Dasar Ikatan dan

Struktur Molekul
Bagaimana molekul terbentuk

(bahan ini diadaptasi dari bahan ajar tim kimia

organik DTK dan hanya untuk kalangan
pribadi/tdk untuk public link)
Mengapa Topik Ini Penting?

Salicin

Willow tree

Nature-inspired
chemicals

Budhijanto, 2017 2
Nature-inspired chemicals

• Urea (Friedrich Wöhler, 1828) – sintesis konstituen organik

alami (komponen utama urine) dari senyawa anorganik:

3
Budhijanto, 2017
Contoh: obat cancer dari dasar
samudera

4
Budhijanto, 2017
 Sintesis “tiruan” bahan kimia
dari inspirasi alam

Ditemukan oleh
Retrosynthetic analysis: Scale-up ke skala
para biologist
menyelidiki senyawa tertentu bisa industri
“direkonstruksi” dari bahan kimia apa

ORGANIC CHEMICAL
CHEMISTRY ENGINEERING

5
Budhijanto, 2017
Target belajar hari ini

• Bagaimana karakter dasar atom-atom yang membentuk

molekul
• Bagaimana “hukum alam” mengatur bergabungnya atom-
atom dalam molekul
• Bagaimana cara terbaik untuk menggambarkan molekul

6
Budhijanto, 2017
 Atom C : pusat kehidupan
Kimia Organik: senyawa-senyawa yang mengandung atom C
7
KARAKTERISTIK ATOM

8
Struktur Atom

• Senyawa tersusun dari unsur, unsur terdiri atas atom-atom

• Atom terdiri atas nukleus (proton dan netron) dan
dikelilingi oleh awan elektron

9
Budhijanto, 2017
Identifikasi Atom

10
Budhijanto, 2017
Isotop

• Semua atom dari suatu unsur memiliki JUMLAH PROTON

YANG SAMA (nomor atom sama)
• TETAPI: massa bisa berbeda karena variasi jumlah
NEUTRON
• Kelompok atom dengan nomor atom sama tetapi massa-
nya berbeda disebut ISOTOP

11
Budhijanto, 2017
miniKuis 1

• Berapa jumlah neutron pada atom hidrogen?

• Disebut apakah hidrogen dengan nomor massa 2?

12
Budhijanto, 2017
miniKuis 2

• If H2O is water, H2O2 is hydrogen peroxide,

what is H2O4 ???

13
Budhijanto, 2017
Elektron Valensi

14
Budhijanto, 2017
Level Energi Elektron
INGAT:
“Kulit” pada atom
tidak benar-benar
ada secara fisik.
Istilah “kulit”
digunakan untuk
menggambarkan
level energi yang
menyelubungi inti
atom.
Semakin jauh dari
inti, level energi
semakin besar.

Budhijanto, 2017 15
Dasar Ikatan Kimia

• Kulit yang terpenting

adalah kulit yang terluar
karena kulit inilah yang
digunakan oleh atom
untuk membuat IKATAN
• Kulit ini disebut VALENCE
SHELL (KULIT TERLUAR)

Budhijanto, 2017 16
Elektron Valensi = Nomor
Grup dalam tabel periodik

17
Budhijanto, 2017
BREAK
Apa yang Anda pahami dari paparan sejauh
ini?

18
Teori Struktur Kimia Organik
(Two Premises)
1. Atom-atom dalam senyawa organik dapat membentuk sejumlah
tertentu ikatan menggunakan elektron pada kulit terluarnya sebagai
berikut:

2. Atom karbon dapat menggunakan SATU ATAU LEBIH elektron

valensinya untuk membentuk ikatan dengan sesama atom karbon:

19
Budhijanto, 2017
Isomer konstitusional
• Senyawa yang memiliki RUMUS MOLEKUL sama, tetapi
RUMUS BANGUN berbeda

C3 H 6 O

Aseton Propilen oksid

20
Budhijanto, 2017
Klasifikasi ISOMER

21
Budhijanto, 2017
ISOMER
Contoh isomer konstitusional:

Contoh enantiomer:

22
Budhijanto, 2017
ISOMER

Contoh diastereomer:

23
Budhijanto, 2017
REVIEW TEORI IKATAN
LEWIS
Ikatan ionik dan ikatan kovalen

24
Aturan Oktet

• Semua atom cenderung menuju konfigurasi yang paling

stabil, yaitu konfigurasi elektron gas mulia, di mana jumlah
elektron maksimum pada kulit terluar adalah DELAPAN
(oktet), kecuali helium.
• Berdasarkan aturan oktet, ada DUA JENIS ikatan kimia
(Teori Lewis):
1. Ikatan ionik (elektrovalen): transfer elektron dari satu
atom ke atom pasangannya
2. Ikatan kovalen: elektron digunakan bersama

25
Budhijanto, 2017
Ikatan Ion

Elektronegativitas:
Kemampuan MENARIK
ELEKTRON

Ikatan ionik bisa terjadi akibat

beda elektronegativitas yang Elektronegativitas semakin besar:
cukup jauh
Dari kiri ke kanan
Dari bawah ke atas

Mengapa ??

