LAPORAN PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI TANAH

ISOLASI DAN IDENTIFIKASI RHIZOBACTERIA PADA ZONA

RHIZOSPHERE TANAMAN BROKOLI (Brassica oleracea) DI KAWASAN
BEDUGUL

Oleh :

Made Ayurisa Nilapuspita Diasaputri (1608531009)

I Putu Aditya Prayoga (1608531031)
Lalu Muhammad Sakti Surya Jagat (1608531036)
Nyoman Mega Antari (1608531044)

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS UDAYANA
2019
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Rahni (2012) menyatakan peranan mikroba yang dapat bermanfaat dalam
usaha pertanian saat ini belum disadari sepenuhnya bahkan sering dianggap
sebagai komponen yang merugikan. Fungsi mikroba di dalam tanah digolongkan
menjadi empat, yaitu sebagai penyedia unsur hara dalam tanah, perombak bahan
organik dan mineralisasi organik, memacu pertumbuhan tanaman, dan sebagai
agen hayati pengendali hama dan penyakit tanaman. Brokoli (Brassica oleracea
var. italica)adalah sayuran dari famili kubis-kubisan (Brassicaceae). Tanaman
brokoli berasal dari daerah Mediterania dan dibudidayakan sejak masa Yunani
Kuno. Sayuran ini masuk ke Indonesia sekitar tahun 1970 (Raka.,dkk.,2012).
Indonesia merupakan negara yang terkenal dengan sebutan negara agraris, karena
sebagian besar penduduknya bermata pencaharian sebagai petani. Indonesia
merupakan negara tropis yang sangat cocok untuk budidaya tanaman, khususnya
tanaman hortikultura (Egamberdiyeva,2007).
Pemakaian pupuk kimia yang berlebihan dan umur panen yang lama
merupakan permasalahan yang dihadapi para petani dalam budidaya tanaman
brokoli (Brassica oleraceae). Pupuk kimia merupakan pupuk yang biasa
digunakan petani dalam meningkatkan kualitas dan kuantitas hasil produksi
pertanian, karena mudah didapatkan serta efek yang diberikan sangat cepat
(Hisbiyudin 2002). Penggunaan bahan kimia yang berlebihan mempunyai
kerugian yaitu meningkatkan biaya pengendalian, mempertinggi kematian
organisme nontarget dan menurunkan kualitas lingkungan. Selain penggunaan
pupuk kimia yang berlebihan, umur panen yang lama merupakan salah satu
kendala yang dihadapi para petani dalam budidaya tanaman brokoli, mengingat
kebutuhan akan brokoli sangat tinggi. Data Kementerian Pertanian (2015)
produksi brokoli (kubis-kubisan) di Indonesia sekitar 1.433.833 ton dengan
tingkat pertumbuhan sebesar -0,17 %. Angka tersebut belum mencukupi
kebutuhan pasar lokal, apalagi kebutuhan pasar internasional yang setiap tahun
selalu mengalami peningkatan 20-30%, sehingga diperlukan suatu solusi untuk
mengatasi permasalahan tersebut ( Hidayat, dkk.,2013).
Salah satu teknik yang dapat dilakukan untuk menjaga kesehatan tanaman
brokoli adalah dengan menggunakan teknik pengendalian hayati yang akhir-akhir
ini berkembang pesat dengan penggunaan mikroorganisme yang berasosiasi
secara alami dengan perakaran tanaman dan memiliki kemampuan untuk
memperbaiki pertumbuhan dan mengendalikan penyakit tanaman atau lebih
dikenal dengan istilah plant growth promoting rhizobacteria (PGPR) (Cummings,
2009). Rhizobakteri memiliki kemampuan mengolonisasi rhizosfer secara agresif
dan beberapa jenis rhizobakteri mampu berperan sebagai biofertilizer biostimulan,
dan bioprotektan pada tanaman. Rhizobakteri merupakan suatu kelompok bakteri
yang hidup secara saprofit pada daerah rhizosfer atau daerah perakaran dan
beberapa jenis diantaranya dapat berperan sebagai pemacu pertumbuhan tanaman
dan atau sebagai agens biokontrol terhadap penyakit sehingga mampu
meningkatkan hasil tanaman pertanian ( Gholami, et al.,2009). Oleh karena itu
dilakukan isolasi dan identifikasi untuk mengetahui bakteri pathogen dan bakteri
antagonis (rhizobacteria) dari tanaman brokoli

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana gejala-gejala penyakit yang terdapat pada tanaman brokoli ?
2. Berapakah persentase tanaman brokoli yang sakit ?
3. Bagaimana isolasi dan identifikasi bakteri yang terdapat pada tanaman
brokoli ?

