k k e d a l a m sel inang s e l a n j u t n y a ditranslasl
128 Biologi Molekular

sehingga menghasilkan beberapa kopi enzim r e p l i k a s e dan protein selubung.

Replikase k e m u d i a n m e l a k u k a n sintesis untaian k o m p l e m e n t e r (untaian negatif
(-)) dengan m e n g g u n a k a n untaian R N A i n d u k (untaian + ) sebagai cetakan. Sintesis
untaian baru (untaian - ) dilakukan pada ujung 3' m o l e k u l cetakan sehingga arah
s i n t e s i s a d a l a h d a r i u j u n g 5 ' —> 3 ' . B e r b e d a dari sistem replikasi D N A , dalam
proses replikasi R N A tersebut tidak terbentuk molekul dupleks R N A . Untaian
(-) baru yang t e r b e n t u k kemudian digunakan oleh replikase sebagai cetakan
u n t u k p r o s e s sintesis u n t a i a n (+). Sintesis ini juga d i m u l a i pada u j u n g 3 ' u n t a i a n
(-) sehingga arah sintesis untaian (+) juga dari 5 ' 3'. U n t a i a n ( + ) y a n g t e r b e n t u k
tersebut m e m p u n y a i urutan nukleotida yang identik dengan urutan nukleotida
R N A v i r u s y a n g p e r t a m a kali m e n g i n f e k s i sel inang. S e l a n j u t n y a , p r o t e i n s e l u b u n g
yang disintesis pada saat terjadi translasi R N A virus, akan mengenali bagian
untaian R N A ( + )tertentu. Protein selubung m e m b e n t u k struktur yang disebut
sebagai piringan p r o t e i n . Pada w a k t u ujung 3 ' R N A diperpanjang, pirlngan p r o -
tein d i t a m b a h k a n pada bagian R N A yang melipat. D e n g a n s e m a k i n banyak piringan
protein ditambahkan, maka ujung 5' R N A akan ditarik k earah p r o t e i n selubung.
Dengan mekanisme demikian maka akan t e r b e n t u k partikel virus yang berupa
susunan heliks p r o t e i n yang mengelilingi g e n o m R N A . Secara skematis, m e k a n i s m e
replikasi R N A T M V dapat dilihat pada G a m b a r 7.11.

Gambar 7.11 I M e k a n i s m e replikasi virus R N A T M V (tobacco mosaic virus).

(Diadaptasi dari Paolella, 1997.)
 Bab 7 Replikasi Bahan Genetik 1 2 9

Replikasi R e t r o v i r u s
D a l a m kasus T M V , R N A direplikasi secara langsung menggunakan enzim R N A
p o l i m e r a s e yang dikendalikan o l e h R N A . Selain T M V , v i r u s lain yang genomnya
j u g a b e r u p a R N A a d a l a h k e l o m p o k r e t r o v i r u s , m i s a l n y a v i r u s H I V {human immuno-
deficiency w ' r u s ) . V i r u s H I V a d a l a h v i r u s p e n y e b a b A I D S {acquired immunodeficiency
syndrome).V\rus i n i m e m p u n y a i g e n o m b e r u p a R N A l i n e a r , u n t a i - t u n g g a l . S e b e n a r n y a
setiap partikel H I V m e m p u n y a i dua m o l e k u l R N A identik yang terikat satu sama
lain pada u j u n g 5 ' o l e h s u a t u m o l e k u l t R N A . B e r b e d a dari replikasi R N A pada
T M V , replikasi R N A pada virus H I V dilakukan dengan mengubah terlebih dahulu
m o l e k u l R N A t e r s e b u t m e n j a d i D N A o l e h enzim D N A p o l i m e r a s e yang
dikendalikan oleh R N A {RNA-directed DNA polymerase), a t a u y a n g l e b i h s e r i n g
d i k e n a l s e b a g a i e n z i m t r a n s k r i p t a s e balik ( r e v e r s e trancriptase).
G e n o m v i r u s H I V t e r s u s u n a t a s t i g a g e n y a i t u g e n gag ( m e n g k o d e p r o t e i n
s t r u k t u r a l ) , g e n env ( m e n g k o d e p r o t e i n s e l u b u n g ) , d a n g e n pal ( m e n g k o d e enzim
t r a n s k r i p t a s e balik d a n e n z i m integrase). S e l a i n i t u , a d a s e k i t a r e n a m g e n l a i n
yang fungslnya b e l u m d i k e t a h u i secara jelas. E n z i m t r a n s k r i p t a s e balik m e l a k u k a n
sintesis D N A dengan m e n g g u n a k a n g e n o m R N A sebagai cetakan. Replikasi RNA
virus H I Vdilakukan dengan m e l e w a t i e n a m langkah:

Langkah- 1. Penempelan virus pada reseptor yang a d apada limfosit CD4.

langkah
replikasi RNA 2. M o l e k u l D N A untai-tunggal k e m u d i a n disintesis dengan m e n g g u n a k a n m o l e k u l
HIV
RNA sebagai cetakan. Sintesis D N A untai-tunggal i n idilakukan oleh enzim
t r a n s k r i p t a s e balik. E n z i m yang s a m a k e m u d i a n m e n g u b a h m o l e k u l D N A untai-
tunggal menjadi m o l e k u l untai-ganda linear
3. M o l e k u l D N A untai-ganda yang t e r b e n t u k kemudian diintegrasikan k e dalam
k r o m o s o m s e l i n a n g o l e h a k t i v i t a s e n z i m integrase. D a l a m k e a d a a n demikian
v i r u s d i s e b u t s e b a g a i provirus k a r e n a g e n o m v i r u s H I V a d a l a h RNA, bukan
DNA.

4. Setelah D N A untai-ganda diintegrasikan, selanjutnya dilakukan sintesis RNA

v i r u s d e n g a n m e n g g u n a k a n a k t i v i t a s R N A p o l i m e r a s e y a n g d i m i l i k i o l e h sel inang.
Sintesis R N A virus dilakukan dengan m e n g g u n a k a n cetakan D N A provirus. RNA
virus yang disintesis berfungsi sebagai s u m b e r i n f o r m a s i u n t u k sintesis p r o t e i n
s t r u k t u r a l virus dan e n z i m sekaligus sebagai g e n o m virus.

5. G e n o m R N A virus selanjutnya dibungkus oleh protein selubung yang terdiri

a t a s d u a l a p i s a n y a i t u p r o t e i n u t a m a ( c o r e protein) d a n p r o t e i n ' c a n g k a n g ' {shell
protein).

6. Partikel virus yang t e r b e n t u k selanjutnya m e n e m b u s m e m b r a n plasma sel

inang sehingga m e m p e r o l e h selubung lemak.

Sintesis D N A untai-ganda dilakukan di dalam sitoplasma sel inang. D N A

untai-ganda kemudian ditransportasikan k edalam nukleus sehingga terjadi integrasi
dengan k r o m o s o m s e l inang. Sintesis R N A virus juga terjadi d i dalam nukleus.
R N A virus kemudian diangkut ke dalam sitoplasma u n t u k digunakan dalam proses
sintesis protein virus. Enzim D N A polimerase yang dikendalikan oleh R N A
m e m p u n y a i tiga m a c a m aktivitas, yaitu:

1. A k t i v i t a s D N A p o l i m e r a s e yang dikendalikan o l e h R N A . A k t l v l t a s ini diguna-

kan u n t u k sintesis D N A dari cetakan RNA.

2. Aktivitas D N Apolimerase yang dikendalikan oleh D N A , yang digunakan

u n t u k sintesis D N A untai-ganda.

3. Ribonuklease H, yaitu aktivitas yang diperlukan u n t u k degradasi p r i m e r yang

digunakan dalam proses sintesis D N A . Dalam hal ini, yang digunakan sebagai
p r i m e r adalah molekul t R N A sel inang yang terikat pada g e n o m virus. Pada
w a k t u s i n t e s i s D N A s u d a h d i m u l a i d a n p r i m e r t i d a k d i p e r l u k a n lagi m a k a a k t i v i t a s
ribonuklease akan mendegradasi molekul t R N A primer.

Secara skematis, m e k a n i s m e replikasi R N A pada r e t r o v i r u s dapat dilihat

pada G a m b a r 7.12.
D a r i uralan-uralan di atas dapat d i p e r o l e h g a m b a r a n m e n g e n a l kompleksitas
proses replikasi bahan g e n e t i k pada jasad hidup. Replikasi bahan g e n e d k merupakan
suatu m e k a n i s m e yang harus dilalui o l e h suatu jasad u n t u k dapat memperbanyak
d i r i . P e r l u d i p a h a m i b a h w a mekanisme replikasi batian genetik memerlukan banyak
protein dan enzim. P r o t e i n d a n e n z i m m e r u p a k a n p r o d u k e k s p r e s i g e n - g e n y a n g
ada pada g e n o m jasad dengan melalui m e k a n i s m e transkripsi dan translasi. O l e h
karena itu, replikasi bahan genetik hanya akan berlangsung jika a d a proses
transkripsi dan translasi. D a l a m hal replikasi bahan g e n e t i k jasad p r o k a r y o t dan
eukaryot, semua p r o t e i n dan e n z i m yang diperlukan u n t u k replikasi D N A dikode
oleh gen-gen yang ada pada g e n o m n y a . D e n g a n demikian transkripsi dan translasi
dilakukan t e r h a d a p gen-gen yang ada pada g e n o m jasad yang bersangkutan. S e -
baliknya, pada virus, tidak semua protein atau enzim yang diperlukan untuk
replikasi bahan genetik d i k o d e o l e h g e n o m virus t e r s e b u t . Sebagai c o n t o h , dalam
kasus replikasi bahan genetik retrovirus, diperlukan aktivitas R N A polimerase
sel inang u n t u k sintesis R N A virus. R N A polimerase tersebut dikode oleh gen
yang ada pada g e n o m s e l Inang, b u k a n pada g e n o m virus.
Proses replikasi bahan genetik bersama-sama dengan proses transkripsi dan
translasi m e r u p a k a n rangkaian proses yang pada akhirnya akan b e r m u a r a pada
p e r t u m b u h a n dan perbanyakan jasad hidup.
 Bab 7 Replikasi B a h a n Genetik 131

Partikel virus R N A untai-tunggal

M a s u k k e sel i n a n g , s e l u b u n g
dilepaskan, transkripsi balik

LTR LTR
U D N A untai-ganda

M a s u k k en u k l e u s d a n berintegrasi
d e n g a n D N A sel i n a n g

D N A sel
inang

Provirus D N A sel i n a n g
LTR LTR

Transkripsi

R N A untai-tunggal
( R N A virus anakan)
Penyelubungan

Nukleokapsid

Membran sel
inang

Partikel virus

G a m b a r 7.12 » S k e m a m e k a n i s m e replikasi R N A retrovirus. Mekanisme replikasi

R N A semacam ini dilakukan dengan terlebih d a h u l u mengubah R N A untai-
tunggal menjadi D N A untai-ganda dengan menggunakan enzim transkriptase
b a l i k (reverse transcriptase). H a l ini berbeda dari mekanisme replikasi R N A pada
T M V y a n g direplikasi secara langsung dari R N A menjadi R N A . (Diadaptasi dari
Paolella, 1997.)
132 Biologi Molekular

Soal-soal
1. Sebutkan beberapa k o m p o n e n u t a m a yang diperlukan dalam proses replikasi.
2 G a m b a r k a n secara skematis m e k a n i s m e dasar replikasi DNA.
3. A p a y a n g d i m a k s u d d e n g a n u n t a i a n D N A a w a l (teading-strand) d a n u n t a i a n D N A l a m b a t {lagging-strand).
4. Jelaskan p e r a n a n D N A p o l i m e r a s e I d a n D N A p o l i m e r a s e III d a l a m p r o s e s r e p l i k a s i DNA.
5. G a m b a r k a n s e c a r a s k e m a t i s m e k a n i s m e r e p l i k a s i u j u n g D N A l i n e a r , m i s a l n y a p a d a Tetrahymena. E n z i m
a p a y a n g b e r p e r a n a n d a l a m r e p l i k a s i s e m a c a m ini?
 Pokok Bahasan:

• M e k a n i s m e Dasar Sintesis R N A
I Organisasi G e n pada Prokaryot
I Struktur Gen Prokaryot
I Struktur Promoter pada Prokaryot
I G e n Struktural pada Prokaryot
I Struktur Terminator pada Prokaryot
I Struktur R N A Polimerase pada Prokaryot
I M e k a n i s m e Transkripsi pada Prokaryot
Inisiasi Transkripsi • Proses Pemanjangan Transkrip
• Pengakhiran (Terminasi) Transkripsi pada Prokaryot
Pengakiiiran Transkripsi yang Tidak Tergantung pada Faktor Rho
Pengakhiran Transkripsi yang Tergantung pada Faktor Rho

Definisi
transliripsi
T ranskripsi a d a l a h p r o s e s p e n y a l i n a n k o d e - k o d e g e n e t i k y a n g a d a p a d a u r u t a n
D N A menjadi m o l e k u l R N A . Transkripsi adalah proses yang mengawali
ekspresi sifat-sifat g e n e t i k y a n g n a n t i n y a akan m u n c u l sebagai f e n o t i p e . U r u t a n
n u k l e o t i d a pada salah satu u n t a i a n m o l e k u l D N A digunakan sebagai cetakan
{template) u n t u k s i n t e s i s m o l e k u l R N A y a n g k o m p l e m e n t e r . M o l e k u l R N A yang
disintesis d a l a m p r o s e s t r a n s k r i p s i pada garls besarnya dapat dibedakan m e n j a d i
3 (tiga) k e l o m p o k m o l e k u l R N A , yaitu: ( 1 ) m R N A (messenger R N A ) , (2) tRNA
\ Tiga m a c a m {transfer R N A ) , d a n ( 3 ) r R N A {ribosomal RNA). M o l e k u l m R N A a d a l a h R N A yang
' mRNA
m e r u p a k a n salinan k o d e - k o d e genetik pada D N A yang dalam proses selanjutnya
( y a i t u p r o s e s translasi) a k a n d i t e r j e m a h k a n m e n j a d i u r u t a n a s a m - a s a m amino
yang menyusun suatu polipeptida atau protein tertentu. Molekul t R N A adalah
R N A yang b e r p e r a n a n m e m b a w a asam-asam a m i n o spesifik yang akan digabungkan
d a l a m proses sintesis p r o t e i n (translasi). M o l e k u l r R N A adalah R N Ayang d i -
g u n a k a n u n t u k m e n y u s u n ribosom, y a i t u s u a t u p a r t i k e l d i d a l a m s e l y a n g
d i g u n a k a n sebagai t e m p a t sintesis p r o t e i n . M o l e k u l t R N A d a n r R N A t i d a k p e r n a h
ditranslasl karena m o l e k u l yang digunakan adalah R N A - n y a itu sendiri.

Transkripsi Translasi Jalur biokimia

>• m R N A — > Protein > Fenotipe

D N A tRNA

rRNA
 134 Biologi Molekular

P e m u n c u l a n suatu f e n o t i p e d i t e n t u k a n o l e h ketiga m a c a m m o l e k u l R N A t e r s e b u t .
Mutasi pada gen yang m e n g k o d e suatu kelas R N A t e r t e n t u dapat m e n g a k l b a t k a n
perubahan pada fenotipe yang m u n c u l .
D a l a m proses transkripsi, beberapa k o m p o n e n u t a m a yang terlibat adalah:
Komponen (1) urutan D N A yang akan ditranskripsi (cetakan/temp/ote), ( 2 ) enzim R N A
u t a m a proses
transkripsi polimerase, (3) f a k t o r - f a k t o r transkripsi, dan ( 4 )p r e k u r s o r u n t u k sintesis RNA.
Urutan D N A yang ditranskripsi adalah g e nyang diekspresikan. Secara garls
besar, g e n dapat diberl batasan s e b a g a i suatu urutan DNA yang mengkode
urutan lengkap asam amino suatu polipeptida atau molekul RNA tertentu. G e n
y a n g l e n g k a p t e r d i r i a t a s t i g a b a g i a n u t a m a , y a i t u : ( 1 ) d a e r a h p e n g e n d a l i {regula-
\ Definisi dan
b a g i a n gen tory region) y a n g s e c a r a u m u m d i s e b u t p r o m o t e r , ( 2 ) b a g i a n s t r u k t u r a l , d a n ( 3 )
t e r m i n a t o r . Promoter adalah bagian gen y a n g b e r p e r a n a n d a l a m m e n g e n d a l i k a n
p r o s e s t r a n s k r i p s i d a n t e r l e t a k p a d a u j u n g 5 ' . Bagian struktural a d a l a h b a g i a n g e n
y a n g t e r l e t a k d i s e b e l a h h l l i r (downstream) dari p r o m o t e r . Bagian inilah yang
mengandung urutan D N A spesifik ( k o d e - k o d e genetik) yang akan ditranskripsi.
Terminator adalah bagian gen y a n g t e r l e t a k di sebelah hilir dari bagian s t r u k t u r a l
yang berperanan dalam pengakhiran (terminasi) proses transkripsi.

M e k a n i s m e Dasar Sintesis R N A
Transkripsi (sintesis R N A ) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:

1. F a k t o r - f a k t o r yang m e n g e n d a l i k a n transkripsi m e n e m p e l pada bagian p r o -

moter.

2. Penempelan faktor-faktor pengendali transkripsi menyebabkan t e r b e n t u k n y a

kompleks p r o m o t e r y a n g t e r b u k a {open promoter complex).

3. R N A p o l i m e r a s e m e m b a c a c e t a k a n ( D N A template) d a n m u l a i m e l a k u k a n
pengikatan nukleotida yang k o m p l e m e n t e r dengan cetakannya.

4. S e t e l a h t e r j a d i p r o s e s p e m a n j a n g a n u n t a i a n R N A hasil sintesis, s e l a n j u t n y a
diikuti dengan proses pengakhiran (terminasi) transkripsi yang ditandai dengan
pelepasan R N Apolimerase dari D N A yang ditranskripsi.

Hasil-hasil penelitian m e n u n j u k k a n b a h w a ada perbedaan f u n d a m e n t a l dalam

hal s t r u k t u r gen, f a k t o r - f a k t o r pengendali, m e k a n i s m e , s e r t a s i s t e m regulasi
Perbedaan
transkripsi transkripsi a n t a r a jasad p r o k a r y o t dengan e u k a r y o t . P e r b e d a a n t e r s e b u t sangat
pada
p r o k a r y o t dan erat kaltannya dengan perbedaan struktural sel p r o k a r y o t dengan seleukaryot.
eukaryot S e p e r t i d i k e t a h u i , sel jasad p r o k a r y o t m e m p u n y a i s t r u k t u r y a n g lebih s e d e r h a n a
dibandingkan dengan s e l e u k a r y o t . Pada jasad prokaryot tidak ada struktur
subselular dengan fungsi spesifik seperti yang dapat diamati pada sel e u k a r y o t .
Sebagai c o n t o h , pada jasad p r o k a r y o t t i d a k ada s t r u k t u r inti sel ( n u k l e u s ) sehingga
d d a k ada pemisahan ruang antara m o l e k u l bahan genetik dengan peralatan selular
lainnya. H a l Inim e m p u n y a i implikasi yang sangat penting dalam h a l m e k a n i s m e
t r a n s k r i p s i pada p r o k a r y o t . Pada jasad p r o k a r y o t , s e b e l u m t r a n s k r i p s i selesai
dilakukan, proses translasi juga sudah berlangsung. Sebaliknya, pada e u k a r y o t
 Bab 8 Sistem Transkripsi pada Prokaryot 135

terdapat s t r u k t u r nukleus yang m e m i s a h k a n bahan genetik dari peralatan selular

lalnnya. O l e h k a r e n a I t u , pada jasad e u k a r y o t , p r o s e s t r a n s k r i p s i t e r j a d i d i d a l a m
nukleus sedangkan proses translasi terjadi di sitoplasma. Dengan demikian translasi
baru dapat dilakukan jika proses transkripsi sudah selesai.
M e s k i p u n ada p e r b e d a a n f u n d a m e n t a l dalam hal m e k a n i s m e t r a n s k r i p s i a n t a r a
p r o k a r y o t dengan e u k a r y o t , n a m u n secara u m u m pola m e k a n i s m e sintesis RNA-
nya serupa. Beberapa karakteristik k i m i a w i sintesis R N A pada p r o k a r y o t d a n
e u k a r y o t dapat dijelaskan sebagai berikut:

1. P r e k u r s o r u n t u k sintesis R N Aadalah e m p a t m a c a m r i b o n u k l e o t i d a yaitu

5 ' - t r i f o s f a t A T R G T P , G T P , d a n U T P ( p a d a R N A d d a k a d a thymine).

2. Reaksl polimerisasi R N A pada prinsipnya sama dengan polimerisasi DNA,

yaitu dengan arah 5 ' - > 3'.

3. U r u t a n n u k l e o t i d a R N Ahasil sintesis ditentukan oleh cetakannya, yaitu

urutan D N A yang ditranskripsi. Nukleotida R N A yang digabungkan adalah
n u k l e o t i d a yang k o m p l e m e n t e r dengan cetakannya. Sebagai c o n t o h , jika u r u t a n
DNA yang ditranskripsi adalah A T G , maka urutan nukleotida R N A yang d i -
gabungkan adalah UAC.

4. M o l e k u l D N Ayang ditranskripsi adalah m o l e k u l untai-ganda, tetapi yang

b e r p e r a n a n sebagai c e t a k a n h a n y a salah satu u n t a i a n n y a .

5. Hasil transkripsi berupa m o l e k u l R N Auntai tunggal.

Skema dasar transkripsi diperlihatkan pada G a m b a r 8 . 1 .

5' 3'
5'-PO,
3' 5'

3'-OH

A r a h sintesis R N A

G a m b a r 8.1 I S k e m a d a s a r t r a n s k r i p s i . T r a n s k r i p s i ( s i n t e s i s R N A ) b e r j a l a n dari
arah 5'-PO^ k e3 ' - O H . Transkripsi d i l a k u k a n d e n g a n m e n g g u n a k a n salah satu
untaian D N A sebagai cetakan {template).
^136 Biologi Molekular

Organisasi G e n pada P r o k a r y o t
Pada u m u m n y a , gen yang m e n g k o d e p r o t e i n pada p r o k a r y o t berupa gen dengan
k o p i t u n g g a l (single copy), s e d a n g k a n g e n y a n g m e n g k o d e t R N A d a n r R N A berupa
g e n d e n g a n j u m l a h k o p i b a n y a k (multiple copies). G e n - g e n p a d a p r o k a r y o t y a n g
bertanggung jawab dalam jalur biokimia t e r t e n t u pada u m u m n y a diorganisasikan
Definisi d a l a m s t r u k t u r operon. S u a t u o p e r o n a d a l a h o r g a n i s a s i b e b e r a p a g e n s t r u k t u r a l
operon
yang ekspresinya dikendalikan o l e h satu p r o m o t e r yang sama. Sebagai c o n t o h
a d a l a h o p e r o n lac, y a i t u o p e r o n y a n g m e n g e n d a l i k a n k e m a m p u a n m e t a b o l i s m e
l a k t o s a p a d a b a k t e r i Escherichia coli. D a l a m o p e r o n lac t e r d a p a t t i g a m a c a m g e n
struktural yang mengkode protein yang berbeda, yaitu g e n Z ( m e n g k o d e (3-
galaktosidase),gen Y (mengkode permease), dan gen A ( m e n g k o d e trans-asetilase).
M a s i n g - m a s i n g gen s t r u k t u r a l t e r s e b u t m e m p u n y a i k o d o n inisasi (awal) d a n k o d o n
terminasi, tetapi ekspresinya dikendalikan oleh satu p r o m o t e r yang sama. Pada
w a k t u d i t r a n s k r i p s i , o p e r o n lac a k a n m e n g h a s i l k a n s a t u m R N A y a n g m e m b a w a
mRNA k o d e - k o d e g e n e t i k u n t u k tiga m a c a m polipeptida yang b e r b e d a ( o l e h k a r e n a Itu
polisistronilf d i s e b u t m R N A polisistronik). M a s i n g - m a s i n g p o l i p e p d d a a k a n d i t r a n s l a s l s e c a r a
independen dari satu untaian m R N A yang sama.

|3-galaktosidase Trans-asetilase

G e n represor Operator Permease

Promoter

G a m b a r 8 . 2 I O r g a n i s a s i o p e r o n lac p a d a Escherichia coli.

D a l a m o p e r o n lac t e r d a p a t t i g a m a c a m g e n s t r u k t u r a l y a n g m e n g k o d e t i g a
m a c a m e n z i m , yaitu P-galaktosidase, p e r m e a s e , dan trans-asetilase. Ketiga g e n
struktural tersebut diatur ekspresinya oleh satu p r o m o t e r yang sama (p).
O p e r a t o r adalah bagian dari p r o m o t e r t e m p a t p e n e m p e l a n p r o t e i n r e p r e s o r
yang dikode oleh gen i.
D a l a m s i s t e m o p e r o n lac s e m a c a m ini, ketiga m a c a m g e n s t r u k t u r a l d i -
transkripsi bersama-sama menjadi satu untaian m R N A . Proses transkripsi d i -
kendalikan oleh satu p r o m o t e r yang sama. Aktivitas p r o m o t e r diatur oleh g e n
 Bab 8 Sistem Transkripsi pada Prokaryot 137

r e p r e s o r yang m e n g k o d e p r o t e i n represor. O p e r a t o r adalah bagian Integral dalam

p r o m o t e r lac t e r s e b u t y a n g m e r u p a k a n t e m p a t p e l e k a t a n m o l e k u l p r o t e i n r e p r e s o r .
S e l a n j u t n y a , m R N A lac y a n g p o l i s i s t r o n i k t e r s e b u t a k a n d i t r a n s l a s l m e n g h a s i l k a n
tiga m a c a m p r o t e i n yang m e m p u n y a i s t r u k t u r dan fungsi yang berbeda dalam
proses metabolisme laktosa.
Organisasi o p e r o n s e p e r t i h a l n y a o p e r o n lac m e r u p a k a n o r g a n i s a s i g e n
y a n g u m u m t e r d a p a t p a d a b a k t e r i £. coli d a n p r o k a r y o t y a n g l a i n . O r g a n i s a s i gen
s e m a c a m ini t i d a k d i k e t e m u k a n d a l a m s i s t e m jasad e u k a r y o t . Pada jasad e u k a r y o t ,
satu gen struktural yang m e n g k o d e suatu p r o t e i n dikendalikan ekspresinya oleh
mRNA
monosistronik
satu p r o m o t e r yang spesifik sehingga m R N A yang dihasilkan berupa m R N A yang
m o n o s i s t r o n i k . M o l e k u l m R N A s e m a c a m Ini h a n y a m e m b a w a r a n g k a i a n k o d e
genetik u n t u k satu m a c a m protein.

Contoh Soal

1. S e b u t k a n d a n j e l a s k a n s e c a r a singkat fungsi m a s i n g - m a s i n g k e l o m p o k m o l e k u l R N A hasil p r o s e s

transkripsi suatu gen.

Jawaban:
Tiga k e l o m p o k R N A yaitu: (1) m R N A , yaitu m o l e k u l R N A yang urutannya akan diterjemahkan
menjadi u r u t a n asam a m i n o suatu polipeptida, (2) r R N A , yaitu m o l e k u l yang m e n y u s u n r i b o s o m ,
yang m e r u p a k a n organel t e m p a t sintesis p r o t e i n , dan (3) t R N A , yaitu m o l e k u l R N A yang khusus
m e m b a w a asam-asam a m i n o yang akan dipollmerisasi dalam proses sintesis p r o t e i n .

2. Jelaskan apa yang d i m a k s u d dengan o p e r o n .

jawaban:
O p e r o n adalah organisasi beberapa gen s t r u k t u r a l yang ekspresinya dikendalikan o l e h satu
p r o m o t e r y a n g s a m a . S e b a g a i c o n t o h a d a l a h o p e r o n lac, y a i t u o p e r o n y a n g m e n g e n d a l i k a n
k e m a m p u a n m e t a b o l i s m e l a k t o s a p a d a b a k t e r i Escherichia coli.

3. Apa yang dimaksud dengan m R N A m o n o s i s t r o n i k ?

jawaban:
m R N A m o n o s i s t r o n i k adalah suatu m R N A yang m e m b a w a rangkaian k o d e g e n e t i k hanya u n t u k
satu macam protein.

Struktur G e n P r o k a r y o t
Secara u m u m gen p r o k a r y o t t e r s u s u n atas beberapa bagian p e n t i n g yaitu: p r o -
m o t e r , bagian s t r u k t u r a l , dan t e r m i n a t o r Secara skematis, s t r u k t u r g e n pada
p r o k a r y o t secara u m u m dapat digambarkan seperti pada G a m b a r 8.3.
T r a n s k r i p s i diawali dari n u k l e o t i d a yang t e r l e t a k beberapa basa d i sebelah
hulu dari gen struktural. Ujung gen struktural berupa k o d o n S T O P ( T A A , TAG,
atau T G A ) , tetapi t r a n s k r i p s i dilakukan sampai b e b e r a p a b e b e r a p a basa d i sebelah
hilir dari k o d o n S T O P yaitu sampai pada daerah terminator.
138 Biologi Molekular

A w a l transkripsi

ATG STOP

I I i L :M
-35 -10

Promoter G e n struktural Terminator

G a m b a r 8.3 I S t r u k t u r g e n p r o k a r y o t .

Struktur P r o m o t e r pada P r o k a r y o t
P r o m o t e r adalah u r u t a n D N A spesifik yang b e r p e r a n a n dalam mengendalikan
transkripsi g e n struktural d a nt e r l e t a k d i sebelah h u l u (upstream) dari bagian
s t r u k t u r a l suatu gen. Bagian p r o m o t e r adalah bagian gen t e m p a t awal pelekatan
e n z i m R N A polimerase yang m e l a k u k a n transkripsi bagian s t r u k t u r a l . P r o m o t e r
pada p r o k a r y o t t e r d i r i atas beberapa bagian penting yang s e k u e n n y a selalu a d a
(conserved) pada semua atau sebagian besar gen. Salah satu bagian pendng
p r o m o t e r d i s e b u t s e b a g a i k o t a k P r i b n o w (Pribnov/ box) p a d a u r u t a n n u k l e o t i d a
posisi - 1 0 d a n posisi - 3 5 . A n g k a m i n u s m e n y a t a k a n letak suatu n u k l e o t i d a d i
sebelah h u l u dari titik awal transkripsi (pada posisi + 1 ) dan t i d a k ditranskripsi.
Analisis t e r h a d a p 1 0 0 gen m e n u n j u k k a n b a h w a pada posisi - 1 0 dan - 3 5 terdapat
urutan nukleotida konsensus, s e b a g a i b e r i k u t :

posisi-10: Tg, Ag, A^5 A.^ J^Q^

posisi - 3 5 : Tgj Tgj Gg, A,, C,, A^^

Angka yang mengikuti simbol nukleotida (misalnya T ) tersebut menyatakan

frekuensi persentase adanya n u k l e o t i d a t e r s e b u t pada posisi spesifik di pro-
m o t e r U r u t a n n u k l e o t i d a d i antara - 3 5 dan - 1 0 , selain u r u t a n yang t e r s e b u t d i
atas, tidak m e m i l i k i kekhasan t e r t e n t u . Pengubahan jarak antara kotak - 3 5 d a n
- 1 0 tersebut akan mengaklbatkan perubahan aktivitas atau kekuatan p r o m o t e r .
Jarak o p t i m u m antara kedua k o t a k t e r s e b u t adalah 1 7 nukleotida. O l e h karena
urutan konsensus pada k o t a k P r i b n o w adalah T A T A A T , m a k a seringkali kotak
P r i b n o w d i s e b u t j u g a kotak T A T A ( T A T A box). K o t a k - 1 0 d a n - 3 5 j u g a d i s e b u t
s e b a g a i e l e m e n - e l e m e n p r o m o t e r inti ( c o r e promoter elements).
Selain e l e m e n p r o m o t e r inti, beberapa p r o m o t e r yang k u a t juga m e m p u n y a i
Elemer) lain e l e m e n l a i n , m i s a l n y a e l e m e n U P y a n g t e r a d a p a t p a d a p r o m o t e r g e n rrn p a d a
promoter
£. coli. E l e m e n U P t e r l e t a k p a d a p o s i s i — 4 0 s a m p a i - 6 0 d a n m e r u p a k a n bagian
p r o m o t e r sesungguhnya k a r e n a bagian ini dikenali o l e h R N A p o l i m e r a s e (enzim
yang melakukan proses transkripsi). Pada g e n rrnB P I ,e l e m e n U P tersebut
mampu meningkatkan transkripsi sampai 3 0 kali lipat dengan adanya R N A
p o l i m e r a s e saja. P r o m o t e r g e n i n i j u g a m e m p u n y a i k a i t a n d e n g a n elemen lain
y a n g d i s e b u t sisi Fis (Fis site) p a d a p o s i s i - 6 0 s a m p a i - 1 5 0 . S i s i F i s m e r u p a k a n
 Bab 8 Sistem Transkripsi pada Prokaryot 139

t e m p a t p e l e k a t a n f a k t o r t r a n s k r i p s i y a n g d i s e b u t p r o t e i n Fis. SIsI F i s s e n d l r l t i d a k
b e r i k a t a n dengan R N Ap o l i m e r a s e sehingga tidak dianggap sebagai bagian pro-
moter.
K o t a k P r i b n o w m e r u p a k a n daerah pada p r o m o t e r yang berperanan dalam
m e n g a r a h k a n e n z i m R N A polimerase sehingga arah transkripsinya adalah dari
ujung 5 ' k e ujung 3 ' seperti yang terjadi pada replikasi. Selain i t u , daerah i n i
merupakan tempat pembukaan heliks D N Au n t u k m e m b e n t u k k o m p l e k s pro-
m o t e r yang terbuka. Mutasi pada k o t a k P r i b n o w pada beberapa gen yang pernah
dianalisis d i k e t a h u i m e n y e b a b k a n penghambatan transkripsi.
Meskipun kedua k o t a k sekuens tersebut terdapat pada banyak gen p r o k a r y o t ,
n a m u n a d a p e r k e c u a l i a n , m i s a l n y a p r o m o t e r g e n nif ( g e n y a n g mengendalikan
k e m a m p u a n p e n a m b a t a n n i t r o g e n ) p a d a b a k t e r i Klebsiella pneunioniae. Gen-gen
nif t e r s e b u t t i d a k m e m p u n y a i s e k u e n s k o n s e n s u s p a d a p o s i s i - 3 5 d a n - 1 0 s e p e r t i
p a d a £. coli, t e t a p i m e m p u n y a i k o t a k k o n s e n s u s p a d a p o s i s i s e k i t a r - 2 4 d a n - 1 2 .
Selain i t u , a d a s e k u e n s lain y a n g t e r l e t a k j a u h d i sebelah h u l u ( d e n g a n sekuens
konsensusTGTNNNNNNNNNNACA, N = n u k l e o t i d a apa saja) y a n g d i t e m u k a n
p a d a g e n - g e n nif t e r t e n t u y a i t u nifH, nifU, d a n n / f B .
Selain kotak Pribnow d a n kotak - 3 5 , p r o m o t e r pada p r o k a r y o t juga
Definisi m e n g a n d u n g e l e m e n k h u s u s y a i t u operator. O p e r a t o r a d a l a h u r u t a n n u k l e o t i d a
operator
y a n g t e r l e t a k d i a n t a r a p r o m o t e r dan bagian s t r u k t u r a l dan m e r u p a k a n t e m p a t
p e l e k a t a n protein r e p r e s o r ( p e n e k a n a t a u p e n g h a m b a t p r o s e s e k s p r e s i g e n e t i k ) .
Jika ada p r o t e i n r e p r e s o r m e l e k a t pada daerah Ini, m a k a R N A polimerase yang
melekat pada daerah p r o m o t e r tidak dapat berjalan u n t u k melakukan transkripsi.
E l e m e n p e n g e n d a l i e k s p r e s i g e n e t i k y a n g l a i n a d a l a h a t t e n u a t o r . Attenuator
Definisi
attenuator a d a l a h u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g t e r d a p a t p a d a s u a t u k e l o m p o k a n g e n ( g e n e clus-
ter) y a n g u m u m n y a t e r l i b a t d a l a m b i o s i n t e s i s a s a m a m i n o . Attenuator terletak
pada d a e r a h d i a n t a r a bagian p r o m o t e r - o p e r a t o r dengan titik a w a l bagian s t r u k t u r a l
y a n g p e r t a m a d a r i s u a t u k e l o m p o k a n g e n . D a e r a h attenuator s e m a c a m i n i b i a s a n y a
d i s e b u t leader sequences, yaitu suatu unit urutan nukleotida sepanjang kurang
l e b i h 1 6 2 n u k l e o t i d a . Attenuator b e r f u n g s i u n t u k m e n g e n d a l i k a n a r a s biosintesis
a s a m a m i n o sesuai d e n g a n k e t e r s e d i a a n a s a m a m i n o d i d a l a m sel. Jika k o n s e n t r a s i
asam a m i n o sudah cukup tinggi, m a k a proses transkripsi gen-gen u n t u k biosintesis
a s a m a m i n o a k a n d i h a m b a t . P e n g e n d a l i a n t r a n s k r i p s i o l e h attenuator dapat m e n c a p a i
1 0 k a l i l i p a t . P r o s e s p e l e m a h a n a t a u a t e n u a s i (attenuation) tidak tergantung pada
proses represi karena kedua fenomena tersebut merupakan d u a sistem
pengendalian yang terpisah. Atenuasi berakibat pada penghentian transkripsi g e n
struktural secara p r e m a t u r
Ekspresi beberapa gen t e r t e n t u juga dikendalikan o l e h e l e m e n spesifik yang
Peran d i k e n a l s e b a g a i enhancer. Eniiancer b e r p e r a n a n d a l a m p e n i n g k a t a n a r a s t r a n s k r i p s i
enhancer
dengan cara meningkatkan jumlah R N A polimerase yang melakukan proses
t r a n s k r i p s i . Enhancer tidak t e r l e t a k pada lokasi yang spesifik k a r e n a beberapa
enhancer terletak jauh di sebelah hulu (upstream) atau sebelah hilir (down-
strean)) dari titik a w a l t r a n s k r i p s i . E l e m e n i n i p e r t a m a kali d i k e t e m u k a n pada
D N A v i r u s S V 4 0 y a i t u d i d a e r a h d e k a t t i t i k awal replikasi (ori). Penelitian selanjutnya
140 Biologi Molekular

menunjukkan bahwa elemen i n i juga terdapat pada g e n e u k a r y o t . Enhancer

berikatan dengan suatu protein khusus. Salah satu c o n t o h sekuens enhancer
p a d a E. coli a d a l a h sisi F i s . S e c a r a u m u m s t r u k t u r p r o m o t e r p a d a prokaryot
diskemakan seperti pada G a m b a r 8.4.

Kotak TATA/ Awal

Pribnow Transkripsi
1 ^
1 TATAAT
1
Elemen hulu Kotak -35 Kotak -10
+1

Elemen promoter inti

Kotak -10

Kotak -35

TTGACA

G a m b a r 8.4 • S t r u k t u r p r o m o t e r prokaryot.

Elemen p r o m o t e r inti (core promoter element) terdiri atas kotak - 3 5

sampai dengan kotak - 1 0 (kotak T A T A atau kotak Pribnow) dengan urutan
sekuens l e s t a r i (conserved s e q u e n c e s ) s e p e r t i d a p a t d i l i h a t p a d a g a m b a r d i a t a s .
Selain e l e m e n p r o m o t e r inti, pada beberapa gen seringkali juga dijumpai e l e m e n
h u l u yang dapat t e r d i r i atas beberapa e l e m e n . T i t i k a w a l transkripsi diberl notasi
+ 1 , sedangkan satu nukleotida yang t e r l e t a k tepat di sebelah hulu nukleotida + 1
diberl notasi - 1 (tidak ada dtik nol). Simbol (+) menyatakan bagian yang d i -
transkripsi sedangkan simbol minus menyatakan bahwa bagian t e r s e b u t tidak
ditranskripsi. T i d k awal transkripsi biasanya berupa n u k l e o t i d a A atau G . G a m b a r
sebelah bawah m e n u n j u k k a n daerah p r o m o t e r yang terbuka pada w a k t u terjadi
s t r u k t u r k o m p l e k s p r o m o t e r t e r b u k a (open promoter complex) y a n g merupakan
awal proses transkripsi.

G e n S t r u k t u r a l pada P r o k a r y o t
Meskipun pengertian g e n secara u m u m meliputi daerah pengatur (regulatory
region), y a i t u p r o m o t e r , b a g i a n ( g e n ) s t r u k t u r a l , s e r t a t e r m i n a t o r , n a m u n dalam
bagian i n isecara lebih spesifik akan dibicarakan mengenai g e nstruktural, yaitu
\ Definisi gen ' bagian yang m e n g k o d e u r u t a n asam a m i n o suatu polipeptida atau u r u t a n n u k l e o t i d a
j R N A . Pada tahun 1 9 4 1 G e o r g e W . Beadle and Edward L.Tatum mengemukakan
k k o n s e p yang dikenal sebagai t e o r i s a t u g e n - s a t u enzim. Penelitian-penelitian
''''^ selanjutnya menunjukkan bahwa ada banyak protein atau enzim yang molekul
s e m u a polipeptidanya dapat d i k o d e o l e h lebih dari satu gen s t r u k t u r a l . Sebagai
 Bab 8 Sistem Transkripsi pada Prokaryot 141

c o n t o h , m o l e k u l h e m o g l o b i n yang lengkap dikode oleh dua gen. O l e h karena Itu

s e k a r a n g d i k e n a l t e o r i satu gen-satu polipeptida.
G e n struktural pada p r o k a r y o t diawali dengan urutan A T G yang m e n g k o d e
asam amino metionin. Meskipun demikian perlu diketahui bahwa proses transkripsi
tidak dimulai dari u r u t a n A T Gt e r s e b u t tetapi pada beberapa nukleotida di
Ciri u t a m a sebelah h u l u dari A T G . C i r i u t a m a gen s t r u k t u r a l pada jasad p r o k a r y o t , k h u s u s n y a
gen strulctural
prol<aryot
gen s t r u k t u r a l yang m e n g k o d e suatu polipeptida, adalah b a h w a s e m u a sekuens
y a n g a d a p a d a b a g i a n i n i , m u l a i d a r i s e k u e n s inisiasi t r a n s l a s i ( A T G ) sampai
k o d o n t e r a k h i r s e b e l u m titik a k h i r translasi (kodon S T O P , y a i t u T A A / T A G
/ TGA), akan d i t e r j e m a h k a n (ditranslasl) menjadi rangkaian asam-asam a m i n o .
D e n g a n k a t a l a i n , t i d a k a d a s e k u e n s y a n g t i d a k m e n g k o d e a s a m a m i n o {noncod'mg
sequence). Jika gen s t r u k t u r a l t e r s e b u t terdiri atas 9 0 0 n u k l e o t i d a , m a k a g e n
struktural tersebut m e n g k o d e 300 asam a m i n o karena satu asam a m i n o dikode
o l e h tiga s e k u e n s n u k l e o t i d a yang b e r u r u t a n . D e n g a n d e m i k i a n pada jasad p r o -
k a r y o t , t i d a k a d a s e k u e n s p e n y i s i p {mterveri'mg sequences a t a u intron). H a l i n i
b e r b e d a dari apa yang ada pada jasad e u k a r y o t , k a r e n a pada e u k a r y o t ada banyak
gen yang tidak semua sekuens nukleoddanya mengkode suatu asam amino. Sekuens
y a n g d d a k m e n g k o d e a s a m a m i n o t e r s e b u t d i n a m a k a n s e b a g a i intron, s e d a n g k a n
u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g m e n g k o d e a s a m a m i n o d i s e b u t s e b a g a i ekson. T i d a k
adanya i n t r o n m e r u p a k a n ciri khas gen s t r u k t u r a l jasad p r o k a r y o t , m e s k i p u n ada
perkecualian, misalnya pada suatu archaebacteria dan suatu bakteriofag t e r t e n t u
y a n g m e n y e r a n g £. coli. P a d a g e n o m k e d u a j a s a d t e r s e b u t d i k e t a h u i j u g a t e r d a p a t
intron.

Perlu dipahami bahwa tidak semua gen m e n g k o d e urutan asam a m i n o yang

m e n y u s u n suatu polipeptida atau p r o t e i n . O l e h k a r e n a i t u , secara garis besar,
Tiga l<elompol< g e n d i b a g i m e n j a d i 3 ( t i g a ) k e l o m p o k , y a i t u : ( 1 ) gen yang m e n g k o d e p r o t e i n
gen berdasar-
kan yang (protein<oding genes), ( 2 ) gen yang m e n g k o d e R N A r i b o s o m ( r R N A ) , d a n ( 3 )
dikodenya gen yang m e n g k o d e t R N A {transfer R N A ) . U r u t a n n u k l e o t i d a D N A g e n y a n g
m e n g k o d e p r o t e i n akan ditranskripsi (disalin) m e n j a d i m R N A , dan selanjutnya
urutan nukleodda m R N A ditranslasl (diterjemahkan) menjadi u r u t a n asam a m i n o .
Sebaliknya, gen yang m e n g k o d e rRNA dan t R N A masing-masing hanya akan
ditranskripsi menjadi urutan nukleodda r R N A dan t R N A . G e n yang mengkode
r R N A dan t R N A tidak pernah ditranslasl karena yang diperlukan dalam proses
ekspresi genetik adalah molekul RNA-nya. Molekul r R N A digunakan untuk
menyusun r i b o s o m (tempat biosintesis protein), sedangkan molekul tRNA
berfungsi u n t u k m e m b a w a m o l e k u l asam a m i n o spesifik yang akan dirangkaikan
menjadi polipeptida dalam proses biosintesis protein (translasi).

Struktur T e r m i n a t o r pada P r o k a r y o t
T e r m i n a t o r adalah bagian gen yang t e r l e t a k di sebelah hilir dari gen struktural.
terminator ^ T e r m i n a t o r berfungsi u n t u k m e m b e r i k a n sinyal pada e n z i m R N A p o l i m e r a s e agar
m e n g h e n t i k a n p r o s e s t r a n s k r i p s i . P a d a b a k t e r i £. coli, s i n y a l p e n g h e n d a n ( t e r m i n a s i )
 142 Biologi IVIolekular

t r a n s k r i p s i b i a s a n y a d i c i r i k a n o l e h s t r u k t u r j e p i t r a m b u t (hairpin) d a n l e n g k u n g a n
(hop) yang kaya akan u r u t a n G C yang t e r b e n t u k pada m o l e k u l R N A hasil
transkripsi. Proses terminasi transkripsi pada p r o k a r y o t dapat d i k e l o m p o k k a n
Proses
terminasi menjadi d u a kelas, yaitu: ( 1 ) t e r m i n a s i yang d i t e n t u k a n o l e h u r u t a n n u k l e o t i d a
translcripsi
prolcaryot
tertentu (rho-independent), d a n( 2 )terminasi yang diatur oleh suatu protein
( f a k t o r r h o ) atau disebut r h o - d e p e n d e n t . Kelas p e r t a m a dicirikan oleh s t r u k t u r
jepit r a m b u t dan l e n g k u n g s e p e r t i yang telah dijelaskan s e b e l u m n y a . Bagian t e r -
m i n a t o r t e r s e b u t m e m p u n y a i u r u t a n nukleotida konsensus pada daerah dekat
ujung 3' g e n yang bersangkutan. U r u t a n nukleotida konsensus tersebut akan
m e n g h a s i l k a n s t r u k t u r b a t a n g d a n l e n g k u n g (stem-and-hop) sepanjang 7 - 1 0
n u k l e o t i d a yang t e r l e t a k sekitar 1 6 - 2 0 n u k l e o d d a dari bagian paling ujung 3' gen
yang bersangkutan. Selain itu juga ada u r u t a n n u k l e o t i d a A sepanjang 4 - 8 residu
t e p a t pada bagian h u l u dari titik t e r m i n a s i . T e r m i n a t o r yang t i d a k t e r g a n t u n g pada
f a k t o r r h o , tidak m e m p u n y a i residu A , t e t a p i biasanya m e m p u n y a i bagian yang
dapat m e m b e n t u k s t r u k t u r batang-lengkung yang stabil. S t r u k t u r jepit r a m b u t
d a n l e n g k u n g p a d a u j u n g 3 ' t r a n s k r i p £ coli d i p e r k i r a k a n j u g a b e r f u n g s i u n t u k
menstabilkan m R N A dari aktivitas degradatif eksonuklease 3 ' ^ 5'.
G a m b a r 8 . 5 m e n u n j u k k a n s t r u k t u r R N A hasll t r a n s k r i p s i gen pada daerah
t e r m i n a t o r Pada t r a n s k r i p yang m e w a k i l i daerah t e r m i n a t o r yang ddak t e r g a n t u n g
pada f a k t o r r h o , t e r d a p a t s t r u k t u r jepit r a m b u t yang kaya akan G C , sedangkan
daerah t e r m i n a t o r yang t e r g a n t u n g pada f a k t o r r h o t e r d a p a t s t r u k t u r jepit r a m b u t
yang kaya akan A U .

A U u A
G c A U
C G U A
Struktur batang Struktur batang
C G yang kaya akan G C G C
U A U A
A U G C
A U G c
-v_uuu A A U C

Sekuens terminator yang tidak Sekuens terminator yang

tergantung pada rho tergantung pada rho

G a m b a r 8.5• S t r u k t u r t e r m i n a t o r p a d a prokaryot.

Struktur R N A P o l i m e r a s e pada P r o k a r y o t
'\ Definisi RNA ''^\ p o l i m e r a s e (DNA-directed RNA polymerase) adalah enzim yang meng-
poiimerase j katallsis p r o s e s t r a n s k r i p s i . Pada jasad p r o k a r y o t d i k e t a h u i hanya ada s a t u macam
 Bab 8 Sistem Transkripsi pada Prokaryot 143

enzim RNA polimerase. M e s k i p u n d e m i k i a n , d i d a l a m s a t u s e l b a k t e r i £. coli

terdapat sekitar 7.000 m o l e k u l R N A polimerase. R N A polimerase t e r s e b u t ber-
peranan dalam melakukan transkripsi g e nyang mengkode protein, gen rRNA,
m a u p u n gen t R N A . R N A polimerase akan melakukan aktivitas transkripsi dengan
m e n g g u n a k a n D N A sebagai cetakan. T r a n s k r i p s i pada dasarnya adalah polimerisasi
nukleotida (dalam bentuk trifosfat) menjadi molekul R N A . Nukleotida yang di-
rangkaikan ditentukan oleh D N A cetakannya. Polimerisasi nukleotida R N A berjalan
dengan o r i e n t a s i 5'—>3' d a n b e r s i f a t k o m p l e m e n t e r d e n g a n salah satu u n t a i a n
D N A cetakan, yaitu yang m e m p u n y a i orientasi berlav/anan dengan R N A transkrip.
Subunit- RNA p o l i m e r a s e p a d a b a k t e r i £. coli t e r s u s u n a t a s d u a s u b u n i t p r o t e i n
subunit RNA b e r u k u r a n besar, yaitu subunit P (beta) d a n P (beta-prime) y a n g masing-masing
polimerase
E. coli b e r u k u r a n 1 50.000 dalton (1 50 kDa) dan 1 60.000 dalton (kDa). D i samping itu
m a s i h ada s u b u n i t y a n g lain y a i t u a (sigma) dengan ukuran 7 0 k D a dan subunit
a (alpha) dengan ukuran 4 0 kDa. Keseluruhan unit R N A polimerase (disebut
RNA polimerase holoenzim) terdiri atas subunit P , p, a, a^, artinya ada dua
m o l e k u l a dan satu m o l e k u l subunit lainnya. Hanya R N A polimerase holoenzim
y a n g d a p a t m e l a k u k a n inisiasi t r a n s k r i p s i p a d a bagian D N A y a n g b e n a r . Susunan
subunit P , p, d a n a2 ( t a n p a s u b u n i t a ) d i s e b u t enzim inti ( c o r e enzyme). Enzim
inti tidak dapat m e l a k u k a n reaksl polimerisasi R N A dengan menggunakan D N A
T 4 yang u t u h sebagai cetakan, t e t a p i m a s i h dapat m e l a k u k a n aktivitas polimerisasi
dasar dengan menggunakan DNA c e t a k a n y a n g m e m p u n y a i b a n y a k t a k i k (nick).
Perlu dipahami bahwa transkripsi D N A yang m e m p u n y a i takik semacam itu tidak
m e m p u n y a i arti biologis. R N A p o l i m e r a s e p a d a £. coli m e m p u n y a i kemiripan
dengan enzim serupa pada hampir semua eubakteria, tetapi s t r u k t u r n y a berbeda
dengan yang ditemukan pada slanobakteri (cyanobacteria) d a n arkaebakteri
(archaebacteria). Penelitian menunjukkan bahwa urutan penyusunan R N A poli-
m e r a s e h o l o e n z i m p a d a £. coli a d a l a h s e b a g a i b e r i k u t :

2e& 2 ~^ ~^ (tidak aktif) a^P (akdf)

Fungsi Fungsi subunit o (sigma) adalah u n t u k m e n g a r a h k a n agar R N A polimerase

subunit a
h o l o e n z i m h a n y a m e n e m p e l pada p r o m o t e r , t i d a k pada bagian yang lain. Enzim
inti m e m p u n y a i afinitas t e r h a d a p m o l e k u l D N A tetapi tidak dapat membedakan
antara p r o m o t e r dengan bagian D N A y a n g lain. D e n g a n adanya faktor sigma
m a k a afinitas e n z i m inti t e r h a d a p D N A dikurangi sehingga ikatan antara R N A
p o l i m e r a s e h o l o e n z i m m e n j a d i spesifik pada p r o m o t e r . Selain i t u , f a k t o r sigma
j u g a m a m p u m e n g e n a l i sisi p e n g i k a t a n y a n g spesifik. F a k t o r s i g m a h a n y a b e r i k a t a n
secara sementara dengan subunit lainnya dalam R N A polimerase holoenzim.
Ikatan R N A polimerase h o l o e n z i m pada p r o m o t e r sangat kuat dengan konstanta
asosiasi yang besar anny a 1.000 kali lebih k u a t dibanding dengan e n z i m inti (tanpa
subunit sigma).
S u b u n i t a p a d a R N A p o l i m e r a s e £. coli d i k o d e o l e h g e n r p o A d a n diduga
b e r f u n g s i d a l a m p e n y u s u n a n e n z i m . S u b u n i t P d i k o d e o l e h g e n rpoB d a n b e r f u n g s i
dalam pengikatan nukleodda, sementara subunit P d i k o d e o l e h g e n rpoC d a n
berfungsi dalam penempelen D N A cetakan sedangkan subunit a dikode oleh gen
 144 Biologi IVIolel<ular

rpoD. E k s p r e s i g e n rpoB d a n rpoC d i k e n d a l i k a n o l e h s a t u p r o m o t e r y a n g sama

dan ditranskripsi dalam mRNA polisistronik (penjelasan lebih rinci mengenai
pengertian i n i diberikan dalam bagian lebih lanjut). Subunit ( i juga merupakan
subunit yang mengikat senyawa penghambat transkripsi, yaitu andbiotik rifampisin
dan streptolldigin.

M e k a n i s m e Transkripsi pada P r o k a r y o t
Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan u r u t a n nukleotida yang ter-
\ Definisi ^ dapat pada m o l e k u l D N A . Dalam proses t r a n s k r i p s i , hanya salah satu untaian
' translfripsi
DNA yang disalin m e n j a d i u r u t a n n u k l e o t i d a R N A ( t r a n s k r i p RNA). Urutan
nukleodda pada transkrip R N A bersifat k o m p l e m e n t e r dengan urutan D N A
cetakan (DNA template), t e t a p i identik dengan urutan nukleodda D N A pada
untaian pengkode (coding DNA strand/nontemplate strand). H a li n idapat d i -
gambarkan dengan skema sederhana b e r i k u t ini:

5'- A T G G T CG T T T A G T T G T C T G T A T T T - 3 ' U n t a i a n D N A pengkode

3'- T A G G A G G A A A T G A A C A G A C A T A A A -5' Untaian D N A cetakan

Transkripsi

5'- A U G G U CC U UU A CUUG UCU GUA U U U - 3 ' R N A hasil transkripsi

Perlu diingat b a h w a pada s t r u k t u r R N A tidak a d a nukleotida T (tiiymine),

k a r e n a s t r u k t u r T d i g a n t i k a n o l e h U (uracil). N u k l e o t i d a T d a n U m e m p u n y a i
cincin yang serupa yaitu cincin pirimidin, tetapi pada basa T a d a gugus medl
(CH3) p a d a a t o m C n o m o r 5 , s e d a n g k a n p a d a b a s a U t i d a k a d a g u g u s metil.
Secara u m u m proses transkripsi pada p r o k a r y o t berjalan serupa dengan
transkripsi pada e u k a r y o t , m e s k i p u n ada beberapa rincian proses yang berbeda
antara kedua sistem tersebut. Pada prokaryot, transkripsi dimulai dengan
penempelan R N A polimerase h o l o e n z i m pada bagian p r o m o t e r suatu gen. Pada
awal penempelan, R N A polimerase masih belum terikat secara kuat dan s t r u k t u r
Proses
\ translcripsi
p r o m o t e r m a s i h d a l a m k e a d a a n t e r t u t u p (closed promoter complex). Selanjutnya,
pada RNA polimerase akan terikat secara kuat dan ikatan hidrogen m o l e k u l D N A
prokaryot
p a d a b a g i a n p r o m o t e r m u l a i t e r b u k a ( m e m b e n t u k s t r u k t u r open promoter com-
plex). P a d a p r o k a r y o t , R N A polimerase menempel secara langsung pada DNA
di daerah promoter t a n p a m e l a l u i s u a t u i k a t a n d e n g a n p r o t e i n l a i n . D a l a m proses
p e n e m p e l a n p r o m o t e r t e r s e b u t , subunit o b e r p e r a n a n dalam m e n e m u k a n bagian
p r o m o t e r suatu gen sehingga R N A polimerase dapat m e n e m p e l . Diduga, proses
pengenalan suatu p r o m o t e r oleh R N Apolimerase diawali dengan penempelan
e n z i m t e r s e b u t secara tidak spesifik pada m o l e k u l D N A . Selanjutnya, R N A poli-
m e r a s e akan m e n c a r i bagian D N A yang m e m p u n y a i s t r u k t u r khas suatu pro-
m o t e r S t r u k t u r khas tersebut berupa suatu k e l o m p o k ikatan hidrogen antara
 Bab 8 Sistem Transl<ripsi pada Prol<aryot 145

kedua untaian D N A pada posisi - 3 5 dan - 1 0 . Kecepatan suatu p o l i m e r a s e dalam

m e n e m u k a n p r o m o t e r diperkirakan mencapai 1 . 0 0 0 pasangan basa p e r detik.
Setelah R N A polimerase m e n e m p e l pada p r o m o t e r , subunit o melepaskan
diri dari s t r u k t u r h o l o e n z i m . Pelepasan subunit o biasanya terjadi setelah t e r b e n t u k
molekul R N A sepanjang 8 - 9nukleotida. R N A polimerase inti yang sudah
m e n e m p e l pada p r o m o t e r akan tetap terikat kuat pada D N Asehingga tidak
lepas. Ikatan i n i sangat p e n t i n g d a l a m p r o s e s t r a n s k r i p s i , sebab jika Ikatannya
t i d a k k u a t m a k a R N Ap o l i m e r a s e akan lepas s e b e l u m t r a n s k r i p s i selesai.

