Program Studi

TUJUAN
Agroindustri

PENGGOLONGAN MIKROORGANISME DAN TAKSONOMI MIKROBA

Capaian Pembelajaran Mata Kuliah

Setelah mempelajari mata kuliah ini mampu memahami penggolongan
organisme dan taksonomi mikroba

Capaian Pembelajaran Khusus (Pertemuan)

Mahasiswa diharapkan mampu :
1. Menjelaskan perkembangan studi mikrobiologi
2. Memahami organisasi sel
3. Menjelaskan penggolongan mikroorganisme dan taksonomi mikroba
 Program Studi
KEGIATAN BELAJAR 1
Agroindustri

Lembar Informasi 1 :

1.1. Perkembangan Studi Mikrobiologi

Mikrobiologi merupakan suatu istilah luas yang berarti studi tentang

organisme hidup yang terlalu kecil untuk dapat dilihat dengan mata telanjang.
Dalam bahasa yunani “Mikrobiologi” diartikan mitos yang berarti kecil, bios
yang artinya hidup dan logos yang artinya kata atau ilmu. Dalam konteks
pembagian ilmu modern, mikrobiologi mencakup studi tentang bakteri
(bakteriologi), jamur (mikologi), dan virus (virologi).
Awal keberadaan mikroorganisme diketahui nyata setelah ditemukannya
lensa sebagai alat pembesar. Mikroorganisme yang tidak dapat dilihat oleh mata
biasa karena ukurannya yang sangat kecil, pada tahun 1683 menjadi dapat
terlihat karena penemuan lensa oleh Antonie van Leeuwenhoek (1632-1723).
Lensa-lensa yang dibuat leeuwenhoek pada waktu itu mampu melihat benda
kecil dengan pembesaran sampai 400 x. Oleh karena itu, hasil-hasil
pengamatannya pada organisme - organisme kecil tersebut menjadi sangat
menakjubkan untuk ukuran pada zaman itu, bahkan sampai sekarang jika
didasarkan kepada sederhananya alat yang digunakan.
Robert Koch (1843 - 1910) memulai penelitian dengan pendekatan
ilmiah terhadap bidang mikrobiologi yaitu bidang mikrobiologi penyakit. Ia
membuat aturan, yang kemudian dikenal dengan nama postulat Koch, yang
digunakan untuk menetapkan bahwa mikroorganisme tertentu sebagai penyebab
penyakit atau bukan. Ada empat ketentuan di postulat Koch yaitu :
 1. Mikroorganisme tertentu yang dicurigai harus selalu dijumpai berasosiasi
dengan organisme yang sakit
2. Mikroorganisme yang dicurigai tersebut harus dapat dipisahkan (diisolasi)
dari organisme sakit dan dibiakkan menjadi biakan murni di laboratorium.
3. Biakan murni mikroorganisme yang dicurigai, akan menimbulkan penyakit
yang sama jika dengan sengaja ditularkan (diinokulasikan) kepada organisme
sejenis yang rentan (susceptible)
4. Dengan menggunakan prosedur laboratorium, mikroorganisme yang sama
harus dapat diperoleh dari organisme rentan yang sakit karena sengaja ditulari.
Dari postulat tersebut, Koch juga mengembangkan teknik membiakkan
mikroorganisme dan teknik pewarnaan pada mikroskopi mikroorganisme. Salah
satu teknik membiakkan mikroorganisme yang dikembangkan dan sangat
membantu dalam dunia mikrobiologi yaitu menemukan media tumbuh yang
padat. Media tumbuh sebelumnya yang dikembangkan oleh banyak peneliti
merupakan media cair. Digunakannya media ini memungkinkan mikroorganisme
tumbuh dengan agak berjauhan dari sesamanya dan setiap selnya berhimpun
membentuk koloni atau massa sel yang dapat dilihat oleh mata. Semua sel dalam
satu koloni sama, kesemuanya merupakan keturunan (progeni) dari satu sel
mikroorganisme yang biasanya disebut biakan murni.
1.2. Organisasi Sel
Penggolongan organisme sel menurut Chatton (1925) berdasarkan
organisasi sel. Ada dua tipe sel berdasarkan organisasinya yaitu sel eukariotik
dan sel prokariotik. Sel prokariotik membelah menjadi dua sel bebas dalam
waktu relatif singkat (dalam satu menit), jika dibandingkan dengan sel eukariotik
yang membelah dalam waktu lebih lama (dalam satuan jam atau hari). Sel
eukariotik merupakan tipe sel yang perkembangannya telah sempurna dan
dimiliki organisme tingkat tinggi seperti animalia dan plantae, maupun
mikroorganisme tingkat tinggi seperti pada fungi dan protista. Tipe sel
prokariotik merupakan tipe sel sederhana dimiliki oleh monera, yaitu bakteri dan
Cynophyceae (alga biru).
Struktur sel eukariot berbeda dengan prokariot. Ukuran sel eukariot lebih
besar dan memiliki struktur yang lebih kompleks daripada prokariot. Sel
prokariot dan eukariot memiliki perbedaan utama yaitu keberadaan membran inti
sel. Inti sel pada prokariot tidak diselubungi oleh membran inti, inti selnya
terkumpul di tengah sel. Berikut ini adalah perbandingan antara sel prokariot
dengan sel eukariot (Prescott et all, 2004:96-97)

Sel memiliki dua bagian besar yaitu nukleus dan sitoplasma. Nukleus
dipisahkan dari sitoplasma oleh membran nuklear dan sitoplasma dipisahkan dari
cairan disekelilingnya oleh membran sel. Berbagai bahan yang membentuk suatu
sel secara kolektif disebut protoplasma. Protoplasma terutama terdiri dari lima
bahan dasar yaitu : air, elektrolit, protein, lemak dan karbohidrat.
a. Air
Medium cairan utama dari sel adalah air, yang terdapat dalam konsentrasi
70-85%. Banyak bahan-bahan kimia sel larut dalam air, sedangkan yang lain
terdapat dalam bentuk suspensi atau membranous.
b. Elektrolit
Elektrolit terpenting dari sel adalah Kalium, Magnesium, Fosfat,
Bikarbonat, Natrium, Klorida dan Kalsium. Elektrolit menyediakan bahan
inorganis untuk reaksi seluller dan terlibat dalam mekanisme kontrol sel.
c. Protein
Protein memegang peranan penting pada hampir semua proses fisiologis
dan dapat diringkaskan sebagai berikut :
1. Proses enzimatik
2. Proses transport dan penyimpanan
3. Proses pergerakan
4. Fungsi mekanik
5. Proses imunologis
6. Pencetus dan penghantar impuls pada sel saraf
7. Mengatur proses pertumbuhan dan regenerasi
d. Lemak
Asam lemak yang merupakan komponen membran sel adalah rantai
hidrokarbon yang panjang, sedang asam lemak yang tersimpan dalam sel adalah
triasilgliserol, merupakan molekul yang sangat hidrofobik. Karena molekul
triasilgliserol ini tidak larut dalam air/larutan garam maka akan membentuk lipid
droplet dalam sel lemak (sel adiposa) yang merupakan sumber energi. Molekul
lemak yang menyusun membran sel mempunyai gugus hidroksil (fosfolipid dan
kolesterol) sehingga dapat berikatan dengan air sedangkan gugus yang lainnya
hidrofobik (tidak terikat air) sehingga disebut anfifatik.
e. Karbohidrat
Suatu karbohidrat tersusun atas atom C, H dan O. Karbohidrat yang
mempunyai 5 atom C disebut pentosa, 6 atom C disebut hexosa adalah
karbohidrat-karbohidrat yang penting untuk fungsi sel.
1.3. Penggolongan Mikroorganisme dan Taksonomi Mikroba
Bentuk umum mikroorganisme terdiri dari satu sel (uniseluler) seperti
pada bakteri, yeast dan mikroalga. Bentuk lain dapat berupa filamen atau batang,
yaitu rangkaian sel yang terdiri dari dua atau lebih yang menyambung seperti
rantai. Bentuk benang umumnya terdapat pada fungi (jamur benang) dan
mikroalga.
Dasar dari perkembangbiakan, penyebaran dan lingkungan yang
mempengaruhi mikroorganisme akan disampaikan per kelompok protista, fungi,
monera dan virus.
1. Protista (Alga, Protozoa)
Menurut Whittaker (1969) kelompok protista merupakan kelompok
mikroorganisme eukariotik yang mendapatkan energi dengan dua cara yaitu
absorbsi dengan ingesti (holozoic) pada protozoa dan absobsi dengan fotosintesis
pada alga.
a. Protozoa
Protozoa berasal dari bahasa Yunani, yaitu terdiri dari proto = pertama
dan zoon = binatang. Protozoa sangat berperan sebagai mata rantai makanan
untuk komunitas lingkungan aquatik, yaitu sebagai konsumen primer.
Penyebaran protozoa sangat luas yaitu stadium vegegatif atau trofik
protozoa hidup bebas dalam lingkungan aquatik, pasir, tanah, dan bahan
organik yang membusuk. Dapat ditemukan didaerah kutup sampai perairan
hangat (300C – 560C), tetapi mempunyai suhu optimum pertumbuhan antara
16 – 250C dan suhu maksimum 36 – 400C. Kisaran keasaman untuk
kehidupannya mulai dari pH 3 sampai dengan pH 9, dengan pH optimum
berkisar 6 – 8. Pada umumnya bersifat aerob obligat atau anaerob fakultatif.
b. Alga
Alga berukuran sangat bervariasi mulai dari beberapa 𝜇𝑚 sampai
bermeter-meter panjangnya. Alga bersifat fotosintetik sehingga semua alga
 mengandung klorofil dan pigmen-pigmen lain. Kebanyakan alga hidup di air
dan sebagian besar merupakan fitoplankton yang berguna sebagai sumber
makanan organisme lain dan merupakan produsen primer bahan organik atau
rantai makanan aquatik dan sumber oksigen. Sebagai organisme fotosintetik
alaga merupakan penghasil senyawa karbon organik sebanding dengan yang
dihasilkan oleh seluruh tumbuhan darat.
Alga mempunyai tiga macam pigmen fotosintetik, yaitu : klorofil,
karatenoid, dan fikobilin yang terdapat dalam kloroplas. Karatenoid
merupakan hidrokarbon tak larut dalam air, berwarna kuning, jingga atau
merah. Fikobilin atau hiloprotein merupakan senyawa kompleks protein larut
dalam air, berwarna biru atau merah.
2. Fungi (Jamur, Cendawan)
Fungi merupakan organisme heterotrofik absorbtik yang memerlukan
senyawa organik untuk sumber tenaganya. Fungi dapat hidup pada benda organik
mati maupun organisme hidup. Mereka yang hidup dari bahan organik mati
disebut saprofit dan yang hidup pada organisme hidup disebut parasit. Sebagai
parasit fungi dapat menyerang manusia, hewan dan tumbuhan.
Jamur memerlukan kelembaban yang tinggi, persediaan bahan organik, dan
oksigen untuk pertumbuhannya meskipun akan tumbuh terbaik pada suhu sekitar
suhu kamar (20 – 320C).
Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di
dalam kelompok atau takson yang sesuai. Pertama kali pengelompokan ini hanya
untuk lingkungan tumbuh-tumbuhan dan hewan, tetapi ternyata bahwa untuk
mikroba pun dapat digunakan. Umumnya berbentuk 1-sel atau sel tunggal atau
uniseluler, tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel
atau biner. Karena tidak mempunyai klorofil, bakteri hidup sebagai jasad yang
saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. Tempat hidupnya tersebar di
mana-mana, sejak di udara, di dalam tanah, didalam air, pada bahan-bahan, pada
 tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. Tingkatan taksonomi mikroba
dapat dilihat pada tabel di bawah ini :
Tabel 01. Tingkat Taksonomi
Tingkatan Resmi Contoh
Kingdom Prokaryotae
Divisi Gracilicutes
Klas Scotobacteria
Ordo Eubacteriales
Famili Entobacteriaceae
Genus Escherichia
spesies Coli
Sumber : wikipedia.com
Dengan adanya jutaan makhluk hidup di alam ini, penamaan umum akan
membingungkan karena satu nama di satu daerah mungkin menunjukkan makhluk
yang berbeda di daerah lain. Oleh karena itu, dikenal nama ilmiah bagi makhluk
hidup yang dikembangkan oleh Carolus Linnaeus pada abad ke-18. Berdasarkan tata
cara penamaan ilmiah tersebut, setiap makhluk hidup memiliki nama yang terdiri dari
dua kata berasal dari huruf Latin atau Yunani. Kata pertama merupakan nama Genus,
sedangkan kata kedua adalah nama spesies dan keduanya dituliskan dengan garis
bawah atau huruf miring. Nama genus diawali dengan huruf besar, sedangkan nama
spesies dituliskan dengan huruf kecil. Contohnya, nama bakteri Escherichia coli yang
termasuk genus Escherichia dan spesiesnya coli.
 Bakteri
Bakteri dapat ditemukan di mana-mana karena mereka dapat menyesuaikan
diri dengan berbagai lingkungan dan bisa menggunakan berbagai sumber karbon
untuk menghasilkan energi. Selain itu, bakteri mudah memperbanyak diri dengan
cara membelah diri. Menurut taksonomi, bakteri adalah makhluk bersel tunggal yang
dikategorikan ke dalam kerajaan Monera, filum Eubacteria dan kelas
Schizomutaceae. Kelas di atas, kemudian dibagi menjadi beberapa ordo. Bakteri yang
penting dalam bidang pangan umumnya termasuk ke dalam ordo Eubacteriales dan
Pseudomonadales. Penggolongan selanjutnya umumnya didasarkan pada bentuk,
ukuran, susunan (arrangement), pewarnaan Gram, motil (dapat bergerak) tidaknya,
ada tidaknya endospora, dan penampakannya sebagai koloni pada medium buatan
atau bahan pangan.
 Ukuran, Bentuk dan Susunan
Bakteri adalah sel prokariotik yang sangat kecil, berdiameter antara 0.2 - 3.0
mm, sedangkan yang berbentuk batang berukuran 0.5-15 mm. Tiga bentuk dasar
bakteri, yaitu bulat atau kokus (jamak = koki), batang atau basilus (jamak = basili)
dan spiral. Pada umumnya bakteri berbentuk kokus bisa tersusun membentuk
pasangan (diplokoki), kelompok yang terdiri dari empat sel (tetrad), kelompok
yang terdiri dari delapan sel (sarcina), rantai (streptokoki), dan bergerombol,
seperti anggur (stafilokoki). Bakteri berbentuk batang juga bisa menyusun diri
membentuk pasangan (diplobasili), atau rantai (streptobasili). Bakteri berbentuk
spiral bisa berupa batang pendek, seperti koma dan disebut vibrio, ada yang
membentuk heliks dan disebut spirila dan ada yang bergerak dengan cara
merentang (flexing) dan bergoyang (wiggling)yang disebut spirokhet. Gambar 1
menunjukkan bentuk dan susunan bakteri. Bentuk bakteri ditentukan oleh dinding
selnya.
 Pewarnaan Gram
Berdasarkan susunan dinding selnya, bakteri diklasifikasikan menjadi dua
golongan, yaitu bakteri Gram positif dan negatif. Pengelompokan ini didasarkan
pada prosedur pewarnaan Gram yang menghasilkan dua jenis bakteri yang berbeda
(lihat juga modul 1-4). Oleh karena berbeda susunan dinding selnya, kedua jenis
bakteri ini memiliki sifat ketahanan yang berbeda terhadap panas dan senyawa-
senyawa antibiotika.
 Gambar 02. Bentuk dan Susunan Mikroorganisme
 Pembentukan Endospora
Bakteri dari genus Bacillus, Clostridium, Desulfotomaculum,
Sporolactobacillus dan Sporosarcina dapat membentuk endospora. Endospora
adalah spora yang terbentuk di dalam sel bakteri, sangat refraktil, dan sangat tahan
terhadap panas, sinar ultraviolet, dan kekeringan. Dalam bidang mikrobiologi
pangan dua genus terpenting yang menghasilkan endospora adalah Bacillus dan
Clostridium. Bakteri yang memiliki endospore jika mengalami lisis akan
melepaskan sporanya yang akan tetap dorman, yaitu bertahan hidup tanpa aktivitas
metabolisme yang bisa terdeteksi. Jika kondisi lingkungan menguntungkan maka
spora tersebut bisa melakukan germinasi, yaitu kembali tumbuh sebagai sel
vegetatif yang melakukan metabolisme normal.
 Kapang
Kapang adalah mikroorganisme yang memiliki banyak sel (multiseluler) yang
pertumbuhannya pada bahan makanan umumnya berbentuk sepeti kapas (istilah
sehari-hari = jamuran) sehingga mudah diamati dengan mata. Struktur menyerupai
kapas ini disebut miselium yang tersusun oleh benang-benang atau filamen yang
disebut hifa. Jika diamati di bawah mikroskop hifa ada yang memiliki dinding
pembatas (septat) dan yang tanpa dinding pembatas (nonseptat).
 Khamir
Khamir adalah fungi bersel satu berbentuk bulat atau oval yang tidak
membentuk filamen. Khamir yang menguntungkan telah dimanfaatkan dalam
pembuatan roti, tape, bir, anggur dan cuka. Akan tetapi, kadang-kadang
pertumbuhannya tidak diinginkan karena menyebabkan kerusakan pada sauerkraut
(asinan kubis), jus buah, sirup, madu, daging, anggur, bir dan sebagainya. Pada
umumnya khamir diklasifikasikan atas dasar ciri-ciri morfologisnya, ada tidaknya
askospora, penyampaian askospora, penampakan sel vegetatifnya, cara reproduksi
aseksualnya, ada tidaknya miselium, pertumbuhan pada medium cair, warna
pertumbuhan makroskopisnya, serta ciri-ciri fisiologisnya (kebutuhan nutrien dan
sebagainya).
 Virus
Virus adalah mikroorganisme sangat kecil yang mengandung asam
deoksiribonukleat (ADN) atau asam ribonukleat (ARN) sebagai materi genetikanya,
tetapi tidak mampu melakukan metabolisme sendiri. Oleh karena itu virus disebut
sebagai parasit obligat karena tergantung dari makhluk hidup lain untuk
reproduksinya. Semua virus yang bisa ditularkan melalui makanan bersifat merugikan
dan dapat menyebabkan penyakit. Virus ditularkan dalam bentuk partikel yang inert.
 Program Studi
TUJUAN
Agroindustri

STRUKTUR SEL

Capaian Pembelajaran Mata Kuliah

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa mampu menjelaskan struktur
sel

Capaian Pembelajaran Khusus (Pertemuan)

Mahasiswa diharapkan mampu :
1. Menjelaskan morfologi mikroba
2. Menjelaskan struktur sel mikroba
3. Menjelaskan komponen-komponen sitoplasma
4. Menjelaskan endospora bakteri
 Program Studi
Kegiatan Belajar 2
Agroindustri

Lembar Informasi 2 :

