POTENSI ANTI BAKTERI SENYAWA AKTIF ALGA HIJAU

(Cladophora Sp.) DALAM MENGHAMBAT PROTEIN

TARGET BAKTERI Staphylococcus Aureus. (Penicilin Binding
Protein: Pendekatan Molecular Docking)
PROPOSAL TUGAS AKHIR
Untuk Memenuhi Persyaratan
Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran

Oleh
Riza Ma’rufin
216001101035

PROGRAM STUDI SARJANA KEDOKTERAN

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ISLAM MALANG
2020
 KATA PENGANTAR

Assalamu'alaikum Wr. Wb.

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT, atas rahmat, taufik, dan hidayah-

Nya sehingga penyusunan Tugas Akhir penelitian yang berjudul " POTENSI ANTI

BAKTERI SENYAWA AKTIF ALGA HIJAU (Cladophora Sp.) DALAM

MENGHAMBAT PROTEIN TARGET BAKTERI Staphylococcus Aureus. (Penicilin

Binding Protein: Pendekatan Molecular Docking) " ini dapat terselesaikan dengan lancar.

Judul di atas berangkat dari keingintahuan penulis terhadap potensi kelopak bunga

rosella dalam anti-adhesi dengan studi in Silico. Dari penelitian ini diharapkan dapat

memberikan kontribusi bagi kemajuan ilmu pengetahuan dan dapat berguna bagi masyarakat.

Penulis menyadari bahwa dalam penulisan Tugas Akhir ini masih banyak terdapat

kekurangan di dalamnya. Kritik dan saran untuk penyempurnaan penyusunan Tugas Akhir ini

sangat penulis harapkan, sehingga nantinya dapat memberikan hasil yang lebih baik.

Malang, tanggal bulan 202

RIZA MA’RUFIN

21601101035
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Di negara berkembang termasuk Indonesia, penyakit infeksi masih menjadi penyebab

morbiditas dan mortalitas tertinggi. Permasalahan ini selain merugikan fisik bisa juga

menyebabkan gangguan Finansial hingga produktifitas berskala nasional. Penyebaran

penyakit ini yang bisa melalui udara, binatang, benda, hingga manusia sendiri, dan bahkan

tidak sadar Rumah sakit juga merupakan tempat yang berisiko tinggi sebagai tempat

penularan (Triana, 2014)

Resistensi antibiotik, telah berkembang dan meluas, jumlah bakteri resisten antibiotik

pada manusia dan hewan meningkat di seluruh dunia. (Carlet et al. 2014). Di Indonesia,

masalahnya adalah resistensi Antibiotik belum banyak dipelajari dan dipahami oleh

masyarakat. Menurut Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), resistensi antibiotik merupakan

ancaman global yang dapat membahayakan kesehatan dan ekonomi. (WHO 2014)

Resistensi antibiotik diartikan sebagai tidak terhambatnya pertumbuhan bakteri

dengan penggunaan dosis normal atau tingkat hambat terendah Antibiotik merupakan obat

yang dikenal baik oleh profesi medis dan masyarakat. Sayangnya, hampir semuanya

menggunaan antibiotik secara tidak tepat. Seperti tidak sesuai resep, tidak habis dan

sebagainya. (Humaida, 2014). Data berasal dari RS Dokter Kariadi Semarang sebagai rumah

sakit utama Juga menghadapi masalah resistensi antibiotik. Data tahun 2002 menunjukkan

Tingkat resistensi yang Antibiotik pada isolat darah, dan 45% -56% dari Penggunaan

antibiotik yang tidak wajar (Humaida, 2014)