Inisiasi Transkripsi
Tahapan proses i n i s i a s i (initiation) t r a n s k r i p s i d a p a t dilihat pada G a m b a r 8 . 6 .
T a h a p a n inisiasi t r a n s k r i p s i m e l i p u d 4 langkah yaitu: ( 1 ) p e m b e n t u k a n kompleks
promoter tertutup, (2) pembentukan kompleks p r o m o t e r terbuka, ( 3 ) peng-
gabungan beberapa nukleotida awal (sekitar 1 0 nukleodda), dan ( 4 ) perubahan
konformasi R N A polimerase karena subunit a dilepaskan dari kompleks
holoenzim. Subunit o tersebut selanjutnya dapat digunakan lagi d a l a m proses
inisiasi t r a n s k r i p s i s e l a n j u t n y a . Bagian D N A y a n g t e r b u k a s e t e l a h R N A polimerase
m e n e m p e l biasanya terjadi pada daerah sekitar - 9 sampai + 3 sehingga menjadi
s t r u k t u r untai tunggal. Bagian D N Ayang berikatan dengan R N A polimerase
m e m b e n t u k s u a t u s t r u k t u r g e l e m b u n g t r a n s k r i p s i (transcription bubble) s e p a n j a n g
k u r a n g lebih 1 7 pasangan basa. Setelah s t r u k t u r p r o m o t e r t e r b u k a s e c a r a stabil,
maka selanjutnya R N A p o l i m e r a s e m e l a k u k a n p r o s e s inisiasi t r a n s k r i p s i dengan
m e n g g u n a k a n u r u t a n D N A cetakan sebagai panduannya. D a l a m proses transkripsi,
nukleodda R N A digabungkan sehingga m e m b e n t u k transkrip R N A . Nukleotida
pertama yang digabungkan h a m p i r selalu b e r u p a m o l e k u l purin. Kajlan pada 8 8
p r o m o t e r m e n u n j u k k a n b a h w a 5 1 % m o l e k u l R N A diawali dengan basa A , 4 2 %
diawali dengan G , 5 %diawali dengan C , dan 2 %diawali dengan U .Pada awalnya,
basa-basa R N A yang digabungkan m e m b e n t u k ikatan h i d r o g e n dengan basa DNA
cetakan, sehingga jika u r u t a n D N A cetakan adalah A T G , m a k a basa R N A yang
digabungkan adalah UAC.
S u b u n i t a m e m p u n y a i p e r a n a n d a l a m menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi
tidak mempercepat laju pertambaiian untaian RNA. P r o s e s inisiasi transkripsi
m e r u p a k a n p r o s e s y a n g m e n e n t u k a n laju t r a n s k r i p s i . Inisiasi t r a n s k r i p s i dapat
dihambat oleh pemberian antibiotik r i f a m p i s i n , tetapi antlblotik ini tidak
menghambat proses pemanjangan transkrip. Penelitian yang dilakukan oleh Alfred
Heil d a n W a l t e r Zilig pada tahun 1 9 7 0 membukdkan bahwa subunit R N A
polimerase yang menentukan kepekaan atau ketahanan terhadap antibiotik
rifampisin adalah s u b u n i t p.
S e t e l a h p r o s e s inisiasi t r a n s k r i p s i t e r j a d i , s e l a n j u t n y a s u b u n i t o t e r l e p a s dari
e n z i m i n t i d a n d a p a t d i g u n a k a n lagi o l e h e n z i m i n t i R N A p o l i m e r a s e y a n g lain.
Siklus s u b u n i t a t e r s e b u t p e r t a m a kali d i u n g k a p k a n oleh Travers dan Burgess
pada t a h u n 1969. M e r e k a m e n u n j u k k a n b a h w a jika transkripsi berlangsung pada
k e k u a t a n i o n i k yang r e n d a h , m a k a R N A p o l i m e r a s e inti tidak terlepas dari DNA
c e t a k a n p a d a u j u n g s u a t u g e n . H a l ini m e n y e b a b k a n inisiasi t r a n s k r i p s i b e r h e n t i .
146 Biologi IVlolel<ular

Pembentukan
kompleks promoter
terbuka

Penggabungan
nukleotida pertama

1^ ^ J F a k t o r r h o

Pelepasan faktor r h o

G a m b a r 8.6 I T a h a p a n p r o s e s i n i s i a s i t r a n s k r i p s i p a d a prokaryot.

Jika k e dalam sistem t e r s e b u t d i m a s u k k a n R N A p o l i m e r a s e inti yang b a r u , m a k a

transkripsi kemudian berjalan kembali. Keadaan ini m e n u n j u k k a n bahwa R N A
polimerase ind yang baru tersebut kemudian bergabung dengan subunit a yang
sebelumnya telah dilepaskan dari e n z i m R N Apolimerase i n d lainnya.

Proses Pemanjangan Transkrip

Pada bagian g e l e m b u n g transkripsi, basa-basa m o l e k u l R N Am e m b e n t u k hibrid
dengan D N A cetakan sepanjang kurang lebih 1 2 nukleotida. Hibrid RNA-DNA
ini b e r s i f a t s e m e n t a r a s e b a b s e t e l a h R N A p o l i m e r a s e n y a b e r j a l a n , m a k a hibrid
t e r s e b u t akan terlepas d a nbagian D N Ayang t e r b u k a t e r s e b u t akhirnya akan
m e n u t u p lagi. R N A p o l i m e r a s e a k a n berjalan membaca D N A cetakan untuk
melakukan proses pemanjangan (elongation) untaian R N A . Laju pemanjangan
 Bab a Sistem Transkripsi pada Prokaryot I J . ^

m a k s i m u m m o l e k u l t r a n s k r i p R N A berkisar antara 3 0 sampai 6 0nukleotida per

detik, m e s k i p u n laju r a t a - r a t a n y a dapat lebih r e n d a h dari nilai ini. Secara u m u m ,
b e r d a s a r k a n atas nilai laju s e m a c a m ini, s u a t u gen y a n g m e n g k o d e p r o t e i n akan
disalin m e n j a d i R N A d a l a m w a k t u sekitar satu m e n i t . M e s k i p u n d e m i k i a n , laju
pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0,1 nukleotida per
detik) jika R N Apolimerase m e l e w a t i sisi j e d a (pouse site) yang biasanya
mengandung banyak basa G C . Proses pemanjangan transkrip dapat dihambat
oleh antibiotik s t r e p t o l i d i g i n . Kepekaan atau ketahanan terhadap streptolldigin
juga ditentukan oleh subunit (i pada R N A polimerase.
D a l a m pemanjangan transkrip, nukleodda ditambahkan secara kovalen pada
ujung 3'molekul R N A yang baru terbentuk. Nukleotida R N A yang ditambahkan
tersebut bersifat k o m p l e m e n t e r dengan nukleotida pada untaian D N A cetakan.
Sebagai c o n t o h , jika n u k l e o t i d a pada D N A cetakan adalah A , m a k a nukleodda
RNA yang d i t a m b a h k a n adalah U . Secara skematis, s t r u k t u r kompleks DNA
dengan R N A p o l i m e r a s e pada saat terjadi pemanjangan dapat dilihat pada G a m b a r
8.7.

G a m b a r 8.7 I S k e m a s t r u k t u r k o m p l e k s D N A dan R N A p o l i m e r a s e p a d a saat

terjadi pemanjangan transkripsi.

Dalam proses pemanjangan transkrip a d ad u ahipotesis yang diajukan

Hipotesis mengenai perubahan topologi D N A . Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim
mengenai
perubahan RNA polimerase bergerak melingkari untaian D N A sepanjang perjalanannya.
topoiogi DNA Dengan cara demikian m a k a dapat dihindari terjadinya pelindran pada s t r u k t u r
DNA, tetapi untaian R N A hasil t r a n s k r i p s i n y a a k a n m e l i n t i r sepanjang untaian
DNA. Sebaliknya, hipotesis kedua menyatakan b a h w a e n z i m R N A polimerase
bergerak lurus sepanjang untaian D N A sehingga R N A yang terbentuk ddak
mengalami pelindran, tetapi untaian D N A yang ditranskripsi harus mengalami
 148 jPiologi Molekular

puntiran. Untaian D N A yang ada di depan R N A polimerase akan membuka

sedangkan D N A yang berada di belakangnya akan m e m u n t i r kembali untuk
menutup.
D a l a m p r o s e s p e m a n j a n g a n t r a n s k r i p R N A , d e m i k i a n juga p a d a p r o s e s inisiasi
sintesis R N A , terjadi p e m b e n t u k a n ikatan fosfodiester antara n u k l e o t i d a R N A
yang satu dengan nukleodda berikutnya. P e m b e n t u k a n ikatan fosfodiester tersebut
ditentukan oleh keberadaan subunit p pada R N A polimerase.
Transkripsi akan b e r a k h i r pada saat R N A p o l i m e r a s e mencapai ujung gen yang

P e n g a k h i r a n (Terminasi) Transkripsi pada P r o k a r y o t

d i s e b u t t e r m i n a t o r . P a d a b a k t e r i £. coli a d a d u a m a c a m t e r m i n a t o r yaitu:
Terminator ( 1 ) t e r m i n a t o r y a n g tidak t e r g a n t u n g p a d a p r o t e i n r h o [rho-dependent
p a d a E. coli
terminator), d a n ( 2 ) t e r m i n a t o r y a n g t e r g a n t u n g p a d a p r o t e i n r h o {rho-
independent terminator).

Pengakhiran Transkripsi yang Tidak Tergantung pada

F a k t o r Rho
Pengakhiran terminasi yang tidak tergantung pada r h odilakukan tanpa harus
melibatkan suatu protein khusus, melainkan ditentukan oleh adanya suatu urutan
n u k l e o t i d a t e r t e n t u pada bagian t e r m i n a t o r . Sinyal yang akan m e n g a k h i r i transkripsi
d e n g a n m e k a n i s m e s e m a c a m ini d i t e n t u k a n o l e h d a e r a h y a n g m e n g a n d u n g banyak
urutan G C yang dapat m e m b e n t u k struktur batang d a n lengkung {stem-and-
loop) p a d a R N A d e n g a n panjang sekitar 2 0 basa d i sebelah hulu dari ujung
3'-OH dan diikud oleh rangkaian 4 - 8 residu uridin berurutan. S t r u k t u r batang-
lengkung tersebut menyebabkan R N Apolimerase berhenti dan m e r u s a k bagian
I Ciri u t a m a
\ pengal(hiran
5' d a r i h i b r i d R N A - D N A . Bagian sisa h i b r i d R N A - D N A t e r s e b u t b e r u p a u r u t a n
transltripsi oligo ( r U ) yang d d a k c u k u p stabil berpasangan dengan d A . Akibatnya ujung 3'
tanpa falftor
rho hibrid t e r s e b u t akan terlepas sehingga transkripsi berakhir. Eksperimen yang
dilakukan o l e h Peggy F a r n h a m dan T e r r y Piatt m e n u n j u k k a n b a h w a pengakhiran
transkripsi tanpa m e l i b a t k a n f a k t o r r h om e m p u n y a i d u a ciri u t a m a , yaitu: ( 1 )
adanya rangkaian basa berulang-ballk {inverted repeat) y a n g d a p a t membentuk
lengkungan, dan ( 2 )adanya rangkaian basa T pada untaian D N Abukan cetakan
{nontemplate strand) s e h i n g g a t e r b e n t u k p a s a n g a n b a s a y a n g l e m a h a n t a r a r U -
dA yang menahan transkrip R N A pada untaian D N A cetakan. Pada waktu
lengkungan R N A t e r b e n t u k , m a k a R N A p o l i m e r a s e b e r h e n t i d a n ikatan basa
yang lemah menyebabkan R N A yang baru terbentuk akan terlepas. Skema
pengakhiran transkripsi tanpa menggunakan f a k t o r r h o dapat dilihat pada G a m b a r
8.8.

Pengakhiran Transkripsi yang T e r g a n t u n g p a d a Faktor Rho

Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam i n i m e m e r l u k a n p r o t e i n p (rho).
Pengakhiran transkripsi yang m e m e r l u k a n f a k t o r r h o hanya terjadi pada daerah
 Bab 8 Sistem Transl<ripsi pada ProJoryot 149

RNA Polimerase

Struktur sekunder mulai

terbentuk

G a m b a r 8.8 I S k e m a p e n g a k h i r a n t r a n s k r i p s i t a n p a m e n g g u n a k a n f a k t o r r h o .

jeda yang t e r l e t a k pada jarak t e r t e n t u dari p r o m o t e r . Dengan demikian, jika ada

daerah jeda yang t e r l e t a k d i dekat p r o m o t e r , m a k a daerah itu tidak dapat ber-
fungsi sebagai daerah pengakhiran transkripsi.T e r m i n a t o r yang t e r g a n t u n g pada
r h o terdiri atas suatu u r u t a n berulang-balik yang dapat m e m b e n t u k lengkungan
:^,*, 150 Biologi Molekular

(loop), t e t a p i t i d a k a d a r a n g k a i a n b a s a T seperd pada daerah t e r m i n a t o r yang

tidak melibatkan f a k t o r r h o . F a k t o r r h o diduga ikut t e r i k a t pada transkrip dan
mengikud pergerakan R N A polimerase sampai akhirnya R N A polimerase berhend
pada daerah t e r m i n a t o r yaitu sesaat setelah menyintesis lengkungan R N A . Selanjut-
nya, f a k t o r r h o m e n y e b a b k a n destabilisasi ikatan R N A - D N A sehingga transkrip
R N A terlepas dari D N A cetakan. Skema pengakhiran transkripsi yang tergantung
pada f a k t o r r h o dapat dilihat pada G a m b a r 8.9.

R N A polimerase

G a m b a r 8.9 k S k e m a p e n g a k h i r a r \ t r a n s k r i p s i y a n g t e r g a n t u n g p a d a f a k t o r r h o .
 §0tik p a d a Pro

Pokok Bahasan:

I P e n g e n d a l i a n N e g a t i f O p e r o n L a k t o s a {lac)

I P e n g e n d a l i a n P o s i t i f O p e r o n lac

I P e n g e n d a l i a n O p e r o n T r i p t o f a n {trp)

I P e n g e n d a l i a n O p e r o n ara

• P e n g e n d a l i a n O p e r o n gal

\ Per)tingnya
pengendalian
P
akan
I e n g e n d a l i a n e k s p r e s i g e n e t i k m e r u p a k a n a s p e k y a n g sangat p e n t i n g bagi
jasad hidup, t e r m a s u k p r o k a r y o t . T a n p a s i s t e m pengendalian yang efisien, sel
kehilangan banyak energi yang justru m e r u g i k a n jasad hidup. B a k t e r i
elfspresi
genetilf Escherichia coli m e r u p a k a n s a l a h s a t u c o n t o h j a s a d h i d u p p r o k a r y o t y a n g p a l i n g
b a n y a k dipelajari a s p e k fisiologi d a n m o l e k u l a r n y a . B a k t e r i ini m e m p u n y a i lebih
dari 3 . 0 0 0 g e n y a n g b e r b e d a d a n s e k a r a n g g e n o m jasad ini t e l a h selesai d i p e t a k a n
serta diketahui urutan nukleotidanya secara lengkap. T i d a k semua di antara
s e k i a n b a n y a k g e n p a d a g e n o m £. coli d i a k t i f k a n p a d a s a a t y a n g bersamaan
karena keadaan semacam ini justru akan menguras energi selular yang akan
m e m p e r l a m b a t laju p e r t u m b u h a n sel. O l e h k a r e n a i t u , d i d a l a m s i s t e m m o l e k u l a r
jasad i n ia d abanyak sistem pengendalian ekspresi genetik yang m e n e n t u k a n
kapan suatu gen tertentu diaktifkan dan diekspresikan untuk menghasilkan suatu
p r o d u k e k s p r e s i . S e b a g a i c o n t o h , j i k a d i d a l a m m e d i u m p e r t u m b u h a n £ coli
t e r d a p a t g u l a s e d e r h a n a , m i s a l n y a g l u k o s a ( m o n o s a k a r l d a ) , m a k a sel t i d a k p e r l u
menjalankan sistem ekspresi gen-gen yang bertanggung jawab untuk metabolisme
gula yang lebih k o m p l e k s , misalnya laktosa (disakarida). Gen-gen yang bertanggung
jawab dalam metabolisme laktosa baru akan diaktifkan setelah melalui suatu
sirkuit regulasi tertentu.
Secara u m u m d i d a l a m sedap jasad hidup, baik p r o k a r y o t m a u p u n e u k a r y o t ,
\ D u a sistem a d a d u a s i s t e m p e n g a k t i f a n e k s p r e s i g e n , y a i t u e k s p r e s i g e n s e c a r a konstitutif
\ pengalftifan
i el<spresi gen d a n e k s p r e s i g e n s e c a r a induktif. G e n - g e n y a n g d i e k s p r e s i k a n s e c a r a k o n s t i t u t i f
prakds selalu diekspresikan dalam keadaan apa p u n . Sebaliknya, ada juga k e l o m p o k
gen yang hanya diekspresikan jika a d a keadaan yang m e m u n g k i n k a n atau a d a
p r o s e s induksi s e h i n g g a d i k e n a l s e b a g a i e k s p r e s i g e n s e c a r a i n d u k t i f . K e l o m p o k
gen yang diekspresikan secara konstitutif pada u m u m n y a adalah k e l o m p o k g e n
 Bab 8 Sistem Transl<ripsi pada Prokaryot 151

Soal-soal
1. G a m b a r k a n secara skematis bagian-bagian u t a m a s u a t u gen dan b e r i k a n penjelasan p e r a n a n n y a masing-
masing.
2 Jelaskan beberapa k a r a k t e r i s t i k k i m i a w i proses transkripsi pada p r o k a r y o t dan e u k a r y o t .
3. Jelaskan persamaan dan perbedaan konseptual antara transkripsi dengan replikasi DNA.
4. Jelaskan perbedaan antara p r o m o t e r , o p e r a t o r , dan o p e r o n .
5. Jelaskan m e k a n i s m e t e r m i n a s i transkripsi pada p r o k a r y o t .
 Bab 9 Pengendalian Ekspresi Genetik pada Prokaryot 153

y a n g b e r t a n g g u n g j a w a b t e r h a d a p m e t a b o l i s m e dasar, misalnya m e t a b o l i s m e e n e r g i
atau sintesis k o m p o n e n - k o m p o n e n selular. D i lain pihak, jika ada s i s t e m m e t a -
b o l i s m e yang masih dapat d i p e n u h i dengan s i s t e m alternatif yang ada, m a k a sel
d d a k akan m e n g a k t i f k a n gen-gen yang m e m a n g tidak diperlukan pada saat itu.
Sebagai c o n t o h , sel b a k t e r i c e n d e r u n g u n t u k m e n g g u n a k a n s u m b e r k a r b o n d e n g a n
s t r u k t u r m o l e k u l paling s e d e r h a n a yang tersedia d i dalam sel, misalnya glukosa.
O l e h karena itu, jika sel bakteri d i t u m b u h k a n dalam m e d i u m yang mengandung
dua macam sumber karbon yang berbeda kompleksitas strukturalnya, misalnya
glukosa (monosakarlda) d a nlaktosa (disakarida), maka sel bakteri akan meng-
gunakan glukosa terlebih dahulu karena s t r u k t u r m o l e k u l n y a lebih sederhana
dibandingkan dengan laktosa. Pada saat glukosa masih tersedia di dalam sel,
sirkuit regulasi yang bertanggung jawab dalam m e t a b o l i s m e laktosa berada dalam
keadaan tidak akdf. Gen-gen yang bertanggung jawab dalam m e t a b o l l s m e laktosa
b a r u diaktifkan (diinduksi) jika glukosa b e n a r - b e n a r sudah habis. Sirkuit regulasi
s e m a c a m inilah yang dikenal sebagai sistem pengendalian ekspresi g e n e t i k yang
m e r u p a k a n b a g i a n d a r i s i s t e m efisiensi selular.
Di dalam selprokaryot, ada beberapa g e n struktural yang diekspresikan
secara bersama-sama dengan menggunakan satu p r o m o t e r yang sama. K e l o m p o k
g e n s e m a c a m i n i d i s e b u t s e b a g a i operon. G e n - g e n s e m a c a m i n i p a d a u m u m n y a
adalah gen-gen yang terlibat d i dalam suatu rangkaian reaksi m e t a b o l i s m e yang
sama, misalnya m e t a b o l i s m e laktosa, arabinosa, d a n lain-laln. P e n g e l o m p o k a n
gen-gen s e m a c a m ini d a l a m s u a t u o p e r o n m e m b u a t sel m e n j a d i lebih efisien d i
dalam melakukan proses ekspresi genedk. Sebaliknya, di dalam sistem jasad
eukaryot, sistem organisasi o p e r o n s e m a c a m ini tidak ada karena setiap g e n
(struktural) diatur oleh satu p r o m o t e r tersendiri.
S e c a r a u m u m d i k e n a l d u a s i s t e m p e n g e n d a l i a n e k s p r e s i g e n e t i k y a i t u pe-
ngendalian positif d a n pengendalian negatif P e n g e n d a l i a n ( r e g u l a s i ) p a d a s u a t u
g e n a t a u o p e r o n m e l i b a t k a n a k d v i t a s s u a t u gen regulator. P e n g e n d a l i a n positif
p a d a s u a t u o p e r o n a r t i n y a o p e r o n t e r s e b u t d a p a t diaktifkan o l e h p r o d u k e k s p r e s i
g e n r e g u l a t o r . S e b a l i k n y a , p e n g e n d a l i a n n e g a d f b e r a r t i o p e r o n t e r s e b u t dinon-
aktifkan o l e h p r o d u k e k s p r e s i g e n r e g u l a t o r . P r o d u k g e n r e g u l a t o r a d a d u a
m a c a m y a i t u aktivator, y a n g b e r p e r a n a n d a l a m p e n g e n d a l i a n s e c a r a p o s i t i f , d a n
represor y a n g b e r p e r a n a n d a l a m p e n g e n d a l i a n s e c a r a negatif. P r o d u k g e n r e g u -
l a t o r ( a k d v a t o r a t a u r e p r e s o r ) b e k e r j a d e n g a n c a r a m e n e m p e l p a d a sisi p e n g i k a t a n
protein regulator pada daerah p r o m o t e r gen yang diaturnya. Pengikatan akdvator
a t a u r e p r e s o r p a d a p r o m o t e r d i t e n t u k a n o l e h k e b e r a d a a n s u a t u m o l e k u l efektor
yang biasanya b e r u p a m o l e k u l kecil, misalnya asam a m i n o , gula, atau m e t a b o l i t
serupa lainnya. M o l e k u l e f e k t o r yang mengaktifkan ekspresi suatu gen disebut
i n d u s e r (inducer), s e d a n g k a n y a n g b e r s i f a t m e n e k a n e k s p r e s i s u a t u g e n disebut
represor
L e b i h j a u h , p e n g e n d a l i a n p o s i t i f m a u p u n n e g a t i f d a p a t d i b e d a k a n lagi m e n j a d i
d u a s i s t e m , y a i t u s i s t e m y a n g d a p a t d i i n d u k s i (inducible s y s t e m ) d a n s i s t e m y a n g
d a p a t d i t e k a n (repressible system). S e c a r a s k e m a t i s , s i s t e m y a n g d a p a t d i i n d u k s i
dan sistem yang dapat ditekan digambarkan dalam G a m b a r 9 . 1 .
154 Biologi Molekular

(a)

Gen regulator Promoter Gen struktural

I I I 1
I I I 1 11

Transkripsi dihambat oleh reseptor

Represor
RNA polimerase

Transkripsi berjalan

Induser melekat pada represor d a n

m e n g u b a h strukturnya sehingga tidak
m a m p u menghambat transkripsi

Transkripsi berjalan

Represor yang tidak berikatan dengan ko-represor

o
Transkripsi dihambat oleh
represor d a n ko-represor

Represor berikatan dengan ko-represor Ko-represor

G a m b a r 9.1 > S i s t e m i n d u k s i d a n r e p r e s i p a d a p r o k a r y o t . (a) R e g u l a s i negatif

pada sistem ekspresi gen prokaryot.
 Bab 9 Pengendalian Ekspresi Genetik pada Prokaryot 155

(b)

G e n regulator Promoter Gen struktural

i Tidak ada transkripsi

^^Jj^ R N A polimerase

Aktivator yang tidak aktif

MO
Transkripsi berjalan

Aktivator berikatan dengan

induser sehingga menjadi aktif

go Transkripsi berjalan

H h- I \ h
T i d a k terjadi transkripsi

o
Aktivator berikatan dengan
ko-represor sehingga
menjadi tidak aktif

G a m b a r 9 . 1 I (lanjutan) (b) R e g u l a s i p o s i t i f p a d a s i s t e m e k s p r e s i g e n prokaryot.

156 Biologi Molekular

Contoh Soal

Jelaskan perbedaan ekspresi g e n secara induktif dan konstitutif.

jawaban:
Ekspresi g e n secara induktif artinya g e n t e r s e b u t hanya akan diekspresikan jika ada sesuatu yang
m e n g i n d u k s i n y a atau ada s u a t u keadaan yang m e m u n g k i n k a n u n t u k ekspresi, sedangkan ekspresi g e n
secara konstitutif artinya ekspresi gen yang terjadi secara t e r u s - m e n e r u s tidak t e r g a n t u n g pada f a k t o r
lain.

P e n g e n d a l i a n N e g a t i f O p e r o n Laktosa {lac)
S i s t e m o p e r o n lac a d a l a h s i s t e m p e n g e n d a l i a n e k s p r e s i g e n - g e n y a n g b e r t a n g g u n g
j a w a b d i d a l a m m e t a b o l i s m e laktosa. S i s t e m t e r s e b u t p e r t a m a kali d i t e m u k a n
p a d a b a k t e r i Escherichia coli o l e h F r a n c o i s J a c o b d a n J a c q u e s M o n o d d i b a n t u
oleh A r t h u r Pardee pada akhir t a h u n 1950-an. Laktosa adalah disakarida yang
t e r s u s u n atas glukosa d a n g a l a k t o s a . J i k a b a k t e r i £. coli d i t u m b u h k a n d a l a m
m e d i u m yang mengandung s u m b e r k a r b o n glukosa dan laktosa secara bersama-
s a m a , m a k a £. coli a k a n m e n u n j u k k a n p o l a p e r t u m b u h a n y a n g s p e s l f i k . S e t e l a h
m e l a l u i f a s e a d a p t a s i , £. coli m e m a s u k i f a s e e k s p o n e n s i a l y a n g d i t a n d a i d e n g a n
laju p e r t u m b u h a n y a n g m e n i n g k a t secara e k s p o n e n s i a l , k e m u d i a n a k a n m e n c a p a i
fase stasioner. Setelah m e n c a p a i fase s t a s i o n e r b e b e r a p a saat, k e m u d i a n b a k t e r i
a k a n t u m b u h lagi m e m a s u k i f a s e e k s p o n e n s i a l k e d u a s a m p a i a k h i r n y a m e n c a p a i
fase stasioner a k h i r (lihat G a m b a r 2.6). D a l a m fase p e r t u m b u h a n s e m a c a m i n i
a d a d u a f a s e e k s p o n e n s i a l . P a d a f a s e e k s p o n e n s i a l p e r t a m a , £. coli m e n g g u n a k a n
g l u k o s a s e b a g a i s u m b e r k a r b o n s a m p a i a k h i r n y a g l u k o s a h a b i s d a n £. coli m e n c a p a i
f a s e s t a s i o n e r y a n g p e r t a m a . S e l a n j u t n y a p a d a f a s e e k s p o n e n s i a l k e d u a , £. coli
menggunakan laktosa setelah glukosa b e n a r - b e n a r habis. Pada fase stasioner
yang p e r t a m a sebenarnya yang terjadi adalah proses 'adaptasi' k e d u a karena
pada saat inilah sebenarnya mulai terjadi proses induksi sistem o p e r o n laktosa
yang akan digunakan u n t u k melakukan metabolisme laktosa. Pola p e r t u m b u h a n
s e m a c a m i n i d i s e b u t p o l a p e n : u m b u h a n diauksik (diauxic) y a n g b e r a s a l d a r i b a h a s a
L a d n auxillium y a n g a r t i n y a b a n t u a n k a r e n a k e d u a m a c a m g u l a t e r s e b u t m e m b a n t u
bakteri u n t u k tumbuh.

Pada fase stasioner p e r t a m a , o p e r o n laktosa yang terdiri atas beberapa gen

mulai diaktifkan. O p e r o n laktosa (lihat G a m b a r 8.2) terdiri atas 3 g e n s t r u k t u r a l
u t a m a y a i t u g e n lacZ ( m e n g k o d e e n z i m p - g a l a k t o s i d a s e ) , g e n lacY (mengkode
p e r m e a s e g a l a k t o s i d a ) , d a n g e n lacA (transasetilase thiogalaktosida). Kedga g e n
struktural yang berbeda tersebut dikendalikan ekspresinya oleh satu p r o m o t e r
y a n g s a m a d a n m e n g h a s i l k a n s a t u m R N A y a n g b e r s i f a t polisistronik (polycistronic)
k a r e n a d a l a m s a t u t r a n s k r i p t e r d a p a t l e b i h d a r i s a t u cistron ( s i n o n i m d a r i k a t a
gen). M a s i n g - m a s i n g cistron t e r s e b u t d i t r a n s l a s l m e n j a d i t i g a p o l i p e p t i d a yang
 Bab 9 Pengendalian Ekspresi Genetik pada Prokaryot 157

berbeda tetapi s e m u a n y a terlibat d i dalam m e t a b o l i s m e laktosa. Selain ketiga g e n

struktural tersebut, juga terdapat gen regulator l a d yang m e n g k o d e suatu p r o -
tein r e p r e s o r ( t e r s u s u n atas 3 6 0 asam a m i n o ) d a n m e r u p a k a n bagian sistem
pengendalian o p e r o n laktosa. O p e r o n laktosa dapat dikendalikan secara negatif
m a u p u n secara positif.
Enzim P-galaktosidase ( t e t r a m e r i k d e n g a n e m p a t s u b u n i t i d e n d k b e r u k u r a n
116,4 k D a ) adalah enzim utama yang digunakan untuk memotong ikatan
P-galaktosidik ( i k a t a n P - 1 , 4 ) y a n g a d a p a d a m o l e k u l l a k t o s a ( d i s e b u t j u g a
p-galaktosida) s e h i n g g a d i h a s i l k a n d u a m o n o s a k a r l d a , y a i t u g l u k o s a d a n g a l a k t o s a .
Enzim permease galaktosida ( b e r u k u r a n 4 6 , 5 k D a ) a d a l a h e n z i m y a n g b e r p e r a n a n
di d a l a m p e n g a n g k u t a n l a k t o s a dari l u a r k e d a l a m sel. E n z i m y a n g ketiga, y a i t u
transasetilase thiogalaktosida ( 3 0 k D a ) , s a m p a i s e k a r a n g b e l u m d i k e t a h u i s e c a r a
jelas p e r a n a n n y a d i d a l a m m e t a b o l i s m e laktosa.
Pengendalian o p e r o n laktosa secara negadf dilakukan oleh protein represor
y a n g d i k o d e o l e h g e n lad. R e p r e s o r lad a d a l a h s u a t u p r o t e i n t e t r a m e r i k yang
Represi t e r s u s u n atas e m p a t polipeptida yang idendk. R e p r e s o r ini m e n e m p e l pada daerah
oleh l a d operator ( / o c O ) y a n g t e r l e t a k d i s e b e l a h h i l i r d a r i p r o m o t e r ( G a m b a r 9 . 2 ) .
O p e r a t o r lac b e r u k u r a n s e k i t a r 2 8 p a s a n g a n b a s a . P e n e m p e l a n r e p r e s o r s e m a c a m
ini m e n y e b a b k a n R N Apolimerase ddak dapat melakukan transkripsi gen-gen
s t r u k t u r a l lacZ, lacY, d a n lacA s e h i n g g a o p e r o n l a k t o s a d i k a t a k a n mengalami
represi. P r o s e s p e n e k a n a n a t a u r e p r e s i s e m a c a m i n i a k a n t e r j a d i t e r u s - m e n e r u s
selama d d a k a d a laktosa d i dalam sel. Inilah yang disebut sebagai mekanisme
efisiensi selular k a r e n a sel tidak perlu m e n g a k t i f k a n o p e r o n laktosa jika m e m a n g
tidak a d a laktosa sehingga energi selular dapat dihemat. Sel akan cenderung
u n t u k menggunakan s u m b e r k a r b o n yang lebih sederhana terlebih dahulu, misalnya
g l u k o s a , u n t u k m e m e n u h i k e b u t u h a n s e l u l a r n y a . S e t e l a h t i d a k a d a lagi g l u k o s a d i
d a l a m sel, m a k a sel a k a n m e n c a r i a l t e r n a d f s u m b e r k a r b o n yang tersedia. Jika sel
£. coli d i t u m b u h k a n d a l a m m e d i u m y a n g m e n g a n d u n g g l u k o s a dan l a k t o s a , m a k a
setelah g l u k o s a b e n a r - b e n a r habis sel akan m e l a k u k a n m e t a b o l i s m e laktosa yang
ada dengan cara mengaktifkan terlebih dahulu sistem o p e r o n laktosa. Proses
pengaktifan o p e r o n laktosa s e m a c a m ini disebut sebagai proses induksi.
Induksi o p e r o n laktosa dapat terjadi jika ada laktosa d i dalam sel. Laktosa
Induksi operon yang a d a d i dalam m e d i u m p e r t u m b u h a n sel diangkut k e dalam sel dengan
laktosa menggunakan enzim permease galaktosida. O p e r o n laktosa sebenarnya tidak
s e p e n u h n y a k e t a t karena d i dalam selselalu a d a p r o d u k ekspresi o p e r o n i n i
m e s k i p u n p a d a a r a s p a l i n g d a s a r {basal level). O l e h k a r e n a i t u , m e s k i p u n b e l u m
ada induksi sepenuhnya, d i dalam sel sudah a d aproduk enzim permease
galaktosida. Enzim inilah yang akan m e n g a n g k u t laktosa k e dalam sel. D e m i k i a n
pula halnya dengan e n z i m P-galaktosidase d i dalam s e lyang selalu a d a dalam
jumlah terbatas, meskipun belum a d ainduksi sepenuhnya, sehingga dapat
mengubah laktosa menjadi allolaktosa. L a k t o s a a d a l a h d i s a k a r i d a g l u k o s a - g a l a k t o s a
y a n g t e r i k a t m e l a l u i i k a t a n P-1,4, s e d a n g k a n a l l o l a k t o s a m e m p u n y a i i k a t a n P-1,6.
A l l o l a k t o s a inilah yang sesungguhnya m e n j a d i induser u n t u k m e n g a k t i f k a n o p e r o n
laktosa.
158 Biologi Molekular

(a) Tanpa laktosa: represi ekspresi gen

> ^ Operator ^^^^

lad lacY lacA

Promoter

m R N A

M o n o m e r represor
88
Tetramer represor

(b) Ada laktosa: derepresi ekspresi gen

Operator
lad lacZ lacY lacA

Induser m R N A polisistronik

Promoter

P-galaktosidase Transasetilase

Permease

G a m b a r 9 . 2 ft P o l a r e g u l a s i e k s p r e s i o p e r o n lac p a d a Escherichia coli.

Selama tidak a d a proses Induksi, m o l e k u l represor yang dikode oleh lad

a k a n s e l a l u m e n e m p e l p a d a o p e r a t o r lac. M e s k i p u n d e m i k i a n , R N A p o l i m e r a s e
t e t a p d a p a t m e n e m p e l p a d a p r o m o t e r lac, h a n y a s a j a d d a k d a p a t melakukan
transkripsi karena t e r h a m b a t o l e h m o l e k u l r e p r e s o r yang m e n e m p e l pada daerah
o p e r a t o r . R e p r e s o r y a n g d i k o d e o l e h lad m e r u p a k a n m o l e k u l p r o t e i n a l l o s t e r i k
y a n g m e m p u n y a i sisi p e n g i k a t a n y a n g b e r b e d a u n t u k D N A d a n m o l e k u l i n d u s e r .
P r o t e i n a l l o s t e r i k (alios [ L a t i n ] a r t i n y a lain, s e d a n g k a n sterik b e r a s a l d a r i k a t a
stereo y a n g b e r a r t i bentuk) a d a l a h p r o t e i n y a n g m e m p u n y a i d u a s i s i p e n g i k a t a n
dengan m o l e k u l lain. Jika p r o t e i n t e r s e b u t b e r i k a t a n dengan suatu molekul,
maka hal ini akan mengubah b e n t u k p r o t e i n pada sisi y a n g lain sehingga
mengubah interaksinya dengan molekul kedua. M o l e k u l induser dapat terikat
pada r e p r e s o r yang berada dalam keadaan bebas di dalam sel maupun pada
saat r e p r e s o r t e r i k a t pada D N A . Dengan adanya induser (laktosa yang diubah
menjadi allolaktosa) maka molekul induser akan m e n e m p e l pada represor.
 Bab 9 PengendalianEkspresi Genetik pada Prokaryot 159 .

Penempelan tersebut akhirnya mengubah secara allosterik konformasi molekul

r e p r e s o r sehingga r e p r e s o r t i d a k d a p a t m e n e m p e l lagi p a d a o p e r a t o r . O l e h
karena i t u , daerah o p e r a t o r berada dalam keadaan bebas sehingga dapat dilewad
o l e h R N A p o l i m e r a s e u n t u k m e l a k u k a n t r a n s k r i p s i g e n / o c Z , lacY, d a n lacA.
Setelah ditranskripsi, transkrip yang m e m b a w a k o d o n - k o d o n u n t u k ketiga m a c a m
e n z i m t e r s e b u t selanjutnya ditranslasl menghasilkan e n z i m p-galaktosidase, per-
mease galaktosida, d a n transasetilase thiogalaktosida. Enzim p-galaktosidase
dan permease galaktosida Itulah yang akhirnya digunakan u n t u k metabolisme
laktosa.

P e n g e n d a l i a n Positif O p e r o n tac
S e l a i n d i k e n d a l i k a n s e c a r a n e g a t i f , o p e r o n lac j u g a d i k e n d a l i k a n s e c a r a p o s i t i f .
Dalam sistem semacam i n i o p e r o n lac d i a k d f k a n k e m b a l i s e t e l a h sebelumnya
d i t e k a n s a m p a i a r a s p a l i n g d a s a r (basal level). P e n g e n d a l i a n p o s i d f i n i m e m b e r i k a n
k e u n t u n g a n bagi sel k a r e n a o p e r o n l a k t o s a t e t a p d a l a m k e a d a a n n o n - a k d f s e l a m a
m a s i h t e r s e d i a g l u k o s a d a l a m j u m l a h b a n y a k . D a l a m k a s u s o p e r o n lac, p e n g h i l a n g a n
r e p r e s o r dari o p e r a t o r d d a k c u k u p u n t u k m e n g a k d f k a n o p e r o n t e r s e b u t sehingga
diperlukan suatu sistem yang bekerja secara posidf (mempercepat) proses peng-
a k t i f a n o p e r o n . P a d a s a a t E coli d i t u m b u h k a n d a l a m m e d i u m y a n g mengandung
dua m a c a m sumber karbon yang berbeda, yaitu glukosa dan laktosa, maka sel
t i d a k p e r l u m e n g a k d f k a n o p e r o n l a k t o s a jika d i d a l a m sel m a s i h t e r s e d i a g l u k o s a .
H a l i n i d i t u n j u k k a n d a l a m s u a t u e k s p e r i m e n m e n g g u n a k a n £ coll y a n g d i t u m b u h k a n
dalam m e d i u m yang mengandung suksinat dan I P T G (isopropil thiogalaktosida).
I P T G m e m p u n y a i s t r u k t u r yang m i r i p dengan laktosa sehingga dapat berfungsi
sebagai i n d u s e r o p e r o n laktosa. Pada saat a w a l k e d k a I P T G t e r s e d i a , P-galakto-
sidase dapat diekspresikan. A k a n t e t a p i k e t i k a d i t a m b a h k a n glukosa m a k a sintesis
e n z i m inimengalami p e n u r u n a n yang tajam. Pada awalnya diduga b a h w a suatu
katabolit glukosa (produk pemecahan glukosa) menjadi penyebab f e n o m e n a ini
sehingga k e m u d i a n dikenal sebagai f e n o m e n a r e p r e s i k a t a b o l i t a t a u e f e k g l u k o s a .
A k a n t e t a p i , k e d k a m o l e k u l n u k l e o t i d a c A M P (cyc//c A M P ) d i t a m b a h k a n b e r s a m a -
sama dengan glukosa, proses represi sintesis p-galaktosidase d d a k terjadi. Represi
katabolit semacam ini juga t e r j a d i pada o p e r o n y a n g lain.
R e p r e s i k a t a b o l i t p a d a o p e r o n lac d i l a k u k a n m e l a l u i p r o t e i n r e g u l a t o r y a n g
Represi d i k e n a l s e b a g a i C A P (catabollte activator protein) d a n s u a t u m o l e k u l e f e k t o r y a i t u
latabolit pada
operon lac c A M P . T e l a h d i k e t a h u i b a h w a p a d a £ coli k o n s e n t r a s i c A M R y a n g d i s i n t e s i s o l e h
e n z i m adenil siklase, b e r k e b a l i k a n dengan k o n s e n t r a s i glukosa d a l a m sel. H a l i t u
berarti b a h w a jika konsentrasi glukosa rendah, m a k a konsentrasi c A M P meningkat.
Pada saat k o n s e n t r a s i c A M P meningkat, yaitu pada saat konsentrasi glukosa
r e n d a h , c A M P a k a n b e r i k a t a n d e n g a n C A P d a n m e n g a k t i f k a n o p e r o n lac.
P r o m o t e r lac m e m p u n y a i d u a s i s i p e n g i k a t a n y a n g b e r b e d a , y a i t u s i s i p e n g -
i k a t a n u n t u k R N A p o l i m e r a s e d a n sisi p e n g i k a t a n u n t u k k o m p l e k s CAP-cAMR
Kompleks CAP-cAMP t e r i k a t p a d a p r o m o t e r lac p a d a d a e r a h d i a n t a r a s e k u e n s
4 160 Biologi Molekular

-72 d a n - 5 2 d i h i t u n g d a r i n u k l e o t i d a p e r t a m a o p e r o n lac. S e k u e n s k o n s e n s u s sisi

pengikatan C A P - c A M P a d a l a h T G T G A . Sisi p e n g i k a t a n kompleks CAP-cAMP
s e m a c a m ini bervariasi dari satu o p e r o n dengan o p e r o n yang lain, misalnya pada
o p e r o n gal s i s i p e n g i k a t a n t e r s e b u t t e r l e t a k p a d a s e k u e n s - 5 0 d a n - 2 3 , s e d a n g k a n
p a d a o p e r o n ara t e r l e t a k p a d a d a e r a h - 1 0 7 d a n - 7 8 . M e s k i p u n m e k a n i s m e r i n c i
p e n g a k d f a n o p e r o n lac b e l u m d i k e t a h u i s e c a r a j e l a s , d i d u g a p r o t e i n C A P m a m p u
melakukan perubahan pada s t r u k t u r D N A atau berlnteraksl secara langsung
dengan R N A polimerase. Bukd-bukd menunjukkan bahwa pengikatan kompleks
C A P - c A M P pada p r o m o t e r m e m b a n t u R N A polimerase u n t u k terikat pada p r o -
m o t e r Salah satu hipotesis m e n g a t a k a n b a h w a k o m p l e k s C A P - c A M P dan R N A
p o l i m e r a s e s a l i n g b e r s e n t u h a n k a r e n a k e d u a n y a m e l e k a t p a d a sisi y a n g b e r d e k a t a n
di p r o m o t e r K e d e k a t a n ikatan C A P - c A M P dengan R N A polimerase tersebut
m e n y e b a b k a n ikatan R N A polimerase dengan p r o m o t e r menjadi lebih kuat. Pada
k a s u s o p e r o n lac, s i s i p e n g i k a t a n C A P - c A M P d e n g a n R N A p o l i m e r a s e memang
s e c a r a f i s l k b e r d e k a t a n , t e t a p i p a d a o p e r o n ara s i s i p e n g i k a t a n a k t i v a t o r t e r s e b u t
berada cukup jauh dari p r o m o t e r . Hipotesis mengatakan b a h w a C A P - c A M P m a m p u
menyebabkan perubahan pada s t r u k t u r D N A yaitu dengan m e m b e n g k o k k a n DNA
{DNA b e n d / n g ) . P e m b e n g k o k a n D N A t e r s e b u t d a p a t m e n d e k a t k a n h u b u n g a n a n t a r a
kompleks C A P - c A M P dengan R N A polimerase.
Jadi s e c a r a u m u m d a p a t dijelaskan b a h w a p e n g i k a t a n C A P - c A M P p a d a p r o -
m o t e r menyebabkan R N A polimerase dapat terikat pada p r o m o t e r m e m b e n t u k
kompleks p r o m o t e r t e r t u t u p (closed promoter complex) yang selanjutnya akan
m e n j a d i k o m p l e k s p r o m o t e r t e r b u k a yang siap m e l a k u k a n t r a n s k r i p s i . P e n g i k a t a n
RNA p o l i m e r a s e pada p r o m o t e r t e r s e b u t difasilitasi o l e h C A P - c A M P melalui
interaksi protein-protein, pembengkokan DNA, atau keduanya.

P e n g e n d a l i a n O p e r o n T r i p t o f a n {trp)
Operon trp b e r p e r a n a n di dalam sintesis asam a m i n o t r i p t o f a n p a d a £ coll.
O p e r o n trp dikendalikan melalui d u am a c a m mekanisme yaitu: ( 1 ) penekanan
\ Mekanisme \
\ pengendalian ( r e p r e s i ) o l e h p r o d u k a k h i r e k s p r e s i , d a n ( 2 ) p e l e m a h a n (attenuatior)). Operon
operon trp i n i dikendalikan s e c a r a negatif o l e h s u a t u r e p r e s o r s e p e r t i p a d a o p e r o n lac.
Meskipun demikian, ada perbedaan fundamental antara kedua operon tersebut.
O p e r o n lac a d a l a h o p e r o n y a n g m e n g k o d e e n z i m - e n z i m katabolik, y a i t u e n z i m
yang digunakan u n t u k m e r o m b a k suatu senyawa, sedangkan o p e r o n trp a d a l a h
o p e r o n yang mengkode e n z i m - e n z i m anabolik y a n g d i g u n a k a n untuk sintesis
suatu senyawa. O p e r o n u n t u k e n z i m katabolik cenderung akan diaktifkan jika
ada senyawa yang akan d i r o m b a k , misalnya laktosa. Sebaliknya, o p e r o n untuk
e n z i m anabolik pada u m u m n y a akan dinon-akdfkan jika tersedia senyawa yang
akan disintesis, misalnya asam a m i n o triptofan. O l e h k a r e n a i t u , jika d i dalam sel
sudah tersedia cukup triptofan maka o p e r o n trp a k a n dinon-akdfkan. Selain
d e n g a n m e k a n i s m e p e n g e n d a l i a n n e g a d f s e m a c a m i n i , o p e r o n trp j u g a m e m p u n y a i
m e k a n i s m e pengendalian lain, y a i t u m e k a n i s m e p e l e m a h a n yang t i d a k a d a pada
o p e r o n lac.
 Bab 9 Pengendalian Ekspresi Genetik pads Prokaryot 161

Pengendalian n e g a d f o p e r o n trp d i l a k u k a n d e n g a n cara m e n e k a n ekspresi

gen-gen d a l a m o p e r o n I n i pada saat t e r s e d i a t r i p t o f a n d a l a m j u m l a h banyak.
O p e r o n trp t e r d i r i a t a s 5 g e n s t r u k t u r a l , y a i t u trpE, D, C , 6 , d a n A. P r o m o t e r d a n
o p e r a t o r o p e r o n ini t e r l e t a k pada daerah yang sama. H a l i n iberbeda dengan
o p e r a t o r lac y a n g t e r l e t a k t e p a t p a d a s i s i s e b e l a h h i l i r p r o m o t e r lac. P a d a d a e r a h
hilir setelah p r o m o t e r , tetapi s e b e l u m daerah g e n struktural, terdapat suatu
u r u t a n n u k l e o d d a (trpL) y a n g m e n g k o d e s u a t u p o l i p e p d d a a w a l b e r u k u r a n p e n d e k
(leader peptide) y a n g t e r d i r i a t a s 1 4 a s a m a m i n o d a n d d a k f u n g s i o n a l sebagai
p r o t e i n . S e k u e n s g e n p e p d d a a w a l t e r s e b u t m e m p u n y a i k o d o n inisiasi translasi
AUG diikud o l e h 13 k o d o n asam a m i n o d a nk o d o n t e r m i n a s i translasi UGA.
G e n s t r u k t u r a l trpE m e m p u n y a i k o d o n i n i s i a s i t r a n s l a s i ( A U G ) tersendiri yang
berbeda dari k o d o n inisiasi p a d a s e k u e n s pepdda awal. Setelah sekuens trpL
terdapat suatu sekuens yang m e m p u n y a i fungsi khusus dalam pengendalian dengan
m e k a n i s m e p e l e m a h a n (attenuation) y a n g d i s e b u t s e b a g a i d a e r a h attenuator.
S e l a i n i t u , j u g a a d a g e n r e g u l a t o r o p e r o n trp y a i t u t r p R y a n g m e n g k o d e sintesis
aporepresor y a n g d d a k a k d f j i k a d d a k a d a t r i p t o f a n .
Pada saat t r i p t o f a n tidak tersedia, atau hanya tersedia dalam j u m l a h sangat
t e r b a t a s , g e n trpR h a n y a m e n g h a s i l k a n a p o r e p r e s o r y a n g d d a k m a m p u m e n e m p e l
pada daerah o p e r a t o r sehingga R N A polimerase dapat dengan m u d a h melakukan
transkripsi gen-gen s t r u k t u r a l trpE, D , C, 6 , d a n A s e t e l a h m e l e w a d daerah
attenuator. Sebaliknya, pada saat tersedia triptofan dalam jumlah banyak,
a p o r e p r e s o r y a n g d i k o d e o l e h trpR a k a n b e r i k a t a n d e n g a n molekul triptofan
( d i s e b u t s e b a g a i ko-represor) s e h i n g g a t e r j a d i p e r u b a h a n s t r u k t u r a l p a d a p r o t e i n
a p o r e p r e s o r m e n j a d i p r o t e i n represor y a n g f u n g s i o n a l . P e r u b a h a n s t r u k t u r a l
tersebut mengaklbatkan represor dapat m e n e m p e l pada daerah p r o m o t e r o p e r o n
trp s e h i n g g a R N A p o l i m e r a s e tidak d a p a t m e l a k u k a n t r a n s k r i p s i g e n - g e n struktural.
Selain dengan mekanisme pengendalian negatif semacam itu, operon trp
juga dikendalikan melalui m e k a n i s m e pelemahan. Perlu dipahami b a h w a sistem
r e p r e s i o p e r o n trp s e b e n a r n y a tidak cukup kuat, jauh lebih lemah dibandingkan
dengan r e p r e s i o p e r o n lac, s e h i n g g a t r a n s k r i p s i g e n - g e n s t r u k t u r a l trp m a s i h
dapat terjadi meskipun adaprotein represor. Oleh karena Itu, diperlukan
m e k a n i s m e pengendalian yang lain u n t u k m e n i n g k a t k a n efisiensi selular karena
sintesis asam a m i n o triptofan m e m e r l u k a n banyak energi.
Jika t r i p t o f a n t e r s e d i a d a l a m j u m l a h banyak, pada a w a l n y a R N A polimerase
a k a n m e l a k u k a n t r a n s k r i p s i s e k u e n s trpL y a n g k e m u d i a n l a n g s u n g d l i k u t i dengan
translasi transkrip t r p L Perlu diingat b a h w a dalam sistem p r o k a r y o t , transkripsi
akan langsung diikuti dengan translasi, berbeda dengan e u k a r y o t yang m e m i l i k i
s i s t e m t e r p i s a h . M e s k i p u n trpL d a p a t ditranskripsi namun proses transkripsi
tersebut akan segera diakhiri karena daerah attenuator mempunyai sekuens
t e r m i n a t o r transkripsi sehingga akhirnya R N A polimerase terlepas dari D N A
s e b e l u m m e n c a p a i g e n - g e n s t r u k t u r a l trpEDCBA. S e k u e n s t e r m i n a t o r p a d a d a e r a h
attenuator b e r u p a s u a t u s e k u e n s b e r u l a n g - t e r b a l i k (inverted repeat) y a n g diikuti
o l e h delapan pasangan A - T . D e n g a n adanya sekuens berulang-terbalik semacam
ini m a k a t r a n s k r i p m R N A pada daerah ini akan c e n d e r u n g m e n g a l a m i pasangan
b a s a i n t r a m o l e k u l a r m e m b e n t u k s t r u k t u r s e k u n d e r j e p i t r a m b u t {hair pin).
P e m b e n t u k a n s t r u k t u r jepit r a m b u t yang diikuti dengan rangkaian basa U t e r s e b u t
menyebabkan ikatan antara transkrip dengan D N A m e n j a d i tidak stabil sehingga
akhirnya transkrip terlepas dan transkripsi ddak dapat dilanjutkan.
Ada empat sekuens pada daerah peptida awal d a n ottenuotor yang dapat
m e m b e n t u k struktur sekunder jepit rambut (Gambar 9.3). Proses pelemahan
t r a n s k r i p s i d i t e n t u k a n o l e h laju translasi peptida awal, relatif terhadap laju
transkripsinya. Sekuens 1 dapat m e m b e n t u k s t r u k t u r jepit r a m b u t dengan sekuens
2 ( 1 : 2 ) sedangkan sekuens 3 dengan sekuens 4 (3 : 4). Struktur jepit rambut
3 : 4 itulah yang berfungsi sebagai t e r m i n a t o r transkripsi s e b e l u m R N A polimerase
m e n c a p a i g e n trpE. S e b a l i k n y a , j i k a t e r j a d i s t r u k t u r j e p i t r a m b u t a n t a r a 2 : 3 ,
m a k a p e m b e n t u k a n s t r u k t u r 3 : 4 dapat dicegah sehingga tidak ada terminasi
transkripsi d a n R N A polimerase dapat berjalan mencapai g e n trpEDC&A.
Pengaturan pembentukan struktur sekunder 2 : 3 atau 3 : 4 dilakukan
dengan m e n g a t u r laju translasi p e p d d a a w a l . S e k u e n s peptida a w a l mengandung
dua k o d o n triptofan ( U G G ) yang terletak b e r u r u t a n pada sekuens 1 . Sekuens 1
tersebut dapat m e m b e n t u k s t r u k t u r jepit r a m b u t pertama. Keberadaan dua k o d o n
t r i p t o f a n yang b e r u r u t a n s e m a c a m ini t e r m a s u k jarang k a r e n a asam a m i n o t r i p t o f a n
sangat jarang d i t e m u k a n pada s t r u k t u r p r o t e i n ; t r i p t o f a n u m u m n y a hanya a d a
satu setiap 1 0 0 asam a m i n o . Pada saat t r i p t o f a n tersedia dalam j u m l a h sedikit
m a k a j u m l a h t R N A " ' ' ' ( t R N A yang m e m b a w a a s a m a m i n o t r i p t o f a n ) juga akan
berkurang. Keadaan ini m e n y e b a b k a n r i b o s o m yang m e l a k u k a n translasi pepdda
awal akan berhenti pada daerah k o d o n triptofan yang p e r t a m a sehingga terjadi
p e n u m p u k a n r i b o s o m pada daerah ini. R i b o s o m yang m e n u m p u k pada sekuens
kodon triptofan pertama menyebabkan penghambatan pembentukan struktur
jepit r a m b u t 1 : 2, sehingga sekuens 2 dapat m e m b e n t u k s t r u k t u r jepit r a m b u t
dengan sekuens 3 ( 2 : 3). Akibatnya, s t r u k t u r jepit r a m b u t 3 : 4 ddak dapat
t e r b e n t u k sehingga d d a k ada t e r m i n a s i transkripsi o l e h R N A p o l i m e r a s e (Gambar
9.4(a)).
Sejalan dengan proses transkripsi d a ntranslasi g e n struktural trpEDCBA,
maka jumlah asam a m i n o triptofan meningkat, demikian pula dengan tRNA'^'"''.
Pada keadaan ini r i b o s o m dapat mencapai daerah terminasi translasi (UGA),
yang terletak antara sekuens 1 d a n2, karena ddak a d a lagi h a m b a t a n akibat
keterbatasan t r i p t o f a n sehingga akhirnya r i b o s o m terlepas. Dengan tidak adanya
r i b o s o m m a k a dapat t e r b e n t u k s t r u k t u r jepit r a m b u t 1 : 2 dan 3 : 4 sehingga
s t r u k t u r 3 : 4 dapat berfungsi sebagai t e r m i n a t o r transkripsi o l e h R N A polimerase
(Gambar 9.4(b)).
Pengendalian o p e r o n dengan m e k a n i s m e serupa ( p e l e m a h a n ) juga terjadi
p a d a o p e r o n his p a d a £ coli y a n g mempunyai daerah peptida awal dengan
k o d o n hisddin b e r u r u t a n s e b a n y a k t u j u h b u a h . Selain i t u , o p e r o n lain y a n g juga
d i k e n d a l i k a n d e n g a n m e k a n i s m e p e l e m a h a n a d a l a h o p e r o n thr, ilv, leu, d a n phe.
P a d a b a k t e r i Bacillus subtilis, m e k a n i s m e p e n g e n d a l i a n o p e r o n trp d e n g a n meka-
n i s m e p e l e m a h a n dilakukan dengan cara yang berbeda. Pada saat t r i p t o f a n t e r -
sedia dalam jumlah banyak, t r i p t o f a n berikatan dengan suatu protein yang disebut
164 Biologi Molekular

s e b a g a i T R A P (trp RNA-binding attenuator protein). Pengikatan ini menyebab-

kan T R A P dapat m e l e k a t pada R N A hasil t r a n s k r i p s i g e n p e p d d a awal d a n
menyebabkan t e r b e n t u k n y a t e r m i n a t o r sehingga transkripsi gen-gen trp d d a k
terjadi. Sebaliknya, pada saat t r i p t o f a n d d a k t e r s e d i a d a l a m j u m l a h banyak,TRAP
ddak dapat berikatan dengan transkrip gen peptida awal sehingga ddak t e r b e n t u k
terminator

P e n g e n d a l i a n O p e r o n ara
K a t a b o l i s m e L - a r a b i n o s a o l e h £ coli m e l i b a t k a n t i g a e n z i m y a n g d i k o d e o l e h t i g a
g e n b e r u r u t a n , y a i t u araB, araA, d a n araD. A k t i v i t a s t r a n s k r i p s i k e t i g a g e n t e r s e b u t
d i a t u r o l e h g e n k e e m p a t y a i t u araC. L o k u s araC d a n araBAD ditranskripsi
dengan arah yang berlawanan o l e h suatu daerah p r o m o t e r sentral ( G a m b a r 9.5).
A k t i v i t a s p r o m o t e r araC {P^) m a u p u n p r o m o t e r araBAD (P^^^) d i s t i m u l a s i o l e h
C A P - c A M R O p e r o n ara m e m p u n y a i d u a o p e r a t o r y a i t u o r o O ^ (mengendalikan
araQ d a n o r o O ^ ( m e n g e n d a l i k a n araBAD). O p e r a t o r o r o O ^ t e r l e t a k c u k u p jauh
dari p r o m o t e r (pada posisi - 2 6 5 dan - 2 9 4 ) tetapi masih m a m p u m e l a k u k a n
p e n g e n d a l i a n t r a n s k r i p s i . Sisi p e n g i k a t a n C A P t e r l e t a k s e k i t a r 2 0 0 b p d i s e b e l a h
h u l u d a r i p r o m o t e r ara. P r o t e i n A r a C ( d i k o d e o l e h o r o Q m e m p u n y a i 3 d a e r a h
p e n g i k a t a n y a i t u p a d a o r o O ^ , o r o O ^ d a n p a d a oral y a n g d a p a t d i b e d a k a n menjadi
dua sub-bagian y a i t u o r o / ^ d a n aral^.
Pada saat d d a k tersedia arabinosa, sehingga d d a k diperlukan e n z i m u n t u k
katabolismenya, protein AraC melakukan pengendalian negatif dengan cara
menempel pada o r o O j d a narc/,. P e n e m p e l a n i t umenyebabkan D N Amem-
b e n g k o k s e h i n g g a m e n e k a n t r a n s k r i p s i o p e r o n araBAD. S e b a l i k n y a , j i k a a r a b i n o s a
tersedia, terjadi perubahan k o n f o r m a s i p r o t e i n A r a C sehingga p r o t e i n regulator
tersebut ddak dapat m e n e m p e l pada o r o O ^ melainkan m e l e k a t pada oro/, d a n
oro/j. H a linimenyebabkan penghilangan struktur bengkokan D N A yang
sebelumnya m e n e k a n o p e r o n araBAD s e h i n g g a o p e r o n i n i d a p a t ditranskripsi
dan ditranslasl menghasilkan enzim-enzim yang digunakan untuk metabolisme
arabinosa.
P r o t e i n A r a C sendiri juga dapat diatur aras sintesisnya dengan mekanisme
a u t o r e g u l a s i . G e n araC d i t r a n s k r i p s i k e a r a h k i r i d a r i p r o m o t e r n y a ( P ^ ) s e m e n t a r a
d i s e b e l a h k i r i n y a ( d i s e b e l a h h u l u d a r i araQ t e r d a p a t o p e r a t o r o r o O ^ . P a d a s a a t
k o n s e n t r a s i A r a C m e n i n g k a t , p r o t e i n ini akan m e n e m p e l pada o r o O ^ sehingga
a k h i r n y a m e n g h a m b a t t r a n s k r i p s i araC k e a r a h k i r i ( k e a r a h h u l u d a r i l o k u s araQ.
P e n g h a m b a t a n t r a n s k r i p s i araC i n i p a d a a k h i r n y a a k a n m e n g u r a n g i j u m l a h p r o t e i n
r e p r e s o r sehingga tidak disintesis dalam j u m l a h berlebihan.

