SINOPSIS PENELITIAN

Sagita Dini Lestari

Program Studi: Biosains Hewan
Variasi genetik, ukuran populasi efektif, dan relevansinya terhadap konservasi: Monyet hitam
sulawesi (Macaca nigra) di Pulau Bacan, Indonesia

PENDAHULUAN

Penurunan populasi monyet hitam sulawesi atau crested macaque (Macaca nigra) secara
garis besar terjadi karena fragmentasi habitat. Habitat asli dari monyet ini telah banyak dieksploitasi
dan dialihfungsikan secara besar-besaran menjadi kawasan perkebunan dan areal penggunaan lainnya.
Perluasan pemukiman, perladangan liar, perambahan hutan dan kehadiran manusia berpotensi
menimbulkan resiko penyakit baru dan menurunnya kualitas habitat. Di habitat aslinya, spesies ini
juga menghadapi ancaman yang paling besar yaitu diburu oleh manusia sebagai makanan (Melfi
2010; Sodhi et al. 2010). Selain itu, satwa ini memiliki sebaran terbatas, potensi terjadinya inbreeding
menjadi semakin besar, yang pada akhirnya dapat mengakibatkan terjadinya penurunan kualitas
genetik spesies ini.
Penyelamatan kehidupan M. nigra di Sulawesi Utara merupakan upaya yang penting
dilakukan. Upaya ini perlu didukung oleh langkah strategis dan rencana tindakan konservasi dalam
jangka panjang secara insitu maupun eksitu yang secara operasional mampu mempertahankan dan
mengembangkan populasi tersebut pada suatu tingkat yang aman dari ancaman kepunahan.
Populasi M. nigra di Pulau Bacan dapat menawarkan reservoir genetik potensial untuk
reintroduksi. Tekanan manusia terhadap M. nigra di Bacan sangat berbeda dengan di Sulawesi.
Populasi manusia tidak terlalu padat, dan hampir tidak ada perburuan primata karena adanya batasan
agama. Di pulau ini, monyet ini hanya kadang-kadang dibunuh sebagai hama pertanian, tetapi
praktiknya terbatas (Rosenbaum et al. 1998). Dengan kata lain, diperkirakan bahwa kualitas genetik
populasi M. nigra disini masih baik. Penilaian genetik populasi di Pulau Bacan dapat digunakan
sebagai parameter untuk konservasi biologis. Penggunaan penanda mikrosatelit telah digunakan oleh
studi terdahulu pada M. nigra di Sulawesi (Engelhardt et al. 2017). Melalui penanda ini diharapkan
dapat menganalisis status genetik populasi M. nigra di Pulau Bacan, seperti variasi genetik dan
ukuran populasi efektifnya sehingga dapat membantu mendapatkan gambaran langkah manajemen
konservasi spesies ini.

TUJUAN

Penelitian ini bertujuan menganalisis keanekaragaman genetik dan ukuran effektif populasi
monyet hitam sulawesi (Macaca nigra) di pulau Bacan berdasarkan penanda mikrosatelit.

METODE

Koleksi Sampel
Sampel akan diambil secara non-invasif dari feses monyet hitam sulawesi  (M. nigra) sebagai
sumber DNA. Sampel akan dikoleksi dari pulau Bacan, baik di dalam maupun di luar bagian dari
Cagar Alam Gunung Sibela. Sampel feses dikoleksi ke dalam tabung berisi ethanol.

Ekstraksi, Amplifikasi dan Visualisasi DNA

DNA dari sampel feses diekstraksi menggunakan kit ekstraksi GEN-IAL® all-tissue DNA
extraction kit. Prosedur ekstraksi mengikuti petunjuk dari kit yang digunakan dan tahap terakhir DNA
akan dilarutkan dalam air terdistilasi. DNA diamplifikasi menggunakan teknik Polymerase Chain
Reaction (PCR) dengan memakai mesin thermocycle (BIOMETRA). Fragmen DNA yang
diamplifikasi  adalah fragmen DNA menggunakan penanda mikrosatelit yang telah dibuat sebelumnya
untuk Macaca nigra (Engelhardt et al. 2017). Total pereaksi yang digunakan dalam proses PCR
adalah 25 μL menggunakan GoTaq® Green Mix Master. Proses amplifikasi dilakukan pada  kondisi
suhu pra-denaturasi 94 ºC selama 2 menit, dilanjutkan 30 siklus yang terdiri atas tiga tahapan yaitu
tahapan denaturasi DNA pada suhu 94 ºC selama 1 menit, annealing pada suhu 54ºC selama 30 detik,
dan elongasi pada suhu 70ºC selama 10 menit. Amplikon gen kemudian dimigrasikan menggunakan
Polyacrilamide Gel Electroforesis (PAGE) 6%. Proses migrasi dilakukan pada tegangan 180 V selama
55 menit kemudian DNA divisualisasi dengan menggunakan metode pewarnaan perak nitrat (Byun et
al. 2009).

Analisis Bioinformatik
Amplikon dikirim kepada perusahaan jasa sekuen. Hasil sekuen diedit dan dianalisis 
menggunakan program Bioedit Sequence Alignment dan Genetyx Win Version 4.0. Sekuen utuh gen
yang teramplifikasi yang didapat dilakukan BLAST-N yang ada pada  (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov)
yang ditujukan untuk membandingkan sekuen DNA hasil penelitian ini dengan database sekuen DNA
yang ada pada GenBank. Kemudian dilakukan analisis filogeni dengan menggunakan program
MEGA 5 (Tamura et al. 2011). Melalui data akan dianalisis variasi genetik populasi M. nigra dari
Bacan dibandingkan dengan data dari Sulawesi (Tangkoko) serta nilai populasi efektif nya.

DAFTAR PUSTAKA

Byun S, Fang Q, Zhou H, Hickford J. 2009. An effective method for silver-stainning DNA in large 
number of poly-acrylamide gels. Anal Biochem. 385: 174-175.
Engelhardt A, Muniz L, Perwitasari-Farajallah D, Widdig A (2017) Highly polymorphic
microsatellite markers for the assessment of male reproductive skew and genetic variation in
critically endangered M. nigras (Macaca nigra). Int J Primatol 38:672–691.
Melfi V (2010) Selamatkan Yaki! Conservation of Sulawesi Crested Black Macaques Macaca nigra.
In: Gursky S, Supriatna J (eds) Indonesian Primates. Developments in Primatology: Progress
and Prospects. Springer New York, pp. 343–356.
Rosenbaum B, O’Brien TG, Kinnaird M, Supriatna J (1998) Population densities of Sulawesi crested
black macaques (Macaca nigra) on Bacan and Sulawesi, Indonesia: effects of habitat
disturbance and hunting. Am J Primatol 44:89–106.
Sodhi NS, Posa MRC, Lee TM, Bickford D, Koh LP, Brook BW (2010) The state and conservation of
Southeast Asian biodiversity. Biodivers Conserv 19:317–328.
Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. 2011. MEGA5: molecular
evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and
maximum parsimony methods. Mol Biol Evol. 28(10):2731–2739.