 Di Surabaya tahun 2008 ditemukan tingkat bakteri resisten hingga 23%. setelah

pengambilan sampel pasien Dokter residen Rumah Sakit Umum Soetomo.Dalam sebuah

penelitian di Jakarta, 2001, Badan Litbang menemukan Shigella Masih sensitif terhadap

kotrimoksazol, tapi untuk antibiotik ampisilin tingkat resistensi berada di 50%. Salmonella

menunjukkan tingkat resistensi sebesar 42% terhadap ampicilin, 57% terhadap

chloramphenicole & 71% terhadap cotrimoxazole. (Humaida, 2014)Rumah Sakit Islam

Kustati Surakarta mendapatkan data sekitar 52,6 % bakteri S. Aureus resisten terhadap

antibiotic. (Humaida, 2014)

Staphylococcus aureus merupakan bakteri flora normal pada manusia yang biasa

ditemukan di kulit, saluran nafas dan saluran cerna. bakteri Staphylococcus ini bersifat

pathogen (Nasronuddin 2007). Staphylococcus aureus merupakan bakteri bergram positif

dengan bentuk bulat, yang apabila bergerombol (berkoloni) membentuk seperti

“anggur”.bakteri ini bersifat tidak berspora. Koloni ini apabila dilihat pada media berwarna

kuning keemasan, bakteri ini tumbuh secara anaerob fakultatif pada suhu sekitar 18°C dan

40°C. Staphylococcus aureus dapat ditemukan pada kulit, membrane mucus. Manusia

merupakan sumber utama dari bakteri ini. Bakteri ini merupakan bakteri yang paling umum

menginfeksi manusia seperti bakterimia, endokarditidis infektif, infeksi kulit, infeksi paru,

infeksi kemih, gastroenteritis, hingga meningitis. Bakteri ini menginfeksi manusia dengan

cara “menghindar” dari sistem imun host dengan cara memproduksi Biofilm, dan memblokir

kemotaksis leukosit. Staphylococcus aureus menghasilkan beberapa Superantigen agar dapat

menginfeksi hostnya. (Taylor TA, et al. 2020)

Dari penyebaran hingga resistensi Staphylococcus aureus, penemuan PBP (Penicilin

Binding Protein) yang masih dalam proses penelitian. Penicilin Binding Protein (PBP)

merupakan transpeptidase yang berfungsi sebagai metabolism peptidoglikan. Inhibisi PBP

akan mengakibatkan lisis pada dinding sel karena ketidakseimbangan metabolism dinding
sel, sehingga terjadi penghambatan pertumbuhan. (Zapun, Contreras-Martel and Vernet,

2008).. Penicilin Binding Protein (PBP) berguna sebagai katalisator ikatan silang antar rantai

glycan atau transpeptidase saat proses sintesis protein bakteri. Proses pembentukan dinding

bakteri yaitu PBP berikatan dengan asam amino D-Alanyl-D-Alanine kemudian akan terjadi

ikatan silang pada antar peptidoglikan sehingga terbentuklah dinding sel (Sauvage et al.,

2008).

PBP terdiri dari lima jenis yaitu PBP 1 yang teridir dari dua komponen (PBP 1A dan

1B). PBP 1A memiliki tingkat afinitas lebih besar dari pada 1B dalam pengikatan β-lactam.

PBP 2 memiliki fungsi sebagai “merawat” bentuk morfologi. PBP 3 merupakan salah satu

protein yang disebut “Fts” yang apabila dalam proses inaktivasi akan membentuk Filamen.

Dua jenis PBP tamabahan yaitu PBP 7 dan 8 merupakan PBP yange jarang untuk diteliti,

PBP 8 merupakan hasil dari pembelahan proteolitik dari PBP 7. (Fontana et al., 2000)

Penggunaan antibiotik yang berspektrum luas oleh banyak orang, masalah resistensi

obat yang ditimbulkan akan mengakibatkan efek obat tidak sesuai yang dikehendaki

(Juwono, 2004). Bakteri Staphylococcus aureus dapat mengakibatkan infeksi seperti tanda-

tanda Radang, nekrosis, hingga pembentukan abses. Bakteri ini bahkan dapat menyerang

daerah mulut sehingga menyebabkan gingivitis, angular cheilitis dan denture stomatitis.