P e n g e n d a l i a n O p e r o n gal
O p e r o n gal p a d a £ coli t e r d i r i a t a s t i g a g e n s t r u k t u r a l , y a i t u go/£, galT, d a n galK
y a n g d i t r a n s k r i p s i d a r i d u a p r o m o t e r y a n g saling t u m p a n g - t i n d i h p a d a sisi s e b e l a h
h u l u d a r i galE. O p e r o n i n i s e l a i n b e r t a n g g u n g j a w a b d a l a m m e t a b o l i s m e g a l a k t o s a
 Bab 9 Pengendalian Ekspresi Genetik pada Prokaryot 163

Sekuens 1 Sekuens 2

5'- A U G - 2 4 n u k l e o t i d a - U G G U G G C G C A C U U C C U G A A A C G G G C A G U G U - 26 nukleotida -

K o d o n inisiator Kodon K o d o n terminasi

peptida awal triptofan peptida awal
1

Peptida awal

Gen trPE
Sekuens 3 Sekuens 4 1

ACCCAGCCCGCCUAAUGAGCGGGCUUUUUUUU - 2 1nukleotida - A U G A A A C A C 3'-

' ' ^
S e k u e n s attenuator K o d o n i n i s i a t o r g e n trpE

G a m b a r 9 . 3 ft E m p a t sekuens pada operon trp y a n g d a p a t membentuk struktur

j e p i t r a m b u t {hair pin) y a n g b e r p e r a n dalam regulasi pelemahan transkripsi {tran-
scription attenuation).

(a) Konsentrasi triptofan rendah: transkripsi berlanjut

Polimerase berjalan

CD
I
uuuuuuu U U U U U U U trpE m R N A

u
G G

Ribosom tertahan

(b) Konsentrasi triptofan tinggi: transkripsi berhenti

U U U U U U U
V

:.0
Ribosom lepas
Terbentuk d u a struktur
jepit-rambut

G a m b a r 9 . 4 ft S k e m a r e g u l a s i o p e r o n trp p a d a k o n s e n t r a s i t r i p t o f a n y a n g berbeda.
166 Biologi Molekular

Soal-soal
1. Pengendalian ekspresi gen dapat dilakukan dengan m e k a n i s m e pengendalian positif atau pengendalian
negatif Jelaskan arti kedua sistem pengendalian t e r s e b u t .
2. J e l a s k a n a p a y a n g d i m a k s u d d e n g a n attenuation, m i s a l n y a p a d a o p e r o n t r i p t o f a n .
3. Jelaskan apa yang d i m a k s u d dengan represi katabolit.
4. J i k a b a k t e r i Escherichia coli d i t u m b u h k a n d a l a m m e d i u m y a n g m e n g a n d u n g d u a m a c a m s u m b e r k a r b o n
yang berbeda kompleksitasnya, misalnya glukosa d a n laktosa, maka terjadi pola p e r t u m b u h a n yang
b e r b e d a d a r i p e r t u m b u h a n d a l a m g l u k o s a saja. J e l a s k a n p o l a p e r t u m b u h a n y a n g t e r j a d i d a n m e k a n i s m e
pengendaliannya.
 Bab 9 Pengendalian Ekspresi Genetik pada Prokaryot 165
J
Tempat pengikatan C A P

araC araO^ araO, araP^ aral

G a m b a r 9 . 5 ft S t r u k t u r o p e r o n ara ( a r a b i n o s a ) d a n p o l a r e g u l a s i n y a . (Diadaptasi
dari Weaver, 2003.)

sebagai s u m b e r k a r b o n , juga b e r p e r a n d a l a m m e n g u b a h U D P - g l u k o s a menjadi

UDP-galaktosa pada w a k t u ddak ada galaktosa. Meskipun transkripsi kedua
p r o m o t e r ga\ d a p a t d i i n d u k s i o l e h g a l a k t o s a , t e t a p i p r o d u k go/£ d a l a m a r a s dasar
s e l a l u d i b u t u h k a n p a d a s a a t d d a k t e r s e d i a g a l a k t o s a . O p e r o n ga\ j u g a d i a t u r o l e h
sistem represi katabolit. Pada saat k o n s e n t r a s i c A M P dnggi, kompleks C A P -
c A M P akan m e n s d m u l a s i transkripsi dari p r o m o t e r p e r t a m a sekaligus menekan
promoter kedua sehingga t e r b e n t u k p r o d u k gen-gen s t r u k t u r a l o p e r o n go/.
Sebaliknya, jika bakteri d i t u m b u h k a n dalam m e d i u m yang m e n g a n d u n g glukosa,
sehingga konsentrasi c A M P rendah, m a k a transkripsi dimulai dari promoter
k e d u a yang t e r l e t a k d i sebelah h u l u p r o m o t e r p e r t a m a . Keadaan ini m e n y e b a b k a n
d i s i n t e s i s n y a e n z i m - e n z i m gai p a d a a r a s d a s a r {basal level). K e d u a p r o m o t e r gal
t e r s e b u t d i k e n d a l i k a n s e c a r a n e g a t i f o l e h p r o d u k g e n gaIR y a n g d d a k terkait
d e n g a n o p e r o n gal.
 Pokok Bahasan:

I Organisasi Gen pada Eukaryot

> Struktur G e n Kelas I
> S t r u k t u r G e n K e l a s II
Struktur Promoter Gen Kelas II • Elemen E n h a n c e r dan S i l e n c e r • Gen
Struktural Kelas II
» S t r u k t u r G e n Kelas III
I Struktur R N A Polimerase pada Eukaryot
i M e k a n i s m e Transkripsi pada Eukaryot
Transkripsi Gen Kelas II • Transkripsi Cen Kelas I • Transkripsi Gen Kelas
ill • Peranan Faktor TBP dalam Transkripsi
I Pemrosesan Transkrip Pasca-Transkripsi
Pemotongan dan Penyambungan RNA ( S p l i c i n g ^ • Mekanisme S p l i c i n g
Prekursor mRNA Inti Sel • Mekanisme S p l i c i n g secara A u t o k a t a l i t i k
• Mekanisme S p l i c i n g Prekursor tRNA • Poliadenilasi mRNA
• Penambahan Tudung (Cap) pada mRNA • Pemrosesan rRNA dan tRNA
• Penyuntingan RNA

S ecara
yang
polimerase, N T P
u m u m m e k a n i s m e dasar transkripsi pada e u k a r y o t serupa
terjadi pada prokaryot, yaitu m e m e r l u k a n
(ribonukleotida), serta molekul protein regulator Transkripsi
D N A cetakan, D N A
dengan

p a d a e u k a r y o t juga b e r l a n g s u n g d e n g a n d i a w a l i p r o s e s inisiasi t r a n s k r i p s i , k e m u d i a n
dilanjutkan dengan pemanjangan transkrip, dan b e r h e n t i pada saat D N A polimerase
mencapai daerah terminator. Meskipun demikian, ada banyak perbedaan funda-
mental antara sistem transkripsi p r o k a r y o t dengan transkripsi pada eukaryot.
D a l a m bagian ini akan dibahas rincian s i s t e m transkripsi pada e u k a r y o t .

Organisasi G e n pada E u k a r y o t
Berbeda halnya dari organisasi gen pada p r o k a r y o t yang pada u m u m n y a bersifat
polisistronik, gen-gen pada jasad e u k a r y o t bersifat m o n o s i s t r o n i k , a r t i n y a satu
transkrip yang dihasilkan hanya m e n g k o d e satu m a c a m p r o d u k ekspresi. Pada
jasad e u k a r y o t tidak dikenal adanya sistem o p e r o n karena satu gen struktural
dikendalikan oleh satu p r o m o t e r . Gen-gen e u k a r y o t tersebar pada beberapa
k r o m o s o m . Hal ini berbeda dari organisasi gen p r o k a r y o t yang u m u m n y a hanya
' 16.8 Biologi Molekular

t e r d a p a t dalam satu unit bahan g e n e t i k u t a m a . Banyak gen e u k a r y o t yang bagian

s t r u k t u r a l n y a berselang-seling antara sekuens yang m e n g k o d e suatu u r u t a n spesifik
(ekson) d a n s e k u e n s y a n g d d a k m e n g k o d e u r u t a n s p e s i f i k (intron). S e c a r a g e n e d s ,
jasad e u k a r y o t yang paling s e d e r h a n a m e m p u n y a i organisasi g e n yang lebih
kompleks dibandingkan dengan p r o k a r y o t . Pada manusia, misalnya, g e n yang
b e r t a n g g u n g j a w a b t e r h a d a p p e m u n c u l a n p e n y a k i t g e n e t i k Duchenne muscular
dystrophy b e r u k u r a n s e k i t a r 2 . 0 0 0 k b ( 2 j u t a p a s a n g a n b a s a ) . U k u r a n g e n s e m a c a m
i n i s e r i b u k a l i l e b i h b e s a r d i b a n d i n g k a n d e n g a n u k u r a n g e n lacZ p a d a b a k t e r i
Escherichia coli, d a n u k u r a n t e r s e b u t e k u i v a l e n d e n g a n s e t e n g a h g e n o m £. coli.
T i d a k seperti pada p r o k a r y o t , pada jasad e u k a r y o t t e r d a p a t tiga macam
R N A p o l i m e r a s e yang bertanggung j a w a b d i dalam proses transkripsi tiga kelas
Tiga l<elas gen. Pada e u k a r y o t dapat dibedakan d g a k e l a s g e n , y a i t u : ( 1 ) gen kelas I
\ gen p a d a
(ditranskripsi oleh R N A polimerase I),meliputi gen-gen yang mengkode 1 8 S
eulfaryot
r R N A d a n 2 8 S r R N A , d a n 5 , 8 S r R N A , ( 2 ) gen kelas II ( d i t r a n s k r i p s i o l e h RNA
p o l i m e r a s e II), m e l i p u d s e m u a g e n y a n g m e n g k o d e p r o t e i n d a n b e b e r a p a RNA
b e r u k u r a n k e c i l y a n g t e r d a p a t d i d a l a m n u k l e u s , d a n ( 3 ) gen kelas III ( d i t r a n s k r i p s i
o l e h R N A p o l i m e r a s e III), m e l i p u d g e n - g e n y a n g m e n g k o d e t R N A , S S r R N A ,
dan beberapa R N A kecil yang ada d i d a l a m nukleus. Perbedaan kelas gen t e r s e b u t
m e m p u n y a i implikasi dalam hal s t r u k t u r gen.

Struktur G e n Kelas I
Gen kelas I mengkode rRNA yang digunakan untuk menyusun ribosom, yaitu 7 8 S

Definisi rRNA 28S rRNA, dan 5,8S rRNA. G e n i n i h a n y a d i t r a n s k r i p s i k a n t e t a p i ddak

gen kelas I ditranslasl karena p r o d u k ekspresi yang digunakan adalah m o l e k u l r R N A - n y a .
T r a n s k r i p s i g e n k e l a s I d i l a k u k a n o l e h R N A p o l i m e r a s e I. G e n y a n g m e n g k o d e
r R N A terdapat dalam jumlah kopi yang besar sehingga m o l e k u l r R N A adalah
m o l e k u l R N A yang paling b a n y a k t e r d a p a t d i d a l a m sel. M e s k i p u n d e m i k i a n ,
masing-masing kopi g e nm e m p u n y a i struktur yang sama. G e n yang mengkode
rRNA bersifat spesifik u n t u k suatu spesies t e r t e n t u (species-specific), artinya
sekuens promoter gen rRNA sangat bervariasi d i a n t a r a spesies. G e n yang
mengkode rRNA d i e k s p r e s i k a n d a l a m laju yang sangat tinggi k a r e n a produk
ekspresinya digunakan untuk m e n y u s u n r i b o s o m yang merupakan komponen
sangat p e n t i n g dalam proses sintesis p r o t e i n . Sintesis r R N A dalam j u m l a h tinggi
dapat dicapai k a r e n a t e r d a p a t r a t u s a n k o p i gen b e r u k u r a n 6 - 5 k byang m e n g k o d e
satu p r e k u r s o r tunggal y a n g m e n g a n d u n g r R N A b e r u k u r a n 18S; 5,8S; dan 28S.
S e d a p g e n r R N A y a n g a k t i f d a p a t m e m b a w a 1 0 0 m o l e k u l R N A p o l i m e r a s e I.

Struktur g e n yang mengkode rRNA tersusun dalam bentuk unit-unit

Struktur gen transkripsi yang b e r s a m b u n g a n (tandem) d a n t e r d a p a t d i d a l a m n u k l e o l u s . U n i t
pengkode
rRNA
transkripsi yang satu dengan u n i t t r a n s k r i p s i yang lain dipisahkan o l e h s e k u e n s
DNA p e m i s a h y a n g s e c a r a k e l i r u d i k a t a k a n s e b a g a i t i d a k d i t r a n s k r i p s i k a n (non-
transcribed spacer, N T S ) . P a d a Xenopus, N T S sebenarnya juga ditranskripsikan
 Bab 1 0 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 1 6 9

meskipun produk transkripsinya berupa molekul R N A yang d d a k stabil k a r e n a

segera didegradasi.
P a d a g e n kelas I t e r d a p a t d u a m a c a m p r o m o t e r , y a i t u ( 1 ) promoter antara
(spacer promoter), y a i t u s u a t u p r o m o t e r y a n g t e r l e t a k d i d a e r a h N T S , d a n ( 2 )
promoter utama. P r o m o t e r u t a m a b e r u k u r a n s e k i t a r 4 5 p a s a n g a n basa dan
t e r l e t a k pada posisi - 3 5 dan + 9 .Hasll penelitian m e n u n j u k k a n b a h w a transkripsi
b e r a w a l dari p r o m o t e r antara dan berakhir pada suatu daerah t e r m i n a t o r yang
t e r l e t a k t e p a t di sebelah h u l u p r o m o t e r u t a m a . H a l ini n a m p a k n y a dimaksudkan
untuk mengumpulkan molekul R N A polimerase I dalam jumlah banyak pada
d a e r a h p r o m o t e r u t a m a s e b e l u m d i l a k u k a n inisiasi s e s u n g g u h n y a dalam proses
s i n t e s i s r R N A . P a d a Xenopus d i k e t a h u i b a h w a t r a n s k r i p s i b e r l a n j u t s a m p a i d a e r a h
NTS. Akan tetapi molekul R N A yang dihasilkan pada daerah inibersifat tidak
stabil k a r e n a a k a n s e g e r a didegradasi. T r a n s k r i p s i d a e r a h N T SIni a k a n b e r a k h i r
pula pada daerah t e r m i n a t o r yang terletak tepat di sebelah hulu p r o m o t e r
utama. T e r m i n a t o r ini sebenarnya terletak tumpang-tindih dengan promoter
utama d a n melipud suatu sekuens berulang sepanjang 1 8 p b (pasangan basa)
y a n g b e r s a m b u n g a n (tandem repeat). P a d a m e n c i t , a d a p e r b e d a a n d e n g a n Xeno-
pus d a l a m h a l t e r m i n a t o r n y a k a r e n a p a d a m e n c i t a d a t e r m i n a t o r s e s u n g g u h n y a
y a n g t e r l e t a k s e k i t a r 5 0 0 p b d i s e b e l a h h i l i r ( p a d a sisi 3 ' ) d a r i g e n s t r u k t u r a l
sehingga nampaknya R N Apolimerase I ddak berjalan m e l e w a d daerah N T S .
S e c a r a s k e m a t i s , s t r u k t u r g e n r R N A (gen kelas I) d i l u k i s k a n pada G a m b a r 1 0 . 1 .

RNA polimerase

40S 408
Unit Transkripsi 1 Unit Transkripsi 2
Sisi y a n g
menyebabkan Promoter
R N A tidak utama
stabil

G a m b a r 10.1 I Struktur d a n organisasi gen kelas I .

Struktur C e n Kelas II
Gen kelas II meliputi semua gen yang mengkode segala macam protein. G e n kelas
Definisi gen
II d i t r a n s k r i p s i d e n g a n m e n g g u n a k a n R N A p o l i m e r a s e II. P a d a e u k a r y o t , s a t u
l<elas I I
g e n s t r u k t u r a l k e l a s II d i a t u r e k s p r e s i n y a o l e h s a t u p r o m o t e r s e h i n g g a t r a n s k r i p
y a n g d i h a s i l k a n b e r s i f a t monosistronik k a r e n a h a n y a m e m b a w a i n f o r m a s i u n t u k
satu m a c a m polipepdda a t a u p r o t e i n . P r o m o t e r g e n k e l a s II d a p a t t e r d i r i atas
e m p a t e l e m e n , y a i t u s e k u e n s p e m u l a i (initiator) y a n g t e r l e t a k p a d a daerah
i n i s i a s i t r a n s k r i p s i , e l e m e n hilir (downstream) y a n g t e r l e t a k d i s e b e l a h h l l i r d a r i
t i t i k a w a l t r a n s k r i p s i , kotak T A T A , d a n s u a t u e l e m e n hulu (upstream). M e s k i p u n
demikian, banyak gen yang tidak m e m p u n y a i salah satu e l e m e n t e r s e b u t .

S t r u k t u r Promoter Gen Kelas II

P r o m o t e r g e n k e l a s II m e m p u n y a i s t r u k t u r y a n g m i r i p d e n g a n p r o m o t e r p r o k a r y o t
karena ada daerah konsensus (kotak T A T A ) . K o t a k T A T A pada p r o m o t e r gen
k e l a s II m e m p u n y a i s e k u e n s konsensus yaitu:

Tg2 A , , T , 3 A g j Ag3 A g j AjQ

Angka-angka di belakang huruf tersebut menyatakan frekuensi nukleotida tersebut

p a d a g e n - g e n y a n g t e l a h d i a n a l i s i s . K o t a k T A T A p a d a g e n k e l a s II t e r l e t a k p a d a
p o s i s i - 2 5 , t e t a p i p a d a k h a m i r Sacctiaromyces cerevisiae p o s i s i n y a l e b i h bervariasi
yaitu antara - 3 0 sampai - 1 2 0 dari titik awal transkripsi. Sekuens pada kotak
TATA m e n e n t u k a n t i t i k Inisiasi transkripsi secara tepat. Penghilangan kotak
TATA pada g e n p-globin menyebabkan p e n u r u n a n t r a n s k r i p s i s e c a r a in vitro
sampai 2 0 kali lebih r e n d a h . P e n g u b a h a n sekuens TATA menjadi T A G A atau
T A A A pada gen k o n a l b u m i n menghilangkan transkripsi.
M e s k i p u n k o t a k T A T A m e m p u n y a i p e r a n a n s a n g a t m e n e n t u k a n d a l a m inisiasi
transkripsi beberapa gen, n a m u n a d acukup banyak gen yang tidak mempunyai
kotak TATA. Pada beberapa gen, misalnya g e n hipoxantin fosforibosll trans-
ferase, fungsi k o t a k T A T A digantikan o l e h u r u t a n G C , yaitu GGGGCGGAGC,
yang t e r l e t a k pada posisi - 3 3 . G e n - g e n yang tidak m e m p u n y a i kotak TATA
dapat dikelompokkan menjadi d u asubkelas y a i t u : ( 1 ) g e n house-lceeping, y a i t u
g e n - g e n y a n g d i e k s p r e s i k a n s e c a r a k o n s t i t u t i f di d a l a m s e m u a sel k a r e n a d i p e r l u k a n
dalam m e t a b o l i s m e utama, dan (2) gen-gen yang diatur ekspresinya berdasarkan
atas perkembangan jasad hidup, misalnya gen-gen h o m e o t i k yang mengatur
perkembangan lalat b u a h a t a u g e n - g e n y a n g t e r l i b a t d i d a l a m perkembangan
sistem kekebalan pada mamalia. Beberapa g e n iiouse-i<eeping y a n g t i d a k mem-
punyai kotak TATA misalnya g e n yang mengkode adenine deaminase, timidilat
sintetase, d a n ditiidrofolat reduktase, y a n g semuanya terlibat dalam biosintesis
nukleotida. Seringkali transkripsi gen-gen semacam ini menghasilkan transkrip
yang m e m p u n y a i ujung 5' yang beragam. Gen-gen semacam ini diekspresikan
pada semua sel.
Dalam proses transkripsi, kotak T A T A menentukan ketepatan awal proses
transkripsi. Pada gen yang m e n g k o d e p r o t e i n h i s t o n p a d a sea urchin d i k e t a h u i
b a h w a delesi k o t a k T A T A m e n g h i l a n g k a n spesifisitas inisiasi t r a n s k r i p s i , m e s k i p u n
tidak m e n g u r a n g i efisiensi transkripsi secara nyata, sehingga transkripsi dimulai
dari beberapa titik s e c a r a acak. T r a n s k r i p y a n g dihasilkan dari inisiasi t r a n s k r i p s i
secara a c a k t e r s e b u t s e t i d a k - t i d a k n y a ada tiga m a c a m . H a l ini m e m b e r i k a n gambar-
an bahwa R N Apolimerase tidak dapat m e n e m u k a n t e m p a t yang tepat untuk
 Bab 10 Sistem Transl<ripsi pada Eukaryot 171

memulai transkripsi. Penelitian yang dilakukan oleh M a x Birnsdel dan kawan-

k a w a n p a d a s e k i t a r t a h u n 1 9 8 0 t e r s e b u t k e m u d i a n d i k o n f i r m a s i o l e h hasil p e n e l i d a n
Christophe Benolst dan Pierre C h a m b o n yang menelid transkripsi pada virus
SV40, khususnya pada p r o m o t e r gen awal. Kedua penelidan tersebut m e m b u k t i k a n
b a h w a kotak TATA diperlukan untuk menentukan posisi awal transkripsi, meskipun
tidak menentukan efisiensi transkripsi. M e s k i p u n d e m i k i a n , p e n g h i l a n g a n k o t a k T A T A
pada beberapa macam p r o m o t e r menghilangkan s a m a sekali proses transkripsi,
misalnya pada g e n P-globin pada kellnci (yang sebenarnya mempunyai kotak
C A T A ) . Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa pada beberapa gen, keberadaan
kotak T A T A diperlukan u n t u k akdvitas p r o m o t e r , sedangkan pada beberapa gen
yang lain, k o t a k T A T A hanya d i p e r l u k a n u n t u k m e n e n t u k a n posisi awal yang t e p a t
untuk memulai transkripsi. Beberapa p r o m o t e r g e n pada khamir diketahui
m e m p u n y a i b e b e r a p a k o t a k T A T A , m i s a l n y a g e n CYChADHl, dan SUC2. Keberadaan
k o t a k T A T A yang berjumlah lebih dari satu t e r s e b u t a d a hubungannya dengan
titik awal sintesis m R N A yang juga dapat dimulai dari beberapa posisi.
Selain k o t a k T A T A , ada s e k u e n s lain y a n g t e r l e t a k d i sebelah h u l u dari T A T A
yang juga diperlukan dalam proses transkripsi, yaitu k o t a k G C yang t e r l e t a k
pada posisi sekitar —47 sampai - 6 1 dan antara - 8 0 sampai - 1 0 5 . Penghilangan
atau mutasi kotak G C tersebut dapat menghilangkan akdvitas p r o m o t e r Sekuens
pada k o t a k G C dapat terdiri atas u r u t a n G G G C G G atau C C G C C C . K o t a k G C
pada s u a t u p r o m o t e r dapat t e r d i r i atas lebih dari satu, misalnya pada p r o m o t e r
awal virus SV40 yang mempunyai enam k o t a k G C . Fungsi k o t a k G C d d a k
t e r g a n t u n g pada orientasinya sehingga m e s k i p u n u r u t a n n y a dibalik masih dapat
berfungsi u n t u k m e n s d m u l a s i transkripsi, tetapi letaknya tidak dapat diubah. Jika
letak k o t a k G C t e r s e b u t diplndahkan dari posisinya semula, m a k a fungslnya u n t u k
memengaruhi transkripsi menjadi hilang.
Selain k o t a k G C , pada posisi sekitar - 1 0 0 a d a k o t a k lain y a n g disebut
k o t a k C C A A T yang juga sangat pendng dalam mengawali transkripsi. Kotak
C C A A T t e r s e b u t b i a s a n y a d d a k d i t e m u k a n p a d a p r o m o t e r g e n iiouse-keeping
yang tidak m e m p u n y a i kotak T A T A . Mutasi pada kotak C C A A T dapat menyebabkan
hilangnya aktivitas p r o m o t e r . K o t a k C C A A T diketahui mengikat p r o t e i n f a k t o r
t r a n s k r i p s i y a i t u CCAAT-binding transcription factor (CTF) d a n CCAAT-enhancer-bind-
ing protein (CIEBP).
Penelitian m e n u n j u k k a n bahwa beberapa p r o m o t e r pada khamir m e m p u n y a i
sekuens yang terletak beberapa ratus nukleodda dari tidk awal transkripsi yang
diperlukan untuk transkripsi. Sekuens t e r s e b u t dikenal sebagai UAS (upstream
activating sequences), m i s a l n y a U A S 1 d a nU A S 2 yang t e r l e t a k pada posisi -256
dan - 2 2 9 pada gen s i t o k r o m oksidase (CYCl). Sekuens U A S tersebut diketahui
m e n g i k a t suatu p r o t e i n spesifik yang dapat m e m e n g a r u h i transkripsi. Pada k h a m i r ,
UAS d d a k berfungsi jika t e r l e t a k pada posisi sebelah hilir dari daerah g e n
struktural. Elemen U A S biasanya berukuran pendek, sekitar 10-30 pasangan
basa. G e n - g e n yang d i a t u r o l e h s i s t e m p e n g a t u r a n yang s a m a biasanya m e m p u n y a i
elemen U A Syang serupa, sedangkan gen-gen yang sistem pengaturannya ddak
terkoordinasi m e m p u n y a i elemen U A Syang berbeda. U A S merupakan elemen
72 Biologi Molekular

pengatur yang sering dijumpai pada gen k h a m i r dan penghilangan U A S biasanya

akan menghilangkan sistem pengaturan transkripsi. Suatu gen dapat mempunyai
l e b i h d a r i s a t u U A S , m i s a l n y a g e n CYCl p a d a k h a m i r y a n g d i p e r l u k a n u n t u k s i n y a l
fisiologis yang berbeda. D a l a m beberapa kasus, orientasi sekuens U A S yang t e p a t
sangat p e n d n g dalam aktivasi transkripsi. Sebagai c o n t o h , U A S pada p r o m o t e r
ADH2 p a d a k h a m i r d d a k a k a n b e r f u n g s i j i k a d i t e m p a t k a n d i b a g i a n i n t r o n p a d a
sisi 3 ' d i s e b e l a h h i l i r d a r i t i t i k a w a l t r a n s k r i p s i .
Berkebalikan dari sekuens U A S , gen t e r t e n t u pada k h a m i r ada yang mem-
punyai s e k u e n s yang j u s t r u m e n e k a n transkripsi. Sekuens t e r s e b u t dikenal sebagai
silencer, m i s a l n y a s e k u e n s HMRE pada lokus g e n penentu tipe kawin (mating
type). S e k u e n s H M R E d i k e t a h u i d a p a t m e n u r u n k a n a k t i v i t a s p r o m o t e r m e s k i p u n
t e r l e t a k pada posisi sekitar 2 , 5 k bdari p r o m o t e r , baik d i sebelah h u l u m a u p u n
hilir dari titik awal transkripsi. Sekuens semacam i n i seringkali juga disebut
s e b a g a i U R S (upstream repressing sequences). S i s i p e n e k a n t r a n s k r i p s i semacam
i n i d a p a t b e r f u n g s i s e c a r a d u a a r a h (bidirectional) d a n t e r l e t a k p a d a d a e r a h yang
bervariasi d i sebelah hulu sekuens T A T A . Penekanan transkripsi oleh elemen
s e m a c a m ini biasanya akan lebih e f e k d f jika e l e m e n p e n e k a n transkripsi t e r s e b u t
terletak di antara U A S danT A T A , daripada bila e l e m e n t e r s e b u t t e r l e t a k d i
sebelah hulu dari U A S .

Contoh Soal
1. A p a perbedaan utama sistem transkripsi pada p r o k a r y o t dan e u k a r y o t , khususnya dalam hal
t r a n s k r i p yang dihasilkan?

Jawaban:
Pada p r o k a r y o t , m R N A yang dihasilkan dapat berupa transkrip polisistronik, artinya dalam satu
transkrip dapat t e r k a n d u n g lebih dari satu rangkaian k o d o n (sistron) u n t u k polipeptida yang
berbeda. Sebaliknya, pada e u k a r y o t , m R N A bersifat m o n o s i s t r o n i k , artinya satu m R N A hanya
m e m b a w a satu m a c a m rangkaian k o d o n u n t u k satu m a c a m polipeptida.

2. A p a perbedaan u t a m a gen s t r u k t u r a l p r o k a r y o t dan eukaryot?

Jawaban:
Sebagian besar gen s t r u k t u r a l p r o k a r y o t tidak m e n g a n d u n g i n t r o n , kecuali pada beberapa archaea
t e r t e n t u , sedangkan pada e u k a r y o t keberadaan i n t r o n m e r u p a k a n hal yang sering dijumpai,
m e s k i p u n tidak semua gen e u k a r y o t mengandung i n t r o n .

E l e m e n Enhancer dan Silencer

E l e m e n p e n g a t u r lain y a n g t e r l e t a k d i d a e r a h h u l u adalah e n h a n c e r , y a i t u s u a t u
e l e m e n pengatur transkripsi yang dapat bekerja tanpa tergantung pada orientasi,
Contoh bahkan dapat bekerja di daerah hilir suatu gen. Salah satu c o n t o h entiancer
Enhancer
adalah sekuens berulang sepanjang 7 2p b pada S V 4 0 yang dapat m e m i c u transkripsi
g e n g l o b i n b e b e r a p a r a t u s kati lipat, t a n p a m e m p e r h a t i k a n o r i e n t a s i s e k u e n n y a .
Eniiancer sering dijumpai pada banyak gen virus d a ngen-gen selular, misalnya
 Bab 10 Sistem Transl<ripsi pada Eul<aryot 1 7 3

g e n i m u n o g l o b u l i n , g e n t i r o s l n a m i n o t r a n s f e r a s e , d a n a n d t h r o m b i n III. S e k u e n s
konsensus p a d a enhancer y a n g d i k e t a h u i a d a l a h T G T G G A A T T A G . D a e r a h yang
mengandung enhancer t e r l e t a k s a m p a i b e b e r a p a k b p (kilo base pairs) d a r i pro-
moter. Penelitian menunjukkan bahwa enhancer tersusun atas modul-modul
y a n g l e b i h k e c i l . M o d u l p e n y u s u n d a e r a h enhancer t e r s u s u n a t a s sekuens-sekuens
D N A b e r u k u r a n p e n d e k y a n g d i s e b u t enhanson yang m e r u p a k a n unit-unit dasar
s u a t u enhancer. S e c a r a s k e m a d s , organisasi s u a t u d a e r a h enhancer ditunjukkan
pada G a m b a r 10.2.

Daerah enhancer

M o d u l enhancer M o d u l enhancer M o d u l enhancer

C O — a
Enhanson Enhanson Enhanson

G a m b a r 1 0 . 2 I S t r u k t u r s u a t u d a e r a h enhancer. Suatu unit enhanson dapat terdiri

atas satu k o p i s e k u e n s (kiri), d u a k o p i sekuens y a n g tersusun secara berurutan/
tandem (tengah), atau tersusun atas d u a sekuens y a n g tidak identik (kanan).
( D i g a m b a r lagi berdasarkan atas D y n a n , 1989.)

Enhancer p a d a u m u m n y a d i j u m p a i p a d a d a e r a h h u l u d a r i d a e r a h promoter
yang dipengaruhinya. Meskipun demikian, adaperkecualian k a r e n a pada gen y^g
(yang mengkode imunoglobulin pada mencit), enhoncer-nya t e r l e t a k di dalam
gen strukturalnya. Hal inidiungkapkan o l e h S u s u m u T o n e g a w a dan kawan-kawan
p a d a t a h u n 1 9 8 3 . Enhancer d a n silencer m e r u p a k a n elemen D N Ayang dapat
memengaruhi transkripsi dengan cara mensdmulasi (enhancer) atau menekan
(s/7encer) suatu g e n d a n kemampuannya ddak tergantung pada orientasinya.
Enhancer d a p a t m e n s d m u l a s i ekspresi suatu g e n melalui protein yang melekat
p a d a e l e m e n t e r s e b u t . Enhancer dapat bekerja tanpa t e r g a n t u n g posisi atau
o r i e n t a s i , a r t i n y a b a h w a j i k a l o k a s i o r i e n t a s i enhancer t e r s e b u t d i b a l i k m a k a sekuens
enhancer t e r s e b u t m a s i h t e t a p b e r f u n g s i u n t u k m e n s d m u l a s i e k s p r e s i suatu gen.

Selain enhancer, e l e m e n p e n g a t u r lain y a n g d a p a t m e m e n g a r u h i ekspresi

s u a t u g e n a d a l a h silencer yang dapat m e n g h a m b a t ekspresi suatu gen. Salah satu
Contoh c o n t o h silencer y a n g d i k e t a h u i a d a l a h p a d a s i s t e m p e n g a t u r a n d p e k a w i n (mating
silencer
type) p a d a k h a m i r Saccharomyces cerevisiae. T i p e kawin pada khamir ini di-
t e n t u k a n o l e h t i g a l o k u s y a i t u MAT, idML, d a n H/V1R. MAT m e r u p a k a n lokus
y a n g a k t i f , s e d a n g k a n H / V I L d a n H/V1R b e r s i f a t t i d a k a k t i f . K e t i d a k a k d f a n H/V1L dan
H/VIR t e r s e b u t d i s e b a b k a n oleh adanya suatu sekuens silencer y a n g terletak
kurang lebih satu k b p dari lokus tersebut. Bukd yang a d a m e n u n j u k k a n bahwa
silencer d a p a t b e k e r j a karena elemen ini menyebabkan kromadn menggulung
menjadi suatu b e n t u k yang terkondensasi sehingga d d a k dapat diakses dan m e n -
cegah terjadinya transkripsi pada gen-gen yang terletak d i dekatnya.
 Suatu elemen dapat b e r s i f a t s e b a g a i enhancer maupun sebagai silencer,
tergantung pada p r o t e i n yang m e n e m p e l . H a li n idapat dilihat misalnya pada
sistem h o r m o n tiroid. Elemen yang m e n e n t u k a n tanggapan hormon droid akan
b e r s i f a t s e b a g a i silencer j i k a r e s e p t o r h o r m o n d r o i d t e r i k a t p a d a e l e m e n t e r s e b u t
tanpa b e r s a m a - s a m a dengan ligan-nya, yaitu h o r m o n d r o i d . Sebaliknya, jika e l e m e n
tersebut berikatan dengan reseptor h o r m o n droid bersama-sama dengan hormon
tiroid, m a k a e l e m e n t e r s e b u t akan berfungsi sebagai enhancer.
B e b e r a p a p r o m o t e r g e n k e l a s II j u g a m e m p u n y a i s e k u e n s l e s t a r i (conserved
sequences) d i s e k i t a r d a e r a h d d k a w a l t r a n s k r i p s i y a n g d i p e r l u k a n u n t u k t r a n s k r i p s i
y a n g o p t i m a l . S e k u e n s t e r s e b u t d i s e b u t s e b a g a i inisiator y a n g m e m p u n y a i sekuens
konsensus PyPyANT/APyPy (Py adalah singkatan dari p i r i m i d i n [ C atau T ] , N
adalah basa n u k l e o t i d a a p ap u n , A adalah titik awal transkripsi). Salah satu
contoh p r o m o t e r g e n yang mempunyai inisiator adalah late promoter pada
adenovirus, dan gen yang m e n g k o d e deoksinukleotldil transferase t e r m i n a l (gen
TdT) pada mamalia. Pada mencit, p r o m o t e r g e nT d Ttidak m e m p u n y a i kotak
T A T A t e t a p i m e m p u n y a i s e k u e n s inisiator sepanjang 1 7 pasangan basa. P e n a m b a h a n
k o t a k T A T A atau k o t a k G C yang berasal dari p r o m o t e r S V 4 0 dapat meningkat-
k a n t r a n s k r i p s i dari s e k u e n s inisiator. H a l ini m e n u n j u k k a n b a h w a s e k u e n s i n i s i a t o r
sendiri dapat berfungsi sebagai p r o m o t e r yang sangat sederhana yang dapat
d i t i n g k a t k a n efisiensinya dengan e l e m e n p r o m o t e r lain. Selain inisiator, seringkali
juga d i t e m u k a n e l e m e n - e l e m e n yang t e r l e t a k d i daerah h i l i r (downstream ele-
ments) d a r i t i t i k a w a l t r a n s k r i p s i . S a m p a i s a a t i n i s e k u e n s k o n s e n s u s e l e m e n h l l l r
semacam i n i b e l u m diketahui secara pasti.

Gen S t r u k t u r a l Kelas II
G e n kelas II b e r s i f a t m o n o s i s t r o n i k , a r t i n y a b a g i a n s t r u k t u r a l n y a h a n y a mengkode
satu m a c a m polipeptida. O l e h karena i t u , pada e u k a r y o t , satu bagian s t r u k t u r a l
g e n kelas II d i a t u r o l e h s a t u p r o m o t e r . H a l ini b e r b e d a d a r i g e n p a d a p r o k a r y o t
yang bagian s t r u k t u r a l n y a dapat m e n g k o d e lebih dari satu m a c a m polipeptida
yang ekspresinya diatur o l e h satu p r o m o t e r yang sama. Pada bagian s t r u k t u r a l
g e n kelas II u m u m d i j u m p a i a d a n y a u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g tidak akan ditranslasl
dalam bentuk urutan asam amino. Sekuens semacam i n i d i s e b u t s e b a g a i intron
(intervening sequences). Sebaliknya, u r u t a n nukleotida pada bagian struktural
y a n g d i t r a n s l a s l m e n j a d i u r u t a n a s a m - a s a m a m i n o d i s e b u t s e b a g a i ekson ( b e r a s a l
d a r i k a t a expressed). U k u r a n i n t r o n sangat bervariasi antara suatu g e n dengan
g e n lain. D a l a m p r o s e s e k s p r e s i g e n e t i k , R N A p o l i m e r a s e II t i d a k d a p a t mem-
bedakan antara sekuens intron dan ekson sehingga dalam proses transkripsi
semua sekuens g e n struktural akan ditranskripsi menjadi transkrip primer.
Transkrip ( m R N A ) yang mengandung sekuens intron selanjutnya akan diproses
sehingga sekuens i n t r o n akan dihilangkan. Potongan-potongan ekson selanjutnya
a k a n d i g a b u n g k a n lagi d a l a m p r o s e s y a n g d i s e b u t s e b a g a i splicing sehingga dihasilkan
mRNA yang siap ditranslasl (mature transcript). Dengan demikian urutan
nukleotida pada intron tidak akan ikut ditranslasl karena sudah dipotong dari
transkrip primer.
 Bab 1 0 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 175

I n t r o n tidak hanya t e r d a p a t pada s t r u k t u r g e n kelas II y a n g mengkode

p r o t e i n , m e l a i n k a n juga t e r d a p a t pada gen kelas I (beberapa gen r R N A ) dan gen
kelas III ( b e b e r a p a g e n t R N A ) . I n t r o n juga diketahui t e r d a p a t pada gen-gen
m i t o k o n d r i a pada e u k a r y o t d n g k a t r e n d a h , pada kloroplas, b a h k a n juga t e r d a p a t
p a d a s u a t u a r c h a e b a c t e r i a d a n s u a t u b a k t e r i o f a g y a n g m e n g i n f e k s i b a k t e r i £. coli.
Di sebelah h i l i r g e n s t r u k t u r a l k e l a s II t e r d a p a t u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g
merupakan sinyal poliadenilasi (polyadenylation signal) y a i t u A A T A A A . Transkrip
(mRNA) e u k a r y o t y a n g s u d a h ' m a t a n g ' (mature mRNA) akan mengalami polia-
d e n i l a s i , y a i t u p e n a m b a h a n s e r a n g k a i a n n u k l e o d d a A p a d a u j u n g 3'. S e c a r a s k e m a d s
s t r u k t u r g e n k e l a s II d i s a j i k a n p a d a G a m b a r 10.3.

Promoter Titik awal transkripsi

if
Terminasi
ATG

AATAAA
Kotak Kotak
CAAT TATA

i i EKSON 1 Intron EKSON 2

5' •
II II I
A _ioo -30

Enhancer
Terminasi penambahan poliA
S i s i cap

m R N A primer

G a m b a r 10.3 I S t r u k t u r d a n organisasi g e n kelas I I .

Sampai saat i n i m e k a n i s m e pengakhiran t r a n s k r i p s i pada e u k a r y o t masih

b e l u m jelas d i p a h a m i . B u k d - b u k d yang ada menunjukkan bahwa pengakhiran
transkripsi terjadi pada daerah beberapa ratus atau bahkan beberapa ribu
n u k l e o d d a d a r i u j u n g 3 ' m R N A . Posisi ini k u r a n g - l e b i h t e r l e t a k pada 3 5 n u k l e o d d a
di s e b e l a h h i l i r d a r i sisi s i n y a l p o l i a d e n i l a s i ( A A U A A A ) . S i n y a l k h u s u s y a n g m e n a n d a i
pengakhiran transkripsi pada e u k a r y o t sampai saat ini b e l u m diketahui secara
j e l a s , k e c u a l i p a d a k h a m i r S . cerevisiae y a n g d i d u g a m e m p u n y a i s e k u e n s sinyal
pengakhiran transkripsi berupa sekuens T A G . . . T A G T . . . (daerah kaya A T ) ...TTT.

^ S t r u k t u r C e n Kelas
Gen kelas III mengkode tRNA, 5S rRNA, dan beberapa molekul RNA kecil yang ada
Defir)isi gen dalam nukleus. G e n k e l a s I I I d i t r a n s k r i p s i o l e h R N A polimerase III. S e b a g i a n
kelas III
b e s a r g e n kelas III t e r l e t a k d a l a m s u a t u k e l o m p o k a n d a n b e r u l a n g , m i s a l n y a g e n
p e n g k o d e r R N A 5 S p a d a Xenopus laevis y a n g t e r d a p a t s e b a n y a k 2 0 . 0 0 0 k o p i p e r
g e n o m h a p l o i d . G e n kelas III m e m p u n y a i s t r u k t u r y a n g u n i k k a r e n a b e r b e d a dari
s t r u k t u r g e n kelas I d a n II, k h u s u s n y a d a l a m hal l e t a k bagian p r o m o t e r n y a . P a d a
g e n kelas I d a n II, p r o m o t e r t e r l e t a k p a d a d a e r a h h u l u dari bagian s t r u k t u r a l n y a .
S e b a l i k n y a , pada gen kelas III, promoter terletak pada bagian dalam (internal) gen
strukturalnya. S e c a r a u m u m a d a d u a k e l o m p o k g e n k e l a s I I I y a i t u : ( 1 ) g e n k e l a s
III "klasik" y a n g m e m p u n y a i p r o m o t e r p a d a b a g i a n d a l a m g e n s t r u k t u r a l n y a , d a n
( 2 ) g e n k e l a s III "nonklasik" y a n g p r o m o t e r n y a m i r i p d e n g a n g e n k e l a s I I , t e t a p i
masih a d ap r o m o t e r yang t e r l e t a k d i bagian dalam gen struktural meskipun
p r o m o t e r itu lemah sifatnya.
Salah satu c o n t o h gen kelas III "klasik" adalah g e n yang m e n g k o d e rRNA
SS p a d a X e n o p u s laevis. P r o m o t e r g e n i n i t e r l e t a k s e c a r a i n t e r n a l p a d a posisi
+45 d a n + 8 3 sedangkan bagian s t r u k t u r a l r R N A terbagi menjadi d u a bagian
(bagian yang satu t e r l e t a k pada posisi antara + 8 d a n +30, sedangkan bagian
kedua t e r l e t a k pada posisi a n t a r a + 5 1 dan +72). Pada gen r R N A 5 S juga t e r d a p a t
dga daerah sensitif yang jika diubah akan mengurangi secara nyata fungsi pro-
m o t e r . D a e r a h s e n s i d f t e r s e b u t d i s e b u t s e b a g a i : kotak A, e l e m e n antara, d a n
kotak C ( d d a k a d a k o t a k B s e b a b k o t a k B d i t e m u k a n p a d a g e n k e l a s III l a i n y a n g
d d a k m e m p u n y a i k e m i r i p a n d e n g a n p r o m o t e r g e n r R N A 5S). G e n kelas III y a n g
lain, y a i t u t R N A dan R N A V A (virus-associated) a d e n o v i r u s , m e m p u n y a i kotak A
dan k o t a k B. P e n g a k h i r a n transkripsi pada g e n 5 S dilakukan dengan adanya
rangkaian sekuens A di antara dua daerah yang kaya akan G C .
G e n kelas III" n o n k l a s i k " yang m e m p u n y a i p r o m o t e r yang m i r i p dengan
p r o m o t e r g e n k e l a s II a d a l a h g e n R N A 7SL ( t e r l i b a t d a l a m p r o s e s pengenalan
sinyal peptida dalam proses sintesis p r o t e i n yang disekresikan). Pada gen i n i
t e r d a p a t s u a t u d a e r a h p e n g a p i t p a d a sisi 5 ' y a n g d i p e r l u k a n u n t u k t r a n s k r i p s i
pada aras yang tinggi. Tanpa adanya daerah initranskripsi akan berkurang
5 0 - 1 0 0 kali lipat. F e n o m e n a i n i d i a m a t i p e r t a m a kali o l e h Elisabetta U l l u d a n
Alan W e i n e r pada t a h u n 1985. Ullu dan W e i n e r berkesimpulan bahwa bagian
paling p e n d n g dalam transkripsi g e n R N A 7 S L t e r l e t a k pada daerah hulu dari
bagian s t r u k t u r a l sehingga m i r i p dengan p r o m o t e r pada gen kelas II. M e s k i p u n
demikian, penelidan juga m e n u n j u k k a n b a h w a gen R N A 7SL yang d d a k m e m p u n y a i
daerah hulu tersebut masih dapat ditranskripsi sehingga m e m b e r i k a n gambaran
b a h w a gen ini juga m e m p u n y a i p r o m o t e r i n t e r n a l . Sebaliknya, pada gen RNA
7SK ( R N A b e r u k u r a n kecil yang t e r d a p a t pada n u k l e u s t e t a p i tidak d i k e t a h u i
fungslnya) tidak ditemukan adanya p r o m o t e r internal sehingga g e n i n i hanya
mempunyai p r o m o t e r eksternal.
P r o m o t e r eksternal pada gen R N A 7 S Kt e r s e b u t diketahui juga m e m p u n y a i
kotak T A T A yang diperlukan u n t u k transkripsi. Meskipun terdapat kotak TATA
p a d a b a g i a n p r o m o t e r n y a , g e n k e l a s III t e r s e b u t d i t r a n s k r i p s i o l e h R N A polimerase
III. G e n kelas III " n o n k l a s i k " y a n g lain, y a i t u g e n R N A U 6 ( y a n g t e r l i b a t d a l a m
p r o s e s splicing R N A ) d a n g e n EBER2 (pada virus Epstein-Barr), juga m e m p u n y a i
p e r i l a k u s e p e r t i g e n R N A 7 S K k a r e n a d i t r a n s k r i p s i o l e h R N A p o l i m e r a s e III
meskipun s t r u k t u r p r o m o t e r n y a mirip dengan p r o m o t e r g e n kelas II.H a l ini
 B a b 1D S i s t e m T r a n s l < r i p s i p a d a E u k a r y o t 177

d a p a t t e r j a d i k a r e n a p r o t e i n y a n g t e r i k a t p a d a T A T A {TATA-binding protein, T P B )
j u g a d i p e r l u k a n d a l a m t r a n s k r i p s i g e n kelas III. S e c a r a u m u m s t r u k t u r g e n kelas
III d a p a t d i l i h a t p a d a G a m b a r 10.4.

Elemen antara

5S r N A
Kotak A Kotak C

tRNA
Kotak A Kotak B atau V A
R N A

G a m b a r 10.4 > S t r u k t u r d a n organisasi g e n kelas III.

Struktur R N A P o l i m e r a s e pada E u k a r y o t
RNA polimerase yang mengkatalisis proses sintesis R N A (transkripsi) pada
e u k a r y o t a d a t i g a m a c a m , y a i t u R N A p o l i m e r a s e I, R N A p o l i m e r a s e II, d a n
Tiga m a c a m RNA p o l i m e r a s e III. K e d g a m a c a m e n z i m t e r s e b u t d i g u n a k a n d a l a m proses
RNA polimerase
sintesis molekul R N A yang berbeda, seperti telah dijelaskan pada bagian
pada eukaryot
s e b e l u m n y a . Secara enzimologis, ketiga e n z i m t e r s e b u t juga m e n u n j u k k a n sifat-
s i f a t y a n g b e r b e d a . R N A p o l i m e r a s e I, I I , d a n I I I m a s i n g - m a s i n g m e m p u n y a i b e r a t
molekul sebesar 6 3 0kDa, 567 kDa, dan 6 9 7kDa. Ketiga macam enzim itu
mempunyai banyak subunit yang masing-masing u k u r a n n y a bervariasi. Sebagai
c o n t o h , R N A p o l i m e r a s e p a d a k h a m i r Saccharomyces cerevisiae m e m p u n y a i j u m l a h
subunit masing-masing sebanyak 1 3 subunit ( R N A polimerase I), 1 2 subunit
(RNA p o l i m e r a s e II), d a n 1 4 s u b u n i t ( R N A p o l i m e r a s e III).

Perbedaan fungsi ketiga m a c a m R N Ap o l i m e r a s e pada e u k a r y o t diketahui

Perbedaan d e n g a n m e n g a m a t i p e n g a r u h t o k s i n a-amanitin ( y a n g d i h a s i l k a n o l e h j a m u r A m o n / t o
fungsi k e t i g a
RNA phaloides d a n A. bisporigera) terhadap aktivitas masing-masing enzim dalam
polimerase
proses transkripsi. R N A polimerase I bersifat tahan sepenuhnya terhadap amanidn
(akdvitasnya tidak terpengaruh meskipun diperlakukan dengan amanitin pada
k o n s e n t r a s i 2 0 0 p-g/ml), R N A p o l i m e r a s e II b e r s i f a t s a n g a t p e k a (mengalami
h a m b a t a n aktivitas pada konsentrasi a m a n i t i n < 0 , 1 |ig/ml), sedangkan R N A
p o l i m e r a s e III b e r s i f a t c u k u p t a h a n d a n b a r u a k a n m e n g a l a m i h a m b a t a n a k t i v i t a s
sebesar 5 0 % pada k o n s e n t r a s i a m a n i t i n sebesar 2 0 |ig/ml. Pada saat nukleus sel
mencit diperlakukan dengan amanidn pada konsentrasi bervariasi, transkrip yang
dihasilkan memberikan gambaran tentang molekul R N A polimerase yang
menyintesis molekul R N Atertentu. Pada w a k t u nukleus diperlakukan dengan
178 Biologi Molekular

a m a n i t i n p a d a k o n s e n t r a s i y a n g m e n g h a m b a t a k t i v i t a s R N A p o l i m e r a s e III, R N A
yang d i h a m b a t sintesisnya adalah 5 S r R N A dan p r e k u r s o r 4,5S t R N A . Sebaliknya,
f u n g s i R N A p o l i m e r a s e I d a n II d d a k m u d a h d i t e n t u k a n h a n y a d e n g a n analisis
menggunakan a m a n i d n s e h i n g g a h a r u s d i k o n f i r m a s i d e n g a n k a j l a n in vitro y a n g
lain. S e c a r a u m u m , p e r b e d a a n a n t a r a ketiga m a c a m R N A p o l i m e r a s e pada e u k a r y o t
( k h a m i r Saccharomyces cerevisiae) d i s a j i k a n p a d a T a b e l lO.l.

T a b e l 10.1 > P e r b e d a a n sifat a n t a r a R N A p o l i m e r a s e I , I I ,d a n III.

RNA polimerase I RNA polimerase I I RNA polimerase III

Peranan Transkripsi gen kelas 1 Transkripsi gen kelas I I T r a n s k r i p s i g e n k e l a s 111

m e n g h a s i l k a n 18S menghasilkan m R N A menghasilkan tRNA,
r R N A , 5,8S r R N A , dan s n R N A 5S r R N A , s n R N A U 6 ,
dan 28S r R N A (kecuali s n R N A U 6 ) R N A 7SL, R N A 7SK,
RNA VA, dan R N A
EBER2

Berat m o l e k u l 630 k D a 567 k D a 697 k D a

Jumlah subunit 13 12 14

Aktivitas Aktif pada kekuatan Aktif pada kekuatan Aktif pada kekuatan
ionik rendah, ionik tinggi, lebih ionik dengan kisaran
distimulasi oleh M n ^ * aktif dengan adanya c u k u p lebar,
maupun Mg^* Mn^* d a r i p a d aM g ^ * c u k u p lebar, lebih aktif
d e n g a n a d a n y aM n ^ *

Tanggapan terhadap Sangat tahan Sangat rentan Terhambat pada

a-amanitin konsentrasi tinggi

L o k a s i d a l a m sel Nukleolus Nukleoplasma Nukleoplasma

Kedga macam R N A polimerase pada eukaryot m e m p u n y a i d u a subunit

Subunit utanria\ utama yang berukuran masing-masing 1 9 0 k D adan 1 3 5 k D a( R N A polimerase
RNA j
polimerase I), 2 2 0 k D a d a n 1 5 0 k D a ( R N A p o l i m e r a s e II), d a n 1 6 0 k D a d a n 1 2 8 k D a (RNA
p o l i m e r a s e III), d i t a m b a h b e b e r a p a s u b u n i t y a n g l e b i h kecil. S t r u k t u r semacam
itu m e m p u n y a i k e m i r i p a n dengan s t r u k t u r s u b u n i t u t a m a (core) R N A polimerase
p a d a p r o k a r y o t y a n g t e r d i r i a t a s d u a s u b u n i t u t a m a (|3 d a n ( } ' ) y a n g berukuran
besar d i t a m b a h dengan dua subunit yang lebih kecil (a^). Penelidan lebih lanjut
menunjukkan bahwa memang terdapat hubungan evolusioner antara subunit
u t a m a R N A polimerase pada p r o k a r y o t dengan subunit u t a m a pada ketiga subunit
RNA polimerase eukaryot.
D i antara subunit pada kedga m a c a m e n z i m t e r s e b u t ada beberapa subunit
yang ada pada setiap m a c a m R N A polimerase, yaitu subunit R P B 5 , R P B 6 , RPB8,
RPB10, dan RPB12. Gen-gen y a n g m e n g k o d e s u b u n i t R N A p o l i m e r a s e II p a d a
k h a m i r Saccharomyces cerevisiae telah berhasil diklon dan ditentukan urutan
nukleoddanya. Masing-masing subunit dikode oleh satu gen tunggal yang tersebar
pada sembilan k r o m o s o m yang berbeda (Tabel 10.2).
 Bab 10 Sistem Transl<ripsi pada Eukaryot: 179

T a b e l 10.2 k L o k a s i g e np e n g k o d e s u b u n i t R N A p o l i m e r a s e I I p a d a k h a m i r .

