BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Asam Amino

2.1.1 Pengertian Asam Amino

Gambar 2.1 Struktur asam amino

Asam amino merupakan monomer (satuan pembentuk) protein yang memiliki dua gugus
fungsi yaitu gugus amino dan gugus karboksil dimana gugus amina dan gugus karboksil terikat
pada atom karbon yang sama.

Asam amino dikatakan sebagai komponen utama penyusun protein. Dibawah ini
merupakan Struktur Protein yang sederhana.

Gambar 2.2 struktur protein

 Dari struktur tersebut terlihat bahwa protein terdiri dari kumpulan atom karbon yang
berikatan dengan gugus amina dan gugus karboksil. Atom karbon yang mengikat satu gugus
amina dan satu gugus karboksil dengan atom karbon lainnya dihubungkan dengan ikatan peptide.
ketika protein dipanaskan dengan asam kuat atau basa kuat, Ikatan kovalen yang
menghubungkan antar Karbon terputus dan terbentuklah molekul molekul yang lebih sederhana
yang dikenal dengan asam amino. Oleh karena itu dapat dikatakan bahwa asam amino
merupakan unsure unsure pembentuk protein.

2.1.1 Klasifikasi Asam Amino

Asam amino merupakan komponen utama penyusun protein, yang dibagi dalam dua
kelompok yaitu asam amino esensial dan non-esensial. Asam amino esensial tidak dapat
diproduksi dalam tubuh sehingga diperoleh melalui makanan. Sedangkan asam amino non-
esensial dapat diproduksi dalam tubuh. Asam amino esensial terdiri dari lysine, methionin, valin,
histidin, fenilalain, arginin, isoleusin, threonin, leusin dan triptofan. Asam amino non-esensial
tersiri dari asam aspartat, asam glutamate, alanin, tirosin, sistin, glisin, serin, prolin, hidroksilin,
glutamine dan hidroksiprolin (Muhsafaat, L. O., Dkk).

Berdasarkan polaritas dari gugus R, Asam amino dapat dikelompokkan menjadi 4 yaitu :

1. Asam amino dengan gugus R non-polar

Merupakan hidrokarbon dengan gugus hidrofobik. Terdapat 5 macam asam amino
yang termasuk kedalam kelompok ini yaitu alanin, valin, leusin, isolusin dan triptofan.
2. Asam amino dengan gugus R polar tak bermuatan
Asam amino pada kelompok ini lebih mudah larut dalam air (hidrofilik). Hal ini
disebabkan karena gugus R nya dapat mengandung gugus fungsional yang membentuk
ikatan hydrogen dalam air. Terdapat 7 macam asam amino yang termasuk kedalam
kelompok ini yaitu
:
a. Glisin, yang mengandung gugus R dengan satu atom hydrogen sehingga terlalu
kecil untuk mempengaruhi kepolaran gugus amina dan gugus karboksil.
b. Serin, yang mengandung gugus karboksil
 c. Treonin, yang mengandung gugus karboksil
d. Tirosin, yang mengandung gugus karboksil
e. Sistein, yang mengandung gugus sulfidril ( gugus tiol) dan gugus R yang mudah
berdisosiasi ion H+. sistein dalam molekul protein terdapat dua bentuk yaitu
sistein dan sistin yang apabila bergabung akan membentuk ikatan sulfide. Sistein
memiliki peraan khusus dalam membentuk struktur protein seperti pada insulin
f. Asparagin, yang mengandung gugus amida dan juga termasuk asam amino
pembentuk protein yaitu asam aspartat.
g. Glutamine, yang mengandung gugus amida dan juga termasuk asam amino
pembentuk protein yaitu asam glutamat.
3. Asam amino dengan gugus R polar dan bermuatan positif (asam amino basa)
Golongan asam amino ini bermuatan positif pada PH 7,0 dan terdiri dari lisin,
arginin, dan histidin.
4. Asam amino dengan gugus R polar dan bermuatan negative (asam amino asam)
Golongan asam amino ini bermuatan negative pada PH 6,0 – 7,0 dan terdiri dari
asam aspartat dan asam glutamate yang keduanya memiliki dua gugus karboksilat dan
mempunyai struktur serupa dengan aspargin dan glutamine.

Tabel 2.1 Asam amino yang digunakan dalam sintesis protein, dikelompokkan menurut
struktur kimianya ( asam amino netral, nonpolar, alifatik).

Nama & Struktur Kimia

Struktur 3D Singkatan
Asam Amino

Gly G
 Ala A

Val V

Leu L

Ile I

Tabel 2.2 Asam amino yang digunakan dalam sintesis protein, dikelompokkan menurut
struktur kimianya ( asam amino polar, alifatik).

Nama & Struktur Kimia

Struktur 3D Singkatan
Asam Amino

Ser S
 Thr T

Asn N

Gln Q

Tabel 2.3 Asam amino yang digunakan dalam sintesis protein, dikelompokkan menurut
struktur kimianya ( asam amino aromatis).