1.3 Tujuan
1. Untuk mengetahui gejala-gejala penyakit pada tanaman brokoli
2. Untuk mengetahui persentase tanaman brokoli yang sakit
3. Untuk mengisolasi bakteri yang terdapat pada tanaman brokoli dan
mengidentifikasi bakteri dengan pewarnaan Gram
 BAB II

MATERI DAN METODE

2.1 Waktu dan Tempat Pelaksanaan Praktikum

Sampel yang digunakan dalam praktikum ini yaitu sampel tanah dari
tanaman brokoli. Pengambilan sampel dalam praktikum ini dilaksanakan pada
tangga 3 April 2019 yang bertempat di Bedugul Tabanan, Bali.
2.2 Pengambilan Sampel
Tanah dan ujung akar tanaman brokoli yang sehat diambil menggunakan
cetok pada kedalaman 20-30 cm, kemudian dimasukkan kedalam kantong plastik
bening dan diberikan label brokoli sehat. Selanjutnya tanah serta ujung akar
tanaman brokoli yang sakit diambil menggunakan cetok dan dimasukkan ke
dalam kantong plastik bening serta diberikan label brokoli sakit. Sampel
kemudian disimpan dalam lemari es.
2.3 Pengenceran Sampel
Sampel tanah dan ujung akar brokoli sehat dan sakit masing-masing
diambil sebanyak 10 gr dan dimasukkan kedalam 90 ml pada botol yang berbeda
yang telah berisi air steril, dan dihomogenkan untuk pengenceran 10−1 . Masing-
masing hasil pengenceran 10−1dipipet menggunakan mikro pipet steril dan
dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang berisi 9 ml air steril, kemudian di vortex
hungga homogen untuk pengenceran 10−2 . Hasil pengenceran 10−2 dipipet dengan
mikro pipet steril dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi yang berisi 9 ml air
steril, divortex sampai homogen hingga didapatkan pengenceran 10−3 . Hasil
pengenceran 10−3 dipipet menggunakan mikro pipet steril dan dimasukkan ke
dalam tabung reaksi yang telah berisi 9 ml air steril dan di vortex hingga homogen
sampai diperoleh pengenceran 10−4, serta dilakukan cara yang sama untuk
masing-masing sampel tanah hingga diperoleh pengenceran tingkat 10−5 .
2.4 Isolasi Mikroba
Masing-masing sampel diambil dengan mikro pipet dari hasil pengenceran
10−4 dan 10−5 sebanyak 1 ml dan dimasukkan kedalam cawan Petri steril.
Selanjutnya dituangkan 10 ml media solid Nutrient Agar (NA) dan 20 ml nistatin
ke dalam masing-masing cawan Petri dan digoyangkan hingga homogen.
Kemudian ditambahkan medium semi solid Nutrient Agar (NA) dengan jumlah
yang sama dengan media solid NA, serta diberi label pada cawan Petri dan
diinkubasi pada suhu 37° C selama 24 jam.
2.5 Identifikasi Mikroba dengan Pewarnaan Gram
Biakan bakteri yang telah tumbuh pada media NA tegak diambil
menggunakan ose steril dan kemudian diapuskan diatas kaca objek yang telah
ditetesi air steril. Difiksasi diatas lampu Bunsen dengan jarak sekitar 30 cm.
Selanjutnya dituangkan pewarna kristal violet diatas apusan bakteri pada kaca
objek, didiamkan selama 1 menit dan dicuci dengan air bersih dengan keadaan
terbalik. Ditambahkan pewarna lugol atau iodine dan didiamkan selama 1 menit,
dicuci dengan air bersih. Dituangkan alkohol 96 %, didiamkan selama 30 detik
dan dicuci dengan air, dan yang terakhir diberikan pewarna safranin, didiamkan
selama 1 menit serta dicuci dengan air bersih dalam posisi terbalik. Preparat
dikering anginkan dan siap diamati dibawah mikroskop pada perbesaran 100x
dengan menggunakan minyak emersi.
 BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1 Hasil Pengamatan Secara Morfologi pada Tanaman Brokoli (Brassica
oleraceae) yang Terserang Penyakit
Berdasarkan hasil pengamatan secara morfologi terlihat gejala penyakit
pada tanaman brokoli (Brassica oleraceae) yaitu terdapat bercak kuning pada
daun brokoli, daerah bercak lama kelamaan mengering dan berubah warna
menjadi coklat kemudian rontok. Bercak ini kemudian dapat menyebar ke seluruh
daun pada tanaman (Gambar1).