Gen Lokasi pada Mobilitas enzim Massa protein

kromosom pada S D S - P A G E aktual
(kDa) berdasarkan
ukuran gen (kDa)

RPBl IV 220 190

RPB2 X V 150 140
RPB3 DC 45 35
RPB4 X 32 25
RPB5 n 27 25
RPB6 XVI 23 18
RPB7 IV atau X I I 17 19
RPB8 XV 14 17
RPB9 v n 13 14
RPBIO XV 10 8,3
RPBll X V 13 14
RPB12 VIII 10 7,7

(Sumber: Weaver, 2003.)

D i a n t a r a 1 2 s u b u n i t R N A p o l i m e r a s e II p a d a k h a m i r t e r s e b u t , 1 0 s u b u n i t
diketahui bersifat m u t l a k diperlukan u n t u k aktivitas polimerase, sedangkan 2
subunit (yaitu R P B 4 d a n RPB9) diperlukan dalam keadaan tertentu. Delesi pada
kesepuluh gen pengkode subunit yang m u d a k diperlukan dalam aktivitas polimerase
t e r s e b u t b e r s i f a t m e m a d k a n {lethal) t e r h a d a p j a s a d n y a . S e c a r a u m u m , d a r i k e - 1 2
Pengelompokan/ s u b u n i t R N A p o l i m e r a s e II p a d a S. cerevisiae t e r s e b u t d a p a t d i b e d a k a n beberapa
subunit RNA
polimerase II k e l o m p o k y a i t u : ( 1 ) s u b u n i t u t a m a , ( 2 ) subunit u m u m , d a n ( 3 ) subunit
t i d a k penting. S u b u n i t u t a m a , y a i t u R P B l , R P B 2 , d a n R P B 3 , m e r u p a k a n s u b u n i t
yang m u d a k diperlukan u n t u k akdvitas enzim. Subunit R P B l juga merupakan
s u b u n i t y a n g m e n y e b a b k a n k e p e k a a n a t a u k e r e n t a n a n R N A p o l i m e r a s e II t e r h a d a p
a-amanidn. Ketiga subunit tersebut masing-masing m e m p u n y a i kemiripan dengan
s u b u n i t P, p', d a n a p a d a R N A p o l i m e r a s e £. coli. S u b u n i t u m u m , y a i t u RPB5,
RPB6, RPB8, R P B l 0 , d a n R P B l 2, terdapat pada ketiga m a c a m R N A polimerase
sehingga diduga m e m p u n y a i peranan sangat pendng dalam proses transkripsi.
Subunit ketiga, yaitu R P B 4 d a n RPB9, tidak secara m u d a k diperlukan untuk
aktivitas enzim karena mutasi pada kedua g e n yang m e n g k o d e subunit tersebut
tidak menyebabkan k e m a d a n sel pada suhu n o r m a l . Mutasi t e r s e b u t hanya bersifat
m e m a d k a n jika sel d i t u m b u h k a n pada suhu rendah atau tinggi.
Subunit yang paling besar ( R P B l ) diketahui m e m p u n y a i fungsi dalam peng-
ikatan D N A sedangkan RPB2 berperanan dalam pengikatan nukleodda d a n RPB3
berfungsi dalam p e n y u s u n a n e n z i m . S u b u n i t yang paling besar m e m p u n y a i d o -
main pada ujung karboksi {carboxy-terminal domain, C T D ) y a n g t e r s u s u n atas
perulangan urutan nukleodda dengan urutan konsensus Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-
Ser. U r u t a n s e m a c a m inihanya terdapat pada R N A polimerase II. Pada khamir
 180 Biologi Molekular

terdapat sekitar 2 6 perulangan sedangkan pada mamalia terdapat sekitar 5 0

perulangan urutan asam amino semacam ini. C T D diketahui berperanan dalam
p r o s e s inisiasi reaksl p o i i m e r a s i . S u b u n i t R P B l dapat mengalami fosforilasi pada
residu serin atau threonin. Enzim R N A p o l i m e r a s e II y a n g m e n g a l a m i f o s f o r i l a s i
pada subunitnya dinamakan llo, sedangkan yang tidak mengalami fosforilasi disebut
' ^ i ^ ^ j — l l a . D i k e t a h u i b a h w a d i d a l a m sel t e r d a p a t d u a b e n t u k R N A p o l i m e r a s e II k a r e n a
Bentuk-bentuk adanya perbedaan dalam fosforilasi subunit RPBl, yaitu ada bentuk RNA
RNA p o l i m e r a s e I I O d a n R N A p o l i m e r a s e IIA, s e d a n g k a n b e n t u k n o n f i s i o l o g i s n y a
polimerase II
disebut R N A p o l i m e r a s e MB. B e n t u k lla d a p a t d i u b a h m e n j a d i b e n t u k lib d e n g a n
Us-"^ — - A cara menghilangkan C T Dmenggunakan enzim protease. Bukti-bukd m e n u n j u k k a n
b a h w a b e n t u k I I A (ddak mengalami fosforilasi) adalah b e n t u k R N A polimerase
II y a n g p e r t a m a k a l i m e n e m p e l p a d a p r o m o t e r , s e d a n g k a n b e n t u k I I O ( y a n g
mengalami fosforilasi pada C T D ) adalah bentuk yang melakukan proses p e -
m a n j a n g a n t r a n s k r i p . H a l Ini m e m b e r i k a n g a m b a r a n b a h w a p e r u b a h a n s t a t u s d a r i
p r o s e s inisiasi m e n j a d i p r o s e s p e m a n j a n g a n t r a n s k r i p d i i k u t i o l e h p r o s e s f o s f o r i l a s i
CTD.

M e k a n i s m e Transkripsi pada E u k a r y o t
Secara u m u m , mekanisme transkripsi pada eukaryot serupa dengan yang terjadi
pada p r o k a r y o t . P r o s e s t r a n s k r i p s i diawali (diinisiasi) o l e h p r o s e s penempelan
faktor-faktor transkripsi d a n kompleks enzim R N A polimerase pada daerah
p r o m o t e r . B e r b e d a h a l n y a d e n g a n y a n g t e r j a d i p a d a p r o k a r y o t , RNA polimerase
eukaryot tidak menempel secara langsung pada DNA di daeraii promoter, m e -
l a i n k a n m e l a l u i p e r a n t a r a a n p r o t e i n - p r o t e i n l a i n y a n g d i s e b u t s e b a g a i faktor

IVIacam-macam
t r a n s k r i p s i (transcription factor, T F ) . F a k t o r t r a n s k r i p s i d i b e d a k a n m e n j a d i d u a
faktor k e l o m p o k , yaitu: ( 1 ) faktor transkripsi u m u m , dan ( 2 ) faktor transkripsi yang
transkripsi
khusus u n t u k suatu gen. Faktor transkripsi u m u m mengarahkan R N A polimerase
ke p r o m o t e r . Penempelan R N A polimerase pada p r o m o t e r oleh f a k t o r transkripsi
u m u m h a n y a m e n g h a s i l k a n t r a n s k r i p s i p a d a a r a s d a s a r (basal level). Pengaturan
transkripsi yang lebih spesifik dilakukan o l e h f a k t o r transkripsi yang khusus u n t u k
suatu gen. Meskipun demikian, proses p e n e m p e l a n t e r s e b u t sangat vital bagi
keberlangsungan proses transkripsi. Setelah faktor-faktor transkripsi u m u m d a n
R N A polimerase m e n e m p e l pada p r o m o t e r , selanjutnya akan terjadi pembentukan
k o m p l e k s p r o m o t e r t e r b u k a (open promoter complex). T r a n s k r i p s i d i m u l a i p a d a
d t i k a w a l t r a n s k r i p s i (RNA initiation site, R I S ) y a n g t e r l e t a k b e b e r a p a nukleotida
sebelum urutan kodon awal ATG.

Seperti telah dijelaskan sebelumnya, pada e u k a r y o t t e r d a p a t dga kelas gen,

y a i t u g e n k e l a s I, k e l a s II, d a n k e l a s III y a n g m a s i n g - m a s i n g d i k a t a l l s i s o l e h R N A
p o l i m e r a s e dan f a k t o r t r a n s k r i p s i yang berbeda. D a l a m bagian ini akan dibicarakan
t e n t a n g m e k a n i s m e t r a n s k r i p s i g e n k e l a s II t e r l e b i h d a h u l u m e n g i n g a t i n f o r m a s i
m e n g e n a i hal ini j a u h lebih ekstensif dibandingkan dengan s i s t e m t r a n s k r i p s i gen
kelas I d a n III.
 Bab 10 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 181

Transkripsi Gen Kelas U

T r a n s k r i p s i g e n k e l a s II d i l a k u k a n o l e h R N A p o l i m e r a s e II y a n g d i b a n t u oleh
beberapa faktor transkripsi u m u m . Penyusunan kompleks faktor transkripsi u m u m
d a n R N A p o l i m e r a s e II p a d a d a e r a h p r o m o t e r m e m b e n t u k k o m p l e k s pra-inisiasi
yang akan segera m e n g a w a l i transkripsi jika ada n u k l e o d d a . Ikatan s e m a c a m i n i
m e m b u a t d a e r a h p r o m o t e r m e n j a d i t e r b u k a s e h i n g g a R N A p o l i m e r a s e II d a p a t
membaca u r u t a n D N Apada cetakan. Faktor transkripsi u m u m yang berperan
d a l a m m e n g a r a h k a n R N A p o l i m e r a s e II k e p r o m o t e r a d a l a h TFIIA, TFIIB, TFIID,
T F I I E , T F I I F , T F I I H , d a n TFIIJ. F a k t o r - f a k t o r t r a n s k r i p s i t e r s e b u t a k a n m e n e m p e l
ke daerah p r o m o t e r secara bertahap sebelum akhirnya t e r b e n t u k kompleks pra-
inisiasi. P e n e m p e l a n f a k t o r t r a n s k r i p s i t e r s e b u t t e r j a d i d e n g a n u r u t a n : ( 1 ) p e r t a m a -
tama TFIID m e n e m p e l pada bagian k o t a k T A T A pada p r o m o t e r , yang dibantu
o l e h f a k t o r T F I I A sehingga m e m b e n t u k k o m p l e k s D A , (2) k e m u d i a n diikud oleh
penempelan TFIIB, (3) TFIIF selanjutnya m e n e m p e l diikuti oleh penempelan RNA
polimerase II,( 4 )akhirnya faktor TFIIE akan m e n e m p e l diikud oleh TFIIH d a n
T F I I J . K o m p l e k s p r a - i n i s i a s i y a n g t e r b e n t u k d i s e b u t s e b a g a i kompleks D A B P o l F E H .
Dengan d e m i k i a n d a p a t d i p a h a m i b a h w a R N A polimerase II pada eukaryot tidak
meriempel secara langsung pada D N A di daerah promoter melainkan melalui
perantaraan faktor transkripsi. TFIID adalah faktor transkripsi pertama yang
secara langsung berikatan dengan kotak T A T A sehingga penempelan faktor
t r a n s k r i p s i i n i a k a n m e n g a r a h k a n f a k t o r - f a k t o r t r a n s k r i p s i y a n g lain d a n R N A
polimerase II u n t u k m e n g e n a l i daerah promoter. Percobaan s e c a r a in vitro
m e n u n j u k k a n b a h w a jika T F I I D d d a k ada, m a k a d d a k akan t e r b e n t u k k o m p l e k s
p r a - i n i s i a s i , m e s k i p u n f a k t o r - f a k t o r t r a n s k r i p s i y a n g l a i n d i t a m b a h k a n . S e c a r a in
vitro j u g a t e l a h d i b u k d k a n bahwa TFIID dapat menempel pada k o t a k TATA
secara independen tanpa dibantu oleh TFIIA, sehingga disimpulkan bahwa peranan
T F I I A a d a l a h m e n i n g k a t k a n d a y a i k a t {affinity) T F I I D t e r h a d a p k o t a k T A T A . Pada
w a k t u k o m p l e k s pra-inisiasi sudah t e r b e n t u k , R N A p o l i m e r a s e b e r s a m a - s a m a dengan
TFIIH menutupi daerah p r o m o t e r mulai dari posisi - 3 4 sampai +17. Skema
p e m b e n t u k a n k o m p l e k s pra-inisiasi dapat dilihat pada G a m b a r 10.5.
Faktor transkripsi TFIID sebenarnya merupakan kompleks protein yang
t e r d i r i a t a s b e b e r a p a m a c a m p r o t e i n , y a i t u protein pengikat kotak T A T A (TATA-
box binding protein, TBP), dan 8-10 TAF (TBP-associated factors, faktor
transkripsi yang terkait dengan TBP). Pada g e n kelas II, p r o t e i n - p r o t e i n T A F
d i s e b u t s e b a g a i T A F , , k a r e n a p a d a g e n k e l a s I d a n g e n k e l a s III t e r d a p a t k e l o m p o k
p r o t e i n T A F y a n g lain y a i t u T A F , (kelas I) d a n T A F m (kelas III). P r o t e i n yang
m e l e k a t langsung pada k o t a k T A T A sebenarnya hanya protein TBP, sedangkan
p r o t e i n y a n g lain d a l a m k o m p l e k s T F I I D b e r i k a t a n m e l a l u i i k a t a n p r o t e i n d e n g a n
p r o t e i n . T B P juga t e r l i b a t d a l a m proses p e m b e n t u k a n k o m p l e k s pra-inisiasi dalam
ekspresi g e n kelas I dan g e n kelas III.
Setelah t e r b e n t u k k o m p l e k s pra-inisiasi, R N A p o l i m e r a s e II siap u n t u k m e -
lakukan proses transkripsi jika a d anukleotida. F a k t o r transkripsi yang penting
u n t u k m e n g a w a l i (Inisiasi) p r o s e s t r a n s k r i p s i adalah T B R T F I I B , TFIIF, dan R N A
polimerase II. T a n p a adanya TFIIE d a n TFIIH, sebenarnya sudah dapat terjadi
182 Biologi Molel<ular

TATA Titik awal transkripsi

^^^^^

TATA

•o
TFIIE

TFIIH

TATA Transkripsi dimulai

G a m b a r 10.5 • Pembentukan kompleks pra-iitisiasi transkripsi p a d a eukaryot.

 Bab 1 0 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 183

transkripsi n a m u n tidak sempurna (abortif). Pembentukan transkrip yang ddak

s e m p u r n a t e r s e b u t m e n a n d a k a n t e l a h t e r b e n t u k n y a k o m p l e k s inisiasi t e r m a s u k
terjadinya pembukaan D N A secara lokal dan p e m b e n t u k a n ikatan fosfodiester
pertama. D a l a m h a l i n if a k t o r TFIIE dan T F I I H tidak diperlukan dalam proses
i n i s i a s i m e l a i n k a n d i p e r l u k a n d a l a m p r o s e s p e l e p a s a n d a r i p r o m o t e r (promoter
clearance) y a n g m e n a n d a i d i m u l a i n y a t r a n s k r i p s i ( p e m a n j a n g a n t r a n s k r i p ) s e c a r a
aktif. Pelepasan dari p r o m o t e r t e r s e b u t dikatallsis o l e h aktivitas D N A helikase
yang dimiliki oleh T F I I H sehingga m e n y e b a b k a n t e r b u k a n y a D N A pada daerah
p r o m o t e r . H a l ini diduga d i l a k u k a n d e n g a n cara m e m u n t i r D N A d i d a e r a h hilir
dari bagian y a n g b e r i k a t a n dengan f a k t o r t r a n s k r i p s i y a n g lain sehingga t e r b e n t u k
gelembung transkripsi. Pembentukan gelembung transkripsi memungkinkan RNA
p o l i m e r a s e u n t u k m e m u l a i transkripsi dan bergerak k e arah hilir sepanjang 10-
1 2 nukleodda. Pergerakan R N A polimerase tersebut dibantu oleh aktivitas TFIIH
yang menyebabkan pemanjangan gelembung transkripsi.
F a k t o r T F I I H m e m p u n y a i banyak p e r a n a n , salah satunya adalah d a l a m p r o s e s
f o s f o r i l a s i R N A p o l i m e r a s e II m e n j a d i b e n t u k I I O . T F I I H d i k e t a h u i m e m p u n y a i
akdvitas kinase C T D . Bentuk R N A p o l i m e r a s e I I O inilah yang selanjutnya m e -
lakukan proses pemanjangan transkrip. Fosforilasi terjadi pada asam-asam a m i n o
p a d a b a g i a n C T D y a n g a d a p a d a s u b u n i t R N A p o l i m e r a s e II y a n g p a l i n g besar.
Dengan d e m i k i a n d a p a t d i k a t a k a n b a h w a proses fosforilasi RNA polimerase II
/n/7oh y o n g memicu perubahan status RNA polimerase II dari keadaan pra-inisiasi
menjadi inisiasi dan selanjutnya terjadi pemanjangan transkrip. Fosforilasi pada
RNA p o l i m e r a s e II m e n y e b a b k a n t e r j a d i n y a p e r u b a h a n k o n f o r m a s i kompleks
inisiasi m e n j a d i b e n t u k yang siap u n t u k m e l a k u k a n pemanjangan transkrip.
Pemanjangan transkrip tersebut dapat terjadi karena fosforilasi R N A polimerase
II m e n y e b a b k a n i k a t a n a n t a r a C T D d e n g a n T B P m e n j a d i l e m a h . D e n g a n adanya
n u k l e o t i d a m a k a k o m p l e k s p e m a n j a n g a n (elongation complex) d a p a t m e n e r u s k a n
proses pemanjangan transkrip (RNA).
Proses pemanjangan transkrip distimulasi oleh suatu faktor yang disebut
TFIIS. F a k t o r i n i p e r t a m a kali d i k e t e m u k a n o l e h R e i n b e r g d a n R o e d e r pada
tahun 1987 dalam sel HeLa. Faktor TFIIS ini diketahui merupakan homolog
f a k t o r s e r u p a y a i t u S l l y a n g t e r d a p a t d i d a l a m s e l t u m o r ascite y a n g d i k e t e m u k a n
oleh N a o r i . Faktor TFIIS diketahui dapat memengaruhi proses pemanjangan
transkrip tetapi ddak berperan dalam proses inisiasi t r a n s k r i p s i . F a k t o r T F I I S
dapat mensdmulasi pemanjangan transkrip dengan cara membatasi jeda dalam
proses poiimerasi R N A oleh R N A polimerase. Diketahui bahwa akdvitas R N A
p o l i m e r a s e dalam proses transkripsi d d a k selalu dalam keadaan tetap, kadang-
kadang terjadi jeda dalam proses transkripsi pada suatu daerah yang disebut sisi
j e d a (pausing s / t e ) . T F I I S d i k e t a h u i m e n g u r a n g i w a k t u j e d a s e m a c a m i n i s e h i n g g a
dapat m e n i n g k a t k a n p e m a n j a n g a n t r a n s k r i p . A d a hal yang m e n a r i k b a h w a salah
satu f a k t o r inisiasi, y a i t u TFIIF, juga d a p a t m e m e n g a r u h i p r o s e s pemanjangan
transkrip meskipun dengan cara yang berbeda dari TFIIS. Faktor TFIIS diketahui
d a p a t m e m e n g a r u h i j e d a p r o s e s t r a n s k r i p s i p a d a sisi D N A yang cukup panjang
sedangkan TFIIF mengurangi w a k t u jeda pada daerah D N A yang acak.
184 Biologi Molekular

Proses pemanjangan transkrip akan berjalan sampai R N A p o l i m e r a s e II

mencapai daerah terminator. Pada dasarnya proses pemanjangan transkrip ber-
langsung seperti proses yang terjadi pada sistem p r o k a r y o t seperti telah dijelaskan
pada bagian s e b e l u m n y a . T e r m i n a s i transkripsi dapat terjadi k a r e n a adanya akdvitas
f o s f a t a s e y a n g s p e s i f i k u n t u k C T D s e h i n g g a m e n g e m b a l i k a n R N A p o l i m e r a s e II
menjadi bentuk yang ddak mengalami fosforilasi. D a l a m keadaan ddak mengalami
fosforilasi, R N A polimerase II d a p a t d i g u n a k a n lagi d a l a m proses transkripsi
b e r i k u t n y a . D e n g a n d e m i k i a n R N A p o l i m e r a s e II d a p a t d i g u n a k a n s e c a r a b e r u l a n g -
u l a n g d a l a m p r o s e s t r a n s k r i p s i g e n k e l a s II. H a l i n i d i s e b u t s e b a g a i RNA polymerase
cycling.

Transkripsi Gen Kelas I

T r a n s k r i p s i g e n k e l a s I d i l a k u k a n o l e h R N A p o l i m e r a s e I. P r o s e s t r a n s k r i p s i g e n
kelas I juga dimulai dengan p e m b e n t u k a n k o m p l e k s pra-inisiasi yang dilakukan
o l e h R N A p o l i m e r a s e I d a n d u a f a k t o r t r a n s k r i p s i , y a i t u SL1 d a n U B F {upstream-
binding factor). S L 1 p e r t a m a k a l i d i i s o l a s i d a r i s e l H e L a d a n m a m p u mengatur
t e r j a d i n y a inisiasi t r a n s k r i p s i p a d a g e n m a n u s i a s e c a r a a k u r a t . S L 1 m e r u p a k a n
f a k t o r t r a n s k r i p s i yang m e m p u n y a i spesifisitas u n t u k suatu spesies, a r t i n y a dapat
Peranan m e m b e d a k a n antara p r o m o t e r gen pada manusia dan p r o m o t e r pada gen mencit.
f a k t o r SL1
Faktor SL1 diketahui b e r p e r a n a n dalam p e n y u s u n a n k o m p l e k s pra-inisiasi R N A
p o l i m e r a s e I. S p e s i f i s i t a s SL1 terhadap suatu p r o m o t e r dibantu oleh elemen
promoter utama (core promoter element). Robert Tjian d a n kav^an-k? -an
menunjukkan bahwa promoter r R N A hibrid yang t e r s u s u n atas e l e m e n pro-
m o t e r u t a m a yang berasal dari manusia dan daerah pengendali hulu yang berasal
dari mencit dapat m e n d o r o n g terjadinya transkripsi oleh R N A polimerase I d a n
f a k t o r transkripsi S L 1 yang berasal dari manusia. Sebaliknya, jika e l e m e n pro-
m o t e r u t a m a berasal dari m e n c i t dan daerah pengendali hulu berasal dari manusia,
maka tidak terjadi transkripsi meskipun ada R N A polimerase I dan faktor
transkripsi S L 1 yang berasal dari manusia. H a l ini m e n u n j u k k a n b a h w a elemen
p r o m o t e r u t a m a m e m p u n y a i peranan yang sangat penting dalam interaksinya
dengan faktor transkripsi SL1. Faktor S L 1 merupakan suatu kompleks protein
y a n g t e r s u s u n a t a s T B P {TATA-box binding protein) d a n d g a m o l e k u l T A F (TATA-box
associated protein). S L 1 s e c a r a s e n d i r i a n m a m p u m e n s t i m u l a s i t r a n s k r i p s i pada
a r a s d a s a r {basal level).
T r a n s k r i p s i g e n kelas I d i m u l a i d a r i d a e r a h promoter antara d a n b e r a k h i r
p a d a sisi s e b e l a h h u l u p r o m o t e r u t a m a ( l i h a t G a m b a r 1 0 . 1 ) . H a l ini d i m a k s u d k a n
untuk mengantarkan molekul R N A polimerase I d a l a m j u m l a h b e s a r k e sisi
inisiasi. S e c a r a r i n c i , m e k a n i s m e inisiasi t r a n s k r i p s i g e n kelas I s a m p a i saat i n i
b e l u m d i k e t a h u i secara jelas.
Selain f a k t o r S L l , inisiasi t r a n s k r i p s i g e n kelas I juga m e m e r l u k a n f a k t o r
Peranan transkripsi UBF. F a k t o r U B F inilah yang m e n e m p e l pada daerah p r o m o t e r gen
f a k t o r UBF
r R N A s e c a r a l a n g s u n g d a n b u k a n n y a R N A p o l i m e r a s e I. R o b e r t T j i a n d a n k a w a n -
k a w a n m e n e m u k a n b a h w a f a k t o r U B Fjuga dapat menstimulasi transkripsi g e n
rRNA s e c a r a in vitro. U B F d a n S L l d i k e t a h u i b e r l n t e r a k s l d a l a m mensdmulasi
 Bab 1 0 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 1 8 5
A

aktivitas p r o m o t e r gen r R N A melalui daerah pengendali sebelah hulu. Penelitian

lebih lanjut m e n u n j u k k a n bahv/a f a k t o r S L l yang berasal dari manusia tidak
berikatan langsung pada D N A , sedangkan S L l yang berasal dari m e n c i t dapat
m e n e m p e l pada p r o m o t e r g e n r R N A m e n c i t . Selain i t u juga diketahui b a h w a
f a k t o r transkripsi S L l yang berasal dari manusia hanya aktif terhadap p r o m o t e r
manusia, sedangkan S L l m e n c i t juga hanya aktif t e r h a d a p p r o m o t e r m e n c i t .
Sebaliknya, f a k t o r transkripsi U B F yang berasal dari manusia dapat menggantikan
fungsi U B Fdari mencit, d a n sebaliknya.

Transkripsi Gen Kelas HI

T r a n s k r i p s i g e n kelas III (gen t R N A d a n 5 Sr R N A ) d i l a k u k a n o l e h R N A p o l i m e r a s e
M a c a m dan III d i b a n t u o l e h s e k e l o m p o k p r o t e i n y a n g d i k e n a l s e b a g a i f a k t o r t r a n s k r i p s i T F I I I
peranan faktor
transkripsi TFIII yang meliputi TFIIIA, TFIIIB, dan TFIIIC serta protein TBP. Penelitian m e n u n j u k -
kan b a h w a sintesis t R N A dapat dilakukan tanpa m e n g g u n a k a n TFIIIA, melainkan
c u k u p dengan TFIIIB dan TFIIIC. Sebaliknya, sintesis SS r R N A m e m e r l u k a n TFIIIA,
TFIIIB, d a n TFIIIC. D a l a m sintesis SS r R N A , TFIIIA m e r u p a k a n f a k t o r p e r t a m a
yang mengenali d a nm e l e k a t pada p r o m o t e r g e n 5 S r R N A . Sejauh ini proses
r i n c i t r a n s k r i p s i g e n kelas III m a s i h m e r u p a k a n h i p o t e s i s y a n g r a n g k a i a n n y a k u r a n g
lebih sebagai b e r i k u t . P e r t a m a - t a m a , f a k t o r T F I I I C m e n e m p e l pada k o t a k A d a n
k o t a k B yang a d a pada p r o m o t e r internal (pada g e n SS r R N A , TFIIIC akan
m e n e m p e l bersamaan dengan TFIIIA). Penempelan TFIIIC tersebut m e n d o r o n g
p e n e m p e l a n TFIIIB dan T B Ppada daerah sebelah hulu dari titik awal transkripsi.
Selanjutnya, R N A p o l i m e r a s e III m e n e m p e l pada d a e r a h a w a l t r a n s k r i p s i d a n
siap m e m u l a i p r o s e s t r a n s k r i p s i . Pada saat t r a n s k r i p s i d i m u l a i , R N A p o l i m e r a s e
III d i d u g a m e n y e b a b k a n T F I I I C t e r l e p a s d a r i i k a t a n n y a d e n g a n k o t a k A d a n
k o t a k B pada daerah p r o m o t e r internal, sementara TFIIIB tetap berada di
t e m p a t n y a u n t u k m e m u l a i r a n g k a i a n p r o s e s t r a n s k r i p s i b e r i k u t n y a . S e c a r a in
vitro, k o m p l e k s i k a t a n T F I I I A , T F I I I B , T F I I I C , d a n R N A p o l i m e r a s e I I I t e r s e b u t
dapat m e n d u k u n g proses transkripsi sampai k u r a n g lebih 4 0 kali. Selama
r a n g k a i a n p r o s e s t e r s e b u t , R N A p o l i m e r a s e III a k a n b e r d i s o s i a s i d a n berasosiasi
k e m b a l i k e dalam k o m p l e k s p r o t e i n setiap kali t e r j a d i proses t r a n s k r i p s i . Sejauh
i n i d i k e t a h u i b a h w a t e r m i n a s i t r a n s k r i p s i g e n k e l a s I I I p a d a Xenopus terjadi
pada suatu daerah t e r t e n t u d a ntidak melibatkan p r o t e i n khusus.
TFIIIA adalah suatu p r o t e i n yang m e l e k a t pada D N Adan mempunyai

Ciri p r o t e i n s t r u k t u r yang d i s e b u t sebagai z'mc-finger. P r o t e i n zinc-finger dicirikan oleh

zinc-finger suatu inti a t o m zinc yang m e n g i k a t d u aasam a m i n o sistein d a n d u a asam
a m i n o h i s t i d i n , m e s k i p u n b e b e r a p a p r o t e i n zinc-finger y a n g l a i n a d a y a n g h a n y a
mengikat e m p a t asam sistein dan tidak ada histidin. F a k t o r T F I I I A t e r s u s u n atas
s e m b i l a n s t r u k t u r zinc-finger d a l a m s a t u b a r i s d a n s t r u k t u r i n i d i d u g a m e n y i s i p
k e d a l a m s t r u k t u r major groove p a d a D N A d a e r a h p r o m o t e r i n t e r n a l g e n 5 S
rRNA. Skema p e m b e n t u k a n k o m p l e k s pra-inisiasi pada g e n kelas III dapat
dilihat pada G a m b a r 10.6.
186 Biologi Molekular

Kotak A Kotak B

G a m b a r 10.6 •P e m b e n t u k a n k o m p l e k s pra-inisiasi p a d a g e n kelas III. ( D i a d a p t a s i

dari Weaver, 2003.)

Peranan F a k t o r TBP dalam Transkripsi

Faktor T B P merupakan protein universal yang diperlukan dalam transkripsi g e n
k e l a s I, k e l a s I I , m a u p u n k e l a s III, t e r m a s u k g e n k e l a s II y a n g t i d a k mempunyai
k o t a k T A T A . Selain i t u , penelidan m e n u n j u k k a n b a h w a T B P juga d i t e m u k a n dalam
sel jasad h i d u p d a r i k e l o m p o k y a n g lain y a i t u A r c h a e a . A r c h a e a adalah jasad
hidup dari kerajaan tersendiri yang ddak m e m p u n y a i i n dsel d a nberbeda dari
p r o k a r y o t dan eukaryot, meskipun banyak bukd yang menunjukkan kemlrlpannya
dengan eukaryot. Pada tahun 1994, Stephen Jackson m e n e m u k a n bahwa di dalam
s a l a h s a t u a n g g o t a a r c h a e a , y a i t u Pyrococcus woesei, t e r d a p a t s u a t u p r o t e i n y a n g
secara struktural d a n fungsional m i r i p dengan T B P pada e u k a r y o t . Selain i t u ,
protein yang mirip dengan TFIIB juga d i t e m u k a n pada k e l o m p o k archaea.
 Bab 1 0 Sistem Transl<ripsi pada Eul<aryot 1 8 7

Meskipun pada awalnya T B P diduga merupakan protein yang hanya dapat

m e n e m p e l p a d a d a e r a h T A T A ( o l e h k a r e n a i t u d i s e b u t s e b a g a i TATA-box binding
protein), n a m u n b e b e r a p a b u k t i m e n u n j u k k a n b a h w a g e n - g e n y a n g t i d a k m e m p u n y a i
k o t a k T A T A juga m e m e r l u k a n T B P dalam proses transkripsinya. Pada gen kelas
I, T B P m e l e k a t p a d a d a e r a h e l e m e n I n t i ( c o r e element) p r o m o t e r bersama-sama
d e n g a n S L l . P a d a g e n kelas II y a n g tidak mempunyai kotak TATA, TBP melekat
bersama-sama dengan TFIID, sedangkan T F I I D berikatan dengan protein Spl yang
m e l e k a t p a d a k o t a k G C . G e n k e l a s III j u g a tidak m e m p u n y a i k o t a k T A T A s e h i n g g a
T B P berikatan dengan TFIIIB yang m e n e m p e l pada daerah sebelah hulu dari titik
awal transkripsi. Skema ikatan T B P pada gen-gen yang tidak mempunyai kotak
T A T A disajikan dalam G a m b a r 10.7.

TAF,[250 TAF[,250 TAF|[250

TATA E l e m e n inisiator Elemen inisiator G C

Gambar 10.71 Skema ikatan antara TBP dengan promoter yang tidak m e m p u n y a i
kotak TATA.

Pemrosesan Transkrip Pasca-Transkripsi

Pada prokaryot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara
serentak, artinya bahwa sebelum t r a n s k r i p s i selesai dilakukan, translasi sudah
dapat d i m u l a i . H a l ini dapat t e r j a d i k a r e n a pada p r o k a r y o t tidak ada hambatan
struktural selkarena semua k o m p o n e n transkripsi dan translasi terletak pada
ruangan sitoplasma yang sama. Sebaliknya, pada eukaryot, transkripsi berlangsung
di d a l a m n u k l e u s s e d a n g k a n translasi b e r l a n g s u n g di dalam sitoplasma. Dengan
demikian translasi baru dapat dijalankan jika proses transkripsi sudah selesai
d i l a k u k a n . J e d a w a k t u s e m a c a m i n i d i s e b u t s e b a g a i fase pasca-transkripsi. P a d a
\ Proses-proses fase ini t e r j a d i b e b e r a p a proses yang u n i k pada e u k a r y o t , a n t a r a lain: ( 1 ) p e -
\ d a l a m fase
m o t o n g a n d a n p e n y a m b u n g a n R N A (RNA splicing), (2) poliadenilasi ( p e n a m b a h a n
pasca-
trar)skripsi g u g u s p o l i - A p a d a u j u n g 3 ' m R N A ) , ( 3 ) p e n a m b a h a n t u d u n g (cap) p a d a u j u n g 5 '
m R N A , dan (4) penyuntingan mRNA.

P e m o t o n g a n dan P e n y a m b u n g a n RNA (Splicing)

Seperti telah d i k e m u k a k a n sebelumnya, pada jasad e u k a r y o t banyak terdapat gen
y a n g o r g a n l s a s l n y a t e r s u s u n a t a s e k s o n d a n intron, m e s k i p u n tidak semua gen
 188 Biologi Molekular

e u k a r y o t m e m p u n y a i intron. Pada awalnya, gen yang terdiri atas e k s o n d a n i n t r o n

d i t r a n s k r i p s i m e n g h a s i l k a n p r e - m R N A ( t r a n s k r i p p r i m e r , primary trariscript) k a r e n a
masih mengandung sekuens intron. Pada tahapan selanjutnya intron akan dipotong
dari p r e - m R N A dan ekson-ekson yang adaselanjutnya disambung menjadi m R N A
y a n g ' m a t a n g ' (mature mRNA). P r o s e s p e m o t o n g a n i n t r o n d a n p e n y a m b u n g a n
\ Definisi kembali e k s o n - e k s o n disebut sebagai proses p e n y a m b u n g a n RNA ( R N A splic-
\ spiking ing).Transkrip m R N A yang sudah m a t a n g inilah yang selanjutnya akan ditranslasl.
Secara skematis tahapan dasar p e m r o s e s a n m R N A pada e u k a r y o t dapat dilihat
pada G a m b a r 10.8.

Intron 1

Gen

Transkrip
primer
Ekson 1 Ekson 3

Splicing

Transkrip matang

Ekson 1 Ekson 2 Ekson 3

G a m b a r 1 0 . 8 I S k e m a d a s a r p r o s e s splicing m R N A p a d a n u k l e u s . ( D i a d a p t a s i d a r i
Weaver, 2003.)

P r o s e s splicing R N A a d a l a h p r o s e s y a n g s a n g a t a k u r a t . A k u r a s i p r o s e s p e -
motongan d a n penyambungan ditentukan oleh suatu urutan nukleodda yang
d i k e n a l s e b a g a i splicing signals. S e j a u h i n i u r u t a n n u k l e o t i d a l e s t a r i y a n g d i t e m u k a n
pada beberapa i n t r o n yang berbeda yang diketahui adalah d u a nukleotida pada
ujung intron, yaitu
Intron

ekson-GU AG-ekson

Selain u r u t a n t e r s e b u t juga a d a u r u t a n k o n s e n s u s pada bagian p e r t e m u a n a n t a r a

ekson dengan intron. Pada gen-gen yang adadalam nukleus, u r u t a n konsensusnya
adalah sebagai b e r i k u t :
 Bab 10 Sistem Transl<ripsi pada Eukaryot 189

Ekson Intron Ekson

^ 6 4 G73 G,oo A,g U ,63 6Py74-87 N C,,A,OQG N

'100

Angka-angka m e n u n j u k k a n persentase frekuensi n u k l e o t i d a pada dap posisi, jika

angkanya 1 0 0 b e r a r d basa t e r s e b u t selalu berada pada posisi t e r s e b u t . N dan P y
m e n y a t a k a n n u k l e o d d a apa p u n a t a u basa p i r i m i d i n yang m u n g k i n ada pada posisi
t e r s e b u t . U r u t a n n u k l e o d d a pada bagian p e r t e m u a n e k s o n - i n t r o n t e r s e b u t b e r b e d a
untuk gent R N A d a ng e n s t r u k t u r a l pada mitokondria d a n kloroplas karena
adanya p e r b e d a a n d a l a m hal m e k a n i s m e p e m o t o n g a n - p e n y a m b u n g a n RNA-nya.
P a d a g e n - g e n y a n g a d a d a l a m n u k l e u s h a n y a a d a u r u t a n n u k l e o d d a l e s t a r i (con-
served) y a n g p e n d e k , y a i t u T A C T A A C , y a n g t e r l e t a k s e k i t a r 3 0 p a s a n g a n basa
d i s e b e l a h h u l u d a r i s i s i 3 ' p e n y a m b u n g a n . R e s i d u adenine p a d a p o s i s i keenam
k o t a k T A C T A A C adalah residu yang lestari dan m e m p u n y a i peranan sangat p e n d n g
dalam proses pemotongan-penyambungan intron-ekson. Secara u m u m dapat
disebutkan bahwa sekuens i n t r o n pada gen-gen dalam nukleus bersifat acak,
kecuali sekuens dinukleotida G T dan A C serta kotak T A C T A A C . Intron pada
gen-gen m i t o k o n d r i a dan kloroplas juga m e m p u n y a i sekuens lestari tetapi b e r b e d a
dari yang a d a pada gen-gen dalam inti sel. S e k u e n s konsensus pada daerah
perbatasan antara e k s o n - i n t r o n pada p r e k u r s o r m R N A khamir telah diketahui
dengan u r u t a n sebagai berikut:

5' - G U A U G U - intron - U A C U A A C - PyAG - 3'

D a r i beberapa penelidan diketahui b a h w a sinyal u n t u k p e m o t o n g a n i n t r o n

dan penyambungan ekson (splicing signals) pada prekursor m R N A gen-gen
pada n u k l e u s sangat seragam, yaitu k e d u a basa i n t r o n p e r t a m a h a m p i r selalu
m e n g a n d u n g G U dan dua basa t e r a k h i r h a m p i r selalu m e n g a n d u n g A G . Selain i t u ,
keseluruhan sekuens konsensus sangat p e n d n g u n t u k p e m o t o n g a n i n t r o n d a n
penyambungan e k s o n secara tepat. Mutasi pada sekuens konsensus dapat m e n g -
a k l b a t k a n splicing y a n g a b n o r m a l . S i f a t l e s t a r i u j u n g 5 ' d a n 3 ' p a d a s i s i p e m o t o n g a n -
penyambungan serta kotak T A C T A A C menunjukkan bahwa halini mempunyai
fungsi sangat p e n d n g d a l a m ekspresi genetik. M u t a s i pada bagian t e r s e b u t dapat
m e n y e b a b k a n p e r u b a h a n f e n o d p e pada banyak jasad e u k a r y o t . Sebagai c o n t o h ,
m u t a s i pada d a e r a h ini seringkali b e r t a n g g u n g j a w a b d a l a m p e m u n c u l a n p e n y a k i t
m e n u r u n pada manusia, misalnya kelalnan h e m o g l o b i n .

Penelidan menunjukkan bahwa proses p e m o t o n g a n intron dari transkrip

RNA terdiri atas tiga d p e yang berbeda yaitu:

1. I n t r o n pada p r e k u r s o r t R N A d i p o t o n g dengan m e n g g u n a k a n endonuklease

s e c a r a t e p a t d i i k u d o l e h r e a k s i ligasi ( p e n y a m b u n g a n ) m e n g g u n a k a n e n z i m ligase.
2. I n t r o n pada beberapa p r e k u r s o r r R N A dihilangkan dengan m e k a n i s m e a u t o -
katalitik melalui reaksi unik yang melibatkan m o l e k u l R N A itu sendiri dan tidak
melibatkan aktivitas enzim.
3. Intron pada pre-mRNA dipotong dengan m e k a n i s m e reaksi dua-langkah
yang dilakukan oleh partikel ribonukleoprotein yang disebut sp/iceosome.
M e k a n i s m e Splicing Prekursor mRNA Inti Sel
S e c a r a s e d e r h a n a , m e k a n i s m e splicing p r e k u r s o r m R N A nukleus disajikan pada
G a m b a r 1 0 . 9 . D a l a m m e k a n i s m e I n i , p r o s e s splicing m e n g h a s i l k a n s u a t u s t r u k t u r
c a b a n g y a n g d i s e b u t d e n g a n lariat k a r e n a b e n t u k n y a s e p e r t i t a l i l a s o . P a d a t a h a p
p e r t a m a , g u g u s 2 ' - O H n u k l e o d d a adenine y a n g a d a d a l a m i n t r o n menyerang
ikatan fosfodiester yang menghubungkan ekson 1 dengan intron. H a l Ini m e -
nyebabkan t e r p u t u s n y a ikatan antara e k s o n 1 dengan i n t r o n sehingga dihasilkan
e k s o n 1 yang bebas d a n s t r u k t u r lariat yang m e r u p a k a n gabungan antara i n t r o n
dengan ekson 2. S t r u k t u r lariat tersebut m e m p u n y a i ujung 5' G U yang berikatan
dengan titik percabangan melalui ikatan fosfodiester Pada tahap kedua, ujung
3 ' - O H pada e k s o n 1 m e n y e r a n g ikatan fosfodiester antara i n t r o n dengan ekson
2, m e n g h a s i l k a n s t r u k t u r i n t r o n b e r b e n t u k lariat d a n e k s o n 1/ekson 2 yang
bersambungan. Penyambungan antara ekson 1 d a nekson 2 diperantarai oleh
gugus fosfat pada ujung 5 ' e k s o n 2.

P e n e l i d a n p a d a k h a m i r m e n u n j u k k a n b a h w a splicing b e r l a n g s u n g d l d a l a m
s u a t u p a r t i k e l b e r u k u r a n 4 0 S y a n g d i s e b u t s e b a g a i spliceosome. P a r t i k e l t e r s e b u t
mempunyai peranan sangat pendng dalam proses splicing k a r e n a pre-mRNA
yang mengalami mutasi dari A ^ C pada d d k percabangan ddak dapat mengalami
splicing. H a l I t u d i s e b a b k a n R N A semacam ini ddak m a m p u m e m b u a t struktur
spliceosome. S e l a i n p a r t i k e l spliceosome, f a k t o r l a i n y a n g j u g a b e r p e r a n a n p e n t i n g
d a l a m splicing a d a l a h m o l e k u l R N A b e r u k u r a n k e c i l y a n g d i s e b u t small nuclear
RNA (snRNA) y a n g b e r a s o s i a s i dengan suatu protein m e m b e n t u k kompleks
small ribonuclear proteins ( s n R N P , d i b a c a "snurp"). K o m p l e k s t e r s e b u t d a p a t
dipisahkan dengan elektroforesis gel menghasilkan pardkel-partikel individual yang
d i s e b u t U 1 , U2, U4, US, d a n U6.

Mekanisme Splicing S e c a r a Autokatalitik

M e k a n i s m e ini terjadi pada p r e k u r s o r r R N A tanpa melibatkan akdvitas e n z i m .
Lebih jauh telah d i k e t a h u i pula b a h w a m e k a n i s m e s e m a c a m inijuga terjadi pada
p e m o t o n g a n i n t r o n pada banyak p r e k u r s o r r R N A , t R N A , d a n m R N A yang a d a
pada m i t o k o n d r i a d a n k l o r o p l a s banyak spesies, misalnya pemotongan intron
gen 2 6 S r R N A p a d a Tetraiiymena. M e k a n i s m e splicing a u t o k a t a l i d k d d a k m e -
m e r l u k a n energi m a u p u n enzim tetapi melibatkan reaksi transfer ikatan fosfoester
tanpa a d a ikatan yang hilang. M e k a n i s m e p e m o t o n g a n i n t r o n secara a u t o k a t a l i t i k
dapat dibedakan menjadi d u a ,yaitu pada gen-gen yang mengandung intron
g r u p I d a n intron g r u p II.
P a d a i n t r o n g r u p I ( m i s a l n y a 2 6 S r R N A p a d a Tetrahymena), p r o s e s splicing
m e l i b a t k a n p e n a m b a h a n n u k l e o d d a guanine p a d a u j u n g 5 ' i n t r o n . Guanine t e r s e b u t
adalah n u k l e o t i d a yang berasal dari luar, b u k a n bagian integral i n t r o n seperti
y a n g d i a m a d p a d a splicing m e n g g u n a k a n spliceosome. P a d a t a h a p p e r t a m a , n u k l e o -
d d a guanine m e n y e r a n g n u k l e o d d a adenine p a d a u j u n g 5 ' i n t r o n d a n m e l e p a s k a n
e k s o n 1 .Pada tahap kedua, e k s o n 1 m e n y e r a n g e k s o n 2 sekaligus melakukan
penyambungan ekson 1 dan ekson 2 serta melepaskan intron berbentuk linear
 Bab 1 0 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 191

Selanjutnya, dengan proses yang berbeda, Intron linear dipotong nukleotidanya

sebanyak 1 9 nukleodda dari ujung 5' ( G a m b a r 10.9).

O H
V
IpGU- -A AGpl

G -o:

•A A G O H

( a ) Splicing m R N A n u k l e u s

Ekson 1 > / Ekson 2

5'! l U p A ^ ^ C p l .13'

\
G O H

GpA \

Ekson 1 Ekson 2
5' ]UOH ^ G p U ~|3'

Ekson 1 Ekson 2
Intron
I U l p U f 3' + G p A G O H

( b ) Splicing i n t r o n k e l a s I

G a m b a r 1 0 . 9 • M e k a n i s m e splicing i n t r o n . ( a ) Splicing m R N A nukleus. (b) Splicing

intron kelas I .(Diadaptasi dari Weaver, 2003.)
 G e n - g e n m i t o k o n d r i a dan k l o r o p l a s m e n g a n d u n g i n t r o n g r u p I dan II, t e t a p i
m e k a n i s m e pemrosesannya berbeda. Kalau pada intron grup I p e m o t o n g a n intron
dilakukan dengan penyerangan o l e h n u k l e o d d a guanine, maka pada intron
g r u p II p e n y e r a n g a n t e r s e b u t d i l a k u k a n o l e h adenine y a n g a d a d i d a l a m intron
s e h i n g g a t e r b e n t u k l a r i a t . M e k a n i s m e splicing i n t r o n g r u p I I m e m p u n y a i k e m i r i p a n
d e n g a n m e k a n i s m e splicing y a n g m e n g g u n a k a n k o m p l e k s spliceosome y a n g t e r j a d i
pada m R N A gen-gen inti sel. H a l i n i m e m b e r i k a n g a m b a r a n m e n g e n a i adanya
k e m i r i p a n f u n g s i a n t a r a s n R N P (spliceosome) d e n g a n g u g u s k a t a l l d k p a d a i n t r o n
g r u p II. L e b i h l a n j u t hal ini m e n l m b u l k a n dugaan b a h w a i n t r o n pada m R N A gen-
g e n i n d s e l s e c a r a e v o l u s i o n e r b e r a s a l d a r i i n t r o n g r u p II y a n g a d a p a d a b a k t e r i
karena a d a hipotesis yang mengungkapkan b a h w a m i t o k o n d r i a berasal dari
prokaryot awal.

M e k a n i s m e S p l i c i n g Prekursor tRNA
P r o s e s splicing p r e k u r s o r t R N A p a d a Saccharomyces cerevisiae d i l a k u k a n m e l a l u i
d u a t a h a p a n . D a l a m t a h a p a n I , e n z i m y a n g d i s e b u t splicing endonuclease (tRNA
endonuklease) y a n g t e r i k a t p a d a m e m b r a n n u k l e u s m e l a k u k a n d u a p e m o t o n g a n
s e c a r a t e p a t p a d a u j u n g - u j u n g i n t r o n . S e l a n j u t n y a p a d a t a h a p a n II s u a t u e n z i m
y a n g d i s e b u t splicing ligase ( R N A ligase) m e n y a m b u n g k e d u a b a g i a n t R N A s e h i n g g a
dihasilkan m o l e k u l t R N A yang sudah 'matang' ( G a m b a r 10.10).
B e b e r a p a m e k a n i s m e splicing y a n g d i j e l a s k a n d i a t a s a d a l a h m e k a n i s m e cis-
splicing, y a i t u p r o s e s splicing y a n g m e l i b a t k a n d u a e k s o n a t a u l e b i h y a n g a d a p a d a
g e n y a n g s a m a . P e n e l i t i a n p a d a tripanosoma, p r o t o z o a y a n g m e m p u n y a i a l a t
g e r a k f l a g e l l a , m e n u n j u k k a n a d a m e k a n i s m e splicing a l t e r n a d f y a n g d i s e b u t trans-
splicing. P a d a trans-splicing e k s o n - e k s o n y a n g d i g a b u n g k a n bukan berasal dari
gen yang sama, bahkan dapat berasal dari k r o m o s o m yang berbeda. Penelitian
lebih lanjut pada jasad i n i m e n u n j u k k a n b a h w a s e m u a m R N A mempunyai 35
n u k l e o t i d a a w a l (leader), d i s e b u t s e b a g a i spliced leader (SL), t e t a p i g e n - g e n y a n g
mengkode mRNA tersebut tidak mempunyai urutan komplementer ke-35
nukleotida awal. G e n yang mengkode SL tersebut diketahui berulang sekitar 200
kali pada g e n o m t r i p a n o s o m a . G e n t e r s e b u t hanya m e n g k o d e S L d i t a m b a h 1 0 0
n u k l e o t i d a y a n g t e r s a m b u n g p a d a S L m e l a l u i s e k u e n s splicing k o n s e n s u s pada
ujung 5'. Dengan d e m i k i a n , g e n mini t e r s e b u t t e r s u s u n atas e k s o n S L yang
pendek dan ujung 5' suatu intron.

Poliadenilasi mRNA
Transkrip m R N A pada e u k a r y o t juga mengalami p e m r o s e s a n dalam bentuk
p e n a m b a h a n poliA ( r a n t a i A M P ) p a d a u j u n g 3 ' s e p a n j a n g k u r a n g l e b i h 2 0 0 - 2 5 0
nukleotida. Penambahan poliA semacam i n i tidak t e r j a d i p a d a r R N A maupun
t R N A . Rantai poliA tersebut ditambahkan pasca-transkripsi karena tidak ada
bagian g e n y a n g m e n g k o d e rangkaian A a t a u T s e m a c a m Ini. P e n a m b a h a n t e r s e b u t
d i l a k u k a n d e n g a n m e n g g u n a k a n a k t i v i t a s e n z i m poli(A) polimerase y a n g a d a d i
dalam nukleus. Sebagian besar m R N A m e n g a n d u n g poliA, kecuali m R N A histon.
 Bab 1 0 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 193

3'-OH 3'-OH
5'-P 5'-P

Splicing e n d o n u k l e a s e

O H
Sekuens intron

HQ-
S' Sekuens intron 3'

3'-OH 3'-OH

G a m b a r 1 0 . 1 0 > S k e m a m e k a n i s m e splicing t R N A . ( D i a d a p t a s i d a r i S n u s t a d d a n
S i m m o n s , 2003.)

P e n a m b a h a n p o l l A pada ujung 3' m e n i n g k a t k a n stabilitas m R N A sehingga

mRNA m e m p u n y a i u m u r yang lebih panjang dibandingkan dengan m R N A yang
tidak m e m p u n y a i pollA. Selain i t u juga ada b u k d yang m e n u n j u k k a n b a h w a ke-
beradaan p o l i A m e n i n g k a t k a n efisiensi translasi m R N A s e m a c a m i t u . D i k e t a h u i
a d a s u a t u p r o t e i n , y a i t u poly{A)-binding p r o t e i n I, y a n g m e n e m p e l p a d a p o l l A
sehingga m e n i n g k a t k a n efisiensi translasi. B u k d lain juga m e n e g a s k a n b a h w a mRNA
yang m e m p u n y a i pollA m e m p u n y a i k e m u n g k i n a n yang lebih dnggi u n t u k mengikat
r i b o s o m sehingga dapat m e n i n g k a t k a n efisiensi translasi dibandingkan mRNA
yang ddak mengalami poliadenilasi. Poliadenilasi dilakukan pada p r e k u r s o r m R N A
bahkan sebelum terjadi terminasi transkripsi. Hal tersebut dilakukan dengan cara
memotong prekursor m R N A pada bagian yang n a n t i n y a akan m e n j a d i bagian
mRNA yang 'matang', kemudian dilanjutkan dengan m e n a m b a h k a n pollA pada
ujung 3' yang t e r b u k a . Bagian mRNA y a n g d i s i n t e s i s s e t e l a h sisi poliadeniasi
selanjutnya akan didegradasi.
 T e m p a t d i l a k u k a n n y a p o l i a d e n i l a s i d i c i r i k a n o l e h s u a t u sinyal poliadenilasi
pada gen m a m a l i a . Sinyal t e r s e b u t t e r d i r i atas rangkaian nukleodda AATAAA
yang diikud o l e h sekitar 2 0 n u k l e o d d a yang kaya akan residu G T serta diikud
oleh m o d f yang kaya akan T . Transkrip m R N A pada t a n a m a n dan k h a m i r juga
m e n g a l a m i poliadenilasi tetapi sinyal poliadenilasinya b e r b e d a dari yang ada pada
m a m a l i a karena ada variasi pada sekuens A A T A A A . Pada khamir, jarang sekali
ada m o t i f A A T A A A yang d i t e m u k a n .

P e n a m b a h a n T u d u n g (Cap) pada mRNA

Sejak t a h u n 1 9 7 4 , para penelld telah m e n e m u k a n b a h w a m R N A jasad e u k a r y o t
m e n g a l a m i metilasi ( p e n a m b a h a n g u g u s m e t i l ) y a n g s e b a g i a n b e s a r t e r a k u m u l a s i
pada ujung 5' m R N A . S t r u k t u r i n i k e m u d i a n d i k e n a l s e b a g a i tudung mRNA
(mRNA cap). P e n e l i t i a n s e l a n j u t n y a y a n g d i l a k u k a n o l e h Y a s u h i r o F u r u l c h i dan
Kin-Ichiro Miura menunjukkan bahwa tudung m R N A tersebut berupa molekul
7-metilguanosin ( m ^ G ) . T u d u n g m R N A t e r s e b u t d i s i n t e s i s d a l a m b e b e r a p a t a h a p a n .
Yang pertama, enzim R N A trifosfatase m e m o t o n g gugus fosfat pada ujung pre-
m R N A , k e m u d i a n e n z i m guanilil transferase m e n a m b a h k a n G M P (guanosin mono-
fosfat). Selanjutnya, enzim m e d l transferase melakukan medlasi tudung guanosin
pada N'' dan gugus 2 ' - 0 - m e t i l pada nukleotida ujung t u d u n g tersebut. Proses
penambahan tudung tersebut berlangsung pada tahapan awal transkripsi sebelum
transkrip mencapai panjang 3 0 nukleodda.
T u d u n g m R N A m e m p u n y a i e m p a t m a c a m fungsi, yaitu: (1) melindungi mRNA
dari degradasi, ( 2 ) m e n i n g k a t k a n efisiensi translasi m R N A , (3) meningkatkan
pengangkutan m R N A dari n u k l e u s k esitoplasma, dan (4) m e n i n g k a t k a n efisiensi
proses splicing m R N A . Tudung m^G berikatan dengan mRNA melalui ikatan
trifosfat dan hal ini diduga m e l i n d u n g i m R N A dari serangan R N a s e yang ddak
dapat m e m o t o n g ikatan trifosfat. T u d u n g t e r s e b u t juga m e n i n g k a t k a n efisiensi
translasi karena r i b o s o m dapat mengakses mRNA melalui suatu protein yang
m e n e m p e l pada t u d u n g . D e n g a n d e m i k i a n , jika tidak ada t u d u n g , m a k a p r o t e i n
yang m e l e k a t pada t u d u n g tidak dapat m e n e m p e l . Hal Itu akhirnya mengurangi
kemungkinan r i b o s o m u n t u k m e n e m p e l dan melakukan translasi.

P e m r o s e s a n rRNA dan tRNA

M o l e k u l r R N A yang dihasilkan pada p r o k a r y o t m a u p u n e u k a r y o t pada awalnya
b e r u p a p r e k u r s o r yang b e r u k u r a n lebih panjang dari m o l e k u l yang matang. Sebagai
c o n t o h , pada mamalia, dihasilkan p r e k u r s o r r R N A b e r u k u r a n 45S yang sesungguh-
n y a t e r d i r i atas s t r u k t u r y a n g lebih kecil y a i t u 28S, I B S , d a n 5,8S. N u k l e o t i d a d i
a n t a r a u n i t - u n i t y a n g l e b i h k e c i l t e r s e b u t h a r u s d i p o t o n g (diproses) u n t u k m e n g -
hasilkan u n i t - u n i t fungsional yang lebih kecil. Perlu d i p e r h a t i k a n b a h w a pemrosesan
prekursor r R N A y a n g d i m a k s u d d i s i n i b u k a n l a h splicing k a r e n a splicing a d a l a h
proses p e m o t o n g a n i n t r o n yang ada d i dalam s t r u k t u r i n t e r n a l t r a n s k r i p dan
d i i k u t i o l e h p e n y a m b u n g a n e k s o n . P a d a pemrosesan p r e k u r s o r r R N A semacam
ini tidak ada penyambungan kembali m o l e k u l - m o l e k u l r R N A yang sudah dipotong
karena masing-masing unit yang dihasilkan adalah unit independen.
 Bab 1 0 Sistem Transkripsi pada Eukaryot 195

Selain r R N A , m o l e k u l t R N A juga disintesis d a l a m b e n t u k p r e k u r s o r Pada

p r o k a r y o t , p r e k u r s o r t e r s e b u t dapat terdiri atas satu t R N A atau lebih, atau
kadang-kadang bercampur dengan r R N A . U n t u k m e m o t o n g prekursor yang terdiri
atas lebih dari satu t R N A atau campuran t R N A d a nr R N A pada p r o k a r y o t
d i p e r l u k a n a k t i v i t a s e n z i m R N a s e III. S e t e l a h d i p o t o n g , t R N A m a s i h m e n g a n d u n g
beberapa n u k l e o d d a pada ujung 5' m a u p u n 3'. D e m i k i a n pula pada e u k a r y o t ,
ujung-ujung 5' dan 3' pada p r e k u r s o r t R N A m e n g a n d u n g beberapa nukleodda.
N u k l e o t i d a t a m b a h a n yang ada pada ujung 5' pada p r e k u r s o r t R N A p r o k a r y o t
maupun eukaryot akan dipotong oleh enzim RNase R sedangkan ujung 3'-nya
akan diproses dengan enzim RNase D , RNase B N , RNase T , RNase PH, RNase
II, d a n p o l i n u k l e o d d a f o s f o r i l a s e ( P N P a s e ) .