Nama & Struktur Kimia

Struktur 3D Singkatan
Asam Amino

Phe F

Tyr Y
 Trp W

Tabel 2.4 Asam amino yang digunakan dalam sintesis protein, dikelompokkan menurut
struktur kimianya ( asam amino yang mengandung sulfur).

Nama & Struktur Kimia

Struktur 3D Singkatan
Asam Amino

Cys C

Met M

Tabel 2.5 Asam amino yang digunakan dalam sintesis protein, dikelompokkan menurut
struktur kimianya ( asam amino mengandung gugus asam amino sekunder).

Nama & Struktur Kimia

Struktur 3D Singkatan
Asam Amino

Pro P
Tabel 2.6 Asam amino yang digunakan dalam sintesis protein, dikelompokkan menurut
struktur kimianya ( asam amino yang bersifat asam).

Nama & Struktur Kimia

Struktur 3D Singkatan
Asam Amino

Asp D

Glu E

Tabel 2.7 Asam amino yang digunakan dalam sintesis protein, dikelompokkan menurut
struktur kimianya ( asam amino yang bersifat basa).

Nama & Struktur Kimia

Struktur 3D Singkatan
Asam Amino

Lys K

Arg R
 His H

2.1.2 Sifat Asam Basa Asam Amino

Asam amino merupkan senyawa amfoter, yakni memiliki gugus asam dan juga gugus
basa . karena itu, asam amino dapat membawa muatan listrik total yang tergantung pada sifat
larutannya. Muatan yang dibawa suatu molekul mempengaruhi interaksinya dengan molekul
lain. Sifat ii dimanfaatkan untuk isolasi dan pemurnian asam amino maupun protein.

Air merupakan pelarut biologis utama. Sifat asam-basa molekul terlarut berkaitan erat
dengan disosiasi air. Air merupakan elektrolit lemah yang bisa terdisosiasi menjadi proton dan
ion hidroksil. Dalam proses disosiasi air, proton berkaitan dengan molekul air lainnya yang
berikatan ( ikatan hidrogen)sehingga membentuk ion hidronium (H3O+).

( yohanis,2013:91).

Ada suatu kristal asam amino, misalnya alanin, dilarutkan di dalam air, molekul ini menjadi
molekul dipolar, yang dapat berperan menjadi suatu asam (donor proton)
Molekul polar sebagai basa ( akseptor proton)

Senyawa yang mempunyai kedua sifat ini dinamakan amfoter,( bahasa yunani amphi
artinya” keduanya”), dan seringkali disebut ampolit, singkatan dari “ ampoteric electrolytes”.
Dalam monoamino monokarbon sifat α-amino yang sederhan seperti alanin, sebenarnya
merupakan asam diprotik dalam keadaan semua molekul mengikat proton, yaitu jika gugus
diboksil dan gugus amino telah mengikat proton. Dalam bentuk ini, asam amino mempunyai dua
gugus yang dapat mengion menghasilkan proton, seperti ditunjukkan di dalam persamaan berikut
ini :

( alberi, 1982: no date).

 Dalam air murni bersuhu 250C terdapat 1,0 x 10-7mol L-1 H3O+ dan ion OH- dengan
konsentrasi ekuivalen. Proton tidak berada dalam keadaaan “ telanjang” dalam air karena proton
memiliki afinitas tinggi untuk molekul air. Tetapi untuk tujuan penyederhanaan, proton dalam air
seringkali ditulis dengan H+.

Proses disosiasi air merupakan proses kesetimbangan yang berlangsung sangat cepat, dengan
tetapan kesetimbangan ditulis seperti berikut:

𝑎𝐻3𝑂+X 𝑎OH−
Ke =
(𝑎𝐻3𝑂+)2

Untuk larutan encer, aktifitas zat terlarut (a) air dianggap konstan mendekati 1,0 dan aktivtas zat
terlarut merupakan konsentrasinya. Dengan demikian, dapat tertulis suatu ketetapan praktis, KW
yakni produk ionik dari air:

KW = [H3O+].[OH-]

Atau juga sering ditulis KW = [H+].[OH-], dengan mengabaikan hidrasi proton. Air murni pada
suhu 250C memliki KW = 10-14. Karena dalam air murni [H+] = [OH-], maka

[H+] = √10-14 = 10-7mol L-1

Dalam larutan asam, [H+] lebih tinggi dan [OH-] lebih rendah karena produk ionik adalah
konstan. Nialai KWtergantung pada suhu, misalnya pada 370CKW = 2,4 x 10-14.

Seorang ahli kimia denmark, S.P.L sorensen mendefinisikan PH ( potentia hydrogenii ) sebagai :

pH = -log10[H+]

Pada larut netral,[H+] = [OH-], dan untuk air murni pada 250C maka

pH = -log10[10-7] = 7.0
Air destilasi yang biasa dipakai dalam laboratorium tidak terlalu murni. Sejumlah kecil CO2 yang
terlarut dalam air akan membentuk asam karbonat sehingga meningkatkan konsentrasi ion
hidrogen sampai sekitar 10-5 mol L-1. Karena itu air destilasi memiliki pH sekitar 5.

