Protein 1

Bab 3
Protein
Protein adalah suatu senyawa makromolekul, yang terdiri dari unsur-unsur karbon (C),
hidrogen (H), oksigen (O), nitrogen (N), fosfor (P), dan atau belerang (S), dan tersusun dari
satuan-satuan (unit-unit) asam amino yang dihubungkan dengan ikatan peptida.
Protein, yang namanya berarti “pertama” atau utama merupakan makromolekul yang
paling berlimpah di dalam sel dan menyusun lebih dari setengah berat kering pada hampir
semua organisme. Protein terdiri dari rantai polipeptida yang mempunyai rantai amat
panjang, tersusun atas banyak unit asam amino.
Protein adalah instrumen yang mengekspresikan informasi genetik. Seperti juga
terdapat ribuan gen di dalam inti sel, masing-masing mencirikan satu sifat nyata dari
organisme, di dalam sel terdapat ribuan jenis protein yang berbeda, masing-masing
membawa fungsi spesifik yang ditentukan oleh gen yang sesuai.
Protein, dalam semua mahluk hidup, tanpa memandang fungsi dan aktivitas
biologiknya, dibangun oleh susunan dasar yang sama, yaitu 20 asam amino baku, yang
molekulnya sendiri tidak mempunyai aktivitas biologi. Asam amino merupakan abjad
struktur protein, karena molekul-molekul ini dapat disusun dalam jumlah deret yang
hampir tidak terbatas, untuk membuat berbagai protein dalam jumlah yang hampir tidak
terbatas pula.

3.1 Asam Amino

Asam amino dapat dikatakan sebagai turunan dari asam karboksilat, dimana satu atom
–H digantikan oleh gugus amin (-NH2). Pada umumnya gugus amin terikat pada atom C-.
Atom C- pada asam amino, adalah atom C-asimetris (atom C kiral), karena mengikat 4
(empat) gugus yang berbeda, kecuali glisin.
atom karbon 

gugus Amin H O
gugus Karboksil
H2 N C C OH

gugus Radikal
(rantai samping)

Gambar 3.1 Rumus Umum Asam Amino

Di alam, ditemukan 200 macam asam amino, akan tetapi hanya sepersepuluh dari
jumlah tersebut yang terdapat dalam protein (organisme, tumbuhan, binatang dan
mikroorganisme), hal ini telah dibuktikan dengan penelitian, yaitu:
Hidrolisis lengkap
Protein Asam Amino a-L yang sama
H+, OH- atau Enzim
(20 macam)
Gambar 3.2 Hidrolisis Protein

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 2

3.1.1 Keseimbangan Protonik Asam Amino

Asam amino, paling sedikit memiliki dua asam lemah yang dapat terionisasi (gugus
karboksilat) dan gugus amin yang terprotonasi
-
R-COOH R-COO (terionisasi sebagai basa konjugat)
+
R-NH2 R-NH3 (terprotonasi)
+
R-COOH dan R-NH3
adalah asam lemah, akan tetapi R-COOH merupakan asam yang
+
ratusan kali lebih asam daripada R-NH3
1. pada pH 7,4 (pH fisiologis) gugus karboksil hampir seluruhnya berada sebagai basa
konjugat (ion karboksilat), sedangkan gugus amin berada dalam bentuk terprotonasi.
Dengan demikian struktur umum asam amino tidak akan timbul pada setiap pH
O O
+
H2N H C H3N H C
-
C OH C O

CH3 CH3

2. Pada pH yang cukup rendah (asam), gugus amin yang memiliki sifat asamnya lebih
lemah daripada asam karboksilat, akan diprotonasi.

O O
+
H3N H C +H
+ H2N H C
C OH C OH

CH3 CH3

3. Pada pH yang cukup tinggi, gugus karboksil akan terionisasi.

O O

H2N H C + OH- H2N H C

-
C OH C O + H2O

CH3 CH3

4. pH = - log  H+ atau pK

Nilai pK asam amino (gugus - asam amino bebas) berkisar pada angka 9,8, dimana
asam amino berfungsi sebagai asam yang lebih lemah daripada gugus karboksil.
5. pH isolistrik = pI (pH isoelektrik) suatu asam amino, adalah pH dimana asam amino
tidak mempunyai selisih muatan (muatan = 0), oleh karena itu tidak bergerak pada
medan listrik.
O O O
+ +
+ -
H3N H C +H H3N H C -
+ OH H2N H C -
C OH C O C O

CH3 CH3 CH3

+
pK1 (R-COOH) pK2 (R-NH3)
= 2,35 = 9,69

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 3

3.1.2 Klasifikasi Asam Amino

1. Berdasarkan polaritas rantai samping (gugus R)
a. R non polar (hidrofob)
O
O
H2 N H C O
O H2N H C C OH
C OH H2 N H C
H2N H C CH2 C OH
C OH CH2
CH2 HC CH3
CH3 HC CH3
S CH3
Alanin CH3
CH3 Valin
Leusin
Metionin
O
O O
H2 N H C
H2 N H C C OH H2 N H C
C OH C OH
CH2
HC CH3 CH2
CH2
CH3 HN
Iso-Leusin Triptofan Fenilalanin

Gambar 3.3 Struktur Asam-asam Amino dengan R non polar (hidrofob)

b. R polar (hidrofil) tetapi tidak bermuatan

O
O H2N H C O
O C OH
H2 N H C H2 N H C
H2N C C OH CH2 C OH
C OH
CH2 CH2 CH2
H H
Glisin SH C O OH
Sistein NH2 Serin
Glutamin
O O
O
H2N H C H2 N H C
H2N H C C OH
C OH
C OH H2 C
CH2
HC OH
C O
CH3
NH2 OH
Treonin
Asparagin Tirosin

