Juni 2013 Informasi Status, Kondisi dan Berita Biodiversitas Indonesia Vol.2 No.6 Tahun 2013
Buletin KBR4 adalah bagian proyek Marine Biodiversity of Raja Ampat Islands yang didanai oleh program USAID PEER dan dikerjakan oleh Universitas Negeri
Papua, Universitas Brawijaya, Conservation International, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, Indonesian Biodiversity Research Center dengan US Partners Paul
H. Barber (University of California Los Angeles) dan Kent Carpenter (Old Dominion University)
e-ISSN: 2338-5561
ISSN: 2338-5421 2
Juni 2013 Informasi Status, Kondisi dan Berita Biodiversitas Indonesia www.ibcraja4.org
Juni 2013 Informasi Status, Kondisi dan Berita Biodiversitas Indonesia www.ibcraja4.org
Elektroforesis DNA
Elektroforesis DNA adalah cara analisis Pada awal tahun 1970-an orang dipisahkan dengan elektroforesis gel agarosa,
kimiawi berdasarkan pergerakan molekul DNA menemukan bahwa panjang dan tingkat sedangkan DNA berukuran kecil (sekitar 6-2000
di dalam medan listrik. Elektroforesis kemurnian molekul-molekul DNA dapat pasang basa) dapat terpisah dengan elektroforesis
merupakan suatu prosedur dimana voltase ditentukan dengan tepat menggunakan metode gel poliakrilamida. Kedua metode pemisahan DNA
digunakan pada molekul DNA bermuatan total elektroforesis seperti yang diterapkan untuk ini diterapkan secara luas baik untuk keperluan
negatif, dan menginduksi molekul tersebut protein. Prosedur elektroforesis untuk DNA lebih analisis maupun penyiapan.
untuk bermigrasi ke arah positif. sederhana dibanding prosedur untuk protein;
Elektroforesis telah digunakan dan karena setiap nukleotida dalam sebuah molekul
dikembangkan untuk penelitian-penelitian di asam nukleat (DNA dan RNA) sudah membawa
bidang genetika, biokimia, biologi molekuler, sebuah muatan negatif. Sehingga elektroforesis
dan bidang lainnya. Teknik ini seringkali untuk DNA tidak memerlukan deterjen SDS yang
digunakan untuk memisahkan campuran ion bermuatan negatif. Metode elektroforesis selalu
dengan menggunakan larutan buffer dan arus digunakan untuk analisis hasil dalam teknik-
listrik. Elektroforesis dapat juga digunakan teknik isolasi DNA, teknik memotong dan Peralatan Elektroforesis
untuk mengkaji campuran protein, menyambung DNA, teknik PCR, teknik sekuensing,
karbohidrat, asam nukleat, enzim dan lain-lain. dan teknik lain yang digunakan dalam teknologi
Di samping untuk keperluan penetapan DNA rekombinan.
kemurnian preparat, elektroforesis juga baik Elektroforesis DNA menggunakan dua
sekali untuk penentuan bobot molekul suatu macam gel, yaitu gel poliakrilamida dan gel
makromolekul yang bermuatan. Dalam agarosa. Keduanya berbeda dalam kemampuan
kedokteran klinis, cara ini digunakan untuk memisahkan berbagai ukuran DNA. DNA yang
menentukan kadar protein dalam cairan tubuh. berukuran besar (sekitar 0,1-20 kb) dapat
DNA Ladder
DNA ladder atau tangga DNA Ladder 1 kilobasa (kb) dengan diproduksi oleh invitrogen (low DNA
adalah bahan laboratorium berupa fragmen berkisar dari 0.5 hingga 10 massa ladder) seperti pada gambar.
larutan molekul DNA dengan kb atau 12 kb dan ladder 100 Ukuran fragmen DNA ladder ini
ukuran nukleotida berbeda, tampak pasangbasa (pb) dengan fragmen berturut-turut adalah 2000, 1200, 800,
sebagai jenjang atau tanjakan antara 100 pb hingga di atas 1000 pb 400, 200, 100 pb.
tangga, dalam elektroforesis gel sangat banyak.
agarosa. DNA ladder digunakan DNA ladder umumnya dibuat
sebagai rujukan untuk dari plasmid yang dipotong oleh
memperkirakan ukuran molekul enzim restriksi tertentu untuk
DNA yang tidak diketahui. DNA mendapatkan ukuran fragmen yang
ladder juga digunakan untuk sesuai. Salah satu contoh DNA ladder
memperkirakan massa pita DNA yang digunakan adalah DNA λ yang
melalui perbandingan dengan ladder dipotong dengan HindIII (λ DNA-
massa khusus. HindIII). Ukuran fragmen (dalam pb)
Saat ini, tersedia berbagai DNA adalah 23.130; 9.416; 6.557; 4.361;
ladder secara komersial tergantung 2.322; 2.027; 564; dan 125 pb.