Suatu asam adalah suatu senyawa yang dapat menyumbangkan proton pada senyawa lain
(menurut definisi Bronsted). Senyawa CH3COOH adalah suatu asam, yang bernama asam asetat.
Ketika dilarutkan dalam air, gugus karboksil pada asam asetat tidak terdisosiasi sempurna.
Karena itu asam asetat termasuk sebagai asam lema. Reaksi disosiasi asam lemah bertipe HA
dalam air adalah

Maka, reaksi disosiasi untuk asam asetat adalah:

HA + H2O A- + H3O+

CH3COOH + H2O CH3COO- + H3O+

Donor H+ Akseptor H+ Basa Asam

(asam) (basa) konjugasi konjugasi

Pemberian dan penerimaan proton merupakan proses dua arah. Ion H3O+ yang
terbentuk dapat mendonorkan proton kembali pada ion asetat untuk membentuk asam asetat. Hal
ini berarti ion H3O+ dapat dianggap sebagai asam atau ion asetat dapat dianggap sebagai basa.
Karena itu asetat disebut basa konjugasidari asam asetat.

Proses asosiasi dan disosiasi diatas membentuk suatu kesetimbangan, dan larutan akan
memiliki konsentrasi H3O+ yang lebih besar dari pada konsentrasi di dalam air murni. Karena itu
larutan ini akan memiliki pH dibawah 7,0.

Tetapan disosiasi asam, Ka adalah ukuran kekuatan suatu asam.

𝑎𝐻3𝑂+𝑎A
Ka =
𝑎𝐻𝐴.𝑎𝐻2𝑂

untuk asam asetat Ka adalah

 𝑎𝐻3𝑂+.𝑎𝐶𝐻3𝐶𝑂𝑂−
Ka =
𝑎𝐶𝐻3𝐶𝑂𝑂− .𝑎𝐻2𝑂

dengan a merupakan aktifitas termodinamika dari zat kimia tersebut.

Dalam larutan encer, konsentrasi air sangat mendekati konsentrasi air murni. Menurut konvensi,
aktivitas air murni adalah 1,0. Selanjutnya, aktivitas zat larutan dalam larutan encer dapat
diperkirakan dari konsentrasi zat tersebut. Untuk itu persamaan untuk tetapan disosiasi asam
dapat ditulis sebagai berikut [H+] = √10-14= = 10-7mol L-1

[H+][A−]
Ka =
[𝐻𝐴]

[H+][CH3COOH−]
Ka =
[𝐶𝐻3𝐶𝑂𝑂𝐻]

Semakin besar nilai Ka maka akan semakin besar pula kecenderungan asam tersebut
untuk melepaskan proto, yang berarti asam semakin kuat.

Dengan cara yang sama seperti pH, pKa dapat ditulis

pKa = -log Ka

semakin rendah nilai pKa suatu senyawa kimia maka akan semakin tinggi nilai Ka, yang
berarti senyawa tersebut makin kuat sifat asamnya.

Suatu basa adalah senyawa yang dapat menerima proton dari suatu asam. Ketika
metilamin ( CH3-NH2 ) dilarutkan dalam air, senyawa tersebut menerima proton dari air sehingga
meningkatkan konsentrasi OH- dan pH menjadi semakin tinggi.

CH3-NH2 + H2O CH3-NH3+ + H3O+

Basa Asam Asam Basa

Konjugasi konjugasi
 Sama seperti pada asam asetat, dengan naiknya konsentrasi OH- maka reaksi sebaliknya
menjdi lebih signifikan sanpai akhirnya proses tersebut mencapai kesetimbanagan. Ketetapan
untuk tetapan kebasaan, Kb, dapat ditulis sebagai berikut:

[CH3−NH2+] [OH−]
Kb = [CH3−NH2]

Akan tetapi penggunaan ketetapan Kb akan dapat membingungkan karena kita harus
menjaga dua macam tetapan Kadan Kb. kesetimbangan kimia adalah proses dua arah, karena itu
lebih mudah mengukur kebasaan dari sudut pandang asam konjugasinya. Artinya, asam
konjugasi dianggap mendonorkan proton pada air:

CH3-NH2+ + H2O CH3-NH2 + H3O+

[CH3−NH2] [H3O+]
Kb = [CH3−NH3+]

Ka dan Kb memiliki hubungan sebagai berikut:

[CH3−NH2+] [OH−] [CH3−NH2] [H3O+]

Ka.Kb = . = [CH3-NH3+] . [H3O+] . [OH-]
. [CH3−NH2]

Maka, Ka.Kb = Kw

Dengan kata lain, jika kita mengetahui Ka dari asam konjugasi, maka kita dapat
mengetahui Kb untuk basanya. Dengan demikian, kuatnya sifat basa suatu senyawa ditandai oleh
rendahnya nilai Ka untuk asam konjugasinya.

Campuran asam basa konjugasinya dapat menahan perubahan pH ketika sedikit asam
atau basa lain ditambahkan. Campuran seperti ini dikenal sebagai penyangga (buffer).

