31S3101-FISIOLOGI

MICROBIAL STRESS RESPONSE

Oleh :
Kelompok : 2
Nama/NIM : 1. Lamtiarma Panjaitan /31S19001
Nama/NIM : 2. Liona Patricia Sijabat/31S19010
Nama/NIM : 3. Niegle Florencia Sirait /31S19013

Program Studi Teknik Bioproses

Fakultas Bioteknologi
Institut Teknologi Del
2021

RINGKASAN
 Stress merupakan bentuk dari suatu respon yang bersifat fisiologis atau merupakan suatu
perilaku yang tidak spesifik terhadap tekanan (stressor) dan juga ancaman (theatener) yang
menghampiri. Respon stress ini dapat menyerang terhadap tekanan baik dalam psikis, internal
dan juga pada keadaan di eksternal. Lingkungan yang tiba-tiba berubah akan menciptakan
keadaan yang bisa membuat stress dari mikroorganisme muncul. Untuk mencengah stress pada
mikroba, mereka harus memiliki sebuah mekanisme aklimatisasi fisiologis yang berguna untuk
bertahan hidup dan juga tetap dapat aktif dalam menghadapi stress karena tanpa hal tersebut
mereka akan mengalami kematian. Namun, strategi untuk keberhasilan dari adaptasi
mikroorganisme itu sendiri akan menciptakan sebuah biaya fisiologis pada tingkat organisme
dan nantinya dapat mengubah sebuah komposisi komunitas mikroba aktif, kemudian perubahan
di dalam aliran, perubahan energi, serta tingkat dari nutrisi.

Mikroorganisme sendiri mempunyai kemampuan untuk hidup dan saling berinteraksi

dengan koloni lainnya dengan cara membangun yang namanya komunikasi, sering disebut juga
sebangai quorum sensing (QS). Komunikasi ini dapat membantu komunitas dari mikroorganisme
untuk saling merespon, melakukan metabolisme, menyampaikan kapasitas densitas, dan juga
beraktifitas dengan cara mengenal molekul sinyal berupa feromon (pheromones) atau
autoinducers.

Biofilm terbentuk dari permukaan mukosa rongga tubuh sebagai sumber utama infeksi.
Biofilm diartikan sebagai sekumpulan dari mikroorganisme dan juga suatu produk ekstraseluler
yang berhubungan pada suatu permukaan dan umumnya akan menempel pada substrak biologi
dan non-biologi. Pembentukan biofilm dipengaruhi oleh faktor pengontrol perlekatan sel, sifat
alami permukaan, karakteristik media, serta karakteristik permukaan sel mikroba Biofilm
mempunyai keterkaitan dengan mikroorganisme di mana sel mikroba nantinya akan mengikuti di
sebuah keadaan hidup dan non-hidup permukaan pada suatu matriks ekstraseluler dari zat
polimer yang dapat di produksi sendiri. Bakteri pada biofilms sendiri dapat mengakibatkan
infeksi nosocomial. Menurut para ahli yang berasal dari National institues of health mengenai
65% dari keseluruhan infeksi mikroba, dan 80% infeksi kronis berhubungan dengan biofilm
 DAFTAR ISI

RINGKASAN..................................................................................................................................1
DAFTAR ISI...................................................................................................................................3
DAFTAR GAMBAR.......................................................................................................................4
BAB I...............................................................................................................................................5
PENDAHULUAN...........................................................................................................................5
Paper 1..........................................................................................................................................5
Paper 2..........................................................................................................................................6
PEMBAHASAN..............................................................................................................................8
BAB III..........................................................................................................................................11
PENUTUP.....................................................................................................................................11
3.1. Kesimpulan.........................................................................................................................11
3.1 Saran................................................................................................................................11
DAFTAR PUSTAKA....................................................................................................................12
DAFTAR GAMBAR
 BAB I.

