“ Karakterisasi Bakteri Penghasil Enzim Selulase Asal Ekosistem Mangrove

Telaga Wasti, Sowi IV, Manokwari “

Oleh :
Syamma I. Y. Aritonang
201838029

Dosen Pengampu : Dr. Rawati Panjaitan, S.Si., M.Si.

Proposal Penelitian Teknik Penulisan Karya Ilmiah

Program Studi Biologi
Jurusan Biologi
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Papua
Manokwari
2021
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Hutan mangrove adalah salah satu bagian dari ekosistem pesisir yang mempunyai
karakteristik yang khas dan memiliki fungsi yang penting di wilayah pesisir. Keberadaan
hutan mangrove pada kawasan pesisir secara ekologi dapat berfungsi sebagai penahan lumpur
dan sediment trap, termasuk limbah-limbah beracun yang dibawa oleh aliran air permukaan.
(Pariyono, 2006).

Ekosistem hutan mangrove merupakan salah satu ekosistem dengan tingkat

produktivitas tinggi dibandingkan ekosistem lain yang memiliki dekomposisi bahan organik
yang tinggi, dan menjadikannya sebagai mata rantai ekologis yang penting bagi kehidupan
makhluk hidup di peraian sekitarnya. Materi organik menjadikan hutan mangrove sebagai
tempat sumber makanan dan habitat berbagai biota seperti ikan, udang dan kepiting (Kapludin
dalam Sinatryani 2014).

Bahan organik produksi mangrove sebagian besar dimanfaatkan sebagai detritus

atau bahan organik mati seperti daun-daun mangrove yang gugur sepanjang tahun. Aktivitas
mikroba dekomposer dan hewan pemakan detritus kemudian memproses bahan organik
menjadi partikel yang lebih halus (Odum and Heald, 1975 dalam Mahmudi et al., 2008).
Partikel organik atau serasah menjadi tempat hidup bagi bakteri, jamur dan mikroorganisme
lainnya. Serasah mangrove yang tertimbun di lumpur mengalami dekomposisi oleh berbagai
jasad renik untuk menghasilkan detritus dan mineral bagi kesuburan tanah serta sumber bagi
kehidupan fitoplankton (Mahmudi et al., 2008).

Daun yang gugur di atas tanah memungkinkan bahwa kandungan selulosa di tanah
tersebut tinggi, maka besar kemungkinan untuk dapat menemukan bakteri pendegradasi
selulosa di dalam ekosistem mangrove. Bakteri di dalam tanah akan mendegradasi selulosa
menjadi molekul monosakarida yang mudah diserap oleh tanaman yang kemudian akan
digunakan untuk pertumbuhannya (Reanida dalam Sinatryani 2014).
 Bakteri selulolitik merupakan bakteri yang mampu menghasilkan selulase dan
menghidrolisis selulosa menjadi produk yang lebih sederhana yaitu glukosa. Bakteri
selulolitik dijumpai pada habitat yang kaya akan selulosa. Selulolitik sendiri berarti proses
pemecahan selulosa menjadi senyawa atau unit-unit glukosa yang lebih kecil.

1.2. Rumusan Masalah

Telaga Wasti merupakan salah satu lahan basah pesisir berupa tumbuhan
mangrove. Terletak pada posisi 134⁰3ˈ00 BT – 0⁰55ˈ30 LS di sebelah Selatan Kabupaten
Manokwari, Telaga wasti dapat ditempuh dengan jalan darat atau kendaraan bermotor dengan
waktu tempuh 20 menit, dan jarak tempuh ± 12 Km dari Ibukota Kabupaten. Rhizophora
merupakan jenis mangrove yang dominan dalam vegetasi hutan mangrove di tempat ini.
Melalui analisis nilai kerapatan menunjukkan bahwa vegetasi mangrove pada lokasi ini belum
mendapatkan gangguan yang berarti dari masyarakat setempat, walaupun pada beberapa
tempat telah mengalami gangguan berupa pembukaan hutan mangrove sebagai lokasi
pemukiman tetapi masih dalam sakala yang kecil.

Sejauh ini penelitian-penelitian yang terkait dengan ekosistem mangrove pada

wilayah Telaga Wasti berfokus pada nilai kerapatan, pemanfaatan dan dampak alih fungsi
kawasan tersebut bagi warga setempat. Berdasarkan kondisi tersebut, maka penelitian ini
dilakukan dengan tujuan untuk dimaksudkan untuk menambah pengetahuan mengenai bakteri
selulolitik asal ekosistem mangrove Telaga Wasti, Sowi IV, Manokwari.