P e n y u n t i n g a n RNA
S e l a i n f e n o m e n a trans-splicing, pada t r i p a n o s o m a juga t e r d a p a t m e k a n i s m e pasca-
t r a n s k r i p s i lain y a n g a n e h y a n g d i s e b u t sebagai penyuntingan R N A (RNA
editing). Pada t a h u n 1 9 8 6 R o b Benne dan k a w a n - k a w a n m e n e m u k a n bahwa
sekuens m R N A s i t o k r o m o k s i d a s e II ( C O I I ) pada t r i p a n o s o m a t e r n y a t a d d a k
sesuai dengan sekuens gen yang m e n g k o d e n y a . Sekuens m R N A C O I I diketahui
m e n g a n d u n g e m p a t n u k l e o t i d a yang tidak t e r d a p a t pada gen C O I I yang ada d i
d a l a m kinetoplast ( s e m a c a m m i t o k o n d r i a y a n g m e n g a n d u n g d u a D N A lingkar
y a n g t e r i k a t b e r s a m a m e n j a d i s t r u k t u r catenarie). K e d a d a a n k e e m p a t n u k l e o d d a
tersebut pada gen C O I I n a m p a k n y a dapat m e n y e b a b k a n terjadinya mutasi per-
g e s e r a n p o l a b a c a (framesiiift) y a n g d a p a t m e n y e b a b k a n g e n m e n j a d i t i d a k a k t i f .
Meskipun demikian, m R N A yang dihasilkan ternyata mengandung e m p a t nukleotida
t e r s e b u t sehingga tidak t e r j a d i p e r g e s e r a n p o l a baca. R o b B e n n e b e r k e s i m p u l a n
bahwa m R N A t r i p a n o s o m a tersebut dikopi dari suatu gen yang tidak lengkap,
d i s e b u t s e b a g a i cryptogene, k e m u d i a n d i s u n t i n g l a g i d e n g a n m e n a m b a h k a n e m p a t
nukleotida yang k e s e m u a n y a adalah uridine.
Penelitian-penelitian berikutnya m e m b u k t i k a n bahwa penyuntingan mRNA
m e m a n g f e n o m e n a u m u m pada t r i p a n o s o m a . Bahkan, beberapa m R N A disunting
secara sangat ekstensif, misalnya sekuens mRNA COIN Trypanosonna brucei
s e p a n j a n g 7 3 1 n u k l e o t i d a m e n g a n d u n g 4 0 7 uridine ( U ) y a n g d i t a m b a h k a n m e l a l u i
proses penyuntingan. Selain p e n a m b a h a n , penyuntingan pada m R N A C O I N juga
m e n g h i l a n g k a n 1 9 uridine y a n g d i k o d e . F e n o m e n a p e n y u n t i n g a n t e r s e b u t d i k e t a h u i
selalu terjadi pada ujung 3 ' dan tidak ada pada ujung 5 ' dengan o r i e n t a s i 3 ' ^ 5 ' .
Penyuntingan tersebut diketahui dilakukan oleh suatu molekul R N A yang disebut
sebagai guide RNA (gRNA). M o l e k u l g R N A tersebut berhibridisasi dengan
bagian m R N A yang tidak diedit dan menyediakan nukleotida A dan G sebagai
cetakan u n t u k penggabungan n u k l e o t i d a U yang tidak ada pada m R N A . Kadang-
kadang g R N A tidak m e m p u n y a i A atau G yang dapat berpasangan dengan U pada
m R N A sehingga n u k l e o t i d a t e r s e b u t dihilangkan m e n g g u n a k a n e n z i m eksonuklease.
196 Biologi Molekular

Soal-soal
1. Jelaskan p e r b e d a a n kelas gen pada e u k a r y o t . A p a p e r b e d a a n n y a dengan yang ada pada p r o k a r y o t ?
2 G a m b a r k a n secara s k e m a t i s s t r u k t u r gen kelas I pada e u k a r y o t . Jelaskan p e r b e d a a n n y a dengan gen kelas
II.
3. Jelaskan bagaimana perbedaan fungsi ketiga m a c a m R N A p o l i m e r a s e pada e u k a r y o t dapat d i k e t a h u i .
4. G a m b a r k a n secara s k e m a t i s m e k a n i s m e inisiasi t r a n s k r i p s i g e n kelas I I .
5. K o t a k T A T A m e m p u n y a i p e r a n a n s a n g a t p e n t i n g d a l a m m e n g a r a h k a n R N A p o l i m e r a s e II k e p r o m o t e r
J e l a s k a n b a g a i m a n a m e k a n i s m e p e n e m p e l a n R N A p o l i m e r a s e II p a d a g e n y a n g t i d a k m e m p u n y a i k o t a k
TATA.
& J e l a s k a n p r o s e s a p a saja y a n g b e r l a n g s u n g p a s c a t r a n s k r i p s i . A p a p e r b e d a a n a n t a r a R N A splicing d e n g a n
RNA editing?
7. Jelaskan perbedaan p e m r o s e s a n p r e k u r s o r r R N A dengan p e m r o s e s a n p r e k u r s o r m R N A pada e u k a r y o t .
 Pokok Bahasan:

I Sinyal P e n g e n d a l i Ekspresi G e n e t i k pada E u k a r y o t

Protein Pembantu dalam Proses Pengendalian El<spresi Cenetik

I M o t i f - m o t i f Protein Pengendali Ekspresi G e n e t i k pada E u k a r y o t

Domain Pengikat DNA • Domain yang Mengaktifkan Transkripsi • Domain
Dimerisasi • Motif Zmc F i n g e r • Struktur Protein Homeodomain • Struktur
Domain bZIP dan HLH • Fungsi Aktivator

I Pengendalian Ekspresi G e n Kelas I

I P e n g e n d a l i a n E k s p r e s i G e n K e l a s II

I P e n g e n d a l i a n Ekspresi G e n Kelas III

I P e n g e n d a l i a n Ekspresi G e n e t i k Pasca-Transkripsi

I Regulasi Faktor Transkripsi

E kspresi genetik adalah suatu rangkaian proses k o m p l e k s yang melibatkan

banyak
aturan sistem. Oleh
faktor. Salah satu ciri p e n t i n g pada s i s t e m jasad h i d u p adalah k e t e r -
karena i t udalam ekspresi genetik proses pengendalian
(regulasi) sistem m e n j a d i bagian mendasar d a n penting. Secara u m u m dapat
dikatakan b a h w a proses ekspresi genetik dimulai d a ndiatur sejak pra-inisiasi
transkripsi. Meskipun demikian, sebenarnya tidak satu orang pun yang dapat
m e n e n t u k a n secara pasti kapan sebenarnya proses regulasi t e r s e b u t m u l a id i -
l a k u k a n k a r e n a s i s t e m biologis adalah s u a t u s i s t e m siklis y a n g tidak dapat secara
pasti d i t e n t u k a n titik awalnya. U n t u k membatasi pembahasan mengenai hal ini
m a k a kita berasumsl b a h w a ekspresi genetik dimulai dan diatur sejak tahapan
pra-inisiasi transkripsi.
Secara garis besar, pengendalian ekspresi g e n e t i k pada jasad e u k a r y o t d i -
lakukan pada banyak titik pengendalian seperti digambarkan secara skematis
pada G a m b a r 1 1 . 1 . Pada jasad p r o k a r y o t , pengendalian ekspresi g e n e t i k hanya
terjadi pada aras t r a n s k r i p s i , sedangkan pada jasad e u k a r y o t pengendalian ekspresi
\ Tiga aspel<
genetik terjadi mulai dari transkripsi sampai pasca-translasi. Secara umum
pengendalian
ekspresi p e n g e n d a l i a n e k s p r e s i g e n e t i k d a p a t d i t i n j a u d a r i tiga s i s i , y a i t u : ( 1 ) s i n y a l p e n g e n d a l i
genetik
ekspresi, (2) aras pengendalian ekspresi, dan (3) m e k a n i s m e pengendalian. S i n y a l
p e n g e n d a l i e k s p r e s i meliputi semua molekul yang berperanan dalam proses
198 Biologi Molekular

D N A

Protein inaktif

G a m b a r 11.1 ft J a l u r r e g u l a s i e k s p r e s i g e n e t i k p a d a e u k a r y o t : ( 1 ) k o n t r o l t r a n s k r i p s i , ( 2 )
k o n t r o l p e m r o s e s a n R N A , (3) k o n t r o l t r a n s p o r R N A , (4) k o n t r o l translasi, (5) k o n t r o l d e g r a d a s i
m R N A , (6) k o n t r o l aktivitas protein.

pengendalian ekspresi, misalnya faktor transkripsi d a nprotein regulator khusus.

A r a s pengendalian e k s p r e s i t e r j a d i p a d a t a h a p a n : ( a ) i n i s i a s i t r a n s k r i p s i d a n
perpanjangan transkrip, (b) pengakhiran (terminasi) transkripsi, (c) pengendalian
pasca-transkripsi, dan (d)pengendalian selama proses translasi dan pasca-translasi.
M e k a n i s m e pengendalian e k s p r e s i m e m b a h a s proses rinci pengendalian
ekspresi g e n e d k yang m e l i p u t i interaksi a n t a r sinyal pengendali ekspresi.

Contoh Soal
P e n g e n d a l i a n e k s p r e s i g e n e t i k pada e u k a r y o t d a p a t d i t i n j a u d a r i tiga sisi. S e b u t k a n d a n j e l a s k a n
ketiganya secara singkat.

jawaban:
P e n g e n d a l i a n e k s p r e s i g e n e t i k p a d a e u k a r y o t d a p a t d i l i h a t d a r i sisi: ( 1 ) s i n y a l p e n g e n d a l i e k s p r e s i , y a i t u
s e m u a m o l e k u l yang t e r l i b a t dalam proses pengendalian ekspresi, (2) aras pengendalian ekspresi, yaitu
m e l i p u t i inisiasi, p e m a n j a n g a n t r a n s k r i p , p e n g a k h i r a n t r a n s k r i p d a n p r o s e s pasca-transkripsi, t e r m a s u k
translasi d a n pasca-translasi, ( 3 ) m e k a n i s m e pengendalian ekspresi, yaitu proses rinci pengendalian
ekspresi.

S i n y a l P e n g e n d a l i Ekspresi G e n e t i k pada E u k a r y o t
Proses ekspresi genetik pada e u k a r y o t diatur oleh banyak m o l e k u l yang ber-
lnteraksl secara spesifik. Interaksi a n t a r m o l e k u l t e r s e b u t dapat terjadi melalui
ikatan antara D N A dengan protein, protein dengan protein, m a u p u n protein
 Bab 1 1 Pengendalian Ekspresi Genetik pada Eukaryot
i

d e n g a n m o l e k u l lain, misalnya h o r m o n . Sinyal ( m o l e k u l ) pengendali e k s p r e s i g e n e d k

Dua kelompok^ d a p a t d i k e l o m p o k k a n m e n j a d i d u a , y a i t u ( 1 ) R N A polimerase s e b a g a i p r o t e i n
sinyal
pengendali
u t a m a y a n g m e l a k u k a n p r o s e s t r a n s k r i p s i , d a n ( 2 ) protein-protein pembantu
ekspresi {auxilliary proteins) y a n g m e l i p u t i ( a ) f a k t o r t r a n s k r i p s i u m u m , ( b ) p r o t e i n y a n g
genetik
berikatan dengan u r u t a n n u k l e o t i d a spesifik, dan (c) p r o t e i n - p r o t e i n yang t e r l i b a t
dalam proses translasi (penerjemahan t r a n s k r i p / R N A ) menjadi polipeptida.

Protein P e m b a n t u dalam Proses Pengendalian Ekspresi Genetik

Selain R N Apolimerase, ekspresi genedk (transkripsi dan translasi) diatur o l e h
b a n y a k m o l e k u l p r o t e i n l a i n . F a k t o r t r a n s k r i p s i {transcription faaor, T F ) a d a l a h
molekul-molekul protein yang berperanan m e m u l a i proses transkripsi. Faktor
t r a n s k r i p s i b e r i k a t a n satu s a m a lain dengan pola k o m p l e k s y a n g menyebabkan
RNA p o l i m e r a s e dapat m e l a k u k a n sintesis R N Adengan m e n g g u n a k a n cetakan
{template) b e r u p a u r u t a n n u k l e o d d a g e n y a n g d i t r a n s k r i p s i . S e p e r t i t e l a h d i j e l a s k a n
d a l a m bab s e b e l u m n y a , f a k t o r transkripsi dapat dibedakan berdasarkan atas kelas
gen yang diaturnya, yaitu TFI, TFII, d a nTFIII, masing-masing dengan subkelas
yang bermacam-macam. M o l e k u l - m o l e k u l t e r s e b u t dikenal sebagai faktor
t r a n s k r i p s i u m u m {general transcription factor). S e l a i n f a k t o r t r a n s k r i p s i u m u m ,
ada p r o t e i n - p r o t e i n lain y a n g b e r i k a t a n d e n g a n u r u t a n D N A k h u s u s ( T a b e l 1 1 . 1 ) .

T a b e l 11.1 > B e b e r a p a p r o t e i n y a n g b e r i k a t a n d e n g a n u r u t a n D N A k h u s u s .

Nama protein Urutan D N A konsensus Contoh pada J a s a d

TBP (TATA-box binding TATAAAA

protein)
Protein y a n g terikat pada CCAAT • CBF pada tikus
urutan CCAAT • C B P pada mencit
• C P l pada manusia
• H A P 2 atau H A P 3 pada
khamir

Protein yang terikat pada TGGCA • N F l (nuclear factor)

umtan TGGCA

Faktor transkripsi S p l GGCGGG • Pada manusia

Faktor transkripsi oktamer ATGCAAAT • NF-Al

• OTF-1

M o t i f - m o t i f P r o t e i n P e n g e n d a l i Ekspresi G e n e t i k
.P^d^EukarYPt
Sebelum membahas mekanisme pengendalian ekspresi genedk pada e u k a r y o t ,
Domain
fungsional perlu diketahui terlebih dahulu m o d f - m o t i f protein yang terlibat dalam proses
protein t e r s e b u t . Secara u m u m , p r o t e i n pengendali m e m p u n y a i tiga d o m a i n fungsional,
pengendali
y a i t u : ( 1 ) domain pengikat D N A ( 2 ) domain yang mengaktifkan transkripsi, d a n
Molekular

( 3 ) domain dimerisasi. D o m a i n p e n g i k a t D N A a d a l a h b a g i a n p r o t e i n y a n g
berikatan secara langsung dengan D N A . D o m a i n yang mengaktifkan transkripsi
adalah bagian s t r u k t u r p r o t e i n yang berperanan dalam melakukan aktivasi
transkripsi. Beberapa p r o t e i n m e m b e n t u k dimer, baik dalam b e n t u k h o m o d i m e r
(dua m o n o m e r yang identik menjadi satu) atau dalam b e n t u k h e t e r o d i m e r (dua
m o n o m e r yang berbeda menjadi satu). Protein-proteinyang m e m b e n t u k d i m e r
semacam ini mempunyai daerah (domain) yang merupakan t e m p a t pengikatan
a n t a r a satu m o n o m e r dengan m o n o m e r y a n g lain. D a e r a h inilah y a n g disebut
d e n g a n d o m a i n d i m e r i s a s i . B e b e r a p a p r o t e i n lain ada juga y a n g m e m p u n y a i d o -
main khusus u n t u k mengikat molekul efektor khusus, misalnya h o r m o n steroid.

Domain Pengikat DNA

D o m a i n pengikat D N A dapat dibedakan m e n j a d i beberapa kelas, yaitu: (1) m o d u l
y a n g mengandung a t o m zinc, ( 2 ) homeodomain, ( 3 ) P-barrel, d a n ( 4 ) m e n g a n d u n g
m o t i f b Z I P dan b H L H . M o d u l y a n g m e n g a n d u n g z i n c , m i s a l n y a ( a ) zinc finger
pada f a k t o r transkripsi TFIIIA dan S p l , (b) m o d u l zinc yang ada pada r e s e p t o r
glukokortikoid, dan (c)m o d u l yang mengandung dua a t o m zinc dan e n a m asam
a m i n o sistein, m i s a l n y a pada a k d v a t o r G a l 4 . Homeodomain m e n g a n d u n g s e k i t a r
60 asam a m i n o yang mirip dengan d o m a i n pengikat D N A pada prokaryot, misalnya
r e p r e s o r b a k t e r i o f a g lambda. D o m a i n ini pada av/alnya d i t e m u k a n pada p r o t e i n -
protein h o m e o b o x yang bertanggung jawab dalam perkembangan lalat buah
Drosophila. p - b a r r e l a d a l a h s u a t u d o m a i n y a n g b e r b e n t u k t o n g (barrel). D o m a i n
yang mempunyai motif bZIP (leucine zipper) d a nHLH (helix-loop-helix)
m e m p u n y a i d o m a i n p e n g i k a t D N A y a n g b e r s i f a t sangat basis. B e b e r a p a c o n t o h
m o d f p r o t e i n regulator dapat dilihat pada G a m b a r 11.2.

turn-helix Leucine zipper Zinc finger

G a m b a r 1 1 . 2 ft T i g a c o n t o h m o t i f p r o t e i n r e g u l a t o r t r a n s k r i p s i p a d a e u k a r y o t .

Domain yang Mengaktifkan Transkripsi

Domain semacam i n idapat dibagi m e n j a d i d g a kelas, yaitu: ( 1 ) d o m a i n yang
bersifat asam, (2) d o m a i n yang kaya akan glutamin, dan ( 3 )d o m a i n yang kaya
a k a n p r o l i n . D o m a i n yang bersifat a s a m m i s a l n y a a d a l a h 4 9 d o m a i n asam
 B a b 1 1 P e n g e n d a l i a n E k s p r e s i G e n e t i k pada E u k a r y o t 2 0 1

a m i n o pada aktivator Gall 4 yang mengandung 1 1 asam a m i n o yang bersifat

a s a m . D o m a i n yang kaya akan glutamin m i s a l n y a a d a l a h S p 1 y a n g m e n g a n d u n g
s e k i t a r 2 5 % g l u t a m i n . D o m a i n y a n g kaya a k a n prolin m i s a l n y a a d a l a h a k t i v a t o r
CTF yang mempunyai domain berupa 8 4 asam amino yang 1 9 di antaranya
terdiri atas prolin.

Domain Dimerisasi
Domain semacam i n i misalnya terdapat pada m o n o m e r p r o t e i n Gall 4 yang
m e m b e n t u k d i m e r b e r u p a gulungan. A k d v a t o r ini m e m p u n y a i d o m a i n pengikat
D N A yang dihubungkan dengan m o d u l dimerisasi melalui domain penghubung.

Motif Zinc Finger

Salah satu m o t i f yang d i t e m u k a n di antara p r o t e i n regulator transkripsi adalah
m o t i f z i n c finger (jari-jarl zinc). P r o t e i n yang m e m p u n y a i m o t i f s e m a c a m i n i
t e r s u s u n atas beberapa asam sistein dan histidin yang b e r u r u t a n serta berikatan
dengan a t o m zinc m e m b e n t u k suatu s t r u k t u r seperti jari, misalnya f a k t o r
transkripsi T F I I I A dan p r o t e i n Gal4. P r o t e i n dengan m o t i f jari-jarl zinc dapat
dibedakan menjadi dua k e l o m p o k , yaitu yang m e m p u n y a i m o d f jari-jarl C H dan
j a r i - j a r l C C . M o t i f j a r i - j a r l C H ( c y s t e i n e histidine finger) m e m p u n y a i u r u t a n
k o n s e n s u s sebagai b e r i k u t :

cys - X 4 - c y s - X 3 - p h e - X j - leu - X^ - his - X 3 ^ - his

X adalah asam a m i n o apa pun sedangkan angka m e n u n j u k k a n j u m l a h residu asam

a m i n o . M o t i f seperti ini t e r d a p a t misalnya pada T F I I I A yang ada dalam Xenopus
laevis d a n t e r d i r i a t a s 9 j a r i - j a r l . M o t i f j a r i - j a r l C C (cysteine<YSteine finger) t e r d a p a t
misalnya pada protein Gal4.

S t r u k t u r Protein Homeodomain
Protein h o m e o d o m a i n adalah anggota keluarga protein pengikat D N A yang
Definisi
protein m e m p u n y a i s t r u k t u r d a s a r helix-turn-helix, y a i t u s u a t u s t r u k t u r d u a h e l i x y a n g
homeodomain d i p i s a h k a n o l e h b e l o k a n r a n t a i p. N a m a h o m e o d o m a i n berasal d a r i k a t a homeo-
box, y a i t u d a e r a h g e n p a d a Drosophila y a n g b e r t a n g g u n g j a w a b d a l a m p e r k e m -
bangan t u b u h lalat b u a h t e r s e b u t . M u t a s i pada gen h o m e o b o x dapat m e n y e b a b -
kan terbentuknya s t r u k t u r t u b u h yang menylmpang, misalnya suatu mutasi yang
d i s e b u t antennapedia m e n y e b a b k a n m u n c u l n y a s t r u k t u r k a k i p a d a d a e r a h k e p a l a
yang seharusnya merupakan t e m p a t munculnya antena. Protein regulator yang
mempunyai s t r u k t u r h o m e o d o m a i n misalnya M a t a 1 . M a t a 1 . M a t a 2 pada
khamir Saccharomyces cerevisiae, d a n antennapedia s e r t a ultrabithorax pada
Drosophila.

S t r u k t u r Domain bZIP dan HLH

M o t i f b Z I P dan H L H m e m p u n y a i dua fungsi yaitu sebagai d o m a i n pengikat DNA
d a n d o m a i n d i m e r i s a s i . Z I P b e r a s a l d a r i k a t a leucine zipper s e d a n g k a n H L H berasal
 d a r i k a t a helix-loop-helix. H u r u f b m e n a n d a k a n b a g i a n p r o t e i n y a n g b e r s i f a t b a s i s .
P r o t e i n y a n g m e m p u n y a i m o d f leucine zipper m e n g a n d u n g h e l i k s a y a n g t e r s u s u n
o l e h r a n g k a i a n a s a m a m i n o l e u s i n s e d e m i k i a n r u p a m e m b e n t u k s t r u k t u r zipper.
P r o t e i n y a n g d o m a l n n y a b e r m o t i f s e m a c a m Ini m i s a l n y a p r o t e i n r e g u l a t o r G C N 4 ,
y a i t u s u a t u a k t i v a t o r p a d a S. cerevisiae y a n g b e r p e r a n a n d a l a m m e t a b o l i s m e a s a m
amino. Motif H L H mempunyai kemiripan dengan s t r u k t u r bZIR Beberapa protein
m e m p u n y a i d o m a i n bHLH-ZIP, y a i t u s u a t u d o m a i n d e n g a n m o t i f H L H d a n ZIP,
misalnya protein M y c (onkogen).

Fungsi Aktivator
Seperti telah disebutkan sebelumnya, proses transkripsi pada e u k a r y o t ddak
hanya m e l i b a t k a n e n z i m R N A p o l i m e r a s e m e l a i n k a n juga banyak p r o t e i n p e m b a n t u
y a n g lain. R N A polimerase dalam bentuk h o l o e n z i m m e m a n g dapat melakukan
t r a n s k r i p s i t e t a p i h a n y a p a d a a r a s d a s a r (basal level), s e d a n g k a n u n t u k m e n d a p a t k a n
transkrip yang cukup berarti m a k a diperlukan p r o t e i n - p r o t e i n aktivator. Fungsi
u t a m a p r o t e i n a k t i v a t o r adalah dalam proses pengikatan f a k t o r - f a k t o r transkripsi
d a n R N A p o l i m e r a s e p a d a d a e r a h p r o m o t e r , y a n g d i k e n a l s e b a g a i p r o s e s re-
cruitment. P r o t e i n a k t i v a t o r t r a n s k r i p s i m e m p u n y a i t a r g e t u t a m a p r o t e i n T F I I D
dan T F I I B pada sistem ekspresi gen kelas I i .

P e n g e n d a l i a n Ekspresi G e n Kelas I
G e n kelas I adalah gen-gen yang m e n g k o d e sintesis r R N A . Laju sintesis rRNA
b e r k a i t a n dengan p e r t u m b u h a n d a n p e r k e m b a n g a n sel. C o n t o h n y a adalah laju
sintesis r R N A pada sel liver y a n g m e n g a l a m i r e g e n e r a s i adalah 1 0 kali lebih besar
d a r i p a d a sel n o r m a l , d e m i k i a n juga p a d a sel t u m o r , l i m f o s i t y a n g s e d a n g m e m p e r -
Faktor yang b a n y a k diri, m a u p u n sel-sel e m b r i o a w a l . F a k t o r yang m e m e n g a r u h i perbedaan
memengaruhi
laju sintesis laju sintesis t e r s e b u t a n t a r a lain adalah: ( 1 ) j u m l a h e n z i m R N A polimerase, (2)
aras fosforilasi R N A polimerase, (3) j u m l a h dan aktivitas f a k t o r transkripsi.Telah
diketahui b a h w a sintesis r R N A d d a k dikendalikan pada aras yang sama pada dap
sel a t a u o r g a n i s m e . C o n t o h n y a , b a k t e r i a t a u k h a m i r y a n g d i t u m b u h k a n d a l a m
m e d i u m m i n i m a l , laju sintesis r R N A - n y a b e r k u r a n g sampai 8 0 % . D e m i k i a n juga
pada kultur sel/mamalia yang ditumbuhkan dalam medium minimal masih
menyintesis 3 0 - 5 0 % p r e - r R N A , n a m u n t i d a k ada sintesis p r o t e i n r i b o s o m . D a l a m
hal i n ir i b o s o m d d a k t e r b e n t u k dan p r e - r R N A didegradasi.

Dalam kasus sintesis rRNA p a d a AcanlJiamoeba castellanii, j i k a s e l y a n g

sebelumnya d i t u m b u h k a n dalam m e d i u m kaya k e m u d i a n diplndahkan k e m e d i u m
m i n i m a l , m a k a laju sintesis 39S r R N A t u r u n , sedangkan j u m l a h R N A p o l i m e r a s e I
d a n f a k t o r t r a n s k r i p s i n y a t e t a p . M e s k i p u n d e m i k i a n , e k s t r a k s e l Acanthamoeba
y a n g d i i s o l a s i p a d a k i s a r a n w a k t u y a n g b e r b e d a s e l a m a p e m b e n t u k a n k i s t a (cyst)
m e n u n j u k k a n kehilangan secara progresif k e m a m p u a n u n t u k melakukan transkripsi
r R N A s e c a r a in vitro. H a l i n i n a m p a k n y a t e r j a d i k a r e n a a d a n y a p e r u b a h a n R N A
polimerase I dl dalam kista sehingga menjadi lebih t e r m o l a b l l m e s k i p u n d d a k ada
 Bab 1 1 Pengendalian El<spresi Genetil< pada Eukaryot 203

p e r u b a h a n k o m p o s i s i subunitnya. P e n u r u n a n k e m a m p u a n ini dapat diatasi dengan

menambahkan R N A p o l i m e r a s e I dari sel-sel vegetatif.
Selain k a r e n a adanya p e r u b a h a n t e r m o l a b i l i t a s R N A p o l i m e r a s e I, r e g u l a s i
gen kelas I juga dapat terjadi karena perbedaan dalam p e m r o s e s a n prekursor
rRNA ( p r e - r R N A ) . Sebagai c o n t o h , laju sintesis p r e - r R N A pada bermacam-
macam jaringan sel mamalia secara u m u m sama tetapi berbeda dalam hal
p e m r o s e s a n n y a . Jika jaringan liver diambil, p r o s e s regenerasi dan j u m l a h r i b o s o m -
nya m e n i n g k a t t e t a p i sintesis p r e - r R N A - n y a tetap. H a l ini dapat t e r j a d i k a r e n a
adanya perbedaan dalam pemrosesan pre-rRNA.

P e n g e n d a l i a n Ekspresi G e n Kelas II d

Pengendalian ekspresi g e n kelas II d a p a t t e r j a d i p a d a b e b e r a p a aras, yaitu:

(1) aras m e t a b o l l s m e m R N A , (2) aras translasi m R N A menjadi polipeptida, dan
\ pengendalian (3) aras pasca-translasi. Pada aras m e t a b o l i s m e m R N A , pengendalian dapat terjadi
ekspresi gen
kelas I I pada saat sintesis t r a n s k r i p ( m R N A ) , penggunaan t r a n s k r i p p r i m e r , atau pada saat
ada proses stabillsasl/destabilisasi m R N A . Pada saat berlangsung sintesis mRNA,
pengendalian ekspresi genetik dapat berupa akdvasi atau represi transkripsi yang
u m u m n y a melibatkan suatu sirkuit pengendalian yang kompleks. Dalam beberapa
sistem, perbedaan dalam penggunaan transkrip primer,yang dimanifestasikan dalam
bentuk pemrosesan yang berbeda, dapat menghasilkan transkrip berbeda yang
jika ditranslasikan akan menghasilkan polipepdda yang berbeda.
S a l a h s a t u c o n t o h m o d e l r e g u l a s i e k s p r e s i g e n k e l a s II y a n g s u d a h d i k e t a h u i
Contoh model cukup r i n c i a d a l a h m e k a n i s m e r e g u l a s i g e n GAL p a d a k h a m i r Saccharomyces
regulasi
cerevisiae. G e n GAL a d a l a h serangkaian g e nyang bertanggung jawab dalam
ekspresi gen
kelas I I m e t a b o l i s m e g a l a k t o s a . S i s t e m r e g u l a s i g e n GAL m e l i b a t k a n s u a t u s i r k u i t y a n g
t e r d i r i atas aktivasi dan r e p r e s i t r a n s k r i p s i . S i r k u i t ini m e l i b a t k a n p r o d u k ekspresi
gen-gen yang terletak pada k r o m o s o m yang berbeda. Secara u m u m , regulasi
e k s p r e s i g e n - g e n GAL d i t e n t u k a n o l e h d u a p r o t e i n u t a m a , y a i t u p r o t e i n G a l 4
( d i k o d e o l e h g e n GAL4 y a n g t e r l e t a k p a d a k r o m o s o m X V I ) , d a n p r o t e i n G a l 8 0 .
P r o t e i n G a l 4 b e r p e r a n s e b a g a i a k d v a t o r t r a n s k r i p s i g e n - g e n GAL2, GALl, GALIO,
d a n MELl, sedangkan p r o t e i n GalSO b e r p e r a n sebagai r e p r e s o r yang m e n g e b l o k
p r o t e i n G a l 4 sehingga G a l 4 t i d a k dapat m e n j a l a n k a n fungslnya sebagai a k d v a t o r
t r a n s k r i p s i . S e c a r a s k e m a d s , s i r k u i t r e g u l a s i g e n GAL d a p a t d i l i h a t p a d a G a m b a r
11.3.
G a m b a r 11.3 m e n u n j u k k a n bahwa jika p r o t e i n Gal4 dalam keadaan bebas
m a k a p r o t e i n i n i a k a n m e n g a k t i f k a n g e n - g e n GAL 1, GALl, d a n GAL 10 ( y a n g t e r l e t a k
p a d a k r o m o s o m I I ) , g e n GAL2 ( p a d a k r o m o s o m X I I ) , d a n g e n M E L 7. J i k a k h a m i r
S. cerevisiae d i t u m b u h k a n d a l a m m e d i u m y a n g m e n g a n d u n g g l u k o s a d a n g a l a k t o s a ,
m a k a glukosa akan b e r p e r a n sebagai k o - r e p r e s o r yang akan m e n e k a n m a s u k n y a
galaktosa dari luar sel. Keadaan ini m e n y e b a b k a n d d a k dapat disintesisnya i n d u s e r
K a l a u p u n s e b e l u m n y a di d a l a m sel s u d a h ada induser, m a k a g l u k o s a a k a n m e n g e b l o k
Induser. Sebaliknya, jika k h a m i r d i t u m b u h k a n dalam m e d i u m yang hanya
204 Biologi Molekular

GAL7 GALIO GALl GAL2 MELl

Kromosom I I

Glukosa
Kromosom X V I

Protein Gal4

BLOK

GA180

Protein GalSO

* -
BLOK

A
GAL3

Induser

Galaktosa
(masuk)

Galaktosa

o
(keluar)
Ko-represor
Aktivasi
transkripsi

Represi
transkripsi

Regulasi pasca-
translasi

Gambar 11.3> S i r k u i t regulasi ekspresi g e n GAL pada khamir Saccharomyces

cerevisiae. ( D i a d a p t a s i d a r i J o h n s t o n , 1987.)

m e n g a n d u n g g a l a k t o s a , m a k a g e n GAL3 a k a n d i e k s p r e s i k a n u n t u k m e n g h a s i l k a n
enzim yang akan m e m b e n t u k p r o d u k metabolik galaktosa yang dapat berfungsi
sebagai induser. Induser b e r p e r a n u n t u k m e n g e b l o k GalSO sehingga p r o t e i n i n i
d d a k dapat m e n g h a l a n g i p r o t e i n G a l 4 u n t u k m e n g a k t i f k a n rangkaian g e n GAL. Jika
di d a l a m m e d i u m p e r t u m b u h a n t e r s e b u t a d a g l u k o s a d a n g a l a k t o s a , m a k a g l u k o s a
menghalangi pembentukan induser atau mengeblok induser sehingga induser
ddak dapat m e n g e b l o k GalSO. D a l a m keadaan demikian m a k a GalSO akan bebas
sehingga dapat m e n g e b l o k p r o t e i n Gal4.
 Bab 1 1 Pengendalian Ekspresi Genetik pada E u k a r y * ,

P e n g e n d a l i a n Ekspresi G e n Kelas III

G e n kelas III adalah g e n y a n g m e n g k o d e sintesis t R N A d a n 5 5 r R N A . Salah s a t u
\ Contoh model m o d e l p e n g e n d a l i a n e k s p r e s i g e n kelas III y a n g d i k e t a h u i a d a l a h regulasi sintesis
pengendalian
ekspresi gen
5 S r R N A s e l a m a p r o s e s o o g e n e s i s d a n e m b r i o g e n e s i s p a d a Xenopus laevis. P a d a
kelas III jasad i n i a d a dua d p e gen 5 S r R N A , yaitu g e n 5 S s o m a d k dan 5 S pada o o s i t .
D a l a m sel-sel s o m a d k t e r d a p a t b e b e r a p a r a t u s k o p i gen 5 S ( p e r g e n o m haploid)
yang t e r l e t a k di daerah t e l o m e r pada satu k r o m o s o m . D i dalam o o s i t t e r d a p a t
lebih banyak gen 5 S yang j u m l a h n y a dapat mencapai 23.000 kopi g e n 5 S (per
g e n o m haploid) yang tersebar di daerah t e l o m e r pada beberapa k r o m o s o m . H a l
yang m e n a r i k dalam kasus i n i adalah k e n y a t a a n b a h w a laju sintesis 5 S r R N A
b e r b e d a a n t a r a sel-sel s o m a d k dengan sintesis 5 S r R N A pada oosit.
G e n 5 S s o m a d k d i k e t a h u i juga ditranskripsi di o o s i t pada aras yang ddak
terlalu tinggi, yaitu k u r a n g dari 1 0 % dari 5 S R N A total, tetapi gen t e r s e b u t tetap
aktif selama sel s o m a d k masih hidup. Sebaliknya, g e n 5 S r R N A oosit hanya
ditranskripsi di oosit. Transkripsi gen t e r s e b u t mencapai aras maksimal di dalam
o o s i t yang masih m u d a dan akan m e n u r u n sejalan dengan s e m a k i n t u a n y a oosit.
Transkripsi g e n 5 S o o s i t d d a k t e r d e t e k s i pada saat embriogenesis m a u p u n di
d a l a m sel s o m a d k . P e n e l i d a n m e n u n j u k k a n b a h w a f a k t o r k u n c i y a n g m e n y e b a b k a n
perbedaan dalam pengendalian ekspresi g e n 5S r R N A t e r s e b u t adalah f a k t o r
t r a n s k r i p s i T F I I I A . D i k e t a h u i b a h w a T F I I I A m e m p u n y a i d a y a I k a t {affinity) y a n g
lebih besar t e r h a d a p g e n 5 S s o m a t i k daripada g e n 5 S oosit. Selain i t u juga
diketahui bahwa TFIIIA berikatan dengan 5S r R N A u n t u k m e m b e n t u k partikel
berukuran 7S.
Pada awal proses oogenesis, m o l e k u l TFIIIA tersedia dalam jumlah banyak
sehingga t e r j a d i a k u m u l a s i 5 S r R N A . K e a d a a n ini a k h i r n y a m e n y e b a b k a n t e r j a d i n y a
proses autoregulasi karena molekul 5S r R N A berikatan dengan TFIIIA. Ikatan
antara TFIIIA dengan 5S r R N A m e n y e b a b k a n T F I I I A t i d a k t e r s e d i a lagi u n t u k
proses transkripsi g e n 5 S b e r i k u t n y a . Selain i t u , dengan s e m a k i n t u a n y a o o s i t
m a k a terjadi p e n u r u n a n aras m R N A yang m e n g k o d e TFIIIA sehingga m o l e k u l
TFIIIA hasil translasi m R N A juga berkurang. Pada keadaan ini m o l e k u l TFIIIA
yang ada m e m p u n y a i k e c e n d e r u n g a n u n t u k berikatan dengan 5 S s o m a t i k sehingga
f a k t o r t r a n s k r i p s i ini t i d a k t e r s e d i a u n t u k p r o s e s t r a n s k r i p s i g e n 5 S r R N A pada
o o s i t . A k i b a t n y a , g e n 5 S r R N A p a d a o o s i t t i d a k d a p a t d i t r a n s k r i p s i lagi. S e c a r a
garis besar regulasi ekspresi g e n 5 S r R N A disajikan dalam G a m b a r 11.4.

P e n g e n d a l i a n Ekspresi G e n e t i k Pasca-Transkripsi j
stabilitas mRNA
M e k a n i s m e pengendalian ekspresi g e n e t i k s e p e r d telah dijabarkan di atas lebih
banyak m e n y a n g k u t pengendalian pada aras transkripsi. Sebenarnya, pengendalian
e k s p r e s i g e n e d k juga t e r j a d i pada saat t r a n s k r i p s i t e l a h selesai d i l a k u k a n . Salah
satu aspek pengendalian ekspresi genedk pasca-transkripsi adalah pengendalian
,-w206 Biologi Molekular

Oogenesis awal:
Jumlah TFIIIA banyak
Akumulasi RNA 5 S

4^
Autoregulasi

4^
RNA 5 S berikatan
dengan TFIIIA TFIIIA tidak tersedia untuk transkripsi berikutnya

Aras mRNA menurun Jumlah TFIIIA berkurang

4^
TFIIIA cendei
cenderung berikatan dengan gen somatik

4^
Gen oosit tidak diekspresikan

G a m b a r 11.4 I Regulasi ekspresi g e n 5 S r R N A .

stabilitas m R N A . Salah satu c o n t o h mengenai h a l ini adalah stabilitas mRNA

kasein.
Jika jaringan glandula m a m m a e d i k u l t u r d a n distimulasi dengan prolakdn,
m a k a jaringan tersebut akan menghasilkan p r o t e i n susu kasein. Diketahui bahwa
konsentrasi m R N A meningkat seiring dengan peningkatan konsentrasi kasein
yaitu s e k i t a r 2 0 kali d a l a m w a k t u 2 4 j a m setelah p e r l a k u a n dengan hormon
p r o l a k t i n . M e s k i p u n d e m i k i a n , h a l i n i d d a k b e r a r t i b a h w a laju sintesis mRNA
kasein m e n i n g k a t sebanyak 2 0 kali k a r e n a pada kenyataannya hanya meningkat
2 - 3 kali. P e n i n g k a t a n k o n s e n t r a s i kasein lebih disebabkan o l e h p e n i n g k a t a n stabilitas
m R N A . F e n o m e n a serupa juga diamad pada m R N A reseptor transferin.

Regulasi Faktor Transkripsi

F a k t o r transkripsi adalah p r o t e i n yang berperanan di dalam pengaturan ekspresi
suatu. O l e h karena itu, f a k t o r transkripsi juga mengalami regulasi yang dapat
m e m e n g a r u h i akdvitasnya. Faktor transkripsi diatur dengan melalui beberapa
\ Cara-cara
' regulasi falftor m a c a m cara, a n t a r a lain:
trartslcripsi
1. R e g u l a s i t e m p o r a l , m i s a l n y a g e n c - f o s , c-jun, c-myc, d a n e g r - 7 a d a l a h g e n -
gen yang mengkode faktor transkripsi yang diatur secara t e m p o r a l oleh jalur
 Bab 1 1 Pengendalian Ekspresi Genetik pada Eukaryot 207

t r a n s d u k s i s i n y a l {signal transductjon pathway). B e b e r a p a f a k t o r y a n g d a p a t m e n g a t u r

ekspresi f a k t o r - f a k t o r t r a n s k r i p s i t e r s e b u t a n t a r a lain adalah p e n g i k a t a n mitogen
a t a u f a k t o r diferensiasi, i m p u l s saraf, d a n k e r u s a k a n fisik.

2. Regulasi d e n g a n pengikatan ligan. A n g g o t a reseptor h o r m o n steroid

adalah c o n t o h f a k t o r t r a n s k r i p s i y a n g a k d v i t a s n y a d i a t u r o l e h llgan e k s t e r n a l . Jika
d d a k a d a ligan, m a k a f a k t o r t r a n s k r i p s i t e r s e b u t m e n j a d i s u a t u k o m p l e k s yang
t i d a k a k t i f d a n b e r i k a t a n d e n g a n p r o t e i n heat-shock h s p 9 0 . D e n g a n a d a n y a ligan,
faktor-faktor transkripsi t e r s e b u t akan berdisosiasi dari hsp90, m e m b e n t u k d i m e r
dan akhirnya dapat mengaktifkan gen-gen yang menjadi target.

3. Regulasi d e n g a n sequestration. Protein N F K - B adalah contoh faktor

t r a n s k r i p s i y a n g d i a t u r d e n g a n m e k a n i s m e sequestration ( p e n g a s l n g a n ) y a i t u d e n g a n
dlikatkan pada protein sitoplasma I K B .Fosforilasi terhadap protein I K B oleh
protein kinase C dapat menyebabkan kompleks N F K - B - I K B terdisosiasi sehingga
menyebabkan NFK-B menjadi aktif.

4. Regulasi dengan modifikasi pasca-translasi. B e b e r a p a f a k t o r t r a n s k r i p s i

diketahui diatur akdvitasnya dengan mekanisme yang terjadi setelah translasi.
Proses regulasi yang terjadi dapat b e r u p a fosforilasi a t a u glikosilasl. Sebagai c o n t o h ,
f a k t o r transkripsi C R E B difosforilasi oleh p r o t e i n kinase P K A yang tergantung
pada c A M R Fosforilasi t e r s e b u t menyebabkan p e m b e n t u k a n d i m e r p r o t e i n C R E B
yang bersifat aktif. Selain itu, juga a d am e k a n i s m e regulasi aktivitas dengan
m e k a n i s m e glikosilasl, yaitu p e n a m b a h a n gugus karbohidrat pada s t r u k t u r pro-
tein.

5. Regulasi d e n g a n p e n g e b l o k a n t e m p a t i k a t a n p a d a D N A . Faktor
transkripsi N F - E adalah c o n t o h f a k t o r transkripsi yang dapat m e l e k a t pada k o t a k
C C A A T pada gen y pada manusia dan dapat berkompedsi dengan fektor transkripsi
lain, y a i t u C P l yang juga m e l e k a t pada k o t a k C C A A T K o m p e t i s i s e m a c a m i n i
dapat m e m e n g a r u h i aktivitas faktor transkripsi.

6. Regulasi dengan pengeblokan aktivitas. A k t i v i t a s s u a t u f a k t o r t r a n s k r i p s i

juga dapat d i t e k a n o l e h p r o t e i n lain y a n g m e n g e b l o k d o m a i n akdvasinya, misalnya
f a k t o r t r a n s k r i p s i G a l 4 p a d a Saccharomyces cerevisiae d a p a t d i t e k a n aktlvltasnya
oleh protein GalSO.

7. Regulasi d e n g a n m e k a n i s m e silencing. Silencer a d a l a h suatu sekuens

yang b e r p e r a n a n sebagai f a k t o r pengendali negadf ekspresi suatu gen. Sebagai
c o n t o h , p a d a k h a m i r S. cerevisiae a d a e l e m e n silencer y a n g d a p a t m e n e k a n a k t i v i t a s
g e n y a n g b e r t a n g g u n g j a w a b d a l a m p e r u b a h a n t i p e k a w i n {mating type) y a i t u g e n
HMR d a n HML
2Q8 Biologi Molekular

Soal-soal
1. Jelaskan titik-titik kemungkinan terjadinya pengendalian ekspresi genetik pada eukaryot. Jelaskan
perbedaannya dengan yang terjadi pada p r o k a r y o t .

Z G a m b a r k a n s e c a r a s k e m a d s m e k a n i s m e d a s a r p e n g e n d a l i a n m e t a b o l i s m e g a l a k t o s a p a d a k h a m i r Saccha-
romyces cerevisiae.
3. A d a d u a m a c a m g e n 5 S r R N A p a d a X e n o p u s toevis y a i t u g e n s o m a t i k d a n g e n o o s i t y a n g l a j u s i n t e s i s n y a
berbeda. Jelaskan bagaimana mekanisme pengaturan ekspresi kedua macam gen tersebut.

4. F a k t o r transkripsi adalah suatu m o l e k u l p r o t e i n regulator. Jelaskan bagaimana proses regulasi ekspresi

faktor transkripsi.
Pokok Bahasan:

I Translasi p a d a Jasad P r o k a r y o t
Inisiasi Translasi pada Prol<aryot • Inisiasi Translasi pada Eukaryot

I P e m a n j a n g a n {Elongation) Polipeptida

I Kode Genetik

• Hipotesis Wobble

T
atau
ranslasi a d a l a h proses
mRNA m e n j a d i rangkaian
p e n e r j e m a t i a n urutan
a s a m - a s a m a m i n o yang
p r o t e i n . P e r l u d i p a h a m i b a h w a iianya
nukleotida

m o l e k u l mRNA
yang a d a p a d a
m e n y u s u n suatu
yang ditranslasl,
molekul
polipeptida
sedangkan
rRNA d a n tRNA tidak ditranslasl. Molekul m R N A merupakan transkrip (salinan)
urutan D N A yang m e n y u s u n suatu gen dalam bentuk O R F (open reading frame,
kerangka baca terbuka). M o l e k u l r R N A adalah salah satu m o l e k u l penyusun
r i b o s o m , yakni organel t e m p a t berlangsungnya sintesis p r o t e i n , sedangkan tRNA
adalah pembawa asam-asam a m i n o yang akan disambungkan menjadi rantai
p o l i p e p t i d a . S u a t u O R F d i c i r i k a n o l e h : ( l ) kodon inisiasi translasi, y a i t u u r u t a n
ATG (pada D N A ) atau A U G (pada m R N A ) , (2) serangkaian u r u t a n nukleodda
y a n g m e n y u s u n b a n y a k kodon, d a n ( 3 ) k o d o n t e r m i n a s i t r a n s l a s i , y a i t u T A A
( U A A pada m R N A ) , TAG ( U A G pada m R N A ) , atau T G A ( U G A pada mRNA).
Perlu diingat bahwa pada R N A tidak a d a b a s a tiiymine ( T ) melainkan dalam
b e n t u k uracil (U).
Kodon ( k o d e g e n e t i k ) a d a l a h u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g t e r d i r i a t a s 3 n u k l e o t i d a
b e r u r u t a n ( s e h i n g g a s e r i n g d i s e b u t s e b a g a i triplet codon) y a n g m e n y a n d i suatu
asam amino tertentu, misalnya urutan A T G ( A U G pada m R N A ) m e n g k o d e asam
a m i n o m e t i o n i n . K o d o n inisiasi t r a n s l a s i m e r u p a k a n k o d o n u n t u k a s a m a m i n o
metionin y a n g m e n g a w a l i s t r u k t u r s u a t u p o l i p e p t i d a ( p r o t e i n ) . P a d a p r o k a r y o t ,
a s a m a m i n o a w a l t i d a k b e r u p a m e t i o n i n t e t a p i formil metionin ( f M e t ) . Kodon
p e r t a m a ( k o d o n i n i s i a s i ) p a d a £. coli d a p a t b e r u p a A U G (90% kemungkinan),
GUG (8%), atau U U G ( 1 % ) . M e s k i p u n d e m i k i a n , pada bagian t r a n s k r i p sebelah
d a l a m (setelah k o d o n inisiasi), k o d o n G U G dan U U G masing-masing mengkode
valin dan leusin. D a l a m proses translasi, rangkaian nukleotida pada m R N A akan
d i b a c a tiap tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu a s a m amino, d a n
pembacaan dimulai dari urutan k o d o n m e t i o n i n ( A T G pada D N A atau AUG
pada mRNA).
210 Biologi Molekular

Translasi berlangsung di dalam ribosom. Ribosom disusun oleh molekul-

m o l e k u l r R N A d a n beberapa m a c a m p r o t e i n . R i b o s o m t e r s u s u n atas d u a subunit,
yaitu subunit kecil d a nsubunit besar. Pada jasad p r o k a r y o t , subunit kecil
mempunyai koefisien sedimentasi sebesar 305 (unit Svedberg) sedangkan subunit
b e s a r b e r u k u r a n SOS, t e t a p i p a d a saat k e d u a u n i t t e r s e b u t b e r g a b u n g , koefisien
^ sedimentasinya adalah 70S. Pada jasad e u k a r y o t , subunit kecil b e r u k u r a n 4 0 S
sedangkan subunit besar b e r u k u r a n 6 0 S , tetapi sebagai suatu kesatuan, ribosom
eukaryot mempunyai koefisien sedimentasi sebesar SOS. Komposisi ribosom
pada p r o k a r y o t dan e u k a r y o t dapat dibaca pada Tabel 1 2 . 1 , sedangkan skema
r i b o s o m dapat dilihat pada G a m b a r 1 2 . 1 .

Tabel 12.1k Komposisi ribosom pada prokaryot d a n eukaryot.

Subunit R N A Protein

Prokaryot 30S 16S 21 m a c a m

505 58 31 m a c a m
23S

Eukaryot 40S 18S 33 m a c a m

60S 5S 49 m a c a m
5,8S
28S

Arah gerakan ribosom

Gambar 12.1I Skema ribosom.

 Bab 1 2 Translasi 2 1 1

D i d a l a m s e l £. coli d i p e r k i r a k a n a d a s e k i t a r 200.000 r i b o s o m y a n g m e n y u s u n
s e k i t a r 25% b e r a t k e r i n g t o t a l s e l n y a . Pada p r o k a r y o t , r i b o s o m tersebar di
s e l u r u h bagian sel, s e d a n g k a n pada e u k a r y o t r i b o s o m t e r l e t a k di s i t o p l a s m a ,
khususnya pada bagian p e r m u k a a n m e m b r a n r e d k u l u m endoplasma.
Pada jasad prolcaryot, translasi sudoh dimulai sebelum proses transkripsi

1
Beda w a k t u \
(sintesis mRNA) selesai dilakukan. Dengan demikian, proses
translasi pada p r o k a r y o t berlangsung secara hampir serentak. Sebaliknya,
transkripsi d a n
pada

translasi pada eukaryot, proses translasi baru dapat berlangsung jika proses transkripsi (sintesis
p r o k a r y o t dan mRNA yang matang) sudati selesai dilakukan. H a l I n i d i s e b a b k a n oleh perbedaan
eukaryot
dalam hal struktur sel antara p r o k a r y o t dengan eukaryot. Seperti diketahui,
s t r u k t u r sel p r o k a r y o t sangat s e d e r h a n a d a n b e l u m ada p e m b a g i a n r u a n g sehingga
m o l e k u l D N A g e n o m berada didalam sitoplasma bersama-sama dengan komponen
sel y a n g lain. D e n g a n d e m i k i a n , m o l e k u l m R N A hasil t r a n s k r i p s i d a p a t langsung
melakukan kontak dengan ribosom sebelum untaian m R N A tersebut selesai
disintesis.
Sebaliknya, s t r u k t u r sel e u k a r y o t jauh lebih k o m p l e k s karena sudah ada
p e m b a g i a n r u a n g , t e r m a s u k s u d a h a d a inti s e ly a n g jelas. D N A genom terletak
di d a l a m i n d sel sehingga t e r p i s a h dari k o m p o n e n sel y a n g lain. P r o s e s t r a n s k r i p s i
pada e u k a r y o t berlangsung d i d a l a m ind sel, sedangkan translasi berlangsung d i
dalam r i b o s o m yang a d a di dalam sitoplasma. O l e h karena itu, pada eukaryot,
proses transkripsi harus diselesalkan terlebih dahulu sebelum translasi dimulai.
Setelah sintesis m R N A selesai, selanjutnya m R N A keluar dari i n dsel m e n u j u
sitoplasma untuk bergabung dengan ribosom.

Contoh Soal
1. Jelaskan perbedaan antara transkripsi dengan translasi.

jawaban:
T r a n s k r i p s i adalah p e n y a l i n a n k o d e - k o d e g e n e t i k p a d a D N A menjadi m o l e k u l R N A ,
sedangkan t r a n s l a s i adalah p e n e r j e m a h a n k o d e - k o d e g e n e t i k p a d a m R N A menjadi u r u t a n
asam-asam a m i n o suatu polipeptida.
1 Jelaskan perbedaan proses translasi pada p r o k a r y o t dan e u k a r y o t dalam hubungannya dengan
proses transkripsi.
jawaban:
Pada p r o k a r y o t , proses translasi dilakukan secara hampir serentak dengan proses transkripsi,
a r t i n y a s e b e l u m t r a n s k r i p s i selesai m a k a p r o s e s translasi s u d a h d i m u l a i . Sebaliknya, pada e u k a r y o t ,
translasi b a r u dapat dilaksanakan jika proses t r a n s k r i p s i sudah selesai.

Tran.slasi pada Jasad P r o k a r y o t

P r o s e s t r a n s l a s i b e r l a n g s u n g m e l a l u i t i g a t a h a p a n u t a m a , y a i t u : (1) inisiasi (ini-
t i a t i o n ) , (2) p e m a n j a n g a n ( e l o n g a t i o n ) p o l i - a s a m a m i n o , d a n (3) p e n g a k h i r a n
( t e r m i n a t i o n ) translasi. S e b e l u m inisiasi translasi d i l a k u k a n , d i p e r l u k a n m o l e k u l
t R N A (aminoasil t R N A ) y a n g b e r f u n g s i m e m b a w a a s a m a m i n o s p e s i f i k . O l e h
karena i t u , ada sekitar 2 0 m a c a m t R N A yang masing-masing m e m b a w a asam
a m i n o spesifik, k a r e n a d i alam ada sekitar 2 0asam a m i n o yang m e n y u s u n p r o t e i n
alami. Masing-masing asam a m i n o dlikatkan pada t R N A yang spesifik melalui
p r o s e s y a n g d i s e b u t s e b a g a i tRNA charging (penambahan muatan berupa asam
amino).
S e m u a t R N A m e m p u n y a i 3 basa y a n g sama pada u j u n g 3 ' y a i t u C C A dan
penambahan m u a t a n asam a m i n o dilakukan pada residu adenosin (A). Asam
a m i n o dlikatkan pada t R N A melalui ikatan ester antara gugus karboksilnya dan
gugus hidroksil 2 'atau 3' yang ada pada adenosin paling ujung. Reaksi pengikatan
t e r s e b u t d i l a k u k a n o l e h e n z i m aminoasil t R N A sintetase m e l a l u i d u a t a h a p a n
reaksi. Reaksi p e r t a m a adalah aktivasi asam a m i n o dengan menggunakan A T P
sebagai s u m b e r energi dan menghasilkan a m i n o a s i l - A M P . Selanjutnya energi pada
a m i n o a s i l - A M P (yang berupa A M P ) digunakan u n t u k m e m i n d a h k a n gugus asam
a m i n o k e t R N A sehingga dihasilkan a m i n o a s i l - t R N A .
Selain pengikatan asam a m i n o pada t R N A , tahapan pra-inisiasi lainnya adalah
disosiasi r i b o s o m m e n j a d i d u asubunit, y a i t u s u b u n i t besar d a ns u b u n i t kecil,
k a r e n a p e m b e n t u k a n k o m p l e k s inisiasi b e r l a n g s u n g pada s u b u n i t kecil. Pada £
coli, p e m i s a h a n r i b o s o m m e n j a d i d u a s u b u n i t d i b a n t u o l e h d u a f a k t o r inisiasi
(initiation factor, I F ) . S e b e n a r n y a f a k t o r i n i s i a s i p a d a £. coli a d a t i g a ( I F - 1 , I F - 2 ,
dan IF-3) n a m u n yang t e r l i b a t dalam disosiasi r i b o s o m hanya IF-1 d a n IF-3.
D a l a m hal ini, IF-1 m e n d o r o n g t e r j a d i n y a disosiasi r i b o s o m sedangkan IF-3 m e n g -
ikat subunit kecll u n t u k m e n c e g a h supaya subunit tersebut ddak berasosiasi
kembali dengan s u b u n i t besar.