Gambar 3.4 Struktur Asam-asam Amino dengan R polar (hidrofil) tetapi tidak
bermuatan

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 4

c. R yang bermuatan positif

O
O
H2 N H C O
H2 N H C C OH
C OH H2N H C
CH2 C OH
CH2
CH2
CH2 CH2
CH2
CH2
NH N
CH2
C NH NH2
+
NH
+ 3 NH3 Histidin
+
Lisin
Arginin

Gambar 3.6 Struktur Asam-asam Amino dengan R bermuatan positif

d. R yang bermuatan negatif

O
O
H2 N H C
H2 N H C C OH
C OH
CH2
CH2
CH2
C O
C O
OH
Aspartat OH
Glutamat

Gambar 3.5 Struktur Asam-asam Amino dengan R bermuatan negatif

2. Penggolongan lain, asam amino dibagi ke dalam 7 (tujuh) kelas, yaitu:

▪ Asam Amino dengan R (rantai samping) alifatik, contoh: glisin, alanin, valin, leusin,
dan isoleusin.
▪ Asam Amino dengan R (rantai samping) yang mengandung gugus hidroksil, contoh:
serin dan treonin
▪ Asam Amino dengan R (rantai samping) yang mengandung atom belerang (sulfur),
contoh: sistein dan metionin.
▪ Asam Amino dengan R (rantai samping) yang mengandung gugus asam atau
amidanya, contoh: asam aspartat, asparagin, asam glutamat, dan glutamin.
▪ Asam Amino dengan R (rantai samping) yang mengandung gugus basa, contoh:
arginin, lisin, hidroksilisin, dan histidin.
▪ Asam Amino dengan R (rantai samping) yang mengandung cincin aromatik, contoh:
fenilalanin, tirosin, dan triptofan.
▪ Asam Imino, contoh: prolin dan 4-hidroksiprolin.

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 5

3.1.3 Sifat Fisika dan Kimia Asam Amino

1. Kelarutan dan titik leleh yang tinggi dari sebagian asam besar amino, melukiskan
adanya gugus yang bermuatan. Semua asam amino pada umumnya larut dalam pelarut
non polar, seperti ; air dan etanol, serta tidak larut dalam pelarut non polar, seperti ;
eter, heksan, benzen.
2. Asam amino aromatik menyerap sinar ultraviolet.
3. Membentuk ester dengan alkohol dalam suasana asam, menghasilkan ester yang mudah
menguap, kemudian dipisahkan dengan destilasi.
4. Dengan asam nitrit, akan melepaskan gas nitrogen yang berasal dari -NH2.

3.1.4 Reaksi Kimia Asam Amino

1. Reaksi Ninhidrin.
Asam amino bebas dengan Ninhidrin, akan membentuk kompleks yang berwarna biru,
intensitas warna diukur dengan Spektrofotometer pada panjang gelombang 570 nm,
kecuali prolin dan 4-hidroksi prolin yang memberikan warna kuning
2. Asam amino satu dengan yang lainnya dapat bergabung, menghasilkan suatu peptida
CH3 CH3

HC CH3 HC CH3

O CH2 O O CH2 O
H
H2 N H C C OH H2 N H C H2 N H C C N H C
C OH + H2N H C + C OH C N H C C OH
H
CH2 O HC OH 2 H2O CH3 O CH2
CH3 ikatan HC OH
peptida
CH3

Gambar 3.7 Struktur tripeptida

3. Untuk mengetahui asam amino terminal pada suatu rantai polipeptida, maka protein
diolah dengan dinitrofluorobenzen (1-fluoro-2,4-dinitrobenzen = Pereaksi Sanger :
pemenang Nobel tahun 1958)
NO2 NO2
O O
H
O2N F + H2 N CH C R O2 N NH C C R + HF

CH3 CH3

Pereaksi Sanger Asam Amino

terminal

Gambar 3.8 Reaksi Asam Amino (paling ujung sebelah kiri) dengan pereaksi
Sanger

4. Untuk N terminal
Suatu asam amino (atau residu N-terminal polipeptida) diubah menjadi derivat
feniltiohidantoin, sehingga N-terminal polipeptida dapat diidentifikasi

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 6

S O S
x
N C + H2 N CH C R NH C NH
Asam fenil
R Asam Amino R
x
C CH tiohidantoat
Fenil isotiosianat terminal
S O R

C
H2 O + N NH Nitrometan
o C C R
Feniltiohidantoin H

Gambar 3.9 Reaksi Asam Amino terminal (paling ujung sebelah kiri) dengan
pereaksi Edman

5. Pembentukan garam
R

O C
C H NH2

O O O
O
H2N H C OH
- H2N H C C H NH2
C OH + FeCl3 C O Fe O C + 3 HCl

R R R
Asam Amino Garam proteinat

Gambar 3.10 Salah satu Reaksi Pembentukan Garam Proteinat

6. Asilasi
Kondensasi gugus karboksil asam amino dengan ATP, menghasilkan aminoasil-adenilat,
yang dikatalisis oleh suatu enzim. Pembentukan aminoasil adenilat merupakan suatu
reaksi yang penting pada sintesis protein
NH2

N
N O O O O

N CH2 O P O P O P OH + HO C CH NH2
N
- - -
O O O R

ATP Asam Amino

OH HO

O
NH2

N
N O R O O

N CH2 O P O C CH NH2 + HO P O P OH
N
- - -
O O O O
Amino asiladenilat Pirofosfat anorgnik
OH HO