Budhijanto, 2017 26
 Contoh ikatan ionik

Elektronegativitas jauh berbeda:

• Litium adalah ion logam dengan

ELEKTRONEGATIVITAS RENDAH
• Fluor adalah ion non logam
dengan ELEKTRONEGATIVITAS
TINGGI

•• Transfer + •• -
Li • + • F Li + F LiF (ikatan ionik)
••

••
••

•• elektron ••
Energi ikatan ~ 138 kkal/mol
8 elektron
2 elektron
valensi
valensi
(seperti neon)
(seperti helium) 27
Budhijanto, 2017
Ikatan kovalen

• Dua atau lebih atom dengan elektronegativitas yang

berdekatan membentuk MOLEKUL dengan ikatan kovalen
• Ikatan terjadi dengan elektron yang dipakai bersama oleh
atom-atom yang berikatan untuk menyerupai elektron
valensi gas mulia
Pemakaian bersama
H• + •H H H

••
elektron

28
Budhijanto, 2017
SENYAWA KOVALEN
Polar atau Non-Polar ??

29
Review Teori Ikatan Lewis
Apakah senyawa dengan ikatan kovalen bisa polar?

Misal: A + B → AB
EN A > EN B; EN = elektronegativitas (ukuran kemampuan
suatu atom untuk menarik elektron)

Densitas elektron lebih besar di sekitar A

→ A negatif parsial (δ-), B positif parsial (δ+)
→ ikatan A dan B bersifat polar

30
Budhijanto, 2017
Review Teori Ikatan Lewis
• Jika distribusi elektron tidak seimbang pada orbital
molekuler → ikatan polar → kondisi paling ekstrim: ikatan
ionik.

• Jika distribusi elektron seimbang di dalam orbital

molekuler → ikatan nonpolar → kondisi paling ekstrim:
ikatan kovalen nonpolar dengan EN = 0

31
Budhijanto, 2017
Review Teori Ikatan Lewis
Aturan umum:

1. EN < 0,5 : kovalen nonpolar, contoh: H2

2. 0,5<EN < 1,6 : kovalen polar, contoh: HCl
3. EN > 2,0 : ionik, contoh: LiF
4. 1,6<EN < 2,0 :
a. Salah satu adalah logam → ionik; contoh: NaI
b. Ikatan antar atom-atom nonlogam → kovalen polar;
contoh: HF

32
Budhijanto, 2017
Data Elektronegativitas
Beberapa Unsur yang Paling
Penting dalam Kimia Organik.

33
Budhijanto, 2017
Review Teori Ikatan Lewis
Bond dipole (μ)
(ukuran polaritas ikatan polar)

Persamaan:
μ = ed
e = besar muatan pada ikatan
d = jarak antar inti atom yang berikatan
Contoh: μ ikatan C−F = 1,53 D
1 D = 1 Debye = 1,0∙10-8 esu∙cm
esu = electrostatic unit, misal: muatan sebuah elektron =
4,8∙10-10 esu 34
Budhijanto, 2017
 Contoh Data Bond Dipole
Perhatikan data di bawah ini – apa yang menarik perhatian Anda?

Ikatan Bond dipole, D Ikatan Bond dipole, D

C−F 1,53 H−F 1,82
C−Cl 1,59 H−Cl 1,08
C−Br 1,48 H−Br 0,82
C−I 1,29 H−I 0,44
C−N 0,22 H−N 1,32
C−O 0,85 H−O 1,53
C−H 0,35

35
Budhijanto, 2017
BREAK
Apa yang Anda pahami dari paparan sejauh
ini?

36
Review Teori Ikatan Lewis
Molecular dipole moment:
ukuran polaritas keseluruhan molekul →
jumlah vektor dari semua bond dipoles
Simbol:

Arah panah dari atom bermuatan (+) parsial ke atom

bermuatan (-) parsial
Contoh:

••
H Cl
••

•• Budhijanto, 2017
37
Rangkuman Aturan Struktur
Lewis
• Struktur Lewis: menunjukkan koneksi antar atom dalam
MOLEKUL atau ION dengan hanya menggunakan elektron
valensi dari atom-atom yang terlibat
• Untuk unsur-unsur golongan utama (IA, IVA, VIIA), jumlah
elektron valensi = nomor golongan (misal C dari IVA,
elektron valensi = 4)
• Anion: untuk setiap muatan negatif, artinya kita
menambahkan 1 elektron pada jumlah elektron
originalnya. Sebaliknya, untuk kation: setiap muatan positif,
artinya kita mengurangi 1 elektron dari jumlah elektron
originalnya.
• Dalam struktur Lewis, setiap atom memiliki konfigurasi
elektron gas ideal (pada kulit terluarnya)
38
Budhijanto, 2017
Contoh Struktur Lewis

• Tuliskan struktur Lewis untuk:

1. CH3F
2. C2H6
3. CH5N+

39
Budhijanto, 2017
Ikatan rangkap

• Jika diperlukan, kita menggunakan ikatan rangkap untuk

memenuhi aturan oktet

ikatan rangkap dua:

H2C CH2 dua pasang elektron

Ikatan rangkap tiga:

HC CH tiga pasang elektron

40
Budhijanto, 2017
Apakah ikatan rangkap itu
IDENTIK ?

ikatan rangkap dua:

H2C CH2 dua pasang elektron

41
Budhijanto, 2017
Perkecualian
Aturan Oktet
• Unsur-unsur pada periode 2 dalam tabel periodik
memiliki MAKSIMUM 4 ikatan (8 elektron valensi) karena
unsur-unsur ini hanya memiliki 1 orbital 2s dan 3 orbital
2p untuk sharing elektron.
• Unsur-unsur periode 3 dan seterusnya, memiliki orbital
d sehingga elektron valensinya bisa melebihi 8
• Contoh PCl5 dan SF6

42
Budhijanto, 2017
Pasangan Elektron

Jenis-jenis pasangan elektron:

Bonding pair of electrons:
pasangan elektron pada ikatan antar atom
Non-bonding pair of electrons (= unshared pair of
electrons = lone pair):
pasangan elektron bebas
Berapa jumlah ikatan dan jumlah lone pairs suatu atom
dalam suatu molekul?
tergantung jumlah elektron valensi dari atom itu

43
Budhijanto, 2017
Kalkulasi lone pairs

Atom netral Jumlah e- valensi Jumlah ikatan Jumlah lone pairs

H (1s1) 1 2-1=1 (1 – 1)/2=0
C (1s22s22p2) 4 8-4=4 (4 – 4)/2=0
N (1s22s22p3) 5 8-5=3 (5 – 3)/2=1
O (1s22s22p4) 6 8-6=2 (6 – 2)/2=2
F (1s22s22p5) 7 8-7=1 (7 – 1)/2=3

44
Budhijanto, 2017
Formal Charges
• Definisi:
Formal Charge (FC) adalah
muatan yang secara formal
dimiliki oleh sebuah atom dalam
molekul. Jumlah dari FC semua
atom dalam molekul tersebut
adalah MUATAN MOLEKUL (ion)

• Rumus: FC = Z – 0.5 S – U
FC=formal charge, Z = elektron
valensi, S=shared electron,
U=unshared electrons in lone
pairs

Elektron valensi yang sering

digunakan: C = 4, O = 6, N = 5

Budhijanto, 2017 45
Contoh kalkulasi FC
Rumus: FC = Z – 0.5 S – U
FC=formal charge, Z =
elektron valensi, S=shared
electron, U=unshared
electrons in lone pairs

46
Budhijanto, 2017
Contoh kalkulasi FC
+
H
••
H C O H

H H
• F.C. C = 4 − 0 − 0,5 (8) = 0
H
• F.C. H = 1 − 0 − 0,5 (2) = 0 +
••
• F.C. O = 6 − 2 − 0,5 (6) = +1 H C O H
• Jadi atom O yang membawa muatan.
H H
47
Budhijanto, 2017
Latihan kalkulasi FC

• Tuliskan struktur Lewis dan letakkan muatan formal negatif

pada atom yang tepat untuk anion berikut ini:

1. CH3O-
2. HCO3-
3. NH2-
4. NO3-

48
Budhijanto, 2017
Typical Formal Charge

49
Budhijanto, 2017
Apa gunanya?

• Perhitungan LONE PAIRS?

• Perhitungan FORMAL CHARGE?