Inisiasi Translasi pada Prokaryot

Tahap p e r t a m a dalam proses translasi pada p r o k a r y o t adalah penggabungan
mRNA, subunit 3 0 S , d a nf o r m i l m e t l o n i l - t R N A ,( f M e t - t R N A ^ ) m e m b e n t u k
k o m p l e k s inisiasi 305. P e m b e n t u k a n k o m p l e k s i n i m e m e r l u k a n G T P (guanosin
t r i f o s f a t ) d a n b e b e r a p a p r o t e i n y a n g d i s e b u t f a k t o r inisiasi (initiation factor, I F ) .
IF-3 secara s e n d i r i a n dapat b e r i k a t a n dengan 30S, t e t a p i ikatan t e r s e b u t distabilkan
o l e h IF-1 d a n IF-2. Ketiga f a k t o r inisiasi t e r s e b u t b e r i k a t a n d e n g a n s u b u n i t 3 0 S
secara berdekatan pada daerah dekat ujung 3 ' 1 6 Sr R N A . Setelah ketiganya
berikatan, m R N A d a n a m i n o asil t R N A y a n g p e r t a m a a k a n b e r g a b u n g dengan
rangkaian t e r s e b u t secara acak. Pada p r o k a r y o t , asam amino pertama yang
digabungkan adalah N - f o r m i l m e d o n i n (fMet). Selain itu juga diketahui b a h w a
p a d a £ coli a d a d u a m a c a m t R N A y a n g d a p a t m e m b a w a m e d o n i n , y a i t u t R N A " "
yang dapat m e m b a w a m e d o n i n tetapi m e t i o n i n tersebut ddak dapat diformilasi,
d a n tRNA^*** y a n g m e m b a w a m e d o n i n y a n g d a p a t d i f o r m i l a s i . M o l e k u l t R N A ^ "
inilah y a n g b e r p e r a n a n d a l a m inisiasi t r a n s l a s i . P e r l u d i p e r h a d k a n b a h w a f o r m i l a s i
medonin t e r j a d i pada t R N A , a r d n y a t R N A iniddak dapat dimuati langsung
d e n g a n m e d o n i n y a n g s u d a h d i f o r m i l a s i . D a l a m p r o s e s inisiasi, IF-3 berperanan
t e r u t a m a d a l a m pengikatan m R N A pada r i b o s o m 30S, sedangkan IF-2 b e r p e r a n a n
d a l a m m e n g i k a t k a n f M e t - t R N A J ^ " p a d a k o m p l e k s inisiasi 30S. D a l a m proses
 Bab 12 Translasi 213

pengikatan t e r s e b u t juga diperlukan molekul GTP tetapi G T P tersebut tidak

d i h i d r o l i s i s . K o m p l e k s inisiasi BOS y a n g l e n g k a p t e r d i r i a t a s r i b o s o m BOS ditambah
masing-masing satu m o l e k u l f M e t - t R N A [ ^ " G T R I F - 1 , IF-2, dan IF-3. S k e m a proses
inisiasi translasi p a d a p r o k a r y o t d a p a t d i l i h a t p a d a G a m b a r 12.2.

IF-3

G a m b a r 12.2 t Proses inisiasi translasi p a d a p r o k a r y o t .

 Ikatan antara subunit 30S dengan k o d o n inisiasi pada m R N A ditentukan
o l e h p a s a n g a n b a s a a n t a r a s e k u e n s y a n g d i s e b u t s e k u e n s S h i n e - D a l g a r n o (SD)
d e n g a n s e k u e n s k o m p l e m e n t e r p a d a u j u n g 3' 1 6 S r R N A . S e k u e n s S D ( A G G A G G )
t e r l e t a k d i sebelah h u l u k o d o n inisiasi d a n s e k u e n s inilah y a n g dikenal sebagai
t e m p a t p e n g i k a t a n r i b o s o m (ribosome-binding site). Perlu diingat bahwa
gen-gen pada jasad p r o k a r y o t u m u m n y a diorganisasikan secara polisistronik.
M a s i n g - m a s i n g gen m e m p u n y a i k o d o n inisiasi translasi d a n t e m p a t p e n g i k a t a n
r i b o s o m s e n d i r i sehingga r i b o s o m b e r i k a t a n d e n g a n bagian inisiasi p a d a m a s i n g -
masing gen dalam polisistron.
S e t e l a h k o m p l e k s inisiasi 3 0 S t e r b e n t u k , s e l a n j u t n y a s u b u n i t SOS bergabung
d a n m e m b e n t u k k o m p l e k s inisiasi 70S. P a d a p e m b e n t u k a n k o m p l e k s i n i , I F -
1 dan IF-3 t e r l e p a s dari k o m p l e k s . P e m b e n t u k a n k o m p l e k s ini d i l a k u k a n dengan
m e n g g u n a k a n e n e r g i hasil hidrolisis G T P y a n g t e r j a d i pada w a k t u IF-2 t e r l e p a s
dari kompleks. Hidrolisis G T P tersebut tidak m e n d o r o n g pengikatan ribosom
s u b u n i t SOS, melainkan m e n d o r o n g pelepasan IF-2 yang dapat menghambat
p e m b e n t u k a n k o m p l e k s inisiasi 70S. IF-2 y a n g t e r l e p a s s e l a n j u t n y a d a p a t d i g u n a k a n
lagi d a l a m p e m b e n t u k a n k o m p l e k s i n i s i a s i 3 0 S y a n g l a i n . S e t e l a h t a h a p a n i n i
t e r b e n t u k k o m p l e k s i n i s i a s i 7 0 S y a n g s i a p m e l a k u k a n p r o s e s pemanjangan (elong-
ation) polipepdda.
S e c a r a garis besar, t a h a p a n inisiasi translasi p a d a p r o k a r y o t adalah sebagai
berikut:

1. D i s o s i a s i r i b o s o m 7 0 S m e n j a d i s u b u n i t SOS d a n 3 0 S d e n g a n menggunakan
faktor IF-1.
2. Pengikatan IF-3 pada s u b u n i t 30S.
3. Pengikatan I F - 1 , IF-2, dan G T P bersama-sama dengan IF-3.
4. Pengikatan m R N A dan f M e t - t R N A J ^ " u n t u k m e m b e n t u k kompleks inisiasi
30S.
5. P e n g i k a t a n s u b u n i t SOS, I F - 1 d a n IF-3 t e r l e p a s .
6. IF-2 terlepas dari k o m p l e k s b e r s a m a a n dengan hidrolisis G T P sehingga ter-
bentuk kompleks inisiasi 7 0 S y a n g siap m e l a k u k a n p r o s e s pemanjangan
polipepdda.

Inisiasi Translasi pada Eukaryot

Ada beberapa perbedaan dalam halproses inisiasi translasi a n t a r a p r o k a r y o t
d e n g a n e u k a r y o t . P a d a e u k a r y o t , k o d o n inisiasi a d a l a h metionin ( b u k a n f o r m i l
m e t i o n i n s e p e r t i p a d a p r o k a r y o t ) t e t a p i t R N A y a n g m e l a k u k a n inisiasi berbeda
dari t R N A yang m e n a m b a h k a n m e d o n i n pada bagian d a l a m polipeptida. M o l e k u l
tRNA i n i s i a t o r d i s e b u t sebagai tRNA."". Selain i t u , p a d a e u k a r y o t t i d a k ada
sekuens Shine-Dalgarno seperti yang ada pada p r o k a r y o t . Fungsi sekuens ini,
y a n g akan m e n u n t u n r i b o s o m u n t u k m e n e m u k a n k o d o n inisiasi, d i l a k u k a n o l e h
s t r u k t u r t u d u n g (cop) b e r u p a ^ m e d l g u a n o s i n .
Ribosom bersama-sama d e n g a n tRNA.*^^"^ d a p a t m e n e m u k a n k o d o n awal
d e n g a n c a r a b e r i k a t a n d e n g a n u j u n g 5 ' ( t u d u n g ) , k e m u d i a n m e l a k u k a n pelarikan
 Bab 1 2 Transli

(scanning) transkrip k e arah hilir (dengan arah 5' 3') sampai menemukan
k o d o n a w a l ( A U G ) . M e n u r u t m o d e l scarining tersebut, r i b o s o m m e m u l a i translasi
pada w a k t u m e n j u m p a i sekuens A U G yang p e r t a m a kali. M e s k i p u n d e m i k i a n ,
penelitian pada 699 m R N A eukaryot menunjukkan bahwa sekitar 5 - 1 0 % AUG
y a n g p e r t a m a b u k a n l a h k o d o n inisiasi. Pada kasus s e m a c a m ini, r i b o s o m akan
m e l e w a t i s a t u a t a u d u a A U G s e b e l u m m e l a k u k a n inisiasi translasi. S e k u e n s AUG
y a n g dikenali sebagai k o d o n inisiasi adalah s e k u e n s y a n g t e r l e t a k pada sekuens
konsensus C C R C C A U G G ( Radalah purin: A atau G ) . Pengenalan sekuens AUG
sebagai k o d o n inisiasi b a n y a k d i t e n t u k a n o l e h t R N A ^ " . P e r u b a h a n andkodon
pada t R N A . * ^ " m e n y e b a b k a n d i k e n a l i n y a k o d o n lain sebagai k o d o n inisiasi.
P a d a e u k a r y o t , f a k t o r i n i s i a s i t r a n s l a s i y a n g d i p e r l u k a n a d a l a h e l F - 1 , -2,
Faktor inisiasi
translasi -3, -5, d a n -6 ( h u r u f e a d a l a h s i n g k a t a n d a r i e u k a r y o t ) . F a k t o r e l F - 3 mengubah
eukaryot
subunit kecil r i b o s o m e u k a r y o t (40S) m e n j a d i s u a t u b e n t u k yang slap u n t u k
m e n e r i m a a m i o a s i l - t R N A pertama. Setelah amino-asil t R N A yang pertama melekat,
dengan bantuan elF-2, terbentuklah kompleks 43S. Selanjutnya, dengan bantuan
elF-4, m R N A m e l e k a t k e k o m p l e k s 4 3 S m e m b e n t u k k o m p l e k s 48S. A k h i r n y a ,
faktor elF-5 m e m b a n t u subunit besar (60S) u n t u k melekat pada k o m p l e k s 4 8 5
sehingga dihasilkan k o m p l e k s 8 0 S yang slap u n t u k m e l a k u k a n translasi mRNA.
F a k t o r elF-6 adalah suatu f a k t o r and-asosiasi yang mencegah subunit 6 0 S u n t u k
berasosiasi d e n g a n s u b u n i t 4 0 S s e b e l u m t e r b e n t u k k o m p l e k s inisiasi. F a k t o r elF-
4F adalah s u a t u f a k t o r y a n g m e l e k a t p a d a s t r u k t u r t u d u n g p a d a u j u n g 5'. F a k t o r
Ini t e r d i r i atas 3 bagian, y a i t u e l F - 4 E , e l F - 4 A , d a n e l F - 4 G . B e r s a m a - s a m a dengan
e l F - 4 E , e l F - 3 , d a n poly[A]-binding protein, f a k t o r e l F - 4 G m e n a r i k s u b u n i t 4 0 S k e

P e m a n j a n g a n (Elongation) P o l i p e p t i d a
mRNA s e h i n g g a m e n s t i m u l a s i inisiasi t r a n s l a s i .
Proses pemanjangan polipepdda disebut sebagai proses e l o n g a t i o n yang secara
\ Tahapan u m u m m e m p u n y a i mekanisme yang serupa pada p r o k a r y o t dan eukaryot. Proses
\ proses
pemanjangan
pemanjangan terjadi dalam tiga tahapan, yaitu: ( 1 )pengikatan aminoasil-tRNA
p a d a sisi A y a n g a d a d i r i b o s o m , ( 2 ) p e m i n d a h a n r a n t a i p o l i p e p d d a y a n g t u m b u h
d a r i t R N A y a n g a d a p a d a sisi P k e a r a h sisi A d e n g a n m e m b e n t u k i k a t a n p e p d d a ,
dan ( 3 )translokasi r i b o s o m sepanjang m R N A k e posisi k o d o n selanjutnya yang
a d a d i sisi A .
Di dalam kompleks ribosom, molekul f M e t - t R N A ^ " menempad sisi P
( p e p t i d i l ) . Sisi y a n g l a i n p a d a r i b o s o m , y a i t u sisi A ( a m i n o a s i l ) , m a s i h k o s o n g p a d a
saat awal sintesis p r o t e i n . M o l e k u l t R N A p e r t a m a t e r s e b u t (fMet-tRNAf^^"^) ber-
ikatan dengan k o d o n A U G (atau G U G ) pada m R N A m e l a l u i antikodon-nya.
T a h a p s e l a n j u t n y a a d a l a h p e n y i s i p a n a m i n o a s i l - t R N A p a d a sisi A . M a c a m tRNA
( s e r t a a s a m a m i n o y a n g d i b a w a ) y a n g m a s u k p a d a sisi A t e r s e b u t t e r g a n t u n g
p a d a k o d o n y a n g t e r l e t a k p a d a sisi A . P e n y i s i p a n a m i n o a s i l - t R N A y a n g m a s u k k e
p o s i s i A t e r s e b u t d i l a k u k a n o l e h s u a t u p r o t e i n y a n g d i s e b u t faktor pemanjangan
T u (elongation f a a o r Tu, E F - T u ) . P e n y i s i p a n i n i d i b a n t u d e n g a n p r o s e s hidrolisis
GTP menjadi G D P
S e t e l a h sisi P d a n A t e r i s i , m a k a t a h a p s e l a n j u t n y a a d a l a h pembentukan
i k a t a n p e p d d i l y a n g d i k a t a l l s i s o l e h e n z i m peptidil t r a n s f e r a s e . M o l e k u l f M e t -
t R N A f ' ' ^ " y a n g a d a p a d a sisi P d i p l n d a h k a n k e sisi A s e h i n g g a t e r b e n t u k d i p e p t i d l l -
t R N A . S e t e l a h t a h a p i n i sisi P h a n y a b e r i s i t R N A y a n g k o s o n g , s e d a n g k a n sisi A
berisi dipepddil-tRNA. Selanjutnya, terjadi proses translokasi yaitu pemindahan
dipepddil-tRNA d a r i sisi A k e sisi R s e d a n g k a n molekul t R N A kosong yang
t a d i n y a m e n e m p a d s i s i P d i t r a n s l o k a s i k e s i s l E (exit). P a d a p r o s e s t r a n s l o k a s i I n i
mRNA bergerak sepanjang d g a nukleodda sehingga k o d o n berikutnya terletak
pada posisi A u n t u k m e n u n g g u masuknya aminoasil-tRNA berikutnya. Proses
t r a n s l o k a s i m e m e r l u k a n G T P d a n f a k t o r p e m a n j a n g a n G (elongation faaor G ,
EF-G). Skema proses pemanjangan polipeptida dapat dilihat pada G a m b a r 12.3.
P r o s e s p e m a n j a n g a n p o l i p e p d d a b e r l a n g s u n g s a n g a t c e p a t . P a d a £. coli, k e t i g a
tahapan proses u n t u k menambahkan satu asam a m i n o k epolipeptida yang sedang
t u m b u h m e m e r l u k a n w a k t u sekitar 0,05 dedk. D e n g a n d e m i k i a n sintesis polipepdda
yang t e r d i r i atas 3 0 0 asam a m i n o hanya m e m e r l u k a n w a k t u selama 1 5 detik.
R i b o s o m m e m b a c a k o d o n - k o d o n p a d a m R N A d a r i u j u n g 5'—>3'. H a s l l proses
translasi adalah m o l e k u l polipeptida yang m e m p u n y a i ujung a m i n o d a n ujung
karboksil. U j u n g a m i n o adalah ujung yang p e r t a m a kali disintesis dan merupakan
hasll p e n e r j e m a h a n k o d o n y a n g t e r l e t a k pada u j u n g 5 ' pada m R N A , sedangkan
ujung yang t e r a k h i r disintesis adalah gugus karboksil. U j u n g karboksil merupakan
hasil p e n e r j e m a h a n k o d o n y a n g t e r l e t a k pada u j u n g 3 ' pada m R N A . O l e h karena
itu, sintesis p r o t e i n berlangsung dari ujung a m i n o k e ujung karboksil.
T r a n s l a s i a k a n b e r a k h i r p a d a w a k t u s a l a h s a t u d a r i k e t i g a kodon terminasi
(UAA, UGA, UAG) yang a d a pada m R N A mencapai poslsl A pada r i b o s o m .
Dalam keadaan n o r m a l tidak a d aa m i n o a s i l - t R N A yang m e m b a w a asam amino
sesuai dengan ketiga k o d o n tersebut. O l e h karena Itu, jika r i b o s o m mencapai
salah satu dari ketiga k o d o n t e r m i n a s i t e r s e b u t , m a k a p r o s e s translasi b e r a k h i r .
P a d a £. coll, k e t i g a s i n y a l p e n g h e n t i a n p r o s e s translasi t e r s e b u t dikenali oleh
s u a t u p r o t e i n , y a n g d i s e b u t release factors (RF), m i s a l n y a R F 1 y a n g mengenali
k o d o n U A A atau U A G , atau RF2 yang mengenali k o d o n U A A atau U G A . Sebalik-
n y a , p a d a e u k a r y o t h a n y a a d a s a t u release faaor, y a i t u eRF, y a n g mengenali
ketiga k o d o n terminasi tersebut. Penempelan p r o t e i n R F pada k o d o n terminasi
tersebut mengaktifkan enzim peptidil transferase yang menghldrolisis ikatan antara
polipeptida dengan tRNA p a d a sisi P d a n m e n y e b a b k a n tRNA yang kosong
m e n g a l a m i t r a n s l o k a s i k e s i s i E. P o l i p e p t i d a y a n g s u d a h dipotong dari tRNA
t e r s e b u t selanjutnya lepas dari r i b o s o m . Setelah i t u , s u b u n i t 3 0 5 dan s u b u n i t SOS
akan terdisosiasi sehingga dapat digunakan u n t u k proses sintesis p r o t e i n b e r i k u t -
nya. Secara u m u m proses translasi pada jasad eukaryot berlangsung dengan
m e k a n i s m e s e r u p a dengan yang t e r j a d i pada jasad p r o k a r y o t . Secara s k e m a t i s ,
proses translasi dapat dilihat pada G a m b a r 1 2.3.
Proses pemanjangan polipeptida dapat dihambat oleh suatu antiblotik yang
d i s e b u t puromisin. A n t i b i o t i k i n i m e m p u n y a i s t r u k t u r y a n g m i r i p d e n g a n suatu
aminoasil-tRNA sehingga dapat m e l e k a t p a d a sisi A r i b o s o m . Jika puromisin
 Bab 1 2 Translasi 217

mRNA

mRNA

mRNA

mRNA

G a m b a r 12.3 • S k e m a proses translasi.

218 Biologi Molekular

Pi

G a m b a r 12.3 t S k e m a proses translasi (lanjutan).

 Bab 12 Translasi 219

fMet

G a m b a r 12.4 I T e r m i n a s i translasi.
220 Biologi Molekular

m e l e k a t p a d a sisi A , m a k a s e l a n j u t n y a a n d b i o t i k i t u d a p a t m e m b e n t u k ikatan
p e p d d a d e n g a n p e p d d a y a n g a d a p a d a sisi P d a n m e n g h a s i l k a n p e p d d i l p u r o m i s i n .
Peptidil puromisin tidak dapat m e l e k a t kuat pada r i b o s o m sehingga akhirnya
terlepas. H a l itu menyebabkan terjadinya terminasi translasi secara p r e m a t u r .
M e k a n i s m e inilah yang m e n y e b a b k a n p u r o m i s i n dapat m e m b u n u h bakteri dan sel
lainnya. A n t i b i o d k lainnya yang dapat m e n g h a m b a t translasi dengan cara berikatan
pada r i b o s o m adalah s t r e p t o m i s i n , k l o r a m f e n i k o l , tetrasiklin, e r i t r o m i s i n , dan cy-
cloheximide.
Seperti halnya pada replikasi D N A , m e k a n i s m e translasi juga mempunyai
s i s t e m u n t u k m e l a k u k a n k o r e k s i jika ada kesalahan dalam penggabungan aminoasil-
t R N A p a d a r i b o s o m . S i s t e m k o r e k s i t e r s e b u t d i k e n a l s e b a g a i proofreading. Akurasi
sistem translasi d i t e n t u k a n t e r u t a m a o l e h dua hal, yaitu pada saat penambahan
muatan pada t R N A (tRNA ciiarging) d a n pada saat a m i n o a s i l - t R N A melekat
p a d a sisi A r i b o s o m . J i k a t e r j a d i k e s a l a h a n pengikatan aminoasil-tRNA, maka
t R N A tersebut akan dikeluarkan dari r i b o s o m . Meskipun demikian, akurasi sistem
translasi d d a k b e r b a n d i n g lurus dengan laju translasi, k a r e n a s e m a k i n dnggi a k u r a s i -
nya m a k a s e m a k i n r e n d a h laju translaslnya, d e m i k i a n pula sebaliknya. O l e h karena
itu, a d a p e r i m b a n g a n a n t a r a akurasi s i s t e m translasi dengan laju translasi. Pada
£ coli l a j u k e s a l a h a n d a l a m t r a n s l a s i p e r a s a m a m i n o y a n g d i t a m b a h k a n mencapai
s e k i t a r 0 , 0 1 %. A n d b i o d k s t r e p t o m i s i n d a p a t m e n y e b a b k a n p e n i n g k a t a n kesalahan
translasi karena memengaruhi s i s t e m proofreading. Dalam keadaan normal,
r i b o s o m h a m p i r selalu m e n g i k a t fenilalanin jika ada p o l i ( U ) s i n t e t i k . D i lain pihak,
streptomisin menstimulasi pengikatan isoleusin jika a d a poli(U) pada mRNA
sehingga menyebabkan peningkatan kesalahan translasi.
M u t a s i p a d a g e n y a n g m e n g k o d e p r o t e i n r i b o s o m t e r t e n t u , m i s a l n y a ram,
m e n y e b a b k a n t e r j a d i n y a peningkatan laju p e m b e n t u k a n ikatan p e p d d a pada w a k t u
pemanjangan polipeptida sedang berlangsung. H a l ini menyebabkan kurangnya
w a k t u u n t u k m e l a k u k a n perbaikan jika terjadi kesalahan penggabungan aminoasil-
t R N A sehingga a m i n o a s i l - t R N A yang keliru ddak sempat dikeluarkan dari r i b o s o m .
Akibatnya, akurasi translasi menjadi berkurang. Sebaliknya, pada m u t a n yang
resisten terhadap streptomisin, pembentukan ikatan pepdda terjadi dalam w a k t u
lebih lambat (separuh dari laju n o r m a l ) . D e n g a n demikian, ada cukup waktu
u n t u k m e l a k u k a n perbaikan (pengeluaran a m i n o a s i l - t R N A yang keliru) jika a d a
kesalahan sehingga translasi pada m u t a n semacam i n imenjadi sangat akurat.

Kode G e n e t i k

Dl alam ada 2 0 macam asam a m i n o yang u m u m terdapat di dalam struktur

p o l i p e p d d a jasad hidup. M a s i n g - m a s i n g a s a m a m i n o m e m p u n y a i k o d o n y a n g spesifik
sedangkan n u k l e o t i d a hanya ada 4 m a c a m yaitu A , U ,G , dan C (Tabel 12.2). Jika
suatu k o d o n hanya t e r d i r i atas dua n u k l e o t i d a m a k a hanya akan ada 4 ^ ( =1 6 )
asam a m i n o , tetapi apabila k o d o n disusun o l e h 3 n u k l e o d d a , m a k a akan d i p e r o l e h
 Bab 1 2 Translasi 2 2 1

T a b e l 12.2 I K o d e genetik "universal."

Huruf kedua

U C A G

U U U (Phe) U C U (Ser) U A U (Tyr) UG U (Cys) U

u U U G (Phe) U C C (Ser) U A C (Tyr) UG C (Cys) C
U U A (Leu) U C A (Ser) U A A (STOP) UG A (STOP) A
U U G (Leu) U C G (Ser) U A G (STOP) UG G (Trp) G

C U U (Leu) ecu (Pro) C A U (His) C G U (Arg) U

c cue ( L e u ) G C C (Pro) C A C (His) C G C (Arg) C
E C U A (Leu) C C A (Pro) C A A (Gin) C G A (Arg) A e
C U G (Leu) C C G (Pro) C A G (Gin) C G G (Arg) G s

A U U (He) A C U (Thr) A A U (Asn) A G U (Ser) U IT*

g
A A U C (He) A C C (Thr) A A C (Asn) A G C (Ser) c f
X A U A (He) A C A (Thr) A A A (Lys) A G A (Arg) A
A U G (Met) A C G (Thr) A A G (Lys) A G G (Arg) G

G U U (Val) G C U (Ala) G A U (Asp) G G U (Gly) U

G G U C (Val) G C C (Ala) G A G (Asp) G G C (Gly) c
G U A (Val) G C A (Ala) G A A (Glu) G G A (Gly) A
G U G (Val) G C G (Ala) G A G (Glu) G G G (Gly) G

4^ ( = 6 4 ) a s a m a m i n o , sedangkan j u m l a h a s a m a m i n o yang u m u m d i k e t a h u i a d a
pada jasad hidup hanya 2 0 m a c a m . Beberapa kodon diketahui mengkode asam
a m i n o y a n g s a m a . F e n o m e n a I n i d i k e n a l s e b a g a i genetic code redundancy (de-
generacy). Oleh karena ada beberapa kodon yang berbeda u n t u k satu asam
a m i n o yang sama, m a k a dikenal ada 6 4 m a c a m k o d o n , tiga d i a n t a r a n y a yaitu T A A
(UAA pada m R N A ) , T A G (UAG pada m R N A ) , dan T G A ( U G A pada mRNA)
t i d a k m e n g k o d e a s a m a m i n o apa p u n k a r e n a ketiga k o d o n ini m e r u p a k a n kodon
u n t u k mengakhiri (terminasi) proses translasi. A d a beberapa aspek yang perlu
diketahui mengenai kode genedk, yaitu:

Aspek-aspek 1. K o d e g e n e t i k b e r s i f a t d d a k s a l i n g t u m p a n g - d n d i h (non-overlapping), kecuali

kode genetik
pada kasus tertentu, misalnya pada bakteriofag O X I 74 yang mempunyai
kodon tumpang-dndih.
2. T i d a k a d a s e l a (gap) d i a n t a r a k o d o n s a t u d e n g a n k o d o n y a n g lain.
3. T i d a k ada k o m a di antara k o d o n .
4. Kodon b e r s i f a t degenerate, a r t i n y a a d a b e b e r a p a a s a m a m i n o y a n g mem-
punyai lebih dari satu k o d o n .
5. Secara u m u m , k o d o n bersifat hampir universal karena pada beberapa organel
jasad dnggi a d ab e b e r a p a k o d o n yang b e r b e d a dari k o d o n yang digunakan
pada sitoplasma (Tabel 12.3).

D a l a m proses translasi, setiap k o d o n berpasangan d e n g a n antikodon y a n g

sesuai yang t e r d a p a t pada m o l e k u l t R N A . Sebagai c o n t o h , k o d o n m e d o n i n (AUG)
mempunyai komplemennya dalam bentuk andkodon U A C yang terdapat pada
t R N A ' ^ " . P a d a w a k t u t R N A y a n g m e m b a w a a s a m a m i n o d i i k a t k e d a l a m sisi A
222 Biologi Molekular

T a b e l 12.3 • B e b e r a p a p e n y i m p a n g a n dari k o d e genetik "universal."

Sumber Kodon Makna pada Makna pada

sistem universal sistem ini

Mitokondria Drosophila UGA STOP Triptofan

AGA & A G G Arginin Serin
A U A Isoleusin Metionin

Mitokondria mamalia AGA & A G G Arginin STOP

A U A Isoleusin Metionin
UGA STOP Triptofan

Mitokondria khamir GUN Leusin Treonin

A U A Isoleusin Metionin
UGA STOP Triptofan

Mitokondria tumbuhan UGA STOP Triptofan

tingkat tinggi CGG Arginin Triptofan

N u k l e u s Candida albicans CTG Leusin Serin

Nukleus protozoa U A A &U A G STOP Glutamin

Mycoplasma UGA STOP Triptofan

(Sumber: Paolella, 1997.)

pada r i b o s o m , m a k a bagian a n d k o d o n n y a berpasangan dengan k o d o n yang sesuai

y a n g a d a p a d a sisi A t e r s e b u t . O l e h k a r e n a i t u , s u a t u k o d o n a k a n m e n e n t u k a n
asam a m i n o yang disambungkan k e dalam polipeptida yang sedang disintesis di

Hipotesis Wobble j
dalam ribosom.
T a b e l 12.2 m e n u n j u k k a n b a h w a a d a b e b e r a p a a s a m a m i n o y a n g m e m p u n y a i l e b i h
dari satu kodon.Jika sedap k o d o n m e m e r l u k a n t R N A tersendiri, m a k a diperlukan
banyak t R N A u n t u k mentranslasi k o d e - k o d e genedk. O l e h karena i t u Francis
Crick m e n g e m u k a k a n s u a t u h i p o t e s i s y a n g d i s e b u t hipotesis w o b b l e untuk
menunjukkan bahwa t R N A yang diperlukan ddak harus sebanyak jumlah k o d o n
yang ada. C r i c k m e n g e m u k a k a n b a h w a k e d u a basa p e r t a m a d a l a m sedap k o d o n
harus berpasangan secara t e p a t dengan a n t i k o d o n yang sesuai, sedangkan basa
kedga dapat berpasangan d e n g a n basa y a n g d d a k biasa. D a l a m h a l i n i C r i c k
m e n g e m u k a k a n b a h w a G dapat berpasangan tidak hanya dengan C pada posisi
kedga k o d o n , tetapi juga dapat berpasangan dengan U sehingga menghasilkan
pasangan b a s a wobble G - U .
Lebih jauh. C r i c k juga m e n g e m u k a k a n b a h w a di dalam s t r u k t u r t R N A a d a
s a t u b a s a y a n g d d a k b i a s a y a i t u inosine (1) y a n g m e m p u n y a i s t r u k t u r mirip
d e n g a n guanosine ( G ) . B a s a inosine d a p a t b e r p a s a n g a n d e n g a n C ( p a s a n g a n basa
W a t s o n - C r i c k y a n g b i a s a ) a t a u d e n g a n U ( p a s a n g a n b a s a wobble) p a d a poslsl
 Bab 1 2 Translasi 223

k e t i g a k o d o n ( p o s i s i wobble). S e l a i n I t u , inosine j u g a d a p a t b e r p a s a n g a n d e n g a n A .
Dengan d e m i k i a n , a n t i k o d o n y a n g m e n g a n d u n g inosine p a d a posisi pertama
( k o m p l e m e n t e r dengan posisi ketiga pada k o d o n ) dapat berpasangan dengan d g a
m a c a m k o d o n b e r b e d a yang m e m p u n y a i basa pada posisi ketiga b e r u p a C , U ,
a t a u A . F e n o m e n a wobble s e m a c a m ini dapat mengurangi jumlah t R N A yang
diperlukan u n t u k m e n t r a n s l a s i k o d e - k o d e genetik. Sebagai c o n t o h , dua macam
kodon u n t u k fenilalanin, yaitu U U Ud a n U U C , dapat berpasangan dengan
a n t i k o d o n 3'-AAG-5' yang ada pada satu t R N A yang sama. Basa p e r t a m a pada
a n t i k o d o n ( G )dapat berpasangan dengan U m a u p u n C pada basa kedga k o d o n ,
y a i t u d e n g a n pasangan G - C (pasangan W a t s o n - C r i c k y a n g biasa) a t a u pasangan
wobble G - U .
P o l i p e p d d a y a n g disintesis d l d a l a m r i b o s o m b u k a n m e r u p a k a n hasil a k h i r
Modifikasi
polipeptida
karena polipeptida t e r s e b u t biasanya akan mengalami beberapa m a c a m modifikasi
hasil sintesis di sehingga akhirnya t e r b e n t u k p r o t e i n yang fungsional. Beberapa m a c a m modifikasi
robosom
y a n g d i l a k u k a n p a d a p o l i p e p t i d a t e r s e b u t a d a l a h penghilangan gugus formil pada
asam amino metionin pertama (asam a m i n o p e r t a m a pada rantai polipeptida)
oleh e n z i m deformilase. Perlu diketahui b a h w a gugus f o r m i l hanya t e r d a p a t pada
a s a m a m i n o m e d o n i n p e r t a m a pada p r o t e i n jasad p r o k a r y o t , sedangkan asam
a m i n o m e d o n i n p e r t a m a pada p r o t e i n e u k a r y o t tidak m e n g a n d u n g gugus formil.
Modifikasi kedua adalah pembentukan ikatan disulfida. P r o t e i n y a n g t e r b e n t u k
m u n g k i n j u g a m e n g a l a m i modifikasi yang lain berupa penambahan gugus karbo-
hidrat pada beberapa asam amino tertentu. M o d i f i k a s i i n i d i s e b u t s e b a g a i proses
glikosilasl. D i s a m p i n g i t u , b e b e r a p a p r o t e i n j u g a m e n g a l a m i modifikasi berupa

pemotongan sebagian rantai asam amino.

1. Sebutkan dan jelaskan secara singkat tahapan u t a m a proses translasi.
1 Jelaskan b e b e r a p a p e r b e d a a n p r o s e s inisiasi t r a n s l a s i pada e u k a r y o t d e n g a n y a n g t e r j a d i pada p r o k a r y o t .
3. J e l a s k a n m e n g a p a a n d b i o t i k puromisin d a p a t m e n g h a m b a t p r o s e s t r a n s l a s i .
4 J e l a s k a n m e n g a p a a n d b i o t i k streptomisin d a p a t m e n i n g k a t k a n k e s a l a h a n t r a n s l a s i .
5. A p a yang dimaksud dengan degenerasi kode genetik? Berikan beberapa contohnya.
Pokok Bahasan:

I Rekombinasi Homolog
I Rekombinasi Model Meselson-Radding
I R e k o m b i n a s i K h u s u s (Site-Specific Recombination)
I Konversi G e n
I Rekombinasi Meiotik
I Penyusunan Ulang Gen Imunoglobulin
Penyusunan Ulang Cen Pengkode Rantai Ringan Lambda • Penyusunan
Ulang Gen Pengkode Rantai Ringan Kappa • Penyusunan Ulang Cen
Pengkode Rantai Berat
I Regulasi Penyusunan U l a n g G e n Pengkode Imunoglobulin
I Transposisi
Pengelompokan Transposon • Transposon pada Prokaryot • Sekuens dan
Elemen Penyisip • Transposon Komposit * Elemen Tn3 • Bakteriofag Mu
• Mekanisme Transposisi • Transposon pada Eukaryot • Transposon pada
Khamir • Transposon pada Drosophila • Transposon pada Manusia
• Makna Penting Transposon

D i a l a m d i j u m p a i adanya variabilitas sifat-sifat g e n e t i k y a n g luas d i a n t a r a

jasad hidup. Perbedaan-perbedaan sifat s e m a c a m itu m e n y e b a b k a n dikenal-
nya berbagai k e l o m p o k jasad hidup. Variabilitas g e n e t i k jasad hidup yang ada d i
a l a m d a p a t d i s e b a b k a n o l e h p r o s e s mutasi d a n rekombinasi. P a d a d a s a r n y a ,
m u t a s i a d a l a h perubahan struktural atau komposisi DNA p a d a g e n o m s u a t u j a s a d
yang dapat m e n y e b a b k a n tetjadinya p e r u b a h a n f e n o t i p i k pada jasad yang ber-
sangkutan, meskipun tidak semua mutasi menyebabkan perubahan fenotipe. Mutasi
biasanya t e r j a d i k a r e n a adanya p e n g a r u h f a k t o r luar, misalnya p e r l a k u a n dengan
s e n y a v / a k i m i a a t a u p e r l a k u a n fisik t e r t e n t u , m i s a l n y a r a d i a s i , a t a u t e r j a d i s e c a r a
alami, misalnya karena kesalahan dalam proses replikasi DNA.
D i samping m u t a s i , m e k a n i s m e lain yang dapat m e n y e b a b k a n terjadinya
variasi g e n e t i k adalah r e k o m b i n a s i . Jasad h i d u p y a n g d i t u r u n k a n dari s u a t u i n d u k
tidak selalu m e m p u n y a i sifat-sifat g e n e t i k yang s a m a dengan i n d u k n y a karena
u m u m n y a j a s a d t u r u n a n (progeny) t e l a h m e n g a l a m i k o m b i n a s i a l e l a n t a r a i n d u k
Jantan dengan i n d u k betina sehingga m e m p u n y a i k o m p o s i s i g e n e t i k yang berbeda.
Perlu diperhatikan bahwa perubahan komposisi genetik tersebut tidak disebabkan
oleh faktor atau perlakuan dari luar seperti yang terjadi pada proses mutasi.
Rekombinasi genedk adalah proses pertukaran elemen genetik yang dapat terjadi
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 225

antara untaian DNA yang berlainan ( i n t e r s t r a n d ) , atau antara bagian-bagian gen

yang terletak dalam satu untaian DNA ( i n t r a s t r a n d ) . S e c a r a g a r i s b e s a r a d a t i g a
Tiga t i p e d p e r e k o m b i n a s i g e n e t i k y a n g s u d a h b a n y a k d i k e t a h u i , y a i t u ( 1 ) rekombinasi
relcombinasi
h o m o l o g / u m u m , ( 2 ) r e k o m b i n a s i khusus (site-specific recombination), d a n ( 3 )
rekombinasi transposisi/replikadf.

Contoh Soal
Jelaskan perbedaan prinsip antara m u t a s i dan r e k o m b i n a s i .

Jawaban:
M u t a s i adalah p e r u b a h a n s t r u k t u r a l dan k o m p o s i s i g e n o m suatu jasad yang dapat terjadi k a r e n a
f a k t o r luar (mutagen) atau karena kesalahan replikasi. Dengan d e m i k i a n , dalam proses mutasi tidak
m e l i b a t k a n p e r t u k a r a n e l e m e n genetik antarbagian g e n o m . Sebaliknya, r e k o m b i n a s i adalah proses
pertukamn elemen genetik yang dapat terjadi antara untaian DNA yang berlainan ( i n t e r s t r a n d ) , a f o u
antara bagian-bagian gen yang terletak dalam satu untaian DNA ( i n t r a s t r a n d ) .

Rekombinasi H o m o l o g
Rekombinasi homolog menyebabkan terjadinya pertukaran antarmolekul D N A
yang mempunyai homologi urutan nukleotida cukup besar. Ciri khusus
r e k o m b i n a s i h o m o l o g adalah b a h w a proses t e r s e b u t dapat terjadi pada sedap
tidk di dalam daerah homologi. Rekombinasi terjadi melalui tahap pemotongan
untaian D N A yang kemudian diikud dengan proses penggabungan kembali.
R e k o m b i n a s i a n t a r k r o m o s o m m e l i b a t k a n proses p e r t u k a r a n secara fisik antara
bagian-bagian k r o m o s o m . Proses rekombinasi terjadi secara akurat sehingga
d d a k ada satu pun pasangan basa n u k l e o t i d a yang hilang atau d i t a m b a h k a n k e
dalam kromosom rekombinan. Proses pertukaran tersebut menyebabkan
Terbentui<r)ya t e r b e n t u k n y a s t r u k t u r y a n g d a p a t t e r l i h a t s e b a g a i k i a s m a (chiasma) p a d a w a k t u
Iciasma
meiosis. Kiasma merupakan tempat pemotongan d a n penggabungan kembali
untaian D N A , yaitu ketika d u akromatid yang berbeda (non-sister chromatids)
t e r p o t o n g dan tergabungkan satu s a m a lain.

Rekombinasi h o m o l o g dimulai ketika d u a k r o m o s o m homolog terletak

berdekatan satu s a m a lain sehingga u r u t a n n u k l e o t i d a y a n g homolog dapat
d i p e r t u k a r k a n . K o n t a k antara dua pasang k r o m o s o m t e r s e b u t , disebut sebagai
p r o s e s sinapsis, t e r j a d i p a d a a w a l m e i o s i s y a i t u p a d a profase. M o d e l mengenai
mekanisme rekombinasi yang sekarang banyak d i t e r i m a adalah model yang
diajukan oleh Robin Holliday (model Holliday, G a m b a r 13.1). Proses
rekombinasi dimulai dengan terjadinya pemotongan untaian D N A kedua
k r o m o s o m h o m o l o g pada t e m p a t yang sama oleh akdvitas nuklease. Pada bakteri
Escherichia coli e n z i m n u k l e a s e t e r s e b u t d i k o d e o l e h g e n r e c B d a n recC yang
masing-masing bertanggung jawab dalam sintesis eksonuklease V (1 3 5 k D a l t o n )
dan eksonuklease V (125 kDalton). Pemotongan tersebut terjadi hanya pada
226 Biologi Molekular

5'I 13'
3-1 15'

5-1 13'
3'I 15'
a

A
5'I 13'
3'I 15'

3'i 15'
5-1 13'
a b

A B
13'
I 5'

'5'
i3'

3(

5( Gambar 13.1 • S k e m a
menurut model Holliday.
Rekombinasi dimulai
rekombinasi

dengan
adanya pemotongan pada salah
satu dari dua untaian D N A
homolog (langkah 3)yang diikuti

X
oleh invasi pada untaian D N A
h o m o l o g (langkah 4-6), sampai
akhirnya terbentuk persimpangan
H o l l i d a y ( l a n g k a h 7). (Diadaptasi
dari Weaver, 2003.)
 B a b 13 Rekombinasi dan Transposisi 227

salah satu untaian D N A dari k e d u a D N A untai-ganda k r o m o s o m . D e n g a n adanya

aktivitas nuklease tersebut maka untaian D N A akan t e r b u k a sebagian sehingga
ada bagian b e r u n t a i tunggal. Bagian D N A untai-tunggal tersebut kemudian akan
distabilkan oleh protein yang mengikat D N A u n t a i - t u n g g a l (single-stranded bind-
ing protein, SSB protein). P e m o t o n g a n D N Atersebut menyebabkan terjadinya
gerakan ujung-ujung bebas D N A y a n g t e r p o t o n g . D i s a m p i n g p r o t e i n SSB, p r o -
t e i n lain y a n g juga b e r i k a t a n d e n g a n bagian untai-tunggal t e r s e b u t adalah p r o t e i n
y a n g d i k o d e o l e h g e n recA. M a s i n g - m a s i n g D N A u n t a i - t u n g g a l t e r s e b u t k e m u d i a n
meninggalkan untaian D N A pasangannya dan berpasangan dengan untaian DNA
yang k o m p l e m e n t e r (renaturasi) pada untaian D N A yang lain sehingga t e r j a d i
pindah silang (crossing-over). D i k e t a h u i b a h w a p r o s e s p e n e m u a n u n t a i a n DNA
yang komplementer d a n renaturasi D N A untai-tunggal menjadi untai-ganda
dikatallsis o l e h p r o t e i n recA ( 3 8 k D a l t o n ) dengan d i i k u d o l e h p r o s e s hidrolisis
A T P . B u k t i - b u k t i m e n u n j u k k a n b a h w a pindah silang t e r j a d i pada profase, bukan
pada interfase, sehingga replikasi k r o m o s o m tidak berkaitan dengan terjadinya
pindah silang meskipun pada profase juga terjadi sedikit sintesis DNA. Jika
pertukaran antar-untaian D N A sudah terjadi, maka untaian D N A tersebut dapat
bergerak sepanjang untaian-ganda D N A dan menggand salah satu u n t a i a n DNA
s e h i n g g a t e r j a d i m i g r a s i c a b a n g (brancti migration). D i k e t a h u i j u g a b a h w a proses
m i g r a s i c a b a n g t e r s e b u t d i k a t a l l s i s o l e h h i d r o l i s i s A T P o l e h p r o t e i n recA.
Setelah terjadi migrasi cabang, s t r u k t u r m o l e k u l k r o m o s o m yang mengalami
rekombinasi harus diuraikan kembali sehingga dapat dihasilkan molekul
rekombinan. H a l ini dilakukan dengan adanya pemotongan D N Auntuk yang
k e d u a kali o l e h akdvitas nuklease. Hasil p e m o t o n g a n t e r s e b u t k e m u d i a n direparasi
sehingga t e r b e n t u k m o l e k u l r e k o m b i n a n (Gambar 1 3.2).
D i k e t a h u i b a h w a m u t a s i p a d a g e n recA m e n y e b a b k a n penurunan frekuensi
rekombinasi sampai hanya mencapai 0 , 1 % dari frekuensi n o r m a l , sedangkan
mutasi pada recBC menyebabkan frekuensi rekombinasi hanya mencapai 1 % dari
frekuensi normal. D i samping itu juga diketahui b a h w a f e n o d p e Rec", karena
a d a n y a m u t a s i p a d a recBC, d a p a t d i t e k a n d e n g a n adanya m u t a s i pada g e n lain
y a i t u sbcA d a n sbcB. M u t a s i sbcA m e n y e b a b k a n terjadinya peningkatan sintesis
eksonuklease VIII yang m e r u p a k a n p r o d u k gen recE*.
Eksonuklease VIII diduga dapat menggand akdvitas eksonuklease V (recBQ.
Dengan adanya f e n o m e n a semacam ini m a k a diduga ada dua j a l u r r e k o m b i n a s i ,
y a i t u j a l u r recBC d a n j a l u r recF. P r o s e s rekombinasi yang tergantung pada
p r o d u k gen recF d i k e t a h u i t e r j a d i dengan f r e k u e n s i yang lebih tinggi pada m u t a n
recBC yang juga m e m p u n y a i mutasi lain pada g e n sbcB. M u t a s i pada sbcB
menyebabkan penurunan aktivitas eksonuklease I. S a m p a i sekarang peranan
r e k o m b i n a s i yang t e r g a n t u n g pada R e c F b e l u m d i k e t a h u i dengan jelas. D i s a m p i n g
t e r g a n t u n g p a d a R e c F , j a l u r r e k o m b i n a s i recF j u g a m e m e r l u k a n p a r t i s i p a s i g e n
r e c K d a n recL.
Gen-gen lain y a n g berperanan dalam proses rekombinasi umum pada
Esciierichia coll d i s a j i k a n d a l a m T a b e l 13.1.
• C 228 Biologi Molekular

A B A h

a b a B
A B A b

a b a " " " ^ ^ " ^

G a m b a r 13.2 I P e n g u r a i a n struktur Holliday menjadi rekombinan.

 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 229

Tabel 13.1 I Gen-gen y a n g berperanan d a l a m proses rekombinasi.

Gen Fungsi gen

recA A k t i v i t a s A T P a s e y a n g t e r g a n t u n g p a d a D N A (DNA-
dependent ATPase, 3 8 k D a l t o n )

recB G e n s t r u k t u r a l e k s o n u k l e a s e V (135 k D a l t o n )

recC G e n s t r u k t u r a l e k s o n u k l e a s e V (125 k D a l t o n )

recD S u b u n i t eksonukleaseV (67 k D a l t o n )

recE Eksonuklease VIII (dapat menggantikan eksonukleaseV )

recF D e f i s i e n s i r e k o m b i n a s i p a d a strain recB~ recC" sbcB"

recK, recL D e f i s i e n s i r e k o m b i n a s i p a d a strain recB" recC~ sbcB" sbcA

SbcA S u p r e s o r m u t a s i recB d a n recC; m u t a n m e n g a n d u n g

aktivitas D N a s e yang tergantung pada A T P ; mengendalikan
g e n recE

sbcB Gen struktural eksonuklease I

( S u m b e r : Moat, 1988.)

Rekombinasi M o d e l Meselson-Radding
Dalam m o d e l rekombinasi seperti yang diusulkan oleh Holliday, diasumsikan
terjadi d u ap e m o t o n g a n pada posisi yang t e p a t saling b e r h a d a p a n pada untaian
D N A h o m o l o g . A s u m s i s e m a c a m ini n a m p a k n y a sullt u n t u k dapat t e r j a d i m e n g i n g a t
k e m u n g k i n a n terjadi d u ap e m o t o n g a n seperti itu sangat kecil. O l e h karena itu
M a t t h e w Meselson d a nCharles Radding pada t a h u n 1 9 7 5 mengusulkan m o d e l
Model
rekombmasi alternadf u n t u k menjelaskan proses rekombinasi. D a l a m m o d e l ini, diasumsikan
Meselson-
Radding
t e r j a d i r e p l i k a s i p a d a d a e r a h t a k i k (nick) salah satu u n t a i a n D N A yang m e -
nyebabkan terjadinya penggusuran untaian D N A . Untaian D N Ayang tergusur
tersebut selanjutnya menginvasi untaian D N A h o m o l o g dan berpasangan dengan
salah s a t u u n t a i a n D N A sekaligus m e n g g u s u r u n t a i a n D N A h o m o l o g y a n g lain.
DNA y a n g t e r g u s u r t e r s e b u t k e m u d i a n m e m b e n t u k D-loop. D-loop y a n g ter-
b e n t u k t e r s e b u t a k h i r n y a akan dihilangkan sehingga terjadi migrasi cabang. Setelah
t e r j a d i m i g r a s i c a b a n g b a r u l a h k e m u d i a n t e r b e n t u k persimpangan Holliday (l-lolHdaY
junction). R a d d i n g j u g a m e n g u s u l k a n b a h w a s e l a i n m e k a n i s m e t e r s e b u t j u g a d a p a t
b e r l a n g s u n g m e k a n i s m e a l t e r n a t i f y a i t u a d a n y a c e l a h (gap) p a d a s a l a h s a t u u n t a i a n
DNA m e n y e b a b k a n terjadinya pasangan antara D N Adupleks yang m e m p u n y a i
celah d e n g a n salah satu u n t a i a n D N A d u p l e k s yang lain. Invasi salah satu u n t a i a n
DNA k e untaian D N A h o m o l o g tersebut kemudian diikuti dengan replikasi.
Setelah terjadi replikasi k e m u d i a n akan diikud oleh migrasi cabang dan akhirnya
t e r b e n t u k persimpangan Holliday ( G a m b a r 1 3.3).

S e l a i n m o d e l r e k o m b i n a s i M e s e l s o n - R a d d i n g , p a d a b a k t e r i Esctierictiia coli
d i k e t a h u i a d a s u a t u v a r i a s i m o d e l t e r s e b u t y a n g d i k e n a l d e n g a n n a m a j a l u r (patti-
way) R e c B C D k a r e n a m e l i b a t k a n p r o t e i n R e c B C D y a n g m e r u p a k a n h a s i l e k s p r e s i
g e n r e c B , recC, d a n r e c D . P r o t e i n t e r s e b u t m e m b u a t s u a t u t a k i k p a d a d a e r a h
V 230 Biologi Molekular

G a m b a r 13.3 > Skema rekombinasi model Meselson-Radding. Rekombinasi di-

mulai dengan adanya pemotongan pada salah satu untaian D N A dari salah satu
D N A h o m o l o g ( l a n g k a h 1) d i i k u t i o l e h i n v a s i d u p l e k s y a n g l a i n d a n pembentukan
D-loop ( l a n g k a h 2). P a d a j a l u r k e d u a (a-c) rekombinasi dimulai dengan adanya
c e l a h (gap) p a d a s a l a h s a t u u n t a i a n D N A ( l a n g k a h a ) y a n g d i i k u t i o l e h invasi
untaian yang lain (langkah b-c). Selanjutnya jalur pertama (1-3) diikuti oleh
p e n g h i l a n g a n D-loop, s e d a n g k a n jalur k e d u a (a-c) d i i k u t i o l e h replikasi. L a n g k a h
selanjutnya terjadi migrasi cabang dan akhirnya terbentuk persimpangan
Holliday (langkah 4-5). (Diadaptasi dari Weaver, 2003.)
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 231

d e k a t u j u n g 3 ' y a n g d i s e b u t s e b a g a i sisi chi (x) y a n g m e m p u n y a i u r u t a n n u k l e o d d a

5 ' - G C T G G T G G - 3 ' . U r u t a n s i s i c h i t e r d a p a t p a d a g e n o m £. coli s e d a p r a t a -
rata 5.000 pasangan basa. P r o t e i n R e c B C D juga m e m p u n y a i aktivitas helikase
y a n g digunakan u n t u k m e m b u k a lilitan D N A dan m e n g h a s i l k a n u j u n g untai-tunggal.
U j u n g u n t a i - t u n g g a l t e r s e b u t a k a n d i t e m p e l i o l e h p r o t e i n R e c A d a n S S B (single-
strand binding) y a n g b e r f u n g s i u n t u k m e m b u a t m o l e k u l D N A y a n g s u d a h berupa
u n t a i - t u n g g a l d d a k m e m b e n t u k d u p l e k s lagi. P r o t e i n R e c A b e r f u n g s i u n t u k m e m -
bantu proses invasi o l e h u j u n g untai-tunggal k e d a l a m D N A untai-ganda d a n
m e n c a r i daerah h o m o l o g i . Jika ujung untai-tunggal t e r s e b u t sudah menemukan
d a e r a h h o m o l o g i , m a k a a k a n t e r j a d i t a k i k p a d a d a e r a h D-loop. T a k i k tersebut
memungkinkan protein R e c A dan SSB u n t u k m e m b u a t ujung baru yang dapat
berpasangan dengan d a e r a h celah pada D N A yang lain. Selanjutnya, e n z i m DNA
ligase akan menutup kedua takik tersebut sehingga dihasilkan persimpangan
Holliday. Migrasi cabang akan terjadi dengan bantuan protein R u v A dan RuvB.
R u v B m e m p u n y a i akdvitas A T P a s e sehingga proses migrasi cabang dapat dilakukan
dengan menggunakan sumber energi berupa A T P . Kedua D N A yang m e m b e n t u k
persimpangan Holliday selanjutnya akan mengalami pembentukan takik untuk
menguralkan persimpangan Holliday. H a l Ini dilakukan dengan menggunakan
akdvitas protein RuvC. Secara skemads, jalur R e c B C D dalam proses rekombinasi
tersebut dapat dilihat pada G a m b a r 13.4.

R e k o m b i n a s i Khusus {Site-Specific Recombination)

Berbeda dari proses rekombinasi homolog, rekombinasi khusus hanya terjadi
pada t e m p a t khusus di dalam segmen m o l e k u l D N A . Pertukaran materi genedk
dilakukan oleh protein khusus yang mengkatalisis p e m o t o n g a n dan penggabungan
molekul D N A secara tepat pada t e m p a t terjadinya rekombinasi. Proses rekom-
binasi s e m a c a m ini d d a k t e r g a n t u n g p a d a p r o t e i n recA.
R e k o m b i n a s i k h u s u s m e m p u n y a i b e b e r a p a c i r i y a i t u : (1) p r o s e s rekombinasi
Ciri-ciri t e r j a d i d i t e m p a t k h u s u s p a d a k e d u a f r a g m e n D N A , (ii) r e k o m b i n a s i berlangsung
relfombinasi t i m b a l b a l i k (reciprocal), a r d n y a k e d u a h a s i l p e r t u k a r a n g e n e d k t e r s e b u t dapat
khusus
d i p e r o l e h k e m b a l i , (Mi) r e k o m b i n a s i t e r j a d i s e c a r a k o n s e r v a t i f , a r t i n y a proses
pertukaran genetik tersebut dilakukan melalui pemotongan dan penyambungan
k e m b a l i bagian D N A yang b e r e k o m b i n a s i t a n p a ada sintesis n u k l e o d d a b a r u , dan
(iv) bagian yang m e n g a l a m i r e k o m b i n a s i t e r s e b u t m e m p u n y a i h o m o l o g i d a l a m hal
urutan nukleodda.
Proses rekombinasi khusus dimulai dengan terjadinya p e m o t o n g a n bagian
D N A yang akan berekombinasi pada daerah yang m e m p u n y a i h o m o l o g i sehingga
d i h a s i l k a n u j u n g l e k a t (sticky end). K e d u a u j u n g l e k a t p a d a k e d u a f r a g m e n DNA
yang berekombinasi tersebut kemudian mengalami pertukaran untai D N A sehingga
Contoh akan t e r b e n t u k konfigurasi rekombinan (Gambar 1 3.5).
rekombinasi
khusus Salah satu c o n t o h p e n d n g r e k o m b i n a s i k h u s u s adalah integrasi dan p e m o t o n g -
an materi genetik bakteriofag lisogenik, misalnya bakteriofag lambda, k e dalam
232 Biologi IVIolekular

3 ' ^

5' wmm » 3'

GCTGGTGG
Pembentukan takik, p e m b u k a a n lilitan D N A

Untai tunggal diselubungi oleh RecA dan SSB

" V o o o o
I n v a s i u n t a i a n D N A , p e m b e n t u k a n D-loop

Pencarian homologi diikuti oleh pertukaran untaian

Pengisian takik

Persimpangan Holliday

Migrasi cabang

X
Resolusi

G a m b a r 13.4 I Skema jalur RecBCD d a l a m proses rekombinasi. Rekombinasi di-

mulai dengan adanya pembentukan t a k i k {nick) dekat daerah % (sekuens
G C T G G T G G ) diikuti oleh proses p e m b u k a a n lilitan D N A oleh RecBC. (Diadaptasi
dari Weaver, 2003.)
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 233

G C T T T T T T A C T A A

C G A A A A A A T G A T T

G C T T T T T T A C T A A

C G A A A A A A T G A T T

\7
G C T T T T T T A C T A A G C T T T T T T A C T A A

C G A A A A A A T G A T T C G A A A A A A T G A T T

G a m b a r 13.5 • S k e m a r e k o m b i n a s i khusus.

dan k e luar dari k r o m o s o m bakteri Inang. D a l a m siklus lisogenik bakteriofag

lambda, molekul D N A lambda disisipkan atau diintegrasikan k e dalam kromosom
bakteri sehingga t e r b e n t u k profag. Tahap tersebut kemudian diikuti dengan represi
untuk mencegah sintesis protein bakteriofag yang dapat menghambat atau
m e m a d k a n bakteri inang. Integrasi D N A lambda tersebut k e dalam kromosom
Escherichia coli t e r j a d i p a d a t e m p a t k h u s u s , y a i t u d i a n t a r a o p e r o n gal d a n o p e r o n
bio ( b i o t i n ) , y a n g d i s e b u t s e b a g a i t e m p a t p e n g i k a t a n l a m b d a (lambda attach-
m e n t site, att). P a d a u m u m n y a hanya a d a satu t e m p a t integrasi pada hampir
s e m u a b a k t e r i o f a g temperate. S k e m a d a s a r m e k a n i s m e I n t e g r a s i D N A lambda k e
d a l a m k r o m o s o m £. coli d a p a t d i l i h a t p a d a G a m b a r 1 3.6.
B a g i a n k r o m o s o m £. coli y a n g m e n j a d i t e m p a t i n t e g r a s i l a m b d a a d a l a h attB,
sedangkan bagian D N Alambda t e m p a t terjadinya r e k o m b i n a s i disebut sebagai
attP. P a d a b a k t e r i o f a g , d a e r a h I n t e g r a s i t e r s e b u t d i k e n a l s e b a g a i f r a g m e n POP',
yaitu t e r d i r i atas s e g m e n O yang diapit o l e h dua u r u t a n n u k l e o t i d a yang berbeda
(P d a n P'). Sedangkan pada bakteri daerah t e r s e b u t dikenal sebagai fragmen
BOB'. K e d u a t e m p a t att t e r s e b u t m e m p u n y a i h o m o l o g i yang terdiri atas 1 5
nukleotida (disebut sebagai s e g m e n " O " baik pada bakteriofag m a u p u n pada
bakteri inang) yang m e r u p a k a n u r u t a n n u k l e o t i d a i n t i ( c o r e sequence). Urutan
n u k l e o d d a pada daerah ott adalah sebagai berikut:
 att p a d a lambda TTCAGCTTT TT TATACTAA G T T G
AAGTCGAAA AA ATATGATT C A A C
POP'

ott pada bakteri GCCTGCTT T T TTAT ACTAA CTTG

C G G A C G A A A A A A T A TGATT GAAC
BOB'

Jika t e r j a d i r e k o m b i n a s i , m a k a a k a n dihasilkan r e k o m b i n a n sebagai b e r i k u t .