(Suheri, et al, 2015). Didapatkan data yang menunjukkan beberapa obat yang resisten

terhadap bakteri seperti (100%), Cefoperazon (33,33%) dan Aminoglikosida yaitu

Gentamicin (66,66%), Tobramicin (66,66%) dan Chloramfenicol tobramicin(66,66%).

(Sagita, et al, 2020)

Hasil penelitian sebelumnya ditemukan bahwa hasil ekstraksi Cladophora sp.

menggunakan cara Dekokta ditemukan senyawa metabolit sekunder yang terdiri dari
flavonoid, fenolik, terpenoid dan alkaloid. Dari hasil ini menunjukkan bahwa zat aktif

Cladophora sp. memiliki efek anti bakteri, Flavonoid bekerja dengan inhibisi DNA gyrase

saat replikasi DNA sehingga terjadi penignkatan permeabilitas dan mejadikan lisis pada

bakteri. Fenolik bekerja dengan cara menggangu dinding sel bakteri, Terpenoid bekerja

dengan megninisiasi gangguan pada membrane plasma, alkaloid bekerja dengan menggangu

komponen penyusun peptidoglikan dinding sel sehingga tidak utuh dan membunuh sel.

Penelitian lainya juga menyebutkan bahwa hasil ekstraksi Cladophora sp. dengan

Kloroform ditemukan metabolit sekunder Tanin dan Fenolik yang juga memiliki sifat

antibakteri (I. Santoso, et al, 2019)

Hasil penelitian sebelumnya menunjukan bahwa hasil ekstrak Cladophora sp.

menggunakan ethanol 70% memiliki sifat antibakteri (Nawil Liem Sahal, 2017). Penelitian

lain menunjukkan bahwa ekstraksi cladophora sp dan ethanol 70% menunjukkan aktivitas

antibakteri yang kuat (Nirwana, et al, 2018). Berdasarkan data diatas tujuan dari penelitian

ini yaitu pengikatan zat aktif senyawa hasil ekstraksi Cladophora sp. dengan target protein

Penisillin Binding Protein, Diharapkan bisa diketahui bagaimana potensi Cladophora sp

sebagai agen antibakteri, dengan penelitian lebih lanjut.

1.2 Rumusan Masalah

1. Bagaimana affinitas (Konstanta Inhibisi; Energi Bebas; Surface Area; Ikatan Asam

Amino) senyawa aktif Cladophora sp dalam menghambat protein reseptor Penicillin

Binding Protein pada bakteri Staphylococcus aureus?

2. Bagaimana affinitas senyawa aktif Cladophora sp dalam menghambat protein

reseptor Penicillin Binding Protein pada bakteri Staphylococcus aureus, dengan

pendekatan Molecular Docking?

1.3 Tujuan Penelitan

1. Mengetahui bagaimana affinitas (Konstanta Inhibisi; Energi Bebas; Surface Area;

Ikatan Asam Amino) senyawa aktif Cladophora sp dalam menghambat protein

reseptor Penicillin Binding Protein pada bakteri Staphylococcus aureus

2. Mengetahui Bagaimana affinitas senyawa aktif Cladophora sp dalam menghambat

protein reseptor Penicillin Binding Protein pada bakteri Staphylococcus aureus,

dengan pendekatan Molecular Docking?

1.4 Manfaat Penelitian

1.4.1 Manfaat Teoritis

1. Menjadi landasan ilmiah untuk mengetahui mekanisme senyawa aktif alga hijau

(Cladophora sp.) sebagai antibakteri dengan menghambat PBP Staphylococcus

aureus.

2. Menjadi landasan ilmiah dimana senyawa aktif Cladophora sp. memiliki efek terhadap

bakteri dan Staphylococcus aureus.

