Ada beberapa tipe pembedahan yang dapat dilakukan untuk mengobati cluster
headache. Prosedur yang dilakukan adalah merusak jalur saraf yang bertanggungjawab
terhadap nyeri.
Blok saraf invasif ataupun prosedur bedah saraf non-invasif (contohnya radio
frekuensi pericutaneus, gangliorhizolisis trigeminal, rhizotomi) telah terbukti berhasil
mengobati cluster headache. Namun demikian terjadi efek samping berupa diastesia pada
wajah, kehilangan sensoris pada kornea dan anestesia dolorosa.