Gambar 1. Tanaman brokoli (Brassica oleraceae) yang terserang penyakit

Hasil pengamatan di lapangan saat fase vegetatif menunjukan bahwa hanya
sebagian tanaman brokoli yang menunjukan gejala penyakit. Gejala penyakit
seperti ini sesuai dengan yang ditimbulkan oleh bakteri Xanthomonas campestris
Dows, sebagaimana yang dijelaskan oleh Alvares et al. (1994) gejala penyakit
yang ditimbulkan bakteri ini pada tanaman brokoli antara lain, yaitu daun tanaman
mengalami bercak kuning yang diikuti oleh nekrosis. Xanthomonas sp.
merupakan salah satu bakteri penyebab penyakit busuk hitam pada tanaman
brokoli (Wolf, 2005).
Xanthomonas campestris Dows menyebar melalui Seed borne (Bradbury,
1986). Bakter X. campestris menyerang jaringan pengangkut tanaman dan dapat
berpindah secara sistematis dalam jaringan pengangkutan tanaman tersebut.
Bakteri ini dapat menyerang kelompok tanaman kubis pada semua tingkat
pertumbuhan dan perkembangan (Semangun, 2004). Pada waktu persemaian
tanaman brokoli, patogen ini mengakibatkan rebah kecambah (damping off),
karena infeksi awalnya terjadi pada kotiledon dan kemudian menjalar ke seluruh
bagian tanaman (Wolf, 2005).
3.2 Hasil Pengamatan Secara Morfologi pada Tanaman Brokoli (Brassica
oleraceae) yang Sehat
Berdasarkan hasil pengamatan secara morfologi terlihat bahwa tidak
terdapat gejala penyakit pada tanaman brokoli (Brassica oleraceae). Tanaman
brokoli yang sehat, dimana dari segi morfologi tanaman, daun terlihat berwarna
hijau dan tampak sehat (Gambar 2).

