TUGAS REVIEW JURNAL INTERNASIONAL

UNTUK REVISI LAPORAN BIOLOGI SEL ACARA 5

MAKROMOLEKUL: PREPARAT SEGAR

A Comparison of Fresh Frozen vs. Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Specimens of Canine

Mammary Tumors via Branched-DNA Assay

Disusun oleh:

Muhammad Naufal Salman

H0919068

ITP B

PROGRAM STUDI S1 ILMU DAN TEKNOLOGI PANGAN

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

SURAKARTA

2019
I. IDENTITAS
Judul A Comparison of Fresh Frozen vs. Formalin-Fixed,
Paraffin-Embedded Specimens of Canine Mammary
Tumors via Branched-DNA Assay
Jurnal Internationl Journal of Molecular Science
Volume 17 (724)
(Halaman)
Tahun 2016
Penulis Florenza Lüder Ripoli, Annika Mohr, Susanne
Conradine Hammer, Saskia Willenbrock, Marion
Hewicker-Trautwein, Silvia Hennecke,
Hugo Murua Escobar dan Ingo Nolte
Reviewer Muhammad Naufal Salman
NIM H0919068
Tanggal 6 Desember 2019

II. REVIEW
Pendahuluan Preparat segar beku ideal digunakan untuk analisis
molekuler karena RNA yang dimiliki masih dalam
kualitas baik. Namun potensi adanya sel tumor
tidak begitu banyak dan ragam koleksinya hanya
terbatas seadanya. Preparat awetan dengan
formalin-parafin menjadi sumber yang unik untuk
digunakan sebagai bahan biologis untuk disimpin
dan merupakan preparat yang dapat digunakan
dalam waktu yang lama. Kelebihannya mudah
dibawa, penyimpanan yang murah dalam jangka
panjang dan cocok untuk analisis imunohistokima.
Namun kualitas RNA pada preparat awaetan lebih
buruk dibandingkan dengan preparat segar. Hal ini
dikarenakan penggunaan formalin dan parafin
untuk pengawetan.
Tujuan Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menilai
komparabilitas uji bercabang-DNA ketika
menganalisis pola ekspresi gen tertentu antara
sampel preparat segar dan preparat awetan yang
 disimpan selama bertahun-tahun dalam tumor taring
mammae.
Metode Sampel preparat awetan diambil dari arsip preparat
dari tahun 1993 dan 2000 yang dimiliki Pathology
Institute of the University of Veterinary Medicine
Hannover, Jerman. Sampel yang digunakan
mengandung 10% formalin buffer netral dan selalu
dilapisi parafin serta selalu disimpan dalam suhu
ruang. Sampel preparat segar diambil dari pasien
yang menjalani operasi pada tahun 2003 dan 2014
di Clinic of Small Animals Hannover, Jerman.
Sampel disimpan pada nitrogen cair setelah
pelaksanaan operasi pada suhu -80 ºC dengan
isolasi RNA. Sampel preparat awetan yang diambil
ada 109 sampel dan untuk preparat segar ada 93
sampel. Masing-masing sampel diberi perlakuan
isolasi asam nukleat kemudian dianalisa datanya.
Hasil dan RNA pada preparat segar lebih konsisten bila
Pembahasan dibandingkan dengan preparat awetan dari 100
hingga 400 ng unutk preparat segar dan preparat
awetan dari 10 hingga 1000 ng. Hasil dari ketiga
gen housekeeping dikalkulasikan untuk
mendapatkan normalisasi yang akurat. 37.25% gen
dengan grup histologis menampilkan secara statistis
perbedaan yang signifikan. Untuk menampilkan
hasil yang berbeda dari setiap gen housekeeping
saat membandingkan preparat segar dan preparat
awetan, setiap houskeeper dipisahkan dan datanya
dinormalisasikan satu sama lain secara individual.
Dari ini dihasilkan 27.45% berbeda dibandingkan
dengan ACTB, untuk GAPDH 50.98%, dan 47.05%
untuk HPRT1. 15 sampel preparat awetan dan 93
sampel preparat segar disingkirkan karena batas
rendah deteksi (LOD). Dan juga karena ada
 perbedaan signifikan yang selalu tinggi pada
sampel preparat segar. Mayoritas sampel saat diuji
lama waktu simpan mengalami ekspresi berlebihan.
Yang bertahan dalam waktu sedang dan lama hanya
sebagian kecil. Korelasi antara preparat segar dan
preparat awetan formalin hanya FOXO3 dan
GATA4 yang menunjukkan berturur-turut korelasi
positif dan negatif.
Kesimpulan Sampel preparat awetan formalin tersedia luas di
laboratorium patologi untuk alasan diagnostik.
Hingga saat penelitian ini dilaksanakan, belum ada
yang membandingkan spesimen preparat segar dan
preparat awetan dari tumor mammae anjing dengan
uji b-DNA. Diketahui ekspresi gen pada preparat
awetan lebih lemah preparat segar dimungkinkan
karena degradasi dalam waktu lama. Hanya dua
gen, FOXO3 dan GATA4 yang memiliki korelasi
antara kedua spesimen preparat. Cara yang lumrah
digunakan untuk memeriksa tumor taring mammae
adalah denga evaluasi IHC dengan reseptor
hormon. Keterbatasan mayor dari analisis preparat
awetan dengan qPCR saat dibandingkan dengan uji
b-DNA adalah dibutuhkannya pemurnian dengan
asam nukleat, praamplifikasi, dan jumlah RNA
yang dibutuhkan lebih tinggi. RNA pada preparat
segar lebih konsisten, hasil yang lebih tinggi.
Penggunaan gen housekeeping dibutuhkan untuk
mengoreksi data ekspresi saat mengukur ekspresi
gen. Di HBC, beberapa tanda prognostik dapat
diketahui. Namun hanya beberapa yang bisa
digunakan. Studi ekspresi gen di CMT relevan
karena nyatanya bisa diaplikasikan pada manusia.