Reaksi disosiasi asam asetat adalah seperti berikut:

CH3COOH + H2O CH3COO- + H3O+

Asam tambahan menyebabkan H3O+ dan CH3COO- tergabung kembali membentuk asam
asetat, sehingga pembentukan H3O+ dihilangi. Sebaliknya, penambahan NaOH menyebabkan
disosiasi asam asetat menjadi asetat, sehingga mengurangi penurunan konsentrasi H3O+.

Sifat di atas bisa dikuantisasi dengan menurunkan persamaan

[H+][A−]
Ka =
[𝐻𝐴]

Yakni : log Ka = log [H+] + log [A] – log [HA]

-log Ka = - log [H+] - log [A] + log [HA]

Karena -log Ka = pKa dan - log [H+] = pH maka

[HA] [asam]
pKa = pH + pH + log
[𝐴−] [𝑏𝑎𝑠𝑎 𝑘𝑜𝑛𝑗𝑢𝑔𝑎𝑠𝑖]

[asam]
atau pH = pKa + log
[𝑏𝑎𝑠𝑎 𝑘𝑜𝑛𝑗𝑢𝑔𝑎𝑠𝑖]

Kedua persamaan diatas adalah persamaan Honderson-Hasselbalch. Dari persamaan ini

dapat dihitung komposisi penyangga yang memiliki pH tertentu. Perlu diperhatikan bahwa jika
[HA] = [A-] maka pH = pKa.

Banyak molekul biologis yang memiliki lebih dari satu gugus yang bisa terdisosiasi.
Disosiasi salah satu gugus dapat mempengauhi kecenderungan gugus-gugus lainyya untuk
terdisosiasi. Hal ini terjadi pada asam asam amino yang memiliki gugus karboksil dan gugus
amino. Dalam air, gugus karboksil cenderung melepaskan proton sedangkan gugus asam amino
mengkat proton. Kedua reaksi tersebut dapat terjadi tanpa terbentuknya H3O+ dan OH-. Hasilnya,
asam amino membawa muatan negatif dan juga muatan positif di dalam larutan yang pH -nya
mendekati netral. Dalam keadaan ini, senyawa tersebut disebut sebagai zwitterion. Tirasi asama
amino dilakukan utuk mempelajari sifat zwiterionik asam amino tersebut. Sebagai contoh, suatu
titrasi dimulai dimulai dengan larutan glisin hidroklorida menimbulkan peningkatan pH larutan.
Pada saat ayng sama, proton yang terdisosiasi bereaksi dengan ion hidrogsil yang ditambahkan
untuk membentuk molekul air, sehingga menyebabkan disosiasi terus terjadi.( yohanis,2013:91-
96)

2.1.3 Reaksi kimia dan analisis asam amino

a. Kelompok fungsional menyatakan sebuah reaksi asam amino
Setiap kelompok fungsional asam amino menunjukkan semuanya reaksi kimia
yang khas. Untuk asam karboksilat kelompok, reaksi ini termasuk pembentukan ester,
amida, dan asam anhidrida; untuk gugus amino, asilasi, midasi, dan esterifikasi; dan
untuk OH dan Grup SH, oksidasi dan esterifikasi. Yang palingReaksi penting asam
amino adalah pembentukan a-ikatan peptida (berbayang biru) (murray.dkk,2003:18)

Asam-asam amino hasil hidrolisisi protein dapat dipisahkan satu sama lain dengan
menggunakan kromatografi penukaran ion. Tiga macam larutan penyangga pH dipakai
untuk mengelusi asam amino pada kolom kromatografi. Urutan pengelusian tergantung pada
muatan asam amino basa ( lisin, histidin dan arginin) paling kuat mengikat muatan negatif
resin penukaran ion. Teknik ini memungkinkan penentuan asam amino apa saja yang
terdapat dalam protein tertentu. Kelimpahan relatif asam-asam amino. Senyawa ninhidrin
bereaksi dengan asama amino membentuk warna ungu. Larutan berwarna ungu ini diukur
absorbansinya pada panjang gelombang 570nm, lalu konsentrasi relatif tiap asam amno dapat
ditentukan..(yohanis,2013:101).

b. Analisis asam amino isi bahan biologi

Untuk menentukan identitas dan kuantitas masing-masing asam amino dalam sampel
bahan biologis, pertama-tama perlu untuk menghidrolisis ikatan peptida yang
menghubungkan aminon asam bersama dengan pengobatan dengan HCl panas. Hasilnya
campuran asam amino bebas kemudian diolah dengan 6-aminoN-hydroxysuccinimidyl
carbamate, yang bereaksi dengangugus α-amino mereka, membentuk turunan fluoresen
yang kemudian dipisahkan dan diidentifikasi menggunakan tekanan tinggi kromatografi
cair (lihat Bab 5). Ninhydrin, juga banyak digunakan untuk mendeteksi asam amino,
membentuk warna ungu produk dengan asam α-amino dan aduk kuning dengan
kelompok imine dari prolin dan hidroksiprolin.(murray.dkk,2003:20).