Gambar 3.11 Reaksi Kondensasi Asam Amino dengan ATP

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 7

3.2 Peptida
Bila gugus amino dari suatu asam -amino dan gugus karboksil dari asam amino lain
bergabung membentuk ikatan peptida, unsur aminonya dinamakan residu asam amino.
Suatu peptida, sekurang-kurangnya terdiri dari dua residu asam amino atau lebih yang
dihubungkan oleh ikatan peptida. Suatu peptida yang mengandung lebih dari sepuluh
residu asam amino, disebut polipeptida. Contoh dari suatu polipeptida, adalah: hormon,
protein, enzim, dll.
Suatu tripeptida, memiliki tiga residu asam amino, dengan dua buah ikatan peptida.
Menurut perjanjian: struktur suatu peptida selalu ditulis dengan residu asam amino N-
terminal (residu asam -amino bebas) di sebelah kiri, dan residu C-terminal (residu -
karboksil bebas) di sebelah kanan.
H2N COOH

Gambar 3.12 Cara Penulisan Struktur Peptida

Beberapa peptida yang menarik, antara lain:

1. TRF, adalah faktor pelepasan hormon tirotrofik; merupakan suatu tripeptida yang
memiliki aktivitas biologis. Tripeptida ini bila dimasukkan ke dalam tubuh manusia
(oral atau intravena), akan merangsang pengeluaran tirotropin yang selanjutnya
merangsang pengeluaran hormon-hormon tiroid yang mengatur metabolisme dalam
tubuh.
H 2C CH2 O

C C C NH CH C N CH C NH2
O N H
H O CH2 O

NH

Gambar 3.13 Struktur Piroglutamilhistidilprolinamida

2. Oksitosin, suatu hormon dari kelenjar pituitary yang menyebabkan pengerutan uterin
selama melahirkan bayi.
Ile Tyr Cys

Struktur Oksitosin, adalah : Gln Asn Cys Pro Leu Gly NH2

3.3 Protein
Protein terdiri dari bermacam-macam makromolekul heterogen, yang merupakan
turunan dari polipeptida dengan bobot molekul tinggi; contoh: albumin telur BM = 44.000,
insulin sapi BM = 12.000, albumin serum BM = 69.000, Hb kuda BM = 68.000, globulin
serum BM = 180.000, fibrinogen BM = 630.000. Pengukuran bobot molekul menggunakan
ultrasentrifius.

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 8

3.3.1 Fungsi Biologi Protein

1. Sebagai Enzim
Protein yang paling bervariasi dan mempunyai fungsi khusus, adalah protein yang
mempunyai aktivitas katalitik, yaitu enzim. Hampir semua reaksi kimia biomolekul
organik di dalam sel dikatalisis oleh enzim. Lebih dari 2000 jenis enzim, masing-masing
dapat mengkatalisis reaksi kimia yang berbeda, telah ditemukan di dalam berbagai
bentuk kehidupan.

2. Sebagai Alat Transport

Protein transport di dalam plasma darah mengikat dan membawa molekul atau ion
spesifik dari satu organ ke organ lainnya, seperti:
a. Hb, mengikat O2 di paru-paru, dan membawanya ke jaringan perifer
b. Lipoprotein, membawa lipid dari hati ke organ lain

3. Sebagai Protein Nutrien dan Penyimpan

Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrient yang dibutuhkan untuk
pertumbuhan embrio tanaman. Beberapa contoh protein nutrient, adalah:
a. Protein biji dari gandum, jagung, dan beras
b. Ovalbumin, protein utama putih telur
c. Kasein, protein utama susu
d. Ferritin jaringan hewan, merupakan protein penyimpan besi

4. Sebagai Alat berkontraksi dan bergerak

Beberapa protein memberikan kemampuan kepada sel untuk berkontraksi, mengubah
bentuk, atau bergerak. Contoh:
a. Aktin dan miosin adalah protein filamen yang berfungsi di dalam sistem kontraktil
otot kerangka dan di dalam banyak sel bukan otot.
b. Tubulin, protein pembentuk mikrotubul. Mikrotubul merupakan komponen penting
dari flagella dan silia, yang dapat menggerakan sel

5. Sebagai Protein Struktural

Banyak protein yang berperan sebagai filamen, kabel, atau lembaran penyangga untuk
memberikan struktur biologi kekuatan atau proteksi. Komponen utama dari urat dan
tulang rawan adalah protein serabut kolagen, yang mempunyai daya regang yang amat
tinggi. Hampir semua komponen kulit adalah kolagen murni. Persendian mengandung
elastin, suatu protein struktural yang mampu meregang ke dua dimensi. Rambut, kuku,
dan bulu burung/ayam terutama terdiri dari keratin, protein tidak larut, dan liat.
Fibroin, adalah komponen utama dari serat sutra dan jaring laba-laba

6. Sebagai Alat Pertahanan

Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh spesies lain,
atau melindungi organisme tersebut dari luka. Immunoglobulin atau antibodi pada
vertebrata, adalah protein khusus yang dibuat oleh limfosit yang dapat mengenali dan
mengendapkan, atau menetralkan serangan bakteri, virus, atau protein asing dari
spesies lain. Fibrinogen dan trombin, merupakan protein penggumpal darah yang
menjaga kehilangan darah, jika sistem pembuluh terluka. Bisa ular, toksin bakteri, dan
protein tumbuhan beracun, seperti risin, juga tampaknya berfungsi di dalam pertahanan
tubuh

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 9

7. Sebagai Alat Pengatur

Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Diantara jenis ini,
terdapat sejumlah hormon, seperti insulin, yang mengatur metabolisme gula, dan
kekurangannya menyebabkan penyakit diabetes, hormon pertumbuhan dari pituitary
dan hormon paratiroid, yang mengatur transport Ca2+ dan fosfat. Protein pengatur lain,
yang disebut resepsor, mengatur biosintesis enzim oleh sel bakteri.