A. Morfologi Mikroba
1. Koloni Bakteri
Bakteri dapat ditumbuhkan dalam suatu medium agar dan akan
membentuk penampakan berupa koloni. Koloni sel bakteri merupakan
sekelompok massa sel yang dapat dilihat dengan mata langsung. Semua sel
dalam koloni itu sama dan dianggap semua sel itu merupakan keturunan
(progeny) satu mikroorganisme dan karena itu mewakili sebagai biakan
murni.
Penampakan koloni bakteri dalam media lempeng agar menunjukkan
bentuk dan ukuran koloni yang khas, dapat dilihat dari bentuk keseluruhan
penampakan koloni, tepi dan permukaan koloni. Koloni bakteri dapat
berbentuk bulat, tak beraturan dengan permukaan cembung, cekung atau datar
serta tepi koloni rata atau bergelombang. Pada medium agar miring
penampakan koloni bakteri ada yang serupa benang (filamen), menyebar,
serupa akar dan sebagainya.
Bentuk umum mikroba terdiri dari satu sel (uiseluler) seperti pada
bakteri, ragi dan mikroalgae, dapat pula berbentuk filamen atau serat yaitu
rangkaian sel dengan jumlah lebih dari dua, berbentuk rantai seperti fungi dan
mikroalgae. Bentuk lain adalah koloni yaitu gabungan dua sel atau lebih di
dalam satu ruang seperti yang didapatkan pada mikroalgae dan bentuk
jaringan semu yaitu susunan serat membentuk jaringan seperti pada jamur.
 Bentuk umum bakteri adalah bulat (coccus) dan batang / bulat panjang
(basillus). Dari kedua bentuk umum tersebut didapatkan variasi sebagai
berikut :
1. Monococcus, kalau hanya satu-satu bentuk bulat
2. Diplococcus, kalau dua buah sel bentuk bulat berdempetan
3. Tetracoccus, kalau empat buah sel bentuk bulat berdempetan
4. Sarcina, kalau delapan buah sel, empat dibagian bawah dan empat buah sel
dibagian atas, bentuk bulat berdempetan
5. Streptococcus, kalau untaian sel lebih dari empat buah sel bentuk bulat
membentuk mata rantai
6. Stapilococcus, kalau gabungan sel labih dari empat buah sel bentuk bulat
membentuk gabungan seperti buah anggur
7. Monobasil, kalau hanya satu – satu bentuk batang
8. Diplobasil, kalau dua buah sel bentuk batang berdempetan
2. Bentuk dan Ukuran Sel Bakteri
Bentuk dan ukuran sel bakteri bervariasi, ukurannya berkisar 0,4 – 2,0
μm. Bentuk sel bakteri dapat terlihat di bawah mikroskop cahaya, dapat
berbentuk kokus (bulat), basil (batang), dan spiral. Bentuk sel kokus terdapat
sebagai sel bulat tunggal, berpasangan (diplokokkus), berantai
(streptokokkus), atau tergantung bidang pembelahan dalam empat atau dalam
kelompok seperti buah anggur (stafilokokkus).
 Gambar 03. Bentuk umum sel dan rangkaian sel bakteri

Beberapa bakteri memiliki bentuk yang berbeda dari bentuk umumnya

bakteri seperti di atas, tetapi lebih mirip dengan struktur hifa dari jamur
(fungi). Struktur bakteri dalam kelompok ini dimasukkan dalam kelompok
aktinomiset yang tubuhnya serupa hifa atau filamen dan menghasilkan spora.
Bakteri kelompok aktinomiset terkenal karena dapat menghasilkan senyawa
antimikroba berupa antibiotika, seperti : Streptomyces menghasilkan antibiotik
streptomisin.
B. Struktur Sel Mikroba
Sebagian besar sel bakteri memiliki lapisan pembungkus sel berupa
membran plasma, dinding sel yang mengandung protein dan polisakarida.
Sejumlah sel bakteri dapat membentuk kapsul dan lendir, juga flagela dan pili.
Dinding selnya merupakan struktur yang kaku berfungsi membungkus dan
melindungi protoplasma dari kerusakan akibat faktor fisik dan menjadi pengaruh
lingkungan luar seperti kondisi tekanan osmotik yang rendah.
Protoplasma terdiri dari membran sitoplasma beserta komponen-
komponen seluler yang ada di dalamnya. Beberapa jenis bakteri dapat
membentuk endospora sebagai pertahanan dikala lingkungan tidak sesuai untuk
pertumbuhannya. Struktur dinding sel dapat menentukan perbedaan tipe sel
bakteri, seperti bakteri gram positig dan gram negatif.
 Gambar 04. Gambaran umum struktur sel bakteri (Sumber : Fardiaz, 1987)
1. Flagella dan Filamen Axial
Flagela merupakan filamen protein uliran (helical) dengan panjang dan
diameter yang sama dimiliki oleh beberapa bakteri patogen untuk bergerak
bebas dan cepat (pergerakan berenang). Flagela disusun oleh tiga bagian yaitu
filamen, hook (sudut), dan basal body (bagian dasar). Bagian dasar menancap
pada membran plasma yang disusun oleh suatu tangkai serta satu atau dua
rangkaian cincin yang mengelilinginya dan berhubungan dengan membran
plasma, peptidogligan, dan pada bakteri Gram-negatif berhubungan dengan
membran luar pembungkus sel.
Berdasarkan jumlah dan lokasi pelekatan flagela, tipe flagela pada sel
bakteri menampakkan bentuk yang khas. Beberapa jenis bakteri seperti pada
Pseudomonas memiliki satu flagela pada bagian salah satu ujung sel yang
disebut monotrik. Tipe flagela yang tersusun atas banyak flagela yang
letaknya pada satu ujung sel dikenal sebagai tipe lofotrik sedangkan letak
flagela pada kedua ujung sel dinamakan tipe amfitrik. Kelompok enterobakteri
motil seperti Salmonella atau Bacillus memiliki flagela yang tersebar pada
seluruh permukaan sel disebut peritrik. Jumlah flagela setiap jenis bakteri
berbeda mulai dari sejumlah kecil pada Escherichia coli sampai beberapa
ratus per sel seperti pada Proteus.
 Gambar 05. Beberapa tipe flagel pada sel bakteri
Fungsi utama flagela pada bakteri adalah sebagai alat untuk
pergerakan. Flagela bukan merupakan alat untuk pertahanan hidup. Flagela
dapat dipisahkan dengan guncangan atau dengan putaran dalam alat pengocok
seperti sentrifuga. Sel tetap hidup dan memperoleh motilitas dengan
pertumbuhan kembali flagela. Sel bakteri berflagela dapat menghampiri
sumber nutrisi dan menghindari racun dengan menghampiri suatu
kemoatraktan atau meninggalkan senyawa yang tidak diinginkan.
2. Mikrofibril (Fimbria dan Pili Seks)
Fimbria disebut juga pili dapat diamati dengan mikroskop elektron
pada permukaan beberapa jenis sel bakteri. Fimbria merupakan mikrofibril
serupa rambut berukuran 0,004-0,008 μm. Fimbria lebih lurus, lebih tipis dan
lebih pendek dibandingkan dengan flagela. Struktur fimbria serupa dengan
flagela yang disusun oleh gabungan monomer membentuk rantai yang berasal
dari membran plasma.
Beberapa jenis bakteri memiliki protein membran. Protein membran
pada Streptococcus pyogenes grup A, diketahui sebagai faktor Virulensi yang
berpereran sebagai faktor pelekat (adhesin) pada proses kolonisasi pada
faring. Fimbria lain yang masuk kelompok protein disebut lektin dimana
ditemukan pada hewan dan tumbuhan yang berkaitan dengan gula spesifik
pada permukaan sel. Pada beberapa jenis bakteri seperti pseudomonas
aeruginosa memiliki fimbria spesifik untuk mengikat metil-D-glukosa, L-
 fruktosa atau D-mannosa pada vibrio cholera dan suatu oligosakarida
mengandung D-galaktosa pada Nesseria gonorrhoeae.
Mikrofibril bakteri gram negatif sering juga disebut pili umum
(fimbria) atau sebagai pili seks. Mikrofibril terdapat secara bebas atau secara
simultan pada sel yang sama. Pada permukaan sel tersebar sekitar 100 - 200
fimbria, hanya 1 – 4 pili seks ditemukan pada daerah tertentu. Pili seks
berfungsi untuk mendeteksi adanya antigen spesifik atau diduga untuk
menginaktifkan bakteriofaga tertentu yang menempel secara spesifik pada pili
seks.
3. Selubung Sel
Selubung sel bakteri terdiri dari membran plasma, dinding sel serta
protein khusus atau polisakarida dan beberapa bahan pelekat luar. Komponen
selubung sel sebagai lapisan pelindung yang tersusun atas beberapa lapis sel
yang umum terdapat pada sel bakteri, tersusun dari 20% atau lebih dari berat
kering sel. Selubung sel bakteri mengandung daerah transpor untuk nutrisi dan
daerah reseptor untuk virus bakteri dan bakteriosin, mempermudah interaksi
inang-parasit disamping itu sebagai tempat reaksi komplemen dan antibodi
dan sering mengandung komponen toksik untuk inang.
4. Kapsul
Kapsul bakteri adalah lapisan gelatin yang mencakup seluruh bakteri,
terdiri dari polisakarida (yaitu poly: Banyak, Polisakarida: Berarti gula)
(Pengecualian: Kapsul Bacillus anthracis terdiri dari asam D-glutamat
terpolimerisasi). Komponen gula polisakarida bervariasi dalam spesies
bakteri, yang menentukan jenis serologi mereka. Contoh: Streptococcus
pneumoniae memiliki 84 jenis serologi yang berbeda ditemukan sejauh ini.
Peran dan fungsi kapsul bakteri adalah sebagai berikut :
 Penentu virulensi: Kapsul anti fagositosis. Mereka membatasi kemampuan
fagosi tuntuk menelan bakteri. Jika bakteri patogen kehilangan kapsul (oleh
 mutasi), mereka tidak dapat menyebabkan penyakit (yaitu perubahan
bakteri patogenik).
 Identifikasi bakteri:
a. Menggunakan antiserum spesifik terhadap kapsul polisakarida.
Misalnya reaksi Quellung
b. Karakteristik koloni dalam media kultur: organisme berkapsul
membentuk koloni berlendir
 PengembanganVaksin: polisakarida kapsuler digunakan sebagai antigen
dalam vaksin tertentu. Misalnya Polisakarida kapsuler dimurnikan dari 23
jenis pneumoniae hadir dalam vaksin saat ini.
 Inisiasi infeksi: Kapsul membantu organisme untuk mengikuti sel inang.
Contoh bakteri berkapsul:
 Streptococcuspneumoniae
 Neisseria meningitidis
 Haemophilusinfluenzae
Banyak sel bakteri mengeluarkan beberapa bahan ekstraseluler dalam
bentuk kapsul atau lapisan lendir. Lapisan lendir longgar terkait dengan
bakteri dan dapat dengan mudah dibersihkan, sedangkan kapsul terpasang erat
pada bakteri dan memiliki batas-batas tertentu. Kapsul dapat dilihat di bawah
mikroskop cahaya dengan menempatkan sel-sel dalam suspensi tinta India.
Kapsul termasuk tinta akan muncul seperti lingkaran cahaya yang jelas sekitar
sel-sel bakteri. Kapsul biasanya polimer dari gula sederhana (polisakarida),
meskipun kapsul Bacillus anthracis terbuat dari asam polyglutamic.
5. Dinding sel
Dinding sel ditemukan pada semua bakteri hidup bebas kecuali pada
Mycoplasma. Dinding sel berfungsi melindungi kerusakan sel dari lingkungan
bertekanan osmotik rendah dan memelihara bentuk sel. Dinding sel bakteri
memiliki struktur yang agak kaku yang terletak di luar membran sel. Peranan
 dinding sel tersebut adalah untuk mempertahankan bentuk sel dan mencegah
sel mengalami lisis.
Komponen utama dari dinding sel bakteri adlah peptidoglikan atau
disebut juga dengan murein. Peptidoglikan merupakan suatu polimer yang
berukuran besar yang dihubungkan dengan ikatan kovalen. Peptidoglikan
terdiri dari dua macam derivat polisakarida, yakni N-
acetylglucosamine dan N-acetylmuramic acid serta asam amino seperti L-
alanine, D-alanine, dan D-glutamic acid. Pada polimer peptidoglikan
molekul N-acetylglucosamine bergantian dengan molekul N-acetylmuramic
acid yang saling berpaut silang membentuk glycan tetrapeptide (Gambar
1). glycan tetrapeptide ini melalui tetrapeptida, empat asam amino. Sebagian
besar bakteri gram positif memiliki asam amino ketiga berupa lisin sedangkan
sebagian besar bakteri negatif berupa asam diaminophimelat.

Gambar 06. Struktur Peptidoglikan pada bekteri

6. Perbedaan sel bakteri Gram-positif dan Gram-negatif
Bakteri gram negatif adalah bakteri yang tidak mempertahankan zat
warna kristal violet sewaktu proses pewarnaan Gram sehingga akan berwarna
merah bila diamati dengan mikroskop. Sedangkan gram positif akan akan
 berwarna ungu. Bakteri gram positif seperti Staphylococcus aureus hanya
mempunyai membran plasma tunggal yang dikelilingi dinding sel tebal berupa
peptidoglikan. Sekitar 90 % dari dinding sel tersebut tersusun atas
peptidoglikan sedangkan sisanya berupa molekul lain bernama asam teikhoat.
Di sisi lain, bakteri gram negatif memiliki sistem membran ganda dimana
membran plasmanya diselimuti oleh membran luar permeabel. Bakteri ini
mempunyai dinding sel tebal berupa peptidoglikan, yang terletak di antara
membran dalam dan membran luar.

Gambar 07. Dinding sel bakteri gram positif dan gram negatif
Berikut ini adalah beberapa perbedaan sifat yang dapat dijumpai antara
bakteri gram positif dan bakteri gram negatif:

Perbedaan Bakteri gram positif Bakteri gram negatif

Dinding sel:Lapisan Lebih tebal (20- Lebih tipis11-22 %

peptidoglikanKadar lipid 80nm)1-4 %

Resistensi terhadap Tidak larut Larut

alkali(1 % KOH)
Kepekaan terhadap Iodium Lebih peka Kurang peka

Toksin yang dibentuk Eksotoksin Endotoksin

Bulat, ova, batang

lurus atau melingkar
seperti tanda koma,
heliks atau filament,
Bulat, batang atau beberapa mempunyai
Bentuk sel filamen selubung atau kapsul

Pembelahan biner,
kadang-kadang
Reproduksi Pembelahan biner pertunasan

Fototrof,
Kemoorganoheterot kemolitoautotrof, atau
Metabolisme rof kemoorganoheterotrof

Resistensi terhadap tellurit Lebih tahan Lebih peka

Ada yang tahan Tidak ada yang tahan

Sifat tahan asam asam asam

Kepekaan terhadap
penisilin Lebih peka Kurang peka

Kepekaan terhadap
streptomisin Tidak peka Peka

Kebanyakan
nonmotil, bila motil
tipe flagelanya Motil atau nonmotil.
adalah petritikus Bentuk flagella dapat
Motilitas (petritrichous) bervariasi

Anggota tubuh Biasanya tidak Dapat memiliki pili,

 memiliki apandase fimbriae, tangkai

Beberapa grup dapat

membentuk Tidak dapat
Endospora endospora membentuk endospore

Penghambatan warna basa Lebih dihambat Kurang dihambat

Kebutuhan nutrien Kompleks Relatif sederhana

Ketahanan terhadap
perlakuan fisik Lebih tahan Kurang tahan

Bakteri yang termasuk ke dalam bakteri gram positif di antaranya:

 Staphylococcus
 Streptococcus
 Enterococcus
 Bacillus
 Corynebacterium
 Nocardia
 Clostridium
 Actinobacteria
 Listeria
Sedangkan bakteri yang termasuk ke dalam bakteri gram negatif jenis-
jenisnya yaitu:
 Enterobactericeae (Escherichia coli, Salmonella, Shigella)
 Pseudomonas
 Moraxella
 Helicobacter
 Stenotrophomas
  Bdellovibrio
 Bakteri asam laktat
 Legionella
 Cyanobacteria
 Sprichaeta
 Green sulfur & non-sulfur bacteria
 Alpha-proteobacteria (Wolbachia)
Kelompok bakteri gram positif dapat menghasilkan polisakarida
permukaan yang spesifik (10 – 50% dari dinding sel) dan protein yang
berhubungan dengan peptidoglikan. Polisakarida yang sangat dikenal adalah
asam teikoat (biasanya mengandung ribitol dan kadang-kadang gliserol),
sejumlah senyawa kapsul Pneumococcus dan polisakarida kelompok
Streptococcus. Bakteri gram-negatif memperlihatkan tiga lapis pembungkus
sel, yaitu : membran luar, lapisan tengah yang merupakan dinding sel atau
lapisan murein yang terdapat ruang periplasma dan membran plasma dalam.
7. Selubung bakteri tahan asam (Acid-fast) dan bakteri sejenis
Anggota dari genus Mycobacterium dan beberapa spesies Nocardia
yang berwarna merah dengan pewarna karbolfuksin dan tahan terhadap
dekolorosasi dengan alkohol-asam disebut acid-fast (tahan asam). Komponen
terwarnai tersebut berhubungan dengan adanya asam mikolat pada dinding sel
bakteri yang utuh.
Dinding sel bakteri mycobakterium tubercolosis mengandung sejumlah
peptidoglikan, arabinan, dan lipid yang seimbang. Labih dari 50% komponen
lipid merupakan asam mikolat yang teresterifikasi, sedangkan 25%
merupakan asam lemak normal.
8. Protoplas dan Sferoplas
Bakteri biasanya lisis dalam air atau serum ketika lapisan
peptidoglikan dinding sel yang kaku dilarutkan oleh lisozim atau zat lain.
Walaupun demikian jika distabilkan oleh larutan sukrosa atau garam
 hipertonik (0,2 – 0,5 M tergantung pada organisme) akan dilepaskan suatu
bagian yang berbentuk bola dan sensitif secara osmotik yang disebut
protoplas. Komponen pembungkus yang tetap ada pada bagian yang sensitif
tersebut dinamakan sferoplas. Pada saat komponen membran luar terbentuk
bakteri gram-positif umumnya membentuk protoplas sedangkan bakteri gram-
negatif menghasilkan sferoplas. Sferoplas juga dihasilkan dalam pertumbuhan
pada lingkungan hipertonik dengan adanya penghambat sintesis dinding sel
seperti penisilin.
9. Periplasma
Periplasma merupakan komponen yang terdapat diantara membran
dalam dan membran luar dari emmbran sel bakteri. Periplasma dapat diamati
pada bakteri gram-negatif tapi pada bakteri gram-positif tidak semua atau
hanya sedikit/sulit diamati. Hal ini disebabkan karena tingginya tekanan
osmotik dalam sel bakteri gram-positif (0,05 – 0,2 Pa [5 – 20 atm])
dibandingkan dengan bakteri gram-negatif (0,03 – 0,05 Pa [3 – 5 atm]).
Daerah periplasma bakteri gram-negatif bervariasi karena kondisi
pertumbuhan diantara masing – masing individu bakteri.
10. Membran Plasma
Membran plasma merupakan pembungkus sel yang terletak di bagian
dalam dari lapisan dinding sel yang kaku dan berhubungan dekat dengan
membran sitoplasma yang lembut, bersifat sangat penting untuk sel. Membran
plasma (disebut juga membran sel) adalah bagian sel yang membatasi bagian
dalam sel dengan lingkungan di sekitarnya, membran ini dimiliki oleh semua
jenis sel. Membran sel merupakan bagian terluar sel pada sel hewan dan
protozoa, namun pada sel tumbuhan dan bakteri terletak dibawah dinding sel.
Untuk mempelajari membran plasma, para peneliti menggunakan sel darah
merah sebagai objek penelitiannya. Sel darah merah digunakan karena tidak
memiliki organel-organel lain sehingga tidak mengganggu proses pemisahan
membran sel.
 Membran sel bersifat selektif permeabel, membran ini akan
menyeleksi molekul-molekul apa saja yang boleh masuk ke dalam sel.
Beberapa molekul dapat lewat dengan mudah, namun yang lain harus
melewati molekul transport atau bahkan tidak bisa lewat sama sekali.
Transportasi molekul keluar masuk sel dibedakan menjadi tanspor pasif dan
transpor aktif. Transpor pasif terjadi begitu saja tanpa membutuhkan energi,
sedangkan transport aktif membutuhkan energi.