Asam amino prolin tidak memberikan warna ungu ketika direaksikan dengan
ninhidrin, melainkan warna kuning muda yang juga yang juga dapat dikuantisasi. Prolin
dapat langsung ditemukan dalam kromatogram selama analisis asam aminokarena tinggi
relatif absorban pada panjang gelombang 570nm merupakan kebalikan pada panjang
gelombang 440nm dibandingkan dengan asam-asam amino lainnya.
 Gambar pemisahan asam amino menggunakan kromatografi penukar ion. Luas pucak
adalah proporsional degan jumlah asam amino dalam larutan.(yohanis,2013:102).

2.2 Protein/Peptide
2.2.1 Pengertian protein

Protein adalah polimer yang dibentuk oleh sejumlah besar asam amino melalui ikatan
peptida membentuk rantai polimer. Protein merupakan molekul yang mirip dengan molekul
peptida, hanya saja protein merujuk ke molekul dengan rantai asam amino yang sangat besar
sehingga ukuran molekul protein jauh lebih besar dengan molekul peptida. Protein berasal dari
kata protos yang berarti pertama, molekul ini merupakan makromolekul terbanyak dalam sel,
Hampir separuh dari sel merupakan molekul protein. Protein adalah produk yang dihasilkan dari
ekresi informasi genetik ( Arbianto, 1993 : 24).

Protein adalah sumber penggerak untuk berat badan dan anabolisme, dapat dicapai pada
tingkat rendah asupan energi. Protein merupakan komponen fungsional dan struktural utama dari
semua sel tubuh. Protein merupakan makromolekul yang terdiri dari rantai panjang dari subunit
asam amino ( Johannes, 2014: 3).

2.2.2 Sifat- sifat Protein

a. Denaturasi
Sifat protein yang satu ini ditandai dengan terjadinya proses perubahan konfigurasi
susunan molekul dari protein. Perubahan konfigurasi tersebut kemudian merubah
struktur baik itu sekunder, tersier dan kuarter protein. Namun perlu digarisbawahi,
perubahan susunan tersebut sama sekali tidak merubah susunan ikatan peptide dari
protein. Sifat denaturasi protein ini bisa terjadi karena beberapa hal di antaranya suhu
panas yang memutuskan ikatan hidrogennya, adanya asam basa yang memutus
jembatan garam pada struktur tersier senyawa protein, adanya logam berat yang
kemudian membentuk protein logam yang tidak bisa dilarutkan.
b. Koagulasi
Sifat protein yang satu ini ditandai dengan adanya penggumpalan partikel koloid
sebagai akibat penambahan senyawa kimia yang pada akhirnya menyebabkan partikel
menjadi netral dan akhirnya membentuk endapan akibat gaya gravitasi. Koagulasi ini
sendri terjadi karena beberapa hal seperti pemanasan (contohnya: darah), pengadukan
(contohnya: tepung kanji), dan pendinginan (contohnya: agar-agar).
c. Browning
Sifat protein yang satu ini ditandai dengan terjadinya perubahan warna menjadi
coklat. Hal ini merupakan reaksi pencoklatan enzimatis serta non enzimatis. Contoh
pencoklatan enximatis terlihat pada buah-buah juga sayuran yang mengandung zat
fenolik. Semenetara itu, contoh untuk pencoklatan non enzimatis ada pada
karamelisasigula.

2.2.3 Struktur protein

Menurut Arbianto ( 1993: 26), struktur protein terbagi menjadi empat:
a) Struktur primer
 Struktur primer merupakan struktur yang sederhana dengan urutan-urutan asam
amino yang tersusun secara linear yang mirip seperti tatanan huruf dalam sebuah kata dan
tidak terjadi percabangan rantai. Struktur primer terbentuk melalui ikatan antara gugus α–
amino dengan gugus α–karboksil. Ikatan tersebut dinamakan ikatan peptida atau ikatan
amida. Struktur ini dapat menentukan urutan suatu asam amino dari suatu polipeptida.

Struktur primer merujuk pada struktur linier dari residu-residu asam amino
sepanjang rantai polipeptida, melibatkan pembentukan ikatan kovalen dan ikatan peptida
dan ikatan disulfida antara rantai polipeptida yang biasa disebut struktur ( sulfida).
Susunan asam amino dalam suatu rantai polipeptida disebut struktur primer protein.

b) Struktur sekunder
 Struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai
rangkaian asam amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Struktur
sekunder merujuk ke struktur dua dimensi dari molekul protein dimana terjadi “ folding”
( melipat) dari yang beraturan seperti α-heliks atau β-sheet (lipatan beta). Dalam struktur
sekunder disamping adanya ikatan kovalen antar asam amino dan ikatan disulfida dari
gugus sistein juga terdapat ikatan-ikatan hydrogen dari gugus-gugus polar pada residu
asam amino.

