Pada tanggal 20 Mei 1962, Menteri Kesehatan RI memberlakukan
Farmakope Indonesia Edisi I jilid I untuk pertama kalinya, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI No.652/Kab/4 dan merupakan pelaksanaan Undang-Undang No.9 tahun 1960 tentang Pokok-Pokok Kesehatan. Sejarah farmakope berawal dari Keputusan Kongres Ikatan Apotheker Indonesia tahun 1958, yang mengusulkan kepada pemerintah untuk membentuk suatu panitia penyusun. Lalu dibentuklah Panitia Farmakope Indonesia pada tanggal 4 Juni 1959 dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI No.115772/U.P. Kemudian, pengesahannya dilakukan pada tanggal 3 November 1961 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI No.3/Pd/61, di mana panitia tersebut diketuai oleh Prof. Soetarman. Farmakope Indonesia Edisi I jilid I ini mengacu pada Pharamacopoea International Editio Prima yang diterbitkan oleh WHO pada tahun 1955. Pada tanggal 20 Mei 1965, Farmakope Indonesia jilid II Edisi I mulai diberlakukan. Hal ini ditujukan untuk melengkapi jilid I dan memuat sediaan- sediaan galenika dan sediaan farmasi lainnya yang belum dimasukkan dalam jilid pertama. Pada tanggal 21 Februari 1970, Panitia Farmakope Indonesia merevisi Farmakope Indonesia Edisi I bertujuan untuk menyesuaikan dengan perkembangan dengan ilmu pengetahuan dan agar penerapan Farmakope Indonesia dapat diperluas. Berdasarkan keputusan Panitia Farmakope Indonesia tanggal 23 September 1970 No.035/PFI/SK//10/70 dan tanggal 5 November 1971 No.094/PFI/10/71 Susunan Dewan Farmakope Indonesia Edisi II tahun 1972 diketuai oleh Drs.Marisi P. Sihombing. Oleh Menteri Kesehatan Farmakope Indonesia edisi II ini diberlakukan pada tanggal 12 November 1972 berdasarkan surat keputusan menteri kesehatan RI No.7/kab/B.VII/72, tertanggal 8 Januari 1972. Pada tanggal 21 September 1978 dibentuk Panitia Farmakope Indonesia berdasarkan surat Keputusan Menteri Kesehatan RI No.1858/II/SK/78, yang bertugas menyusun Farmakope Indonesia Edisi III sebagai Revisi Farmakope Indonesia Edisi II dan diberlakukan oleh Menteri Kesehatan RI, berdasarkan surat keputusan No.395/MenkesSK/X/79, tertanggal 9 Oktober 1979, yang diketuai oleh DR. Midian Sirait. Farmakope Indonesia Edisi III baru dapat diterbitkan, yang kemudian diberlakukan 12 November 1979. Farmakope Indonesia edisi IV diluncurkn pada tahun 1996, sedangkan pada tanggal 27 Januari 2010, Farmakope Indonesia Edisi IV mengalami pembaruan sesuai dengan perkembangan ilmu pengetahuan, yang disebut dengan Suplemen I Farmakope Indonesia Edisi IV, yang disahkan oleh Menteri Kesehatan atas dasar Keputusan MenKes RI Nomor HK.03.01//MENKES/150/I/2010. Dalam pelengkapannya dimuculkan juga Suplemen II Farmakope Indonesia Edisi IV yang disahkan sesuai dengan Keputusan MenKes RI Nomor 1390/MENKES/SK/IX/2010 pada tanggal 21 September 2010. Dalam materi kelanjutannya dikeluarkanlah Suplemen III Farmakope Indonesia Edisi IV, yang anggotanya disahkan dengan bukti SK MenKes RI No.1396//MENKES/SK/VII/2011 pada tanggal 4 Juli 2011. Buku ini memuat 107 monografi baru, 97 monografi perubahan, 3 lampiran baru, dan 7 lampiran perubahan. Farmakope Indonesia Edisi IV yang telah dilengkapi dengan suplemen I, suplemen II, dan suplemen III perlu direvisi untuk disesuaikan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang kefarmasian. Penyusunan Farmakope Edisi V didahului dengan Panitia Penyusun Farmakope Indoneisa Edisi V melalui Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI No.006/ MENKES/SK/I/2014 tanggal 13 Januari 2014. Farmakope Indonesia Edisi V ditetapkan sebagai standar mutu obat di Indonesia oleh Menteri Kesehatan RI melalui Keputusan Menteri Kesehatan RI No.108/MENKES/SK/IV/2014 tanggal 7 April 2014.