Gambar 08. Struktur Membran Plasma

Struktur membran plasma hampir sama untuk setiap jenis sel. Struktur
membran dalam gambar di atas merupakan penggambaran untuk membran
plasma hewan. Secara struktural, membran plasma tersusun atas fosfolipid
bilayer yaitu dua lapisan lemak yang berikatan dengan fosfat. Fosfolipid
merupakan molekul yang mirip dengan kepala dan ekor. Kepala dari
fosfolipid merupakan molekul fosfat sedangkan ekornya adalah lemak.
Komponen membran plasma terdiri dari sekitar 30% atau lebih dari
berat sel. Membran mengandung 60-70% protein, 30-40% lipid, dan sejumlah
kecil karbohidrat.
C. Komponen – Komponen Sitoplasma
Sitoplasma merupakan bagian cair pada sel yang terbungkus oleh
membran sel. Setiap sel memiliki sitoplasma, tetapi struktur dari sitoplasma antar
sel ini berbeda satu dengan yang lain, tergantung dari fungsi sel tersebut. 70 –
90% sitoplasma merupakan cairan yang tidak berwarna. Selebihnya merupakan
sitoskeleton (rangka sel), dan berbagai organel. Sitoplasma merupakan salah satu
dari tiga bagian utama sel selain membran sel dan inti sel.

Gambar 09. Sitoplasma

Ada beberapa fungsi dari sitoplasma yaitu sebagai berikut :
 Sebagai perantara transportasi zat dari luar sel ke organel atau inti sel.
 Tempat berlangsungnya metabolisme dan sintesisi melalui berbagai reaksi
kimia.
 Sebagai tempat menyimpan nutrisi dan berbagai zat kimia yang dapat
digunakan untuk proses metabolisme sel.
 Pelarut untuk semua protein dan senyawa di dalam sel.
 Menjamin terjadinya pertukaran zat agar sel dapat berfungsi dengan baik.
 Memberikan bentuk pada suatu sel.
 Membantu pergerakan sel dari satu bagian ke bagian yang lain.
 Hampir semua aktivitas sel berhubungan dengan sitoplasma sel.
 Komponen utama dari sitoplasma yaitu :
1. Membran inti (bahan nukleus)
Materi inti suatu sel bakteri terdiri dari DNA dan RNA. DNA bakteri
dapat ditemukan sebagai nukleoid atau badan kromatin dengan mikroskop
cahaya dan pewarnaan Feulgen. Teknik pewarnaan langsung terhadap materi
inti, badan kromatin sulit dilihat karena RNA berkonsentrasi tinggi yang dapat
dihilangkan dengan pemberian ribonuklease sebelumnya. Badan kromatin
dapat dilihat pada semua tahap siklus pertumbuhan.
Materi inti bila dilihat dengan mikroskop elektron menampakkan
materi inti sebagai suatu jaring DNA, tidak teratur, seringkali merupakan
kumpulan paralel terhadap sumbu sel. Selama perbanyakan sel, DNA bakteri
tetap sebagai jaring kromatin yang tersebar dan tidak pernah berkumpul untuk
membentuk suatu kromosom yang tampak jelas selama pembelahan sel.
2. Ribosom
Ribosom merupakan suatu partikel sitoplasma bila diamati di bawah
mikroskop elektron terlihat suatu partikel sitoplasma kecil. Ribosom terdapat
dalam padatan sesudah protoplas setelah sel bakteri dirusak dengan
sentrifugasi 100.000 g. Ribosom bakteri berukuran 70 S (800 Kda) dan dapat
dipisahkan menjadi submit 30 S dan 50 S. Submit 30S mengandung RNA 16S
sedangkan submit 50S mengandung RNA 23S dan 5S. Jumlah ribosom
bervariasi sesuai dengan kondisi pertumbuhan yang melipitu sel tumbuh cepat
dalam medium yang sesuai, mengandung labih banyak ribosom dibandingkan
dengan sel tumbuh lambat dalam medium yang kurang memadai.
3. Granula Sitoplasma
Granula diidentifikasi dengan prosedur pewarnaan yang sesuai
menandakan adanya pengumpulan cadangan makanan termasuk polisakarida,
lemak, atau polifosfat. Granula bervariasi menurut tipe medium dan tempat
fungsional sel. Glikogen merupakan bahan cadangan utama dari bakteri
enterik (40% dari berat sel dari beberapa species). Pada beberapa spesies
 Bacillus dan Pseudomonas granula ini terdiri dari 30% atau lebih dari berat
bakteri, tersimpan sebagai poli-β-hidroksibutirat. Dengan pewarnaan
metakromatik, polifosfat juga dikenal sebagai Babes-Ernst atau granula
volutin terdapat pada Corynebacterium diphtheriae, yersinia pestis,
mycobacterium tubercolosis dan yang lainnya. Pewarnaan granula volutin
dalam berbagai warna nampak berbeda mulai dari merah sampa biru.
D. Endospora Bakteri
Endospora adalah sel bakteri yang telah mengalami diferensiasi menjadi
lebih tahan terhadap panas, zat kimia berbahaya, radiasi dan keadaan lain yang
dapat membunuh sel bakteri biasa. Endospora sendiri berasal dari kata endo yang
berarti di dalam dan spore yang berarti spora. Hal ini disebabkan oleh
kenampakan endospora bakteri yang terlihat berada di dalam dinding sel pada
pengamatan yang dilakukan menggunakan mikroskop.
Endospora khususnya dihasilkan oleh bakteri aerobik genus Bacillus dan
anaerobik ganue Clostridium. Endospora tahan terhadap keadaan lingkungan
yang merugikan seperti kering, panas, dan kurang tersedia nutrisi. Endospora
bakteri terbentuk bukan merupakan strategi reproduktif bagi bakteri tetapi
sebagai bentuk pertahanan sel ketika lingkungan tidak mendukung untuk
pertumbuhan sel vegegatifnya. Endospora sangat tahan terhadap fisik dan panas
karena dilindungi oleh beberapa lapisan korteks, eksoporium dan dinding sel
endospora. Endospora dapat berkecambah ketika berada dalam lingkungan yang
sesuai untuk pertumbuhannya. Suatu endospora bakteri juga dilengkapi dengan
materi inti sperti DNA dan ribosom yang dapat melakukan sintesis protein
sendiri ketika berkecambah.
 Program Studi
TUJUAN
Agroindustri

PERTUMBUHAN SEL DAN MIKROBA

Capaian Pembelajaran Mata Kuliah

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa mampu mengetahui
pertumbuhan sel mikroba.

Capaian Pembelajaran Khusus (Pertemuan)

Mahasiswa diharapkan mampu :
1. Menjelaskan pertumbuhan sel mikroba
2. Menjelaskan syarat pertumbuhan mikroba
3. Menjelaskan kurva pertumbuhan mikroba
 Program Studi
Kegiatan Belajar 3
Agroindustri

Lembar Informasi 3 :