Struktur sekunder merupakan kombinasi antara struktur primer yang

linear distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan =NH di sepanjang tulang
belakang polipeptida. Salah satu contoh struktur sekunder adalah α-heliks dan β-pleated.
Struktur ini memiliki segmen-segmen dalam polipeptida yang terlilit atau terlipat secara
berulang.Struktur sekunder protein didasarkan pada susunan ikatan hydrogen dari ikatan
belakang asam amino protein (Tellingen, 2001 :28).

c) Struktur tersier
 Struktur tersier adalah lapisan tumpang tindih di atas pola struktur sekunder yang
terdiri atas pemutarbalikan tak beraturan dari ikatan antara rantai samping (gugus R)
berbagai asam amino. Struktur ini merupakan konfirmasi tiga dimensi yang mengacu
pada hubungan spasial antar struktur sekunder. Struktur ini distabilkan oleh empat
macam ikatan, yakni ikatan hidrogen, ikatan ionik, ikatan kovalen, dan ikatan hidrofobik.
Dalam struktur ini, ikatan hidrofobik sangat penting bagi protein. Asam amino yang
memiliki sifat hidrofobik akan berikatan di bagian dalam protein globuler yang tidak
berikatan dengan air, sementara asam amino yang bersifat hodrofilik secara umum akan
berada di sisi permukaan luar yang berikatan dengan air di sekelilingnya ( Lehninger,
2004).

Struktur tersier merupakan tiga dimensi yang sederhana dari rantai polipeptida.
Polipeptida struktur ini disamping telah melakukan folding membentuk struktur α-heliks
maupun β-sheet, juga terjadi interaksi-interaksi nonkovalen lain seperti interaksi Van Der
Waals, dan interaksi gugus nonpolar yang mendorong terjadinya folding yang tepat dari
suatu polipeptida. Struktur tersier dibentuk dengan mengemas unsur-unsur struktur
sekunder ke dalam satu atau beberapa unit globular kompak yang disebut dominan.
Struktur tersier biasanya berupa gumpalan.

Struktur tersier protein menambah struktur tiga dimensi mereka yang sebenarnya
dengan bantuan ikatan kovalen disulfida antara rantai samping asam amino sulfida yang
mengandung, ikatan hydrogen antara rantai samping asam amino, gaya elektrostatik tarik
dan interaksi hidrofobik (Tellingen, 2001:29).
d) Struktur kuartener

Struktur kuartener adalah struktur tertinggi, dalam struktur ini molekul protein
merupakan kompleks tidak terbatas hanya terdiri dari satu rantai polipeptida tetapi
mungkin mengandung beberapa rantai polipeptida. Jadi pada struktur ini disamping
sudah mempunyai ikatan hydrogen, interaksi Van Der Waals, maupun interaksi gugus-
gugus nonpolar rantai polipeptida yang satu dengan yang lainnya dapat berinteraksi satu
sama lain baik interaksi polar, nonpolar maupun interaksi Van Der Waals. Protein yang
memiliki struktur kuartener disusun oleh beberapa rantai polipeptida terpisah yang
ditahan oleh interaksi non kovalen. Protein akhir bisa mengandung beberapa rantai
polipeptida yang disusun dalam struktur kuartener. Asam amino yang terpisah jauh dalam
urutannya dibawa mendekat dalam tiga dimensi untuk membentuk daerah fungsional
yakni sisi aktif.

Struktur kuarterner adalah gambaran dari pengaturan sub-unit atau promoter

protein dalam ruang. Struktur ini memiliki dua atau lebih dari sub-unit protein dengan
struktur tersier yang akan membentuk protein kompleks yang fungsional. ikatan yang
berperan dalam struktur ini adalah ikatan nonkovalen, yakni interaksi elektrostatis,
hidrogen, dan hidrofobik. Protein dengan struktur kuarterner sering disebut juga dengan
protein multimerik. Jika protein yang tersusun dari dua sub-unit disebut dengan protein
dimerik dan jika tersusun dari empat sub-unit disebut dengan protein tetramerik ( Murray,
2009).
2.2.4 Klasifikasi Dan Fungsi Protein

Pada awalnya para ilmuan meneliti hubungan struktur, fungsi dalam protein dengan
memisahkan protein menjadi kelas-kelas berdasarkan sifat, seperti kelarutan, bentuk atau adanya
gugus nonprotein.Pada prinsipnya perbedaan protein terletak pada jumlah dan urutan residu asam
amino penyusunnya.Protein dapat dibedakan menjadi beberapa macam sesuai dengan fungsi
biologinya.

Menurut Minda ( 2016 ) pada prisipnya perbedaan suatu protein dengan protein lainnya
terletak pada jumlah urutan rsidu asam amino penyusunnya. Hal ini dilihat dari seberapa banyak
protein yag dapat terbentuk dari kombinasi 20 asam amino. Kombinasi ini akan menghasilkan
protein dengan urutan asam amino tertentu, yang akan menentukan sifat dan fungsinya. Berikut
adalah protein yang mempunyai macam macam fungsi biologi :

1. Enzim

Merupakan golongan protein yang terbesar dan paling penting.Kira-kira seribu macam
enzim telah diketahui, yang masing-masing berfungsi sebagai katalisator reaksi kimia dalam
jasad hidup.pada jasad hidup yang berbeda terdapat macam jenis enzim yang berbeda pula.
Molekul enzim biasanya berbentuk bulat (globular), sebagian terdiri atas satu rantai polipeptida
dan sebagian lain terdiri lebih dari satu polipeptida.

