REKAYASA GENETIKA

Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah

Genetika II
Yang Dibimbing Oleh Prof.Dr.Siti Zubaidah, M.Pd & Deni Setiawan, M.Pd

Oleh Kelompok 4:
Inaya Setiani (170341615028)
Mileni Umi R (170341615023)
Offering A 2017

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
PRODI S1 PENDIDIKAN BIOLOGI
November 2019
 REKAYASA GENETIKA

Rekayasa genetika merupakan teknik memanipulasi mareri genetik dengan cara

menambah atau menghilangkan suatu gen tertentu. Pada teknologi ini dimanfaatkan vektor
ataupun sarana lain untuk memindahkan materi genetik, seperti: injeksi mikro, fusi protoplas,
elektroporasi dan proyektil mikro. Pengembangan teknik rekayasa genetika ini dapat
meningkatkan sumber daya hayati.
Berikut merupakan definisi rekayasa genetika (genetic engineering) menurut beberapa
sumber:
1. Rekayasa genetika adalah manipulasi sifat genetik suatu organisme dengan cara
mengintroduksi atau mengeliminasi gen-gen tertentu (Miclos, dkk, 1990).
2. Rekayasa genetika adalah manipulasi genetic dalam sel untuk menghasilkan suatu sifat
yang dikehendaki yang biasanya disebut teknologi rekombinan DNA (Rasmussen, dkk,
1990).
3. Rekayasa genetika adalah teknik mengubah konstitusi genetik sel atau individu dengan
cara pemindahan selektif, insersi atau dengan modifikasi gen balik yang individual
maupun yang berupa perangkat gen (Klug, dkk, 1994).
Berdasarkan beberapa definisi tersebut dapat disimpulkan bahwasannya suatu
teknologi dapat dikatakan rekayasa genetika apabila terdapat manipulasi genetik berupa
penambahan atau penghilangan suatu gen tertentu, sedangkan beberapa contoh bioteknologi
seperti kultur sel dan jaringan tidak dikategorikan sebagai rekayasa genetika. Ada beberapa
fenomena genetik jika dicermati dapat menjadi model alami dari teknik rekayasa genetika
contohnya crossing over, gene pick up, transduksi-insersi, delesi, translokasi, fusi dan fisi.

PROSES REKAYASA GENETIKA

Teknik-Tekni Rekayasa Genetika
Menurut Smith dan Byars (1990) terdapat berbagai teknik yang digunakan dalam
teknik rekayasa genetika meliputi teknik vektor, injeksi mikro, fusi protoplas, dan
elektoporasi. Selain itu klug menambahkan juga teknik kopresipitassi kalsium pospat dan
endositosis dan dikenal pula teknik proyektil mikro. Berikut penjabaran dari masing-masing
teknik diatas:
1. Transfer Vektor
Transfer vektor merupakan cara memasukan suatu gen ke sel baru (resipien) dengan
menggunakan pembawa (carrier) khusus yang memanfaatkan proses alami seperti pada
transfer DNA oleh bakteri dan virus. Vektor yang digunakan adalah plasmid, bakteriofage
dan cosmid (russel, 1992). Secara kimiawi vektor-vektor tersebut adalah molekul DNA.
Sebagai vektor suatu molekul DNA harus memiliki sifat-sifat yang harus dimiliki DNA
seperti di bawah ini (Klug, dkk.,1994).
1. Molekul DNA mampu melekukan replikasi sendiri maupun replikasi segmen DNA yang
diinsersikan bebas dari replikasi kromosom sel inang dengan cara membuahi suatu “ori”
2. Molekul DNA harus mengandung sejumlah tapak pemutusan enzim retrisi khusus yang
bermanfaat untuk insersi segmen-segmen DNA.
3. Molekul DNA harus membuhai suatu penenda yang dapat dimanfaatkan.
4. Molekul DNA harus mudah terbebas kembali ari sel inang.
Selain sifat-sifat itu ada pula sifat lain yang diharapkan (Old dan Primrose, 1989)
1. Betar molekul rendah
2. Adanya kemampuan untukmemberikan sifat fenotip yang dipilih dengan segera pada sel
inang.

a. Plasmid
Adapun conttoh dar plasmid antara lain Psc101, ColEl dan RSF2124. Plasmid-plasmid
tersebut terbentuk secara alami in vivo. Plasmid terdapat pada E. coli (plasmid RSF 2124
merupakan derifat dari plasmid ColE1). Plasmid-plasmid itu terdapat pada E.coli
(plasmidRSF2124 merupakan derivat dari plasmid CoE1). Contoh lainnya adalah pBR322.

