Cadangan awal untuk menyatukan Tanah Melayu dan Wilayah Borneo telah mula difikirkan
sejak akhir abad ke-19. Pada tahun 1883, Lord Brassey, salah seorang pengarah Syarikat
Borneo Utara British (British North Borneo Company) mengemukakan cadangan tersebut
kepada kerajaan British. Perkara ini pernah dibincangkan oleh kabinet British pada tahun
1888 dan sekali lagi pada 1932. Namun begitu, cadangan ini lenyap begitu sahaja kerana
tiada tindaka susulan yang diambil.
Selepas Perang Dunia Kedua, iaitu pada tahun 1947, sekali lagi cadangan yang sama
disuarakan oleh Malcolm MacDonald, Pesuruhjaya Tinggi British di Asia Tenggara. Di
Singapura pula, syor untuk mencantumkan Tanah Melayu, Brunei, Sarawak dan Sabah
(Boneo Utara) mula dicetuskan oleh Thio Chan Bee. Beliau yang merupakan seorang ahli
Majlis Perundangan Singapura merangkap Naib Presiden Parti Progresif mengemukakan
pandangan ini pada tahun 1948 dan diulangi semula tiga tahun berikutnya. Cadangan ini
disokong oleh Sir Robert Boothy seorang ahli parlimen Komanwel yang berpendapat
penyatuan ini akan memberi keuntungan dari segi ekonomi dan strategi. Namun sambutan
dari kerajaan British nampaknya terus dingin.
Pada tahun 1955, Menteri Singapura, David Marshall dan Tan Sri Ghazali Shafie juga pernah
menyuarakan cadangan ini. Pada 1959, pemimpin Parti Tindakan Rakyat (PAP) Singapura,
Lee Kuan Yew membuat cadangan untuk mencantumkan Singapura dengan persekutuan
Tanah Melayu namun ditolak oleh Tunku Abdul Rahman kerana bimbang masalah sosial
akan timbul akibat ketidakseimbangan di antara kaum Melayu dan Cina
Cadangan penubuhan Malaysia hanya mendapat perhatian serius setelah perkara ini
dicetuskan oleh perdana menteri Tanah Melayu. Tunku Abdul Rahman mengusulkan
cadangan ini dalam ucapannya pada 27 Mei 1961 kepada Persatuan Wartawan-wartawan
Luar Asia Tenggara di Hotel Adelphi Singapura. Tunku Abdul Rahman berpendapat bahawa
percantuman antara persekutuan Tanah Melayu dan Singapura wajar sekali jika dimasukkan
sekali dengan wilayah Sabah, Sarawak dan Brunei. Beliau berpendapat bahawa negeri-negeri
ini mempunyai banyak ciri persamaan dari segi latar belakang sejarah, politik dan struktur
kerajaan. Antara tokoh yang memberi sambutan baik termasuklah Lee Kuan Yew (Ketua
Menteri Singapura) dan Harold MacMillan (Perdana Menteri Britain). Antara kandungan
ucapan beliau dalam majlis tersebut adalah:
Workers’ Party walaupun setuju, tetapi melihat cadangan tersebut sebagai sesuatu yang sukar
untuk dilaksanakan. Parti Rakyat Singapura menentang cadangan itu dan mengaggapnya
sebagai satu rancangan kerajaan British untuk terus mengekalkan pengaruhnya.
Sabah dan Sarawak
Pemimpin di kedua-dua negeri ini amat terperanjat dengan penubuhan Malaysia. Pemimpin-
pemimpin di kedua-dua negeri ini membentuk Barisan Bersatu pada 9 Julai 1961 bagi
menentang gagasan Malaysia. Pemimpin-pemimpin itu termasuk Ong Kee Hui (Pengerusi
SUPP), Temenggung Jugah Anak Berieng (Yang Dipertua Parti Negara Sarawak – PANAS),
Dato' Mustapha bin Dato' Harun dan Donald Stephen (ahli tak rasmi Majlis Undangan
Sabah). Mereka menentang gagasan kerana takut Sabah dan Sarawak akan dikuasai oleh
Tanah Melayu. Mereka takut kedudukan politik mereka terjejas. Mereka juga bimbang
keperibadian negeri masing-masing akan hilang.
Golongan peniaga Cina pula bimbang kuasa ekonomi akan dirampas oleh Tanah Melayu dan
Singapura. Selain itu, mereka juga berpendapat Sabah dan Sarawak perlu diberi kemerdekaan
dahulu sebelum menyertai Malaysia. Kaum bumiputera bukan Islam turut menentang
gagasan Malaysia. Bantahan mereka disuarakan melalui Parti Kebangsaan Sarawak (SNAP),
Pertubuhan Kebangsaan Kadazan Bersatu (UNKO) dan sebagainya. Pemimpin di kesua-dua
negeri menganggap gagasan Malaysia merupakan satu helah untuk meluaskan kuasa Tanah
Melayu dan menggantikan penjajahan British.