1.3. Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi serta mengetahui
potensi bakteri selulolitik asal Telaga Wasti dalam menghasilkan enzim selulase.

1.4. Manfaat Penelitian

Manfaat dari penelitian ini adalah untuk memberikan informasi ilmiah mengenai
potensi bakteri selulolitik dalam menghasilkan enzim selulase, serta menjadi sumber dasar
bagi penelitian-penelitian selanjutnya yang terkait dengan bakteri selulolitik asal ekosistem
mangrove Telaga Wasti, Sowi IV, Manokwari.
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Ekosistem Mangrove

Ekosistem mangrove merupakan sumber berbagai mikroba yang mampu
menghasilkan enzim dan molekul-molekul yang bermanfaat bagi kehidupan manusia,
pertanian, perikanan, industri dan bioremediasi (Dourado et al., 2012; Dias et al., 2009).
Enzim ekstraseluler yang diproduksi oleh mikroba digunakan untuk mengurai material
nutrient organik kompleks menjadi sederhana sehingga dapat di transport masuk ke dalam sel
sebagai sumber nutrisinya. Ekosistem mangrove merupakan sumber potensial bakteri
penghasil proteinase, amilase dan selulase. Hal ini terkait dengan protein, karbohidrat dan
selulosa yang melimpah di sedimen mangrove.

Reanida dalam Sinatryani (2014), mengatakan bahwa daun yang gugur di atas tanah
memungkinkan bahwa kandungan selulosa di tanah tersebut tinggi, maka besar kemungkinan
untuk dapat menemukan bakteri pendegradasi selulosa di dalam ekosistem mangrove.
Partikel-partikel organik atau serasah menjadi tempat hidup bagi bakteri, jamur dan
mikroorganisme lainnya. Serasah mangrove yang tertimbun di lumpur mengalami
dekomposisi oleh berbagai jasad renik untuk menghasilkan detritus dan mineral bagi
kesuburan tanah serta sumber bagi kehidupan fitoplankton (Mahmudi et al., 2008).

2.2. Bakteri Selulolitik

Bakteri selulolitik merupakan bakteri yang mampu menghasilkan selulase dan
menghidrolisis selulosa menjadi produk yang lebih sederhana yaitu glukosa (Murtiyaningsih,
2017). Bakteri selulolitik dijumpai pada habitat yang kaya akan selulosa. Selulolitik sendiri
berarti proses pemecahan selulosa menjadi senyawa atau unit-unit glukosa yang lebih kecil.
Beberapa genus bakteri yang memiliki kemampuan selulolitik adalah Achromobacter,
Angiococcus, Bacillus, Cellulomonas, Cytophaga, Clostridium, Cellivibrio, Flavobacterium,
Pseudomonas, Poliangium, Sorangium, Sporocytophaga, Vibrio, Cellfalcicula, Citrobacter,
Serratia, Klebsiella, Enterobacter dan Aeromonas (Anand et al., dalam Murtiyaningsih 2017).
Mikroorganisme tersebut dapat mendegradasi selulosa karena menghasilkan enzim dengan
 spesifikasi berbeda yang saling bekerjasama. Enzim tersebut akan menghidrolisis ikatan (1,4)-
ß-Dglukosa pada selulosa (Saratale, 2012).

2.3. Selulosa Secara Umum

Selulosa merupakan salah satu jenis bahan organik yang banyak terdapat di bumi
(sekitar 40-50% dalam tubuh tumbuh-tumbuhan). Selulosa merupakan karbohidrat yang
tergolong polisakarida. Sebagai polimer glukosa, selulosa dihubungkan oleh ikatan B-1,4-
glikosida yang membentuk polimer rantai lurus. Struktur selulosa ini sangat sulit larut dalam
air maupun dalam bahan-bahan pelarut yang biasa digunakan. Hidrolisa selulosa hanya dapat
dilakukan dengan pelarut asam mineral kuat atau hidrolisis asam dan dengan menggunakan
enzim atau hidrolisis enzimatis.

Proses degradasi selulosa dapat dilakukan secara enzimatik dengan bantuan

mikroorganisme. Mikroorganisme yang dapat mendegradasi selulosa dikenal dengan
mikroorganisme selulotik. Bakteri merupakan salah satu jenis mikroorganisme yang mampu
mendegradasi selulosa dan memiliki kelimpahan terbanyak di alam dibanding
mikroorganisme lainnya. Hidrolisis enzimatis pada selulosa hanya dapat dilakukan oleh enzim
yang disebut sebagai enzim selulase. Enzim ini diproduksi oleh banyak spesies dari golongan
jamur maupun bakteri. Adanya produksi enzim ini menyebabkan banyak jenis jamur dan
bakteri dapat hidup pada substrat yang mengandung selulosa sebagai sumber karbon.