Gambar 1
Plasmid pBR322 (Russel, 1992)
b. Bakteriofag

Bakteriofag yang banyak digunakan dalam teknologi DNA rekombinan pada E.coli
adalah fag ƛ. Seluruh gen fag ƛ sudah diidentifikasi dan dipetakan urut-urutan genom secara
keseluruhan sudah diketahui. Seluruh derivat fag ƛ yang digunakan sebagai vektor transfer
sudah direkayasa sehingga hanya siklus titik saja. Derivat-derivat fag ƛ lebih dari 100 derivat
yang dimanfaatkan sebagai vektor dibuat dengan cara membuang berbagai bagian kelompok
gen di daerah tengah.

Gambar 2
Plasmid pUC19 (Russel, 1992)
Salah satu bakteriofag lain yang digunakan pada rekayasa gentika adalah M 13.
Materi genetik pada M 13 berupa DNA unit tunggal. Jika M 13 menginfeksi suatu sel bakteri,
DNA unting tunggal yang ada akan bereplikasi menghasilkan suatu model DNA unting ganda
yang disebut RF (Replikasi Form). Molekul RF setara dengan plasmid dan DNA asing yang
dapat diinsersikan ke tapak-tapak pemutusan enzim retriksi tunggal yang ada pada genom.
Susunan dari molekul RF terdiri dari suatu unting tunggal (+) yang mengandung satu unting
segmen DNA yang diinsersikan. Klon DNA unting tunggal yang di hasilkan oleh M 13 dapat
digunakan untuk pengurutan DNA atau sebagai templet untuk perubahan urut-urutan klon
akibat mutasi.

c. Cosmid
Kosmid adalah vektor yang dibangun di laboratorium memanfaatkan urut-urutan cos
dan fag ƛ yang berguna untuk pemasukan/pegumpulan kromosom ke dalam kepala fag dan
memanfaatkan pula urut-urutan (bagian tengah kosmid) untuk fungsi resistensi terhadap
antibiotik serta replikasi. Kosmid dirakit dan plasmid dan fag ƛ, contoh plasmid yang
digunakan adalah kosmid Pbr322.
 Gambar 3
Bagan kosmid (Russel, 1992)

d. Vektor ulang-alik (Shuttle vectors)

Selain vektor-vektor transfer seperti plasmid, bakterio fag ƛ, dan kosmid yang
digunakan untuk pengklonan DNA dalam sel E. coli, terdapat vektor lain yang dimanfaatkkan
untuk memasukkan molekul-molekul DNA rekombinan ke dalam sel prokariotik maupun
eukariotik. Vektor-vektor semacam itu disebut dengan vektor ulang alik atau shuttlr vectors.
Vektor ulang alik atau shuttlr vectors adalah vektor pengklon yang dapat bereplikasi di dalam
dua atau lebih mahkluk hidaup inang.