8. Sebagai Protein Lain

Terdapat banyak protein lain yang fungsinya agak eksotik dan tidak mudah
diklasifikasikan. Monelin, suatu protein tanaman dari Afrika mempunyai rasa yang amat
manis; protein ini sedang dipelajari sebagai pemanis makanan yang tidak
menggemukkan dan tidak beracun, untuk manusia. Plasma darah beberapa ikan
Antartika mengandung protein antibeku yang melindungi darah ikan dari pembekuan.
Persendian sayap beberapa insekta dibuat dari protein resilin, yang bersifat hampir
sempurna elastis.
Merupakan hal yang luar biasa, bahwa protein di atas dengan sifat dan fungsi yang amat
berbeda, terbuat dari 20 jenis asam amino yang sama.

3.3.2 Penggolongan Protein

Penggolongan protein mula-mula didasarkan kepada kelarutannya dalam berbagai
pelarut, kemudian pengelompokkannya lebih meluas lagi, termasuk perilakunya dalam
ultrasentrifius dan elektroforesis.
1. Protein sederhana (simple protein)
Yaitu protein yang hanya terdiri dari polipeptida saja. Yang termasuk ke dalam protein
sederhana, antara lain:
a. Albumin, larut dalam air netral yang tidak mengandung garam; terkoagulasi oleh
panas.
b. Globulin, larut dalam larutan garam netral, hampir tak larut dalam air, mengendap
dalam larutan garam dengan konsentrasi tinggi.
c. Glutelin, larut dalam larutan asam atau basa encer, dan tidak larut dalam pelarut
netral.
d. Prolamin, larut dalam alkohol 50 - 90 %, tidak larut dalam air maupun alkohol
absolut.
e. Skeloprotein, tidak larut dalam air dan pelarut netral, tahan terhadap hidrolisis
enzim.
f. Histon, protein bersifat basa karena kandungan lisin dan argininnya tinggi, larut
dalam air dan diendapkan oleh basa.
g. Protamin, bersifat basa kuat, bobot molekul rendah, kaya akan arginin.

2. Protein kompleks (protein konjugasi)

Yaitu protein yang mengandung bagian asam amino yang terikat pada bahan non
protein, seperti: lipida, asam nukleat, atau karbohidrat. Bagian polipeptida dari protein
kompleks disebut apoprotein, sedangkan keseluruhannya disebut holoprotein. Yang
termasuk ke dalam protein konjugasi, antara lain:
a. Fosfoprotein, merupakan golongan protein penting, dimana gugus fosfat terikat
pada gugus hidroksil dari serin dan treonin, umpamanya: kasein susu, fosfoprotein
kuning telur.
b. Lipoprotein, merupakan gabungan lipida dan protein, mempunyai daya mengemulsi
yang sangat baik, terdapat dalam susu dan kuning telur.

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 10

c. Nukleoprotein, merupakan gabungan asam nukleat dan protein, terdapat dalam inti
sel.
d. Glikoprotein, merupakan gabungan karbohidrat dengan protein, jumlah karbohidrat
biasanya rendah.
e. Kromoprotein (metaloprotein, yaitu protein yang berikatan dengan ion logam),
merupakan senyawa yang memiliki gugus prostetik yang berwarna. Yang termasuk
ke dalam kelompok ini antara lain : hemoglobin, mioglobin, klorofil dan
flavoprotein.

3. Protein turunan
Protein dapat diubah baik secara kimia maupun enzimatik ke dalam turunan-turunan
protein, yang dapat dibedakan sebagai berikut:
a. Protein turunan primer, merupakan hasil hidrolisis ringan, modifikasinya sedikit
dan tidak larut dalam air. Yang termasuk ke dalam kelompok ini, adalah:
1) Protean, adalah hasil hidrolisis oleh air, asam encer yang bersifat tak larut.
Contoh: miosan dan edestan.
2) Meta protein, merupakan hasil hidrolisis lebih lanjut oleh asam dan alkali, larut
dalam asam dan alkali encer, tetapi tak larut dalam larutan garam netral.
Contoh: asam albuminat dan alkali albuminat
b. Protein turunan sekunder, merupakan hasil hidrolisis yang berat, modifikasinya
lebih besar. Perbedaannya (perbedaan hasil urai) terletak pada ukuran dan
kelarutan. Yang termasuk ke dalam kelompok ini, adalah:
1) Proteosa, bersifat larut dalam air, dan tidak terkoagulasi oleh panas, diendapkan
oleh larutan amonium sulfat jenuh.
2) Pepton, juga larut dalam air, tak terkoagulasikan oleh panas, tidak mengendap
dengan penambahan larutan amonium sulfat jenuh (tidak salting out), tetapi
mengendap oleh pereaksi alkaloid, seperti asam fosfotungstat.
3) Peptida, yaitu gabungan dua atau lebih asam amino yang terikat melalui ikatan
peptida.

