Interpretasi Tes Diagnostik COVID-19

…Pemeriksaan penyakit novel corona virus disease (COVID-19) yang merupakan baku
emas adalah pemeriksaan polymerase chain reaction (PCR). Interpretasi hasil
pemeriksaan baku emas tersebut perlu diketahui oleh klinisi yang merawat pasien
terkonfirmasi COVID-19, selain sebagai alat diagnostik, pemeriksaan ini dapat
digunakan sebagai monitoring kondisi pasien.

Seluruh dunia saat ini terkena dampak dari penyakit COVID-19, bahkan WHO telah
menyatakan keadaan pandemi berlaku untuk seluruh negara tanpa terkecuali. Jenis
virus penyebab COVID-19 masuk golongan coronaviridae, serupa dengan virus
penyebab SARS (severe acute respiratory syndrome), sehingga penamaannya adalah
SARS-CoV-2. Sedangkan istilah COVID-19 secara resmi diperkenalkan WHO pada
tanggal 11 Februari 2020.[1-3]

Meskipun banyak aspek biologi yang mempengaruhi tingkat keparahan pada penyakit
infeksi tersebut, tetapi penatalaksanaan penyakit yang dilakukan sedini mungkin dapat
meningkatkan luaran klinis yang lebih baik. Angka kesembuhan pasien COVID-19 akan
semakin meningkat dengan penurunan progresifitas komplikasi sistemik, serta
penurunan atau pencegahan terjadinya badai sitokin dan SIRS (systemic inflammatory
response syndrome). Untuk itu, dibutuhkan interpretasi tes diagnostik COVID-19 yang
tepat sesuai indikasi.[2]

Anatomi Virus SARS-CoV-2

Virus SARS-CoV-2 adalah virus yang mempunyai amplop dengan positive-sense,

dimana virus ini bisa langsung bertindak sebagai mRNA (messenger ribonucleic acid)
yang berfungsi untuk translasi protein virus saat berada di ribosom sel host. Virus ini
memiliki 4 struktur protein utama, selain protein ada juga beberapa jenis gen yang
berperan dalam penularan dan penyebaran. Struktur protein dan gen tersebut dapat
berperan sebagai skrining, diagnostik, dan monitoring penyakit COVID-19.[2]

Tabel 1. Gen dan Struktur Protein Utama Virus SARS-CoV-2 [2]

No Jenis Gen dan Protein Keterangan

.
1. Spike (S) Terdapat receptor-binding domain (RBD), penyebab
penularan pada manusia karena mutasi protein S nya
(meningkatkan afinitas bagian furin-cleavage) atau
disebut juga protein moiety. Ukuran genomik: 3821
bp. Ukuran protein: 1273 aa.
2. Envelope (E) Identik dengan virus yang ditemukan pada hewan
pangolin (CoV MP798) dan kelelawar (CoVZXC21,
CoVZC45 dan RaTG13).
Ukuran genomik: 252 bp. Ukuran protein: 75 aa.
3. Membrane (M) Berjenis glikoprotein terdapat disemua jenis β-
coronaviruses.
Ukuran genomik: 719 bp. Ukuran protein: 222 aa.
4. Nucleocapsid (N) Berperan penting sebagai pencetus antibodi melawan
virus COVID-19 selama periode respon imun.
Ukuran genomik: 1274 bp. Ukuran protein: 419 aa.
5. ORF1a Ukuran genomik: 13452 bp. Ukuran protein: 4405 aa.
Gen ini dibelah secara proteolitik menjadi 16 putatif
nsp 1 – 16.
6. ORF1b Ukuran genomik: 8021 bp. Ukuran protein: 2691 aa.
Gen ini dibelah secara proteolitik menjadi 16 putatif
nsp 1 – 16.
7. ORF3a Ukuran genomik: 836 bp. Ukuran protein: 275 aa.
Gen ini mempunyai aktivitas sel apoptosis.
8. ORF6 Ukuran genomik: 196 bp. Ukuran protein: 61 aa.
1 dari 8 protein aksesoris berfungsi sebagai pencetus
ekspresi trans-infeksi.
9. ORF7a Ukuran genomik: 372 bp. Ukuran protein: 121 aa.
Menghasilkan protein transmembran tipe 1, terlokalisir
di aparatus golgi.
10. ORF7b Ukuran genomik: 128 bp. Ukuran protein: 34 aa.
 Bersifat hidrofobik, protein transmembran, terdapat di
kompartemen golgi.
11. ORF8 Ukuran genomik: 372 bp. Ukuran protein: 121 aa.
Strukturnya bervariasi diduga berhubungan dengan
kemampuan penularan virus ke organisme lain.
12. ORF10 Ukuran genomik: 141 bp. Ukuran protein: 38 aa.
Bukan gen yang terdapat di manusia, terletak diujung
13. RdRp domain gen N.
Enzim yang berfungsi sebagai enzim pengontrol
replikasi material virus didalam sel inang, digunakan
untuk produksi beberapa protein. Ukuran genomik:
106 – 107 bp. Ukuran protein: 932 aa.
Keterangan: CoV : Corona Virus ORF : open reading frame bp : base
pairs
aa : amino acids RdRp : RNA-dependent RNA polymerase gene
RNA : ribo nucleic acid
Sumber: dr. Ardi Putranto Ari Supomo, Sp. PK, 2020