Gambar 2. Tanaman brokoli (Brassica oleraceae) yang sehat

Hasil pengamatan di lapangan saat fase vegetatif menunjukan bahwa hampir
semua tanaman brokoli dalam keadaan sehat. Hal ini disebabkan oleh adanya
mikroorganisme tanah merupakan salah satu faktor utama yang mempengaruhi
kesuburan tanah. Sebagian besar pertumbuhan tanaman tidak lepas dari peran
mikroorganisme tanah salah satunya adalah bakteri. Bakteri merupakan kelompok
mokroorganisme tanah yang paling banyak di temukan di berbagai jenis tanah.
Ada beragam jenis bakteri yang menguntungkan bagi tanaman, diantaranya
Pseudomonas, Azotobacter, Lactobacillus, Nitrobacter dan Nitrosomonas. Fungsi
lain dari mikroorganisme tanah adalah menguraikan bahan kimia yang sulit di
serap menjadi bentuk yang mudah di serap tanaman (Buckman dan Brady, 1982).
Mikroorganisme tanah berperan penting dalam mempercepat penyediaan
hara dan juga sebagai sumber bahan organik tanah. Penambahan bahan organik
dalam tanah akan menyebabkan aktivitas dan populasi mikroorganisme dalam
tanah meningkat, terutama yang berkaitan dengan aktivitas dekomposisi dan
mineralisasi bahan organik. Mikroorganisme tanah sangat nyata perannya dalam
hal dekomposisi bahan organik pada tanaman tingkat tinggi. Dalam proses
dekomposisi sisa tumbuhan dihancurkan atau dirombak menjadi unsur yang dapat
digunakan tanaman untuk tumbuh (White, 1947). Mikroba tanah yang berperan di
dalam penyediaan unsur hara adalah mikroba pelarut fosfat (P) dan kalium (K).
Tanah pertanian umumnya memiliki kandungan P cukup tinggi (jenuh). Namun,
unsur hara P ini sedikit atau tidak tersedia bagi tanaman karena terikat pada
mineral tanah. Disinilah peranan mikroba pelarut P, mikroba ini akan melepaskan
ikatan P dari mineral dan menyediakannya bagi tanaman. Mikroba yang
berkemampuan tinggi melarutkan P, umumnya juga berkemampuan tinggi dalam
melarutkan K seperti Pseudomonas sp. dan Bacillus (Isroi, 2008).
3.3 Hasil Perhitungan Persentasi Tanaman yang Terserang Penyakit
Berdasarkan hasil pengamatan yang dilakukan pada seluruh tanaman
brokoli maka dapat ditentukan persentase jumlah tanaman yang terserang penyakit
(Tabel 1.)
Tabel 1. Hasil Perhitungan Persentasi Tanaman yang Terserang Penyakit
Jumlah Jumlah
Jenis
Tanaman Tanaman Persentase
Tanaman
Sakit Keseluruhan
jumlah tanaman yang sakit
%= x
jumlah tanaman keseluruhan
Brokoli
100%
(Brasica 26 215
26
oleraceae) = x 100 %
215
= 12,09 %
 Hasil perhitungan menunjukkan bahwa persentase tanaman brokoli yang
terserang penyakit yaitu sebesar 12,09 %. Rendahnya persentase tanaman yang
terserang penyakit diakibatkan oleh tanah di tempat tanaman tersebut subur.
Kesuburan tanah akan mempengaruhi populasi bakteri yang ada sehingga dapat
mempercepat penyediaan hara dan juga sebagai sumber bahan organik tanah.
Selain itu, kondisi pH di tempat tersebut sudah sesuai dengan pertumbuhan
tanaman brokoli. Menurut Setiawati dkk. (2007), Brokoli akan mencapai
pertumbuhan optimum pada tanah yang banyak mengandung humus, gembur,
porus, dengan pH tanah antara 6-7. Brokoli pada umumnya ditanam di daerah
yang berhawa sejuk, di dataran tinggi 1000-2000 m dpl.
Pola tanaman yang sesuai juga mempengaruhi terhadap kesuburan tanaman
brokoli. Umumnya brokoli ditanaman dengan pola tanam secara monokultur.
Waktu tanam brokol yang paling baik adalah pada awal musim hujan atau awal
musim kemarau. Kubis juga dapat ditanam sepanjang musim asalkan kebutuhan
airnya terpenuhi serta pengolahan tanah, pembersihan gulma, dan pemupukan
yang sesuai (Rukmana, 1994).
3.4 Hasil Identifikasi Bakteri pada Tanaman Brokoli yang Sehat dan
Terserang Penyakit dengan Pewarnaan Gram
Berdasarkan hasil identifikasi bakteri pada tanaman brokoli yang sehat dan
terserang penyakit dengan pewarnaan Gram didapatkan hasil bahwa bakteri
berbentuk coccus dan termasuk kedalam kelompok bakteri Gram negatif (Gambar
3).
 Gambar 3. Bakteri Gram negatif berbentuk coccus (Perbesaran 1000x)
Hasil menunjukkan bahwa bakteri yang teridentifikasi memiliki bentuk
coccus dan termasuk Gram negatif. Menurut Robert (1957), bakteri yang memiliki
karakteristik koloni coccus dan termasuk bakteri Gram negatif termasuk ke dalam
genus Neisseria. Penelitian yang telah dilakukan oleh Ateng dkk. (2012) juga
berhasil mengisolasi dan mengidentifikasi bakteri dari Genus Neisseria yang
didapatkan dari tanah yang tanah yang tercemar sampah organik sayuran dan
buah. Genus Neisseria tergolong kedalam spesies parasit yang tumbuh optimum
antara suhu 370C. Bakteri yang termasuk kedalam genus ini memiliki aktivitas
enxim hidrolitik pada substrat cellulose acetate, CMC, dan xylan.
 BAB IV
PENUTUP
4.1 Kesimpulan
Berdasarkan hasil praktikum ini dapat disimpukan bahwa :
1. Gejala penyakit pada tanaman brokoli (Brassica oleraceae) yaitu terdapat
bercak kuning pada daun brokoli, daerah bercak lama kelamaan mengering
dan berubah warna menjadi coklat kemudian rontok.
2. Persentase tanaman brokoli yang terserang penyakit yaitu sebesar 12,09 %.
Rendahnya persentase tanaman yang terserang penyakit diakibatkan oleh
tanah di tempat tanaman tersebut subur.
3. Isolasi dan identifikasi bakteri pada tanaman brokoli yang sehat dan sakit di
kawasan Bedugul, didapati hasil bakteri berbentuk coccus dan termasuk ke
dalam kelompok bakteri Gram negatif yang diduga termasuk ke dalam
genus Neisseria..
4.2 Saran
Berdasarkan hasil praktikum ini, disarankan untuk melakukan uji lanjutan
dalam identifikasi suatu bakteri pada tanaman brokoli, serta perlu
diperhatikan kembali preparasi alat dan bahan yang digunakan dalam isolasi
dan identifikasi mikroba pathogen pada tanaman.
 DAFTAR PUSTAKA