3.3.3 Bentuk Protein

Dapat dibedakan dua bentuk protein yang besar, berdasarkan ukurannya secara
keseluruhan, yaitu:
1. Protein berbentuk bola (protein globular/sferoprotein)
Protein ini ditandai dengan adanya rantai-rantai peptida yang melilit dan melipat
bertumpukan (memoros). Protein globular larut dalam air, dalam asam encer dan dalam
larutan garam. Protein ini mudah terdenaturasi, yaitu susunan molekulnya berubah,
yang diikuti dengan perubahan sifat fisik dan fisiologiknya, seperti yang dialami oleh
enzim dan hormon
Protein globular juga melakukan berbagai fungsi dalam suatu organisme, misalnya:
hemoglobin, insulin, antibodi, fibrinogen, hormon-hormon yang membawa pesan-pesan
ke seluruh tubuh, serta albumin dan globulin plasma.

2. Protein serat (fibrous protein/skleroprotein)

Juga disebut protein struktur, adalah protein yang berbentuk serabut, tidak larut dalam
pelarut-pelarut encer, baik dalam larutan garam, asam, basa, ataupun alkohol. Bobot
molekulnya yang besar, belum dapat ditentukan dengan pasti, dan sukar dimurnikan.
Susunan molekulnya terdiri dari rantai molekul yang panjang sejajar dengan rantai
utama; tidak membentuk kristal, dan bila rantai ditarik memanjang, dapat kembali ke
keadaan semula. Protein struktur merupakan protein pembentuk kulit, otot, dinding

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 11

pembuluh darah, dan rambut. Contoh protein serat, adalah kolagen yang terdapat pada
tulang rawan, fibrin pada gumpalan darah, miosin pada otot, dan keratin pada rambut.
a. Keratin, yaitu protein rambut, wol, dan kulit, merupakan protein berserat yang khas,
terdiri atas rantai peptida yang panjang. Rantai peptida dapat terbelit dalam bentuk
pilin atau heliks, dan saling berhubungan dengan ikatan disulfida (S-S), serta ikatan
hidrogen. Bentuk kondensasi disebut -keratin yang akan berubah menjadi -
keratin bila lipatan terbuka.
b. Miosin, protein utama otot yang mengalami perubahan dalam strukturnya selama
kontraksi dan relaksasi otot.

3.3.4 Ikatan yang bertanggung Jawab pada Struktur Protein

1. Ikatan Peptida
Struktur primer protein berasal dari gabungan asam amino L- oleh ikatan  peptida.
2. Ikatan disulfida
Ikatan disulfida, dapat menghubungkan dua rantai polipeptida sejajar melalui residu
sistein. Ikatan ini relatif stabil dan tidak mudah pecah di bawah keadaan denaturasi
yang biasa. Pemberian asam performat, dapat mengoksidasi ikatan disulfida.
O ikatan elektrostatik O
- +
C O H3N C
ikatan peptida
CH2 CH2 SH
O CH2 O CH2 O CH2
H H
H2 N H C C N H C C N C C OH
H H H H
C N C C N C C N C
H H H
HC CH3 O CH2 O CH2 O
CH2 HC CH3 ikatan C O
hidrogen -
CH2 CH2 O
+
CH3 ikatan hidrofob CH3 NH3
C O CH3
O CH3 O CH2 O HC OH
H H
H2 N H C C N H C C N H C C OH
C N H C C N H C C N H C
H H H
CH2 O CH2 O CH2 O
S S OH
ikatan disulfida

Gambar 3.14 Ikatan-ikatan yang bertanggung jawab pada struktur protein

3. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen berasal dari atom-atom hidrogen dari gugus amin dengan oksigen dari
gugus karbonil. Ikatan ini dapat dibentuk dari/oleh residu asam amino dalam rantai
polipeptida yang sama atau berbeda. Ikatan hidrogen sangat lemah, karena selama
denaturasi protein, ikatan hidrogen dan ikatan hidrofobik akan pecah, sedangkan ikatan
peptida dan disulfida tidak.
4. Ikatan hidrofobik
Rantai samping non-polar asam amino netral cenderung untuk saling berdekatan satu
sama lain dalam suatu rantai polipeptida. Ikatannya bukan merupakan hubungan yang
stokhiometri, oleh karena itu tidak terdapat ikatan yang sebenarnya, namun demikian
interaksi ini mempunyai peranan penting dalam mempertahankan struktur protein

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 12

5. Ikatan elektrostatik
Adalah ikatan garam yang dibentuk antara gugus yang bermuatan berlawanan pada
rantai samping asam amino. Gugus epsilon asam amino lisin mempunyai muatan +1
pada pH fisiologis dan gamma karboksil dari asam aspartat muatannya -1, oleh karena
itu dapat saling bereaksi secara elektrostatik.

3.3.5 Struktur Protein

1. Struktur Primer
Rentetan asam-asam amino dalam suatu molekul protein atau urutan asam-asam amino
dalam rantai polipeptida yang membentuk molekul protein, disebut struktur primer
protein.
Contoh : dua rantai polipeptida suatu protein
G A T T G A G A
A l V l T r C y H l T l C l G l L
r a r p y r y r y e rantai polipeptida 1
y a u a u l a
g l e s s e s n u

G G L T T H A C
A l C l V e T y H r A y G l G y A rantai polipeptida 2
l u y n a u r r y p r s l a l s r
a s l e s g n y g

Gambar 3.15 Contoh dua rantai polipeptida yang disusun oleh asam amino yang
sama, tetapi posisi yang berbeda

Walaupun rantai polipeptida tersebut mengandung asam amino yang sama, tetapi
karena susunan (rangkaian) nya berbeda, maka polipeptida (protein) tersebut
dikatakan mempunyai struktur primer yang berbeda.
Bentuk bangun molekul dari struktur primer suatu molekul protein, rantai
polipeptidanya terletak dalam satu bidang.
OH SH

O CH2 O CH2 O
H H
H2 N H C C N H C C N H C OH
C N H C C N H C C
H H
O CH2 O CH CH3
CH OH

CH3 CH CH3 CH3

CH3

Gambar 3.16 Struktur Primer Protein

2. Struktur sekunder
Pelipatan rantai polipeptida menjadi struktur pilin yang spesifik, yang diikat oleh ikatan
disulfida dan ikatan hidrogen, disebut sebagai struktur sekunder protein. Kerangka
dasar struktur sekunder membentuk gambaran spiral, dan bilamana ideal, memutar-
mutar sepanjang sumbunya. Contoh protein yang mempunyai/ menampakkan struktur
sekunder adalah alfa-heliks yang terdapat pada α-keratin, miosin, epidermin, fibrin.