1.4.2 Manfaat Praktis

1. Menjadikan ilmiah dengan pemanfaatan Cladophora sp sebagai bahan antibakteri

alternatif yang murah .

2. Menjadi landasan teori bahwa zat aktif pada Cladophora sp. yang memiliki nilai

affinitas terhadap bakteri Staphylococcus aureus.

 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Bakteri

Bakteri merupakan organisme prokariotik. Dengan jumlah dan jenis yang banyak

sehingga masih banyak yang belum bernama. Organisme ini tersebar di seluruh dunia

dengan lingkungan berbeda. (Lauralee Sherwood, 2012). Bakteri adalah golongan

organisme yang tidak memiliki selubung inti (prokariotik) akan tetapi memiliki informasi

genetik, seperti DNA, untuk membedakan jenis bakteri seperti gram positif atau negative

menggunakan tes biokimia pewarnaan gram berdasarkan struktur dinding sel. Pewarnaan

gram menunjukkan golongan dari baktei yang di tes. bakteri gram positif akan

memberikan warna ungu karena adanya lapisan peptidoglikan dengan sekitar tebal 20-

80nm. Bakteri bergram negatif akan berwarna kemarahan (Holderman et al., 2017)

2.1.1 Staphylococcus aureus (Gram positif)

.Bakteri ini merupakan penyebab utama infeksi bernanah, masuk ke

dalam tubuh melalui saluran pernafasan, tusukan jarun bahkan folikel rambut

Staphylococcus aureus merupakan bakteri gram positif, dan merupakan flora

normal pada manusia yang mudah ditemukan pada kulit, dan selaput mukosa,

hampir semua orang pernah terinfeksi oleh bakteri ini mulai dari keracunan

makanan infeksi kulit dari ringan sampai berat hingga dapat mengancam jiwa,

apabila bakteri ini menyebar akan mengakibatkan beberapa penyakit berat. (Triana,

2014)

2.1.1.1 Taksonomi Staphylococcus aureus

 Taksonomi

Kingdom : Bacteria

Subkingdom : Posibacteria

Phylum : Firmicutes

Class : Bacilli

Order : Bacillales

Family : Staphylococcaceae

Genus : Staphylococcus

Species : Staphylococcus aureus

Staphylococcus aureus adalah bakteri gram postitif berbentuk bulat,

bergerombol seperti anggur, bakteri ini berwarna pigmen kuning keemasan

dan tidak memiliki spora. Apabila bakteri ini berkembang pada host maka

akan menggunakan protein leukosidin dan hialuronidasee yang ada pada

permukaan dinding sel (Radji, 2010).

2.1.1.2 Penicilin binding protein

Penicilin Binding Protein (PBP) merupakan enzim yang berfungsi

sebagai polimerisasi untaian glikan sekaligus ikatan sialng antar rantai glikan

dan protein target antibiotik beta laktam. Penicilin Binding Protein (PBP)

berguna sebagai katalisator ikatan silang antar rantai glycan atau

transpeptidase saat proses sintesis protein bakteri. Proses pembentukan dinding

bakteri yaitu PBP berikatan dengan asam amino D-Alanyl-D-Alanine kemudian

akan terjadi ikatansilang pada antar peptidoglikan sehingga terbentuklah

 dinding sel (Sauvage et al., 2008). PBP terdiri dari lima jenis yaitu PBP 1

yang teridir dari dua komponen (PBP 1A dan 1B). PBP 1A memiliki tingkat

afinitas lebih besar dari pada 1B dalam pengikatan β-lactam. PBP 2 memiliki

fungsi sebagai “merawat” bentuk morfologi. PBP 3 merupakan salah satu

protein yang disebut “Fts” yang apabila dalam proses inaktivasi akan

membentuk Filamen. Dua jenis PBP tamabahan yaitu PBP 7 dan 8 merupakan

PBP yange jarang untuk diteliti, PBP 8 merupakan hasil dari pembelahan

proteolitik dari PBP 7. (Fontana et al., 2000)