A. Pertumbuhan Sel Mikroba

Pertumbuhan adalah penambahan secara teratur semua komponen sel
suatu mikroba. Pembelahan sel adalah hasil dari pembelahan sel. Pada mikroba
bersel tunggal (uniseluler), pembelahan atau perbanyakan sel merupakan
pertambahan jumlah individu. Misalnya pembelahan sel pada bakteri akan
menghasilkan pertambahan jumlah sel bakteri itu sendiri. Pada mikroba bersel
banyak (multiseluler), pembelahan sel tidak menghasilkan pertambahan jumlah
individunya, tetapi hanya merupakan pembentukan jaringan atau bertambah
besar mikrobanya. Dalam membahas pertumbuhan mikrobia harus dibedakan
antara pertumbuhan masing-masing individu sel dan pertumbuhan kelompok sel
atau pertumbuhan populasi.
1. Pertumbuhan Individu Sel
Pertumbuhan bakteri umumnya pembiakan dengan pembelahan diri
atau devisio. Jika faktor-faktor luar menguntungkan, maka setelah terjadi
pembelahan, sel-sel baru akan membesar hingga sebesar sel induk. Hal ini
dimungkinkan jika peresapan zat makanan yang terseda di dalam medium
(Dwidjoseputro, 1978).
2. Pertumbuhan populasi
Pertumbuhan dapat diamati dari meningkatnya jumlah sel atau massa
sel (berat kering sel). Pada umumnya bakteri dapat memperbanyak diri
dengan pembelahan biner, yaitu dari satu sel membelah menjadi 2 sel baru,
maka pertumbuhan dapat diukur dari bertambahnya jumlah sel. Waktu yang
diperlukan untuk membelah diri dari satu sel menjadi dua sel sempurna
 disebut waktu generasi. Waktu yang diperlukan oleh sejumlah sel atau massa
sel menjadi dua kali jumlah/massa sel semula disebut doubling time atau
waktu penggandaan. Waktu penggandaan tidak sama antara berbagai
mikrobia, dari beberapa menit, beberapa jam sampai beberapa hari tergantung
kecepatan pertumbuhannya. Kecepatan pertumbuhan merupakan perubahan
jumlah atau massa sel per unit waktu.
Inokulasi adalah teknik pemindahan mikroba dari medium yang lama
ke medium yang baru. Pemindahan biakan mikroba yang dibiakkan harus
dengan hati-hati agar tidak terjadi kontaminasi. Oleh karena itu, diperlukan
metode inokulasi dalam perkembangbiakan mikroorganisme agar
mendapatkan mikroba yang diinginkan (Dwidjoseputro, 2005). Inokulasi
merupakan pemindahan mikroorganisme dari tempat atau sumber asalnya ke
media baru yang telah dibuat sebelumnya. Dimana pada inokulasi masih
didapatkan biakan campuran berbagai jenis populasi mikroorganisme.
Metode – metode yang biasa digunakan dalam inokulasi
mikroorganisme ialah metode sebar (spread plate) dan metode tuang (pour
plate). Metode spread plate adalah suatu teknik di dalam menumbuhkan
mikroorganisme pada media agar dengan cara menuangkan kultur bakteri di
atas media agar yang telah memadat (Hadioetomo,2013). Metode pour plate
adalah teknik menumbuhkan mikroorganisme pada media agar dengan cara
meletakkan suspensi diantara media (Harley dan Presscot, 2002).
3. Pengukuran pertumbuhan
Pertumbuhan diukur dari perubahan jumlah sel atau berat kering massa
sel. Jumlah sel dapat dihitung dari jumlah sel total yang tidak membedakan
jumlah sel hidup atau mati, dan jumlah sel hidup (viable count). Jumlah total
sel mikrobia dapat ditetapkan secara langsung dengan pengamatan
mikroskopis, dalam bentuk sampel kering yang diletakkan di permukaan gelas
benda (slide) dan dalam sampel cairan yang diamati menggunakan metode
counting chamber, misalnya dengan alat Petroff-Hausser Bacteria Counter
(PHBC) untuk menghitung bakteri atau dengan alat haemocytometer untuk
menghitung khamir, spora, atau sel-sel yang ukurannya relatif lebih besar dari
bakteri. Jumlah sel hidup dapat ditetapkan dengan metode plate count atau
colony count, dengan cara ditaburkan pada medium agar sehingga satu sel
hidup akan tumbuh membentuk satu koloni, jadi jumlah koloni dianggap
setara dengan jumlah sel. Cara ini ada dua macam, yaitu metode taburan
permukaan (spread plate method) dan metode taburan (pour plate method).
Cara lain untuk menghitung jumlah sel hidup adalah dengan filter membran
dan MPN (Most Probable Number) yang menggunakan medium cair. Sampel
mikrobia yang dihitung biasanya dibuat seri pengenceran.
Pertumbuhan sel dapat diukur dari massa sel dan secara tidak langsung
dengan mengukur turbiditas cairan medium tumbuh. Massa sel dapat
dipisahkan dari cairan mediumnya menggunakan alat sentrifus (pemusing)
sehingga dapat diukur volume massa selnya atau diukur berat keringnya
(dikeringkan dahulu dengan pemanasan pada suhu 90-1100C semalam).
Umumnya berat kering bakteri adalah 10-20 % dari berat basahnya.
Turbiditas dapat diukur menggunakan alat photometer (penerusan cahaya),
semakin pekat atau semakin banyak populasi mikrobia maka cahaya yang
diteruskan semakin sedikit. Turbiditas juga dapat diukur menggunakan
spektrofotometer (optical density/ OD), yang sebelumnya dibuat kurva
standart berdasarkan pengukuran jumlah sel baik secara total maupun yang
hidup saja atau berdasarkan berat kering sel. Unit photometer atau OD
proporsional dengan massa sel dan juga jumlah sel, sehingga cara ini dapat
digunakan untuk memperkirakan jumlah atau massa sel secara tidak langsung.
Enumerasi adalah teknik yang digunakan untuk mengestimasi jumlah
mikroba dalam suatu bahan atau sampel. Tujuan dari enumerasi yaitu untuk
mengetahui cara penghitungan jumlah koloni mikroba dari suatu media yang
dibiakkan dan mengetahui jumlah mikroba yang terdapat pada sampel
makanan atau pada hal-hal yang sering kita jumpai sehari-hari. Proses
 penghitungan sel mikroba dapat dilakukan dengan beberapa metode baik
secara langsung (direct method) maupun tidak langsung (indirect method).
Perhitungan secara langsung yaitu jumlah mikroba dihitung secara
keseluruhan, baik yang mati atau yang hidup. Sedangkan perhitungan secara
tidak langsung yaitu jumlah mikroba yang dihitung hanya yang hidup saja
(Dwidjoseputro, 2005).
Prinsip dari metode hitungan cawan atau Total Plate Count (TPC)
adalah menghitung sel mikroorganisme yang masih hidup pada media agar,
sehingga mikroorganisme akan berkembang biak dan membentuk koloni yang
dapat dilihat langsung dan dihitung dengan mata tanpa menggunakan
mikroskop. Perhitungan jumlah koloni dengan metode hitung cawan (Total
Plate Count) didasarkan pada anggapan bahwa setiap sel yang dapat hidup
akan berkembang menjadi satu koloni. Persyaratan statistik metode hitung
cawan yaitu cawan yang dipilih untuk perhitungan jumlah koloni adalah yang
mengandung antara 30-300 koloni. Jumlah sel bakteri yang tumbuh pada
suatu sampel diketahui dengan menghitung jumlah koloni yang tumbuh pada
media tersebut dikalikan dengan faktor pengenceran dengan satuan coloni
forming unit (cfu/ml atau cfu/gr) (Irianto, 2013).
4. Pertumbuhan populasi mikroba
Suatu bakteri yang dimasukkan ke dalam medium baru yang sesuai
akan tumbuh memperbanyak diri. Jika pada waktu-waktu tertentu jumlah
bakteri dihitung dan dibuat grafik hubungan antara jumlah bakteri dengan
waktu maka akan diperoleh suatu grafik atau kurva pertumbuhan.
Pertumbuhan populasi mikrobia dibedakan menjadi dua yaitu biakan sistem
tertutup (batch culture) dan biakan sistem terbuka (continous culture). Pada
biakan sistem tertutup, pengamatan jumlah sel dalam waktu yang cukup lama
akan memberikan gambaran berdasarkan kurva pertumbuhan bahwa terdapat
fase-fase pertumbuhan.
 Fase pertumbuhan dimulai pada fase permulaan, fase pertumbuhan
yang dipercepat, fase pertumbuhan logaritma (eksponensial), fase
pertumbuhan yang mulai dihambat, fase stasioner maksimum, fase kematian
dipercepat, dan fase kematian logaritma. Pada fase permulaan, bakteri baru
menyesuaikan diri dengan lingkungan yang baru, sehingga sel belum
membelah diri. Sel mikrobia mulai membelah diri pada fase pertumbuhan
yang dipercepat, tetapi waktu generasinya masih panjang. Fase permulaan
sampai fase pertumbuhan dipercepat sering disebut lag phase. Kecepatan sel
membelah diri paling cepat terdapat pada fase pertumbuhan logaritma atau
pertumbuhan eksponensial, dengan waktu generasi pendek dan konstan.
Selama fase logaritma, metabolisme sel paling aktif, sintesis bahan sel sangat
cepat dengan jumlah konstan sampai nutrien habis atau terjadinya
penimbunan hasil metabolisme yang menyebabkan terhambatnya
pertumbuhan. Selanjutnya pada fase pertumbuhan yang mulai terhambat,
kecepatan pembelahan sel berkurang dan jumlah sel yang mati mulai
bertambah. Pada fase stasioner maksimum jumlah sel yang mati semakin
meningkat sampai terjadi jumlah sel hidup hasil pembelahan sama dengan
jumlah sel yang mati, sehingga jumlah sel hidup konstan, seolah-olah tidak
terjadi pertumbuhan (pertumbuhan nol). Pada fase kematian yang dipercepat
kecepatan kematian sel terus meningkat sedang kecepatan pembelahan sel nol,
sampai pada fase kematian logaritma maka kecepatan kematian sel mencapai
maksimal, sehingga jumlah sel hidup menurun dengan cepat seperti deret
ukur. Walaupun demikian penurunan jumlah sel hidup tidak mencapai nol,
dalam jumlah minimum tertentu sel mikrobia akan tetap bertahan sangat lama
dalam medium tersebut.
B. Syarat Pertumbuhan Mikroba
Pada makhluk hidup akan mengalami masa pertumbuhan dan
perkembangan, hal ini tak terkecuali dengan kelompok mikroorganisme. Berbeda
dengan kelompok makroorganisme yang mana masa pertumbuhan dan
perkembangannya dapat dengan mudah diamati kita kelompok mikroorganisme
memiliki perlakuan khusus. Dengan ukuran tubuh yang sangat kecil ( tak tampak
oleh mata ) maka kita harus lebih memperhatikan tentang kebutuhan
pertumbuhan dari kelompok mikroorganisme. Dengan memerhatikan hal-hal
yang memengaruhi pertumbuhan mikroorganisme ini sangat menguntungkan
bagi pelaku industri yang melibatkan mikroorganisme tertentu.
Pertumbuhan mikroorganisme tidak dapat didefinisikan seperti halnya
pada kelompok makroorganisme. Pertumbuhan mikroorganisme merupakan
bertambahnya jumlah sel atau pembentukan koloni mikroorganisme tersebut.
Melihat ukuran tubuh kelompok mikroorganisme yang sangat renik
mikroorganisme memiliki karakter yang lebih sensitive dibanding kelompok
makrooraganisme. Hal ini sangat memengaruhi lingkungan yang cocok bagi
pertumbuhan mikroorganisme. Setiap mikroorganisme akan memiliki syarat
lingkungan yang berbeda dalam tahapan pertumbuhan, secara general syarat-
syarat lingkungan yang memengaruhi pertumbuhan mikroorganisme antara lain :
a. Sumber energi
Untuk energi diperlukan oleh setiap organisme untuk dapat
metabolism di dalam sel tidak terkecuali pada pertumbuhan mikroorganisme.
Melihat begitu beragamnya mikroorganisme, sumber energi yang diperoleh
akan berbeda-beda. Pada dasarnya energi diperoleh dari perombakan senyawa
karbon baik secara aerob ( dengan oksigen ) ataupun anaerob. Sementara
mikroorganisme mendapatkan senyawa karbon yang digunakan sebagai
sumber energi dapat dibedakan menjadi dua kelompok :
Fototrof
Dalam hal ini merupakan kelompok mikroorganisme yang
memperoleh sumber energi ( senyawa karbon ) dengan memanfaatkan cahaya
matahari atau cahaya lain yang frekuensinya sama. Contoh dari kelompok ini
yaitu alga dan beberapa bakteri tertentu.
 Kemotrof
Untuk hal ini merupakan kelompok mikroorganisme yang
memperoleh sumber energi dengan menggunakan energi kimia yang diperoleh
dari lingkungan. Energi kimia tersebut dapat bermacam-macam seperti
nitrogen, karbon, sulfur atau methane. Contoh dari kelompok ini yaitu bakteri
dan khamir ( jamur renik ).
b. Nutrisi
Nutrisi atau sumber pangan sangat penting untuk proses pertumbuhan
mikroorganisme, seperti layaknya makroorganisme. Mikroorganisme
memiliki kebutuhan akan nutrisi untuk menopang segala aktivitas
metabolisme yang berlangsung di dalam tubuh. Nutrisi-nutrisi yang
dibutuhkan mikroorganisme biasanya lengkap ditambahkan dalam media
pertumbuhannya. Setiap mikroorganisme memiliki kekhasan akan nutrisi
tertentu dalam pertumbuhannya. Misalnya bakteri laktat akan tumbuh dengan
baik pada media dengan banyak laktosa ( susu ). Sementara bakteri gram
negatif akan sebaliknya, dengan demikian kebutuhan nutrisi tiap
mikroorganisme akan berbeda-beda. hal ini juga mencakup akan
keseimbangan mineral yang dibutuhkan oleh mikroorganisme.
c. Derajat keasaman (pH)
Dalam lingkungan akan memiliki derajat keasaman yang beda
tergantung pada komposisi di dalamnya. Hal ini akan memengaruhi
mikrooraganisme mana yang akan tumbuh dengan baik. Secara umum
mikroorganisme akan tumbuh dengan baik pada pH netral ( sekitar 7 ),
sementara ada beberapa mikroorganisme yang memiliki pH asam ataupun
basa untuk proses pertumbuhannya, berdasarkan pH optimalnya, maka
mikroorganisme dibedakan menjadi :
  Asidofilik
Merupakan kelompok mikroorganisme yang tumbuh dengan baik pada
media ( lingkungan ) yang memiliki pH asam yakni di bawah angka enam (
pH < 6 ). Kelompok ini biasanya dihuni oleh kelompok jamur serta beberapa
bakteri seperti Helicobacter pylori penyebab radang lambung yang dapat
bertahan melewati asam lambung dengan pH 2.
 Neutrofilik
Kelompok mikroorganisme dengan pH optimum netral ( pH 6-7 )
untuk pertumbuhannya, kelompok ini merupakan mikroorganisme pada
umumnya.
 Basofilik Kebalikan Dari Asidofilik
Untuk kelompok ini memiliki pH yang tinggi untuk dapat
tumbuh dengan baik. pH pertumbuhan dari kelompok basofilik yaitu di atas 7
( pH > 7 ), misalnya pada kelompok mikroba yang hidup di dasar laut kapur
atau lingkungan basa lainnya.
d. Suhu
Untuk pengaruh suhu pada pertumbuhan mikroba sangat penting,
pasalnya suhu dapat memengaruhi enzim yang membantu proses
metabolisme. Setiap mikroorganisme memiliki suhu optimum sebagai syarat
pertumbuhan, berdasarkan suhunya mikroorganisme dibedakan menjadi :
 Psikrofilik
Golongan mikroba yang tumbuh pada lingkungan dengan suhu 0
derajat celcius hingga 25 derjat celcius. Sementara itu suhu optimum
kelompok ini ialah antara 10 derajat celcius hingga 20 derajat celcius
meikroorganisme kelompok ini dapat hidup pada lingkungan yang sangat
dingin. Contoh mikroba yang dapat bertahan di lemari es.
  Mesofilik
Kelompok mikroorganisme yang tumbuh dengan baik pada suhu
antara 20 derajat celcius hingga 40 derajat celcius, suhu ini merupakan suhu
sebagian banyak mikroorganisme pada umumnya.
 Termofilik
Kelompok mikroorganisme yang tumbuh pada suhu yang tinggi yakni
optimum pada suhu antara 50 derajat celcius hingga 60 derajat celcius.
Kelompok ini ditemukan pada kawah gunung berapi atau sumber air panas
seperti bakteri belerang.
e. Air
Air merupakan komponen dasar dari organisme, air berfungsi sebagai
pelarut dan peranannya sangat erat dengan transportasi zat serta
berlangsungnya metabolism, kebutuhan air juga diperlukan bagi pertumbuhan
mikroorganisme, tanpa air maka proses metabolism akan terhalang.
f. Oksigen
Oksigen dapat memengaruhi pertumbuhan mikroba, beberapa mikroba
memerlukan oksigen untuk tumbuh sementara yang lain tidak toleren terhadap
keberadaan gas ini. Oleh karena itu berdasarkan kebutuhan oksigen
mikroorganisme dibedakan menjadi :
 Aerob
Merupakan kelompok mikroorganisme yang tumbuh memerlukan gas
oksigen bebas ( O 2 ) di alam. Aerob dapat dibedakan lagi berdasarkan tingkat
kebutuhannya yaitu :
1. Mikroaerob kelompok yang memerlukan sedikit oksigen bebas.
2. Kapnofil kelompok yang memerlukan oksigen hanya saja kebutuhan
oksigen yang terlarut dalam senyawa karbon seperti karbondioksigen lebih
besar dibanding oksigen bebas itu sendiri. contohnya seperti pada koloni
bakteri limbah.
 3. Anaerob fakultatif merupakan kelompok mikroba yang menyesuaikan
lingkungannya, ketika tersedia oksigen maka akan menjadi aerob,
sementara mampu bertahan hidup ketika oksigen bebas tidak tersedia ( fase
anerob ).
 Anaerob
Merupakan kelompok mikroba yang menggunakan oksigen yang
terlarut dalam senyawa lain, misalnya CO ( x ), NO ( x ) atau PO ( x ).
Kelompok ini justru tidak toleren terhadap oksigen bebas.
Aktivitas mikroba dipengaruhi oleh faktor-faktor lingkungannya.
Perubahan lingkungan dapat mengakibatkan perubahan sifat morfologi dan
fisiologi mikroba. beberapa kelompok mikroba sangat resisten terhadap
perubahan faktor lingkungan. Mikroba tersebut dapat dengan cepat
menyesuaikan diri dengan kondisi baru tersebut. Faktor lingkungan meliputi
faktor-faktor abiotik (fisika dan kimia), dan faktor biotik.
a. Faktor Abiotik
1. Suhu
a. Suhu pertumbuhan
Pertumbuhan mikroba memerlukan kisaran suhu tertentu. Kisaran suhu
pertumbuhan dibagi menjadi suhu minimum, suhu optimum, dan suhu
maksimum. Suhu minimum adalah suhu terendah tetapi mikroba masih dapat
hidup. Suhu optimum adalah suhu paling baik untuk pertumbuhan mikroba.
Suhu maksimum adalah suhu tertinggi untuk kehidupan mikroba. Berdasarkan
kisaran suhu pertumbuhannya, mikroba dapat dikelompokkan menjadi
mikroba psikrofil (kriofil), mesofil, dan termofil. Psikrofil adalah kelompok
mikroba yang dapat tumbuh pada suhu 0-300C dengan suhu optimum sekitar
150C. Mesofil adalah kelompok mikroba pada umumnya, mempunyai suhu
minimum 150C suhu optimum 25-370C dan suhu maksimum 45-550C.
Mikroba yang tahan hidup pada suhu tinggi dikelompokkan dalam mikroba
termofil. Mikroba ini mempunyai membran sel yang mengandung lipida
jenuh, sehingga titik didihnya tinggi. Selain itu dapat memproduksi protein
termasuk enzim yang tidak terdenaturasi pada suhu tinggi. Di dalam DNA-nya
mengandung guanin dan sitosin dalam jumlah yang relatif besar, sehingga
molekul DNA tetap stabil pada suhu tinggi.
Kelompok ini mempunyai suhu minimum 40 0C, optimum pada suhu
55-60 0C dan suhu maksimum untuk pertumbuhannya 75 0C. Untuk mikroba
yang tidak tumbuh dibawah suhu 30 0C dan mempunyai suhu pertumbuhan
optimum pada 60 0C, dikelompokkan kedalam mikroba termofil obligat.
Untuk mikroba termofil yang dapat tumbuh dibawah suhu 30 0C, dimasukkan
kelompok mikroba termofil fakultatif. Bakteri yang hidup di dalam tanah dan
air, umumnya bersifat mesofil, tetapi ada juga yang dapat hidup diatas 50 0C
(termotoleran). Contoh bakteri termotoleran adalah Methylococcus capsulatus.
Contoh bakteri termofil adalah Bacillus, Clostridium, Sulfolobus, dan bakteri
pereduksi sulfat/sulfur. Bakteri yang hidup di laut (fautotrof) dan bakteri besi
(Gallionella) termasuk bakteri psikrofil.
b. Suhu tinggi
Apabila mikroba dihadapkan pada suhu tinggi diatas suhu
maksimum, akan memberikan beberapa macam reaksi.
1. Titik kematian thermal, adalah suhu yang dapat memetikan spesies
mikroba dalam waktu 10 menit pada kondisi tertentu.
2. Waktu kematian thermal, adalah waktu yang diperlukan untuk membunuh
suatu spesies mikroba pada suatu suhu yang tetap. Faktor-faktor yang
mempengaruhi titik kematian thermal ialah waktu, suhu, kelembaban,
spora, umur mikroba, pH dan komposisi medium.
c. Suhu rendah
Apabila mikroba dihadapkan pada suhu rendah dapat menyebabkan
gangguan metabolisme. Akibat yang dapat ditumbulkan yaitu :
1. Cold shock, adalah penurunan suhu yang tiba-tiba menyebabkan kematian
bakteri, terutama pada bakteri muda atau pada fase logaritmik,
2. Pembekuan (freezing), adalah rusaknya sel dengan adanya kristal es di
dalam air intraseluler,
3. Lyofilisasi , adalah proses pendinginan dibawah titik beku dalam keadaan
vakum secara bertingkat. Proses ini dapat digunakan untuk mengawetkan
mikroba karena air protoplasma langsung diuapkan tanpa melalui fase cair
(sublimasi).
2. Kandungan air (pengeringan)
Setiap mikroba memerlukan kandungan air bebas tertentu untuk
hidupnya, biasanya diukur dengan parameter aw (water activity) atau
kelembaban relatif. Mikroba umumnya dapat tumbuh pada aw 0,998-0,6.
bakteri umumnya memerlukan aw 0,90-0,999. Mikroba yang osmotoleran
dapat hidup pada aw terendah (0,6) misalnya khamir Saccharomyces rouxii.
Aspergillus glaucus dan jamur benang lain dapat tumbuh pada aw 0,8. Bakteri
umumnya memerlukan aw atau kelembaban tinggi lebih dari 0,98, tetapi
bakteri halofil hanya memerlukan aw 0,75. Mikroba yang tahan kekeringan
adalah yang dapat membentuk spora, konidia atau dapat membentuk kista.
3. Tekanan osmosis
Tekanan osmosis sebenarnya sangat erat hubungannya dengan
kandungan air. Apabila mikroba diletakkan pada larutan hipertonis, maka
selnya akan mengalami plasmolisis, yaitu terkelupasnya membran sitoplasma
dari dinding sel akibat mengkerutnya sitoplasma. Apabila diletakkan pada
larutan hipotonis, maka sel mikroba akan mengalami plasmoptisa, yaitu
pecahnya sel karena cairan masuk ke dalam sel, sel membengkak dan
akhirnya pecah. Berdasarkan tekanan osmosis yang diperlukan dapat
dikelompokkan menjadi beberapa kelompok mikroba yaitu :
1. mikroba osmofil, adalah mikroba yang dapat tumbuh pada kadar gula
tinggi,
2. mikroba halofil, adalah mikroba yang dapat tumbuh pada kadar garam
halogen yang tinggi,
3. mikroba halodurik, adalah kelompok mikroba yang dapat tahan (tidak mati)
tetapi tidak dapat tumbuh pada kadar garam tinggi, kadar garamnya dapat
mencapai 30 %. Contoh mikroba osmofil adalah beberapa jenis khamir.
Khamir osmofil mampu tumbuh pada larutan gula dengan konsentrasi lebih
dari 65 % wt/wt (aw = 0,94). Contoh mikroba halofil adalah bakteri yang
termasuk Archaebacterium, misalnya Halobacterium. Bakteri yang tahan
pada adar garam inggi, umumnya mempunyai kandungan KCl ang tinggi
dalam selnya. Selain itu bakteri ini memerlukan konsentrasi Kalium yang
tinggi untuk stabilitas ribosomnya. Bakteri halofil ada yang mempunyai
membran purple bilayer, dinding selnya terdiri dari murein, sehingga tahan
terhadap ion Natrium.
4. Ion-ion dan listrik
a. Kadar ion hidrogen (pH)
Mikroba umumnya menyukai pH netral (pH 7). Beberapa bakteri
dapat hidup pada pH tinggi (medium alkalin). Contohnya adalah bakteri
nitrat, rhizobia, actinomycetes, dan bakteri pengguna urea. Hanya beberapa
bakteri yang bersifat toleran terhadap kemasaman, misalnya Lactobacilli,
Acetobacter, dan Sarcina ventriculi. Bakteri yang bersifat asidofil misalnya
Thiobacillus. Jamur umumnya dapat hidup pada kisaran pH rendah.
Apabila mikroba ditanam pada media dengan pH 5 maka pertumbuhan
didominasi oleh jamur, tetapi apabila pH media 8 maka pertumbuhan
didominasi oleh bakteri.
Berdasarkan pH-nya mikroba dapat dikelompokkan menjadi 3
yaitu(a) mikroba asidofil, adalah kelompok mikroba yang dapat hidup pada
pH 2,0-5,0, (b) mikroba mesofil (neutrofil), adalah kelompok mikroba yang
dapat hidup pada pH 5,5-8,0, dan (c) mikroba alkalifil, adalah kelompok
mikroba yang dapat hidup pada pH 8,4-9,5.
b. Buffer
Untuk menumbuhkan mikroba pada media memerlukan pH
yang konstan, terutama pada mikroba yang dapat menghasilkan asam.
Misalnya Enterobacteriaceae dan beberapa Pseudomonadaceae. Oleh
karenanya ke dalam medium diberi tambahan buffer untuk menjaga agar
pH nya konstan. Buffer merupakan campuran garam mono dan dibasik,
maupun senyawa-senyawa organik amfoter. Sebagai contoh adalah buffer
fosfat anorganik dapat mempertahankan pH diatas 7,2. Cara kerja buffe
adalah garam dibasik akan mengadsorbsi ion H+ dan garam monobasik
akan bereaksi dengan ion OH
c. Ion-ion lain Logam berat seperti Hg, Ag, Cu, Au, dan Pb pada kadar
rendah dapat bersifat meracun (toksis).
Logam berat mempunyai daya oligodinamik, yaitu daya bunuh
logam berat pada kadar rendah. Selain logam berat, ada ion-ion lain yang
dapat mempengaruhi kegiatan fisiologi mikroba, yaitu ion sulfat, tartrat,
klorida, nitrat, dan benzoat. Ion-ion tersebut dapat mengurangi
pertumbuhan mikroba tertentu. Oleh karena itu sering digunakan untuk
mengawetkan suatu bahan, misalnya digunakan dalam pengawetan
makanan. Ada senyawa lain yang juga mempengaruhi fisiologi mikroba,
misalnya asam benzoat, asam asetat, dan asam sorbat.
d. Listrik
Listrik dapat mengakibatkan terjadinya elektrolisis bahan
penyusun medium pertumbuhan. Selain itu arus listrik dapat menghasilkan
panas yang dapat mempengaruhi pertumbuhan mikroba. Sel mikroba dalam
suspensi akan mengalami elektroforesis apabila dilalui arus listrik. Arus
listrik tegangan tinggi yang melalui suatu cairan akan menyebabkan
terjadinya shock karena tekanan hidrolik listrik. Kematian mikroba akibat
shock terutama disebabkan oleh oksidasi. Adanya radikal ion dari ionisasi
radiasi dan terbentuknya ion logam dari elektroda juga menyebabkan
kematian mikroba.
e. Radiasi
Radiasi menyebabkan ionisasi molekul-molekul di dalam
protoplasma. Cahaya umumnya dapat merusak mikroba yang tidak
mempunyai pigmen fotosintesis. Cahaya mempunyai pengaruh germisida,
terutama cahaya bergelombang pendek dan bergelombang panjang.
Pengaruh germisida dari sinar bergelombang panjang disebabkan oleh
panas yang ditimbulkannya, misalnya sinar inframerah. Sinar x (0,005-1,0
Ao), sinar ultra violet (4000-2950 Ao), dan sinar radiasi lain dapat
membunuh mikroba. Apabila tingkat iradiasi yang diterima sel mikroba
rendah, maka dapat menyebabkan terjadinya mutasi pada mikroba.
f. Tegangan muka
Tegangan muka mempengaruhi cairan sehingga permukaan
cairan tersebut menyerupai membran yang elastis. Seperti telah diketahui
protoplasma mikroba terdapat di dalam sel yang dilindungi dinding sel,
maka apabilaada perubahan tegangan muka dinding sel akan
mempengaruhi pula permukaan protoplasma. Akibat selanjutnya dapat
mempengaruhi pertumbuhan mikroba dan bentuk morfologinya. Zat-at
seperti sabun, deterjen, dan zat-zat pembasah (surfaktan) seperti Tween80
dan Triton A20 dapat mengurangi tegangan muka cairan/larutan.
Umumnya mikroba cocok pada tegangan muka yang relatif tinggi.
g. Tekanan hidrostatik
Tekanan hidrostatik mempengaruhi metabolisme dan
pertumbuhan mikroba. Umumnya tekanan 1-400 atm tidak mempengaruhi
atau hanya sedikit mempengaruhi metabolisme dan pertumbuhan mikroba.
Tekanan hidrostatik yang lebih tinggi lagi dapat menghambat atau
menghentikan pertumbuhan, oleh karena tekanan hidrostatik tinggi dapat
menghambat sintesis RNA, DNA, dan protein, serta mengganggu fungsi
 transport membran sel maupun mengurangi aktivitas berbagai macam
enzim.Tekanan diatas 100.000 pound/inchi2 menyebabkan denaturasi
protein. Akan tetapi ada mikroba yang tahan hidup pada tekanan tinggi
(mikroba barotoleran), dan ada mikroba yang tumbuh optimal pada tekanan
tinggi sampai 16.000 pound/inchi2 (barofil). Mikroba yang hidup di laut
dalam umumnya adalah barofilik atau barotoleran. Sebagai contoh adalah
bakteri Spirillum.
h. Getaran
Getaran mekanik dapat merusakkan dinding sel dan membran sel
mikroba. Oleh karena itu getaran mekanik banyak dipakai untuk
memperoleh ekstrak sel mikroba. Isi sel dapat diperoleh dengan cara
menggerus sel-sel dengan menggunakan abrasif atau dengan cara
pembekuan kemudian dicairkan berulang kali. Getaran suara 100-10.000 x/
detik juga dapat digunakan untuk memecah sel.
b. Faktor Biotik
Di alam jarang sekali ditemukan mikroba yang hidup sebagai biakan
murni, tetapi selalu berada dalam asosiasi dengan mikroba-mikroba lain.
Antar mikroba dalam satu populasi atau antar populasi mikroba yang satu
dengan yang lain saling berinteraksi.
1. Interaksi dalam satu populasi mikroba. Interaksi antar mikrba dalam satu
populasi yang sama ada dua macam, yaitu interaksi positif maupun negatif.
Interaksi positif menyebabkan meningkatnya kecepatan pertumbuhan
sebagai efek sampingnya. Meningkatnya kepadatan populasi, secara teoritis
meningkatkan kecepatan pertumbuhan. Interaksi positif disebut juga
kooperasi. Sebagai contoh adalah pertumbuhan satu sel mikroba menjadi
koloni atau pertumbuhan pada fase lag (fase adaptasi). Interaksi negatif
menyebabkan turunnya kecepatan pertumbuhan dengan meningkatnya
kepadatan populasi. Misalnya populasi mikroba yang ditumbuhkan dalam
substrat terbatas, atau adanya produk metabolik yang meracun. Interaksi
 negatif disebut juga kompetisi. Sebagai contoh jamur Fusarium dan
Verticillium pada tanah sawah, dapat menghasilkan asam lemak dan H2S
yang bersifat meracun.
2. Interaksi antar berbagai macam populasi mikroba. Apabila dua populasi
yang berbeda berasosiasi, maka akan timbul berbagai macam interaksi.
Interaksi tersebut menimbulkan pengaruh positif, negatif, ataupun tidak ada
pengaruh antar populasi mikroba yang satu dengan yang lain.
C. Kurva Pertumbuhan Mikroba
Secara umum, tumbuh atau pertumbuhan suatu jasad diartikan sebagai
penambahan massa ukuran, maupun jumlah sel jasad. Secara singkat hubungan
antara pertumbuhan dan perbanyakan sel sebagai berikut:
1. Pertumbuhan dengan pembelahan atau budding yang menghasilkan
perbanyakan jasad, seperti halnya terjadi pad bakteri dan ragi
2. Pembelahan yang menyebabkan adanya pertumbuhan, tetapi tidak
menghasilkan perbanyakan jasad ini terjadi pada jasad tingkat tinggi.
3. Pertumbuhan yang memanjang, tetapi tidak menghasilkan perbanyakan jasad.
Ini terjadi pada jamur dengan tipe filament coenocitik (phikomycetes).
4. Pertumbuhan yang memanjang dengan pembentukan sekat (septa) dan
fragmentasi, yang menghasilkan perbanyakan jasad. Ini terjadi pada jamur
yang mempunyai tipe filament bersepta.
Jika sejumlah sel mikroba (contohnya:Bakteri) ditanam kembali kedalam
suatu medium baru, maka sel-sel bakteri tersebut tidak akan segera membelah
diri. Bila pada waktu-waktu tertentu jumlah populasi bakteri tersebut tidak akan
segera membelah diri.
Bila pada waktu-waktu tertentu jumlah populasi bakteri tersebut dihitung
dan hasilnya di plot dalam grafik hubungan antara jumlah sel dengan waktu
generasi (waktu yang dibutuhkan sampai populasi selnya menjadi dua kali lipat)
yang sangat pendek, lazimnya jumlah populasi selnya dinyatakan dalam
logaritma jumlah.
 Gambar 10. Kurva Pertumbuhan Mikroba
Kurva yang menunjukkan logaritma dari kerapatan populasi sel. Titik
vertikal menunjukkan batas-batas setiap fase pertumbuhan: 1. Fase permulaan; 2.
Fase pertumbuhan di percepat; 3. Fase logaritma; 4. Fase pertumbuhan mulai
terhambat; 5. fase stationer maksimum; 6.fase kematian dipercepat; dan 7. fase
kematian logaritma.
 Fase pertama yaitu Fase permulaan:
Dikenal pula dengan initial phase atau lag phase atau laten phase.
Dalam fase ini bakteri belum mengadakan perbanyakan sel, bahkan sebagian
sel bakteri mati, hingga hanya sel yang kuat saja yang bertahan hidup. Ukuran
sel membesar yang disebabkan oleh adanya pemasukan air imbibisi ke dalam
sel. Secara teoritis, keadaan laten atau lag dari populasi bakteri ini diakibatkan
oleh pasokan metabolit yang tidak mencukupi, atau oleh tidak aktifnya suatu
enzim hingga keseluruhan metabolisme terhambat. Ini disebabkan oleh
keberadaan sel bakteri dalam lingkungan baru sehingga sel harus menyesuaikan
diri dalam lingkungan yang baru tersebut.
Disamping itu, secara khusus ada dua peristiwa lain yang
memungkinkan terjadinya fase ini, yaitu:
 1. Fase lag yang terjadi karena pembentukan enzim induktif
2. Fase lag yang terjadi karena germinasi spora
 Fase kedua Fase Pertumbuhan
Fase pertumbuhan yang dipercepat (Accelarated Growth Phase)
Selama fase ini, sel bakteri belum memperbanyak diri. Kecepatan pertumbuhan
makin lama makin meningkat.
Bila kecepatan pertumbuhan diberikan dalam term waktu generasi
(doubling time, td, yaitu waktu yang dibutuhkan populasi sel untuk melipatkan
jumlahnya menjadi dua kali lipat, maka waktu generasinya makin lama makin
pendek). Sedangkan kecepatan pertumbuhan dinyatakan dalam kecepatan
tumbuhnya makin lama x dt tinggi. Secara individual makin lama ukuran sel
makin mendekati maksimum. Ini disebabkan oleh adanya kemasukan air
imbibisi dan adanya permulaan aktivitas metabolisme.
 Fase Ketiga Fase Logaritma
Fase logaritma (Logaritmic phase atau exponensial phase) Selama fase
ini kecepatan pertumbuhan populasi sel berjalan maksimum dan konstan seperti
terlihat pada gambar sinstesis bio massa, sangat tepat bila digambarkan dengan
term logaritma, apabila kecepatan sintesisnya dinyatakan dengan kecepatan
pertumbuhan spesifik, μ seperti dinyatakan diatas.
X= XoOμt
X dan Xo adalah konsentrasi sel (g/l) pada waktu 0 dan t jam nilai μ sangat
tergantung pada spesies dan strain mikroba, serta kondisi lingkungan kultur
mikroba tersebut. Dalam kondisi kultur yang optimum, sel mikroba mengalami
kecepatan reaksi metabolisme yang maksimum. Ditinjau dari sel bakteri secara
individual, ukuran sel justru pada waktu ukuran yang minimum, dengan
ketebalan dinding sel yang minimum. Ini disebabkan oleh sangat aktifnya sel
membelah diri. hingga sintesis makromolekul dari komponen sel pun berlomba
dengan waktu.
 Bila populasi sel yang sedang mengalami fase ini dipindahkan ke
dalam medium baru, dengan komposisi nutrient yang sama dengan kondisi
lingkungan yang sama, maka dalam medium baru populasi ini akan langsung
mengalami fase logaritma. Jadi tidak mengawali pertumbuhan dengan fase
permulaan dan fase pertumbuhan dipercepat.
 Fase Keempat Fase pertumbuhan terhambat
Fase Pertumbuhan yang mulai terhambat (Phase of negative
accelerated growth) Dimulai dari awal fase ini, kecepatan pertumbuhan makin
lama makin menurun.
Penghambatan pertumbuhan diakibatkan oleh berbagai sebab. DAlam
banyak hal. penurunan kecepatan pertumbuhan ini diakibatkan oleh kehabisan
nutrisi. Tetapi sering terjadi walaupun pasokan nutrisi diberikan dengan cukup,
penurunan kecepatan pertumbuhan tetap berjalan.
Umumnya ini disebabkan oleh akumulasi substansi toksik hasil
metabolisme sel yang menghambat dapat menghambat pertumbuhan sel.
Substansi ini memungkinkan pula menyebabkan represi terhadap kerja sistem
sintesis enzim, yang mengakibatkan terhentinya transkripsi kode genetik dari
gen tertentu hingga pembentukan enzim baru terhenti sama sekali. Selanjutnya
perubahan kondisi lingkungan, seperti perubahan pil yang tajam sebagai akibat
metabolisme sel, dapat mengakibatkan penghambatan terhadap pertumbuhan
sel.
 Fase stasioner
Selama fase ini kecepatan pertumbuhan adalah nol. Walaupun
demikian, tidak berarti tidak terjadi pertumbuhan sel. Jumlah pembentukan sel
baru sebagai hasil reproduksi, seimbang dengan jumlah sel yang mati selama
fase ini. Oleh karena itu, ekspresi dalam grafik linear dan sejajar selama fase
ini, menggunakan cadangan makanan yang ada di dalam protoplasma sebagai
building blocks pembangun sel yang baru.
 Fase kematian dipercepat dan fase kematian logaritma
Kedua fase ini biasanya dijadikan satu menjadi fase yang menurun
(phase of decline). Selama fase ini jumlah sel yang hidup makin lama makin
menurun, sedangkan jumlah kematian sel makin banyak. Kematian ini,
disebabkan oleh kondisi lingkungan yang makin memburuk, terutama sekali
oleh makin banyaknya akumulasi hasil metabolisme yang toksik terhadap sel.
Lamanya fase ini tergantung pada kondisi lingkungannya sendiri.
 Program Studi
TUJUAN
Agroindustri

