Sistem Pertanian Terpadu saat ini tentunya memiliki sejarah perkembangan dari zaman
dahulu. Sejarah perkembangan pertanian ini menujukkan bahwa sIstem pertanian telah
berkembang dari sistem indigenous yang ramah lingkungan ke sistem yang konvensional, sistem
industrial, atau sistem modern yang tidak ramah lingkungan. Sistem pertanian konvensional tidak
ramah itu yang notabene berkembang lebih dahulu di Negara-negara maju, hal ini terjadi karena
penggunaan teknologi yang sarat masukan luar berupa agrokimia seperti pupuk anorganik
dan penggunaan pestisida buatan. Sementara di Negara Berkembang yang memiliki iklim tropis,
seperti Indonesia sistem pertanian ini lebih tidak ramah lagi, akibat dari pergeseran lahan-lahan
pertanian ke daerah perbukitan. Hal ini terjadi karena adanya tekanan penduduk dan alih fungsi
lahan pertanian menjadi lahan pemukiman dan industri/pabrik. Dampak dari pertanian tropika
telah cenderung berkembang menuju sistem yang menggunakan masukan eksternal
berlebihan(high-external-input agriculture, HEIA) atau sistem pertanian yang menggunakan
sumberdaya local secara intensif dengan sedikit atau tidak sama sekali menggunakan masukan
eksternal, sehingga mengakibatkan kerusakan sumberdaya alam (low-external-input agriculture,
LEIA).