2. Injeksi mikro, fusi protoplas, elektroporasi, kopresipitasi kalsium fosfat dan

endositosis, serta proyeksi mikro
Pada injeksi mikro digunakan jarum mikroskopis untuk memasukkan DNA melalui
membran sel sasaran, termasuk ke dalam inti sel. Pada fusi protoplas terjadi pelarutan dua
membran sel dari sel-sel yang berbeda sehingga dua sel dapat di gabung menjadi satu,
misalnya fusi antara sel sel-sel yang di kultur dengan protoplas bakteri yang mengandung
DNA eksogen. Fusi protoplas merupakan suatu sistem transformasi yang memanfaatkan
liposom yang tersusun dari suatu lipida kationik. Pemanfaatan liposom sebagai suatu sistem
transformasi atau transfeksi yang disebut sebagai lipofeksi (lipofection).
Pada teknik elektroporasi digunakan energi listrik untuk menciptakan lubang kecil di
membran sel yang akan dimanfaatkan untuk pemindahan DNA ke dalam sel. Berkenaan
dengan elektroporasi informasi dari Old dan Primrose (1989) menyebutkan bahwa pada
pendedahan singkat kejutan listrik berkekuatan antara 4000-8000 V, sel-sel akan memperoleh
DNA eksogen dan larutan sekitar (tampaknya melalui lubang-lubang yang terbentuk sesaat
pada membran plasma) dengan kejutan listrik akan meningkatkan frekuensi efisien
transformasi (Potter dkk., 1984 dalam Old dan Primrose, 1989).
Pada teknik kopresipitasi kalsium fosfat dan endositosis tampaknya butir-butir
kopresipitas kalsium fosfat dan DNA akan masuk ke dalam sel melalui endositosis fagositosis
(Old dan Primrose, 1989). Pada teknik ini merupakan cara umum memasukkan suatu DNA
ke dalam sel-sel mamalia.
Pada teknik proyeksi mikro, materi genetik DNA ataupun RNA akan ditembakkan
ke dalam sel (Klein dkk., 1987 dalam Old dan Primrose 1989), teknik ini merupakan suatu
cara yang sama sekali baru untuk memasukkan asam nuklet ke dalam sel tumbuhan
memanfaatkan kecepatan tinggi. Pada teknik proyeksi mikro membutuhkan kultur sel
ataupun perlakuan jaringan resipien.
Berikut prosedur dasar Teknologi DNA Rekombinan menurut Klug dkk, 1994:
1. Pembuatan fragmen DNA dengan bantuan enzim nuklease retriksi yang mengenal dan
memotong molekul DNA pada urut-urutan nukleotida yang spesifik
2. Segmen-segmen digabung ke molekul DNA lain dengan bantuan vektor. Vektor dapat
bereplikasi secara otonom sehingga memfasilitasi manipulasi dan identifikasi molekul
DNA yang baru terbentuk.
3. Vektor yang sudah terinsersi segmen DNA ditransfer ke suatu sel inang. Molekul DNA
rekombinan direplikasi menghasilkan berlusin-lusin yang disebut klon-klon.
4. Segmen-segmen DNA yang diklon dapat diambil dari sel inang.
5. Sel-sel inang yang mengandung DNA rekombinan mewariskan kepada seluruh sel
turunan, menghasilkan suatu populasi sel-sel identik yang semua membawahi urut-urutan
yang dklon.
6. Secara potensial, DNA diklon dapat ditranskripsikan, RNA-d ditranslasikan serta produk-
produk gen diisolasi dan di kaji.

3. Peran Enzim Endonuklease Retriksi

Setelah kita paham prosedur dasar pada teknik DNA rekombinan, pada urutan
pertama terdapat proses yang diperantai oleh vektor enzim endonuklease untuk memotong
molekul DNA dalam rangka pembuatan fragmen DNA. Molekul DNA rekombinan tidak
dapat dibentuk tanpa bantuan enzim endunuklease restiksi. Penanaman endunuklease restiksi
diberi nama berdasarkan macam makhluk hidup tempat enzim tersebut diisolasi secara
konvensional digunakan sistem tiga huruf dalam posisi huruf miring yang diikuti dengan
suatu angka romawi. Contoh penulisannya adalah sebagai berikut: Bgl II berasal dari Bacillus
globigi, Eco RI berasasal dari E.coli strain Ry 13.
Enzim endonuklease retriksi terbagi menjadi dua kelompok atau tipe (Russel, 1992).
 Tipe I akan mengenali suatu urutan pasangan nukelotida yang spesifik pada DNA dan
selanjutnya memotong DNA pada suatu tapak tidak spesifik jauh dari urutan. Enzim
endonuklease restiksi tipe I tidak terlalu bermanfaat untuk pembentukan molekul DNA
rekombinan.
 Enzim endonuklease restiksi tipe II suatu urutan pasangan nukleotida spesifik pada DNA
namun tipe ini memotong DNA di dalam urutan (Russel,1992). Enzim endonuklease
restriksi bermanfaat untuk pembentukan molekul DNA rekombinan.
Untuk pengenalan ezim endonuklease restriksi tipe II memeliki suatu sumbu simetri
yang melewati titik tengah urutan pengenalan (Russel, 1992). Dalam urutan basa 5’ 3’
pada unting DNA sama dengan urutan basa 5’ 3’ pada komplementernya.
Peluang jumlah tapak pemutusan pada suatu DNA oleh enzim endonuklease restriksi
II dapat dihitung dalam kaitannya dengan jumlah pasangan nukleotida pada setiap urutan
pengenal, sepanjang keberadaan tiap pasangan nukleotida bersifak acak. Peluang jumlah
tersebut ditunjukkan pada tabel berikut.
Pasangan nukleotida pada tapak Probabilitas kejadian
restriksi
4 (1/4)4 = 1 dalam 256 bp
5 (1/4)5 = 1 dalam 1024 bp
6 (1/4)6 = 1 dalam 4096 bp
8 (1/4)8 = 1 dalam 65, 476 bp
 11 (1/4)11

