Aktivitas Replikasi DNA

Washington iGEM

AKTIVITAS REPLIKASI DNA

• Mengenal bahwa DNA merupakan semikonservatif.

• Garis besar setiap langkah dalam replikasi DNA, dan pahami apa
yang terjadi pada setiap langkah.
• Tunjukkan pemahaman tentang setiap langkah dengan
memerankan setiap langkah dalam skit replikasi DNA.

LOGISTIK
• Bagian pertama dari pelajaran ini memuat garis besar langkah replikasi DNA.
• Dibawah ini adalah contoh slide yang dapat digunakan untuk membimbing para murid:
• Instruktur harus membimbing para siswa dalam memperkenalkan langkah-
langkah dalam replikasi DNA.
• Slide yang disediakan hanyalah sebuah basis untuk instruktur mengajar.
• Para siswa diharapkan untuk mencatat sepanjang aktivitas, catatan kosong disediakan
dalam aktivitas ini. udents should take notes along the way, note blanks are provided
with this activity along with an instructor’s key.????????
• Pada akhir slide, ada video yang direkomendasikan untuk dipertunjukkan kepada
para siswa mengenai cara kerja replikasi DNA.
• Kemudian instruktur harus mengikuti instruksi yang disediakan untuk membimbing para
siswa melalui sebuah skit untuk memerankan cerita replikasi DNA.
• Instruktur harus mendorong para siswa untuk mengingat kembali apa yang
terjadi pada setiap langkah daripada memberitahu apa yang harus dilakukan
pada setiap langkah.

BAHAN/BIAYA
• Aktivitas ini hanya membutuhkan beberapa kertas kosong, kertas dengan warna yang
berbeda, dan antusiasme dalam melakukan skit!
• Untuk kelangsungan aktivitas, ruang kelas idealnya memiliki 20+ siswa.
• 9-15 lembar kertas 1 warna
• Ruang kelas dengan jumlah murid yang sedikit hanya
membutuhkan 9 lembar kertas dengan warna ini.
• Kertas warna lain dengan jumlah yang cukup untuk setiap murid.
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

SELEBARAN REPLIKASI DNA

ISTILAH UTAMA
• Semikonservatif
• Cabang Replikasi atau Garpu Replikasi (Replication Fork)
• Helikase (Helicase)
• Topoisomerase
• Protein Pengikat Untai Tunggal (Single Stranded Binding Proteins)
• Primase
• DNA Polimerase III (DNA Polymerase III)
• Untaian Awal (Leading Strand)
• Untaian Lambat (Lagging Strand)
• DNA Polimerase I (DNA Polymerase I)
• Ligase

Skema Keseluruhan Replikasi DNA

1. Heliks DNA dibuka dengan memutuskan ikatan hidrogen antar untaian.
2. Setiap untaian DNA bertindak sebagai templat cetakan untuk mensintesis
pasangan untaian DNA yang baru. Ada banyak variasi protein yang terlibat dalam
proses ini.
3. Replikasi DNA merupakan semikonservatif karena dapat memproduksi 2 untaian DNA
yang identikal, setiap untaian terdiri dari satu untaian baru dan satu untaian lama.

Bagaimanakah prosesnya?
1. Helikase “membuka risleting (unzip)” DNA dengan memutuskan ikatan hidrogen pada
Garpu Replikasi.