2.2 Alga

Merupakan sepesies yang teridiri dari dua jenis yaitu mikroalga dan

makroalga. Mikroalga merupakan uniseluler yang dapat tumbuh dengan cepat dan

dapat tumbuh dalam lingkungan yang ekstrim sedangkan Makroalga merupakan

spesiel multiseluler yang umumnya hidup di laut dan tidak memiliku batang, akar,

daun sejati. Alga terdiri dari tiga jenis yaitu Chlorophycae (alga hijau), Phaeophycae

(alga coklat), dan Rhadophyceae (alga merah). Sifat dari alga dari sisi

produktivitasnya yang tinggi, tidak terpengaruh oleh musim, mudah ditemukan dan

mudah untuk diekstraksi. (Oktarina, 2017)

2.2.1 Cladophora

Merupakan tanaman yang mudah ditemukan dan besifat seperti benang

yang apabila bergerombol membentuk jarring yang sangant kuat, tanaman ini

mudahd tumbuh dan ditemukan pada pinggir pantai, danau.

2.2.1.1 Taksonomi
 Taksonomi Cladophora (algabase.org)

Kingdom : Plantae

Subkingdom : Viridiplantae

Infrakingdom : Chlorophyta

Division : Chlorophyta

Subdivision : Chlorophytina

Class : Ulvophyceae

Order : Cladophorales

Family : Cladophoraceace

Genus : Cladophora

Gambar 2.1 Claudophora sp.

Cladophora sp. apabila dilakukan identifikasi ciri morfofologinya

ditemukan tanaman ini memiliki thallus seperti rambut berwarna hijau,

tanaman ini bisa ditemukan pada benda rumah seperti genteng, beton,

2.2.1.2 Kandungan senyawa aktif

 Kandungan senyawa aktif yang dimiliki oleh Cladophora sp. yaitu

Phenol, alkaloid, dan Flavone. Senyawa ini bersifat sangat aktif akan

meniimbulkan masalah apabila dikonsumsi dalam jumalh yang tinggi.

(Al-moula, 2017). Hasil penelitian sebelumnya ditemukan bahwa hasil

ekstraksi Cladophora sp. menggunakan cara Dekokta ditemukan senyawa

metabolit sekunder yang terdiri dari flavonoid, fenolik, terpenoid dan

alkaloid. Dari hasil ini menunjukkan bahwa zat aktif Cladophora sp.

memiliki efek anti bakteri, Flavonoid bekerja dengan inhibisi DNA

gyrase saat replikasi DNA sehingga terjadi penignkatan permeabilitas dan

mejadikan lisis pada bakteri. Fenolik bekerja dengan cara menggangu

dinding sel bakteri, Terpenoid bekerja dengan megninisiasi gangguan

pada membrane plasma, alkaloid bekerja dengan menggangu komponen

penyusun peptidoglikan dinding sel sehingga tidak utuh dan membunuh

sel. Penelitian lainya juga menyebutkan bahwa hasil ekstraksi

Cladophora sp. dengan Kloroform ditemukan metabolit sekunder Tanin

dan Fenolik yang juga memiliki sifat antibakteri (I. Santoso, et al, 2019)

2.3 Antibiotik

2.3.1 Amoxicilin

Merupakan antibiotic yang berspekturim luas digunakan untuk antibakteri

Gram Negatif dan Gram Positif. Antibiotic ini memiliki memiliki cintin β-laktam.