KONSEP METABOLISME MIKROBA

Capaian Pembelajaran Mata Kuliah

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa mampu mengetahui konsep
metabolisme mikroba.

Capaian Pembelajaran Khusus (Pertemuan)

Mahasiswa diharapkan mampu :
1. Menjelaskan pengertian metabolisme
2. Menjelaskan konsep dasar metabolisme
3. Menjelaskan proses metabolisme pada organisme
 Program Studi
Kegiatan Belajar 4
Agroindustri

Lembar Informasi 4 :

A. Pengertian Metabolisme
Metabolisme adalah kegiatan yang sangat penting untuk dilakukan oleh
setiap makhluk hidup, begitu juga mikroorganisme. Melalui kegiatan
metabolisme, setiap makhluk hidup mampu mengorganisasikan berbagai molekul
kimia di dalam tubuhnya dan mengkoordinasikan berbagai reaksi kimia.
Metabolisme secara garis besar terbagi menjadi katabolisme dan anabolisme.
Katabolisme merupakan reaksi metabolisme yang bersifat mengurai senyawa
kimia tertentu dan melepaskan energi selama proses berlangsung. Sebaliknya,
anabolisme merupakan reaksi yang menggunakan energi untuk meyintesis
senyawa kimia yang lebih besar dari senyawa kimia yang lebih kecil (Madigan
dkk. 2011).
Metabolisme ialah semua reaksi yang mencakup semua proses kimiawi
yang terjadi di dalam sel yang menghasilkan energi dan menggunakan energi
untuk sintesis komponen-komponen sel dan untuk kegiatan-kegiatan seluller.
Seperti untuk pertumbuhan, pembelahan sel, pembaruan komponen sel, dan lain-
lain. Kegiatan kimiawi yang dilakukan oleh sel amatlah rumit, bergamnya bahan
yang digunakan sebagai unsur nutrisi oleh sel. Dalam melakukan setiap aktivitas
sel dalam tubuh sangatlah berkaitan erat dengan kerja enzim sebagai substansi
yang ada dalam sel yang jumlahnya amat kecil dan mampu menyebabkan
terjadinya perubahan-perubahan yang berkaitan dengan proses-proses seluller
dan kehidupan. Semua aktivitas metabolisme prosesnya dikatalisis oleh enzim.
Jadi kehidupan tidak akan terjadi tanpa adanya enzim dalam tubuh mahluk hidup.
 Bakteri dapat merubah zat kimia dan energi radiasi kebentuk yang
berguna untuk kehidupannya melalui proses respirasi, fermentasi, dan
fotosintesis. Dalam respirasi, molekul oksigen adalah penerima elektron utama,
sementara dalam fermentasi molekul bahan makanan biasanya pecah menjadi
dua bagian, dimana yang satu kemudian dioksidasi oleh yang lainnya. Dalam
fotosintesis, energi cahaya diubah menjadi energi kimia. Bagaimanapun, dalam
semua jenis sel, dan tanpa menghiraukan mekanisme yang digunakan untuk
mengekstrak energi, reaksi tersebut diiringi oleh pembentukan Adenosine
Triphosphate (ATP). ATP adalah perantara yang umum (reaktan) baik dalam
reaksi yang menghasilkan energi maupun reaksireaksi yang membutuhkan
energi, dan pembentukannya memerlukan mekanisme dimana energi yang
tersedia dapat disalurkan kedalam reaksi biosintesis dari sel yang memerlukan
energi. Aktivitas metabolime bakteri sangat tinggi, seperti diwujudkan dengan
tingkat katabolisme dan pembelahan sel yang sangat tinggi. Evolusi panas
sehubungan dengan proses ini jauh lebih besar daripada organisme lain. Karena
panas yang dihasilkan selama metabolisme tidak tersedia untuk aktifitasnya,
bakteri secara umum lebih tidak efisien sebagai pengubah energi bebas daripada
sebagai organisme yang tingkat metabolismenya lebih lambat.
B. Konsep Dasar Metabolisme
Metabolisme adalah keseluruhan reaksi kimia yang terjadi di dalam tubuh
organisme. Metabolisme terdiri dari reaksi-reaksi perombakan/ penguraian
(katabolisme) dan reaksi-reaksi penyususnan (Anabolisme). Reaksi di dalam
tubuh dibantu oleh enzim (biokatalisator). Enzim adalah zat yang mempercepat
reaksi tetapi tidak ikut bereaksi. Enzim merupakan suatu protein, bekerja secara
khusus, diperlukan dalam jumlah sedikit, dapat bekerja bolak-balik (reversibel),
kerjanya dipengaruhi pH, suhu, hasil akhir, dan zat pennghambat (inhibitor).
Katabolisme merupakan reaksi penguraian dari senyawa kompleks
menjadi lebih sederhana. Biasanya penguraian senyawa di dalam tubuh makhluk
hidup menghasilkan energi dalam bentuk ATP. Contoh katabolisme adalah
 respirasi, yaitu proses penguraian senyawa untuk menghasilkan energi. Respirasi
yang memerlukan oksigen bebas disetrut respirasi aerobik, sedangkan respirasi
yang tidak memerlukan oksigen bebas disebut respirasi anaerobik. Respirasi
anaerobik misalnya fermentasi (peragian). Reaksi anaerobik lebih sederhana,
tidak melalui reaksi antara, basil akhirnya berupa alkohol atau asam laktat.
Anabolisme adalah reaksi-reaksi penyusunan dari senyawa sederhana
menjadi senyawa yang lebih kompleks. Contohnya fotosintesis dan
kemosintesis.Fotosintesis adalah reaksi penyusunan bahan organik (gula,
amilum) dari bahan anorganik (karbondioksida, air) oleh klorofil dengan
pertolongan energi matahari. Dalam fotosintesis dihasilkan gula atau amilum,
oksigen, dan air Proses fotosintesis berlangsung melalui dua macam reaksi, yaitu
reaksi terang dan reaksi gelap.
Kemosintesis adalah reaksi penyusunan bahan organik oleh sel dengan
menggunakan energi dari reaksi kimia. Beberapa mikroorganisme seperti bakteri
belerang, bakteri nitrit, nitrat dan besi dapat melakukan kemosintesis.
Respirasi dilakukan oleh semua makhluk hidup, baik siang ataupun
malam hari. Fotosintesis hanya dapat dilakukan oleh tumbuhan hijau jika ada
cahaya, baik siang maupun malam hari.
C. Metabolisme Pada Mikroorganisme
Metabolisme (bahasa Yunani : µεταβολισµος, metabolismos, perubahan)
adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme. Metabolisme terbagi
atas dua yaitu katabolisme dan anabolisme.
Anabolisme adalah penyusunan/pengambilan zat makanan, pembentukan
karbohidrat yang membutuhkan energi dan sintetis protoplasma. Merupakan
sintesis protoplasma yang meliputi proses sintesa makromolekul seperti asam
nukleat, lipida dan polisakarida, dan penggunaan energi yang dihasilkan dari
proses katabolisme.
Katabolisme adalah penguraian bahan organik kompleks menjadi bahan
organik yang lebih sederhana, pembentukan energi dengan menguraikan
karbohidrat melalui reaksi oksidasi substrat. Merupakan oksidasi substrat yang
diiringi dengan terbentuknya energi, meliputi proses degradasi sebagai reaksi
penguraian bahan organik kompleks menjadi bahan organik sederhana atau
bahan anorganik yang menghasilkan energi dalam bentuk ATP.
Jadi, secara sederhana dapat dikatakan bahwa anabolisme adalah
pembentukan senyawa yang memerlukan energi (Rekasi endergonik). Misalnya
pada fotosintesis yang membentuk C6G12O5 dari CO2 DAN H2O. Sedangkan
katabolisme adalah penguraian senyawa yang menghasilkan energi (reaksi
eksergonik), misalnya pada respirasi yang menguraikan karbohidrat menjadi
asam piruvat dan energi.
Gambaran umum proses metabolisme mikroorganisme dapat dilihat pada
gambar di bawah ini :