Contoh enzim: ribonuklease, suatu enzim yang mengkatalisa hidrolisa RNA (asam
poliribonukleat); sitokrom, berperan dalam proses pemindahan electron; tripsin; katalisator
pemutus ikatan peptida tertentu dalam polipeptida.

2. Protein Pembangun

Protein pembangun berfungsi sebagai unsure pembentuk struktur.Beberapa contoh

misalnya: protein pembukus virus, merupakan selubung pada kromosom; glikoprotein,
merupakan penunjang struktur dinding sel; struktur membrane, merupakan protein komponen
membrane sel; α-Keratin, terdapat dalam kulit, bulu ayam, dan kuku; sklerotin, terdapat dalam
rangka luar insekta; fibroin, terdapat dalam kokon ulat sutra; kolagen, merupakan serabut dalam
jaringan penyambung; elastin, terdapat pada jaringan penyambung yang elastis (ikat sendi);
mukroprotein, terdapat dalam sekresi mukosa (lendir).

3. Protein Kontraktil

Protein kontraktil merupakan golongan protein yang berperan dalam proses gerak.
Sebagai contoh misalnya; miosin, merupakan unsure filamen tak bergerak dalam myofibril;
dinei, terdapat dalam rambut getar dan flagel (bulu cambuk).

4. Protein Pengangkut

Protein pengangkut mempunyai kemampuan mengikat molekul tertentu dan melakukan

pengangkutan berbagai macam zat melalui aliran darah. Sebagai contoh misalnya: hemoglobin,
terdiri atas gugus senyawa heme yang mengandung besi terikat pada protein globin, berfungsi
sebagai alat pengangkut oksigen dalam darah vertebrata; hemosianin, befungsi sebagai alat
pengangkut oksigen dalam darah beberapa macam invertebrate; mioglobin, sebagai alat
pengangkut oksigen dalam jaringan otot; serum albumin, sebagai alat pengangkut asam lemak
dalam darah; β-lipoprotein, sebagai alat pengangkut lipid dalam darah; seruloplasmin, sebagai
alat pengangkut ion tembaga dalam darah.

5. Protein Hormon

Seperti enzim, hormone juga termasuk protein yang aktif. Sebagai contoh misalnya:
insulin, berfungsi mengatur metabolisme glukosa, hormone adrenokortikotrop, berperan
pengatur sintesis kortikosteroid; hormone pertumbuhan, berperan menstimulasi pertumbuhan
tulang.

6. Protein Bersifat Racun

Beberapa protein yang bersifat racun terhadap hewan kelas tinggi yaitu misalnya: racun
dari Clostridium botulimum, menyebabkan keracunan bahan makanan; racun ular, suatu protein
enzim yang dapat menyebabkan terhidrolisisnya fosfogliserida yang terdapat dalam membrane
sel; risin, protein racun dari beras.
7. Protein Pelindung

Golongan protein pelindung umumnya terdapat dalam darah vertebrata. Sebagai contoh
misalnya: antibody merupakan protein yang hanya dibentuk jika ada antigen dan dengan antigen
yang merupakan protein asing, dapat membentuk senyawa kompleks; fibrinogen, merupakan
sumber pembentuk fibrin dalam proses pembekuan darah; trombin, merupakan komponen dalam
mekanisme pembekuan darah.

8. Protein Cadangan

Protein cadangan disimpan untuk berbagai proses metabolisme dalam tubuh. Sebagai
contoh, misalnya: ovalbumin, merupakan protein yangterdapat dalam putih telur; kasein,
merupakan protein dalam biji jagung.

2.2.5 Analisis Protein/Peptide

Dalam usaha meneliti sifat fisik dan fungsional suatu protein secara rinci, diperlukan
protein yang sangat murni. Sel mengandung ribuan protein yang berlainan , masing-masing
dengan jumlah yang sangat berbeda. Maka dari itu perlu adanya isolasi protein yang spesifik
dalam jumlah yang memadai untuk dianalisis merupakan suatu tantangan besar yang mungkin
memerlukan beberapa teknik pemurnian secara berurutan.