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 13

O O O O O O O

O O O O O O O
O O O O O O O

O O O O O O O

O O O O O O O

O O O O O O O
O O O O O O O

O O O O O O O

Gambar 3.17 Struktur Sekunder Protein Bentuk Pita Β Anti Paralel (kiri) dan
Struktur Kuarterner Protein (kanan)

3. Struktur tersier
Susunan dan hubungan rantai protein yang membelit menjadi lapisan atau serabut yang
spesifik, disebut struktur tersier protein. Contoh struktur tersier protein, adalah protein
globuler (protein yang bentuknya seperti bola), antara lain mioglobin, dengan ciri-ciri ;
molekul kompak, gugus R polar terletak di bagian luar yang mengalami hidrasi, serta
gugus R non polar terletak di bagian dalam gumpalan.

4. Struktur kuarterner
Bergabungnya beberapa unit monomer, masing-masing dengan struktur primer,
sekunder, tersier yang sesuai. Gabungan sub unit yang sama atau tidak sama,
membentuk suatu struktur kuarterner.

3.3.6 Denaturasi Asam Amino/Protein

Adalah perubahan konformasi rantai polipeptida yang tidak mempengaruhi struktur
primernya, dan disertai dengan kehilangan aktifitas biologisnya.
Penyebab denaturasi protein adalah pemberian asam/basa mineral kuat, pemberian
logam berat, penambahan pelarut organik dan pemanasan di atas temperatur tubuh
(optimum = 37oC).

3.4 Metabolisme Protein

3.4.1 Biosintesis Asam Amino
1. Garis besar metabolisme asam amino
Metabolisme asam amino meliputi sintesis dan pemecahan protein, pengubahan rangka
karbon asam amino menjadi zat-zat antara amfibolik, sintesis urea, dan pembentukan
berbagai macam senyawa yang fisiologis aktif, seperti serotonin. Konsep di atas dapat
diilustrasikan sebagai berikut:
Zat
Protein antara
amfibolik

Asam
Amino

Hasil
Urea khusus
lainnya

Gambar 3.18 Garis besar metabolisme asam amino (Semua proses yang ditunjukkan
(kecuali pembentukan urea) berlangsung secara reversibel dalam sel utuh, akan tetapi
katalisator dan zat antara pada proses-proses biosintesis degradasi seringkali berbeda)

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 14

2. Asam Amino essensial dan tak essensial

Tabel 3.1 Jenis-jenis Asam Amino Essensial dan tak Essensial
Essensial : harus disuplai dari Essensial tetapi dapat disintesis oleh
makanan (Preformed in Dietary Jaringan
Protein)
1. Arginin 2. Histidin 1. Alanin 2. Asparagin
3. Isoleusin 4. Leusin 3. Asam aspartat 4. Asam glutamat
5. Lisin 6. Metionin 5. Sistein 6. Glutamin
7. Fenilalanin 8. Treonin 7. Prolin 8. Hidroksi prolin
9. Triptofan 10. Valin 9. Tirosin 10. Serin

Arginin dan histidin, kadang digolongkan sebagai semi essensial, sebab sebenarnya dapat
disintesis oleh jaringan, tetapi tidak mencukupi untuk menunjang pertumbuhan pada individu
yang lebih muda

3. Biosintesis Asam Amino

a. Biosintesis Asam Amino Tak Essensial
1) Dari zat antara amfibolik (piruvat, oksaloasetat, -ketoglutarat)
a) Glisin
2H +
+
(H3C)3N CH2 CH2OH (H3C)3N CH2 CHO
Kolin
Kolin oksidase Betain aldehida
+
NAD
Betain aldehida
dehidrogenase
NADH + H+
CH3
+
(H3C)2N CH2 COOH (H3C)3N CH2 COOH
Transmetilase
Dimetilglisin Betain

HCHO Sarkosin
Formaldehida oksidase
HCHO
H3C NH CH2 COOH H2 N CH2 COOH
Dimetilglisin
Sarkosin oksidase Glisin

Gambar 3.19 Biosintesis Glisin

b) Glutamat
COOH COOH

C O L-Glutamat H2 N CH
+
dehidrogenase
CH2 + NH4 CH2 + H2O

CH2 CH2

COOH NAD(P)H + H+ NAD(P) COOH

-Ketoglutarat L-Glutamat

Gambar 3.20 Biosintesis glutamat dari α-ketoglutarat

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 15

c) Alanin
Glutamat Transaminasi  - Ketoglutarat
Aspartat + Piruvat Alanin +
Oksaloasetat

COOH COOH COOH COOH

Transaminasi
H2 N CH + C O H2 N CH + C O

CH2 CH3 CH3 CH2

CH2 Piruvat L-Alanin CH2

COOH COOH
L-Glutamat a-Ketoglutarat

COOH COOH COOH COOH

Transaminasi
H2 N CH + C O H2 N CH + C O

CH2 CH3 CH3 CH2

COOH Piruvat L-Alanin COOH

L-Aspartat Oksaloasetat

Gambar 3.21 Biosintesis Alanin dari glutamat dan aspartat

d) Serin
H2C OPO3H2
CH OH
NAD+ H2 O
COOH
NADH + H+ D-3-Fosfo
Pi
gliserat
H2C OPO3H2 H2C OH
C O CH OH
COOH COOH
Asam 3-Fosfo Asam D-gliserat
hidroksi Piruvat
-AA NAD+