2.4. Enzim Selulase

Enzim merupakan protein yang berfungsi sebagai katalis untuk proses biokimia.
Enzim selulase atau enzim yang dikenal dengan nama sistematik β–1.4 glukan–4–glukano
hidrolase adalah enzim yang dapat menghidrolisis selulosa dengan memutus ikatan glikosidik
β–1.4 dalam selulosa, selodektrin, selobiosa, dan turunan selulosa lainnya menjadi gula
sederhana atau glukosa (Aryani dalam Nababan, 2019).

Enzim selulase dapat diaplikasikan untuk memperhalus bubur kertas pada industri
kertas, menjaga warna kain agar tetap cemerlang pada industri tekstil, meningkatkan kualitas
pada industri pangan, sebagai dekomposer bahan-bahan organik, meningkatkan nutrisi pakan
 ternak, berperan penting dalam biokonversi selulosa menjadi berbagai komoditas senyawa
kimia dan dapat mengurangi dampak negatif dari polusi limbah terhadap lingkungan (Kirk
dalam Nababan 2019). Enzim selulase dimanfaatkan juga dalam proses fermentasi dari
biomassa menjadi biofuel seperti bioetanol dan juga digunakan sebagai pengganti bahan kimia
pada proses pembuatan alkohol dari bahan yang mengandung selulosa (Fan et al., dalam
Nababan 2019).

2.5. Penelitian-Penelitian Terdahulu Terkait Bakteri Selulolitik Sebagai Penghasil Enzim

Selulase
Berdasarkan penelitian-penelitian sebelumnya didapati bahwa bakteri yang
diisolasi dari kawasan mangrove memiliki potensi untuk menghasilkan enzim selulase. Isolat
bakteri mangrove yang memiliki kemampuan menghasilkan beragam enzim juga dilaporkan
oleh para peneliti. Seperti pada penelitian yang dilakukan oleh Setyati dan Subagiyo (2012),
mendapatkan 10 isolat bakteri penghasil enzim selulotik eksositem mangrove Kaliuntu,
Kabupaten Rembang dan Segara Anakan, Kota Cilacap. Fajar Nurrochman (2015)
mendapatkan 23 isolat bakteri selulolitik yang mampu menghasilkan enzim selulase asal tanah
hutan mangrove Baros Kretek, Bantul, Yogyakarta. Ningsih et al., (2014) menemukan
sebanyak 8 genus bakteri selulotik yang mampu menghasilkan enzim selulase pada serasah di
permukaan tanah hutan mangrove Peniti. Penelitian lain yang terkait adalah Tabao et al (2010)
melaporkan 10 isolat bakteri penghasil selulase yang diisolasi dari berbagai lokasi mangrove
di Filipina. Thompson et al (2013) melaporkan isolat bakteri selulolitik dari mangrove di
Brazil. Sonawale et al. (2016) dalam penelitiannya memperoleh 7 isolat bakteri penghasil
selulase dari mangrove di Ratnagairi, India. Chantarasiri (2016) mengidentifikasi Bacillus
cereus yang memiliki aktivitas selulase dari mangrove di Thailand. Bibi et al (2017)
mengidentifikasi 14 bakteri selulotik, dari ekosistem mangrove Thuwal, Jeddah, Saudi Arabia.
 BAB III
METODE PENELITIAN

3.1. Waktu dan Tempat

Penelitian ini akan dilaksanakan selama kurang lebih satu bulan. Dengan lokasi
pengambilan sampel pada hutan mangrove Telaga Wasti, Sowi IV dan pengujian sampel pada
Laboratorium Mikrobiologi, Jurusan Biologi, Universitas Papua.

Gambar 3.1. Peta Lokasi Penelitian (Penampakan Lokasi Telaga Wasti, Dilihat dari Google Earth)

3.2. Alat dan bahan

Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah sampel tanah, Carboxymetyl
Cellulosa (CMC), nutrient agar, larutan congo red, akuades, air laut steril, garam fisiologis,
spirtus, dan alkohol 70%.

Peralatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah soil sampler, plastik ziplock,
cool box, labu Erlenmeyer, pH meter, jarum ose, gelas ukur, spatula, pipet, vortex, tabung
 reaksi, cawan Petri, shaker, inkubator, mortar dan pistle, bunsen, autoclave, dan laminar air
flow (LAF).