PENDAHULUAN
Paper 1

Quorum Sensing Pada Bacillus cereus dalam kaitannya dengan metabolisne sistein dan respon
stress oksidatif

Oleh : Eugenie Huillet and Michel Gohar ́

Di Edit Oleh ; Frans J. de Bruijn

Di terbitkan Oleh : John Wiley & Sons, Inc

2016

Quorum Sensing pada Bacillus cereus memiliki keterkaitan dengan metabolisme sistein
juga terhadap respon stres oksidatif mikroba tersebut , dimana Quorum Sensing (QS) dapat
membuat bakteri untuk berbagi informasi tentang kepadatan sel untuk menyesuaikan ekspresi
gen yang sesuai., seringkali B. cereuss dikaitkan dengan infeksi bawaan makanan yang
menyebabkan gastroenteritis dan kapasitas B. cerruss ini banyak di jumpai pada makanan
mentah dan olahan , seperti nasi, rempah-rempah, susu, dan daging

Komunikasi antar sel ini bergantung pada molekul sinyal yang disekresikan yaitu
autoinducer (AI) atau feromon. Dan Proses komunikasi antar sel sangat penting dalam
mengkoordinasikan pertumbuhan, adaptasi, patogenisitas, pembentukan biofilm, dan sporulasi
pada kelompok Bacillus cereus. , ada dua sistem digunakan pada Bakteri B. cerruss , dimana
Kedua sistem ini mengontrol ekspresi gen yang mengkode faktor virulensi yang diekspor,
termasuk enzim degradatif,enterotoksin, dan hemolisin pada genus Bacillus , PicR ini berfungsi
untuk mengaktifkan hanya jika sistem ini mampu mengikat PaPR, dimana peptida pensinyalan
yang diproduksi sebagai propetida berada di bawah kendali PicR dan PapR berinteraksi dengan
PIcR dan kompleks yang dihasilkan mengikat situs target PIcR pada DNA sehingga
menghasilkan aktivasi regulasi PIcR yang berisi 45 gen.

Hasil Interaksi yang dihasilkan oleh kedua sistem adalah PIcRa yang mampu
mengaktifkan respons stress oksidatif dan metabolisme sistein di dalam sel dalam keadaan
transisi , dan PIcRa mengaktifkan ekspresi 18 gen yang terlibat dalam metabolisme ekspresi lima
gen yang terlibat dalam respon stress oksidatif , Pada B.subtilis, pengatur utama metabolisme
sistein adalah CymR, yang mampu menekan transkripsi satu set besar gen yang terbilat dalam
penyerapan sistin dan biosintesis sistein. Keterlibatan PIcRa dengan ekspresi regulasi CymR :
PIcRa yang mengontrol ekspresi regulasi CymR , dimana PIcRa terlibat dalam aktivasi gen yang
berfungsi dalam perlindungan oksidan melalui kontrol ekspresi regulasi CymR , Keterlibatan
metabolisme sisten dengan stress oksidatif pada genus Bacillus : Mikroba ini menanggapi stress
oksidatif dengan aktivasi pertahanan seluler yang berbeda mekanisme, tentunya melibatkan
enzim dan sistem perlindungan dan perbaikan yang diatur dalam jaringan.

Paper 2

Biofilm Bacteria Use Stress Responses to Detect and

Respond to Competitors

Oleh : Bram Lories, Stefanie Roberfroid, Lise Dieltjens, David De Coster, Kevin R. Foster,
Hans P. Steenackers

2020

Bakteri Menggunakan Jaringan regulasi yang kompleks untuk mengatasinya dengan

stress, tetapi fungsi jaringan ini di habitat alami kurang di mengerti , maka dari itu ddilakukan
kompetisi hipotesis pengindraan yang menyatakn bahwa stress bakteri system respons dapat
berfungsi untuk mendeteksi ekologi persaingan.

Bakteri membentuk komunitas terkait permukaan padat disebut sebagai biofilm , pada
biofilm persaingan ekologis sering kali intens terutama di antara strain dengan kebutuhan nutrisi
yang tumpang tindih dengan menerapkan induksi fluoresensi diferensial bakteri merespon
keberadaan strain yang bersaing di biofilm, pada biofilm spesies campuran , misalnya dua strain
S.Trphimurium dan satu strain Echercia coli, dilakukan pemasangan promotor pada salmonella,
salmonella akan merespons kehadiran genotype yang bersaing, meningkatkan regulasi gen
terkait dengan pembentukan biofilm, invasi epitel , dan toleransi antibiotic.