3’

5’
Untaian DNA orisinil
helikase Garpu Replikasi
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

2. Topoisomerase datang untuk meringakan ketegangan DNA. Topoisomerase dapat

melepaskan DNA sehingga tidak terbelit-belit (superkoil).
• Kamu dapat membayangkan topoisomerase sebagai protein dengan bentuk “cincin”
yang memastikan DNA tetap dalam struktur bergelung (koil).

topoisomerase 3’

5’

3. Protein Pengikat Untai Tunggal datang untuk menahan kedua untaian DNA terpisah.

Protein
pengikat untai
tunggal
3’

5’

4. Primase menambahkan primer RNA pada akhir 3’ untai DNA, membuat sisi 5’ pada
untai DNA baru.
• Primer ini terdiri dari 5-10 nukleotida RNA dan bekerja sebagai titik awal penambahan
nukleotida DNA.
• Pada untai yang memiliki akhir 3’ terbuka pada garpu replikasi, primer hanya
ditambahkan sampai akhir untai ini.
• Pada untai yang memiliki akhir 5’ terbuka pada garpu replikasi, primer
ditambahkan pada beberapa tempat, dimulai dari akhir 3’ yang berdekatan
dengan DNA yang bergelung (koil).

primase
3’

5’
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

5. DNA Polimerase III menambahkan nukleotida pada ujung 3’ di akhir untai DNA.
• CATATAN: Penambahan hanya dapat dilakukan pada ujung 3’, DNA disintesis dari
arah 5’ -> 3’. Hal ini mengapa primer RNA sangat penting, dengan memulai
sintesis DNA.
• Gambar nukleotida yang ditambahkan oleh DNA Polimerase III pada diagram di
bawah ini.

DNA polimerase III

3’

5’

6. Leading Strand vs Lagging Strand

• Kamu akan memperhatikan bahwa satu untai DNA secara terus menerus dibuat, ini
adalah Leading Strand.
• Untai DNA lainnya yang dibentuk dalam potongan-potongan DNA – ini adalah
Lagging Strand.
• Pada diagram dalam langkah kelima, tandai manakah untaian yang Leading Strand dan
manakah yang merupakan Lagging Strand.
• CATATAN: Fragmen daripada lagging stand disebut juga Fragmen Okazaki.
Tandailah dalam diagram.

leading strand
3’

5’
lagging strand

Fragmen okazaki
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

7. DNA Polimerase I datang dan menghilangkan primer RNA serta menambahkan

nukleotida DNA komplementer.
• Hal ini di ilustrasikan di bawah ini. Catat bahwa DNA polimerase I belum
menyambungkan nukleotida DNA yang baru dengan nukleotida DNA yang lama
dari DNA polimerase III.

DNA polimerase I

3’

5’

8. Ligase datang dan menyambungkan celah antara untai DNA.

• Sekarang kamu memiliki dua heliks ganda DNA!

3’

5’

ligase

• Sekarang kamu telah belajar tentang langkah-langkah replikasi DNA, tonton video ini
untuk melihat semua yang terjadi:
https://www.youtube.com/watch?v=TNKWgcFPHqw

• Untuk memahami lebih dalam peran dari setiap enzim pada replikasi DNA, jelaskan fungsi dari
setiap istilah yang ada dalam daftar istilah utama.
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