3.3. Variabel Penelitian

Variabel penelitian yang diamati adalah terbentuknya zona bening, dan morfologi
koloni bakteri.

3.4. Prosedur Penelitian

3.4.1. Persiapan alat dan bahan
a. Pembuatan Media Nutrient Agar
b. Pembuatan Media CMC
c. Sterilisasi Alat

3.4.2. Pengambilan Sampel Sedimen Tanah

Pengambilan sampel sedimen tanah dilakukan di ekosistem mangrove
Telaga Wasti, Sowi IV, Manokwari, sampel sedimen diambil menggunakan soil
sampler pada kedalaman ± 10 cm kemudian dimasukan ke dalam plastik sampel.
Selanjutnya sampel di masukan ke dalam cool box dan dibawa ke laboratorium.

3.4.3. Isolasi bakteri selulolitik dari Ekosistem Mangrove

Sebanyak 10 gram sampel tanah dilarutkan dalam 90 mL larutan garam
fisiologis (NaCl 0,85%) lalu divortex sehingga diperoleh pengenceran 10-1 .
Suspensi dari pengenceran 10-1 diambil 1 mL lalu dimasukkan ke dalam 9 mL
garam fisiologis sehingga diperoleh pengenceran 10-2. Selanjutnya dilakukan
pengenceran berseri hingga didapatkan pengenceran 10-5. Dari pengenceran 10-4
dan 10-5 diambil 0,1 mL dan diinokulasikan dengan metode sebaran (spread plate)
pada media padat selektif Carboximethil cellulase (CMC). Kemudian diinkubasi
pada suhu 30 oC selama 48 jam.

3.4.4. Pengamatan Morfologi Koloni dan Pemurnian Bakteri

 Pengamatan morfologi secara makroskopis dilakukan dengan cara
mengamati morfologi koloni yang terbentuk dari bakteri, meliputi warna, elevasi,
bentuk koloni dan tepi koloni. Pemurnian bakteri dilakukan dengan mengambil
koloni yang tumbuh terpisah dan menunjukkan karakter morfologi yang berbeda
dengan cara menginokulasikan isolat pada media CMC baru dengan metode streak
kuadran sehingga diperoleh koloni tunggal. Inkubasi dilakukan pada suhu 37 0C
selama 48 jam. Koloni tunggal pada cawan petri kemudian diinokulasikan ke media
agar CMC miring sebagai stok bakteri menggunakan loop ose. Inkubasi dilakukan
pada suhu 37 0C selama 48 jam.

3.4.5. Uji Aktivitas Enzim Selulase Secara Kualitatif

Isolat bakteri yang akan diuji secara kualitatif didapat dari stok agar miring
CMC, kemudian ditotolkan pada petri kecil yang mengandung media CMC.
Inkubasi dilakukan pada suhu 37 0C selama 48 jam. Pengujian aktivitas selulolitik
dilakukan dengan metode Congo Red. Larutan Congo Red (0,1% w/v) dituang pada
kultur dan dibiarkan selama 15 menit. Larutan kemudian dibuang dan dibilas
dengan NaCl 0,2 M selama 15 menit sebanyak tiga kali. Selanjutnya dilakukan
inkubasi pada suhu 40C selama 48 jam untuk menyempurnakan pembentukan zona
bening, kemudian diamati zona bening yang terbentuk.

3.5. Teknik Pengambilan Sampel

Pengambilan sampel sedimen tanah dilakukan dengan metode random sampling.

3.6. Teknik Pengambilan Data

Pengambilan data dilakukan dengan dengan menggunakan uji aktivitas selulolitik
secara kualitatif dan pengamatan morfologi koloni bakteri secara makroskopis.

3.7. Analisis Data

Data dianalisis secara deskriptif dengan mengamati zona bening yang terbentuk
sebagai indikasi kemampuan bakteri dalam menghidrolisis selulosa dengan menghasilkan
enzim selulase serta pengamatan morfologi koloni bakteri.
 DAFTAR PUSTAKA

Arifin, Z., Gunam, I.B.W., Antara, N.S., Setiyo, Y.. 2019. Isolasi Bakteri Selulolitik Pendegradasi
Selulosa Dari Kompos. Jurnal Rekayasa dan Manajemen Agroindustri 7 (1): 30-37.

Fahruddin, F.. 2020. Isolasi dan Karakteristik Bakteri Pendegradasi Selulosa dari Limbah Pusat
Industri Mebel Antang Makassar. Serambi Engineering 5 (2): 951-956.