Dengan adanya kehadiran pesaing dalam membentuk biofilm dapat menginduksi bakteri
untuk menghasilkan lebih banyak biofilm , mengubah jumlah antimikroba yang dikeluarkan
hingga dapat membuat mikroba tersebut lebih mampu bertoleransi ddengan antibiotic, tahapan
yang dilakukan agar bakteri tau merespon keberadaan starin yang bersaing pada saat pembuatan
biofilm adalah dengan melakukan penerapan industry fluerosensi differnsial

Beberapa Tahapan yang ada pada penerapam industry fluerosensi differnsial dimana (i)
Membuat model biofilm spesies campuran dari 2 strain S. Typhimurium dan 1 strain E.coli.,(ii)
melakukan pemasangan jebakan promotor pada S. Typhimurium dengan menggunakan flow
cytometri yang dibuat untuk memilih gen yang diregulasi, baik dalam model biofilm maupun di
hadapan strain yang sedang (iiI) menngidentifikasi respons regulasi sel tunggal Salmonella
typhimurium terhadap strain bersaing dalam model biofilm. Dan hasil yang yang didapat pada
identifikasi respons regulasi sel tunggal salmonella ini adalah Salmonella mampu merespon
kehadiran genotipe yang bersaing dalam berbagai cara, dengan meningkatkan regulasi gen yang
terkait pada pembentukan biofilm,invasi sel,dan toleransi antibiotik dan disertai dengan fenotipe
sel tersebut.
 BAB II

PEMBAHASAN
2.1 Pembahasan Paper I

Pada paper yang berjudul “Quorum Sensing Pada Bacillus cereus Dalam Kaitannya Dengan
Metabolisme Sistein & Respons Stress Oksidatif”, bakteri tersebut diberikan kemampuan
oleh Quorum Sensing yang untuk mampu berbagi informasi tentang kepadatan sel dalam
menyesuaikan ekspresi gen yang sesuai dengan cara melakukan komunikasi antar sel-sel
yang bergantung pada molekul sinyal yang disekresikan. Nama system tersebut adalah
autoinducer (AI), dimana system ini memampukan bakteri untuk menjalani proses yang
sangat mahal secara kolektif hanya ketika dampak dari proses ini pada lingkungan mereka
yang lebih efisien. Jelas bahwa salah satu dari kelemahan paper ini adalah menunjukkan cost
yang tinggi dalam proses nya menggunakan system AI tersebut.

Pada paper ini juga telah dikarakterisasi mengenai system PIcRa, system yang dihasilkan dari
keterkaitan antara system PIcR dan PapR QS. Akan tetapi, masih terdapat kekurangan pada
penelitian tersebut yaitu masih belum jelasnya bagaiman metabolisma PIcRa sistein jika
berada sel yang mengalami keadaan transisi. Protein PIcRa merupakan homolog structural
3D dari PIcRa yang menunjukkan bahwa domain pengikatan peptide TPR dapat diatur secara
serupa untuk membentuk sebuah tempat yang bertanggung jawab dalam pengikatan peptide
tersebut. Adapun PIcRa ini diaktifkan oleh produk papRa gen, peptide pensinyalah yang
disekresikan yang dijelaskan pada gambar berikut :