SKIT

• Ajak para siswa untuk berbaris dalam 2 barisan paralel satu sama lain dengan satu
siswa berbaris dibelakang siswa lainnya dan berikan high five (tos) dengan siswa yang
berada di seberang siswa tersebut.
• Dua untaian harus menghadap sisi yang berlawanan dari ruang kelas untuk
mewakili untai DNA saling berlawanan satu sama lain.
• Tentukan mana yang merupakan ujung 5’ dan mana yang merupakan ujung 3’.
• Tugaskan siswa berbagai peran:
• Helikase (1 orang)
• Topoisomerase (1 orang)
• Protein Pengikat Untai Tunggal (2-3 orang)
• Primase (1 orang)
• Berikan 9-15 lembar kertas kepada primase untuk melambangkan primer RNA.
• DNA Polimerase I (1 orang)
• Berikan 20+ lembar kertas (satu kertas untuk setiap orang -Jumlah kertas
untuk primer) untuk DNA Polimerase melambangkan nukleotida DNA
yang diletakkan. Tapi, warna kertas tersebut harus berbeda dengan
warna kertas yang digunakkan primer RNA.
• DNA Polimerase III (1 orang)
• Berikan 9-15 lembar kertas pada DNA Polimerase III untuk melambangkan
nukleotida (jumlah kertas yang sama dengan jumlah kertas untuk primase).
• Warna kertas ini harus sama dengan warna kertas yang dimiliki
DNA Polimerase I .
• Ligase (1 orang)
• Bimbing para siswa sepanjang beraktivitas untuk bertindak sesuai perannya dalam
replikasi DNA. Namun, dorong mereka untuk memikirkan sendiri apa yang terjadi pada
langkah selanjutnya dengan bertanya kepada mereka apa yang terjadi sepanjang
proses. Guru tidak disarankan untuk secara langsung memberitahu setiap langkah
sebelum para siswa mencoba untuk mengingat kembali apa yang terjadi pada replikasi
DNA. Kami telah menguraikan contoh cara aktivitas ini dapat berjalan:
• Helicase datang dan memisahkan DNA dengan berjalan ditengah-tengah. Untuk
aktivitas ini, beritahu siswa untuk mengimajinasikan bahwa mereka hanya focus
pada bagian dimana garpu replikasi terbuka. Tapi, sangat penting juga bagi guru
untuk menunjukkan di sisi mana sisa DNA akan berada sehingga siswa tahu mana
ujung yang terbuka, ujung 5’ dan 3’ masing-masing.
• Dengan demikian, para siswa seharusnya tidak lagi high five (tos) dengan
siswa yang berlawanan dengan mereka, melambangkan bagaimana ikatan
hidrogen putus.
• Selanjutnya, topoisomerase datang dan berpura-pura melepaskan ketegangan
dalam DNA. Peran ini agak sewenang-wenang, tetapi siswa dapat
memindahkan siswa lainnya sesuai keperluan untuk berpura-pura melepaskan
DNA.
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

• Para siswa yang bertindak sebagai protein pengikat untai tunggal masuk.
Mereka berdiri di tengah garis sambal memegangi untaian.
• CATATAN: Peran ini lebih bersifat figuran daripada menggambarkan secara fisik apa
yang terjadi. Tujuan dari aktivitas ini adalah membantu para siswa untuk memahami
apa fungsi dari setiap langkah.
• Primase masuk.
• Primase memberikan 3 lembar kertas kepada para siswa di untaian dengan
sisi 3’ terbuka di ujung garpu replikasi.
• Pada akhir 3’ dimana ujung DNA tidak terpapar, primase memberikan 3
lembar kertas kepada para siswa yang berada disana.
• Primase kemudian bergerak kebawah kurang lebih 5 siswa dan memberikan 3 lembar
kertas (1 orang, 1 kertas) kepada para siswa disana.
• Para siswa yang berperan sebagai DNA Polimerase I masuk.
• Para siswa memberikan beberapa lembar kertas kepada para siswa lain yang tidak
memegang kertas dengan bergerak dari arah 5’ -> 3’.
• Tanyalah kepada para siswa untaian mana yang merupakan leading strands dan untain
mana yang merupakan lagging strands..
• Tanya para siswa dimanakah fragmen Okazaki berada. .
• DNA Polimerase III masuk dan menggantikan lembaran kertas yang melambangkan primer
dengan kertas lain yang melambangkan nukleotida DNA.
• Ligase masuk dan berpura-pura untuk menyambungkan nukleotida DNA dimana fragmen Okazaki
bersamaan.
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

REPLIKASI DNA
LEMBARAN SISWA
ISTILAH UTAMA
• Semikonservatif
• Cabang Replikasi atau Garpu Replikasi (Replication Fork)
• Helikase (Helicase)
• Topoisomerase
• Protein Pengikat Untai Tunggal (Single Stranded Binding Proteins)
• Primase
• DNA Polimerase III (DNA Polymerase III)
• Untaian Awal (Leading Strand)
• Untaian Lambat (Lagging Strand)
• DNA Polimerase I (DNA Polymerase I)
• Ligase