Gambar 11. Proses Metabolisme Mikroba

Proses metabolisme mikroba dengan proses katabolisme mengalami
proses respirasi yang meliputi jalur glikolisis, daur krebs, dan fosforilasi
oksidatif. Sedangkan pada proses anabolisme mengalami sistesis senyawa
organik meliputi sintesis lemak, sintesis protein, dan macam-macam enzim.
a. Katabolisme
Katabolisme merupakan reaksi yang menghasilkan energi dengan
memecah molekul kompleks menjadi molekul sederhanan. Proses ini juga
disebut exergonic (menghasilkan energi) (McKane and Judy Kandel,1950).
Semua sel mikoba memerlukan energi secara kontinou untuk proses
yang terkait terkait dengan pertumbuhan, transportasi, gerakan dan
pemeliharaan. Pada chemoheterotrophic mikroorganisme, energi organik
Sumber yang diperoleh dari lingkungan dan kemudian ditransformasikan oleh
serangkaian enzim yang mengendalikan reaksi dalam jalur metabolik.
Katabolisme menghasilkan generasi energi potensial dalam bentuk
adenosin 5’-trifosfat (ATP) dan reduksi Koenzim, seperti nikotinamida adenin
dinukleotida (NADH), nicotinamide adenin dinukleotida fosfat (NADPH) dan
flavin adenin dinukleotida (FADH2), dan panas. Mikroorganisme memiliki
keragaman dalam proses metabolisme untuk menghasilkan ATP dan koenzim
tereduksi (Waiter, Michel J. At all, 2001).
 Respirasi
Respirasi merupakan proses terjadinya pembongkaran suatu zat
makanan sehingga menghasilkan energi yang diperlukan oleh
mikroorgnisme tersebut. Jika oksigen yang diperlukan dalam proses
respirasi maka disebut respirasi aerob.Ada juga spesies bakteri yang
mampu melakukan respirasi tanpa adanya oksigen, maka peristiwa itu
disebut respirasi anaerob (dwidjoseputro D.,1981).
Respirasi aerob merupakan serangkaian reaksi enzimatis yang
mengubah glukosa secara sempurna menjadi CO2, H2O dan menghasilkan
energi. Menurut penyelidikan energi yang terlepas sebagai hasil
pembakaran 1 grammol glukosa adalah 675 Kkal. Dalam respirasi aerob,
glukosa dioksidasi oleh oksigen, dan reaksi kimianya dapat digambarkan
sebagai berikut:
C6H12O6 + 6 O2 —-> 6 CO2 + 12 H2O + 675 Kkal
 Dalam kenyataan reaksi yang terjadi tidak sesederhan itu. Banyak
tahap reaksi yang terjadi dari awal hingga terbentuknya energi. Reaksi-
reaksi tersebut dibedakan menjadi tiga tahap yakni glikolisis, siklus kreb
(the tricarboxylic acid cycle) dan tranfer elektron (Dwidjoseputro D.,1981).
1. Glikolisis
Glikolisis adalah serangkaian reaksi enzimatis yang memecah
glukosa (terdiri dari 6 atom C) menjadi dua molekul asam piruvat (terdiri
dari 3 atom C). Glikolisis juga menghasilkan ATP dan NADH + H +
(Waiter, Michel J. At all, 2001).
Sebagian besar mikroorganisme memanfaatkan karbohidrat sebagai
sumber karbon dan energi. Heksosa, gula enam karbon (C6), glukosa
adalah lebih dari substrat untuk sebagian besar mikroorganisme dan
sebagian kecil mikroorganisme tidak bisa mengolahnya. Di alam, glukosa
bebas biasanya tidak tersedia, tetapi dapat diperoleh melalui berbagai rute.
Ini berasal dari interkonversi heksosa lainnya, hidrolisis disakarida,
oligosakarida dan polisakarida dari lingkungan, atau dari sel penyimpanan
material, seperti pati, glikogen dan trehalosa. Pembentukan energi dari
glukosa yang didahului oleh proses fosforilasi sampai menghasilkan
piruvat (C3). Namun, jumlah terbatas ATP yang diproduksi, yang dibentuk
melalui substrat-tingkat fosforilasi. Maksimum dua molekul ATP yang
dihasilkan untuk setiap satu molekul glukosa teroksidasi. menghasilkan
piruvat menempati posisi penting dalam metabolismedan merupakan titik
awal untuk katabolisme lanjut (McKane and Judy Kandel,1950).
Setiap organisme mempunyai perbedaan jalur glikolisis yang
menjadi kunci pembeda organisme tersebut. Jalur glikolisis dibagi menjadi
empat yakni:
1. Jalur EMP (The Embden-Mayerhof-Parnas)
Jalur EMP merupakan jalur yang banyak ditemukan di semua
kelompok organisme, termasuk jamur, yeasts dan bakteri. jalur ini dapat
beroperasi di bawah kondisi anaerobik atau aerobik dan terdiri dari 10
enzim-katalis reaksi terletak di dalam matriks sitoplasma. Kunci pembeda
ketiga jalur lainnya (heksokinase, fosfofruktokinase dan kinase piruvat)
yakni reaksi terjadi secara reversibel. Sedangkan jalur EMP reaksinya yang
terjadi yakni secara irreversible.
Untuk setiap molekul glukosa dioksidasi menjadi dua piruvat
molekul, keuntungan bersih hanya dua ATP, karena yang Konsumsi dalam
reaksi sebelumnya.
Glucose (C6) + 2ADP + 2Pi + 2NAD+ →2 pyruvate (C3) + 2ATP +
2NADH + 2H+
Sumber : Waiter, Michel J. At all, 2001
2. Jalur PP (The Pentose Phosphate)
The fosfat pentosa (PP) atau jalur heksosa jalur monofosfat
ditemukan di banyak bakteri dan sebagian besar organisme eukariotik.
Jalur ini seringkali beroperasi pada waktu yang sama dengan jalur EMP.
Dalam ragi, misalnya, 10-20% glukosa (lebih selama pertumbuhan pesat)
yang terdegradasi melalui jalur PP, dan sisanya katabolisme dari jalur
EMP. Jalur PP bisa berfungsi pada kondisi aerobik atau anaerobik, baik
katabolik maupun anabolik. Jalur ini sangat penting dalam penyediaan
NADPH, terutama untuk digunakan untuk langkah reduktif dalam proses
anabolik, intermediet untuk asam amino aromatik sintesis, terutama
erythrose-4-fosfat; pentosa, terutama ribosa untuk biosintesis asam nukleat,
dan biosintesis intermediet lainya. Gula pentosa seperti xylose juga dapat
dikatabolisme melalui jalur ini.
Jalur PP merupakan siklus dan seperti semua jalur glycolytic, enzim
ini berada di matrik sitoplasma. Ini dimulai dengan oksidasi dua langkah
glucose 6-phospate (G6P) ke pentose (C5) fosfat, ribulosa 5-fosfat (Rump),
melalui 6-phosphogluconate. Proses Ini melibatkan satu karbon yang
hilang sebagai CO2 dan pembentukan dua NADPH. Setelah fase oksidatif
ini, RuMP mengalami serangkaian penataan ulang menjadi serangkaian
dua-karbon dan tiga-karbon pertukaran fragmen, dikatalisis oleh enzim
transketolase dan transaldolase.Untuk setiap tiga unit glukosa diproses,
satu GAP, enam NADPH dan dua fruktosa 6-fosfat (F6P) molekul yang
dihasilkan. Molekul F6P dikonversi kembali ke G6P untuk
mempertahankan operasi dari siklus. Itu GAP dapat dioksidasi menjadi
piruvat dengan jalur EMP enzim atau juga dapat dikembalikan ke awal
jalur melalui konversi dari dua GAP satu G6P.
3 glucose 6-phosphate (C6) + 6NADP+ + 3H2O → 2 fructose 6-phosphate
(C6) + glyceraldehyde 3-phosphate (C3) + 3CO2 + 6NADPH + 6H+
Sumber : Waiter, Michel J. At all, 2001
3. Jalur ED (The Entner-doudoroff)
Jalur ED adalah jalur metabolisme yang relatif sedikit digunakan
oleh mikroorganisme yang tidak memiliki EMP jalur. Kebanyakan bakteri
Gram-negatif, termasuk spesies Azotobacter, Pseudomonas, Rhizobium,
Xanthomonas dan Zymomonas, tapi jarang dalam jamur. Jalur dimulai
dengan pembentukan 6-phosphogluconate, seperti di jalur PP. Meskipun
kemudian mengalami dehidrasi, bukan teroksidasi, untuk membentuk 2-
okso-3-deoksi-6-phosphogluconate. Molekul enam-karbon dipecah oleh
Aldolase untuk membentuk dua senyawa C3, piruvat dan GAP, dan terakhir
juga dapat dikonversi menjadi piruvat. Secara keseluruhan, dari glukosa
setiap molekul dimetabolisme, pada jalur yang dapat menghasilkan dua
molekul piruvat, satu ATP, satu NADH dan satu NADPH, yang merupakan
hasil energi yang lebih rendah daripada jalur EMP (Waiter, Michel J. At
all, 2001).
4. Jalur PK (phosphoketolase)
The phosphoketolase (PK) atau jalur Warburg-Dickens jalur
metabolisme yang ditemukan di beberapa bakteri asam laktat, terutama dari
spesies Lactobacillus dan Leuconostoc. Ini melibatkan oksidasi dan
dekarboksilasi glukosa 6-fosfat ke pantat, seperti di jalur PP. RuMP yang
berisomer dengan xylulose fosfat 5-(C5) dan dibelah oleh phosphoketolase
menjadi GAP (C2) dan asetil fosfat (C2). Pada akhirnya dikonversike laktat
dan kedua ke etanol. Jalur ini menghasilkan hanya setengahATP
dibandingkan dengan jalur EMP. Namun, tidak dimungkinkan
pembentukan pentosa dari heksosagula untuk sintesis asam nukleat dan
katabolisme pentosa (Waiter, Michel J. At all, 2001).
2. Daur Krebs
Siklus krebs adalah serangkaian reaksi yang digunakan oleh
organisme aerobik untuk menghasilkan energi dari oksidasi molekul asetil-
CoA hasil tiga metabolisme karbohidrat utama, Glikolisis, Jalur Pentosa
Fosfat dan Jalur Entner-Doudoroff.
Molekul tersebut akan dioksidasi lebih lanjut untuk mendapatkan
energi lebih banyak, tergantung jenis mikroorganisme dan kondisi fisiologi
lingkungan. Jadi, siklus yang juga dikenal sebagai siklus asam sitrat dan
siklus asam trikarboksilat ini merupakan salah satu cara sel mengoksidasi
secara total asam piruvat dalam kondisi aerobik.
 Gambar 12. Daur Krebs
Peranan atau fungsi siklus krebs bagi makhluk hidup yang paling
utama adalah menghasilkan energi berupa ATP, NADH dan FADH dari
metabolisme biomolekul. Namun, siklus ini juga memiliki beberapa
peranan atau fungsi lain yang krusial bagi makhluk hidup.
Untuk organisme eukariotik termasuk mikroorganisme eukariotik
seperti cendawan (khamir, kapang dan jamur), siklus krebs terjadi pada
organel mitokondria, mesin pemanen energi sel. Spesifiknya terletak pada
matriks mitokondria sedangkan siklus krebs pada organisme prokariotik,
terjadi langsung pada sitoplasma sel, karena organisme prokariotik tidak
memiliki organel endomembran pengasil energi yakni mitokondria.
Secara lengkap dan singkat, proses siklus krebs terjadi sebagai
berikut :
1. Penggabungan molekul asetil-KoA dengan oksaloasetat dan membentuk
asam sitrat. Enzim yang digunakan dalam reaksi ini adalah enzim asam
sitrat sintetase.
2. Tahap kedua yang disebut isomerase sitrat dibantu oleh enzim akonitase
yang menghasilkan isositrat.
3. Enzim isositrat dehidrogenase mengubah isositrat menjadi alfa-
ketoglutarat dengan bantuan NADH. Setiap satu reaksi melepaskan satu
molekul karbon dioksida.
4. Alfa ketoglutarat diubah menjadi suksinil-CoA. Reaksi dikatalisasi oleh
enzim alfa-ketoglutarat dehidrogenase.
5. Suksinil-CoA diubah menjadi suksinat dengan mengubah GDP + Pi
menjadi GTP. GTP digunakan untuk membentuk ATP.
6. Suksinat yang dihasilkan dari proses sebelumnya akan didehidrogenasi
menjadi fumarat dengan bantuan enzim suksinat dehidrogenase.
7. Terjadi hidrasi yaitu penambahan atom hidrogen pada ikatan karbon
ganda (C=C) yang ada pada fumarat sehingga menghasilkan malat.
8. Enzim malat dehidrogenase mengubah malat menjadi oksaloasetat.
Oksaloasetat yang dihasilkan berfungsi untuk menangkap asetil-CoA,
sehingga siklus Krebs akan terus berlangsung. Pada tahap ini juga
dihasilkan NADH ketiga dari NAD+.
3. Fosforilasi Oksidatif
Fosforilasi oksidatif adalah suatu lintasan metabolisme yang
menggunakan energi yang dilepaskan oleh oksidasi nutrien untuk
menghasilkan adenosina trifosfat (ATP). Walaupun banyak bentuk
kehidupan di bumi menggunakan berbagai jenis nutrien, hampir semuanya
menjalankan fosforilasi oksidatif untuk menghasilkan ATP. Lintasan ini
sangat umum digunakan karena ia merupakan cara yang sangat efisien
untuk melepaskan energi, dibandingkan dengan proses fermentasi alternatif
lainnya seperti glikolisis anaerobik.
Rantai transpor elektron dalam mitokondria merupakan tempat
terjadinya fosforilasi oksidatif pada eukariota. NADH dan suksinat yang
dihasilkan pada siklus asam sitrat dioksidasi, melepaskan energi untuk
digunakan oleh ATP sintase.
 Selama fosforilasi oksidatif, elektron ditransfer dari pendonor
elektron ke penerima elektron melalui reaksi redoks. Reaksi redoks ini
melepaskan energi yang digunakan untuk membentuk ATP. Pada
eukariota, reaksi redoks ini dijalankan oleh serangkaian kompleks protein
di dalam mitokondria, manakala pada prokariota, protein-protein ini berada
di membran dalam sel. Enzim-enzim yang saling berhubungan ini disebut
sebagai rantai transpor elektron. Pada eukariota, lima kompleks protein
utama terlibat dalam proses ini, manakala pada prokariota, terdapat banyak
enzim-enzim berbeda yang terlibat.
Energi yang dilepaskan oleh perpindahan elektron melalui rantai
transpor elektron ini digunakan untuk mentranspor proton melewati
membran dalam mitokondria. Proses ini disebut kemiosmosis. Transpor ini
menghasilkan energi potensial dalam bentuk gradien pH dan potensial
listrik di sepanjang membran ini. Energi yang tersimpan dalam bentuk ini
dimanfaatkan dengan cara mengijinkan proton mengalir balik melewati
membran melalui enzim yang disebut ATP sintase. Enzim ini
menggunakan energi seperti ini untuk menghasilkan ATP dari adenosina
difosfat (ADP) melalui reaksi fosforilasi. Reaksi ini didorong oleh aliran
proton, yang mendorong rotasi salah satu bagian enzim.
b. Anabolisme
Anabolisme adalah suatu proses reaksi kimia yang membentuk suatu
molekul besar dari molekul yang lebih kecil. Dan selama proses anabolisme
membutuhkan energy dalam reaksinya. Atau dapat dikatakan segala bentuk
sintesa dalam mikroorganisme.
Proses metabolisme mikroorganisme dapat dibedakan menjadi dua
berdasarkan sumber energinya yaitu fototrof dan kemotrof. Sedangkan apabila
berdasarkan kemampuan mendapat sumber karbonnya menjadi dua juga yaitu
Autotrof dan heterotrof.
 Anabolisme yaitu proses pembentukan senyawa-senyawa organik yang
bertenaga potensial tinggi dari senyawa-senyawa atau molekul sederhana yang
berpotensial rendah (Tarigan. Reaksi ini membutuhkan energi yang diperoleh
dari reaksi-reaksi bioenergi dan terjadi dalam tubuh makluk hidup sehingga
disebut biosintesis yang terjadi endorgenik. Senyawa organik di sintesis menjadi
komponen sel (sintesis senyawa material) seperti biosintesis asam amino, lipid,
dsb, kemudian dijadikan senyawa makromolekul seperti protein dan asam
nukleat (sintesis polimer).
Metabolisme memikili empat fungsi spesifik:
1. Untuk memperoleh energi kimia dari degradasi zat makanan yang kaya
energi.
2. Untuk mengubah melekul nutrien menjadi prekusor unit pembangun bagi
makromolekul sel.
3. Untuk menggabungkan unit‐unit pembangun ini menjadi protein, asam
nukleat, lipida, polisakarida dan komponen sel lainya.
4. Untuk membentuk dan mendegradasi biomolekul yang diperlukan di dalam
fungsi khusus sel (Palczar.2008).
1. Sintesis Lemak
Mikroorganisme dapat mensintesis lemak dengan gabungan dari asam
lemak dan gliserol. Asam lemak yang merupakan senyawa hidrokarbon
berantai panjang akan terbentuk bila 2 fragmen karbon dari sati asetil ko A
ditambahkan satu sama lainnya. Pautan antara enzim dari gliserol dan asam
lemak merupakan senyawa biosintesis dari asam lemak sederhana. Lipid
merupakan komponen penyusun membran plasma pada dinding sel mikrobia
yang bisa dalam bentuk fosfolipid, glikolipid, lipoprotein, dsb. Pada beberapa
bakteri seperti pseodomonas, Bacillus, Coli, bisa tumbuh pada medium lemak.
Lipid juga membantu pembentukan dinding sel bakteria gram negatif, dan
sama halnya dengan karbohidrat lipid juga menjadi cadangan energi (Palczar.
2008).
2. Sintesis Protein
Asam amino dibutuhkan untuk mensintesis macam-macam protein.
Beberapa organisme seperti E.Coli mengandung enzim yang dibutuhkan
untuk mensitesis asam amino. Mikroba dapat mensintesis asam amino dapat
mensintesis asama amino secara langsung ataupun melalui perantaraan
metabolisme karbohidrat. Sumber prekusor yang penting pada sintesis asam
amino adalah siklus krebs. Pada siklus ini suatu gugus amin, dapat
ditambahkan pada asam piruvat atau asam organik (sirin-glisin, glutamat,
fosfoenol piruvat, oksaloasetat) yang sesuai dan dapat merubah kedua asam
tersebut menjadi asam amino. Peristiwa ini disebut aminasi. Peranan asam
amino adalah untuk mensintesis asam amino (Tarigan.1988).
3. Enzim
Enzim adalah katalisator organik (biokatalisator) yang dihasilkan oleh
sel. Enzim berfungsi sebagai katalisator anorganik yaitu untuk mempercepat
reaksi kimia. Setelah reaksi berlangsung enzim tidak mengalami perubahan
jumlah sehingga jumlah enzim sebelum dan setelah reaksi adalah tetap. Enzim
mempunyai spesifitas yang tinggi terhadap reaktan yang direaksikan dan jenis
reaksi yang dikatalisis. Enzim melakukan berbagai aktifitas fisiologik seperti
penyusunan bahan organik, pencernaan, dan pembongkaran zat yang
memerlukan aktivator berupa biokatalisator.
1. Sifat Umum Enzim yaitu;
 Disusun oleh senyawa protein
 Bekerja secara spesifik yaitu hanya mengkatalisis satu macam reaksi
saja
 Aktivitas enzim dipengaruhi suhu, PH, substrat dan inhibitor. Setiap
enzim memiliki suhu dan PH optimum.
 Enzim memiliki sifat alosentrik, yaitu mampu berkaitan dengan
inhibitor ataupun aktivator.
2. Mekanisme Kerja Enzim
Enzim meningkatkan kecepatan reaksi dengan cara menurunkan
energi aktivasi. Energi aktivasi adalah energi yang diperlukan untuk
mengaktifkan suatu reaktan sehingga dapat bereaksi untuk membentuk
senyawa lain. Energi potensial hasil reaksi menjadi lebih rendah, tetapi
enzim tidak mempengaruhi letak keseimbangan reaksi. Saat
berlangsungnya reaksi enzimatik terjadinya ikatan, sementara enzim
dengan sunbstratnya reaktan. Ikatan sementara bersifat labil dan hanya
untuk waktu yang singkat saja. Selanjutnya ikatan enzim substrat akan
pecah menjadi enzim dan hasil akhir. Enzim yang terlepas kembali setelah
reaksi dapat berfungsi lahi sebagai biokatalisator untk reaksi yang sama.
3. Struktur Enzim
Pada umumnya enzim tesusun dari protein. Protein penyusun enzim
dapat berupa protein sederhana atau protein yang terikat pada gugusan non
protein. Banyak enzim yang hanya terdiri dari protein saja seperti tripsin.
Dialisis enzim dapat memisahkan bagian-bagian protein, yaitu bagian
protein yang disebut apoenzim dan bagian nonprotein yang berupa
koenzim, gugus protetis dan kofaktor ion loga. Masing-masing bagian
tersebuta apabila terpisah akan menjadi tidak aktif. Apoenzim apabila
bergabung dengan bagian non protein disebut holoenzim yang bersifat aktif
sebagai biokatalisator. Koenzim dan gugus prostetik berfungsi sama.
Koenzim adalah bagian yang terikat secara lemah pada apoenzim (protein).
Gugus prostetik adalah bagian yang terikat kuat pada apoenzim. Koenzim
berfungsi dalam menentukan reaksi kimia yang dikatalisis enzim. Ion
logam merupakan komponen yang sangatlah penting yang diperlukan
untuk memantapkan struktur protein dengan adanya interaksi antar muatan.
Transformasi biokimia dalam menghasilkan energi dapat terjadi
didalam bakteri yang diatur oleh katalis biologis yang dikenal sebagai enzim.
Enzim memiliki sifat katalitik yng khas dari enzim seperti enzim
meningkatkaj laju reaksi pada kondisi biasa (fisiologik), enzim berfungsi
denagn spesifisitas yang tinggi terhadap substrat dan reaksi yang dikatalisis,
enzim meningkatkan laju reaksi disbanding katalisis biasa (Page,1985)
Setiap bakteri memiliki kemampuan dalam menggunakan enzim yang
dimilikinya untuk degradasi karbohidrat, lemak, protein, dan asam amino.
Metabolisme atau penggunaan molekul organik ini dapat menghasilkan
produk yang dapat digunakan untuk identifikasi dan karakterisasi bakteri.
Berikut merupakan enzim yang digunakan dalam metabolisme
mikroba.
1. Enzim Β-galaktosidase dalam fermentasi karbohidrat
Kemampuan memfermentasikan berbagai karbohidrat dan produk
fermentasi yang dihasilkan merupakan ciri yang sangat berguna dalam
identifikasi mikroorganisme. Hasil akhir dari fermentasi karbohidrat ini
ditentukan oleh sifat mikroba, media biakan yang digunakan, serta faktor
lingkungan antara lain pH dan suhu. Media fermentasi harus mengandung
senyawa yang dapat dioksidasi dan difermentasikan oleh mikroorganisme
Reaksi pemecahan ONPG (o-nitro-phenyl-β-Dgalactopyranoside)
termasuk dalam fermentasi karbohidrat. Enzim Β-galaktosidase
merupakan enzim yang berfungsi untuk mengkatalisis pemecahan ONPG
(o-nitro-phenyl-β-Dgalactopyranoside) menjadi galaktosa dan o-nitrofenol.
ONPG (o-nitro-phenyl-β-Dgalactopyranoside) merupakan substrat alamiah
dari enzim Β-galaktosidase. Pemecahan ONPG (o-nitro-phenyl-β-
Dgalactopyranoside) tersebut merupakan cara beberapa bakteri seperti E.
coli untuk memperoleh sumber karbon selain dari laktosa.. Enzim Β-
galaktosidase dapat mengkatalisis ONPG dengan reaksi sebagai berikut :
ONPG tidak berwarna tetapi setelah hidrolisis menjadi o-nitrofenol, akan
timbul warna kuning pada larutan yang alkali. Tes ini dapat digunakan utuk
identifikasi beberapa jenis bakteri.
2. Enzim Sitrat Permease
Merupakan enzim yang mampu menguraikan natrium sitrat dari
medium sehingga menghasilkan berbagai asam yang mampu mengubah pH
medium.
3. Enzim peroksida dismutase, dan peroksidase
Yaitu enzim yang dapat mendekstruksi hidrogen peroksida
(superoksids). Enzim tersebut terdapat pada bakteri yang memiliki
flavoprotein dapat mereduksi O2 dengan menghasilkan hidrogen peroksida
(H2O2) atau superoksida (O2-). Kedua bahan ini merupakan bahan yang
toksik dan menghancurkan kompenen sel dengan sangat cepat. Bakteri
harus dapat mempertahankan diri seperti dengan produksi O2 atau akan
terbunuh.
4. Enzim dehidrogenase
Enzim dehidrogenase berfungsi mengkatalisis transfer elektron dan
proton yang dibebaskan kepada aseptor elektron intermedier seperti NAD+
dan NADP+ untuk dibentuk menjadi NADH dan NADPH pada Fosforilasi
Oksidatif.
 Program Studi
TUJUAN
Agroindustri