Pemeriksaan COVID-19

Jenis pemeriksaan COVID-19 dapat dibedakan menjadi beberapa macam. Berdasarkan

tujuan dan karakteristiknya, maka dibedakan menjadi 3 macam, yaitu:

1. Pemeriksaan diagnostik, akurasi tinggi tetapi memakan waktu lama

2. Pemeriksaan skrining, akurasi rendah tetapi hasil cepat
3. Pemeriksaan surveilans, dilakukan pada sekelompok masyarakat dan bertujuan
untuk penentuan kebijakan lokal maupun nasional .. [4]

Terdapat beberapa metode pemeriksaan untuk penyakit COVID-19, di antaranya

polymerase chain reaction (PCR), next generation sequencing (NGS), clustered
regularly interspaced short pallindromic repeats (CRISPR), loop mediated isothermal
amplification (LAMP), antigen, dan antibodi. Setiap metode pemerikasaan memiliki
angka sensitivitas dan sensitifitas dalam mendeteksi infeksi virus SARS-CoV-2.
Rangkuman metode, prinsip pemeriksaan, sensitivitas dan sensitivitas dapat dilihat
pada tabel 2. [4,5,6,7,8]

Tabel 2. Metode Pemeriksaan COVID-19 [4,5,6,7,8]

No Metode Prinsip Metode Sensitivitas Spesifisitas
pemeriksaan
1. PCR Amplifikasi eksponensial target dari 100 % 100 %
(NAATs) sekuensing DNA, sehingga
menghasilkan miliaran salinan dari
target DNA.
rRT-PCR Sama seperti metode PCR tetapi 99,1 – 100 83,8 – 100
menggunakan enzim reverse % %
transcriptase untuk mendeteksi dan
amplifikasi RNA, deteksi kualittaif
asam nukleat.
qPCR atau Sama seperti rRT-PCR tetapi 94 – 100 % 96 – 100%
RT-qPCR hasilnya kuantitatif.
2. NGS Menggunakan prinsip sekuensing 97 – 100 % 98 – 100 %
RNA untuk melihat novel RNA virus,
memotong atau kuantifikasi mRNA
untuk analisis ekspresi gen.
Isolasi Virus Prinsipnya sama dengan metode 54 – 98 % 99 – 100 %
kultur bakteri, tetapi bahan
pemeriksaannya virus, tidak
direkomendasikan untuk prosedur
diagnostik rutin.
3. CRISPR Merupakan respon imun adaptif 95 – 100 % 100 %
pada E. coli yang kemudian
diterapkan untuk gen editing
diagnostik.
4. LAMP Mirip dengan RT-PCR tapi 100 % 98 – 100 %
menggunakan perubahan suhu
 untuk menghasilkan salinan DNA
virus (60 – 65 °C).
LAMP POCT Mirip LAMP tetapi menggunakan 100 % 90 – 100 %
alat lebih kecil dan kompak.
5. Antigen Pengenalan struktur asing 84 – 97 % 90 – 98 %
(virus/bakteri/lainnya) yang dapat
mencetuskan respon imun tubuh
(antibodi)
6. Sistem rapid Contoh : menggunakan metode 80 – 100 % 90 – 100 %
non-antigen blue paper dengan prinsip
lainnya serologikal kromatografi.
7. Antigen dalam Contoh: menggunakan veritor 70 – 97 % 90 – 98 %
pengembangan system dengan prinsip kromatografi
digital, waktu pemeriksaan ± 15
menit.