Seleksi Klon Rekombinan

Pada urutan dari fragmen DNA restriksi yang ditranskripsikan menjadi RNA atau
membuat peta urut-urutan hasil hibridisasi dengan fragmen-fragmen restriksi. Oleh karena
itu, Southern mengembangkan suatu metode untuk mendeteksi fragmen-fragmen di dalam sel
agarose yang komplementer denga urutan RNA atau DNA tertentu, metode ini dikenal
dengan Southern Blotting. Pada inti metode ini mentransfer makro molekul dari gel yang
berarti telah di pisahkan secara elektroforesis ke suatu permukaan membran.
MANFAAT DAN RESIKO REKAYASA GENETIKA
Manfaat rekayasa genetika dapat dilihat kaitannya dengan analisis genetik, diagnosis
atas penyakit manusia, terapi gen, sidik jari DNA, serta bioteknologi (Klug dkk, 1994).
Analisis Genetika
Para ahli genetika menggunakan teknik-teknik DNA rekombinan untuk analisis
genetik (Klug dkk, 1994). Teknik-teknik ini memungkinkan pengadaan suatu kumpulan klon
yang meliputi keseluruhan klon, demikian pula memungkinkan pemetaan genetika maupun
fisik yang lengkap, serta memungkinkan penetapan urutan nukleotida dari keseluruhan
kromosom. Peta fisik yang dihasilkan memperlihatkan seluruh gen pada genom yang di
tandai oleh urutan nukleotida, tanpa pula memperhatikan mutan bahkan sering tanpa
dukungan pengetahuan awal tentang fungsi atau fenotip dari gen-gen yang dipetakan.
Diagnosis molekuler atas penyakit manusia
Pemanfaatan urutan DNA yang diklon memungkinkan pengamatan langsung terhadap
genotip dari pada pengamatan atas suatu produk gen yang belum di kenal atau yang tidak
terekspresi. Contoh deteksi molekuler dapat dilakukan atas Thelessemia dan Sickle cell
anemia.
Terapi gen
Proses terapi semacam ini di sebut terapi gen. Metode ini dikembangkan untuk
memasukkan gen ke dalam sel manusia, termasuk pemanfaatan vektor virus maupun fusi sel
dengan vesikula buatan yang mengandung urutan DNA yang diklon, transfer kimiawi yang
mendorong pengangkutan gen melewati membran sel jika sudah dilakukan.
Panduan terapi gen sudah disusun dan mencakup beberapa persyaratan (Klug dkk.,
1994) yang akan dikemukan lebih lanjut.
 Gen harus diisolasi dan ditransfer.
  Cara transfer gen yang efektif harus ada.

 Jaringan target harus dapat dicapai, sebagai contoh percobaan terapi gen yang pertama
menggunakan sel-sel darah putih ataupun prekursornya sebagai jaringan target.

 Terapingen tidak boleh menyakiti pasien dan sudah tidak ada cara terapi lain yang
efektif.

Gambar 5. Contoh Terapi Gen

Sidik Jari DNA

RFLP sudah digunakan untuk membedakan salinan gen yang normal dari yang mutasi dan
dapat digunakan sebagai penanda genetic, karena polimorfisme tersebut diwariskan dalam
pola kodominan..Fungsi RFLP yaitu untuk membedakan salinan en normal dan gen mutasi
serta sebagai penanda genetic karena polimorfisme tersebut diwariskan dalam pola kode
mutan.pola pita yang dihasilkan tatkala urutan VNTR dipotong dengan menggunakan enzim
endonuklease restriksi dan divisualisasikan dengan southerm blotting itulah yang dikenal
sebagi sidik jari DNA. Pola pita yang dihasilan berbeda dari orang per orang.