Skema Keseluruhan Replikasi DNA

1. Heliks DNA dibuka dengan memutuskan ikatan hidrogen antar untaian.
2. Setiap untaian DNA bertindak sebagai templat cetakan untuk mensintesis
pasangan untaian DNA yang baru. Ada banyak variasi protein yang terlibat dalam
proses ini.
3. Replikasi DNA merupakan karena dapat memproduksi 2 untaian
DNA yang identikal, setiap untaian terdiri dari satu untaian baru dan satu untaian
lama.

Bagaimanakah prosesnya?
1. “membuka risleting (unzip)” DNA dengan memutuskan ikatan
hidrogen pada Garpu Replikasi.

3’

5’
Untaian DNA Orisinil
helikase Garpu Replikasi
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

2. datang untuk meringankan ketegangan DNA. Topoisomerase

dapat melepaskan DNA sehingga tidak terbelit-belit (superkoil).
• Kamu dapat membayangkan topoisomerase sebagai protein dengan bentuk “cincin”
yang memastikan DNA tetap dalam struktur bergelung (koil).

topoisomerase 3’

5’

3. Protein Pengikat Untai Tunggal datang untuk menahan kedua untaian DNA terpisah.

Protein
Pengikat Untai
Tunggal
3’

5’

4. menambahkan primer RNA pada akhir 3’ untai DNA,

membuat sisi 5’ pada untai DNA baru.
• Primer ini terdiri dari 5-10 nukleotida RNA dan bekerja sebagai titik awal penambahan
nukleotida DNA.
• Pada untai yang memiliki akhir 3’ terbuka pada garpu replikasi, primer hanya
ditambahkan sampai akhir untai ini.
• Pada untai yang memiliki akhir 5’ terbuka pada garpu replikasi, primer
ditambahkan pada beberapa tempat, dimulai dari akhir 3’ yang berdekatan
dengan DNA yang bergelung (koil).

primase
3’

5’
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

5. menambahkan nukleotida pada ujung 3’ di akhir untai DNA.

• CATATAN: Penambahan hanya dapat dilakukan pada ujung 3’, DNA disintesis dari
arah 5’ -> 3’.
• Gambar nukleotida yang ditambahkan oleh DNA Polimerase III pada diagram di
bawah ini.

DNA polimerase III

3’

5’

6. Leading Strand vs Lagging Strand

• Kamu dapat memperhatikan bahwa satu untai DNA secara terus menerus dibuat. Ini
adalah .
• Untai DNA lainnya yang dibentuk dalam potongan-potongan DNA – ini adalah
Lagging Strand.
• Pada diagram dalam langkah kelima, tandai manakah untaian yang merupakan
Leading Strand dan manakah yang merupakan .
• CATATAN: Fragmen daripada lagging strand disebut juga Fragmen Okazaki.
Tandailah dalam diagram.

3’

5’
Aktivitas Replikasi DNA
Washington iGEM

7. Datang dan menghilangkan primer RNA serta

menambahkan nukleotida DNA komplementer.
• Hal ini di ilustrasikan di bawah ini. Catat bahwa DNA polimerase I belum
menyambungkan nukleotida DNA yang baru dengan nukleotida DNA yang lama
dari DNA polimerase III.

DNA polimerase I

3’

5’

8. datang dan menyambungkan celah antara untai DNA.

• Sekarang kamu memiliki dua heliks ganda DNA!

3’

5’

ligase

• Sekarang kamu telah belajar tentang langkah-langkah replikasi DNA, tonton video ini
untuk melihat semua yang terjadi:
https://www.youtube.com/watch?v=TNKWgcFPHqw

• Untuk memahami lebih dalam peran dari setiap enzim pada replikasi DNA., Jelaskan fungsi dari
setiap istilah yang ada dalam daftar istilah utama.