Kurniawan, A., Febrianti, D., Sari, S.P., Prihanto, A.W., Asriani, E., Kurniawan, A., Sambah,
A.B.. 2018. Isolasi dan Identifikasi Bakteri Pendegradasi Selulosa Asal Ekosistem
Mangrove Tukak Sadai, Bangka Selatan. Jurnal Perikanan Pantura 1 (2): 9-16.

Mahmudi, M., Soewardi, K., Kusmana, C., Hardjomidjojo, H., Damar, A.. 2008. Laju
Dekomposisi Serasah Mangrove dan Kontribusinya terhadap Nutrien di Hutan Mangrove
Reboisasi. Jurnal Penelitian Perikanan. 2 (1): 19-25.

Murtiyaningsih, H., Hazmi, M.. 2017. Isolasi Dan Uji Aktivitas Enzim Selulase Pada Bakteri
Selulolitik Asal Tanah Sampah. Agritrop. 15 (2): 293-308.

Nababan, M., Gunam, I.B.W., Wijaya, I.M.M.. 2019. Produksi Enzim Selulase Kasar Dari Bakteri
Selulolitik. Jurnal Rekayasa dan Manajemen Agroindustri. 7 (2): 190-199.

Ningsih, R.L., Khotimah, S., Lovadi, I.. 2014. Bakteri Pendegradasi Selulosa dari Serasah Daun
Avicennia alba Blume di Kawasan Hutan Mangrove Peniti Kabupaten Pontianak.
Protobiont 3 (1): 34-40.

Nofu, K., Khotimah, S., Lovadi, I.. 2014. Isolasi dan Karakteristik Bakteri Pendegradasi Selulosa
pada Ampas Tebu Kuning (Bagasse). Protobiont 3 (1): 25-33.

Nurrochman, F.. 2015. Eksplorasi Bakteri Selulolitik Dari Tanah Hutan Mangrove Baros Kretek,
Bantul, Yogyakarta. Skripsi. Surakarta. Universitas Muhammadiyah.

Pariyono. 2006. Kajian Potensi Kawasan Mangrove dalam Kaitannya dengan Pengelolaan
Wilayah Pantai di Desa Panggung, Bulakbaru, Tanggultare, Kabupaten Jepara. Tesis.
Semarang. Universitas Diponegoro.

Rudiansyah, D., Rahmawati., Rafdinal.. 2017. Eksplorasi Bakteri Selulolitik dari Tanah Hutan
Mangrove Peniti, Kecamatan Segedong, Kabupaten Mempawah. Protobiont 6 (3): 255-
262.
Rumwaropen, Y.F., Nugroho. B., Sineri., A.. 2018 . Dampak Alih Fungsi Hutan Mangrove
Terhadap Ekonomi Masyarakat Di Telaga Wasti Sowi IV Manokwari Papua Barat.
Cassowary 2 (1): 30-48.

Sembiring, A.. 2019. Isolasi dan Uji Aktivitas Bakteri Penghasil Selulase Asal Tanah Kandang
Sapi. Jurnal Biology Science & Education 8 (1): 21-28.

Seprianto. 2017. Isolasi dan Penapisan Bakteri Selulolitik Dari Berbagai Jenis Tanah Sebagai
Penghasil Enzim Selulase. IJOBB 1 (2): 64-70.

Setyati, W.A., Subagiyo. 2012. Isolasi dan Seleksi Bakteri Penghasil Enzim Ekstraseluler
(proteolitik, amilolitik, lipolitik dan selulolitik) yang Berasal dari Sedimen Kawasan
Mangrove. Ilmu Kelautan 17 (3): 164-168.

Sinatryani, D.. 2014. Kelimpahan Bakteri Selulolitik Di Muara Sungai Gunung Anyar Surabaya
dan Bancaran Bangkala. Skripsi. Surabaya. Universitas Airlangga.

Subagiyo, Djarod, M.S.R., Setyati, W.A.. 2017. Potensi Ekosistem Mangrove Sebagai Sumber
Bakteri Untuk Produksi Protease, Amilase Dan Selulase. Jurnal Kelautan Tropis 20 (2):
106-111.

Yulma, Satriani, G.I., Awaludin, Ihsan, B., Pratiwi, B.. 2019. Bacteria Diversity In Sediment From
Mangrove And Bekantan Conservation Area, Tarakan City. Jurnal Ilmu Perikanan dan
Sumberdaya Perairan 7 (2): 698-706.