Bioteknologi

Rekayasa genetika dalam petanian menjajikan masa depan yang cerah namun ada beberapa
keterbatasan dalam analisis genetic tanaman yang disebabkan oleh :

1. pertumban tanaman yang lambat dan unsure pergantian generasi yang lama
 2. besarnya genom tanaman, termasuk banyaknya kromosom poliploid
3. memiliki “kotak kayu” yaitu dinding sel berupa selulose yang mengelilingi tanaman.
4. Kebanyakan sifat dikendalikan oleh banyak gen (multigen) sehingga sangat sulit
direkayasa dan dikendalikan

Misalnya tumbuhan memerlukan nitrogen untuk membuat protein, tetapi mereka tidak dapat
memanfaatkan secara langsung nitrogen dari udara. Fiksasi nitrogen dikendalikan oleh lebih
dari 15 gen yang berbeda dengan sistem bakteri/ tanaman. Gen- gen itu harus diletakkan
dalam kromosom tanaman agar dapat berfungsi, sedangkan ilmuwan belum menentukn cara
bagaimana meletakkan gen yang diinginkan tersebut ke lokasi yang tepat.

QUESTION AND ANSWER

Question
1. Berkaitan dengan penerapan rekayasan genetika , terapi gen adalah salah satu
alternatif pengobatan yang memanfaatkan rekayasa genetika. Pada umumnya terapi
gen dimanfaatkan untuk mengatasi penyakit kanker. Jelaskan faktor2 yang
mempengaruhi terapi gen sehingga dikatakan berhasil dalam menyembuhkan suatu
penyakit. (Millen)
2. Jelaskan mekanisme metode penyembuhan penyakit SCID dilakukan dengan terapi
gen ex-vivo! (inaya)
Answer
1. Keberhasilan terapi gen sangat dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama efisiensi
transfer dan ekspresi gen pada sel target. Transfer gen fungsional ke dalam sel target
dalam terapi gen memerlukan vektor yang kompeten dan dapat membawa gen target
dengan baik. Gen normal akan disisipkan ke dalam genom organisme untuk
menggantikan gen abnormal yang menyebabkan penyakit. Gen normal akan
disisipkan ke dalam genom organisme untuk menggantikan gen abnormal yang
menyebabkan penyakit. Menurut Misra (2013), tahapan penyisipan gen merupakan
yang paling sulit dalam keseluruhan tahapan terapi gen karena pada tahapan ini
menentukan keberhasilan terapi gen itu sendiri. Vektor yang akan digunakan untuk
penyisipan gen pada terapi gen harus memenuhi beberapa karakteristik, yaitu
memiliki spesifitas yang tinggi, mampu secara efisien menyisipkan satu atau lebih gen
dengan ukuran tertentu, tidak dikenali oleh sistem imun tubuh penderita, dan dapat
dipurifikasi dalam jumlah yang besar. Vektor pembawa gen target harus tidak dikenali
 oleh sistem tubuh penderita sehingga tidak akan menimbulkan reaksi alergi ataupun
inflamasi. Penyisipan gen target via vektor tersebut harus aman bagi penderita dan
lingkungan. Vektor penyisipan gen juga harus mampu untuk memfasilitasi ekspresi
gen target sepanjang terapi tersebut dibutuhkan, bahkan sepanjang umur penderita.
(millen)
2. Mula-mula, bagian T-cell dari sel darah putih pasien diekstrak keluar tubuh,
kemudian diisolasi. Sementara itu disiapkan gen ADA normal yang disisipkan pada
plasmid bakteri. Selain itu juga diperlukan media transfer berupa retrovirus yang telah
dilemahkan sehingga tidak berbahaya. Virus tersebut berfungsi sebagai media transfer
gen ADA agar dapat dimasukkan kedalam tubuh. Setelah tiga komponen tersebut
lengkap (T-cell pasien, retrovirus, dan gen ADA dalam plasmid bakteri), ketiganya
digabungkan sehingga terbentuklah sel darah putih yang menghasilkan gen pengkode
ADA. Sel tersebut kemudian dikultur dalam laboratorium, setelah itu diinjeksikan
kembali ke tubuh pasien.