panjang DNA yang diinginkan. Contoh lain adalah DNA ladder yang DNA ladder
e-ISSN: 2338-5561
ISSN: 2338-5421 7
Juni 2013 Informasi Status, Kondisi dan Berita Biodiversitas Indonesia www.ibcraja4.org
e-ISSN: 2338-5561
ISSN: 2338-5421 8
Marine Biodiversity of Raja Ampat Islands (MB-RAI) Buletin Konservasi Biodiversitas Raja 4 (Buletin KBR4)
adalah proyek pendidikan, penelitian dan publikasi konservasi dan adalah salah satu kegiatan MB-RAI bidang publikasi dan
biodiversitas laut Kepulauan Raja Ampat yang didanai oleh program menginformasikan pengetahuan serta praktek cerdas terkait
PEER-USAID tahun 2012-2014. Proyek dikerjakan bersama konservasi dan biodiversitas untuk mendukung pembangunan
perguruan tinggi dan lembaga penelitian Indonesia seperti Universitas perkelanjutan di Indonesia umumnya dan di Raja Ampat
Negeri Papua (UNIPA, Manokwari), Universitas Brawijaya (UB,
khususnya. Buletin berisi kolom-kolom: Konservasi (aktivitas
Malang), Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI, Jakarta),
Indonesian Biodiversity Research Center (IBRC-Bali), Conservation konservasi, lembaga konservasi, praktek konservasi, teori
International-Indonesia (CI-I), dan didukung oleh Paul H. Barber, konservasi, penelitian dan pendidikan konservasi), Raja
University of California Los Angeles (UCLA) sebagai partner Ampat, Biodiversitas (Satwa, Fauna, Penelitian
proyek dari US. Proyek MB-RAI dipimpin oleh Abdul Hamid A. Biodiversitas), Info Alat dan Metode, serta Berita Proyek
Toha dari UNIPA. Raja Ampat. Buletin terbit secara berkala pada setiap akhir
bulan.
Singkatan:
AAUS= American Academy of Underwater Sciences, ARMS=Autonomous Reef Monitoring Structures), COI= cythcrome
oxidase I gene, DNA= DeoxyriboNucleic Acid, IPB= Institut Pertanian Bogor, LIPI= Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia,
PCR= Polymerase Chain Reaction, SDS= Sodium Dodecyl Sulfate, UGM= Universitas Gadjah Mada, UNDIP= Universitas
Diponegoro, UNHAS= Universitas Hasanuddin, UNPAD= Universitas Padjajaran, UNPATTI= Universitas Pattimura,
UNTAD= Universitas Tadulako, UNSOED= Universitas Jenderal Soedirman, UNIPA= Universitas Negeri Papua, WWC=
Warren Wilson College
Bahan Bacaan
Johns, K. 2010. Long Term Monitoring of the Great Barrier Reef, Status Report No. 8. (AIMS LTMP). Australian Institute of
Marine Science, http://e-atlas.org.au/content/long-term-monitoring-great-barrier-reef-status-report-no-8-aims-ltmp .
Purcell, SW, H. Gossuin, N. S. Agudo. 2009. Status and management of the sea cucumber fishery of La Grande Terre, New
Caledonia. The WorldFish Center, Penang, Malaysia.
Redaksi menerima tulisan menurut kolom info dari penulis dan pemerhati biodiversitas dan atau konservasi serta bisa disampaikan
ke alamat Buletin KBR4 d/a Laboratorium Perikanan. Jurusan Perikanan. Fakultas Peternakan Perikanan dan Ilmu Kelautan.
Universitas Negeri Papua. Jl Gunung Salju Amban Manokwari. Papua Barat 98314. Atau Jurusan Biologi FMIPA Universitas
Brawijaya Jl. Veteran 16 Malang 65145. Telepon (0341) 554403, Fax (0431) 554403. Email: buletinkbr4@gmail.com, Online:
www.ibcraja4.org atau http://ibc.ub.ac.id
Konsultan: Prof. Sutiman B. Sumitro, SU, D.Sc. Koordinator: Abdul Hamid A. Toha (AHAT). Dewan
Redaksi: Widodo, S.Si, M.Si., PhD. Med.Sc, Luchman Hakim, S.Si, M.AgrSc, Ph.D, M. Takdir (MT), Irma
Arlyza. Staf Redaksi: Muhammad Dailami (MD), Jehan Haryati (JH), Qomaruddin Mohammed (QM), Jeni
(J). Kontributor: Robi Binur (RB), Yuliana Leuwkabessy (YL), Nurhani W. (NW), Hemawaty Abubakar
(HA), Lutfi (L), Ida Lapadi (IL), Tresia S. Tururaja (TST), Djumiati Mustiah (DM). Distributor: Andre
Kuncoro, (AK) Andika Arywibowo (AA).
e-ISSN: 2338-5561