Pada bulan Jun 1961, Tunku Abdul Rahman berangkat ke Sabah dan Sarawak dan mendapati
rakyat di sana telah salah faham mengenai gagasan Malaysia. Oleh itu, sebuah persidangan
Persatuan Parlimen Komanwel diadakan di Singapura pada Julai 1961. Beberapa orang
daripada Barisan Bersatu telah dihantar oleh British ke persidangan ini. Mereka
membincangkan tentang gagasan Malaysia. Akhirnya, Jawatankuasa Perundingan Perpaduan
Malaysia (JPPM) ditubuhkan untuk mengumpulkan pendapat Sabah dan Sarawak mengenai
gagasan ini.
Pada bulan Ogos 1961, Abang Haji Mustapha (Pengerusi PANAS) menyokong gagasan
Malaysia. Kemudian, Donald Stephen dan Dato' Mustapha turut menyokong gagasan ini
selepas melawat ke Tanah Melayu dan berunding dengan Tunku Abdul Rahman.
Brunei
Sultan Omar Ali Saifudin menyokong gagasan ini dan menyifatkan cadangan itu sebagai
sesuatu yang menarik hati kerana wujudnya ‘tali perhubungan agama, bangsa, adat resam dan
kebudayaan’ antara kedua-dua negeri. Brunei juga memerlukan Tanah Melayu bagi
melindungi daripada Filipina dan Indonesia Sokongan ini jelas dilihat dalam kenyataan
baginda sendiri, iaitu
“… bahawa Brunei bersetuju pada dasarnya untuk menyertai Malaysia sekiranya dalam
persekutuan itu bersesuaian dengan kehendak kita dan boleh mendatangkan faedah kepada
kita”
tetapi Parti Rakyat Brunei (PRB) yang dipimpin oleh A.M. Azahari menentangnya. A.M.
Azahari menentang gagasan ini kerana Brunei akan menjadi jajahan Malaysia. Beliau
mahukan Brunei merdeka dahulu sebelum menyertai Malaysia. Beliau juga merancang
menggabungkan Brunei, Sabah dan Sarawak menjadi Persekutuan Borneo Utara di bawah
pimpinan Sultan Brunei. PRB menang dalam pilihanraya Majlis Daerah dan Majlis Undangan
yang diadakan pada Ogos dan September 1962. Kemenangan ini menyakinkan Azahari
bahawa rakyat Brunei turut menentang gagasan Malaysia. Selain itu, Azahari juga merasa
dirinya kuat kerana Filipina dan Indonesia menyokongnya. Dengan keyakinan bahawa
gagasan ini akan gagal, PRB melancarkan pemberontakan bersenjata pada 7 Disember 1962.
Pemberontakannya ditumpaskan oleh Kerajaan Brunei dengan bantuan tentera dari British
dan Tanah Melayu. Azahari melarikan diri ke Filipina dan mengisytiharkan dirinya sebagai
Perdana Menteri dan Sultan Omar Ali Saifudin sebagai Ketua Kerajaan Persekutuan Borneo
Utara. Walaupun pada mulanya Sultan Brunei menyokong gagasan ini tetapi baginda telah
menarik diri pada Julai 1963 kerana baginda tidak mahu membayar cukai hasil daripada
pengeluaran minyaknya kepada kerajaan pusat Malaysia dalam tempoh 10 tahun. Selain itu,
baginda juga tidak berpuas hati kerana diberi kedudukan yang paling rendah dalam senarai
nama Sultan-sultan. Tambahan pula, rakyat Brunei juga tidak bersetuju menyertai Malaysia.
As an example of our honesty and lack of expansionist intent, one fourth of the island of
Kalimantan (Borneo) consisting of three Crown Colonies of Great Britain, is now becoming
the target of Malayan Government for a merger. Of course, the people there are ethologically
and geographically very close to the others living in Indonesia territory. Still, we do not show
any objection toward this Malayan policy of merger. On the contrary, we wish the Malayan
Government well if it can succeed with this plan
Walau bagimanapun, tidak lama kemudian, sikap kerajaan Indonesia mula berubah dan
mengecam gagasan Malaysia sebagai satu bentuk penjajahan baru di Asia Tenggara.
Perubahan sikap ini disebabkan hasutan daripada Parti Komunis Indonesia (PKI) sehingga
mendorong Presiden Sukarno mengisytiharkan konfrontasi terhadap Malaysia dari segi
ekonomi dan sosial dengan melancarkan kempen “Ganyang Malaysia”. Indonesia menuduh
gagasan Malaysia mewakili kuasa-kuasa neokolonialisme. Tindakan Indonesia menjadi lebih
agresif sehingga membawa kepada pencerobohan tentera di Tanah Melayu, Singapura, Sabah
dan Sarawak.
Konfrontasi mula reda selepas peristiwa Gestapo 30 September iaitu perebutan kuasa antara
Parti Komunis Indonesia dan Tentera Nasional Indonesia. Presiden Sukarno sendiri tidak
mengetahui bahawa pegawai-pegawai kanan tentera telah berunding dengan wakil Malaysia
di Bangkok dan Hong Kong. Tentera Indonesia telah menumpaskan PKI pada bulan
September 1965. Peralihan kuasa ini membuka perdamainan antara Indonesia dan Malaysia.
Pada Jun 1966, Tun Abdul Razak dan Tun Adam Malik (Menteri Luar Indonesia) telah
berunding dan menandatangani satu perjanjian di Bangkok bagi memulihkan hubungan
antara kedua-dua negara.