8. Antibodi Sistem perlindungan tubuh 18,4 – 100 80 – 100 %
(serologi) menggunakan protein protektif yang %
secara alamiah mengenali benda
asing dalam tubuh. IgM –
mempunyai kekuatan sedang untuk
mengikat virus. IgG mempunyai
kekuatan tinggi mengikat virus.
CLIA Menggunakan prinsip gabungan 91,1 – 99,5 80 – 100 %
pengenalan bagian paratop antibodi %
dan epitop antigen.
ELISA Menggunakan prinsip antibodi 72,3 – 96 95 – 100 %
spesifik dan pemeriksaan enzim %
sederhana yang spesifik.
LFIA Menggunakan prinsip sampel cair 18,4 – 100 80 – 100 %
yang dipaksa melewati berbagai %
zona polimer dengan gaya kapiler.
Keterangan :
PCR : polymerase chain reaction rRT-PCR : real time reverse transcriptase PCR
qPCR : qualitative PCR RT-qPCR : RT-qualitative PCR NAATs : nucleic acid
amplification tests NGS : next generation sequencing mRNAs : messenger
ribonucleic acids CRISPR : clustered regularly interspaced short pallindromic
repeats LAMP : loop mediated isothermal amplification POCT : point of care
testing ELISA : enzyme linked immunosorbent assays LFIA : lateral flow
immunoassays CLIA : chemiluminescent immunoassays
Sumber: dr. Ardi Putranto Ari Supomo, Sp. PK, 2020

…Selain metode pemeriksaan ada persyaratan lain yang penting diperhatikan, yaitu
jenis sampel, alat pengumpulan sampel, suhu penyimpanan dan pengiriman, serta
ketepatan sampel tersebut mendeteksi COVID-19, rangkuman diatas ada di tabel 3.

Tabel 3. Sampel pemeriksaan COVID-19 [3,5]

No Jenis sampel Alat Suhu Akurasi
Pengumpulan Penyimpanan Pengiriman
Sampel
1. Swab (usap) Swab dakron 2-8°C ≤ 5 hari : 2-8°C ~ 70%
Nasofaring dan atau poliester > 5 hari : - 70°C
orofaring (biang es)
2. Bilasan Wadah steril 2-8°C ≤ 2 hari : 2-8°C > 90%
bronkovaskuler > 2 hari : - 70°C
(biang es)
3. Aspirasi (endo) Wadah steril 2-8°C ≤ 2 hari : 2-8°C 30 – 60%
trakea, > 2 hari : - 70 °C
aspirasi/bilasan (biang es)
nasofaring atau
nasal
4. Sputum Wadah steril ≤ 2 hari : 2-8°C ~ 70%,
 > 2 hari : - 70°C Saliva ~
(biang es) 90%
5. Jaringan dari Wadah steril 2-8°C ≤ 24 jam : 2-8°C -
biopsi atau dengan > 24 jam : - 70°C
otopsi (paru- saline atau (biang es)
paru) VTM
6. Serum SST (dewasa 2-8°C ≤ 5 hari : 2-8°C 15 – 30%
3-5 ml darah > 5 hari : - 70°C
lengkap) (biang es)
7. Darah Lengkap Tabung tanpa 2-8°C ≤ 5 hari : 2-8°C 15 – 30%
antikoagulan > 5 hari : - 70°C
(biang es)
8. Feses Wadah feses ≤ 5 hari : 2-8°C ~ 30%
> 5 hari : - 70°C
(biang es)
9. Urin Wadah urin ≤ 5 hari : 2-8°C -
> 5 hari : - 70°C
(biang es)
Keterangan : VTM : viral transport medium °C = derajat celsius
Sumber: dr. Ardi Putranto Ari Supomo, Sp. PK, 2020