PERANAN MIKROORGANISME DALAM PANGAN DAN INDUSTRI

Capaian Pembelajaran Mata Kuliah

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa mampu memahami aspek
mikroba di bidang pangan dan industri

Capaian Pembelajaran Khusus (Pertemuan)

Mahasiswa diharapkan mampu :
1. Menjelaskan mikroba penghasil bahan makanan dan minuman
2. Menjelaskan mikroba penghasil antibiotik
3. Menjelaskan mikroba penghasil asam amino
 Program Studi
Kegiatan Belajar 5
Agroindustri

Lembar Informasi 5 :

A. Penghasil Bahan Makanan dan Minuman

Pemanfaatan mikroorganisme telah dilakukan oleh manusia sejak zaman
dahulu. Bahkan sebelum mikroskop ditemukan yaitu saat keberadaan
mikroorganisme belum diketahui. Delapan ribu tahun yang lalu, bangsa Babylonia
tanpa sadar telah memfermentasikan grain untuk membuat bir. Beribu tahun yang
lalu suku kuno Aztek di Meksiko memakan Spirullina. Pada perang dunia ke-1,
bangsa Inggris menggunakan Clostridium acetobutylicum untuk membuat aseton
yang digunakan dalam bahan peledak. Saat ini seiring dengan perkembangan
pengetahuan dan teknologi, mikroorganisme makin banyak dimanfaatkan oleh
manusia.
Mikroorganisme yang berperan dalam pembentukan makanan dan
minuman adalah sebagai berikut :
a. Mikroba jenis fungi
1. Jamur Rhyzopus oryzae
Jamur ini sangat berperan dalam pembuatan tempe. Tempe sendiri
dapat dibuat dari kacang kedelai maupun bahan nabati lain yang berprotein.
Pada tempe berbahan kedelai, jamur selain berfungsi untuk mengikat atau
menyatukan biji kedelai juga menghasilkan berbagai enzim yang dapat
meningkatkan nilai cerna saat dikonsumsi.
 Gambar 13. Rhyzopus oryzae
2. Neurospora sitophila
Jamur ini berperan dalam pembuatan oncom. Oncom dapat dibuat
dari kacang tanah yang ditambahkan dengan bahan makanan lain seperti
bungkil tahu. Bahan-bahan tersebut dapat menjadi oncom dengan bantuan
jamur oncom. Proses yang terjadi dalam pembuatan oncom hampir sama
dengan pembuatan tempe.

Gambar 14. Neurospora

3. Aspergillus wentii dan Aspergillus oryzae
Jamur-jamur ini berperan dalam pembuatan kecap dan tauco. Kecap
atau tauco dibuat dari kacang kedelai. Proses pembuatannya mengalami
dua tahap fermentasi. Proses fermentasi pertama, yaitu adanya peran jamur
Aspergillus wentii dan Aspergillus oryzae. Protein akan diubah menjadi
bentuk protein terlarut, peptida, pepton dan asam-asam amino, sedangkan
 karbohidrat diubah oleh aktivitas enzim amilolitik menjadi gula reduksi.
Proses fermentasi kedua menghasilkan kecap atau tauco yang merupakan
aktivitas bateri Lactobacillus sp. Gula yang dihasilkan pada Kecap proses
fermentasi diubah menjadi komponen asam amino yang menghasilkan rasa
dan aroma khas kecap.

Gambar 15. Aspergillus

4. Saccharomyces cerevisiae
Jamur ini dimanfaatkan untuk pembuatan tape, roti dan minuman
beralkohol dengan cara fermentasi. Tape dibuat dari singkong atau beras
ketan. Dalam pembuatan tape, mikroba berperan untuk mengubah pati
menjadi gula sehingga pada awal fermentasi tape berasa manis. Selain
Saccharomyces cerivisiae, dalam proses pembuatan tape ini terlibat pula
mikrorganisme lainnya, yaitu Mucor chlamidosporus dan Endomycopsis
fibuligera. Kedua mikroorganisme ini turut membantu dalam mengubah
pati menjadi Tape gula sederhana (glukosa). Adanya gula menyebabkan
mikroba yang menggunakan sumber karbon gula mampu tumbuh dan
menghasilkan alkohol. Keberadaan alkohol juga memacu tumbuhnya
bakteri pengoksidasi alkohol yaitu Acetobacter aceti yang mengubah
 alkohol menjadi asam asetat dan menyebabkan rasa masam pada tape yang
dihasilkan.
Pada pembuatan roti, fermentasi berfungsi menambah cita rasa,
mengembangkan adonan roti dan membuat roti berpori. Hal ini disebabkan
oleh gas CO2 yang merupakan hasil fermentasi. Roti yang dibuat
menggunakan ragi memerlukan waktu fermentasi sebelum dilakukan
pemanggangan. Pembuat roti harus menyimpan adonan di tempat yang
hangat dan agak lembab. Keadaan lingkungan tersebut dapat
memungkinkan ragi untuk berkembang biak, memproduksi karbon
dioksida secara terus menerus selama proses fermentasi.
5. Bakteri Acetobacter xylinum
Acetobacter xylinum merupakan bakteri yang berperan aktif dalam
mengubah fermentasi menjadi nata. Bakteri ini merupakan bakteri asam
asetat. Bakteri pembentuk nata bila ditumbuhkan dlaam medium yang
mengandung gula, dapat mengubah gula menjadi selulosa. Selulosa yang
terbentuk di dalam medium tersebut berupa benang-benang yang bersama-
sama dengan polisakarida berlendir membentuk suatu jalinan seperti
tekstil. Pada medium cair, bakteri ini membentuk suatu massa yang kokoh
dan dapat mencapai ketebalan beberapa centimeter. Bakteri itu sendiri
terperangkap dalam massa fibriler yang terbentuk.
Sintesa polisakarida oleh bakteri ini, sangat dipengaruhi oleh
tersedianya nutrisi dan ion-ion logam tertentu yang dapat mengkatalisasi
atau menstimulasi aktivitas bakteri tersebut. Peningkatan konsentrasi
nitrogen dalam substat dapat meningkatkan jumlah polisakarida yang
terbentuk, sedangkan ion-ion bivalen seperti Mg2+, Ca2+ dan lainnya
sangat diperlukan untuk mengontrol kerja enzim ekstraselluler dan
membentuk ikatan dengan polisakarida tersebut.
Aktivasi pembentukan nata hanya terjadi pada klarisa pH 3,5-7,5.
asam asetat glasial ditambahkan ke dalam medium untuk menurunkan pH
 medium yang optimum yaitu 4,0. sedangkan suhu yang optimum adalah
pada suhu kamar antara 28-320 C.
Bakteri pembentukan nata termasuk golongan Acetobacter yang
mempunyai ciri-ciri antara lain Gram negatif untuk kultur yang masih
muda dan Gram positif untuk kultur yang sudah tua, obkigat aerobik,
dalam medium asam membentuk batang, sedangkan dalam medium alkali,
berbentuk oval, bersifat non mortil, dan tidak membentuk spora, tidak
mampu mencairkan gelatin, tidak memproduksi H2S, tidak mereduksi
nitrat dan thermal death point pada suhu 65-70 0 C.
2. Khamir
Istilah khamir umumnya digunakan untuk menyebut bentuk-bentuk
yang menyerupai jamur dari kelompok Ascomycetes yang tidak berfilamen
tetapi uniseluler dengan bentuk ovoid atau spheroid. Khamir ada yang
bermanfaat dan ada pula yang membahayakan manusia. Fermentasi khamir
banyak digunakan dalam pembuatan roti, bir, wine. Khamir yang tidak
diinginkana dalah yang ada pada makanan dan menyebabkan kerusakan pada
uice buah, sirup, molase, madu, jelly, daging dan sebagainya.
Ada berbagai khamir yang memiliki fungsi penting dalam
fermentasi, diantaranya adalah :
a. Saccharomyces cerevisiae, merupakan khamir yang paling popular dalam
pengolahan makanan. Khamir ini telah lama digunakan dalam industry
wine dan bir. Dalam bidang pangan, khamir digunakan dalam
pengembangan adonan roti dan dikenal sebagai ragi roti. Khamir ini
melakukan reproduksi vegetatif dengan membentuk tunas. Sel terbentuk
ellipsoid atau silinder. Dapat membentuk pseudohifa tetapi hifa tidak
bersepta. Askospora berbentuk ellipsoid pendek dengan dinding halus,
biasanya 1-4, kadang-kadang lebih, per askos. Khamir ini tidak mampu
tumbuh pada nitrat sebagai satu-satunya sumber nitrogen.
 b. Saccharomyces roxii, adalah khamir yang digunakan dalam pembuatan
kecap dan berkontribusi dalam pembentukan aroma.
3. Jamur
Jamur merupakan mikroba multiseluler yang banyak dimanfaatkan
manusia dalam fermentasi maupun budidaya. Dalam bidang fermentasi
umumnya yang digunakan adalah jamur berbentuk hifa dan dikenal dengan
sebutan jamur.
Peranan Mikroba dalam Produksi Makanan pembuatan keju
1. Buttermilk
Buttermilk dihasilkan dari susu skim atau susu rendah lemak dengan
bantuan bakteri asam laktat. Buttermilk mempunyai karakteristik pada tekstur,
rasa asam dan aroma. Tekstur dihasilkan dari pemecahan dadih. Aroma dan
rasa disebabkan oleh diasetil, asetildehid dan produk metabolik lain dilepaskan
oleh bakteri fermentasi. Kultur yang digunakan untuk membuat buttermilk
merupakan kultur asam laktat yang terdiri dari Streptococcus cremoris, S.
diacetylactis, dan Leuconostoc cremoris. Jenis biakan bakteri pemula (starter
culture) berbeda diantara pabrikan (manufaktur) dan beberapa menggunakan
Lactobacillus bulgaricus untuk membuat butter milk Bulgaria. Produksi asam
dan pembentukan dadih dihasilkan oleh Streptococcus cremoris sedangkan
aroma dan rasa dihasilkan dari metabolisme dan multifikasi oleh dua jenis
bakteri yang lain yaitu : S.diacetylactis, dan Leuconostoc cremoris.
Untuk membuat buttermilk, susu skim atau susu rendah lemak
dihomogenisasi dan dipasteurisasi serta diinokulasi dengan 1 % biakan pemula
/ strater culture dan difermentasikan pada suhu 18-200 C selama 14 jam.
Sesudah fermentasi, produk yang dihasilkan digoyang dengan kuat untuk
memecahkan dadih, didinginkan pada suhu 40 C dan dipak dalam kontainer
susu. Produk akhir akan menampakkan homogenous, cairan yang kental,
dengan rasa asam dan aroma buttery.
2. Yogurt
Yogurt adalah susu yang difermentasikan dengan mikroba
Sterptococcus thermophilus dan Lactobacillus bulgaricus. Secara tradisonal
susu dipanaskan selama beberapa jam untuk menguapkan air dan menaikkan
proporsi susu cair. Sesudah penguapan susu didinginkan pada suhu 40 -4 2 0C
dan diinokulasikan dengan kultur yogurt yang terdahulu. Sesudah inkubasi
semalaman pada tempat yang hangat, kemudian produk didinginkan. Bakteri
menghasilkan diasetil, asetaldehida dan berbagai produk metabolik lain yang
memberi aroma karakteristik pada yogurt. Saat ini susu yang digunakan
dikentalkan dengan penambahan susu bubuk (susu padat) kemudian
dipasteurisasi. Pengental seperti gelatin atau karagenen juga dapat dapat
ditambahkan.
3. Keju
Keju dibuat dari susu dengan memisahkan dadih/curd dari whey air
(air yang tinggal setelah susu dijadikan keju). Protein susu didenaturasi oleh
asam laktat dihasilkan oleh bakteri asam laktat yang ditambahkan pada susu
sebagai kultur pemula/stater culture, atau dengan menambahkan proteasi renin.
Metode pertama menghasilkan dadih asam, sedangkan dadih kedua
menghasilkan dadih manis. Pembuatan keju merupakan proses yang dikontrol
dimana dadih diperlukan dan dituakan. Cara dadih diproses menentukan tipe
keju yang dibuat.
Keju yang sederhana dapat dibuat dengan memanaskan susu sampai
hampir mendidih secara cepat. Sehingga dapat membunuh sebagian besar
mikroba perusak dan kemudian memnambahkan kultur pemula pada susu yang
sudah didinginkan. Kultur pemula yang selalu digunakan mengandung bakteri
asam laktat seperti Sterptococcus lactis, Streptococcus cemoris, Leuconostoc
citrovorum dan Leuconostoc dextranicum. Susu yang sudah diberi kultur
pemula (benih) difermentasi pada suhu 180 C selama 24 jam. Sehingga
dihasilkan dadih. Whey (cairan) dapat dikeluarkan dengan menyaring dadih
 dalam penyaring keju. Dadih kemudian digarami untuk menghambat
pertumbuhan mikroba selanjutnya. Leuconostoc mengeluarkan diasetil, suatu
senyawa yang dibentuk dari asam sitrat yang bertanggung jawab pada aroma
dan rasa keju. Keju dapat diinkubasi dalam waktu yang panjang untuk
mematangkan dadih dan menumbuhkan mikroba untuk menambah rasa.
4. Nata de Coco
Nata de coco adalah jenis komponen minuman yang merupakan
senyawa selulosa yang dihasilkan dari air kelapa melaui proses fermentasi,
yang melibatkan jasad renik yang dikenal dengan nama Acetobacter xylinum.
Definisi nata adalah suatu zat yang menyerupai gel, tidak larut dalam air dan
terbentuk pada media fermentasi air kelapa dan beberapa sari buah masam.
Pembentukan nata terjadi karena proses pengambilan glukosa dari gula dalam
air kelapa oleh sel-sel Acetobater xylinum. Kemudian glukosa tersebut
digabungkan dengan asam lemak membentuk bahan lemak membentuk bahan
pendahulu nata pada membran sel.
Untuk fermentasi nata air kelapa yang masih segar disaring dengan
beberapa lapis kain kemudian dipanaskan sampai mendidih dengan api besar
sambil diaduk . Setelah mendidih ditambahkan asam asetat glacial. Larutan ini
disebut dengan air kelapa asam bergula. Kemudian urea dilarutkan dengan
sedikit air kelapa yang dimasak. Larutan ini didihkan dan dituangkan kedalam
air kelapa asam bergula. Larutan yang diperoleh disebut sebagai media nata.
Media nata ditambah dengan starter kemudian dipindahkan ke dalam wadah
fermentasi. Wadah berisi media ini disimpan di ruang fermentasi selama 12-15
hari sampai terbentuk lapisan nata yng cukup tebal.
B. Penghasil Antibiotik
Mikroorganisme merupakan salah satu makhluk hidup yang tidak dapat di
lihat oleh mata atau jasad renik yang sangat kecil. Setiap sel tunggal
mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan
antara lain dapat mengalami pertumbuhan, menghasilkan energi dan bereproduksi
dengan sendirinya. Mikroorganisme bisa memberikan kontribusi dalam Penemuan
antibiotik yang telah menghantarkan pada terapi obat dan industri obat ke era baru.
Karena adanya penemuan penisilin dan produk-produk lain sekresi fungi,
aktinomiset, dan bakteri lain, maka kini telah tersedia obat-obat yang manjur untuk
memerangi penyakit infeksi bakteri.
Antibiotik digunakan dalam berbagai bentuk-masing-masing menetapkan
persyaratan manufaktur agak berbeda. Untuk infeksi bakteri di permukaan kulit,
mata, atau telinga, antibiotik dapat diterapkan sebagai salep atau krim. Jika infeksi
internal, antibiotik dapat ditelan ataudisuntikkan langsung ke dalam tubuh. Dalam
kasus ini, antibiotik dikirim seluruh tubuh dengan penyerapan ke dalam aliran
darah.
Antibiotik yang digunakan untuk membasmi mikroba, khususnya penyebab
infeksi pada manusia, harus memiliki sifat toksisitas selektif yang setinggi
mungkin. Artinya, antibiotik tersebut haruslah bersifat sangat toksik untuk
mikroba, tetapi relatif tidak toksik untuk inang/hospes (Gan dan Setiabudy, 1987).
Usaha untuk mencari antibiotik yang dihasilkan oleh mikroorganisme. Produk
alami yang disentesis oleh mikroorganisme menjadi sangat penting. Praduk
antikoagulan, antidepresan, vasodilator, her4bisida, insektisida, hormon tanaman,
enzim, dan inhibitor enzim telah diisolasi dari mikroorganisme.
Antibiotika adalah segolongan senyawa, baik alami maupun sintetik, yang
mempunyai efek menekan atau menghentikan suatu proses biokimia di dalam
organisme, khususnya dalam proses infeksi oleh bakteri. Penggunaan antibiotika
khususnya berkaitan dengan pengobatan penyakit infeksi, meskipun dalam
bioteknologi dan rekayasa genetika juga digunakan sebagai alat seleksi terhadap
mutan atau transforman. Antibiotika bekerja seperti pestisida dengan menekan
atau memutus satu mata rantai metabolisme, hanya saja targetnya adalah bakteri.
Antibiotika berbeda dengan desinfektan karena cara kerjanya. Desifektan
membunuh kuman dengan menciptakan lingkungan yang tidak wajar bagi kuman
untuk hidup. Ditemukan Penisilin dihasilkan oleh jamur Penicillium notatum.
Penisilin merupakan antibiotik pertama yang ditemukan oleh Alexander Fleming
tahun 1928, dan kemudian dikembangkan oleh Harold Florey pada tahun 1938.
Penisilin telah diproduksi dan dipasarkan pada tahun 1944.
Antibiotik sepalosporin C dihasilkan oleh jamur Cephalosporium.
Sepalosporin C merupakan antibiotik menguntungkan yang dapat membunuh
bakteri yang tahan terhadap penisilin. Antibiotik Streptomisin dihasilkan oleh
jamur Streptomyces griseus yang dapat membunuh bakteri patogen yang tahan
terhadap penisilin atau sepalosporin. Streptomisin telah digunakan untuk
mengobati penyakit tuberkulosis. Produksi antibiotik melalui pemanfaatan mikro
organisme dilakukan melalui fermentasi.
Beberapa antibiotika yang dihasilkan secara komersial (Sumber : Brock &
Madigan,1991)
Antibiotik Mikroorganisme Tipe Mikroorganisme
Penghasil
Basitrasin Bacillus subtilis Bakteri pembentuk-spora
Sefalosporin Cephalosporium sp Fungi
Kloramfenikol Streptomyces griseus Actinomycete
Sikloheksimid Streptomyces orchidaceus Actinomycete
Sikloserin Streptomyces erythreus Actinomycete
Erytromisin Penicillium griseofulvin Fungi
Griseofulvin Streptomyces kanamyceticus Actinomycete
Kanamisin Streptomyces lincolnensis Actinomycete
Linkomisin Streptomyces fradiae Actinomycete
Neomisin Streptomyces noursei Actinomycete
Nistatin Penicillium chrysogenum Fungi
Penisilin Bacillus polymyxa Bakteri pembentuk-spora
Streptomisin Streptomyces rimosus Actinomycete
 Fermentasi klasik telah diganti dengan cara baru untuk produksi dan
konversi menggunakan mikroba. Senyawa karotenoid dan steroid diperoleh dari
fungi. Sejak ditemukan bahwa Corynebacterium glutamicum memproduksi
glutamat dengan rendemen tinggi dari gula dan garam amonium, maka telah
diisolasi berbagai mutan dan dikembangkan proses baru yang memungkinkan
pembuatan banyak jenis asam amino, nukleotida, dan senyawabiokimia lain dalam
jumlah besar. Mikroorganisme juga diikutsertakan oleh para ahli kimia pada
katalisis sebagian proses dalam rangkaian sintesis yang panjang; biokonversi oleh
mikroba lebih spesifik dengan rendemen lebih tinggi, mengungguli koversi secara
kimia; amilase untuk hidrolisis pati, proteinase pada pengolahan kulit, pektinase
untuk penjernihan sari buah dan enzim-enzim lain yang digunakan di industri
diperoleh dari biakan mikroorganisme.( Pratiwi, 2008 )
Produksi antibiotik dilakukan dalam skala besar pada tangki fernentasi
dengan ukuran besar. Sebagai contoh Penicillium chrysogenum ditumbuhkan
dalam 100.000 liter fermentor selama kurang lebih 200 jam. Mula-mula suspensi
spora P. chrysogenum ditumbuhkan dalam larutan media bernutrisi. Kultur
diinkubasi selama 24 jam pada temperatur 24 °C dan selanjutnya ditransfer ke
tangki inokulum. Tangki inokulum digojlok teratur untuk mendapatkan aerasi
yang baik selama satu hingga dua hari.
C. Penghasil Asam Amino
Pada umumnya bioteknologi dengan menggunakan mikroorganisme karena
dapat tumbuh dengan cepat, mengandung protein yang cukup tinggi, dapat
menggunakan produk-produk sisa sebagai substratnya misalnya dari limbah dapat
menghasilkan produk yang tidak toksik dan reaksi biokimianya dapat dikontrol oleh
enzim organisme itu sendiri.
Pada makanan sering ditambahkan monosodium glutamat, yaitu sebagai
penambah cita rasa. Tahukah Anda lebih dari 165.000 ton asam glutamat telah
digunakan untuk pembuatan monosodium glutamat. Asam-asam amino itu antara
lain lisin, lisin ini terdapat pada manusia, hanya tingkatnya rendah. Bakteri yang
dapat menghasilkan asam amino adalah Corinebacterium glutamicum mampu untuk
menghasilkan asam glutamat. Untuk itu mikroorganisme ini digunakan sebagai
menjadi produk utama industri, yaitu penghasil asam amino.
 Program Studi
TUJUAN
Agroindustri