Penicilin Binding Protein bersfungsi sebagai pereaksi antara

glikosiltransferase dan transpeptidase untuk pengikatan silang asam D-alanin

dan D-aspartat di dinding bakteri. Tanpa reaksi ini bakteri akan mengaktifkan
 regulasi autolitik sehingga dinding sel tidak dapat dibuat atau diperbaiki

menjadikan sel rusak dan mati. . (Sofyani, et al, 2018). Amoxicillin dapat

digunakan untuk pengobatan infeksi pada saluran nafas, empedu, perkemihan,

gonore, gastroenteritis, dan meningitis. (Eugelella, 2016)

Cara kerja antibiotik ini yaitu dengan mengikat penisilin 1A (PBP-1A)

yang ada dalam dingidding sel yang membuat proses traspeptidase atau proses

ikatan silang sistesis pada dinding sel, apabila proses ini dihambat maka akan

mengaktifkan ezim autolitik. Sehingga pada dinding sel terjadi lisis dan

membunuh bakteri. (Akhavan, et al, 2020).

2.4 Molecular Docking

Metode yang bertujuan untuk mensimulasi interaksi suatu ligan

deangan protein target pada uji in vitro (Motiejunas & Wade, 2006). Mekanisme

molecular docking yaitu dengan memindai permukaan target protein, apabila sesuai

dengan target proteinya maka potesinya semakin baik (Meng et al., 2011). Salah

satu penelitian yang menggunakan metode prediksi penyesuaian formasi ligan

ke lokasi target pengikatan, penggunaan metode ini memiliki tingkat akurasi

yang tinggi dalam proses pengikatan ligan, bagaimana interaksi reseptor ligan

yang stabil, dan afinitas pengikatan reseptor. (Ferreira et al, 2015).

2.5 Parameter Penelitian

Penambatan molekul memiliki beberapa parameter yang berupa besar

interaksi permukaan, nilai Konstanta inhibisi (Ki), energi ikatan bebeas, dan

ikatan residu asam amino. Untuk menilai hasil reaksi ligan dengan reseptor

atau protein digunakan spektrum optic, cara kerja ligan yaitu deangan
 melakukan penempalan pada ligan reseptor target, dan afinitas merupakan

bagaimana nilai ligan beriikatan dengan reseptor. (Rarey et al, 1999).

2.5.1 Interaksi Permukaan

Interaksi permukaan menggunakann satuan angstrom (Å). Apabila

semakin tinggi nilai yang ditunjukkan maka hasil aktivitas biologis

semakin tinggi dan semakin stabil ikatan ligan yang dihasilkan. Namun

Sebaliknya, semakin kecil nilai interaksi permukaan, ikatan semakin tidak

stabil dan aktivitas biologisnya semakin lemah. (Bikadi dan Hazai, 2009).

Nilai interaksi permukaan yang tinggi berarti menandakan aktivitas

biologis yang tinggi, tetapi kapasitas pengikatannya rendah dan kecepatan

pengikatan atau spontanitas reaksi juga rendah (Purnomo et al., 2015).

2.5.2 Energi Ikatan Bebas

Nilai energi bebas ikatan (ΔGbinding) akan menunjukkan nilai

total perubahan energi yang digunakan dalam reaksi untuk membentuk

ikatan dalam 1 mol senyawa. Energi ini menunjukkan nilai kestabilan

kompleks protein ligan dan spontanitas reaksi, semakin rendah nilai yang

diperoleh maka semakin stabil ikatannya dan semakin spontan reaksi

tersebut. (Sugiarto, 2007).

2.5.3 Konstanta Inhibisi

Satuan yang menggambarkan proses penghambatan adalah

konstanta penghambatan (Ki). Nilai Ki menunjukkan proses

penghambatan ligan terhadap protein, semakin rendah nilai yang

ditunjukkan maka semakin mudah ikatannya. Nilai Ki yang rendah berarti

 mudah untuk membentuk ikatan dan membentuk kompleks ligan protein

yang stabil (McConkey, 2002).

2.5.4 Residu Asam Amino

Jika senyawa aktif dapat terikat kuat dengan ikatan hidrogen dan

dapat berikatan dengan salah satu residu asam amino yang sama di sisi

aktif, maka senyawa tersebut dianggap memiliki ikatan yang kuat dengan

reseptor target. (Damayanti et al, 2017)