-KA NADH + H+

H2C OPO3H2 H2C OH

CH NH2 C O
COOH COOH
Fosfo-L-Serin Asam hidroksi
H2 O piruvat
-AA

Pi H2C OH -KA
CH NH2
COOH
L-Serin

Gambar 3.22 Biosintesis L-Serin

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 16

e) Aspartat
COOH COOH COOH COOH
Transaminasi
H2N CH + C O H2 N CH + C O

CH3 CH2 CH2 CH3

L-Alanin COOH COOH Piruvat
Oksaloasetat L-Aspartat

Gambar 3.23 Biosintesis L-Aspartat

f) Glutamin
COOH COOH

H2N CH L-Glutamin H2N CH

+
sintetase
CH2 + NH4 CH2

CH2 CH2

COOH Mg-ATP Mg-ADP + Pi NH2

L-Glutamat L-Glutamin

Gambar 3.24 Biosintesis L-Glutamin

g) Asparagin
COOH COOH L-Asparagin COOH COOH
sintetase
H2N CH + H2N CH H2N CH + H2N CH

CH2 CH2 CH2 CH2

C O CH2 Mg-ATP Mg-AMP + PPi C O CH2

OH NH2 NH2 COOH

L-Aspartat L-Glutamin L-Asparagin L-Glutamat

Gambar 3.25 Biosintesis L-Asparagin

2) Dari asam amino tak essensial lainnya

Prolin dan Hidroksi Prolin
L-Glutamat
+
NADH + H

H2 O
+
NAD

L-Glutamat-
g-semialdehida

H2O

2
-Pirolidin-5-karboksilat
+
NADH + H

+
NAD

L-Prolin

Gambar 3.26 Biosintesis Prolin dari L-Glutamat

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 17

3) Dari asam amino essensial

a) Sistein : Metionin Sistein
Fenilalanin
hidroksilase
b) Tirosin : Fenilalanin Tirosin

b. Biosintesis Asam Amino Essensial

1) Dari Aspartat
Aspartat

Aspartat − + Piruvat Lisin

semialdehida

Homoserin o-Suksinil
Treonin Homoserin Sistation
fosfat homoserin

Homosistein
Isoleusin
Metionin
Gambar 3.27 Biosintesis Asam Amino Esensial dari Aspartat

2) Dari Glutamat :
Glutamat → → → → Ornitin → → → Arginin

3) Dari zat Antara Amfibolik

a) Dari -ketobutirat
Treonin
+ -asetohidroksi butirat iso-Leusin
-Ketobutirat

Asetaldehida
aktif

Piruvat a-aseto laktat -keto iso-valerat Valin

Leusin

Gambar 3.28 Biosintesis Asam Amino Esensial dari α-Ketobutirat

b) Dari -ketoglutarat
-ketoglutarat + Asetil ko-A →→→ → Lisin

c) Dari fosforibosil pirofosfat (PPRP)

PPRP + ATP →→→ → Histidin

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 18

d) Dari fosfoenolpiruvat
Fosfoenol eritrosa- Asam
+ korismat
piruvat 4-fosfat

Antranilat Prepenamat

Triptofan Fenilalanin

Tirosin

Gambar 3.29 Biosintesis Asam Amino Esensial dari Fosfoenolpiruvat

3.4.2 Katabolisme Protein dan Nitrogen Asam Amino

Pertukaran protein, yaitu penguraian dan resintesis semua protein sel yang berlangsung
secara terus menerus, merupakan proses fisiologis yang penting dalam semua bentuk
kehidupan.
Setiap hari, manusia menukar atau menggantikan 1-2 % total protein tubuh, khususnya
protein otot. Dari asam amino yang dibebaskan, 75-80 % digunakan kembali untuk sintesis
protein baru. Nitrogen pada 20-25 % dari asam amino sisanya membentuk urea. Kerangka
karbon, kemudian diuraikan menjadi senyawa-senyawa antara amfibolik.

Protein

Penggunaan
Degradasi kembali untuk
protein sistesis protein
yang baru

Asam Amino

Katabolisme
Gambar 3.30 Proses Pertukaran Protein dan Asam Amino
Masing-masing protein diuraikan dengan kecepatan yang berbeda-beda mengikuti
responsnya terhadap kebutuhan fisiologik. Kecepatan rerata penguraian protein yang
tinggi, menandai jaringan tengah mengalami penyusunan struktural kembali secara luas.
Untuk mempertahankan kesehatan, seorang dewasa memerlukan 30-60 g protein
perhari, atau unsur ekuivalennya dalam bentuk asam amino bebas. Namun mutu protein,
yaitu proporsi asam amino esensial dalam makanan terhadap proporsinya dalam protein
yang disintesis, merupakan faktor penting yang sangat menentukan. Asam amino yang
berlebih tidak akan disimpan, tanpa memperdulikan sumbernya, asam amino tersebut
segera diuraikan dengan cepat.
Enzim protease intrasel, akan menguraikan ikatan peptida internal protein
menghasilkan peptida-peptida. Kemudian enzim endopeptidase memutuskan ikatan internal
dalam peptida, sehingga terbentuk senyawa peptida yang lebih pendek. Aminopeptidase dan