50
Budhijanto, 2017
Contoh Aplikasi
Aturan oktet dan FC
NH3 + BH3 → ?
Jawab:

N (golongan VA) → 3 bonding pairs, 1 lone pair → octet rule

terpenuhi

B (golongan IIIA) → 3 bonding pairs → octet rule: perlu 1

pasang e-
51
Budhijanto, 2017
Contoh Aplikasi
Aturan oktet dan FC

Check Formal Charge:

NH3: F.C. N = 5 − 2 − ½(6) = 0
F.C. H = 1 − 0 − ½(2) = 0
BH3: F.C. B = 3 − 0 − ½(6) = 0
F.C. H = 1 − 0 − ½(2) = 0
H3N−BH3: F.C. N = 5 − 0 − ½(8) = +1
F.C. B = 3 − 0 − ½(8) = −1
F.C. H = 1 − 0 − ½(2) = 0
52
Budhijanto, 2017
Interpretasi
→ N bersifat nukleofilik; B bersifat elektrofilik

Nukleofil: atom yang kaya elektron (seringkali

bermuatan negatif), yang memiliki sebuah lone pair
bebas untuk didonasikan kepada atom lain.
Elektrofil: atom yang miskin elektron, yang memiliki
orbital yang kosong atau mudah dikosongkan.
Elektrofil ingin menerima elektron dari nukleofil.

53
Budhijanto, 2017
STUDI KASUS
Aplikasi formal charge dalam product
engineering

Wiratni, 2018 54
The Case

Wiratni, 2018
55
How to kill microbes?
Dinding sel bakteri
bermuatan negatif

Molekul yang bermuatan POSITIF bisa merusak dinding sel bakteri

Wiratni, 2018
56
Effectiveness of chitosan

Wiratni, 2018
57
How to produce chitosan?

Wiratni, 2018
58
 N (golongan VA) → 3 bonding pairs, 1 lone
pair → octet rule terpenuhi

Tidak ada formal charge pada gugus amida,

sehingga dalam kondisi padat, chitosan tidak Bagaimana caranya membuat
aktif sebagai antimikroba formal charge dalam chitosan?

The molecule – solid state

Wiratni, 2018
59
Modifikasi molekul -
PROTONASI

Wiratni, 2018
60
The “size” effect

Wiratni, 2018
61
Nanochitosan

Apa pertimbangan pemilihan polimer?

Wiratni, 2018
62
 COOH

HO O
H2C
O OH
O
OH OH
H2C
OH OH O
O
OH
OH
HO O
O OH
H2C
Gal O O O
OH O OH
CH2 O
H2C H
O OH HO
O O
o
OH Gal O

Tripoly Phosphate (TPP)

OH O
CH2
H2C
O
O
o
Ara
OH

Gum Arab

Best polymers for chitosan

Wiratni, 2018
63
Ingat target belajar kita?

64
 Simbol “polaritas”
Molecular dipole moment:
ukuran polaritas keseluruhan molekul →
jumlah vektor dari semua bond dipoles
Simbol:

Arah panah dari atom bermuatan (+) parsial ke atom

bermuatan (-) parsial
Contoh:

••
H Cl
••

••
65
Budhijanto, 2017
Catatan: Arrow-pushing

• Menunjukkan perpindahan elektron (bisa lone pair atau

bonding electron)

66
Budhijanto, 2017
Contoh curved arrow pada
reaksi substitusi

67
Budhijanto, 2017
BREAK
Apa yang Anda pahami dari paparan sejauh
ini?

68
PENULISAN RUMUS
BANGUN SENYAWA

69
Penulisan Rumus Bangun
Senyawa
1. Line-Angle Formulas/Bond-Line Formulas
Aturan:
✓ Ikatan ditunjukkan dengan garis (satu garis = satu
pasang bonding electrons)
✓ Atom-atom C atau H tidak digambar kecuali pada
ujung rantai
✓ Terdapat atom-atom C (tidak digambar) pada setiap
ujung garis dan pada pertemuan garis (bengkokan)

70
Penulisan Rumus Bangun
Senyawa

Line-Angle Formulas
✓ Terdapat cukup ikatan C-H (tidak digambar)
sehingga setiap atom C memiliki empat buah ikatan
✓ Gambar heteroatoms (N, O, S, P, F, Cl, Br, I, dsb.) dan
atom-atom H yang melekat pada mereka