Menurut Murray (2003) dalam buku Biokimia Harper. Ada beberapa cara yang dapat
digunakan dalam menganalisis protein, diantanranya sebagai berikut :

Kromatografi berdasarkan sistem geometri

1. Kromatografi Kolom

Kromatografi kolom merupakan salah satu terknik kromatografi yang tertua dan masih
digunakan.Ditinjau dari mekanismenya kromatografi kolom merupakan kromatografi serapan
atau adsordsi. Teknik kromatografi kolom biasanya digunakan dalam bidang analisis kedokteran
dimana protein akan dimurnikan dengan kromatografi kolom ini
Kromatografi berdasarkan prinsip pemisahan

1. Kromatografi Partisi

Kromatografi partisi adalah kromatografi dimana proses pemisahannya berdasakan

kemampuan adsorpsi analit pada lapisan tipis cairan yang dilapiskan pada partikel padatan inert
fase diamnya. Prinsip utama pemisahan berdasarkan perbedaan kelarutan antara komponen
sampel pada fase diamnya (gas chromatography), atau berdasarkan perbedaan kelarutan
komponen dalam fase gerak dengan fase diamnya (liquid chromatography).Keuntungan metode
kromatografi partisi ini adalah distribusinya tidak bergantung pada konsentrasi, sehingga
pemisahan dapat terjadi lebih baik.

2. Kromatografi adsorpsi

Pada jenis kromatografi adsorpsi, prinsip pemisahan berdasarkan proses adsorpsi analit
dalam permukaan padatan fase diam. Padatan fase diam dapat berupa silika gel atau alumina
yang memiliki luas permukaan relatif besar. Kromatografi adsorpsi merupakan salah satu metode
kromatografi yang cukup lama.Pemisahan didasarkan pada perbedaan sifat afinitas adsorpsi dari
komponen sampel pada permukaan padatan aktif. Kromatografi adsorpsi menggunakan fase
gerak cairan maupun padatan yang mampu teradsorp pada permukaan fase diamnya.Pada gambar
dibawah ini ditunjukkan interaksi adsorpsi antara analit pada fase gerak dengan permukaan fase
diamnya.

3. Kromatografi pertukaran ion

Pada kromatografi penukar ion, ion terpisahkan berdasarkan gaya elektrostatiknya

membentuk grup fungsional yang bermuatan pada fase diam. Kromatografi penukar ion
menggunakan resin sebagai padatan fase diam yang berguna untuk mengikat anion atau kation.
Larutan ion bermuatan pada fase gerak akan berikatan denga resin yang memiliki muatan
berlawanan melalui gaya elektrostatik.

4. Kromatografi Eksklusi Ukuran

 Kromatografi eksklusi ukuran atau filtrasi gel merupakan pemisahan protein-protein
berdasarkan radius stokes protein tersebut., yaitu garis tengah bola yang ditempati protein
sewaktu masuk dalam larutan. Radius stokes adalah fungsi dari massa dan bentuk molekul.
Protein berbentuk memanjang menempati volume yang lebih besar dibandingkan dengan massa
setara. Kromatografi eksklusi ukuran menggunakan manik-manik berpori. Pori-pori ini analog
dengan identitas (cekungan) ditepi sungai. Sewaktu objek bergerak kearah hilir, objek yang
masuk kecekungan akan tertahan sampai objek tersebut mengalir balik kearus utama. Demikian
juga, protein dengan radius stokes yang terlalu besar untuk masuk kepori (protein yang
tereksklusi) tetap berada dalam fase bergerak yang mengalir dan muncul didepan protein yang
dapat memasuki pori (protein yang terinklusi). Oleh karena itu, protein muncul dari kolom
filtrasi gel sesuai urutan penurunaan radius stokesnya.

5. Kromatografi Interaksi Hidrofobik

Kromatografi interaksi hidrofobik merupakan metode pemisahan berdasarkan perbedaan

hidrofobisitas pada permukaan protein.Hal yang bergantung pada interaksi hidrofobik antara
permukaan protein dengan gugus hidrofobik yeng terikat secara kovalen pada matriks.Melalui
interaksi hidrofobik. hidrofobisitas adalah sifat fisik dari suatu molekul (disebut sebagai
molekul hidrofobik) yang tampaknya ditolak dari massa air. (Sebenarnya, tidak ada kekuatan
tolakan yang terlibat, hal ini disebabkan karena tidak adanya daya tarik).
Sebaliknya, hidrofilik merupakan senyawa yang tertarik pada air.

6. Kromatografi Afinitas

Pemurnian enzim atau protein menggunakan teknik kromatografi afinitas pada saat ini
sangat populer dan menjadi pilihan utama.Pemurnian ini dilakukan berdasarkan afinitas enzim
atau protein terhadap biomolekul lain (ligan), misalnya enzim terhadap inhibitor,
substrat atau produknya, afinitas antibodi terhadap antigennya, atau afinitas hormon terhadap
reseptornya Prinsip kromatografi afinitas adalah pengikatan spesifik ligan dengan reseptor. Jadi,
dalam kromatografi afinitas minimum harus ada dua senyawa yang berikatan spesifik Tujuan
dari afinitas kromatografi adalah untuk memisahkan semua molekul dari kekhususantertentu dari
keseluruhan seluruh molekul dalam campuran Pemurnian dengan teknik kromatografi afinitas
disebut pemurnian satu tahap (one step purification) Dalam proses pemurnian satu tahap
menggunakan kromatografi afinitas diperlukaninteraksi spesifik antara protein rekombinan
dengan suatu ligan.