Cummings P.S. 2009. The application of plant growth promoting rhizobacteria

(PGPR) in low input and organic cultivation of graminaceous crops;
potential and problems. Environmental Biotechnology. (2):43- 50.
Egamberdiyeva, D. 2007. The effect of PGPR on Growth and Nutrient Uptake of
Maizein Two Different Soils. Applied Soil Ecology. 36(1):184-189.
Gholami, A., Shahsavani S. dan Nezrat S. 2009. The Effect of Plant Growth
Promoting Rhizobacteria (PGPR) on Germination, Seedling Growth and
Yield of Maize. Proceedings of World Academy of Science, Engineerring
and Technology. 3(7):19-24.
Hidayat. C., Dedeh. H,. Arief, Nurbity.A,. Sauman.J. 2013. Inokulasi Fungsi
Mikoroza Arnuskula dan mycorrhiza helper bacteria pada Andisol yang
Diberi Bahan Organik utuk Meningkatkan Stabilitas Agregat Tanah,
Serapan N dan P dan Hasil Taaman Kentang. Indonesian Journal of
Applied Science. 3(2).2013:26-41.
Hisbiyudin, Nuh. 2002. Pengaruh Jenis Media Campuran Kotoran Sapi, Kotoran
Kelinci Dan Cacahan Batang Pisang Terhadap Produktifitas Dan
Kualitas Nutrisi Cacing Tanah (Lumbricus rubellus). Institut Pertanian
Bogor : Bogor.
Rahni, N.M .2012. Efek Fitohormon PGPR Terhadap Pertumbuhan Tanaman
Jagung (Zea mays). J Agribisnis dan Pengembangan Wilayah.3(2):27-35.
Raka, I.G.N., Khalimi K, Nyana I.D.N dan Siadi I.K. 2012. Aplikasi rizobakteri
pantoea agglomerans untuk meningkatkan pertumbuhan dan hasil tanaman
jagung (Zea mays L.) Varietas Hibrida BISI. 2(1): 1-9.
LAMPIRAN
 Sampel Tanah Pengenceran Antagonis
Pengenceran Pathogen

Hasil inkubasi bakteri Hasil inkubasi bakteri Kultur bakteri

pathogen dan antagonis pathogen dan antagonis antagonis/ pathogen

Penambahan media Hasil inkubasi media Pewarnaan Gram

semi solid berisi solid& semi solid
antagonis / patogen