REKAYASA GENETIKA

Capaian Pembelajaran Mata Kuliah

Setelah mempelajari mata kuliah ini mahasiswa mampu memahami
pengenalan rekayasa genetika

Capaian Pembelajaran Khusus (Pertemuan)

Mahasiswa diharapkan mampu :
1. Menjelaskan pengertian rekayasa genetika
2. Menjelaskan tujuan rekayasa genetika
3. Memahami teknik rekaya genetika
 Program Studi
Kegiatan Belajar 6
Agroindustri

Lembar Informasi 6 :

A. Pengertian Rekayasa Genetika

Rekayasa genetika adalah suatu usaha memanipulasi sifat genetik suatu
makhluk hidup hidup untuk menghasilkan makhluk hidup yang memiliki sifat
yang diinginkan. Rekayasa genetika dapat dilakukan dengan menambah,
mengurangi, atau menggabungkan dua materi genetik (DNA) yang berasal dari
dua organisme berbeda. Hasil penggabungan dua materi genetik yang berasal dari
dua organisme yang berbeda disebut DNA rekombinan. Organisme hasil dari
rekayasa genetika disebut organisme transgenik. Di bidang pertanian telah banyak
dilakukan rekayasa genetik untuk menghasilkan tanaman unggul yang dapat
meningkatkan produktivitas pangan.
Rekaya genetika merupakan teknik untuk menghasilkan molekul DNA yang
berisi gen baru yang diinginkan/kombinasi gen-gen baru atau dapat dikatakan
menipulasi organisme.
Tahap penting perkembangan bioteknologi modern :
1944 DNA pembawa informasi genetik
1953 struktur DNA
1961 kodon
1968 ditemukan enzim endonuklease restriksi
1973 teknik kombinasi gen berhasil dilkukan
1977 hormon tumbuh diproduksi di bakteri dengan teknik rekombinasi DNA
1978 gen untuk insulin diperbanyak
1982 humulin mulai dijual
1983 Polymerase Chain Reaction (PCR)
 1985 PCR dipublikasikan
1990 human genom project
2000 human genom project selesai
Adanya rekayasa pada gen yang diambil secara murni dari makhluk hidup
kemudian gen itu bisa diaplikasikan pada makhluk hidup lainnya. perlu anda
ketahui bahwa gen dapat hidup di semua organism dan gen jugalah yang
menentukan sifat dari sebuah organism. Jadi pada intinya rekayasa genetika
dilakukan utnuk mengubh sifat dari gen yang buruk menjadi baik dan
kemungkinan juga bisa menggabungkan gen lainnya menjadi sebuah organism
baru. Teknik yang digunakan dalam rekayasa genetika ini sudah dilakukan dengan
cara yang canggih dengan menggunakan bantuan dari bahan kimia biologi serta
mengguanakan materi genetic.
B. Tujuan Rekayasa Genetika
Rekayasa genetika sudah mulai dikembangkan selama kurang lebih sejak 25
tahun yang lalu. Pada tahun 1970 an topik mengenai rekayasa genetika ini sudah
menjadi perbincangan hangat terutama pada kalangan ilmuan biologi, kimia dan
fisika. Terlebih lagi pada konsekuensi jika dilakukan rekaya genetika pada
kehidupan sosial karena pasti akan banyak terjadi konflik mengenai rekayasa
genetika ini dan ini memang sudah terjadi sekarang. Apalagi dengan adanya
pengimplementasian dan pelaksanaan rekayasa genetika yang sangat rumit
sehingga orang awam pasti akan susah memahaminya. Namun meskipun demikian
ada banyak manfaat dari adanya rekayasa genetika ini, diantaranya adalah sebagai
berikut :
1. Kloning
Kloning merupakan salah satu isu hangat dan banyak diperbincangkan
dalam hal rekayasa genetika ini. kloning saat ini sudah berhasil dilakukan pada
beberapa jenis binatang dengan mengmbangkan gen yang ada pada binatang
sebelumnya pada gen binatang yang baru sehingg penampakan kedua binatang
bisa menjadi sama persis. Dengan adanya hasil tersebut saat ini juga tengah
dikembangkan dan diteliti untuk melakukan kloning pada manusia. Namun seperti
biasanya kegiatan yang dilakukan oleh para peneliti ini menjadi pro dan kontra di
masyarakat sehingg kloning manusia belum bisa dipastikan kapan akan dilakukan.
Dengan adanya teknologi rekayasa genetika kloning ini membuat
kemajuan pesat pada bidang kedokteran, farmakologi, teknologi reproduksi dan
bidang lainnya yang menggunakan DNA sebagai eksperimennya. Di negara
skotlandia sudah berhasil membuat kloningan domba yang dinamakan sebagai
“dolly” dengan sebuah proses rekayasa genetika yang dinamakan sebagai
xenographs.
2. Pengobatan
Pada bidang pengobatan, rekayasa genetika ini sangatlah penting dan
bermanfaat terutama untuk menyembuhkan gen yang tidak normal atau cacat.
Misalnya saja orang yang memiliki kelainan tertentu pada tubuhnya bisa
disembuhkan dengan menggunakan rekayasa genetika ini dengan cara mengubah
gen yang cacat menjadi normal. Selain itu ada juga beberapa jenis penyakit seperti
penyakit liver dan autonium yang juga sudah bisa disembuhkan dengan cara
melakukan terapi gen. penyakit lainnya yang berkaitan dengan masalah gen seperti
cytic fibrosis, huntington, dan ALS juga bisa disembuhkan dengan rekayasa
genetika dengan cara mengganti gen yang rusak atau memodifikasi gen yang
rusak.
Kemajuan ini tentunya merupakan capaian yang sangat baik untuk bidang
pengobatan karena berbagai jenis penyakit kelainan cacat fisik maupun mental
sudah ada harapan untuk penyembuhannya. Dengan melakukan terapi gen baik itu
penyakit keturunan atau tidak masih ada harapa untuk bisa mengubah gen menjadi
lebih baik sehingga semua jaringan tubuh yang rusak dapat diperbaiki dengan
melakukan terapi gen ini.
3. Farmasi
Dalam bidang farmasi, rekayasa genetika ini juga memiliki manfaat yang
sangat besar. Produk obat dan farmasi yang ada saat ini sudah lebih maju
dibandingkan dahulu dengan adanya rekayasa genetika ini. misalnya saja saat ini
sudah bisa ditemukan pembuatan insulin alami untuk para penderita kekurangan
insulin seperti diabetes yang terbuat dari gen domba atau sapi dimana dahulu
biasanya insulin ini hanya bisa ditemukan dari mayat. Pengembangan obat baru
juga terus dilakukan dan saat ini masih berpusat pada percobaan untuk sel dari
tanaman.
4. Kehamilan
Rekayasa genetika juga sangat bermanfaat bagi kehamilan. Terkadang
terdapat sebuah kasus dimana bayi di dalam perut sudah memiliki kecacatan baik
secara mental maupun fisik. Dengan adanya rekaya genetika ini bisa dilakukan
terapi gen yang bisa memperbaiki gen bayi bahkan sejak masih dalam kandungan.
Jadi, anda para ibu bisa mempersiapkan lebih dini karena sudah mengetahui anak
anda akan mengalami kebutuhan khusus karena sebuah kelainan. Bahkan saat ini
sudah dikenalkan teknik terapi gen dimana anda bisa memilih jenis kelamin anak
dan berapa jumlah anak yang anda kehendaki.
5. Pertanian
Bidang pertanian juga tidak luput dari mendapatkan manfaat dari adanya
rekayasa genetika ini. jika anda perhatikan baik-baik saat ini sudah banyak muncul
berbagai varietas pertanian seperti bahan pangan pokok, buah, sayur, rempah-
rempah dan lainnya sudah menjadi lebih baik dan lebih subur. Hal ini dikarenakan
sudah banyak dilakukan rekayasa genetika pada beberapa spesies tanaman tertentu
yang mampu melakukan fotosintesi lebih optimal serta mampu bertahan lebih
lama dan kuat dari berbagai ancaman hama, virus dan bakteri. Rekayasa genetika
yang dilakukan juga bertujuan membuat tanaman tidak memiliki ketergantungan
pada pupuk nitrogen sehingga lingkungan menjadi lebih sehat.
6. Peternakan
Pada bidang peternakan juga telah dilakukan rekayasa genetika. Selain
kloning yang sudah berhasil dilakukan, para peneliti saat ini juga sudah melakukan
penyisipan gen manusia pada sapi. Hasil yang didapatkan ini adalah protein alami
 manusia dari sapi yang sangat berguna bagi mereka yang memiliki kelainan pada
proteinnya seperti pada penderita hemophilia. Protein tersebut ada di dalam susu
sapi yang sudah disisipi gen manusia kemudian di ekstrak dan diambil protein
murninya dimana kemudian diberikan kepada mereka yang menbutuhkan protein
manusia secara alami.
Selain itu adanya berbagai persilangan gen hewan seperti dalam sapi dan
unggas juga mendapatkan produk yang lebih baik misalnya sapi menghasilkan
susu yang lebih banyak, daging yang lebih banyak dan kulit yang lebih keras.
Dalam unggas juga demikian sudah ditemukan ayam yang khusus untuk bertelur
dimana produksi telurnya sangat banyak atau ayam pedaging yang khusus
menghasilkan banyak daging sehingga lebih mengntungkan.
7. Industri
Rekayasa genetika di bidang industri bisa dibilang berkembang dengan
cepat. Saat ini sudah ditemukan bakteri yang mampu mengurai logam hasil limbah
industri, menciptakan bakteri yang mampu menjadi bahan kimia seperti sebagai
pemanis buatan, pewarna buatan dan bahan pengawet buatan. Bahkan saat ini
sudah diciptakan bakteri khusus yang mampu menyerap berbagai limbah minyak
seperti bensin, minyak tanah dan lainnya.
8. Teknik Rekayasa Genetika
Rekayasa genetika adalah kegiatan manipulasi gen dengan teknik DNA
rekombinan dengan tujuan mengubah, menghilangkan atau memunculkan ekspresi
gen tersebut pada suatu organisme hidup. Obyek rekayasa genetika mencakup
hampir semua golongan organisme, mulai dari bakteri, alga, fungi, tumbuh-
tumbuhan, hewan tingkat rendah, dan hewan tingkat tinggi.
Ada beberapa tahapan utama dalam rekayasa genetika, yaitu:
1. Kloning gen
Kloning gen terdiri atas beberapa tahapan, diantaranya memotong DNA
menjadi fragmen-fragmen dengan ukuran beberapa ratus hingga ribuan kb
(kilobase), selanjutnya fragmen ini dimasukkan ke dalam vektor bakteri untuk
kloning. Berbagai macam vektor didesain untuk membawa DNA dengan panjang
yang berbeda. Plasmid, kosmid, faga P1, BAC (bacterial artificial chromosome),
dan YAC (Yeast Artificial Chromosome) dapat membawa DNA hingga 20 kb, 40
kb, 90 kb, 200 kb, dan 1000 kb secara berturut-turut. Setiap vektor, hanya
mengandung satu fragmen DNA, dimasukkan ke dalam bakteri, yang kemudian
teramplifikasi, membentuk suatu klon. Sejumlah besar setiap fragmen DNA
kemudian diisolasi dari setiap klon. Ekspresi kloning gen telah disimpan dengan
perbanyakan kloning yang dilakukan pada bakteri yang mengandung fragmen
DNA tersebut.
Kloning fragmen DNA secara langsung yang mengandung gen tertentu
seringkali tidak bisa dilakukan. Kloning cDNA yang tepat biasanya merupakan
tahapan intermediat atau pertengahan. Untuk tujuan ini, mRNA suatu jenis sel
diretrotranskripsi menjadi DNA menggunakan enzim reverse-transkriptase virus.
DNA untai tunggal yang dihasilkan dengan caran ini kemudian diubah mejadi
DNA untai ganda menggunakan DNA polimerase. Fragmen DNA yang dihasilkan
selanjutnya dikloning ke dalam plasmid untuk menghasilkan bank cDNA.
2. Sequensing DNA
Sekuensing DNA terdiri atas penentuan urutan basa suatu fragmen DNA.
Selama bertahun-tahun sekuensing dilakukan dengan teknik yang butuh waktu
dan proses lama. Sekarang proses ini bersifat automatis dan dilakukan dalam skala
industri dan memungkinkan mensekuensing beberapa ribu kilobasa per hari.
3. Amplifikasi gen secara in-vitro
Teknik yang dikenal sebagai PCR (polymerase chain reaction) untuk
amplifikasi DNA ini paling sering digunakan oleh praktisi biologi molekuler
Teknik PCR mensintesis untaian komplementer suatu fragmen DNA yang dimulai
dengan suatu primer. Untuk lebih jelasnya dapat dibaca pada artikel Mengenal
Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction).
4. Konstruksi Gen
Penelitian gen seringkali membutuhkan konstruksi gen fungsional yang
dimulai dari berbagai elemen gen. Elemen-elemen ini mungkin daerah regulator
atau mungkin daerah transkrip. Mereka bisa saja dalam struktur asli atau hasil
mutasi dengan eksperimen. Konstruksi gen dapat membantu identifikasi daerah
regulator yang mengontrol ekspresi gen. Daerah koding atau coding region
mungkin mengandung struktur aslinya. Konstruk gen bisa digunakan untuk
mengkaji pengaruh gen pada sel atau organisme secara menyeluruh. Daerah
transkrip mungkin mengandung suatu gen reporter yang menyandi protein yang
bisa dengan mudah divisualisasi atau dikuantifikasi berdasarkan aktifitas spesifik
enzimnya.
Rekayasa genetika mungkin dapat digunakan pada skala industri untuk
memprogram ulang sel atau organisme untuk menghasilkan rekombinan sifat
terkait farmasi dan untuk mencegah respon penolakan imun pada sel atau organ
hasil transplantasi.
Pada semua kasus, gen harus dikonstruksi secara eksprimen. Konstruks gen
mengandung sedikitnya daerah promoter, daerah transkrip, dan daerah terminator.
Dengan demikian, suatu konstruk gen kemudian bisa disebut sebagai vektor
ekspresi.
Konstruksi gen mengimplikasikan penggunaan enzim restriksi yang
memotong DNA pada daerah spesifik, sintesis oligonukleotida secara kimiawi,
amplifikasi fragmen DNA secara in-vitro menggunakan teknik PCR, serta
menyambungkan fragmen DNA yang berbeda dengan ikatan kovalen
menggunakan enzim ligase. Sebagian besar, fragmen ini ditambahkan pada
plasmid yang kemudian ditransfer ke dalam bakteri. Klon bakteri kemudian
diselksi dan diamplifikasi.
Pemilihan elemen yang ditambahkan pada konstruk tergantung pada tujuan
eksperimen dan khususnya pada jenis sel dimana konstruk tersebit akan
diekspresikan. Kode genetik bersifat universal, bahkan jika beberapa kodon sering
digunakan secara efektif pada jenis sel tertentu dibandingkan sel lain. Kode yang
menentukan aktifitas sekuen regulator bersifat spesifik bagi setiap organisme.
Promoter dari suatu gen bakteri tidak akan aktif pada sel tumubuhan maupun
hewan, begitu pula sebaliknya.
5. Transfer gen ke dalam sel
Suatu gen hasil isolasi dapat ditranskripsi secara in-vitro dan mRNAnya
juga dapat ditranslasikan pada suatu sistem bebas sel. Teknik ini memungkinkan
peneliti memperoleh sejumlah protein dalam jumlah kecil, yang mungkin tidak
cukup untuk beberapa penelitian biokimia, atau untuk penentuan aktifitas biologi
protein tersebut secara in vivo atau menentukan strukturnya melalui proses
kristalisasi.
Untuk dikodekan secara efektif dan ditranslasikan menjadi protein, suatu
gen harus ditransfer ke dalam sel, yang secara alami mungkin mengandung semua
faktor-faktor yang diper.lkan dalam proses transkripsi dan translasi. Ada berbagai
teknik yang bisa digunakan untuk proses transfer gen, diantaranya: 1). Fusi sel; 2).
Penggunaan senyawa kimia; 3). Elektroporasi; 4). Injeksi menggunakan vektor
virus; 5) Mikroinjeksi.
Langkah langkah membuat DNA rekombinan adalah sebagai berikut :
1. Isolasi sumber DNA yang diinginkan
- DNA dari total genomic
- Dibuat dari mRNA yaitu cDNA
- Dibuat secara in vitro
2. Pemotongan gen yang diinginkan
- Bila hasil pemotongan ujungnya tumpul pada ujung perlu ditambahkan
fragmen DNA
- Ekor homopolimer
- Linker
- adaptor
3. Menyisipkan gen yang diinginkan ke alat pembawa “vektor”
 - Plasmid : materi gen ekstrakromosomal
- Bacteriophage : virus bakteri
- Cosmid : gabungan “cohesive ends” bacteriophage lambda dan plasmid
4. Memasukkan DNA rekombinan ke sel inang
- Transformasi
- DNA – packaging
- Mikroinjection
5. Menyeleksi clone
- Genetik
- Hibridisasi asam nukleat