Gambar 2.1
 Gambar diatas merupakan skema representasi dari system PIcR-PapR dan PlcRa-PapRa QS
di B.cereus yaitu proses produksi AIP (PAPR dan PapRa), aktivasi kognitif quorum sensor
(PlcR dan PlcRa), dan presentasi target gen utama. Produk gen PapR adalah peptide asam
amino 48. PapR disekresikan, mungkin melalui mesin Sec, dan diproses oleh protease NprB
dan mungkin peptidase lainnya. PapR ditemukan di kompartemen ekstraseluler dan di
sitoplasma bakteri, terutama sebagai peptida tujuh asam amino. Ini diimpor ke dalam sel
melalui oligopeptide permease Opp. Setelah berada di dalam sel, PAPR mengikat untuk
PlcR, yang memungkinkan untuk mengaktifkan ekspresi gen 45 menyusun regulon PlcR,
termasuk plcR dan PAPR. gen PIcRa mengaktifkan ekspresi 18 gen yang terlibat dalam
metabolisme sistein dan mengaktifkan ekspresi lima gen yang terlibat dalam respon stress
oksidatif. Produk dari papRa gen adalah 93 asam amino peptide. Seperti yang dijelaskan
untuk PaPR, peptida sinyal terminal-N Gram-positif yang khas telah diidentifikasi untuk
PapR, yang enunjukkan bahwa maturasi dan impor PapRa belum dilaporkan. Panah hitam
mewakili efek positif pada transkripsi gen. Garis hijau menunjukkan sirkuit (produksi,
ekspor, pemrosesan, impor, dan aktivasi) diikuti oleh peptida PapR dan PapRa.
Berdasarkan pada keterangan gambar sebelumnya, jelas dapat diambil kelebihan dari paper
ini yang menunjukkan bahwa setiap uji yang mereka lakukan menghasilkan data yang jelas
seperti pada setiap sistemnya jelas ada berapa gen yang telah dekspresikan.
2.2 Pembahasan Paper I
Pada paper 2 yang berjudul “Bakteri Biofilm Menggunakan Respon Stress Untuk Mendeteksi
& Menanggapi Pesaing dijelaskan bagaiman bakteri membentuk biofilm sebagai pertahanan
sel bakterinya dengan menggunakan 2 strain dari bakteri yang berbeda. Disebutkan pada
hasil penelitian di paper ini bahwa kehadiran strain yang bersaing mampu mendorong
ekspresi gen yang terkait dengan matriks biofilm produksi (jalur CsgD), invasi epital hingga
akhirnya pada penghabisan bahan kimia dan toleransi antibiotic ( Pompa penghabisan ToIC
dan aminoglikosida AadA 3-adeniltransferase). Mereka memvalidasi bahwa dari pernyataan
tadi dihasilkan perubahan fenotipik yang diprediksi dalam biofilm, invasi sel dan toleransi
antibiotic.
Bakteri menggunakan respons stress untuk mendeteksi dan menanggapi persaingan dengan
cara yang penting untuk fenotipe utamanya, termasuk pembentukan biofilm, virulensi dan
toleransi antibiotic pada sel bakteri tersebut. Kemudian membentuk sebuah komunitas antar
bakteri yang berbentuk permukaan padat yang biasanya disebut sebagai biofilm. Biofilm ini
digunakan sebagai bentuk pertahanan bakteri, namun pembentukan biofilm yang terjadi pada
lingkungan masyarakat akan berdampak sangat buruk terhadap kesehatan manusia.
Pada penelitian ini, dikatakan bahwa perilaku bakteri ini dapat berubah dalam menanggapi
pesaing mereka, sehingga bakteri berfokus pada basis fenotipik untuk respon stress tersebut,
bukan pada jaringan regulasi yang merupakan pusat gagasan penginderaan persaingan. Satu
alasan untuk focus penelitian ini merupakan tantangan teknis yang terkait pada mempelajari
respons regulasi dalam biofilm genotype campuran. Pada statement ini, dijelaskan bahwa
bakteri yang bersaing sering kali serupa secara filogenetik, yang akan membuat sulit dalam
membedakan transkrip dari strain yang berbeda. Selain itu, lingkungan yang kompleks dan
heterogeny dalam komunitas terstruktur seperti biofilm mendorong kuat variasi dari sel-ke
sel lain, yang berarti bahwa langkah-langkah transkripsi dimana rata-rata populasi dapat
kehilangan efek kuat pada tingkat sel tunggal. Adapun yang menjadi kekurangan dari paper
ini adalah tidak dijelaskannya bagaimana solusi dalam menghadapi permasalahan pada saat
suatu Ketika terjadi persaingan antar bakteri yang serupa secara filogenetik dan cara agar
tetap tidak sulit dalam membedakan transkrip dari 2 strain bakteri yang berbeda tersebut.