G C C T G C T T T T TTATA CTAA G T T G . . . T T C A GCT TT T T T A T A C T A A CTTG

CGGACG A A A A AATAT GATT C A A C .. . A A G T CGA AA AAATATGATT GAAC
BOP POB'
Profag

Setelah terintegrasikan k edalam k r o m o s o m bakteri, m a k a D N A lambda (profag)

t e r s e b u t a k a n d i a p i t o l e h d u a o t t , y a i t u attL d a n o t t R , y a n g m a s i n g - m a s i n g m e r u p a -
k a n h i b r i d a n t a r a attP d a n attB.

BOP' P O B '

Gambar 13.6I S k e m a dasar mekanisme integrasi D N A lambda k e dalam

k r o m o s o m E . coli. ( D i a d a p t a s i d a r i W e a v e r , 2003.)

Proses integrasi t e r s e b u t dikatallsis o l e h e n z i m yang m e r u p a k a n p r o d u k g e n

int p a d a l a m b d a y a i t u p r o t e i n Int y a n g d i k e n a l s e b a g a i integrase. Integrase
m e m p u n y a i a k d v i t a s u n t u k m e n g i k a t D N A (DNA-binding activity) d a n m e r u p a k a n
t o p o i s o m e r a s e I. D i s a m p i n g i n t e g r a s e , p r o s e s I n t e g r a s i j u g a m e m e r l u k a n p r o -
t e i n y a n g s i n t e s i s n y a d i k o d e o l e h s e l i n a n g y a i t u p r o t e i n I H F (integration host
factor). P r o t e i n I H F t e r d i r i a t a s d u a p o l i p e p d d a y a n g d i k o d e o l e h g e n himA d a n
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 235

g e n hip. B a i k i n t e g r a s e m a u p u n I H F a d a l a h p r o t e i n y a n g b e r i k a t a n d e n g a n D N A
p a d a t e m p a t t e r t e n t u , y a i t u p a d a d a e r a h att. I n t e g r a s e a k a n b e r i k a t a n b a i k dengan
attP m a u p u n attB, s e d a n g k a n I H F h a n y a a k a n b e r i k a t a n d e n g a n attP. S u a t u k o m p l e k s
y a n g t e r d i r i a t a s i n t e g r a s e , I H F , d a n d a e r a h att a d a l a h s a t u k e s a t u a n tempat
berlangsungnya rekombinasi.
Jika b a k t e r i lisogenik (membawa D N A lambda) tersebut mengalami k e -
rusakan, misalnya k a r e n a radiasi ultraviolet, m a k a g e n o m profag t e r s e b u t akan
d i p o t o n g d a r i k r o m o s o m b a k t e r i i n a n g (induksi profag) s e h i n g g a b a k t e r i o f a g
akan m e m u l a i siklus h i d u p litik. P e m o t o n g a n g e n o m profag dilakukan dengan
melalui rekombinasi khusus a n t a r a b a g i a n o t t h i b r i d , y a i t u attL d a n attR. P e -
m o t o n g a n t e r s e b u t m e m e r l u k a n p r o t e i n i n t e g r a s e (Int), I H F , d a n p r o t e i n lain
y a n g s i n t e s i s n y a d i k o d e o l e h b a k t e r i o f a g y a i t u p r o t e i n X i s (eksisionase). X i s j u g a
merupakan protein yang berikatan dengan D N A pada daerah tertentu, yaitu
p a d a attL d a n attR. P r o s e s p e m o t o n g a n t e r s e b u t s e b e n a r n y a m e r u p a k a n k e b a l i k a n
d a r i p r o s e s i n t e g r a s i , y a i t u d a l a m h a l i n i r e k o m b i n a s i a n t a r a attL d a n attR u n t u k
m e n g h a s i l k a n k e m b a l i attP d a n attB. M e s k i p u n d e m i k i a n , s e c a r a m e k a n i s d k proses
p e m o t o n g a n tersebut merupakan proses yang analog dengan proses rekombinasi
i n t e g r a t i f . D e n g a n d e m i k i a n r e a k s i y a n g t e r j a d i p a d a att d a p a t d i t u l i s k a n s e b a g a i
berikut:

Int
->
BOB' + POP' <r- B O P ' + POB'
Int, X i s

Xis yang m e m b e n t u k kompleks dengan Int ddak dapat mengkatalisis reaksi k e

kanan, sehingga jika X i s ada dalam j u m l a h berlebihan m a k a p e m o t o n g a n m e r u p a k a n
r e a k s i y a n g d d a k d a p a t b a l i k . H a s i l p e m o t o n g a n p r o f a g d a r i k r o m o s o m £. coli
adalah satu k r o m o s o m u t u h d a n satu m o l e k u l D N A lambda lingkar.
Dalam beberapa sistem g e n o m , rekombinasi khusus digunakan u n t u k m e -
ngendalikan ekspresi gen, misalnya dalam sintesis flagelin (subunit p r o t e i n p e m -
b e n t u k f l a g e l a ) p a d a Salmonella typhimurium. B a n y a k s p e s i e s Salmonella bersifat
difasik (diphasic) karena m e m p u n y a i d u ag e n nonalel yang bertanggung jawab
t e r h a d a p sintesis flagelin. Flagelin yang disintesis dapat b e r u p a t i p e HI jika b a k t e r i
t e r s e b u t b e r a d a d a l a m fase 1 , a t a u f l a g e l i n d p e H 2 p a d a fase 2. T r a n s i s i a n t a r a
f a s e 1 d a n f a s e 2 (variasi fase) t e r j a d i s e k a l i s e d a p 1 . 0 0 0 k a l i p e m b e l a h a n s e l .
G e n H 2 t e r l e t a k d i d e k a t g e n r e p r e s o r u n t u k s i n t e s i s H I (rh 7 ) , s e h i n g g a j i k a H 2
terekspresikan (fase 2 ) m a k a g e n H I d d a k a k a n t e r e k s p r e s i k a n karena ada
sintesis r e p r e s o r H I .Sebaliknya, pada fase 1 ,tidak a d a sintesis H 2 m a u p u n
r e p r e s o r H I sehingga g e n H I akan terekspresikan.
M e k a n i s m e p e n g a t u r a n sintesis flagelin H I dan H 2 t e r s e b u t d i t e n t u k a n o l e h
s u a t u s e g m e n n u k l e o t i d a ( g e n hin, 9 9 5 b p ) y a n g d i a p i t o l e h d u a u r u t a n n u k l e o d d a
b e r u l a n g (inverted repeats, 1 4 b p ) y a i t u IRL d a n IRR. S e g m e n n u k l e o t i d a t e r s e b u t
d i s e b u t s e b a g a i d a e r a h i n v e r s i . P r o d u k g e n hin i t u s e n d i r i d i p e r l u k a n d a l a m proses
Inversi. D e n g a n adanya r e k o m b i n a s i a n t a r a IRL d a n IRR y a n g d i k a t a l l s i s oleh
236 Biologi Molekular

protein Hin, maka akan terjadi inversi. Inversi t e r s e b u t akan menyebabkan

pembalikan orientasi p r o m o t e r sehingga promoter tersebut tidak lagi
m e n g e n d a l i k a n sintesis H 2 dan r e p r e s o r H I . D e n g a n d e m i k i a n g e nflagelin H I
akan terekspresikan karena ddak ada represor

Konversi G e n
J i k a s u a t u f u n g i m e n g a l a m i s p o r u l a s i , m i s a l n y a p a d a Neurospora crassa, m a k a akan
terjadi proses fusi (peleburan) d u ainti haploid m e n j a d i i n ddiploid. Ind diploid
t e r s e b u t j i k a m e n g a l a m i m e i o s i s a k a n m e n g h a s i l k a n e m p a t inti h a p l o i d lagi. Jika
k e e m p a t i n d i t u mengalami pembelahan mitosis, m a k a akan dihasilkan delapan
inti haploid pada spora fungi. Secara t e o r i t i s , hasil mitosis tersebut akan
m e n g h a s i l k a n j u m l a h alel y a n g s a m a jika k e d u a alel t e r s e b u t b e r b e d a . Sebagai
c o n t o h , j i k a s a l a h s a t u a l e l a d a l a h A d a n a l e l l a i n n y a a d a l a h a, m a k a seharusnya
a l e l A a k a n b e r j u m l a h e m p a t , d e m i k i a n p u l a a l e l a. H a s i l e k s p e r i m e n m e n u n j u k k a n
bahv/a hal s e m a c a m ini t i d a k selalu t e r j a d i k a r e n a seringkali t e r d a p a t j u m l a h alel
A d a n a l e l a y a n g t i d a k s a m a , m i s a l n y a l i m a a l e l A d a n d g a a l e l a. F e n o m e n a
t e r s e b u t t e r j a d i k a r e n a adanya p e r u b a h a n ( k o n v e r s i ) dari alel a m e n j a d i alel A
sehingga nisbah (rasio) k e d u a alel t e r s e b u t d d a k 1 : 1 . F e n o m e n a p e r u b a h a n alel
( u r u t a n n u k l e o d d a ) i n i l a h y a n g d i s e b u t s e b a g a i k o n v e r s i gen.
P a d a N. crassa, k o n v e r s i g e n t e r j a d i p a d a s a a t k r o m o s o m m e n g a l a m i rekom-
binasi ( p e r t u k a r a n untaian D N A dan migrasi cabang) sehingga menghasilkan DNA
heterodupleks yang urutan D N A - n y a mengalami perubahan pada daerah t e r t e n t u
sehingga terjadi perbedaan s a t u b a s a D N A a n t a r a a l e l A d a n a l e l a. S e b e l u m
terjadi replikasi D N A , salah satu u n t a i a n D N A mengalami reparasi u n t u k m e m -
perbalki D N A heterodupleks yang m e m p u n y a i kesalahan dalam urutan DNA-
n y a . R e p a r a s i t e r s e b u t m e n y e b a b k a n b a g i a n s a l a h s a t u a l e l , m i s a l n y a a, b e r u b a h
m e n j a d i A, s e d a n g k a n u n t a i a n D N A y a n g lain d d a k m e n g a l a m i reparasi. U n t a i a n
DNA yang mengalami reparasi m a u p u n yang d d a k direparasi selanjutnya akan
direplikasi. Dengan d e m i k i a n , m a k a a k h i r n y a j u m l a h alel A a k a n m e n j a d i lebih
b a n y a k daripada alel a k a r e n a adanya p e n a m b a h a n alel A d a r i hasil k o n v e r s i gen
tersebut. Skema proses konversi g e n dapat dilihat pada G a m b a r 1 3.7.

Rekombinasi Meiotik
Rekombinasi meiotik a d a l a h proses rekombinasi yang terjadi pada jasad
e u k a r y o t pada saat terjadi proses meiosis. Dalam beberapa hal mekanisme
rekombinasi m e i o d k m e n u n j u k k a n kemiripan dengan proses rekombinasi h o m o l o g
pada bakteri meskipun beberapa tahapan awalnya berbeda. Proses rekombinasi
m e i o d k pada e u k a r y o t dimulai dengan adanya p e m o t o n g a n dua untal D N A (dou-
ble-strand break) y a n g a d a p a d a s a l a h s a t u k r o m o s o m . U j u n g - u j u n g 5 ' y a n g t e r b e n t u k
karena pemotongan tersebut kemudian dipotong oleh eksonuklease dengan arah
5 ' —> 3 ' s e h i n g g a t e r b e n t u k u j u n g 3 ' y a n g t e r b u k a . S a l a h s a t u u j u n g 3 ' t e r s e b u t
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 237

Reparasi Replikasi

fl
A Replikasi

Tidak direparasi

G a m b a r 13.7 I S k e m a p r o s e s k o n v e r s i g e n . P a d a s a a t s p o r u l a s i , t e r j a d i migrasi
cabang d a n pertukaran untaian sehingga dihasilkan dupleks yang mempunyai
d a e r a h h e t e r o d u p l e k s y a n g m e n g a n d u n g p e r b e d a a n 1-basa antara alel A d a n alel
fl. H e t e r o d u p l e k s y a n g d i a t a s m e n g a l a m i r e p a r a s i s e h i n g g a t e r j a d i perubahan
( k o n v e r s i ) b a g i a n u n t a i a n a m e n j a d i A, s e d a n g k a n h e t e r o d u p l e k s y a n g d i b a w a h
tidak m e n g a l a m i reparasi. Replikasi kedua heterodupleks tersebut menghasilkan
p r o d u k 3 A d a n 1 a. J i k a r e p l i k a s i b e r l a n j u t m a k a a k a n d i h a s i l k a n 5 A d a n 3 a
d a r i y a n g s e h a r u s n y a m e n j a d i e m p a t A d a n e m p a t a. ( D i a d a p t a s i d a r i Weaver,
2003.)

kemudian menginvasi D N Adupleks yang lain sehingga t e r b e n t u k D-loop.

S e m e n t a r a u j u n g 3' y a n g lain d i p e r p a n j a n g dengan p r o s e s sintesis dengan o r i e n t a s i
5' 3' sebagai proses reparasi u n t u k mengisi celah yang t e r b e n t u k akibat
pemotongan kedua untai D N A . Pada saat yang bersamaan terjadi p e m b e s a r a n
u k u r a n D-loop. U j u n g 3 ' y a n g m e n g i n v a s i d u p l e k s y a n g l a i n k e m u d i a n d i p e r p a n j a n g
dengan proses sintesis. Setelah itu terjadi migrasi cabang k e dua arah sehingga
terbentuk persimpangan Holliday. Persimpangan Holliday tersebut akhirnya akan
diuraikan sehingga dihasilkan r e k o m b i n a n ( G a m b a r 1 3.8).
Perlu diketahui b a h w a sebagian besar tahapan yang dikemukakan dalam
Model model hipotedk tersebut didukung oleh bukd eksperimental, namun beberapa
h i p o t e t i k vs.
bukti
hal b e r t e n t a n g a n d e n g a n hasil p e m b u k d a n e k s p e r i m e n t a l . Sebagai c o n t o h , m o d e l
eksperimental rekombinasi m e i o d k yang dikemukakan menyebutkan bahwa D N A hibrid akan
dihasilkan pada kedua untai D N A yang mengalami p e m o t o n g a n kedua untainya
tersebut. Meskipun demikian, bukti eksperimental dengan pendekatan geneds
membukdkan bahwa D N A h i b r i d hanya t e r b e n t u k pada salah satu u n t a i DNA
yang mengalami p e m o t o n g a n kedua untainya. D a l a m beberapa kasus, hibrid DNA
t e r b e n t u k pada k e d u a u n t a i D N A yang m e n g a l a m i p e m o t o n g a n . A k a n t e t a p i , hal
ini t e r j a d i h a n y a pada k r o m a d d y a n g s a m a , b u k a n p a d a k e d u a k r o m a d d s e p e r t i
yang diramalkan oleh m o d e l hipotedk tersebut.

Penyusunan Ulang Gen Imunoglobulin

P a d a w a k t u sel m a m a l i a d i i n f e k s i o l e h b a k t e r i , f u n g i , a t a u v i r u s , a t a u s u a t u m o l e k u l
asing, m a k a s i s t e m p e r t a h a n a n t u b u h akan bereaksi d a l a m b e n t u k tanggapan
238 Biologi Molekular

Pemotongan pada kedua untaian

Pemotongan oleh eksonuklease 5 ' - > 3 '

I n v a s i u n t a i a n , p e m b e n t u k a n D-loop

Reparasi D N A

Migrasi cabang

Resolusi ( b u k a n p i n d a h silang) Resolusi (pindah silang)

R e k o m b i n a n b u k a n pindah silang R e k o m b i n a n p i n d a h silang

Gambar 13.8 I Skema mekanisme rekombinasi meiotik. Rekombinasi meiotik

dimulai dengan adanya pemotongan pada kedua untaian D N A yang diikuti
dengan pemotongan oleh eksonuklease, invasi untaian, reparasi D N A melalui
replikasi, migrasi cabang, d a n akhirnya resolusi. (Diadaptasi dari Weaver, 2003.)
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 239

k e k e b a l a n (immune response). S e t i a p t a n g g a p a n k e k e b a l a n m e l i b a t k a n t i g a l a n g k a h
dasar, y a i t u : ( 1 ) p e n g e n a l a n m o l e k u l asing, ( 2 ) k o m u n i k a s i d e n g a n sel-sel yang
sesuai, ( 3 ) penghilangan m o l e k u l asing t e r s e b u t . B e b e r a p a komponen sistem
kekebalan diarahkan terhadap agensia infektif yang bersifat u m u m , sehingga disebut
s e b a g a i t a n g g a p a n s i s t e m i m u n i t a s nonspesifik (non-specific immune re-
sponse). S e l a i n i t u j u g a d i k e t a h u i a d a s i s t e m t a n g g a p a n i m u n i t a s y a n g d i a r a h k a n
t e r h a d a p m o l e k u l a s i n g y a n g s p e s i f i k s e h i n g g a d i s e b u t s e b a g a i tanggapan s i s t e m
i m u n i t a s spesifik (specific immune response).
Jika t e r d a p a t s u a t u agensia asing yang dapat dikenali o l e h sel-sel sistem
imunitas, maka hal Ini akan m e m i c u produksi molekul protein khusus yang
s e c a r a u m u m d i s e b u t antibodi ( G a m b a r 1 3 . 9 ) d a n r e s e p t o r s e l - s e l T y a n g a k a n
mengenali agensia asing t e r s e b u t secara spesifik dan m e n g i k a t n y a . h^olekul yang
d a p a t d i k e n a l i d a n d i i k a t o l e h r e s e p t o r s e l T d i s e b u t s e b a g a i antigen (antibody-
generating substance), sedangkan andgen yang dapat menyebabkan munculnya
t a n g g a p a n i m u n i t a s d i s e b u t imunogen. H a m p i r s e m u a m a k r o m o l e k u l b i o l o g i s ,
t e r m a s u k polipeptida, polisakarida, dan asam nukleat serta banyak senyawa sintetik
lainnya dapat menjadi andgen d a n banyak di antaranya yang dapat berfungsi
sebagai i m u n o g e n .
Tanggapan imunitas pada mamalia m e m p u n y a i dua sistem u t a m a yaitu: ( 1 )
t a n g g a p a n h u m o r a l (humoral response) a t a u t a n g g a p a n y a n g d i p e r a n t a r a i o l e h
a n t i b o d i (antibody-mediated response) d a n d i t e n t u k a n o l e h k e b e r a d a a n limfosit
B ( 6 lymphocyte) a t a u sel B, d a n ( 2 ) tanggapan s e l u l a r a t a u t a n g g a p a n yang
d i p e r a n t a r a i o l e h k e b e r a d a a n l i m f o s i t T (T lymphocyte) a t a u s e l T . K a t a lymphocyte
berasal dari bahasa Y u n a n I yang a r t i n y a s e l yang d d a k b e r w a r n a k a r e n a sel-sel

Rantai berat

Daerah konstan

COOH COOH

G a m b a r 13.9 I S k e m a s t r u k t u r a n t i b o d i .
240 Biologi IVIolel<ular

limfosit adalah sel-sel d a r a h putih. Tanggapan h u m o r a l (berasal dari bahasa YunanI

humor y a n g b e r a r d " c a i r " ) d i w u j u d k a n d a l a m b e n t u k p r o d u k s i d a n s e k r e s i a n d b o d i
ke dalam sistem sirkulasi sehingga andbodi dapat mengikat antigen tertentu.
Sistem tanggapan h u m o r a l t e r u t a m a diarahkan u n t u k melindungi mamalia dari
sel-sel asing ( b a k t e r i ,fungi) d a n d a r i p a r t i k e l v i r u s bebas s e b e l u m m e n g i n f e k s i sel
inangnya. D i lain pihak, s i s t e m tanggapan selular m e l i b a t k a n p r o d u k s i r e s e p t o r sel
T yang a k a n melaplsl p e r m u k a a n limfosit T sehingga m e m u n g k i n k a n sel-sel d a r a h
putih khusus t e r s e b u t u n t u k m e n g e n a l i dan m e m b u n u h sel-sel yang terinfeksl.
Dengan demikian, sistem imunitas selular t e r u t a m a berperanan dalam melindungi
m a m a l i a dari infeksi o l e h virus. Selain itu juga a d a k e l o m p o k sel-sel sistem
i m u n i t a s y a n g l a i n y a i t u fagosit ( p h o g o c y t e ) , y a n g b e r a s a l d a r i b a h a s a Y u n a n i y a n g
b e r a r t i " m e m a k a n s e l " . S a l a h s a t u f a g o s i t a d a l a h m a k r o f a g (macrophage) yang
berperanan dalam menginisiasi kedua k o m p o n e n sistem tanggapan imunitas.
Pada v^aktu m e n e r i m a sinyal dengan adanya agensia asing, m a k a l i m f o s i t B akan
m e n g a l a m i d i f e r e n s i a s i m e n j a d i sel-sel p l a s m a y a n g m e n g h a s i l k a n a n t i b o d i , d a n
m e n j a d i sel-sel m e m o r i y a n g m e m u n g k i n k a n p r o d u k s i a n d b o d i s e c a r a l e b i h
cepat pada w a k t u ada paparan yang kedua terhadap andgen yang sama.
Antibodi termasuk ke dalam kelompok protein yang disebut
\ Rantai-rantai \ imunoglobulin. S e d a p a n t i b o d i t e r s u s u n a t a s s u a t u t e t r a m e r y a n g t e r d i r i a t a s
\ penyusun
antibodi e m p a t p o l i p e p t i d a y a n g b e r u p a d u a r a n t a i r i n g a n (light chain) y a n g I d e n t i k
d a n d u a r a n t a i b e r a t (heavy chain) y a n g j u g a i d e n t i k . R a n t a i r i n g a n d a n b e r a t
t e r s e b u t d i h u b u n g k a n o l e h ikatan disulfida. Rantai ringan t e r s u s u n atas sekitar
2 2 0 asam a m i n o sedangkan rantai b e r a t t e r s u s u n atas 4 4 0 sampai 4 5 0 asam
amino. Setiap rantai, baik rantai ringan m a u p u n berat, m e m p u n y a i ujung a m i n o
y a n g d i s e b u t d a e r a h v a r i a b e l (variabel region) y a n g p a n j a n g n y a s e k i t a r 110
asam a m i n o . D a e r a h variabel inilah yang bervariasi antara suatu andbodi dengan
a n d b o d i yang lain sehingga m a m p u m e n g e n a l i antigen yang b e r b e d a . Ujung
karboksil s e t i a p r a n t a i m e r u p a k a n d a e r a h k o n s t a n (constant region) yang
mempunyai urutan asam a m i n o yang sama untuk semua antibodi dalam suatu
kelas i m m u n o g l o b u l i n (Ig) tertentu.
S e t i a p a n t i b o d i m e m p u n y a i d u a sisi pengikatan antigen (antigen-binding sites)
atau d o m a i n yang masing-masing dibentuk oleh satu rantai ringan dan satu rantai
b e r a t . D o m a i n p e n g i k a t a n a n t i g e n y a n g v a r i a b e l t e r s e b u t m e m b e n t u k sisi p e n g -
ikatan antigen dengan pola mirip dengan kunci dan anak kunci. Rantai ringan
s u a t u a n t i b o d i t e r d i r i a t a s d u a t i p e y a i t u rantai kappa ( K ) d a n rantai l a m b d a (X).
Lima /ce/as
antibodi D i k e t a h u i a d a 5 k e l a s a n t i b o d i y a i t u IgA, IgD, IgE, IgG, d a n IgM y a n g m a s i n g -
masing m e m p u n y a i fungsi spesifik.
Salah satu aspek luar biasa s i s t e m i m u n i t a s adalah k e m a m p u a n a n t i b o d i
u n t u k m e n g e n a l i b e r m a c a m - m a c a m antigen yang ada d i a l a m . Hal ini d i t e n t u k a n
oleh proses penyusunan ulang g e n o m yang melibatkan proses rekombinasi antara
s u a t u bagian dengan bagian g e n o m y a n g lain. Setiap r a n t a i a n t i b o d i disintesis
dengan menggunakan informasi genetik yang disimpan dalam bentuk beberapa
segmen gen yang berbeda pada k r o m o s o m . Segmen gen yang m e n g k o d e rantai
lambda, kappa, dan rantai berat masing-masing berada pada k r o m o s o m (manusia)
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 2 4 1

22, k r o m o s o m 2,dan k r o m o s o m 14. G e n pengkode andbodi yang diekspresikan

dl dalam l i m f o s i t B dan sel plasma d i s a m b u n g - s a m b u n g dari s e g m e n - s e g m e n gen
tersebut melalui proses rekombinasi. G e n pengkode rantai lambda, rantai kappa,
dan rantai b e r a t masing-masing disusun dari dua, tiga, d a n e m p a t s e g m e n g e n
yang berbeda.
D a l a m k r o m o s o m germ-line, urutan D N A yang m e n g k o d e rantai ringan
l a m b d a t e r d a p a t d a l a m d u a t i p e s e g m e n g e n , y a i t u L ^ V ^ {Leader peptide and
Variable region) y a n g m e n g k o d e p e p t i d a a w a l p a d a u j u n g a m i n o y a n g b e r s i f a t
h i d r o f o b i k d a n u j u n g a m i n o ( N H ^ ) d a e r a h variabel yang terdiri atas 9 7 asam
a m i n o . T i p e s e g m e n y a n g l a i n a d a l a h J^C^ {Joining segment and Constant region)
y a n g m e n g a n d u n g u r u t a n D N A p e n y a m b u n g (joining sequence) d a n d a e r a h y a n g
mengkode ujung karboksil ( C O O H ) d a e r a h konstan. S e k u e n s penyambung
m e n g k o d e bagian t e r a k h i r sepanjang 13 - 1 5 a s a m a m i n o pada d a e r a h variabel
rantai ringan lambda. Satu g e n pengkode rantai ringan lambda yang lengkap
d i s u s u n d e n g a n m e n y a m b u n g k a n s e g m e n g e n L ^ V j ^ d e n g a n s e g m e n g e n Jj^^C^
disertai dengan penghilangan s e k u e n s I n t r o n . P r o s e s ini t e r j a d i selama diferensiasi
l i m f o s i t B.

P e n y u s u n a n Ulang Gen P e n g k o d e Rantai Ringan Lambda

Pada manusia terdapat sekitar 3 0 0segmen g e n L^V^ (beberapa di antaranya
d d a k fungsional) yang m e n g u m p u l pada daerah sekitar s e n t r o m e r pada k r o m o s o m
22, sedangkan a d asekitar 9 segmen gen J^C^ yang berbeda dan t e r l e t a k agak
j a u h d a r i s e n t r o m e r k r o m o s o m 2 2 . S e l a m a d i f e r e n s i a s i l i m f o s i t B, s a t u s e g m e n
L^Vj^^ d i s a m b u n g k a n d e n g a n s a t u s e g m e n J^^C^^. P e n y a m b u n g a n t e r s e b u t d a p a t
t e r j a d i a n t a r a s e g m e n L j ^ V ^ d a n J ^ C ^ y a n g m a n a p u n . G e n L ^ V ^ ]^C^ y a n g b a r u
d i b e n t u k m e n g a n d u n g d u a i n t r o n . Salah satu i n t r o n t e r s e b u t t e r s u s u n atas 9 3
pasangan basa antara e k s o n d a n e k s o n V ^ . S e m e n t a r a i n t r o n y a n g s a t u lagi
b e r u k u r a n sekitar 1 . 2 0 0 pasangan basa dan t e r l e t a k d i a n t a r a e k s o n d a n C^.
Kedua intron tersebut dipotong dari transkrip p r i m e r selama pemrosesan RNA.
Skema proses penyambungan segmen-segmen gen yang m e m b e n t u k gen pengkode
rantai ringan lambda dapat dilihat pada G a m b a r 1 3.10.

P e n y u s u n a n Ulang Gen P e n g k o d e Rantai Ringan Kappa

Rantai ringan kappa disintesis dengan m e n g g u n a k a n tiga s e g m e n gen yang berbeda,
y a i t u : ( 1 ) s e g m e n g e n L ^ V ^ y a n g m e n g k o d e p e p d d a a w a l {leader peptide) d a n
ujung a m i n o daerah variabel, ( 2 ) segmen yang mengkode 13 asam amino
t e r a k h i r d a e r a h v a r i a b e l , d a n ( 3 ) s e g m e n C^^ y a n g m e n g k o d e u j u n g k a r b o k s i l
daerah konstan. Pada manusia, k r o m o s o m 2 mengandung sekitar 3 0 0 segmen
gen ( b e b e r a p a d i a n t a r a n y a t i d a k f u n g s i o n a l ) , l i m a s e g m e n g e n J^^, d a n s a t u
s e g m e n g e n C^^. S e g m e n g e n J^^ t e r l e t a k d i a n t a r a s e g m e n g e n L ^ V ^ d a n C,^. P a d a
s e l - s e l g a m e t , k e l i m a s e g m e n g e n J,^ d i p i s a h k a n d a r i s e g m e n oleh suatu
intron yang panjang dan dari segmen C^ oleh intron sepanjang 2.000 pasangan
basa. S e l a m a p r o s e s p e r k e m b a n g a n l i m f o s i t B, g e n p e n g k o d e r a n t a i r i n g a n k a p p a
242 Biologi Molekular

Ln L>2 L,„ L,„

D N A germ-line R e k o m b i n a s i sel s o m a t i k

hi Vn V^ J,, }^ C,„

D N A limfosit B yang matang ^ Transkripsi

V^

Transkrip primer

Pemrosesan R N A

Lja JM '-U
m R N A yang sudah matang Poli-A

Translasi

^xi Ju '-M
P r o d u k translasi primer

Penghilangan peptida awal

V^ Ju C,4
Rantai lambda ringan
yang sudah matang

Daerah Daerah
variabel konstan

Gambar 13.10 k S k e m a penyusunan ulang gen pengkode rantai ringan lambda.

(Diadaptasi dari Snustad & Simmons, 2003.)

y a n g d i e k s p r e s i k a n pada sel t e r s e b u t d i s u s u n o l e h s a t u s e g m e n ^ V , ^ , s a t u s e g m e n
J,^, d a n s a t u s e g m e n tunggal C ^ melalui proses rekombinasi somadk. Dalam
proses tersebut, rekombinasi dapat menggabungkan salah satu s e g m e n ^V^^
y a n g m a n a p u n d e n g a n s a l a h s a t u d a r i k e l i m a s e g m e n J^^ d e n g a n menghilangkan
s e l u r u h bagian i n t r o n . Penggabungan t e r s e b u t m e n g h a s i l k a n f u s i L^^V^ J,^ y a n g
m e n g k o d e keseluruhan daerah variabel rantai ringan kappa. Sekuens intron di
a n t a r a k e l o m p o k a n s e g m e n g e n J^^ a n d C^, b e r s a m a - s a m a d e n g a n s e g m e n g e n
y a n g d e k a t d e n g a n s e g m e n C^^ y a n g t i d a k d i d e l e s i , t e t a p d i p e r t a h a n k a n d i d a l a m
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 243

D N A sel-sel plasma. K e s e l u r u h a n s e k u e n s D N A t e r s e b u t (L^V,^ - sekuens

Intron - C J ditranskripsi dan sekuens intron dihilangkan. M o l e k u l m R N A yang
dihilangkan selanjutnya ditranslasl d a n pepdda awal dihilangkan selama proses
translokasi melalui m e m b r a n retikulum endoplasma. Skema penyusunan ulang
gen pengkode rantai ringan kappa dapat dilihat pada G a m b a r 1 3 . 1 1 .

J
V4 1 2 3 4 5

D N A germ-line Rekombinasi

D N A sel-B
1
Transkripsi

V3 2 3 4 5

Transkrip ( R N A ) ^ ^ ^ ^ ^

RNA splicing

V, J, C
m R N A yang
sudah matang

Translasi
V, C "

Protein

G a m b a r 13.11 • S k e m a penyusunan ulang g e n pengkode rantai ringan kappa.

(Diadaptasi dari Weaver, 2003.)

P e n y u s u n a n Ulang Gen P e n g k o d e Rantai Berat

G e n p e n g k o d e rantai b e r a t m o l e k u l a n d b o d i ( i m u n o g l o b u l i n ) t e r s u s u n atas s e g m e n
L^Vi^ d a n C ^ seperti pada penyusunan ulang g e n pengkode rantai ringan
Segmen gen
pengkode k a p p a , t e t a p i a d a s a t u s e g m e n t a m b a h a n y a i t u s e g m e n g e n D (diversity) yang
rantai berat m e n g k o d e 2 - 1 3 asam a m i n o daerah variabel. Pada manusia terdapat 9 segmen
g e n C H y a n g t e r d a p a t p a d a k r o m o s o m 1 4 , y a i t u G ^ ^ , G ^ g , C^^y C„^^, C ^ ^ ^ , C ^ ^ ,
C ^ . ^ , G|^j,, d a n C^^^^. S e l a i n i t u , p a d a k r o m o s o m 1 4 j u g a t e r d a p a t 1 2 4 s e g m e n
g e n L^V|_|, t e t a p i h a n y a 3 9 d i a n t a r a n y a y a n g f u n g s i o n a l s e d a n g k a n selebihnya
d i d u g a a d a l a h pseudogene. P a d a k r o m o s o m 1 5 d a n 1 6 j u g a t e r d a p a t s e g m e n g e n
L|^V|^, t e t a p i d i d u g a s e g m e n - s e g m e n g e ntersebut ddak fungsional. K r o m o s o m
1 4 juga m e n g a n d u n g 2 7 s e g m e n g e n D ( 2 5 fungsional, 2 tidak fungsional), d a n
6 s e g m e n g e n J^. S k e m a p e n y u s u n a n g e n p e n g k o d e rantai b e r a t pada m o l e k u l
antibodi dapat dilihat pada G a m b a r 13.12.
244 Biologi Molekular

'•HI ^Hi '-H ^Hrl '-Ha 1

[:> • J O - M O

DNA germ-line Rekombinasi sel somatik (delesi sekuen D N A Lj^j sampai

D, dan D , dan sampai J^j selama perkembangan limfosit B)

^Hti ^HS '-Hrl '-Ho I

ll-»Ch-^Ml-*Ot^
D N A limfosit B yang Rekombinasi sel somatik
belum matang (delesi sekuen D N A dari J„4 sampai Cyi^^)
6 s e g m e n C^^

Sel plasma yang ^112 ^21H4 ^ H y l ' ' H a l ^ H c ^Ha2

menghilangkan I g G

Rekombinasi sel somatik

(delesi sekuen D N A dari 1,^4 sampai C^^^)

Sel plasma yang ^H2 ^ H 2 ^2JH4 ^HC * - «

menghasilkan IgE

Rekombinasi sel somatik

Perubahan kelas
(delesi sekuen D N A dari J , ^ ^ sampai C H „ 2 )

Sel plasma yang LH2 ^H2 ^2JH4 ^Ha2

menghasilkan IgA

G a m b a r 13.12 I S k e m a p e n y u s u n a n g e n p e n g k o d e rantai berat. (Diadaptasi dari

Snustad & Simmons, 2003.)

Regulasi P e n y u s u n a n U l a n j G e n P e n g k o d e I m u n o g l o b u l i n
Hasil-hasil penelitian penelitian m e n u n j u k k a n b a h w a proses r e k o m b i n a s i yang
digunakan u n t u k penyusunan ulang g e n pengkode imunoglobulin (antibodi) d i -
lakukan melalui proses yang t e r k e n d a l i . D e n g a n sistem regulasi t e r t e n t u , suatu
segmen g e n V hanya akan digabungkan dengan segmen gen J tertentu d a n ddak
dengan s e g m e n g e n V yang lain atau langsung dengan s e g m e n g e n C . S u s u m u
T o n e g a w a m e n g a m a d b a h w a pada banyak gen pengkode imunoglobulin terdapat
s u a t u u r u t a n n u k l e o d d a speslfik. Pada d a e r a h yang b e r d e k a t a n dengan masing-
masing daerah yang mengkode asam a m i n o terdapat suatu urutan konsensus
n u k l e o d d a h e p t a m e r ( 7 basa) yang bersifat p a l i n d r o m i k yaitu: 5 ' - G A G A G T G - 3 ' .
U r u t a n n u k l e o d d a h e p t a m e r t e r s e b u t d i i k u d o l e h u r u t a n l e s t a r i (conserved) yang
t e r d i r i atas 9 basa ( n o n a m e r ) yaitu: 5'- A C A A A A A C C - 3 ' . U r u t a n h e p t a m e r d a n
n o n a m e r t e r s e b u t d i p i s a h k a n o l e h s u a t u u r u t a n D N A p e m i s a h (spacer) yang
d d a k l e s t a r i y a n g m e n g a n d u n g 1 2 p a s a n g a n b a s a ( d i s e b u t sinyal 1 2) a t a u 2 3
( + 1 ) y a n g d i k e n a l s e b a g a i sinyal 23. U r u t a n n u k l e o t i d a y a n g m e n y u s u n s i n y a l
i n i l a h y a n g d i k e n a l s e b a g a i s e k u e n s sinyal r e k o m b i n a s i (recombinadon signal
sequence, R S S ) . S u s u n a n R S S t e r s e b u t a d a l a h s e d e m i k i a n r u p a s e h i n g g a r e k o m b i n a s i
selalu m e n g g a b u n g k a n sinyal 1 2 dengan sinyal 2 3 . H a l t e r s e b u t d i s e b u t sebagai
a t u r a n 12/23 ( 7 2 / 2 3 rule) y a n g m e n e n t u k a n b a h w a s i n y a l 1 2 t i d a k p e r n a h
b e r g a b u n g d e n g a n sinyal 1 2 y a n g lain, d e m i k i a n pula d e n g a n sinyal 2 3 sehingga
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 245

hanya satu sekuens pengkode dari tiap sekuens pengkode yang digabungkan
dalam g e n imunoglobulin yang sudah matang.

Transposisi j
Selain melalui mekanisme rekombinasi h o m o l o g atau rekombinasi khusus,
r e k o m b i n a s i g e n e t i k j u g a d a p a t b e r l a n g s u n g k a r e n a transposisi. T r a n s p o s i s i adalah
Definisi
transposisi suatu proses perpindahan elemen genedk dari satu lokus dalam suatu k r o m o s o m ,
plasmid, atau g e n o m virus, k e bagian lain k r o m o s o m yang sama, atau b a h k a n k e
suatu lokus dalam k r o m o s o m lain. E l e m e n g e n e d k yang berpindah tersebut
dapat berupa satu g e n atau beberapa g e n y a n g b e r t a u t (linkage) d a n dikenal
s e b a g a i e l e m e n g e n e t i k y a n g d a p a t b e r t r a n s p o s i s i (transposable genetic ele-
ments), a t a u s e r i n g j u g a d i s e b u t t r a n s p o s o n . E l e m e n g e n e d k y a n g d a p a t ber-
transposisi tersebut d i t e m u k a n baik dalam p r o k a r y o t , eukaryot, m a u p u n dalam
bakteriofag. Semua transposon m e m b a w a kode genedk u n t u k satu atau lebih
dari satu protein yang diperlukan u n t u k transposisi. D l samping itu, beberapa
t r a n s p o s o n juga m e m b a w a gen lain yang m e n g h a s i l k a n f e n o d p e t e r t e n t u , misalnya
ketahanan terhadap antibiodk tertentu.

Pengelompokan Transposon
Berdasarkan atas m e k a n i s m e perpindahan (transposisi), transposon dapat d i -
golongkan m e n j a d i t i g a k a t e g o r i , y a i t u : (1) t r a n s p o s o n p o t o n g - t e m p e l (cut-
and-paste transposon), (2) t r a n s p o s o n replikatif (replicadve transposon), d a n
(3) r e t r o t r a n s p o s o n . T r a n s p o s o n p o t o n g - t e m p e l dapat berpindah dari satu
l o k u s k e l o k u s lain dengan cara d i p o t o n g dari s u a t u l o k u s p a d a k r o m o s o m d a n
d i t e m p e l k a n p a d a l o k u s lain y a n g d a p a t t e r l e t a k p a d a k r o m o s o m y a n g berbeda.
Transposon replikatif mengalami transposisi dengan melibatkan proses replikasi
e l e m e n D N A t r a n s p o s o n . E n z i m transposase y a n g d i k o d e o l e h e l e m e n genedk
tersebut berperanan di dalam proses interaksi dengan sisi t e m p a t penyisipan
transposon. Dalam interaksi tersebut elemen D N A t r a n s p o s o n direplikasi d a n
salah s a t u t u r u n a n (copy) d i s i s i p k a n p a d a sisl b a r u s e d a n g k a n elemen D N A
asllnya t e t a p berada d i sisi s e m u l a . K a t e g o r i transposon ketiga, yaitu retro-
transposon, dapat mengalami tranposisi dengan cara melakukan proses transkripsi
b a l i k (reverse transcripdon) u n t u k m e n g u b a h e l e m e n g e n e d k b e r u p a R N A menjadi
D N A . P r o s e s i n i d i k a t a l l s i s o l e h e n z i m t r a n s k r i p t a s e balik (reverse transcriptase).
Setelah D N A t e r b e n t u k , dilakukan penyisipan k e d a l a m sisi t a r g e t . Beberapa
elemen genetik yang mengalami transposisi dengan cara ini mempunyai kaitan
d e n g a n r e t r o v i r u s sehingga t r a n s p o s o n s e m a c a m ini juga s e r i n g d i s e b u t elemen
y a n g m e n y e r u p a i retrovirus (retrovirus-like e / e m e n t s ) . T a b e l 1 3.2 m e m u a t d a f t a r
beberapa t r a n s p o s o n berdasarkan atas m e k a n i s m e transposisinya.

Transposon pada Prokaryot

D i d a l a m j a s a d p r o k a r y o t ( £ coli) d i k e t a h u i a d a e m p a t k e l o m p o k e l e m e n genedk
yang dapat bertransposisi, yaitu:
 T a b e l 13.2 I P e n g g o l o n g a n t r a n s p o s o n b e r d a s a r k a n m e k a n i s m e t r a n s p o s i s i .

Kategori Contoh Transposon Organisme

I. Transposon potong- • E l e m e n I S {insertion sequence, Bakteri

tempel misalnya IS50)
• Transposon komposit Bakteri
(misainya TnS)
• E l e m e n Ac/Ds Jagung
• Elemen P Drosophila
• E l e m e n mariner Drosophila
• E l e m e n iiobo Drosophila
• E l e m e n Tel Nematoda

II. Transposon replikatif Elemen Tn3 Bakteri

III. Retrotransposon
A. Elemen serupa retrovirus • Tyl Khamir
( d i s e b u t j u g a long terminal • copia Drosophila
repeat, L T R ) . • Drosophila
B. Retroposon • E l e m e n F, G , d a n I Drosophila
• Retroposon yang spesifik Drosophila
pada telomer
• L I N E ( m i s a l n y a LI) Manusia
• S I N E ( m i s a l n y a Alu) Manusia

(Sumber: Snustad & Simmons 2003.)

1. S e k u e n s penyisip (insertion sequences, I S ) , y a i t u s u a t u u r u t a n n u k l e o d d a

yang ddak m e m p u n y a i fungsi lain selain u n t u k p r o s e s transposisi s e k u e n s i t u
sendiri. Sekuens penyisip merupakan transposon paling sederhana. Sekuens
s e m a c a m i n i m e m p u n y a i u r u t a n n u k l e o t i d a b e r u l a n g - b a l i k (inverted repeat) p a d a
k e d u a ujungnya yang b e r u k u r a n sekitar 9—40 n u k l e o t i d a , d a n satu g e n yang
m e n g k o d e s i n t e s i s e n z i m transposase y a n g m e n g k a t a l i s i s p r o s e s transposisi.
E l e m e n IS biasanya b e r u k u r a n k u r a n g d a r i 2 . 5 0 0 pasangan basa. E l e m e n IS y a n g
paling kecil yang d i k e t a h u i t e r s u s u n atas 7 6 8 pasangan nukleodda.

2. Transposon komposit ( d i b e r l s i m b o l Tn), y a i t u s u a t u t r a n s p o s o n yang

selain m e m b a w a fungsi t r a n s p o s i s i , juga m e m b a w a g e n lain, m i s a l n y a gen k e t a h a n a n
terhadap andbiodk.

3. Elemen Tn3 adalah k e l o m p o k t r a n s p o s o n yang b e r u k u r a n lebih besar

daripada e l e m e n IS d a n u m u m n y a m e m b a w a g e n lain y a n g d d a k berperanan
dalam proses transposisi, misalnya pada t r a n s p o s o n k o m p o s i t . E l e m e n T n 3 berbeda
d a r i t r a n s p o s o n k o m p o s i t k a r e n a T n 3 t i d a k m e m p u n y a i e l e m e n IS p a d a kedua
ujungnya, melainkan berupa sekuens berulang-balik sederhana berukuran sekitar
3 8 — 4 0 n u k l e o t i d a . S e l a i n i t u , T n 3 j u g a m e n g h a s i l k a n d u p l i k a s i sisi t a r g e t p a d a
w a k t u m e n y i s i p k e bagian target.

4. Bakteriofag Mu, y a i t u s u a t u b a k t e r i o f a g l i s o g e n i k y a n g m e n g g u n a k a n proses

transposisi sebagai cara hidupnya.

D a l a m beberapa hal, proses transposisi mirip dengan proses rekombinasi

khusus yaitu melibatkan proses p e m o t o n g a n untai D N A baik pada m o l e k u l
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 247
•( ' ••'

D N A d o n o r m a u p u n D N A target pada t e m p a t khusus. Proses tersebut kemudian

diikud dengan penggabungan ujung-ujung transposon k e molekul D N A target
yang sudah t e r p o t o n g . M e s k i p u n demikian, ada perbedaan mendasar antara proses
\ Perbedaan \
transposisi dengan proses rekombinasi khusus. Ciri pendng transposisi adalah
transposisi dan
rekombinasi bahwa proses Ini tidak tergantung pada ada atau tidaknya hubungan antara
khusus
urutan nukleodda pada D N A d o n o r dengan D N A target, balk hubungan fungsional
m a u p u n , misalnya, hubungan asal-usul. D a l a m proses r e k o m b i n a s i khusus, p e -
m o t o n g a n dan penyambungan m o l e k u l D N A d o n o r dan D N A target ddak disertai
dengan sintesis m o l e k u l D N A baru. Sebaliknya, proses transposisi melibatkan
sintesis m o l e k u l D N A baru yang dikendalikan o l e h sistem reparasi atau replikasi.
Dl samping itu, selama transposisi, molekul D N A d o n o r ddak disusun kembali
seperti bentuk dpe alami pra-transposisi.
Transposisi dapat menyebabkan terjadinya penyusunan kembali [rearrange-
m e n t ) g e n o m suatu jasad. H a l ini dapat t e r j a d i misalnya k a r e n a ada dua d u p l i k a t
{copy) t r a n s p o s o n y a n g s a m a p a d a l o k a s i k r o m o s o m y a n g b e r b e d a sehingga
dapat menyebabkan terjadinya rekombinasi antarduplikat transposon tersebut.
R e k o m b i n a s i s e m a c a m itu dapat m e m b a w a implikasi terjadinya delesi, penyisipan,
inversi, atau translokasi. Transposisi m e m p u n y a i peranan dalam proses evolusi
beberapa plasmid bakteri. Sebagai c o n t o h , integrasi plasmid F yang berasal dari
£ coW k e d a l a m k r o m o s o m b a k t e r i s e r i n g k a l i t e r j a d i m e l a l u i p r o s e s r e k o m b i n a s i
antara suatu transposon yang ada di dalam plasmid dengan transposon yang
h o m o l o g di dalam k r o m o s o m bakteri.

Sekuens dan E l e m e n Penyisip

Sekuens dan elemen penyisip (irisertion sequences and elements, IS) adalah
t r a n s p o s o n paling sederhana dan m e r u p a k a n e l e m e n genetik yang biasanya a d a
p a d a k r o m o s o m b a k t e r i d a n p l a s m i d . S e b a g a i c o n t o h , s a t u strain E. coli s t a n d a r
m e m p u n y a i delapan duplikat I S I d a n lima duplikat IS2.U k u r a n IS biasanya
s e k i t a r 7 8 0 s a m p a i 1 . 5 0 0 p a s a n g a n basa. E l e m e n IS m e r u p a k a n c o n t o h t r a n -
p o s o n p o t o n g - t e m p e l (cut-paste transposon). P a d a w a k t u e l e m e n IS m e n y i s i p
k e d a l a m D N A t a r g e t , a k a n t e r j a d i d u p l i k a s i s e b a g i a n u r u t a n D N A p a d a sisi
p e n y i s i p a n . Satu t u r u n a n hasil duplikasi t e r l e t a k d i k e d u a u j u n g e l e m e n IS.
Hasil duplikasi tersebut berupa urutan nukleotida pendek, sekitar 2 - 1 3
pasangan nukleotida yang berupa urutan berulang-langsung (direct repeat),
d a n d i s e b u t s e b a g a i d u p l i k a s i sisi t a r g e t (target site duplications). Skema
p r o s e s d u p l i k a s i sisi t a r g e t p a d a e l e m e n IS d a p a t d i l i h a t p a d a G a m b a r 1 3 . 1 3 .
Jika e l e m e n IS t e r d a p a t p a d a p l a s m i d d a n k r o m o s o m b a k t e r i , m a k a hal i n i
memungkinkan terjadinya rekombinasi homolog a n t a r - D N A yang berbeda.
Rekombinasi semacam itulah yang berperanan dalam proses integrasi plasmid F
k e dalam k r o m o s o m b a k t e r i . Jika plasmid dan k r o m o s o m m e n g a l a m i r e k o m b i n a s i ,
m a k a plasmid yang b e r u k u r a n lebih kecil akan terintegrasi k e dalam k r o m o s o m .
B e b e r a p a c o n t o h e l e m e n IS d i s a j i k a n p a d a T a b e l 1 3.2.
248 Biologi Molekular

IACCGTCGGCAT C A Kedua untaian D N A dipotong

1 TGGCAGCCGTAGT pada titik yang berbeda

Elemen IS disisipkan pada

daerah d i antara titik pemotongan

IS
ACGGTCGGCAT CA
TG IGCAGCCGTAGT

Sintesis D N A u n t u k m e n g i s i celah
(huruf bergaris bawah)

ACGGTCGGCAT ICGTCGGCATCA
TGCCAGCCGTA IGCAGCCGTAGT

G a m b a r 13.13 I S k e m a proses d u p l i k a s i sisi target p a d a e l e m e n I S .

( D i a d a p t a s i d a r i S n u s t a d & S i m m o n s , 2003.)

T a b e l 13.2 ft B e b e r a p a e l e m e n I S pada prokaryot.

Tipe I S Banyaknya duplikat Panjang (bp) Sekuens

dalam E. coli berulang-balik (bp)

ISI 5-8 duplikat pada 768 18/23

kromosom
IS2 5 pada kromosom; 1.327 32/41
1 pada plasmid F
IS3 5 pada kromosom; 1.400 32/38
2 pada plasmid F
IS4 1-2 pada kromosom 1.400 16/18
IS5 Tidak diketahui 1.250 Pendek

(Sumber: Suzuki et al, 1989.)

Transposon Komposit
D i s a m p i n g e l e m e n IS y a n g h a n y a m e m b a w a fungsi t r a n s p o s i s i , a d a d p e t r a n s p o s o n
lain y a n g juga m e m b a w a penanda genedk (genetic marker) tertentu, misalnya
k e t a h a n a n t e r h a d a p a n d b i o d k . T r a n s p o s o n y a n g d e m i k i a n d i s e b u t s e b a g a i trans-
poson komposit (Tn). T r a n s p o s o n k o m p o s i t juga t e r m a s u k tipe t r a n s p o s o n
p o t o n g - t e m p e l . T r a n s p o s o n k o m p o s i t t e r s u s u n atas d u a d u p l i k a t e l e m e n IS y a n g
i d e n d k atau h a m p i r i d e n d k yang m e n g a p i t bagian sentral. Bagian s e n t r a l suatu
transposon k o m p o s i t merupakan segmen D N Ayang merupakan penanda genedk
tertentu. Elemen-elemen IS p a d a t r a n s p o s o n k o m p o s i t dapat berupa urutan
n u k l e o t i d a b e r u l a n g d e n g a n o r i e n t a s i y a n g s a m a (nukleotida berulang-langsung,
direct repeat), a t a u b e r u p a u r u t a n n u k l e o t i d a berulang-balik (inverted repeat).
Kemampuan u n t u k t r a n s p o s i s i d i t e n t u k a n o l e h e l e m e n I S t e r s e b u t . P a d a Tn9,
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 249
w

e l e m e n IS y a n g m e n g a p i t bagian s e n t r a l m e m p u n y a i o r i e n t a s i y a n g s a m a , s e d a n g k a n
pada T n S dan T n I O orientasi e l e m e n IS-nya berkebalikan (Gambar 13.14).

~ 5.700 p b

~ 2,500 p b
g e n ble'
g e n kan'' | g e n str'
g e n cam I I t
768 pb I I 768 pb 1.533 p b 1 1.533 p b

IS 1 IS 1
IS 50L IS 50R

23 p b sekuens u j u n g
9 pb sekuens ujung
berulang-balik
berulang-balik

Tn9
Tn5

- 9.300 p b

1.329 p b g ^ " 1.329 p b

22 pb sekuens ujung
berulang-balik

TnlO
G a m b a r 13.14 I T r a n s p o s o n k o m p o s i t . (Diadaptasi dari S n u s t a d & S i m m o n s , 2003.)

K a d a n g - k a d a n g e l e m e n IS yang m e n g a p i t bagian sentral t e r s e b u t d d a k s e -

p e n u h n y a i d e n d k . Sebagai c o n t o h , p a d a T n S , e l e m e n IS s e b e l a h k a n a n (IS50R)
m e n g k o d e transposase yang diperlukan dalam proses transposisi sedangkan elemen
sebelah kiri (IS50L) tidak m e n g k o d e transposase. Perbedaan t e r s e b u t disebabkan
oleh adanya perbedaan satu nukleodda dl antara kedua e l e m e n tersebut. Pada
ketiga t r a n s p o s o n t e r s e b u t bagian s e n t r a l yang diapit o l e h e l e m e n IS m e n g k o d e
ketahanan terhadap antibiotik. Penelitian menunjukkan bahwa perpindahan
transposon komposit diatur dengan sistem tertentu. Contohnya, jika suatu
bakteriofag nonlitik yang membawa T n S menginfeksi sel bakteri yang juga
mempunyai TnS, maka frekuensi transposisi TnS berkurang secara drasds. H a l
25:0 Biologi IVIolekular

ini n n e n u n j u k k a n b a h w a T n S y a n g s u d a h a d a d a l a m k r o m o s o m sel b a k t e r i m e n g -
h a m b a t proses transposisi t r a n s p o s o n yang m a s u k bersama-sama dengan infeksi
bakteriofag. Studi oleh Michael Syvanen, W i l l i a m Reznikoff, d a n kawan-kawan
m e n u n j u k k a n b a h w a t r a n s p o s o n yang ada pada k r o m o s o m sel bakteri menyintesis
suatu represor yang menghambat proses transposisi transposon dari luar.
Diketahui bahwa e l e m e n IS50R pada T n S sebenarnya m e n g k o d e dua macam
protein, yaitu transposase, yang mengkatalisis transposisi, d a nsuatu protein
t r a n s p o s i s i y a n g t i d a k l e n g k a p (truncated) y a n g d i s i n t e s i s d a l a m p r o s e s t r a n s l a s i
yang dimulai dari k o d o n awal yang ada d i dalam g e n transposase. Protein yang
b e r u k u r a n lebih p e n d e k t e r s e b u t terdapat dalam j u m l a h yang lebih banyak d i -
bandingkan dengan transposase yang n o r m a l sehingga proses transposisi T n S
t e r h a m b a t . B e b e r a p a c o n t o h t r a n s p o s o n k o m p o s i t disajikan pada T a b e l 1 3.3.

T a b e l 13.3 1 B e b e r a p a c o n t o h t r a n s p o s o n komposit.

Transposon Penanda genetik Panjang Sekuens berulang-

balik (bp)

Tnl Ampisilin 9.300 38

Tn2 Ampisilin
Tn4 Ampisilin, 20.500 Pendek
streptomisin.
sulfanilamid
TnS Kanamisin 5.400 1.500
Tn6 Kanamisin 4.200
Tn7 Trimetoprim 14.000
Tn9 Kloramfenikol 2.683 18/23
TnlO Tetrasiklin 9.300 1.400

(Sumber: Suzuki et ai, 1989.)

E l e m e n TnS
Elemen T n 3 berbeda dari transposon k o m p o s i t karena kedua elemen yang
m e n g a p i t bagian s e n t r a l n y a b u k a n e l e m e n IS m e l a i n k a n b e r u p a u r u t a n b e r u l a n g -
balik sederhana yang terdiri atas 38—40 n u k l e o t i d a . Pada e l e m e n T n 3 t e r d a p a t
t i g a g e n , y a i t u tnpA, tnpR, d a n bla, y a n g m a s i n g - m a s i n g m e n g k o d e t r a n s p o s a s e ,
resolvase/represor, d a n beta laktamase. E n z i m b e t a l a k t a m a s e m e m b e r i k a n
ketahanan terhadap antibiotik ampisilin, sedangkan kedua protein lainnya d i -
perlukan dalam proses transposisi (Gambar 13.15).
Proses transposisi T n 3 dilakukan dengan mekanisme replikadf melalui p e m -
b e n t u k a n s t r u k t u r cointegrate ( G a m b a r 1 3 . 1 5 ) . S e l a m a p r o s e s i n i t r a n s p o s o n
d i r e p l i k a s i d a n s a l a h s a t u t u r u n a n n y a d i s i s i p k a n p a d a sisi t a r g e t . P a d a t a h a p a n
k e d u a d a l a m p r o s e s t r a n s p o s i s i , e n z i m r e s o l v a s e y a n g d i k o d e o l e h tnpR m e n g -
k a t a l i s i s p r o s e s r e k o m b i n a s i k h u s u s (site-specific recombination) d i a n t a r a kedua
elemen T n 3 .Kejadian ini berlangsung d i d a e r a h y a n g d i s e b u t r e s (resolution
site). P a d a a k h i r n y a , d i h a s i l k a n d u a t u r u n a n t r a n s p o s o n . P r o d u k g e n tnpR j u g a
m e m p u n y a i fungsi yang lain, y a i t u sebagai r e p r e s o r untuk transposase d a n
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 251

Plasmid donor Plasmid penerima

Transposase
(dikode oleh Tn3)

Resolvase (dikode
o l e h g e n tnpR)

Gambar 13.15 1 Proses transposisi T n S . (Diadaptasi dari S n u s t a d & Simmons,

2003.)

resolvase. Proses penekanan sintesis p r o t e i n t e r s e b u t t e r j a d i k a r e n a sisi r e s

t e r l e t a k d i d a e r a h a n t a r a g e n tnpA d a n tnpR. A d a n y a p e n g i k a t a n r e p r e s o r p a d a
d a e r a h res m e n y e b a b k a n t r a n s k r i p s i k e d u a g e n t e r s e b u t d i t e k a n sehingga e l e m e n
T n 3 cenderung bersifat tidak mobil.
Transposon p a d a b a k t e r i m e m p u n y a i m a k n a y a n g p e n d n g d a r i sisi medis
k a r e n a b a n y a k t r a n s p o s o n y a n g membav^^a gen resistensi t e r h a d a p a n d b i o d k . Jika
transposon yang m e m b a w a gen resistensi terhadap andbiotik tersebut menyisip
252 Biologi Molekular

k e d a l a m m o l e k u l D N A yang lain, misalnya plasmid, m a k a h a l i n idapat me-

nyebabkan penyebaran resistensi balk secara horisontal m a u p u n vertikal k e sel
atau populasi b a k t e r i yang lain.