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 19

karboksipeptidase secara terangkai mengeluarkan asam amino bebas dari masing-masing

gugus terminal amin dan karboksil.
Dua lintasan utama penguraian protein intrasel, yaitu :
▪ Protein ekstra sel (protein yang berhubungan dengan membran sel) dan protein
intrasel, diuraikan melalui berbagai proses yang tidak bergantung pada ATP di dalam
lisosom (organel sel)
▪ Protein abnormal dan protein lain yang berusia pendek, diuraikan melalui proses yang
membutuhkan ATP di dalam sitosol

1) Biosintesis Urea
Biosintesis urea, dibagi menjadi empat tahap, yaitu :
a) Transaminasi
Adalah pemindahan gugus amin dari asam -amino ke asam -keto, yang dikatalisis
oleh enzim transaminase atau amino transferase.
O O O O
C OH C OH Alanin C OH C OH
Transaminase
C O + CH NH2 CH NH2 + C O
Aspartat
CH3 CH2 Transaminase CH3 CH2
Piruvat C O Alanin C O
OH OH
Asam Asam
Aspartat Oksaloasetat

Gambar 3.31 Salah satu contoh reaksi Transaminasi

Dalam reaksi transaminasi, juga terjadi keterlibatan ko-enzim (vitamin B6) sebagai
pengemban gugus amin. Reaksi tersebut dapat dilukiskan sebagai berikut:

Piridoksal L-Glu-
Alanin
fosfat tamat

Asam Piridok- -Keto-

Piruvat samin glutarat

Gambar 3.32 Mekanisme reaksi Transaminasi dengan keterlibatan Vitamin B6

b) Deaminasi Oksidatif
O Asam L--amino O
O2 Oksidoreduktase
R CH C OH R C C OH
NH2 NH
Asam -amino FAD FADH2 Asam -imino
H2 O

NH3
H2O2 O2
1 O
Katalase O
2 2
R C C OH
H2 O O
Asam -keto
Gambar 3.33 Mekanisme reaksi Deaminasi Oksidatif

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 20

c) Pengangkutan Amonia
Ammonia dibentuk dalam jaringan, sejumlah besar dihasilkan oleh bakteri usus dari
protein makanan, dan dari urea yang terdapat dalam cairan yang disekresi ke dalam
saluran pencernaan.

Glutamat + ATP ADP + Pi

Glutamin sintetase

NH3 Glutamin

Glutaminase

Glutamat H2O

Gambar 3.34 Salah satu bentuk pengangkutan Amonia

d) Reaksi pada Siklus Urea

Jalan utama ekskresi nitrogen pada manusia adalah sebagai urea yang disintesis
dalam hati, dimasukkan ke dalam darah, dan dibersihkan oleh ginjal
CO2 + NH3
Urea H 2O
2 Mg-ATP

Karbamoil Arginase
N-Asetil fosfat
Glutamat sintetase Ornitin Arginin

2 Mg-ADP
+ 2 Pi
Asam
Karbamoil Arginino Fumarat
fosfat Ornitin suksinase
transkarbamoilase
Pi

Sitrulin Asam Argininosuksinat

Argininosuksinat
sintetase
Asam
Aspartat
Mg-ATP Mg-AMP + PPi

Gambar 3.35 Siklus Urea

Yeni Wahyuni – Maret 2020

 Protein 21

3.4.3 Katabolisme Kerangka Karbon pada Asam Amino

Alanin Arginin
Sistein Histidin
Glutamat
Glisin Glutamin
Histidin Prolin
Serin
Treonin
Triptofan
-Keto-
glutarat
iso-Leusin iso-Leusin
Suksinil
Leusin Metonin
Ko-A
Triptofan Valin
Piruvat Sitrat SAS
Fuma- Tirosin
Asetil Ko-A Oksalo rat Fenilalanin
asetat

Aseto Asetil Ko-A

Aspartat

Leusin
Lisin Asparagin
Fenilalanin
Triptofan
Tirosin

Gambar 3.36 Zat antara amfibolik yang dibentuk dari rangka karbon asam amino
Rangka karbon masing-masing asam amino dapat diubah menjadi zat antara amfibolik.
Hasil penyelidikan yang menggunakan asam-asam amino yang dilabel menyimpulkan
bahwa; 13 jenis asam amino dapat diubah menjadi karbohidrat, 1 asam amino diubah
menjadi lemak, dan 5 jenis asam amino dapat diubah menjadi karbohidrat dan lemak,
seperti terlihat pada gambar 3.37

3.4.4 Konversi Asam Amino menjadi Produk Khusus

Rangka karbon asam amino atau asam aminonya, atau bagian struktur asam amino
dapat dirubah menjadi produk yang penting dalam biokimia, seperti:
1. Glisin, antara lain berperan dalam sintesis hem, sintesis purin, dan unsur dari glutation
2. Alanin, antara lain berperan dalam katabolisme pirimidin tertentu (sitosin dan urasil)
3. Serin, antara lain berperan dalam sintesis purin dan pirimidin
4. Metionin, antara lain berperan dalam sebagai donor gugus metil dalam tubuh. Gugus
metil ditransfer ke derivat-derivat piridin, seperti yang terjadi pada detoksikasi obat-
obatan yang mengandung cincin piridin
5. Sistein, adalah unsur utama protein rambut dan kuku binatang serta keratin kulit.
Sistein juga berperan dalam sintesis ko-enzim A
6. Arginin, antara lain berperan sebagai donor formamidin untuk sintesis keratin pada
primata, dan untuk sintesis streptomisin pada streptomyces.

Yeni Wahyuni – Maret 2020