Interpretasi Pemeriksaan COVID-19

Pemeriksaan COVID-19 dibagi menjadi 2 bagian besar, yaitu pemeriksaan skrining dan
pemeriksaan diagnostik. Namun, sebagai pemeriksaan baku emas hingga saat ini
masih menggunakan metode PCR.

Interpretasi Pemeriksaan Skrining

Untuk pemeriksaan skrining, biasanya menggunakan sampel darah serum atau darah
kapiler. Pemeriksaan ini sering disebut rapid test antibody. Metode menggunakan
prinsip pemeriksaan antibodi serologi. Antibodi yang diperiksa ada yang antibodi total,
atau antibodi yang terpisah, yaitu immunoglobulin M (IgM), IgA dan IgG. Interpretasi
pada kebanyakan alat menggunakan tanda positif (+) atau reaktif (tergantung alat
pemeriksaan tes serologinya), berarti tubuh aktif membentuk antibodi terhadap COVID-
19. Sedangkan tanda negatif (-) atau non reaktif menandakan di dalam tubuh belum
terbentuk antibodi. [6-8].

Interpretasi Pemeriksaan Diagnostik

Untuk menegakkan diagnosis, harus menggunakan metode PCR. Sampel yang

digunakan adalah cairan bilasan bronkovaskuler, dengan akurasi deteksi berkisar >
90%. Sampel usap tenggorok (nasofaring atau orofaring) merupakan pengambilan
sampling paling aman dan mudah dilakukan dengan akurasi deteksi > 70%. Sebelum
mengetahui cara interpretasinya, maka kita harus mengetahui nilai yang dihasilkan dari
metode PCR tersebut. [10]

Pada PCR, setelah dilakukan pemeriksaan maka selanjutnya adalah tahapan validasi
yang dilakukan sebelum hasil resmi dikeluarkan. Tahapan ini menggunakan satuan LoD
(limit of Detection), yaitu jumlah berapa banyak sampel telah diencerkan (dilusi).
Biasanya menggunakan 1 log atau 10x pengenceran. [10]

Rentang atau cut-off nilai Ct ~ cycle threshold untuk hasil positif (+) diagnosis COVID-
19 berada pada nilai Ct yang mendeteksi adanya salinan gen atau protein virus (angka
Ct yang lebih rendah dari 38), contoh nilai Ct dengan hasil positif COVID-19 adalah nilai
Ct ≤ 38. Sedangkan untuk cut-off nilai Ct untuk hasil negatif (-) diagnosis COVID-19
berada pada nilai Ct yang tidak lagi mendeteksi adanya salinan gen atau protein virus
(angka Ct yang lebih tinggi dari 40), contoh nilai Ct dengan hasil negatif COVID-19
adalah nilai Ct ≥ 40. Nilai Ct ini berbeda-beda tiap vendor alat PCR.