Gambar 2.2
Gambar diatas menunjukkan model biofilm yang dibentuk oleh spesies bakteri campuran
yang dicirikan oleh interaksi kompetitif. Pada gambar diatas terdapat 3 bagian yang akan
dijelaskan satu persatu sebagai berikut :
Bagian A : Mikrograf confocal dari model biofilm spesies campuran yang mengandung
strain S. Typhimurium tipe liar S1 (hijau) dan S2 (merah) dan E. coli strain E1 (biru). Semua
strain hadir dalam jumlah yang sama, menunjukkan tidak adanya pengecualian kompetitif
(Zeiss confocal laser scanning mikroskop [LSM 700], dengan kamera digital [AxioCam
MRm], dan perangkat lunak Zen 2011 terkait). Adapun S1,S3 dan E1 diberi label dengan
GFPmut3 konstitutif yang dikodekan oleh plasmid masing-masing strain.
Bagian B : Nomor sel masing-masing galur dalam biofilm galur tunggal, dua galur, dan
tiga galur. Jumlah sel masing-masing strain sangat berkurang dalam kultur campuran
dibandingkan untuk monokultur, menunjukkan persaingan yang kuat antara strain. Jumlah
total sel yang diharapkan untuk kerjasama antar strain minimal sama dengan jumlah sel
dalam monokultur dan ditandai dengan lingkaran oranye [8]. S1 menyumbang sekitar 30%
dari sel biofilm, yang cukup untuk analisis DFI. Tiga pengulangan biologis yang berbeda
dan rata-ratanya ditampilkan. nilai p diturunkan dari uji t Student dua sisi menggunakan
koreksi Welch jika SD signifikan (p < 0,05) berbeda. Untuk membedakan antara strain, S1
diberi label dengan GFPmut3 konstitutif pada plasmid, meskipun S2 dan E1 diberi label
dengan dsRed.T4 konstitutif yang dikodekan oleh plasmid. Perbedaan bentuk dan ukuran
koloni memungkinkan diferensiasi antara S2 dan E1 selama penghitungan CFU.
Bagian C : Efek saling melengkapi dari budaya spesies campuran. Model biofilm spesies
campuran, serta kombinasi berpasangan S1 dan S2, menunjukkan negative
komplementaritas, menunjukkan bahwa, selain persaingan sumber daya, juga gangguan fisik
atau kimia terjadi di komunitas ini.
 BAB III

PENUTUP

3.1. Kesimpulan
a. Kesimpulan pada paper I adalah :
 Quorum Sensing pada Bacillus cereus sangat erat kaitannya dengan
metabolism sistein juga terhadap respon stress oksidatif dari mikroba
tersebut

 Quorum Sensing (QS) dapat membuat bakteri untuk berbagi informasi

tentang kepadatan sel untuk menyesuaikan ekspresi gen yang sesuai,
dengan menggunaakn sinyal yaitu autoinducer (AI).
 Pada B.subtilis, pengatur utama metabolisme sistein adalah CymR, yang
mampu menekan transkripsi satu set besar gen yang terbilat dalam
penyerapan sistin dan biosintesis sistein. 
 Keterlibatan PIcRa dengan ekspresi regulasi CymR : PIcRa yang
mengontrol ekspresi regulasi CymR

 System perlindungan oksidan pada genus Bacillus adalah sistein

b. Kesimpulan pada paper II adalah :

 Bakteri membuat pertahanan diri dari lingkungannya dengan membentuk
biofilm yang dihasilkan dari persaingan antara 2 strain yang berbeda.
 Dengan adanya kehadiran pesaing dalam membentuk biofilm dapat
menginduksi bakteri untuk menghasilkan lebih banyak biofilm ,
mengubah jumlah antimikroba yang dikeluarkan, hingga mampu membua
mikroba tersebut menjadi lebih toleran terhadap antibiotik.

3.1 Saran
a. Saran untuk paper I adalah :
 Penelitian seharusnya dilengkapi dengan mencari tahu proses dari
karakterisasi PIcRa hingga sistein mampu mengaktifkan stress oksidatif
dan metabolism PIcR sistein dalam sel pada saat sel berada dalam keadaan
transisi
b. Saran untuk paper II adalah :
 Penelitian seharusnya dilengkapi dengan mencari tahu kembali solusi
ketika persaingan pada bakteri dalam hal kesamaan filogenetiknya
sehingga mampu memudahkan dalam membedaan transkripsi dari strain
yang berbeda.
DAFTAR PUSTAKA