71
Penulisan Rumus Bangun
Senyawa
Line-Angle Formulas
Contoh:
Isopropanol

Sikloheksanon

72
Penulisan Rumus Bangun
Senyawa
2. Dashes and Wedges
Dapat menunjukkan bahwa atom-atom penyusun molekul
tidak berada dalam satu bidang.
Misal:
CH4 berbentuk tetrahedral

73
Penulisan Rumus Bangun
Senyawa

Dashes and Wedges

Garis: sejajar dengan bidang gambar

Dashes: ke arah belakang bidang gambar
Wedges: ke arah depan bidang gambar

74
Penulisan Rumus Bangun
Senyawa
Dashes and Wedges
• Propana

• Dua isomer 1,2-Sikloheksandiol

75
TEORI RESONANSI

76
Teori Resonansi
→ Penggambaran molekul
dengan lebih dari satu Lewis
structure
→ resonance structures
→ struktur yang sebenarnya
merupakan hibridisasi (weighted
averages) dari struktur-struktur
resonansi itu

77
Budhijanto, 2017
Observasi terjadinya resonansi

• Seharusnya ikatan rangkap lebih pendek daripada ikatan

tunggal
• Kenyataannya, ketiga ikatan C-O teramati SAMA
PANJANG

78
Budhijanto, 2017
Struktur HYBRID

79
Aturan resonansi
✓Hanya elektron pada pi-system (conjugated lone
pairs dan pi-bonds) yang bisa berpindah
✓Setiap struktur resonansi harus merupakan
struktur Lewis yang valid
✓Perhatikan kesesuaian antara perubahan jumlah
lone pairs dengan formal charges
✓Gunakan arrow-pushing formalism
✓Gunakan double-headed arrow ( ↔ ) di
antara struktur-struktur resonansi
✓Struktur resonansi yang energinya lebih rendah
memiliki kontribusi yang lebih besar pada
struktur hibrid dari molekul
80
Budhijanto, 2017
Ikatan pi (-bond)
•Molecular Orbital: kombinasi orbital-orbital
atomik/atomik hybrid dari sepasang atom → σ, σ*, π, π*.
• σ, π: bonding molecular orbitals (ground state) → hasil
gabungan fungsi-fungsi gelombang yang sefase
• σ*, π*: anti bonding molecular orbitals (excited state) →
hasil gabungan fungsi-fungsi gelombang yang tidak
sefase → di antara kedua inti atom akan terdapat node

Akan dibahas lebih detail pada

Bahasan Review Orbital Molekuler

81
Budhijanto, 2017
Energi relatif struktur resonansi
Cara memprediksi energi relatif dari struktur-struktur
resonansi (urut dari yang terpenting/yang lebih
stabil/yang energinya lebih rendah):
1. Octet rule terpenuhi
Catatan: Struktur dimana C memiliki 6 e- valensi
adalah mungkin. Struktur semacam ini tidak mungkin
untuk N, O, dan F
2. Muatan negatif pada atom-atom yang paling
elektronegatif
3. Pemisahan muatan minimal

82
Budhijanto, 2017
Contoh analisis struktur
resonansi

83
Budhijanto, 2017
Contoh analisis struktur
resonansi

84
Budhijanto, 2017
Resonansi
Delokalisasi muatan akan mengarah kepada kestabilan
Contoh:
Fenol:

• → terjadi delokalisasi muatan pada struktur hibrid

• → stabilisasi ion phenoxide

85
Budhijanto, 2017
Resonansi
• Sikloheksanol:

→ Tidak terjadi delokalisasi muatan

→ Teramati: fenol (pKa = 10) lebih asam daripada
sikloheksanol (pKa = 17)

86
Budhijanto, 2017
Resonansi
• Secara umum:
✓ Makin banyak kemungkinan struktur resonansi yang dapat
disusun, makin besar efek stabilisasi resonansinya
✓ Struktur-struktur resonansi yang ekivalen memberikan efek
stabilisasi yang lebih besar daripada struktur-struktur resonansi
yang tidak ekivalen
✓ Struktur-struktur resonansi memberikan informasi mengenai
struktur dan reaktivitas suatu senyawa

87
Budhijanto, 2017
Resonansi
Contoh:
Benzen

Hasil pengamatan eksperimental:

✓ Panjang ikatan antar C = 1,397 Å
✓ Benzene lebih stabil (kurang reaktif) dibandingkan alkena dan
sikloalkena

88
Budhijanto, 2017
Resonansi
• Penjelasan:

• Delokalisasi elektron di sekitar cincin mengarah pada

kestabilan

89
Budhijanto, 2017
BREAK
Apa yang Anda pahami dari paparan sejauh
ini?

90