Tidak semua jenis gen maupun protein dari virus COVID-19 yang diperiksa oleh PCR.
Sebuah studi analisis dari beberapa penelitian mendapatkan beberapa gen yang secara
signifikan dapat menentukan keadaan klinis pasien, di antaranya:

1. Gen ORF1ab, dari sampel nasal dan swab faring dapat menentukan tingkat
mortalitas
 2. Gen N dan ORF1b, dari sampel sputum dapat menentukan progresivitas
penyakit
3. Gen N dan ORF1ab, dari sampel swab tenggorok dapat menentukan tingkat
keparahan penyakit
4. Gen E dan RdRP, dari swab nasofaring juga dapat menentukan tingkat
keparahan penyakit [10]

Interpretasi Zona Indeterminate dan Positif Palsu

Beberapa jenis alat PCR menyertakan zona indeterminate, dimana rentang nilainya
terdapat pada nilai Ct positif dan negatif. Sebagai contoh, pada pusat penelitian di pusat
kesehatan di Ontario Kanada didapatkan nilai Ct antara 38,1–39,9. Zona indeterminate
bisa disebabkan oleh beberapa hal, yaitu kuantitas target virus yang sedikit atau
merupakan representasi dari reaktivitas yang nonspesifik (sinyal palsu) pada sampel
klinik. [9-11]

Apabila gejala klinis dari pasien kuat mengarah pada infeksi COVID-19, sebaiknya
dilakukan pemeriksaan lanjutan dengan target gen yang berbeda, dan pemeriksaan RT-
PCR yang tervalidasi sebanding atau lebih sensitif dari pemeriksaan semula. Sebagai
alternatif dapat dilakukan sekuensing asam nukleat dengan target gen yang sudah di
amplifikasi. [9-11]

Hasil positif palsu masih dapat ditemukan, tetapi persentasenya sangat jarang yaitu <
0,01 %. Penyebab dari hasil positif palsu dapat dikategorikan menjadi tiga, yaitu:

1. Kesalahan pra analitik: kesalahan yang terjadi sebelum pemeriksaan sampel

dilakukan, contohnya kesalahan pelabelan sampel, dan sampel yang
terkontaminasi saat pengambilan, pengiriman, atau pemindahaan ke alikuot
(wadah khusus sampel)
2. Kesalahan analitik: kesalahan yang terjadi saat pemeriksaan sampel dilakukan,
contohnya kontaminasi reagen alat, dan kontaminasi saat tindakan pipeting
3. Kesalahan pasca analitik: kesalahan yang terjadi setelah pemeriksaan sampel
dilakukan hingga hasil sampai ke pasien, contohnya kesalahan interpretasi kurva
amplifikasi, dan transkripsi dari hasil [9-11]
Kesimpulan

Virus penyebab COVID-19 mempunyai tingkat penularan yang cukup tinggi. Kekhasan
dari virus ini adalah banyaknya gen yang terlibat dalam proses infeksi antar hewan ke
manusia, dan manusia ke manusia. Beberapa protein dan gen yang sering digunakan
untuk pemeriksaan diagnostik di antaranya adalah gen N, RdRP, ORF1ab dan gen E.
Sampel yang digunakan untuk pemeriksaan bervariasi, dari saluran nafas, feses, darah
dan urin. Namun, sampel terbaik adalah menggunakan bilasan bronkovaskuler, saliva,
serta usap orofaring atau nasofaring. Metode pemeriksaan COVID-19 dibagi menjadi
skrining antibodi dengan metode serologi (CLIA, ELISA atau ELFA), dan diagnostik
antigen dengan metode RT-PCR. Metode serologi menggunakan hasil (+) dan (-),
sedangkan metode RT-PCR menggunakan nilai Ct. Pada metode RT-PCR terdapat
zona indeterminate yang berpotensi menghasilkan hasil positif palsu.