Bakteriofag Mu
B a k t e r i o f a g M u ( M u = mutator) a d a l a h v i r u s temperate y a n g g e n o m n y a m e m p u n y a i
banyak k e s a m a a n dengan e l e m e n IS.D N A v i r u s ini b e r u p a m o l e k u l untai-ganda
dengan u k u r a n 36.000 bp. Meskipun u k u r a n g e n o m bakteriofag M ujauh lebih
besar daripada u k u r a n sebuah e l e m e n IS, n a m u n D N A bakteriofag M u dapat
m e n y i s i p secara acak d i d a l a m g e n o m b a k t e r i atau plasmid. Jika D N A M u t e r s e b u t
menyisip k e dalam g e n o m bakteri, maka akan terjadi mutasi seperti apa yang
terjadi jika e l e m e n IS m e n y i s i p k e d a l a m suatu g e n o m . D a l a m keadaan normal,
m u t a s i s e m a c a m ini d d a k dapat d i k e m b a l i k a n a t a u dibalik k e s t r u k t u r d p e alami
(wild type). D N A bakteriofag M u yang ada dalam keadaan bebas (tidak berada d i
dalam inang) m e n g a n d u n g s e p o t o n g D N A dari inang sebelumnya pada kedua
ujungnya, n a m u n D N A t a m b a h a n t e r s e b u t d d a k akan disisipkan k e dalam g e n o m
jika bakteriofag M u menginfeksi inang yang baru. Bakteriofag M u juga m e m p u n y a i
k e m a m p u a n sebagai p e r a n t a r a u n t u k penyisipan D N Adari jasad lain k e d a l a m
suatu inang, misalnya penyisipan bakteriofag lambda k e dalam g e n o m bakteri.

Mekanisme Transposisi
D e t i l m e k a n i s m e transposisi sampai saat ini b e l u m d i k e t a h u i dengan jelas, n a m u n
p a d a p r o k a r y o t , m i s a l n y a £ coli, t r a n s p o s i s i d i k e t a h u i t e r j a d i m e l a l u i d u a macam
c a r a , y a i t u replikatif d a n konservatif (nonreplikatif). D a l a m t r a n s p o s i s i s e c a r a
replikatif, akan dibentuk duplikat elemen transposon sehingga pada akhir
transposisi akan dihasilkan satu duplikat transposon pada t e m p a t yang baru d a n
satu duplikat transposon pada t e m p a t yang lama. Sementara dalam transposisi
secara konservatif (nonreplikadf) d d a k terjadi replikasi; transposisi terjadi dengan
cara p e m o t o n g a n e l e m e n transposon dari k r o m o s o m atau plasmid dan transposon
tersebut kemudian diintegrasikan k e t e m p a t yang baru.
Ada d u am o d e l yang diajukan mengenai mekanisme transposisi secara
r e p l i k a t i f a n t a r a d u a p l a s m i d , y a i t u m o d e l s i m e t r i s (model Shapiro) d a n m o d e l
asimetris. D a l a m m o d e l t r a n s p o s i s i s e c a r a s i m e t r i s , t r a n s p o s i s i t e r j a d i d e n g a n
melalui p e m b e n t u k a n e l e m e n genedk lingkar yang m e r u p a k a n gabungan antara
kedua plasmid (cointegrate) dan mengandung d u aduplikat transposon dengan
o r i e n t a s i y a n g s a m a ( G a m b a r 1 3 . 1 5 ) . Cointegrate t e r s e b u t k e m u d i a n a k a n d i u r a i -
kan lebih lanjut sehingga akan dihasilkan dua e l e m e n plasmid baru yang masing-
masing akan mengandung satu transposon. D a l a m model ini, p e m b e n t u k a n
cointegrate m e r u p a k a n s u a t u k e h a r u s a n . S e b a l i k n y a , menurut model asimetris,
p e m b e n t u k a n cointegrate d d a k m e r u p a k a n k e h a r u s a n n a m u n h a n y a merupakan
salah satu k e m u n g k i n a n hasil a n t a r a yang dapat terjadi. T r a n s p o s i s i s e c a r a r e p l i k a t i f
tersebut terjadi misalnya pada bakteriofag M u dan T n 3 . M o d e l transposisi secara
nonreplikatif tersebut dapat dilihat pada G a m b a r 13.16.
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 253

Takik (nick)
Transposon

Pembentukan takik pada D N A

donor (tanda panah)

Transposon

Reparasi celah Pengisian celah d a n

untai-ganda penyambungan takik

G a m b a r 13.16 I M o d e l transposisi secara nonreplikatif. (Diadaptasi d a r i Weaver,

2003.)

B e b e r a p a t r a n s p o s o n , m i s a l n y a T n l 0, d a p a t d i i n t e g r a s i k a n k e d a l a m m a t e r i
g e n e t i k yang b a r u t a n p a p r o s e s replikasi. D a l a m hal ini e l e m e n t r a n s p o s o n a k a n
dipotong dari D N A d o n o r (misalnya k r o m o s o m ) kemudian diintegrasikan k e
d a l a m m a t e r i g e n e t i k lain sehingga pada a k h i r transposisi D N A donor tersebut
akan kehilangan e l e m e n transposon. D a l a m proses penyisipan elemen transposon,
akan terjadi p e m o t o n g a n juga pada D N A target sehingga proses transposisi
nonreplikatif tersebut akan diikuti dengan proses reparasi D N A u n t u k mengisi
celah antara transposon dan D N A t a r g e t . S t u d i in vitro p a d a b a k t e r i o f a g M u
menunjukkan bahwa di samping menggunakan mekanisme replikadf, bakteriofag
t e r s e b u t juga menggunakan mekanisme n o n r e p l i k a t i f sebagai alternatif untuk
melakukan proses transposisi.

Transposon pada Eukaryot

Transposon juga d i t e m u k a n d i dalam jasad e u k a r y o t . Banyak kelompok jasad
e u k a r y o t yang diketahui m e m p u n y a i t r a n s p o s o n , yaitu jagung, k h a m i r Saccharo-
myces cerevisiae, lalat buah Drosophila sp., n e m a t o d a Caenorhabditis elegans,
bahkan manusia. Sebenarnya elemen genetik yang dapat berpindah (transposon)
p e r t a m a kali j u s t r u d i t e m u k a n d i dalam jasad e u k a r y o t yaitu pada jagung. Barbara
McClintock adalah orang yang p e r t a m a kali m e n g e m u k a k a n bahwa di dalam
g e n o m jagung t e r d a p a t e l e m e n g e n e d k s e m a c a m ini. Publikasi p e r t a m a mengenai
transposon dilakukan oleh Barbara McClintock pada tahun 1948.
P a d a j a g u n g d i t e m u k a n e l e m e n g e n e d k y a n g d i s e b u t e l e m e n Ac (singkatan
dari activator) d a n Ds ( s i n g k a t a n d a r i dissociation). M e l a l u i analisis genedk
McClintock menunjukkan bahwa aktivitas kedua elemen tersebut-lah yang
m e n y e b a b k a n m u n c u l n y a b u d r - b u d r jagung yang b e r w a r n a coklat atau m e m p u n y a i
bercak-bercak diantara b u d r - b u d r jagung b e r w a r n a kuning. M c C l i n t o c k m e n e m u -
kan elemen A cdan D s melalui studi mengenai f e n o m e n a p e m o t o n g a n kromosom.
E l e m e n A ct e r d i r i atas 4.563 pasang n u k l e o d d a yang m e m p u n y a i u r u t a n n u k l e o t i d a
berulang-balik sepanjang 1 1 pasang n u k l e o t i d a di bagian ujung dan mempunyai
peranan sangat pendng dalam proses transposisi.
Berbeda dari e l e m e n Ac, e l e m e n D s bersifat h e t e r o g e n karena bagian i n -
t e r n a l ( s e n t r a l n y a ) bervariasi a n t a r a satu e l e m e n d e n g a n e l e m e n y a n g lain m e s k i p u n
m e m p u n y a i u r u t a n b e r u l a n g - b a l i k s e p e r t i p a d a e l e m e n Ac. B e b e r a p a e l e m e n D s
m e m p u n y a i s t r u k t u r yang n a m p a k n y a berasal dari e l e m e n A ctetapi bagian internal-
nya hilang. Beberapa elemen D s yang lain d d a k m e m p u n y a i struktur seperti
e l e m e n A c d i a n t a r a u j u n g berulang-baliknya. E l e m e n s e m a c a m ini d i s e b u t sebagai
aberrant Ds elements.
Akdvitas e l e m e n A c dan D s ,yaitu p e m o t o n g a n dan transposisi, ditentukan
oleh enzim transposase yang dikode oleh elemen Ac. Transposase tersebut
berlnteraksl dengan sekuens DNA yang terletak pada atau dekat dengan ujung
elemen A c d a n Ds. Delesi atau mutasi pada g e n yang mengkode transposase
tersebut menyebabkan hilangnya k e m a m p u a n katalldk u n t u k proses transposisi.
Transposase yang dikode oleh elemen A c tersebut dapat berdifusi k e dalam
n u k l e u s d a n m e n e m p e l p a d a e l e m e n Ds u n t u k m e n g a k d f k a n n y a . O l e h k a r e n a i t u
transposase A c t e r s e b u t b e r s i f a t s e b a g a i trans-acting protein.

Transposon pada Khamir

S a l a h s a t u c o n t o h t r a n s p o s o n y a n g a d a d a l a m k h a m i r Saccharomyces cerevisiae
a d a l a h e l e m e n Ty y a n g a d a d i d a l a m k h a m i r , m i s a l n y a e l e m e n T y l . E l e m e n T y
m e r u p a k a n t r a n s p o s o n y a n g t e r m a s u k d a l a m k e l o m p o k retrotransposon. A d a
d u a k e l a s r e t r o t r a n s p o s o n , y a i t u e l e m e n yang menyerupai retrovirus (reUovirus-
like element) d a n r e t r o p o s o n . E l e m e n y a n g m e n y e r u p a i r e t r o v i r u s d i c i r i k a n o l e h
 Bab 13 Rekombinasi dan Transposisi 255

adanya daerah sentral yang mengkode fungsi t e r t e n t u yang diapit o l e h long

t e r m i n a l repeats (LTR) y a n g m e m p u n y a i o r i e n t a s i s a m a . S e b a l i k n y a , retroposon
adalah retrotransposon yang ddak mempunyai LTR.Elemen T y l mempunyai
u k u r a n 5,9 k b p d a n m e m p u n y a i 35 d u p l i k a t p e r g e n o m k h a m i r Sacctiaromyces
cerevisiae. E l e m e n i n i m e m p u n y a i s e k u e n s u j u n g b e r u k u r a n 338 b p y a n g biasanya
diapit o l e h s e k u e n s b e r u l a n g - l a n g s u n g y a n g t e r d i r i atas 5 bp. E l e m e n u j u n g t e r s e b u t
d i s e b u t s e b a g a i sekuens 8 ( d e l t a ) . S e k u e n s 8 juga tersebar dengan duplikat
b e r j u m l a h s e k i t a r 100 d i s e l u r u h g e n o m . E l e m e n T y j u g a m e n y e b a b k a n terjadinya
mutasi jika menyisip k e dalam suatu gen dalam k r o m o s o m khamir
Elemen Tyl h a n y a m e m p u n y a i d u a g e n , y a i t u TyA d a n TyB y a n g homolog
dengan g e n gag d a n pol p a d a r e t r o v i r u s . Produk kedua gentersebut dapat
m e m b e n t u k p a r t i k e l s e p e r t i v i r u s d i d a l a m s i t o p l a s m a sel k h a m i r T r a n s p o s i s i Tyl
melibatkan proses transkripsi balik ( G a m b a r 1 3.17).

Enzim
Protein transkriptase

o
struktural balik

TyB
TyA
s r
Elemen Ty

Transkripsi

R N A Tyl

Transkripsi balik

• D N A Tyl

Penyisipan ke dalam kromosom

Elemen Ty

G a m b a r 1 3 . 1 7 ft P r o s e s t r a n s p o s i s i e l e m e n T y . ( D i a d a p t a s i d a r i S n u s t a d & S i m m o n s ,
2003.)

Treaisposon p a d a Drosophila
G e n o m Drosophila d i k e t a h u i j u g a m e n g a n d u n g elemen genetik yang dapat ber-
transposisi. Dalam h a m p i r s e m u a s p e s i e s Drosophila, s e k i t a r 5-1 0% genomnya
m e n g a n d u n g s e k i t a r 40 f a m i l i e l e m e n t r a n s p o s o n . S a l a h s a t u c o n t o h transposon
d a l a m Drosophila a d a l a h e l e m e n copia y a n g t e r m a s u k d a l a m k a t e g o r i elemen
y a n g m e n y e r u p a i v i r u s . Copia t e r d i r i a t a s 5.000 b p y a n g m e m p u n y a i u j u n g b e r u p a
sekuens berulang-langsung berukuran 267 b p . M a s i n g - m a s i n g sekuens ujung
t e r s e b u t m e m p u n y a i ciri s e p e r t i e l e m e n IS k a r e n a m e m p u n y a i s e k u e n s berulang-
balik dengan ukuran 1 7 bp.Dengan demikian elemen copia m i r i p dengan
t r a n s p o s o n k o m p o s i t . D l s a m p i n g e l e m e n copia, ada s e k i t a r 3 0 e l e m e n lain y a n g
mirip (namun ddak identik) dengan e l e m e n copia (copia-lil<e element). Elemen
l a i n , y a i t u e l e m e n gypsy, merupakan r e t r o p o s o n yang ada dalam g e n o m Dro-
soptiila. U k u r a n n y a lebih besar dibandingkan d e n g a n copia dan m e m p u n y a i gen
y a n g s e r u p a d e n g a n g e n env p a d a r e t r o v i r u s . B a i k copia m a u p u n gypsy membentuk
partikel yang menyerupai virus di dalam sel Drosopiiila.
E l e m e n t r a n s p o s o n l a i n y a n g a d a d a l a m Drosopiiila adalah elemen FB (fold-
bacl<. e l e m e n t ) d a n e l e m e n P. E l e m e n F B t e r s u s u n a t a s 4 . 0 8 9 b p d a n m e m p u n y a i
sekuens ujung yang tersusun atas lebih dari 1.000 bp. Jika D N A Drosopiiila
didenaturasi dan direnaturasi maka akan didapatkan s t r u k t u r batang dan lengkung
oleh karena D N A t e r s e b u t m e l i p a t - b a l i k (fold-back) sehingga e l e m e n tersebut
disebut sebagai e l e m e n F B . Elemen P adalah t r a n s p o s o n yang menyebabkan
t e r j a d i n y a disgenesis hibrid p a d a Drosophila. Disgenesis hibrid adalah suatu
f e n o m e n a d i m a n a p e r s i l a n g a n a n t a r a i n d u k y a n g m e m p u n y a i d p e sel (sitodpe)
M d e n g a n i n d u k d p e s e l P a k a n m e n g h a s i l k a n h i b r i d y a n g disgenik, y a i t u h i b r i d
yang secara biologis defisien o l e h k a r e n a h i b r i d t e r s e b u t m a n d u l , m e m p u n y a i laju
m u t a s i dnggi, dan m e m p u n y a i f r e k u e n s i aberasi k r o m o s o m yang dnggi. Disgenesis
hibrid t e r s e b u t disebabkan o l e h mobilisasi e l e m e n P k edalam gen-gen yang vital
s e h i n g g a t e r j a d i m u t a s i . Sitotipe P d a n M a d a l a h k o n d i s i s e l u l a r y a n g diwariskan
secara maternal. Sitotipe P m e n e k a n mobilisasi e l e m e n P sedangkan sitodpe M
menyebabkan e l e m e n P dapat diplndahkan. Sitotipe P adalah karakteristik strain
y a n g m e m p u n y a i e l e m e n P, s e d a n g k a n s i t o t i p e M tidak m e m p u n y a i e l e m e n P.

Analisis u r u t a n nukleotida e l e m e n P m e n u n j u k k a n bahwa e l e m e n tersebut

m e m p u n y a i u k u r a n yang bervariasi. E l e m e n paling besar b e r u k u r a n 2.907 pasangan
nukleotida t e r m a s u k u r u t a n berulang-balik sepanjang 31 nukleotida pada ujungnya.
Elemen P yang lengkap m e n g k o d e transposase, sedangkan elemen P yang tidak
lengkap tidak mengkode transposase. A k a n tetapi, elemen yang tidak lengkap
t e r s e b u t masih dapat diplndahkan jika t e r d a p a t e l e m e n P yang lengkap d i dalam
g e n o m . J u m l a h e l e m e n P d i d a l a m k r o m o s o m Drosophila bervariasi. Ada yang
m e m p u n y a i e l e m e n P sebanyak 5 0 tetapi ada juga yang hanya m e m p u n y a i sedikit
e l e m e n R B e b e r a p a strain Drosophila yang ditangkap setelah tahun 1 9 5 0 bahkan
tidak m e m p u n y a i e l e m e n P s a m a sekali.
Spesies Drosophila lain yang merupakan kerabat terdekat Drosophila
m e l a n o g a s t e r , y a i t u D . simulans d a n D . mauritania, mempunyai transposon kecil
yang disebut m a r i n e r (berukuran 1.286 pasang nukleotida dengan ujung berulang-
balik b e r u k u r a n 2 8 pasang nukleotida). T r a n s p o s o n ini tidak terdapat pada D.
melanogaster tetapi t e r d a p a t pada k e l o m p o k insekta, n e m a t o d a , fungi, bahkan
manusia.
Selain mariner, juga d i k e t a h u i ada t r a n p o s o n lain y a n g t e r k a i t dengan mari-
ner yaitu T c / . T r a n p o s o n ini b e r u k u r a n s e k i t a r 1 , 6 - 1 , 7 k b dan m e m p u n y a i u j u n g
berulang-balik. U r u t a n berulang balik t e r s e b u t b e r u k u r a n sekitar 5 4 - 2 3 4 pasang
nukleotida. Elemen semacam ini d i t e m u k a n d i dalam n e m a t o d a Caenorhabditis
elegans.
 Bab 1 3 Rekombinesi dan Transposisi 2 5 7

Drosophila juga m e m p u n y a i retroposon (retrotransposon yang tidak

m e m p u n y a i L T R ) y a i t u e l e m e n F, e l e m e n G, d a n e l e m e n /. E l e m e n r e t r o p o s o n
dapat berpindah melalui pembentukan R N A dengan proses transkripsi balik.
E l e m e n - e l e m e n t e r s e b u t juga m e m b u a t duplikasi sisl t a r g e t m e s k i p u n elemen
tersebut ddak m e m p u n y a i urutan berulang pada ujungnya, melainkan mempunyai
s e k u e n s A : T yang h o m o g e n pada salah satu ujungnya.
P a d a Drosophila j u g a d i k e t a h u i t e r d a p a t r e t r o p o s o n y a n g b e r a d a d i d a e r a h
t e l o m e r y a i t u HeT-A d a n TART (telomere-assoclated retrotransposon). Penelitian
yang dilakukan o l e h M a r y L o u P a r d u e , R o b e r t Levis, H a r a l d Blessmann, James
Mason, d a n kawan-kawan menunjukkan bahwa kedua elemen genetik tersebut
ditransposisi secara khusus pada ujung k r o m o s o m sehingga dapat memperpanjang
ujung k r o m o s o m sampai beberapa kilobasa. H a l ini m e m p u n y a i peranan yang
sangat pendng dalam proses replikasi ujung k r o m o s o m karena dapat membantu
m e r e s t o r a s i ujung k r o m o s o m yang hilang selama proses replikasi (lihat masalah
replikasi ujung k r o m o s o m pada B a b 7 ) .

Transposon pada Manusia

Hasil penentuan urutan nukleotida (DNA sequencing) kromosom manusia
m e n u n j u k k a n b a h w a paling tidak sekitar 4 4 persen D N Amanusia berasal dari
e l e m e n transposon, t e r m a s u k elemen yang menyerupai virus ( 8 % dari genom
yang sudah disekuen), r e t r o p o s o n (33%), d a nbeberapa famili t r a n p o s o n yang
mengalami transposisi dengan mekanisme potong tempel (3%). Salah satu
t r a n s p o s o n y a n g d o m i n a n a d a l a h e l e m e n LI ( r e t r o p o s o n ) yang m e r u p a k a n bagian
s e k u e n s k e l o m p o k L I N E (long interspersed nuclear e l e m e n t ) . E l e m e n LI yang
lengkap b e r u k u r a n sekitar 6 kb, m e m p u n y a i p r o m o t e r internal yang ditranskripsi
oleh R N A polimerase II,dan mempunyai duaORF, yaitu O R F l (mengkode
protein pengikat D N A ) dan O R F 2 (mengkode endonuklease dan transkriptase
b a l i k ) . G e n o m m a n u s i a m e n g a n d u n g s e k i t a r 3 . 0 0 0 s a m p a i 5 . 0 0 0 e l e m e n LI yang
lengkap. S e l a i n i t u j u g a d i t e m u k a n a d a s e k i t a r 5 0 0 . 0 0 0 e l e m e n LI yang tidak
lengkap karena t e r p o t o n g pada ujung 5 ' sehingga tidak mampu ditransposisi.

Elemen LI merupakan r e t r o p o s o n yang otentik. Transposisi elemen ini

melibatkan proses t r a n s k r i p s i e l e m e n LI menjadi R N Ayang kemudian diikuti
dengan proses transkripsi balik menjadi D N A . Kedua proses tersebut terjadi di
dalam nukleus, m e s k i p u n sebelum ditranskripsi balik e l e m e n t e r s e b u t ditransfer
ke sitoplasma u n t u k ditranslasl menjadi polipeptida yang t e r i k u t sampai k e dalam
nukleus. Endonuklease yang dikode oleh O R F 2 berfungsi untuk mengkatalisis
pemotongan D N A u n t a i g a n d a p a d a sisi y a n g p r o s p e k t i f u n t u k d i g u n a k a n sebagai
t e m p a t penyisipan. Hasil penelitian m e n u n j u k k a n b a h w a j u m l a h e l e m e n L 7 yang
aktif m e n g a l a m i transposisi hanya sedikit. Selain itu juga diketahui b a h w a beberapa
penyakit pada manusia disebabkan oleh mutasi karena penyisipan oleh elemen
L 7 , m i s a l n y a m u t a s i p a d a g e n faktor VIII y a n g m e n y e b a b k a n hemofilia. G e n o m
manusia juga mengandung e l e m e n L I N E y a n g l a i n y a i t u L2 ( 3 1 5 . 0 0 0 k o p i ) d a n
L3 (37.000 kopi).
Selain e l e m e n L I N E , e l e m e n lain y a n g juga b a n y a k t e r d a p a t p a d a genom
258 Biologi Molekular

m a n u s i a a d a l a h S I N E (short interspersed nuclear element) yang berukuran

sekitar 4 0 0 pasang n u k l e o d d a dan d d a k m e n g k o d e suatu p r o t e i n . S I N E m e n g a l a m i
transposisi m e l a l u i p r o s e s t r a n s k r i p s i balik. E n z i m yang digunakan u n t u k proses
transkripsi balik ( e n z i m transkriptase balik) t e r s e b u t n a m p a k n y a disintesis dari
e l e m e n LINE. Dengan demikian, proses perbanyakan S I N E tergantung pada e l e m e n
L I N E . G e n o m m a n u s i a m e n g a n d u n g t i g a f a m i l i S I N E , y a i t u e l e m e n Alu, M I R , dan
Ther2IMIR3 meskipun yang mengalami transposisi secara aktif hanya elemen
Alu.
G e n o m manusia m e n g a n d u n g lebih dari 4 0 0 . 0 0 0 sekuens yang berasal dari
elemen yang menyerupai virus. Seperti halnya e l e m e n L I N E dan S I N E yang ddak
aktif, h a m p i r semua elemen yang menyerupai virus pada g e n o m manusia
m e r u p a k a n "fosil genetik".

Makna Penting Transposon

Hasil-hasil penelidan m e n u n j u k k a n b a h w a t r a n s p o s o n m e m p u n y a i peranan pendng
d a l a m e v o l u s i dan organisasi g e n o m jasad hidup. Pada b e b e r a p a jasad, misalnya
jagung, t r a n s p o s o n t e r k o n s e n t r a s i pada daerah D N A di antara gen yang secara
t o t a l m e l i p u d l e b i h d a r i s e t e n g a h g e n o m j a g u n g . P a d a Drosopiiila, transposon
t e r d a p a t pada h e t e r o k r o m a t i n m a u p u n e u k r o m a d n dan diketahui ada sekitar 9 0
f a m i l i t r a n s p o s o n p a d a g e n o m Drosopiiila. Pada organisme ini, t r a n s p o s o n d i -
ketahui terlibat dalam proses evolusi g e n o m melalui proses penyusunan ulang
genom (genome rearrangement).
Transposon juga d i k e t a h u i sebagai salah satu p e n y e b a b terjadinya mutasi
p a d a b a n y a k o r g a n i s m e . P a d a Drosopiiila, m i s a l n y a , m u t a s i p a d a g e n wtiite ( b e r -
tanggung jawab pada p e m b e n t u k a n w a r n a mata) disebabkan oleh penyisipan
beberapa macam transposon. Penyebaran e l e m e n t r a n s p o s o n yang luas pada
g e n o m jasad m e m b e r i k a n g a m b a r a n b a h w a e l e m e n g e n e d k t e r s e b u t m e m p u n y a i
p e r a n a n d a l a m p r o s e s evolusi jasad hidup.

Soal-soal
1. Sebutkan dan jelaskan secara singkat tipe-tipe rekombinasi genetik.
2. P r o s e s r e k o m b i n a s i m e m p u n y a i m a k n a sangat p e n t i n g d a l a m h a l s i s t e m p e r t a h a n a n jasad mamalia
t e r h a d a p p r o s e s infeksi a t a u m o l e k u l - m o l e k u l asing. Jelaskan hal ini.
3. Sebutkan dan jelaskan secara singkat beberapa kategori t r a n s p o s o n .
Adams, Roger L. P. 1 9 9 1 . D N A Replication. I R L P r e s s , O x f o r d .

Alberts, Bruce, Dennis Bray, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, and James
D. Watson. 1 9 9 4 . Molecular Riology of the Ce//. T h i r d e d i t i o n . G a r l a n d P u b l i s h i n g Inc.,
N e w York & London.

Beebee, Trevor and Julian Burke. 1 9 9 0 . G e n e S t r o r t u r e and Transcription. I R L Press,

Oxford.

Brewer. B. J.. J. D. Diller, K. L. Friedman, K. M. Kolor. M. K. Raghuraman, and W.

L. Fangman. 1 9 9 3 . T h e T o p o g r a p h y o f C h r o m o s o m e R e p l i c a t i o n i n Y e a s t . In: D N A
and Chromosomes, C o l d S p r i n g H a r b o r S y m p o s i a o n Q u a n t i t a t i v e B i o l o g y . V o l .
LVIII. C o l d Spring H a r b o r L a b o r a t o r y Press.

Dynan, William S. 1 9 8 9 . M o d u l a r i t y i n p r o m o t e r s a n d e n h a n c e r s . Cell 58: 1 - 4 .

Fincham,John S. 1 9 9 4 . G e n e t i c Ano/ysis: Pr/ncip/es, S c o p e , and Objectives. B l a c k w e l l S c i e n c e

Ltd., O x f o r d .

Freifelder, David. 1 9 8 7 . Molecular Biology. S e c o n d e d i t i o n . J o n e s a n d B a r t l e t t P u b l i s h e r s

Inc., B o s t o n .

Freifelder, David. 1 9 8 7 . Microbial Genetics. J o n e s a n d B a r t l e t t P u b l i s h e r s I n c . , B o s t o n .

Johnston, Mark. 1 9 8 7 . A m o d e l f u n g a l g e n e r e g u l a t o r y m e c h a n i s m : t h e G A L g e n e s o f
Saccharomyces cerevisiae. Microbiological Reviews 5 1 : 4 5 8 - 4 7 6 .

Lewin, Benjamin. 1 9 9 4 . G e n e s V. O x f o r d U n i v e r s i t y P r e s s , O x f o r d .

McKee, Trudy and James R. McKee. 2 0 0 3 . Bochemistry: The Molecular Basis of Life.
Third edition. McGraw-Hill, Boston.

Moat, Albert G. and John W. Foster. 1 9 8 8 . Microbial Physiology. S e c o n d e d i t i o n . J o h n

W i l e y & Sons, N e w York.

Paolella, Peter. 1 9 9 8 . Introduction to Molecular Biology. W C B McGraw-Hill, Boston.

Pratt, Charlotte W. and Kathleen Comely. 2 0 0 4 . Essential Biochemistry. J o h n W i l e y

& S o n s Inc.
Stansfield, William D. 1 9 9 1 . T h e o r y and Problems of G e n e t i c s . T h i r d e d i t i o n . S c h a u m ' s
O u t l i n e Series. M r G r a w - H i l l Inc., N e w Y o r k .

Snustad, D. Peter, and Michael J. Simmons. 2 0 0 3 . Principles of G e n e t / c s . T h i r d e d i t i o n .

John W i l e y and Sons.

Tanese, N. and R. Tjian. 1 9 9 3 . C o a c t i v a t o r s a n d T A F s : a n e w c l a s s o f e u k a r y o t i c

t r a n s c r i p t i o n f a c t o r s t h a t c o n n e c t a c t i v a t o r s t o t h e b a s a l m a c h i n e r y . In: D N A and
Chromosomes, C o l d S p r i n g H a r b o r S y m p o s i a o n Q u a n t i t a t i v e B i o l o g y . V o l . L V I I I .
C o l d Spring H a r b o r L a b o r a t o r y Press.

Weaver, Robert F. 2 0 0 3 . Molecular Biology. S e c o n d e d i t i o n . W C B / M c G r a w - H i l l Co.,

Boston.

Zawel, L., H. Lu, L. J. Cisek, J. L. Corden, and D. Reinberg. 1 9 9 3 . T h e c y c l i n g o f R N A

p o l y m e r a s e II d u r i n g t r a n s c r i p t i o n . In: D N A and Chromosomes, C o l d Spring
H a r b o r S y m p o s i a o n Q u a n t i t a t i v e Biology.Vol. LVIII. C o l d Spring H a r b o r L a b o r a t o r y
Press.
 Mmiiiiltimm

A bagian struktural 1 3 4
a-amanitin 1 7 7 bahan genetik 9
adenine 5 1 bakteri Gram-negatif 9
aktivator 153, 2 0 2 bakteri Gram-positif 9
Alan Weiner 1 7 6 bakteriofag 8 9 ,9 0 , 1 2 4
A l e x a n d e r Rich 5 5 b a k t e r i o f a g (|)X 1 7 4 9 1
A l f r e d Heil 1 4 5 bakteriofag G 41 0 9
aminoasil tRNA 2 1 2 bakteriofag lisogenik 2 3 1
aminoasil t R N A sintetase 2 1 2
bakteriofag M l 3 1 0 9
anabolik 1 4
bakteriofag M u 246, 2 5 2
analisis g e n e t i k k o n v e n s i o n a l 4 6
bakteriofag T 2 5 0
analisis m a k r o m o l e k u l 3 2
Barbara McClintock 2 5 4
antibodi 2 3 9
batang 6 9
antibodi fluoresen 5 5
Beadle, G e o r g e W . 1 4 0
antigen 2 3 9
benang gelendong 8 2
antigen! 117
Benne, Rob 1 9 5
antikodon 2 1 5
Benoist, Christophe 1 7 1
antiparalel 5 2
b e n t u k sel b a k t e r i 1 0
aporepresor 1 5 1
beta laktamase 2 5 0
aras pengendalian ekspresi 1 9 8
A R S (autonomously replicating sequence) 1 Biessmann, Harald 2 5 7
A r t h u r Pardee 1 5 6 biokatalis 1 5
asam imino 2 4 biologi molekular 1 , 4
asam nukleat 2 6 b i o l o g i s t r u k t u r a l sel 4
Astbury, William 1 breathing 6 3
a t o m aseptor 3 0 Brewer, Bonita 117, 118
atom donor 3 0 Burgess 1 4 5
atom hidrogen 2 4 bZIP 2 0 0 , 2 0 1
attenuator 1 3 9 , 1 6 1
auksotrof 19 C
autoradiografi 3 3 , 104, 1 0 5
C value 7 1
autoregulasi 1 6 4
C value paradox 7 2
autosom 83
Avery, Oswald 5 0 cakupan biologi molekular 5
Cairns, i o h n 1 0 2
Callan 1 0 4
B
cAMP 159
p-barrel 2 0 0
Cap 1 8 7 , 1 9 4
P-galaktosidase 1 5 7
C A P (catatiolite activator protein) 1 5 9
badan Golgi 1 1
Carbon 1 1 7
262 Biologi IVIolekular

cat Giemsa 8 3 d o m a i n dimerisasi 2 0 1

centimorgan 4 4 domain pengikat D N A 2 0 0
C h a m b o n , Pierre 1 7 1 d o m a i n yang m e n g a k t i f k a n transkripsi 2 0 0
Chargaff, Erwin 5 1 double strand break 2 3 6
Charles Radding 2 2 9 downstream elements 1 7 4
Chase, M a r t h a 5 0 d u p l i k a s i sisi t a r g e t 2 4 7
Christophe Benoist 1 7 1 dwikutub sementara 3 1
cincin purin a t a u pirimidin 2 6
as-splicing 1 9 2
Colin Macleod 5 0 E d w a r d L. l a t u m 1 4 0
coomassie blue 3 6 efek hiperkromik 6 0
Cozzarelli, Nicholas 1 2 1 efek hipokromik 6 0
Crick, Francis 3 8 , 5 4 , 9 4 , 2 2 e f e k stabilisasi s t r u k t u r 5 9
cryptogene 1 9 5 efisiensi selular 1 5 3
cytosine 5 1 ekson 78, 84, 86, 1 4 1 , 168, 174
eksonuklease 7 2
D eksperimen Griffith 5 0
D-loop 2 2 9 ekspresi genetik 1 9 7
daerah konstan 240, 241 ekspresi konstitutif 7 9
daerah pengatur 1 4 0 electrostatic repulsion 6 4
daerah variabel 2 4 0 elektroforesis 35, 105
Daniel Nathans 1 1 7 elemen antara 1 7 6
delesi 4 5 e l e m e n penyisip 2 4 6 , 2 4 7
denaturasi 60, 6 1 , 62, 6 3 e l e m e n p r o m o t e r inti 1 3 8 , 1 4 0
diameter untaian DNA 51 elemen Tn3 246, 2 5 0
difasik 2 3 5 elemen UP 1 3 8
dihidrofolat reduktase 8 5 elemen yang menyerupai retrovirus 245, 2 5 4
dikroisme sirkular 5 8 Elisabetta Ullu 1 7 6
d i n d i n g sel 9 Elizabeth Gyuraslts 1 0 4
diploid 3 9 endonuklease 7 2
disgenesis hibrid 2 5 6 e n d o n u k l e a s e restrlksi 7 2 , 7 4
dispersi rotator! o p t i k 5 8 endospora 10
DNA 4 9 enhancer 1 3 9 , 1 7 2
enhanson 173
DNA bending 1 6 0
enzim 16, 17
DNA cetakan 1 6 7
enzim anabolik 1 6 0
DNA(t)X174 109
enzim D N A polimerase yang dikendalikan oleh RNA
D N A girase 7 0 , 1 0 7
129
D N A helikase 9 9
e n z i m e n d o n u k l e a s e restrlksi 1 7 , 7 2
D N A ligase 17, 7 4 , 9 9 , 1 0 2 , 1 1 6 enzim katabolik 1 6 0
DNA penghubung 78, 81 enzim RNA polimerase yang dikendalikan oleh RNA
D N A polimerase 1 0 1 , 1 1 3 , 1 3 0 , 1 6 7 126
D N A satelit 6 9 Erwin Chargaff 5 1
DNA sequencing 3 2 , 3 6 eukaryot 2, 3,8
DNA tipe Z 5 5 eukromatin 83
DNA topoisomerase 7 0 exon splicing 8 6
D N A untai-ganda 59, 7 6
DNA vektor 4 7 F
DNase 7 2 fagosit 2 4 0
d o k t r i n sel 7 faktor VIII 2 5 7
domain 8 6 f a k t o r inisiasi 2 1 2
faktor pemanjangan 215,216
faktor transkripsi 1 8 0 , 2 0 6 Gram-negatif 9
f a k t o r transkripsi TFIII 1 8 5 Gram-positif 9
faktor transkripsi umunn 1 9 9 Gregor Mendel 4 1
fakultatif 8 3 Griffith, Frederick 4 9
famili gen 8 7 guanine 5 1
Fangman , Walton 117, 118 gugus amino 2 4
Farnham, Peggy 1 4 8 gugus fosfat 2 8
fase k e m a t i a n 2 0 gugus karboksil 2 4
fase lag (fase adaptasi) 1 9 gu/de RNA (gRNA) 1 9 5
fase logaritmik (fase eksponensial) 1 9 Gyuraslts, Elizabeth 1 0 4
fase pasca-transkripsi 1 8 7
fase p e r t u m b u h a n stasioner 1 9 H
fase transisi 6 2 haploid 3 9
fenotipe 3 9 Harald Biessmann 2 5 7
f i s i o l o g i sel 4 helikase 105, 110, 113
fragmen Okazaki 99, 101, 113, 115 Heil, A l f r e d 1 4 5
Francis Crick 3 8 , 5 4 , 9 4 , 2 2 2 helix destabilising protein 6 3
Frangois Jacob 1 5 6 hemasltometer 19
Franklin Stahl 9 4 , 9 5 Hershey, A . D. 5 0
Frederick Griffith 4 9 heterokromatin 8 3
frekuensi rekombinasi 4 4 hibridisasi 6 6
Friedrich Miescher 4 9 hidrofobik 2 4
Furuichi, Yasuhiro 1 9 4 hipotesis W o b b l e 2 2 2
histon 1 0 , 8 0
G
HLH 200, 2 0 1
g a r p u replikasi 9 6 Holliday, Robin 2 2 5
Geiger-Muller counter 3 3 holoenzim 115, 143
g e l e m b u n g replikasi 1 0 2 homeobox 88, 8 9
g e l e m b u n g transkripsi 1 4 5 homeodomain 88, 200, 201
gelembung untai-tunggal 6 3 Hooke, Robert 7
gen 7 5 Hsiao 1 1 7
gen GAL 2 0 3 Huberman 104
gen homeotik 88, 170 h u k u m Chargaff 5 1
g e n house-keeping 1 7 0 Human Genome Project 5 7
gen Hox 8 8
gen independen 7 9
g e n kelas 168, 1 6 9 , 170, 1 7 5 I
gen kelas I 8 4 , 2 0 2 IgA 2 4 0
g e n k e l a s II 8 4 , 1 7 4 , 2 0 3 IgD 2 4 0
g e n k e l a s III 8 4 , 1 7 6 , 2 0 5 IgE 2 4 0
gen regulator 1 53 IgG 2 4 0
genetic code redundancy (degeneracy) 221 \HF (integration host factor) 2 3 4
genom 75 ikatan P-galaktosidik 1 5 7
genom eukaryot 8 0 ikatan fosfodiester 2 8
genom prokaryot 7 8 ikatan hidrogen 30, 5 9
genotipe 3 9 ikatan ionik 3 0
George W . Beadle 1 4 0 ikatan kovalen 3 0 , 3 1
girase 1 1 0 ikatan nonpolar 3 1
glikosilasl 2 2 3 imunoglobulin 240, 244
glukosa 1 5 9 imunogen 2 3 9
gM 240 inducible system 1 5 3
264 Biologi Molekular

induksi 152, 1 5 7 kompleks antennapedia 8 8

induksi profag 2 3 5 kompleks bitoraks 8 8
induktif 1 5 2 kompleks CAP-cAMP 1 6 0
induser 1 5 3 , 1 5 8 kompleks DABPolFEH 1 8 1
inisiasi 1 4 5 kompleksY 111, 112
inisiasi replikasi 1 1 1 k o m p l e k s inisiasi 3 0 S 2 1 2
inisiasi t r a n s k r i p s i 1 4 5 k o m p l e k s inisiasi 7 0 S 2 1 4
inisiasi translasi 2 1 2 , 2 1 4 kompleks pemanjangan 1 8 3
inisiator 1 7 4 k o m p l e k s pra-inisiasi 1 8 1
inosine 222 kompleks promoter tertutup 1 6 0
integrase 129, 2 3 4 kompleks terbuka 1 1 0
interaksi hidrofobik 3 1 kompleksitas 6 8
interaksi molekular 3 0 komplementaritas 51
interaksi nonkovalen 3 0 komplementasi 46, 4 7
interaksi van der Waals 3 1
konstitutif 83, 1 52
inti katalitik 1 1 1 , 112
konversi gen 2 3 6
intron 7 8 ,84, 85, 1 4 1 , 168, 174, 175, 189, 190 Kornberg 1 0 9
isotop 3 2 kotak A 1 7 6
kotak B1 7 6
J kotak C 1 7 6
Jackson, Stephen 1 8 6 kotak C C A A T 171
Jacob, Frangois 1 5 6 kotak dnaA 1 1 0
Jacobs, W . 4 9 kotak G C 1 7 1
Jacques M o n o d 1 5 6 kotak Pribnow 1 3 8
James Mason 2 5 7 kotak TATA 138, 1 7 0
jarak antargen 4 5 kromatin 8 1
j a s a d b e r s e l b a n y a k {multicellular) 2, 8 kromosom 76, 8 0
j a s a d b e r s e l t u n g g a l {unicellular) 2, 8 k r o m o s o m seks 8 3
j a s a d h i d u p b u k a n - s e l u l a r {nonselular) 2, 6
jasad h i d u p selular 2 , 6 L
j e p i t r a m b u t {hair pin) 1 6 2 laju reaksi reasosiasi 6 6
John Cairns 1 0 2 leader sequences 1 3 9
lekukan besar 5 1
K l e k u k a n kecil 5 1
kandungan G + C 51-53 lengan k r o m o s o m 8 2
kapsid 1 2 lengkung 6 9
kapsula 4 9 l e n g k u n g j e p i t - r a m b u t {hair-pin loop) 6 4
keadaan alami 6 0 l e n g k u n g a n {loop) 1 4 2
keadaan berpilin 7 0 Levene 4 9
kelompok gen 7 9 Levis, R o b e r t 2 5 7
kelompok urutan nukleotida 6 8 ligasi 9 9
k e m a m p u a n katalitik 1 6 limfosit B 2 3 9
kiasma 2 2 5 limfosit T 2 3 9
Kin-Ichiro M i u r a 1 9 4 L I N E {long interspersed nuclear element) 2 5 7
kinase CTD 1 8 3 linking number 11
kinetokor 8 2 long terminal repeats ( L T R ) 2 5 5
kinetoplast 1 9 5 Lovett, Michael 1 0 5
kloroplas 1 1
ko-represor 161 M
kodon 51, 209, 220 Macleod, Colin 5 0
k o d o n inisiasi translasi 2 0 9 makrofag 2 4 0
kodon terminasi 2 1 6 makromolekul 2 2
 Indeks 265

Marahrens 1 1 7 mutasi titik 4 5

mariner 2 5 6
Martha Chase 5 0 N
M a r y Lou Pardue 2 5 7 Naori 1 8 3
Mason, James 2 5 7 Nathans, Daniels 1 1 7
maturase 8 6 Nicholas Cozzarelli 1 2 1
McCarty, Mackyn 5 0 non-coding DNA 72
McClintock, Barbara 2 5 4 Norman Salzman 1 1 7
m e d i u m lengkap 1 8 notasi genetik 3 9 - 4 0
medium minimal 18 nuklease 7 2 , 2 2 7
Meischer, Friedrich 5 0 nukleolus 8 6
m e k a n i s m e pengendalian ekspresi 1 9 8 nukleosida 2 8
m e k a n i s m e replikasi e 1 0 2 nukleosom 7 0 , 8 0
m e k a n i s m e transposisi 2 5 2 nukleotida 2 8
Mendel, Gregor 4 1
nukleotida berulang-balik 2 4 8
melting protein 6 3
nukleotida berulang-langsung 2 4 8
membran dalam 1 0
nukleus 7 6
m e m b r a n luar 1 0
m e m b r a n plasma 9
Meselson, M a t t h e w 94, 95, 229 O
mesosom 9 O k a z a k i , Reiji 9 9
metabolisme 14 Okazaki, Tuneko 1 0 1
metilase 7 2 operator 139, 1 5 7
metilasi 1 9 4 operon 79, 136, 1 5 3
metode Maxam-Gilbert 32 o p e r o n ara 1 6 4
metode penuangan 19 o p e r o n gal 1 6 4
metode Sanger 3 2 operon triptofan (frp) 1 6 0
Michael Lovett 1 0 5 O R F {open reading frame/kerangka b a c a t e r b u k a )
Michael Syvanen 2 5 0 209
migrasi cabang 2 2 7 orthogonal field alternation gel electrophoresis
mitokondria 11 (OFAGE) 3 6
model asimetris 2 5 2 Oswald Avery 5 0
m o d e l Holliday 2 2 5
model rekombinasi Meselson-Radding 2 2 9 P
m o d e l replikasi 9 4 , 9 5 p arm 8 2
m o d e l simetris (mode/S/iap/ro) 2 5 2 palindrom 7 4
m o d u l yang m e n g a n d u n g zinc 2 0 0 paralog 8 9
molekul DNA tipe B 5 4 parasit obligat 2 , 1 2
molekul efektor 1 5 3 Pardee, A r t h u r 1 5 6
m o l e k u l g u l a d e n g a n 5 a t o m C {pentosa) 2 6 Pardue, M a r y Lou 2 5 7
molekul induk 1 2 5 partikel virus 2
m o l e k u l kecil 2 2 Peggy Farnham 1 4 8
m o l e k u l RF dupleks 1 2 5 pelemahan (attenuat/on) 1 3 9 , 1 6 1
M o n o d , Jacques 1 5 6 pemanjangan polipeptida 2 1 5
monosistronik 137, 167, 174 pemanjangan transkrip 1 4 6
motif protein 1 9 9 p e m b a g i a n r u a n g {compartmentalization) 3
mot\f zinc-finger 2 0 1 p e m b e n t u k a n m o l e k u l induk RF1 2 5
mRNA 133 p e m b e n t u k a n t u r u n a n RF 1 2 5
multireplikon 1 0 5 pemetaan genetik 4 4
munologi 4 p e m i s a h a n dan p e n g e l o m p o k a n secara bebas
mutasi 2 2 4 {independent assortment) 4 1
 266 Biologi Molekular

pemrosesan prekursor rRNA 1 9 4 proses transformasi selular 8

p e n g a t u r a n ekspresi genetik 5 prosesivitas 1 1 5
pengendalian ekspresi gen 1 5 6 protein 2 2 , 2 3
pengendalian ekspresi genetik 1 5 2 protein allosterik 1 5 8
pengendalian negatif 153, 156 protein pengendali 1 8
pengendalian positif 153,159 protein pengikat kotak TATA 1 8 1
p e n g h a m b a t a n u m p a n - b a l i k {feed-back p r o t e i n r {rho) 1 4 8
inhibition) 1 7 protein regulator 1 6 7
penulisan orientasi D N A 5 2 protein represor 1 3 9
penyakit BSE 12 protein SSB 1 0 7
penyakit Creutzfeldt-Jakob 12 prototrof 19
provirus 1 2 9
penyakit Gertsmann-Straussler-Scheinker 12
P r e s i n e r , S t a n l e y B. 1 2
p e n y a k i t scrapie 1 2
pseudogen 8 8
penyuntingan RNA 1 9 5
pulse field gel electrophoresis ( P F G E ) 3 6
peptidil transferase 2 1 6
puromisin 2 1 6
permease galaktosida 1 5 7
putar-kiri 5 5
persimpangan Holliday 2 2 9 , 2 3 7
p e r t u m b u h a n diauksik 1 5 6
Q
perubahan energi bebas 1 4
perubahan topologi DNA 1 4 7 q arm 8 2
Petroff l-lausser Bacteria Counter 1 9
Pierre C h a m b o n 1 7 1 R
pilinan negatif 7 0
Radding, Charles 2 2 9
pilinan positif 7 0
radioaktivitas 3 3
pindah silang 2 2 7
radioisotop 3 2
plasmid 10, 47, 76, 77, 118
rangkaian berulang-balik 6 9
Piatt, Terry 1 4 8
rantai berat 240, 2 4 3
P o l III 1 1 1
rantai kappa 2 4 0
pola diauksik 2 0
rantai lambda 2 4 0
poli(A) polimerase 1 9 2
rantai ringan 2 4 0
poliA 1 9 2
rantai ringan kappa 2 4 1
poliadenilasi 1 8 7
rantai ringan lambda 2 4 1
polisistronik 7 9 , 1 3 6
rantai samping 2 4
poly(A)-binding protein 1 9 3
reaksi biosintetik 1 4
polymerase chain reaction ( P C R ) 1 0 0
reaksi degradatif 1 5
primase 6 3 , 1 2 5
reaksi degradatif (katabolik) 1 4
primer 100, 1 0 1 , 122
Reiji O k a z a k i 9 9
priming 1 1 5
Reinberg 1 8 3
primosom 108, 112
rekombinasi 2 2 4
primosome assembly site ( p a s ) 1 0 8
rekombinasi genetik 4 2
prion 12
rekombinasi homolog 2 2 5
produksi ATP 15
rekombinasi khusus 231
profase 2 2 5
rekombinasi meiotik 2 3 6
prokaryot 2, 3, 8, 9
relaxed 6 9
proliferating cell nuclear antigen ( P C N A ) 1 1 6 release factors ( R F ) 2 1 6
promoter 134, 139, 140, 1 7 6 renaturasi 6 6
promoter antara 169, 1 8 4 r e n a t u r a s i {reannealing) 6 4
promoter utama 169 replikase 127, 1 2 8
proofreading 2 2 0 replikasi 9 3 , 9 4 , 9 8 , 1 1 8 , 1 2 0 , 123
replikasi dua arah 1 0 2
 replikasi lingkaran-berputar 1 2 5 s e k u e n s sinyal r e k o m b i n a s i 2 4 4
replikasi satu arah 1 0 5 sel 2 , 6 , 9
replikon 104, 1 1 9 sel m e m o r i 2 4 0
replisom 1 1 0 sel p l a s m a 2 4 0
represi katabolit 2 0 , 1 5 9 selfish D N A (Junk DNA) 6 9
represi 1 5 7 semidiskontinu 9 9
represor 153, 1 6 1 sentrifugasi 3 3
repressible system 1 5 3 sentrifugasi keseimbangan gradien-densitas 3 5
resolvase 2 5 0 sentrifugasi zonal 3 5
retikulum endoplasma 11 sentromer 8 2
retroposon 254, 2 5 5 siklus lisogenik 9 2
retrotransposon 245, 2 5 4 siklus litik 9 2
reverse gyrase 70 silencer 1 7 3
Reznikoff, William 2 5 0 silent mutation 2
ribonukleotida 1 6 7 sinapsis 2 2 5
ribosom 9, 133, 162, 2 1 0 S I N E ( s h o r t interspersed nuclear element) 2 5 8
Rich, A l e x a n d e r 5 5 single-stranded binding protein 6 3 , 2 2 7
rifampisin 1 4 5 sintesis D N A 1 0 1
RNA 4 9 sintesis secara d i s k o n t i n u 9 9
RNA (snRNA) 1 9 0 sintesis secara k o n t i n u 9 9
RNA7SK 176 s i n t e s i s u n t a i a n D N A {-<-) 1 2 6
RNA7SL 176 sinyal p e n g e n d a l i ekspresi 1 9 7
R N A ligase 1 9 2 sinyal poliadenilasi 1 7 5
RNA polimerase 100, 142, 144, 161, 169, 177 sisi Fis 1 3 8
RNA polimerase I 1 6 8 , 1 7 7 , 1 8 4 sisi j e d a 1 8 3
R N A p o l i m e r a s e II 1 7 7 , 1 8 1 , 1 8 3 sisi p e n g a t u r a n 1 8
R N A p o l i m e r a s e IIA 1 8 0 sisi p e n g i k a t a n a n t i g e n 2 4 0
R N A p o l i m e r a s e III 1 7 5 , 1 7 7 , 1 8 5 sisi t e r m i n a s i 1 2 0
R N A p o l i m e r a s e IIO 1 8 0 sitokrom 8 6
Rm splicing 1 8 7 sitotipe 2 5 6
RNase 7 2 SLl 1 8 4
Rob Benne 1 9 5 small nuclear 1 9 0
Robert Hooke 7 small ribonuclear proteins ( s n R N P ) 1 9 0
R o b e r t Levis 2 5 7 solenoid 8 2
Robert Tjian 1 8 4 Southern blotting 1 1 8
Robin Holliday 2 2 5 spacer 2 4 4
Roeder 1 8 3 spektrofotometer 19
spesifisitas 1 6
rRNA 1 3 3
spliced leader 1 9 2
S spliceosome 1 9 0
Salzman, Norman 1 1 7 splicing 1 7 4 , 1 8 7 , 1 8 8 , 1 9 0
Sanger 1 2 5 splicing signals 1 8 9
satu gen-satu polipeptida 1 4 1 Stahl, Franklin 9 4 , 9 5
satuan peta 4 4 S t a n l e y B. P r u s i n e r 1 2
scintillation counter 3 3 Stephen Jackson 1 8 6
sekuens 5 2 5 5 Stillman 1 1 7
sekuens penyisip 2 4 6 , 2 4 7 streptolidigin 1 4 7
s e k u e n s inisiasi t r a n s l a s i 1 4 1 streptomisin 2 2 0
sekuens Shine-Dalgarno 2 1 4 s t r u k t u r cointegrate 2 5 0
268 Biologi Molekular

struktur jepit rambut 1 4 2 trans-splicing 1 9 2

struktur kuaterner 2 5 transasetilase thiogalaktosida 1 5 7
struktur primer 2 4 transformasi 4 9
struktur sekunder 2 4 transkripsi 100, 133, 134, 137, 144, 167, 2 1 1
struktur tersier 2 4 transkripsi g e n kelas I 1 8 4
struktur untai putar-kanan 5 4 t r a n s k r i p s i g e n k e l a s II 1 8 1
superfamili gen 8 7 t r a n s k r i p s i g e n k e l a s III 1 8 5
superfamili imunoglobulin 8 7 transkriptase balik 1 2 9 , 2 4 5
Susumu Tonegawa 173, 244 translasi 133, 2 0 9 , 2 1 1
Svedberg 3 4 transposase 245, 246, 249, 2 5 0
Syvanen 2 5 0 transposisi 245, 2 4 7
transposon 245, 254, 257, 258
T transposon komposit 246, 248
TAF 181, 184 transposon potong-tempel 2 4 5
tanggapan humoral 2 3 9 transposon replikatif 2 4 5
tanggapan kekebalan 2 3 9 transverse alternating field electrophoresis (TAFE)
t a n g g a p a n selular 2 3 9 36
t a n g g a p a n sistem imunitas non-spesifik 2 3 9 T R A P (trp RNA-binding attenuator protein) 1 6 2
t a n g g a p a n sistem i m u n i t a s spesifik 2 3 9 Travers 1 4 5
T a t u m , E d w a r d L. 1 4 0 tRNA 133
tautan gen 4 2 tRHA charging 2 1 2
t e k n i k analisis g e n e t i k k o n v e n s i o n a l 3 8 tRNA endonuklease 1 9 2
t e k n i k blotting 3 7 Tsai 1 0 4
telomer 82, 122 tudung mRNA 1 9 4
telomerase 82, 122 t u m p u k a n (stacking) b a s a n u k l e o t i d a 5 8
tempat pengikatan lambda 2 3 3 Tuneko Okazaki 1 0 1
t e m p a t p e n g i k a t a n r i b o s o m {ribosome-binding site) t u r u n a n RF 1 2 5
214 twisting number 7 1
teori satu gen-satu enzim 1 4 0
terminator 134, 1 4 1 , 140, 148 U
terminator yang tergantung pada protein rho 1 4 8 UBF 1 8 4
terminator yang tidak tergantung pada protein rho ujung kohesif 74, 9 2
148 u j u n g l e k a t (sticky ends) 7 4 , 2 3 1
Terry Piatt 1 4 8 ukuran molekul DNA 5 7
TFIIA 1 8 1 Ullu, Elisabetta 1 7 5
TFIIB 1 8 1 unit Svedberg 2 1 0
TFIID 1 8 1 unit transkripsi 7 9
TFIIE 1 8 1 , 1 8 3 untai ganda 5 1
TFIIF 1 8 1 untaian (-)1 2 5
TFIIH 1 8 1 , 183 u n t a i a n (-i-) 1 2 5
TFIIIA 2 0 5 untaian DNA awal 9 9
TFIIJ 1 8 1 untaian DNA lambat 9 9
thymine 5 1 U R S (upstream repressing sequences) 1 7 2
tipe A 5 4 urutan DNA penyambung 241
titik akhir translasi 1 4 1 urutan nukleotida konsensus 1 3 8
titilk a w a l replikasi 9 6
Tjian, Robert 1 8 4 V
T ^ {melting temperature) 6 2 vakuola 11
topoisomerase 70, 107, 121, 234 variabilitas genetik 2 2 4
TBP 184, 186 variasi fase 2 3 5
virion 2, 6, 1 2
viroid 1 2
viruien 4 9
Virus 2, 6, 12
virus bakteri (bakteriofag) 1 2
v i r u s (|)X174 1 2 4
virus h e w a n 1 2
virus HIV 1 2 9
virus S V 4 0 1 1 7
virus T M V 1 2 6
virus t u m b u h a n 1 2
W
W a k e , R. B. 1 0 4
w a k t u inkubasi 6 6
W a l t e r Zilig 1 4 5
Walton Fangman 1 1 7
waring blender experiment 5 0
Watson 38,54, 9 4
Weiner, Alan 1 7 6
William Astbury 1
William Reznikoff 2 5 0
writhe 7 1
X
xis ( e k s i s i o n a s e ) . 2 3 5
Y
Yasuhiro Furuichi 1 9 4
Z
Zilig, W a l t e r 1 4 5
zinc-finger 1 8 5