Pemeriksaan penunjang, selain pemeriksaan laboratorium, yang digunakan sebagai

konfirmasi adalah pemeriksaan radiologi, contohnya CT-scan toraks. Data dari hasil
laboratorium dan radiologi dapat digunakan sebagai skrining, diagnostik, dan monitoring
dari pasien terinfeksi COVID-19. [12]

…..
Referensi

1. Djalante R, Lassa J, Setiamarga D, Sudjatma A, Indrawan M, Haryanto B,

Mahfud C, et al. Review and analysis of current responses to COVID-19 in
Indonesia: Period of January to March 2020. Progress in disaster science
Journal. 2020; 6:1-9 DOI : 10.1016/j.pdisas.2020.100091
2. Lippi G, Mattiuzzi C, Plebani M. Current laboratory diagnostics of coronavirus
disease 2019 (COVID-19). Acta Biomed Journal. 2020; 91(2):1-9. DOI :
10.23750/abm.v91i2.9548
3. Hong KH, Lee SW, Kim TS, Huh HJ, Lee J, Kim SY, Park JS, et al. Guidelines
for Laboratory Diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Korea. Ann
Lab Med Journal. 2020; 40:351-360. Available from
https://doi.org/10.3343/alm.2020.40.5.351
4. Silcox C, Anderson D, Zavodszky A, Borre E, Dentzer S, Aspinall MG, McClellan
M. A National Decision Point: Effective Testing and Screening for COVID-19.
Hasil penelitian untuk acuan peraturan kesehatan dari Margolis Center,
Universitas Duke Washington DC. 2020; 1-30. Available from
https://www.rockefellerfoundation.org/wp-content/uploads/2020/09/A-National-
Decision-Point-Effective-Testing-Screening-for-Covid-19-Full-Report.pdf
5. World Health Organization. Laboratory testing for coronavirus disease 2019
(COVID-19) in suspected human cases. WHO interim guidance. 2020; 1-10.
Available from https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/331329/WHO-
COVID-19-laboratory-2020.4-eng.pdf
6. Bastola MM, Locatis C, Fontelo P. Diagnostic laboratory tests for COVID-19 in
US: Methodology and Performance. Research Square Journal. 2020; 1-9.
Available from https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-43374/v1
7. Green K, Winter A, Dickinson R, Graziadio S, Wolff R, Mallett S, Allen AJ. What
tests could potentially be used for the screening, diagnosis and monitoring of
COVID-19 and what their advantages and disadvantages. NIHR Journal. 2020;
1-13. Available from https://www.cebm.net/covid-19/what-tests-could-potentially-
 be-used-for-the-screening-diagnosis-and-monitoring-of-covid-19-and-what-are-
their-advantages-and-disadvantages/
8. Bastos ML, Tavaziva G, Abidi SK, Campbell JR, Haraoui LP, Johnston JC, Lan
Z, et al. Diagnostic accuracy of serological tests for COVID-19: Systematic
review and meta-analysis. BMJ. 2020; 370(m2516):1-13. DOI :
10.1136/bmj.m2516
9. The Ontario COVID-19 Testing Technical Working Group. An Overview of Cycle
Threshold Values and their Role in SARS-CoV-2 Real-Time PCR Test
Interpretation. Pusat data kesehatan Ontario. 2020; 1-14. Available from
https://www.publichealthontario.ca/-/media/documents/ncov/main/2020/09/cycle-
threshold-values-sars-cov2-pcr.pdf?la=en
10. Rao SN, Manissero D, Steele V, Pareja J. Clinical utility of cycle threshold values
in the context of COVID-19. Research Square Journal. 2020; 1-23. Available
from https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-41867/v1
11. Tang YW, Schmitz JE, Persing DH, Stratton CW. Laboratory Diagnosis of
COVID-19: Current Issues and Challenges. Journal of Clinical Microbiology.
2020; 58(6):1-9. Available from https://doi.org/10.1128/JCM.00512-20
12. Yagci AK, Sarinoglu RC, Bilgin H, Yanılmaz Ö, Sayın E, Guneser D, Guncu MM,
et al. Relationship of the cycle threshold values of SARS-CoV-2 polymerase
chain reaction and total severity score of computerized tomography in patients
with COVID 19. International Society for Infectious Diseases. 2020;
101(2020):160-166. Available from https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.09.1449